52 Af 10/2025 - 79 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	52 Af 10/2025 - 79
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	22. 4. 2026
Kategorie:	Daň z přidané hodnoty

Celé znění judikátu:

žalobce: J. V., nar. XXX, IČO: XXX,

bytem XXX,

zastoupený daňovým poradcem společností Bortlík T&A, s. r. o.,

sídlem Palackého 75/21, 779 00 Olomouc,

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství,

sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno,

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 13. 6. 2025, č. j. 16189/25/5300-21444-711869,

takto:

Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 13. 6. 2025, č. j. 16189/25/5300-21444-711869, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
Žalovaný je povinen zaplatit žalobci náklady řízení ve výši 27 539 Kč, a to k rukám jeho zástupce Bortlík T&A, s. r. o., daňového poradce, ve lhůtě do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

Odůvodnění:

Vymezení věci

Žalobce se žalobou domáhal zrušení rozhodnutí žalovaného ze dne 13. 6. 2025, č. j. 16189/25/5300-21444-711869, jímž žalovaný změnil dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro Pardubický kraj ze dne 31. 10. 2023, č. j. 1592918/23/2801-51521-608648, vydaný na daň z přidané hodnoty za zdaňovací období červen 2019. Žalovaný snížil původně doměřenou daň z přidané hodnoty z částky 430 933 Kč na částku 83 816 Kč a odpovídajícím způsobem změnil též penále na částku 16 764 Kč.
Po rozhodnutí žalovaného zůstalo sporné jediné plnění, a to dodání havarovaného automobilu Mercedes-Benz GLA, VIN: X, podle daňového dokladu č. 1042019 s datem uskutečnění zdanitelného plnění 1. 6. 2019, vystaveného pro slovinského odběratele MODRONN D.O.O., DIČ pro účely DPH: X, za cenu 15 500 EUR, tj. 399 125 Kč.
Žalovaný dospěl k závěru, že žalobce neprokázal splnění podmínek pro osvobození od daně při dodání zboží do jiného členského státu podle § 64 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění účinném pro rozhodné zdaňovací období (dále jen „ZDPH“). Podle žalovaného žalobce zejména neprokázal faktickou přepravu předmětného automobilu z tuzemska do jiného členského státu. Uplatněné osvobození proto žalovaný neuznal a dané plnění posoudil jako tuzemské zdanitelné plnění zatížené daní na výstupu.
Žalobce v žalobě uplatnil čtyři okruhy námitek. Namítal zaprvé porušení zásady volného hodnocení důkazů, zadruhé porušení práva vyjádřit se k dosavadnímu výsledku kontrolního zjištění, zatřetí nepřípustné přesunutí těžiště dokazování do odvolacího řízení a začtvrté nesprávné posouzení rozsahu důkazního břemene.
Žalovaný ve vyjádření k žalobě navrhl její zamítnutí. Setrval na závěru, že žalobce neprokázal přepravu předmětného vozidla do jiného členského státu a že podklady získané prostřednictvím mezinárodní spolupráce svědčí naopak o přepravě vozidla do Severní Makedonie.
Žalobce v replice zejména zdůraznil, že žalovaný nesprávně posoudil vztah mezi vývozním doprovodným dokladem, CMR listem č. 1114105 a registrační značkou X. Podle žalobce je údaj o této registrační značce uveden jak na vývozním doprovodném dokladu, tak v CMR listu č. X, včetně CMR listu poskytnutého daňovou správou Severní Makedonie. Žalobce z toho dovozoval, že vozidlo se dne 3. 6. 2019 nacházelo ve Slovinsku, odkud bylo dále vyvezeno do Severní Makedonie.
Soud přezkoumal napadené rozhodnutí v mezích žalobních bodů (§ 75 odst. 2 s. ř. s.) a vycházel ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování žalovaného (§ 75 odst. 1 s. ř. s.). Dospěl k závěru, že žaloba je důvodná.

II.

