Účastníci řízení:
AGRO Liboměřice a.s., Generální ředitelství cel
Celé znění judikátu:
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Milana Podhrázkého a soudkyň Jiřiny Chmelové a Jitky Zavřelové v právní věci žalobkyně: AGRO Liboměřice a.s., se sídlem Pohled 26, Mladoňovice, zastoupena Mgr. Luďkem Šikolou, advokátem se sídlem Ovocný trh 1096/8, Praha 1, proti žalovanému: Generální ředitelství cel, se sídlem Budějovická 1387/7, Praha 4, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 13. 7. 2023, čj. 29611/2023-900000-318, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové – pobočky v Pardubicích ze dne 31. 1. 2024, čj. 52 Af 14/2023-82,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
- Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Nejvyšší správní soud se v tomto rozsudku zabývá otázkou možnosti zdanění části bioplynu vyrobeného v bioplynové stanici, který vstupuje do kogenerační jednotky bioplynové stanice, v níž dochází ke společné výrobě elektřiny a tepla, podle části čtyřicáté páté zákona č. 261/2007 Sb., o stabilizaci veřejných rozpočtů (dále „zákon“).
[2] Celní úřad pro Pardubický kraj (dále „správce daně“) vydal dne 10. 8. 2021 platební výměry na daň ze zemního plynu a některých dalších plynů čj. 98826/2021-590000-31 (zdaňovací období leden 2021), čj. 98866/2021-590000-31 (únor 2021), čj. 98876/2021-590000-31 (březen 2021) a čj. 98903/2021-31 (duben 2021). Těmito platebními výměry žalobkyni stanovil povinnost hradit daň z bioplynu, který žalobkyně produkuje v procesu kombinované výroby elektřiny a tepla v bioplynové stanici, a to pro část bioplynu použitou na výrobu tepla. Proti shora uvedeným platebním výměrům podala žalobkyně odvolání. Žalovaný rozhodnutím označeným v záhlaví tyto platební výměry změnil vždy v části týkající se výše stanovené daně, a to za zdaňovací období leden 2021 z 2 964 Kč na 9 371 Kč (čj. 98826/2021-590000-31), za zdaňovací období únor 2021 z 4 403 Kč na 10 611 Kč (čj. 98866/2021-590000-31), za zdaňovací období březen 2021 z 4 932 Kč na 11 774 Kč (čj. 98876/2021-590000-31) a za zdaňovací období duben 2021 z 4 278 Kč na 11 554 Kč (čj. 98903/2021-31). Změnu dříve stanovené daně odůvodnil jiným způsobem výpočtu základu daně.
[3] Rozhodnutí žalovaného napadla žalobkyně žalobou podanou u Krajského soudu v Hradci Králové – pobočky v Pardubicích, který ji zamítl. Podle krajského soudu je bioplyn ve smyslu § 4 zákona z důvodu použití pro stacionární motor kogenerační jednotky předmětem daně. Zákon však stanovuje různorodá osvobození od daně. Jedním z nich je také osvobození plynu určeného k použití, nabízeného k prodeji nebo použitého k výrobě elektřiny [§ 8 odst. 1 písm. b) zákona]. O nutnosti osvobození té části bioplynu, z něhož se vyrábí elektřina, nebylo mezi účastníky řízení sporu. Podle krajského soudu však nelze v případě kogenerační jednotky vnímat osvobození bioplynu jako plošné, neboť osvobození energetických produktů pro výrobu tepla se dotýká pouze výroby tepla dodávaného domácnostem [§ 8 odst. 1 písm. c) zákona]. Pohání-li tedy bioplyn stacionární motor kogenerační jednotky jakožto přímé palivo, je třeba s ním zacházet ve dvojím režimu zdanění. Osvobození od daně bude vždy podléhat ta část plynu, která je určena k výrobě elektřiny, avšak část plynu vztažená k výrobě tepla osvobození nepodléhá, a je tedy předmětem zdanění. Tento dvojí režim zacházení s bioplynem rozhodnutí daňových orgánů náležitě zohlednila. Žalobkyni muselo být s ohledem na využitou technologii kogenerační jednotky zřejmé, že v ní dochází jak k cílené výrobě elektřiny, tak i tepla. Vzniklé teplo zde není jen nahodilým produktem. Krajský soud se ztotožnil také s výpočtem použitým žalovaným a doplnil, že nedoměření daně v předchozím období nemusí znamenat, že bioplyn zdanění dříve nepodléhal. Daň podle pomůcek byla podle krajského soudu stanovena dostatečně spolehlivě. Ohledně změny právního názoru daňových orgánů na výpočet daně v průběhu daňového řízení soud uvedl, že žalobkyně byla řádně seznámena s podklady rozhodnutí a soudu není zřejmé, jakým způsobem by mohla být dotčena na svých právech. Co se pak týká předchozího rozhodování ve věci jiných bioplynových stanic, žalovaný potvrdil, že nově bude stejným způsobem postupovat i u těchto stanic. V případě zdanění bioplynu v kogeneračních jednotkách neexistovala setrvalá správní praxe, od níž by žalovaný v případě žalobkyně upustil. Správní praxe se naopak teprve utvářela.
