Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy JUDr. Jakuba Camrdy a soudců JUDr. Lenky Matyášové a JUDr. Viktora Kučery v právní věci žalobce: Career agency s.r.o., se sídlem Kociánov 28, Loučná nad Desnou, zast. Mgr. Tomášem Cimbotou, advokátem se sídlem Horní náměstí 365/7, Olomouc, proti žalovanému: Finanční úřad pro Olomoucký kraj, se sídlem Lazecká 545/22, Olomouc, o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Krajského soudu v Ostravě – pobočky v Olomouci ze dne 17. 6. 2025, č. j. 65 A 27/2025‑38,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žalovanému se náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti nepřiznává.
Odůvodnění:
I.
Průběh dosavadního řízení
[1] Oznámením o zahájení daňové kontroly ze dne 13. 11. 2024, č. j. 1599911/24/ 3110‑60563‑801281, žalovaný zahájil u žalobce daňovou kontrolu daně z přidané hodnoty (dále jen „DPH“) za jednotlivá zdaňovací období od října 2021 do září 2024.
[2] Žalobou podanou ke Krajskému soudu v Ostravě – pobočce v Olomouci se žalobce domáhal ochrany před tvrzeným nezákonným zásahem žalovaného. Ten měl spočívat v zahájení a provádění daňové kontroly v rozporu s ustanoveními zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, v relevantním znění (dále jen „daňový řád“).
[3] Žalobce uvedl, že je společností, která podniká v oblasti agenturního zaměstnávání. Od března roku 2017 je registrovaným plátcem DPH. Na základě doporučení odborných poradců zastával názor, že DPH nepodléhají mzdové ani další související náklady na agenturní zaměstnance, které přefakturovává konkrétnímu uživateli. Proto zdaňoval pouze odměnu za své služby. To muselo být žalovanému zřejmé z daňových přiznání a kontrolních hlášení k DPH při porovnání s daňovými přiznáními k dani z příjmů právnických osob a vyúčtováními daně z příjmů ze závislé činnosti. Žalovaný je však přesvědčen, že základem daně je celá hodnota služby poskytnutí pracovní síly fakturovaná uživateli. Bez ohledu na to, který z konkurujících právních názorů je správný, žalovaný měl podle žalobce v souladu s § 145 odst. 2 daňového řádu namísto zahájení daňové kontroly nejprve vydat výzvu k podání dodatečného daňového přiznání. Přestože tento svůj postoj žalobce sdělil žalovanému s odkazem na usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014‑55, publ. pod č. 3566/2017 Sb. NSS (všechna zde zmiňovaná rozhodnutí správních soudů jsou dostupná též na www.nssoud.cz), žalovaný v daňové kontrole dále pokračoval. Žalobce odkázal i na další rozhodnutí, z nichž plyne, že nezákonná daňová kontrola představuje nezákonný zásah do práv daňového subjektu.
[4] Žalobce navrhl, aby krajský soud přikázal žalovanému zastavit daňovou kontrolu, popř., pokud by již daňová kontrola ke dni rozhodnutí krajského soudu neprobíhala, aby soud deklaroval, že daňová kontrola byla nezákonná.
[5] Shora uvedeným rozsudkem ze dne 17. 6. 2025, č. j. 65 A 27/2025‑38, krajský soud žalobu zamítl. V odůvodnění rozsudku v prvé řadě upozornil na aktuální znění zákona. Konstatoval, že pokud existuje důvodný předpoklad, že bude daň doměřena, je třeba i nadále v souladu s § 145 odst. 2 daňového řádu upřednostnit výzvu k podání dodatečného daňového přiznání oproti zahájení daňové kontroly. Tento dílčí závěr usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014‑55, je podle krajského soudu i nadále použitelný. Ovšem z § 87 odst. 4 daňového řádu, ve znění účinném od 1. 1. 2021, vyplývá, že případné pochybení správce daně spočívající v zahájení daňové kontroly namísto vydání výzvy podle § 145 odst. 2 daňového řádu již nezpůsobuje nezákonnost daňové kontroly. Vede pouze k tomu, že daňový subjekt není povinen platit penále. Krajský soud odkázal na rozsudky jiných krajských soudů i Nejvyššího správního soudu, z nichž vyplývají tytéž závěry, a na odbornou literaturu.
