30 A 58/2025 - 131

Číslo jednací: 30 A 58/2025 - 131
Soud: Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí: 18. 12. 2025
Kategorie: Daň z přidané hodnoty
Stáhnout PDF

Kasační/ústavní stížnost:

8 Afs 16/2026

Celé znění judikátu:

žalobce:  Město Třebíč
sídlem Karlovo nám. 104/55, 674 01 Třebíč

 zastoupeného společností AGIS účetnictví a daně, a.s.
sídlem Jaroslava Průchy 1682/1, 434 01 Most

proti  

žalovanému: Finanční úřad pro Kraj Vysočina
sídlem Tolstého 2, 586 01 Jihlava

o žalobě ze dne 27. 6. 2025 na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného, spočívajícím v provádění daňové kontroly na dani z přidané hodnoty za rok 2020 až 2022

takto:

  1. Žaloba se zamítá.
  2. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

  1. Vymezení věci
  1. V nyní posuzované věci je mezi účastníky řízení je podstatou spor o to, zda se žalovaný dopustil vůči žalobci nezákonného zásahu spočívajícího ve vedení daňové kontroly na dani z přidané hodnoty (dále jen „DPH“) za zdaňovací období prosinec 2020 a prosinec 2021.
  1. Žaloba
  1. Žalobce namítá, že žalovaný u něj v rozporu se zákonem vede opakovanou daňovou kontrolu na DPH za předmětná zdaňovací období. (pozn. soudu: identifikaci kontrolovaných období a žalobní návrh žalobce upřesnil v podání ze dne 19. 9. 2025 – viz níže).
  2. Žalobce uvádí, že dne 3. 1. 2023 podal dodatečné daňové přiznání k DPH za prosinec 2020 na nadměrný odpočet. Součástí přiznání je výpočet poměrného koeficientu na rok 2020 a záznamní povinnost. Dne 13. 2. 2023 zaslal žalovanému žádost o vrácení přeplatku. Žalovaný dne 2. 3. 2023 uplatněný odpočet žalobci vrátil a tedy uznal. Po vrácení nadměrného odpočtu žalovaný kontaktoval žalobce telefonicky a dne 26. 9. 2023 e-mailem, a prověřoval vybrané dodatečné nároky. Žalobce cituje ze zmíněného e-mailu, který se týkal dokladů, jenž byly uplatněny až po tříleté lhůtě jako podklad pro podání dodatečného daňového přiznání za prosinec 2020. Dne 4. 10. 2023 žalobce podal druhé dodatečné daňové přiznání za prosinec 2020, které opravilo nadměrný nárok na odpočet. Došlo jednak k vynětí položek, které byly skutečně uplatněny až po tříleté lhůtě, na které žalovaný upozornil, jednak k úpravě poměrného koeficientu, kterou žalobce odůvodnil.  Dne 4. 10. 2023 také podal dodatečné daňové přiznání na DPH za prosinec 2021, jehož součástí je výpočet poměrného koeficientu na rok 2021 a záznamní povinnost. Dne 20. 11. 2023 žalovaný doručil žalobci dodatečné platební výměry na DPH za prosinec 2020 a prosinec 2021. Tím žalovaný podle žalobce uznal uplatněné odpočty a následně je žalobci vrátil. Dne 2. 9. 2024 žalobce podal dodatečné daňové přiznání k DPH za prosinec 2022 na nadměrný odpočet, jehož součástí je výpočet poměrného koeficientu na rok 2022 a záznamní povinnost. Dne 5. 9. 2024 žalobce podal dodatečné opravné přiznání k DPH za prosinec 2022. Dne 8. 10. 2024 žalovaný nejprve telefonicky požádal žalobce o vysvětlení uplatnění vyššího poměrného nároku z již jednou včas uplatněných dokladů v dalším dodatečném daňovém přiznání a následně i emailem o zaslání evidence pro daňové účely k řádným přiznáním k DPH za zdaňovací období prosinec 2020, prosinec 2021 a prosinec 2022. Dne 16. 10. 2024 žalovaný shrnul opakovanou telefonickou diskuzi do e-mailu, ze kterého žalobce v podané žalobě cituje. Žalobce uvádí, že na telefonické dotazy a e-maily ze dne 8. 10. 2024 a 16. 10. 2024 reagoval dne 25. 10. 2024 podáním, ze kterého v žalobě rovněž cituje. Dne 5. 11. 2024 žalobce zaslal správci daně žádost o vrácení přeplatku. Dne 30. 11.2024 žalovaný vrátil žalobci dodatečně uplatněný nárok na odpočet za rok 2022, a tak fakticky uznal argumenty žalobce a ukončil zastřenou daňovou kontrolu. Podle žalobce obsah telefonických hovorů a e-mailových dotazů žalovaného, reakce žalobce na ně a následné vrácení nadměrných odpočtů, resp. absence bezprostředně navazující daňové kontroly naplňuje znaky zastřené daňové kontroly. Žalovaný zahájil daňovou kontrolu až oznámením o zahájení daňové kontroly č. j.  8602/25 ze dne 6. 1. 2025. Daňová kontrola se týkala dodatečně uplatněných nároků na odpočet DPH za roky 2020 a 2021. 
