30 Af 31/2025 - Zmeškané námitky proti předepsání úroků z prodlení

Číslo jednací: 30 Af 31/2025 - 32
Soud: Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí: 26. 8. 2026
Kategorie: Daně - ostatní
Stáhnout PDF

Právní věta:

Soud odmítne žalobu proti rozhodnutí o námitkách (§ 159 zákona č. 280/2009 Sb.) jako nepřípustnou také tehdy, jestliže žalobce své výhrady směřuje proti předepsání úroku z prodlení, k němuž došlo v minulosti neformálním úkonem, o němž však finanční úřad žalobce řádně vyrozuměl, žalobce proti tomu mohl uplatnit v zákonné lhůtě námitky, ale neučinil tak.

Stručné shrnutí

Společnost zaplatila úroky z prodlení předepsané po podání dodatečných daňových přiznání v režimu § 148 odst. 7 daňového řádu. Teprve po více než roce požadovala jejich vrácení s tvrzením, že pro „účinnou lítost“ nebylo nutné úroky hradit. Krajský soud žalobu odmítl: proti samotnému předepsání úroků se měla bránit včas námitkami; pozdější spor o neexistenci přeplatku tuto zmeškanou obranu nenahrazuje.

O co šlo

Žalobce v září 2023 podal dodatečná přiznání k DPH a dani z příjmů právnických osob a výslovně potvrdil, že postupuje podle § 148 odst. 7 daňového řádu. Správce daně jej následně vyrozuměními z 6. 11. 2023 informoval o výpočtu a předepsání úroků z prodlení; vyrozumění obsahovala poučení o námitkách. Žalobce úroky zaplatil, avšak proti jejich předepsání námitky ve třicetidenní lhůtě nepodal. [2–5, 9–10]

V roce 2025 žalobce požadoval vrácení částek. Správce daně podání podle jeho skutečného obsahu posoudil jako žádost o vrácení přeplatku a sdělil, že vratitelný přeplatek neeviduje. Námitky proti tomuto sdělení zamítl. [5, 11]

Soud zdůraznil, že žalobce nenamítal administrativní chybu v evidenci daňového účtu, ale hmotněprávní nesouhlas s dřívějším předepsáním úroků. Taková výhrada měla být uplatněna proti vyrozuměním o úrocích. Pozdější vyrozumění o neexistenci přeplatku pouze informovalo o stavu účtu a rozhodnutí o námitkách proto samo o sobě nezasáhlo do práv žalobce ve smyslu § 65 odst. 1 s. ř. s. [6–13]

Nešlo ani o nezákonný zásah: žalobce netvrdil trvající evidenční pochybení, nýbrž nezákonnost dřívějšího úkonu. Navíc měl k dispozici řádný prostředek obrany – námitky proti předepsání úroků a následně žalobu proti rozhodnutí o nich. [14–15]

Praktický dopad

Vyrozumění o předepsání úroku z prodlení nelze přehlížet jako pouhou účetní informaci, obsahuje-li poučení o námitkách. Daňový subjekt musí včas napadnout již samotný základ a výši úroku. Žádost o vrácení přeplatku ani podnět ke zjednání nápravy nejsou nástrojem k obnovení zmeškané lhůty. Podnět k přezkumnému řízení navíc nezakládá nárok na jeho zahájení. [9–12, 22]

Zajímavost / podnětná myšlenka

V obiter dictum soud upozornil na nejasnost § 148 odst. 7 daňového řádu: zákon mluví o úhradě daně včetně příslušenství, zatímco trestněprávní judikatura pro účinnou lítost vyžaduje jen úhradu daně. Změna metodiky GFŘ v roce 2024, podle níž se úrok zpravidla nepředepisuje, však sama neprokazuje nezákonnost dřívější praxe ani nepůsobí zpětně na již zaplacené úroky. Nejde ale o nosný důvod odmítnutí žaloby. [18–21]