[6] Vzhledem k výše uvedenému krajský soud shrnul, že zahájení daňové kontroly namísto vydání výzvy k podání dodatečného daňového přiznání nemohlo představovat nezákonný zásah žalovaného. Proto soud nezkoumal, zda podmínky pro vydání výzvy dle § 145 odst. 2 daňového řádu byly v tomto konkrétním případě naplněny, či nikoli. Závěrem krajský soud poznamenal, že nepřihlédl k replice žalobce, která mu byla doručena až po vyhlášení rozsudku.
II.
Obsah kasační stížnosti a dalších podání
[7] Žalobce (stěžovatel) napadl rozsudek krajského soudu kasační stížností, a to z důvodů, které podřadil pod § 103 odst. 1 písm. a) a d) s. ř. s.
[8] Stěžovatel předně upozorňuje, že důvodně předpokládal, že mu bude umožněno reagovat na vyjádření žalovaného. Svou argumentaci podrobněji rozvedl v replice zaslané soudu dne 25. 6. 2025. Byl však nemile překvapen, když dne 11. 7. 2025 obdržel rozsudek ze dne 17. 6. 2025, v němž soud k jeho podání ze dne 25. 6. 2025 vůbec nepřihlédl. Podle stěžovatele není nikterak excesivní reagovat 35 dnů po doručení vyjádření žalovaného k žalobě. Rozhodování ve správních věcech podle statistik trvá průměrně 345 dní. Stěžovatel tudíž nemohl očekávat, že krajský soud rozhodne dříve než v řádu nižších desítek týdnů.
[9] Dále stěžovatel připomíná, že bylo rozhodováno bez nařízení jednání. K tomu odkazuje na odbornou literaturu k umožnění repliky, jakož i na související judikaturu Nejvyššího správního soudu. Podle rozsudku zdejšího soudu ze dne 9. 12. 2024, č. j. 6 Azs 195/2024‑30, má krajský soud zejména při rozhodování bez nařízení jednání dbát o to, aby poskytl stranám dostatečný prostor vyjádřit se k podkladům. Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 11. 2014, č. j. 4 As 208/2014‑39, je při rozhodování bez jednání zvýšený zájem na tom, aby účastníci řízení měli k dispozici veškeré podklady, z nichž bude krajský soud vycházet. V rozsudku ze dne 15. 2. 2006, č. j. 2 Afs 121/2005‑60, pak Nejvyšší správní soud připustil, že krajský soud neměl povinnost stanovit lhůtu k případné replice, ovšem nemohl následně rozhodnout pouhých 7 dnů poté, co žalobci doručil „argumentačně bohaté a hutné“ vyjádření žalovaného. Stěžovatel odkazuje rovněž na nálezy Ústavního soudu ze dne 28. 2. 2012, sp. zn. IV. ÚS 2319/11, a ze dne 3. 4. 2012, sp. zn. IV. ÚS 2119/11, které zdůrazňují požadavek na pečlivost obecných soudů a princip kontradiktornosti řízení.
[10] Stěžovatel poznamenává, že i podle důvodové zprávy k zákonu č. 283/2020 Sb. (jímž byl mimo jiné novelizován § 87 daňového řádu) má mít před zahájením daňové kontroly v obecné rovině přednost výzva k podání daňového tvrzení. Připomíná, že zákonodárce ponechal § 145 daňového řádu beze změny. Ustanovení § 87 odst. 4 daňového řádu podle něj míří na případy, kdy by výzva k podání dodatečného daňového přiznání mohla vést ke ztrátě hodnoty důkazních prostředků a na situace hraniční, kdy není zřejmé, zda jsou dány důvody pro vydání výzvy. Výklad krajského soudu však může vést k tomu, že správce daně si sám zvolí pro něj vhodnější postup, přestože již řadu let disponuje dostatkem důkazů o tom, že daňový subjekt patrně přiznává a odvádí daň nižší, než stanoví zákon. Podle stěžovatele měl krajský soud posoudit, zda žalovaný měl, či neměl dostatek informací a důkazů k vydání výzvy podle § 145 odst. 2 daňového řádu. Stěžovatel upozorňuje, že v průběhu daňové kontroly mu žalovaný nesdělil, zda shledává důvody pro aplikaci § 87 odst. 4 daňového řádu. Po vydání rozsudku však daňovou kontrolu ukončil a dne 23. 7. 2025 vydal dodatečné platební výměry (a platební výměr za zdaňovací období září 2024), v nichž stěžovateli stanovil i penále.
