3 Af 1/2026 - 28 – Kvalifikovaný výpočet spotřeby nafty není důvodem obnovy řízení

Číslo jednací: 3 Af 1/2026 - 28
Soud: Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí: 26. 5. 2026
Kategorie: Daně - ostatní
Stáhnout PDF

Stručné shrnutí

Společnost žádala obnovu pravomocně skončeného řízení o vrácení spotřební daně z minerálních olejů („zelená nafta“). Opírala se o pozdější zjištění, že skutečnou spotřebu lze prokazovat i kvalifikovaným výpočtem. Městský soud v Praze potvrdil, že ani pozdější judikatura, ani důkaz, který měla společnost k dispozici již v původním řízení, nejsou důvodem obnovy podle § 117 daňového řádu.

O co šlo

Celní orgány dříve doměřily žalobkyni spotřební daň, kterou jí vrátily na základě nároku na zelenou naftu. Žalobkyně následně navrhla obnovu tohoto řízení. Poukázala na rozsudek NSS č. j. 7 Afs 315/2020-28, podle něhož lze skutečně spotřebovaný minerální olej pro zemědělskou prvovýrobu prokázat také kvalifikovaným výpočtem založeným na objektivních a prokazatelných vstupech. Tvrdila, že takovým výpočtem disponovala, ale v původním řízení jej nepředložila, protože správce daně měl tento způsob dokazování předem odmítat.

Soud zdůraznil, že obnova vyžaduje skutkovou novotu nebo nový důkaz, který existoval již za původního řízení, avšak bez zavinění účastníka či správce daně nemohl být uplatněn. Neslouží naproti tomu k nápravě právních vad nebo k promítnutí pozdější změny výkladu práva do pravomocně uzavřených věcí. Soudní rozsudek proto představuje právní názor, nikoli nový důkaz či novou skutkovou okolnost. [12–13]

Kvalifikovaný výpočet nemohl obstát ani samostatně jako nový důkaz: žalobkyně připustila, že jej měla již během původního řízení. Neformální stanovisko správce daně o jeho údajné nedostatečnosti nepředstavovalo objektivní právní ani faktickou překážku jeho předložení. Žalobkyně jej měla navrhnout a případné neakceptování napadnout v odvolání nebo soudní žalobě; odpovídá totiž za volbu důkazních prostředků k prokázání svého tvrzení. [14]

Nadto byl rozsudek NSS, z něhož žalobkyně dovozovala přípustnost výpočtu, zveřejněn ještě před vydáním původního rozhodnutí. Soud proto dovodil, že žalobkyně mohla svůj procesní postup upravit už v původním řízení. Otázku včasnosti návrhu na obnovu již neřešil, protože důvod obnovy vůbec nebyl dán. [15, 17]

Praktický dopad

Daňový subjekt nemá takticky zadržovat důkaz jen proto, že očekává jeho odmítnutí správcem daně. Má předložit všechny dostupné důkazy, včetně alternativních metod prokázání, a včas brojit proti jejich neprovedení či nesprávnému hodnocení. Pozdější judikatura podporující dříve neuplatněnou argumentaci zpravidla neotevře cestu k obnově pravomocně skončeného daňového řízení.

Zajímavost / podnětná myšlenka

Rozhodnutí prakticky rozlišuje mezi skutečnou objektivní nedostupností důkazu a pouhou procesní obavou, že správce daně důkazu neuvěří. Jen první situace může naplnit podmínky obnovy řízení.

Tvrzení soudu

Novým důkazem pro obnovu není důkaz dodatečně vytvořený; musí objektivně existovat již v době původního řízení a být bez zavinění nedostupný. [12]

Rozsudek správního soudu je právním názorem, nikoli novou skutkovou okolností nebo důkazem ve smyslu § 117 odst. 1 písm. a) daňového řádu. [13]

Obnova řízení není prostředkem k nápravě nezákonnosti pravomocného daňového rozhodnutí vyvolané změnou právního výkladu. [12–13]

Neformálně deklarované odmítání určitého důkazu správcem daně nezbavuje daňový subjekt povinnosti tento důkaz navrhnout a následně hájit jeho relevanci procesními prostředky. [14]

