Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Tomáše Kocourka a soudkyň Evy Šonkové a Sylvy Šiškeové v právní věci žalobkyně: EKS Factoring s.r.o., se sídlem Mlýnská 22/4, Praha 6, zast. JUDr. Ing. Ondřejem Lichnovským, advokátem, se sídlem Palackého 151/10, Prostějov, proti žalovanému: Generální finanční ředitelství, se sídlem Lazarská 15/7, Praha 1, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 11. 4. 2025, č. j. 29893/25/7700‑50128‑110726, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 4. 11. 2025, č. j. 10 Af 12/2025‑43,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
- Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Přehled dosavadního řízení
[1] Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“) doměřil žalobkyni daň z přidané hodnoty. Proti tomuto rozhodnutí se žalobkyně odvolala. Správce daně odvolací řízení zastavil podle § 112 odst. 3 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, neboť žalobkyně včas neodstranila vady odvolání.
[2] Proti rozhodnutí správce daně o zastavení odvolacího řízení se žalobkyně odvolala. Odvolací finanční ředitelství (dále jen „OFŘ“) rozhodnutím ze dne 27. 5. 2024 podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu toto rozhodnutí správce daně zrušilo a zastavilo řízení. Následně OFŘ podalo žalovanému podnět, aby nařídil přezkum jeho rozhodnutí ze dne 27. 5. 2024. Žalovaný nařídil přezkoumání rozhodnutí s tím, že OFŘ mělo správně postupovat podle § 116 odst. 3 daňového řádu (tedy vrátit věc správci daně s tím, aby své rozhodnutí o zastavení odvolacího řízení sám zrušil). Odvolání proti rozhodnutí o nařízení přezkumného řízení Ministerstvo financí zamítlo a napadené rozhodnutí potvrdilo. Žalobu proti rozhodnutí Ministerstva financí zamítl Městský soud v Praze (dále jen „městský soud“) rozsudkem ze dne 4. 11. 2025, č. j. 5 Af 7/2025‑46. Proti tomuto rozsudku podala žalobkyně kasační stížnost, kterou projednává Nejvyšší správní soud pod sp. zn. 2 Afs 267/2025.
[3] V přezkumném řízení OFŘ rozhodnutím ze dne 13. 12. 2024, č. j. 38103/24/5100‑41456‑711896, zrušilo své rozhodnutí ze dne 27. 5. 2024. Odvolání proti tomuto rozhodnutí žalovaný zamítl a napadené rozhodnutí potvrdil. Proti rozhodnutí žalovaného se žalobkyně bránila žalobou podanou k městskému soudu. Tuto žalobu městský soud v záhlaví označeným rozsudkem zamítl.
[4] Městský soud považoval za sporné, zda rozhodnutím podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu dojde k zastavení řízení o podaném odvolání, či k zastavení celého daňového řízení. Dospěl k závěru, že tímto postupem dojde k zastavení celého daňového řízení. Takový postup byl zjevně nesprávný. OFŘ mělo postupovat podle § 116 odst. 3 daňového řádu, aby mohl správce daně zrušit své rozhodnutí o zastavení odvolacího řízení s tím, že by se následně mohlo v odvolacím řízení pokračovat. Z tohoto důvodu žalovaný správně zrušil rozhodnutí OFŘ v přezkumném řízení.
[5] Závěr, že rozhodnutím podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu dochází k zastavení daňového řízení, vyplývá z odborné literatury i rozsudku NSS ze dne 16. 5. 2017, č. j. 1 Afs 28/2017‑25. V tomto rozsudku Nejvyšší správní soud také uvedl, že daňový řád neumožňuje zrušit napadené rozhodnutí a vrátit věc orgánu I. stupně, a proto je třeba postupem dle § 116 odst. 3 daňového řádu řešit např. procesní pochybení, což Nejvyšší správní soud potvrdil i v rozsudku ze dne 26. 1. 2024, č. j. 10 Afs 157/2022‑27.
II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření k ní
[6] Proti rozsudku městského soudu podala žalobkyně (dále též „stěžovatelka“) kasační stížnost, jejíž důvody podřadila pod § 103 odst. 1 písm. a) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“).