Tvrzení soudu

• Žaloba proti rozhodnutí o námitkách není přípustná, má-li jen zprostředkovaně zpochybnit dříve předepsaný úrok, proti němuž se subjekt mohl bránit námitkami. [9–13]
• Rozhodující je skutečný obsah výhrad: evidenční omyl a nesouhlas se zákonností dřívějšího předepsání vyžadují odlišné procesní prostředky. [7–8, 14]
• Vyrozumění o neexistenci vratitelného přeplatku nemění stav účtu, který vznikl dřívějším předepsáním, a má informativní povahu. [11–13]
• Pozdější příznivější metodika správce daně bez dalšího nedokládá nezákonnost předchozí správní praxe. [20–21]

Při tvorbě rešerše a komentáře byla částečně využita umělá inteligence. Smyslem rešerše je vystihnout podstatu problému a  zjednodušit tak práci s judikáty. Uvedené závěry a tvrzení vyjadřují jen názor provozovatele stránek a nejsou radou ani doporučením jak v obdobných případech postupovat. Před využitím v konkrétních situacích si důkladně zanalyzujte originální text rozhodnutí či si vyžádejte radu profesionála

Celé znění judikátu:

proti  

žalovanému: Finanční úřad pro Zlínský kraj
sídlem Tomáše Bati 21, 761 86  Zlín

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 2. 7. 2025, č. j. 1373171/25/3301-00030-713448

takto:

  1. Žaloba se odmítá.
  2. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.
  3. Žalobci se ve lhůtě 30 dnů ode dne nabytí právní moci tohoto usnesení vrací zaplacený soudní poplatek ve výši 3 000 Kč. Soud vyzývá zástupce žalobce, aby sdělil číslo účtu pro vrácení soudního poplatku ve lhůtě 3 dnů od doručení tohoto usnesení.

Odůvodnění:

