Celé znění judikátu:
žalobkyně: SULKOM s.r.o., IČ: 27670309
se sídlem č. p. 284, 679 34 Knínice
proti
žalovanému: Finanční úřad pro Jihomoravský kraj
sídlem nám. Svobody 98/4, 602 00 Brno
o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu ze dne 20. 10. 2021, č. j. 4200445/21/3007-50524-709553 a č. j. 4199376/21/3007-50524-709553,
takto:
I. Rozhodnutí žalovaného ze dne 20. 10. 2021, č. j. 4200445/21/3007-50524-709553, se v rozsahu, v němž byla zamítnuta žádost žalobkyně o prominutí penále, které bylo stanoveno dodatečnými platebními výměry ze dne 12.07.2017, č. j. 3381942/17/3007-50524-704522, ze dne 12. 7. 2017, č. j. 3381974/17/3007-50524-704522, ze dne 12. 7. 2017, č. j. 3382005/17/3007-50524-704522, ze dne 12. 7. 2017, č. j. 3382030/17/3007-50524-704522, a ze dne 6. 9. 2017, č. j. 3953088/17/3007-50524-704522, za zdaňovací období únor, březen, duben a prosinec 2013 a září 2014, které vydal Finanční úřad pro Jihomoravský kraj, zrušuje a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
II. Ve zbytku se žaloba zamítá.
III. Žalovaný je povinen uhradit žalobkyni náklady řízení ve výši 10 668,35 Kč ve lhůtě do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám žalobkyně.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
1. Žalobkyně podala žádost o prominutí penále ve smyslu § 259a odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, které správce daně stanovil v souvislosti s doměřením daně z přidané hodnoty (dále „DPH“) za zdaňovací období únor, březen, duben a prosinec 2013 a červenec, srpen, září, říjen, listopad, prosinec 2014 a daně z příjmů za zdaňovací období rok 2013 a 2014. Žalovaný rozhodl v záhlaví uvedenými napadenými rozhodnutími, jimiž žádost žalobkyně zamítl z důvodu, že podle § 259a odst. 2 daňového řádu byla mimořádně závažným způsobem porušována součinnost žalobkyně, v rámci postupu vedoucího k doměření daně z moci úřední. Žalobkyně proti těmto napadeným rozhodnutím podala žalobu ke zdejšímu soudu.
2. Zdejší soud v rozhodnutí ze dne 19. 12. 2023, č. j. 29 Af 83/2021-40, žalobě vyhověl a zrušil napadená rozhodnutí, neboť vycházel ze skutečnosti, že na základě rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 5. 2022, č. j. 6 Afs 27/2021-37, a ze dne 11. 1. 2023, č. j. 8 Afs 27/2021-67, byly zrušeny odvolací rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství, kterými byly zamítnuty odvolání žalobkyně proti dodatečným platebním výměrům (ve vztahu k dani z příjmů 2013 odvolací rozhodnutí dodatečný platební výměr změnilo). Zdejší soud ve výše uvedeném rozhodnutí dospěl proto k závěru, že nastala taková situace, kdy přezkoumávaná rozhodnutí o prominutí penále nemají oporu v pravomocně stanovené daňové povinnosti.
3. Proti tomuto rozhodnutí zdejšího soudu podala žalobkyně kasační stížnost, které Nejvyšší správní soud vyhověl v rozsudku ze dne 21. 5. 2025, č. j. 9 Afs 28/2024-33, a mj. uvedl, že pro rozhodování o prominutí penále není striktně vzato nutné, aby penále nebo daň, ze které penále vychází, byly stanoveny pravomocně.
II. Shrnutí argumentů obsažených v žalobě
4. Žalobkyně předně vyjádřila nesouhlas s napadeným rozhodnutím a odkázala na § 259c daňového řádu, ze kterého dovozuje, že penále nelze prominout, pokud daňový subjekt nebo osoba, která je členem jeho statutárního orgánu, v posledních 3 letech závažným způsobem porušily daňové nebo účetní právní předpisy. Žalovaný k tomu zmínil pokyn GFŘ-D-47 k promíjení příslušenství daně, č. j. 15921/21/7700-10123-050167, nicméně se vůbec nezabýval procenty uvedenými v čl. IV, od kterých se odvíjí rozsah v jakém lze penále prominout.
5. Skutečnosti popsané žalovaným spočívající v nezahrnutí fiktivních přijatých daňových dokladů do odpočtu DPH na vstupu a do daňových dokladů u daně z příjmů právnických osob nemohou být důvodem pro 100% neprominutí penále, neboť doměření DPH a daně z příjmů nestojí pouze na fiktivních přijatých daňových dokladech. Žalovaný měl učinit správní úvahu, v rámci které měl penále rozdělit na část týkající se doměřených daní z fiktivních přijatých daňových dokladů a na penále týkající se doměření DPH a daně z příjmů z ostatních skutečnosti daně (zde měl penále prominout v 75 %).
