Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Ivo Pospíšila, soudkyně Sylvy Šiškeové a soudce Petra Pospíšila v právní věci žalobkyně: effect plan s.r.o., se sídlem Žižkova 1696/15, Jihlava, zastoupena Mgr. Danem Modlitbou, advokátem se sídlem Na Bělidle 830/2, Praha 5, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 24. 4. 2023, č. j. 14620/23/5300‑22442‑605186, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 8. 1. 2026, č. j. 29 Af 20/2023‑64,
takto:
I. Kasační stížnost se zamítá.
II. Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
III. Žalovanému se náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti nepřiznává.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] V projednávané věci se Nejvyšší správní soud zabýval prekluzí práva stanovit daň (§ 148 odst. 1 a 3 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád) v souvislosti s předložením této otázky rozšířenému senátu (usnesení NSS ze dne 27. 3. 2026, č. j. 8 Afs 46/2025 ‑ 67). Dále se věnoval prokázání intrakomunitárního dodání zboží deklarovanému odběrateli a souvisejícímu osvobození od DPH (§ 64 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění do 31. 8. 2020).
[2] Správce daně provedl u žalobkyně tři místní šetření. Následně formálně zahájil daňovou kontrolu, na základě které jí doměřil DPH za zdaňovací období leden 2018 ve výši 809 802 Kč a stanovil povinnost uhradit související penále ve výši 161 960 Kč. Shledal totiž, že žalobkyně neprokázala dodání zboží do jiného členského státu deklarovaným odběratelům. Konkrétně šlo o mobilní telefony, které měla dodat slovenskému (společnosti KAGA RAPID) a maďarskému (společnosti Amatic BP) odběrateli. Doměření DPH potvrdil žalovaný napadeným rozhodnutím.
[3] Krajský soud následně podanou žalobu zamítl. Shledal, že daňová kontrola nebyla materiálně zahájena již při prvním místním šetření. Správce daně totiž v daný okamžik neprověřoval konkrétní daňovou povinnost. K tomu došlo až při dalších místních šetřeních, která již daňovou kontrolou materiálně byla. Daň však byla stále stanovena před uplynutím prekluzivní lhůty (body 35 až 41 napadeného rozsudku). Dále se krajský soud zabýval podmínkami pro osvobození od DPH při intrakomunitárním dodání zboží. Obchodní model žalobkyně měl za nestandardní, předložené dokumenty neprokázaly dodání deklarovaným odběratelům na deklarovaných místech (body 50 až 61 tamtéž). Krajský soud uzavřel, že žalobkyně sice do jisté míry prokázala dopravu zboží, neprokázala ovšem předání deklarovaným odběratelům (bod 61 tamtéž) a dodání jiným osobám je vyloučeno (bod 69 až 71 tamtéž). Konečně se krajský soud neztotožnil ani s namítanými procesními vadami (body 67 a 68 tamtéž).
II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalovaného
II.a Kasační stížnost
[4] Žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) napadla rozsudek krajského soudu kasační stížností, v níž navrhla, aby Nejvyšší správní soud rozsudek zrušil a věc vrátil krajskému soudu k dalšímu řízení.
[5] Stěžovatelka předně namítala, že k zahájení daňové kontroly došlo materiálně již v okamžiku prvního místního šetření. Již k tomuto okamžiku byla vymezena kontrolovaná období a správce daně prověřoval získané podklady. Ostatně stěžovatelce následně kladl zcela konkrétní otázky. Teze krajského soudu, že tehdy nešlo o prověřování konkrétního zdaňovacího období a daňové povinnosti, je tak nesprávná a došlo k prekluzi.
[6] Stěžovatelka dále rozporovala neprokázání dodání zboží deklarovaným odběratelům. Správce daně ani krajský soud totiž nehodnotili předložené důkazy ve svém souhrnu. Z výpisů z účtů plyne, že zahraniční odběratelé platili za další dodávky zboží i následně. Pokud by jim ovšem zboží nedodala, tak by zasílání plateb zastavili a zahájili vymáhání částek. Současně jedna z plateb je skrze variabilní symbol svázána s konkrétní fakturou. Ostatní jsou poté ke konkrétní dodávce přiřaditelné plátcem, výší plateb a nezpochybnitelnou časovou souvislostí. Je přitom bezproblémové, pokud zaplacení faktury proběhlo několika platbami v průběhu několika dnů.
