Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy senátu JUDr. Jakuba Camrdy a soudců Mgr. Petra Pospíšila a JUDr. Viktora Kučery v právní věci žalobce: KSP Computer & Services, s. r. o., sídlem Havlíčkova 1680/13, Praha, zastoupený JUDr. Jakubem Hlínou, LL.M., advokátem sídlem Havlíčkova 1680/13, Praha, proti žalovanému: Finanční úřad pro hlavní město Prahu, sídlem Štěpánská 619/28, Praha, o kasační stížnosti žalobce proti usnesení Městského soudu v Praze ze dne 24. 11. 2025, č. j. 18 Af 13/2025‑26,
takto:
I. Kasační stížnost se zamítá.
II. Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] V projednávané věci se Nejvyšší správní soud zabýval tím, jaký žalobní typ má ve správním soudnictví použít daňový subjekt, jemuž správce daně dle jeho tvrzení zadržuje úrok z nesprávně stanovené daně dle § 254 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád.
[2] Na základě provedené daňové kontroly žalovaný sedmnácti dodatečnými platebními výměry ze dne 21. 12. 2022 doměřil žalobci daň z přidané hodnoty za zdaňovací období červenec až prosinec 2018, únor a březen 2019, květen až prosinec 2019 a leden 2020 v celkové výši 10 027 878 Kč a stanovil související penále ve výši 2 005 582 Kč. Proti dodatečným platebním výměrům podal žalobce odvolání, která žalovaný sedmnácti rozhodnutími ze dne 28. 3. 2023 zamítl pro opožděnost a odvolací řízení zastavil. Odvolání, která proti těmto rozhodnutím žalobce podal, zamítlo Odvolací finanční ředitelství rozhodnutím ze dne 19. 3. 2024. Žalobu, jíž žalobce brojil proti rozhodnutí odvolacího orgánu, Městský soud v Praze zamítl rozsudkem ze dne 19. 9. 2024, č. j. 10 Af 9/2024‑75. Tento rozsudek, jakož i rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství, ovšem ke kasační stížnosti žalobce zrušil Nejvyšší správní soud rozsudkem ze dne 28. 4. 2025, č. j. 4 Afs 217/2024-59, a věc vrátil odvolacímu orgánu k dalšímu řízení. Shledal totiž, že odvolací orgán i městský soud pochybily, pokud měly za to, že dodatečné platební výměry byly správně doručeny zástupci ProFid s. r. o. a odvolání tudíž bylo podáno opožděně. Žalobce totiž v doměřovacím řízení zastupoval JUDr. Hlína, a právě jemu měl správce daně doručovat dodatečné platební výměry.
[3] Následně žalovaný rozhodnutím ze dne 16. 6. 2025 zrušil původní rozhodnutí o zamítnutí odvolání pro opožděnost a postoupil odvolání odvolacímu orgánu k věcnému přezkumu.
[4] Dne 9. 6. 2025 žalovaný obdržel podání označené jako Žádost o výplatu úroku z nesprávně stanovené daně podle ustanovení § 254 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád (dále jen „DŘ“). Žalobce v něm uvedl, že dle názoru orgánů finanční správy nabyly dodatečné platební výměry právní moci dne 21. 1. 2023. I když s tímto názorem nesouhlasil, doměřenou daň i penále uhradil, aby minimalizoval úroky z prodlení. Dle názoru Nejvyššího správního soudu ovšem dodatečné platební výměry dosud nebyly žalobci doručeny a nebyla tak pravomocně stanovena daň. Doměřená daň tak byla stanovena k úhradě nesprávně. Proto žalobce požádal žalovaného „o přiznání a vyplacení úroku z nesprávně stanovené daně ve smyslu § 254 DŘ, a to ode dne údajného nabytí právní moci dodatečných platebních výměrů související s doměřenou daní do data vydání rozsudku, tedy do dne 28. 4. 2025“.
