6 Af 15/2023 - 123 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	6 Af 15/2023 - 123
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	26. 8. 2025
Kategorie:	Daň z přidané hodnoty

Celé znění judikátu:

žalobce: Český rozhlas, IČO 45245053
sídlem Vinohradská 1409/12, 120 00 Praha 2

zastoupen advokátkou JUDr. Janou Fuksovou, LL.M.,

sídlem Pobřežní 648/1a, 186 00 Praha 8

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství
sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 26. 6. 2023, č.j. 22063/23/5300-22443-710132

takto:

Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 26. 6. 2023, č.j. 22063/23/5300-22443-710132 se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
Žalovaný je povinen zaplatit žalobci na náhradě nákladů řízení částku 33 578 Kč do jednoho měsíce od právní moci rozsudku k rukám JUDr. Jany Fuksové, LL.M., advokátky.

Odůvodnění:

Předmět řízení a vymezení sporu

Žalobou podanou u Městského soudu v Praze se žalobce domáhal zrušení rozhodnutí žalovaného uvedeného v záhlaví tohoto rozsudku (dále jen „napadené rozhodnutí“), kterým k jeho odvolání žalovaný změnil v něm identifikované dodatečné platební výměry Finančního úřadu pro Hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“), jimiž správce daně doměřil daň z přidané hodnoty (DPH) za zdaňovací období leden až červen 2017 a vyměřil DPH za prosinec 2017, a vyměřil mu též penále. Podstatou sporu je způsob určení nároku žalobce na odpočet daně z přidané hodnoty a jeho výpočet.
Městský soud v Praze v této věci již v minulosti rozhodoval, a to dne 31. 3. 2022 rozsudkem č.j. 17 Af 32/2020-73, kdy zrušil předchozí rozhodnutí žalovaného a věc mu vrátil k dalšímu řízení. Znovu zdejší soud ve věci rozhodl v návaznosti na žalobu proti napadenému rozhodnutí rozsudkem ze dne 13. 6. 2024 č.j. 6 Af 15/2023-85, který byl zrušen rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 7. 5. 2025 č.j. 7 Afs 148/2024-57. V dalším řízení je soud vázán právním názorem Nejvyššího správního soudu, který vytkl nedostatečné vypořádání s námitkou žalobce, podle které hodnoty dosazené žalovaným do výpočtu odpočtu daně z přidaného hodnoty byly nesprávné, a s tím spojené tvrzení, že žalovaný chybně neprovedl navrhované důkazy týkající se celkové výše přijatých zdanitelných plnění.

Napadené rozhodnutí

Žalovaný v odůvodnění napadeného rozhodnutí shrnul průběh řízení a relevantní právní předpisy a judikaturu. Vysvětlil, že žalobce má nárok na odpočet daně pouze u plnění, jež mají vazbu na jeho podnikatelskou činnost, a jako nejvhodnější metoda určení výše nároku na odpočet daně v částečné výši se jeví metoda dle výnosů. Na věc je třeba aplikovat dřívější závěry judikatury Soudního dvora EU a Nejvyššího správního soudu.
K odvolacím námitkám žalovaný uvedl, že neshledal potřebu dalšího dokazování, které se týkalo žalobcem navrhovaných metod pro určení poměrového koeficientu, protože za nejvhodnější považuje metodu dle výnosů, která také byla aprobována judikaturou. Žalovaný dále vysvětlil, že metodu dle využití přijatých plnění nepovažuje za vhodnou. Metoda dle poměru nákladů na jednotlivé bloky vysílání také není vhodná, a to z důvodu rozporu s evropským právem, a rovněž se jedná o metodu vnesenou do zákonné úpravy novelou zákona č. 170/2017 Sb., žalobce tedy požadoval její retroaktivní aplikaci, což je nepřípustné.

