3 Af 3/2024 - 62 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	3 Af 3/2024 - 62
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	20. 5. 2025
Kategorie:	Daň z přidané hodnoty

Celé znění judikátu:

žalobkyně: PP Racing Cross s.r.o., IČO 09013059,

sídlem Školská 689/20 110 00 Praha 1,

proti
žalovanému: Odvolací finanční ředitelství,

sídlem Masarykova 421/31, 602 00 Brno,

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 4. 2024, č. j. 11193/24/5300-22441-711776,

takto:

Rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 4. 2024, č. j. 11193/24/5300-22441-711776, se ruší v částech výroku, jimiž žalovaný změnil výši vyměřeného penále ve výrocích platebního výměru ze dne 24. 5. 2023, č. j. 4995039/23/2001-52524-103305, platebního výměru ze dne 24. 5. 2023, č. j. 4995324/23/2001-52524-103305, a platebního výměru ze dne 24. 5. 2023, č. j. 4995402/23/2001-52524-103305, a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
Rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 4. 2024, č. j. 11193/24/5300-22441-711776, se potvrzuje v částech výroku, kterými žalovaný ponechal beze změny platební výměr ze dne 24. 5. 2023, č. j. 4995324/23/2001-52524-103305, a platební výměr ze dne 24. 5. 2023, č. j. 4995402/23/2001-52524-103305, a dále v částech výroku, kterými žalovaný změnil ty části výroku platebního výměru ze dne 24. 5. 2023, č. j. 4995039/23/2001-52524-103305, jež se týkají výše doměřené daně a jejího výpočtu.

Žádný z účastníků řízení nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

I. Vymezení věci

Žalobkyně se u Městského soudu v Praze domáhala zrušení v záhlaví označeného rozhodnutí (dále jen „napadené rozhodnutí“), kterým žalovaný rozhodl o odvoláních proti třem dodatečným platebním výměrům na daň z přidané hodnoty (dále též „DPH“ či „daň“) Finančního úřadu pro hlavní město Prahu (dále též „správce daně“), a sice:

- platebnímu výměru ze dne 24. 5. 2023, č. j. 4995039/23/2001-52524-103305, za zdaňovací období květen 2021, kterým byla doměřena DPH ve výši 313.978 Kč a uložena povinnost uhradit penále ve výši 62.796 Kč (dále jen „platební výměr 1“),

- platebnímu výměru ze dne 24. 5. 2023, č. j. 4995324/23/2001-52524-103305, za zdaňovací období červen 2021, kterým byla doměřena DPH ve výši 380.573 Kč a uložena povinnost uhradit penále ve výši 76.115 Kč (dále jen „platební výměr 2“),

- platebnímu výměru ze dne 24. 5. 2023, č. j. 4995402/23/2001-52524-103305, za zdaňovací období červenec 2021, kterým byla doměřena DPH ve výši 395.589 Kč a uložena povinnost uhradit penále ve výši 79.118 Kč (dále jen „platební výměr 3“); (společně dále jen „platební výměry“).

Žalovaný změnil platební výměr 1 tak, že snížil doměřenou DPH na částku ve výši 311.609 Kč a penále na 8.896 Kč a změnil hodnoty v rámci výpočtu nároku na odpočet daně v části IV. a hodnoty v rámci výpočtu daně v části VI. Platební výměr 2 změnil žalovaný tak, že snížil vyměřené penále na částku ve výši 5.626 Kč. V platebním výměru 3 pak žalovaný snížil vyměřené penále na 12.771 Kč. Ve zbytku platební výměry potvrdil.

Ze spisového materiálu vyplývá, že dne 12. 2. 2022 bylo žalobkyni doručeno oznámení o zahájení daňové kontroly č. j. 154570/22/2801-60563-604913 vydané Finančním úřadem pro Pardubický kraj (dále jen „dožádaný správce daně“), čímž byla v souladu s ust. § 87 odst. 1 zákona č. 80/2009 Sb., daňový řád (dále jen „daňový řád“), zahájena daňová kontrola na DPH za zdaňovací období květen až červenec 2021.
Dožádaný správce daně po provedené daňové kontrole dospěl k závěru, že u části přijatých zdanitelných plnění, které žalobkyně vykázala v podaných kontrolních hlášeních a následně v daňových přiznáních k DPH, žalobkyně neunesla své primární důkazní břemeno, když nepředložila daňové doklady se všemi náležitostmi dle ust. § 73 odst. 1 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty (dále jen „zákon o DPH“). Dožádaný správce daně dále došel k závěru, že žalobkyně u části přijatých zdanitelných plnění od různých dodavatelů (zejm. nákupy pohonných hmot, oblečení a náhradních dílů pro vozidla) vykázaných v kontrolních hlášeních a následně v daňových přiznáních neprokázala, že tato plnění využila v rámci své ekonomické činnosti ve smyslu ust. § 72 odst. 1 zákona o DPH. Na základě těchto závěrů dožádaný správce daně vyloučil nárok na odpočet daně z veškerých přijatých zdanitelných plnění vykázaných na řádku 40 daňových přiznání k DPH za předmětná zdaňovací období a doměřil žalobkyni daň v úhrnné výši 1.090.140 Kč.
Na základě výsledku daňové kontroly popsaném ve zprávě o daňové kontrole č. j. 1064878/ 23/2801-60563-609744, vydal Finanční úřad pro hlavní město Prahu jakožto místně příslušný správce daně výše označené platební výměry.
Žalobkyně se proti platebním výměrům odvolala, neboť byla toho názoru, že dožádaný správce daně postupoval v rozporu s ust. § 145 odst. 2 daňového řádu, když ji před zahájením daňové kontroly nevyzval k podání dodatečných daňových přiznání k DPH. Žalobkyně ve svém odvolání rovněž namítala, že výzva k prokázání skutečností č. j. 1528278/22/2801-60563-604913 byla vydána v rozporu s daňovým řádem a s nálezem Ústavního soudu č. j. I ÚS 705/06 ze dne 1. 12. 2008.

