5 Af 7/2025 - 46 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	5 Af 7/2025 - 46
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	4. 11. 2025
Kategorie:	Daň z přidané hodnoty

Celé znění judikátu:

žalobkyně: EKS Factoring s.r.o., IČO: 27143520

se sídlem Mlýnská 22/4, Praha 6 – Bubeneč

zastoupená UNTAX, s.r.o., daňovou poradkyní

se sídlem U Továren 256/14, Praha 10 – Hostivař

proti

žalovanému: Ministerstvo financí

se sídlem Letenská 525/15, Praha 1 – Malá Strana

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 6. 2. 2025, č. j. MF-50306/2024/3901-3,

takto:

Žaloba se zamítá.
Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení.

Odůvodnění:

I. Základ sporu

Z důvodu lepšího pochopení podstaty sporu bude soud nejprve citovat rozhodnou právní úpravu.
Podle § 116 odst. 1 písm. b) zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, platí, že odvolací orgán napadené rozhodnutí zruší a zastaví řízení.
Podle § 116 odst. 3 daňového řádu platí, že zjistí-li odvolací orgán, že jsou u správce daně prvního stupně splněny podmínky pro rozhodnutí podle § 113 odst. 1 [autoremedura, pozn. soudu], může vrátit věc k rozhodnutí správci daně prvního stupně s odůvodněním obsahujícím právní názor, kterým je správce daně prvního stupně vázán, jinak o odvolání rozhodne sám.
Dne 30. 6. 2023 vydal Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“) dodatečné platební výměry na daň z přidané hodnoty za období leden 2018 – únor 2019 a červen 2019 na základě daňové kontroly.
Dne 2. 8. 2023 podala žalobkyně proti těmto platebním výměrům odvolání.
Dne 8. 8. 2023 vydal správce daně výzvu k odstranění vad odvolání, lhůtu stanovil do 4. 9. 2023.
Dne 31. 8. 2023 podala žalobkyně první žádost o prodloužení lhůty. Této žádosti bylo částečně vyhověno – nová lhůta byla stanovena do 22. 9. 2023.
Dne 20. 9. 2023 podala žalobkyně druhou žádost o prodloužení lhůty. Tato žádost byla dne 26. 9. 2023 zamítnuta. Rozhodnutí bylo žalobkyni doručeno dne 28. 9. 2023.
Dne 29. 9. 2023 podala žalobkyně třetí žádost o prodloužení lhůty. Správce daně dne 9. 10. 2023 řízení o této žádosti zastavil dle § 106 odst. 1 písm. d) daňového řádu, jelikož správce daně již rozhodl o předchozí žádosti. Dne 14. 11. 2023 se žalobkyně proti tomuto rozhodnutí odvolala. Odvolací finanční ředitelství dle § 116 odst. 3 daňového řádu vrátilo správci daně podané odvolání, aby postupoval dle § 113 odst. 1 písm. a) daňového řádu a v autoremeduře toto rozhodnutí zrušil. Dne 10. 5. 2024 tak správce daně plně vyhověl odvolání a zrušil své rozhodnutí o zastavení řízení o prodloužení lhůty.
Předtím, než Odvolací finanční ředitelství vrátil správci daně odvolání, správce daně dne 9. 10. 2023 zastavil odvolací řízení dle § 112 daňového řádu, jelikož vady odvolání ze dne 2. 8. 2023 nebyly odstraněny ani v prodloužené lhůtě. Proti tomuto rozhodnutí se žalobkyně rovněž odvolala dne 14. 11. 2023. Vzhledem k předchozímu zrušení rozhodnutí o zastavení řízení o prodloužení lhůty Odvolací finanční ředitelství dne 27. 5. 2024 zrušilo napadené rozhodnutí a řízení dle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu zastavilo, jelikož ve věci měl správce daně rozhodnout o žádosti o prodloužení lhůty k doplnění náležitostí odvolání.
Odvolací finanční ředitelství následně podalo podnět ke Generálnímu finančnímu ředitelství, jelikož bylo názoru, že svým posledním rozhodnutím zastavilo celé doměřovací řízení. S tímto názorem se Generální finanční ředitelství ztotožnilo. Odvolací finanční ředitelství mělo postupovat dle § 116 odst. 3 daňového řádu – věc vrátit správci daně s názorem, aby rozhodnutí zrušil. Generální finanční ředitelství proto rozhodnutím ze dne 11. 10. 2024, č. j. 60088/24/7700-50128-110726, podle § 121 odst. 1 daňového řádu nařídilo přezkum rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství.
Proti rozhodnutí Generálního finančního ředitelství se žalobkyně odvolala. Žalovaný v záhlaví uvedeným rozhodnutím rozhodnutí Generálního finančního ředitelství potvrdil a odvolání žalobkyně zamítl. Proti tomuto rozhodnutí žalovaného žalobkyně brojí podanou žalobou.