6. Žalovaný měl postupovat podle § 259a odst. 2 téhož zákona a měl žalobkyni prominout penále alespoň zčásti ve výši 30 %, nebo měl učinit správní úvahu, z jakého důvodu žalobkyni nelze prominout penále vůbec. Žalobkyně odkázala na rozsudek zdejšího soudu ze dne 29. 6. 2021, č. j. 29 Af 36/2019-80, a uvedla, že rozsah součinnosti je zákonným kritériem pro posouzení rozsahu prominutí penále podle § 259a odst. 2 daňového řádu. Poukázala také na to, že hodnocení věci v sobě zahrnuje posouzení, zda a v jakých případech lze při posuzování ospravedlnitelnosti důvodů vyjít z důvodů uvedených v pokynu GFŘ-D-47. Žalovaný jednal svévolně, pokud se pokynem neřídil.
7. Pokud tedy u žalobkyně došlo k doměření daní z fiktivních dokladů a z ostatních skutečností, nezbavuje to žalovaného povinnosti posoudit a odůvodnit, zda prominutí penále lze považovat za důvodné podle § 259a a § 259c daňového řádu, a zda jsou splněny podmínky pro částečné prominutí penále uvedené v pokynu GFŘ-D-47. Žalobkyně navrhla, aby soud obě napadená rozhodnutí zrušil a vrátil věc správnímu orgánu k dalšímu řízení.
III. Vyjádření žalovaného
8. Žalovaný uvedl, že postup finančních orgánů při promíjení příslušenství daně upravuje Pokyn GFŘ-D-47 a zákonná úprava obsažena v § 259a a § 259c daňového řádu. Žalovaný postupoval podle zákona a respektoval též požadavky obsažené v pokynu. Daňový řád v § 259a uvádí formální požadavky kladené na žádost a v § 259c pak požadavky na meritorní posouzení věci. V ustanovení § 259c odst. 2 je pak definována vylučovací podmínka, při jejímž naplnění není možné příslušenství daně prominout. Podle tohoto ustanovení není možné penále prominout, pokud daňový subjekt nebo osoba, která je členem statutárního orgánu, v posledních 3 letech závažným způsobem porušily daňové nebo účetní právní předpisy.
9. Žalovaný uvádí, že při opětovném posouzení věci po zrušení předchozích jeho rozhodnutí zdejším soudem respektoval právní názor soudu, dle kterého žalovaný nepostupoval správně, pokud do vyhodnocení závažného porušení právních předpisů zahrnul porušení právních předpisů, které tvoří skutkový základ pro uložení penále. Současně respektoval názor soudu, že ačkoliv všechny skutečnosti uvedené správcem daně v jeho rozhodnutích nemohly být podřazeny a vyhodnoceny jako závažné porušení podle § 259c odst. 2 daňového řádu, měly být zohledněny při posuzování intenzity porušení podle § 259a odst. 2 tohoto zákona.
10. Žalobkyní v žalobě zmiňovaný důvod pro neprominutí penále spočívající v závažném porušení daňových nebo účetních právních předpisů nebyl v případě opakovaného posouzení žádosti důvodem pro rozhodnutí. Žalobkyně jako důvody shodně namítá tvrdost penále, přičemž v odůvodnění odkazuje na směrnici o převodních cenách pro nadnárodní podniky a daňové zprávy, konkrétně Zprávy Komise pro fiskální záležitosti OECD. K namítané tvrdosti žalovaný konstatuje, že tvrdost penále není zákonným důvodem pro jeho prominutí. V souvislosti se zmíněnou směrnicí správce daně uvedl, že směrnice řeší otázku tvrdosti penále v souvislosti s neúmyslnou chybou. Jiné důvody žalobkyně neuvedla. Ve vztahu k součinnosti daňového subjektu žalovaný konstatoval, že opakované předkládání fiktivních faktur jako důkazního prostředku prominutí má za následek, že je na místě daňovému subjektu nevyhovět.
11. Žalovaný navrhl, aby soud žalobu zamítl.
