Celé znění judikátu:
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Sylvy Šiškeové a soudců Tomáše Kocourka a Evy Šonkové v právní věci žalobkyně: EDHESSA s.r.o., se sídlem Biskoupky 33, zast. JUDr. Kateřinou Tomkovou, advokátkou se sídlem Biskoupky 33, proti žalovanému: Finanční úřad pro Jihomoravský kraj, se sídlem náměstí Svobody 98/4, Brno, proti nezákonnému zásahu žalovaného, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 13. 11. 2025, č. j. 29 Af 15/2024‑197,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
- Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Žalobkyně se u Krajského soudu v Brně domáhala ochrany před nezákonným zásahem žalovaného. Zásah měl spočívat v tom, že žalovaný stěžovatelce nevyplatil požadovaný přeplatek na dani z přidané hodnoty (DPH) za zdaňovací období 4. čtvrtletí 2007 ve výši 10 451 432 Kč, a to společně s úrokem z neoprávněného jednání správce daně a úrokem z úroků.
[2] Krajský soud žalobu zamítl. Uvedl, že žalovaný vyrozuměním o přeplatku žalobkyni informoval, že na jejím osobním daňovém účtu žádný přeplatek neeviduje, a nelze jej tedy vyplatit. Proti tomuto vyrozumění žalobkyně podala námitku. V rozhodnutí o námitce žalovaný setrval na svém předchozím závěru. Krajský soud připustil, že nezákonný zásah může spočívat v postupu správce daně při předepisování přeplatku a souvisejícího úroku na osobní daňový účet daňového subjektu, pokud se tak stane v rozporu s rozhodnutím, které je k evidenčnímu úkonu podkladem. Žalobkyně tvrdila, že přeplatek vychází z pravomocně stanovené daně. Ta byla podle ní stanovena konkludentně podle § 140 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, a to ve výši, kterou žalobkyně tvrdila v daňovém přiznání. Správce daně totiž řízení zastavil z důvodu uplynutí lhůty pro stanovení daně a o dani věcně nerozhodl.
[3] Tomuto názoru krajský soud nepřisvědčil, neboť neexistovalo pravomocné rozhodnutí o stanovení daně ve výši tvrzené žalobkyní. Zdůraznil, že předpokladem pro vyměření daně a její záznam do evidence daní je existence pravomocného platebního výměru před uplynutím lhůty pro stanovení daně, což v této věci nebylo splněno. Podle daňového řádu musí být vydán i konkludentní platební výměr a po uplynutí prekluzivní lhůty již daň stanovit nelze. Krajský soud kvůli odlišné konstrukci stanovení daně v původní a nové právní úpravě neaplikoval nález Ústavního soudu ze dne 16. 3. 2011, sp. zn. I. ÚS 3244/09. Vycházel přitom z usnesení rozšířeného senátu ze dne 5. 2. 2025, č. j. 1 Afs 231/2022‑44, č. 4670/2025 Sb. NSS (dále „usnesení Jasa Trans“).
II. Kasační stížnost a další podání
[4] Žalobkyně (dále „stěžovatelka“) v kasační stížnosti namítla, že napadený rozsudek je v bodech 25 a 28 rozporný, a tedy nepřezkoumatelný, což zasáhlo do jejího práva na spravedlivý proces. Stěžovatelka považuje závěry usnesení Jasa Trans za neslučitelné s principem právní jistoty a předvídatelnosti rozhodnutí. Toto usnesení je formalistické, odporuje i judikatuře Evropského soudu pro lidská práva (ESLP). Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu (NSS) ze dne 23. 11. 2004, č. j. 2 Afs 122/2004‑69, nemohou jít negativní následky nesrozumitelné a nepředvídatelné právní úpravy k tíži jejího adresáta.
