Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Sylvy Šiškeové a soudců Tomáše Kocourka a Evy Šonkové v právní věci žalobkyně: EKS Factoring, s.r.o., se sídlem Mlýnská 22/4, Praha 6, zast. JUDr. Ing. Ondřejem Lichnovským, advokátem se sídlem Palackého 151/10, Prostějov, proti žalovanému: Ministerstvo financí, se sídlem Letenská 525/15, Praha 1, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 6. 2. 2025, č. j. MF‑50306/2024/3901‑3, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 4. 11. 2025, č. j. 5 Af 7/2025‑46,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
- Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] V této věci se Nejvyšší správní soud (NSS) zabýval především otázkou, zda v případě postupu odvolacího orgánu podle § 116 odst. 1 písm. b) zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, dojde k zastavení celého daňového řízení, či pouze k zastavení řízení o podaném odvolání.
[2] Finanční úřad pro hlavní město Prahu (správce daně) vydal dne 30. 6. 2023 dodatečné platební výměry na daň z přidané hodnoty za období leden 2018 až únor 2019 a červen 2019. Proti platebním výměrům se žalobkyně odvolala. Správce daně ji dne 8. 8. 2023 vyzval k odstranění vad odvolání a stanovil jí lhůtu do 4. 9. 2023. Dne 31. 8. 2023 podala žalobkyně první žádost o prodloužení lhůty, které správce daně částečně vyhověl a stanovil jí novou lhůtu do 22. 9. 2023. Dne 20. 9. 2023 požádala žalobkyně podruhé o prodloužení lhůty. Tuto žádost správce daně zamítl dne 26. 9. 2023 rozhodnutím, které žalobkyni doručil dne 28. 9. 2023.
[3] Dne 29. 9. 2023 podala žalobkyně třetí žádost o prodloužení lhůty. Správce daně dne 9. 10. 2023 řízení o této žádosti zastavil podle § 106 odst. 1 písm. d) daňového řádu, protože již rozhodl o předchozí (v pořadí druhé) žádosti. Proti tomuto rozhodnutí podala žalobkyně odvolání. Odvolací finanční ředitelství (OFŘ) podle § 116 odst. 3 daňového řádu vrátilo správci daně podané odvolání, aby postupoval podle § 113 odst. 1 písm. a) daňového řádu a v autoremeduře rozhodnutí ze dne 9. 10. 2023 o zastavení řízení o žádosti o prodloužení lhůty k odstranění vad odvolání zrušil. V návaznosti na to správce daně dne 10. 5. 2024 plně vyhověl odvolání a zrušil své rozhodnutí o zastavení řízení o třetí žádosti o prodloužení lhůty k odstranění vad odvolání.
[4] Předtím, než OFŘ vrátilo správci daně odvolání proti rozhodnutí o zastavení řízení o třetí žádosti žalobkyně o prodloužení lhůty k odstranění vad odvolání ze dne 9. 10. 2023 k postupu podle § 113 odst. 1 písm. a) daňového řádu, však správce daně rovněž dne 9. 10. 2023 zastavil odvolací řízení podle § 112 daňového řádu, jelikož žalobkyně neodstranila vady odvolání proti platebním výměrům ani v prodloužené lhůtě. Také proti tomuto rozhodnutí se žalobkyně dne 14. 11. 2023 odvolala.
[5] Vzhledem k předchozímu zrušení rozhodnutí o zastavení řízení o prodloužení lhůty k odstranění vad odvolání pak OFŘ dne 27. 5. 2024 zrušilo rozhodnutí správce daně o zastavení řízení o odvolání proti platebním výměrům a řízení podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu zastavilo, protože správce daně měl rozhodnout o žádosti o prodloužení lhůty k doplnění náležitostí odvolání.
[6] OFŘ poté podalo podnět Generálnímu finančnímu ředitelství (GFŘ), neboť shledalo, že svým posledním rozhodnutím zastavilo celé doměřovací řízení. GFŘ se s tímto stanoviskem ztotožnilo. OFŘ mělo totiž podle § 116 odst. 3 daňového řádu vrátit věc správci daně s právním názorem, aby rozhodnutí zrušil. GFŘ proto rozhodnutím ze dne 11. 10. 2024, č. j. 60088/24/7700‑50128‑110726, podle § 121 odst. 1 daňového řádu nařídilo přezkum rozhodnutí OFŘ ze dne 27. 5. 2024, jímž bylo zrušeno rozhodnutí správce daně o zastavení odvolacího řízení proti platebním výměrům a řízení zastaveno podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu. Žalovaný poté shora označeným rozhodnutím, které je předmětem nynějšího soudního přezkumu, zamítl odvolání žalobkyně proti rozhodnutí GFŘ.