  3. Žalobce namítá, že až výzvou k prokázání skutečností č. j. 552759/25 se žalovaný začal zabývat opakovaně a nezákonně konstrukcí výpočtu poměrného nároku na odpočet a možností změnit poměr uplatněného nároku po uplynutí lhůty pro uplatnění nároku jako takového, který žalobce vznesl v této lhůtě, ale v jiném poměru.
  4. Žalobce namítá, že s ohledem na časový odstup napadené daňové kontroly a předcházející zastřené daňové kontroly, a zejména s ohledem na to, že před zahájením napadené kontroly žalovaný uznal nárok, jehož se zastřená daňová kontrola týkala (a to proplacením dodatečně uplatněného odpočtu), není nyní napadená opakovaná část daňové kontroly daňovou kontrolou bezprostředně navazující na předcházející prověření stejných skutečností. Není naplněn předpoklad pro zákonnost takové opakované kontroly po kontrole zastřené, jak je definováno v rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 8. 2022, č. j. 10 Afs 122/2022-36. Nezákonná je podle žalobce ta část opakované kontroly, která prověřuje již jednou zastřenou daňovou kontrolu prověřovanou konstrukci výpočtu poměrného nároku na odpočet a již jednou prověřovanou možnost korigovat po propadné lhůtě pro uplatnění nároku výši poměrného nároku na odpočet v jiném poměru, než v jakém byl včas uplatněn.
  5. Žalobce namítá, že v žalobou napadené výzvě se žalovaný zabývá opakovaně, a tedy nezákonně, znovu stejným předmětem, kterým se zabýval v předcházející zastřené daňové kontrole, aniž by byly splněny zákonné podmínky pro takové opakování. Jedná se tedy o zásah správního orgánu, proti kterému lze brojit správní žalobou spojenou s návrhem na předběžné opatření.
  6. Žalobce navrhuje, aby soud rozsudkem žalovanému zakázal pokračovat v daňové kontrole DPH za rok 2020 až 2022, a to jen kontroly skutečností, které již v předchozích zastřených daňových kontrolách zkontroloval a uznal jejich správnost, tj. kontroly konstrukce koeficientu pro dodatečné uplatnění poměrného nároku na odpočet daně a oprávněnosti změnit po uplynutí propadné tříleté lhůty výši poměrného nároku u již jednou uplatněných nároků.    
  1. Vyjádření žalovaného
  1. Žalovaný ve vyjádření k žalobě uvedl, že žalobce označuje za nezákonný zásah výzvu k prokázání skutečností č. j. 552759/25, ale navrhuje zakázat pokračování v daňové kontrole na DPH za rok 2020 až 2022. Žalovaný zahájil daňovou kontrolu pouze za zdaňovací období prosinec 2020 a prosinec 2021. Za zdaňovací období prosinec 2022 daňovou kontrolu nezahájil. Daňové kontroly DPH za zdaňovací období prosinec 2020 a prosinec 2021 byly zahájeny nikoli výzvou k prokázání skutečností, ale oznámením, a to v rozsahu uplatněného nároku na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění uvedených v dodatečných daňových přiznáních k DPH za předmětná zdaňovací období.  Žalobu na nezákonný zásah směřující proti výzvě k prokázání skutečností považuje žalovaný za nepřípustnou. Vzhledem k tomu, že z obsahu žaloby lze dovodit, že se žalobce domáhá zastavení probíhající daňové kontroly za zdaňovací období prosinec 2020 a prosinec 2021 z důvodu jejího nezákonného opakování, vyjadřuje se žalovaný z procesní opatrnosti k problematice opakované daňové kontroly.
  2. Žalovaný cituje § 85a daňového řádu a poukazuje na závěry vyplývající z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 10. 2023, č. j. 2 Afs 170/2023-30, v němž řešil případ, kdy formálně zahájené kontrole předcházela rozsáhlá vyhledávací činnost správce daně, která představovala skrytou daňovou kontrolu. V případě skryté daňové kontroly správce daně provádí intenzivní prověřování konkrétních skutečností vztahujících se k daňové povinnosti, je zasahováno do práv daňového subjektu, aniž by současně byl zahájen formalizovaný postup dle daňového řádu.
  3. Podle žalovaného neformální upozornění správce daně např. telefonicky nebo e-mailem na zjevnou vadu daňového tvrzení nepředstavuje zahájení skryté daňové kontroly. Prověřování skutečností na jedné dani nebo ve vztahu k jednomu zdaňovacímu období nepředstavuje bez dalšího zahájení kontroly na dani jiné nebo za jiné období téže daně.
