Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Mgr. Radovana Havelce a soudců JUDr. Faisala Husseiniho a JUDr. Tomáše Rychlého v právní věci žalobkyně: HACIENDA MEXICANA s.r.o., se sídlem Českobratrská 1403/2, Ostrava, zastoupená JUDr. Alfrédem Šrámkem, advokátem se sídlem Českobratrská 1403/2, Ostrava, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 31, Brno, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Ostravě ze dne 21. 1. 2026, č. j. 25 Af 29/2022‑169,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
[1] Žalobkyně provozuje v Brně restauraci a vykonává další činnosti. Na základě kontroly daně z přidané hodnoty za 29 zdaňovacích období od srpna 2015 do prosince 2017 provedených Finančním úřadem pro Jihomoravský kraj jí Finanční úřad pro Moravskoslezský kraj (dále jen „správce daně“) dodatečnými platebními výměry ze dne 15. 6. 2021 doměřil podle pomůcek daň z přidané hodnoty a současně konstatoval vznik zákonné povinnosti uhradit odpovídající penále. Podle zprávy o daňové kontrole nebylo možné stanovit daň dokazováním, zejména s ohledem na neprůkazně vedené evidence tržeb a zásob, neprůkaznou inventarizaci a nevykázání veškerých tržeb v uskutečněných zdanitelných plněních. Proti dodatečným platebním výměrům podala žalobkyně odvolání, která žalovaný rozhodnutím ze dne 29. 7. 2022, č. j. 28162/22/5300-21441-702127, zamítl a rozhodnutí správce daně potvrdil.
[2] Na základě žaloby žalobkyně Krajský soud v Ostravě (dále jen „krajský soud“) rozsudkem ze dne 26. 6. 2024, č. j. 25 Af 29/2022-118, rozhodnutí žalovaného zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení. Přisvědčil dvěma žalobním námitkám, kterými žalobkyně zpochybňovala dostatečně spolehlivé stanovení daně. Žalovaný podle krajského soudu pochybil tím, že nezohlednil přirozené úbytky potravin v rámci poskytování restauračních služeb. Dále se dostatečně nevypořádal s údaji o jiných restauracích v Brně, které podle srovnání předloženého žalobkyní dosahují výrazně nižší obchodní přirážky.
[3] Ke kasační stížnosti žalovaného Nejvyšší správní soud rozsudek krajského soudu zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení. Ve zrušujícím rozsudku ze dne 17. 6. 2025, č. j. 7 Afs 199/2024-36 (dále jen „zrušující rozsudek“), shledal rozsudek krajského soudu nepřezkoumatelným pro nedostatek důvodů. Krajský soud nevysvětlil, proč považoval žalobkyní předložené údaje o jiných subjektech za způsobilé zpochybnit obchodní přirážky, které správce daně stanovil pro jednotlivé roky na základě reálných podkladů týkajících se přímo žalobkyně. Případné srovnání s jinými subjekty přicházelo z logiky věci v úvahu až při nemožnosti stanovit obchodní přirážku na základě podkladů žalobkyně. Krajský soud měl dále rozlišit přirozené úbytky při zpracování potravin, které správce daně zohlednil v recepturách, od ztrát vzniklých zkažením či neprodejností surovin a posoudit význam paušálního snížení vypočtených tržeb o 10 %. Zároveň se krajský soud měl vypořádat s argumentací žalobkyně opřenou o znalecký posudek, který se týkal obchodních přirážek u jiných subjektů.
[4] Krajský soud v dalším řízení žalobu nyní napadeným rozsudkem zamítl. Uvedl, že žalobkyně předložila evidence, v nichž správce daně identifikoval řadu zásadních nesrovnalostí, které se žalobkyni nepodařilo věrohodně vysvětlit ani odstranit. Obraz jejího podnikání v restaurační činnosti tak zůstal zkreslený a nebylo možné stanovit daň dokazováním. Krajský soud proto uzavřel, že byly splněny podmínky pro stanovení daně podle pomůcek.
[5] Dále krajský soud uvedl, že nedošlo k nedovolenému kombinování dokazování a pomůcek. Využitím nezpochybněných dokladů správce daně usiloval o co nejpřesnější výsledek doměření. Za vhodnou výchozí pomůcku považoval náklady na suroviny vykázané žalobkyní. Z nich, receptur, prodejních cen a dalších podkladů žalobkyně správce daně vypočetl předpokládaná uskutečněná zdanitelná plnění. Přihlédl k výhodám pro žalobkyni, zejména zachoval nezpochybněné údaje o přijatých zdanitelných plněních a vypočtené tržby snížil o 10 %. Obchodní přirážka činila 176,45 % za rok 2015, 208,66 % za rok 2016 a 243,56 % za rok 2017.
[6] Krajský soud nepřisvědčil ani námitce, že správce daně nezohlednil materiální ztráty v důsledku zkázy či neprodejnosti potravin. Správce daně sice tyto ztráty výslovně nevyčíslil, avšak ve prospěch žalobkyně snížil vypočtené tržby paušálně o 10 %. Žalobkyně přitom nevedla evidenci, z níž by bylo možné zjistit skutečný rozsah takových ztrát. Dílčí pochybení žalovaného proto podle krajského soudu nezpůsobilo celkovou nespolehlivost stanovené daně.
