Kasační/ústavní stížnost:
2 Afs 261/2025
Celé znění judikátu:
žalobkyně: EDHESSA s.r.o.
se sídlem č.p. 33, 664 91 Biskoupky
zastoupena JUDr. Kateřinou Tomkovou, advokátkou
se sídlem č.p. 33, 664 91 Biskoupky
proti
žalovanému: Finanční úřad pro Jihomoravský kraj
sídlem náměstí Svobody 98/4, 602 00 Brno
o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného spočívajícím v nevyplacení žalobkyní požadovaného přeplatku na dani z přidané hodnoty za zdaňovací období 4. čtvrtletí 2007 ve výši 10 451 432 Kč, a to společně s úrokem a úrokem z úroků v zákonné výši
takto:
- Žaloba se zamítá.
- Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.
- Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
1. Žalobkyně podala zásahovou žalobu proti úkonu správce daně, kterým nepředepsal na osobní daňový účet žalobkyně přeplatek a s ním související úrok. Žalobkyně spatřovala nezákonný zásah konkrétně ve skutečnosti, že správce daně nezaznamenal do evidence daní přeplatek ve výši daně tvrzené v daňovém přiznání žalobkyně a nevyplatil jej. Jádrem sporu byla právní otázka, zda v případě pozdějšího zrušení platebního výměru správním soudem dochází zpětně ke konkludentnímu stanovení daňové povinnosti, ze které správce daně při předepisování daní musí vycházet.
II. Shrnutí argumentů obsažených v žalobě
2. Žalobkyně brojila proti nezákonnému zásahu žalovaného podanou žalobou, v níž uvedla, že proti vyrozumění o přeplatku ze dne 20. 2. 2024 podala námitku s vysvětlením, že vyměřovací řízení k předmětnému zdaňovacímu období neskončilo pravomocným stanovením daně. Odkázala přitom na § 140 daňového řádu, ze kterého dovozuje, že platební výměr na daň byl vydán konkludentně ve výši tvrzené žalobkyní v řádném daňovém přiznání, neboť na vytýkací řízení je třeba pohlížet jako by vůbec neproběhlo.
3. Zároveň žalobkyně požaduje po zdejším soudu, aby zrušil vyrozumění o přeplatku, které je dle jejího vyjádření stiženo vadou nepřezkoumatelnosti. Domáhá se tak vrácení přeplatku za zdaňovací období 4. čtvrtletí 2007 na dani z přidané hodnoty ve výši 10 451 432 Kč spolu se souvisejícím úrokem z neoprávněného jednání správce daně a úroku z tohoto úroku, to vše ve smyslu závěrů rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 2. 2024, č. j. 10 Afs 382/2020-51. Žalobkyně dále v žalobě citovala část rozhodnutí správce daně o námitce ze dne 20. 2. 2024.
4. Žalobkyně spatřuje nezákonný zásah v neevidování a nevyplacení přeplatku ze strany správce daně. Správce daně neoprávněně založil nezákonný zásah vůči žalobkyni podle § 82 zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního (dále „s. ř. s.“). Konkrétně soudu navrhla, aby rozhodl tak, že, cit.: „Rozhodnutím Finančního úřadu pro Jihomoravský kraj, nám. Svobody 4, 602 00 Brno, územní pracoviště Brno-venkov, Příkop 8, 604 24 Brno, čč.j.: 373310/24/3005-51525-711224 ze dne 20.2.2024, bylo nezákonně zasaženo do práva žalobce na řádnou evidenci daní, a dále aby žalovanému přikázal, aby údaje v daňové evidenci opravil tak, aby v nich byl již ke dni 30.1.2008 evidován přeplatek na DPH za zdaňovcí období 4Q/2007 ve výši 10.451.432,- Kč a dále aby žalobci v daňové evidenci předepsal ode dne 30.1.2008 úrok z nesprávně stanované daně v zákonné výši stanovené dle ust. § 254 odst. 1 písm. b, odst 2, 4 a 5 DŘ, jakož i úrok z úroků (anatocismus) z nesprávně stanované daně ve výši vyplývající ze závěrů rozsudku Nejvyššího správního soudu č.j. 10 Afs 382/2020.51 ze dne 6.5.2021 (Sb. NSS 4203/2021).“
5. K aplikaci závěrů rozhodnutí rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 2. 2025, č. j. 1 Afs 231/2022-44, žalobkyně připomíná svá dřívější podání a dovozuje, že tyto závěry nelze použít, neboť je třeba postupovat podle § 46 odst. 5 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků. Žalobkyně odmítá tyto závěry s odůvodněním, že nedostatečně zajišťují jednotu právního řádu.