Žaloba

Žalobce navrhoval zrušení napadeného rozhodnutí. Objasnil, že jeho činnost je financována ze tří zdrojů, a to z rozhlasových poplatků, z úhrad za zahraniční vysílání od Ministerstva zahraničních věcí dle uzavřené smlouvy, a z podnikatelské činnosti, zejména z poskytování reklamního prostoru ve vysílání.
Žalobce namítal nesprávnou aplikaci relevantní právní úpravy na zdaňovací období prosinec 2017, resp. tvrdil, že v prosinci 2017 byly naplněny podmínky pro opravu uplatněného nároku na odpočet DPH v poměrné výši za celý kalendářní rok, dle pravidel platných a účinných v prosinci 2017 (včetně novely č. 170/2018 Sb.). V průběhu roku 2017 nemohl mít žalobce relevantní údaje pro určení poměrného koeficientu při použití výnosové metody aplikované žalovaným, a proto v průběhu roku musel používat kvalifikovaný odhad, který měl být v prosinci podroben opravě.
Dále namítal, že z podstaty jeho činnosti a vzhledem k povaze přijatých plnění nelze v okamžiku uplatnění nároku na odpočet DPH přesně určit poměr použití pro ekonomickou a neekonomickou činnost, a proto je nezbytné použít do určité míry zjednodušující kritérium vycházející z celkové činnosti žalobce. Pro určení poměrného koeficientu při uplatnění nároku na odpočet DPH proto musel využívat kvalifikovaný odhad, a proto mělo být dojít k testování odchylky od skutečnosti v prosinci 2017 a opravě řádně uplatněného nároku. Žalovaný nezdůvodnil, jak mohl žalobce v okamžiku přijetí plnění zjistit, v jakém poměru dané plnění použije. Pomocí žalovaným užité výnosové metody lze však poměrný koeficient vždy stanovit pouze zpětně, tudíž v průběhu zdaňovacího období nemohl žalobce hodnotu koeficientu znát. Podmínky pro uplatnění postupu dle § 75 odst. 5 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty (dále jen „zákon o DPH“), po novele zákona č. 170/2017 Sb., pro provedení opravy nároku na odpočet na základě údajů o použití přijatých zdanitelných plnění v daném kalendářním roce proto byly naplněny.
Dále žalobce namítal nepřezkoumatelnost a nezákonnost napadeného rozhodnutí, protože žalovaný odmítl provést klíčové důkazy předložené žalobcem. Řádně se žalovaný nezabýval ani metodami, pomocí nichž žalobce určil poměrný koeficient, ani nezhodnotil možnost použití těchto metod vedle žalovaným zvolené výnosové metody. Nezabýval se ani vlivem všech skutečností, které vyšly v řízení najevo, na celkovou daňovou povinnost, konkrétně nezohlednil celkové hodnoty veškerých plnění, u kterých měl žalobce nárok na odpočet DPH v částečné výši. Nebyly ani naplněny podmínky dovozené judikaturou pro odmítnutí provedení navrhovaných důkazů, které žalovaný neprovedl, přestože pro správné stanovení daně jsou stěžejní, a to i za předpokladu přijetí žalovaným aplikované metody určení nároku na odpočet DPH. Žalovaný při výpočtu částky odpočtu DPH zohlednil pouze plnění uvedená v daňových přiznáních, což nejsou všechna přijatá plnění, neboť jejich část se do daňového přiznání při použití metody aplikované žalobcem do daňového přiznání neuváděla. Tato plnění tak byla zjevná pouze z důkazů předložených žalobcem. Žalobce sice předložil související důkazy až v odvolacím řízení, nicméně v daňovém procesu se zásada koncentrace řízení neuplatní. Žalovaný nesprávně v průběhu předchozího řízení vybral metodu pro stanovení poměrného koeficientu, jejíž změnu již nepřipouští, a dále se po zrušení svého předchozího rozhodnutí zabýval jenom doplněním posouzení charakteru zahraničního vysílání.
Dále žalobce sporoval hmotněprávní posouzení nároku na odpočet DPH z plnění přijatých ve zdaňovacích obdobích leden až červen 2017, konkrétně způsob výpočtu výše nároku a odpočet DPH v těchto obdobích s ohledem na specifika žalobce jako provozovatele rozhlasového vysílání ze zákona. Žalovaný aplikoval výnosovou metodu pro určení poměrného koeficientu, ačkoliv žalobce prokázal a doložil aplikaci jiné ekonomicky odůvodnitelné metody určení výše nároku na odpočet z plnění použitých jak pro ekonomickou, tak neekonomickou činnost. Metoda zvolená žalovaným odporuje závěrům a principům judikatury Soudního dvora EU. Žalovaný ani nezohlednil všechna přijatá zdanitelná plnění, ze kterých měl být uplatněn smíšený nárok na odpočet DPH, a aplikoval jím určený poměrný koeficient již na jednou snížený nárok na odpočet DPH.
Dle názoru žalobce mu měl žalovaný umožnit, aby si sám zvolil ekonomicky odůvodnitelnou metodu pro vyčíslení poměrného koeficientu a akceptovat ji, ledaže by řádně zdůvodnil a prokázal, že zvolená metoda není ekonomicky racionální. Žalobce takto uvedl dva konkrétní postupy pro stanovení výše poměrného koeficientu, které také prokázal. Žalobce používal metodu určující poměrný koeficient dle jednotlivých dodavatelů a charakteru plnění, které žalobci poskytli, anebo jako alternativu navrhl metodu rozdělení nákladů dle programových bloků. Obe metody plně reflektují požadavek na ekonomickou racionalitu rozdělení přijatých plnění a souvisejících nároků na odpočet DPH. Druhá z nich je od poloviny roku 2017 žalobcem užívána a akceptována orgány finanční správy a odpovídá principům zavedeným novelou, to však vzhledem k volnosti plátců před účinností novely neznamená její retroaktivitu ani při aplikaci na období před její účinností. Použitelnost metody dle nákladů na bloky vysílání vyplývá i z toho, že její principy byly následně legislativně upraveny. O rozporu této metody s unijní úpravou nemůže být řeč, neboť ze zmiňované důvodové zprávy nevyplývá, a naopak pozdější zákonní úprava je používaná dodnes. Naopak metoda zvolená žalovaným nenaplňuje judikatorní požadavky a nezohledňuje skutečný způsob použití přijatých plnění a vychází z chybného předpokladu, že hodnota rozhlasových poplatků reflektuje hodnotu poskytovaného plnění či rozsah použití pro ekonomickou aktivitu. Výnosová metoda také pomíjí základní principy provozování rozhlasového vysílání a způsob jeho monetizace. Není ani pravdou, že by užití výnosové metody bylo aprobováno soudy. Následkem nezohlednění veškerých zdanitelných plnění přijatých žalobcem došlo i k nesprávnému vyčíslení nároku na odpočet.