II. Napadené rozhodnutí

Žalovaný v napadeném rozhodnutí konstatoval, že dožádaný správce daně postupoval správně, když žalobkyni vyloučil jí uplatněný nárok na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění vykázaných v daňových přiznání k DPH. Žalobkyně totiž v průběhu daňové kontroly ani v rámci odvolacího řízení nepředložila daňové doklady k přijatým zdanitelným plněním vykázaným v oddíle B3 kontrolních hlášení, ze kterých si uplatnila nárok na odpočet daně na řádku 40 daňových přiznání k DPH. Nesplnila tedy formální podmínku pro uplatnění nároku na odpočet daně z těchto plnění stanovenou v § 73 odst. 1 písm. a) zákona o DPH, dle kterého musí mít plátce k prokázání nároku na odpočet daně daňový doklad se všemi zákonem předepsanými náležitostmi dle ust. § 26 a násl. zákona o DPH. Žalobkyně v průběhu daňové kontroly nepředložila evidence pro daňové účely vedené za předmětná zdaňovací období dle ust. § 100 ZDPH či jakékoli jiné důkazní prostředky. Ze strany žalobkyně tedy nebyla oprávněnost uplatněného nároku na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění prokázána ani jiným způsobem ve smyslu ust. § 73 odst. 5 zákona o DPH.
Žalovaný však shledal, že žalobkyně využila přijaté zdanitelné plnění od společnosti Mxgrafixcz s.r.o. v rámci své ekonomické činnosti ve smyslu ust. § 72 odst. 1 zákona o DPH, neboť ve smyslu judikatury Soudního dvora Evropské unie a Nejvyššího správního soudu (dále též „NSS“) existuje přímá a bezprostřední souvislost mezi konkrétním plněním na vstupu (přijaté zdanitelné plnění od společnosti Mxgrafixcz s.r.o.) a jedním nebo několika plněními na výstupu (reklamní služby poskytované jednotlivým odběratelům odvolatele), jež zakládají nárok na odpočet. Z tohoto důvodu žalovaný žalobkyni přiznal nárok na odpočet daně z přijatého zdanitelného plnění od společnosti Mxgrafixcz s.r.o. ve výši 2.369,01 Kč ze základu daně ve výši 11.280,99 Kč uplatněný ve zdaňovacím období květen 2021 a v tomto ohledu změnil výrok platebního výměru 1.
Dále žalovaný uvedl, že žalobkyně při ústním jednání konaném dne 12. 04. 2022 předložila daňové doklady za dodání oblečení pro závodní jezdce a za dodání náhradních dílů pro vozidla a zjednodušené daňové doklady vztahující se k nákupům náhradních dílů pro motocykly, jízdní kola a automobily a k nákupům pohonných hmot. Předložením těchto daňových dokladů byla splněna formální podmínka pro přiznání uplatněného nároku na odpočet daně, čímž žalobkyně unesla své primární důkazní břemeno vyplývající z ust. § 73 odst. 1 zákona o DPH. Přesto žalovaný došel k závěru, že nárok na odpočet daně z nákupů oblečení pro motokros, náhradních dílů a pohonných hmot od různých dodavatelů uplatněný v daňových přiznáních žalobkyni nenáleží. Zákon o DPH totiž nestojí jen na formálním vykázání zdanitelného plnění, ale na souladu faktického stavu se stavem formálním. Žalobkyně však neprokázala, že oblečení pro motokros, náhradní díly a pohonné hmoty deklarované na sporných daňových dokladech skutečně přijala a v plné výši využila v rámci své ekonomické činnosti ve smyslu ust. § 72 odst. 1 zákona o DPH. Dle zjištění žalovaného předmětná plnění nebyla spotřebována žalobkyní, nýbrž osobami, které s ní nebyly v žádném smluvním vztahu, a nesloužila k provozu majetku žalobkyně. Zjednodušené daňové doklady vztahující se k nákupům benzínu navíc podle žalovaného nasvědčovaly tomu, že se zcela či z velké části vůbec nejednalo o nákupy benzínu fakticky realizované žalobkyní, resp. jednotlivými závodními jezdci, nýbrž jinými neznámými osobami.
Žalovaný konstatoval, že správce daně pochybil, když žalobkyni na základě výsledků daňové kontroly stanovil penále z části doměřené daně ve výši 267.129 Kč (květen 2021), 352.445 Kč (červen 2021) a 331.734 Kč (červenec 2021), neboť byl povinen před zahájením daňové kontroly vydat výzvy k podání dodatečných daňových přiznání k DPH za předmětná zdaňovací období podle ust. § 145 odst. 2 daňového řádu. Z tohoto důvodu žalovaný změnil výroky platebních výměrů tak, že penále bylo stanoveno pouze z doměřené daně ve výši 44.480 Kč (vypočtené tak, že od doměřené daně za květen 2021 ve výši 313.978 Kč byla odečtena částka, u které existoval důvodný předpoklad doměření daně za toto období, ve výši 267.129 Kč a přiznaný nárok na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění od společnosti Mxgrafixcz s.r.o. ve výši 2.369 Kč), z doměřené daně ve výši 28.128 Kč (tj. doměřená daň za červen 2021 ve výši 380.573 Kč, od níž byla odečtena částka, u které existoval důvodný předpoklad doměření daně za toto období, ve výši 352.445 Kč) a z doměřené daně ve výši 63.855 Kč (tj. doměřená daň za červenec 2021 ve výši 395.589 Kč, od níž byla odečtena částka, u které existoval důvodný předpoklad doměření daně za toto období, ve výši 331.734 Kč). Jedná se o hodnotu plnění vykázaných žalobkyní v oddílu B2 kontrolních hlášení, u kterých správce daně před zahájením daňové kontroly nedisponoval důkazními prostředky vedoucími k důvodnému předpokladu o doměření daně, a nebyl tedy povinen v této věci vydat výzvu dle ust. § 145 odst. 2 daňového řádu.
S obecně formulovanou odvolací námitkou, že výzva k prokázání skutečností č. j. 1528278/22/2801-60563-604913 byla vydána v rozporu s daňovým řádem a s nálezem Ústavního soudu č. j. I ÚS 705/06 ze dne 1. 12. 2008, se žalovaný neztotožnil.