[5] Stěžovatelka připomněla základní zásady daňového řízení podle § 2 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, a § 5 až § 7 daňového řádu. Zákonnou povinností správce daně bylo včas, meritorně a pravomocně rozhodnout o řádném daňovém přiznání. Liknavost správce daně nemůže jít k tíži daňového subjektu. Zásada rychlosti má oporu v čl. 38 odst. 2 Listiny základních práv a svobod i v Úmluvě o ochraně lidských práv a základních svobod. Liknavý přístup, nečinnost bez zjevného důvodu a formální a neúčelné úkony vedou ke vzniku průtahů, jejichž důsledkem může být odpovědnost za vzniklou škodu způsobenou orgánem veřejné moci (správcem daně) jeho nesprávným úředním postupem podle § 13 odst. 1 zákona č. 82/1998 Sb., o odpovědnosti za škodu způsobenou při výkonu veřejné moci rozhodnutím nebo nesprávným úředním postupem a o změně zákona České národní rady č. 358/1992 Sb., o notářích a jejich činnosti (notářský řád). Stěžovatelka stejně jako v řízení před krajským soudem zopakovala, že jí nebyl řádně doručen zrušený platební výměr, a že je třeba aplikovat nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 3244/09.
[6] V dalším podání stěžovatelka označila za nezbytné, aby NSS v kontextu usnesení Jasa Trans vysvětlil, proč nebude nadále vycházet ze svého rozsudku ze dne 30. 12. 2022, č. j. 2 Afs 60/2021‑23, č. 4454/2023 Sb. NSS, v němž vyslovil přesvědčení, že nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 3244/09 je nutné aplikovat i na případy prekluze podle daňového řádu. Dodala, že soud je povinen upřednostnit ústavně souladný výklad práva (nález Ústavního soudu ze dne 31. 5. 2016, sp. zn. II. ÚS 2635/15). Usnesení Jasa Trans stojí pouze na jazykovém výkladu, který je však pouze prvotním přiblížením k právní normě. Úmyslné včasné nevyměření nadměrného odpočtu DPH nemůže odůvodnit jeho nevyplacení v rámci aplikace daňového řádu.
[7] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti označil napadený rozsudek za přezkoumatelný a zákonný. Stěžovatelka se pouze snaží domoci revize právních závěrů usnesení Jasa Trans. Rozhodnutí, na která poukazuje, jsou ale skutkově odlišná. Správce daně nepostupoval v rozporu se zásadami správy daní. Pro věc relevantní ustanovení daňového řádu nečiní výkladové potíže. Dovozuje‑li stěžovatelka vznik přeplatku, pomíjí přitom, že platební výměr byl zrušen z důvodu uplynutí lhůty pro stanovení daně. Požadavek na předpis nadměrného odpočtu tak nemá oporu v zákoně.
[8] V reakci na toto vyjádření stěžovatelka uvedla, že žalovaný nepochopil účel správního soudnictví. Napadené rozhodnutí lze zrušit pouze pro vady řízení nebo pro nezákonnost. Platební výměr ze dne 30. 11. 2011 zrušil NSS pro nezákonnost. Nezákonné rozhodnutí nemůže způsobit zákonem předpokládané účinky, a tedy ani nemohlo být pravomocně ukončeno vytýkací řízení. Vyjádření žalovaného je pro věc bezvýznamné. Relevantní není ani jeho argumentace týkající se daňového řádu, neboť předmětem řízení je vrácení vratitelného přeplatku.
[9] V dalším podání stěžovatelka odkázala na rozsudek NSS ze dne 28. 1. 2026, č. j. 4 Afs 192/2025‑30, body 11‑12. Dodává, že výše posledně tvrzené daně odpovídající řádnému (nikoli dodatečnému) daňovému tvrzení nebyla v průběhu předchozího řízení zákonným způsobem korigována, neboť následně vydaný platební výměr ze dne 30. 11. 2011 byl zrušen pro nezákonnost. Proto je nutné vyloučit aplikaci rozsudku NSS ze dne 14. 11. 2023, č. j. 5 Afs 103/2022‑47. Stěžovatelka také poukázala na usnesení Ústavního soudu ze dne 5. 2. 2026, sp. zn. III. ÚS 2598/25. Dovozuje z něj, že stát nemůže mít prospěch z neschopnosti daňových orgánů provést nikoli složité daňové řízení ve lhůtě kratší než 19 let.