III. Vyjádření žalovaného
6. Žalovaný uvedl, že není sporu o tom, že rozsudkem Nejvyššího správního soudu byl zrušen ve věci stanovení daně žalobkyni platební výměr, kterým byla na základě postupu k odstranění pochybností vyměřena daň 4 001 868 Kč. Po opakovaných soudních řízeních dospěl Nejvyšší správní soud k tomu, že desetiletá lhůta pro stanovení daně uplynula a v důsledku prekluze došlo k zastavení řízení (viz rozhodnutí č. j. 183344/24/3005-52522-706400). Žalobkyně v podané žalobě rozporuje nevyměření daňového odpočtu na DPH za předmětné zdaňovací období ve výši 10 451 432 Kč, ke kterému mělo dojít konkludentně, neboť zrušením platebního výměru byly dle něj splněny podmínky pro postup podle § 140 odst. 1 daňového řádu. Žalovaný se vymezil proti aplikaci rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 12. 2023, č. j. 2 Afs 60/2021-23, a sdělil, že skutkový stav je zcela odlišný, neboť nyní u žalobkyně došlo k ukončení postupu k odstranění pochybností a k následnému vyměření daně. V rámci vyřizování námitky, která se týká placení daní, nemohl správce daně posuzovat skutečnosti, které se vztahovaly k nalézacímu řízení.
7. K předpisu daně je vyžadována existence kvalifikovaného titulu. V případě žalobkyně nebyl jí požadovaný nadměrný odpočet vyměřen, proto není evidován na osobním daňovém účtu jeho předpis. Daňové přiznání přitom není předpisným dokladem. Nyní je rozhodnutí o zastavení řízení napadeno odvoláním, ale v souladu se zásadou presumpce správnosti správních aktů je třeba na něj nahlížet jako na zákonný a správný. Při posuzování žádosti žalobkyně o vrácení přeplatku vycházel žalovaný ze stavu osobního daňového účtu. Přeplatkem je částka, o kterou úhrn plateb a vratek na kreditní straně osobního daňového účtu převyšuje úhrn předpisů a odpisů na debetní straně. Správce daně je povinen převést přeplatek na úhradu případného nedoplatku téhož daňového subjektu, není-li takového nedoplatku, stává se přeplatek vratitelným. V případě žalobkyně její osobní daňový účet nevykazoval vratitelný přeplatek.
8. Z podané žaloby je zřejmé, že žalobkyně se i přes zastavení daňového řízení domáhá předpisu nadměrného odpočtu. Z pohledu evidence daní však nemá tento požadavek oporu v zákoně, neboť pro tento postup absentuje předpisný doklad dle § 149 odst. 4 písm. a) daňového řádu. Žalovaný navrhl, aby soud žalobu odmítl jako nepřípustnou, případně ji zamítl pro nedůvodnost.
IV. Další podání účastníků
- replika žalobkyně a doplnění žaloby č. 2 ze dne 24. 6. 2024
9. Žalobkyně v replice odkázala na nález Ústavního soudu ze dne 24. 8. 2021, sp. zn. IV. ÚS 3523/20, ze kterého dovodila, že je nepochybné, že žalobkyni se dostalo aktivního úkonu ve vztahu k její žádosti o vrácení přeplatku na dani. Žalobkyně dále nesouhlasila s žalovaným, že ze závěrů rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 11. 2023, č. j. 5 Afs 103/2022-47 plyne, že zahájení postupu k odstranění pochybností vylučuje aplikaci § 140 daňového řádu. V doplnění žaloby žalobkyně citovala nález Ústavního soudu ze dne 28. 5. 2024, sp. zn. III. ÚS 3082/23.