II. Obsah žaloby a vyjádření žalovaného

Žalobkyně nesouhlasí s názorem žalovaného, že doměřovací řízení s odvolacím řízením tvoří jeden celek, a proto Odvolací finanční ředitelství rozhodnutím dle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu zastavilo i doměřovací řízení. Tento názor je i v rozporu s postupem Odvolacího finančního ředitelství, které i po zastavení řízení pokračovalo v daňovém řízení a opatřoval svědecké výpovědi. Odvolací finanční ředitelství tudíž zastavit odvolací řízení nechtělo a neučinilo tak.
Žalobkyně je názoru, že § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu by měl být aplikován vždy, nemělo-li být odvoláním napadené rozhodnutí vůbec vydáno. Tomuto názoru přisvědčuje i komentářová literatura (BAXA J., a kol. Daňový řád. Komentář, s. 720. Praha: Wolters Kluwer ČR, 2011, ISBN 978-80-7357-564-9). Zastavení řízení se by mělo týkat pouze nezákonně vydaného rozhodnutí o zastavení řízení jako takového, nikoliv původního řízení samotného, které je po zrušení nezákonného rozhodnutí o zastavení řízení nutné dokončit. Ustanovení § 116 odst. 3 daňového řádu pouze umožňuje odvolacímu orgánu vrátit věc správci daně.
Dle žalobkyně není na věc aplikovatelný správními orgány citovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 5. 2017, č. j. 1 Afs 28/2017-25, jelikož ten se nezabýval aplikací § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu, ale zabýval se aplikací pouze § 116 odst. 3 daňového řádu.
Důsledky postupu Odvolacího finančního ředitelství jsou pro žalobkyni pouze negativní, jelikož v důsledku vydaného rozhodnutí se prodloužila lhůta ke stanovení daně [§ 148 odst. 2 písm. c) daňového řádu]. Odvolací finanční ředitelství tak profituje z jím tvrzené nezákonnosti svého rozhodnutí.
Žalovaný ve vyjádření k žalobě uvedl, že žalobkyní citovaná komentářová literatura naopak podporuje názor správních orgánů. K rozsudku Nejvyššího správního soudu sp. zn. 1 Afs 28/2017 uvedl, že dopadá na posuzovanou věc. Z toho rozsudku rovněž plyne, že aplikace § 116 odst. 3 daňového řádu není na volné úvaze odvolacího orgánu, ale v praxi k ní dochází pouze za účelem odstranění procesních vad, směřuje-li odvolání proti rozhodnutí o zastavení řízení.
Primárním účelem podnětu správce daně k nařízení přezkoumání rozhodnutí není prodloužení lhůty pro stanovení daně, ale zhojení nezákonnosti. Daňový řád v § 148 odst. 2 písm. c), resp. písm. d) nerozlišuje, zda dozorčí prostředek inicioval daňový subjekt či správce daně. Prodloužení lhůty pro stanovení daně oznámením rozhodnutí o dozorčím prostředku zůstává v platnosti i v případě pozdějšího zrušení tohoto rozhodnutí pro nezákonnost. Jedinou výjimku představuje situace, při níž by zrušené rozhodnutí bylo toliko účelovým, formálním úkonem. Rozhodnutí Generálního finančního ředitelství však nemělo charakter pouze formálního úkonu.
V replice k vyjádření žalovaného žalobkyně uvedla, že je podstatné, že podle § 116 odst. 3 daňového řádu odvolací orgán jen může vrátit věc prvoinstančnímu správci daně. Mohl-li tak postupovat, nevyplývá z toho, že § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu aplikoval nezákonně. Z postupu podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu nevyplývá, že odvolací orgán nutně zastavil řízení ve svém celku. Daňový řád pojem „řízení při správě daní zastavuje ve svém celku“ nezná. V § 134 daňového řádu je upraveno dílčí řízení, což může být řízení nalézací, které se dále dělí na řízení vyměřovací a řízení doměřovací. V rámci doměřovacího řízení může být vedeno odvolací řízení. Mezi pojmy nalézací či doměřovací a pojmem odvolací je kvalitativní rozdíl. Nalézací a doměřovací řízení je časový úsek, odvolací řízení je formalizovaný správní postup. Není tak pravdivé tvrzení, že doměřovací, resp. odvolací řízení tvoří s procesním rozhodováním o jeho zastavení jeden celek. Doměřovací řízení není správním procesem, který by bylo možné zastavit výrokem správního rozhodnutí.
Generální finanční ředitelství vydalo své rozhodnutí zřejmě pouze účelově a formálně, aby tím dosáhlo prodloužení lhůty pro stanovení daně. I po vydání tohoto rozhodnutí Odvolací finanční ředitelství pokračovalo v odvolacím řízení a dne 5. 6. 2025 nařídilo provedení 18 výslechů svědků v rámci odvolacího řízení, ačkoliv daňová kontrola byla zahájena protokolem o ústním jednání již dne 16. 7. 2020. Odvolací finanční ředitelství zastavit odvolací řízení vůbec nechtělo, ani to neučinilo a ani se nechovalo tak, jako kdyby odvolací řízení zastaveno bylo.