[7] K námitce, že není možné dosahovat tak vysokých tržeb, ze kterých vycházely daňové orgány, krajský soud uvedl, že žalobkyní předložený znalecký posudek neobsahuje ani základní kritéria výběru porovnávaných zařízení a jeho zpracovatel porovnával výpočet správce daně omezený na restaurační činnost s údaji o celkové výkonové spotřebě srovnávaných subjektů. Obdobně se žalobkyni podle krajského soudu nepodařilo věrohodně zpochybnit výpočet obchodní přirážky správcem daně srovnáním s jinými restauracemi v Brně. Z tvrzení žalobkyně totiž neplyne, zda se vůbec jednalo o srovnatelné subjekty a předkládané údaje se týkaly jejich celkové činnosti bez znalosti její struktury. Krajský soud uzavřel, že se žalobkyni nepodařilo prokázat nepřiměřenost stanovení daně ani dodatkem znaleckého posudku ze dne 31. 1. 2025 předloženým v dalším řízení před krajským soudem. K němu krajský soud uvedl, že předmětem daňového řízení nebylo vyčíslení obchodní přirážky ani existence úměry mezi ní a výší daňové povinnosti. Na výši daňové povinnosti má vliv řada aspektů a proměnných. Zdůraznil rovněž, že obchodní přirážka žalobkyně byla vypočtena výhradně na základě konkrétních podkladů od žalobkyně, zatímco u srovnávaného subjektu „HAVANA“ proběhla toliko výběrová analýza přirážek. Za podobně neprůkazné označil i žalobkyní prezentované srovnání s dalšími 28 subjekty provozujícími restaurační činnost.
[8] Proti rozsudku krajského soudu podává žalobkyně (dále „stěžovatelka“) kasační stížnost, jejíž důvody lze podřadit pod § 103 odst. 1 písm. a) a d) soudního řádu správního (dále jen „s. ř. s.“).
[9] Stěžovatelka namítá, že daňové orgány neověřily, zda jsou vypočtené tržby v daném typu provozu vůbec dosažitelné. Podle znaleckého posudku a jeho dodatku se přitom vypočtené ukazatele extrémně vymykají běžnému výkonu na relevantním trhu. Již v daňovém řízení k tomu doložila údaje týkající se jejích přímých konkurentů, podle nichž činí správcem daně vypočtená obchodní přirážka téměř dvojnásobek jejich výkonu. Ty byly odmítnuty pro nedostatečné odůvodnění srovnatelnosti vybraných osob se stěžovatelkou. Stěžovatelka je však v tomto ohledu velmi limitována tím, co lze o ostatních provozech zjistit z veřejně dostupných zdrojů. Unést důkazní břemeno tak, jak ukládají rozhodnutí žalovaného, Nejvyššího správního soudu a nyní i krajského soudu, je nemožné. Dochází proto k porušení práva stěžovatelky na spravedlivý proces. To dokresluje i výsledek postupu daňových orgánů v návaznosti na první (zrušující) rozsudek krajského soudu. Správce daně poté vyzval srovnávané subjekty k poskytnutí údajů o svém provozu, přičemž pouze jeden z nich výzvě plně vyhověl. V návaznosti na to stěžovatelka požádala znalce o doplnění znaleckého posudku na základě dat získaných správcem daně. Z dodatku znaleckého posudku vyplývá, že výpočet hospodářského výsledku stěžovatelky učiněný daňovými orgány je vůči srovnávanému subjektu, společnosti HAVANA – RESTAURANT, s.r.o. (dále jen „HAVANA“), významně disproporční prakticky ve všech zkoumaných parametrech. Krajský soud se s dodatkem znaleckého posudku vypořádal nedostatečně, neboť vůbec nehodnotil klíčové zjištění znalce o zcela rozdílné rentabilitě nákladů. Získané údaje se přitom týkaly pouze restaurační činnosti a stěžovatelka i subjekt HAVANA vykázaly srovnatelné náklady na nákup surovin. Podle výpočtu správce daně měla však stěžovatelka ze srovnatelného množství surovin vygenerovat o 40 % vyšší tržby, v nominální hodnotě se jedná o 11 mil. Kč. Touto disproporcí se krajský soud vůbec nezabýval. Ukazuje přitom na zásadní logické deficity výpočtu daňové povinnosti správcem daně, které způsobují nespolehlivost stanovené daně pro její extrémně nepřiměřenou výši.
[10] Dále stěžovatelka označuje za účelovou argumentaci žalovaného, který odmítl srovnání s jinými subjekty s odůvodněním, že nemohl nalézt žádný srovnatelný subjekt, neboť stěžovatelka podnikala i v jiných oblastech než jen v restauračních službách. Stanovil-li správce daně gramáž porcí podle údajů, které získal z konkurenčních ceníků, byly tyto podniky v základních parametrech srovnatelné. Daňové orgány se navíc zabývaly toliko restaurační činností stěžovatelky, z hlediska porovnání tudíž nebyla její další podnikatelská činnost relevantní. Zpochybňoval-li správce daně gramáž v doložených recepturách, měl si velikosti porcí ověřit u stěžovatelky prostřednictvím místního šetření a nevzít automaticky za rozhodné velikosti u konkurenčních podniků.
[11] Krajský soud se měl ve svém rozsudku zabývat dodatkem ke znaleckému posudku. V řízení před krajským soudem je možné provádět dokazování bez ohledu na to, zda ho Nejvyšší správní soud zavázal k zamítnutí žaloby. Původní závěry jeho zrušujícího rozsudku totiž již nemohou ve světle dodatku obstát, neboť původní pochybnosti o srovnatelnosti porovnávaných subjektů rozptýlil sám žalovaný v navazujícím řízení získáním údajů o srovnatelném subjektu HAVANA.