III. Žaloba

V jediném žalobním bodu žalobkyně namítá, že žalovaný měl vyhovět odvolání v plném rozsahu, a nikoli pouze změnit platební výměry v částech, jimiž bylo stanoveno penále z doměřené daně. Podle názoru žalobkyně byla nezákonně vyměřena rovněž samotná daň, neboť byla stanovena na základě nezákonně provedené daňové kontroly.
Žalobkyně upozorňuje na to, že dne 27. 1. 2021 vydal správce daně zajišťovací příkazy č. j. 669007/22/2001-80541-111527, č. j. 669545/22/2001-80541-111527 a č. j. 669866/22/2001-80541-111527, jejichž předmětem bylo zajištění dosud nestanovené DPH za předmětná zdaňovací období. Správce daně tedy již před zahájením daňové kontroly zjevně disponoval důkazními prostředky, které odůvodňovaly předpoklad budoucího doměření daně. Na základě této skutečnosti byl správce daně povinen vyzvat žalobkyni k podání dodatečných daňových přiznání k DPH, což však neučinil a rovnou zahájil daňovou kontrolu, čímž zatížil svůj postup procesní vadou. V důsledku toho dospěl k chybnému výsledku daňové kontroly.
Žalobkyně na podporu své argumentace odkazuje na soudní judikaturu. Podle rozsudku NSS ze dne 6. 5. 2015, č. j. 2 Afs 209/2014-23 „Jestliže správce daně nevyzve daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení, a namísto toho zahájí daňovou kontrolu bez předchozího vyloučení způsobilosti případného dodatečného daňového tvrzení pro doměření daně, dojde tím k nerespektování zásady přiměřenosti a zásady zdrženlivosti při správě daní. Takto zahájenou daňovou kontrolu je pak nutno považovat za nezákonně zahájenou, přičemž jednotlivé úkony prováděné daňové kontroly i její celek nutně představují nezákonný zásah do práv daňového subjektu.”
Žalobkyně dále cituje z usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014-55, č. 3566/2017 Sb. NSS, podle něhož daňový řád zakotvuje „jistou hierarchii postupů správce daně. Její základní logikou je postupné posilování vrchnostenské stránky správy daní a oslabování její ‚dialogické‘ či kooperativní stránky. Jinak řečeno, daňový subjekt má zásadně napravit svoji chybu, jež jde k tíži fisku, sám. Pokud to neudělá a správce daně jinak než daňovou kontrolou, tedy jinak než uplatněním nejsilnějšího a nejkomplexnějšího kontrolního postupu, jejž má k dispozici, zjistí, že daň má být vyšší, než jak bylo posledně stanoveno, má správce daně dát daňovému subjektu prostor k nápravě.“ Z toho plyne závěr, že pokud se „správce daně jinak než na základě daňové kontroly (zejména z poznatků při správě jiných daní, z informací od jiných orgánů či soukromých subjektů či z vlastní vyhledávací činnosti) dozví o skutečnostech či důkazech nasvědčujících tomu, že by daňovému subjektu měla být určitá daň doměřena, je zásadně povinen daňový subjekt o tom zpravit a vyzvat jej k podání dodatečného daňového tvrzení.“. Rozšířený senát v citovaném usnesení taktéž dovodil, že ve výjimečných případech může správce daně za splnění podmínek § 145 odst. 2 daňového řádu výzvu nevydat a přistoupit rovnou k daňové kontrole. V nyní projednávané věci se však podle mínění žalobkyně nejednalo o takový výjimečný případ, neboť se nijak nesnažila zmařit správné stanovení daně a ani Policie ČR v rámci trestního řízení neshledala, že by žalobkyně spáchala trestný čin.