Posouzení věci soudem

II.a Právní rámec a meze soudního přezkumu

Pro zdaňovací období červen 2019 bylo rozhodné znění § 64 ZDPH účinné od 1. 1. 2014 do 31. 8. 2020. Podle § 64 odst. 1 ZDPH bylo dodání zboží do jiného členského státu plátcem osobě registrované k dani v jiném členském státě, které je odesláno nebo přepraveno z tuzemska plátcem nebo pořizovatelem nebo zmocněnou třetí osobou, osvobozeno od daně s nárokem na odpočet daně, s výjimkou dodání zboží osobě, pro kterou pořízení zboží v jiném členském státě není předmětem daně. Podle § 64 odst. 5 ZDPH bylo možné dodání zboží do jiného členského státu prokázat písemným prohlášením pořizovatele nebo zmocněné třetí osoby, že zboží bylo přepraveno do jiného členského státu, nebo jinými důkazními prostředky.
Judikatura Nejvyššího správního soudu (dále též „NSS“) k § 64 ZDPH ustáleně dovozuje, že pro uplatnění osvobození musí být kumulativně splněny tři základní podmínky: zboží musí být dodáno osobě registrované k dani v jiném členském státě, musí být odesláno nebo přepraveno do jiného členského státu a přeprava musí být zajištěna plátcem, pořizovatelem nebo jimi zmocněnou třetí osobou (rozsudek NSS ze dne 6. 12. 2016, č. j. 7 Afs 262/2016-33). Základním znakem intrakomunitární operace je skutečný fyzický pohyb zboží mezi členskými státy. Samotné formální doklady ani pouhý úmysl dodat zboží do jiného členského státu zpravidla nepostačují (srov. rozsudky NSS ze dne 19. 12. 2014, č. j. 8 Afs 78/2012-45, ze dne 23. 5. 2019, č. j. 7 Afs 320/2018-42, a ze dne 17. 5. 2024, č. j. 3 Afs 92/2022-41). Důkazní břemeno ohledně splnění podmínek osvobození leží na plátci, který osvobození uplatňuje (§ 92 odst. 3 daňového řádu; srov. rozsudek NSS ze dne 11. 6. 2018, č. j. 8 Afs 179/2016-33).
Důkazní břemeno daňového subjektu podle § 92 odst. 3 daňového řádu však nezbavuje správce daně povinnosti řádně vyhodnotit všechny provedené důkazní prostředky. Předloží-li daňový subjekt více listin a indicií vztahujících se k témuž skutkovému ději, nelze jejich význam vyčerpat tím, že správce daně u každé jednotlivě uvede, proč sama o sobě rozhodnou skutečnost neprokazuje. Správce daně musí současně posoudit, zda tyto důkazy ve svém souhrnu nevytvářejí ucelený obraz skutkového děje nebo alespoň neoslabují pochybnosti, na nichž je založen závěr o neunesení důkazního břemene. Právě v tomto směru se uplatní požadavek § 8 odst. 1 daňového řádu na hodnocení důkazů jednotlivě i ve vzájemné souvislosti.
CMR listy mají při prokazování dodání zboží do jiného členského státu významnou důkazní hodnotu, zejména tam, kde dodavatel sám přepravu nezajišťuje. Jejich vypovídací síla je však odvislá od konkrétního obsahu, úplnosti a vztahu k ostatním důkazům. Neúplný nebo rozporný CMR list nemusí sám o sobě prokazovat splnění podmínek osvobození. Současně však nelze jeho význam posuzovat mechanicky a izolovaně, pokud v souhrnu s jinými listinami může přispívat k objasnění skutkového děje.
Podle § 8 odst. 1 daňového řádu správce daně při dokazování hodnotí důkazy podle své úvahy. Posuzuje každý důkaz jednotlivě a všechny důkazy v jejich vzájemné souvislosti; přitom přihlíží ke všemu, co při správě daní vyšlo najevo. Volné hodnocení důkazů neznamená libovůli. Vnitřní přesvědčení správce daně, na němž je hodnocení důkazů založeno, musí být přesvědčivě a přezkoumatelně odůvodněno (rozsudek NSS ze dne 17. 12. 2015, č. j. 8 Afs 176/2014-40). Správce daně současně nesmí hodnotit důkazy takovým způsobem, který by v důsledku prakticky vylučoval, aby daňový subjekt mohl důkazní břemeno unést. Minulé skutkové okolnosti nelze ex post prokazovat s absolutní jistotou; vždy jde o určitou míru pravděpodobnosti, která musí odstranit vážné pochybnosti o rozhodných skutečnostech (srov. rozsudek NSS ze dne 12. 3. 2020, č. j. 7 Afs 434/2018-37).
Úkolem soudu v této věci není nahradit skutkové hodnocení žalovaného vlastním hodnocením všech důkazů. Soud přezkoumává, zda žalovaný vymezil rozhodné skutkové a právní otázky, zda důkazy hodnotil jednotlivě i ve vzájemných souvislostech, zda z nich vyvodil logický závěr a zda tento závěr přezkoumatelně odůvodnil. Soud tedy neposuzuje, zda by na základě správního spisu sám dospěl ke stejnému skutkovému závěru jako žalovaný, nýbrž zda závěr žalovaného obstojí z hlediska zákonnosti a přezkoumatelnosti.

