Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Radana Malíka a soudců JUDr. Barbary Pořízkové a JUDr. Tomáše Herce v právní věci žalobce: M. Š., zast. Mgr. Jiřím Hrbkem, advokátem se sídlem U Nového dvora 1076/2, Praha 4, proti žalovaným: 1) Generální finanční ředitelství, se sídlem Lazarská 15/7, Praha 1, a 2) Finanční úřad pro hl. město Prahu, se sídlem Štěpánská 619/28, Praha 1, o žalobě na ochranu proti nečinnosti žalovaných, v řízení o kasační stížnosti žalobce proti usnesení Městského soudu v Praze ze dne 29. 9. 2025, č. j. 5 A 73/2025‑46,
takto:
Usnesení Městského soudu v Praze ze dne 29. 9. 2025, č. j. 5 A 73/2025‑46, se zrušuje a věc se vrací tomuto soudu k dalšímu řízení.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Žalobce se žalobou podanou u městského soudu dne 17. 7. 2025 domáhal ochrany před nečinností spočívající v nevydání rozhodnutí o odvolání týkajícího se žádosti žalobce o vrácení daně z převodu nemovitostí. Městský soud žalobu odmítl pro opožděnost. Konstatoval, že jelikož zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“), nestanoví lhůtu k vydání rozhodnutí o odvolání proti rozhodnutí o žádosti o obnovu řízení a zároveň je podle § 262 téhož zákona vyloučeno subsidiární použití zákona č. 500/2004 Sb., správního řádu, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „správní řád“), je třeba počátek lhůty k podání nečinnostní žaloby odvíjet ode dne, kdy byl učiněn poslední úkon. Takovým posledním úkonem bylo odvolání ze dne 22. 2. 2016, ačkoliv účinnost tohoto podání je mezi účastníky řízení sporná. Lhůta k podání žaloby proto uplynula dne 22. 2. 2017. Žaloba podaná dne 17. 7. 2025 je tedy opožděná. Na uvedeném nemůže nic změnit ani komunikace žalobce s finančním úřadem na jaře 2025, městský soud za poslední úkon považoval odvolání ze dne 22. 2. 2016. Závěrem městský soud konstatoval, že nepřehlédl návrh žalobce na změnu žalovaného 1) z Generálního finančního ředitelství na Odvolací finanční ředitelství, avšak věcně se jím nezabýval, neboť by ani případné připuštění změny žalovaného 1) nezvrátilo závěr o opožděnosti žaloby.
II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalovaných
[2] Žalobce (dále jen „stěžovatel“) napadá výše označené usnesení městského soudu kasační stížností z důvodů podle § 103 odst. 1 písm. a), b) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“), na základě kterých požaduje napadené usnesení zrušit a věc vrátit městskému soudu k dalšímu řízení.
[3] Stěžovatel namítá, že městský soud nezákonně žalobu odmítl, jelikož pominul, že dne 30. 5. 2025 znovu zaslal finančnímu úřadu odvolání ze dne 22. 2. 2016. Závěr městského soudu o tom, že posledním úkonem bylo odvolání ze dne 22. 2. 2016, proto neobstojí. Městský soud se nezabýval ani argumentací stěžovatele, že odvolání z roku 2016 bylo orgánům finanční správy doručeno na elektronickou adresu podatelny prostřednictvím datové zprávy (e‑mailu, pozn. NSS) opatřené uznávaným elektronickým podpisem, tedy řádně. Městský soud měl posoudit, zda bylo odvolání z roku 2016 účinné a zda byli žalovaní nečinní. Závěr městského soudu je nepřezkoumatelný v otázce, které podání bylo posledním úkonem v řízení.