[7] Z dalších důkazů poté dle stěžovatelky vyplývá, že si zapůjčila vozidlo pro přepravu. Následně její pracovníci s tímto vozidlem provedli nakládku zboží, které dříve dodavatel stěžovatelky letecky dopravil do Prahy, kde došlo i k celnímu odbavení. Jízdu následně prokazují nákupy dálničních známek, přičemž dodání tvrzeným odběratelům v Komárnu stvrzují potvrzení o převzetí. Následně stěžovatelka vrátila vozidlo půjčovně. Z celkového pohledu na tyto důkazy vyplývá, že stěžovatelka zboží deklarovaným odběratelům skutečně dodala. Naopak žalovaný pochybil, pokud tyto osoby nenechal vyslechnout. Přitom ani nerozporoval pravost jejich podpisů. Krajský soud proti tomu postavil konstrukci, že stěžovatelka je odpovědná za přiznání a úhradu daně odběratelem v jiném členském státě, ke které zde nedošlo. To ale nemá oporu v zákoně ani judikatuře.
II.b Vyjádření žalovaného
[8] Žalovaný ve svém vyjádření ke kasační stížnosti uvedl, že k prekluzi práva stanovit daň nedošlo. Správce daně při prvním místním šetření, kde toliko převzal dokumentaci, pouze prověřoval stěžovatelčinu obchodní činnost, přičemž daňový řád výslovně umožňuje při vyhledávací činnosti provést i místní šetření. Žalovaný však připouští, že k materiálnímu zahájení daňové kontroly došlo až následně, a to při druhém místním šetření. Na něm již stěžovatelce skutečně kladl konkrétní otázky.
[9] V případě druhé námitky žalovaný poukázal na to, že ani jedna z plateb nebyla bezproblémová a další okolnosti je znevěrohodnily. Platba od společnosti KAGA RAPID nebyla označena jako úhrada určité faktury a neodpovídala částkou. U společnosti Amatic BP sice platba byla označena fakturou, ale ta nebyla uhrazena celá. K uhrazení přitom došlo v situaci, kdy nebyly uzavřeny objednávky, objednatelé neplnili daňové povinnosti a celkový model podnikání byl nestandardní, jelikož stěžovatelčini dodavatelé a odběratelé spolu komunikovali napřímo. Dle žalovaného tak byly pochybnosti namístě.
[10] Ke stěžovatelkou uvedeným důkazům žalovaný dodal, že nákladové listy jsou opatřeny pouze nečitelným podpisem. Vzhledem k tomu, že důkazní břemeno leželo na stěžovatelce, bylo jejím úkolem navrhnout další důkazy. To ovšem neučinila. Ostatní důkazy poté také neprokazují dodání konkrétním odběratelům. Stěžovatelka neidentifikovala žádné konkrétní osoby, se kterými jednala (ačkoliv tvrdila, že s nimi byla v kontaktu), nevysvětlila cestu až do Komárna (ke kterému nemá žádný z odběratelů vztah) a způsob vedení knihy jízd nevylučuje následnou manipulaci. Opakované placení ze strany odběratelů poté není záruka dodání zboží, a to v kontextu neplnění jejich daňových povinností a nestandardností obchodního modelu. Krajský soud dle žalovaného hodnotil případ řádně a ve vzájemných souvislostech. Kasační stížnost proto žalovaný navrhl zamítnout.
III. Právní hodnocení Nejvyššího správního soudu
[11] Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že kasační stížnost je projednatelná. Následně přezkoumal rozsudek krajského soudu v rozsahu důvodů uplatněných v kasační stížnosti, včetně důvodů, ke kterým je povinen přihlížet z úřední povinnosti [§ 109 odst. 3 a 4 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“)]. Kasační stížnost není důvodná.
III.a K prekluzi práva stanovit daň
[12] Stěžovatelka nejdříve namítala, že daňová kontrola byla fakticky zahájena již při prvním místním šetření, a nikoliv až při třetím. Proto byla DPH doměřena po uplynutí prekluzivní lhůty. Námitka není důvodná.
[13] Nejvyšší správní soud musí nejdříve korigovat drobnou, avšak svým dopadem podstatnou, chybu v psaní krajského soudu v odůvodnění napadeného rozsudku, a to pokud jde o den doručení dodatečného platebního výměru. Podle něj totiž k oznámení došlo dne 18. 5. 2023 (bod 38 napadeného rozsudku). V takovém případě by, v případě úspěšné námitky stěžovatelky ohledně dřívějšího materiálního zahájení daňové kontroly, skutečně prekluzivní lhůta marně uplynula před oznámením dodatečného platebního výměru.