II. Kasační stížnost a následná vyjádření
[4] Proti rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (dále „stěžovatelka“) kasační stížnost. Namítla jednak nesprávné posouzení věci, neboť krajský soud vycházel z nepravdivého předpokladu, že v kogenerační jednotce dochází vedle výroby elektřiny i k cílené a regulovatelné výrobě tepla. Konstatování, že teplo je jen sekundárním produktem při výrobě elektřiny, opřela o podrobný popis fungování bioplynové stanice (od vstupní biomasy až po výstup v podobě elektřiny a tepla). V kogenerační jednotce se bioplyn spaluje, čímž nelze vzniku odpadního tepla zabránit ani ho odbourat. Záchyt přirozeně vyrobeného tepla současně nemá žádný vliv na spotřebu bioplynu pro výrobu elektřiny. Žádná část bioplynu proto nemá být předmětem daně. Úmyslem zákonodárce podle stěžovatelky nebylo tento meziprodukt z biomasy danit, nedochází zde k žádnému dodání ke konečné spotřebě. Smyslem ekologických daní je motivovat k ekologicky šetrnému využívání zdrojů, přičemž princip kogenerační jednotky využívá obnovitelné zdroje velmi efektivním způsobem. Proto je právními předpisy obecně podporován. Uvalení daně tak je v rozporu s myšlenkou podpory obnovitelných zdrojů energie. Krajský soud se navíc s uvedenou argumentací stěžovatelky dostatečně nevypořádal.
[5] Stěžovatelka dále zdůraznila, že i kdyby bioplyn měl být předmětem daně, musel by být jako celek osvobozen od daně podle § 8 odst. 1 písm. b) zákona. Kombinovanou výrobou elektřiny a tepla se podle zákona č. 165/2012 Sb., o podporovaných zdrojích energie a o změně některých zákonů (dále „zákon o podporovaných zdrojích energie“), rozumí zařízení, v němž dochází k přeměně primární energie na energii elektrickou za vzniku užitečného tepla ve společném procesu v jednom zařízení. I užitečné teplo je ovšem jen odpadním teplem. Závěry krajského soudu o osvobození pouhé části bioplynu určené k výrobě elektřiny neodpovídají principu fungování kogenerační jednotky. Krajský soud tedy vycházel z nesprávných skutkových zjištění a z nich pak dovodil vadný závěr o cílené výrobě tepla. Množství bioplynu vstupujícího do kogenerační jednotky se nedá rozdělit na části, do spalovací komory vstupuje najednou všechen bioplyn. Stěžovatelka upozornila, že sám zákon využívá pojem technologické teplo s tím, že tento pojem i Nejvyšší správní soud interpretoval tak, že jde o vedlejší produkt pro použití plynu k jinému účelu [§ 8 odst. 1 písm. g) zákona]. Nadto také Energetický regulační úřad (dále „ERÚ“) označuje bioplynové stanice za výrobny elektřiny. Tento závěr však krajský soud zpochybnil. Bioplyn vstupující do zařízení tak měl být jako celek osvobozen od daně.