[4] Stěžovatel též namítá, že městský soud vyložil § 80 s. ř. s. příliš formalisticky, když konstatoval, že právo na soudní ochranu stěžovatel „ztratil“ v roce 2017. To je v rozporu se skutečností, jelikož nečinnost žalovaných trvala i v roce 2025. Městský soud chybně určil počátek běhu lhůty pro podání žaloby, stěžovatel totiž dne 3. 7. 2025 podal podnět na ochranu proti nečinnosti podle § 38 daňového řádu. Správce daně jej postoupil nadřízenému orgánu, který vydal dne 9. 9. 2025 vyrozumění. Rozhodným dnem pro počátek běhu lhůty tak není únor 2016, nýbrž až rok 2025, a žaloba tedy byla včasná. Svým postupem městský soud porušil právo na soudní ochranu dle čl. 36 Listiny základních práv a svobod, neboť stěžovateli fakticky odepřel soudní ochranu.
[5] Generální finanční ředitelství ve vyjádření navrhlo kasační stížnost zamítnout jako nedůvodnou. Zdůraznilo, že není pasivně legitimováno s odkazem na zákon č. 456/2011 Sb., o Finanční správě České republiky, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o finanční správě). Dle § 1 uvedeného zákona bylo s účinností ode dne 1. 1. 2013 zřízeno Odvolací finanční ředitelství, které vykonává působnost správního orgánu nejblíže nadřízeného finančním úřadům, a v době podání odvolání tak bylo věcně příslušné k jeho projednání a rozhodnutí o něm.
[6] Finanční úřad ve vyjádření taktéž navrhl kasační stížnost zamítnout. Stručně uvedl, že napadené usnesení netrpí žádnou z namítaných vad. Stěžovatel podal žalobu po uplynutí zákonné jednoroční lhůty, a městský soud ji proto správně odmítl jako opožděnou.
III. Právní hodnocení Nejvyššího správního soudu
[7] Nejvyšší správní soud posoudil formální náležitosti kasační stížnosti a shledal, že byla podána včas, osobou k tomu oprávněnou, směřuje proti rozhodnutí, proti němuž je podání kasační stížnosti přípustné, z důvodů, které zákon připouští, a stěžovatel je zastoupen advokátem (§ 102 a násl. s. ř. s.). Poté přistoupil k přezkumu usnesení městského soudu v rozsahu kasační stížnosti a v rámci uplatněných důvodů. Ověřil také, zda netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).
[8] Kasační stížnost je důvodná.
[9] Jelikož stěžovatel v kasační stížnosti uplatnil kasační důvody podle § 103 odst. 1 písm. a), b) a d) s. ř. s., Nejvyšší správní soud připomíná, že je‑li napadeno usnesení městského soudu o odmítnutí návrhu, lze uplatnit jen důvod podle § 103 odst. 1 písm. e) s. ř. s., tedy nezákonnost rozhodnutí o odmítnutí návrhu nebo o zastavení řízení. Ostatní důvody podřaditelné pod § 103 odst. 1 písm. a) až d) s. ř. s. totiž důvod podle § 103 odst. 1 písm. e) s. ř. s. konzumuje (srov. rozsudek NSS ze dne 21. 4. 2005, č. j. 3 Azs 33/2004‑98, č. 625/2005 Sb. NSS, obdobně novější ze dne 19. 1. 2023, č. j. 7 As 279/2022‑36, odst. [12] a tam citovanou judikaturu, nebo ze dne 15. 2. 2024, č. j. 9 As 19/2024‑33, odst. [18]). Obsahově však kasační stížnost brojí proti odmítnutí žaloby jako opožděné, Nejvyšší správní soud ji proto věcně projednal.
[10] Nejvyšší správní soud se dále zabýval závěrem o opožděnosti žaloby, jelikož otázka správného označení žalovaného, a tedy i pasivní věcné legitimace, je rozhodná až pro meritorní posouzení žaloby (srov. rozsudky NSS ze dne 29. 1. 2009, č. j. 3 Ans 11/2008-48, ze dne 26. 7. 2016, č. j. 5 As 86/2015-42, nebo nověji ze dne 25. 4. 2022, č. j. 8 As 348/2021-63, odst. [14]). Kasační soud se nicméně i k označení žalovaného vyjádří níže.