[7] Proti rozhodnutí žalovaného se žalobkyně bránila u Městského soudu v Praze, který žalobu zamítl. Uvedl, že z judikatury NSS i odborné literatury plyne, že zastavilo‑li OFŘ řízení podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu, zastavilo tím celé daňové řízení, nikoli jen odvolací řízení. Takový postup byl zjevně nesprávný, a proto byl přezkum tohoto rozhodnutí OFŘ nařízen v souladu se zákonem.
II. Kasační stížnost a vyjádření žalovaného
[8] Žalobkyně (dále „stěžovatelka“) podala proti rozsudku městského soudu blanketní kasační stížnost. V jejím doplnění ze dne 8. 1. 2026 uvedla, že nesdílí právní názor městského soudu ani správních orgánů na klíčovou právní otázku. Zastavením řízení podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu má být podle ní chápáno pouze zastavení odvolacího řízení vedeného ve vztahu k rozhodnutí o zastavení řízení, nikoli nalézacího řízení ve vztahu k platebnímu výměru samotnému. Závěr, že věc lze vyřešit nařízením přezkumu, podle stěžovatelky odporuje rozsudku NSS ze dne 5. 8. 2016, č. j. 4 Afs 91/2016‑38, č. 3457/2016 Sb. NSS.
[9] Městský soud nepřiléhavě argumentoval rozsudkem NSS ze dne 16. 5. 2017, č. j. 1 Afs 28/2017‑29, který se vztahoval k obnově řízení. Kromě toho je tento rozsudek v rozporu s rozsudkem č. j. 4 Afs 91/2016‑38, pokud jde o posouzení autoremedury z donucení. Podle stěžovatelky by tak mohly být dány důvody pro předložení věci rozšířenému senátu.
[10] Závěry doktríny citované v napadeném rozsudku jsou podle stěžovatelky v jádru správné, nejdou však do detailů, které nyní posuzovaná věc vyžaduje. Stěžovatelka z literatury dovozuje, že se v projednávané věci mělo zastavit řízení o zastavení řízení, resp. řízení, které bylo vydáním zastavujícího řízení (míněno patrně rozhodnutí – pozn. NSS) samo zahájeno. Pokud se jedná o řízení, které je zahajováno a zároveň ukončeno vydáním rozhodnutí o zastavení, může se jevit výrok o zastavení jako nadbytečný, ale nelze jej přesouvat na „hlavní větev“.
[11] Výrok OFŘ v rozhodnutí ze dne 27. 5. 2024 nemůže ovlivnit odvolací řízení ve vztahu k nalézacímu daňovému řízení. Vzniklá procesní situace podle stěžovatelky omezuje odvolací řízení. Šlo o zřejmou chybu daňových orgánů, která má být odstraněna jednoduše, a nikoli v rámci „mimořádného monstrprocesu“ napříč všemi orgány daňové správy. Je‑li výrok (patrně míněn výrok rozhodnutí OFŘ ze dne 27. 5. 2024 – pozn. NSS) objektivně způsobilý dvojího výkladu, nelze mu přiznat extenzivní účinky vedoucí k odepření meritorního projednání odvolání.
[12] Dne 12. 1. 2026, po uplynutí lhůty k doplnění kasační stížnosti, bylo NSS doručeno podání stěžovatelky z téhož dne označené jako „Revize doplnění kasační stížnosti“. Stěžovatelka s omluvou uvedla, že doplnění ze dne 8. 1. 2026 neprošlo schválením klienta ani závěrečnou jazykovou korekturou, a proto zasílá jeho revidovanou verzi. Nově byl doplněn bod 13 kasační stížnosti poukazující na provádění svědeckých výslechů ze strany OFŘ po vydání zastavujícího rozhodnutí. Toto doplnění podle stěžovatelky nenaráží na mantinely koncentrace řízení.
[13] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvedl, že § 134 daňového řádu je jednoznačný a argumentace stěžovatelky bezpředmětná. Pokud jde o přípustnost autoremedury z donucení, může odvolací orgán vrátit věc podle § 116 odst. 3 daňového řádu správci daně prvního stupně za účelem odstranění procesních vad v případě, že odvolání směřuje proti zastavení řízení, a to právě na základě rozsudku NSS č. j. 1 Afs 28/2017‑25. Podle žalovaného řešil rozsudek NSS č. j. 4 Afs 91/2016‑38 odlišnou procesní situaci. Rozsudek č. j. 1 Afs 28/2017‑29 posuzoval zvláštní případ procesních vad, které odvolací orgán vlastním rozhodnutím odstranit nemůže. K vrácení věci k rozhodnutí správce daně prvního stupně dochází za splnění specifických podmínek. Posouzení, zda je třeba věc předložit rozšířenému senátu, ponechal žalovaný na úvaze NSS. Pokud by však za účelem odstranění procesních vad rozhodnutí o zastavení řízení nebyla umožněna tzv. autoremedura z donucení, neexistuje jiná alternativa, jak nezákonnosti tohoto typu zhojit.