[14] Nicméně jak podle správce daně (str. 7 stanoviska Finančního úřadu pro Kraj Vysočina k odvolání stěžovatelky ze dne 25. 8. 2022, č. j. 1344713/22/2901‑50521‑704656), tak podle vlastního tvrzení stěžovatelky v daňovém řízení (str. 1 odvolání proti dodatečným platebním výměrům), došlo k doručení dodatečného platebního výměru již dne 18. 5. 2022, tedy týž den o rok dříve. To stěžovatelka v kasační stížnosti nijak nesporuje a pouze vychází (stejně jako žalovaný) z nesprávného data uvedeného krajským soudem. Korekce této chyby má však dopad na posouzení možné prekluze, a tedy „včasnost“ pravomocného doměření DPH.
[15] Na tomto místě je nutné rovněž uvést, že otázka způsobu a okamžiku materiálního zahájení daňové kontroly je v současnosti předložena ke sjednocujícímu rozhodnutí rozšířeného senátu (usnesení NSS č. j. 8 Afs 46/2025 ‑ 67). V projednávané věci ovšem není nutné na toto rozhodnutí vyčkat, protože ať byla daňová kontrola zahájena již ke dni prvního místního šetření (jak se domáhá stěžovatelka) nebo ke dni třetího místního šetření (jak uzavřel krajský soud a argumentuje žalovaný), ani v jednom z těchto případů k marnému uplynutí prekluzivní lhůty nedošlo.
[16] Tříletá prekluzivní lhůta (§ 148 odst. 1 daňového řádu) u zdaňovacího období leden 2018 počala obecně běžet dne 26. 2. 2018 a měla skončit 26. 2. 2021.
[17] Pokud by daňová kontrola byla materiálně zahájena při prvním místním šetření (verze stěžovatelky), pak by znovu počala běžet tříletá lhůta (§ 148 odst. 3 daňového řádu) dne 2. 10. 2019 a skončila by 2. 10. 2022. Správce daně nicméně poté provedl mezinárodní dožádání, v důsledku kterých by byla prekluzivní lhůta prodloužena [§ 148 odst. 4 písm. f) tamtéž] o 193 dní (bod 38 napadeného rozsudku), a to do 13. 4. 2023. Správce daně platební výměr oznámil dne 18. 5. 2022, tedy méně než 12 měsíců před uplynutím prekluzivní lhůty. Ta by se proto o rok prodloužila [§ 148 odst. 2 písm. b) tamtéž], a to do 13. 4. 2024. Napadené rozhodnutí bylo stěžovatelce oznámeno 25. 4. 2023, tedy včas.
[18] Pokud by daňová kontrola byla materiálně zahájena při třetím místním šetření (verze krajského soudu a žalovaného), pak by znovu počala běžet tříletá lhůta dne 7. 11. 2019 a skončila by 7. 11. 2022. Opět by byla prodloužena o 193 dní v důsledku mezinárodních dožádání, a to do 19. 5. 2023. Správce daně platební výměr oznámil dne 18. 5. 2022. Nedošlo by tak k prodloužení prekluzivní lhůty o rok, protože platební výměr byl oznámen více než 12 měsíců před jejím uplynutím. Napadené rozhodnutí bylo stěžovatelce oznámeno 25. 4. 2023, tedy rovněž včas.
[19] Nejvyšší správní soud tedy uzavírá, že i kdyby nahlížel na první místní šetření jako na nejzazší okamžik materiálního zahájení daňové kontroly, nedošlo by k zániku práva stanovit daň. Stejně tak by tomu bylo v případě, pokud by mělo k materiálnímu zahájení daňové kontroly dojít až ke dni třetího místního šetření. S ohledem na řízení probíhající před rozšířeným senátem Nejvyšší správní soud nyní nicméně nedal a ani nemusel dát konečnou odpověď ohledně okamžiku, kdy k materiálnímu zahájení daňové kontroly skutečně došlo. Prekluzivní lhůta ovšem byla zcela jistě zachována.
III.b K prokázání dodání deklarovaným odběratelům
[20] Stěžovatelka dále namítala, že z celkového pohledu na předložené důkazy je zřejmé, že prokázala dodání deklarovaným odběratelům. Námitka není důvodná.
