10 Af 28/2025 - 31

Číslo jednací: 10 Af 28/2025 - 31
Soud: Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí: 26. 2. 2026
Kategorie: Daň z přidané hodnoty
Stáhnout PDF

Celé znění judikátu:

žalobkyně: SANGU IMPORT EXPORT s. r. o. IČ: 18 02 77 33

se sídlem Novodvorská 1070/8, 142 00 Praha – Libuš

 zast. TAL Consulting s. r. o.

se sídlem Dřevná 382/2, 128 00 Praha – Nové Město

proti

žalovanému: Finanční úřad pro hlavní město Praha

  se sídlem Štěpánská 619/28, 111 21 Praha – Nové Město

o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem správního orgánu

takto:

  1. Zásah žalovaného spočívající ve vydání Výzvy k odstranění pochybností ze dne 23.10.2025, č. j. 8104393/25/2012-50521-109481, ve vztahu k přijatému zdanitelnému plnění vykázanému v oddílu B.2 kontrolního hlášení za období srpen 2025 pod číslem dokladu 362500478 od dodavatele YIT Stavo s. r. o., DIČ CZ26420562 ve výši základu daně 1 310 000,- Kč a daně 275 100 Kč, byl nezákonný.
  2. Ve zbytku se žaloba zamítá.
  3. Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.
  4. Žalovanému se náhrada nákladů řízení nepřiznává.

Odůvodnění:

I. Předmět sporu

  1. Žalobkyně se podanou žalobou domáhá ochrany před nezákonným zásahem žalovaného spočívajícím ve vydání Výzvy k odstranění pochybností ze dne 23.10.2025, č. j. 8104393/25/2012-50521-109481 (dále jen „výzva“ či „výzva k odstranění pochybností“). Žalovanému vznikly pochybnosti při přezkoumání přiznání k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen 2025, a to o oprávněnosti uplatněného nároku na odpočet daně ve smyslu § 72 a § 73 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidaného hodnoty, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o DPH“ nebo „ZDPH“).
  2. Žalobkyně se podanou žalobou domáhá, aby soud určil, že zásah žalovaného spočívající ve vydání výzvy k odstranění pochybností byl nezákonný. Rovněž požaduje, aby soud žalovanému uložil zákaz pokračovat v postupu k odstranění pochybností.
  3. Dále se žalobkyně žalobou domáhá, aby soud uložil žalovanému povinnost vyměřit daň z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen 2025 tak, jak uvedla v daňovém přiznání a bez odkladu ji poukázat na příslušný bankovní účet žalobkyně.

II. Skutkový stav a výzva k odstranění pochybností

  1. Žalobkyně podala dne 23.09.2025 přiznání k dani z přidané hodnoty (dále též „DPH“) za zdaňovací období srpen 2025 pod č. j. 7499582/25/2012-50521-109481 (dále „daňové přiznání“). Téhož dne podala rovněž kontrolní hlášení za období srpen 2025 (č. j. 7497809/25/2012-50521-109481). V daňovém přiznání žalobkyně nárokovala pouze nárok na nadměrný odpočet daně v souhrnné výši 305 555,- Kč, a to za následující zdanitelná plnění:
    1. přijaté zdanitelné plnění týkající se pořízení nemovité věci, vykázané v oddílu B.2 kontrolního hlášení za období srpen 2025 pod číslem dokladu 362500478 od dodavatele YIT Stavo s. r. o., DIČ CZ26420562 (dále jen „YIT Stavo“) ve výši základu daně 1 310 000,- Kč a daně 275 100,- Kč (dále jen „Plnění A)
    2. přijaté zdanitelné plnění týkající se konzultačních služeb, vykázané v oddílu B.2 kontrolního hlášení za období srpen 2025 pod číslem dokladu 2025030431 od dodavatele Foreigners.cz s. r. o., DIČ: CZ28824059 (dále je „Foreigners.cz“) ve výši základu daně 40 500,- Kč a daně 8 505,- Kč (dále jen „Plnění B)
    3. přijaté zdanitelné plnění týkající se poradenství v oblasti nemovitostí, vykázané v oddílu B.2 kontrolního hlášení za období srpen 2025 pod číslem dokladu 20250275 od dodavatele LIVR konzult s. r. o., DIČ: CZ 14244080 (dále jen „LIVR konzult“) ve výši základu daně 95 000,- Kč a daně 19 950,- Kč (dále jen „Plnění C“)
  2. Mezi žalobkyní a žalovaným proběhla před vydáním výzvy k odstranění pochybností neformální komunikace za účelem vyjasnění pochybností správce daně, a to dne 25.09.2025, kdy žalobkyně předložila tři daňové doklady (bod 4i-4iii tohoto rozsudku). Další neformální komunikace se mezi stranami uskutečnila formou emailových zpráv dne 22.10.2025, kdy žalobkyně předložila ve vztahu k Plnění A kupní smlouvu na nebytový prostor a čestné prohlášení, a to prostřednictvím odkazu na externí online úložiště (webová služba umožňující sdílení souborů prostřednictvím odkazu), neboť jejich velikost neumožňovala běžné zasílání emailem. Téhož dne žalovaný sdělil, že zaslané soubory nemůže otevřít, protože nemá přístup do externího online úložiště z důvodu kybernetické bezpečnosti úřadu. Žalobkyně následně dne 23.10.2025 podklady zaslala znovu v technicky použitelné podobě. Dne 23.10.2025 žalovaný vydal výzvu k odstranění pochybností, která byla žalobkyni doručena dne 30.10.2025.
  3. Ve výzvě žalovaný zpochybnil nároky žalobkyně na nadměrný odpočet DPH za všechna jí tvrzená zdanitelná plnění. Pochybnosti žalovaného se ve vztahu k Plnění A zakládaly na důvodnému předpokladu, že nárok na odpočet DPH nebyl uplatněn v souladu s § 72 odst. 5 ZDPH. Ve vztahu k plnění B a C potom pochybnosti správce daně spočívaly v nenaplnění podmínek pro uplatnění nároku na odpočet daně ve smyslu § 72 a § 73 zákona o DPH.
  4. Žalovaný ve výzvě vyzval žalobkyni, aby se k uvedeným pochybnostem vyjádřila a prokázala pravdivost údajů uvedených v přiznání a předložila důkazní prostředky (vyjma již předložených) tak, aby došlo k odstranění vznesených pochybností. Žalovaný upozornil, že jako důkazních prostředků lze užít všech podkladů, jimiž lze zjistit skutečný stav věci a ověřit skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně. Žalovaný demonstrativně vyjmenovává konkrétní důkazní prostředky (např. daňové a účetní doklady), které po žalobkyni požaduje. Zároveň stanoví lhůtu pro odstranění uvedených pochybností v délce 15 dnů ode dne doručení výzvy.
  5. V odůvodnění výzvy žalovaný své pochybnosti blíže specifikuje.  
  6. Co se týče Plnění A, žalovaný uvedl, že z důkazních prostředků, jakož i z poskytnutého vyjádření vyplývá, že si daňový subjekt nárokuje odpočet daně z titulu úhrady zálohy na pořízení jednotky A.105 v bytovém domě Hodkovická. Žalovaný se domnívá, že vzhledem k tomu, že daňový subjekt disponuje pouze tzv. zálohovou fakturou, lze důvodně předpokládat, že nedošlo k předání nemovité věci ani ke změně vlastnického práva, tudíž se dodání předmětné věci nepovažuje na základě § 21 odst. 2 ZDPH za uskutečněné. Dodává, že ve smyslu § 20a odst. 1 zákona o DPH vzniká povinnost přiznat daň při dodání zboží nebo poskytnutí služby ke dni uskutečnění zdanitelného plnění a podle § 72 odst. 5 ZDPH vzniká plátci nárok na odpočet daně okamžikem, kdy nastaly skutečnosti zakládající povinnost tuto daň přiznat. Proto lze důvodně pochybovat o tom, že nárok na odpočet daně byl uplatněn v souladu s § 72 ZDPH, neboť plátci nevznikl na toto uplatnění nárok ve smyslu odst. 5 citovaného ustanovení.
  7. K plnění B žalovaný uvedl následující. Žalobkyně nárokuje odpočet daně na základě daňového dokladu, který obsahuje nejednoznačný předmět plnění, a to cit. „Consultation 9x NGUYEN QUANG THE, NGUYEN THI THANH HUONG, PHAM NGUYEN TRUONG AN, PHAM QUYNH NGA, DANG BAO NGUYEN, NGUYEN DANG QUAN, TRAN THI LOAN, PHAM TRA MY, NGUYEN THI THU TRA“. Správci daně není zjevné, čeho se konzultace týkala, a proto není bez další součinnosti s daňovým subjektem schopen vyhodnotit, zda jsou splněny podmínky nároku na odpočet daně, tj. vyhodnotit, zda předmětné plnění je či bude použito v rámci ekonomických činností plátce.
  8. K plnění B žalovaný vyjadřuje pochybnost o předmětu plnění „Poradenství v oblasti nemovitostí (WS),“ který je rovněž nejednoznačný. Žalovanému není zjevné, čeho se poradenství týkalo a v jakém rozsahu bylo poskytnuto. Proto není možné vyhodnotit, zda předmětné plnění je či bude použito v rámci ekonomických činností plátce.