[7] Stěžovatelka nesouhlasí s názorem městského soudu, že rozhodnutím OFŘ ze dne 27. 5. 2024 bylo zastaveno celé nalézací řízení, ale pouze odvolací řízení vedené proti rozhodnutí o zastavení řízení.
[8] Závěr, že věc lze řešit nařízením přezkumu, odporuje judikatuře Nejvyššího správního soudu, která tzv. autoremeduru z donucení zapovídá (viz rozsudek ze dne 5. 8. 2016, č. j. 4 Afs 81/2016‑38, č. 3457/2016 Sb. NSS). Z rozsudku NSS ze dne 16. 5. 2017, č. j. 1 Afs 28/2017‑25, kterým argumentoval městský soud, vyplývá, že rozhodnutím podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu dojde k zastavení obnovy řízení. Neznamená to ale, že by se mělo zastavovat celé nalézací řízení, které by v té době mohlo rovněž probíhat. Kromě toho první senát aproboval použití autoremedury z donucení. V této části je tedy rozsudek prvního senátu v rozporu s rozsudkem čtvrtého senátu. Ohledně posouzení této otázky je tedy dán důvod pro předložení věci rozšířenému senátu.
[9] Odkazované doktrinální závěry jsou v jádru správné, ale nezohledňují procesní okolnosti této věci. To je patrné z citace komentářové literatury v bodě 25 napadeného rozsudku: „nezastavuje se řízení odvolací, ale řízení, v němž bylo vydáno odvoláním napadené rozhodnutí, např. řízení vyměřovací“. Přeneseno na věc stěžovatelky to znamená, že se má zastavit řízení o zastavení řízení, resp. to řízení, které bylo vydáním zastavujícího rozhodnutí samo zahájeno. Stejný názor mělo ostatně i OFŘ, neboť po vydání svého rozhodnutí ze dne 27. 5. 2024 provedlo svědecké výslechy a standardně pokračovalo v odvolacím řízení.
[10] Žalovaný navrhl, aby Nejvyšší správní soud kasační stížnost zamítl. Ztotožnil se s argumentací městského soudu. Dodal, že argumentace stěžovatelky směřuje pouze k důvodům, pro které bylo přezkumné řízení nařízeno. V tomto řízení však jde o výsledek přezkumného řízení, nikoliv o důvody pro jeho zahájení. Nejvyšší správní soud by se tedy v tomto řízení neměl důvody pro nařízení přezkumného řízení vůbec zabývat.
III. Posouzení kasační stížnosti
[11] Nejvyšší správní soud nejprve posoudil zákonné náležitosti kasační stížnosti a konstatoval, že byla podána včas, osobou oprávněnou, proti rozhodnutí, proti němuž je kasační stížnost ve smyslu § 102 s. ř. s. přípustná, a stěžovatelka je v souladu s § 105 odst. 2 s. ř. s. zastoupena advokátem. Poté Nejvyšší správní soud zkoumal důvodnost kasační stížnosti dle § 109 odst. 3 a 4 s. ř. s., v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů. Neshledal přitom vady podle § 109 odst. 4 s. ř. s., k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti.
[12] Kasační stížnost není důvodná.
[13] Úvodem je třeba připomenout, že stěžovatelka napadla samostatnými žalobami jak rozhodnutí o nařízení přezkoumání rozhodnutí OFŘ ze dne 27. 5. 2024, tak rozhodnutí, kterým bylo v přezkumném řízení toto rozhodnutí OFŘ zrušeno. V obou řízeních přitom stěžovatelka uplatnila shodné žalobní námitky, na které rovněž městský soud reagoval totožně. Oba rozsudky napadla stěžovatelka kasačními stížnostmi, v nichž taktéž uplatnila totožnou argumentaci. V této věci jde o výsledek přezkumného řízení, nařízení přezkumného řízení je předmětem řízení, které je vedeno u Nejvyššího správního soudu pod sp. zn. 2 Afs 267/2025.