[10] Stěžovatelka rovněž kasačnímu soudu sdělila, že z procesní opatrnosti podala žalobu o náhradu škody způsobené při výkonu veřejné moci k civilnímu soudu. V tomto řízení nebyla osvobozena od soudního poplatku. Podle stěžovatelky je tak zřejmé, že uplatnění nároku na náhradu škody postupem podle zákona č. 82/1998 Sb. nemůže vést k uspokojení jejího nároku, neboť kauzální nexus vzniku škod posuzovaný prizmatem daňového práva a zákona č. 82/1998 Sb. je zcela odlišný. Je proto nutno aplikovat zásadu ius est ars boni et aequi.
III. Posouzení Nejvyšším správním soudem
[11] Kasační stížnost je přípustná a projednatelná, není však důvodná.
[12] Stěžovatelka se žalobou proti rozhodnutí správního orgánu domáhala toho, aby krajský soud zrušil rozhodnutí o námitce, kterou podala proti vyrozumění o přeplatku. Žalobkyně totiž usilovala o vrácení tvrzeného přeplatku na DPH za zdaňovací období 4. čtvrtletí 2007 ve výši 10 451 432 Kč spolu s úrokem z neoprávněného jednání správce daně a úroku z tohoto úroku, to vše ve smyslu závěrů rozsudku NSS ze dne 20. 2. 2024, č. j. 10 Afs 382/2020‑51. Na základě výzvy a poučení krajského soudu o tom, že rozhodnutí o námitce není v projednávané věci rozhodnutím podle § 65 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále „s. ř. s.“), stěžovatelka změnila žalobní typ a namítala zásah do práva na řádnou evidenci daní. Nezákonný zásah stěžovatelka spatřovala v neevidování a nevyplacení přeplatku žalovaným jako správcem daně. Navrhla rovněž, aby krajský soud žalovanému uložil povinnost opravit evidenci. Krajský soud žalobu zamítl.
III. A. (Ne)přezkoumatelnost napadeného rozsudku
[13] Kasační soud se nejprve zabýval námitkou nepřezkoumatelnosti, neboť stěžovatelka označila napadený rozsudek za vnitřně rozporný. Podle rozsudku NSS ze dne 4. 12. 2003, č. j. 2 Ads 58/2003‑75, č. 133/2004 Sb. NSS, je nepřezkoumatelné pro nesrozumitelnost zejména takové rozhodnutí, jehož „výrok je vnitřně rozporný, kdy nelze zjistit, zda soud žalobu zamítl nebo o ní odmítl rozhodnout, případy, kdy nelze seznat co je výrok a co odůvodnění, dále rozhodnutí, z něhož není patrné, které osoby jsou jeho adresátem, rozhodnutí s nevhodnou formulací výroku, která má za následek, že rozhodnutí nikoho nezavazuje apod.“ Nepřezkoumatelným pro nesrozumitelnost je dále rozhodnutí, které postrádá základní zákonné náležitosti, či jehož výrok je v rozporu s odůvodněním; obdobně jde o případy, kdy jsou jeho závěry v příkrém rozporu se skutkovými zjištěními nebo jehož odůvodnění je ve vztahu k výroku nejednoznačné (rozsudek NSS ze dne 4. 12. 2003, č. j. 2 Azs 47/2003‑130, č. 244/2004 Sb. NSS).
[14] Žádnou z těchto vad (ani jinou vadou způsobující nepřezkoumatelnost) rozsudek krajského soudu netrpí. Stěžovatelka konkrétně poukázala na jeho body 25 a 28. V bodě 25 krajský soud uvedl, že správce daně daň nevyměřil a nalézací řízení zastavil. To neodporuje konstatování v bodě 28, podle něhož bylo stěžovatelčino vytýkací řízení zahájené dne 3. 3. 2008 ukončeno vydáním platebního výměru dne 30. 11. 2011. Tento platební výměr však zrušil NSS, a daň tedy nebyla pravomocně vyměřena. Krajský soud v bodě 28 napadeného rozsudku směřoval především k tomu, aby objasnil odlišnosti skutkového stavu v případě stěžovatelky od věci řešené nálezem Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 3244/09. Napadený rozsudek není vnitřně rozporný, a tedy ani nepřezkoumatelný. K zásahu do práva stěžovatelky na spravedlivý proces nedošlo.