III. Posouzení žaloby

Městský soud v Praze (dále jen „městský soud“) v souladu s § 75 odst. 2 zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“), přezkoumal napadené rozhodnutí v mezích žalobkyní vymezených námitek, vycházel při tom v souladu s § 75 odst. 1 s. ř. s. ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování žalovaného a shledal, že žaloba není důvodná. O věci rozhodl bez jednání, jelikož s takovým postupem žalobkyně i žalovaný vyjádřili souhlas, resp. nevyjádřili nesouhlas s rozhodnutím věci bez nařízení jednání (§ 51 odst. 1 s. ř. s.). Žalobkyně sice navrhla provedení důkazů, avšak to samo o sobě neznamená nesouhlas s rozhodnutím o věci bez nařízení jednání (usnesení rozšířeného senátu ze dne 16. 2. 2016, č. j. 7 As 93/2014-48, č. 3380/2016 Sb. NSS). Žalobkyně navrhla důkaz protokolem o zahájení daňové kontroly, čímž chtěla prokázat, že daňová kontrola byla zahájena dne 16. 7. 2020. Tato skutečnost je mezi stranami nesporná a plyne již z předloženého správního spisu, kterým se dokazování neprovádí (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2009, č. j. 9 Afs 8/2008-117, č. 2383/2011 Sb. NSS). Žalobkyně rovněž navrhla k důkazu vyrozumění o předvolání svědků ze dne 5. 6. 2025, kterým chtěla prokázat, že Odvolací finanční ředitelství pokračovalo v odvolacím řízení i po vydání žalobou napadeného rozhodnutí. Tento důkazní prostředek soud rovněž k důkazu neprovedl, jelikož tuto skutečnost má soud mezi stranami za nespornou – žalovaný toto tvrzení v podaném vyjádření k žalobě nerozporoval.
Podle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu platí, že odvolací orgán napadené rozhodnutí zruší a zastaví řízení.
Podle § 116 odst. 3 daňového řádu platí, že zjistí-li odvolací orgán, že jsou u správce daně prvního stupně splněny podmínky pro rozhodnutí podle § 113 odst. 1 [autoremedura, pozn. soudu], může vrátit věc k rozhodnutí správci daně prvního stupně s odůvodněním obsahujícím právní názor, kterým je správce daně prvního stupně vázán, jinak o odvolání rozhodne sám.
V posuzované věci je sporné, zda postupem dle citovaného § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu dojde k zastavení celého daňového řízení, či pouze řízení o podaném odvolání.
V této otázce se městský soud ztotožňuje se správními orgány. Odpověď na tuto otázku je zcela jasná, a to napříč judikaturou i komentářovou literaturou.
Z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 5. 2017, č. j. 1 Afs 28/2017-25, který citovali oba účastníci soudního řízení, velmi zřetelně plyne, že zastavením řízení dle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu dojde k zastavení celého daňového řízení (srov. bod [31] daného rozsudku). V bodě [42] kasační soud přímo uvedl, že „skutečnost, že daňový řád neumožňuje zrušení rozhodnutí a vrácení věci prvostupňovému orgánu k dalšímu řízení tedy znamená, že správce daně prvního stupně nemůže pokračovat v řízení po té, kdy bylo rozhodnutí odvolacím orgánem zrušeno a řízení zastaveno podle jeho § 116 odst. 1 písm. b). Obecně řečeno - odvoláním přešla příslušnost k řízení a rozhodnutí na odvolací orgán a zpět se může vrátit jen v důsledku jeho rozhodnutí (které však daňový řád vylučuje) či zákonem předpokládaným postupem v jeho mezích.