[11] Podle § 80 odst. 1 s. ř. s. [ž]alobu lze podat nejpozději do jednoho roku ode dne, kdy ve věci, v níž se žalobce domáhá ochrany, marně proběhla lhůta stanovená zvláštním zákonem pro vydání rozhodnutí nebo osvědčení, a není‑li taková lhůta stanovena, ode dne, kdy byl žalobcem vůči správnímu orgánu nebo správním orgánem proti žalobci učiněn poslední úkon.
[12] Zákon tedy stanoví dva způsoby pro určení počátku běhu lhůty pro podání nečinnostní žaloby. Prvním z nich je uplynutí lhůty pro vydání rozhodnutí nebo osvědčení dané zvláštním zákonem. Takto stanovená lhůta se uplatní přednostně, a to právě v případech, kdy zákon stanoví konkrétní lhůtu pro vydání požadovaného aktu. Druhou možností je odvíjení lhůty od posledního úkonu učiněného žalobcem vůči správnímu orgánu nebo správním orgánem vůči žalobci; uplatní se subsidiárně k první možnosti.
[13] Městský soud v napadeném usnesení správně konstatoval, že daňový řád nestanoví lhůtu pro vydání rozhodnutí o odvolání proti rozhodnutí ve věci zamítnutí žádosti o obnovu řízení (bod 7. usnesení městského soudu). Zároveň je podle § 262 téhož zákona vyloučeno použití správního řádu. Za této situace je nutné posuzovat počátek lhůty pro podání nečinnostní žaloby podle druhé, výše uvedené, možnosti, a sice ode dne, kdy byl učiněn poslední úkon.
[14] Judikatura Nejvyššího správního soudu již dříve dovodila, že ne každý úkon je možno považovat za „poslední úkon v řízení“ ve smyslu § 80 odst. 1 s. ř. s. Tyto úkony dělí na úkony procesní a mimoprocesní, přičemž vliv na běh lhůty mají pouze úkony procesní, s nimiž zákon počítá, a které „posouvají procesní příběh dál“. Poslední procesní úkon v řízení je okamžik oddělující ukončení činnosti správního orgánu a jeho nečinnost. Byť tedy může být následně správním orgánem či účastníkem v řízení vyvíjena činnost, nesměřuje‑li k vydání rozhodnutí, jedná se o mimoprocesní úkon, který nemá vliv na běh žalobní lhůty (srov. rozsudky NSS ze dne 12. 6. 2006, č. j. 8 Ans 3/2005‑107, nebo ze dne 26. 6. 2013, č. j. 6 Ans 5/2013‑47, č. 2922/2013 Sb. NSS, a ze dne 2. 7. 2015, č. j. 2 Afs 79/2015‑36).
[15] Pro účely posouzení, zda skutečně byla žaloba opožděná a zda ji městský soud správně odmítl, vychází Nejvyšší správní soud ze shodných tvrzení stěžovatele a finančního úřadu, jelikož nedisponuje kompletním správním spisem. Tím nedisponoval ani městský soud, finanční úřad mu pouze jako přílohy svého vyjádření k žalobě zaslal několik listin. Městský soud tak buď měl žalované k předložení kompletního správního spisu vyzvat, nebo měl předloženými listinami provést dokazování během jednání, jestliže chtěl z jejich obsahu vycházet. Předložené listiny totiž nejsou kompletním žurnalizovaným správním spisem. Ani jedno z uvedeného však městský soud neučinil.