III. B. (Ne)zákonnost napadeného rozsudku
[15] Stěžovatelka dále zpochybňuje věcnou správnost napadeného rozsudku. Krajský soud vysvětlil, že soud poskytne žalobci ochranu před nezákonným zásahem tehdy, je‑li žalobce přímo (první podmínka) zkrácen na svých právech (druhá podmínka) nezákonným (třetí podmínka) zásahem, pokynem nebo donucením správního orgánu, které nejsou rozhodnutím (čtvrtá podmínka), a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo (pátá podmínka). Není‑li, byť jen jediná z uvedených podmínek, splněna, nelze ochranu podle § 82 a násl. s. ř. s. poskytnout (rozsudek NSS ze dne 17. 3. 2008, č. j. 2 Aps 1/2005‑65, č. 603/2005 Sb. NSS). Podle krajského soudu nebyla splněna třetí podmínka, tedy že by úkon žalovaného byl nezákonný.
[16] Ze správního spisu plyne, že stěžovatelka dne 15. 12. 2023 požádala žalovaného o vyměření a vyplacení nadměrného odpočtu ve výši 10 451 432 Kč, úroku z neoprávněného jednání správce daně v zákonné výši a úroku z úroku. Žalovaný posoudil její podání jako žádost o vrácení přeplatku na DPH a žádost o vrácení přeplatku z titulu souvisejícího příslušenství daně v podobě úroku hrazeného správcem daně. Vyrozuměním o přeplatku ze dne 20. 2. 2024 žádosti nevyhověl, neboť v evidenci daní na osobním daňovém účtu stěžovatelky žádný přeplatek neevidoval.
[17] Přeplatek měl podle stěžovatelky vzniknout z titulu nadměrného odpočtu tvrzeného v řádném daňovém přiznání za zdaňovací období 4. čtvrtletí roku 2007. U stěžovatelky bylo provedeno vytýkací řízení, na jehož základě byl platebním výměrem Finančního ředitelství Ostrava III ze dne 30. 11. 2011 změněn stěžovatelkou tvrzený nadměrný odpočet na vlastní daň ve výši 4 001 868 Kč. Vyměřená daň byla opakovaně předmětem přezkumu odvolacím orgánem i správními soudy. Jako poslední ve věci rozhodl NSS rozsudkem ze dne 14. 12. 2023, č. j. 4 Afs 392/2021‑72, který kromě rozsudku krajského soudu zrušil i rozhodnutí žalovaného ze dne 22. 6. 2020 a platební výměr ze dne 30. 11. 2011, neboť dne 31. 12. 2017 uplynula desetiletá lhůta pro stanovení daně.
[18] Jak konstatoval již krajský soud, stěžovatelčiny námitky úzce souvisí s nalézacím daňovým řízením. Stěžejní je totiž otázka, zda stěžovatelce byla pravomocně vyměřena daň. Podle stěžovatelky se tak stalo konkludentně ve smyslu § 140 odst. 1 daňového řádu, a to ve výši, jakou tvrdila v daňovém přiznání. Na základě toho měl vzniknout požadovaný přeplatek a příslušenství. Pravomocné vyměření daně je v této věci předpokladem pro vznik přeplatku. Pokud by správce daně správně nezaznamenal do stěžovatelčiny osobní daňové evidence její daňové povinnosti, mohly by být naplněny podmínky pro závěr o nezákonnosti zásahu.
[19] Krajský soud však v napadeném rozsudku konstatoval, že daň nebyla pravomocně stanovena. Řízení, v němž byla daň vyměřována, bylo totiž zastaveno podle § 106 odst. 1 písm. e) daňového řádu. Krajský soud nepřisvědčil námitce stěžovatelky, že daň byla stanovena konkludentně. Své závěry podpořil odkazem na usnesení Jasa Trans, s nímž však stěžovatelka zásadně nesouhlasí, což nyní představuje podstatu její kasační argumentace.