- vyjádření žalovaného k replice ze dne 11. 7. 2024
10. Daň byla žalobkyni již v roce 2011 vyměřena platebním výměrem, nelze proto dovodit tzv. konkludentní vyměření daně, jak navrhuje žalobkyně. V nálezu sp. zn. I. ÚS 3244/09 se Ústavní soud věnoval případu, kdy z důvodu prodlev ze strany správce daně došlo k uplynutí lhůty pro stanovení daně a nedošlo k jejímu vyměření, a je proto neaplikovatelný. Co se týče nálezu Ústavního soudu sp. zn. III. ÚS 3082/23, tento řešil předpis úroku dle § 254 daňového řádu a nikoliv podstatu nyní projednávané věci, tj. zda mělo dojít ke stanovení daně konkludentně.
- vyjádření žalobkyně ze dne 22. 7. 2024
11. Žalobkyně trvala na svém tvrzení, že daň jí vyměřena nebyla, neboť byl zrušen platební výměr Nejvyšším správním soudem. Považovala též za nutné zdůraznit, že úrok podle § 254 daňového řádu je příslušenstvím daně a je nezbytné, aby o něm soud rozhodl společně s daní. Odkazovala přitom na další rozsudky vrcholných soudů.
- doplnění žaloby č. 3 a návrh na spojení věci ze dne 5. 8. 2024
12. Žalobkyně soudu v tomto podání zaslala rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství, kterým bylo zamítnuto odvolání žalobkyně proti rozhodnutí o zastavení řízení. Žalobkyně též sdělila, že proti rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 8. 12. 2023, č. j. 5 Afs 43/2021-91, podala ústavní stížnost, kterou Ústavní soud odmítl. Nejsou však pochybnosti o tom, že platební výměr byl zrušen. Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 8. 2016, č. j. 2 As 139/2016-22, je v případě změny nebo zrušení správního aktu v přezkumném řízení potřeba revokovat právní akt ex tunc, přičemž tak se stalo i s nadměrným odpočtem žalobkyně, který byl vyměřen z původního daňového přiznání. Žalobkyně dále navrhla, aby soud zrušil též v tomto řízení rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 2. 8. 2024, kterým bylo zamítnuto odvolání proti platebnímu výměru ze dne 5. 2. 2024, neboť podle názoru žalobkyně se důvody pro zrušení obou rozhodnutí shodují. Navrhla tedy spojení věci.
- vyjádření žalovaného ze dne 26. 8. 2024
13. Z nálezu Ústavního soudu ve věci žalobkyně je patrno, že to byla právě žalobkyně, která se navozením zapovězené situace domáhala výhody v podobě získání nadměrného odpočtu na dani. S takto uplatněným nárokem již jednou nebyla úspěšná, a proto se pokusila daňové řízení vyvolat znovu. Je tedy zjevné, že skutkový stav popisovaný v nálezu sp. zn. I. ÚS 3244/09 je odlišný. Pokud jde o rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 8. 2016, č. j. 2 As 139/2016-22, vykládá tento účinky rozhodnutí v přezkumném řízení, a účinky platebního výměru žalobkyně by tak ve světle těchto úvah měly nastat ode dne právní moci platebního výměru, tedy ex tunc. Žalovaný však prováděl postup k odstranění pochybností, jehož výsledkem bylo vyměření daně, který byl následně zrušen pro uplynutí lhůty. Žalobkyně nesprávně dovozuje z účinku ex tunc, že jí zrušením platebního výměru vznikl nárok na přeplatek. K návrhu na spojení věci žalovaný navrhl, aby věci byly rozsouzeny jednotlivě.
