Kasační/ústavní stížnost:
7 Afs 14/2026
Celé znění judikátu:
žalobkyně: EKO Logistics s.r.o., IČ 26710170
se sídlem Tyršova 68, 281 26 Týnec nad Labem
zastoupena advokátem Mgr. Jakubem Hajdučíkem
se sídlem Sluneční nám. 2588/14, 158 00 Praha
proti
žalovanému: Generální finanční ředitelství
se sídlem Lazarská 15/7, 117 22 Praha
o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu ze dne 17. 8. 2021, č. j. 50336/21/7700-10124-202542,
takto:
- Rozhodnutí žalovaného ze dne 17. 8. 2021, č. j. 50336/21/7700-10124-202542, se ruší v části, kterou bylo zamítnuto odvolání žalobkyně a potvrzeno rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 11. 2. 2021, č. j. 5468/21/5200-11431-711413, a to v části, v níž změnilo rozhodnutí ze dne 24. 8. 2020, č. j. 32326/20/5200-11431-711413, ve vztahu k výroku II., kterým bylo změněno rozhodnutí Finančního úřadu pro Středočeský kraj ze dne 22. 11. 2018, č. j. 4792397/18/2111-50523-202376, o předpisu úroku z prodlení s úhradou daně z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen 2012, a věc se v tomto rozsahu vrací žalovanému k dalšímu řízení.
- Ve zbytku se žaloba zamítá.
- Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni na náhradě nákladů řízení částku 21 862 Kč, a to k rukám jejího zástupce do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
1. Finanční úřad pro Středočeský kraj (dále jen „správce daně“) vyrozuměl žalobkyni platebními výměry ze dne 22. 11. 2018, č. j. 4792396/18/2111-50523-202376 a č. j. 4792397/18/2111-50523-202376 (dále jen „platební výměry“), o předpisu úroku z prodlení s úhradou DPH za zdaňovací období květen 2012 ve výši 164 087 Kč a srpen 2012 ve výši 492 046 Kč. Odvolací finanční ředitelství (dále jen „OFŘ“) v přezkumném řízení následně snížilo výši úroků z důvodu nezohlednění přeplatků na osobním daňovém účtu žalobkyně rozhodnutím ze dne 24. 8. 2020, č. j. 32326/20/5200-11431-711413, na 159 799 Kč za zdaňovací období květem 2012 a na 782 173 Kč za zdaňovací období srpen 2012. K odvolání žalobkyně pak dále rozhodnutím ze dne 11. 2. 2021, č. j. 5468/21/5200-11431-711413, snížilo úrok na 154 009 Kč za zdaňovací období květen 2012 a na 479 625 Kč za zdaňovací období srpen 2012. Napadeným rozhodnutím žalovaný zamítl odvolání žalobkyně a potvrdil posledně uvedené rozhodnutí.
2. Žalobkyně podala žalobu proti napadenému rozhodnutí Krajskému soudu v Praze, který ji usnesením ze dne 16. 2. 2022, č. j. 51 Af 32/2021-35, postoupil Krajskému soudu v Brně. Kasační stížnost proti tomuto usnesení zamítl rozšířený senát Nejvyššího správního soudu (dále jen „NSS“) rozsudkem ze dne 29. 11. 2023, č. j. 5 As 84/2022-30.
II. Shrnutí argumentů obsažených v žalobě
3. Žalobkyně tvrdí, že nebyla v prodlení, neboť daňový nedoplatek vznikl až odepřením nároku na odpočet DPH, jehož podmínkou je unesení důkazního břemene ze strany daňových orgánů. Dále namítá, že úrok z prodlení má povahu finančního postihu se smíšenou povahou. Pro jeho nepřiměřenou výši, která je čtyřikrát až šestkrát vyšší než náklady na obsluhu státního dluhu, jde o sankci trestní povahy, nikoliv o náhradu za chybějící prostředky ve veřejném rozpočtu, neboť jeho dominantní funkcí je trestání. Jelikož žalobkyně byla poprvé potrestána daňovým penále, došlo předpisem úroku z prodlení k porušení zásady ne bis in idem.
4. Správní orgány při výpočtu výše úroku z prodlení nezohlednily, že žalobkyni v důsledku vydání několika rozhodnutí správce daně ze dne 15. 7. 2020 vznikl přeplatek, který byl započitatelný na úroky v daném případě. Stejně tak vznikl přeplatek, který měl žalovaný zohlednit při výpočtu úroků, rovněž na základě rozhodnutí OFŘ ze dne 1. 7. 2021 ve věci doměření DPH za zdaňovací období srpen 2012, jakož i na základě rozhodnutí OFŘ ze dne 11. 2. 2021, kterým došlo v nyní posuzovaném případě ke snížení úroků předepsaných platebními výměry.