“ V bodech [32] a [34] Nejvyšší správní soud uvádí, že „daňový řád však nabízí řešení pro případy procesních pochybení, či chybných procesních úvah správce daně I. stupně. Podle § 116 odst. 3 zjistí-li odvolací orgán, že jsou u správce daně prvního stupně splněny podmínky pro rozhodnutí podle § 113 odst. 1 daňového řádu, může vrátit věc k rozhodnutí s odůvodněním a pokyny pro další řízení správci daně prvního stupně, který je právním názorem odvolacího orgánu vázán, jinak o odvolání rozhodne sám. […] Postup odvolacího orgánu podle § 116 odst. 3 daňového řádu si pak snadno lze představit v případech, kdy správce daně I. stupně nepostupoval procesně správně, např. nesprávně posoudil přípustnost podání, včasnost podání či jiné procesní úkony daňového subjektu, a proto se již nezabýval meritorním posouzením věci. Pak by bylo vrácení věci k rozhodnutí s odůvodněním a pokyny pro další řízení správci daně prvního stupně na místě.“ Nejvyšší správní soud se tak vyslovil v tom smyslu, že procesní pochybení správce daně mají být napraveny postupem dle § 116 odst. 3 daňového řádu. Tento názor byl následně zopakován i v rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 1. 2024, č. j. 10 Afs 157/2022-27. Soud uzavírá, že citovaný rozsudek dopadá na nyní posuzovanou věc a městský soud se s tímto názorem ztotožňuje.
Stejný názor zastává i odborná literatura. V komentáři k § 116 odst. 1 daňového řádu (LICHNOVSKÝ, Ondřej. § 116 [Rozhodnutí o odvolání]. In: LICHNOVSKÝ, Ondřej, ONDRÝSEK, Roman a kol. Daňový řád. 5. vydání. Praha: C. H. Beck, 2024, s. 567.) je uvedeno, že „odvolací orgán může o podaném odvolání meritorně rozhodnout třemi způsoby. […] Druhou možností je zrušení rozhodnutí. V takovém případě musí odvolací orgán zároveň řízení zastavit. Takto bude odvolací orgán postupovat zejména tam, kde k vydání rozhodnutí v prvním stupni nemělo vůbec dojít (např. v důsledku uplynutí lhůty pro stanovení daně).“ Z uvedeného příkladu (prekluze daně) plyne, že k zastavení postupem dle § 116 odst. 1 daňového řádu dojde ve vztahu k celému daňovému řízení, nikoliv pouze ve vztahu k odvolacímu řízení (srov. i § 111 odst. 6 daňového řádu). Ve stejném komentáři je k odst. 3 stejného ustanovení uvedeno následující: „Dojde-li odvolací orgán k závěru, že jsou splněny podmínky pro autoremeduru (ať už částečnou či úplnou), případně pro zamítnutí odvolání pro nepřípustnost či opožděnost, může věc vrátit k rozhodnutí správci daně prvního stupně. Ten je přitom právním názorem odvolacího orgánu vázán. Takto bude postupováno zejména tam, kde budou důvody pro zamítnutí odvolání a zastavení odvolacího řízení [srov. § 113 odst. 1 písm. c)]. Odvolací orgán totiž není nadán pravomocí odvolací řízení zastavit. Tak může učinit pouze prvostupňový správce daně. Proto vrácení věci tomuto orgánu je zde zcela namístě.