III. Posouzení Nejvyšším správním soudem
[14] Kasační stížnost je přípustná a projednatelná, není však důvodná.
[15] NSS shledal jako opožděně uplatněnou kasační argumentaci obsaženou v bodě 13 revidovaného doplnění kasační stížnosti ze dne 12. 1. 2026. Toto doplnění bylo soudu doručeno po uplynutí jednoměsíční lhůty pro doplnění kasační stížnosti [§ 106 odst. 3 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále „s. ř. s.“)]. Pouze v této lhůtě bylo přitom možné rozšířit důvody kasační stížnosti. Námitka týkající se provádění svědeckých výpovědí ze strany OFŘ byla samostatnou žalobní námitkou, její první uplatnění až v doplnění kasační stížnosti ze dne 12. 1. 2026 tak není přípustným rozhojněním žádné včas uplatněné kasační námitky. NSS tedy k této námitce nepřihlédl, protože ji stěžovatelka uplatnila po uplynutí jednoměsíční lhůty pro doplnění kasační stížnosti.
[16] Podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu odvolací orgán napadené rozhodnutí zruší a zastaví řízení.
[17] Podle § 116 odst. 3 daňového řádu zjistí‑li odvolací orgán, že jsou u správce daně prvního stupně splněny podmínky pro rozhodnutí podle § 113 odst. 1, může vrátit věc k rozhodnutí správci daně prvního stupně s odůvodněním obsahujícím právní názor, kterým je správce daně prvního stupně vázán, jinak o odvolání rozhodne sám. Ustanovení § 113 odst. 1 daňového řádu upravuje možnost autoremedury správce daně prvního stupně.
[18] V této věci je třeba posoudit, zda postupem podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu dojde k zastavení celého daňového řízení, či pouze řízení o podaném odvolání.
[19] Městský soud považoval za jednoznačné, že postupem podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu dochází k zastavení celého daňového řízení. Tento závěr podle něj vyplývá z rozsudku NSS č. j. 1 Afs 28/2017‑25 i z odborné literatury. K tomu městský soud v bodech 27‑29 svého rozsudku citoval z několika komentářů k daňovému řádu. Dále uvedl, že podle rozsudku č. j. 1 Afs 28/2017‑25 stanoví § 116 odst. 3 povinnost, nikoli jen možnost odvolacího správního orgánu takto postupovat. Zastavilo‑li tak OFŘ řízení podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu, zastavilo celé daňové řízení, nikoli jen odvolací řízení. To bylo zjevně nesprávné, neboť OFŘ mělo za dané procesní situace postupovat podle § 116 odst. 3 daňového řádu. Pak by mohl správce daně prvního stupně zrušit své nesprávné rozhodnutí a rozhodnout o v pořadí třetí žádosti stěžovatelky o prodloužení lhůty k odstranění vad podaného odvolání proti platebním výměrům.
[20] Stěžovatelka namítá rozpor v judikatuře kasačního soudu, a to pokud jde o možnost autoremedury z donucení (tedy na pokyn odvolacího orgánu) ve smyslu § 116 odst. 3 daňového řádu. NSS proto nejprve zkoumal, zda jsou rozsudky č. j. 1 Afs 28/2017‑25 a č. j. 4 Afs 91/2016‑38 v rozporu, neboť v takovém případě by bylo namístě předložit věc k rozhodnutí rozšířenému senátu.
[21] NSS souhlasí se žalovaným, že oba odkazované rozsudky byly vydány v odlišných procesních situacích. Rozsudek č. j. 4 Afs 91/2016‑38 přezkoumával meritorní rozhodnutí OFŘ o odvolání proti nevyhovění žádosti o vrácení vratitelného přeplatku. Odvolacímu orgánu zde nic nebránilo v tom, aby sám podle § 116 odst. 1 písm. a) daňového řádu napadené rozhodnutí správce daně prvního stupně změnil. V tomto kontextu kasační soud v závěru bodu 31 citovaného rozsudku uvedl, že „v daňovém řízení odvolacímu orgánu nenáleží pravomoc na základě vlastního uvážení vrátit správci daně věc k dalšímu řízení a zavázat jej závazným právním názorem“.