III.  Žaloba a další podání účastníků

  1. Žalobkyně v žalobě ze dne 11.12.2025 nejdříve líčí rozhodné skutkové okolnosti.
  2. Dále odkazuje na metodický pokyn Generálního finančního ředitelství, č. j. 36378/22/7700-10124-011654 (dále jen „metodický pokyn“), dle kterého musí správce daně ve výroku výzvy specifikovat jednotlivé pochybnosti, které o tvrzení má. Nelze, jak to provedl žalovaný, tzv. opsat ze zákona všechny čtyři varianty pochybností, a ve skutečnosti se zabývat pouze jednou z nich. 
  3. Žalobkyně upozorňuje na výrazné pochybení žalovaného při právním hodnocení předloženého dokladu a posouzení nároku na odpočet DPH ve vztahu k Plnění A. Věc neměl hodnotit podle
    § 20a odst. 1 ZDHP, ale podle odst. 2 a 3 téhož ustanovení. (žalobkyně nesprávně uvádí odkaz na § 20 odst. 2 a 3, jedná se ovšem o zjevnou chybu v psaní – pozn. soudu), dle něhož vzniká povinnost přiznat daň z úplaty ke dni jejího přijetí, je-li poskytnuta před uskutečněním zdanitelného plnění a je-li zdanitelné plnění známo dostatečně určitě. Z předloženého dokladu plyne, že podmínky byly splněny, a proto žalobkyni náleží nárok na odpočet DPH, neboť splnila i další podmínky dle § 72 ZDPH. Předložený doklad splňuje náležitosti daňového dokladu k přijaté platbě, tedy dokladu podle § 28 odst. 1 písm. d) ZDPH, a nejedná se, jak nesprávně tvrdí žalovaný, pouze o zálohovou fakturu.
  4. Ve vztahu k Plnění B a Plnění C žalobkyně odkazuje na ustanovení § 29 odst. 1 písm. f) zákona o DPH, dle něhož musí daňový doklad obsahovat předmět plnění. Zákon sám ovšem definici tohoto termínu neobsahuje. Žalobkyně tak s odkazem na odbornou literaturu uvádí, že v případě služeb se u předmětu plnění prakticky jedná o popis rozsahu provedených úkonů, zda šlo např. o konzultaci, montáž, školení atd. Předmět by měl být dostatečně specifický, aby umožnil třetí osobě (např. finančnímu úřadu) pochopit, co přesně bylo dodáno nebo poskytnuto. To vyplývá i z obecné praxe a českých komentářů k daňovým dokladům.
  5. Žalobkyně je toho názoru, že předmět plnění na dokladu k Plnění B a C je v kontextu výše uvedeného vyjádřen dostatečně specificky. Současně měl žalovaný dle názoru žalobkyně zohlednit kontext těchto zdanitelných plnění, která evidentně souvisejí s předmětem Plnění A, jakož i s činností žalobkyně jako takové. K tomu měl žalovaný provést potřebnou analýzu souvisejících skutečností a informací, např. z veřejně dostupných webových stránek dodavatelů těchto plnění. Žalobkyně je toho názoru, že pochybnosti ve vztahu k Plnění A a B se nezakládají na objektivních skutečnostech, ale jde pouze o domněnky žalovaného.
  6. Žalovaný dále překročil meze postupu k odstranění pochybností, neboť si vyžádal všechny daňové doklady a kompletní evidenci, což je v rozporu jak s judikaturou, tak metodickou pomůckou Generálního finančního ředitelství. Žalovaný se snaží neproporcionálně prokázat všechny myslitelné skutečnosti do posledního detailu, což je v rozporu s judikaturou Ústavního soudu – viz. např. nález ÚS ze dne 20.08.2014, sp. zn. I. ÚS 173/13, bod. 30.
  7. Žalovaný dále pochybil v tom, že své pochybnosti ve výzvě nekonkretizoval, což je v rozporu s judikaturou správních soudů. Podezření žalovaného musí být založené na dostatečně konkrétních a přesvědčivých poznatcích nebo analýzách opřených o skutkové důvody, tj. o důvody objektivně existující a nespočívající pouze v úsudku a vůli příslušných pracovníků správce daně. Pouze tak lze vyloučit libovůli orgánů veřejné moci a zaručit přezkoumatelnost správních aktů. Žalobkyně v této souvislosti poukazuje na rozsudky NSS ze dne 14.02.2018, č. j. 1 Afs 97/2017-38 a ze dne 08.07.2008, č. j. 9 Afs 110/2007 a ze dne 30.062016, č. j. 4 Afs 95/2016-36.
  8. Žalobkyně dále žalovanému vyčítá nedostatky ve vedení spisové dokumentace. Žalobkyni nebylo do dne podání žaloby umožněno nahlédnout do spisu. Pokud pochybnosti žalovaného existují, ale nejsou v předmětné části spisu založeny, pak žalovaný nedostál zákonným požadavkům na vedení spisové dokumentace. Porušil tak zásadu při správě daní dle § 6 odst. 1 v podobě rovného procesního postavení a též porušil právo žalobkyně na spravedlivý proces. Související spisová dokumentace je neúplná a nevěrohodná a jako taková neumožňuje žalobkyni účinnou obranu.
  9. Závěrem k zahájenému postupu k odstranění pochybností uvádí, že výzva žalovaného je zcela nesrozumitelná, neobsahuje žádné konkrétní pochybnosti, jak předepisuje ust. § 89 odst. 1 a 2 DŘ, a zcela evidentně je pouhou obstrukcí žalovaného. Údajná pochybnost žalovaného (pokud to pochybností vůbec lze nazvat) je zcela abstraktní, nepodložená a neobjektivní. Z tohoto důvodu, tedy proto, že ve výzvě absentuje její esenciální náležitost – sdělení konkrétních pochybností – považuje žalobkyně danou výzvu za nezákonnou.
  10. Žalobkyně požaduje, aby soud uložil žalovanému zákaz pokračovat v postupu k odstranění pochybností a aby konstatoval, že zahájení postupu k odstranění pochybností bylo nezákonným zásahem. Dále požaduje, aby soud uložil žalovanému povinnost vyměřit daň z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen 2025 tak, jak uvedla žalobkyně v daňovém přiznání a bez odkladu jej poukázal žalobkyni na její bankovní účet. Požaduje též náhradu nákladů řízení.
  11. Ve vyjádření žalovaného ze dne 30.01.2026, č. j. 728009/26/2040-11451-106054 navrhuje žalobu zamítnout pro její nedůvodnost.
  12. Žalovaný nejprve shrnuje žalobní námitky a průběh daňového řízení.
  13. Poté shrnuje skutkový stav. Vyjadřuje se k neformálním kontaktům se žalobkyní dne 25.09.2025 a dne 22.10.2025. Uvádí, že musel přistoupit k vydání výzvy k odstranění povinností dne 23.10.2025, a to s ohledem na běh lhůty pro vyplacení případně vyměřeného nadměrného odpočtu, a to s odkazem na ustanovení § 155b odst. 3 písm. b) daňového řádu.
  14. Dne 14.11.2025 obdržel žalovaný odpověď na výzvu, která obsahovala plnou moc pro zastupování, vyjádření žalobkyně k výzvě a nepodepsanou a nedatovanou Smlouvu o poskytnutí relokačních služeb a zpracování osobních dat mezi žalobkyní a Foreigners.cz
  15. Žalovaný následně po zohlednění důkazních prostředků předložených v den vydáví výzvy a dále i po ověření kontrolního hlášení dodavatele přistoupil k přiznání nároku žalobkyně na zálohu na daňový odpočet na DPH ve výši 275 100,- Kč, tedy za Plnění A, o čemž byl dne 12.12.2025 sepsán úřední záznam č. j. 9137153/25/2012-60561-107038. O vzniku tohoto nároku žalovaný žalobkyni informoval Vyrozuměním o záloze na nadměrný odpočet ze dne 16.12.2025, č.j. 9301624/25/2012-50521-109481. Vyrozumění bylo žalobkyni doručeno dne 17.12.2025, ve stejný den byl nadměrný odpočet žalobkyni vyplacen.
  16. Žalobkyně požadovala též dne 11.12.2025 mimo jiné soupis obsahu části spisu. Soupis jí byl zaslán dne 12.12.2025, a to písemností s č. j. 9224518/25/2012-60561-107038.
  17. Následně se žalovaný věnuje konkrétním žalobním námitkám.
  18. S odkazem na žalobkyní odkazovaný Metodický pokyn Generální finančního ředitelství je třeba rozlišit daňovou kontrolu a postup k odstranění pochybností. Dle uvedeného popisu skutkového stavu lze zhodnotit, že žalovaný postupoval v souladu s metodickým pokynem. Z přiznání vyplynuly pochybnosti, které se snažil odstranit nejprve neformálním postupem, až následně přistoupil k zahájení postupu k odstranění pochybností.
  19. K obsahu samotné výzvy má žalovaný za to, že dostál jak požadavkům metodického pokynu, tak judikatury. Požaduje odstranění pochybností o správnosti přiznání k DPH za srpen 2025, zejména o oprávněnosti uplatněného odpočtu daně u tří konkrétních přijatých plnění. U každého plnění uvádí dodavatele, částky a požaduje předložení souvisejících účetních dokladů, smluv a důkazů o platbách. V odůvodnění Výzvy žalovaný cituje relevantní ustanovení daňového řádu, hodnotí již předložené podklady a vysvětluje, proč pochybnosti trvají. U plnění A jde o zálohovou fakturu, takže není prokázáno uskutečnění dodání. U plnění B a C je předmět plnění nejasný, a proto nelze bez další součinnosti ověřit, zda souvisejí s ekonomickou činností žalobkyně a zda vzniká nárok na odpočet DPH.
  20. Žalovaný doplňuje, že ve výzvě nevyjmenovává všechny 4 varianty pochybností, jak se snaží tvrdit žalobkyně, konstatuje pouze svou pochybnost o správnosti a pravdivosti údajů uvedených v přiznání k dani.
  21. Žalovaný uvádí, že pochybnosti směrem k Plnění A byly odstraněny až doložením dalších důkazních prostředků a nárok byl uznán jako oprávněný a došlo k jeho vyplacení. K Plnění B a Plnění C uvádí, že pochybnosti přetrvávají. Žalovanému není zřejmý předmět plnění, žalobkyně nedoložila, čeho se konzultace a poradenství týkalo a v jakém rozsahu tato plnění byla poskytnuta. Kontrolní postup ohledně prokázání, zda předmětná plnění budou využita v rámci ekonomické činnosti žalobkyně, nadále trvá.
  22. Závěrem uvádí, že požadavkům na zásadu rychlosti dostál. Zdůrazňuje, že si vyžádal pouze doklady (daňové i účetní), které se vztahují k výzvě specifikovaným třem plněním. Neformální kontakt žalovaného s žalobkyní před zahájením postupu k odstranění pochybností sice není zanesen ve spisu žalovaného, nebyl vyhotoven úřední záznam. Nicméně z emailových podání žalobkyně, která jsou zanesena v soupisu písemností, je jeho existence patrna. Absence úředních záznamů popisujících existenci neformální kontaktů nemůže v kontextu dalších písemností a celého průběhu řízení způsobit porušení zásad správy daní (žalobkyní uváděné zásady rovného postavení a zásady práva na spravedlivý proces).