  4. Žalovaný odkazuje na judikaturu Nejvyššího správního soudu, ze které vyplývá, že pokud skrytá daňová kontrola přejde bez významnějších časových odstupů (tj. v řádu několika měsíců, nikoli v řádu let) v daňovou kontrolu formálně zahájenou, nejedná se o nezákonnou opakovanou kontrolu. 
  5. V dané věci žalovaný oslovil žalobce poprvé v září 2023 ohledně zdaňovacího období prosince roku 2023. Žalovaný žalobce neformálně v souladu se zásadou spolupráce a přiměřenosti upozornil na nesprávné uplatnění dokladů, u nichž prekludovala možnost nároku na odpočet. Tento postup nepředstavoval skrytou daňovou kontrolu. Druhý kontakt ze strany žalovaného proběhl v říjnu 2024, a to v návaznosti na dodatečné daňové přiznání za zdaňovací období prosince roku 2022. Žalovaný neformálně sdělil žalobci pochybnosti ohledně výpočtu poměrového koeficientu nároku na odpočet DPH nejen za dané období, ale i za zdaňovací období prosince roku 2020 a prosince roku 2021 a vyžádal si evidenci pro účely DPH za všechny tato zdaňovací období. Žalobce na sdělení správce daně reagoval dne 25. 10. 2024 s tím, že trvá na správnosti výpočtu koeficientu. Žalovaný se s názorem žalobce neztotožnil a s ohledem na složitost problematiky sepsal dne 11. 12. 2024 úřední záznam č. j. 539737/25, kde zmínil vhodnost komplexního prověření dané problematiky prostřednictvím daňové kontroly. Dne 9. 1. 2025 žalovaný zahájil daňovou kontrolu za zdaňovací období prosince roku 2020 a prosince roku 2021 v rozsahu uplatněného nároku na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění uvedených v dodatečných přiznáních k DPH.
  6. Podle žalovaného nepředstavuje ani jeho druhé neformální kontaktování žalobce skryté zahájení daňové kontroly. Žalovaný uvádí, že mu po podaném dodatečném daňovém přiznání za zdaňovací období prosince roku 2022 vyplynuly pochybnosti o způsobu stanovení a výpočtu poměrných koeficientů v tomto dodatečném daňovém přiznání, přičemž při prověřování zjistil, že obdobným způsobem postupoval žalobce i ve zdaňovacích obdobích prosince roku 2020 a prosince roku 2021. S ohledem na složitost problematiky poměrných koeficientů u subjektů s veřejnoprávním charakterem, nemohl žalovaný z podaných dodatečných daňových přiznání a přiložených evidencí pro účely DPH přesně zjistit, jak žalobce při stanovení koeficientů postupoval a zda byl jeho postup správný. Proto žalovaný vznesl neformální dotaz, ze kterého je zřejmé, že žalovanému nesouhlasily matematické výpočty koeficientů a chtěl zjistit postup žalobce při jejich výpočtu a metodologii stanovování poměrného koeficientu, a vyžádal si také evidence pro účely DPH k řádným daňovým přiznáním za předmětná zdaňovací období. Podle žalovaného jeho požadavek není takové intenzity, aby došlo k faktickému zahájení daňové kontroly, ale jednalo se o tzv. mapování terénu. Žalovaný si pouze zajišťoval podklady pro vyhodnocení, zda lze souhlasit s postupem žalobce při stanovování poměrných koeficientů nebo zda je nutné postup žalobce prověřit důkladněji. Pokud by z vysvětlení žalobce vyplynulo racionální zdůvodnění způsobu stanovení koeficientu, jemuž by odpovídaly i provedené výpočty dle předložených evidencí pro účely DPH, nebylo by potřena zahajovat žádný formalizovaný postup. Po vyhodnocení informací získaných u neformální komunikace však žalovaný dospěl k závěru, že je třeba postup žalobce při uplatňování nároku na odpočet daně v dodatečných daňových přiznáních za předmětná zdaňovací období podrobně prověřit (viz úřední záznam ze dne 11. 12. 2024). Druhým neformálním kontaktem žalovaný neshromažďoval podklady pro provedení daňové kontroly, ani neověřoval správnost daňového základu, nýbrž pouze předběžně získával vysvětlení žalobce k jím zvolenému postupu při stanovování poměrného koeficientu.
  7. Pokud by soud druhý neformální kontakt žalovaného se žalobcem, resp. úkony provedené v říjnu 2024 považoval za faktické zahájení daňové kontroly, pak na tyto úkony v odstupu maximálně 1 – 2 měsíců navázalo formální zahájení daňové kontroly. Jednalo by se o pokračování daňové kontroly, nikoli o „druhou“ opakovanou kontrolu ve smyslu § 85a daňového řádu. K tomu žalovaný odkazuje na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 8. 2022, č. j. 10 Afs 122/2022-36, ze dne 15. 3. 202, č. j. 7 Afs 39/2020-29, a ze dne 10. 8. 2022, č. j. 10 Afs 122/2022-36.  Přitom od počátku formálního zahájení daňové kontroly (nejen až ve výzvě k prokázání skutečností č. j. 552759/25) žalovaný kontinuálně požadoval prokázat skutečnosti související se stanovováním poměrných koeficientů.