II.b K námitce nesprávného hodnocení důkazů

Námitka nesprávného hodnocení důkazů je důvodná.
Žalovaný v napadeném rozhodnutí vyšel z toho, že žalobce ve vztahu k posuzovanému plnění předložil zejména daňový doklad, stvrzenky o úhradě, zálohové faktury, ověření DIČ v systému VIES, čestné prohlášení o budoucím vývozu, smlouvu o smlouvě budoucí, CMR list č. 1114105, výpis z obchodního rejstříku, kopii dokladu totožnosti osoby označené jako S. B., plnou moc, kopie cestovních dokladů osob V. T. a D. K. a fotodokumentaci.
Žalovaný jednotlivé důkazy převážně hodnotil tak, že daňový doklad dokládá toliko obchodní případ mezi žalobcem a společností MODRONN, čestné prohlášení prokazuje nanejvýš záměr budoucího vývozu, fotografie zachycují pouze nakládku vozidla a žalobcem předložený CMR list je neúplný, neboť v něm absentují podstatné údaje o příjemci, místu vykládky a převzetí zboží. Takové dílčí hodnocení není samo o sobě nezákonné. Problém napadeného rozhodnutí spočívá v tom, že žalovaný neuzavřel hodnocení důkazů způsobem odpovídajícím § 8 odst. 1 daňového řádu. Popsal význam jednotlivých důkazních prostředků izolovaně, avšak nevysvětlil jejich vzájemný vztah tam, kde právě jejich kombinace mohla mít význam pro závěr, zda žalobce prokázal přepravu vozidla do jiného členského státu v souvislosti s dodáním společnosti MODRONN.
Z napadeného rozhodnutí vyplývá, že žalovaný přisoudil rozhodující význam podkladům získaným prostřednictvím mezinárodní spolupráce s daňovou správou Severní Makedonie. Z těchto podkladů podle žalovaného vyplynulo, že osoby V. T. a D. K. převzaly předmětný automobil v České republice, naložily jej a přepravily do Severní Makedonie do města Skopje. K odpovědi daňové správy Severní Makedonie byl přiložen rovněž CMR list č. 1114105, daňový doklad a kopie průkazu k automobilu.
Soud nezpochybňuje, že podklady získané cestou mezinárodní spolupráce mohou být způsobilými důkazními prostředky (§ 93 odst. 1 a 2 daňového řádu). Jejich úřední původ však neznamená, že by jejich obsah nepodléhal hodnocení podle § 8 odst. 1 daňového řádu. Žalovaný byl povinen hodnotit nejen jejich formální původ, nýbrž i jejich konkrétní obsah, přesnost a vztah k ostatním listinám ve spise. Tato povinnost byla v posuzované věci o to významnější, že žalovaný sám uvedl, že CMR list získaný od daňové správy Severní Makedonie má shodné číselné označení jako CMR list předložený žalobcem, avšak obsahuje další doplněné údaje. Současně žalovaný uvedl, že údaj o místě vykládky „Pardubice, CZ“ nedává logický smysl, a označil jej za pravděpodobnou chybu v psaní.
Žalobce v odvolacím řízení předložil vývozní doprovodný doklad. Žalovaný k němu uvedl, že tento doklad deklaruje vývoz předmětného automobilu do Severní Makedonie realizovaný slovinskou společností AB200 D.O.O., která nebyla účastníkem posuzované obchodní transakce mezi žalobcem a společností MODRONN. Žalovaný dále dovodil, že podle registrační značky uvedené na vývozním doprovodném dokladu, tj. SK4090AO, šlo o odlišnou přepravu.
Právě tento závěr však není v napadeném rozhodnutí dostatečně vysvětlen. Ze správního spisu plyne, že údaj o registrační značce SK4090AO, který žalovaný použil jako argument pro závěr o odlišné přepravě, je zachycen také v CMR listu č. 1114105, a to včetně CMR listu poskytnutého daňovou správou Severní Makedonie. Soud nepovažuje shodu registrační značky SK4090AO za důkaz, který by sám o sobě prokazoval, že předmětné vozidlo bylo dodáno slovinskému odběrateli ve smyslu § 64 ZDPH. Význam této shody je jiný. Pokud žalovaný dovozoval, že vývozní doprovodný doklad zachycuje odlišnou přepravu mimo jiné právě proto, že obsahuje údaj o registrační značce SK4090AO, avšak tentýž údaj byl současně zjistitelný z CMR listu č. 1114105 vztahujícího se podle účastníků k přepravě předmětného vozidla, bylo povinností žalovaného vysvětlit, proč tato shoda podle něj nemá pro posouzení souvislosti obou listin význam.