[12] Stěžovatelka dále namítá, že nebyly splněny ani samotné podmínky pro přechod na stanovení daně dle pomůcek. Správci daně totiž poskytovala řádně součinnost a předložila řadu důkazů k prokázání svých tvrzení. Narážela však na odmítavý přístup správce daně, který považoval předložené doklady pro dílčí nesrovnalosti za neprůkazné jako celek. Zároveň požadoval předložit doklady podle vlastního výběru (např. denní tržby), ačkoliv je stěžovatelka není povinna vést a je na ní, prostřednictvím kterých důkazních prostředků unese své důkazní břemeno. Stěžovatelka předložila tzv. pomocnou evidenci zpracovanou na základě údajů z pokladního systému KERBEROS. Správce daně měl k dispozici také údaje z elektronické evidence tržeb za období od prosince 2016 do prosince 2017. Zjištěné nesrovnalosti při odesílání storen tržeb byly spíše administrativního charakteru (byly provedeny za určité období najednou, nikoli průběžně). Správce daně tak mohl a měl při konstrukci pomůcek využít data z této evidence, případně s ní stanovený odhad alespoň konfrontovat. Současně měl dostatek podkladů k tomu, aby stanovil výši daně dokazováním, neboť disponoval pomocnou evidencí, účetními záznamy, inventurami i záznamy z EET. Pomůcky nesmí sloužit jako prostředek trestání daňového subjektu, daňové orgány je však v nynější věci takto využily. I daňové doklady vykazující dílčí nesrovnalosti mohou být použity pro stanovení daně, která by dosáhla reálnější výše.
[13] Žalovaný podal ke kasační stížnosti vyjádření, v němž odkázal na odůvodnění svého rozhodnutí, vyjádření k žalobě a na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 4. 2026, č. j. 2 Afs 218/2025-44, a č. j. 2 Afs 219/2025-42, týkající se stěžovatelky a obdobné daňové problematiky (doměření daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období let 2013 až 2015 podle pomůcek). Ke kasační argumentaci dodal, že obchodní přirážka byla stěžovatelce stanovena s vysokou přesností na základě jejích prodejních ceníků a nákupních cen surovin podle účetnictví. To, že je stanovený základ daně reálný, vyplývá také z porovnání s výnosy stěžovatelky po zavedení EET. Žalovaný zdůraznil, že daňový subjekt nemá právo požadovat využití konkrétních pomůcek, tedy ani srovnání s jinými subjekty. K tomu poukázal na specifika podnikání stěžovatelky, kvůli nimž nemohl správce daně vyhledat vhodný srovnávaný subjekt. Dovolávala-li se stěžovatelka srovnání, ačkoliv správce daně vycházel z podkladů týkajících se přímo ní, tížilo ji důkazní břemeno stran srovnatelnosti jiných subjektů. Kritéria, na jejichž základě je dovozována srovnatelnost jiných podniků se stěžovatelkou, neplynou podle žalovaného ani ze znaleckého posudku a jeho dodatku. Znalcem provedené srovnání rentability nákladů pak vychází z údajů týkajících se celé podnikatelské činnosti stěžovatelky, pročež nemá vypovídací hodnotu. Znalecký posudek i jeho dodatek srovnávají nesrovnatelné, trpí tedy stejnými deficity, kterými se již zabýval Nejvyšší správní soud ve svém zrušujícím rozsudku. Žalovaný proto navrhl, aby Nejvyšší správní soud kasační stížnost zamítl.
[14] Nejvyšší správní soud nejprve posoudil formální náležitosti kasační stížnosti. Byla podána včas (§ 106 odst. 2 s. ř. s.), osobou oprávněnou (§ 102 věta první s. ř. s.), proti rozhodnutí, proti němuž je přípustná, a stěžovatelka je zastoupena advokátem (§ 105 odst. 2 s. ř. s.).
[15] Jelikož Nejvyšší správní soud rozhoduje ve věci stěžovatelky podruhé, zabýval se nejprve přípustností kasační stížnosti, neboť podle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. je kasační stížnost nepřípustná proti rozhodnutí, jímž soud rozhodl znovu poté, kdy jeho původní rozhodnutí bylo zrušeno Nejvyšším správním soudem; to neplatí, je-li jako důvod kasační stížnosti namítáno, že se soud neřídil závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu. Účelem tohoto pravidla je vyloučit z opakovaného posuzování ty otázky, k nimž kasační soud ve svém prvním rozsudku již vyslovil závazný právní názor (usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 3. 2011, č. j. 1 As 79/2009-165, č. 2365/2011 Sb. NSS).
[16] V posuzované věci podal kasační stížnost proti prvnímu rozsudku krajského soudu žalovaný a Nejvyšší správní soud se konkrétně zabýval závěry krajského soudu stran povinnosti daňových orgánů zohlednit přirozené úbytky potravin a vypořádat se s údaji o jiných subjektech, s nimiž se stěžovatelka srovnávala v daňovém řízení. Z důvodu nepřezkoumatelnosti těchto závěrů pro nedostatek důvodů jeho rozsudek zrušil. Kasační stížnost proti v pořadí druhému rozsudku krajského soudu podává nyní žalobkyně (stěžovatelka). Zpochybňuje v ní, že byly splněny zákonné podmínky pro přechod na stanovení daně podle pomůcek (§ 98 odst. 1 daňového řádu) a napadla věcně závěr krajského soudu, že na základě zvolených pomůcek byla daň stanovena spolehlivě, neboť stěžovatelka relevantně nezpochybnila výsledek takto provedeného odhadu. Těmito otázkami se Nejvyšší správní soud dosud věcně nezabýval. Kasační stížnost je proto přípustná.
