Celé znění judikátu:
Krajský soud v Českých Budějovicích rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Michala Hájka, Ph.D., a soudců Mgr. Heleny Nutilové a Mgr. et Mgr. Bc. Petra Jiříka, ve věci
žalobkyně: Nature Cons, s. r. o., IČO 21122202
sídlem č. p. 15, 398 04 Horosedly
zastoupená společností TAL Consulting, s. r. o., IČO 07351887
sídlem Dřevná 382/2, 128 00 Praha 2
proti
žalovanému: Finanční úřad pro Jihočeský kraj
sídlem Mánesova 1803/3a, 371 87 České Budějovice
o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného spočívajícím v zahájení postupu k odstranění pochybností vydáním výzvy k odstranění pochybností ze dne 6. 2. 2025, čj. 173634/25/2208-50522-305943, způsobu vedení spisu a pozdním vyhotovení úředních záznamů v uvedeném řízení,
takto:
- Zásah žalovaného spočívající v zahájení postupu k odstranění pochybností vydáním výzvy k odstranění pochybností ze dne 6. 2. 2025, čj. 173634/25/2208-50522-305943, byl nezákonný.
- Ve zbytku se žaloba zamítá.
- Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni na náhradě nákladů řízení částku 14 269,40 Kč do 30 dnů ode dne právní moci tohoto rozsudku k rukám jejího zástupce.
- Žalovaný nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci a shrnutí žaloby
1. Žalobkyně se žalobou na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správního orgánu podle § 82 a násl. s. ř. s. doručenou Krajskému soudu v Českých Budějovicích dne 17. 3. 2025, domáhá, aby soud rozsudkem vyslovil, že zahájení postupu k odstranění pochybností, v rámci kterého žalovaný vydal podle § 89 odst. 1 daňového řádu výzvu k odstranění pochybností ze dne 6. 2. 2025, čj. 173634/25/2208-50522-305943, bylo nezákonným zásahem. Současně se domáhá, aby soud rozsudkem vyslovil, že nezákonným zásahem byl rovněž způsob vedení spisu a pozdní vyhotovení úředních záznamů.
2. Pochybnosti žalovaného měly svůj původ v tom, že porovnáním údajů o ve výzvě k odstranění pochybností specifikovaných přijatých zdanitelných plněních, vykázaných žalobkyní v oddílu B.2. kontrolního hlášení, a údajů o uskutečněných zdanitelných plněních vykázaných v oddílu A.4. kontrolního hlášení podaného dodavatelem žalobkyně, společností Polák AGS+O, s. r. o., DIČ CZ27999459, se sídlem Podskalí 767, 332 02 Starý Plzenec. Žalovaný zjistil, že tento deklarovaný dodavatel uskutečnění předmětných zdanitelných plnění pro žalobkyni v oddílu A.4. svého kontrolního hlášení a v přiznání k dani z přidané hodnoty za příslušné zdaňovací období nevykázal a jeho realizaci tak nepotvrdil. Na základě popsané analýzy vznikly žalovanému pochybnosti o oprávněnosti žalobkyní uplatněného nároku na odpočet daně.
3. V žalobě žalobkyně nejprve popsala procesní postup žalovaného. Dne 22. 12. 2024 žalobkyně v řádném termínu podala daňové přiznání k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období listopad 2024. Žalovaný nejprve v rámci neformální komunikace telefonicky a taktéž emailem ve dnech 13. 1. až 15. 1. 2025 kontaktoval právního zástupce žalobkyně. Proti způsobu a obsahu komunikace podala žalobkyně stížnost. Následně, dne 6. 2. 2025, vydal žalovaný výzvu k odstranění pochybností, ve které uvedl, že mu vznikly pochybnosti o správnosti tohoto daňového přiznání a o pravdivosti údajů v něm uvedených, konkrétně o oprávněnosti uplatněného nároku na odpočet daně u přijatých zdanitelných plnění uvedených v oddílu C. přiznání k dani z přidané hodnoty, ve vztahu k přijatým zdanitelným plněním od dodavatele žalobkyně.