[21] Dodání zboží do jiného členského státu osobě povinné k dani je jedna z podmínek pro osvobození při dodání zboží do jiného členského státu (§ 64 odst. 1 zákona o dani z přidané hodnoty; viz např. rozsudek NSS ze dne 19. 12. 2024, č. j. 9 Afs 184/2023 ‑ 32, bod 46, a judikatura tam citovaná). Nejvyšší správní soud uvádí, že je zřejmá snaha stěžovatelky spojit existující platby od odběratelů tak, aby z nich dodání vyplynulo. Obraz o skutkové verzi, který předkládá, ovšem není vyčerpávající. Její verze se totiž předně zaměřuje na prokázání samotného dodání, a nikoliv dodání tvrzeným odběratelům. V důsledku toho nevysvětluje další podezřelé okolnosti, které vznesl správce daně, poukazuje na ně žalovaný, a na kterých své závěry postavil i krajský soud.
[22] K tomu je také nutné předeslat, že prokázání splnění podmínek pro osvobození od daně při intrakomunitárním dodání zboží leží na daňovém subjektu (srov. rozsudek NSS ze dne 30. 7. 2010, č. j. 8 Afs 14/2010 ‑ 195, č. 2172/2011 Sb. NSS; ze dne 23. 4. 2013, č. j. 1 Afs 104/2012 ‑ 31, bod 33; či nověji č. j. 9 Afs 184/2023 ‑ 32, bod 46; nebo rozsudek Soudního dvora EU ze dne 27. 9. 2007, C‑409/04, Teleos, bod 42). Stěžovatelka přitom nijak nerozporuje pochybnosti vznesené správcem daně, které na ni přenesly důkazní břemeno ohledně pravdivosti jejích tvrzení.
[23] Předně, informace o zaplacení kupní ceny, kterou stěžovatelka považuje za základní klíčovou informaci, nepostačuje k závěru o dodání zboží deklarovaným odběratelům. Kasační soud již dříve uzavřel, že i když odběratel zaplatil daňovému subjektu „kupní cenu a transakci zahrnul do svého daňového přiznání, nejde o informace postačující k určení, že došlo k dodání zboží této společnosti“ (rozsudek NSS ze dne 14. 10. 2024, č. j. 5 Afs 8/2024 ‑ 80, bod 33). Mimo to také platí, že „[b]ankovní výpisy pak potvrzují pouze to, že byly uskutečněny peněžní přesuny od jedné osoby k druhé, nikoli již to, zda za tyto platby byla fakticky poskytnuta též protiplnění“ (rozsudek NSS ze dne 29. 1. 2024, č. j. 7 Afs 296/2022 ‑ 53, bod 25; či obdobně ze dne 26. 9. 2012, č. j. 8 Afs 14/2012 ‑ 61, bod 44). Nadto lze ještě připomenout, že platby od odběratelů vykazovaly nesrovnalosti ohledně výše (neodpovídaly fakturované částce), neměly uvedený důvod platby (až na jednu) a byly provedeny ještě před uzavřením objednávky (body 52 a 53 napadeného rozsudku; body 23, 26 a 51 a 52 napadeného rozhodnutí).
[24] Důležitější ovšem je, že k uvedenému přistupují okolnosti zpochybňující dodání odběratelům, se kterými se stěžovatelka v kasační stížnosti nevypořádává a nevysvětluje je.
[25] Jak již obsáhle rozebral krajský soud, mezinárodní nákladní listy nekonkretizují přebírající osobu, jelikož obsahují nečitelný podpis bez specifikace osoby nebo razítka (bod 54 napadeného rozsudku). To vede ke snížené vypovídací hodnotě tohoto důkazu (rozsudek NSS ze dne 4. 11. 2019, č. j. 7 Afs 209/2019 ‑ 37, bod 28; či ze dne 10. 2. 2022, č. j. 9 Afs 274/2020 ‑ 61, bod 37), a nelze ji překonat obecným tvrzením, že podoba podpisu nevylučuje, že šlo o jednatele odběratelů. Daňový subjekt musí při důvodných pochybnostech správce daně prokázat skutkový stav tak, aby pochybnosti vyvrátil; v tomto ohledu není rozhodné, zda skutková verze není vyloučena, ale zda je prokázána (rozsudek NSS ze dne 22. 4. 2024, č. j. 2 Afs 221/2021 ‑ 79, bod 52). Stěžovatelka přitom tvrdila, že se zástupci odběratelů komunikovala, což ovšem nijak nedoložila a neoznačila ani konkrétní osoby (bod 56 napadeného rozsudku; bod 59 napadeného rozhodnutí). Za takové situace nebylo povinností správce daně z vlastní iniciativy vyslýchat jednatele odběratelů. Pokud daňový subjekt navrhuje výslech svědka, musí jej přesně označit a zásadně musí uvést, co má jeho výpověď prokazovat (již rozsudek NSS ze dne 24. 3. 2004, č. j. 3 Afs 1/2003 ‑ 101, č. 495/2005 Sb. NSS; či nověji ze dne 8. 8. 2023, č. j. 4 Afs 221/2022 ‑ 59, bod 41).