[17] Nejvyšší správní soud tedy přezkoumal napadený rozsudek v rozsahu kasační stížnosti (§ 109 odst. 3 věta před středníkem s. ř. s.) a z důvodů v ní uvedených (§ 109 odst. 4 věta před středníkem s. ř. s.). Ve věci rozhodl bez jednání za podmínek podle § 109 odst. 2 věty první s. ř. s.
[18] Kasační stížnost není důvodná.
[19] Nejvyšší správní soud předesílá, že v nyní projednávané věci navázal na závěry, k nimž dospěl druhý senát v rozsudcích č. j. 2 Afs 219/2025-42 a č. j. 2 Afs 218/2025-44, které se týkají týchž účastníků i stejných právních otázek; věci se rovněž velmi úzce týká rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 8. 2026, č. j. 3 Afs 28/2026-42, ze kterého kasační soud vychází i nyní. Po seznámení se s věcí a obsahem kasační stížnosti totiž neshledal důvod se od závěrů vyslovených v těchto rozsudcích odchýlit.
[20] Nejprve se Nejvyšší správní soud zabýval námitkou nepřezkoumatelnosti napadeného rozsudku, Stěžovatelka nesouhlasí s tím, jak krajský soud hodnotil dodatek znaleckého posudku, který v dalším řízení provedl jako důkaz; fakticky tedy nesouhlasí s jeho právním posouzením. Nesouhlas stěžovatelky s právním hodnocením krajského soudu však nezakládá nepřezkoumatelnost jeho rozsudku (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 11. 2013, č. j. 2 As 47/2013-30, ze dne 29. 4. 2010, č. j. 8 As 11/2010-163, ze dne 6. 12. 2016, č. j. 7 As 179/2016-37, nebo ze dne 12. 10. 2020, č. j. 4 As 392/2019-52). Již prostá skutečnost, že stěžovatelka se závěry obsaženými v napadeném rozsudku věcně polemizuje, svědčí o tom, že nepřezkoumatelností pro nedostatek důvodů napadený rozsudek netrpí. Kasační důvod podle § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. proto naplněn není.
[21] Pokud jde o skutkové a právní posouzení věci, tak přestože stěžovatelka primárně napadá závěr krajského soudu o splnění třetí podmínky pro stanovení daně podle pomůcek, tedy zda daň byla podle nich stanovena spolehlivě, zabýval se Nejvyšší správní soud s ohledem na logiku soudního přezkumu nejprve námitkami proti závěru krajského soudu, že stěžovatelka nesplnila při dokazování svých daňových tvrzení zákonné povinnosti, a proto nebylo možné stanovit daň dokazováním (§ 98 odst. 1 daňového řádu).
[22] Stěžovatelka vede svou argumentaci proti tomuto závěru ve velmi obecné rovině. Tvrdí, že reagovala na všechny výzvy správce daně a navrhovala nezanedbatelný počet důkazů k prokázání svých tvrzení. Tím však nevyvrací závěr žalovaného a krajského soudu o nedostatečné kvalitě její procesní aktivity. V této souvislosti zmiňuje pouze to, že správce daně odmítl uznat výdejky, příjemky či soupisy tržeb, které shledal neprůkaznými, ač trpěly pouze dílčími nesrovnalostmi, a odkazuje na údaje získané z pokladního systému KERBEROS. Krajský soud však učinil závěr o tom, že daň nebylo možné stanovit dokazováním, na základě řady dílčích skutečností, které podrobně rozebral v odstavcích 33 až 39 odůvodnění napadeného rozsudku. Z těch zásadních lze poukázat na to, že stěžovatelka předložila evidenci tržeb, která byla nepřehledná a zatížená řadou nepřesností, neopodstatněných zásahů a nekorespondovala s předloženými pokladními doklady. Dále nepředložila kompletní průběžnou skladovou evidenci, inventarizaci majetku a zásob, nedoložila šeky, kterými si ve velkém rozsahu snižovala své tržby evidované v pokladním systému, odečty prováděla v některých případech duplicitně, nedoložila způsob likvidace prošlých zásob a některé doklady byly zjevně dodatečně upraveny. To se týká zejména údajů získaných ze systému KERBEROS, na které stěžovatelka poukazuje. Žalovaný ve vztahu k nim dospěl v rámci hodnocení svědecké výpovědi Ing. V. ve shodě se správcem daně k závěru, že stěžovatelkou předložené výstupy z tohoto systému nejsou věrohodné. Jako základní problém označily daňové orgány fakt, že předložené výstupy byly pozměňovány, přičemž tuto skutečnost nedokázal vysvětlit ani Ing. V. jako externí správce uvedeného systému (srov. zejména odst. 82 rozhodnutí žalovaného). Ten navíc sám dosvědčil, že výstupy ze systému KERBEROS, které předložila stěžovatelka, nebylo možné v takové verzi ze systému vygenerovat. Tuto argumentaci stěžovatelka v kasační stížnosti nijak věcně nezpochybnila.
[23] Při množství pochybení identifikovaných daňovými orgány, která krajský soud aproboval, tedy nelze přisvědčit kasační námitce stěžovatelky, že předložené podklady obsahovaly toliko chyby v psaní a počtech. Nesrovnalosti, které vedly správce daně k závěru o nemožnosti stanovit daň dokazováním, byly rozsáhlé a byly zjevně věcného, nikoli formálního charakteru (viz souhrn v odstavci 43 rozhodnutí žalovaného).