[20] Rozhodování rozšířeného senátu slouží k zajištění jednoty rozhodování NSS. Jednotlivé senáty NSS jsou při svém rozhodování povinny respektovat závěry přijaté rozšířeným senátem. Stabilita judikatury je totiž nezbytnou podmínkou právní jistoty jako jednoho ze základních atributů právního státu (rozsudek NSS ze dne 8. 1. 2009, č. j. 1 Afs 140/2008‑77, č. 1792/2009 Sb. NSS). Na druhou stranu není judikatura správních soudů zcela neměnná a „jednou provždy“ neměnné nemusí být ani rozhodnutí rozšířeného senátu. Taková situace není častá, ovšem nikdy nelze vyloučit možnost, že předchozí rozhodnutí opominulo nějaký důležitý argument, změnily se pro věc významné společenské poměry, aniž se však formálně změnil vykládaný právní předpis, (kontroverzní) výklad práva působí v praxi nepřijatelné následky a podobně (KÜHN, Z., KOCOUREK, T. a kol. Soudní řád správní: Komentář. § 17).
[21] Skutečnost, že právní názor k určité právní otázce vyslovil rozšířený senát, je obecně významným argumentem ve prospěch setrvání na takto vytvořeném právním názoru i v případě rozhodování ve skutkově a právně obdobných věcech. Pokud však stěžovatelka nesouhlasila se závěry vyslovenými v usnesení Jasa Trans, mohla v kasační stížnosti předestřít konkurující právní názor, který by nyní ve věci rozhodující druhý senát NSS přiměl k úvaze, zda není namístě zvážit opětovné předložení věci k posouzení rozšířenému senátu. Žádnou takovou argumentaci však stěžovatelka nepředložila. Usnesení rozšířeného senátu označila za formalistické, neboť neguje dosavadní právo. Dále uvedla, že krajský soud jeho aplikací narušil princip předvídatelnosti rozhodnutí a právní jistoty a že rozšířený senát vyšel pouze z jazykového výkladu zákona, aniž zohlednil ústavněprávní rovinu.
[22] Stěžovatelka má pravdu v tom, že jazykový výklad je pouze prvotním přiblížením se k právní normě. Při výkladu zákona je nutné respektovat záměr zákonodárce a zákon i právní řád ve svém celku vykládat tak, aby odpovídal rozumnému uspořádání věcí. Pokud gramatický výklad právní normy je v rozporu s teleologickým výkladem normy (tj. výkladem sledujícím účel právní úpravy), je třeba dát přednost výkladu podle účelu, který je právní normou sledován (rozsudek NSS ze dne 22. 4. 2021, č. j. 7 Ads 349/2019‑26). Podle rozsudku NSS ze dne 20. 12. 2012, č. j. 4 Ads 9/2012‑37, „obecně platí, že to zda smysl a účel právní normy je skutečně takový, jak se zdá z jazykového výkladu právního předpisu, musí potvrdit nebo vyvrátit ostatní výkladové metody ‑ především výklad teleologický, logický, systematický a případně historický, jejichž závěry je nezbytné poměřovat imperativem ústavně konformní interpretace a aplikace.“
[23] Potřeba aplikovat další výkladové metody však vyvstává tehdy, je‑li jazykové znění právní normy nejasné, nelogické či neodpovídá systematice právní úpravy. Obsahový význam aktu demokraticky zvoleného zákonodárce ale nemůže být výkladem zcela překreslen. Možnosti interpretace nejsou neomezené. V takovém případě by totiž mohl být narušen systém dělby moci. V něm moci zákonodárné náleží zákony tvořit, zatímco úkolem obecných soudů je zákony interpretovat a aplikovat (rozsudek NSS ze dne 7. 11. 2024, č. j. 6 Ads 216/2023‑34). To však není případ § 140 spolu s § 148 odst. 5 daňového řádu. Nejde o nejasná ustanovení odporující systematice právní úpravy.