Vyjádření žalovaného

Žalovaný navrhoval zamítnutí žaloby. Zdůraznil, že novela zákona č. 170/2017 Sb. je problematická a následně došlo k odstranění všech změn, mimo jiné z důvodu rozporu s evropským právem. Na základě novely dochází ve zdaňovacím období měsíce prosince k narovnání odpočtu daně podle poměru skutečného použití vstupů, předpokladem pro tento postup však je nemožnost stanovit výši poměrného koeficientu v okamžiku uplatnění odpočtu daně a nutnost použít kvalifikovaný odhad. V případě žalobce však bylo možné vyjít ze struktury jeho výnosů evidovaných v účetnictví a nebylo třeba odhad vůbec použít.
Žalovaný odmítl, že by napadené rozhodnutí trpělo nepřezkoumatelností. Žalovaný popsal, jak dospěl k hodnotě, ze které je třeba pro účely stanovení výše odpočtu daně v poměrné výši vyjít, a provedl příslušné přepočty. Odůvodnil i proč není možné použít metody výpočtu, které navrhoval žalobce, a vypořádal se s odvolacími námitkami. Zdůraznil, že nemá povinnost vyhovět všem důkazním návrhům účastníka, a pokud odmítl provedení některých důkazů, řádně tento postup odůvodnil.
Je v první řadě na žalobci, aby prokázal, v jakém poměru bylo přijaté plnění použito v rámci ekonomické činnosti a v jakém poměru k neekonomické činnosti, přičemž správce daně může uvedený výpočet upravit, aby co nejvíce odpovídal skutečnému poměru mezi ekonomickými a neekonomickými činnostmi. Žalovaný není povinen metodu určení nároku na odpočet DPH v poměrné výši akceptovat. Metodu dle dodavatelů nelze použít z toho důvodu, že vychází z předpokladu, že přijatá plnění použitá pro veřejnoprávní rozhlasové vysílání jako celku jsou využita výhradně pro ekonomickou činnost, a zahrnul veškerá přijatá plnění včetně těch sloužících k uskutečňování veřejné služby. Aplikace metody dle nákladů na jednotlivé bloky vysílání je vyloučena zákazem retroaktivity, neboť přímo vychází z novely zákona č. 170/2017 Sb., a rozporem s evropským právem. Žalobce sice tvrdí, že se nejedná o metodu vycházející z novely, ale neosvětlil, jak konkrétně má být odlišná. Důsledkem této metody je zahrnutí činností, které dle Soudního dvora EU nepodléhají DPH, pod ekonomickou činnost.
Žalovaným použitá výnosová metoda oproti tomu odpovídá požadavkům judikatury. Žalovaný má za to, že je za účelem výpočtu poměrného koeficientu nutné stanovit podíl ekonomické činnosti daňového subjektu na celkové činnosti. Pro účely DPH je tedy potřeba vyčíslit celkovou činnost žalobce, aby bylo možné stanovit podíl ekonomické činnosti žalobce na této činnosti vzhledem k tomu, že žalobce používá přijatá zdanitelná plnění jak v rámci své ekonomické činnosti, tak v rámci činnosti, která není předmětem DPH. O podílu ekonomické činnosti na celkové činnosti žalobce nejvýstižněji vypovídají výnosy z těchto činností za příslušné kalendářní roky. Za situace, kdy žalobce neposkytl potřebné údaje pro stanovení poměrového koeficientu, žalovaný vyšel z opatřených důkazů.

Další podání účastníků

Žalobce v replice ze dne 5. 2. 2024 zdůraznil, že žalovaný měl k dispozici mnohem přesnější a kompletní údaje, namísto údajů z daňových přiznání a výročních zpráv. Bylo tedy možno určit jak velikost jednotlivých druhů výnosů, tak základ daně u přijatých smíšených plnění. Žalovaný tedy nelogicky vytýkal žalobci, že nemá potřebná data, ale zároveň odmítl provést předložené důkazy. Žalobce dále podrobně popsal, jaká data v jednotlivých přílohách svého podání poskytl. Odmítl argumentaci žalovaného, že žalobce nemusel v období leden-červen 2017 použít kvalifikovaný odhad. Je zjevné, že v okamžiku uplatnění odpočtu daně nebylo možné výnosovou metodou žalovaného stanovit výši poměrného koeficientu podle skutečného podílu použití
Žalovaný ve vyjádření ze dne 6. 6. 2024 zopakoval, že žalobcem navržené metody výpočtu nebylo možné použít. Proto nezbývá než uzavřít, že žalovaný použil metodu výpočtu poměrného koeficientu vycházející z výnosů žalobce správně. Vzhledem k tomu, že v tomto ohledu žalobce nepředložil žádné podklady, žalovaný vyšel z veřejně dostupných podkladů, tedy z výroční zprávy žalobce. Pokud jde o žalobcem namítanou novelu, tak k narovnání odpočtu daně dle poměru skutečného využití vstupu nemůže dojít, protože v případě žalobce lze použít strukturu výnosů evidovaných v účetnictví, a proto nepřipadá v úvahu použití kvalifikovaného odhadu.