[24] Námitka týkající se elektronické evidence tržeb (EET) je přípustná v rozsahu, v němž stěžovatelka tvrdí, že správce daně měl tuto evidenci využít při konstrukci pomůcek nebo jí výsledný odhad alespoň ověřit; takto ji uplatnila již v žalobě. Poprvé až v kasační stížnosti však konkretizovala, že zjištěné nesrovnalosti spočívaly pouze v administrativně opožděném odesílání storen bez vlivu na celkovou výši evidovaných tržeb. V tomto dílčím rozsahu jde o nepřípustnou novou skutkovou argumentaci podle § 104 odst. 4 s. ř. s. Ve zbývajícím rozsahu námitka není důvodná. Údaje z EET pokrývaly pouze období od prosince 2016 do prosince 2017, tedy 13 z 29 posuzovaných zdaňovacích období. Správce daně navíc při podrobné analýze údajů za prosinec 2016 zjistil, že částky za jednotlivé dny se neshodovaly s údaji v dalších evidencích předložených stěžovatelkou a že evidence nezahrnovala vydané faktury. Stěžovatelka ani nekonkretizovala jednotlivé tržby, které evidenci nepodléhaly. Samotná existence EET proto nemohla odstranit zásadní nedostatky skladové a účetní evidence ani průkazně propojit nakoupené suroviny s uskutečněnými zdanitelnými plněními. Krajský soud se touto otázkou zabýval v odstavci 50 napadeného rozsudku a jeho závěr je přezkoumatelný a věcně správný.
[25] K námitce stěžovatelky, že správce daně trval na předložení dokladů, které stěžovatelka nemá a ani není povinna mít, lze v obecné rovině uvést, že volba důkazních prostředků, jimiž by podepřela svá daňová tvrzení byla primárně na ní. Rovněž je pravdou, že správce daně nemohl požadovat předložení podkladů (evidence), které zákon stěžovatelce neukládá vytvářet. Stěžovatelka nepochybně mohla předložit doklady či evidence odlišné od těch, které jmenoval správce daně ve svých výzvách, pokud by jimi byla s to prokázat svá tvrzení. V posuzované věci nicméně správce daně stěžovatelku k předložení konkrétních dokladů nenutil. Zmiňuje-li stěžovatelka v kasační stížnosti konkrétně denní tržby, nekladl jí správce daně k tíži jejich nepředložení. Pochybení stěžovatelky totiž nespatřoval v tom, že nevedla soupis denních tržeb, nýbrž že věrohodným a průkazným způsobem nedoložila skutečnou výši tržeb. Důvody, proč nelze mít jednotlivé předložené výkazy tržeb za věrohodné ani průkazné, popsal správce daně podrobně ve zprávě o daňové kontrole. Zmiňovaný soupis denních tržeb mohl stěžovatelce napomoci unést důkazní břemeno ohledně uvedené skutečnosti. Jeho nepředložení však samo o sobě nevedlo k závěru o splnění podmínek pro stanovení daně podle pomůcek.
[26] Lze tak shrnout, že daňové orgány a následně krajský soud dostatečně konkrétně vymezily nedostatky dokladů a způsobu vedení evidencí, které stěžovatelka předložila při daňové kontrole. Popsané nedostatky jsou skutečně tak zásadního charakteru, že stanovení daně dokazováním nebylo prakticky možné. V rámci daňové kontroly byla spolehlivě ověřena toliko výše nákladů na pořízení nápojů a surovin. Jejich následné využití v provozu stěžovatelky však nebylo doloženo věrohodnými a průkaznými podklady, přičemž zásadní nedostatky byly zjištěny především při vykazování tržeb. Na základě podkladů, které měl správce daně k dispozici, tak nebylo možné stanovit výši tržeb (výnosů) dokazováním. Za této situace byla „zatemněna“ podstatná část účetnictví týkající se hlavní podnikatelské činnosti stěžovatelky, takže byly splněny podmínky pro stanovení daně podle pomůcek. Postup správce daně nebyl toliko reakcí na nedostatečnou kvalitu stěžovatelčiny procesní aktivity, ale na objektivní nemožnost stanovit daň dokazováním. Její názor, že daňové orgány využily institut pomůcek toliko k jejímu sankcionování, je proto lichý.
[27] V hlavním okruhu námitek pak stěžovatelka brojí proti úvahám krajského soudu o spolehlivosti pomůcek a s ní související přiměřenosti výše doměřené daně. Těmito otázkami se Nejvyšší správní soud okrajově zabýval již v předchozím zrušujícím rozsudku, kde krajskému soudu uložil, aby ověřil, zda správce daně na základě podkladů stěžovatelky spolehlivě stanovil obchodní přirážku (resp. daň), a při tom zhodnotil, zda jsou tvrzení stěžovatelky o příliš vysoce stanovené obchodní přirážce natolik přesvědčivá a podložená, že jsou skutečně způsobilá zpochybnit dostatečnou spolehlivost daně stanovené dle pomůcek zvolených správcem daně.