[14] Žalovaný v této souvislosti uvádí, že by se Nejvyšší správní soud neměl zabývat tím, zda přezkumné řízení mělo, či nemělo být nařízeno. To je totiž předmětem řízení vedeného pod sp. zn. 2 Afs 267/2025. V této věci by měla stěžovatelka brojit proti výsledku přezkumného řízení, což ovšem žádnou námitkou nečiní.
[15] Podle § 121 odst. 1 daňového řádu správce daně z moci úřední nařídí přezkoumání rozhodnutí, jestliže po předběžném posouzení věci dojde k závěru, že rozhodnutí bylo vydáno v rozporu s právním předpisem. K vadám řízení, o nichž nelze mít důvodně za to, že mohly mít vliv na soulad napadeného rozhodnutí s právními předpisy, se nepřihlíží.
[16] Podle § 123 odst. 2 daňového řádu (přezkumné) řízení je zahájeno vydáním rozhodnutí o nařízení přezkoumání rozhodnutí.
[17] Podle § 123 odst. 3 daňového řádu správce daně je při řízení vázán důvody, pro které bylo nařízeno, a právním názorem vyjádřeným v rozhodnutí o nařízení přezkoumání rozhodnutí; ve stejném rozsahu může řízení doplňovat a odstraňovat jeho vady.
[18] Podle § 123 odst. 5 daňového řádu jestliže správce daně po zahájení přezkumného řízení zjistí, že byly naplněny podmínky podle § 121 odst. 1, vydá rozhodnutí, kterým se původní rozhodnutí zruší nebo změní. V opačném případě přezkumné řízení zastaví.
[19] Přezkumné řízení je dozorčím prostředkem. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 21. 12. 2017, č. j. 1 Afs 198/2016‑62, vyložil, že řízení o přezkoumání rozhodnutí se rozpadá do dvou fází: v první dochází k iniciaci (vyvolání) přezkumného řízení; v následující k samotnému přezkumu rozhodnutí. Řízení se zahajuje z moci úřední, zpravidla však na podnět, který může podat kterýkoliv správce daně či jakákoliv osoba zúčastněná na správě daní. V rámci první fáze přezkumného řízení dochází k předběžnému posouzení zákonnosti rozhodnutí ‑ zjištění (ne)souladu s právními předpisy. Dospěje‑li nadřízený správce daně k závěru, že dané rozhodnutí je v rozporu s právními předpisy, nařídí jeho přezkoumání. Ve druhé fázi řízení dochází k přezkumu samotnému, tedy učinění si závěru o důvodnosti či nedůvodnosti nařízení přezkoumání zákonnosti rozhodnutí. Zákonnou podmínkou pro nařízení přezkoumání rozhodnutí (iniciační fáze) je rozpor s právním předpisem, který musí být v rozhodnutí o nařízení přezkoumání rozhodnutí vymezen. Vydání rozhodnutí předchází předběžné posouzení, které je procesem, v rámci něhož správce daně rozhoduje, zdali v dané věci nařídí, či nenařídí přezkoumání rozhodnutí. Z odůvodnění nařízení přezkoumání rozhodnutí proto musí být posléze patrné, v čem je správcem daně spatřován rozpor s právními předpisy, tedy jaká úvaha jej vedla (jak věc předběžně posoudil) k nařízení přezkoumání rozhodnutí.
[20] Pro lepší pochopení podstaty „předběžného“ posouzení je třeba poukázat na to, že důvody pro nařízení přezkoumání rozhodnutí mohou být rozličné, stejně tak další postup v přezkumném řízení. Nezákonnost rozhodnutí, pro kterou je nařizováno jeho přezkoumání, může spočívat v závažném procesním pochybení správce daně. Teprve v návaznosti na výsledky postupu v přezkumném řízení, jenž směřuje k napravení nezákonnosti identifikované v rozhodnutí o nařízení přezkoumání rozhodnutí, lze zhodnotit, zda je skutečně dán důvod ke změně či zrušení přezkoumávaného rozhodnutí, nebo zda přezkoumávané rozhodnutí nadále z hlediska výroku obstojí, takže má být přezkumné řízení zastaveno (právní úprava obsažená v § 123 odst. 5 daňového řádu již nepočítá na rozdíl od předchozí úpravy obsažené v § 55b odst. 1 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, s potvrzením přezkoumávaného rozhodnutí). Vedle toho může být předmětem přezkumného řízení i rozhodnutí procesního charakteru, jako je tomu v nyní posuzované věci, u něhož již vymezení důvodu jeho nezákonnosti v rozhodnutí o nařízení přezkoumání bez dalšího předurčuje výsledek přezkumného řízení, neboť v průběhu samotného přezkumného řízení správce daně nemusí činit žádné úkony.
