30 Af 10/2024 - 108 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	30 Af 10/2024 - 108
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	28. 8. 2025
Kategorie:	Daň z přidané hodnoty

Celé znění judikátu:

žalobkyně: JUDr. K. T.

proti

žalovanému: Finanční úřad pro Jihomoravský kraj
sídlem nám. Svobody 4, 602 00 Brno

o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného spočívajícím v chybné evidenci daně z přidané hodnoty a neevidování přeplatku ve výši 950 000 Kč na daňovém účtu žalobkyně

takto:

Žaloba se zamítá.
Účastníci řízení nemají právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

Vymezení věci

Předmětem sporu bylo, zda žalovaný zasáhl do práv žalobkyně tím, že na jejím daňovém účtu neevidoval přeplatek na dani z přidané hodnoty (DPH) ve výši 950 000 Kč. Žalobkyně se domnívala, že by na jejím účtu měl být evidován a požádala o jeho vyplacení. Žalovaný jí však dne 29. 1. 2024 odmítl vyhovět s tím, že žádný takový přeplatek na žalobkynině daňovém účtu neeviduje.
Žalobkyně se žalobou podanou dne 21. 2. 2024 u Krajského soudu v Brně domáhá, aby soud vyslovil nezákonnost zásahu žalovaného spočívajícím v chybné evidenci daní a aby žalovanému přikázal opravit údaje v daňové evidenci žalobkyně tak, že na nich eviduje přeplatek na DPH ve výši 950 000 Kč.

Argumentace žalobkyně

Žalovaný podle žalobkyně zasáhl do jejích práv ve smyslu rozsudků Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 179/2022‑38, a č. j. 9 Afs 86/2023‑37.
Zjištění správného vyměření daně je možné jen v nalézacím řízení. Žalovaný musel nalézací řízení, jež žalobkyně zahájila podáním dodatečného daňového přiznání, zastavit z důvodu prekluze. A neskončil‑li postup k odstranění pochybností stanovením daňové povinnosti, pak je nastolena situace, jako by toto řízení vůbec neproběhlo a nemá žádné účinky na daňovou povinnost daňového subjektu. Proto došlo ke konkludentnímu vyměření daně ve výši tvrzené žalobkyní v dodatečném daňovém přiznání. Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 12. 2022, č. j. 2 Afs 60/2021‑23, totiž platí, že ztratí‑li správce daně pravomoc stanovit daňovému subjektu daň (prekluzí), musí stanovit daň dle daňového tvrzení samotného daňového subjektu.
Nic na tom nemění ani fakt, že předchozí výše daně prošla soudním přezkumem (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 11. 2007, č. j. 8 Afs 71/2006‑52). Úvahy žalovaného by mohly svádět k závěru, že snad po pravomocném soudním přezkumu daňové povinnosti není možné podat dodatečné daňové přiznání, ale není tomu tak. Z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 11. 2023, č. j. 5 Afs 103/2022‑47, nijak nevyplývá, že by žalobkyni byla daň doměřena už v roce 2011.
Žalobkyně ještě odkázala na usnesení Ústavního soudu ze dne 13. 2. 2024, sp. zn. III. ÚS 153/24, a na nález Ústavního soudu ze dne 28. 5. 2024, sp. zn. III. ÚS 3082/23, který se zabýval problematikou úroku z prodlení a úroků z úroků (tzv. anatocismus).

Argumentace žalovaného

Žalovaný navrhuje podanou žalobu zamítnout. Na svém procesním stanovisku setrval po celou dobu řízení před soudem.

Posouzení věci krajským soudem

Soud rozhodl ve věci samé bez jednání za podmínek § 51 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“), neboť žádná ze stran jednání nepožadovala.
Žaloba není důvodná.