Další procesní vývoj ve věci

Městský soud v Praze o věci rozhodl rozsudkem ze dne 13. 7. 2024 č.j. 6 Af 15/2023-85. Městský soud v Praze tímto rozsudkem žalobu zamítl, neboť shledal, že použití tzv. výnosové metody pro účely výpočtu poměrného nároku na odpočet DPH v situaci, kdy žalobce použil přijatá zdanitelná plnění jak v souvislosti se svojí ekonomickou činností, tak v souvislosti s činností, která DPH nepodléhá, je přípustné.
Odkazovaný rozsudek Městského soudu v Praze byl zrušen rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 7. 5. 2025 č.j. 7 Afs 148/2024-57. Nejvyšší správní soud souhlasil se závěrem městského soudu, že výnosová metoda, i přes její zjednodušení, je metodou přípustnou, a zejména s odkazem na dřívější judikaturu NSS v obdobných věcech objasnil principy této metody a důvody její aplikovatelnosti pro výpočet poměrného koeficientu. Vysvětlil rovněž, z jakých důvodů naopak nelze považovat za přípustnou ani jednu z metod hájených v řízení žalobcem. Souhlasil s městským soudem i ohledně vypořádání žalobní námitky, v níž se žalobce dovolával opravy poměrného koeficientu podle § 75 odst. 5 zákona o DPH; tuto námitku neshledal důvodnou, neboť pro aplikaci daného ustanovení nejsou splněny zákonné podmínky. Nejvyšší správní soud však městskému soudu vytkl nedostatečné vypořádání s žalobní námitkou nesprávnosti hodnot dosazených žalovaným do výpočtu odpočtu daně z přidané hodnoty, a s tím souvisejícím žalobcovým návrhem na doplnění dokazování.
Žalovaný ve vyjádření ze dne 4. 6. 2025 uvedl, že povinnost tvrdit a prokázat poměrný nárok na odpočet tížila žalobce jako plátce daně, který k tomu dostal několik příležitostí, a sám zvolil strategii uplatňování plného nároku na odpočet a vedle toho jen okrajově navrhoval metody výpočtu částečného nároku. Žalovaný odmítl žalobcovu argumentaci, že správce daně vyšel při výpočtu kráceného nároku na odpočet daně z nesprávné výše přijatých plnění, když vycházel z hodnot tvrzených žalobcem v dodatečných daňových přiznáních, namísto aby vycházel z hodnot, které obsahovaly přílohy k jeho vyjádření k seznámení, dodané žalovanému v průběhu odvolacího řízení. Dle žalovaného žalobce požaduje rozšířit přijatá plnění o plnění, ze kterých nemá žádný nárok na odpočet daně. Takový postup přitom nedává smysl, neboť logicky by pak taková změna nemohla mít vliv na plnění, ze kterých lze uplatit nárok na odpočet daně. Žalovaný připomněl, že výzvy k prokázání skutečností vydávané v rámci odvolacího řízení k “rozklíčování“ jednotlivých přijatých plnění v závislosti na jejich využití se týkaly všech vykázaných přijatých plnění, tj. včetně těch vykázaných v dodatečných daňových přiznáních. Žalobce tak měl možnost prokázat, že mu i u těchto přijatých plnění, u kterých původně tvrdil, že mu nárok na odpočet nenáleží, vznikl a v jakém rozsahu. Žalovaný dodal, že žalobce vychází z představy, že má nárok na plný odpočet, a to v zásadě bez ohledu na rozhodnutí Soudního dvora EU ve věci Český rozhlas, vedle toho předložil několik verzí výpočtu poměrného koeficientu, aniž však tyto výpočty podrobněji zdůvodnil. Proto za situace, kdy žalobce v průběhu řízení svá tvrzení měnil, vycházel žalovaný z údajů zveřejněných žalobcem ve Výročních zprávách.
Žalobce v podání ze dne 13. 8. 2025 zdůraznil, že bez ohledu na uplatněnou metodu krácení odpočtu daně je nejprve nutné určit základnu, která bude krácení poměrným koeficientem podléhat, a k tomu také částečně směřovaly jím navrhované důkazní prostředky. Žalobce pro účely daňového přiznání ponížil celkovou výši přijatých plnění metodou dle dodavatelů a do přiznání uvedl pouze tu část, ze které měl podle této metody nárok na odpočet daně, nikoliv všechna plnění, ze kterých by měl nárok na odpočet podle žalovaným uplatněné metody. Neprovedení důkazních prostředků navrhovaných žalobcem je tedy procesním pochybením.

Posouzení věci Městským soudem v Praze

Městský soud v Praze ověřil, že žaloba byla podána včas, osobou k tomu oprávněnou, po vyčerpání řádných opravných prostředků a splňuje všechny formální náležitosti na ni kladené. Městský soud v Praze přezkoumal žalobou napadené rozhodnutí i řízení, které mu předcházelo, v rozsahu žalobních bodů, kterými je vázán (§ 75 odst. 1 a 2 zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů – dále jen „s. ř. s.“), přitom vycházel ze skutkového a právního stavu v době vydání rozhodnutí.
Soud rozhodoval v souladu s § 51 odst. 1 s. ř. s. bez nařízení ústního jednání, neboť ani jeden z účastníků s tímto postupem po poučení soudem nevyslovil nesouhlas.
Podstatou sporu je způsob určení nároku žalobce na odpočet daně z přidané hodnoty a jeho výše. O samotné skutečnosti, že žalobci odpočet náleží, sporu není.
Soud na tomto místě poznamenává, že nevyhověl návrhu na přerušení řízení, neboť rozhodné otázky již byly zodpovězeny v rozsudku Soudního dvora EU ve věci C-11/15, jenž se týká přímo Českého rozhlasu, a v na něm navazující bohaté judikatuře Nejvyššího správního soudu. Řízení proto není třeba přerušovat.

Spor o otázku metody určení (výpočtu) poměrného koeficientu dle § 75 odst. 3 zákona o DPH