5. Zrušením části rozhodnutí o odvolání ve věci doměření DPH za srpen 2012 rozsudkem Krajského soudu v Praze ze dne 22. 1. 2021, č. j. 43 Af 37/2018-87, zanikl úrok sdělený platebním výměrem ze dne 22. 11. 2018, č. j. 4792397/18/2111-50523-202376, neboť sama daň přestala být splatná. Žalovaný tudíž nemohl ve věci rozhodnout.
6. Konečně žalobkyně zpochybňuje věcnou příslušnost žalovaného k rozhodování o odvolání proti platebnímu výměru na úrok z prodlení vydanému podle § 252 daňového řádu, ve znění účinném do dne 31. 12. 2020. Dnem 1. 1. 2021 ztratil žalovaný věcnou příslušnost k rozhodování o odvolání proti platebnímu výměru, neboť novela daňového řádu provedená zákonem č. 283/2020 Sb. změnila ustanovení daňového řádu a v souvislosti s předepsáním úroku se již proti rozhodnutí správce daně nelze odvolat, ale lze uplatnit pouze námitku. Z důvodové zprávy k zákonu č. 283/2020 Sb., resp. k tisku č. 841 Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky, žalobkyně dovozuje, že zákonodárce od 1. 1. 2021 předpokládá pouze jediný opravný prostředek proti postupu správce daně při vyměření úroku, a tím je námitka. Odvolací řízení zahájené přede dnem nabytí účinnosti novely ve věci kterýchkoliv úroků je třeba dokončit podle nové právní úpravy, která ovšem odvolací řízení proti rozhodnutí o předpisu úroku z prodlení vůbec neupravuje. Odvolání je tudíž třeba posoudit jako námitku podle § 159 daňového řádu, o které je příslušný rozhodovat Finanční úřad pro Středočeský kraj. I když žalovaný uvedl, že nejde o odvolání proti „klasickému“ platebnímu výměru, ale proti rozhodnutí OFŘ, nemění to nic na skutečnosti, že od 1. 1. 2021 má kompetenci k vydání rozhodnutí jen prvostupňový správce daně.
7. Z výše uvedených důvodů žalobkyně navrhla, aby soud zrušil napadené rozhodnutí a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.
III. Vyjádření žalovaného k žalobě a další podání účastníků řízení
8. Ve vyjádření k žalobě uvádí žalovaný, že úrok z prodlení se počítá od původního dne splatnosti daně, neboť žalobkyně měla povinnost ve svém řádném daňovém tvrzení uvést daň ve správné výši a včas ji uhradit.
9. V návaznosti na rozsudek č. j. 43 Af 37/2018-87 OFŘ potvrdilo doměřenou DPH a zrušilo povinnost hradit penále. Proto výsledek tohoto řízení neměl vliv na zákonnost rozhodnutí o úroku z prodlení, který se počítá z doměřené daně. V době vydání napadeného rozhodnutí byly dodatečné platební výměry pravomocné.
10. Žalovaný dále uvedl, že OFŘ zohlednilo všechny relevantní přeplatky žalobkyně (za konkrétní období úrok nevznikal z důvodu přeplatků na osobním účtu žalobkyně). Rozhodnutí Finančního úřadu pro Středočeský kraj ze dne 15. 7. 2020 nabyla právní moci až po dni, do kterého byl proveden výpočet úroku z prodlení.
11. V dalším žalovaný odkázal na napadené rozhodnutí a navrhl, aby soud žalobu zamítl.
12. Podáním doručeným soudu dne 8. 6. 2025 žalobkyně navrhla přerušit řízení až do rozhodnutí Krajského soudu v Praze vedeném pod sp. zn. 55 Af 15/2021. V doplnění žaloby ze dne 27. 6. 2025 žalobkyně upozornila, že Krajský soud v Praze rozsudkem z téhož dne, č. j. 55 Af 15/2021-144, zrušil rozhodnutí OFŘ ze dne 1. 7. 2021 ve věci doměření DPH, které představuje podmiňující rozhodnutí ve vztahu k nyní napadenému rozhodnutí o úroku z prodlení za pozdní úhradu DPH. Žalobkyně odkazuje na rozsudek rozšířeného senátu NSS ze dne 28. 1. 2025, č. j. 6 Afs 292/2018-39, a navrhuje, aby krajský soud napadené rozhodnutí coby podmíněné zrušeným rozhodnutím rovněž zrušil.
13. Žalovaný soudu dne 14. 7. 2025 sdělil v návaznosti na vydání rozsudku Krajského soudu v Praze ve věci sp. zn. 55 Af 15/2021, že není důvod přerušovat nyní vedené řízení o žalobě.
14. V doplnění žaloby ze dne 9. 12. 2025 žalobkyně uvádí, že v důsledku existence nezákonného rozhodnutí o doměření DPH za zdaňovací období srpen 2012 je nezákonné také rozhodnutí o úroku z prodlení s úhradou DPH za zdaňovací období květen 2012, neboť kdyby nebylo vydáno nezákonné rozhodnutí o DPH za srpen 2012, byly by přeplatky na osobním daňovém účtu žalobkyně, které byly použity na snížení úroku za srpen 2012, použity ke snížení úroku za květen 2012. Jeho výše tak měla být nižší.