Skutková zjištění a procesní vývoj

Žalobkyně požádala dne 20. 11. 2023 žalovaného o vyplacení přeplatku DPH ve výši 950 000 Kč, který má být na jejím daňovém účtu evidován. Žalovaný však žádný přeplatek, který by žalobkyni mohl vrátit, neevidoval. Proto její žádosti nevyhověl vyrozuměním ze dne 29. 1. 2024, č. j. 181978/24/3005‑51525‑711224.
Proti vyrozumění podala žalobkyně námitky, které žalovaný rozhodnutím ze dne 20. 2. 2024, č. j. 373310/24/3005‑51525‑711224, zamítl. Proti němu podala žalobkyně u Krajského soudu v Brně dne 21. 2. 2024 žalobu proti rozhodnutí a navrhovala jeho zrušení.
Krajský soud nicméně vyhodnotil, že výše citované rozhodnutí o námitkách není rozhodnutím ve smyslu § 65 s. ř. s. a je vyloučeno ze soudního přezkumu. Nijak se totiž nedotýká práv žalobkyně. Ve skutečnosti panuje mezi žalobkyní a žalovaným spor o to, zda na jejím daňovém účtu má být evidován přeplatek 950 000 Kč, nebo ne. Proto soud žalobkyni vyzval usnesením ze dne 22. 7. 2025, č. j. 30 Af 10/2024‑99, k úpravě žaloby, neboť jí tvrzené skutečnosti by mohly splňovat znaky nezákonného zásahu dle § 82 s. ř. s. Žalobkyně tak učinila úpravou žaloby ze dne 31. 7. 2025.
Protože žalobkyně výzvě soudu vyhověla a žalobu upravila, nebude se již soud vyjadřovat k otázce, proč v daném případě rozhodnutí o zamítnutí námitek nepředstavuje rozhodnutí ve smyslu § 65 s. ř. s. Namísto toho odkazuje soud na své výše citované usnesení, kde se této otázce podrobně věnoval.
Alespoň stručně nyní soud zasadí případ do širšího kontextu.
V roce 2008 Finanční úřad v Ivančicích (správce daně) vyměřil žalobkyni za zdaňovací období červenec 2008 na DPH nadměrný odpočet ve výši 9 967 965 Kč. Následně sám z moci úřední daňové řízení obnovil (první daňové řízení), v něm zpochybnil zdanitelné plnění „dodávka dřevěných plastik“, které měla žalobkyně pořídit od společnosti EDHESSA, s. r. o., u nějž šlo o DPH ve výši 950 000 Kč. Nakonec správce daně rozhodnutím ze dne 21. 9. 2011 snížil původně vyměřený nadměrný odpočet na 9 017 965 Kč, tedy o 950 000 Kč za neuznané plnění od společnosti EDHESSA. Právní názor prvostupňového správce daně potvrdilo Odvolací finanční ředitelství rozhodnutím ze dne 4. 6. 2012, č. j. 8357/12‑0100‑702516, a následně též Krajský soud v Brně rozsudkem ze dne 27. 11. 2014, č. j. 29 Af 84/2012‑124, kterým zamítl žalobu žalobkyně, a Nejvyšší správní soud rozsudkem ze dne 26. 11. 2015, č. j. 10 Afs 25/2015‑75, jímž zamítl její kasační stížnost. V této věci podala žalobkyně i ústavní stížnost, kterou Ústavní soud usnesením ze dne 3. 11. 2016, sp. zn. IV. ÚS 668/16, odmítl. Tím tedy byla věc doměřené daně za červenec 2008 pravomocně vyřešena s výsledkem, že žalobkyni nebyl přiznán nárok na odpočet DPH za plnění přijaté od společnosti EDHESSA ve výši 950 000 Kč.
Následně žalobkyně dne 16. 1. 2017 podala dodatečné daňové přiznání k DPH za období červenec 2008 (druhé daňové řízení), v němž opět uplatnila nárok na odpočet daně ve výši 950 000 Kč z výše popsaného plnění od EDHESSA. Chtěla docílit toho, aby jí správce daně deklarované plnění uznal. Správce daně s žalobkyní nesouhlasil, plnění stále považoval za sporné a platebním výměrem ze dne 22. 4. 2020 jí vyměřil DPH za zdaňovací období červenec 2008 ve výši 0 Kč (nebyl jí vrácen nárokovaný odpočet DPH uplatněný v dodatečném daňovém přiznání ve výši 950 000 Kč). Toto rozhodnutí následně potvrdilo i Odvolací finanční ředitelství rozhodnutím ze dne 27. 10. 2020 a daňové orgány tím potvrdily dříve stanovenou daň (viz předchozí odstavec). Proti rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství podala žalobkyně žalobu ke Krajskému soudu v Brně, který ji zamítl rozsudkem ze dne 28. 3. 2022, č. j. 30 Af 68/2020‑65. Nejvyšší správní soud nicméně rozsudkem ze dne 14. 11. 2023, č. j. 5 Afs 103/2022‑47, zrušil citovaný rozsudek krajského soudu i rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství, protože správci daně dne 31. 7. 2018 uplynula lhůta pro stanovení daně podle § 148 odst. 5 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, a platební výměr ze dne 27. 10. 2020 vydal pozdě. To vedlo k tomu, že žalovaný rozhodnutím ze dne 29. 1. 2024, č. j. 118312/24/3005‑51525‑711224, daňové řízení s ohledem na uplynutí lhůty pro stanovení daně zastavil.
Žádostí ze dne 20. 11. 2023 požádala žalobkyně žalovaného, aby jí vyplatil odpočet DPH ve výši 950 000 Kč včetně úroků, který na jejím daňovém účtu musel vzniknout v důsledku zastavení doměřovacího řízení. Žalovaný žalobkyni vyrozuměl dne 29. 1. 2024 o tom, že žádný vratitelný přeplatek ve výši 950 000 Kč na jejím daňovém účtu neeviduje. Ani se svou námitkou žalobkyně neuspěla, jak už soud popsal výše.