- vyjádření žalobkyně ze dne 3. 3. 2025, doplnění žaloby č. 5 ze dne 4. 3. 2025 a č. 6 ze dne 5. 3. 2025
14. Podle nálezu Ústavního soudu, sp. zn. III. ÚS 3082/23 platí, že pokud správní soudy nepřiznají stěžovateli v rozporu s dřívější judikaturou Nejvyššího správního soudu nárok na úrok z úroku z neoprávněného jednání správce daně, porušují základní právo vlastnit majetek. Po žalobkyni nelze požadovat, aby tento masivní zásah snášela 18 let. Dále v doplnění žaloby ze dne 4. 3. 2025 a ze dne 5. 3. 2025 žalobkyně odkazovala na další judikaturu vrcholných soudů.
- vyjádření žalovaného ze dne 13. 3. 2025
15. Závěry uvedené v nálezu Ústavního soudu sp. zn. 3244/09 jsou již překonány s ohledem na usnesení Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 2. 2025, č. j. 1 Afs 231/2022-44. Z usnesení plyne, že pokud postup k odstranění pochybností nevede ke svému cíli ve lhůtě pro stanovení daně, nelze po jejím uplynutí daň stanovit.
- doplnění žaloby č. 7 ze dne 21. 3. 2025, č. 9 ze dne 7. 4. 2025, č. 10 ze dne 7. 5. 2025, č. 11 ze dne 13. 5. 2025, doplnění č. 12 ze dne 22. 9. 2025 a doplnění č. 13 ze dne 21. 10. 2025
16. Žalobkyně zopakovala, že pokud daňový subjekt podal daňové přiznání a správcem daně zahájené vytýkací řízení nebylo z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty ukončeno stanovením daňové povinnosti, je výsledek v neprospěch daňového subjektu, který se pak nemůže domáhat výsledku daňového řízení. Žalobkyně dále obsáhle odkazovala na judikaturu Ústavního soudu. Žalobkyně odkázala na § 32 zákona č. 82/1998 Sb., o odpovědnosti za škodu způsobenou při výkonu veřejné moci rozhodnutím nebo nesprávným úředním postupem a o změně zákona České národní rady č. 358/1992 Sb., o notářích a jejich činnosti (notářský řád), a uvedla, že se z důvodu promlčení nemůže domoci vrácení vratitelného přeplatku.
V. Posouzení věci soudem
17. Soud se v mezích žalobních bodů zabýval tím, zda lze dospět k závěru o nezákonnosti zásahu žalovaného, přičemž shledal, že žaloba není důvodná (§ 87 odst. 3 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, dále jen „s. ř. s.“). Soud rozhodl za splnění podmínek pro rozhodnutí ve věci bez nařízení ústního jednání (§ 51 s. ř. s.).
18. Ze správního spisu se podává, že žalovaný vydal dne 20. 2. 2024 vyrozumění o přeplatku, č. j. 604322/24/3005-52522-709400, jímž informoval žalobkyni, že na jejím osobním daňovém účtu není evidován žádný přeplatek a nelze jej tedy vyplatit. Žalobkyně proti vyrozumění podala námitku, o které správce daně rozhodl dne 20. 3. 2024, č. j. 896068/24/3005-52522-709400, a setrval na svém předchozím závěru vyjádřeném ve vyrozumění, že přeplatek žalobkyni vůbec nevznikl. Žalobkyně naopak tvrdí, že jí přeplatek tvrzený v daňovém přiznání vznikl, neboť byl vyměřen konkludentně na základě daňového přiznání podle § 140 odst. 1 daňového řádu.
19. Na úvod soud připomíná, že žalobkyně nejprve v nyní projednávané věci podala zdejšímu soudu žalobu proti rozhodnutí správního orgánu ve smyslu § 65 s. ř. s. a dožadovala se zrušení výše uvedeného rozhodnutí správce daně o námitce ze dne 20. 3. 2024. Soud nicméně dospěl k závěru, že v případě žalobkyně rozhodnutí o námitce nebylo možné považovat za rozhodnutí ve smyslu § 65 s. ř. s. Proto následně vydal dne 14. 10. 2025 usnesení č. j. 29 Af 15/2024-178, kterým žalobkyni poučil o možnosti změny žalobního typu a poskytl jí lhůtu jednoho měsíce, aby upravila svoji původní žalobu tak, aby obsahovala zákonné náležitosti žaloby na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem, nebo donucením správního orgánu ve smyslu § 82 an. s. ř. s. Ohledně důvodů, pro které soud rozhodl o tom, že rozhodnutí o námitce v nyní řešeném případě není rozhodnutím ve smyslu § 65 s. ř. s a nelze proti němu brojit žalobou proti rozhodnutí správního orgánu, odkazuje soud na jmenované usnesení. Žalobkyně v souladu s výzvou soudu změnila žalobní typ v podání ze dne 16. 10. 2025 na zásahovou žalobu a nyní brojí proti dosud trvajícímu zásahu správce daně spočívajícímu v nevyplacení přeplatku ve výši tvrzené žalobkyní ve vztahu k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období 4. čtvrtletí 2007. Soud proto posuzoval, zda jednání správce daně naplnilo znaky nezákonného zásahu.