IV. Posouzení věci
15. Žaloba byla podána včas [§ 72 zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního (dále jen „s. ř. s.“)], osobou k tomu oprávněnou (§ 65 odst. 1 s. ř. s.) a je přípustná (§ 65, § 68 a § 70 s. ř. s.).
16. Soud ve věci nařídil jednání, jehož se za žalobkyni zúčastnil její zástupce a žalovaný. Žalobkyně trvala na podané žalobě a jejích doplněních. Žalovaný uvedl, že nevyužil postupu podle § 62 s. ř. s. a neuspokojil žalobkyni v přezkumném řízení podle daňového řádu, neboť se domnívá, že ani po přepočtu úroku z prodlení za měsíc květen 2012 by žalobkyně nemusela být zcela uspokojena. K dotazu soudu sdělil, že má shodně se žalobkyní za to, že zrušení nezákonného rozhodnutí o doměření DPH za měsíc srpen 2012 mohlo ovlivnit také výši úroku z prodlení za měsíc květen 2012.
17. Žalobkyně setrvala na důkazním návrhu autoremedurními rozhodnutími ze dne 15. 7. 2020. Na ostatních důkazních návrzích netrvala s ohledem na vývoj judikatury k charakteru úroku z prodlení. Žalovaný žádné důkazní návrhy nevznesl. Krajský soud návrh žalobkyně na provedení dokazování autoremedurními rozhodnutími ze dne 15. 7. 2020 zamítl pro nadbytečnost (k tomu viz podrobněji bod 38 tohoto rozsudku).
18. Zdejší soud napadené rozhodnutí přezkoumal a dospěl k závěru, že žaloba je důvodná.
19. V projednávané věci není mezi účastníky sporné, že rozhodnutí, kterými správce daně žalobkyni vyměřil úrok z prodlení, navazují na dodatečné platební výměry, jimiž byla doměřena DPH za zdaňovací období květen a srpen 2012. Rozhodnutí ze dne 1. 7. 2021, č. j. 24794/21/5300-21444-711869, jakož i dodatečný platební výměr na DPH za měsíc srpen 2012, zrušil Krajský soud v Praze rozsudkem ze dne 27. 6. 2025, č. j. 55 Af 15/2021-144. Ve vztahu ke zdaňovacímu období květen 2012 Krajský soud v Praze žalobu zamítl již rozsudkem ze dne 22. 1. 2021, č. j. 43 Af 37/2018-87.
20. Krajský soud v Praze tedy pravomocně zrušil rozhodnutí o doměření DPH za srpen 2012, a to z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně. Z rozhodnutí o doměření DPH je odvozeno jeho příslušenství, tedy úrok z prodlení (§ 2 odst. 5 daňového řádu).
21. Podle ustálené judikatury soudy v řízení o přezkumu podmíněného rozhodnutí nemohou přihlížet k žalobním bodům, které směřují proti zákonnosti podmiňujícího rozhodnutí. Žalobce je však v řízení před krajským soudem oprávněn namítat, že žalobou napadené podmíněné rozhodnutí je založeno na nezákonném podmiňujícím rozhodnutí, které bylo v řízení před soudem nebo správním orgánem zrušeno či změněno. Žalobní námitku lze uplatnit i po uplynutí žalobní lhůty (§ 71 odst. 2 s. ř. s.), pokud ke změně či zrušení podmiňujícího rozhodnutí došlo až poté, co žalobní lhůta uplynula (viz usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 22. 10. 2019, č. j. 6 As 211/2017-88, č. 3948/2019 Sb. NSS, Peklo na Čertovině, body 35 a 36).
22. Rozšířený senát NSS v rozsudku ze dne 28. 1. 2025, č. j. 6 Afs 292/2018-39, č. 4668/2025 Sb. NSS, město Klatovy, mimo jiné vyslovil, že soud musí k řádně uplatněné žalobní námitce (kterou lze uplatnit i po uplynutí žalobní lhůty) v řízení o žalobě proti podmíněnému rozhodnutí zohlednit, že bylo zrušeno podmiňující rozhodnutí. Pokud podmiňující rozhodnutí bylo skutečně pro nezákonnost zrušeno či změněno, pak bude zpravidla namístě zrušit žalobou napadené podmíněné rozhodnutí. Pouze výjimečně ani taková situace nemusí vést ke zrušení podmíněného rozhodnutí soudem, a to například u změny podmiňujícího rozhodnutí (viz zejména bod 53 rozsudku rozšířeného senátu). Rozšířený senát dospěl k závěru, že důvodem pro zrušení rozhodnutí o penále za prodlení s odvodem za porušení rozpočtové kázně je zrušení rozhodnutí o odvodu, z něhož je toto penále odvozeno, i pokud k němu došlo až po vydání rozhodnutí o penále.