  1. Žalobce v rámci účinné lítosti postupem podle § 148 odst. 7 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, zaplatil žalovanému daň včetně úroků z prodlení, které mu žalovaný předepsal. Nyní tvrdí, že úroky z prodlení nemusel pro využití účinné lítosti platit a žalovaný jej o tom nepoučil. Proto se chce domoci jejich vrácení.
  2. Skutkově se věc má tak, že žalobce podal u Finančního úřadu pro Zlínský kraj dne 6. 9. 2023 dodatečná daňová přiznání za zdaňovací období let 2015, 2016 a 2020 (daň z příjmů právnických osob) a za zdaňovací období 02, 04, 05 a 06/2015, dále 07, 09 12/2016, potom 01, 02, 03, 04, 07, 08, 09, 10 a 11/2017 a 05, 08/2018 (daň z přidané hodnoty). Celkově žalobce dodatečně tvrdil daňovou povinnost ve výši 2 933 867 Kč na DPH a ve výši 2 602 240 Kč na dani z příjmů právnických osob.
  3. Žalovaný poté neformálně kontaktoval žalobce za účelem vyjasnění, zda dodatečným přiznáním chce uplatnit účinnou lítost (viz úřední záznam ze dne 23. 10. 2023). Žalobce na to reagoval tak, že dodatečná daňová přiznání učinil v souladu s § 148 odst. 7 daňového řádu, tedy na účinnou lítost. Dne 31. 10. 2023 žalobce telefonicky kontaktoval žalovaného s dotazem, zda jsou na osobním daňovém účtu žalobce na DPH a na dani z příjmů právnických osob předepsány veškeré úroky vztahující se k dodatečným daňovým přiznáním. Požádal též o vyrozumění o úrocích za daná období a tímto způsobem kontaktoval žalovaného opakovaně (viz úřední záznam ze dne 13. 12. 2023). Přitom se nejen dotazoval, ale též žádal o zaslání vyrozumění o úrocích co nejdříve nebo uváděl, že předepsané úroky žalovaným neodpovídají jeho vlastním výpočtům a žádá o jejich přepočet (úřední záznam ze dne 3. 11. 2023).
  4. Žalovaný vydal k příslušným zdaňovacím obdobím, za něž žalobce uhradil dlužnou daň, vyrozumění ze dne 6. 11. 2023 o úrocích z prodlení. Tato vyrozumění obsahovala výpočet úroku z prodlení, poučení o možnosti podat proti nim námitky a informaci o tom, že v případě neuhrazení může být nedoplatek exekučně vymáhán.
  5. Dne 3. 11. 2023 žalobce uhradil na svůj osobní daňový účet úroky z prodlení na DPH a dani z příjmů právnických osob ve výši 2 640 352 Kč (DPH) a 1 398 538 Kč (daň z příjmů právnických osob), a to za všechna výše podaná dodatečná daňová přiznání. Současně téhož dne žalobce požádal o prominutí těchto zaplacených úroků z prodlení. Tuto žádost žalovaný zamítl dvěma rozhodnutími ze dne 23. 2. 2024.
  6. Dne 12. 2. 2025 se žalobce obrátil na žalovaného s „podnětem ke sjednání nápravy“ a namítal, že nebyl povinen hradit úrok z prodlení za účelem aplikace účinné lítosti a požaduje jeho vrácení. Tento podnět vyhodnotil žalovaný jako žádost o vrácení přeplatku, přičemž dospěl k závěru, že žádný vratitelný přeplatek na daňovém účtu žalobce neeviduje. Proti tomuto vyrozumění podal žalobce námitku, kterou žalovaný zamítl rozhodnutím označeným v záhlaví, které žalobce napadá žalobou podanou dne 4. 9. 2025 u Krajského soudu v Brně.
  7. Krajský soud dospěl k názoru, že musí žalobu odmítnout. Napadené rozhodnutí samo nijak nezasahuje do žalobcových práv, a tudíž nejde o rozhodnutí ve smyslu § 65 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“).