20. Podle § 82 s. ř. s. platí, že každý, kdo tvrdí, že byl přímo zkrácen na svých právech nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením („zásah“) správního orgánu, který není rozhodnutím, a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo, může se žalobou u soudu domáhat ochrany proti němu nebo určení toho, že zásah byl nezákonný. Podle § 85 s. ř. s. žaloba je nepřípustná, lze-li se ochrany nebo nápravy domáhat jinými právními prostředky; to neplatí v případě, domáhá-li se žalobce pouze určení, že zásah byl nezákonný.
21. Z ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu (srov. např. rozsudek ze dne 3. 5. 2023, č. j. 9 As 20/2023-23), vyplývá, že žaloba podle § 82 s. ř. s. je důvodná, pokud jsou splněny kumulativně následující podmínky: žalobkyně musí být přímo (1. podmínka) zkrácena na svých právech (2. podmínka) nezákonným (3. podmínka) zásahem, pokynem nebo donucením („zásahem“ v širším smyslu) správního orgánu, který není rozhodnutím (4. podmínka), a takový zásah byl zaměřen přímo proti ní nebo v jeho důsledku bylo oproti ní přímo zasaženo (5. podmínka). Tuto judikaturu zdejší soud uplatnil a věnoval se otázce, zda byly podmínky naplněny.
22. Nejprve soud uznal, že zásahová žaloba je přípustná ve smyslu § 46 s. ř. s., a nelze ji proto odmítnout. Pro úplnost lze dodat, že pro „propuštění“ žaloby k věcnému projednání postačuje plausibilní tvrzení, nikoliv prokázání, že tvrzení je pravdivé (srov např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 9. 2025, č. j. 2 As 86/2025-21 a v něm citovanou judikaturu).
23. Zdejší soud totiž připouští, že nezákonný zásah může spočívat v postupu žalovaného při předepisování přeplatku a souvisejícího úroku na osobní daňový účet daňového subjektu za předpokladu, že se tak stane v rozporu s rozhodnutím, které je k evidenčnímu úkonu podkladem. Tento závěr plyne rovněž z judikatury vrcholných soudů, z nichž lze dovodit, že k zásahu ve smyslu § 82 s. ř. s. může dojít i záznamem či evidencí ve fázi placení daní (viz např. nález Ústavního soudu ze dne 23. 11. 2004, sp. zn. II. ÚS 599/02). Přímo ve vztahu k námitce ve smyslu § 159 daňového řádu, kterou daňový subjekt brojí proti nesprávné evidenci daní, se též vyjádřil Nejvyšší správní soud a uvedl, že může představovat nezákonný zásah (viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 7. 2023, č. j. 9 Afs 179/2022-38, nebo ze dne 9. 3. 2016, č. j. 3 Afs 251/2015-34). V tomto posledně jmenovaném rozhodnutí Nejvyšší správní soud uvedl, že „pokud evidence daní pouze odráží stav daňových povinností daňového subjektu vycházejících z rozhodnutí správce daně, pak lze před správními soudy napadnout jedině tato rozhodnutí, nikoli z nich vyplývající stav evidence daní. Pokud je naopak stav evidence daní, jenž se projeví typicky v potvrzení o stavu osobního daňového účtu podle § 151 daňového řádu, v rozporu s takto určenými daňovými povinnostmi daňového subjektu, typicky v důsledku chyb v evidenci či numerických chyb, je možno takový postup správce daně napadnout žalobou jako nezákonný zásah.“ Výše řečené lze vysvětlit jinými slovy tak, že správce daně je povinen vést správnou evidenci a v případě, že zaznamenává chybné údaje, lze uvažovat o možném přímém zásahu do subjektivních veřejných práv daňového subjektu, neboť v takovém případě zůstávají zadržovány finanční prostředky daňového subjektu, se kterými nemůže disponovat.