IV. Vyjádření žalovaného ze dne 17. 9. 2025
12. V novém vyjádření ze dne 17. 9. 2025 žalovaný reagoval na nové procesní skutečnosti. K rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 28/2024-33, který zrušil první rozhodnutí zdejšího soudu v této věci, žalovaný uvedl, že jej akceptuje stran podmíněnosti rozhodnutí o prominutí penále „existencí“ rozhodnutí o stanovení daně ve smyslu § 75 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále „s. ř. s.“). Též se domnívá, že v posuzovaném případě se jedná o samostatné výroky, kdy není rozhodující, zda je o prominutí penále, které je vztaženo k více daním či zdaňovacím obdobím, rozhodování jedním správním aktem. Žalovaný odkázal na nová odvolací rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství, kterými byly v průběhu řízení před správními soudy zrušeny, změněny, nebo potvrzeny dodatečné platební výměry. Podle Nejvyššího správního soudu může krajský soud vycházet ze spisového materiálu, aniž by písemnosti dokazoval. Ve vztahu ke stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2013 je nutno vycházet ze skutečnosti, že daň již byla stanovena pravomocně. Změna vybraných rozhodnutí však nemá vliv na věcné posouzení rozhodnutí o prominutí penále jako takových, neboť jimi došlo k zamítnutí žádostí, aniž by bylo rozhodné, v jaké definitivní výši bylo penále stanoveno.
13. Žalovaný navrhl, aby soud zohlednil zrušení některých rozhodnutí o stanovení DPH, tedy v případě té části rozhodnutí o prominutí penále, která ztratila svůj podklad ve smyslu § 75 odst. 1 s. ř. s, a rozhodl o jejím zrušení pro nepřezkoumatelnost. Ve zbylé části pak, aby soud žalobu zamítl.
V. Posouzení věci soudem
14. Soud za splnění podmínek pro rozhodnutí ve věci bez nařízení ústního jednání (§ 51 s. ř. s.) přezkoumal v mezích žalobních bodů (§ 75 odst. 2 s. ř. s.) napadené rozhodnutí žalovaného a dospěl k závěru, že žaloba je zčásti důvodná (§ 78 odst. 1 s. ř. s.).
V.I Procesní vývoj
15. Dne 18. 11. 2015 byla zahájena daňová kontrola DPH za zdaňovací období listopad a prosinec 2012, leden až prosinec 2013 a leden až prosinec 2014, viz protokol č. j. 4022924/15/3007-60562-710308. Ve vztahu ke zdaňovacím obdobím únor, březen, duben a prosinec 2013 a leden až prosinec 2014 vydal správce daně 10 dodatečných platebních výměrů:
- ze dne 12. 7. 2017, č. j. 3381942/17/3007-50524-704522 (únor 2013),
- ze dne 12. 7. 2017, č. j. 3381974/17/3007-50524-704522 (březen 2013),
- ze dne 12. 7. 2017, č. j. 3382005/17/3007-50524-704522 (duben 2013),
- ze dne 12. 7. 2017, č. j. 3382030/17/3007-50524-704522 (prosinec 2013),
- ze dne 6. 9. 2017, č. j. 3952628/17/3007-50524-704522 (červenec 2014),
- ze dne 6. 9. 2017, č. j. 3953039/17/3007-50524-704522 (srpen 2014),
- ze dne 6. 9. 2017, č. j. 3953088/17/3007-50524-704522 (září 2014),
- ze dne 6. 9. 2017, č. j. 3953116/17/3007-50524-704522 (říjen 2014),
- ze dne 6. 9. 2017, č. j. 3953137/17/3007-50524-704522 (listopad 2014),
- ze dne 6. 9. 2017, č. j. 3953176/17/3007-50524-704522 (prosinec 2014).
16. Dne 1. 5. 2019 podal zástupce daňového subjektu žádost o prominutí penále ve výši 185 610 Kč, tj. 75 % z celkové částky doměřeného penále. Dne 19. 7. 2019 vydal správce daně rozhodnutí ve věci prominutí příslušenství daně. Proti němu bylo vedeno řízení u zdejšího soudu pod sp. zn. 29 Af 83/2019. Soud rozhodnutí zrušil a věc vrátil správci daně k dalšímu řízení (z důvodu nesprávného postupu při hodnocení součinnosti žalobkyně, kdy žalovaný měl postupovat podle § 259a odst. 2, nikoliv podle § 259c odst. 2 daňového řádu). V návaznosti na to správce daně vydal rozhodnutí dne 20. 10. 2021, č. j. 4200445/21/3007-50524-709553 (dále „napadené rozhodnutí 1“) a tuto vytýkanou vadu napravil a žádost žalobkyně znovu zamítl.
17. Dne 18. 11. 2015 byla zahájena daňová kontrola daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2013 a 2014, viz protokol č. j. 4022924/15/3007-60562-710308. Na základě kontrolních zjištění vydal správce daně dva dodatečné platební výměry dne 12. 7. 2017, č. j. 3381806/17/3007-50524-704522 a ze dne 7. 9. 2017, č. j. 3953486/17/3007-50524-704522. Dne 26. 11. 2018 podal zástupce daňového subjektu žádost o prominutí penále ve výši 205 086 Kč, tj. 75 % z celkové částky doměřeného penále. Dne 19. 2. 2019 vydal správce daně rozhodnutí ve věci prominutí příslušenství daně, které bylo následně předmětem řízení u zdejšího soudu, vedeného pod sp. zn. 29 Af 36/2019. Soud rozhodnutí zrušil a věc vrátil správci daně k dalšímu řízení (ze stejného důvodu, který byl uveden v předchozím odstavci). Dne 20. 10. 2021 správce daně vydal nové rozhodnutí, č. j. 4199376/21/3007-50524-709553 (dále „napadené rozhodnutí 2“), ve věci prominutí příslušenství daně, ve kterém vytýkané pochybení napravil a žádost žalobkyně znovu zamítl.