[28] Nejvyšší správní soud k tomuto okruhu námitek připomíná svou ustálenou judikaturu, podle níž platí, že zpochybňuje-li daňový subjekt dostatečnou spolehlivost daně stanovené dle pomůcek, je povinen uvést nejen to, z jakých důvodů považuje stanovený základ daně a výši daně za zcela nepřiměřené, ale i podložit své tvrzení relevantními důkazy. Důkazní břemeno ohledně prokázání nedostatečné spolehlivosti výsledné daňové povinnosti tedy leží na daňovém subjektu, neboť on podává toto tvrzení. Namítaná nedostatečná spolehlivost se pak musí vždy týkat pouze celkového výsledku stanovení daně za použití pomůcek a není možné se domáhat použití či naopak vyloučení konkrétních pomůcek (rozsudky ze dne 18. 7. 2007, č. j. 9 Afs 28/2007-156, ze dne 30. 5. 2011, č. j. 8 Afs 69/2010-103, ze dne 2. 4. 2014, č. j. 1 Afs 20/2014-40, ze dne 16. 6. 2015, č. j. 5 Afs 252/2015-40, ze dne 12. 7. 2018, č. j. 10 Afs 371/2017 - 69, ze dne 25. 11. 2021, č. j. 6 Afs 187/2020-45, či ze dne 28. 3. 2025, č. j. 7 Afs 288/2023 - 57).
[29] Stěžovatelka založila zpochybnění dostatečné spolehlivosti daně stanovené podle pomůcek na srovnávání svého provozu s provozy jiných restauračních subjektů. S ohledem na výše popsané rozložení důkazního břemene to byla proto ona, koho tížilo důkazní břemeno ohledně toho, že srovnávané subjekty na obou stranách, jakož i srovnávaná data jsou způsobilé ke srovnání. Také volba důkazních prostředků byla na stěžovatelce. Nelze klást k tíži daňových orgánů, pokud stěžovatelka své důkazní břemeno neunesla. Neunesení důkazního břemene nezakládá povinnost správce daně opatřovat relevantní důkazy namísto daňového subjektu. Jinými slovy, zvolila-li stěžovatelka tento způsob zpochybnění dostatečné spolehlivosti daně stanovené podle pomůcek, pak se sama vystavila limitům ve vztahu k informacím, které je schopna ohledně provozů jiných restauračních subjektů zjistit. Eventuální nemožnost unést důkazní břemeno ohledně toho, že srovnávané subjekty na obou stranách, jakož i srovnávaná data jsou ke srovnání způsobilé, není porušením práva na spravedlivý proces. Jedná se primárně o důsledek toho, že doměření daně podle pomůcek je náhradním způsobem stanovení daně, k němuž se musely daňové orgány uchýlit v důsledku toho, že stěžovatelka nesplnila své povinnosti při dokazování svých daňových tvrzení. Pokud je její pozice při vedení polemiky nad splněním třetí podmínky pro stanovení daně podle pomůcek (spolehlivost výše daně) ztížena, je to výlučně důsledkem toho, že nebyla schopna předložit úplné, věrohodné a průkazné účetnictví.
[30] V souladu se závazným právním názorem zrušujícího rozsudku č. j. 7 Afs 199/2024-36 se krajský soud v odstavcích 65 až 69 odůvodnění napadeného rozsudku znovu zabýval argumentací stěžovatelky, v níž poukazovala na devět brněnských subjektů, které podle ní vykazovaly podobné rysy podnikání jako ona a nedosahovaly tak vysoké obchodní přirážky, jaká jí byla stanovena prostřednictvím pomůcek. Krajský soud vysvětlil, proč předložené údaje nepovažuje za způsobilé zpochybnit výsledný odhad; vyšel přitom také ze závěrů rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 6. 2025, č. j. 2 Afs 65/2024-64, který se týkal jiné věci stěžovatelky, konkrétně doměření daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2015. Poukázal zejména na to, že stěžovatelka neprokázala srovnatelnost subjektů ani srovnávaných údajů a že veřejně dostupné účetní údaje zachycovaly celkovou činnost jednotlivých subjektů, nikoli pouze restaurační provoz. Stěžovatelka v kasační stížnosti s těmito důvody věcně nepolemizuje; opakuje pouze, že dané subjekty vnímá jako své konkurenty v rámci Brna, a poukazuje na svůj informační deficit (viz výše odstavec [27]). Nejvyšší správní soud proto nemá důvod se od uvedeného posouzení odchýlit.
[31] Stěžovatelka nicméně v určitém ohledu svou argumentaci založenou na srovnání s jinými subjekty prohloubila po zrušení prvního rozsudku krajského soudu a vrácení věci k dalšímu řízení. Reagovala na to, že žalovaný v mezidobí pokračoval v odvolacím řízení, v němž se mu podařilo opatřit podrobnější informace o jednom ze subjektů, které stěžovatelka subjektivně považovala za srovnatelné (HAVANA). Na podkladě těchto dodatečně získaných informací nechala zpracovat dodatek znaleckého posudku, který předložila krajskému soudu. Stěžovatelka brojí v kasační stížnosti proti způsobu, jakým krajský soud posoudil tento důkaz.
[32] V tomto ohledu je však poněkud mimoběžná její námitka, že krajský soud byl povinen provést důkaz dodatkem znaleckého posudku a vypořádat se se závěry v něm obsaženými. Krajský soud totiž učinil vše, co stěžovatelka v kasační stížnosti požaduje, tedy provedl při jednání důkaz dodatkem znaleckého posudku a zhodnotil jej (viz odst. 70 až 79 napadeného rozsudku). Dospěl nicméně k závěru, že ani jím nebylo prokázáno, že správce daně nestanovil daň podle pomůcek dostatečně spolehlivě. Krajský soud se při tom neodvolával na závazný právní názor Nejvyššího správního soudu, což ostatně ani nemohl, neboť Nejvyšší správní soud se v předchozím rozsudku obsahem dodatku znaleckého posudku zabývat nemohl. Své závěry krajský soud nezaložil na tom, že by společnost provozující restauraci HAVANA nebyla srovnatelným subjektem, nýbrž poukázal na nedostatky dodatku znaleckého posudku (počínaje vymezením znaleckého úkolu, přes různou podrobnost údajů týkajících se porovnávaných subjektů a konče tím, že znalec nedoložil nereálnost dosažení tržeb plynoucích z užití pomůcek).