Soud nepřehlédl, že žalobce souvislost mezi registrační značkou SK4090AO, vývozním doprovodným dokladem a CMR listem č. 1114105 podrobněji rozvedl až v replice. Nejde však o nový žalobní bod uplatněný po lhůtě podle § 71 odst. 2 s. ř. s. Žalobce již v žalobě namítal, že žalovaný hodnotil důkazní prostředky izolovaně a že z jejich vzájemné souvislosti nevyvodil skutkově odpovídající závěr o trase přepravy. Pozdější poukaz na shodu konkrétního identifikačního údaje představuje skutkové rozvedení tohoto včas uplatněného žalobního bodu. Soud k němu proto přihlédl pouze v mezích námitky nesprávného hodnocení důkazů, nikoli jako k samostatnému novému důvodu nezákonnosti. Takový postup odpovídá judikatuře Nejvyššího správního soudu, podle níž nelze po uplynutí lhůty pro podání žaloby rozšiřovat žalobu o nové žalobní body, avšak lze konkretizovat a rozvíjet žalobní body včas uplatněné (srov. rozsudek NSS ze dne 25. 6. 2014, č. j. 3 Ads 82/2013-30).
Žalovaný nebyl povinen ze shody registrační značky dovodit, že vozidlo bylo přepraveno do Slovinska. Byl však povinen vysvětlit, proč tato shoda neoslabuje jeho závěr, že vývozní doprovodný doklad zachycuje zcela jinou přepravu. Tento logický článek v odůvodnění napadeného rozhodnutí chybí. Žalovaný měl odlišit alespoň tyto skutkové možnosti: zaprvé, že vozidlo bylo po převzetí v České republice přepraveno přímo do Severní Makedonie a slovinský vývozní doklad zachycuje jinou operaci; zadruhé, že vozidlo bylo nejprve přepraveno do Slovinska v souvislosti s dodáním společnosti MODRONN a teprve následně vyvezeno do Severní Makedonie; zatřetí, že vozidlo přes Slovinsko pouze tranzitovalo, aniž by došlo k dodání slovinskému pořizovateli; začtvrté, že vývozní doprovodný doklad má pouze celní význam a bez dalšího nevypovídá o fyzické přítomnosti vozidla ve Slovinsku. Napadené rozhodnutí nevysvětluje, proč žalovaný považoval za prokázanou právě první z těchto variant, respektive proč ostatní varianty vyloučil nebo považoval za nedoložené.
Žalovaný nemohl vystačit s pouhým konstatováním, že vývozní doprovodný doklad se vztahuje k jiné obchodní transakci, protože jako exportér je v něm uvedena společnost AB200 D.O.O., nikoli odběratel MODRONN.[1] Taková úvaha může být relevantní pro posouzení právního vztahu, v jehož rámci byl vývoz ze Slovinska do Severní Makedonie deklarován. Sama o sobě však neodpovídá na skutkovou otázku, zda se předmětné vozidlo před tímto vývozem fyzicky nacházelo ve Slovinsku a zda tato skutečnost ve spojení s ostatními důkazy neoslabuje závěr žalovaného, že žalobce neprokázal žádnou přepravu do jiného členského státu.
Soud zdůrazňuje, že nevytýká žalovanému, že nepřijal žalobcovu skutkovou verzi. Vytýká mu toliko to, že z napadeného rozhodnutí není zřejmé, jak se vypořádal s konkrétní vazbou mezi listinami, které se vztahují ke stejnému vozidlu, ke stejnému číslu CMR listu a ke stejné registrační značce přepravního prostředku. Pokud žalovaný tuto vazbu považoval za nahodilou, nevýznamnou, případně za vysvětlitelnou jinou obchodní nebo celní operací, měl takový závěr v rozhodnutí výslovně a logicky odůvodnit.
Soud současně zdůrazňuje, že ani případné zjištění, že se vozidlo nacházelo ve Slovinsku, by samo o sobě nepostačovalo k závěru o splnění podmínek § 64 ZDPH. Pro osvobození od daně není rozhodný jakýkoliv pohyb zboží přes jiný členský stát. Musí jít o přepravu související s dodáním osobě registrované k dani v jiném členském státě, případně s pořízením zboží touto osobou v tomto členském státě. Bylo však na žalovaném, aby posoudil, zda tvrzená fyzická přítomnost vozidla ve Slovinsku souvisela s dodáním slovinskému odběrateli MODRONN, nebo zda šlo pouze o tranzit, následnou samostatnou transakci či celní operaci bez významu pro posouzení podmínek osvobození. Tuto rozhodnou otázku žalovaný v potřebném rozsahu neposoudil.