Při tvorbě rešerše a komentáře byla částečně využita umělá inteligence. Smyslem rešerše je vystihnout podstatu problému a  zjednodušit tak práci s judikáty. Uvedené závěry a tvrzení vyjadřují jen názor provozovatele stránek a nejsou radou ani doporučením jak v obdobných případech postupovat. Před využitím v konkrétních situacích si důkladně zanalyzujte originální text rozhodnutí či si vyžádejte radu profesionála

Celé znění judikátu:

žalobkyně

proti

žalovanému

CITOVSKÁ LESNÍ s.r.o., IČO: 05359988,

sídlem Citov 173, 751 03 Citov

Ministerstvo financí,

sídlem Letenská 525/15, 118 00 Praha 1

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 11. 2025, č. j. MF-55415/2025/3902-4,

takto:

  1. Žaloba se zamítá.
  2. Žalovanému se náhrada nákladů řízení nepřiznává.

Odůvodnění:

I.

Základ sporu

  1. Žalobkyně se žalobou podle § 65 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní („s. ř. s.“), podanou u Městského soudu v Praze („městský soud“) domáhala zrušení výše označeného rozhodnutí žalovaného. Tímto rozhodnutím bylo zamítnuto odvolání žalobkyně proti rozhodnutí Generálního ředitelství cel ze dne 7. 8. 2025, č. j. 17264-8/2025-900000-24130, kterým byl podle § 119 odst. 1 písm. c) zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, zamítnut návrh žalobkyně na povolení obnovy řízení („prvostupňové rozhodnutí“).
  2. Generální ředitelství cel konkrétně zamítlo návrh žalobkyně na obnovu řízení o doměření spotřební daně z minerálních olejů za zdaňovací období 1. čtvrtletí 2019 – 4. čtvrtletí 2020, které bylo ukončeno jeho rozhodnutím ze dne 3. 10. 2023, č. j. 46260/2023-900000-314 („původní rozhodnutí“); tímto rozhodnutím bylo k odvolání žalobkyně potvrzeno celkem 16 rozhodnutí (dodatečných platebních výměrů) Celního úřadu pro Olomoucký kraj. Žalobkyni byla doměřena spotřební daň z minerálních olejů, která ji byla původně vrácena v rámci uplatněného nároku na vrácení tzv. „zelené nafty“. Novou skutečností, o kterou žalobkyně svůj návrh opřela, byl rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 10. 2022, č. j. 7 Afs 315/2020-28 (s ním se měla žalobkyně seznámit dne 3. 12. 2024), z něhož vyplynul závěr, že „pro prokázání skutečně spotřebovaného minerálního oleje pro zemědělskou prvovýrobu v souvislosti s výpočtem nároku na vrácení spotřební daně podle § 57 č. 353/2003 Sb., o spotřebních daních je možno dostát rovněž kvalifikovaným výpočtem na základě objektivních a prokazatelných vstupních údajů“. Taková možnost prokázání skutečně spotřebovaného množství minerálního oleje (nafty) – ač byla objektivně dostupná – nebyla v době vydání původního rozhodnutí správcem daně umožňována. Generální ředitelství cel návrhu nevyhovělo z důvodu, že žalobkyní uváděnou skutečnost posoudilo jako okolnost právní, a nikoliv skutkovou srov. důvod obnovy řízení podle § 117 odst. 1 písm. a) daňového řádu, který se vztahuje pouze k novotám skutkovým a novým důkazům. Jako další důvod zamítnutí návrhu Generální ředitelství cel uvedlo, že by pro posouzení lhůt pro jeho podání byl beztak podstatný okamžik, kdy se žalobkyně mohla objektivně seznámit s jí odkazovaným rozhodnutím Nejvyššího správního soudu, a nikoliv až okamžik, kdy se s sním skutečně seznámila. Žalobkyně se tak s tímto rozsudkem mohla seznámit ještě před vydáním původního rozhodnutí, a tedy nyní uváděnou argumentaci mohla uplatnit již v původním řízení.
  3. Žalovaný se v napadeném rozhodnutí s důvody, na němž bylo založeno prvostupňové rozhodnutí plně ztotožnil. Ke kvalifikovaným výpočtům spotřeby, které žalobkyně prezentovala ve svém návrhu, doplnil, že se nejedná o nové skutečnosti ani důkazy, které by nemohly být uplatněny v původním řízení. Nadto je žalobkyně ve svém návrhu neoznačila jako skutečnosti odůvodňující obnovu řízení.