IV. Vyjádření žalovaného k obsahu žaloby

Žalovaný navrhl, aby Městský soud v Praze žalobu zamítl jako nedůvodnou, neboť je toho názoru, že napadené rozhodnutí bylo vydáno v souladu se zákonem.
Žalovaný upozornil na to, že z formulace žaloby vyplývá, že jedinou otázkou, kterou žalobkyně činí spornou, je, zda je daň doměřená na základě daňové kontroly zahájené bez předchozí výzvy k podání dodatečného daňového přiznání rovněž nezákonná.
Žalovaný žalobkyni přisvědčil, že dožádaný správce daně ji byl povinen vyzvat k podání dodatečných daňových přiznání k DPH za předmětná zdaňovací období, což však neučinil a namísto toho rovnou zahájil daňovou kontrolu. Z tohoto důvodu také žalovaný platební výměry změnil ve prospěch žalobkyně. Žalovaný však nesouhlasí s právním názorem žalobkyně na to, jaké důsledky nevydání výzvy k podání dodatečného daňového přiznání má.
Žalovaný poukázal na novelizované ustanovení § 87 odst. 4 daňového řádu, dle něhož „dojde-li k zahájení daňové kontroly bez předchozí výzvy k podání daňového tvrzení, ačkoli byl naplněn důvod pro vydání této výzvy, nemá tato skutečnost vliv na účinky tohoto zahájení. Daňovému subjektu však nevzniká povinnost uhradit penále z částky daně stanovené na základě takto zahájené daňové kontroly“. Důvodová zpráva k tomuto ustanovení uvádí, že „z důvodu právní jistoty je explicitně zmíněn důsledek situace, kdy daňová kontrola bude zahájena, aniž by správce daně vydal výzvu k podání daňového tvrzení, ačkoli došlo k naplnění podmínky pro její vydání stanovené v § 145 daňového řádu. Závěr o tom, že tato podmínka nebyla naplněna, přitom nemusí být zřejmý ihned, ale může vzejít až z následného přezkumu postupu správce daně. Důsledkem takového pochybení nemůže být zpochybnění účinků zahájení daňové kontroly (včetně přerušení běhu lhůty pro stanovení daně), a tedy ani její nezákonnost a nepoužitelnost provedených důkazních prostředků. Skutečnost, že daňový subjekt byl nesprávným postupem správce daně připraven o možnost napravit své pochybení dobrovolně a předejít tak vzniku penále podle § 251 daňového řádu, je kompenzována tím, že bude ze zákona vyloučen vznik povinnosti uhradit penále. Liberace z povinnosti hradit penále se týká celého penále doměřeného na základě daňové kontroly“.
Závěry vyplývající z usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu č. j. 1 Afs 183/2014-55 byly sice dovozeny před novelizací § 87 odst. 4 daňového řádu, jsou však podle názoru žalovaného nadále použitelné v tom smyslu, že za situace, kdy existuje důvodný předpoklad, že daň bude doměřena, je třeba upřednostnit postup podle § 145 odst. 2 daňového řádu. Podle výše citované důvodové zprávy je smyslem § 87 odst. 4 daňového řádu právní jistota týkající se následků daňové kontroly v případě pochybení správce daně, který by nepostupoval podle § 145 odst. 2 daňového řádu. Takovéto pochybení se pak promítá ve skutečnosti, že daňovému subjektu nevzniká povinnost uhradit penále z částky daně stanovené na základě takto nesprávně zahájené daňové kontroly.
Na podporu svého názoru žalovaný odkázal na rozsudek Krajského soudu v Ostravě – pobočka v Olomouci ze dne 23. 4. 2024, č. j. 65 A 90/2023-71, a dále na rozsudky NSS ze dne 10. 10. 2018, č. j. 6 Afs 61/2018-30 (dále též „rozsudek QUATROSYSTEM“), a rozsudek ze dne 26. 2. 2020, č. j. 10 Afs 268/2019-53. Žalovaný upozorňuje, že Nejvyšší správní soud vyslovil, že v některých případech lze skutečnosti zjištěné v rámci daňové kontroly, byť byla zahájena či vedena v rozporu se zákonem, později použít za účelem vydání platebního výměru, tzn. rozhodnutí ve věci samé. Podle rozsudku QATROSYSTEM je chybějící výzva dle § 145 odst. 2 daňového řádu závažnou procesní vadou, avšak ne takovou, která bez dalšího odůvodňuje zrušení rozhodnutí správního orgánu. Obecně platí, že vada řízení neohrozila zákonnost napadeného rozhodnutí, jestliže lze dovodit, že výrok rozhodnutí by byl stejný, i pokud by k vadě nedošlo. Procesní pochybení může mít alespoň teoretický vliv na přezkoumávané rozhodnutí tehdy, existuje-li vztah mezi pochybením a výsledkem řízení. V rozsudku QUATROSYSTEM rozdělil NSS posouzení vlivu chybějící výzvy dle § 145 odst. 2 daňového řádu na zákonnost rozhodnutí o stanovení daně na dvě otázky: 1) zda tato vada měla vliv na zákonnost samotného doměření daňové povinnosti a 2) zda měla vliv na předepsání penále. Na tyto závěry potom NSS navázal i v dalších rozsudcích, zejm. v rozsudku ze dne 10. 4. 2019, č. j. 9 Afs 364/2018-76, č. 3888/2019 Sb. NSS, ze dne 31. 10. 2018, č. j. 6 Afs 386/2017-56, a ze dne 9. 11. 2023, č. j. 3 Afs 120/2022-36.
Žalovaný má za to, že uvedenou judikaturou byly překonány závěry NSS z žalobkyní citovaného rozsudku ze dne 6. 5. 2015, č. j. 2 Afs 209/2014-23, ohledně nezákonnosti celé daňové kontroly a jednotlivých úkonů prováděných v rámci daňové kontroly.
K zákonnosti doměření daňové povinnosti v nyní řešené věci žalovaný uvedl, že jakkoli měl dožádaný správce daně žalobkyni nejprve vyzvat, aby podala dodatečné daňové tvrzení, tato vada nijak nemění skutkové a právní závěry ohledně samotné daňové povinnosti. Žalobkyně totiž ani poté, co byla dožádaným správcem daně vyzvána k prokázání splnění podmínek pro uplatnění nároku na odpočet daně dle ust. § 73 odst. 1 zákona o DPH, nepředložila daňové doklady k vykázaným přijatým zdanitelným plněním ani žádné jiné důkazní prostředky dokládající oprávněnost nároku na odpočet daně z těchto plnění. Nesplnila tedy formální podmínku pro uplatnění nároku na odpočet daně z těchto plnění zakotvenou v § 73 odst. 1 písm. a) zákona o DPH a neprokázala oprávněnost uplatněného nároku na odpočet daně z předmětných přijatých zdanitelných plnění ani jiným způsobem ve smyslu ust. § 73 odst. 5 zákona o DPH.
Ve vztahu k plněním, k nimž žalobkyně daňové doklady předložila (oblečení pro motokros, náhradní díly a pohonné hmoty), pak žalobkyně neprokázala, že tato skutečně přijala a v plné výši je využila v rámci své ekonomické činnosti (vyjma plnění od společnosti Mxgrafixcz s.r.o., v souvislosti s nímž žalovaný změnil platební výměr 1). Žalobní námitku, že pochybení správce daně mohlo žalobkyni poškodit i ve vztahu ke stanovené dani, a že je tedy samotné doměření daně rovněž nezákonné, tak žalovaný pokládá za nedůvodnou.
Pokud jde o povinnost zaplacení daňového penále, žalovaný uvedl, že v tomto ohledu je podstatné, zda správce daně nejdříve dle § 145 odst. 2 daňového řádu vyzval žalobkyni k podání dodatečného daňového tvrzení, nebo zda rovnou zahájil daňovou kontrolu. Vzhledem k tomu, že správce daně disponoval důkazními prostředky vedoucími k důvodnému předpokladu o doměření daně, byl povinen vyzvat žalobkyni k podání dodatečných daňových přiznání k DPH za předmětná zdaňovací období. Skutečnost, že tak neučinil, nezakládá nezákonnost daňové kontroly na DPH, nýbrž toliko vyústila v nestanovení penále z částek, které byly předmětem zajištění daně. V daném případě totiž nebylo možné vyloučit, že pokud by správce daně postupoval v souladu s § 145 odst. 2 daňového řádu a žalobkyně by podala dodatečné daňové tvrzení, povinnost platit penále by jí nevznikla. Toto žalovaný konstatoval již v žalobou napadeném rozhodnutí.