Obdobný deficit se týká vyjádření osob V. T. a D. K. Soud netvrdí, že tato vyjádření jsou nepoužitelná nebo bez důkazní hodnoty. Žalovaný však měl vysvětlit, zda jejich obsah skutečně vylučuje možnost, že přeprava do Severní Makedonie byla realizována přes Slovinsko, popřípadě že slovinský úsek představoval navazující část širšího přepravního děje. Jestliže z odpovědí těchto osob nevyplývá přesná trasa přepravy a tyto osoby nebyly konfrontovány s plnou mocí k přepravě do Slovinska ani s vývozním doprovodným dokladem, nelze bez dalšího dovodit, že jejich sdělení vyvrací žalobcovu verzi skutkového děje.
Soud tím žalovanému neukládá, aby uvedené osoby znovu vyslýchal nebo aby automaticky doplňoval dokazování. Vytýká mu pouze to, že z obsahu jejich vyjádření dovodil závěr, který tato vyjádření bez dalšího nemusí nést. Pokud z nich nevyplývá přesná trasa přepravy ani to, zda vozidlo mohlo být před vývozem do Severní Makedonie přepraveno do Slovinska nebo přes Slovinsko, měl žalovaný vysvětlit, z jakých dalších důkazů nebo úvah dovodil opak.
Soud nepřisvědčuje žalobci v tom, že jím předložené důkazy nutně prokazují splnění podmínek osvobození podle § 64 ZDPH. Přisvědčuje mu však v tom, že žalovaný nedostatečně vysvětlil, jaký význam má vzájemná vazba mezi CMR listy č. 1114105, vývozním doprovodným dokladem, registrační značkou SK4090AO, plnou mocí k přepravě do Slovinska, vyjádřeními osob V. T. a D. K. a případnou informací o přiznání pořízení vozidla slovinským odběratelem. Tyto okolnosti nelze hodnotit tak, že se u každé jednotlivě uvede, proč sama o sobě neprokazuje přepravu do jiného členského státu, aniž se následně posoudí jejich souhrnný význam.
Soud tímto závěrem nepřenáší důkazní břemeno na žalovaného. Důkazní břemeno ohledně splnění podmínek osvobození podle § 64 ZDPH nesl žalobce. Po žalovaném však nelze požadovat méně než to, aby v situaci, kdy žalobce předložil více listin a indicií vztahujících se ke stejnému vozidlu, stejnému CMR listu a témuž přepravnímu prostředku, přezkoumatelně vysvětlil, proč tyto indicie ani ve svém souhrnu nepostačují k odstranění jeho pochybností. Jinými slovy, žalovaný nemusel prokazovat, že se vozidlo do Slovinska nedostalo; musel však vysvětlit, proč žalobcem tvrzená a z obsahu spisu dovozovaná vazba mezi jednotlivými doklady nevede k závěru, že žalobce své důkazní břemeno unesl.
Nejde o dílčí či marginální nedostatek odůvodnění. Nevypořádaná souvislost se týká právě té skutkové otázky, na níž žalovaný založil doměření daně, totiž zda automobil opustil tuzemsko a byl přepraven do jiného členského státu v souvislosti s dodáním slovinskému odběrateli. Pokud by žalovaný po úplném hodnocení důkazů dospěl k závěru, že vozidlo bylo nejprve dopraveno do Slovinska a až následně vyvezeno do Severní Makedonie, mohlo by to vést k jinému právnímu posouzení věci. Pokud by naopak dospěl k závěru, že šlo pouze o tranzit, samostatnou následnou operaci nebo doklad bez reálné vazby na posuzované dodání, musel by tento závěr logicky a přezkoumatelně odůvodnit.
Soud proto uzavírá, že závěr žalovaného o neprokázání přepravy vozidla do jiného členského státu je zatížen vadou hodnocení důkazů podle § 8 odst. 1 daňového řádu. Tato vada mohla mít vliv na zákonnost napadeného rozhodnutí, neboť právě závěr o neunesení důkazního břemene ve vztahu k přepravě vozidla do jiného členského státu byl důvodem pro neuznání osvobození od daně a pro doměření DPH ve výši 83 816 Kč a navazujícího penále.
Soud znovu zdůrazňuje, že tímto závěrem nepředjímá, zda žalobce své důkazní břemeno unesl. Není vyloučeno, že žalovaný po doplněném a řádně odůvodněném hodnocení důkazů dospěje znovu k závěru, že přeprava do jiného členského státu v souvislosti s dodáním společnosti MODRONN prokázána nebyla. Takový závěr však musí být výsledkem hodnocení všech rozhodných listin a zjištění v jejich vzájemné souvislosti, nikoli pouze souhrnem dílčích konstatování, že jednotlivé listiny samy o sobě podmínky osvobození neprokazují.