4. V této souvislosti žalobkyně namítá, že zvolil-li žalovaný k vyjasnění sporných a nejasných skutečností postup k odstranění pochybností, byl povinen své pochybnosti ve výzvě konkretizovat. Podezření žalovaného musí být založena na dostatečně konkrétních a přesvědčivých poznatcích nebo analýzách opřených o skutkové důvody, tj. o důvody objektivně existující a nespočívající pouze v úsudku a vůli příslušných pracovníků správce daně. Odkázala na metodickou pomůcku k postupu k odstranění pochybností vydanou Generálním finančním ředitelstvím pod čj. 65447/14/710040124011654, ze které dovozuje, že správce daně musí uvést, zda má pochybnosti o správnosti, průkaznosti, úplnosti nebo pravdivosti údajů, případně kombinaci více těchto variant, a v čem tyto spočívají, tedy odůvodnit samostatně tu kterou pochybnost. Nelze ve výroku vyjmenovat všechny čtyři tyto varianty a ve skutečnosti se zabývat pouze jednou z nich. Vydaná výzva je proto dle žalobkyně zcela nesrozumitelná a neobsahuje žádné konkrétní pochybnosti a zcela evidentně je pouhou obstrukcí žalovaného. Údajná pochybnost žalovaného je zcela abstraktní, nepodložená a neobjektivní. Jako takovou považuje žalobkyně výzvu za nezákonnou.
5. K tomu žalobkyně poznamenala, že jedinou pochybností uvedenou žalovaným ve výzvě přitom je nevykázání uskutečněných plnění dodavatelem v jeho kontrolním hlášení a daňovém přiznání, čímž nemohlo dojít k ověření uskutečnění plnění. Dodavatel však podal dne 16. 1. 2025 následné kontrolní hlášení, ve kterém v oddílu A.4. identifikoval žalobkyni jako svého odběratele u všech zpochybňovaných plnění. Toto žalovanému žalobkyně sdělila již ve svém vyjádření ze dne 20. 2. 2025. Uvedené je zřejmé z úředního záznamu ze dne 24. 2. 2025, stejně jako skutečnost, že žalovaný disponoval těmito informacemi a daty již dne 24. 1. 2025, tedy před vydáním výzvy. Z tohoto úředního záznamu je dále zřejmé to, že dodavatel vykázal předmětná plnění již v původně podaném kontrolním hlášení, akorát je uvedl nikoliv v oddíle A.4., ale v oddíle A.5. Z toho dle žalobkyně plyne jednoznačný závěr, že je vykázal taktéž v řádném daňovém přiznání k dani z přidané hodnoty. Žalovaný tak dle názoru žalobkyně při svém postupu nevycházel ze skutečného obsahu právního jednání nebo jiné skutečnosti rozhodné pro správu daní, čímž porušil zásadu dle § 8 odst. 3 daňového řádu.
6. Dále žalobkyně namítá, že měl-li žalovaný skutečně k datu vydání výzvy k dispozici údaje o nesrovnalostech v kontrolním hlášení, měl údaje uvedené v kontrolním hlášení posoudit, popřípadě prověřit a v případě pochybností o jejich správnosti nebo úplnosti vyzvat žalobkyni, aby údaje změnila nebo doplnila, popřípadě původní údaje potvrdila postupem podle § 101g odst. 2 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty. Žalovaný tím, že zvolil úmyslně extenzivní nástroj v podobě zahájení postupu k odstranění pochybností, porušil zásadu dle § 8 odst. 2 daňového řádu, dle kterého má povinnost dbát na to, aby při rozhodování skutkově shodných nebo podobných případů nevznikaly nedůvodné rozdíly, a zároveň jeho postupem bylo porušeno legitimní očekávání žalobkyně. Ta přitom musela vyhledat odbornou pomoc, aby mohla kvalifikovaně reagovat, byť na nepodložené pochybnosti žalovaného, a bránit svá práva. Žalovaný tak nedostál ani zásady hospodárnosti vyjádřené v § 7 odst. 2 daňového řádu.
7. Vedle toho žalobkyně namítá, že z žalovaným předložených soupisů částí spisů je zřejmé, že kontrolní část spisu obsahuje pouze 4 úřední záznamy, emailovou odpověď zástupce žalobkyně a její stížnost. Související vyhledávací část spisu pak obsahuje pouze provedený náhled žalovaného do kontrolního hlášení žalobkyně. Spis neobsahuje žádné dokumenty prokazující provedení správní úvahy žalovaného, žádné analýzy, konkrétní kroky k podpoření jeho pochybností a podobně. Související spisová dokumentace je proto neúplná a nevěrohodná, a jako taková neumožnuje žalobkyni účinnou obranu.
8. Závěrem žalobkyně namítla též to, že úřední záznamy obsažené ve správním spisu byly vytvořeny s velkým časovým odstupem, někdy i měsíc po skutečnosti, kterou zachycují.