[16] Nejvyšší správní soud tedy ze shodných tvrzení zjistil, že stěžovatel podal dne 22. 2. 2016 prostřednictvím svého zástupce odvolání proti rozhodnutí finančního úřadu, kterým finanční úřad zamítl žalobcův návrh na obnovu řízení ve věci daně z převodu nemovitostí. Následně probíhala mezi stěžovatelem a finančním úřadem komunikace ohledně účinnosti podání odvolání, jelikož jej žalobce podal e-mailem. Poté dne 18. 2. 2025 zaslal zástupce stěžovatele e‑mailové podání, kterým urgoval u finančního úřadu nevyřízení odvolání ze dne 22. 2. 2016 a přiložil jeho kopii. Finanční úřad v odpovědi na urgenci nevyřízení odvolání stěžovateli sdělil důvody nevyřízení odvolání a odkázal na příslušná ustanovení daňového řádu. Poté dne 30. 5. 2025 stěžovatel opětovně urgoval vyřízení odvolání ze dne 22. 2. 2016, znovu jej zaslal finančnímu úřadu a společně s ním i plnou moc ze dne 14. 4. 2008 udělenou zástupci. Na posledně uvedené podání reagoval finanční úřad tak, že zopakoval svůj postoj k nevyřízení odvolání. Stěžovatel následně dne 3. 7. 2025 uplatnil podnět na ochranu před nečinností. Dle tvrzení stěžovatele poté vydalo Odvolací finanční ředitelství dne 9. 9. 2025 vyrozumění o vyřízení podnětu na ochranu před nečinností.
[17] Městský soud vyšel v projednávané věci z toho, že posledním procesním úkonem bylo odvolání ze dne 22. 2. 2016, jehož účinnost, jak sám uvedl (viz bod 8. napadeného usnesení), je mezi účastníky řízení sporná. Otázka účinnosti podaného odvolání však není v projednávané věci rozhodná, tou je pouze skutečnost, který úkon byl posledním procesním úkonem, od kterého se odvíjí lhůta pro podání nečinnostní žaloby. Nejvyšší správní soud má na základě níže uvedených argumentů za to, že závěr městského soudu o opožděnosti žaloby je předčasný.
[18] Předně městský soud neměl k dispozici kompletní správní spis, a jelikož ve věci nenařídil jednání, během kterého by provedl důkaz listinami předloženými účastníky řízení, tak nedostatečně zjistil skutkový stav. Městský soud se toliko spokojil se zjištěním, že stěžovatel podal dne 22. 2. 2016 odvolání. Stěžovatel i finanční úřad však shodně tvrdili, že stěžovatel uplatnil dne 3. 7. 2025 u správce daně podnět na ochranu před nečinností. K tomu Nejvyšší správní soud dodává, že pro podání podnětu na ochranu před nečinností není stanovena žádná lhůta, a že judikatura i odborná literatura považuje právě taková podání za procesní úkony, které posouvají procesní příběh dál, a tedy i za poslední procesní úkon rozhodný pro posouzení včasnosti nečinnostní žaloby (srov. rozsudky NSS č. j. 6 Ans 5/2013-47, nebo ze dne 11. 11. 2020, č. j. 2 Afs 167/2018-38, odst. [74] až [80] a [85]; z odborné literatury srov. Kadlec, O. Komentář k § 80 In: Kühn, Z., Kocourek, T. a kol. Soudní řád správní. Komentář. Praha: Wolters Kluwer, 2019, s. 677 a 678). Ze shodných tvrzení účastníků řízení (stěžovatele a finančního úřadu) tedy vyplývá, že kromě odvolání dne 22. 2. 2016 učinil stěžovatel minimálně jeden další úkon, který posouvá procesní příběh dál, a mohl by tak být posledním procesním úkonem.
[19] Městský soud tak vlivem nedostatečně zjištěného skutkového stavu z důvodu, že nedisponoval kompletním správním spisem, a ani neprovedl dokazování předloženými listinami, neměl vůbec postaveno najisto, zda odvolání ze dne 22. 2. 2016 skutečně bylo posledním procesním úkonem. Dle kasačního soudu totiž v souladu se závěry ustálené judikatury přicházejí v úvahu jako pozdější úkony podnět na ochranu před nečinností, případně rozhodnutí o něm (bylo-li vydáno a dle tvrzení stěžovatele vydalo Odvolací finanční ředitelství vyrozumění o vyřízení jeho podnětu). To však musí posoudit městský soud. Městský soud v napadeném usnesení ve vztahu k těmto v úvahu připadajícím procesním úkonům stroze konstatoval, že „komunikace žalobce s žalovaným 2) vedená na jaře 2025“ nemůže na závěru o opožděnosti nic změnit. Tento závěr však je předčasný, právě s ohledem na nedostatečně zjištěný skutkový stav. Nejvyšší správní soud proto napadené usnesení zrušil jako nezákonné.