Soud má za to, že podstata sporu je již podrobně vyřešena četnou judikaturou Nejvyššího správního soudu, která je oběma účastníkům známa vzhledem k jejich procesnímu postavení v předchozích řízeních. Soud proto odkazuje nejen na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 11. 2024 čj. 5 Afs 184/2023-44, ze dne 24. 1. 2025 čj. 8 Afs 280/2023-72, ze dne 6. 3. 2025 č.j. 1 Afs 101/2024-64 nebo ze dne 28. 3. 2025 č.j. 1 Afs 157/2024-57, ale především na výše uvedený zrušující rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 7. 5. 2025 č.j. 7 Afs 148/2024-57, který podstatu sporu závazně posoudil.
Předně samotné provozování veřejnoprávního vysílání žalobcem nelze považovat za ekonomickou činnost (např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 8. 2016, č.j. 5 Afs 124/2014-178). Žalobce provozuje ekonomickou činnost pouze částečně, byť se tak děje v rámci nebo na základě veřejnoprávního vysílání (to plyne již z rozsudku Soudního dvora EU C-11/15).
Dle závěrů vyplývajících z judikatury NSS je v prvé řadě na žalobci, aby uvedl, v jakém poměru bylo přijaté plnění použito ve vztahu k ekonomické činnosti a v jakém poměru bylo použito k činnosti neekonomické. Správce daně může žalobcem uvedený výpočet upravit, aby co nejvíce odpovídal skutečnému poměru mezi ekonomickými a neekonomickými činnostmi žalobce. Nejvyšší správní soud obecně shledal použití metody založené na výnosech ke stanovení poměrného koeficientu (tj. metodu, kterou žalovaný použil i v nyní posuzované věci) pro účely výpočtu odpočtu daně v poměrné výši za dostačující, plně vyhovující kritériím přezkoumatelnosti správních rozhodnutí.
V zrušujícím rozsudku ze dne 7. 5. 2025 č.j. 7 Afs 148/2024-57 pak Nejvyšší správní soud neshledal důvod odchýlit se od své dosavadní judikatury, která aprobovala výnosovou metodu určení poměrného koeficientu, a to především v situaci (která nastala i v souzené věci), kdy plátce daně neprokázal skutečný podíl použití zdanitelných plnění pro ekonomické činnosti a správce daně vycházel toliko z veřejně dostupných údajů o jeho činnosti. Závěry, k nimž ohledně výnosové metody dospěl, plně odpovídají taktéž citované judikatuře Soudního dvora EU (zejm. rozsudky ve věcech Securenta, Gmina Ryjewo, Český rozhlas, Związek Gmin Zagłębia Miedziowego, Balgarska Nacionalna Televizia).
Lze mít za to, že dosavadní judikatura, jejíž shrnutí bylo právě uvedeno, odpovídá na hlavní hmotněprávní otázky nastolené žalobcem. Soud v podrobnostech na ni odkazuje a shodně odkazuje i na argumentaci žalovaného v odůvodnění napadeného rozhodnutí týkající se metody a výpočtu poměrového koeficientu.
Pokud jde o námitku nepřezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí konkrétně z důvodu, že žalovaný nevysvětlil, proč nepoužil metody navržené žalobcem, tato námitka není důvodná, jak rovněž závazně konstatoval Nejvyšší správní soud ve svém zrušujícím rozsudku. Žalovaný v odůvodnění srozumitelně zdůvodnil, proč přistoupil k užití výnosové metody a dostatečně podrobně a s odkazy na relevantní judikaturu správních soudů zdůvodnil, proč nemohl postupovat dle žalobcem navrhovaných metod stanovení poměrného koeficientu. Žalobci bylo žalovaným umožněno navrhnout vlastní metody určení poměrového koeficientu, přičemž navrhl dvě metody. Pokud jde o metodu dle přiřazení dodavatelů (dle využití přijatých plnění), pak se s nemožností jejího použití žalovaný vypořádal v bodě 70 napadeného rozhodnutí. Z celkového kontextu vypořádání pak plyne, že tato metoda je dle žalovaného nepoužitelná pro rozpor s dosavadní judikaturou (zejména rozsudek Soudního dvora EU C-11/15), tedy nedostatečně reflektuje, že žalobce částečně provozuje ekonomickou činnost a částečně provozuje činnost, která není ekonomickou činností. Takové vypořádání soud pokládá na naprosto dostačující, nadto logické a věcně správné.
Co se týče druhé navržené metody (žalobce ji označuje jako metodu dle poměru nákladů na bloky vysílání), soudu se jeví, že se tato žalobcem navržená metoda liší od metody posléze uvedené jen v nepodstatných drobnostech. Ostatně dle samotného žalobce tako metoda spočívá poměrově v tom, zda lze v daném programovém bloku umístit komerční sdělení či nikoli. V konkrétní rovině se jedná o vzorec, v jehož čitateli je celková hodnota přijatých plnění určená k tvorbě, pořízení a zpřístupnění programového obsahu vysílaného na programu, v jehož rámci lze umístit komerční sdělení, a v jehož jmenovateli je celková hodnota všech přijatých plnění určených k tvorbě, pořízení a zpřístupnění programového obsahu vysílaného na všech programech; výsledná částka se násobí číslem 100. Soud tak má ve shodě s žalovaným za to, že se jedná o metodu ne-li totožnou, tak přinejmenším srovnatelnou s metodou výpočtu poměrného koeficientu dle zákona o DPH ve znění zákona č. 170/2017 Sb.
Za těchto okolností není oprávněné žalobní tvrzení, že se s metodou navrženou žalobcem žalovaný nevypořádal. Učinil tak velmi podrobně, přičemž jeho vypořádání je souladné s právním názorem Nejvyššího správního soudu v zrušujícím rozsudku ze dne 7. 5. 2025 č.j. 7 Afs 148/2024-57, jehož závěry jsou jak pro soud, tak pro žalovaného závazné. Nejvyšší správní soud v něm podrobně vysvětlil, z jakého důvodu je výnosová metoda užitá správními orgány vhodná pro výpočet poměrného koeficientu. Městský soud nepovažuje za potřebné argumentaci Nejvyššího správního soudu, která je oběma účastníkům řízení známa, na tomto místě reprodukovat.
Jestliže tedy nelze aplikovat žádnou z obou metod žalobcem navržených, nezbývá než uzavřít, že žalovaný v souladu se shora citovanou judikaturou použil metodu výpočtu poměrného koeficientu vycházející z výnosů žalobce.