23. Žalobkyně po zrušení rozhodnutí o odvolání včetně platebního výměru ve věci doměření DPH za zdaňovací období srpen 2012 navrhla soudu, aby zrušil napadené rozhodnutí, které bylo podmíněné zrušeným rozhodnutím o doměření DPH. Vzhledem k tomu, že Krajský soud v Praze zrušil rozhodnutí o doměření DPH za zdaňovací období srpen 2012 včetně prvostupňového platebního výměru z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně, je nepochybné, že k dalšímu doměření DPH za dotčené zdaňovací období již nemůže dojít. Nemůže se proto jednat o výjimečný případ, v němž by soud nemusel zrušit rozhodnutí o předpisu úroku z prodlení, které je podmíněné rozhodnutím o doměření daně. Jelikož Krajský soud v Praze definitivně odstranil podmiňující rozhodnutí, zrušil zdejší soud také na něj navazující rozhodnutí o úroku z prodlení za zdaňovací období srpen 2012.
24. Krajský soud nepřisvědčil žalobkyni, že by měl v návaznosti na rozsudek č. j. 55 Af 15/2021-144 zrušit napadené rozhodnutí také ve vztahu ke platebnímu výměru na úrok z prodlení s úhradou DPH za zdaňovací období květen 2012. Ve vztahu k němu totiž rozhodnutí o doměření DPH za zdaňovací období srpen 2012 podmiňujícím rozhodnutím není (tím spíše jím není rozhodnutí o předpisu úroku za téže zdaňovací období). Takovým rozhodnutím je rozhodnutí o doměření daně za měsíc květen 2012 a na něj navazující rozhodnutí o odvolání. Žalobu v tomto rozsahu však Krajský soud v Praze zamítl rozsudkem č. j. 43 Af 37/2018-87, přičemž kasační stížnost proti tomuto rozsudku NSS zamítl (rozsudkem ze dne 24. 1. 2022, č. j. 10 Afs 57/2021-65).
25. Jelikož tedy rozhodnutí zrušená rozsudkem Krajského soud v Praze ve věci doměření DPH za měsíc srpen 2012 nebyla podmiňujícími pro rozhodnutí o úroku z prodlení za měsíc květen 2012, nemůže se soud zabývat námitkou, podle které odstraněné rozhodnutí o doměření DPH za měsíc srpen 2012 způsobilo v konečném důsledku nezákonnost také ve vztahu k rozhodnutí o úroku za měsíc květen 2012, neboť přeplatky na osobním daňovém účtu žalobkyně započtené na úrok z prodlení za měsíc srpen 2012 se měly započíst na úrok z prodlení za měsíc květen 2012. Tuto námitku totiž žalobkyně uplatnila až po uplynutí lhůty pro podání žaloby (§ 72 odst. 1 s. ř. s.). Závěry rozsudku rozšířeného senátu ve věci město Klatovy nelze vykládat tak široce, jak to činí žalobkyně. Na základě zrušení rozhodnutí, které nebylo přímo podmiňujícím aktem pro vydání napadeného rozhodnutí, nelze dále prolamovat zákonnou koncentraci řízení (§ 71 odst. 2 s. ř. s.). Takovým výkladem by soud prakticky vyprázdnil procesní pravidla stanovená zákonem pro uplatňování žalobních námitek v soudním řízení správním, což jistě není pro efektivní obranu účastníků řízení a zachování rovnosti stran nezbytné, a ani žádoucí. Žalobkyně ad absurdum fakticky požaduje, aby soud dovodil nezákonnost rozhodnutí o úroku z prodlení za měsíc květen 2012 z toho, že shledal důvodnou nyní posuzovanou žalobu ve vztahu k rozhodnutí o úroku za měsíc srpen 2012, tedy ještě před pravomocným zrušením napadeného rozhodnutí ve vztahu k platebnímu výměru za měsíc srpen 2012.
26. Krajský soud dodává, že nezpochybňuje stanovisko obou účastníků řízení, že pokud by správní orgány nezapočetly některé přeplatky na osobním daňovém účtu žalobkyně na úrok z prodlení za srpen 2012, započetly by je na úrok z prodlení za měsíc květen 2012. S ohledem na shora uvedené však k takovému přepočtu nemůže dojít na základě námitek uplatněných po lhůtě pro podání žaloby. Zrušením napadeného rozhodnutí ve vztahu k úroku z prodlení za měsíc srpen 2012 vznikne na osobním daňovém účtu žalobkyně přeplatek na dani (a v konečném důsledku tedy i ve vztahu k přeplatkům, které byly na úrok z prodlení za měsíc srpen 2012 započteny), proto nepřípustnost opožděně uplatněné námitky nezpůsobí žalobkyni žádnou újmu.