[11] Vzhledem k uvedenému stěžovatel navrhuje, aby Nejvyšší správní soud napadený rozsudek zrušil a věc vrátil krajskému soudu k dalšímu řízení.
[12] Žalovaný ve svém vyjádření ke kasační stížnosti konstatuje, že daňová kontrola byla dne 22. 7. 2025 ukončena. Přikládá dokumenty vztahující se k ukončení daňové kontroly, včetně dodatečných platebních výměrů (a platebního výměru za zdaňovací období září 2024). Bez další argumentace navrhuje, aby Nejvyšší správní soud zamítl kasační stížnost jako nedůvodnou.
[13] Stěžovatel v replice na vyjádření žalovaného opakuje, že podle něj žalovaný vědomě a v rozporu se zásadami správy daní namísto výzvy k podání dodatečného daňového přiznání zahájil daňovou kontrolu, čímž stěžovateli znemožnil jeho pochybení dobrovolně napravit. Stěžovatel zdůrazňuje, že zákonodárce v důvodové zprávě k zákonu č. 283/2020 Sb. potvrdil, že výzva podle § 145 daňového řádu má obecně přednost před zahájením daňové kontroly. To podle něj potvrzuje i odborná literatura. Závěry dosavadní judikatury jsou tudíž použitelné i po novele provedené zákonem č. 283/2020 Sb. Stěžovatel rekapituluje, jaké údaje měl žalovaný k dispozici. Je přesvědčen, že žalovaný měl podklady vyhodnotit a včas zareagovat, nikoli vyčkávat a následně překrýt dosavadní vadný postup zahájením daňové kontroly. Stěžovatel přikládá komunikaci s jedním ze svých klientů, z níž podle něj vyplývá, že žalovaný měl konkrétní informace o tom, jak přesně stěžovatel fakturoval, již před zahájením daňové kontroly. Podle stěžovatele byl postup žalovaného v rozporu s čl. 2 odst. 2 a čl. 11 Listiny základních práv a svobod a ve svém důsledku znamená ekonomickou likvidaci stěžovatele.
III.
Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
[14] Nejvyšší správní soud nejprve posoudil formální náležitosti kasační stížnosti a shledal, že je podána včas, neboť byla podána ve lhůtě dvou týdnů od doručení napadeného rozhodnutí krajského soudu (§ 106 odst. 2 s. ř. s.), je podána oprávněnou osobou, neboť stěžovatel byl účastníkem řízení, z něhož napadené rozhodnutí krajského soudu vzešlo (§ 102 s. ř. s.), a je zastoupen advokátem (§ 105 odst. 2 s. ř. s.). Poté soud přistoupil k přezkoumání napadeného rozsudku v mezích rozsahu kasační stížnosti a uplatněných důvodů, přičemž zkoumal, zda netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.), a dospěl k závěru, že kasační stížnost není důvodná.
[15] Stěžovatel namítá, že řízení před soudem bylo stiženo vadou, která mohla mít za následek nezákonné rozhodnutí o věci samé [§ 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s.]. Tato vada podle něj spočívala v tom, že krajský soud rozhodl bez nařízení jednání ještě před tím, než stěžovatel zareagoval na vyjádření žalovaného.
[16] Podle § 51 odst. 1 s. ř. s., ve znění účinném do 31. 12. 2025, „[s]oud může rozhodnout o věci samé bez jednání, jestliže to účastníci shodně navrhli nebo s tím souhlasí. Má se za to, že souhlas je udělen také tehdy, nevyjádří‑li účastník do dvou týdnů od doručení výzvy předsedy senátu svůj nesouhlas s takovým projednáním věci; o tom musí být ve výzvě poučen.“.
[17] Podle § 74 odst. 1 s. ř. s. „[p]ředseda senátu doručí žalobu žalovanému do vlastních rukou a doručí ji těm osobám zúčastněným na řízení, jejichž okruh je ze žaloby zřejmý. Současně uloží žalovanému, aby nejdéle ve lhůtě jednoho měsíce předložil správní spisy a své vyjádření k žalobě; k žalobě nebo jinému návrhu, o kterém je soud povinen rozhodnout ve lhůtách počítaných na dny, je žalovaný povinen předložit správní spisy a své vyjádření bez zbytečného odkladu. Došlé vyjádření doručí žalobci a osobám zúčastněným na řízení; přitom může žalobci uložit, aby podal repliku. Předseda senátu může uložit i jiným osobám nebo úřadům, aby předložily své spisy k projednání věci potřebné, popřípadě také sdělily své stanovisko k věci.“.