“ V této části autoři komentáře upozorňují na to, že zastavení odvolacího řízení je v pravomoci pouze správce daně, jehož rozhodnutí je odvoláním napadeno [§ 113 odst. 1 písm. c) daňového řádu]. S tímto soud souhlasí. Stanoví-li § 113 odst. 1 písm. c) daňového řádu výslovně, že správce daně „zastaví odvolací řízení“, je z toho nutné dovodit, že není-li v § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu stanoveno, že dochází k zastavení odvolacího řízení, dochází k zastavení celého daňového řízení.
Obdobně i jiná komentářová literatura (ROZEHNAL, T. Daňový řád: Praktický komentář. [Systém ASPI]. Wolters Kluwer [cit. 2025-10-14]. ASPI_ID KO280_p12009CZ. Dostupné z: www.aspi.cz. ISSN 2336-517X.) k § 116 uvádí, že „odvolací orgán může rozhodnutí zrušit a zastavit řízení, avšak v tomto případě již v řízení nelze pokračovat (nezastavuje se řízení odvolací, ale řízení, v němž bylo vydáno odvoláním napadené rozhodnutí, např. řízení vyměřovací). Jinými slovy nelze tímto výrokem rozhodnout např. v případě odvolání proti platebnímu výměru, jelikož by došlo ke zrušení rozhodnutí o stanovení daně bez možnosti vydání dalšího, a tím pádem by daň nebyla stanovena vůbec. […] Odvolací orgán nemusí věc rozhodovat meritorně a může využít odst. 3 a věc vrátit správci daně prvního stupně k rozhodnutí. Zákon v této záležitosti odkazuje na § 113 odst. 1, což je ustanovení upravující autoremeduru. V praxi k využití tohoto ustanovení dochází jen na základě velmi specifické judikatury (NSS 1 Afs 28/2017), která zapovídá odvolacímu orgánu zrušit a zastavit řízení v případě, že odvolání směřuje proti rozhodnutí o zastavení řízení. Dle NSS by zastavením řízení bylo myšleno zastavení řízení ve věci hlavní, tudíž odvolatel by se dostal do paradoxní situace, kdy by jeho dovolání bylo vyhověno, avšak nebylo by možno pokračovat ve věci hlavní (což ostatně je předmětem odvolání proti rozhodnutí o zastavení řízení, když se odvolatel domáhá opětovného rozběhnutí řízení).“ Tato odborná literatura i odpovídá názoru správních orgánů o aplikovatelnosti citovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu sp. zn. 1 Afs 28/2017.
K poukazu žalobkyně na komentářovou literaturu, která má podporovat její názor, soud uvádí, že žalobkyně sice uvedla daný komentář, ale necitovala z něj. Soud tak nemůže tento názor nijak ověřit. Naopak z tohoto komentáře (BAXA, J., a kol. Daňový řád. Komentář. [Systém ASPI]. Wolters Kluwer [cit. 2025-10-14]. ASPI_ID KO280_2009CZ. Dostupné z: www.aspi.cz. ISSN 2336-517X.) k § 116 odst. 1 daňového řádu plyne, že „zrušení rozhodnutí a zastavení řízení bude namístě tam, kde odvolací orgán dospěje k závěru, že rozhodnutí vůbec nemělo být vydáno a nebyly důvody pro vedení předmětného daňového řízení. Odvolací orgán tak odstraní nejen napadené rozhodnutí, ale též ukončí řízení, v němž bylo vydáno.