[24] Rozšířený senát se navíc v usnesení Jasa Trans neomezil pouze na jazykový výklad, ale vyložil účel daňového řízení i rozdílnost obou právních úprav. Upozornil, že lhůta pro stanovení daně, která je propadná a nepřekročitelná, je jedním ze zásadních limitů daňového řízení. Také vysvětlil, že předchozí právní úprava zákona o správě daní a poplatků znala fikci vyměření daně, vždy však v rámci prekluzivní lhůty. Umožňovala také stavení maximální desetileté lhůty pro vyměření daně. Daňový řád však fikci vyměření daně nezná a vyžaduje vydat platební výměr či dodatečný platební výměr vždy, a to v rámci lhůty pro stanovení daně. V kontextu toho rozšířený senát hodnotil možnou (ne)aplikaci nálezu Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 3244/09. Změnu ve způsobu stanovení daně shledal jako zcela zásadní, a tedy vylučující aplikaci závěru Ústavního soudu o fikci vyměření daně, který navíc nezohledňoval novou právní úpravu. Pokud daňový řád takovou fikci nezná, pak by přenesení tohoto závěru i na současnou právní úpravu odporovalo textaci daňového řádu i koncepci daňového řízení.
[25] Obecně platí, že pokud Ústavní soud zformuluje ústavně konformní výklad právního předpisu, je nutné jej respektovat i v obdobných kauzách, byť se jedná o procesně samostatná řízení (rozsudek NSS ze dne 14. 3. 2007, č. j. 1 Afs 37/2006‑59). Stěžovatelka však pomíjí, že nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 3244/09 se týká institutu daňového řízení, který se v důsledku rekodifikace podstatně změnil, a jeho závěry nezohledňují novou zákonnou konstrukci stanovení daně podle daňového řádu. K možnému vztažení svých závěrů na novou právní úpravu se Ústavní soud vyjádřil pouze orbiter dictum a výslovně přitom připustil, že předmětem jeho přezkumu nebyl § 140 daňového řádu. NSS sice v některých svých rozhodnutích závěry Ústavního soudu následoval i při aplikaci daňového řádu, tuto judikaturní linii však překonal rozšířený senát v usnesení Jasa Trans.
[26] Stěžovatelka dále odkázala na nález Ústavního soudu sp. zn. II. ÚS 2635/15, podle něhož změna judikatury sama o sobě neporušuje princip předvídatelnosti práva, v odůvodnění je však v takovém případě třeba přesvědčivě vysvětlit, proč bylo rozhodnuto jinak. Podle NSS rozšířený senát v usnesení Jasa Trans vyložil, proč přistoupil ke zvolenému řešení. Přitom poukázal na podstatnou změnu právní úpravy a hodnotil i její účel.
[27] Důvodná není ani argumentace narušením principů předvídatelnosti rozhodnutí a právní jistoty krajským soudem. Podle judikatury Ústavního soudu je porušením těchto zásad, jakož i práva na spravedlivý proces, pokud soud ve věci, která se po skutkové i právní stránce ve svých podstatných rysech shoduje s jinou již rozhodnutou věcí, rozhodne odlišně, aniž změnu svého postoje přesvědčivým způsobem odůvodní (nálezy Ústavního soudu ze dne 30. 11. 2016, sp. zn. I. ÚS 1663/16, ze dne 3. 9. 2014, sp. zn. I. ÚS 4793/12, či ze dne 26. 11. 2002, sp. zn. II. ÚS 296/01).
[28] Ve stěžovatelčině případě vyšel krajský soud z usnesení rozšířeného senátu, který vyřešil judikaturní rozpor v otázce, zda je možné za účinnosti daňového řádu následovat nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 3244/09 (týkající se především zákona o správě daní a poplatků), a také zda podle § 140 daňového řádu existuje možnost vyměřit daň jinak než vydáním (dodatečného) platebního výměru. Právní názor, k němuž se rozšířený senát přiklonil, byl řádně odůvodněn, a krajský soud z něj i správně vycházel. Jeho rozsudek nebyl překvapivý ani nenarušoval princip právní jistoty. Jako překvapivé či narušující princip právní jistoty by naopak bylo, pokud by krajský soud ze závěrů rozšířeného senátu nevyšel, ačkoli na projednávanou věc dopadají.