IV.  Posouzení žaloby soudem

  1. Městský soud v Praze ověřil, že žaloba byla podána včas, osobou k tomu oprávněnou, a že splňuje všechny formální náležitosti na ni kladené. Soud přezkoumal žalobou napadený postup žalovaného v rozsahu žalobních bodů, kterými je vázán. Jiné vady, k nimž by byl povinen přihlédnout z moci úřední, soud neshledal.
  2. Soud v dané věci rozhodl bez jednání, jelikož žalobkyně podle § 51 s. ř. s. s takovým postupem nevyjádřila nesouhlas a žalovaný s rozhodnutím věci bez nařízení ústního jednání výslovně souhlasil. Současně soud shledal, že žalovaný v dané věci vedl správní spis, ze kterého vyplývají všechny pro posouzení věci rozhodné skutečnosti.
  3. Žaloba je částečně důvodná.
  4. Ustálená judikatura dovodila, že ochrana podle § 82 a násl. soudního řádu správního je důvodná tehdy, jsou-li - a to kumulativně, tedy zároveň - splněny následující podmínky: žalobce musí být přímo (1. podmínka) zkrácen na svých právech (2. podmínka) nezákonným (3. podmínka) zásahem, pokynem nebo donucením ("zásahem" správního orgánu v širším smyslu) správního orgánu, které nejsou rozhodnutím (4. podmínka), a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo (5. podmínka). Není-li byť jen jediná z uvedených podmínek splněna, nelze ochranu podle § 82 a násl. s. ř. s. poskytnout.
  5. Soud se nejdříve zabýval otázkou přezkoumatelnosti výzvy k odstranění pochybností vydané podle § 89 a § 90 daňového řádu jakožto nezákonného zásahu podle § 82 an. s. ř. s.
  6. Judikatura se ve vztahu k této otázce vyvíjela v čase. Nejvyšší správní soud se v rozsudku ze dne 27.03.2019, č. j. 1 Afs 120/2018-27 k problematice přezkoumatelnosti výzvy vyjádřil takto (viz i shrnutí judikatury v citované pasáži). „Z judikatury Nejvyššího správního soudu dále vyplývá, že některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samostatného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru. Jinými slovy, pro možnost obrany není třeba čekat, až bude po nezákonném postupu vydán platební výměr, bude-li vůbec vydán (viz např. rozsudky ze dne 11. 6. 2015, č. j. 10 Afs 40/2015-36, ze dne 19. 12. 2012, č. j. 2 Ans 15/2012-22, nebo ze dne 13. 2. 2014, č. j. 2 Aps 8/2013-46).“ Žalobkyně tak zvolila správný žalobní typ, domáhá-li se vyslovení nezákonnosti zahájení postupu k odstranění pochybností žalobou na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správního orgánu podle § 82 a násl. s. ř. s.“
  7. Přípustnost podání zásahové žaloby za účelem přezkumu nezákonnosti výzvy k odstranění pochybností byla původně navázána na vyčerpání jiného prostředku ochrany v podobě stížnosti podle § 261 daňového řádu. Tento stav doznal též judikatorního vývoje, kdy rozsudek RS NSS ze dne 05.12.2017, č. j. 1 Afs 58/2017-42 stanoví, že [p]odání žaloby, kterou se žalobce domáhá pouze určení, že zásah byl nezákonný, není podmíněno vyčerpáním jiných právních prostředků ochrany nebo nápravy před správním orgánem ve smyslu § 85 s. ř. s. Subjektivní lhůta pro podání žaloby běží od okamžiku, kdy se do sféry žalobce dostanou takové informace, na jejichž základě mohl seznat, v čem jednání veřejné správy, jež má být nezákonným zásahem spočívá a že je zaměřeno proti němu“ a  „[s]tížnost ani žádost o prošetření způsobu vyřízení stížnosti dle § 261 daňového řádu není jiným právním prostředkem ochrany nebo nápravy ve smyslu § 85 s. ř. s., který je nutno před podáním žaloby na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správce daně vyčerpat. Případné podání takové stížnosti nemá vliv na běh subjektivní lhůty pro podání žaloby.“
  8. Na základě výše uvedeného tak lze shrnout, že žalobkyně při podání žaloby postupovala v souladu se zákonem a judikaturou Nejvyššího správního soudu. Jelikož namítala nezákonnost výzvy spočívající v jejích obsahových náležitostech, neexistoval jiný prostředek ochrany, který by byla povinna vyčerpat. Žaloba je přípustná.
  9. Žalobkyně v žalobě požaduje, aby soud konstatoval, že zásah spočívající v zahájení postupu k odstranění pochybností byl nezákonný (bod III. části V. Návrh rozsudku), a zároveň aby uložil žalovanému zákaz pokračovat v postupu k odstranění pochybností (bod I. části V. Návrh rozsudku). Zatímco v prvním případě se jedná o určující žalobu, kdy soud akademickým výrokem konstatuje nezákonnost již ukončeného zásahu, jehož opakování nehrozí a důsledky netrvají, ve druhém případě žalobkyně požaduje ochranu před zásahem trvajícím. Tyto skutečnosti mají vliv na to, dle jakého skutkového a právního stavu soud věc posuzuje (§ 87 odst. 1 s. ř. s.). V době, kdy žalobkyně žalobu podávala (11.12.2025), šlo ve vztahu ke všem plněním o zásah trvající, neboť ve vztahu k Plnění A došlo k ukončení postupu o odstranění pochybností dne 12.12.2025, tedy až den po podání žaloby. Judikatura Nejvyššího správního soudu formulaci eventuálního petitu připouští v souvislosti s tím, že v žalobě na ochranu před nezákonným zásahem je třeba reagovat na změny skutkové situace: „[ž]alobce rovněž může již v žalobě navrhnout eventuální petit: primárně se bude domáhat zákazu pokračování v porušování konkrétního žalobcova práva nebo příkazu obnovit stav před zásahem a eventuálně (pokud zásah v mezidobí skončí) bude požadovat určení, že zásah byl nezákonný“ (rozsudek NSS ze dne 28.05.2014, č. j. 1 Afs 60/2014-48). Soud z návrhu žalobkyně seznal tento požadavek. Ve vztahu k Plnění A shledal, že zásah je již ukončen, nepokračuje a ani nehrozí jeho důsledky, neboť žalobkyni byl nadměrný odpočet přiznán, a proto rozhoduje podle skutkového a právního stavu v době vydání napadené výzvy k odstranění pochybností (§ 87 odst. 1 věta druhá s. ř. s.) Co se týče Plnění B a C, jde o zásah trvající, a proto soud rozhoduje podle skutkového a právního stavu ke dni svého rozhodnutí (§ 87 odst. 1 věta první s. ř. s.). 
  10. Soud při přezkumu vycházel z této právní úpravy.
  11. Podle § 89 odst. 1 daňového řádu „má-li správce daně konkrétní pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených, vyzve daňový subjekt k odstranění těchto pochybností.
  12. Podle § 89 odst. 2 daňového řádu „ve výzvě správce daně uvede své pochybnosti způsobem, který umožní daňovému subjektu, aby se k nim vyjádřil, neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvětlil, nepravdivé údaje opravil nebo pravdivost údajů prokázal a předložil důkazní prostředky tak, aby došlo k odstranění těchto pochybností.“