24. Soud se tedy dále zabýval důvodností žaloby a posuzoval jednotlivé znaky tvrzeného nezákonného zásahu. Pro úplnost lze poznamenat, že námitka žalobkyně úzce souvisí se skutečnostmi z nalézacího řízení, neboť tvrdí, že přeplatek vychází z pravomocně stanovené daně, k čemuž došlo dle přesvědčení žalobkyně konkludentně podle § 140 odst. 1 daňového řádu. Žalobkyně zastává právní názor, že daň byla stanovena dle výše, kterou tvrdila v daňovém přiznání, neboť správce daně z důvodu prekluze řízení zastavil a věcně o dani nerozhodl. Soud se proto zabýval otázkou, zda existoval jakýkoliv právní důvod pro předepsání přeplatku ve výši tvrzené žalobkyní, a to konkrétně, zda existovalo (konkludentní) pravomocné rozhodnutí o stanovení daně. Nezabýval se však s ohledem na předmět řízení zákonností postupu žalovaného v nalézacím řízení, tedy zda samotné zastavení řízení bylo učiněno v souladu se zákonem.
25. Jak vyplývá z výše citované judikatury Nejvyššího správního soudu, žalobkyně je oprávněna bránit se žalobou proti nezákonnému zásahu ze strany správce daně a dožadovat se, aby evidence daní na osobních daňových účtech odpovídala „vstupům“, což jsou typicky rozhodnutí správce daně o vyměření, či doměření daně. Ze správního spisu soud zjistil, že vyměřovací řízení bylo zahájeno podáním řádného daňového přiznání dne 30. 1. 2008 podaným žalobkyní. Správce daně návazně zahájil vytýkací řízení, což vedlo k odepření uplatněného nadměrného odpočtu ve výši tvrzené žalobkyní. Platebním výměrem ze dne 30. 11. 2011, č. j. 240670/11/390912802666, byla vyměřena daňová povinnost, přičemž výměr byl později zrušen rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 12. 2023, č. j. 4 Afs 392/2021-72. Platební výměr zrušil Nejvyšší správní soud z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně a v reakci na to správce daně zastavil vyměřovací řízení podle § 106 odst. 1 písm. e) daňového řádu dne 5. 2. 2024, č. j. 183344/24/3005-52522-709400. Z průběhu daňového řízení, ve kterém byla daň vyměřována, tedy vyplývá, že správce daně daň nevyměřil, pouze zastavil nalézací řízení. Neexistuje tedy žádné pravomocné rozhodnutí o stanovení daně ve výši tvrzené žalobkyní. Do evidence daní se přitom zapisují daňové povinnosti, které jsou výsledkem jiných řízení a pravomocných rozhodnutí správce daně. Žalobkyně v této věci neprokázala, že by pro zápis přeplatku ve výši 10 451 432 Kč na její osobní daňový účet existoval právní důvod. Pokud v této výši správce daně nepředepsal přeplatek na osobní daňový účet žalobkyně, nedopustil se chyby, resp. nezákonného úkonu.