18. Výše uvedená napadená rozhodnutí byla již předmětem řízení u zdejšího soudu, přičemž rozsudkem ze dne 19. 12. 2023, č. j. 29 Af 83/2021-41, je zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. Soud přihlédl k tomu, že Nejvyšším správním soudem bylo v mezidobí zrušeno rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 12. 9. 2018, č. j. 39445/18/5300-211443-702551, kterým bylo zamítnuto odvolání žalobkyně proti dodatečným platebním výměrům na DPH uvedeným v bodě 15 tohoto rozhodnutí; dále Nejvyšší správní soud zrušil rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 17. 10. 2018, č. j. 45996/18/5200-11432-709409, kterým byl změněn dodatečný platební výměr k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2013 – č. j. 3381806/17/3007-50524-704522, tak, že odvolací orgán zvýšil doměřenou daň. Zdejší soud ve svém původním rozsudku naznal, že vzhledem k tomu, že po rozhodnutí odvolacího orgánu nebylo penále pravomocně stanoveno (vyjma zdaňovacího období 2014 u dani z příjmů), není možné rozhodovat o prominutí penále.
19. Na základě kasační stížnosti žalobkyně nicméně Nejvyšší správní soud názor zdejšího soudu korigoval a rozhodl dne 21. 8. 2025, č. j. 9 Afs 28/2024-33, o zrušení výše uvedeného rozsudku zdejšího soudu a vrátil mu věc k opětovnému projednání. Ve zkratce Nejvyšší správní soud vytkl, že podmínkou pro rozhodování o prominutí penále není pravomocně stanovená daňová povinnost.
20. Zdejší soud proto nyní rozhoduje podruhé a vychází ze závěrů plynoucích ze zrušujícího rozsudku Nejvyššího správního soudu, přičemž považuje v nyní projednávaném případě za rozhodné, že podmínky rozhodování o prominutí penále jsou primárně formální – podání žádosti, uhrazení daně, v důsledku jejíhož doměřené vznikla povinnost uhradit penále, a dodržení lhůty pro podání žádosti. Uhrazení daně přitom není podmíněno jejím pravomocným stanovením. Nejvyšší správní soud nicméně též uznal, že sice není potřeba, aby byla daň stanovena pravomocně, rozhodování o prominutí penále je však stále podmíněné rozhodnutím o stanovení daně, resp. o povinnosti uhradit penále ve smyslu rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 1. 2025, č. j. 6 Afs 292/2018-39. Při soudním přezkumu rozhodnutí ve věci prominutí tak soud musí přihlédnout ke změně či dokonce zrušení rozhodnutí ve věci stanovení daně a penále. Pokud dojde např. ke snížení daně v odvolacím řízení, ve smyslu § 259a odst. 2 daňového řádu by mělo být toto snížení zohledněno i v řízení o prominutí penále, neboť porušení daňových předpisů mohlo ztratit na intenzitě, což by se mohlo odrazit v posuzování žádosti o prominutí penále.
V.II Důvody pro zamítnutí žádosti žalobkyně o prominutí penále
21. Krajský soud tedy opětovně posoudil zákonnost rozhodnutí ve věci neprominutí penále, včetně toho, zda a případně jaký měly na tuto zákonnost vliv zrušení a změna některých dodatečných platebních výměrů.