  8. Dále žalovaný uvádí, že konkludentní doměření daně, resp. vydání dodatečných platebních výměrů a vrácení vzniklého přeplatku bez dalšího nesvědčí o tom, že žalovaný daň zkontroloval a uznal za správnou. Až v říjnu 2024 žalovaný zjistil indicie, které ho vedly k prověřování poměrných koeficientů. Před konkludentním vyměřením žádné skryté prověřování neprobíhalo. Pokud správce daně neshledá ve chvíli konkludentního vyměření dodatečných daňových přiznání důvod pro zahájení formalizovaného kontrolního postupu, nebrání tato skutečnost pozdějšímu zahájení daňové kontroly. Nadto vrácení přeplatku vzniklého na základě dodatečného daňového přiznání za prosinec 2022 nemůže mít vliv na řízení a postupy vedené ve vztahu ke zdaňovacím obdobím prosince roku 2020 a prosince roku 2021. Žalovaný se tak neztotožňuje s tvrzením žalobce, že vrácení přeplatku za zdaňovací období prosinec 2022 ukončilo daňovou kontrolu za zdaňovací období prosince roku 2020 a prosince roku 2021. Pokud žalovaný přijme závěr, že daňová kontrola za předmětná zdaňovací období byla fakticky zahájena v říjnu 2024, tak dosud neskončila, neboť plynule pokračuje poté, co ji žalovaný v lednu 2025 zahájil i formálně.  
  9. Žalovaný navrhuje, aby soud žalobu zamítl.
  1. Další podání žalobce a žalovaného
  1. V podání ze dne 19. 9. 2025 žalobce upřesnil identifikaci kontrolovaných období. Podle žalobce nicméně z žaloby i tak jasně vyplývalo, čeho se žalobce domáhal, a to zákazu zahájených daňových kontrol dodatečných přiznání za prosinec 2020 a prosinec 2021 a zákazu dosud nezahájené daňové kontroly dodatečného daňového přiznání za prosinec 2022. Žalobce má za to, že lze označit jako nezákonnou jen část opakované daňové kontroly, která vyplývá z výzvy k prokázání skutečností č. j. 552759/25. Dále uvedl, že zastřená daňová kontrola probíhala od 26. 9. 2023 do 25. 10. 2024. Výpočet koeficientu žalobce žalovanému sdělil 4. 10. 2023. Prodlevu mezi zahájením opakované kontroly (6. 1. 2025) a zastřenou daňovou kontrolou je třeba posuzovat od 4. 1. 2023 (pozn. soudu: žalobce zřejmě zamýšlel opakovaně uvést datum 4. 10. 2023 namísto 4. 1. 2023). I kdyby formální zahájení daňové kontroly dne 6. 10. 2025 proběhlo dva a půl měsíce po posledním právním jednání žalovaného (25. 10. 2024), nejedná se o „navázání“ na předešlou zastřenou daňovou kontrolu, jak má na mysli předmětná právní úprava a judikatura. Z vyjádření žalovaného vyplývá, že pokud by zahájil daňovou kontrolu dodatečného přiznání za prosinec 2022, byla by i podle jeho vlastního názoru nezákonnou opakovanou daňovou kontrolou, pokud by se zabývala stejnými otázkami, kterými se zabývala zastřená daňová kontrola uzavřená podle přesvědčení žalobce dne 4. 10. 2023, podle názoru žalovaného dne 25. 10. 2024.
  2. V podání ze dne 1. 10. 2025 žalobce uvedl, že vzhledem k tomu, že neuspěl s návrhem na vydání předběžného opatření, aby soud zakázal žalovanému pokračovat v daňové kontrole, domáhá se určení, zda daňová kontrola specifikovaná v žalobě je či není nezákonná. 
  3. V podání ze dne 21. 10. 2025 žalovaný uvedl, že žalobce nemohl tvrzení o nezákonné daňové kontrole vztahovat k výzvě k prokázání skutečností č. j. 552759/25. Nic mu ale nebránilo, aby napadl daňovou kontrolu zahájenou v oznámení, a to pouze v tom rozsahu, ve kterém se dle jeho názoru překrýval vymezený rozsah daňové kontroly za předmětná období s jím tvrzenou dřívější fakticky zahájenou daňovou kontrolou.  Dále žalovaný setrval na své argumentaci, že jeho kontakt, který vůči žalobci učinil dne 26. 6. 2023 nelze považovat za faktické zahájení daňové kontroly. Upozornil, že navíc se tento kontakt týkal pouze zdaňovacího období prosinec 2020, proto by ani nemohl způsobit faktické zahájení daňové kontroly za zdaňovací období prosinec 2021. Dále podání druhého dodatečného přiznání k DPH za zdaňovací období prosinec 2020 dne 4. 10. 2023 nelze považovat za okamžik zahájení prověřování daňové povinnosti kontrolním postupem. Jednalo se o úkon daňového subjektu. Žalovaný v dané době neměl o druhém podaném daňovém přiznání žádné pochybnosti a tvrzenou daňovou povinnost neprověřoval. Až dne 8. 10. 2024 lze potenciálně uvažovat o tom, že by mohlo k faktickému zahájení daňové kontroly dojít. 