[5] V reakci na žádost žalovaný zaslal žalobci dne 2. 7. 2025 Sdělení č. j. 5681159/25/2001-52525-111013. Uvedl, že na základě rozsudku Nejvyššího správního soudu plně vyhověl odvolání a zrušil napadená rozhodnutí ze dne 28. 3. 2023 o zamítnutí odvolání pro opožděnost. Zrušením těchto rozhodnutí „se celá věc dostala zpět do nalézací fáze odvolacího řízení, vedeného v souvislosti s dodatečnými platebními výměry (...), kdy bude možno věc posuzovat meritorně s ohledem na stále běžící lhůtu pro stanovení daně“. Uzavřel, že vzhledem k tomu „k dnešnímu dni neeviduje u daňového subjektu žádný úrok z nesprávně stanovené daně“.
[6] Proti tomuto sdělení podal žalobce dne 26. 7. 2025 námitku dle § 159 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád. Konstatoval, že dne 24. 1. 2022 provedl úhradu částky 7 500 000 Kč a dne 25. 11. 2022 úhradu částky 2 527 878,20 Kč, které byly posléze dne 6. 2. 2023 zaúčtovány na nesprávně stanovenou daň. S ní tak žalovaný disponuje od 6. 2. 2023 dosud. Drží tak peněžní prostředky, které ovšem žalobce vůbec neměl hradit, neboť daň nebyla řádně ani pravomocně stanovena, neměla být předepsána k úhradě a následná úhrada neměla být zaúčtována. Nezákonně předepsaná daňová povinnost se stala nesprávně stanovenou daní, kterou žalobce uhradil a žalovaný neoprávněně zaúčtoval, pročež žalobci náleží úrok dle § 254 daňového řádu.
[7] Žalovaný rozhodnutím ze dne 26. 8. 2025, č. j. 6931044/25/2001-52521-111013, námitku zamítl. S odkazem na znění § 254 daňového řádu uvedl, že v současné době probíhá odvolací řízení. Daň tak zákonitě nemohla být stanovena a žalobce nemá nárok na vyplacení úroku z nesprávně stanovené daně.
II. Řízení před městským soudem
[8] Proti postupu žalovaného žalobce brojil dne 22. 10. 2025 podáním žaloby na ochranu před nezákonným zásahem správního orgánu. Uvedl, že jednání žalovaného spočívající v neoprávněném zadržování úroku z nesprávně stanovené daně představuje trvající zásah, který počal dne 6. 2. 2023 a nebyl ke dni podání žaloby ukončen. Daný úrok vzniká ze zákona a má být vyplacen z úřední povinnosti. Započtením přeplatku na nesprávně stanovenou daň došlo k zásahu do práv žalobce, kdy po určitou dobu nemohl nakládat s postiženým majetkem. Právě tuto škodu má úrok nahradit. Žalobce navrhl, aby městský soud jednak deklaroval, že zadržování úroku z nesprávně stanovené daně dle dodatečných platebních výměrů za období od 6. 2. 2023 do 30. 4. 2025 je nezákonným zásahem, jednak žalovanému zakázal pokračovat v porušování práv žalobce a přikázal mu odstranit důsledky zásahu vyplacením příslušného úroku do 30 dnů od právní moci rozsudku.
[9] Městský soud měl ovšem za to, že v daném případě se žalobce nemohl domáhat ochrany práv prostřednictvím zásahové žaloby, ale žaloby proti rozhodnutí správního orgánu. Proto žalobce usnesením ze dne 5. 11. 2025 vyzval k odstranění vad žaloby formou její formulační úpravy tak, aby splňovala náležitosti žaloby proti rozhodnutí správního orgánu dle § 65 a násl. zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní („s. ř. s.“), ve lhůtě jednoho týdne.
[10] V reakci na tuto výzvu ze dne 18. 11. 2025 žalobce městskému soudu sdělil, že rozhodnutí o námitce nenaplňuje materiální znaky rozhodnutí dle § 65 s. ř. s., ale nezákonného zásahu dle § 82 s. ř. s. Navrhl, aby soud rozhodl o podané zásahové žalobě.