22. Nejprve se soud zaměřil na zákonnost napadených rozhodnutí ve vztahu k věcnému posouzení žádostí o prominutí penále.
23. Podle § 259a odst. 2 daňového řádu: „Správce daně na základě posouzení rozsahu součinnosti daňového subjektu v rámci postupu vedoucího k doměření daně z moci úřední může prominout až 75 % penále. Správce daně může zcela nebo zčásti prominout penále také, pokud k příčině jeho vzniku došlo z důvodu, který lze s přihlédnutím k okolnostem daného případu ospravedlnit. Při prominutí není správce daně vázán návrhem daňového subjektu.“
24. Podle § 259c odst. 2 daňového řádu: „Prominutí daně nebo příslušenství daně není možné, pokud daňový subjekt nebo osoba, která je členem jeho statutárního orgánu, v posledních 3 letech závažným způsobem porušil daňové nebo účetní právní předpisy.“
25. Do vyhodnocení porušení právních předpisů podle § 259c odst. 2 daňového řádu nelze zahrnout porušení právních předpisů, které tvoří skutkový a právní základ pro uložení penále. Proto v původním rozhodnutí zdejší soud původní rozhodnutí žalovaného zrušil. Žalovaný nově rozhodl v napadených rozhodnutích o zamítnutí žádostí vyhodnotil tyto „zdrojové“ skutečnosti v rámci posouzení podle § 259a odst. 2 daňového řádu. V souladu s judikaturou je totiž správce daně oprávněn zohlednit povahu, intenzitu či jiné okolnosti zdrojového jednání, které vznik příslušenství vyvolalo podle § 259a odst. 2 daňového řádu, což může vést až k zamítnutí žádosti. K tomuto názoru dospívá též Nevyšší správní soud např. v rozsudku ze dne 2. 8. 2017, č. j. 2 Afs 62/2017-37, cit.: „[v] rámci správního uvážení správce daně může přihlédnout k povaze porušení daňových nebo účetních právních předpisů, jež je skutkovým a právním základem penále, o jehož prominutí daňový subjekt žádá, a s ohledem na povahu, intenzitu či jiné okolnosti tohoto porušení penále neprominout i přesto, že z pohledu podmínky podle § 259c odst. 2 a 3 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu (závažné porušení daňových nebo účetních právních předpisů jako překážka prominutí daně nebo příslušenství daně), by toto porušení bylo irelevantní.“ V rámci tohoto správního uvážení pak může správce daně zohlednit právě i specifické okolnosti porušení právních předpisů, které vedly k uložení povinnosti platit penále. Žalovaný toto kritérium aplikoval a dovodil, že pro povahu a intenzitu porušení daňových předpisů nelze v případě žalobkyně penále prominout v žádném rozsahu.
26. Žalovaný v napadených rozhodnutích uvedl, že rozsah prominutí penále se odvíjí od rozsahu součinnosti daňového subjektu v rámci postupu vedoucího k doměření daně z moci úřední, v tomto případě v rámci daňové kontroly. Správce daně tak považoval za rozhodné, že v průběhu daňové kontroly opakovaně zjišťoval, že žalobkyně předkládala důkazní prostředky, které měly charakter fiktivních soupisů provedených prací a předávacích protokolů, a na základě těchto dokumentů že byly vystaveny fiktivní daňové doklady, jejichž účelem bylo uplatnění nároku na odpočet ve vztahu k DPH a ve vztahu k dani z příjmů z příjmů snížení základu daně. Uzavřel, že jednatelé žalobkyně nepochybně věděli, že se účastní pochybných obchodů a snažili se správce daně přesvědčit, že obchody proběhly tak, jak je uvedeno na daňových dokladech. To považoval správce daně za mimořádně závažné porušení součinnosti, které vylučuje jakékoliv prominutí penále.
27. Žalobkyně v žádosti uvedla, že penále bylo automaticky uplatněno na jakékoliv pochybení se zaplacením daně, aniž by byly rozlišeny důvody, vedoucí ke vzniku dlužné částky DPH. Podle žalobní argumentace žalobkyně fiktivní doklady nebyly jediným důvodem pro doměření daně. Žalobkyně však neuvedla, jaké jiné konkrétní důvody pro doměření daně má na mysli. Ze zpráv o daňových kontrolách vyplývá zcela jednoznačně, že žalobkyně vědomě uváděla fiktivní daňové doklady ve vztahu ke všem zakázkám, které byly předmětem šetření daňové kontroly, co se týče DPH. Ve vztahu k DPH žádné jiné důvody pro doměření soud neshledal, neboť každá zakázka, kterou správce daně prošetřoval jevila znaky nepoctivého jednání daňového subjektu. Tuto skutečnost správce daně posuzoval v rámci kritéria rozsahu součinnosti daňového subjektu v rámci postupu vedoucího k doměření daně z moci úřední, přičemž součinnost daňového subjektu považoval za mimořádně závažné porušení této součinnosti. Správce daně v rámci daňové kontroly prověřoval skutečnosti ohledně zakázek, o kterých měl pochybnosti a které se týkaly především úklidových prací. Přitom zjistil, že práce se neuskutečnily tak, jak bylo žalobkyní deklarováno, a že žalobkyně předkládala fiktivní soupisy prací, smlouvy a z toho vzniklé daňové doklady. Pokud má žalobkyně na mysli doměření daně z příjmů, konkrétně v souvislosti s neoprávněně uplatněnými daňovými odpisy, cenou nájemného a snížení ceny výsledného díla (viz str. 89-103 Zprávy o daňové kontrole za rok 2014 a str. 32-45 Zprávy o daňové kontrole za rok 2013), ve vztahu k těmto daňovým případům primárně nebyly předkládány fiktivní daňové doklady. Nicméně z širšího kontextu celé daňové kontroly lze souhlasit se závěrem žalovaného, že součinnost daňového subjektu byla v rámci daňového řízení porušována. Správce daně podrobil sice korekci rovněž uplatněné odpisy hmotného majetku, či nájmu, které nebyly doměřeny v souvislosti fiktivními doklady. Tato skutečnost však nemá významný vliv na charakter součinnosti žalobkyně v průběhu celé daňové kontroly.