II.c K námitce porušení práva vyjádřit se k dosavadnímu výsledku kontrolního zjištění

Žalobce dále namítal porušení § 88 odst. 4 a 5 daňového řádu. Tvrdil, že správce daně po jeho vyjádření k dosavadnímu výsledku kontrolního zjištění nepokračoval v dokazování, neprovedl navržené důkazy a bez dalšího daňovou kontrolu ukončil. Podle žalobce měl správce daně po změně výsledku kontrolního zjištění opakovat postup podle § 88 odst. 1 až 4 daňového řádu.
Tato námitka je důvodná pouze v tom rozsahu, v němž žalobce namítá, že správce daně měl při podstatné změně výsledku kontrolního zjištění znovu postupovat podle § 88 odst. 1 až 4 daňového řádu. Uvedené pochybení však v projednávané věci nepředstavuje samostatný důvod pro zrušení napadeného rozhodnutí.
Podle § 88 odst. 5 daňového řádu platí, že dojde-li na základě vyjádření daňového subjektu k dosavadnímu výsledku kontrolního zjištění k podstatné změně tohoto výsledku, postupuje se znovu podle § 88 odst. 1 až 4 daňového řádu. Podle § 75 odst. 3 s. ř. s. však soud nepřihlíží k vadám řízení, o nichž nelze mít důvodně za to, že mohly mít vliv na zákonnost, popřípadě správnost napadeného rozhodnutí.
Soud nepovažuje případné porušení § 88 odst. 5 daňového řádu za procesně bezvýznamné v obecné rovině. Pokud dojde k podstatné změně výsledku kontrolního zjištění, je správce daně povinen postup podle § 88 odst. 1 až 4 daňového řádu zopakovat. V nyní projednávané věci však soud neshledal, že by toto pochybení samo o sobě zkrátilo procesní práva žalobce v míře způsobilé ovlivnit zákonnost napadeného rozhodnutí.
Žalobci byla možnost vyjádřit se k dosavadnímu výsledku kontrolního zjištění poskytnuta a žalobce ji využil obsáhlým vyjádřením. Následně podal odvolání, které opakovaně doplňoval. V odvolacím řízení byl písemností žalovaného ze dne 15. 4. 2025 seznámen s výsledky doplněného dokazování a na toto seznámení reagoval podáním ze dne 20. 5. 2025. Žalobce tak měl možnost uplatnit svou procesní obranu jak v průběhu daňové kontroly, tak v odvolacím řízení.
Žalovaný ve vyjádření k žalobě připustil formální pochybení správce daně spočívající v tom, že po změně výsledku kontrolního zjištění měl být postup podle § 88 odst. 1 až 4 daňového řádu opakován. Zároveň však vysvětlil, že změna výsledku kontrolního zjištění byla ve vztahu k části plnění provedena ve prospěch žalobce a žalobce měl následně možnost uplatnit svá procesní práva v odvolacím řízení.
Tento závěr odpovídá povaze daňového řízení jako celku. Nejvyšší správní soud opakovaně dovodil, že řízení o doměření daně a následné odvolací řízení je třeba vnímat jako jeden celek a že vady prvostupňového řízení mohou být za splnění zákonných podmínek napraveny v řízení odvolacím (srov. rozsudky NSS ze dne 8. 9. 2016, č. j. 10 Afs 103/2016-45, a ze dne 27. 7. 2022, č. j. 2 Afs 136/2020-70). V projednávané věci nebylo žalobci odňato právo účinné procesní obrany. Odvolací orgán postupoval podle § 115 odst. 2 daňového řádu a poskytl žalobci prostor vyjádřit se k výsledkům doplněného dokazování, popřípadě navrhnout další důkazní prostředky.
Důvodem zrušení napadeného rozhodnutí proto není samotné porušení § 88 odst. 5 daňového řádu, nýbrž až způsob, jakým žalovaný po doplnění odvolacího řízení vyhodnotil důkazy. Procesní vada v postupu správce daně prvního stupně neměla za daných okolností samostatný vliv na zákonnost napadeného rozhodnutí.

II.d K námitce nepřípustného přesunutí těžiště dokazování do odvolacího řízení

Žalobce dále namítal, že správce daně nepřípustně přenesl dokazování do odvolacího řízení. Tvrdil, že v řízení prvního stupně odmítl provést žalobcem navržené důkazy, které následně žalovaný v odvolacím řízení provedl prostřednictvím mezinárodní spolupráce. Podle žalobce tím došlo k deformaci prvostupňového řízení a ke vzniku důkazní nouze způsobené časovým odstupem od posuzovaných transakcí.
Tato námitka není důvodná.
Odvolací řízení v daňových věcech nemá povahu toliko kasačního přezkumu. Podle § 114 odst. 2 daňového řádu odvolací orgán přezkoumá odvoláním napadené rozhodnutí v rozsahu požadovaném v odvolání, není však návrhy odvolatele vázán. Podle § 115 odst. 1 daňového řádu může odvolací orgán v rámci odvolacího řízení provádět dokazování k doplnění podkladů pro rozhodnutí nebo k odstranění vad řízení, anebo toto doplnění nebo odstranění vad uložit správci daně, který napadené rozhodnutí vydal.
Daňové odvolací řízení slouží také k nápravě vad a nesprávností, jimiž může být zatíženo rozhodnutí správce daně prvního stupně nebo řízení, které jeho vydání předcházelo. Nejvyšší správní soud v této souvislosti zdůrazňuje specifickou povahu odvolacího řízení podle daňového řádu. Odvolací orgán zpravidla nemá možnost zrušit napadené rozhodnutí a věc vrátit správci daně prvního stupně k novému projednání a rozhodnutí tak, jak to zná obecná úprava správního řízení. K nápravě vad proto slouží právě odvolací řízení (srov. rozsudek NSS ze dne 11. 1. 2021, č. j. 5 Afs 23/2018-39).
Žalovaný proto nepochybil již tím, že v odvolacím řízení uložil doplnění dokazování a využil institut mezinárodní spolupráce se slovinskou a makedonskou daňovou správou. Pokud odvolací orgán považoval skutkový stav za neúplný, byl oprávněn a podle okolností i povinen dokazování doplnit. Takový postup směřuje ke správnému zjištění a stanovení daně a sám o sobě nezasahuje do práv daňového subjektu.
Podstatné je, zda žalobce dostal možnost seznámit se s novými podklady a účinně na ně reagovat. To se v projednávané věci stalo. Žalovaný žalobce seznámil se zjištěnými skutečnostmi, žalobce požádal o prodloužení lhůty a následně podal vyjádření ze dne 20. 5. 2025.
Časový odstup od posuzované transakce může být významný při hodnocení důkazní síly konkrétních důkazů, zejména výpovědí či písemných sdělení osob. Nezakládá však sám o sobě nezákonnost doplnění dokazování v odvolacím řízení. Jinou otázkou je, zda žalovaný následně důkazy získané v odvolacím řízení hodnotil přezkoumatelně a ve vzájemných souvislostech. Tato otázka spadá pod první žalobní námitku, kterou soud shledal důvodnou.