II.

Obsah žaloby a vyjádření žalovaného

  1. Žalobkyně ve vztahu k napadenému rozhodnutí zaprvé namítala, že novou skutečností, o kterou opírala svůj návrh na obnovu řízení nebyla samotná judikatura Nejvyššího správního soudu, ale existence kvalifikovaného výpočtu průměrné spotřeby minerálních olejů, který v průběhu původního řízení nebyl navržen (předložen), protože by v řízení nebyl správcem daně jako důkaz připuštěn. Správce daně totiž takový důkazní prostředek dopředu vyloučil (byla zde tedy objektivní překážka uplatnění důkazu). Žalobkyně kvalifikovaným výpočtem sice disponovala již v době původního řízení, ale bez svého zavinění jej nemohl předložit (správce daně totiž výslovně deklaroval, že připouští pouze prokázání skutečné spotřeby).
  2. Zadruhé žalobkyně namítala, že odmítnutí důkazu (kvalifikovaného výpočtu spotřeby) představuje přepjatý formalismus. Dále namítala, že žalovaný a před ním Generální ředitelství cel procesně pochybily, pokud řádně neodůvodnily, proč nepřipustily důkaz kvalifikovaným výpočtem a dále důkaz výslechem pana M. B., jakožto svědka, který měl potvrdit, že správce daně skutečně v původním řízení odmítl, aby spotřeba nafty byla prokazována kvalifikovaným výpočtem.
  3. Žalovaný se s podanou žalobou neztotožnil a navrhl její zamítnutí. Ve vztahu k první žalobní námitce zejména setrval na argumentaci, na níž je založeno již napadené a prvostupňové rozhodnutí. K důvodům obnovy daňového řízení odkázal zejména na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2008, č. j. 2 Afs 98/2007-91, a ze dne 15. 2. 2018, č. j. 5 Afs 84/2017-36. Závěr, že rozsudek soudu, nelze považovat za novou skutkovou okolnost, resp. nový důkaz, potom podle žalovaného potvrzuje rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 10. 2022, č. j. 7 Afs 315/2020-28
  4. Ke druhé žalobní námitce uvedl, že z napadeného i prvostupňového rozhodnutí je zřejmé na základě jakých důvodů správní orgány rozhodly i proč považovaly argumentaci žalobkyně za lichou.

III.