[11] Městský soud následně zásahovou žalobu odmítl usnesením ze dne 24. 11. 2025 pro nepřípustnost dle § 46 odst. 1 písm. d) ve spojení s § 85 s. ř. s. V odůvodnění uvedl, že ačkoli se ve věci úroku z nesprávně stanovené daně nevede žádné formalizované řízení a nárok na takový úrok vzniká ze zákona, ve věci bylo vydáno rozhodnutí o námitce. Tím byl celý postup „zprocesněn“ a žalobce měl žalobou brojit proti tomuto rozhodnutí. V otázce, zda je rozhodnutí o námitce zároveň rozhodnutím dle § 65 s. ř. s., přitom vždy záleží na tom, proti jakému úkonu správce daně námitka směřuje. Proto se městský soud již v usnesení ze dne 5. 11. 2025 zaměřil na judikatorní závěry ohledně úroku z nesprávně stanovené daně (či dříve úroku z neoprávněného jednání správce daně). Tyto závěry žalobce explicitně nerozporuje, jím zmiňovaná judikatura na nyní řešenou situaci přímo nedopadá. Městský soud zdůraznil, že pokud ve věci není podána námitka, může se daňový subjekt domáhat vyplacení úroku z nesprávně stanovené daně cestou zásahové žaloby. Pokud se však brání podáním námitky, je rozhodnutí o ní podle § 159 ve spojení s § 251a odst. 4 daňového řádu rozhodnutím ve smyslu § 65 s. ř. s. Žalovaný rozhodl o tom, že žalobce na požadovaný úrok nemá nárok. Postup žalovaného tak neměl pouze informativní charakter. Žalovaný nesděloval žalobci jen stav jeho daňového účtu, ale zcela jasně vyjevil svůj pohled na žalobcův nárok na požadovaný úrok. Nejde tedy toliko o zadržování určité částky úroku, ale o formalizované vyjádření závazného názoru žalovaného na existenci žalobcova nároku. Nejde ani o otázku správnosti evidence daní, v níž by zásahová žaloba byla přípustná. V projednávané věci byla přípustná žaloba proti rozhodnutí správního orgánu, žalobce však i přes poučení setrval na zásahové žalobě.
III. Kasační stížnost
[12] Žalobce („stěžovatel“) podal proti usnesení městského soudu včasnou kasační stížnost. Navrhl, aby je Nejvyšší správní soud zrušil a věc vrátil městskému soudu k dalšímu řízení.
[13] Stěžovatel zopakoval, že žalovaný mu neoprávněně zadržoval úrok z nesprávně stanovené daně dle § 254 daňového řádu. Z tohoto ustanovení plyne, že o nároku na tento úrok se nevydává konstitutivní rozhodnutí. Daňový řád neupravuje žádné formalizované řízení o stanovení tohoto úroku, které by mělo být zakončeno vydáním individuálního správního aktu. Úrok vzniká ze zákona a má být vyplacen z úřední povinnosti. Proto je jeho zadržování nezákonným zásahem podle § 82 s. ř. s.
[14] Závěr městského soudu o zprocesnění postupu žalovaného je nesprávný a rozporný se smyslem a účelem zákona. Za rozhodnutí správního orgánu dle § 65 s. ř. s. je nutno považovat pouze takové rozhodnutí, kterým se zakládají, mění, ruší nebo závazně určují práva nebo povinnosti. Sdělením žalovaného však stěžovateli žádná práva nebo povinnosti nebyla založena, zrušena, změněna či závazně určena. Právo na vyplacení úroku je založeno zákonem, nikoli vydáním individuálního správního aktu. Správci daně není dán prostor, aby v rámci svého správního uvážení rozhodoval o tom, zda daňový subjekt má nebo nemá na úrok právo a v jaké výši mu úrok náleží. Žalovaný tedy stěžovatele sdělením ze dne 2. 7. 2025 pouze informoval o tom, že úrok z nesprávně stanovené daně není na jeho osobním daňovém účtu evidován. Na tom nic nemění ani vydání rozhodnutí o námitce, neboť, jak plyne z judikatury, uplatněním námitky ve věci žádná hmotná práva nevznikají. Vždy je totiž nezbytné posoudit, proti jakému úkonu správce daně námitka směřovala. Tím je v dané věci právě sdělení žalovaného ze dne 2. 7. 2025.