[33] Stěžovatelka dále odkazuje především na analýzu provedenou v dodatku znaleckého posudku. Z ní však v prvé řadě vyplývá to, že obchodní korporace 5 (podle znalce se jedná o společnost provozující restauraci HAVANA) uplatňovala ve vztahu ke svým 9 nejprodávanějším pokrmům kalkulační přirážku ve výši 250,88 %. Toto zjištění zcela vyvrací stěžejní argument, na němž byla postavena žaloba a podle nějž je kalkulační (obchodní) přirážka aplikovaná ve vztahu ke stěžovatelce správcem daně ve výši 208,66 % za rok 2016 zcela nepodložená a nesmyslně vysoká. Dodatek znaleckého posudku, vycházející z dat dodatečně opatřených žalovaným, naopak dokládá reálnost pomůcky (metody) užité správcem daně.
[34] Stěžovatelka se dovolává srovnatelnosti s daným subjektem na základě toho, že v roce 2015 dosahovaly náklady na nákup surovin obou společností obdobné výše. Krom toho, že tato výchozí premisa nemusela platit v letech 2016 a 2017, která jsou spolu s částí roku 2015 předmětem této věci, je podstatné, že tento údaj nelze chápat jako kritérium srovnatelnosti tak, jak je vyložil Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 2 Afs 65/2024-64. Nedostačující je v tomto ohledu i zcela obecné tvrzení, že společnost HAVANA provozuje pouze restaurační činnost, která se druhově podobá činnosti stěžovatelky (stěžovatelka spatřuje dostatečnou podobnost obou restaurací již jen ve srovnatelnosti lokalit a úrovni restauračních služeb projevující se podobným cenovým nastavením). Žádnou další argumentaci, z níž by vyplýval závěr, že oba restaurační provozy jsou skutečně srovnatelné, respektive že jsou vzájemně srovnatelná získaná data o obou provozech, stěžovatelka nepředkládá. Naopak, Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 2 Afs 219/2025-42, uvedl, že „[s]těžovatelka, stejně jako znalec, pominuli informaci obsaženou v příloze k účetní závěrce za rok 2015 společnosti HAVANA-RESTAURANT, s.r.o., podle níž provozovala nejen restauraci, ale také cukrárnu a od listopadu 2014 též privátní bar (klub). Z dodatku znaleckého posudku nevyplývá, že by znalec rozčlenil stav nákladového a výnosového účtu, z nichž vycházel, podle jednotlivých provozů (údaje užité znalcem v analýze rentability nákladů odpovídají údajům z účetní závěrky společnosti HAVANA-RESTAURANT, s.r.o., v níž se zrcadlí veškerá její činnost, nikoliv jen výsledky dosažené provozem restaurace). Dále není zřejmé, jaký je obchodní model srovnávaných restaurací, například zda nabízí zvýhodněná polední menu, zajišťují catering, firemní či jiné společenské akce a jakou měrou se podílí na tržbách. Především však znalec nenabízí žádné vysvětlení toho, proč obchodní přirážka je u restaurace HAVANA zhruba poloviční oproti kalkulační přirážce ke stanovení ceny pokrmů. Neidentifikuje žádnou okolnost (např. ‚ekonomickou zákonitost‘), která by se na tomto výsledku podílela, a kterou by tedy bylo třeba nezbytně vzít v úvahu i ve vztahu k restauračnímu provozu stěžovatelky. Domněnku vyslovenou znalcem, že správce daně nadsadil tržby stěžovatelky, rozhodně nelze za tohoto stavu považovat za přesvědčivou, neboť je zcela nepodložená. Obdobně by bylo možné vyslovit i zcela nepodloženou domněnku, zda nedochází ke krácení tržeb i v účetnictví srovnávaného zařízení. Zjištění znalce však může mít i jiné vysvětlení související např. se specifiky provozu srovnávaného subjektu. Tezi o srovnatelnosti obou porovnávaných společností zpochybňuje i údaj o průměrném počtu zaměstnanců a výši mzdových nákladů. Společnost HAVANA-RESTAURANT, s.r.o. měla v roce 2015 průměrný počet zaměstnanců 34 na hlavní pracovní poměr, přičemž mzdové náklady činily 3 394 000 Kč. Stěžovatelka měla jen 24 zaměstnanců a mzdové náklady dosáhly 3 432 000 Kč. Stěžovatelka tak měla o třetinu méně zaměstnanců (výrazně lépe placených) a stejnou výkonovou spotřebu jako společnost HAVANA-RESTAURANT, s.r.o. Pokud tedy znalec výlučně na základě několika málo dat o provozu společnosti HAVANA-RESTAURANT, s.r.o. dovodil pravidlo, že výše obchodní přirážky nemůže odpovídat průměrné kalkulační přirážce nejprodávanějších pokrmů, aniž by svůj závěr opřel o poznatky ekonomických věd, zejména zabývajících se podnikovým hospodářstvím, a provázal jej s relativně detailními informacemi o podnikatelské činnosti srovnávaného subjektu a stěžovatelky, nelze mít tento závěr za přesvědčivý, neboť se jeví nepodloženým. NSS nadto s krajským soudem souhlasí v tom, že analýza provozu restaurace HAVANA neprokazuje, že by stěžovatelka nemohla dosahovat správcem daně odhadnutého ekonomického výkonu.“