  8. Pro vysvětlení tohoto závěru je nejprve třeba vyložit závěry dosavadní judikatury Nejvyššího správního soudu k možnosti napadnout před správním soudem rozhodnutí o námitkách vydané podle § 159 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, v situaci, kdy námitky žalobce směřují ke stavu jeho daňového účtu. Krajský soud jim ve stručnosti rozumí tak, že záleží na tom, jaký typ výhrad žalobce vznáší (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 13. 3. 2025, č. j. 9 Afs 252/2024‑35, body 12–14). Jestliže tvrdí, že výše přeplatku či nedoplatku evidovaného na jeho daňovém účtu je výsledkem chybného rozhodnutí správce daně v minulosti (např. nezákonného platebního výměru na nepřiznanou daň), pak se měl bránit proti tomuto rozhodnutí. Poskytovat soudní ochranu zde vůbec není namístě, protože žalobce svou příležitost zpochybnit vydané rozhodnutí již zmeškal. Žaloba proti rozhodnutí o námitkách proti vyrozumění o výši přeplatku/nedoplatku proto není přípustná, protože stav daňového účtu věrně odráží dříve vydaná rozhodnutí (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 7. 2022, č. j. 10 Afs 128/2022‑37, body 9–10).
  9. Pokud naopak žalobce brojí proti stavu daňového účtu tvrzením, že došlo k chybě v daňové evidenci, tedy k administrativnímu nedopatření (např. byla zaevidována odlišná výše daně, než jaká byla v rozhodnutí stanovena), soudní ochrany se sice domoci může, ale nikoliv žalobou proti rozhodnutí. Namístě je zde žaloba na ochranu před nezákonným zásahem, neboť zásah do žalobcových práv nespočívá v nezákonném rozhodnutí o námitce, ale v samotné chybné evidenci daní (a tento zásah stále trvá). I v tomto druhém případě je tak žaloba proti rozhodnutí o námitce nepřípustná (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 3. 2022, č. j. 5 Afs 195/2020‑20, body 8–10, a ze dne 19. 7. 2023, č. j. 9 Afs 86/2023‑37, body 20–26).
  10. Žalobcův případ je poněkud specifický a krajskému soudu není známo, že by Nejvyšší správní soud přímo takovouto kauzu již řešil. Nejprve je třeba říci, že námitky žalobce rozhodně nesměřují vůči chybné evidenci daní. Žalobce zpochybňuje to, zda vůbec měl úrok platit. Žalovaný ovšem tento úrok nestanovil rozhodnutím, ale pouze jej fakticky předepsal na žalobcův daňový účet a vyrozuměl jej o tom přípisy ze dne 6. 11. 2023. Právě v tom se žalobcův případ liší od těch doposud řešených. Krajský soud nicméně dospěl k závěru, že i přesto je žaloba proti rozhodnutí o námitkách v tomto případě nepřípustná. Podstatou argumentace Nejvyššího správního soudu je totiž to, že nelze připustit novou, opakovanou soudní ochranu proti čistě informačnímu aktu, jestliže žalobcova obrana měla své místo v minulosti (srov. výše citovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 86/2023‑37, body 15–16). Proto je důležité, že žalobce se v nynější věci mohl bránit již proti vyrozuměním o předepsání úroků ze dne 6. 11. 2023, a to podáním námitek ve lhůtě 30 dnů od jejich doručení. Následně by byl býval mohl podat žalobu proti rozhodnutí o těchto námitkách (srov. obdobně rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 8. 2017, č. j. 4 Afs 119/2017‑106, č. 3644/2017 Sb. NSS, v kombinaci s výše citovaným rozsudkem č. j. 10 Afs 128/2022‑37, body 11–12).