[6] Jde-li o zrušení § 8 odst. 7 zákona k 1. 1. 2021, krajský soud podle stěžovatelky potvrdil, že osvobození dle vypuštěného ustanovení se dotýkalo bioplynu určeného k nahrazení tradičních pohonných hmot v dopravě. Nemělo tak žádný vliv na zdanění ve stěžovatelčině věci. Právě zrušením daného osvobození ale rozhodnutí žalovaného odůvodnilo stanovení daně z bioplynu. Před zrušením daného ustanovení daňové orgány nečinily žádné kroky ke splnění domnělé daňové povinnosti provozovatelů těchto zařízení, neboť i ony měly za to, že žádná daňová povinnost nevznikla. S názorem krajského soudu, že nelze dovodit, že by žalovaný samovolně změnil výklad zákona, nelze souhlasit. Změnou výkladu zákona vznikl neakceptovatelný stav, kdy za týž právní úpravy správce daně jednou daň nevybíral a podruhé zase ano. Taková praxe vykazuje znaky nepřípustné libovůle.
[7] Krajský soud se dle přesvědčení stěžovatelky též nedostatečně nevypořádal s námitkou týkající se nezákonného postupu správce daně spočívajícím ve změně správní praxe. Po 1. 1. 2021 žalovaný nedůvodně změnil dosavadní právní názor a rovněž postupoval jinak v případě stěžovatelky než u jiných provozovatelů bioplynových stanic. Žalovaný nadto provedl výpočet daně jiným způsobem, kvůli němuž byla stěžovatelce stanovena mnohonásobně vyšší daň než v případě výpočtu prvostupňového správce daně. To představuje další neodůvodněnou změnu postupu při správě daní. Změna ustálené praxe je přitom v právním státě zásadně nepřípustná. Krajský soud tyto námitky vypořádal tak, že se pouze spolehnul na vyjádření žalovaného, že v budoucích případech již bude postupovat stejně. To však není vůbec dostatečné, protože nebyla posouzena důvodnost změny předchozí správní praxe. Krajský soud také přešel návrhy stěžovatelky týkající se dokazování rozsudkem Krajského soudu v Českých Budějovicích ze dne 10. 10. 2023, čj. 57 Af 1/2023-41, a k tomu, aby žalovaný předložil svá další rozhodnutí, v nichž počítá základ daně z množství vyrobeného užitečného tepla.
[8] Žalovaný považoval ve vyjádření ke kasační stížnosti rozsudek krajského soudu za zákonný a navrhl kasační stížnost zamítnout. K tvrzení stěžovatelky, že bioplyn není předmětem daně, uvedl, že v rámci technologie kombinované výroby elektřiny a tepla dochází i k cílené produkci tepla. To však není jakýmsi nutným zlem, ale produktem výroby úmyslně zachyceným pro další využití. Žalovaný souhlasil s krajským soudem, že bioplyn je předmětem daně z plynu podle § 4 písm. c) bodu 1. zákona jakožto plyn používaný pro stacionární motory. Stěžovatelka tento plyn užívá (spotřebovává), a proto je plátcem daně, samozřejmě s výjimkou části plynu osvobozené od daně. U bioplynu není rozhodující, jak byl vyroben nebo zda jde o meziprodukt. Zdanění bioplynu rovněž není rozporné s myšlenkou podpory obnovitelných zdrojů energie. K tvrzené nepřezkoumatelnosti rozsudku žalovaný dodal, že na námitku lze reagovat i tím, že soud prezentuje odlišný právní názor, který zdůvodní. Ke zrušenému § 8 odst. 7 zákona pak podotkl, že zákon v původním znění (k 1. 1. 2008) neobsahoval žádné explicitní pravidlo, že plyn spotřebovaný v bioplynové stanici zdanění nepodléhá. V období od 1. 10. 2009 do 31. 12. 