V. Soudní přezkum

Soud předesílá, že o právě projednávané věci již jednou rozhodl rozsudkem ze dne 19. 11. 2024, č. j. 3 Af 3/2024-36, tak, že napadené rozhodnutí zrušil a uložil žalovanému povinnost nahradit žalobkyni náklady řízení. Tento rozsudek byl však ke kasační stížnosti žalovaného zrušen rozsudkem NSS ze dne 3. 4. 2025, č. j. 7 Afs 315/2024-28, pro nepřezkoumatelnost. Nejvyšší správní soud městskému soudu vytkl, že neobjasnil, proč zrušil celé napadené rozhodnutí, ačkoli se ztotožnil pouze s žalobní argumentací týkající se nezákonnosti vyměřeného penále, respektive neodůvodnil, proč nebylo možné oddělit a zrušit pouze odpovídající část výroku napadeného rozhodnutí. Rozhodnutím Nejvyššího správního soudu je zdejší soud vázán (§ 110 odst. 4 s. ř. s), a proto věc znovu posoudil s ohledem na právní názor vyslovený ve zrušujícím rozsudku.
Městský soud v Praze (dále též „soud“) rozhodl bez nařízení jednání podle § 51 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“), neboť žalobkyně ani žalovaný s takovým projednáním věci ve stanovené lhůtě nevyjádřili nesouhlas (výzva byla doručena žalobkyni dne 4. 5. 2025 a žalovanému dne 23. 4. 2025). Soud přezkoumal žalobou napadené rozhodnutí v rozsahu uplatněných žalobních bodů, kterými je vázán (§ 75 odst. 2 věta první s. ř. s.), a vycházel přitom ze skutkového i právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 odst. 1 s. ř. s.). Dospěl přitom k závěru, že žaloba je částečně důvodná.
Soud se v prvé řadě zabýval otázkou nepřezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí, k níž je povinen přihlížet z úřední povinnosti.
Nepřezkoumatelnost správního rozhodnutí může dle § 76 odst. 1 písm. a) s. ř. s. spočívat v nesrozumitelnosti nebo nedostatku důvodů rozhodnutí, přičemž nepřezkoumatelnost rozhodnutí správního orgánu pro nesrozumitelnost předchází případné nepřezkoumatelnosti pro nedostatek jeho důvodů, neboť důvody rozhodnutí lze zkoumat toliko u rozhodnutí srozumitelných (srov. rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 11. 4. 2006, č. j. 31Ca 39/2005-70, č. 1282/2007 Sb. NSS). Rozhodnutí nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů je potom takové, z jehož odůvodnění není seznatelné, proč správní orgán považuje námitky účastníka za liché, mylné nebo vyvrácené, které skutečnosti vzal za podklad svého rozhodnutí, proč považuje skutečnosti tvrzené účastníkem za nerozhodné, nesprávné nebo jinými řádně provedenými důkazy vyvrácené, podle které právní normy rozhodl a jakými úvahami se řídil při hodnocení důkazů. Rozhodnutí, jehož odůvodnění obsahuje toliko obecný odkaz na to, že napadené rozhodnutí bylo přezkoumáno a jeho důvody shledány správnými, je nepřezkoumatelné, neboť důvody, o něž se výrok opírá, zcela chybějí (viz rozsudek Vrchního soudu v Praze ze dne 26. 2. 1993, č. j. 6A 48/92-23).
K uvedenému soud doplňuje, že zrušení správního rozhodnutí pro nepřezkoumatelnost je vyhrazeno těm nejzávažnějším vadám správních rozhodnutí, kdy pro absenci důvodů či pro nesrozumitelnost skutečně nelze správní rozhodnutí meritorně přezkoumat (srov. usnesení rozšířeného senátu NSS č. j. 7 Afs 212/2006-76 ze dne 19. 2. 2008). Na odůvodnění rozhodnutí správních orgánů nelze klást nepřiměřeně vysoké požadavky. Není přípustné institut nepřezkoumatelnosti rozšiřovat a vztáhnout jej i na případy, kdy se například správní orgán podstatou námitky účastníka řízení řádně zabývá a vysvětlí, proč nepovažuje argumentaci účastníka za správnou, byť výslovně v odůvodnění rozhodnutí nereaguje na všechny myslitelné aspekty vznesené námitky a dopustí se dílčího nedostatku odůvodnění (viz například rozsudek NSS ze dne 17. 1. 2013, č. j. 1 Afs 92/2012-45, bod 28).
Při přezkumu žalobou napadeného rozhodnutí došel soud k závěru, že rozhodnutí není stiženo vadou nepřezkoumatelnosti, neboť žalovaný srozumitelně a dostatečně podrobně popsal, které skutečnosti vzal za podklad svého rozhodnutí, proč nepovažuje odvolací námitky za důvodné, podle kterých právních norem rozhodl a jakými úvahami se přitom řídil.
Při věcném posouzení soud vyšel z této právní úpravy:
Podle ust. § 145 odst. 2 daňového řádu pokud lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, může správce daně vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení a stanovit náhradní lhůtu. Nevyhoví-li daňový subjekt této výzvě ve stanovené lhůtě, může správce daně doměřit daň podle pomůcek.
Podle ust. § 87 odst. 4 daňového řádu dojde-li k zahájení daňové kontroly bez předchozí výzvy k podání daňového tvrzení, ačkoli byl naplněn důvod pro vydání této výzvy, nemá tato skutečnost vliv na účinky tohoto zahájení. Daňovému subjektu nevzniká povinnost uhradit penále z částky daně stanovené na základě takto zahájené daňové kontroly.