27. S ohledem na vše shora uvedené zrušil krajský soud napadené rozhodnutí na základě odstranění rozhodnutí o doměření DPH za zdaňovací období srpen 2012 pouze ve vztahu k platebnímu výměru na úrok z prodlení za totéž zdaňovací období. Je-li totiž výrok napadeného rozhodnutí dělitelný, je krajský soud povinen zrušit jej pouze ve vztahu k části, která je dotčená shledanou nezákonností. Povinnost zrušit správní rozhodnutí pouze v nezákonné části, je-li to možné, je zcela v souladu se zásadou procesní ekonomie, neboť nevede ke zbytečnému pokračování správního řízení v části, kterou soud shledal v souladu se zákonem. Částečně zrušit napadené rozhodnutí je možné v rozsahu jen některých výroků, případně i v rozsahu jen některých prvostupňových rozhodnutí – při přezkumu daňových rozhodnutí totiž kasační soud již dovodil, že dokonce v případě, kdy je zamítnuto několik odvolání proti platebním výměrům jedním výrokem, je „možné prostřednictvím čísel jednacích jednotlivých rozhodnutí správce daně jednoznačně vymezit, která část výroku rozhodnutí žalovaného se zrušuje, respektive která rozhodnutí správce daně se zrušují“ (rozsudek ze dne 20. 9. 2022, č. j. 4 Afs 306/2020-70, bod 42).
28. Krajský soud se dále ve vztahu ke zdaňovacímu období května 2012 zabýval důvodností žalobních námitek a shledal žalobu v tomto rozsahu nedůvodnou.
29. V prvé řadě je třeba posoudit námitku věcné nepříslušnosti žalovaného rozhodnout o odvolání žalobkyně. Pokud by soud shledal tuto námitku důvodnou, pak by bylo zcela nadbytečné zabývat se i další argumentací žalobkyně. Příslušností správního orgánu rozhodovat o odvolání proti předepsání úroku od 1. 1. 2021 (po účinnosti novely daňového řádu č. 283/2020 Sb.) se podrobně zabýval NSS v rozsudku ze dne 21. 12. 2022, č. j. 7 Afs 162/2022-29. Dospěl k závěru, že právní úprava daňového řádu, ve znění účinném od 1. 1. 2021, která jako opravný prostředek proti postupu správce daně v souvislosti s předepsáním a vyplacením úroku stanovuje námitku, o níž rozhoduje sám dotčený správce daně (§ 251a odst. 4 ve spojení s § 159 odst. 2 daňového řádu), se uplatní pouze na námitky podané od 1. 1. 2021. Z žádného ustanovení daňového řádu (či zákona č. 283/2020 Sb.) však nevyplývá, že by mělo dojít k rekvalifikaci podaného odvolání na námitku a v důsledku toho přenesení věcné příslušnosti na prvostupňového správce daně ve vztahu k řízením již zahájeným.
30. Žalobkyně uvádí, že podle bodu 12 přechodných ustanovení důvodové zprávy platí, že aplikace nové procesněprávní úpravy na staré úroky se neomezuje pouze na řízení zahájené po nové právní úpravě. Toto pravidlo je však vyloučeno v bodu 6 důvodové zprávy, ze kterého plyne, že v zájmu dosažení právní jistoty se sice navrhuje použít novou právní úpravu úroků, avšak tento princip je vyloučen v případě již započatých řízení o námitce. V souladu se zákazem pravé retroaktivity není žádoucí, aby se již jednou učiněné podání rekvalifikovalo na jiné. Pokud bylo podání učiněno za účinnosti staré právní úpravy, došlo k řádnému zahájení odvolacího řízení. Tak tomu bylo i v případě žalobkyně, která podala odvolání za účinnosti staré právní úpravy daňového řádu. Podle něj bylo proti platebním výměrům na úrok z prodlení v souladu s § 109 odst. 1 daňového řádu přípustné odvolání. Z toho plyne, že ani k přezkumnému řízení nebyl příslušný Finanční úřad pro Středočeský kraj. Soud sdílí názor žalovaného, že by nedávalo smysl, aby rozhodnutí o odvolání bylo změněno v přezkumném řízení podřízeným daňovým orgánem.
31. Soud dále nepřisvědčil žalobkyni, že nebyla v prodlení s úhradou daně, neboť její výši musely správní orgány nejdříve určit. I z rozsudku NSS citovaného žalobkyní (č. j. 5 Afs 1/2009-57) vyplývá, že daňový poplatník se ocitá v prodlení s úhradou daňové povinnosti již v okamžiku původní splatnosti daně (srov. také rozsudek NSS ze dne 18. 5. 2016, č. j. 6 Afs 247/2015-33). Ke vzniku úroku z prodlení proto není třeba nejdříve autoritativně určit správnou výši daně, neboť primární povinnost přiznat daň ve správné výši stíhá daňový subjekt. Přestože tedy v daném případě došlo k odepření nároku na odpočet DPH, byla to žalobkyně, která daň nepřiznala ve správné výši, pročež jí správní orgány nárok na odpočet DPH odepřely.