[26] Současně ani jeden z odběratelů nebyl v době údajného převzetí zboží jakkoliv spojen s městem Komárno, kde mělo k předání dojít (bod 57 napadeného rozsudku).
[27] Krajský soud zároveň, v návaznosti na žalovaného, poukázal také na zvláštnosti modelu obchodování stěžovatelky. Objednávky si totiž vyřizují její dodavatelé a odběratelé přímo mezi sebou a stěžovatelka nenese rizika spojená s poškozením či reklamací (bod 48 napadeného rozsudku).
[28] Z mezinárodních dožádání poté vyplynulo, že odběratelé neplnili své daňové povinnosti, nevykázali plnění od stěžovatelky a jsou nedosažitelní, se zrušenou registrací k DPH či vymazaní z obchodního rejstříku (body 32 a 33 napadeného rozhodnutí). To ze stěžovatelky nečiní osobu odpovědnou za plnění daňových povinností jiných osob, ale vede k tomu, že nelze využít důkazní prostředky z jejich sféry a unesení důkazního břemene tak zůstává na ní. Správce daně totiž nemá možnost její tvrzení ověřit z jiných zdrojů (rozsudek NSS ze dne 5. 5. 2022, č. j. 9 Afs 295/2020 ‑ 57, bod 23; či ze dne 8. 8. 2023, č. j. 4 Afs 221/2022 ‑ 59, bod 50).
[29] V tomto světle pak neobstojí ani argument stěžovatelky, že uskutečnění plnění dokládá to, že odběratelé po ní nevymáhali zaplacené částky zpět. Proti tomu totiž stojí výše uvedené pochybnosti o dodání jejím odběratelům, přičemž i případné pokračování obchodní spolupráce nyní zkoumané dodání zboží neprokazuje.
[30] V souhrnném pohledu tak Nejvyšší správní soud naopak souhlasí s krajským soudem, že stěžovatelka nebyla své tvrzení o dodání zboží deklarovaným odběratelům schopna spolehlivě prokázat (bod 58 napadeného rozsudku). Provedení plateb za zboží, kterých se stěžovatelka dovolává, neprokazují dodání, a to i s přihlédnutím k dalším pochybnostem, které vyplynuly v průběhu řízení.
[31] Pro úplnost kasační soud dodává, že zde není namístě uvažovat o jiné osobě jako skutečném odběrateli (rozsudek Soudního dvora EU ze dne 29. 2. 2024, C‑676/22, B2 Energy; či např. rozsudek NSS ze dne 21. 8. 2025, č. j. 6 Afs 271/2024 ‑ 57, bod 23 a tam citovaná judikatura), jelikož stěžovatelka na nikoho takového nepoukazuje (body 70 a 71 napadeného rozsudku).
IV. Závěr a náklady řízení
[32] Nejvyšší správní soud tak uzavírá, že DPH byla pravomocně stanovena před uplynutím prekluzivní lhůty. Stěžovatelka zároveň neprokázala, že zboží dodala deklarovaným odběratelům v zahraničí, proto nesplnila podmínky pro osvobození od DPH.
[33] Nejvyšší správní soud kasačním námitkám nepřisvědčil a neshledal ani vadu, ke které by musel přihlédnout z úřední povinnosti. Kasační stížnost proto zamítl podle § 110 odst. 1 poslední věty s. ř. s.
[34] O náhradě nákladů řízení rozhodl kasační soud v souladu s § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka ve věci neměla úspěch, a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti. Žalovanému v souvislosti s tímto řízením nevznikly žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti. Soud mu tedy náhradu nákladů řízení nepřiznal.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 22. dubna 2026
Ivo Pospíšil
předseda senátu