  4. V podání ze dne 26. 11. 2025 žalobce poukazuje na upřesněný žalobní návrh (aby soud určil, zda daňová kontrola specifikovaná v žalobě je či není nezákonná). Dodává, že až výzva k prokázání skutečností č. j. 552759/25 postavila najisto, že žalovaný setrvává na nezákonné opakované daňové kontrole týchž skutečností, které již žalovaný zastřenou daňovou kontrolou prověřil. Dále je podle žalobce podstatné, že žalovaný svými e-maily překročil meze místního šetření, resp. neformální komunikace, a fakticky prováděl zastřenou daňovou kontrolu. Předmětný e-mail se právě týká těch skutečností, které nezákonně opakovaně podle výzvy k prokázání skutečností č. j. 552759/25 kontroloval žalovaný. 
  1. Posouzení věci soudem
  1. Krajský soud rozhodl ve věci samé bez jednání za podmínek § 51 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů (dále též „s. ř. s.“), neboť žádná ze stran jednání nepožadovala.
  2. Před tím, než soud přistoupil k projednání věci, zabýval se naplněním podmínek řízení, zejména přípustností a včasností podané žaloby, které zkoumá z úřední povinnosti.
  3. Podle § 82 s. ř. s. každý kdo tvrdí, že byl přímo zkrácen na svých právech nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením (dále jen „zásah“) správního orgánu, který není rozhodnutím, a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo, může se žalobou u soudu domáhat ochrany proti němu nebo určení toho, že zásah byl nezákonný.
  4. Tvrdí-li žalobce, že žalovaný vede opakovanou daňovou kontrolu, aniž by pro to byly splněny zákonné podmínky, může takto vymezené jednání žalovaného podle judikatury Nejvyššího správního soudu představovat zásah ve smyslu § 82 a násl. s. ř. s. Jak konstatoval rozšířený senát Nejvyššího správního soudu v usnesení ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014-55, „[z]ásahovou žalobou se lze domáhat ochrany před různými aspekty daňové kontroly. V první řadě připadá v úvahu ochrana před tím, že daňová kontrola byla vůbec zahájena nebo že vůbec probíhá. Součástí zákonných limitů kontroly jsou totiž časové i jiné podmínky jejího zahájení a provádění (zejména zahájení a provádění kontroly jen ve lhůtě pro stanovení daně, viz zejm. § 148 odst. 3 daňového řádu, a zahájení opakované daňové kontroly jen za splnění podmínek podle § 85 odst. 5 daňového řádu).“ K témuž závěru dospěl rozšířený senát rovněž v usnesení ze dne 31. 8. 2005, č. j. 2 Afs 144/2004-110.
  5. Při posuzování včasnosti žaloby soud vycházel z § 84 odst. 1 s. ř. s., podle něhož žaloba musí být podána do dvou měsíců ode dne, kdy se žalobce dozvěděl o nezákonném zásahu (subjektivní lhůta). Nejpozději lze žalobu podat do dvou let od okamžiku, kdy k němu došlo (objektivní lhůta).
  6. Krajský soud vyhodnotil, že žalobcem vytýkané jednání žalovaného mělo přinejmenším v době podání žaloby charakter trvajícího zásahu. Pokud se jedná o trvající zásah, je nutné výraz „dozvěděl“ užitý v § 84 odst. 1 s. ř. s. vykládat ústavně konformně jako „dozvídá“. Subjektivní lhůta proto začíná běžet každý den znovu a právní relevanci pro určení počátku běhu lhůty má až konec namítaného jednání, resp. zásahu (nález Ústavního soudu ze dne 15. 5. 2018, sp. zn. II. ÚS 635/18). Žalobce podal žalobu včas.
  7. Podmínky řízení byly v dané věci splněny a krajský soud se dále zabýval důvodností podané žaloby.
  8. Spornou je otázka, zda žalovaný přede dnem 9. 1. 2025, kdy formálně zahájil daňovou kontrolu na DPH za zdaňovací období prosinec 2020 a prosinec 2021, prováděl úkony, které představovaly tzv. skrytou či zastřenou daňovou kontrolu. 