Právní posouzení

Nejprve se soud zabýval přípustností podané žaloby na ochranu před nezákonným zásahem podle § 46, § 82 a § 85 s. ř. s., a dospěl k závěru, že je přípustná. Nejvyššího správní soud k tomu v rozsudku ze dne 4. 6. 2020, č. j. 9 Afs 285/2019‑32, uvádí: „Evidence daní na osobním daňovém účtu může zasáhnout do subjektivních veřejných práv daňového subjektu, a proto proti ní musí existovat možnost soudní ochrany.“ A vzápětí odpovídá, že takovou ochranu představuje žaloba na ochranu před nezákonným zásahem podle § 82 s. ř. s. V rozsudku ze dne 17. 3. 2005, č. j. 2 Aps 1/2005‑65, č. 603/2005 Sb. NSS, pak formuloval Nejvyšší správní soud podmínky, které musí být kumulativně splněny pro poskytnutí ochrany podle § 82 a násl. s. ř. s. – žalobce musí být přímo (1. podmínka) zkrácen na svých právech (2. podmínka) nezákonným (3. podmínka) zásahem, pokynem nebo donucením správního orgánu, které nejsou rozhodnutím (4. podmínka) a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo (5. podmínka). Skutkový stav věci, jak jej soud popsal v předchozích odstavcích tohoto rozsudku, není sporný a soud na něj aplikoval podmínky řešeného ustanovení a citovaného rozhodnutí Nejvyššího správního soudu.
Žalobkyně spatřuje nezákonný zásah v tom, že Finanční úřad pro Jihomoravský kraj vede chybně její daňovou evidenci, když na jejím daňovém účtu chybí přeplatek 950 000 Kč, který tam finanční úřad měl zapsat. Tím finanční úřad nepochybně, vycházeje z tvrzení žalobkyně, zasahuje přímo do jejích práv. Přitom nejde o rozhodnutí, ale o faktický úkon bez formalizovaného procesu. Tím byly splněny podmínky 1, 2, 4 a 5, které soud popsal v předchozím odstavci.
Krajský soud se dále zabýval rozsahem soudního přezkumu ve vztahu k tvrzenému zásahu. K tomu je důležité ocitovat pasáž z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 3. 2016, č. j. 3 Afs 251/2015‑34, ve které Nejvyšší správní soud vysvětluje podstatu chybné evidence daní a potenciální nezákonný zásah: „Pokud evidence daní pouze odráží stav daňových povinností daňového subjektu vycházejících z rozhodnutí správce daně, pak lze před správními soudy napadnout jedině tato rozhodnutí, nikoli z nich vyplývající stav evidence daní. Pokud je naopak stav evidence daní, jenž se projeví typicky v potvrzení o stavu osobního daňového účtu podle § 151 daňového řádu, v rozporu s takto určenými daňovými povinnostmi daňového subjektu, typicky v důsledku chyb v evidenci či numerických chyb, je možno takový postup správce daně napadnout žalobou jako nezákonný zásah.“
Z citovaného rozsudku tedy podle krajského soudu vyplývá následující. Daňový subjekt je oprávněn bránit se proti chybné evidenci daní zásahovou žalobou a dožadovat se, aby evidence odpovídala „vstupům“ – typicky rozhodnutí správce daně o vyměření/doměření daně. Co ale daňový subjekt udělat nemůže, je využít zásahovou žalobu k tomu, aby jednou určenou a evidovanou daň zpochybnil způsobem, jako by napadal rozhodnutí vydané v nalézacím daňovém řízení. Jinými slovy, odpovídá-li evidovaná daň vydaným rozhodnutím, nemůže být daňový subjekt v soudním řízení úspěšný. To znamená, že kdyby žalobkyně argumentovala jen proti rozhodnutím správce daně z prvního daňového řízení a zpochybňovala by vyměřený odpočet tím, že jej ve skutečnosti řádně prokázala, krajský soud by její zásahovou žalobu zamítl, aniž by se jejími argumenty blíže zabýval. Žalobkyně ovšem vidí zásah jinde, a sice v tom, že správce daně nezohlednil v daňové evidenci správným způsobem výsledek druhého daňového řízení, které skončilo zastavením řízení kvůli prekluzi a vyměřením odpočtu se věcně nezabývalo. Nelze tak jednoduše srovnat evidenci s „podkladovým“ rozhodnutím, a je nutno zabývat se tím, zda na základě druhého daňového řízení měla být skutečně žalobkyni zapsána do daňové evidence konkludentně vyměřená daň (resp. její odpočet).