2020 však zákon obsahoval § 8 odst. 7, z něhož šlo dovodit osvobození bioplynu pro pohon motorů. Zrušením § 8 odst. 7 zákona došlo ke zrušení daňového zvýhodnění tohoto typu bioplynu, čímž správce daně začal zdanění aplikovat. Veřejnosti byl od roku 2013 znám názor žalovaného na to, že bioplyn je předmětem daně, ale v důsledku onoho ustanovení je od daně osvobozen. V souvislosti se zrušením ustanovení tak daňové subjekty mohly očekávat pouze to, že bioplyn v daném režimu nebude dále osvobozován. Stěžovatelka proto nemohla být v legitimním očekávání, že jí daň z plynu nebude vyměřena. Změna dosavadní praxe byla podložena a zdůvodněna. Jestliže stěžovatelka tvrdila, že všechen bioplyn se používá pro výrobu elektřiny s odkazem na osvobození podle § 8 odst. 1 písm. b) zákona, krajský soud i celní orgány přinesly eurokonformní výklad zákona podpořený judikaturou, ze kterého plyne, že osvobozena je jen část, která odpovídá skutkovým podstatám osvobození. Argumentace stěžovatelky o podpoře obnovitelných zdrojů nebo o tom, že záměrně provozuje pouze výrobu elektřiny a výroba tepla je nechtěná, není přiléhavá. Jí použitá technologie totiž objektivně vzato v kombinované výrobě produkuje jak elektřinu, tak i teplo. Názor, že veškerý bioplyn je použit k výrobě elektřiny, považoval žalovaný za zavádějící, neboť motor by musel pracovat se stoprocentní účinností. Nepřípadná je i argumentace k výkladu § 8 odst. 1 písm. g) zákona, podle něhož se stěžovatelka snaží zařadit vyrobené teplo pod tzv. technologické teplo. Toto osvobození se týká situací, kdy je plyn použit pro jiný účel než pro pohon motorů nebo pro výrobu tepla. Stanovisko ERÚ nikde nedefinuje, že bioplynové stanice je nutné chápat čistě jako elektrárny. K otázce změny správní praxe žalovaný doplnil, že krajský soud žalobní argumentaci vypořádal dostatečně. Při zjištění nesprávného postupu správce daně je nezbytné v odvolacím řízení vyměřenou daň změnit, a to i v neprospěch daňového subjektu. Změna byla zdůvodněna a daňový subjekt se s názorem žalovaného seznámil.
[9] Žalovaný později své vyjádření opakovaně doplňoval. Nejprve v přípise ze dne 15. 7. 2024 odkázal na jiný rozsudek téhož krajského soudu ve skutkově i právně obdobné věci s tím, že i v tomto případě byla žaloba proti správnímu rozhodnutí zamítnuta. V pozdějším vyjádření ze dne 31. 7. 2024 upozornil, že v další skutkově a právně obdobné věci rovněž došlo k zamítnutí správní žaloby, a to tentokrát u Krajského soudu v Ostravě – pobočky v Olomouci. Dne 15. 1. 2026 pak žalovaný v dalším vyjádření doplnil, že i Nejvyšší správní soud již rozhodoval ve skutkově i právně obdobné věci, a to konkrétně rozsudkem ze dne 18. 12. 2025, čj. 21 Afs 109/2025-38, přičemž kasační stížnost žalobce byla zamítnuta.
III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
[10] Nejvyšší správní soud posoudil kasační stížnost a dospěl k závěru, že není důvodná.
[11] Úvodem je třeba upozornit, že obdobnou kasační stížností, v níž jiný stěžovatel (ovšem zastoupený stejným zástupcem jako nyní stěžovatelka) uplatňoval obdobné námitky, se Nejvyšší správní soud již zabýval v rozsudcích ze dne 27. 11. 2025, čj. 3 Afs 250/2023–52, ze dne 18. 12. 2025, čj. 21 Afs 109/2025‑38, a ze dne 28. 1. 2026, čj. 4 Afs 148/2024-51. V nynější věci přitom kasační soud neshledal důvod se od závěrů vyslovených v uvedených rozsudcích odchýlit a v podrobnostech na argumentaci v těchto rozsudcích odkazuje.