28. Soud rovněž respektoval, že rozhodnutí o prominutí daně, resp. příslušenství daně, je rozhodnutím vydaným na základě správního uvážení. I když prostor pro úvahu správního orgánu není absolutně neomezený, krajský soud neshledal, že by žalovaný překročil meze správního uvážení, nebo že by správní uvážení zneužil, a rozhodl tak svévolně. Soud souhlasil se závěrem žalovaného, že v situaci, kdy daňový subjekt v rámci daňové kontroly opakovaně předkládal fiktivní doklady, s cílem dosáhnout daňové výhody, je logické, že žalovaný tyto skutečnosti hodnotil jako závažné porušení řádného výkonu správy daní ve smyslu bodu IV. 1. pokynu GFŘ-D-47. Lze souhlasit se žalovaným, že jednání žalobkyně v průběhu daňové kontroly může představovat v posuzovaném případě překážku pro prominutí penále. Pokud tedy žalovaný v posuzované věci penále stěžovateli neprominul, soud v této věci neshledal exces správního uvážení.
V.III) Změny dodatečných platebních výměrů, ke kterým došlo v době původního rozhodování zdejšího soudu a jejich možný vliv na zákonnost napadených rozhodnutí
29. Následně krajský soud prověřoval, zda na zákonnost rozhodnutí ve věci neprominutí penále mělo vliv zrušení a změna některých dodatečných platebních výměrů. Je sice pravda, že zrušení či změna dodatečných platebních výměrů nastala až po vydání napadeného rozhodnutí a správní soud přitom při přezkumu rozhodnutí vychází ze skutkového a právního stavu, jaký tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 odst. 1 s. ř. s.). Nicméně k těmto novým skutečnostem je povinen přihlédnout. Je nutno uvažovat tak, že původní rozhodnutí správních orgánů byla nezákonná od samého počátku, tedy i v době vydání napadeného rozhodnutí. Skutečnost, že tato nezákonnost byla autoritativně zjištěna až později, není významná a není prolomením zásady vyjádřené v § 75 odst. 1 s. ř. s.
30. Odvolací finanční ředitelství dne 13. 2. 2023, č. j. 2223/23/5300-21443-702551, zrušilo dodatečné platební výměry ve vztahu k DPH a penále za zdaňovací období únor, březen, duben a prosinec 2013 a září 2014.
31. Rozhodnutím ze dne 13. 2. 2023, č. j. 3194/23/5300-21443-702551, změnilo Odvolací finanční ředitelství dodatečné platební výměry ve vztahu k DPH za zdaňovací období srpen, říjen a listopad 2014 tak, že snížilo doměřenou dan i penále.
32. Rozhodnutím č. j. 3195/23/5300-21443-702551, pak Odvolací finanční ředitelství zamítlo odvolání ve vztahu k DPH a penále za zdaňovací období červenec a prosinec 2014 a dodatečné platební výměry potvrdilo.
33. Lze tedy shrnout, jak uvedl Nejvyšší správní soud v rozhodnutí, č. j. 9 Afs 28/2024-33, v době původního rozhodování zdejšího soudu:
- DPH a penále (únor, březen, duben a prosinec 2013 a září 2014) zanikly,
- DPH a penále (srpen, říjen a listopad 2014) byly sníženy,
- DPH a penále (červenec a prosinec 2014) a daň z příjmu a penále (2014) byly pravomocně stanoveny, resp. uloženy v původní výši a novým odvolacím rozhodnutím nezměněny,
- daň z příjmu a penále (2013) byly stanoveny nepravomocně (k tomu soud nyní sděluje, že je daň již pravomocná, neboť Odvolací finanční ředitelství vydalo rozhodnutí dne 8. 3. 2024, č. j. 5610/24/5200-11432-70068, jímž snížilo daň).