[18] Stěžovatel netvrdí, že by s rozhodnutím krajského soudu bez nařízení jednání nesouhlasil. Ani ze spisu krajského soudu nevyplývá, že by stěžovatel takový nesouhlas uvedl v žalobě či kdykoli poté. Zároveň lze konstatovat, že krajskému soudu žádné ustanovení neukládá, aby stanovil žalobci určitou lhůtu, v níž může reagovat na vyjádření žalovaného; citovaný § 74 odst. 1 s. ř. s. pouze stanoví, že předseda senátu může (avšak nemusí) uložit žalobci repliku podat. Z ničeho rovněž nevyplývá, že by měl krajský soud na repliku žalobce určitou specifickou dobu vyčkávat. Stěžovatel však dovozuje, že v situaci, kdy krajský soud rozhoduje bez nařízení jednání, by měl dbát na to, aby byl účastníkům dán dostatečný prostor k vyjádření se k argumentaci protistrany. S tímto závěrem lze obecně souhlasit, ovšem rozhodnutí, na která stěžovatel v rámci své argumentace odkazuje, byla vydána v případech výrazně odlišných od projednávané věci.
[19] Nález Ústavního soudu ze dne 28. 2. 2012, sp. zn. IV. ÚS 2319/11, se týkal posouzení, jestli a v jaké podobě byla uzavřena smlouva o poskytování elektronických služeb. Vůbec v něm nešlo o rozhodnutí bez vyčkání na repliku druhé strany. Ve věci posuzované nálezem ze dne 3. 4. 2012, sp. zn. IV. ÚS 2119/11, pak Ústavní soud posuzoval, zda náklady vynaložené na vyjádření k dovolání byly, či nebyly vynaloženy účelně. Ústavní soud sice připomněl princip kontradiktorního řízení, jeho obecná východiska však nevedou k žádnému konkrétnímu závěru pro nyní posuzovanou věc. Rozsudkem ze dne 27. 11. 2014, č. j. 4 As 208/2014‑39, Nejvyšší správní soud zrušil rozsudek krajského soudu v situaci, kdy žalobkyni v rozporu s § 74 odst. 1 s. ř. s. vůbec nebylo zasláno vyjádření žalovaného správního orgánu. V případě rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 2. 2006, č. j. 2 Afs 121/2005‑60, sice krajský soud žalobci vyjádření žalovaného zaslal, ovšem učinil tak pouhých 7 dní před vydáním rozsudku. V oné věci však navíc nebyly splněny ani podmínky pro rozhodnutí bez nařízení jednání. V rozsudku ze dne 9. 12. 2024, č. j. 6 Azs 195/2024‑30, šlo o žadatele o mezinárodní ochranu, kteří nerozuměli česky. Poučení ve smyslu § 51 odst. 1 s. ř. s. jim bylo doručeno před tím, než jim byl ustanoven zástupce. Tomuto zástupci navíc bylo vyjádření žalovaného doručeno až společně s rozsudkem ve věci samé.
[20] Naopak v nynějším případě je stěžovatelem česká právnická osoba, od počátku soudního řízení zastoupená advokátem. Vyjádření žalovaného ze dne 14. 5. 2025 bylo zástupci stěžovatele doručeno dne 21. 5. 2025 spolu s výzvou podle § 51 odst. 1 s. ř. s. ze dne 15. 5. 2025, č. j. 65 A 27/2025‑29. Lhůta pro případné vyjádření nesouhlasu s rozhodnutím bez nařízení jednání tudíž skončila dne 4. 6. 2025. Až do tohoto dne měl stěžovatel jistotu, že krajský soud nerozhodne v jeho neprospěch (k případnému rozhodnutí před uplynutím lhůty by musel nařídit jednání, o čemž by se stěžovatel dozvěděl). Po uplynutí lhůty se však již stěžovatel nemohl spoléhat na to, že krajský soud v blízké době nerozhodne. Je sice pravdou, že řízení před správními soudy zpravidla trvá několik měsíců, ovšem podle § 56 odst. 3 s. ř. s., ve znění účinném do 31. 12. 2025, soud projednával a rozhodoval přednostně mimo jiné veškeré žaloby proti nezákonnému zásahu správního orgánu (a s výjimkou výlučně deklaratorních zásahových žalob to platí i nadále). Lze připomenout, že účelem tohoto pravidla je zajištění efektivní soudní ochrany žalobcům, kteří tvrdí, že správní orgány nezákonně zasahují do jejich práv (srov. např. KÜHN, Z., KOCOUREK, T. a kol. Soudní řád správní: Komentář. [Systém ASPI]. Wolters Kluwer. ASPI_ID KO150_2002CZ. Dostupné z: www.aspi.cz.). I v nynějším případě bylo v zájmu stěžovatele, aby krajský soud o jeho zápůrčí zásahové žalobě rozhodl co nejdříve. Jeho argument údajnou průměrnou délkou řízení s tím, že měl krajský soud v jeho případě rozhodnout příliš brzo, působí v tomto kontextu naprosto absurdně.
