Správce daně uložil žalobci pokutu za pozdní podání přiznání (nepodal jej) s tím, že mezi stranami bylo sporné, zda mělo být přiznání podáno (subjekt tvrdil, že metylester řepkového oleje nebyl vybraným výrobkem a tedy předmětem spotřební daně).
Daňový subjekt rozhodnutí o vyměření daně ze dne 16.2. 2015 napadl u soudu a ten jej v prosinci 2017 zrušil. S ohledem na tuto skutečnost zrušil i sporné rozhodnutí o uložení pokuty.
NSS však dal za pravdu správci daně a uvedl, že pokutu bylo možné uložit, pokud v době jejího uložení (18.2. 2015) existoval rozhodnutí o vyměření daně (byť nepravomocné), které její uložení umožnilo, byť toto rozhodnutí bylo následně zrušeno. Krajský soud je povinen vycházet ze skutkového a právního stavu platného v době vydání rozhodnutí a ten uložení pokuty umožnil.
Za zmínku stojí mimo jiné toto konstatování soudu, tedy sdělení, jak by měl správce daně postupovat při zrušení "primárního" rozhodnutí o vyměření daně:
[19] Nejvyšší správní soud podotýká, že dle § 2 odst. 5 daňového řádu úroky, penále a pokuta za opožděné tvrzení daně sledují osud daně. Správce daně je tak povinen, v případě zrušení rozhodnutí na daň, následně zrušit navazující a související rozhodnutí ve věci příslušenství, která se ke zrušené dani váží. Je tedy věcí správce daně, aby výsledek daňového řízení ve věci stanovení daně reflektoval, a dále postupoval dle uvedeného ustanovení. Jinými slovy, dojde-li ke zrušení platebního výměru na daň, ať již samotným postupem správce daně, resp. stěžovatele nebo v důsledku soudního rozhodnutí, je správce daně přímo ex lege povinen zrušit rovněž platební výměr na pokutu. Pokud správce daně přistoupil k vydání platebního výměru na pokutu, aniž by vyčkával na výsledek soudního přezkumu daně, nelze v tom spatřovat porušení žádného ustanovení daňového řádu; správce daně však poté musí brát v potaz i možné případné následky dle § 254 daňového řádu.