II. Shrnutí vyjádření žalovaného
9. Žalovaný v prvé řadě popisuje chronologii daňového řízení s tím, že přes veškerou snahu odstranit pochybnosti o nároku žalobkyně na odpočet daně neformální cestou k potřebné součinnosti z její strany nedošlo. Proto dne 6. 2. 2025 vydal výzvu k odstranění pochybností. Dne 20. 2. 2025 bylo žalovanému doručeno vyjádření žalobkyně, ve kterém uvedla, že její dodavatel sice nevykázal konkrétní zdanitelné plnění v kontrolním hlášení, nicméně uvedené napravil již dne 16. 1. 2025 prostřednictvím následného kontrolního hlášení. Dne 24. 2. 2025 proto provedl žalovaný náhled do následného kontrolního hlášení dodavatele za zdaňovací období listopad 2024, ve kterém skutečně v oddílu A.4. dodatečně identifikoval žalobkyni jako svého odběratele. Uvedené plyne z úředního záznamu ze dne 24. 2. 2025, ve kterém bylo nesprávně uvedeno datum 24. 1. 2025, což bylo opraveno úředním záznamem ze dne 27. 2. 2025. Tímto došlo k odstranění pochybností o uplatněném nadměrném odpočtu, načež žalovaný dne 28. 2 .2025 vyrozuměl žalobkyni o tom, že jí podaná stížnost byla shledána nedůvodnou a současně téhož dne vydal platební výměr na daň z přidané hodnoty za zdaňovací období listopad 2024.
10. Co se týče námitky nezákonně prováděného postupu k odstranění pochybností, resp. absence důvodů v okamžiku jeho zahájení, žalovaný zdůrazňuje základní princip daňového řízení, dle kterého daňový subjekt stíhá břemeno tvrzení a také břemeno důkazní, které spočívá v povinnosti daňového subjektu předložit nebo navrhnout důkazní prostředky k prokázání v daňovém přiznání tvrzených skutečností, pokud ho k tomu správce daně vyzve. Jelikož v rámci neformální komunikace nebyla potřebná součinnost k odstranění pochybností o nároku na daňový odpočet ze strany žalobkyně poskytnuta, považuje žalovaný za zcela souladné s § 89 daňového řádu, pokud přistoupil k vydání výzvy k odstranění pochybností.
11. Pokud jde o obsah výzvy, v této byla zcela jednoznačně popsána pochybnost jak o pravdivosti údajů obsažených v daňovém přiznání, kdy žalobkyně uplatňovala nárok na odpočet daně z přijatých plnění, která její dodavatel v kontrolním hlášení neuvedl, tak o správnosti údajů v něm uvedených, kdy v případě neprokázání splnění podmínek oprávněnosti nároku na odpočet daně není hodnota deklarovaná v daňovém přiznání správná. Není tak pravdou tvrzení žalobkyně, že žalovaný pouze mechanicky opsal čtyři varianty pochybností obsažené v první větě ustanovení § 89 odst. 1 daňového řádu.
12. Příjemcem výzvy k odstranění pochybností byla žalobkyně, jelikož ta byla ve smyslu § 92 odst. 3 daňového řádu osobou, která tvrdila v daňovém přiznání nárok na daňový odpočet a tento byla povinna prokázat.
13. Žalovaný nesouhlasí s tvrzením, že již v okamžiku vydání výzvy k odstranění pochybností věděl o dodavatelem podaném následném kontrolním hlášení, ve kterém v oddílu A.4. identifikoval žalobkyni jako svého odběratele u všech zpochybňovaných zdanitelných plnění. Uvedené má být dle žalobkyně zřejmé z úředního záznamu ze dne 24. 2. 2025, kde je však informace o tom, že žalovaný náhled do následného kontrolního hlášení dodavatele provedl již dne 24. 1. 2025, uvedena chybně, což žalovaný napravil vydáním úředního záznamu ze dne 27. 2. 2025.
14. Informací o podaném následném kontrolním hlášení tedy žalovaný nedisponoval. Upřesnil, že jako místně příslušný správce daně vedl u žalobkyně řízení k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období listopad 2024. Žalobkyně měla povinnost v tomto řízení svá tvrzení, resp. nárok na daňový odpočet prokázat. Podání následného kontrolního hlášení ze strany dodavatele bylo učiněno v jiném daňovém řízení u jiného místně příslušného správce daně, o čemž žalovaný neměl povědomí. Náhled do následného kontrolního hlášení dodavatele žalovaný provedl až dne 24. 2. 2025, a to na základě vyjádření žalobkyně k výzvě k odstranění pochybností ze dne 20. 2. 2025, ze kterého žalovaný získal informaci o tom, že dodavatel dne 16. 1. 2025 podal následné kontrolní hlášení, ve kterém byl předmětný nesoulad údajů vedoucí k pochybnostem žalovaného napraven.