[15] Pokud by byl názor městského soudu o „zprocesnění“ správný, bylo by možné podat žalobu dle § 65 s. ř. s. i proti o námitce podané proti vyrozumění o výši nedoplatku či potvrzení o stavu daňového účtu. Takovou možnost však judikatura konstantně odmítá. Stěžovatel současně poukázal na judikaturu, podle níž zadržování finančních prostředků představuje nezákonný zásah ve smyslu § 82 s. ř. s.
[16] Napadené usnesení je též vnitřně rozporné, tudíž i nepřezkoumatelné. Městský soud nejprve tvrdí, že podáním námitky nevznikají žádná hmotná práva, pročež je nezbytné zkoumat, proti jakému úkonu správce daně námitka směřovala, vzápětí však uvádí, že podáním námitky hmotná práva ve své podstatě vznikají, pokud v případě nepodání námitky se lze proti nevyplacení úroku z nesprávně stanovené daně bránit podáním zásahové žaloby, ale za situace, kdy je podána námitka, již zásahovou žalobu podat nelze.
IV. Vyjádření žalovaného a replika stěžovatele
[17] Žalovaný se ve vyjádření ke kasační stížnosti ztotožnil se závěry městského soudu a navrhl, aby Nejvyšší správní soud kasační stížnost zamítl. Zdůraznil, že rozhodnutím o námitce stěžovateli de facto nepřiznal nárok na úrok z nesprávně stanovené daně. Proto se jedná o rozhodnutí ve smyslu § 65 s. ř. s., které zasahuje do veřejných subjektivních práv stěžovatele. Naopak vyrozumění o nedoplatku do práv daňového subjektu nezasahuje, neboť pouze informuje o stavu věcí. Proto do práv daňového subjektu nezasahuje ani rozhodnutí o námitce proti tomuto vyrozumění.
[18] Stěžovatel v replice k vyjádření žalovaného zdůraznil, že o vyplacení úroku z nesprávně stanovené daně požádal nikoli kvůli „předčasné úhradě daně“, jak tvrdil žalovaný, ale proto, že po určitou dobu nemohl disponovat s dobrovolně uhrazenými finančními prostředky na svém osobním daňovém účtu, které žalovaný použil k umoření nesprávně stanovené daně. Dále zopakoval, že sdělení, jímž jej žalovaný pouze informoval o tom, že na jeho osobním daňovém účtu neeviduje příslušný úrok, nijak nezasahuje do práv stěžovatele, a proto nemůže být považováno za rozhodnutí dle § 65 s. ř. s. Takovým rozhodnutím proto nemůže být ani rozhodnutí o námitce proti takovému sdělení, neboť pouze zrcadlí obsah původního úkonu. Zmiňované sdělení navíc nebylo vydáno v rámci formalizovaného postupu a nesplňovalo ani formální náležitosti stanovené daňovým řádem.
V. Právní hodnocení Nejvyššího správního soudu
[19] Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že kasační stížnost je projednatelná. Následně přezkoumal rozsudek krajského soudu v rozsahu důvodů uplatněných v kasační stížnosti, včetně důvodů, ke kterým je povinen přihlížet z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3, 4 s. ř. s.). Shledal, že kasační stížnost není důvodná.