  13. Podle § 89 odst. 3 daňového řádu „ve výzvě daňovému subjektu stanoví správce daně lhůtu k odstranění pochybností, která nesmí být kratší než 15 dnů, a poučí ho o následcích spojených s neodstraněním pochybností nebo nedodržením stanovené lhůty.“
  14. Podle § 90 odst. 1 daňového řádu „o průběhu postupu k odstranění pochybností sepíše správce daně podle povahy svého úkonu protokol nebo úřední záznam, ve kterém uvede vyjádření nebo důkazní prostředky, na jejichž základě považuje pochybnosti za zcela nebo zčásti odstraněné, a případné důvody přetrvávajících pochybností.“
  15. Podle § 155b odst. 3 písm. b) daňového řádu „vznikne-li v důsledku stanovení daňového odpočtu vratitelný přeplatek, vrátí jej správce daně daňovému subjektu bez žádosti do 30 dnů ode dne, který se považuje za den doručení platebního výměru nebo dodatečného platebního výměru v případě, kdy se výsledek vyměření nebo doměření daňovému subjektu neoznamuje.
  16. Podle § 140 odst. 1 daňového řádu věta první „neodchyluje-li se vyměřovaná daň od daně tvrzené daňovým subjektem, správce daně nemusí daňovému subjektu výsledek vyměření oznamovat platebním výměrem.“
  17. Podle § 140 odst. 2 daňového řádu se „za den doručení platebního výměru daňovému subjektu se považuje poslední den lhůty pro podání daňového přiznání nebo vyúčtování…
  18. Podle § 136 odst. 4 daňového řádu „je-li zdaňovací období kratší než 1 rok, podává se daňové přiznání do 25 dnů po uplynutí zdaňovacího období. Tuto lhůtu nelze prodloužit.“
  19. Podle § 99 zákona o DPH „zdaňovacím obdobím je kalendářní měsíc.“
  20. Aby bylo možné shledat postup finančních úřadů při vydání výzev k odstranění pochybností nezákonným zásahem, je třeba, aby ve výzvě absentovaly náležitosti vymezené zákonem a judikaturou. Výzva musí být především dostatečně konkrétní a musí z ní být jasně patrno, v čem správní orgán spatřuje pochybnosti ve správnosti, pravdivosti, úplnosti, nebo průkaznosti daňového přiznání či souvisejících informací. Daňovému subjektu musí být tyto skutečnosti přímo ve výzvě sděleny a spolu s tímto sdělením musí být též jasně určitelné, jakým způsobem může daňový subjekt pochybnosti správce daně rozptýlit.
  21. Obsahové náležitosti výzvy k odstranění pochybností upřesňuje především Usnesení RS NSS 08.07.2008, č. j. 9 Afs 110/2007-113: „[v]e výzvě správce daně podle § 43 daňového řádu musí být uvedeny konkrétní skutkové důvody zakládající pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového přiznání nebo hlášení, popřípadě dodatečného daňového přiznání nebo následného hlášení a dalších písemností předložených daňovým subjektem, nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených. Výzva odkazující pouze na příslušný řádek takového přiznání či hlášení nebo takové písemnosti tomuto požadavku zpravidla neodpovídá.“ Totožné usnesení rozšířeného senátu NSS dále specifikuje, kdo může být postupu k odstranění pochybností podroben: [j]iž ze samotného znění citovaného ustanovení § 43 odst. 1 d. ř. je zřejmé, že se nejedná o oprávnění správce daně vyzvat k prokázání určitých skutečností kohokoli, nýbrž o oprávnění oslovit toliko takový daňový subjekt, který vykazuje zákonem definovanou vlastnost. Touto vlastností je, že ve vztahu k dotyčnému daňovému subjektu má správce daně pochybnost o správnosti, o průkaznosti nebo o úplnosti podaného daňového prohlášení (resp. dalších zákonem stanovených písemností) nebo o pravdivosti údajů v tomto prohlášení uvedených. Právě existence či neexistence zákonem stanoveného typu pochybnosti správce daně je onou relevantní vlastností, která odlišuje ty daňové subjekty, které mohou být podrobeny postupu správce daně podle § 43 d. ř., a subjekty, které takovému postupu být podrobeny nesmí. Pouze ty subjekty, ve vztahu k nimž pochybnost správce daně o jejich daňově relevantních tvrzeních existuje, mohou být povinny nést případné negativní následky nesplnění povinnosti podat řádné vysvětlení a vyjádření a doložit požadované skutečnosti, která vyplývá z § 43 odst. 1 d. ř. Ve vztahu k jiným subjektům je postup správce daně podle § 43 odst. 1 d. ř. nezákonností, jež nemůže být podkladem pro následný postup proti daňovému subjektu (např. podkladem pro vyměření daně) a výjimečně může podle okolností mít i povahu nezákonného zásahu.“
  22. Soud k tomu dodává, že závěry rozšířeného senátu, byť se vztahují ke staré právní úpravě vytýkacího řízení, jsou plně přenositelné i na nynější úpravu, což potvrzuje rozsudek NSS ze dne 04.04.2013, č. j. 1 Afs 105/2012-37, ve věci Auto Pool, body 25-26, jakož i rozsudek NSS ze dne 25.09.2020, č. j. 10 Afs 178/2020 bod 10.
  23. Jak z výše uvedeného plyne, postup o odstranění pochybností může být zahájen jen tehdy, má-li správce daně konkrétní, skutkově podložené pochybnosti o tvrzeních daňového subjektu. Nesmí jít pouze o subjektivní pocit. „V materiálním právním státě, v němž je vyloučena libovůle orgánů veřejné moci, musí být existence pochybnosti opřena o skutkové důvody, tj. o důvody objektivně existující a nespočívající toliko v úsudku a vůli příslušných pracovníků správce daně. Jen tak – tedy ověřením existence a povahy těchto skutkových důvodů – je možno zaručit přezkoumatelnost toho, zda příslušný správce daně skutečně pochybnost o tvrzeních daňového subjektu měl, anebo zda ji neměl a požadoval na daňovém subjektu vysvětlení a prokazování jím tvrzených skutečností toliko na základě zákonem nedovoleného náhodného výběru či dokonce na základě z libovůle vycházejícího či jinak mimo zákonná kritéria se pohybujícího úsudku pracovníka správce daně. […] (Usnesení RS NSS ze dne 08.07.2008, č. j. 9 Afs 110/2007-102). Pochybnost samozřejmě nemusí znamenat jistotu, že tvrzení daňového subjektu jsou nesprávná. Postačí důvodné podezření opřené o konkrétní poznatky a racionální analýzy, přičemž rozsah řízení je omezen právě těmito pochybnostmi. Správce daně může vyzývat jen k vysvětlení toho, co s nimi souvisí, a daňový subjekt musí reagovat. Správce daně proto musí pochybnosti i způsob jejich vyvrácení sdělit jasně, srozumitelně a konkrétně (tamtéž).
  24. Nyní zbývá tato kritéria aplikovat na právě řešený případ. Soud nejprve přezkoumá postup žalovaného ve vztahu k Plnění A, následně dojde k vypořádání postupu v souvislosti s ostatními plněními, jakož i zbylých námitek žalobkyně.