[22] V rozsudku č. j. 1 Afs 87/2017‑25, bodě 34, pak NSS dospěl k závěru, že § 116 odst. 3 daňového řádu slouží k nápravě nesprávného procesního postupu správce daně prvního stupně. Již z uvedeného je zjevné, že závěry obou rozsudků míří k jiným procesním situacím. Zatímco v rozsudku č. j. 4 Afs 91/2016‑38 NSS akcentoval, že v případě meritorního posouzení disponuje OFŘ možností změnit rozhodnutí správce daně, a není tak namístě mu věc vracet k dalšímu řízení se závazným právním názorem, ve věci č. j. 1 Afs 28/2017‑25 se zabýval možnou nápravou procesních pochybení správce daně prvního stupně, k níž není vhodné použít postup podle § 116 odst. 1 písm. a) daňového řádu.
[23] Vzhledem k popsaným odlišnostem obou odkazovaných rozhodnutí NSS neshledal rozpor v judikatuře kasačního soudu. Není tedy dán důvod předkládat věc k rozhodnutí rozšířenému senátu.
[24] Pokud jde o otázku, zda zrušením rozhodnutí správce daně prvního stupně a zastavením řízení dojde k zastavení celého daňového řízení, přisvědčil kasační soud argumentaci daňových orgánů i městského soudu. Městský soud vyšel z judikatury NSS, která je na věc přiléhavá, neboť se také týká procesních pochybení správce daně (rozsudek č. j. 1 Afs 28/2017‑25). Svou argumentaci vhodně doplnil třemi odkazy na komentářovou literaturu, jejíž závěry jsou konzistentní. Také vysvětlil, že pravomoc zastavit odvolací řízení má podle § 113 odst. 1 písm. c) daňového řádu pouze správce daně prvního stupně. Tyto závěry jsou i podle NSS správné.
[25] Při aplikaci výše uvedeného na nyní posuzovanou věc je zjevné, že OFŘ v rozhodnutí ze dne 27. 5. 2024 postupovalo podle nesprávného zákonného ustanovení a procesní následek, který jeho postup přivodil, nebyl zamýšlený ani žádoucí. Záměrem bylo, aby správce daně napravil své procesní pochybení vzniklé při rozhodnutí o třetí žádosti stěžovatelky o prodloužení lhůty k odstranění vad odvolání proti platebním výměrům, a odvolací řízení mohlo pokračovat (pokud by stěžovatelka tyto vady odstranila), nebo, pokud by stěžovatelka výzvě správce daně nevyhověla, bylo procesně správným způsobem ukončeno, tedy zastaveno správcem daně prvního stupně podle § 113 odst. 1 písm. c) daňového řádu.
[26] Z rozhodnutí OFŘ ze dne 27. 5. 2024 je zřejmé, že jím bylo zrušeno rozhodnutí správce daně o zastavení řízení o odvolání proti platebním výměrům a „řízení zastaveno“. Podle NSS nelze takový výrok chápat jinak, než že jím bylo zastaveno celé doměřovací řízení.
[27] Nutno podotknout, že proti ucelenému právnímu názoru městského soudu shrnutému výše v bodě [24] nepředestřela stěžovatelka v kasační stížnosti argumentaci, jež by mu byla způsobilá konkurovat. Stěžovatelka v zásadě jen vyjadřuje nesouhlas se závěry městského soudu a setrvává na tom, že rozhodnutí OFŘ ze dne 27. 5. 2024 nevedlo k zastavení doměřovacího řízení. Tento závěr podpořila poukazem na možnou nejednotnost judikatury kasačního soudu, kterou však NSS neshledal. Uplatnila‑li stěžovatelka sice přípustnou, ale obecnou námitku, může se jí soud zabývat toliko v mezích její obecnosti (k tomu viz rozsudky NSS ze dne 14. 8. 2019, č. j. 8 As 153/2019‑39, nebo ze dne 13. 9. 2017, č. j. 7 As 208/2017‑20, a rozsudky rozšířeného senátu ze dne 24. 8. 2010, č. j. 4 As 3/2008‑78, č. 2162/2011 Sb. NSS, a ze dne 20. 12. 2005, č. j. 2 Azs 92/2005‑58, č. 835/2006 Sb. NSS). To NSS výše učinil a neshledal pochybení městského soudu ani daňových orgánů.
[28] Ani tvrzení stěžovatelky, že vzniklé pochybení správce daně mělo být řešeno jednoduše a nikoli „monstrprocesem“ napříč všemi orgány daňové správy, nemůže na přijatých závěrech nic změnit. Daňové orgány se ke svému pochybení přihlásily a nápravu zjednaly procesním postupem, který byl v souladu se zákonem.
IV. Závěr a náklady řízení
[29] Kasační stížnost není důvodná, a proto ji NSS podle § 110 odst. 1 věty poslední s. ř. s. zamítl.
[30] Neúspěšná stěžovatelka nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti (§ 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s.). Žalovanému nevznikly náklady nad rámec jeho běžné úřední činnosti.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 22. dubna 2026
Sylva Šiškeová
předsedkyně senátu