15. Námitka žalobkyně, dle které dodavatel vykázal předmětná zdanitelná plnění již v původně podaném kontrolním hlášení, ale chybně v oddíle A.5., je dle žalovaného pouhou nerelevantní spekulací. V oddílu A.5. jsou obsažena zdanitelná plnění a přijaté úplaty do 10 000 Kč včetně daně nebo plnění, u nichž nevznikla povinnost vystavit daňový doklad, a to bez označení odběratele či dodavatele. Žalovaný v pozici správce daně obecně nedisponuje údaji o jednotlivých plněních zahrnutých plátcem daně v souhrnném oddílu A.5. a nemůže tak bez údajů získaných přímo od dotyčného plátce daně s jistotou tvrdit, jaká konkrétní plnění oddíl A.5. obsahuje. Nelze tedy s jistotou tvrdit, že předmětná plnění byla již obsažena v kontrolním hlášení, byť chybně v jiném oddílu.
16. Pokud jde o námitku neúplnosti a nevěrohodnosti spisové dokumentace, je žalovaný přesvědčen, že požadavkům stran řádného vedení spisové dokumentace dostál. V písemnostech založených v daňovém spisu je popsán postup žalovaného v daňovém řízení včetně všech provedených úkonů, jako např. náhledy do kontrolních hlášení, komunikace s žalobkyní, detekce nesouladů v kontrolním hlášení žalobkyně a deklarovaného dodavatele či vyhodnocení důvodu přistoupení k zahájení postupu k odstranění pochybností. Detekce pochybnosti, resp. žalobkyní požadovaná analýza, je popsána i v odůvodnění výzvy k odstranění pochybností ze dne 6. 2. 2025. Z daňového spisu tak dle žalovaného jednoznačně vyplývá, na základě jakých skutečností mu vznikly pochybnosti o nároku na daňový odpočet a jakým způsobem v daňovém řízení postupoval za účelem jejich odstranění. Z tohoto pohledu není kvantita písemností založených v daňovém spisu relevantní a spisovou dokumentaci nelze než považovat za úplnou a věrohodnou.
17. Žalovaný navrhl, aby krajský soud žalobu zamítl.
III. Právní hodnocení krajského soudu
18. Krajský soud přezkoumal důvodnost žaloby v mezích uplatněných žalobních bodů. Krajský soud ve věci rozhodl bez jednání dle § 51 s. ř. s.
19. Žalobu na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem či donucením správního orgánu vymezuje § 82 s. ř. s., dle kterého „[k]aždý, kdo tvrdí, že byl přímo zkrácen na svých právech nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením (dále jen ‚zásah‘) správního orgánu, který není rozhodnutím, a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo, může se žalobou u soudu domáhat ochrany proti němu nebo určení toho, že zásah byl nezákonný.“
20. Žalobkyně rozporuje zákonnost zahájení postupu k odstranění pochybností, konkrétnost vymezení pochybností v rámci vydané výzvy a dílčí úkony žalovaného provedené v rámci tohoto postupu v souvislosti s vedením spisové dokumentace a vyhotovením úředních záznamů. Žalovaný dne 28. 2. 2025 vydal pod čj. 327521/25/2208-50522-305943 platební výměr na daň z přidané hodnoty za zdaňovací období listopad 2024. Z toho krajský soud dovozuje, že předmětný postup k odstranění pochybností byl ke dni rozhodování soudu skončen. Ostatně sama žalobkyně se domáhá pouze vyslovení nezákonnosti uvedeného zásahu. Z toho důvodu krajský soud vycházel ve smyslu § 87 odst. 1 s. ř. s. ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době zásahu.
21. Podání žaloby, kterou se žalobkyně domáhá pouze určení, že zásah byl nezákonný, není ve smyslu § 85 s. ř. s. podmíněno vyčerpáním jiných právních prostředků ochrany nebo nápravy před správním orgánem (srov. rozsudek rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 12. 2017, čj. 1 Afs 58/2017-42, č. 3686/2018 Sb. NSS).