[21] Stěžovateli nic nebránilo ve lhůtě pro sdělení nesouhlasu s rozhodnutím bez nařízení jednání na vyjádření žalovaného zareagovat. Vyjádření žalovaného mělo pouhých 8 stran, samotná argumentace začínala v polovině strany čtvrté. Pokud stěžovatel i přesto nestihl repliku zpracovat dříve, mohl tuto skutečnost krajskému soudu sdělit a požádat jej, aby s rozhodnutím posečkal. To však stěžovatel neučinil ani v rámci lhůty podle § 51 odst. 1 s. ř. s., ani následně během bezmála dvou týdnů před rozhodnutím krajského soudu. Krajský soud se tedy neměl jak dozvědět, že stěžovatel zamýšlí na vyjádření žalovaného reagovat. Nelze mu tedy vyčítat, pokud rozhodl 13 dní poté, co byl spis k rozhodnutí bez nařízení jednání připraven. Námitka, že krajský soud měl vyčkat na repliku stěžovatele, tedy není důvodná.
[22] Věcně stěžovatel namítá, že žalovaný se vedením daňové kontroly dopouštěl nezákonného zásahu do jeho práv.
[23] Podle § 82 s. ř. s. „[k]aždý, kdo tvrdí, že byl přímo zkrácen na svých právech nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením (dále jen ‚zásah‘) správního orgánu, který není rozhodnutím, a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo, může se žalobou u soudu domáhat ochrany proti němu nebo určení toho, že zásah byl nezákonný.“.
[24] Podle ustálené judikatury daňová kontrola představuje zásah do veřejných subjektivních práv daňového subjektu. Aby však zásahová žaloba proti zahájení a vedení daňové kontroly mohla být úspěšná, muselo by jít o daňovou kontrolu nezákonnou. Nezákonnost daňové kontroly v projednávané věci stěžovatel spatřuje v tom, že žalovaný v rozporu s § 145 odst. 2 daňového řádu nevydal výzvu k podání dodatečných daňových přiznání k DPH.
[25] Podle § 145 odst. 2 daňového řádu, „[p]okud lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, může správce daně vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení a stanovit náhradní lhůtu. Nevyhoví‑li daňový subjekt této výzvě ve stanovené lhůtě, může správce daně doměřit daň podle pomůcek.“.
[26] Stěžovatel odkazuje především na již zmiňované usnesení ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014‑55, v němž rozšířený senát Nejvyššího správního soudu dospěl k závěru, že „[d]ozví‑li se správce daně jinak než na základě daňové kontroly (zejména z poznatků při správě jiných daní, z informací od jiných orgánů či soukromých subjektů nebo z vlastní vyhledávací činnosti) o skutečnostech či důkazech nasvědčujících tomu, že by daňovému subjektu měla být určitá daň doměřena, je zásadně povinen daňový subjekt o tom zpravit a vyzvat jej podle § 145 odst. 2 věty první daňového řádu k podání dodatečného daňového tvrzení“. Lze připomenout, že stěžejním argumentem pro tento závěr byla skutečnost, že v případě doměření daně z moci úřední (tedy na základě výsledku daňové kontroly) má daňový subjekt povinnost platit penále (bod 58 citovaného usnesení). Zároveň je třeba zdůraznit, že rozšířený senát v citovaném usnesení nepřijal závěr kategorický. Použitím slova „zásadně“ připustil, že mohou nastat situace, v nichž by vydání výzvy podle § 145 odst. 2 daňového řádu nebylo účelné. Některé možné příklady dokonce sám vyjmenoval (bod 60 citovaného usnesení).