Spor o aplikaci právní úpravy na zdaňovací období prosinec 2017

Žalobce dále namítal, že žalovaný nesprávně použil poměrný koeficient u zdaňovacího období prosinec 2017, neboť neaplikoval § 75 odst. 5 zákona o DPH. Dle žalobce vzhledem k tomu, že k této opravě dochází až v lednu 2018, by se měla aplikovat právní úprava účinná od 1. 7. 2017.
Také tuto námitku závazně vypořádal Nejvyšší správní soud v zrušujícím rozsudku ze dne 7. 5. 2025 č.j. 7 Afs 148/2024-57. Nejvyšší správní soud objasnil, že k aplikaci ust. § 75 odst. 5 zákona o DPH nebyla splněna základní podmínka, že v okamžiku uplatnění odpočtu nebylo možno stanovit výši poměrného koeficientu a šlo učinit pouze kvalifikovaný odhad. Poměrný koeficient byl stanoven na základě výnosové metody. Daňové orgány vyšly z účetnictví žalobce, z něj převzaly údaje o výnosech z podnikatelské činnosti, ze zahraničního vysílání a rozhlasových poplatků. Tyto údaje jsou zjistitelné z účetnictví žalobce za každý jednotlivý měsíc, za který podává daňové přiznání k DPH.
Nejvyšší správní soud odmítl argumentaci žalobce ohledně nemožnosti zjistit v průběhu roku skutečný podíl použití přijatého plnění pro ekonomickou a neekonomickou činnost vzhledem k povaze přijatých plnění; vysvětlil, že přijatá plnění nijak nevstupují do výpočtu poměrného koeficientu použitou metodou výnosů a není tedy potřebné znát jejich povahu a poměr použití pro ekonomickou a neekonomickou činnost. Nejvyšší správní soud konstatoval, že takové zjednodušení je přípustné a vhodné. Nejvyšší správní soud dále uvedl, že ač daňové orgány vypočítaly poměrný koeficient z údajů za delší období, konkrétně leden až červen 2017, bylo možné vypočítat koeficient za každý měsíc samostatně podle aktuálního stavu účetnictví za uběhlý měsíc, přičemž žalobce nesporuje, že vypočtený poměrný koeficient byl odlišný, pokud by se vypočítal stejnou metodou za použití údajů za delší období. Kdyby žalovaný koeficient vypočítal za celé období roku 2017, tak by došel ke stejnému výsledku 6 %. Přepočet poměrného koeficientu na konci roku 2017 by tedy žalobci žádný prospěch nepřinesl. Nejvyšší správní soud uzavřel, že v dané věci nelze postupovat tak, aby koeficient byl na konci roku 2017 vypočten podle právní úpravy účinné od 1. 7. 2017, která je pro žalobce výhodnější. Právní úpravu účinnou od 1. 7. 2017 nelze retroaktivně aplikovat na zdaňovací období leden až červen 2017 (viz např. rozsudek NSS ze dne 28. 3. 2025 č.j. 1 Afs 157/2024-57, bod 76). Rok 2017 byl tak správně rozdělen fakticky na dvě období, kdy se DPH žalobci vypočítalo odlišně.
Městský soud v Praze proto uzavírá, že námitka neaplikování § 75 odst. 5 zákona o DPH není důvodná. Žalovaný ve vztahu k zdaňovacímu období prosinec 2017 aplikoval relevantní právní úpravu. K aplikaci ust. § 75 odst. 5 zákona o DPH bylo namístě přistoupit až při nemožnosti stanovit v okamžiku uplatnění odpočtu daně výši poměrného koeficientu podle skutečného podílu použití, taková situace ovšem u žalobce nenastala, neboť bylo možné vyjít ze struktury jeho výnosů evidovaných v účetnictví.