26. Námitka žalobkyně, že došlo ke konkludentnímu stanovení daňové povinnosti podle § 140 daňového řádu, není důvodná. Podle § 140 odst. 1 daňového řádu platí, že „[n]eodchyluje-li se vyměřovaná daň od daně tvrzené daňovým subjektem, správce daně nemusí daňovému subjektu výsledek vyměření oznamovat platebním výměrem; to neplatí, pokud byl zahájen postup k odstranění pochybností nebo byla zahájena daňová kontrola. Platební výměr správce daně založí do spisu.“ Žalobkyně v této souvislosti poukazovala na nález Ústavního soudu ze dne 10. 3. 2011, sp. zn. I. ÚS 3244/09, a na podporu své argumentace z něj dovozovala, že v případě, kdy vytýkací řízení neskončilo stanovením daňové povinnosti z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty, pak je nastolena situace, jako by toto vytýkací řízení vůbec neproběhlo a nic tak nebrání tomu použít za dané procesní situace ustanovení § 46 odst. 5 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků (tedy fikci vyměření podle tvrzení uvedených v daňovém přiznání). Zdejší soud však dospěl k závěru, že výše uvedený nález není v tomto kontextu relevantní. Soud totiž má za prokázané, že fakticky k vydání (konkludentního) platebního výměru nedošlo a neexistuje tedy žádné rozhodnutí, které by mělo sloužit jako podklad pro evidenci daní.
27. Soud přitom vycházel z usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 2. 2025, č. j. 1 Afs 231/2022-44, který se rovněž vyjádřil k aplikovatelnosti nálezu sp. zn. I. ÚS 3244/09 v podmínkách daňového řádu a vyslovil, že závěry tohoto nálezu nelze následovat, neboť daňový řád nezná fikci vyměření daně tak, jak byla konstruovaná v zákoně č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků. Toto pravidlo je založeno na obecném zákonném požadavku, aby daň byla stanovena výhradně v rámci lhůty pro stanovení daně, nikoliv po jejím uplynutí. Tento normativní požadavek soud respektoval a cituje z usnesení jednoznačný závěr, že: „[j]estliže nevyvolá postup k odstranění pochybností žádné účinky a již uplynula lhůta pro stanovení daně dle § 148 d. ř., k vyměření daně vůbec nedochází. Daňový řád neumožňuje vyměření daně automaticky, konkludentně či fikcí“. To znamená, že konstrukce žalobkyně založená na tom, že pokud správce daně již nemá možnost daň vyměřit po uplynutí prekluzivní lhůty, platí fikce vyměření dle údajů uvedených v daňovém přiznání, nemá oporu v daňovém řádu (viz také rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 8. 4. 2022, č. j. 5 Afs 57/2021-31). Pojetí konkludentního vyměření (§ 140 daňového řádu) je zcela odlišné od fikce vyměření (§ 46 odst. 4 a 5 zákona o správě daní a poplatků). Podle daňového řádu se daň vždy (tedy i tehdy, pokud se neodchyluje) vyměřuje rozhodnutím, tj. platebním výměrem, který se zakládá do spisu. Z výše uvedeného je nutno učinit závěr, že předpokladem pro vyměření daně a její záznam do evidence daní je reálné vydání příslušného platebního výměru, aniž by uplynula zákonná prekluzivní lhůta. Není přitom sporu, že finanční orgány v případě žalobkyně platební výměr nevydaly. Přitom i konkludentní platební výměr dle daňového řádu musí být vydán a po uplynutí prekluzivní lhůty již daň v rámci daňového řízení stanovit nelze. Daňový řád totiž neumožňuje, aby byla v takovém případě daň stanovena automaticky, konkludentně či fikcí (srov. znění § 139 odst. 2 a § 140 odst. 1 daňového řádu). Neexistovalo proto žádné rozhodnutí o stanovení daně, které by mohlo být podkladem pro záznam do evidence daní. Žalovaný proto nepochybil, nezapsal-li do evidence daní přeplatek ve výši, která vyplývala z daňového přiznání žalobkyně. Rozšířený senát v rámci posouzení této otázky pak doplnil, že „pokud bude daňovému subjektu v důsledku neukončených kontrolních postupů zastaveno vyměřovací či doměřovací řízení a způsobena újma, spočívající v nevyměření tvrzené daně (zpravidla nadměrného odpočtu na DPH či nižší daně než poslední známá daň), nemá již v oblasti daňového práva prostředky nápravy“. Proto v souladu s tímto názorem se nelze opírat ani o žalobkyní uváděné rozhodnutí druhého senátu Nejvyššího správního soudu, které z výše uvedeného nálezu Ústavního soudu vychází (viz rozsudek ze dne 31. 8. 2016, č. j. 2 As 139/2016-22).