Posouzení žaloby

  1. Městský soud v souladu s § 75 odst. 2 s. ř. s. přezkoumal napadené rozhodnutí v mezích žalobkyní vymezených námitek, vycházel přitom v souladu s § 75 odst. 1 s. ř. s. ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování žalovaného. V souladu s § 51 odst. 1 s. ř. s. rozhodl městský soud bez nařízení jednání, neboť žalobkyně ani žalovaný nijak nereagovali na výzvu podle § 51 s. ř. s., soud má tedy za to, že s takovým postupem souhlasí.
  2. Žaloba není důvodná.
  3. Městský soud se předně zabýval první žalobní námitkou, podle které kvalifikovaný výpočet spotřeby nafty představuje nový důkaz, který odůvodňuje povolení obnovy řízení.
  4. Podle § 117 odst. 1 písm. a) daňového řádu, řízení ukončené pravomocným rozhodnutím správce daně se obnoví na návrh příjemce rozhodnutí, nebo z moci úřední, jestliže vyšly najevo nové skutečnosti nebo důkazy, které nemohly být bez zavinění příjemce rozhodnutí nebo správce daně uplatněny v řízení již dříve a mohly mít podstatný vliv na výrok rozhodnutí.
  5. Městský soud se v tomto ohledu plně ztotožnil s argumentací obsaženou již v prvostupňovém a napadeném rozhodnutí. Dle výše citovaného § 117 odst. 1 písm. a) daňového řádu, mohou být důvodem pro obnovu daňového řízení pouze tzv. skutkové novoty či nové důkazy existující v době původního řízení, které nicméně bez zavinění účastníka řízení nebo správce daně nemohly být v původním řízení uplatněny. Žalovaný v této souvislosti odkázal na přiléhavou judikaturu Nejvyššího správního soudu; konkrétně z jeho rozsudku ze dne 15. 2. 2018, č. j. 5 Afs 84/2017-36, vyplývá, že „novým důkazem ve smyslu § 117 odst. 1 písm. a) daňového řádu není jakýkoli důkaz nově dodatečně vytvořený, ale vždy se musí jednat o důkaz, který již v době daňového řízení objektivně existoval, ale pouze byl z důvodů správcem daně či daňovým subjektem nezaviněných objektivně nedostupný“. Naopak právní novoty nemohou představovat důvod obnovy řízení. Jak uvedl Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 23. 4. 2014, č. j. 6 Afs 2/2014-25, tak „obnova řízení neslouží k nápravě vad řízení či nápravě nezákonností daňového rozhodnutí, ale umožňuje, aby proběhlo řízení nové, v němž budou zohledněny dodatečně vyjevené skutečnosti, důkazy a jiné okolnosti zpochybňující provedené dokazování a posouzení předběžných otázek, s jejichž pomocí bude stanoven nový skutkový základ rozhodnutí“.
  6. Skutečnost, že správní soudy ve své rozhodovací praxi (resp. v konkrétním rozsudku) odmítnou výklad právního předpisu, který v určitém řízení zastával správní orgán, potom představuje právě novou právní, a nikoliv skutkovou okolnost, natož pak nový důkaz. K tomu lze odkázat např. na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 11. 2013, č. j. 7 Afs 90/2013-42, v němž uvedený soud konstatoval, že „na soudní rozsudky je třeba nahlížet nikoliv jako na důkazy (okolnosti osvětlující skutkový stav věci) či nové skutečnosti představující důvod pro povolení obnovy řízení, ale jako na rozhodnutí, jež obsahují úvahy a názory toho kterého soudu na skutkový děj v jimi posuzovaných věcech (na posuzované skutkové okolnosti – důkazy). To znamená, že jde svou povahou výlučně a toliko o právní názor obsahující např. výklad právní normy a hodnocení skutkového stavu té které konkrétní věci.“  Je pochopitelně žádoucí, aby správní orgány upravily svou správní praxi v souladu s výkladem právních předpisů podaným správními soudy. Tak se ale má dít především v „živých“ a budoucích případech; právní úprava obnovy řízení v daňovém řádu nezakládá právo účastníků řízení na to, aby z důvodu změny výkladu právních předpisů byla znovuotevřena již pravomocně skončená řízení (a tedy dalekosáhle zpětně revidována rozhodovací činnost správce daně). Taková možnost sice je dána v přezkumném řízení (srov. § 121 a násl. daňového řádu), přezkumné řízení nicméně představuje dozorčí, a nikoliv opravný prostředek při správě daní. Účastník řízení jej tedy nemůže zahájit svým návrhem jako je tomu v případě obnovy řízení; na provedení přezkumného řízení není právní nárok.