Spor o hodnotu přijatých plnění při aplikaci výnosové metody

Neprovedení důkazních prostředků

Žalobce dále namítal, že žalovaný aplikoval výnosovou metodu na nesprávnou hodnotu přijatých plnění. Dle žalobce by se výnosová metoda měla aplikovat na veškerá zdanitelná plnění přijatá žalobcem v předmětných obdobích (tj. v první polovině roku 2017) sloužící k obecnému provozu žalobce a k realizaci rozhlasového vysílání, ve kterém byla realizována jak jeho veřejnoprávní rozhlasová činnost, tak zdanitelná činnost s nárokem na odpočet DPH (poskytování reklamního prostoru) a zahraniční vysílání. Žalovaný ovšem při výpočtu částky odpočtu DPH zohlednil pouze ta plnění, která žalobce uvedl v daňových přiznáních, a nezohlednil část plnění, kterou žalobce z důvodu aplikace metody dle dodavatelů do daňového přiznání neuváděl. Část plnění tak pro žalovaného byla seznatelná pouze z důkazních prostředků, nikoliv z daňových přiznání či Výroční zprávy Rady ČRo. Žalobce namítal, že žalovaný měl provést důkazy předložené žalobcem v odvolacím řízení, kterými žalobce deklaroval celkovou sumu jím přijatých zdanitelných plnění. Z té je třeba vycházet i při aplikaci výnosové metody. Finanční objem těchto hodnot v řádech několika desítek milionů Kč je přitom zásadní, jedná se tedy o důkazní prostředky, které by měly materiální dopad do výsledné daňové povinnosti.
Jak již vysvětlil Nejvyšší správní soud, výnosová metoda, která je užita pro výpočet poměrného nároku na odpočet, spočívá v určení poměrného koeficientu pomocí poměru výnosů z podnikatelské činnosti žalobce ku celkovým výnosům žalobce za určité období, přičemž zachovává základní pravidlo, že poměrný nárok na odpočet je dán v rozsahu použití zdanitelných plnění pro účely ekonomické činnosti. Tento rozsah odpovídá podílu ekonomické činnosti na celkové činnosti, jenž je zjištěn pomocí výnosů. Vychází z předpokladu, že veškerá přijatá zdanitelná plnění jsou k ekonomické činnosti použita právě v tomto poměru. Použití výnosové metody postavil na jisto Nejvyšší správní soud. Pokud jde o aplikaci tohoto poměru, tak například za leden 2017 žalovaný vyšel z částky 83 196 728 Kč, zatímco v daňovém přiznání řádném se uvádí za základ daně 87 575 503 Kč, v dodatečných přiznáních není uvedeno nic. K odůvodnění konkrétní použité částky žalovaný uvedl, že došlo ke změně názoru na povahu vysílání do zahraničí a že správce daně vycházel z údajů z účetnictví (odstavec 58 napadeného rozhodnutí), ale v případě výpočtu založeného na výroční zprávě žalobce by koeficient vyšel stejně (odstavec 59).
Žalobce v podání ze dne 9. 6. 2023 navrhoval pokračování v dokazování a doložil mimo jiné dokumenty označené jako Příloha 1, Příloha 2, Příloha 3, kdy již z popisu Přílohy 2 („Hodnota přijatých zdanitelných plnění použitých pro činnosti Českého rozhlasu neuvedená v daňových přiznáních“) vyplývá, že dle mínění žalobce existují ještě daňová plnění neuvedená v daňových přiznáních, která je třeba dle jeho mínění při výpočtu daňové povinnosti zohlednit. Žalobce tedy již v řízení před žalovaným upozorňoval, že neuváděl celou částku základu daně. Přesto žalovaný nijak konkrétně použitou částku neodůvodnil. S ohledem na to, že tato částka nebyla nesporná, bylo její odůvodnění na místě, a to i pokud se žalovaný domníval, že žalovaným uváděná další plnění zahrnuta být nemají. Za této situace soud nemůže postup žalovaného efektivně přezkoumat.
Z judikatorního rámce týkajícího se případů nepřezkoumatelnosti rozhodnutí správního orgánu, jednoznačně a nade vší pochybnost vyplývá, že z odůvodnění rozhodnutí musí být zřejmé, jaký skutkový stav vzal správní orgán za rozhodný a jak uvážil o pro věc zásadních skutečnostech a uplatněných námitkách účastníka řízení, resp. jakým způsobem postupoval při posuzování těchto skutečností. Uvedené pak musí nalézt svůj odraz v odůvodnění dotčeného rozhodnutí. Podle rozhodovací praxe Nejvyššího správního soudu je tomu tak právě proto, že jen prostřednictvím odůvodnění lze dovodit, z jakého skutkového stavu správní orgán vyšel a jak o něm uvážil. Současně musí být z odůvodnění rozhodnutí patrné, jak se správní orgán vypořádal se vznesenými námitkami a k nim se vztahující zásadní argumentací. Ponechat stranou nelze ani okolnost, že odůvodnění rozhodnutí v podstatě předurčuje možný rozsah opravného prostředku vůči němu ze strany účastníků řízení. Pokud tedy rozhodnutí vůbec neobsahuje odůvodnění vypořádání některé z námitek nebo nereflektuje na námitky uplatněné účastníkem řízení a zásadní argumentaci, o kterou se opírají, musí mít podle Nejvyššího správního soudu nutně za následek jeho zrušení pro nepřezkoumatelnost (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 4. 2015, čj. 7 As 55/2015-29).
Uvedené platí tím spíš, když žalobce v podání ze dne 9. 6. 2023 navrhoval provedení důkazů směřujících k prokázání celkových přijatých zdanitelných plnění. Žalovaný odmítl provedení těchto důkazů s tím, že se týkají metod pro výpočet poměrného koeficientu navržených žalobcem, které neakceptoval. Jelikož žalobcem navržené metody nebyly použitelné, žalovaný skutečně k nim z tohoto důvodu dokazování provádět nemusel. Není však na místě, aby za situace, kdy měl žalovaný k dispozici údaje o dalších zdanitelných plněních, se alespoň nevypořádal v odůvodnění s otázkou jejich relevance. Obdobně soud uzavírá i o přílohách žalobcova podání jako takových. V souladu s judikaturou Ústavního soudu navržený důkaz není nutno provést, pokud a) skutečnost, kterou má důkaz potvrdit, není relevantní pro dané řízení, b) důkaz není způsobilý tvrzenou skutečnost potvrdit, c) skutečnost již byla potvrzena (nález sp. zn. I. ÚS 733/01 ze dne 24. 2. 2004; či nález sp. zn. III. ÚS 569/03 ze dne 29. 6. 2004). S ohledem na to, že navržené důkazní prostředky se týkaly nejenom sporu o metodu pro výpočet poměrného koeficientu, ale i výše zdanitelných plnění, bylo potřeba, aby se i z tohoto pohledu žalovaný důkazními návrhy zabýval a pokud by je i po nahlédnutí touto optikou neprovedl, tento svůj postup alespoň řádně odůvodnil.
Soud proto ve vztahu k odůvodnění konkrétního výpočtu daňového odpočtu co do výše zdanitelných plnění shledal napadené rozhodnutí nepřezkoumatelným.
Městský soud v Praze nepřehlédl, že Nejvyšší správní soud rovněž konstantně judikuje, že povinnost orgánů veřejné moci svá rozhodnutí řádně odůvodnit nelze interpretovat jako požadavek na detailní odpověď na každou námitku. Soud či správní orgán může na určitou námitku reagovat i tak, že v odůvodnění svého rozhodnutí prezentuje od názoru účastníka řízení odlišný názor, který přesvědčivě zdůvodní, tím se s námitkami účastníka řízení vždy – minimálně implicite – vypořádá. Absence odpovědi na ten či onen argument v odůvodnění tak bez dalšího nezpůsobuje nezákonnost rozhodnutí či dokonce jeho nepřezkoumatelnost. Podstatné je, aby se orgán veřejné moci vypořádal se všemi základními námitkami účastníka řízení (srov. např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 5. 2009, čj. 9 Afs 70/2008-13, a ze dne 21. 12. 2011, čj. 4 Ads 58/2011-72, či usnesení Ústavního soudu ze dne 18. 11. 2011, sp. zn. II. ÚS 2774/09, a ze dne 11. 3. 2010, sp. zn. II. ÚS 609/10). Nepřezkoumatelným proto není rozhodnutí, v jehož odůvodnění orgán veřejné moci prezentuje od názoru účastníka řízení odlišný názor, který přesvědčivě zdůvodní, a toto zdůvodnění poskytuje dostatečnou oporu výroku rozhodnutí (srov. nález Ústavního soudu ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08). V tomto ohledu lze upozornit např. na rozhodnutí Nejvyššího správního soudu č.j. 5 Afs 151/2024-56 ze dne 31. 7. 2025 týkající se přímo účastníků v projednávané věci.
Zdejší soud však ve shodě s Nejvyšším správním soudem v jeho zrušujícím rozhodnutí v této věci má za to, že otázka výše přijatých zdanitelných plnění je podstatná a oddělená od otázky určení vhodné metody, jak dospět k poměrnému koeficientu. Odpovídající odůvodnění však žalovaný do napadeného rozhodnutí nezahrnul ani implicitně, přestože žalovaný podáním ze dne 9. 6. 2023, resp. jeho přílohami nadnesl otázku konkrétní částky zdanitelných plnění.

Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

Soud ze shora uvedených důvodů shledal, že napadené rozhodnutí je částečně nepřezkoumatelné, a proto jej podle § 78 odst. 1 ve spojení s § 76 odst. 1 písm. a) s. ř. s. zrušil a věc žalovanému v souladu s § 78 odst. 4 s. ř. s. vrátil k dalšímu řízení. V něm bude žalovaný právním názorem soudu vázán (§ 78 odst. 5 s. ř. s.). V navazujícím řízení bude třeba vyřešit otázku, na jakou hodnotu zdanitelných plnění má být poměrný koeficient spočtený výnosovou metodou aplikován, a z jakého důvodu to má být právě ta která hodnota.
O náhradě nákladů řízení rozhodl soud podle § 60 odst. 1 s. ř. s. Úspěšný žalobce má právo na náhradu nákladů řízení, které sestávají ze zaplaceného soudního poplatku za žalobu ve výši 3 000 Kč, soudního poplatku za kasační stížnost ve výši 5 000 Kč a z nákladů zastoupení advokátem v řízení před zdejším soudem i Nejvyšším správním soudem.
Za dobu do 31. 12. 2024 v řízení před krajským soudem náleží odměna celkem za 4 úkony právní služby, a to převzetí a přípravu zastoupení [§ 11 odst. 1 písm. a) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb ve znění účinném do 31. 12. 2024 (advokátní tarif)], za návrh ve věci samé (žaloba) ve smyslu § 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu, repliku ze dne 5. 2. 2024 ve smyslu § 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu a účast na jednání dne 13. 6. 2024 ve smyslu § 11 odst. 1 písm. g) advokátního tarifu. Dále v rámci řízení o kasační stížnosti náleží odměna za podání kasační stížnosti dle § 11 odst. 1 písm. k) advokátního tarifu. Dohromady tedy celkem náleží odměna za 5 úkonů právní služby v době do 31. 12. 2024. Za každý z těchto úkonů právní služby náleží zástupci žalobce mimosmluvní odměna ve výši 3 100 Kč [§ 9 odst. 4 písm. d) ve spojení s § 7 bodem 5. advokátního tarifu] a 300 Kč paušální náhrady hotových výdajů dle § 13 odst. 4 advokátního tarifu. K tomu se připočítává i sazba daně z přidané hodnoty. Náklady zastoupení za dobu do 31. 12. 2024 proto činí 20 570 Kč.
Za dobu od 1. 1. 2025 náleží odměna za celkem 1 úkon právní služby, a to vyjádření ze dne 13. 8. 2025 ve smyslu § 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu v účinném znění. Za úkon právní služby náleží zástupci žalobce mimosmluvní odměna ve výši 10 300 Kč (počítáno z tarifní hodnoty 500 000 Kč dle § 10b odst. 5 písm. a) advokátního tarifu v účinném znění s ohledem na to, že dodatečnými platebními výměry byla žalobci po zásahu žalovaného doměřena daň v hodnotě tuto hranici bohatě přesahující) a 450 Kč paušální náhrady hotových výdajů dle § 13 odst. 4 advokátního tarifu v účinném znění. K tomu se připočítává i sazba daně z přidané hodnoty. Náklady zastoupení za dobu od 1. 1. 2025 proto činí 13 008 Kč.
Celkem tedy činí žalobcovy náklady řízení 33 578 Kč. Jejich náhradu je žalovaný povinen uhradit žalobci k rukám jeho zástupkyně.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

Kasační stížnost je podle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. v rozsahu otázek, které byly již vyřešeny předchozím rozhodnutím Nejvyššího správního soudu v této věci, přípustná jen tehdy, pokud stěžovatel tvrdí, že se městský soud neřídil závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu. V rozsahu, v němž není přípustná kasační stížnost, je přímo proti tomuto rozhodnutí přípustná ústavní stížnost (srov. nález Ústavního soudu sp. zn. III. ÚS 926/19 z 2. 7. 2019).

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha 26. srpna 2025

JUDr. Ladislav Hejtmánek v. r.

předseda senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje X. X.