32. Důvodná není ani námitka žalobkyně, podle které správní orgány porušily zásadu ne bis in idem, neboť úrok z prodlení podle § 252 daňového řádu má povahu sankce trestní povahy a žalobkyně byla dříve potrestána stanovením povinnosti uhradit penále. Povahou úroku z prodlení se již opakovaně zabýval NSS. V rozsudku ze dne 2. 6. 2016 č. j. 7 Afs 77/2014‑76, odmítl námitku daňového subjektu, že úrok z prodlení (podle tehdejšího § 63 zákona o správě daní a poplatků) má povahu trestní sankce a že při jeho stanovení je třeba aplikovat zásady trestního práva. Podrobně se povahou úroku z prodlení (podle § 252 daňového řádu) zabýval v rozsudku ze dne 19. 12. 2017, č. j. 8 Afs 181/2017‑31, v němž vyložil, že zákonná výše úroku z prodlení stanovená daňovým řádem nepředstavuje sankci, a nejde tedy o úrok přemrštěný (bod 23). Uzavřel, že „úrok z prodlení plní, jak je uvedeno výše, funkci ekonomické náhrady za nedoplatky peněžních prostředků na daních, které musí veřejné rozpočty získávat z jiných zdrojů. Jedná se v podstatě o cenu finančních prostředků v čase, která je daná úrokovou mírou“ (bod 26). Úrok z prodlení tedy nelze považovat za odstrašující trest. Sankční povahu úroku z prodlení pak NSS vyloučil i v dalších rozsudcích (ze dne 7. 10. 2021 č. j. 6 Afs 263/2020‑46, č. 283/2021 Sb. NSS, či ze dne 10. 5. 2023, č. j. 6 Afs 91/2022‑24, ze dne 11. 10. 2023, č. j. 3 Afs 138/2022‑50, a ze dne 6. 3. 2024, č. j. 6 Afs 271/2023-34). Krajský soud neshledal důvodu se od této judikatury jakkoliv odchylovat a uzavírá, že výše úroku z prodlení ve výši repo sazby stanovené Českou národní bankou zvýšené o 14 % není zjevně přemrštěná.
33. Charakter zákonného úroku nelze odvozovat pouze od výše nákladů na obsluhu státního dluhu, případně od úroku, za nějž vlády půjčují na trhu s dluhopisy, jak to činí žalobkyně. Úrok z prodlení především s ohledem na jeho povahu plní reparační funkci tím, že jeho výše se váže na repo sazbu České národní banky, reflektuje cenu peněz a narůstá s časem, čímž kompenzuje náhradu újmy státu za nemožnost disponovat finančními prostředky po určitou dobu. Daňový řád nemusí stanovit výši úroků z prodlení přesně podle nákladů, které se odvíjí od obsluhy státního dluhu, případně podle přesně vyčíslené škody, která státu vzniká pozdním zaplacením daně. Ostatně s ohledem na závěry ustálené judikatury NSS, podle které zákonný úrok z prodlení není přemrštěný, a nemá tudíž primárně restriktivní povahu, již ani sama žalobkyně nepovažovala za účelné provádět k této otázce dokazování. Základní funkcí úroku z prodlení je paušalizovaná (nikoliv tedy přesná) náhrada škody, jež státu vznikla zpožděním daňových příjmů. Penále naproti tomu postihuje jiné porušení primární povinnosti spočívající ve správném tvrzení daňových povinností. Nelze proto uvažovat o tom, že by se v případě uložení penále a úroku z prodlení jednalo o porušení zásady ne bis in idem.
34. Shora citované závěry NSS nezpochybňuje ani odkaz na rozsudek rozšířeného senátu ze dne 15. 10. 2020, č. j. 9 Afs 4/2018‑65, č. 301/2020 Sb. NSS, týkající se penále za prodlení s odvodem za porušení rozpočtové kázně. Konstrukce penále dle zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů, se odlišuje od konstrukce úroku z prodlení. Přestože rozšířený senát v citovaném rozsudku posoudil penále s efektivním úrokem 36,5 % p. a. jako zákonnou sankci, neboť složku sankční (oproti složce reparační) již považoval za dominantní (bod 46), nelze tento závěr bez dalšího mechanicky přenášet na úrok z prodlení upravený daňovým řádem (ve znění do 31. 12. 2020), který se v návaznosti na výši repo sazby České národní banky pohyboval v letech 2011 ‑ 2020 v rozmezí 14,75 % ‑ 16,25 % p. a., tedy nejvýše v necelé polovině výše penále za prodlení s odvodem za porušení rozpočtové kázně (shodně opět již citované rozsudky NSS č. j. 6 Afs 263/2020‑46, č. j. 6 Afs 91/2022‑24 a č. j. 6 Afs 271/2023-34).