i.)                  Plnění A

  1. Soud shledal postup žalovaného, který vydal výzvu k odstranění pochybností ve vztahu k Plnění A, nezákonným zásahem, a to z následujících důvodů.
  2. Žalovaný sice v souladu s metodickým pokynem zahájil se žalobkyní nejprve neformální konzultace k vyjasnění věci a poté, co jeho pochybnosti přetrvávaly, vydal předmětnou výzvu. Výzva obsahuje též konkrétní pochybnosti žalovaného založené na § 21 odst. 2 zákona o DPH, který definuje, že při dodání nemovité věci se zdanitelné plnění považuje za uskutečněné dnem předání nemovité věci nabyvateli do užívání nebo dnem doručení vyrozumění, ve kterém je uveden den zápisu změny vlastnického práva, a to tím dnem, který nastane dříve. Vzhledem k tomu, že žalobkyně disponuje pouze tzv. zálohovou fakturou, lze důvodně předpokládat, že nedošlo k předání nemovité věci ani ke změně vlastnického práva, tudíž lze dle žalovaného konstatovat, že ve smyslu § 21 odst. 2 ZDPH se dodání předmětné nemovité věci nepovažuje za uskutečněné, přičemž podle § 20a odst. 1 ZDPH povinnost přiznat daň při dodání zboží nebo poskytnutí služby vzniká ke dni uskutečnění zdanitelného plnění a nároky na odpočet daně vznikají okamžikem, kdy nastaly skutečnosti zakládající povinnost tuto daň přiznat.
  3. Žalovaný ovšem při rozhodování opomněl zohlednit podstatný důkazní prostředek předložený v řízení žalobkyní. Jak vyplývá ze správního spisu, jenž mimo jiné obsahuje i emailovou (neformální) korespondenci žalobkyně a žalovaného před samotným zahájením postupu k odstranění pochybností, již dne 22.10.2025 byla žalobkyní zaslána kupní smlouva k nemovitosti, k níž se vztahuje nárokovaný odpočet za uhrazenou zálohu. Soubory v digitální formě byly zaslány skrze odkaz na externí úložiště, protože přiložené soubory překračovaly povolenou velikost pro emailovou korespondenci. Žalovaná se s jejich obsahem neseznámila, a to z důvodu kybernetických bezpečnostních opatření správce daně, kvůli nimž neměla přístup ke vzdálenému úložišti. O této skutečnosti žalovaná žalobkyni ještě týž den informovala. Žalobkyně následující den, tedy 23.10.2025 (totožný se dnem vydání výzvy), obratem reagovala a přislíbila přiložit soubory ve zmenšené verzi, což také téhož dne učinila.
  4. Soud má za to, že žalobkyni nelze za této situace přičítat k tíži technické omezení na straně žalovaného. Žalobkyně v rámci součinnosti správci daně avizovala a následně bezodkladně poskytla podklady vztahující se k Plnění A. Žalovaný byl o jejich existenci prokazatelně informován a měl přiměřený prostor vyčkat jejich doručení v použitelné formě. Jak plyne z obsahu emailové korespondence, žalovaný věděl, že se zpráva, kterou se mu dne 22.10.2025 nepodařilo zobrazit, vztahuje k Plnění A. Žalovaný měl jasnou představu o tom, že v nejbližší době obdrží důkazní prostředek k tomuto zdanitelnému plnění, i přesto však nevyčkal na jeho opětovné zaslání a vydal výzvu k odstranění pochybností. V souladu s výše zmíněnou judikaturou musí být pochybnosti založené na konkrétních a přesvědčivých poznatcích. Žalobkyně komunikovala bez průtahů, žalovaný tak neměl důvod očekávat, že zmenšenou verzi dokumentů od žalobkyně neobdrží. Přestože žalovaný měl vědomost o tom, že v nejbližší době obdrží relevantní důkaz, který by mohl rozptýlit jeho pochybnosti o neuskutečnění zdanitelného Plnění A (kupní smlouvu na předmětnou nemovitost), výzvu k odstranění pochybností vydal. Soud bere v potaz, že k vydání výzvy k odstranění pochybností nemusí být finanční úřad zcela přesvědčen o nesprávnosti tvrzení daňového subjektu – to by ostatně bylo v rozporu se smyslem a účelem právní úpravy. Jsou-li ovšem v dispoziční sféře žalovaného důkazy vztahující se k projednávané věci, musí je zohlednit a nesmí je vědomě opomenout, jak se tomu stalo v tomto případě. Paradoxně na základě těchto důkazních prostředků (spolu s ověřením kontrolního hlášení dodavatele) následně došlo k přiznání nárokovaného odpočtu ve výši 275 100,- Kč. Žalovaný od žalobkyně žádné další podklady nevyžadoval. I to svědčí o předčasnosti postupu žalovaného, kdy po zpřístupnění podkladů byl odpočet uznán bez dalšího dokazování.
  5. Podobný případ řešil i Krajský soud v Českých Budějovicích v rozsudku ze dne 26.08.2025, č. j. 61 A 3/2025: „…správce daně je oprávněn vydat výzvu k odstranění pochybností pouze v případě, že v době vydání výzvy konkrétní skutkové důvody vedoucí k pochybnosti ohledně údajů v podaném daňovém přiznání nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem objektivně existují. Těmto požadavkům žalovaný v posuzované věci nedostál. Vydal-li dne 6. 2. 2025 výzvu k odstranění pochybností, nestalo se tak na základě důvodného podezření, neboť tyto pochybnosti byly odstraněny již následným kontrolním hlášením dodavatele podaným dne 16. 1. 2025. V době vydání výzvy tak skutkové důvody zakládající pochybnosti specifikované ve výzvě neexistovaly.“
  6. Žalovaný se svůj postup ve vyjádření ze dne 30.01.2026, č.j. 728009/26/2040-11451-106054 snaží obhájit též odkazem na § 155b odst. 3 písm. b) daňového řádu. Odkaz na toto ustanovení je ovšem nepřiléhavý. Touto argumentací, kterou blíže nerozvádí, se nejspíše snaží dokázat, že pokud by nevydal výzvu k odstranění pochybností, byl by nucen peněžní prostředky žalobkyni vrátit, resp. v případě jejich dalšího zadržování hradit úrok z prodlení podle § 253a odst. 1 daňového řádu. Lhůta podle § 155b odst. 3 písm. b) by však v den vydání výzvy neuplynula.   