[21] Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 6. 4. 2017, č. j. 9 Afs 257/2016‑62, vyložil, že nařídí‑li instančně vyšší správce daně přezkoumání rozhodnutí o stanovení daně, znamená to, že dospěl k závěru, že toto rozhodnutí je v rozporu s právními předpisy (nebo se zakládá na podstatných vadách řízení) a zároveň, že okolnosti nasvědčují tomu, že došlo ke stanovení daně v nesprávné výši. V rámci přezkumu se zkoumá nejen obsah původního rozhodnutí, ale i řízení a postupy, které tomuto rozhodnutí předcházely. Tímto právním názorem je správce daně, který rozhodl v posledním stupni, a který rozhoduje ve druhé fázi přezkumného řízení, ve smyslu § 123 odst. 3 daňového řádu vázán; má tedy závazně vyřešenu především otázku protiprávnosti napadeného rozhodnutí a nemůže sám dospět k závěru opačnému (shodně rozsudek NSS ze dne 3. 3. 2023, č. j. 8 Afs 60/2021‑43).
[22] Vymezení důvodu nezákonnosti rozhodnutí, jehož přezkum se nařizuje, je ústřední otázkou rozhodnutí vydaného podle § 121 odst. 1 daňového řádu. Důvody dokládající rozpor rozhodnutí s právním předpisem či podstatnou vadu řízení je třeba v tomto rozhodnutí adekvátně vymezit a odůvodnit, nelze je založit pouze na pochybnosti o zákonnosti rozhodnutí, jehož přezkum je nařízen (rozsudek ze dne 13. 4. 2021, č. j. 7 Afs 233/2020‑39).
[23] Rozhodnutí podle § 121 odst. 1 daňového řádu, jímž bylo nařízeno přezkoumání rozhodnutí, lze samostatně napadnout žalobou (viz rozsudek NSS č. j. 9 Afs 257/2016‑62). Touto žalobou se může daňový subjekt domáhat přezkoumání zákonnosti uvedeného rozhodnutí, tj. důvodu (včetně závazně vyřešené otázky protiprávnosti rozhodnutí), pro něž bylo nařízeno přezkumné řízení (srov. rozsudek NSS ze dne 2. 11. 2016, č. j. 6 Afs 161/2016‑38). Judikatura dovodila, že v rámci řízení o žalobě proti rozhodnutí vydanému dle § 123 odst. 5 daňového řádu po provedeném přezkumném řízení nelze napadat důvody, pro něž bylo nařízeno přezkoumání rozhodnutí (viz rozsudky NSS ze dne 18. 6. 2010, č. j. 2 Afs 7/2010‑84, ze dne 15. 10. 2015, č. j. 8 Afs 9/2015‑61, a ze dne 24. 1. 2018, č. j. 6 Afs 215/2017‑40).
[24] V nyní posuzované věci žalovaný vymezil rozpor rozhodnutí OFŘ ze dne 27. 5. 2024 s právními předpisy v rozhodnutí vydaném podle § 121 odst. 1 daňového řádu, jímž nařídil přezkum uvedeného rozhodnutí. Konkrétně uvedl, že OFŘ nemělo rozhodovat podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu, neboť tím chybně zastavilo celé doměřovací řízení, nýbrž mělo podané odvolání vrátit podle § 116 odst. 3 téhož zákona správci daně k vydání autoremedurního rozhodnutí podle § 113 odst. 1 písm. a) téhož zákona. Tento důvod pro nařízení přezkumného řízení stěžovatelka zpochybnila odvoláním, následně i žalobou a kasační stížností. Žádný z těchto procesních prostředků nebyl úspěšný.