35. Odmítnout je třeba i argument žalobkyně, že obvyklá cena peněz pro jednotlivce dle daňového řádu je výrazně nižší (2 % p. a. + repo sazba). Dle daňového řádu ve znění účinném do 31. 12. 2020 nebyla úprava úroku z prodlení z hlediska výše úročení osamocená. Repo sazba České národní banky zvýšená o 14 % odpovídala výši úročení nejenom u úroku z prodlení, nýbrž i u úroku z neoprávněného jednání správce daně dle § 254 odst. 1. Od 1. 1. 2021 se snížila výše úroku z prodlení, přičemž úprav doznal i § 254 daňového řádu a v něm upravený úrok. Nově se nazýval úrokem z nesprávně stanovené daně a zákonodárce jej přímo navázal ve stejné výši na úrok z prodlení. Cena peněz dle daňového řádu pro stát i jednotlivce je tudíž stejná a výši úročení nelze považovat za přemrštěnou.
36. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný nezohlednil některé přeplatky, které jí vznikly na osobním daňovém účtu a měly být započteny na úrok z prodlení. Krajský soud proto připomíná, že úrok z prodlení za zdaňovací období měsíce května 2012 správce daně žalobkyni předepsal za období od 2. 7. 2012 do 26. 1. 2018.
37. Podle žalobkyně měl žalovaný zohlednit přeplatek ve výši 274 264 Kč, který vznikl na základě rozhodnutí OFŘ ze dne 1. 7. 2021, č. j. 24794/21/5300-21444-711869, a ve vztahu k němu tak nemohl vzniknout úrok z prodlení. Tuto námitku neshledal soud důvodnou. Původně správní orgány rozhodly o doměření DPH za zdaňovací období srpen 2012 ve výši 1 371 320 Kč a současně o povinnosti hradit penále ve výši 274 264 Kč. Označeným rozhodnutím ze dne 1. 7. 2021 OFŘ zrušilo povinnost hradit penále. Nicméně se tak stalo až po dni, do kterého byl proveden výpočet úroku z prodlení (26. 1. 2018). Proto na výši přeplatků v úročeném období nemá tato změna žádný vliv. Na tomto místě je třeba připomenout, že přeplatky vznikají až k datu náhradní splatnosti. Podle rozsudku NSS ze dne 18. 5. 2016, č. j. 6 Afs 247/2015-33, „pokud byla podle dodatečného daňového přiznání doměřena daň vyšší, je daňový subjekt v prodlení v rozsahu neuhrazeného doměrku již ode dne původní splatnosti, zatímco v případě, kdy je podle dodatečného daňového přiznání daň nižší, vznikne přeplatek až jejím vyměřením, tj. v případě dodatečných daňových přiznání je třeba mít za to, že daň je vyměřena k poslednímu dni lhůty pro podání dodatečného daňového přiznání“. Ze stejného důvodu nepřisvědčil soud ani námitce, podle které měl žalovaný zohlednit také přeplatek, který vznikl po vydání rozhodnutí OFŘ ze dne 11. 2. 2021, č. j. 5468/21/5200-11431-711413, jímž došlo ke snížení úroku z prodlení za měsíc květen 2012 z částky 164 087 Kč na částku 154 009 Kč a za měsíc srpen 2012 z částky 492 046 Kč na částku 479 625 Kč.
38. Stejně tak žalovaný nemusel započíst ani přeplatky vzniklé autoremedurními rozhodnutími ze dne 15. 7. 2020, která žalobkyně učinila přílohou žaloby a navrhla je k provedení důkazem. Jelikož se jedná o rozhodnutí vypadá až po dni, do kterého se žalobkyni počítal úrok z prodlení za zdaňovací období květen 2012, nemohl žádný ze vzniklých přeplatků ovlivnit výši předepsaného úroku, a tedy ani zákonnost napadeného rozhodnutí ve vztahu ke zdaňovacímu období květen 2012. Jelikož tedy rozhodnutí ze dne 15. 7. 2020 nemohla mít vliv na výpočet úroku z prodlení za rozhodné období, soud tato rozhodnutí jako důkazy neprovedl.
39. Krajský soud se nezabýval námitkou obsaženou pod bodem IX. žaloby (že Krajský soud v Praze zrušil rozsudkem č. j. 43 Af 37/2018-87 rozhodnutí o odvolání ve věci doměření DPH v části týkající se zdaňovacího období měsíce srpna 2012, a proto bylo třeba vydat nový platební výměr na úrok z prodlení poté, co došlo znovu k pravomocnému doměření DPH), neboť zrušil napadené rozhodnutí ve vztahu ke zdaňovacímu období srpen 2012 v návaznosti na zrušení podmiňujícího rozhodnutí pozdějším rozsudkem Krajského soudu v Praze. Tato námitka se tak stala bezpředmětnou.
V. Závěr a náklady řízení
40. Z výše uvedených důvodů soud dle § 78 odst. 1 s. ř. s. zrušil částečně rozhodnutí žalovaného pro nezákonnost a věc mu vrátil k dalšímu řízení (§ 78 odst. 4 s. ř. s.). V něm bude žalovaný vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku (§ 78 odst. 5 s. ř. s.). Ve zbytku soud žalobu podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.