Úvodem považuje soud za vhodné postavit najisto, že mezi účastníky řízení není sporné, že dožádaný správce daně pochybil, když zahájil daňovou kontrolu, aniž by předtím vyzval žalobkyni k podání dodatečných daňových přiznání k DPH, ačkoli z vlastní činnosti zjistil skutečnosti, které odůvodňovaly předpoklad doměření daně a umožňovaly mu výzvu zformulovat. Žalovaný porušení § 145 odst. 2 daňového řádu ze strany správce daně uznal a reflektoval ho již v napadeném rozhodnutí zejm. tím, že snížil vyměřené penále o penále z částek, které byly předmětem zajištění daně.
V nyní projednávané věci se však liší se náhled účastníků řízení na to, zda a v jakém rozsahu procesní pochybení ovlivnilo zákonnost platebních výměrů a následně napadeného rozhodnutí. Soud se tedy zabýval právní otázkou, zda v důsledku chybného postupu dožádaného správce daně bylo třeba považovat za nezákonné jak doměřenou daň, tak vyměřené penále.
Jak správně upozornil žalovaný, judikatura, kterou ve své žalobě cituje žalobkyně a podle níž bylo třeba v případě nedodržení postupu dle § 145 odst. 2 daňového řádu považovat celou daňovou kontrolu včetně jejích výstupů za nezákonnou, byla překonána, jinými slovy pozdější soudní judikatura ji rozvinula v tom smyslu, že ačkoli chybějící výzva dle § 145 odst. 2 daňového řádu je závažnou procesní vadou, neodůvodňuje zrušení rozhodnutí správního orgánu bez dalšího.
Jak uvedl Nejvyšší správní soud např. v rozsudku ze dne 10. 10. 2018, č. j. 6 Afs 61/2018-30, ne každé procesní pochybení odůvodňuje zrušení rozhodnutí správního orgánu. Je tedy třeba vždy zvažovat, zda dané procesní pochybení dosáhlo takové intenzity, aby odůvodnilo zrušení napadeného rozhodnutí.
V rozsudku ze dne 10. 10. 2018, č. j. 6 Afs 61/2018-30 Nejvyšší správní soud dále vyslovil: „Obecně platí, že vada řízení neohrozila meritorní zákonnost napadeného rozhodnutí, jestliže lze dovodit, že výrok rozhodnutí by byl stejný, i kdyby k vadě řízení nedošlo (viz např. rozsudek Krajského soudu v Ostravě ze dne 21. 2. 2001, sp. zn. 22 Ca 473/2000). Procesní pochybení může mít alespoň teoretický vliv na přezkoumávané rozhodnutí tehdy, existuje-li souvztažnost mezi ním a osobami či právy, o kterých je rozhodováno, a to v přímé návaznosti na předmět řízení. Posouzení vlivu této vady na zákonnost napadeného rozhodnutí je přitom nutné rozdělit na dvě otázky i – zaprvé, zda tato vada měla vliv na zákonnost samotného doměření daňové povinnosti žalobci, a zadruhé, zda měla vliv na předepsání penále.“. V citovaném rozsudku Nejvyšší správní soud konstatoval, že postup správce daně, jakkoli chybný, neměl vliv na zákonnost závěrů o doměření daně. Ve vztahu k povinnosti hradit daňové penále však podle NSS má podstatný význam, zda bylo postupováno v souladu s ust. § 145 odst. 2 daňového řádu a následně bylo podáno dodatečné daňové přiznání, nebo zda bylo přistoupeno k zahájení daňové kontroly. Pokud je totiž daň doměřována na základě dodatečného daňového přiznání, nevzniká povinnost uhradit penále z částky, která je v něm uvedena.
Na toto rozhodnutí navázal Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 28. 11. 2018, č. j. 10 Afs 149/2018-59, v němž mj. uvedl: „Z usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 16. 11. 2016, čj. 1 Afs 183/2014-56, č. 3566/2017 Sb. NSS, totiž vyplývá, že soudní ochrana proti daňové kontrole (rozuměj: prostřednictvím zásahové žaloby) směřuje k tomu, aby zajistila, že správce daně uplatní své pravomoci v souladu se zákonem; naopak neposkytuje ochranu před výsledkem kontroly, tedy před kontrolními zjištěními. Žalovaný proto musel podrobit dodatečné platební výměry samostatnému přezkumu a nemohl odvolání mechanicky vyhovět „jen“ proto, že daňová kontrola, na jejímž základě byly vydány, proběhla nezákonně.“
V obdobném smyslu se Nejvyšší správní soud vyjádřil také např. v rozsudcích ze dne 31. 10. 2018, č. j. 6 Afs 386/2017-56, ze dne 10. 4. 2019, č. j. 9 Afs 364/2018-76, 10 Afs 268/2019-53 nebo ze dne 9. 11. 2023, č. j. 3 Afs 120/2022-36.
Na judikaturní závěry, že absence výzvy podle § 145 odst. 2 daňového řádu sama o sobě (bez dalšího) nezpůsobuje nezákonnost daňové kontroly a rozhodnutí o doměření daně, reagovala novela daňového řádu, která od 1. 1. 2021 zavedla pravidlo obsažené v § 87 odst. 4, že i přes toto pochybení správce daně bude daňová kontrola považována za zákonnou. Neupřednostnění výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení se však bude promítat v nepředepsání penále, popř. též ve snazším naplnění podmínek pro prominutí příslušenství daně (srov. ROZEHNAL, T. Daňový řád: Praktický komentář. [Systém ASPI]. Wolters Kluwer [cit. 2024-11-14]. ASPI_ID KO280_p12009CZ. Dostupné z: www.aspi.cz. ISSN 2336-517X.).