[25] Vydáním rozhodnutí žalovaného podle § 121 odst. 1 daňového řádu bylo v souladu s § 123 odst. 2 daňového řádu zahájeno přezkumné řízení. V něm OFŘ nečinilo žádné úkony a rovnou vydalo rozhodnutí podle § 123 odst. 5 daňového řádu, jímž zrušilo své rozhodnutí ze dne 27. 5. 2024. Odůvodnění tohoto rozhodnutí, stejně jako navazujícího rozhodnutí o odvolání spočívá v zopakování důvodu nezákonnosti, pro který bylo vydáno rozhodnutí dle § 121 odst. 1 daňového řádu. OFŘ i žalovaný byli tímto právním názorem vyjádřeným v rozhodnutí o nařízení přezkoumání rozhodnutí vázáni (§ 123 odst. 3 daňového řádu).
[26] Žalovaný má pravdu v tom, že námitky vymezené stěžovatelkou v žalobě a následně i v kasační stížnosti nyní projednávané věci směřují výhradně proti důvodu, který vedl správní orgány k nařízení přezkumu rozhodnutí OFŘ. Jak vyplývá z výše uvedeného, tento důvod mohl být přezkoumán (a také byl) v řízení o žalobě proti rozhodnutí vydanému podle § 121 odst. 1 daňového řádu. Nebyl naopak žádný důvod, aby se totožnými námitkami zabýval městský soud v rámci přezkumu rozhodnutí vydaného v přezkumném řízení podle § 123 odst. 5 daňového řádu. V tomto řízení nebylo možné posuzovat správnost závěru správních orgánů, podle nějž bylo rozhodnutí OFŘ ze dne 27. 5. 2024 vydáno v rozporu s právním předpisem, neboť jím byly správní orgány v přezkumném řízení vázány, stěžovatelka jej mohla podrobit soudnímu přezkumu žalobou proti rozhodnutí o nařízení přezkumného řízení, což také učinila, přičemž neexistuje žádný důvod posuzovat tuto právní otázku duplicitně i v řízení o žalobě proti rozhodnutí vydanému v přezkumném řízení.
[27] Městský soud tedy neměl přistoupit k věcnému posouzení žalobních bodů stěžovatelky, nýbrž měl v souladu s výše předestřenými úvahami vysvětlit, proč se těmito námitkami nemůže zabývat. V tomto směru je třeba závěry městského soudu korigovat, aniž by však bylo nutné zrušit jeho rozsudek, neboť dospěl ke správnému závěru, že žaloba je nedůvodná, takže jeho výrok plně obstojí. Nejvyšší správní soud se proto omezil na korigování právního názoru městského soudu, aniž by se sám zabýval námitkami uplatněnými v kasační stížnosti, které všechny směřují proti správnosti právního posouzení důvodu, pro nějž bylo nařízeno přezkoumání rozhodnutí.
[28] Nejvyšší správní soud dodává, že rozsudkem ze dne 22. 4. 2026, č. j. 2 Afs 267/2025‑36, byla zamítnuta kasační stížnost stěžovatelky ve věci přezkumu rozhodnutí, jímž bylo podle § 121 odst. 1 daňového řádu nařízeno přezkoumání rozhodnutí OFŘ ze dne 27. 5. 2024. Jelikož toto (svým způsobem podkladové, resp. podmiňující) rozhodnutí v soudním přezkumu obstálo, není nyní posuzované rozhodnutí žalovaného vydané v navazujícím přezkumném řízení zatíženo ani „odvozenou“ nezákonností.
IV. Závěr a náklady řízení
[29] Na základě výše uvedeného dospěl Nejvyšší správní soud k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 věty druhé s. ř. s. zamítl.
[30] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti soud rozhodl podle úspěchu ve věci v souladu s § 60 odst. 1 větou první ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka v řízení nebyla úspěšná, a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovaný měl ve věci plný úspěch, avšak nevznikly mu žádné náklady nad rámec úřední činnosti, a proto mu soud náhradu nákladů řízení nepřiznal.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 22. dubna 2026
Tomáš Kocourek
předseda senátu