41. O náhradě nákladů řízení bylo rozhodnuto podle § 60 odst. 1 s. ř. s., podle něhož nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Měl-li úspěch jen částečný, přizná mu soud právo na náhradu poměrné části nákladů. Žalobkyně byla ve věci úspěšná pouze částečně. Žalovaný rozhodoval o odvolání proti dvěma platebním výměrům (resp. proti rozhodnutí OFŘ, jímž byly přezkoumávány dva platební výměry správce daně), přičemž každý z nich představuje samostatnou věc, u níž se hodnotí úspěch v řízení (rozsudek NSS ze dne 24. 10. 2023, č. j. 4 Ads 257/2021-57, bod 50). Žalobkyně byla tedy úspěšná z 1/2. Při částečném úspěchu jí proto náleží 1/2 účelně vynaložených nákladů řízení.
42. Účelně vynaložené náklady žalobkyně v řízení před krajským soudem sestávají ze zaplaceného soudního poplatku ve výši 3 000 Kč a odměny za zastupování advokátem. Ten ve věci učinil čtyři úkony právní služby (převzetí a příprava zastoupení, podání žaloby, doplnění žaloby ze dne 27. 6. 2025 a účast na jednání soudu dne 17. 12. 2025) podle § 11 odst. 1 písm. a), d) a g) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif). Mimosmluvní odměna za jeden úkon právní služby činí v případě prvních dvou úkonů částku 3 100 Kč [§ 7, § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024] a v případě dalších dvou úkonů částku 10 300 Kč [§ 7, § 10b odst. 5 písm. a) advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025]. Dále žalobkyni náleží náhrada hotových výdajů jejího zástupce v paušální výši 300 Kč za každý z prvních dvou úkonů právní služby (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024) a ve výši 450 Kč za třetí a čtvrtý úkon (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025).
43. Oproti vyúčtování náhrady nákladů řízení ze dne 8. 1. 2026 soud nepovažoval za účelně vynaložený náklad doplnění žaloby ze dne 9. 12. 2025, resp. jej považuje ve vztahu k doplnění ze dne 27. 6. 2025 za jeden úkon, neboť žalobkyni nic nebránilo v návaznosti na rozsudek Krajského soudu v Praze č. j. 55 Af 15/2021-144 podat pouze jedno doplnění žaloby a v něm předestřít veškerou argumentaci, kterou reaguje na označený rozsudek. Nutno podotknout, že obě doplnění žaloby jsou velmi stručná a soud je pro účely náhrady nákladů řízení posoudil jako jeden úkon právní služby.
44. Na cestovném advokáta k soudnímu jednáním náleží v souladu s předloženým vyúčtováním náhrada za cestu ze sídla zástupce ke Krajskému soudu v Brně na jednání soudu (228 km) osobním automobilem s průměrnou spotřebou 8 l/100 km, ve vztahu k němuž předložil zástupce žalobce kopii osvědčení o registraci, ve výši 1 956 Kč podle § 13 odst. 5 advokátního tarifu ve spojení s § 157 odst. 4 písm. b) a § 158 zákona č. 261/2006 Sb., zákoník práce, a podle vyhlášky č. 475/2024 Sb., o změně sazby základní náhrady za používání silničních motorových vozidel a stravného a o stanovení průměrné ceny pohonných hmot pro účely poskytování cestovních náhrad pro rok 2025 [náhrada za spotřebovanou pohonnou hmotu (8 : 100 x 228 km x 34,70 Kč) a základní náhrada (228 km x 5,80 Kč)].
45. V řízení o kasační stížnosti proti usnesení o postoupení věci Krajskému soudu v Brně učinil zástupce žalobkyně jeden úkon právní služby (podání kasační stížnosti) podle § 11 odst. 1 písm. d), za který mu náleží mimosmluvní odměna ve výši 3 100 Kč [§ 7, § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024] a náhrada hotových výdajů dle § 13 odst. 4 advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024 ve výši 300 Kč. Krajský soud s ohledem na obsah vyúčtování náhrady nákladů řízení podotýká, že uhrazený soudní poplatek za kasační stížnost žalobkyni vrátil NSS výrokem II. usnesení ze dne 28. 7. 2022, č. j. 5 As 84/2022-19, proto jí žádné náklady na soudním poplatku v kasačním řízení nevznikly.
46. Zástupce žalobkyně soudu doložil, že je plátcem DPH, proto mu náleží náhrada této daně dle § 57 odst. 2 s. ř. s. Celkem tedy žalobkyni vznikly náklady řízení ve výši 43 724 Kč [3000+(1956+3×3100+3×300+2×10300+2×450)×1,21]. Soud jí přiznal náhradu nákladů řízení ve výši 1/2 z této částky, celkem tedy žalobkyni vůči žalovanému přiznal náhradu nákladů ve výši 21 862 Kč. K jejímu zaplacení soud určil přiměřenou lhůtu.
Poučení:
Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.
Brno 17. prosince 2025
Zuzana Bystřická
předsedkyně senátu