Podle žalobkyně měla v evidenci daně vzniknout chyba tím, že uplynutím lhůty pro stanovení daně vyslovené rozsudkem Nejvyššího správního soudu č. j. 5 Afs 103/2022‑47, a následným zastavením druhého daňového řízení v roce 2024, jí měl žalovaný „připočíst“ na daňový účet přeplatek 950 000 Kč. S tím ale krajský soud nesouhlasí. Tento mylný náhled žalobkyně navíc vyvrátila judikatura Nejvyššího správního soudu.
Jak soud vysvětlil výše, do evidence daní se zapisují daňové povinnosti, které jsou výsledkem jiných řízení a pravomocných rozhodnutí správce daně. Žalobkyně v této věci neprokázala, že by pro zápis přeplatku 950 000 Kč na její daňový účet existoval právní důvod. Takovým rozhodnutím rozhodně není ani rozsudek Nejvyššího správního soudu, ani následné rozhodnutí žalovaného o zastavení daňového řízení.
Žalobkyně ve druhém daňovém řízení uplatnila nárok na odpočet ve výši 950 000 Kč, který správce daně zpochybnil, ale nestihl o něm rozhodnout. To ovšem neznamená, že by se takto tvrzená daňová povinnost stala pravomocně stanovenou daní, jejíž výši by měl správce daně promítnout do daňového účtu.
Tento názor žalobkyně vyvrátil už Nejvyšší správní soud v citovaném rozsudku č. j. 5 Afs 103/2022‑47. V odstavci 25 citovaného rozsudku Nejvyšší správní soud uvádí, že: Nejvyšší správní soud pro úplnost dodává, že nelze ze zákona dovodit ani presumovat, že daň stěžovatelky byla v takovém případě snad vyměřena v souladu s jí podaným dodatečným daňovým přiznáním. V následujícím odstavci 26 pak Nejvyšší správní soud uzavírá, že: V projednávané věci byla daň stěžovatelce řádně vyměřena platebním výměrem v roce 2011, přičemž tento nebyl žalovaným, ale ani následně v řízení před správními soudy zrušen. Ani za situace, kdy řízení o dodatečném daňovém přiznání podaném v roce 2017 nebylo v prekluzivní lhůtě ukončeno (daň nebyla dodatečně vyměřena odchylně), nelze dovodit vyměření (doměření) daně ve výši uvedené stěžovatelkou, tím spíše, že daň v tomto přiznání nebyla správcem daně akceptována ve smyslu § 140 daňového řádu, ale byl zahájen postup k odstranění pochybností, což již samo o sobě vylučuje hypotézu § 140 daňového řádu, že daň se neodchyluje; správce daně měl naopak zcela jasné pochybnosti o výši deklarované daně, které ve výzvě stěžovatelce sdělil.
Shodný názor měl i Ústavní soud, který řešil obdobný právní problém společnosti EDHESSA (jež poskytla žalobkyni sporné plnění), které byla taktéž pravomocně doměřena daň a před uplynutím prekluzivní lhůty pro stanovení daně se snažila znovu otevřít doměřovací řízení podáním dodatečného daňového přiznání – a po uplynutí lhůty pro stanovení daně tvrdila, stejně jako žalobkyně, že poslední známou daní je daň tvrzená v dodatečném přiznání. Ústavní soud v usnesení ze dne 13. 2. 