[20] Podstatou sporu je v daném případě otázka příslušného žalobního typu v situaci, kdy stěžovatel neuspěl u žalovaného s žádostí „o výplatu“, resp. „o přiznání a výplatu“ úroku z nesprávně stanovené daně podle § 254 daňového řádu. Žalovaný na žádost stěžovatele odpověděl sdělením, v němž uvedl, že takový úrok u stěžovatele aktuálně neeviduje. Proti tomuto sdělení podal žalobce námitku dle § 159 daňového řádu. Navrhl, aby žalovaný zjednal nápravu a „přistoupil k vyplacení úroku z nesprávně stanovené daně“, jenž stěžovateli ze zákona náleží a o jehož přiznání a vyplacení požádal. Žalovaný námitku zamítl rozhodnutím s tím, že stěžovatel nemá na vyplacení úroku z nesprávně stanovené daně nárok. Stěžovatel na danou situaci reagoval podáním zásahové žaloby, městský soud však měl za to, že na místě bylo podání žaloby proti rozhodnutí správního orgánu dle § 65 s. ř. s. Protože stěžovatel ani přes výzvu žalobu nezměnil, městský soud ji napadeným usnesením odmítl.
[21] S postupem a závěry městského soudu opírajícími se o přiléhavou judikaturu se Nejvyšší správní soud ztotožnil. Neshledal přitom důvodu, proč by se od této judikatury měl odchýlit. Zároveň v ní ani nenašel rozpory, pro něž by se musel obrátit na rozšířený senát NSS. Odůvodnění napadeného usnesení je přesvědčivé. Městský soud v návaznosti na jím provedený podrobný rozbor judikatury věc zasadil do příslušného procesního rámce.
[22] V nyní projednávané věci není nezbytné opakovat argumentaci již jednou vyřčenou městským soudem. Postačí citovat např. z rozsudku NSS ze dne 23. 2. 2023, č. j. 2 Afs 47/2022-42 (body 16, 17), jehož závěry na danou věc plně dopadají (na použitelnost tohoto rozsudku nemá žádný vliv, že se týkal dřívější verze úroku dle § 254 daňového řádu, totiž úroku z neoprávněného jednání správce daně): „Ustanovení daňového řádu upravující úhradu úroků hrazených správcem daně nestanoví pro postup správce daně formalizované správní řízení, které by mělo být zakončeno vydáním formalizovaného aktu obsahujícího stanovené náležitosti. Předpokládá toliko faktický postup správce daně a neukládá správci daně povinnost vydat o úroku z neoprávněného jednání správce daně rozhodnutí. Postačuje tak, pokud správce daně žádost daňového subjektu vyřídí neformálním sdělením. Takový písemný výstup informující o tom, jak správce daně s žádostí o úrok naložil, není rozhodnutím podle § 101 a násl. daňového řádu ani podle § 65 a násl. s. ř. s. Daňový řád současně obsahuje nástroj, jímž se může daňový subjekt domoci zprocesnění postupu správce daně. Je jím námitka podle § 254 odst. 5 daňového řádu ve znění účinném do 31. 12. 2020, případně podle § 251a odst. 4 daňového řádu ve znění nyní účinném, o níž je správce daně povinen vydat rozhodnutí. Proti takovému rozhodnutí lze podat žalobu ke správnímu soudu podle § 65 a násl. s. ř. s. (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 12. 2022, č. j. 2 Afs 60/2021-23). Podáním námitky dne 23. 4. 2021 došlo ke zprocesnění do té doby neformalizovaného postupu správce daně podle § 254 odst. 1 až 4 daňového řádu ve znění účinném do 31. 12. 2020. V tento okamžik přestala být vhodným způsobem ochrany stěžovatelčiných práv v řízení před soudem zásahová žaloba.“
[23] Nutno dodat, že v této souvislosti městský soud v bodě 13 napadeného usnesení správně odkázal též na rozsudek ze dne 29. 10. 2020, č. j. 5 Afs 470/2019-33, v němž Nejvyšší správní soud odmítl dvoukolejnost soudní ochrany v dané situaci. Tento závěr přitom výslovně aproboval i Ústavní soud v nálezu ze dne 24. 8. 2021, sp. zn. IV. ÚS 3523/20 (přestože jím současně rozsudek NSS z jiných důvodů zrušil).