[12] Nejvyšší správní soud předně hodnotil, zda je rozsudek krajského soudu nepřezkoumatelný pro nedostatek důvodů. Kasační soud pro stručnost odkazuje na judikaturu popisující, jaké vady naplňují kasační důvod nepřezkoumatelnosti rozsudku (rozsudky NSS ze dne 4. 12. 2003, čj. 2 Ads 58/2003-75, č. 133/2004 Sb. NSS, ze dne 31. 1. 2008, čj. 4 Azs 94/2007-107, ze dne 21. 8. 2008, čj. 7 As 28/2008-76 nebo usnesení rozšířeného senátu ze dne 18. 2. 2008, čj. 7 Afs 212/2006-74, č. 1566/2008 Sb. NSS). Z pohledu výše uvedené judikatury Nejvyšší správní soud nepřezkoumatelnost neshledal. Z rozsudku srozumitelně vyplývá, že se krajský soud vyjádřil ke všem stěžejním žalobním bodům stěžovatelky. Současně lze připomenout, že vypořádání žalobních bodů může být podle judikatury provedeno i tak, že soud postaví vůči žalobním bodům vlastní právní názor, v jehož důsledku žalobní body jako celek neobstojí. Není tedy nutné, aby soud vypořádával každou dílčí námitku zvlášť (rozsudek NSS ze dne 21. 3. 2019, čj. 10 Azs 316/2018-60, č. 3876/2019 Sb. NSS, bod 10, či usnesení NSS ze dne 20. 10. 2023, čj. 8 As 166/2022-30, bod 10). Podle Nejvyššího správního soudu tak napadený rozsudek je přezkoumatelný, čímž je umožněn i jeho věcný přezkum.
[13] Stěžovatelka namítla rovněž existenci jiných vad soudního řízení. Tvrdila, že nedošlo k provedení některých navržených důkazů a že krajský soud přešel i její návrh na to, aby žalovanému uložil povinnost předložit rozhodnutí, ve kterých vypočetl základ daně jiným způsobem s ohledem na vyrobené množství užitečného tepla (v návaznosti na tvrzení stěžovatelky, že mělo dojít ke změně správní praxe). Nejvyšší správní soud k těmto tvrzeným vadám řízení odkazuje na audiozáznam a protokol z jednání před krajským soudem ze dne 24. 1. 2024 (dostupný ve spise krajského soudu). Z něho vyplývá, že důkazní návrhy stěžovatelky byly při jednání projednávány, avšak stěžovatelka následně na jejich provedení netrvala. Nemohlo se tak jednat o opomenuté důkazy. Co se týče výslechu odborníka Ing. M., krajský soud při jednání konstatoval, že o principu fungování kogenerační jednotky mezi stranami není sporu. Stěžovatelka poté výslovně uvedla, že na návrhu důkazu výslechem Ing. M. nadále netrvá. Jde-li o rozhodnutí v jiné věci, které bylo předloženo k replice stěžovatelky, stěžovatelka se v průběhu jednání ztotožnila s názorem, že není třeba provádět důkaz, jehož obsah je oběma stranám i soudu znám. Co se týče dalšího dokazování ohledně možné nejednotnosti správní praxe, krajský soud se k tomu vyjádřil tak, že vyšlo najevo, že v poukazovaném odlišném případě existovaly jiné podklady (žalovaný neprovedl místní šetření a vycházel z údajů podle výkazů ERÚ (viz též bod 36 napadeného rozsudku). Nebylo tedy sporu o tom, že v obou věcech se výpočet do určité míry lišil (kvůli použití pomůcek). V dalších věcech žalovaný sdělil, že volí shodný způsob výpočtu jako v případě stěžovatelky. Stěžovatelka následně na provedení důkazů ohledně nejednotnosti správní praxe již netrvala. K dotazu, zda má další důkazní návrhy, stěžovatelka poté odpověděla, že nikoliv. I do protokolu bylo zaznamenáno, že za dané situace nemá stěžovatelka žádné důkazní návrhy. Nejvyšší správní soud proto nemá za to, že by bylo soudní řízení zatíženo vadami s vlivem na zákonnost napadeného rozsudku.