V souladu s právní úpravou účinnou v době vydání platebních výměrů a rozhodnutí žalovaného soud konstatuje, že daňovou kontrolu, která byla zahájena bez předchozího vydání výzvy k podání dodatečných daňových přiznání k DPH, nelze považovat za nezákonnou.
Pokud jde o vliv procesního pochybení dožádaného správce daně na zákonnost doměřené daně, v tomto ohledu musel soud přisvědčit žalovanému, že ani doměřenou daň nelze automaticky považovat za nezákonnou.
Žalobkyně svou žalobu formulovala značně obecně, když pouze namítala, že žalovaný měl vyhovět odvolání v plném rozsahu, neboť na základě nezákonně provedené daňové kontroly správce daně dospěl k chybnému výsledku a nezákonně bylo vyměřeno nejen penále, ale především samotná daň. Soud připomíná, že pro řízení, jehož předmětem je soudní přezkum správního rozhodnutí, platí dispoziční zásada [§ 71 odst. 1 písm. d) a § 75 odst. 2 věta prvá s. ř. s.], a proto obsah a kvalita žaloby v podstatě předurčují obsah a kvalitu rozhodnutí soudu (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 6. 2005, č. j. 7 Afs 104/2004-54).
Žalobkyně nerozporovala jednotlivá skutková zjištění a konkrétní právní závěry žalovaného. Soud proto odpovídajícím způsobem pouze v obecné rovině uvádí, že ačkoli dožádaný správce daně měl nejprve vyzvat žalobkyni k tomu, aby podala dodatečné daňové přiznání, toto jeho pochybení nemění jeho skutkové a právní závěry stran daňové povinnosti žalobkyně. I kdyby totiž žalobkyně na výzvu reagovala, dožádaný správce daně by dodatečná daňová tvrzení prověřoval, přičemž by pravděpodobně došel k týmž meritorním závěrům o nutnosti doměřit daň, které učinil v průběhu předmětné daňové kontroly.
Jak vyplývá ze spisového materiálu, dožádaný správce daně žalobkyni výzvou č. j. 1528278/22/2801-60563-604913 vyzval k prokázání splnění podmínek pro uplatnění nároku na odpočet daně dle ust. § 73 odst. 1 zákona o DPH. Žalobkyně však v návaznosti na tuto výzvu nepředložila daňové doklady k vykázaným přijatým zdanitelným plněním ani žádné jiné důkazní prostředky dokládající oprávněnost nároku na odpočet daně z těchto plnění. Nesplnila proto formální podmínku pro uplatnění nároku na odpočet daně z těchto plnění zakotvenou v § 73 odst. 1 písm. a) zákona o DPH a neprokázala oprávněnost uplatněného nároku na odpočet daně z předmětných přijatých zdanitelných plnění ani jiným způsobem ve smyslu ust. § 73 odst. 5 zákona o DPH. Ve vztahu k plněním, k nimž žalobkyně daňové doklady předložila, pak žalobkyně neprokázala, že tato skutečně přijala a v plné výši je využila v rámci své ekonomické činnosti (kromě plnění od společnosti Mxgrafixcz s.r.o.). Na zákonnost právě uvedených závěrů, které vedly k doměření daně žalobkyni, podle názoru soudu neměl chybný procesní postup dožádaného správce daně vliv.
Z důvodů výše uvedených soud potvrdil ty části výroku napadeného rozhodnutí, kterými žalovaný ponechal beze změny platební výměr 2 a 3, a dále části výroku napadeného rozhodnutí, kterými žalovaný změnil části výroku platebního výměru 1, jež se týkají výše doměřené daně a jejího výpočtu.
Soud však musel přisvědčit žalobkyni, že nevydáním výzvy dle § 145 odst. 2 daňového řádu došlo k zásahu do jejích procesních práv a že tato skutečnost měla vliv na vyměření penále, jež by v případě vydání výzvy a dodání dodatečného daňového přiznání nemuselo být vůbec předepsáno. Žalovaný tuto skutečnost sice v napadeném rozhodnutí reflektoval, avšak změnil platební výměry tak, že vyměřená penále pouze snížil o ty jejich části, které se odvíjely od daně podléhající zajištění. Jinak řečeno, ponechal v platnosti penále z doměřených částek daně, u kterých dožádaný správce daně před zahájením daňové kontroly nedisponoval důkazními prostředky vedoucími k důvodnému předpokladu o doměření daně, a nebyl tedy povinen v této věci vydat výzvu dle ust. § 145 odst. 2 daňového řádu.
Tento postup žalovaného soud nemohl aprobovat, a to z následujících důvodů.
Podle ustanovení věty druhé § 87 odst. 4 daňového řádu je následkem chybného nevydání výzvy k podání daňového tvrzení to, že daňovému subjektu nevzniká povinnost uhradit penále z částky daně stanovené na základě takto zahájené daňové kontroly.
Také důvodová zpráva k tomuto ustanovení výslovně zdůrazňuje, že liberace z povinnosti hradit penále se týká celého penále doměřeného na základě daňové kontroly.