[29] Stěžovatelčin odkaz na rozsudek ESLP ze dne 13. 11. 2025, č. stížnosti 6030/21, A. R. proti Polsku, není pro tuto věc použitelný. Týkal se totiž polského zákona o plánování rodiny, ochraně lidského plodu a podmínkách povolujících ukončení těhotenství. Přiléhavý není ani její poukaz na rozsudek NSS ze dne 23. 11. 2004, č. j. 2 Afs 122/2004‑69. V obecné rovině lze sice souhlasit s tím, že negativní důsledky vnitřní rozpornosti právního předpisu nemohou jít k tíži fyzické osoby, v projednávané věci však právní úprava vnitřně rozporná není.
[30] Stěžovatelka dále odkazuje na základní zásady daňového řízení a tvrdí, že správce daně byl povinen včas rozhodnout o řádném daňovém přiznání. Podle NSS má správce daně postupovat tak, aby chránil zájmy daňových subjektů a zároveň dosáhl cíle správy daní, tedy správného zjištění a stanovení daní a zabezpečení jejich úhrady. Tyto zásady však nelze vykládat tak, že správce daně může překračovat zákonem stanovené meze, neboť by jednal v rozporu se zásadou legality podle § 5 daňového řádu. Vyměřit daň po uplynutí lhůty pro její stanovení by odporovalo § 148 odst. 5 daňového řádu.
[31] Stěžovatelka také namítá, že liknavost a nečinnost správce daně nemohou jít k tíži daňového subjektu. Důsledkem takového přístupu podle ní může být odpovědnost za škodu způsobenou orgánem veřejné moci podle § 13 odst. 1 zákona č. 82/1998. S tímto tvrzením NSS souhlasí. Ztotožňuje se také s krajským soudem v tom, že v případě stěžovatelky byl vydán platební výměr, a nešlo tedy o situaci, kdy kvůli průtahům bylo několik let vedeno vytýkací řízení, aniž byla stanovena daň; na tom nic nemění fakt, že platební výměr byl později soudem zrušen. NSS dodává, že proti nečinnosti v daňovém řízení se lze bránit postupem podle § 38 daňového řádu a následně i žalobou na ochranu proti nečinnosti správního orgánu podle § 79 s. ř. s.
[32] Stěžovatelka se dále, stejně jako v žalobě, dovolávala aplikace rozsudku NSS ze dne 31. 8. 2016, č. j. 2 Afs 139/2016‑22. Kasační námitky jsou projednatelné, pokud kvalifikovaně zpochybňují rozhodnutí krajského soudu. Stěžovatel je povinen v kasační stížnosti vymezit rozsah přezkumu napadeného rozhodnutí a musí konkrétně sdělit, v čem spatřuje skutková či právní pochybení krajského soudu a z kterých konkrétních důvodů považuje závěry soudu za nezákonné (rozsudek NSS ze dne 31. 3. 2023, č. j. 8 Azs 299/2020‑41, bod 10). Krajský soud v bodě 27 napadeného rozsudku vyložil závěry přijaté rozšířeným senátem v usnesení Jasa Trans a na jejich základě uzavřel, že z rozsudku NSS č. j. 2 Afs 139/2016‑22 nelze vycházet. Stěžovatelčina kasační námitka však pouze opakuje argumentaci uplatněnou v řízení před krajským soudem, aniž by reagovala na odůvodnění napadeného rozsudku, a je proto podle § 104 odst. 4 s. ř. s. nepřípustná (usnesení NSS ze dne 10. 9. 2009, č. j. 7 Afs 106/2009‑77, č. 2103/2010 Sb. NSS, či ze dne 30. 6. 2020, č. j. 10 As 181/2019‑63, č. 4051/2020 Sb. NSS).
[33] Stěžovatelka s odkazem na rozsudek NSS č. j. 4 Afs 392/2021‑72 dodala, že jí platební výměr ze dne 30. 11. 2011 nebyl řádně doručen. Kasačnímu soudu není zřejmé, kam stěžovatelka touto argumentací směřuje. Platební výměr byl totiž rozsudkem čtvrtého senátu zrušen, a proto je tato otázka pro nyní posuzovanou věc nerozhodná (ostatně ji neřešil ani čtvrtý senát, srov. bod 32 citovaného rozsudku).