[14] Spornou právní otázkou je v projednávané věci existence daňové povinnosti vztahující se k bioplynu vyrobenému z biomasy v bioplynové stanici a následně použitému v kogenerační jednotce této stanice pro kombinovanou výrobu elektřiny a tepla. Základem stěžovatelčiny kasační argumentace je, že bioplyn používaný v jejím případě vůbec není předmětem daně podle § 4 zákona, popř. že na ni v plné míře dopadá osvobození od daně podle § 8 zákona. Nejvyšší správní soud této stěžovatelčině argumentaci nepřisvědčil.
[15] Vzhledem k existenci výše uvedených rozsudků Nejvyššího správního soudu ve skutkově i právně podobných věcech (podrobně se vyjadřujících k otázce zdanění bioplynu vstupujícího do kogenerační jednotky za účelem společné výroby elektřiny a tepla) kasační soud jen stručně uvádí, že podle § 4 písm. c) bodu 1. zákona je bioplyn používaný pro stacionární motory předmětem daně z plynu, přičemž povinnost daň přiznat a zaplatit vzniká podle § 5 odst. 1 písm. e) zákona dnem spotřeby nezdaněného plynu, s výjimkou plynu osvobozeného od daně. Z hlediska zákona je nepodstatné, zda je stěžovatelkou vyrobený bioplyn pouze meziproduktem při výrobě elektřiny (a tepla) z biomasy. Podstatné je pouze to, že stěžovatelka v bioplynové stanici vyrábí plyn, který splňuje definici podle § 4 písm. c) bodu 1. zákona, a tento plyn následně spotřebovává, čímž také naplňuje podmínky podle § 5 odst. 1 písm. e) téhož zákona.
[16] Jde-li o možnost osvobození bioplynu od daně, podle § 8 odst. 1 písm. b) zákona platí, že od daně je osvobozen plyn určený k použití, nabízený k prodeji nebo použitý k výrobě elektřiny. Stěžovatelka však nepoužívá vyrobený bioplyn výhradně k výrobě elektřiny. Stěžovatelka provozuje kogenerační jednotku, která společně vyrábí elektřinu a teplo, přičemž toto teplo je objektivně způsobilé k dalšímu využití. Krajský soud proto správně uzavřel, že teplo vznikající při výrobě elektřiny nelze považovat za toliko odpadní produkt, který by nepodléhal daňové povinnosti. Přijetí opačného závěru by popíralo samotný princip fungování kogenerační jednotky, v níž představuje vyrobené teplo nikoli odpad, ale zamýšlený výsledek, a v níž je právě díky souběžné výrobě elektřiny a tepla možné dosahovat významně vyšší účinnosti než v případě prostého generátoru elektřiny.
[17] Je sice pravdou, že z fyzikálního hlediska skutečně nelze striktně oddělit plyn spotřebovaný k výrobě elektřiny a plyn spotřebovaný k výrobě tepla, neboť veškerý spotřebovaný plyn současně vyrábí jak elektřinu, tak i teplo (ani Nejvyšší správní soud tak nehodlá polemizovat s tím, na jakém principu v praxi fungují kogenerační jednotky). Pro daňové účely však takové rozdělení provést lze, jak ostatně potvrdil rozsudek Soudního dvora EU ve věci C-31/17, Cristal Union. Pokud jde o závěry tohoto rozsudku, podle Nejvyššího správního soudu je lze použít i na projednávanou věc. Jakkoli se citovaný rozsudek týkal spalování zemního plynu (tedy nikoli bioplynu) v kogenerační jednotce, Soudní dvůr EU se v něm vyjádřil i obecně k daňovému zacházení s jakýmkoliv palivem užitým v kogenerační jednotce, a to tak, že v tomto případě i přes určité praktické obtíže existuje možnost vyčlenit část bioplynu připadající na výrobu elektřiny a část bioplynu na výrobu tepla, přičemž každá z těchto dvou částí pak bude mít odlišný režim zdanění, a to kvůli tomu, aby mohla být osvobozena od daně část připadající na výrobu elektřiny (viz bod 45 rozsudku ve věci Cristal Union).