34. Soud uzavírá, že dodatečné platební výměry, které byly zrušeny nově vydaným rozhodnutím o odvolání, jsou rozhodnutí, které podmiňují vydání napadeného rozhodnutí, neboť právě těmito dodatečnými platebními výměry byla stanovena daňová povinnost, která již v tuto chvíli neexistuje. Krajský soud vychází z judikatury Nejvyššího správního soudu, č. j. 9 Afs 28/2024-33; dále rozsudek ze dne 21. 8. 2025, č. j. 6 Afs 292/2018-39 či bod 27 usnesení ze dne 22. 10. 2019, č. j. 6 As 211/2017-88, a opírá se nyní o závěr, že pokud přestalo existovat pravomocné rozhodnutí o doměření daně a zanikla těž povinnost platit penále, je to důvod pro zrušení napadeného rozhodnutí o neprominutí penále pro nezákonnost. Pokud soud v řízení, jehož předmětem byla zákonnost rozhodnutí ve věci prominutí penále, zjistil, že rozhodnutí správce daně o odvolání proti rozhodnutí o stanovení vlastní daňové povinnosti bylo pravomocně zrušeno, může z této skutečnosti vycházet (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 5. 2007, č. j. 2 Afs 30/2007-68). Napadené rozhodnutí 1 soud tedy zrušil ve výroku I. tohoto rozsudku v rozsahu, ve kterém byla zamítnuta žádost žalobkyně o prominutí penále ve vztahu k dodatečným platebním výměrům č. j. 3381942/17/3007-50524-704522, č. j. 3381974/17/3007-50524-704522, č. j. 3382005/17/3007-50524-704522, č. j. 3382030/17/3007-50524-704522 a č. j. 3953088/17/3007-50524-704522 (DPH únor, březen, duben a prosinec 2013 a září 2014), neboť tu není žádná daňová povinnost.
35. V ostatních případech napadená rozhodnutí obstojí. Změny dodatečných platebních výměrů, ke kterým došlo na základě nového odvolacího rozhodnutí ze dne 13. 2. 2023, č. j. 3194/23/5300-21443-702551, jímž byly změněny dodatečné platební výměry č. j. 3953039/17/3007-50524-704522 (srpen 2014 DPH), č. j. 3953116/17/3007-50524-704522 (říjen 2014 DPH), a č. j. 3953137/17/3007-50524-704522 (listopad 2014 DPH), nepředstavovaly takové změny, které by zpochybnily důvody, pro něž se správce daně rozhodl žádost o prominutí penále zamítnout napadenými rozhodnutími. Na základě tohoto nového odvolacího rozhodnutí totiž došlo ke snížení daně především z důvodu, že původní daňové řízení nebylo vedeno s ohledem na závěry plynoucí z rozhodnutí Soudního dvora Evropské unie Kemwater, tedy dokazování mělo být vedeno i tím směrem, zda je skutečným dodavatelem jiná osoba, než je uvedeno na žalobkyní předložených daňových dokladech a zda tato je zároveň plátcem DPH (viz bod 68 a 72 zmíněného odvolacího rozhodnutí). To však neznamená, že by důvod pro neprominutí daně uvedený v napadeném rozhodnutí byl zpochybněn, a o snížení daně, resp. penále nemůže být uvažováno jako o skutečnosti, která měla za následek snížení závažnosti jednání žalobkyně ve vztahu k součinnosti při daňových kontrolách, neboť na skutečnosti, že předkládala fiktivní doklady snížení daně nic nezměnilo. Ke snížení daně došlo, protože další dokazování nepovažoval odvolací orgán za účelné vzhledem k blížícímu se uplynutí lhůty pro stanovení daně. To samé lze dovozovat ve vztahu k novému odvolacímu rozhodnutí ze dne 8. 3. 2024, č. j. 5610/24/5200-11432-700681, kterým byl změněn dodatečný platební výměr na daň z příjmů za rok 2013, č. j. 3381806/17/3007-50524-704522, kdy došlo k uznání výnosů týkajících se dvou zakázek s přihlédnutím k dohodě o narovnání, jíž byla zvýšena cena zakázky. Tato změna nicméně rovněž neměla vliv na to, že i v rámci daňové kontroly za rok 2013 žalobkyně předkládala fiktivní doklady v souvislosti s ostatními řešenými zakázkami a snížení daně nemělo na rozsah součinnosti žalobkyně vliv. Soud z napadených rozhodnutí zjistil, že v nyní projednávaném případě nebyla pro neprominutí penále rozhodující výše daňové povinnosti, ale žalovaný postavil své rozhodnutí o zamítnutí penále výlučně na důvodu, že žalobkyně neprojevila v rámci daňových kontrol součinnost při správě daní.