  11. Žádné námitky proti vyrozumění o předepsání úroků z prodlení na svůj daňový účet žalobce nepodal. „Vzpamatoval“ se až po více než roce, přičemž dne 12. 2. 2025 požádal žalovaného o sjednání nápravy a namítal, že nebyl povinen hradit úrok z prodlení za účelem aplikace účinné lítosti a že požaduje jeho vrácení. Proti nevyhovění podal námitky, o nichž žalovaný rozhodl napadeným rozhodnutím.
  12. Nutno přiznat, že zde tkví další odlišnost od případů dosud řešených Nejvyšším správním soudem. Žalobce totiž nežádal o čistě informativní akt, tedy o vyrozumění o výši přeplatku či nedoplatku na svém daňovém účtu, stejně tak neobdržel potvrzení o stavu osobního daňového účtu vydané z úřední povinnosti. Žádal fakticky o vrácení částky zaplacených úroků, o kterých si teď myslí, že je nebyl povinen platit (zde se krajský soud plně ztotožňuje se žalovaným, který takto žalobcovu žádost vyhodnotil v souladu s jejím skutečným obsahem a smyslem). Ani to však podle krajského soudu na podstatě věci nic nemění. Žalobce se svým postupem zkrátka pokusil „zprocesnit“ svůj nesouhlas s výší již dříve předepsaných úroků z prodlení. Učinil tak ale pozdě – v situaci, kdy svou původní možnost obrany zmeškal. Krajský soud má tudíž za to, že se na žalobcův případ plně uplatní závěry výše citované judikatury. Vyrozumění žalovaného ze dne 25. 4. 2025, že na daňovém účtu žalobce neeviduje vratitelný přeplatek, jímž odpověděl na žalobcovu žádost, je z tohoto pohledu úkonem čistě informativním.
  13. Krajský soud uzavírá, že žaloba proti rozhodnutí napadenému o námitkách je nepřípustná, neboť toto rozhodnutí nesplňuje definici rozhodnutí podle § 65 odst. 1 s. ř. s. Proto musel soud žalobu odmítnout podle § 46 odst. 1 písm. d) s. ř. s. ve spojení s § 68 písm. e) s. ř. s.
  14. Soud podotýká, že zvažoval i to, zda by se v daném případě nemohlo jednat o nezákonný zásah správního orgánu. Avšak, jak už bylo výše řečeno, žalobce nepoukazoval v žalobě na chybu či nesrovnalost v evidenci daní, způsobenou typicky administrativním nedopatřením, ale na nezákonný způsob stanovení úroků, který byl v evidenci zaznamenán na základě dřívějšího úkonu správce daně. Proto by ani žaloba na ochranu před nezákonným zásahem nebyla přípustná, neboť o zásah se typově nejedná.
  15. Nadto je nutno uvést, že podle § 85 s. ř. s. není žaloba na ochranu před nezákonným zásahem přípustná, lze‑li se ochrany nebo nápravy domáhat jinými právními prostředky. Za takovéto jiné prostředky ochrany se podle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu považují i jiné žalobní typy zakotvené v soudním řádu správním (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 7. 2011, č. j. 1 Aps 1/2011‑101). Zde konkrétně se jedná o žalobu proti rozhodnutí o námitkách, kterou by žalobce mohl podat, pokud by se včas bránil již proti samotnému předepsání úroků z prodlení z dodatečně vyměřené daně.
  16. O nákladech řízení soud rozhodl podle § 60 odst. 3 s. ř. s., podle něhož žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení, jestliže byla žaloba odmítnuta.
  17. Výrok o vrácení zaplaceného soudního poplatku má oporu v § 10 odst. 3 in fine zákona č. 549/1991 Sb., o soudních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů. Podle něj soud vrátí z účtu soudu zaplacený poplatek, byl-li návrh na zahájení řízení před prvním jednáním odmítnut, a to ve lhůtě plynoucí z § 10a odst. 1 tohoto zákona.