  9. Skutkový stav není mezi účastníky řízení sporný. Není ani sporná skutečnost, že předmět a rozsah vyhledávací činnosti žalovaného (dle žalobce již faktické daňové kontroly) a daňové kontroly formálně zahájené dne 9. 1. 2025 (dle žalobce nezákonné opakované daňové kontroly) se překrýval, a to ohledně výpočtu a změny poměrného nároku na odpočet daně, resp. pokrýval poměrné koeficienty použité žalobcem v dodatečných daňových přiznáních za předmětná zdaňovací období a uplatněné nároky na odpočet v těchto dodatečných daňových přiznáních.
  10. Judikatura Nejvyššího správního soudu vymezuje vyhledávací činnost a daňovou kontrolu následujícím způsobem. Hodlá-li správce daně komplexně prověřovat skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení konkrétní daně (či její vybrané části), musí zvolit takový postup při správě daní, který mu umožňuje provádět dokazování (srov. § 92 odst. 2 daňového řádu). Tedy nejen označení a obstarání pramene důkazu (věci či osoby), z něhož čerpá určitý poznatek, ale i jeho provedení a následné hodnocení. Provádění dokazování přitom daňový řád předvídá pouze v případě daňové kontroly a postupu k odstranění pochybností (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 8. 2018, č. j. 1 Afs 300/2017-26, a ze dne 24. 9. 2020, č. j. 7 Afs 63/2019-31). Obsahem vyhledávací činnosti je oproti tomu pouhé zjišťování a sběr podkladových informací a „mapování terénu“. Správce daně v rámci vyhledávací činnosti stanoveným způsobem „ohledává terén“ a z vlastní iniciativy vyhledává a opatřuje předběžné či podkladové informace, které potom může zařadit do procesu dokazování v daňovém řízení. Při vyhledávací činnosti však nedochází k vlastnímu hodnocení a případnému osvědčení získaných důkazních prostředků jako důkazů o skutkovém stavu. Nelze při ní proto zjišťovat a ověřovat správnost stanovení daňové povinnosti daňového subjektu. Pokud by správce daně v rámci vyhledávací činnosti namísto pouhého zjišťování podkladových informací a „mapování terénu“ prováděl i zjišťování a ověřování správnosti stanovení daňové povinnosti (celé či jen její části), překročil by zákonem stanovené meze vyhledávací činnosti a místního šetření (rozsudky č. j. 4 Afs 14/2017-36 ze dne 31. 5. 2017 a č. j. 7 Afs 390/2019-44 ze dne 2. 7. 2020; k povaze a rozsahu činnosti správce daně při daňové kontrole viz také rozsudek NSS ze dne 15. 3. 2022, č. j. 7 Afs 39/2020-29). Vždy je tak třeba zkoumat konkrétní správcem daně učiněné úkony, tedy zda již nezačal prověřovat a hodnotit konkrétní daňovou povinnost daňového subjektu (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 9. 2023, č. j. 6 Afs 59/2023-52)
  11. Žalobce namítá, že zastřená daňová kontrola probíhala již od 26. 9. 2023, kdy jej žalovaný                 e-mailem vyzval k prověření vybraných uplatněných dodatečných nároků.
  12. V e-mailu ze dne 29. 6. 2023 žalovaný uvedl následující: „…, na základě našeho telefonického rozhovoru Vám posílám v tabulce seznam dokladů, které byly uplatněny až po tříleté lhůtě, jako podklad pro podání DODAP za prosinec 2020. Jedná se o tabulku s již pokrácenými položkami. Ve Vaší evidenci pro daňové účely jsou na 1. a 2. straně (řádek 40)….“ 
  13. Citovaný e-mail žalovaného nepředstavoval materiální zahájení daňové kontroly. Jeho podstatou je upozornění žalobce na to, že uplatnil doklady po tříleté lhůtě. Žalovaný se nijak nezabýval nárokovaným odpočtem, neověřoval a nezjišťoval ani žádné jiné okolnosti rozhodné pro správné stanovení daně, tedy neprováděl dokazování, ani po žalobci nepožadoval žádné doklady. V postupu žalovaného nelze shledat překročení mezí vyhledávací činnosti, resp. „mapování terénu“, neboť při této činnosti správce daně musí nutně dospět k určitému kritickému zhodnocení zjištěných skutečností. V dané věci žalovaný dospěl k dílčímu závěru, že žalobce uplatnil daňové doklady po stanovené lhůtě. Jedná se o zjištění, které nevyžaduje provádění složitého či komplexního dokazování či prověřování. Nebylo by racionální, pokud by v takové situaci žalovaný zahájil daňovou kontrolu coby nejpřísnější postup k prověření daňových tvrzení žalobce. V dané věci nejde o postup žalovaného, který by pod zástěrkou jiného postupu fakticky provedl daňovou kontrolu, při níž by žalobci neposkytl úroveň ochrany jeho práv, které zákon spojuje s formálně zahájenu daňovou kontrolou.  Krajský soud vnímá postup (upozornění) žalovaného jako projev zásady vstřícnosti zakotvené v § 6 odst. 4 daňového řádu, kterým se dá předejít zatížení žalobce daňovou kontrolou či postupem k odstranění pochybností.