V bodu 21 až 23 rozsudku ze dne 10. 4. 2019, č. j. 9 Afs 364/2018-76 Nejvyšší správní soud uvedl: „Jak správně dovodil krajský soud, z předložených výpisů ze spořicího účtu žalobce vedeného u GE Money Bank a.s., bylo po srovnání s podanými daňovými přiznáními zřejmé, že jsou zde peněžní prostředky, o kterých není zřejmé, zda jsou či nejsou předmětem daně z příjmů fyzických osob, a které podle správce daně neodpovídaly jím učiněným daňovým přiznáním. Ačkoliv lze stěžovateli přisvědčit, že v té době neměl správce daně ještě k dispozici daňovou evidenci, i bez ní mohl dojít k závěru, že doměření daně lze předpokládat, i když ještě nemohla být najisto postavena její výše. …

Z těchto zjištění správci daně vyplynulo, že jsou zde peněžní prostředky, o kterých není zřejmé, zda byly či nebyly předmětem daně z příjmů fyzických osob, a které podle správce daně neodpovídaly jeho daňovým tvrzením. Ačkoliv bylo třeba následně provést dokazování a stanovit částku, u které nebylo zdanění prokázáno či nebylo prokázáno, že nepodléhá dani z příjmu, z výpisů z účtů bylo již na počátku možné usuzovat, že bude třeba daň doměřit…

NSS tedy vychází z toho, že přezkoumávané daňové řízení bylo zatíženo procesní vadou spočívající v nevydání výzvy k podání dodatečného daňového přiznání podle § 145 odst. 2 daňového řádu.“

Z výše uvedeného dle soudu jednoznačně vyplývá, že existuje-li důvodný předpoklad budoucího doměření daně, není rozhodné, zda, popř. do jaké míry lze předpokládat i její konkrétní výši, a je třeba vydat výzvu k podání daňového tvrzení. V opačném případě je daňové řízení zatíženo procesní vadou, jejímž důsledkem je podle ust. § 87 odst. 4 věty druhé daňového řádu úplné osvobození od povinnosti uhradit penále z částky daně stanovené na základě takto zahájené daňové kontroly.
V projednávaném případě nepochybně existoval důvodný předpoklad budoucího doměření daně a dožádaný správce daně byl povinen vydat výzvu podle § 145 odst. 2 daňového řádu, o tom – jak již bylo výše rozebráno – není sporu. Z tohoto důvodu měl žalovaný ve svém rozhodnutí zrušit celé penále doměřené na základě daňové kontroly, a to bez ohledu na to, že byla platebními příkazy nakonec doměřena vyšší částka daně, než jakou správce daně předpokládal a kterou zajistil prostřednictvím zajišťovacích příkazů. Nelze totiž vyloučit, že by dodatečná přiznání k DPH, která by žalobkyně případně podala, kdyby ji k tomu správce daně vyzval, nemohla ovlivnit i tu část daně, která sice nebyla zajištěna zajišťovacími příkazy, ale nakonec byla doměřena.
Soud naznal, že výměra penále tvoří logicky oddělitelnou část všech tří platebních výměrů. Také z napadeného rozhodnutí, byť mění platební výměry jediným výrokem, lze abstrahovat části, které se týkají pouze penále. Jak výrok napadeného rozhodnutí, tak výroky platebních výměrů tedy soud považuje za dělitelné na části týkající se doměřené daně a části týkající se penále. S ohledem na tento závěr a na již ustálenou judikaturu Nejvyššího správního soudu (viz např. rozsudky NSS ze dne 4 Afs 306/2020-70, bod 42, ze dne 29. 11. 2023, č. j. 6 Afs 268/2022-42, bod 19, nebo ze dne 20. 8. 2024, č. j. 10 As 117/2023-54, body 22 a 23) soud přistoupil k částečnému potvrzení a částečnému zrušení napadeného rozhodnutí, a sice zrušení těch částí jeho výroku, jimiž žalovaný změnil výši vyměřeného penále a s tím související texty ve všech třech předmětných platebních výměrech.
Pro úplnost soud dodává, že ačkoli žalobkyně ve své žalobě konkrétně nezpochybňovala výši penále nově stanovenou žalovaným, je zřejmé, že brojila proti všem výrokům napadeného rozhodnutí, když namítala, že žalovaný „měl vyhovět odvolání v plném rozsahu, neboť nejen penále ale hlavně daň byla stanovena na základě nezákonně provedené daňové kontroly.“. Soud je proto toho názoru, že zrušením napadeného rozhodnutí z důvodu pouze částečného, a nikoli úplného snížení penále nevybočil při svém přezkumu z rozsahu uplatněných žalobních bodů, kterými je vázán.

VI. Závěr a náklady řízení

Na základě shora uvedených důvodů soud výrokem II. částečně potvrdil a výrokem I. částečně zrušil napadené rozhodnutí pro nezákonnost podle ust. § 78 odst. 1 s. ř. s a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení (§ 78 odst. 4 s. ř. s.). Právním názorem soudu vysloveným v tomto rozsudku je žalovaný správní orgán v dalším řízení vázán (§ 78 odst. 5 s. ř. s.).
Výrok o náhradě nákladů řízení se opírá o ust. § 60 odst. 1 s. ř. s., podle kterého [n]estanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil, proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Měl-li úspěch jen částečný, přizná mu soud právo na náhradu poměrné části nákladů.
Žalobkyně brojila jak proti části napadeného rozhodnutí, jíž byla potvrzena nebo změněna výše doměřené daně, tak proti části napadeného rozhodnutí, jíž žalovaný změnil výši penále. Soud žalobě vyhověl pouze ve vztahu k penále, nikoli ve vztahu k doměřené dani, žalobkyně tedy měla ve věci poloviční úspěch. Poměrnou část nákladů je třeba stanovit na základě poměru úspěchu žalobce a žalovaného, a tedy od míry úspěchu žalobkyně odečíst míru jejího neúspěchu. Procesní úspěch (50 %) i neúspěch (50 %) žalobkyně a žalovaného byl shodný, a tak zde není převážně úspěšný účastník. Proto soud výrokem III. rozhodl, že žádný z účastníků řízení nemá právo na náhradu nákladů řízení (srov. např. rozsudek městského soudu ze dne 7. 2. 2024, č. j. 11 Af 49/2021‑67, bod 78 až 81, nebo rozsudek NSS ze dne 24. 10. 2023, č. j. 4 Ads 257/2021-57).

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha 20. května 2025

JUDr. Ludmila Sandnerová v. r.

předsedkyně senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje:

Shodu s prvopisem potvrzuje M. P.