II.e K námitce nesprávného vymezení rozsahu důkazního břemene

Žalobce konečně namítal, že žalovaný po něm požadoval nepřiměřeně vysoký důkazní standard, fakticky odpovídající absolutní jistotě. Poukazoval na to, že v daňovém řízení postačí prokázání rozhodných skutečností s dostatečnou mírou pravděpodobnosti, tedy bez vážných pochybností.
Tato námitka není důvodná.
Žalobce uplatnil osvobození od DPH při dodání zboží do jiného členského státu podle § 64 ZDPH. Bylo proto na něm, aby podle § 92 odst. 3 daňového řádu prokázal splnění hmotněprávních podmínek tohoto osvobození, zejména faktické odeslání nebo přepravu předmětného automobilu z tuzemska do jiného členského státu. Žalovaný správně vymezil, že právě prokázání přepravy vozidla do jiného členského státu je v dané věci rozhodnou spornou skutečností.
Tento závěr odpovídá judikatuře Nejvyššího správního soudu. Podle rozsudku NSS ze dne 6. 12. 2016, č. j. 7 Afs 262/2016-33, musí být pro uplatnění osvobození podle § 64 ZDPH kumulativně splněny podmínky dodání zboží osobě registrované k dani v jiném členském státě, odeslání nebo přepravy zboží do jiného členského státu a zajištění přepravy plátcem, pořizovatelem nebo jimi zmocněnou třetí osobou. Podle rozsudku NSS ze dne 11. 6. 2018, č. j. 8 Afs 179/2016-33, leží důkazní břemeno ohledně naplnění podmínek osvobození na osobě povinné k dani a písemné prohlášení podle § 64 odst. 5 ZDPH samo o sobě nepostačí, panují-li pochybnosti o skutkovém stavu. Podle rozsudku NSS ze dne 19. 12. 2014, č. j. 8 Afs 78/2012-45, musí jít o skutečnou přepravu zboží do jiného členského státu. Zcela formální pohyb zboží tento požadavek nenaplňuje.
Z napadeného rozhodnutí ani z vyjádření žalovaného nevyplývá, že by žalovaný po žalobci požadoval absolutní jistotu. Žalovaný vycházel z toho, že předložené důkazní prostředky musí být způsobilé odstranit vážné pochybnosti o splnění podmínek osvobození. Takto vymezený standard odpovídá povaze dokazování v daňovém řízení. Požadavek prokázání rozhodné skutečnosti bez vážných pochybností nelze ztotožňovat s požadavkem absolutní jistoty.
Žalobci lze přisvědčit v obecné rovině, že daňový subjekt nelze nutit k prokazování minulých skutkových okolností s matematickou jistotou ani po něm nelze požadovat neomezené shromažďování důkazů pro budoucí daňová řízení. To však neznamená, že by u dodání zboží do jiného členského státu postačovalo doložit pouze existenci obchodního vztahu, úhradu kupní ceny, platné DIČ odběratele nebo úmysl přepravit zboží do jiného členského státu. Rozhodnou podmínkou je faktické přemístění zboží do jiného členského státu v souvislosti s posuzovaným dodáním.
Je však třeba rozlišovat otázku rozložení důkazního břemene a otázku způsobu hodnocení provedených důkazů. Ani tam, kde důkazní břemeno nese daňový subjekt, nemůže správce daně hodnotit důkazy tak, že jednotlivé indicie posoudí odděleně a každou z nich odmítne s odůvodněním, že sama o sobě rozhodnou skutečnost neprokazuje, aniž následně vysvětlí jejich souhrnný význam. Pochybení žalovaného proto nespočívá v nesprávném vymezení důkazního břemene, nýbrž v konkrétním způsobu hodnocení důkazů.
Žalovaný správně vyšel z toho, že důkazní břemeno ohledně přepravy vozidla do jiného členského státu nesl žalobce. Nesprávně však posoudil a přezkoumatelně nevypořádal vzájemné souvislosti mezi jednotlivými důkazními prostředky. Námitka nesprávného vymezení důkazního břemene proto není důvodná.

III.