[18] Dále je potřeba upozornit, že stěžovatelka pomíjí § 8 odst. 1 písm. c) zákona, dle kterého je od daně osvobozen plyn použitý pro kombinovanou výrobu elektřiny a tepla v generátorech s minimální stanovenou účinností podle zvláštního právního předpisu, pokud je teplo z kombinované výroby elektřiny a tepla dodáváno domácnostem. Z uvedeného ustanovení vyplývá (argumentem a contrario), že plyn použitý pro kombinovanou výrobu elektřiny a tepla v případech, kdy není teplo dodáváno domácnostem, dani podléhá (resp. s ohledem na rozsudek ve věci Cristal Union a § 8 odst. 4 zákona je osvobozena pouze ta část připadající na výrobu elektřiny nebo na další výrobu plynu). Přijetím výkladu stěžovatelky, že veškerý plyn spotřebovávaný v kogenerační jednotce se považuje za plyn použitý (pouze) k výrobě elektřiny ve smyslu § 8 odst. 1 písm. b) zákona, by se vyprázdnil obsah výše citovaného ustanovení, jelikož by byl takový plyn osvobozen vždy bez ohledu na to, komu je vyrobené teplo dodáváno.
[19] Co se týče údajně nezákonné změny správní praxe žalovaného v souvislosti se zrušením § 8 odst. 7 zákona (ve znění účinném do 31. 12. 2020), Nejvyšší správní soud souhlasí s krajským soudem, že změna správní praxe byla náležitě zdůvodněna. Podle citovaného ustanovení byl od daně osvobozen bioplyn určený k použití, nabízený k prodeji nebo použitý pro pohon motorů uvedený pod kódem nomenklatury 2711 29. Z textu daného ustanovení přitom nebylo zjevné, zda se osvobození od daně vztahuje na veškerý pohon motorů či pouze na pohon motorů v dopravě (jak tvrdí stěžovatelka). Celní úřady proto postupovaly v souladu se zásadou in dubio mitius a nejednoznačné ustanovení vykládaly ve prospěch daňových subjektů, tedy vztáhly osvobození na veškerý pohon motorů, včetně těch stacionárních. Bylo-li uvedené ustanovení následně zrušeno, odpadl tento důvod pro osvobození, což vedlo k vydávání platebních výměrů na daň z bioplynu (a tedy i ke změně dosavadní praxe). Změna správní praxe se tedy opírala o konkrétní racionální zdůvodnění, a to i navzdory tomu, že krajský soud nakonec na základě bližšího výkladu daného ustanovení připustil, že uvedená změna zákona reálně na zdanění bioplynu vstupujícího do kogenerační jednotky neměla vliv (bod 27 napadeného rozsudku). V postupu žalovaného souvisejícího se změnou správní praxe ani podle Nejvyššího správního soudu nelze spatřovat prvky libovůle nebo nepředvídatelného postupu (k tomu srov. rozsudek NSS ze dne 6. 3. 2024, čj. 6 Afs 47/2023, bod 17).
[20] Totéž lze uvést také v případě přehodnocení výpočtu základu daně z bioplynu v odvolacím řízení, který oproti výpočtu správce daně vedl ke zvýšení stanovené daně. Nejvyšší správní soud připomíná, že právní předpisy nestanovily zcela konkrétní metodiku, která by vystihovala poměrnou část bioplynu připadající v kogenerační jednotce na výrobu tepla, a tudíž musely správní orgány samy „nastavit“ určitý vzorec výpočtu pro určení základu daně, a to s ohledem na shromážděná data k výpočtu v konkrétním případě stěžovatelky (dostupná data se přitom v případě jednotlivých bioplynových stanic lišila, viz výše). Krajský soud správně připomněl, že v daňovém řízení se nelze dovolávat zásady zákazu reformatio in peius (zákazu změny v neprospěch odvolatele, bod 35 napadeného rozsudku), čímž může být výsledek odvolacího řízení pro daňový subjekt i méně příznivý (rozsudek NSS ze 17. 6. 2010, čj. 1 Afs 42/2010-52, bod 8, či ze dne 30. 1. 2015, čj. 5 Afs 143/2014-29). Přehodnocením výpočtu základu daně v odvolacím řízení nemohlo dojít k žádnému zásahu do konstantní správní praxe, neboť žádná konstantní praxe s ohledem na to, že do konce roku 2020 se daň fakticky nevybírala, ani nemohla existovat (teprve se vyvíjela). To vše krajský soud v napadeném rozsudku náležitě vysvětlil (body 35 a 36 napadeného rozsudku) a Nejvyšší správní soud nepovažuje tuto argumentaci za vadnou.