  7. Žalobkyně podala daňové přiznání za srpen 2025 včas, a to dne 23.09.2025. U konkludentního vyměření se ovšem za den doručení platebního výměru považuje poslední den lhůty pro podaní přiznání, tedy 25.09.2025 (§ 136 odst. 4 a § 140 odst. 2 daňového řádu). Pokud by se uplatnil režim, kdy se výsledek vyměření neoznamuje (§ 140 odst. 1), na nějž žalovaným odkazovaný § 155b odst. 3 písm. b) míří, běží 30denní lhůta od „fikce doručení,“ tedy od 25.09.2025. Lhůta 30 dnů by dopadla na 25.10.2025, a protože se jednalo o sobotu, posunula by se na 27.10.2025 (§ 33 odst. 4 daňového řádu). Ani odkaz na § 155b odst. 3 písm. b) proto nemůže ospravedlnit jednání žalovaného. I kdyby žalovaný chtěl zabránit konkludentnímu vyměření a běhu lhůty pro vrácení, stále měl časový prostor vyčkat na slíbené doplnění podkladů.
  8. Je pravdou, že zásada rychlosti je v rámci postupu pro odstranění pochybností důležitým prvkem, což potvrzuje i Nejvyšší správní soud ve svém rozsudku č. j. 1 Aps 20/2013-61 ze dne 23. 6. 2014, č. 3091/2014 Sb.: „Na rozdíl od obecné vyhledávací činnosti, místního šetření nebo daňové kontroly slouží [postup k odstranění pochybností] jen a pouze k objasnění konkrétních pochybností, jež brání řádnému stanovení daně. Postup k odstranění pochybností je nepochybně procesním prostředkem k neprodlenému a bezprostřednímu zjištění či ověření řádného splnění daňových povinností daňovým subjektem. … Zákonodárce v nové úpravě spatřoval prostředek k zabezpečení maximální rychlosti této fáze řízení…. Daňový řád sice nestanovuje lhůtu pro uzavření postupu k odstranění pochybností, správce daně však musí postupovat v souladu se zásadou rychlosti řízení a bez zbytečných průtahů.“ Není však možné tyto ukazatele nadřadit nad všechny ostatní, zejm. nad obecnou zásadu zákazu libovůle správních orgánů. Věděl-li žalovaný, že se v jeho systému nachází nové důkazní prostředky, na základě nichž by mohly být s velkou pravděpodobností pochybnosti rozptýleny, a nevyužil-li jich pouze z důvodu technické překážky na jeho straně, nelze tento postup přičítat k tíži žalobkyně. Vydání výzvy k odstranění pochybností lze považovat v tomto případě za předčasné. Nebylo opřeno o konkrétní pochybnosti, resp. tyto pochybnosti zakládala „umělá“ procesní překážka, neboť řešení se již nacházelo v dispoziční sféře žalovaného, který jej záměrně opomenul.
  9. Lze shrnout, že žalovaný se dopustil nezákonného postupu vykazujícího znaky libovůle, který nelze aprobovat. V době vydání výzvy vědomě vycházel z neúplného skutkového základu, ačkoliv ze spisu plyne, že mu žalobkyně již dne 22. 10. 2025 zaslala podklady vztahující se k Plnění A a žalovaný téhož dne žalobkyni sdělil, že se s nimi nemůže seznámit pouze z důvodu technické překážky na jeho straně (bod 5 tohoto rozsudku). Přesto bez rozumného důvodu rezignoval na vyčkání a výzvu vydal na základě skutkového stavu, který byl neúplný výlučně v důsledku jeho interního technického omezení. V době vydání výzvy zde navíc nebyl takový časový tlak, který by tento postup odůvodňoval. Žalovaný proto neměl objektivní skutkový základ pro závěr, že žalobkyně disponuje pouze zálohovým dokladem, neboť měl potvrzeno, že další relevantní podklady byly žalobkyní zaslány a jejich bezprostřední zpřístupnění v použitelné podobě bylo očekávatelné. Žalovaný mohl zvolit méně zatěžující postup, např. vyžádat jiné doručení podkladů či vyčkat jejich opětovného zaslání.. Za těchto okolností nebyly pochybnosti, na nichž byla výzva založena, opřeny o objektivně existující skutkové důvody ve smyslu § 89 odst. 1 daňového řádu, a žalovaný tak jednal mimo zákonná kritéria tohoto ustanovení. Tomu odpovídá i závěr rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu, podle něhož „v materiálním právním státě, v němž je vyloučena libovůle orgánů veřejné moci, musí být existence pochybnosti opřena o skutkové důvody, tj. o důvody objektivně existující a nespočívající toliko v úsudku a vůli příslušných pracovníků správce daně“ (usnesení RS NSS ze dne 8. 7. 2008, č. j. 9 Afs 110/2007‑102).
  10. Námitkou žalobkyně spočívající v pochybení žalovaného při aplikaci § 21 odst. 2 ZDPH namísto § 20a odst. 2 a 3 ZDPH již netřeba se zabývat, neboť soud shledat zásah žalovaného nezákonným z jiných důvodů. Pouze na okraj lze ve vztahu k této námitce konstatovat, že de facto opět vychází z opomenutí zaslaných důkazních prostředků. Pro postup podle § 20a odst. 2 a 3 zákona o DPH musí být totiž zdanitelné plnění známo dostatečně určitě. Ze samotné faktury, zaslané dne 25.09.2025, z níž žalovaný nesprávně vycházel, neboť opominul ostatní důkazní prostředky, nemohl žalovaný dojít k závěru o „dostatečně určitém zdanitelném plnění.“  
  11. Argumentaci správního orgánu, že v den vydání výzvy neměl k dispozici důkazní prostředky, které by mohly odstranit jeho pochybnosti týkající se nároku na odpočet DPH, tak soud nepřisvědčil, a proto ve vztahu k Plnění A shledal žalobu důvodnou.