Závěr a náhrada nákladů řízení

Soud shrnuje, že žaloba je důvodná pro vadu hodnocení důkazů podle § 8 odst. 1 daňového řádu. Ostatní žalobní námitky nejsou samostatným důvodem pro zrušení napadeného rozhodnutí.
Napadené rozhodnutí nemůže obstát v části, v níž žalovaný založil doměření daně na závěru, že žalobce neprokázal přepravu předmětného vozidla do jiného členského státu v souvislosti s dodáním slovinskému odběrateli. Žalovaný sice jednotlivé důkazní prostředky popsal, avšak u rozhodných indicií nevysvětlil jejich vzájemný vztah a význam pro posouzení trasy přepravy a návaznosti obchodních operací. Tím porušil § 8 odst. 1 daňového řádu. Vzhledem k tomu, že právě tato otázka byla určující pro neuznání osvobození podle § 64 ZDPH, jde o vadu řízení, která mohla mít vliv na zákonnost napadeného rozhodnutí. Současně je dílčí závěr žalovaného o neunesení důkazního břemene v této rozhodné otázce zatížen nedostatkem důvodů ve smyslu § 76 odst. 1 písm. a) s. ř. s.
Důvod nepřezkoumatelnosti rozhodnutí odvolacího orgánu může být dán i jen ve vztahu k některým oddělitelným skutkovým nebo právním otázkám. Ostatní oddělitelné otázky je soud povinen přezkoumat, mají-li význam pro další řízení a rozhodnutí ve věci (srov. usnesení NSS ze dne 19. 2. 2008, č. j. 7 Afs 212/2006-74). Proto se soud zabýval i dalšími žalobními námitkami, ačkoli napadené rozhodnutí zrušil pro vadu týkající se rozhodné otázky přepravy vozidla do jiného členského státu.
Soud proto podle § 78 odst. 1 s. ř. s. rozhodnutí žalovaného zrušil pro vady řízení a podle § 78 odst. 4 s. ř. s. věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.
V dalším řízení je žalovaný vázán právním názorem soudu (§ 78 odst. 5 s. ř. s.). Bude povinen znovu vyhodnotit všechny důkazní prostředky vztahující se k posuzovanému vozidlu jednotlivě i ve vzájemné souvislosti. Zejména se vypořádá se vztahem mezi CMR listem č. 1114105 předloženým žalobcem, CMR listem získaným cestou mezinárodní spolupráce, vývozním doprovodným dokladem, údajem o registrační značce X, plnou mocí k přepravě do Slovinska, vyjádřeními osob V. T. a D. K. a případnou informací o přiznání pořízení vozidla slovinským odběratelem MODRONN.
Žalovaný přitom výslovně odliší, zda podle něj tyto podklady zachycují jednu navazující přepravní a obchodní operaci, několik na sobě nezávislých operací, pouhý tranzit přes území jiného členského státu, nebo celní operaci bez významu pro splnění podmínek § 64 ZDPH. Teprve poté znovu posoudí, zda žalobce unesl důkazní břemeno ohledně přepravy vozidla z tuzemska do jiného členského státu v souvislosti s dodáním společnosti MODRONN. Soud tímto závěrem nepředjímá výsledek dalšího řízení.
O náhradě nákladů řízení rozhodl (výrok II) soud podle § 60 odst. 1 věty prvé s. ř. s. a procesně neúspěšnému žalovanému uložil povinnost nahradit procesně úspěšnému žalobci náklady řízení tvořené

a) odměnou daňového poradce za 4 úkony právní služby [převzetí a příprava zastoupení, sepis návrhu, sepis repliky, účast na jednání před soudem] dle § 7 bodu 5. ve spojení s § 9 odst. 5 vyhlášky č. 177/1996 Sb. ve výši 18 480 Kč (4 x 4 620),

b) paušální náhradou hotových výdajů daňového poradce (dle § 13 odst. 4 vyhlášky č. 177/1996 Sb.) spojených se čtyřmi úkony právní služby ve výši 1 800 Kč (4 x 450 Kč),

c) daní z přidané hodnoty (21 %), neboť zástupce žalobce je plátcem této daně (§ 57 odst. 2 s. ř. s.),

d) zaplaceným soudním poplatkem za návrh ve výši 3 000 Kč.

Celkem 27 539 Kč.

Platební místo („k rukám zástupce žalobce“) bylo určeno v souladu s § 149 odst. 1 o. s. ř. ve spojení s § 64 s. ř. s., přiměřená lhůta ke splnění povinnosti uložené výrokem II pak v souladu s § 160 odst. 1 o. s. ř. ve spojení s 64 s. ř. s.

Poučení:

Rozsudek, který byl doručen účastníkům, je v právní moci.

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost (mimořádný opravný prostředek) ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

V Pardubicích dne 22. dubna 2026

JUDr. Petra Venclová, Ph.D., v. r.

předsedkyně senátu

[1] Samotná skutečnost, že jako vývozce vystupuje společnost AB200 D.O.O., přitom bez dalšího nevylučuje, že před vývozem mohlo dojít k jiné obchodní operaci, v jejímž rámci bylo vozidlo dodáno společnosti MODRONN. Stejně tak však nevylučuje ani závěr opačný, tedy že společnost MODRONN byla do dokladového toku zapojena pouze formálně, případně že vozidlo územím Slovinska pouze tranzitovalo. Právě mezi těmito skutkovými možnostmi měl žalovaný na základě obsahu spisu rozlišit.