[34] Dále stěžovatelka s poukazem na rozsudek NSS č. j. 4 Afs 192/2025‑30 tvrdila, že je potřeba vyjít z toho, že výše posledně tvrzené daně odpovídající řádnému daňovému tvrzení nebyla korigována. Proto podle ní nelze na věc aplikovat rozsudek NSS č. j. 5 Afs 103/2022‑47. Citovaná judikatura však podle NSS není v rozporu se závěrem, že stěžovatelce nebyla pravomocně stanovena daň, resp. že nedošlo k jejímu konkludentnímu stanovení, a přeplatek jí tedy nevznikl. Daňový řád nezná fikci vyměření daně a lhůta pro stanovení daně je propadná a nepřekročitelná.
[35] Stěžovatelka bez dalšího zopakovala argumentaci uplatněnou v řízení před krajským soudem, v níž se dovolávala aplikace nálezu sp. zn. I. ÚS 3244/09. Krajský soud na tuto námitku reagoval v bodech 26‑28 napadeného rozsudku. Jak již NSS uvedl výše, zopakování žalobní argumentace, které nereaguje na vypořádání ze strany krajského soudu, je nepřípustné ve smyslu § 104 odst. 4 s. ř. s.
[36] Podle stěžovatelky je nezbytné, aby se kasační soud vyjádřil k tomu, proč nebude nadále aplikovat rozsudek NSS č. j. 2 Afs 60/2021‑23 a nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 3244/09 navzdory odlišné zákonné konstrukci. Odlišná konstrukce obou právních úprav je však pro posouzení věci stěžejní, jak vysvětlil rozšířený senát v usnesení Jasa Trans. Jelikož se s ním NSS ztotožnil a stěžovatelka jeho argumentaci nevyvrátila, není dále nutné zabývat se možnou aplikací těchto rozsudků. Lze jen dodat, že ačkoli se tato věc týká daňové povinnosti z roku 2007, probíhalo vyměřovací řízení podle daňového řádu. Nemohla tedy nastat fikce vyměření daně podle § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků.
[37] S odkazem na usnesení Ústavního soudu sp. zn. III. ÚS 2598/25 stěžovatelka tvrdí, že stát nemůže těžit z neschopnosti daňových orgánů ukončit řízení ve stanovené lhůtě. Byť lze v obecné rovině s tímto závěrem souhlasit, toto usnesení není přiléhavé, neboť se v něm jednalo o výši náhrady nemajetkové újmy způsobené nepřiměřenou délkou řízení, a neplyne z něj nic podstatného pro stěžovatelčin případ. Stěžovatelka může uplatit nárok na náhradu škody podle zákona č. 82/1998 Sb., což podle svého sdělení i učinila.
[38] Stěžovatelka totiž kasačnímu soudu sdělila, že z procesní opatrnosti podala žalobu o náhradu škody způsobenou při výkonu veřejné moci. Z usnesení civilního soudu, který jí nepřiznal osvobození od soudních poplatků (resp. z usnesení odvolacího soudu, který potvrdil usnesení soudu prvního stupně) dovozuje, že uplatnění nároku na náhradu škody podle zákona č. 82/1998 Sb. ji nikdy nemůže dovést k uspokojení jejího nároku, neboť „kauzální nexus vzniku škod posuzovaný prizmatem práva daňového je zcela jiný, než kauzální nexus vzniku škod posuzovaný prizmatem zákona č. 82/1998 Sb.“ Poukazuje přitom na zásadu ius est ars boni et aequi.
[39] Podle NSS nelze z nepřiznání osvobození od soudních poplatků městským soudem dovozovat neúspěšnost samotné žaloby. Nejedná se o věcné posouzení stěžovatelčina nároku na náhradu škody. Tato argumentace je nadto ve vztahu k nyní projednávané věci mimoběžná.
IV. Závěr a náklady řízení
[40] NSS za shora uvedených důvodů kasační stížnost zamítl jako nedůvodnou podle § 110 odst. 1 věty poslední s. ř. s.
[41] Neúspěšná stěžovatelka nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti (§ 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s.). Úspěšnému žalovanému nevznikly náklady nad rámec jeho běžné úřední činnosti.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 17. června 2026
Sylva Šiškeová
předsedkyně senátu