2024, sp. zn. III. ÚS 153/24, s tímto názorem zjevně nesouhlasil a krajský soud pro stručnost odkazuje na bod 11 citovaného usnesení, kde své myšlenky Ústavní soud vysvětlil. Stručně je lze shrnout tak, že je nutné rozlišovat mezi dvěma situacemi: 1) správce daně zpochybní daňové tvrzení subjektu a nestihne daňové řízení před uplynutím lhůty pro stanovení daně dokončit, a 2) daňové řízení pravomocně skončilo doměřením daně a daňový subjekt se jej snaží opětovně otevřít dodatečným daňovým přiznáním, přičemž následně uplyne lhůta pro stanovení daně. Judikatura týkající se toho, že je nutno v případě uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně vycházet z tvrzení daňového subjektu (srov. nález Ústavního soudu ze dne 10. 3. 2011, sp. zn. I. ÚS 3244/09) se týká situace pod bodem 1). Žalobkyně ale zjevně spadá pod situaci pod bodem 2), kdy toto pravidlo jednoduše neplatí.
Ze stejného důvodu na případ žalobkyně nedopadá ani rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 12. 2022, č. j. 2 Afs 60/2021‑23. V odst. 30 citovaného rozsudku Nejvyšší správní soud uvádí: „Zahájený, avšak včas neskončený postup k odstranění pochybností v takovém případě musí být ‚nicotný‘ v tom smyslu, že na výši daňové povinnosti daňového subjektu nesmí mít negativní vliv – majetkovou pozici daňového subjektu nesmí oproti tvrzení jeho samotného zhoršit.“ Tento závěr přijal Nejvyšší správní soud v situaci, kdy daňový subjekt tvrdil určitou daň, správce daně ji zpochybnil a řízení včas neskončil. Tedy právě v onom prvním typu situace vymezené výše, v níž se ovšem žalobkyně nenachází.
Výklad žalobkyně ukazuje na zřejmou zneužitelnost institutu dodatečných daňových přiznání. Daňový subjekt by mohl těsně před uplynutím prekluzivní lhůty podat dodatečné daňové přiznání, tvrdit daňové povinnosti de facto v jakékoliv výši, a následně po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně se domáhat toho, že poslední známou daní je daň tvrzená jím samotným. Je zjevné, že tímto způsobem daňové řízení fungovat nemůže.
Proto soud dospěl k závěru, že se žalovaný nedopustil nezákonného zásahu, pokud na daňový účet žalobkyně nepřipsal přeplatek na DPH ve výši 950 000 Kč jako výsledek druhého daňového řízení. Soud vysvětlil výše, že se v daňové evidenci promítají povinnosti stanovené rozhodnutími správce daně. V žalobkynině případě soud neshledal, že by co do částky přeplatku 950 000 Kč byl rozpor mezi stanovenou povinností a evidencí.
Soud na závěr shrnuje, že žalobu žalobkyně jako nedůvodnou zamítl. Žalovaný se vůči ní žádného nezákonného zásahu nedopustil.

Náklady řízení

O náhradě nákladů řízení rozhodl soud podle § 60 odst. 1 s. ř. s., podle něhož nestanoví‑li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu těch nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil, proti účastníkovi, který úspěch ve věci neměl. Žalobce před soudem neuspěl (soud žalobu zamítl jako nedůvodnou), proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému správnímu orgánu by jinak – jakožto úspěšnému účastníkovi řízení – právo na náhradu nákladů řízení příslušelo, s ohledem na judikaturu Nejvyššího správního soudu mu je však nelze přiznat, neboť nepřesahují rámec jeho běžné úřední činnosti (srov. usnesení rozšířeného senátu ze dne 31. 3. 2015, č. j. 7 Afs 11/2014‑47, č. 3228/2015 Sb. NSS).

Poučení:

Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má‑li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních právních předpisů vyžadováno pro výkon advokacie.

Brno 28. 8. 2025

Mgr. Milan Procházka

předseda senátu