[35] Stěžovatelka klade v kasační stížnosti zásadní důraz na porovnání rentability nákladů provedené znalcem. Není pravda, že by se krajský soud tímto aspektem, na nějž poukázala stěžovatelka spíše okrajově ve svém podání ze dne 29. 7. 2025, vůbec nezabýval. V odstavci 77 odůvodnění rozsudku krajský soud uvedl, že pokud stěžovatelka po zohlednění dalších údajů uvedených v účetních výkazech má oproti společnosti HAVANA výrazně vyšší výkonnost a daňové zatížení, neprokazuje to bez dalšího, že by této vyšší výkonnosti nemohla dosáhnout. I když tedy krajský soud nepoužil přímo termín „rentabilita nákladů“, vypořádal se s podstatou tohoto tvrzení stěžovatelky. Z pohledu uplatněné kasační argumentace k tomu postačí dodat, že znalec při výpočtu rentability nákladů vycházel z údajů, které se týkají všech druhů podnikatelské činnosti stěžovatelky, tj. včetně provozování koupaliště, pronájmu prostor a reklamní činnosti. Srovnání s ostatními subjekty (ať již společností HAVANA či vzorkem dalších subjektů uvedených v příloze č. 1 k dodatku znaleckého posudku) tak nemá vypovídací hodnotu, neboť nebylo doloženo, že by bylo porovnáváno obdobné s obdobným. Dovolává-li se stěžovatelka v této souvislosti rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 28/2007-156, lze uvést, že z něj nevyplývá potřeba vycházet při stanovení daně podle pomůcek z ukazatelů rentability nákladů. Stěžovatelka zvýraznila části odůvodnění uvedeného rozsudku, z nichž vyplývá, jakými typovými námitkami proti spolehlivosti daně stanovené podle pomůcek se může soud zabývat. To krajský soud v nyní posuzované věci učinil, přičemž zdůraznil, že z dodatku znaleckého posudku neplyne, že by stěžovatelka nemohla dosáhnout takových výsledků, které dovodil správce daně na základě užitých pomůcek (tedy i vyšší výkonnosti ve srovnání s konkurenty). Požadavkům plynoucím z judikatury (např. stěžovatelkou zmíněného rozsudku) tedy krajský soud dostál.
[36] Ani závěr znalce, že neexistuje jednoduchý přímý vztah mezi cenou spotřebovaných surovin a výslednou daňovou povinností, nezpochybňuje postup daňových orgánů. Ty nevycházely pouze z ceny surovin, nýbrž z nezpochybněných nákupů, receptur, prodejních cen, struktury prodávaných jídel a dalších podkladů žalobkyně. Pro účely daně z přidané hodnoty z nich odhadly rozsah uskutečněných zdanitelných plnění a daň na výstupu. Provedené srovnání rentability nákladů a hospodářských výsledků jiných subjektů proto bez dalšího nevypovídá o tom, že takto stanovená daň z přidané hodnoty byla v hrubém nepoměru ke skutečnosti.
[37] Výtky stěžovatelky, že žalovaný odmítl její požadavek na porovnání s jiným subjektem s účelovým odůvodněním o chybějícím srovnatelném subjektu a že stanovil velikosti porcí „od stolu“, pak svou podstatou míří k tomu, aby správce daně použil jiné pomůcky. Podle ustálené judikatury se však daňový subjekt nemůže účastnit výběru pomůcek; jejich použití lze napadat jen skrze námitku, že výsledná daňová povinnost je v hrubém nepoměru k dani, která měla být stanovena. Z výše uvedeného plyne, že to se stěžovatelce prokázat nepodařilo.
[38] Na závěr lze připomenout, že stanovení daně podle pomůcek je kvalifikovaným odhadem, jemuž je vlastní určitá míra nepřesnosti. Nelze tedy zcela vyloučit, že skutečný rozsah uskutečněných zdanitelných plnění žalobkyně byl v některých zdaňovacích obdobích nižší, čemuž by odpovídala i nižší daňová povinnost, pokud by ji bylo možné stanovit dokazováním. K tomuto závěru však chybějí důkazy, které nemůže nahradit odkaz na hospodářské výsledky jediného možného konkurenta žalobkyně. Ve vztahu k části dodatku znaleckého posudku, v níž znalec pracuje s ekonomickými výkazy jiných restauračních subjektů, platí výhrady uvedené v rozsudku č. j. 2 Afs 65/2024-64 (odst. [24] a [25]). Nadto platí závěr předchozího zrušujícího rozsudku č. j. 7 Afs 199/2024-36, že srovnání žalobkyně s jinými subjekty by přicházelo v úvahu spíše až při nemožnosti stanovit obchodní přirážku na základě jejích vlastních nezpochybněných podkladů. O takový případ zde nešlo.
[39] S ohledem na výše uvedené dospěl Nejvyšší správní soud k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 věty druhé s. ř. s. zamítl.
[40] Výrok o náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti se opírá o § 60 odst. 1 s. ř. s. ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nemá právo na náhradu nákladů řízení, neboť ve věci neměla úspěch. Procesně úspěšnému žalovanému žádné náklady nad rámec jeho úřední činnosti nevznikly, a proto ani on nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 16. října 2026
Mgr. Radovan Havelec
předseda senátu