  14. Ze správního spisu vyplývá, že žalobce v reakci na e-mail ze dne 26. 9. 2023 podal dne 4. 10. 2023 v pořadí druhé dodatečné daňového přiznání k DPH za prosinec 2020, přičemž k důvodu jeho podání zmínil i informace ohledně výpočtu poměrného nároku na odpočet a ke koeficientu. Dále žalobce dne 4. 10. 2023 podal dodatečné daňové přiznání k DPH za prosinec 2021 s výpočtem poměrného koeficientu.  Po podání v pořadí druhého dodatečného daňového přiznání k DPH za prosinec 2020 a dodatečného daňového přiznání k DPH za prosinec 2021 učinil žalovaný následující kroky. Dne 20. 11. 2023 doručil žalobci dodatečné platební výměry za předmětná zdaňovací období a vrátil žalobci přeplatek z dodatečných daňových přiznání. Ani tyto úkony žalovaného nelze označit za materiální zahájení daňové kontroly nebo za realizaci skryté daňové kontroly.
  15. Je třeba mít na paměti, že výsledek konkludentního vyměření daně není odvislý od skutkových a právních úvah správce daně (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 5. 2016, č. j. 3 Afs 190/2015-73, či ze dne 27. 11. 2019, č. j. 1 Afs 54/2019-25). Daňový subjekt musí sám správně uvést svou daňovou povinnost, kterou správce daně přezkoumává pouze pokud se náhodně rozhodne daňový subjekt zkontrolovat nebo pokud takový postup vyžádá podezření na nesprávné daňové tvrzení.
  16. Pokud tedy při konkludentním stanovení daně správce daně žádným způsobem nezkoumá, nehodnotí, neposuzuje zákonnost daně a jejich právního a skutkového základu (respektive nevyvíjí žádnou činnost), nemůže ani realizovat tzv. skrytou kontrolu.
  17. V dané věci nic nenasvědčuje tomu, že by žalovaný před vydáním dodatečných platebních výměrů a vrácením přeplatků zevrubně kontroloval oprávněnost nadměrných odpočtů v předmětných zdaňovacích obdobích. Naopak konkludentní stanovení daně svědčí o tom, že žalovaný v době vydání dodatečných platebních výměrů a vracení přeplatků neměl pochybnosti o správnosti dodatečného daňového přiznání a stanovil tak daň pouze na základě daňových tvrzení žalobce, nikoli po provedené skryté daňové kontrole.
  18. Rámec vyhledávací činnosti podle krajského soudu žalovaný překročil v e-mailu ze dne 16. 10. 2024. Soud tak souhlasí se žalobcem, že v tomto případě se nejednalo o pouhé „mapování terénu“.
  19. Z tohoto e-mailu vyplývá, že žalovaný po žalobci požadoval vysvětlení ohledně výpočtu poměrného koeficientu a zaslání evidencí pro daňové účely k řádným daňovým přiznáním za předmětná zdaňovací období. Z obsahu zmíněného e-mailu je zřejmé, že žalovaný nabyl konkrétní pochybnosti o správnosti daňové povinnosti žalobce, resp. o oprávněnosti uplatněných nadměrných odpočtů. To ostatně vyplývá i z vyjádření žalovaného k žalobě, kde žalovaný uvedl, že v říjnu 2024 zjistil indicie, které jej vedly k prověřování poměrných koeficientů a dalších skutečností v dodatečných daňových přiznáních za předmětná zdaňovací období, dále že mu nesouhlasily matematické výpočty a z podaných dodatečných daňových přiznání a daňových evidencí nemohl zjistit, jak žalobce při stanovení koeficientu postupoval a chtěl od něj získat podrobnější informace a metodologii výpočtu ke stanovení poměrného koeficientu a že se jedná o složitou problematiku (viz bod 28 vyjádření žalovaného k žalobě).
  20. Z postupu žalovaného jakož i z jeho vyjádření k žalobě vyplývá, že si byl vědom, že již nejde o jednodušší případ nevyžadující provádění složitého dokazování či prověřování a že započal prověřovat konkrétní okolnosti rozhodné pro správné stanovení daně (konkrétně výpočet koeficientu). Tyto skutečnosti je však namístě ověřovat v rámci daňové kontroly či postupem k odstranění pochybností.