36. Soud na tomto místě poznamenal, že přistoupil ke zrušení části napadeného rozhodnutí, neboť dospěl k závěru, že tato část obstojí jako samostatné rozhodnutí. K tomu soud nejprve uvádí, že vycházel z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 7. 2008, č.j. 2 As 45/2008-60, cit.: „[v] případě, že ve formálně jednotném rozhodnutí správního orgánu je obsaženo více materiálních rozhodnutí, je třeba provést test jejich oddělitelnosti a rozhodnout, zda tato rozhodnutí jsou vůči sobě v závislém vztahu nebo zda jsou (mohou být) na sobě zcela nezávislá. Jinak řečeno, zda oddělením jedné části rozhodnutí od zbytku rozhodnutí (oddělení jednoho materiálního rozhodnutí od druhého, popř. ostatních materiálních rozhodnutí) se nestane rozhodnutí jako celek (rozhodnutí ve formálním smyslu) nebo zbylá část tohoto rozhodnutí nezákonnou nebo nelogickou.“ Napadená rozhodnutí o prominutí penále na DPH a daň z příjmů se vztahují k různým zdaňovacím obdobím, pro které byly vydány jednotlivé dodatečné platební výměry. Z napadených rozhodnutí přitom vyplývá, že penále se vztahují k různým daním a zdaňovacím obdobím a jsou od sebe oddělitelné, neboť se každé týká doměření za jedno zdaňovací období na základě samostatného dodatečného platebního výměru. Vzhledem k tomu, že penále bylo předepsáno ze stejných důvodů u každého zdaňovacího období a u dvou typů daně, pouze z důvodu procesní ekonomie o nich žalovaný rozhodl společně, pokud bude oddělena ta část ve vztahu k některým dodatečným platebním výměrům, které byly později zrušeny, odůvodnění zůstane ucelené a logické, neboť důvody pro zamítnutí žádosti o prominutí penále byly ve vztahu ke všem dodatečným platebním výměrům stejné. Po zrušení této části pak bude ve zbytku dále platit rozhodnutí žalovaného, že ve vztahu ke zbývajícím dodatečným platebním výměrům stále platí v něm uvedené důvody pro jejich zamítnutí.
VI. Závěr a náklady řízení
37. Z výše uvedených důvodů soud vyhověl žalobě v části týkající se zamítnutí žádosti žalobkyně o prominutí daně ve vztahu k penále k DPH za zdaňovací období únor, březen, duben a prosinec 2013 a září 2014, a zrušil proto v této vymezené části napadené rozhodnutí žalovaného a věc mu v tomto rozsahu vrátil k dalšímu řízení (§ 78 odst. 1 s. ř. s.). Žalobu ve zbytku zamítl (§ 78 odst. 7 s. ř. s.).
38. Výrok o náhradě nákladů řízení je odůvodněn § 60 odst. 1 s. ř. s., podle kterého má účastník, který měl ve věci úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem. Měl-li úspěch jen částečný, přizná mu soud právo na náhradu poměrné části nákladů. Pro výrok o náhradě nákladů řízení je rozhodující konečný výsledek ve věci (v řízení před krajským soudem), nikoliv dílčí výsledek řízení o kasační stížnosti.
39. Náhrada nákladů řízení je dána soudními poplatky zaplacenými žalobkyní ve výši 6 000 Kč (žaloba proti dvěma rozhodnutím) a dále náhradou nákladů právního zastoupení žalobkyně daňovým poradcem Ing. Radkem Lančíkem. Výše náhrady odměny advokáta za zastupování se stanoví v souladu s § 35 odst. 2 s. ř. s. dle vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve znění pozdějších předpisů (dále jen „advokátní tarif“). Odměna advokáta činí za každý úkon právní služby 3 100 Kč [§ 7, § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu]. Dále mu náleží ke každému z úkonů právní služby náhrada hotových výdajů ve výši 300 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu). Tato částka se dále zvyšuje o 21% daň z přidané hodnoty, jelikož daňový poradce je plátcem této daně (§ 57 odst. 2 s. ř. s.). Daňový poradce v prvním řízení před zdejším soudem učinil za žalobkyni dva úkony právní služby (převzetí a příprava zastoupení a podání žaloby) a v řízení o kasační stížnosti jeden úkon právní služby (vyjádření ke kasační stížnosti). Tarifní hodnota úkonu přitom činí 100 000 Kč, neboť jde o žalobu proti dvěma rozhodnutím [podle § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu ve spojení s § 12 odst. 3 advokátního tarifu]. Odměna za jeden úkon právní pomoci proto činí 5 100 Kč. Celkem tedy odměna daňového poradce činí (3 x 5 100) + (3 x 300) = 16 200 Kč. Po přičtení DPH činí odměna daňového poradce 19 602 Kč. Spolu se soudním poplatkem činí náhrada nákladů řízení celkem 25 602 Kč. Vzhledem k tomu, že ve věci byli žalobkyně a žalovaný částečně úspěšní, rozdělil soud náhradu nákladů řízení poměrně úspěchu ve věci. Žalobkyně se domohla zrušení ve vztahu k pěti dodatečným platebním výměrům z dvanácti. Soud proto přiznal žalobkyni náhradu nákladů řízení ve výši 41,67 %, tj. 10 668,35 Kč.
Poučení:
Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.
Brno 29. října 2025
Zuzana Bystřická v.r.
předsedkyně senátu