[20] Jakkoliv je otázka pasivní legitimace rozhodná pro posouzení důvodnosti žaloby, Nejvyšší správní soud nepřehlédl, že stěžovatel označil v žalobě jako žalované Generální finanční ředitelství a Finanční úřad pro hlavní město Prahu. Městský soud vyzval žalobce usnesením ze dne 28. 7. 2025, č. j. 5 A 73/2025‑19, k upřesnění, v čem spatřuje nečinnost Generálního finančního ředitelství a čeho se vůči němu domáhá a stejně tak čeho se domáhá vůči finančnímu úřadu. Stěžovatel na výzvu soudu sdělil, že Generální finanční ředitelství je nadřízeným správcem daně ve smyslu § 114 daňového řádu, které mělo o odvolání ze dne 22. 2. 2016 rozhodnout. Proto se stěžovatel domáhal, aby městský soud uložil Generálnímu finančnímu ředitelství rozhodnout o tomto odvolání. Finanční úřad je dle stěžovatele správcem daně prvního stupně, který měl odvolání ze dne 22. 2. 2016 bezodkladně postoupit nadřízenému správci daně k rozhodnutí. Domáhal se proto, aby městský soud uložil finančnímu úřadu povinnost postoupit odvolání nadřízenému správci daně.
[21] Dále kasační soud ze spisu městského soudu zjistil, že stěžovatel učinil v reakci na jemu zaslané vyjádření žalovaných k žalobě a výzvu podle § 51 s. ř. s. dne 23. 9. 2025 repliku, v níž však dle Nejvyššího správního soudu nebyl explicitně uveden návrh na změnu žalovaného z Generálního finančního ředitelství na Odvolací finanční ředitelství, jak mylně vyložil městský soud (srov. bod 14. napadeného usnesení). Městský soud si proto bude muset poté, co se bude znovu zabývat otázkou opožděnosti žaloby, a pokud ji shledá včasnou, vyjasnit též osoby žalovaných. K uvedenému kasační soud připomíná, že určení žalovaného je zásadně v dispozici žalobce, přičemž podstatná jsou právě tvrzení obsažená v žalobě. Současně ale platí, že zamítnutí žaloby pro nesprávné určení žalovaného musí předcházet upozornění krajského (městského) soudu na nedostatek pasivní žalobní legitimace a umožnění žalobci, aby na odlišný náhled na otázku pasivní věcné legitimace mohl reagovat (viz usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 9. 12. 2014, č. j. Nad 224/2014‑53, č. 3196/2015 Sb. NSS, které se primárně týká pasivní legitimace v případě žaloby na ochranu před nezákonným zásahem, ale výslovně své závěry vztahuje i na žalobu na ochranu proti nečinnosti).
IV. Závěr a náklady řízení
[22] Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že kasační stížnost je důvodná, a proto usnesení městského soudu zrušil (§ 110 odst. 1 s. ř. s.). V dalším řízení je městský soud vázán právním názorem Nejvyššího správního soudu zde uvedeným (§ 110 odst. 4 s. ř. s.).
[23] Městský soud v dalším řízení dostatečně zjistí skutkový stav tak, aby na jeho podkladě mohl řádně rozhodnout o včasnosti (resp. opožděnosti) žaloby. Posoudí, který procesní úkon, byl v projednávané věci učiněn jako poslední, a zda byla žaloba včasná či nikoliv.
[24] O náhradě nákladů řízení rozhodne městský soud v novém rozhodnutí (§ 110 odst. 3, věta první, s. ř. s.).
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 9. dubna 2026
JUDr. Radan Malík
předseda senátu