“ Tato část nehovoří o zastavení odvolacího řízení, ale daňového řízení. Z jiné části tohoto komentáře stále k § 116 odst. 1 daňového řádu plyne, že si autoři komentáře uvědomovali rozdíl mezi odvolacím řízením jako částí daňového řízení a celým daňovým řízení. V komentáři je totiž uvedeno, že „výčet způsobů výroků rozhodnutí odvolacího orgánu v tomto ustanovení není úplný. Zjistí-li odvolací orgán, že v průběhu odvolacího řízení došlo k prekluzi práva stanovit daň, nebude odvolací orgán rozhodovat podle odst. 1 písm. b) o zrušení napadeného rozhodnutí a zastavení řízení, ale bude aplikovat nepříliš zdařilou úpravu § 111 odst. 6, podle něhož má v takovém případě zrušit rozhodnutí o stanovení daně a zastavit „pouze“ odvolací řízení. Jak vyplývá již z komentáře k § 111 odst. 6, bude třeba, aby správce daně následně vydal i rozhodnutí o zastavení řízení podle § 106 odst. 1 písm. e), a ukončil tak daňové řízení (srov. komentář k § 111 odst. 6).“
Namítá-li žalobkyně, že § 116 odst. 3 daňového řádu pouze určuje možnost odvolacího správního orgánu postupovat tam uvedeným způsobem, soud s tímto nesouhlasí. Z výše citovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu sp. zn. 1 Afs 28/2017 v zásadě plyne, že tato možnost není reálnou možností, ale povinností takto postupovat, jsou-li splněny podmínky uvedené v daném ustanovení, resp. v § 113 odst. 1 daňového řádu.
Městský soud tak uzavírá, že zastavilo-li Odvolací finanční ředitelství řízení postupem dle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu, zastavilo celé daňové řízení, nikoliv pouze odvolací řízení. Takový postup byl zjevně nesprávný, jelikož z důvodu předchozího nesprávného procesního postupu správce daně (viz body [9] a [10] tohoto rozsudku) mělo Odvolací finanční ředitelství postupovat podle § 116 odst. 3 daňového řádu, aby mohl správce daně zrušit nesprávné rozhodnutí a pokračovat v řízení, tedy zejména rozhodnout v pořadí o třetí žádosti o prodloužení lhůty k odstranění vad podaného odvolání proti platebním výměrům.
Žalobkyně namítá, že Odvolací finanční ředitelství zastavením řízení dle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu nechtělo zastavit celé daňové řízení, jelikož následně provádělo svědecké výpovědi (protokol ze dne 5. 6. 2025). Tuto procesní aktivitu lze nicméně jednoduše vysvětlit tak, že Odvolací finanční ředitelství v této době již v zahájeném přezkumném řízení ve smyslu § 123 odst. 5 daňového řádu rozhodlo o zrušení svého nesprávně vydaného rozhodnutí o zastavení řízení dle § 116 odst. 1 písm. b) daňového řádu. Soudu je tato skutečnost známa z úřední činnosti z řízení vedeného u zdejšího soudu pod sp. zn. 10 Af 12/2025. Po vydání rozhodnutí o nařízení přezkumu Generálním finančním ředitelstvím Odvolací finanční ředitelství rozhodnutím ze dne 13. 12. 2024 zrušilo své dřívější rozhodnutí. Toto rozhodnutí následně napadla žalobkyně odvoláním, které Generální finanční ředitelství zamítlo rozhodnutím ze dne 11. 4. 2025, jež žalobkyně napadla podanou žalobou, o které je vedeno zmíněné řízení sp. zn. 10 Af 12/2025. Odvolací finanční ředitelství tak vydalo protokol o svědecké výpovědi v době, kdy již pravomocně došlo ke zrušení rozhodnutí o zastavení celého daňového řízení. Námitka žalobkyně, že Odvolací finanční ředitelství nechtělo samo zastavit celé daňové řízení, je nesprávná i z toho důvodu, že to bylo samo Odvolací finanční ředitelství, které podalo podnět k zahájení přezkumného řízení ke Generálnímu finančnímu ředitelství. I z toho lze dovodit, že samo Odvolací finanční ředitelství si uvědomilo svoji chybu.