28. Soud navíc poznamenal, že důvodem pro odmítnutí aplikace závěrů z nálezu Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 3244/09 jsou, kromě odlišné konstrukce pro stanovení daně mezi novou a starou právní úpravou, odlišnosti ve skutkovém stavu řešeném v nálezu Ústavního soudu oproti případu žalobkyně. Ústavní soud totiž sice dospěl k závěru, že pokud správce daně nestanoví daň ve lhůtě k tomu určené, nic mu nebrání stanovit daň konkludentně, nicméně vycházel z předpokladu, že vytýkací řízení skončilo po několika letech průtahů správce daně a žádný platební výměr nebyl vydán. Je totiž nutno přihlédnout ke skutečnosti, že vytýkací řízení, které bylo správcem daně zahájeno dne 3. 3. 2008 výzvou k odstranění pochybností, č. j. 70145/08/004513/8686, bylo ukončeno vydáním platebního výměru ze dne 30. 11. 2011. Vytýkací řízení bylo tedy dokončeno. K vydání platebního výměru, který byť byl později zrušen, došlo ve lhůtě pro stanovení daně (o této skutečnosti není mezi stranami sporu). I této odlišnosti přikládá soud jistou váhu a tvrzení žalobkyně, že vytýkací řízení nebylo ukončeno, a proto došlo automaticky ke konkludentnímu vyměření na základě závěrů obsažených v nálezu, je proto o to více nepřesvědčivé. Soud neshledal právně relevantní ani závěry uvedené v žalobkyní odkazovaném usnesení ze dne 6. 11. 2024, sp. zn. IV. ÚS 2836/24. Soud jednak poukazuje na nízkou precedenční váhu usnesení Ústavního soudu. Navíc otázka, kterou v této věci Ústavní soud řešil, spočívala v posouzení, zda správce daně může řízení zastavit bez vyměření daně, pokud daňový subjekt podá dodatečné daňové přiznání těsně před uplynutím lhůty pro stanovení daně a správce daně nemá prostor daň vyměřit. Závěry nálezu sp. zn. I. ÚS 3244/09, na které se stěžovatelka odvolávala, nebyly podle Ústavního soudu použitelné, neboť se týkaly jiné právní otázky spojené s průtahy správce daně. Zdejší soud též považoval za rozhodující specifičnost případu, který je řešen v nálezu sp. zn. I. ÚS 3244/09, kdy hlavním důvodem pro dané právní závěry byly zejména průtahy na straně správce daně a nevydání platebního výměru. Nepřípadný je též odkaz žalobkyně na rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 8. 2016, č. j. 2 As 139/2016-22, neboť z něj nikterak nevyplývá, že by pozdější zrušení platebního výměru soudem samo o sobě znamenalo konkludentní stanovení daně podle § 140 odst. 1 daňového řádu.
VI. Závěr a náklady řízení
29. Soud tedy shledal námitky žalobkyně neopodstatněnými a dospěl k závěru, že k nezákonnému zásahu ze strany žalovaného nedošlo, neboť nebyla splněna podmínka č. 3 (nezákonnost úkonu správního orgánu). Jelikož v řízení nevyšly najevo ani žádné vady, k nimž musí soud přihlížet z úřední povinnosti, zamítl žalobu jako nedůvodnou podle § 87 odst. 3 s. ř. s.
30. O náhradě nákladů řízení soud rozhodl na základě § 60 odst. 1 s. ř. s., podle něhož nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Žalobkyně ve věci úspěch neměla (žaloba byla jako nedůvodná zamítnuta), a nemá proto právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému správnímu orgánu, kterému by jinak jakožto úspěšnému účastníku řízení právo na náhradu nákladů řízení příslušelo, náklady řízení nad rámec jeho běžné administrativní činnosti nevznikly.
Poučení:
Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.
Brno 13. listopadu 2025
Zuzana Bystřická v.r.
předsedkyně senátu