[27] Zákonem č. 283/2020 Sb., kterým se mění zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů, a další související zákony, byl z účinností od 1. 1. 2021 do daňového řádu vložen mj. § 87 odst. 4.
[28] Podle tohoto ustanovení, „[d]ojde‑li k zahájení daňové kontroly bez předchozí výzvy k podání daňového tvrzení, ačkoli byl naplněn důvod pro vydání této výzvy, nemá tato skutečnost vliv na účinky tohoto zahájení. Daňovému subjektu nevzniká povinnost uhradit penále z částky daně stanovené na základě takto zahájené daňové kontroly.“.
[29] V obecné části důvodové zprávy k zákonu č. 283/2020 Sb. (sněmovní tisk č. 841, 8. volební období, 2017/2021, digitální repozitář Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR) předkladatel zákona shrnuje vztah kontrolních postupů k výzvě podle § 145 odst. 2 daňového řádu následovně: „Návrh zákona nově upraví situaci, kdy dojde k zahájení daňové kontroly bez toho, aniž by byla před tím ze strany správce daně vydána výzva k podání daňového tvrzení, resp. jsou řešeny následky takové situace. Absence výzvy k podání daňového tvrzení nebude mít za následek zpochybnění účinků zahájení daňové kontroly ani závěrů v ní zjištěných. Skutečnost, že daňový subjekt byl nesprávným postupem správce daně připraven o možnost napravit své pochybení dobrovolně a předejít tak vzniku penále podle § 251 daňového řádu, bude kompenzována tím, že vznik povinnosti uhradit penále bude ze zákona vyloučen (a to penále v celé výši doměřené daně). Navržená změna navazuje na poměrně bohatou judikaturu v této věci, např. rozsudky [správně „rozhodnutí“ – pozn. NSS] Nejvyššího správního soudu [č. j.] 1 Afs 183/2014‑55, 10 Afs 105/2015‑44 nebo 6 Afs 61/2018‑30.“
[30] Novela tedy vychází z judikatury Nejvyššího správního soudu a nově vytváří specifické pravidlo pro situace, kdy správce daně nevydá výzvu podle § 145 odst. 2 daňového řádu, přestože pro takový postup byly splněny podmínky. Ve zvláštní části důvodové zprávy k § 87 odst. 4 daňového řádu pak předkladatel shrnuje základní premisy (přednost výzvy k podání daňového tvrzení) a podrobněji se zabývá situacemi, kdy je z pohledu cíle správy daní účelnější rovnou zahájit daňovou kontrolu. Tento odstavec cituje i stěžovatel. Důvodová zpráva však dále zdůrazňuje, že správce daně může zahájit daňovou kontrolu namátkově, příp. tehdy, pokud má určité indicie o nesprávnosti daňového tvrzení, které však nejsou dostatečně konkrétní. Následně se důvodová zpráva zabývá i situacemi, kdy správce daně zahájí daňovou kontrolu, přestože měla být vydána výzva podle § 145 odst. 2 daňového řádu: „Z důvodu právní jistoty je explicitně zmíněn důsledek situace, kdy daňová kontrola bude zahájena, aniž by správce daně vydal výzvu k podání daňového tvrzení, ačkoli došlo k naplnění podmínky pro její vydání stanovené v § 145 daňového řádu. Závěr o tom, že tato podmínka nebyla naplněna, přitom nemusí být zřejmý ihned, ale může vzejít až z následného přezkumu postupu správce daně. Důsledkem takového pochybení nemůže být zpochybnění účinků zahájení daňové kontroly (včetně přerušení běhu lhůty pro stanovení daně), a tedy ani její nezákonnost a nepoužitelnost provedených důkazních prostředků. Skutečnost, že daňový subjekt byl nesprávným postupem správce daně připraven o možnost napravit své pochybení dobrovolně a předejít tak vzniku penále podle § 251 daňového řádu, je kompenzována tím, že bude ze zákona vyloučen vznik povinnosti uhradit penále.“.
[31] Z uvedené citace je zřejmé, že v případech, kdy správce daně před zahájením daňové kontroly nesprávně nevydá výzvu k podání dodatečného daňového tvrzení, jde toliko o dílčí pochybení, pro něž nelze celou daňovou kontrolu označit za nezákonnou. Zákonodárce v tomto ohledu upřednostnil zájem na právní jistotě a dosažení základního cíle správy daní, jímž je správné zjištění a stanovení daní a zabezpečení jejich úhrady.