[24] Stěžovatelem poukazované rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 5. 2022, č. j. 9 Afs 145/2021-54, a ze dne 19. 7. 2023, č. j. 9 Afs 86/2023-37, na uvedeném ničeho nemění, neboť se týkají jiných skutkových a právních situací. V prvně uvedeném rozsudku se kasační soud zabýval zásahem spočívajícím v neoprávněném zadržování finančních prostředků zajištěných na základě zajišťovacích příkazů bez účinného právního titulu. V posléze zmiňovaném rozsudku pak byla předmětem sporu povaha vyrozumění o nedoplatku na dani, přičemž NSS shledal, že nesprávnou evidencí daní na osobním daňovém účtu je možné zasáhnout do veřejných subjektivních práv daňového subjektu.
[25] V bodě 13 tohoto rozsudku NSS mimo jiné uvedl, že rozhodnutí o námitce „mířící proti aktu, který nesplňuje definiční znaky rozhodnutí podle § 65 odst. 1 s. ř. s., je v určitých případech možno napadnout žalobou proti rozhodnutí (rozsudky NSS č. j. 1 Afs 83/2019‑34 a č. j. 1 Afs 85/2019‑36). Tyto závěry ale neplatí obecně bez dalšího. Je třeba posoudit, proti čemu konkrétně námitky směřují a o jaké důvody se opírají (rozsudek NSS z 17. 10. 2022, č. j. 8 Afs 214/2020‑93).“ Právě v tomto ohledu je ovšem v nyní projednávané věci klíčový závěr městského soudu uvedený v bodu 14 napadeného usnesení o povaze a obsahu tvrzeného zkrácení na právech stěžovatele. Městský soud shledal, že postup žalovaného neměl „jen informativní charakter“, ale šlo „o formalizované vyjádření závazného názoru žalovaného na existenci nároku žalobkyně na výplatu úroku“. Současně dodal, že se nejednalo toliko „o zadržování určité částky úroku“, ani „o otázku správnosti pouhé evidence daní“. S tímto náhledem Nejvyšší správní soud plně souhlasí. Plně totiž odpovídá obsahu správního spisu. Jak uvedeno již výše, stěžovatel nepožádal žalovaného o sdělení stavu osobního daňového účtu, ale o přiznání a výplatu úroku z nesprávně stanovené daně podle § 254 daňového řádu. Tím sám vymezil předmět postupu žalovaného. Situacím, které při tomto postupu mohou nastat, pak odpovídají různé možnosti soudní ochrany. Nevyhovění žádosti stěžovatele ze strany žalovaného bylo způsobilé zkrátit stěžovatele na právech, a to bez ohledu na formu, jakou se tak stalo (zde sdělením ze dne 2. 7. 2025). Podal-li následně stěžovatel proti tomuto sdělení námitku, došlo vydáním rozhodnutí o námitce v souladu s citovanou judikaturou k „zprocesnění“ uvedeného relevantního zásahu do práv (lato sensu). Takové rozhodnutí pak spadá pod vymezení § 65 s. ř. s. a soudní ochrana proti němu je poskytována primární formou žaloby proti rozhodnutí správního orgánu.
[26] Setrval-li stěžovatel i přes řádné poučení městského soudu na původně podané zásahové žalobě, nelze usnesení o odmítnutí takové žaloby podle § 46 s. ř. s. hodnotit jako nezákonné.
VI. Závěr a náklady řízení
[27] Na základě výše uvedeného Nejvyšší správní soud shledal, že kasační stížnost není důvodná. Proto ji podle § 110 odst. 1 věty poslední s. ř. s. zamítl.
[28] O náhradě nákladů řízení soud rozhodl na základě § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. podle úspěchu ve věci. Žalovanému, jemuž by jinak právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti příslušelo, dle obsahu spisu v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti nevznikly, proto mu soud náhradu nákladů řízení nepřiznal.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 10. dubna 2026
JUDr. Jakub Camrda
předseda senátu