Žalobkyně dále v podané žalobě namítala, že Odvolací finanční ředitelství profituje z nezákonnosti svého rozhodnutí, jelikož v důsledku vydaného rozhodnutí se prodloužila lhůta ke stanovení daně. Důsledkem této chyby je skutečně prodloužení lhůty pro stanovení daně [§ 148 odst. 2 písm. c) daňového řádu]. To je nicméně důsledek zákonné úpravy. Z tohoto pravidla existuje korektiv, na který upozornil žalovaný, dle kterého je-li úkon proveden účelově a formálně, nezpůsobuje při jeho pozdějším zrušení prodloužení lhůty (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 11. 2023, č. j. 1 Afs 1/2022-41, bod [21] a tam citovanou judikaturu). V podané žalobě nicméně žalobkyně netvrdila, že by nesprávné rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství bylo učiněno účelově a formálně pouze se záměrem prodloužit lhůtu ke stanovení daně.
Žalobkyně v replice ze dne 26. 6. 2025 k vyjádření žalovaného nově namítala, že to bylo Generální finanční ředitelství (nikoliv Odvolací finanční ředitelství), kdo postupoval účelově a formálně, když nařídil zahájení přezkumu (body 5 a 16 – 20 repliky). Nejedná se o rozvinutí v předchozím odstavci tohoto rozsudku uvedené námitky, jelikož žalobkyně nejenom, že vznesla novou argumentaci o účelovosti a formálnosti, kterou v žalobě neuvedla, ale zároveň označila zcela jiný správní orgán, který se měl nesprávného postupu dopustit. Nelze než tak tuto námitku hodnotit jako vznesenou nově, po dvouměsíční lhůtě k tomu dané (žalobou napadené rozhodnutí doručeno dne 10. 2. 2025, § 71 odst. 2 a § 72 odst. 1 s. ř. s.). I kdyby však byla námitka vznesena včas, žalobkyně účelovost jednání Generálního finančního ředitelství dovozuje z výslechů, které Odvolací finanční ředitelství provádělo. Tuto námitku již soud neshledal důvodnou výše v bodě [32] tohoto rozsudku.

IV. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

Městský soud neseznal žádnou ze vznesených námitek důvodnou, proto z výše uvedených důvodů žalobu jako nedůvodnou zamítl podle § 78 odst. 7 s. ř. s.
Výrok o nákladech řízení je odůvodněn § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobkyně v řízení úspěch neměla, proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému, který by jinak měl právo na náhradu nákladů řízení, nevznikly v řízení žádné náklady nad rámec jeho úřední povinnosti, proto mu soud podle § 60 odst. 7 s. ř. s. náhradu nákladů řízení nepřiznal.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha dne 4. 11. 2025

Mgr. Gabriela Bašná v.r.

předsedkyně senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje J. V.