  7. V posuzovaném případě žalobkyně sama uvádí, že kvalifikovaný výpočet spotřeby nafty měla k dispozici již v době, kdy probíhalo původní řízení. Nebyla zde tedy žádná faktická překážka, která by jí bránila takový kvalifikovaný výpočet v původním řízení jako důkaz navrhnout, resp. předložit. Nebyla zde ani žádná překážka právní; takovou překážkou nemohlo být ani údajně deklarované (a zřejmě neformální) stanovisko správce daně, že takový důkaz nebude považovat za dostatečný. I pokud by správce daně takové stanovisko deklaroval, tak to žalobkyni nebránilo – zvláště za situace, kdy neměla k dispozici žádný jiný důkazní prostředek, jehož prostřednictvím by byla schopna v původním řízení prokázat své právo na vrácení spotřební daně z minerálních olejů – důkaz kvalifikovaným výpočtem navrhnout a následně se jeho relevance (dostatečnosti pro účely prokázání jejího právního nároku) dovolávat v dalším procesním postupu (před odvolacím správcem daně a popř. následně v řízení před správními soudy). Je přitom třeba zdůraznit, že v daňovém řízení je to daňový subjekt, který je zatížen důkazním břemenem stran všech skutečností, které je povinen uvádět v daňovém tvrzení a dalších podáních (srov. 92 odst. 3 daňového řádu); je to tedy daňový subjekt, který má odpovědnost také za volbu důkazních prostředků. Skutečnost, že se později ukáže, že správní soudy či správní orgány jsou ochotny akceptovat i důkazy, které byly podle subjektivního přesvědčení daňové subjektu nedostatečné (a proto je ani neuplatňoval), nezakládá právo daňového subjektu tyto důkazy uplatnit dodatečně (v zatím účelem obnoveném řízení). Jinými slovy, žalobkyně jakožto daňový subjekt měla všechny důkazy k prokázání svých tvrzení, které měla nebo mohla mít k dispozici, navrhnout již v původním řízení. Pokud tak neučinila, nemůže se dovolávat práva tak učinit dodatečně to konečně přímo vyplývá i z dikce § 117 odst. 1 písm. a) daňového řádu.
  8. Vedle toho městský soud ve shodě s prvostupňovým a napadeným rozhodnutím pouze okrajově zdůrazňuje, že rozsudek Nejvyššího správního soudu, na jehož základě žalobkyně – podle vlastního tvrzení – nabyla vědomost o možnosti předložit jako důkaz kvalifikovaný výpočet spotřeby (rozsudek ze dne 12. 10. 2022, č. j. 7 Afs 315/2020-28), byl vydán a zveřejněn v době kdy původní řízení ještě probíhalo (původní rozhodnutí bylo vydáno až téměř o rok později dne 3. 10. 2023). Žalobkyně tedy měla možnost se s odkazovaným rozhodnutím seznámit ještě v době, kdy původní řízení probíhalo, a tedy ještě v tomto řízení podle něj upravit svůj procesní postup (navrhnout jako důkaz kvalifikovaný výpočet). I pokud by tedy soud připustil, že změna výkladu právních předpisů může být důvodem pro obnovu řízení (což nečiní – k tomu srov. argumentaci výše), tak by musel dopět k závěru, že se v daném případě nejednalo o novou skutečnost (kterou nebylo možné uplatnit v původním řízení).
  9. Ve vztahu k druhé žalobní námitce městský soud jen ve stručnosti uvádí, že skutková otázka, zda správce daně vůči žalobkyni deklaroval, že v řízení nebude důkaz kvalifikovaným výpočtem spotřeby akceptovat (nebude jej považovat za dostatečný), neměla pro posouzení důvodnosti jejího návrhu na obnovu řízení relevanci. Jak soud vyložil již výše, i pokud by se ukázalo, že správce daně takový postoj (neformálně) deklaroval, tak by to na posouzení oprávněnosti návrhu nemělo žádný vliv. Pokud se tedy žalovaný ani Generální finanční ředitelství k tomuto důkaznímu návrhu nijak nevyjádřily, tak se nedopustily pochybení, které by mohlo zpochybnit zákonnost napadeného rozhodnutí.
  10. Městský soud dále doplňuje, že se nezabýval otázkou, zda žalobkyně návrh na obnovu řízení podala včas, tedy v zákonné lhůtě 6 měsíců ode dne, kdy se dozvěděla o důvodech pro obnovu řízení (viz § 118 odst. 2 daňového řádu). Nezabýval se tedy otázkou, zda je tímto dnem až den, kdy se žalobkyně fakticky seznámila s jí odkazovaným rozsudkem Nejvyššího správního soudu (jak tvrdí v žalobě žalobkyně), nebo byl tímto dnem již den, kdy získala možnost se s tímto rozsudkem seznámit (tuto pozici zastává žalovaný; explicitně je potom uvedena jako druhý důvod zamítnutí žádosti v prvostupňovém rozhodnutí) Takové úvahy se za situace, kdy se soud ztotožnil s primárním důvodem zamítnutí žádosti o obnovu řízení, a sice že žádný důvod obnovy řízení nebyl dán, jeví jako bezpředmětné.

IV.

Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

  1. Vzhledem k tomu, že městský soud neshledal žádnou z žalobních námitek důvodnou, žalobu v souladu s § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.
  2. O nákladech řízení soud rozhodl podle § 60 odst. 1 ve spojení s odst. 7 s. ř. s. Ve věci úspěšnému žalovanému nevznikly náklady řízení nad rámec běžného výkonu úřední činnosti. Proto mu soud jejich náhradu nepřiznal.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha 26. května 2026

JUDr. Ludmila Sandnerová v. r.

předsedkyně senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje M. H..

Zpět na judikáty vstoupit do diskuze 0

NEJNOVĚJŠÍ PŘÍSPĚVKY V DISKUZI

Přidat komentář

Pro tuto funkci je nutné být přihlášen/a.

Registrace