Obiter dictum

  1. Krajský soud nad rámec nezbytného odůvodnění dodává, že i pokud by byla podaná žaloba přípustná, nebyla by důvodná.
  2. Účinnou lítost zavádí trestní právo jako jeden ze způsobů zániku trestní odpovědnosti (§ 33, § 242 trestního zákoníku) za trestný čin, kdy dobrovolným napravením škodlivého následku zaniká trestní odpovědnost za něj. Úprava § 148 odst. 7 daňového řádu jen otevírá cestu k tomu, aby mohl daňový subjekt zaplatit daň, kterou už daňová správa nemůže „přijmout“. Lhůta pro doměření daně často v těchto případech uplynula a s tím i uplynulo právo státu daň doměřit a vybrat. Totéž platí pro příslušenství daně.
  3. Žalobci je potřeba dát za pravdu v tom, že § 148 odst. 7 daňového řádu je poněkud matoucí. Jeho znění jasně říká, že pokud daňový subjekt podá daňové tvrzení a současně tvrzenou daň včetně jejího příslušenství uhradí (zvýraznění provedl krajský soud). Zdálo by se tak, že pro uplatnění účinné lítosti musí daňový subjekt zaplatit i úroky z prodlení, které jsou příslušenstvím daně. Přitom podle závěrů judikatury trestních soudů (shora citované usnesení Nejvyššího soudu sp. zn. 8 Tdo 272/2012, a na něj navazující judikatura) je pro uplatnění účinné lítosti nutné uhradit pouze daň samotnou. Na tento rozdíl zákon nijak nereagoval (ačkoliv je usnesení Nejvyššího soudu staré více než deset let) a tyto problémy řeší daňové orgány metodickými pokyny GFŘ. To přiznává i komentářová literatura: „Zákon sice stanoví, že je třeba uhradit jak daň, tak příslušenství, avšak tento požadavek je v rozporu s úpravou trestního práva. Správci daně proto k aplikaci odst. 7 přistupují tak, že je aktivována i v případě, kdy je hrazena pouze daň.“ (ROZEHNAL, T. Daňový řád: Praktický komentář. [Systém ASPI]. Wolters Kluwer [cit. 2026-6-2]. ASPI_ID KO280_p12009CZ. Dostupné z: www.aspi.cz. ISSN 2336-517X).
  4. Rozdíl v úpravách pak daňové orgány řešily jen metodickými pokyny GFŘ. Přístup GFŘ k výkladu § 148 odst. 7 daňového řádu se měnil a lze z něj vyčíst tři názorové proudy. V metodice z roku 2015 trvalo GFŘ na tom, že pro uplatnění účinné lítosti musí daňový subjekt uhradit dlužnou daň a příslušenství. V reakci na již opakovaně zmíněné usnesení Nejvyššího soudu pak v roce 2016 GFŘ trvalo na tom, že pro aplikaci účinné lítosti stačí uhradit pouze daň, nicméně úrok z prodlení vzniká ze zákona a pokud jej daňový subjekt neuhradí, předepíše se mu na osobní daňový účet a chová se jako jakýkoliv nedoplatek (tedy jej lze vymáhat). V roce 2024 ale GFŘ přijalo závěr, že se úrok z prodlení ani nebude předepisovat na daňový účet daňového subjektu, ledaže by výslovně prohlásil, že o to žádá.
  5. Žalobce z výše popsaného předně špatně dovozuje, že metodický pokyn z roku 2024 konečně vyjadřuje ten jediný správný názor a všechny předchozí pokyny tedy logicky byly nesprávné či nezákonné. To ale žalobce vyvodil jen z prostého faktu, že došlo ke změně metodického pokynu. GFŘ ale nezměnilo metodický pokyn pod tíhou aktuální judikatury či jiného důvodu, který by poukazoval na nezákonnost předchozí praxe. Je dost dobře možné, že GFŘ změnilo metodiku proto, že se rozhodlo přistupovat k daňovým subjektům mírněji. Ostatně samo GFŘ v pokynu z roku 2024 říká, že již zaplacených úroků se tato metodika netýká. Neplatí proto hlavní žalobcova myšlenka, že se o nezákonné praxi žalovaného dozvěděl až v roce 2024. Tam se žalobce dozvěděl jen to, že GFŘ bude pro futuro přistupovat k úrokům z prodlení mírněji. Samozřejmě pak neplatí ani to, že by postup žalovaného v nynější věci byl v rozporu s jeho dosavadní správní praxí. Aktuální metodický pokyn byl vydán až v roce 2024, tedy po uskutečnění sporné úhrady úroků.
  6. Zároveň si žalobce stěžoval na to, že jeho podnět ke zjednání nápravy posoudil žalovaný jako žádost o vrácení vratitelného přeplatku. Není ale zřejmé, jak jinak měl žalovaný postupovat a co by tím žalobce získal. Svým podnětem se snažil přimět žalovaného ke zjednání nápravy ex offo, čímž zřejmě naráží na přezkumné řízení (§ 121 a násl. daňového řádu). Zahájení takového řízení ale není nárokové. I kdyby žalovaný vyhodnotil žalobcův podnět jako podnět k zahájení přezkumného řízení, zjevně k přezkumu neviděl důvody a setrval by na svých závěrech, které prezentoval ve vyrozumění o vratitelném přeplatku. Výsledkem by tak bylo prakticky stejné informativní sdělení, že pro zahájení přezkumného řízení neviděl žalovaný důvod. Meritorního rozhodnutí by se tímto postupem žalobce beztak nedomohl.

Poučení:

Proti tomuto usnesení lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má‑li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních právních předpisů vyžadováno pro výkon advokacie.

Brno 26. 8. 2026

Mgr. Milan Procházka

předseda senátu

Zpět na judikáty vstoupit do diskuze 0

NEJNOVĚJŠÍ PŘÍSPĚVKY V DISKUZI

Přidat komentář

Pro tuto funkci je nutné být přihlášen/a.

Registrace