[21] Nad rámec nutného ve shodě se shora již označenou judikaturou v obdobných věcech kasační soud dodává, že evidentně mohou vzniknout vážné otázky ohledně způsobu – v zásadě arbitrárního – určení části bioplynu, který připadá právě na výrobu tepla. Tento výpočet není stanoven zákonem, ale rozhodnutím žalovaného a může být otázkou, zda je takový výpočet správný a zákonný. Žalobní ani kasační argumentace však proti způsobu výpočtu, ani proti tomu, že byl určen žalovaným na základě jeho úvahy, nesměřuje, proto se touto otázkou soudy nemohly blíže zabývat.
[22] K tvrzení stěžovatelky, že podle stanoviska ERÚ č. 1/2013 jsou bioplynové stanice výrobnami elektřiny, Nejvyšší správní soud připomíná, že tato skutečnost nevyvrací závěr krajského soudu, že stanovisko ERÚ nevylučuje, že kogenerační jednotka vyrábí vedle elektřiny cíleně také teplo (viz bod 28 napadeného rozsudku). Totéž platí pro tvrzení stěžovatelky, že bioplynová stanice je výrobnou elektřiny z podporovaných zdrojů podle zákona o podporovaných zdrojích energie. Ani tato skutečnost totiž nevylučuje, že stěžovatelka vedle elektrické energie úmyslně vyrábí také teplo (tj. teplo není odpadním, ale zamýšleným a hospodářsky využitelným produktem). To, že stěžovatelka v kogeneračních jednotkách vyrábí i elektřinu, žalovaný ani krajský soud ve svých rozhodnutích nerozporovali.
[23] Nejvyšší správní soud dále neshledal jako přiléhavý ani odkaz stěžovatelky na rozsudek NSS ze dne 30. 11. 2010, čj. 8 Afs 15/2010-61. V něm se kasační soud zabýval situací, v níž byl plyn použit jednak jako surovina pro výrobu vodíku, a jednak jako palivo, jehož spálením vzniká teplo nezbytné pro průběh reakce. Podle § 8 odst. 1 písm. g) zákona byl od daně osvobozen plyn určený k použití, nabízený k prodeji nebo použitý k jinému účelu než pro pohon motorů nebo pro výrobu tepla, i když při takovém použití vzniká technologické teplo. Nejvyšší správní soud vztáhl osvobození dle uvedeného ustanovení pouze na část plynu, která se používá jako surovina, z níž se vodík vyrábí, protože pouze tato činnost měla jiný účel než výrobu tepla nebo pohon motorů. Stěžovatelka však používá plyn výhradně pro pohon stacionárního motoru, nikoliv k jinému účelu. Ani osvobození dle § 8 odst. 1 písm. g) zákona tedy na nyní posuzovanou situaci nemůže dopadat.
IV. Závěr a náklady řízení
[24] S ohledem na výše uvedené dospěl Nejvyšší správní soud k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 věty druhé s. ř. s. zamítl.
[25] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti Nejvyšší správní soud rozhodl ve smyslu § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. Vzhledem k tomu, že stěžovatelka nebyla v řízení o kasační stížnosti úspěšná, právo na náhradu nákladů řízení jí nenáleží. Žalovaný byl ve věci úspěšný, nevznikly mu však náklady přesahující běžný rámec jeho úřední činnosti. Nejvyšší správní soud mu tedy náhradu nákladů řízení nepřiznal.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně 23. února 2026
Milan Podhrázký
předseda senátu