  21. Žalovaný ve vyjádření k žalobě uvedl, že druhým neformálním kontaktem neshromažďoval podklady pro vedení daňové kontroly. K tomu krajský soud poznamenává, že není podstatné, že žalovaný e-mailem ze dne 16. 10. 2024 ještě neshromažďoval podklady pro provedení daňové kontroly. Podstatné je, že zamýšlel prověřovat zcela konkrétní pochybnosti týkající se dodatečných daňových tvrzení žalobce způsobem, kterým má být již postupováno v rámci daňové kontroly.
  22. Krajský soud dospěl k dílčímu závěru, že u žalobce fakticky probíhala daňová kontrola ještě před jejím formálním zahájením. Pokud však nezákonně vedená (zastřená či skrytá) daňová kontrola plynule přejde v daňovou kontrolu již formálně zahájenou, nelze o „opakované“ daňové kontrole vůbec hovořit (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 8. 2022, č. j. 10 Afs 122/2022-36, bod 18).
  23. V návaznosti na výše uvedené je třeba posoudit, zda dne 9. 1. 2025 žalovaný zahájil v rozporu se zákonem opakovanou daňovou kontrolu (doručením oznámení o zahájení daňové kontroly žalobci), nebo zda jde o pokračování v daňové kontrole již fakticky probíhající od 16. 10. 2024. 
  24. V dané věci zaslal žalovaný žalobci e-mail materiálně spadající do daňové kontroly dne 16. 10. 2024. Dne 25. 10. 2024 na něj doručil žalobce žalovanému odpověď. Dne 11. 12. 2024 vyhotovil žalovaný úřední záznamy č. j. 1489428/24 a 1489436/24, ze kterých vyplývá, že má nadále pochybnosti, zda byl poměrný koeficient vypočítán ve správné výši a zda nárok na odpočet ze všech dokladů uplatněných v dodatečných daňových přiznáních byl uplatněn oprávněně, a proto je potřeba zahájit daňovou kontrolu.  Dne 6. 1. 2025 žalovaný vyhotovil úřední záznam č. j. 5111/25, ve kterém zaznamenal, že dne 2. 1. 2025 telefonicky kontaktoval zástupce žalobce za účelem sjednání termínu provedení daňové kontroly a že zástupce žalobce sdělil, že požaduje její korespondenční zahájení.  Daňovou kontrolu žalovaný zahájil dne 9. 1. 2025 (doručením oznámení o zahájení daňové kontroly ze dne 6. 1. 2025).
  25. Časový interval mezi fakticky probíhající (skrytou) daňovou kontrolou, příp. posledním úkonem žalobce dne 25. 10. 2024, a zahájením kontroly dne 9. 1. 2025 trval necelé 3 měsíce. Je nutno přihlédnout i k tomu, že mezi reakcí žalobce a zahájení daňové kontroly připadly vánoční a novoroční svátky.
  26. Časový odstup mezi jednotlivými úkony žalovaného není natolik velký, aby bylo možné vyslovit závěr, že e‑mail žalovaného ze dne 16. 10. 2024 (materiálně naplňující charakter daňové kontroly) je již bez časové souvislosti s daňovou kontrolou zahájenou dne 9. 1. 2025. Názor krajského soudu je v souladu se závěry plynoucími z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 8. 2022, č. j. 10 Afs 122/2022-36. V tomto rozsudku Nejvyšší správní soud hodnotil interval mezi fakticky probíhající (skrytou) daňovou kontrolou a poté formálně zahájenou daňovou kontrolou, který trval 3,5 měsíce. Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že ani doba o něco delší než 3 měsíce nemohla založit stěžovatelčinu ochranu proti nezákonně „opakované“ daňové kontrole. Jak krajský soud zmínil výše, v nyní souzené věci činil interval necelé 3 měsíce.
  27. Jelikož nedošlo k situaci, kdy by daňová kontrola formálně zahájená dne 9. 1. 2025 byla nezákonná z důvodu opakování, nepředstavuje žalobcem namítaný postup žalovaného nezákonný zásah ve smyslu § 82 a násl. s. ř. s.  
  1. Náklady řízení
  1. O náhradě nákladů řízení rozhodl soud podle § 60 odst. 1 s. ř. s., dle něhož nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu těch nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil, proti účastníkovi, který úspěch ve věci neměl. Žalobce před soudem neuspěl (soud žalobu zamítl jako nedůvodnou), proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému správnímu orgánu by jinak – jakožto úspěšnému účastníkovi řízení – právo na náhradu nákladů řízení příslušelo. Nelze mu je však přiznat, neboť nepřesahují rámec jeho běžné úřední činnosti.

Poučení:

Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Brno 18. 12. 2025

Mgr. Milan Procházka

předseda senátu

Zpět na judikáty vstoupit do diskuze 0

NEJNOVĚJŠÍ PŘÍSPĚVKY V DISKUZI

Přidat komentář

Pro tuto funkci je nutné být přihlášen/a.

Registrace

Mohlo by Vás zajímat