ii.)                Plnění B, Plnění C a zbylé námitky žalobkyně

  1. Výzva ve vztahu ke zbylým zdanitelným plněním za srpen 2025 dostojí výše předepsaným požadavkům.
  2. Ve výroku je uvedeno, v čem žalovaný pochybnosti spatřuje. Odůvodnění, byť stručné, obsahuje konkrétní výtky. Ohledně Plnění B není z předloženého daňového dokladu zřejmé, čeho se konzultace týkala, a zda byla či bude použita v rámci ekonomických činností žalobkyně, jaké služby byly či budou poskytnuty, v jakém rozsahu. Žalobkyně přitom nepředložila ničeho, co by bylo způsobilé podezření správce daně vyvrátit. Nedatovaná a nepodepsaná smlouva jistě není způsobilým důkazním prostředkem. Z daňového dokladu k Plnění C není zřejmý jednoznačný předmět zdanitelného plnění. Opět nelze seznat, čeho se poradenství týkalo a v jakém rozsahu bylo poskytnuto. Žalovaný nebyl na základě doložených důkazních prostředků schopen vyhodnotit, zda předmětné plnění je či bude použito v rámci ekonomické činnosti plátce daně. Žalobkyně opět nepředložila ničeho, co by bylo způsobilé podezření vyvrátit. Nelze se ztotožnit s její námitkou, že výzva byla nesrozumitelná, neobsahovala konkrétní pochybnosti, byla pouhou obstrukcí žalovaného.
  3. Soud v tomto ohledu hodnocení žalovaného přisvědčuje. Není úkolem finančních úřadů v rámci postupu pro odstranění pochybností „domýšlet“ kontext zdanitelného plnění, který dle názoru žalobkyně jednoznačně souvisí s koupí nemovitosti, tedy s Plněním A a s činností žalobkyně jako takové. Žalovaný není povinen vyhledávat na webových stránkách dodavatelů předmět jejich činnosti a z takto zjištěných informací ve prospěch daňového subjektu konstruovat, jak ke zdanitelným plněním došlo a jaký byl jejich účel. Naopak povinností žalobkyně je, aby při relevantních pochybnostech finančního úřadu doložila relevantní důkazní prostředky k jejich vyvrácení. Ostatně tak to v případě Plnění A učinila.
  4. Informace, které měl finanční úřad při vydání výzvy k odstranění pochybností k dispozici, byly neúplné a správce daně tak nemohl najisto uzavřít, že tvrzená zdanitelná plnění, za která byl navíc nárokován nadměrný odpočet, byla použita v rámci činnosti žalobkyně. U povinných náležitostí daňového dokladu v § 29 odst. 1 písm. f) ZDPH, na nějž žalobkyně odkazuje, je sice zmíněna položka „rozsah a předmět plnění,“ ale i formálně bezvadný doklad nemusí sám o sobě „vynutit“ uznání odpočtu, pokud správce daně má důvodné pochybnosti a daňový subjekt je neodstraní. O důvodnosti vydání výzvy tak v případě Plnění B a Plnění C není pochyb.
  5. Výzva splňovala i ostatní náležitosti podle zákona a judikatury správních soudů. Pro věc je podstatné, že žalovaný jasně vymezil předmět řízení svými pochybnostmi a ve výzvě dal žalobkyni konkrétní návod, jak tyto odstranit. Žalovaný si vyžádal pouze podklady relevantní pro zdanitelná plnění, u nichž měl pochybnosti o jejich správnosti a pravdivosti. Skutečnost, že se pochybnosti vztahovaly ke všem zdanitelným plněním v daném daňovém přiznání, nepředstavuje porušení zásady, dle které nelze po daňovém subjektu vyžadovat kompletní dokumentaci. Dokumentace a důkazní prostředky musí být relevantní pro předmět řízení, což bylo splněno. Žalovaný si vyžádal pouze kompletní dokumentaci v rámci daňového přiznání pro období srpen 2025, neboť ve vztahu ke všem třem zdanitelným plněním pojal pochybnost o jejich správnosti. V tomto případě nelze shledat jakékoli pochybení. Proto nezbývá než žalobu v tomto rozsahu zamítnout.
  6. Soud se neztotožnil ani s námitkou ohledně nezákonného vedení správního spisu. Údajná pochybení žalovaného se nemohla jakkoli projevit do právní sféry žalobkyně a mít vliv na správnost výzvy k odstranění pochybností. Žalovaný své pochybnosti vyjádřil ve výzvě k odstranění pochybností zcela konkrétně, když tato výzva byla žalobkyni řádně doručena. Požadavek na nahlížení do spisu byl zhojen dne 12.12.2025. Ačkoliv o neformálním kontaktu žalovaného se žalobkyní nebyl pořízen úřední záznam, ve spise je založena e‑mailová komunikace mezi oběma stranami. Soud se ztotožňuje se závěrem žalovaného, že samotná absence úředních záznamů o těchto neformálních kontaktech nemůže při existenci dalších písemností a s ohledem na celkový průběh řízení znamenat porušení zásad správy daní. Z toho důvodu nelze přisvědčit námitce žalobkyně o porušení základních zásad správy daní.
  7. Nelze splnit ani požadavek žalobkyně, jenž je vyjádřen v části V. bodu II. žaloby, a to aby soud žalovanému přikázal vyměřit daň z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen 2025 tak, jak uvedla žalobkyně v daňovém přiznání a bez odkladu příslušnou částku za nadměrný odpočet poukázat žalobkyni na její příslušný bankovní účet. Soud v rámci řízení o nezákonném zásahu spočívajícím ve vydání výzvy k odstranění pochybností podle § 89 a § 90 daňového řádu nemá k tomuto příkazu pravomoc. To vyplývá z rozsudku NSS ze dne 09.05.2016, č. j. 8 Afs 76/2015-70: „…[z]ávěrem pouze doplňuje, že v rámci řízení podle § 82 a násl. s. ř. s. žalobce nemůže požadovat, aby soud přikázal správci daně vyměřit daň určitým způsobem. Městský soud proto správně shledal žalobu nedůvodnou v části požadující, aby soud nařídil žalovanému vyměřit daň za předmětné zdaňovací období konkludentně k poslednímu dni lhůty pro podání daňového přiznání ve výši uvedené v daňovém přiznání.“ Otázku správné výše DPH/nadměrného odpočtu je třeba typově řešit až v režimu přezkumu rozhodnutí o stanovení daně.
  1. Závěr