[32] Nejvyšší správní soud dále poznamenává, že je primárně povinností daňových subjektů tvrdit daň ve správné výši (zásada autoaplikace). Pokud dojde k nesprávnému tvrzení daně nižší, je povinností daňového subjektu nesrovnalost ze své iniciativy napravit podáním dodatečného daňového přiznání (§ 141 odst. 1 daňového řádu). K případnému pochybení správce daně spočívajícímu v nevydání výzvy k podání dodatečného daňového přiznání tedy může dojít pouze v situaci, kdy došlo minimálně ke dvěma pochybením na straně daňového subjektu (nesprávné řádné daňové tvrzení a následně nepodání dodatečného daňového tvrzení). I z tohoto pohledu je tudíž logické, pokud následné pochybení správce daně nevede k nezákonnosti celého kontrolního postupu, ale pouze k odstranění důsledku tohoto pochybení (povinnosti hradit penále).
[33] K jednoznačnému závěru, že nevydání výzvy podle § 145 odst. 2 daňového řádu již nemůže zapříčinit nezákonnost daňové kontroly, Nejvyšší správní soud dospěl v rozsudku ze dne 4. 10. 2024, č. j. 7 Afs 104/2024‑27: „Dle § 87 odst. 4 daňového řádu totiž, dojde‑li k zahájení daňové kontroly bez předchozí výzvy k podání daňového tvrzení, ačkoli byl naplněn důvod pro vydání této výzvy, nemá tato skutečnost vliv na účinky tohoto zahájení. Daňovému subjektu nevzniká povinnost uhradit penále z částky daně stanovené na základě takto zahájené daňové kontroly. Jak správně uvádí krajský soud, i případné pochybení žalovaného spočívající v tom, že zahájil daňovou kontrolu bez toho, aniž by nejdříve využil postup podle § 145 odst. 2 daňového řádu, nemá vliv na zákonnost daňové kontroly a nepředstavuje nezákonný zásah.“ Nyní rozhodující pátý senát zdejšího soudu neshledal žádný důvod se od právního názoru sedmého senátu odchýlit.
[34] Jelikož ani zahájení daňové kontroly bez předchozího vydání výzvy podle § 145 odst. 2 daňového řádu nemůže zapříčinit nezákonnost daňové kontroly, není pro posouzení této věci relevantní otázka, zda v tomto případě byly naplněny podmínky pro vydání výzvy, či nikoli. Na to stěžovatele upozornil již krajský soud v napadeném rozsudku. Stěžovatel však přesto obsáhle polemizuje s názorem žalovaného, podle něhož žalovaný neměl dostatek informací o nesprávnosti řádných daňových přiznání stěžovatele k DPH. Ani Nejvyšší správní soud se tedy touto argumentací, která vůbec nesměřuje proti závěrům napadeného rozsudku, nezabýval. Z téhož důvodu nebyly relevantní ani důkazy, které stěžovatel k této otázce navrhl (faktury, e‑mailová komunikace a čestné prohlášení), a Nejvyšší správní soud je tedy již z tohoto důvodu neprováděl.
[35] Skutečnost, že žalovaný v případě stěžovatele neshledal důvody k aplikaci § 87 odst. 4 daňového řádu, v aktuálním znění, vyplynula z jeho rozhodnutí vydaných až po nyní napadeném rozsudku. Proti stanovení penále jakožto součásti dodatečných platebních výměrů se lze (po vyčerpání opravných prostředků v daňovém řízení a v příslušné lhůtě) bránit prostřednictvím žaloby proti rozhodnutí správního orgánu (§ 65 a násl. s. ř. s.), vůči níž je zápůrčí zásahová žaloba subsidiární (§ 85 s. ř. s.).
IV.
Závěr a náklady řízení
[36] Nejvyšší správní soud neshledal kasační stížnost důvodnou, a proto ji v souladu s § 110 odst. 1 větou poslední s. ř. s. zamítl.
[37] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti rozhodl Nejvyšší správní soud podle § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. Žalovaný měl ve věci úspěch, náleželo by mu tedy vůči neúspěšnému stěžovateli právo na náhradu nákladů, které v řízení důvodně vynaložil. Žalovanému však v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec běžné administrativní činnosti nevznikly, proto mu soud jejich náhradu nepřiznal.
Poučení:Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné (§ 53 odst. 3, § 120 s. ř. s.).
V Brně dne 30. března 2026
JUDr. Jakub Camrda v. r.
předseda senátu
