Předmětem sporu bylo dodatečné doměření daně z přidané hodnoty za několik zdaňovacích období, kdy žalobkyně (E.ON Energie, a.s. ) uplatnila nárok na daňový odpočet z obchodů s emisními povolenkami, z nichž obchodní partneři žalobkyně daň nezaplatili, přestože ji žalobkyni současně s cenou emisních povolenek fakturovali. Finanční úřad v Českých Budějovicích doměřil daň za období červenec 2008 až březen 2010.
Nejvyšší správní soud zastává stejný názor jako Soudní dvúr Evropské unie, že nárok na odpočet DPH bude zachován takovému subjektu, který nevěděl ani vědět nemohl, že se svým nákupem účastní plnění, které je součástí podvodu na DPH (C-354/03, C-355/03 a C-484/03). Při následném posuzování je nutno hodnotit, zda daný podnikatelský subjekt přijal při výkonu své hospodářské činnosti přiměřená opatření, která lze rozumně vyžadovat, aby zajistil, že plnění není součástí podvodu.
Daňové orgány založily svůj závěr, že žalobkyně věděla nebo měla vědět, že svou ekonomickou aktivitou se účastní podvodu na DPH hned z několika důvodů. Prvním byla neobvykle nízké cena emisních povolenek, kdy se ceny pohybovaly v průměru o 4 % níže než na burze a žalobkyně nebyla rozdíl schopna vysvětlit.
Obchodní partneři byly často společnosti, které měly v obchodním rejstříku zapsán nejnižší možný vklad, sídlily v bytech, office-housech nebo rodinných domech a šlo vesměs o společnosti s jedním společníkem působícím též jako jednatel. Žalobkyně dále například nezjistila, že jeden z obchodních partnerů není vůbec k dani evidován nebo u jiné společnosti nebyl důkladněji kontrolován předmět obchodní činnosti zapsaný v obchodním rejstříku.
Hlavním důvodem, který prokazuje, že žalobkyně mohla vědět nebo věděla o možném daňovém podvodu na DPH, jsou telefonní hovory s obchodními partnery. Z některých hovorů vyplývá, že žalobkyně věděla o účasti bývalých obchodních partnerů v podvodech na DPH. Žalobkyně si tedy jednoznačně uvědomovala, že se dopouští rizikových obchodů, které pro ni mohou skončit negativními důsledky v daňové oblasti.