  1. Žalobkyně se podanou žalobou domáhala přezkumu postupu žalovaného spočívajícího ve vydání výzvy k odstranění pochybností podle daňového řádu, v němž spatřovala nezákonný zásah. Výzva se vztahovala k jí podanému daňovému přiznání k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen 2025. Žalobkyně spatřovala nedostatky výzvy k odstranění pochybností především v rozporu se zákonem a judikaturou správních soudů, neboť žalovaný dle jejího názoru nedostatečně konkretizoval své pochybnosti. Žalovaný měl vydat předmětnou výzvu pouze na základě svých abstraktních domněnek a ničím nepodložených dohadů.
  2. Soud žalobě zčásti přisvědčil, neboť v případě jednoho ze tří zdanitelných plnění bylo vydání výzvy nadbytečné a vykazovalo znaky libovůle. Žalovaný totiž ke dni vydání výzvy prokazatelně disponoval důkazními prostředky, které měly jeho pochybnosti rozptýlit. S kupní smlouvou na předmětnou nemovitost se ovšem neseznámil, a to pouze z důvodu technické překážky na jeho straně. Místo aby vyčkal opětovného zaslání požadovaných dokumentů ve zmenšené verzi, což bylo žalobkyní přislíbeno a skutečně provedeno, vydal v den jejich doručení výzvu k odstranění pochybností a vědomě tyto důkazní prostředky opomenul. Takový postup je nejenom rozporný s účelem postupu k odstranění pochybností, ale je nesouladný i s obecným zákazem libovůle správních orgánů. Žalovaný totiž vědomě jednal na základě neúplných skutkových zjištění. Byť přesvědčení žalovaného o správnosti údajů v daňovém přiznání v této fázi řízení nemusí a ani nemůže být neochvějné, nelze jeho opomenutí v tomto konkrétním případě shledat souladné se zákonem, jakož i se základními zásadami.
  3. Ve zbytku soud žalobu zamítl. Ve vztahu ke zbylým plněním, k nimž se výzva k odstranění pochybností žalovaného vztahovala, správní orgán skutečně nedisponoval prokazatelnými informacemi o splnění nároku na nadměrný odpočet. Pochybnosti žalovaného byly v této části výzvy důvodné a konkrétně specifikované, žalobkyně v rámci neformálních konzultací nedoložila ničeho, čím by je vyvrátila. Soud též nemůže vyhovět návrhu žalobkyně a přikázat žalovanému, aby vyměřil daň z přidané hodnoty tak, jak uvedla v daňovém přiznání. Tento požadavek je předmětem jiného řízení a v rámci žaloby na ochranu před nezákonným zásahem spočívajícím ve vydání výzvy k odstranění pochybností je nepřípustný.
  4. Výroky III. a IV. o nákladech řízení jsou odůvodněny podle ustanovení § 60 odst. 1 věta první
    s. ř. s., dle kterého nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil, proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Měl-li úspěch jen částečný, přizná mu soud právo na náhradu poměrné části nákladů.
  5. V případě částečného úspěchu hovoří § 60 odst. 1 věta druhá s. ř. s. o poměrné části nákladů. V komentářové literatuře se objevují dva názory na to, jak poměrnou část vyjádřit. Podle prvního je třeba v takovém případě odečíst od míry úspěchu žalobce míru jeho neúspěchu (srov. Šuránek, P. in: Jemelka, L. a kol. Soudní řád správní. Komentář. 1. vydání. Praha: C. H. Beck, 2013, komentář k § 60, bod 11; Kocourek, T. in: Kühn, Z. a kol. Soudní řád správní. Komentář. Praha: Wolters Kluwer ČR, 2019, komentář k § 60, bod 8). Naproti tomu druhý názor dovozuje, že jakékoliv „krácení“ míry úspěchu žalobce není namístě s ohledem na to, že správním orgánům se náklady řízení v řízeních před správními soudy pravidelně nepřiznávají (srov. Jirásek, J., in: Blažek, T. a kol. Soudní řád správní – online komentář. 3. aktualizace. Praha: C. H. Beck, 2014, komentář k § 60, část B).
  6. Soud se přiklonil k prvnímu z uvedených názorů, stejně jako v rozsudku č. j. 11 Af 49/2021-67 ze 7. 2. 2024, na který odkázal například i Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 5 As 3/2024-23 ze 17. 1. 2025. Ten totiž jednak odpovídá jazykovému výkladu § 60 odst. 1 s. ř. s., neboť výši přiznaných nákladů stanoví na základě poměru úspěchů žalobce a žalovaného, jednak je v souladu s dlouhodobou a jednoznačnou praxí civilních soudů, v němž je rozhodná úprava obdobná té v § 60 odst. 1 s. ř. s. (srov. Putna, M. in: Drápal, L., Bureš, J. a kol. Občanský soudní řád I, II. Komentář. 1. vydání. Praha: C. H. Beck, 2009, komentář k § 142 odst. 2, část 3; Bílý, M. in: Svoboda, K., Smolík, P., Levý, J., Doležílek, J. a kol. Občanský soudní řád. Komentář. 3. vydání (2. aktualizace). Praha: C. H. Beck, 2023, komentář k § 142 odst. 2, bod 6; Jirsa, J., Janek, K. in: Jirsa, J. a kol. Občanské soudní řízení. Soudcovský komentář. Kniha I. Praha: Wolters Kluwer, 2023, komentář k § 142 odst. 2).
  7. Napadená výzva se vztahovala ke třem zdanitelným plněním, za něž žalobkyně požadovala nadměrný odpočet (viz bod 4 tohoto rozsudku). Soud konstatoval nezákonnost zásahu pouze ve vztahu k jednomu z těchto plnění, ve zbytku postup žalovaného potvrdil. Žalobkyně tak byla úspěšná ve výši 1/3, žalovaný ve výši 2/3 sporu. Žalobkyně proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému žádné náklady nad rámec jeho obvyklé úřední činnosti nevznikly, proto soud jejich náhradu nepřiznal. 

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu, sídlem Moravské náměstí 6, Brno, a to v tolika vyhotoveních (podává-li se v listinné podobě), aby jedno zůstalo soudu a každý účastník dostal jeden stejnopis. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů je stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz v rámečku Rychlé odkazy – Úhrada soudních poplatků.

Praha 26. února 2026

JUDr. Ing. Viera Horčicová v.r.

předsedkyně senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje M. S.

Zpět na judikáty vstoupit do diskuze 0

NEJNOVĚJŠÍ PŘÍSPĚVKY V DISKUZI

Přidat komentář

Pro tuto funkci je nutné být přihlášen/a.

Registrace

Mohlo by Vás zajímat