22. V kontextu posuzované věci krajský soud pro úplnost poukazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 3. 2019, čj. 1 Afs 120/2018-27, bod [18] odůvodnění, v němž soud vyslovil, že „[z] judikatury Nejvyššího správního soudu dále vyplývá, že některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samostatného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru. Jinými slovy, pro možnost obrany není třeba čekat, až bude po nezákonném postupu vydán platební výměr, bude-li vůbec vydán (viz např. rozsudky ze dne 11. 6. 2015, č. j. 10 Afs 40/2015-36, ze dne 19. 12. 2012, č. j. 2 Ans 15/2012-22, nebo ze dne 13. 2. 2014, č. j. 2 Aps 8/2013-46).“ Žalobkyně tak zvolila správný žalobní typ, domáhá‑li se vyslovení nezákonnosti zahájení postupu k odstranění pochybností žalobou na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správního orgánu podle § 82 a násl. s. ř. s.
23. Po přezkoumání skutkového a právního stavu, který tu byl v době tvrzeného zásahu, a po prostudování obsahu spisové dokumentace, dospěl krajský soud k závěru, že žaloba je částečně důvodná.
III.A Nezákonné zahájení postupu k odstranění pochybností
24. Krajský soud se na prvním místě zabýval žalobními námitkami, dle kterých bylo zahájení postupu k odstranění pochybností dle § 89 a násl. daňového řádu nezákonným zásahem. Dle žalobkyně žalovaný disponoval informacemi způsobilými rozptýlit pochybnosti specifikované ve výzvě k odstranění pochybností již v době před jejím vydáním.
25. Tato žalobní námitka je důvodná.
26. Podle § 89 odst. 1 daňového řádu platí, že „[m]á-li správce daně konkrétní pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených, vyzve daňový subjekt k odstranění těchto pochybností.“
27. Podle § 89 odst. 2 daňového řádu platí, že „[v]e výzvě správce daně uvede své pochybnosti způsobem, který umožní daňovému subjektu, aby se k nim vyjádřil, neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvětlil, nepravdivé údaje opravil nebo pravdivost údajů prokázal a předložil důkazní prostředky tak, aby došlo k odstranění těchto pochybností.“
28. Na základě obsahu výzvy k odstranění pochybností vyšel krajský soud z toho, že žalovanému v návaznosti na žalobkyní podané daňové přiznání k dani z přidané hodnoty a související kontrolní hlášení za zdaňovací období listopad 2024 vznikly pochybnosti „o správnosti tohoto daňového přiznání a o pravdivosti údajů v něm uvedených, konkrétně o oprávněnosti uplatněného nároku na odpočet daně u přijatých zdanitelných plnění uvedených v oddílu C. přiznání k dani z přidané hodnoty“. Tyto pochybnosti žalovaný konkrétně vymezil tak, že „daňový subjekt evidoval v oddílu B.2. svého kontrolního hlášení za období listopad 2024 pod evidenčními čísly daňových dokladů: - 047-2024, v hodnotě základu daně 185 000,00 Kč a DPH 38 850,00 Kč - 048-2024, v hodnotě základu daně 210 143,00 Kč a DPH 44 130,03 Kč - 049-2024, v hodnotě základu daně 300 000,00 Kč a DPH 63 000,00 Kč a uplatnil si z nich nárok na odpočet daně ve svém přiznání k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období listopad 2024. Porovnáním údajů o výše specifikovaných přijatých zdanitelných plněních vykázaných daňovým subjektem v oddílu B.2. kontrolního hlášení, a údajů o uskutečněných zdanitelných plněních vykázaných v oddílu A.4. kontrolního hlášení podaného obchodní korporací Polák AGS+O s.r.o., DIČ: CZ27999459, kterého daňový subjekt identifikoval v kolonce DIČ dodavatele, správce daně zjistil, že tento deklarovaný dodavatel uskutečnění předmětných zdanitelných plnění pro daňový subjekt v oddílu A.4. svého kontrolního hlášení a v přiznání k dani z přidané hodnoty za příslušné zdaňovací období však nevykázal a jeho realizaci tak nepotvrdil.“
29. Pokud jde o časový rámec postupu v posuzované věci, vyšel krajský soud především z těchto nesporných skutečností. Žalobkyně dne 22. 12. 2024 podala daňové přiznání k dani z přidané hodnoty a související kontrolní hlášení za zdaňovací období listopad 2024. Žalovanému vznikly pochybnosti o údajích uvedených v těchto dokumentech. Ve dnech 13.-15. 1. 2025 proběhla mezi účastníky řízení neformální komunikace, kdy úřední osoby žalovaného kontaktovaly telefonicky a následně emailem právního zástupce žalobkyně stran sdělení informací a doložení podkladů za účelem odstranění těchto pochybností. Dne 24. 1. 2025 žalobkyně zaslala žalovanému podání nazvané „Vyjádření daňového subjektu“, v rámci kterého uplatnila stížnost proti postupu žalovaného spočívajícímu v neformální komunikaci jeho úředních osob. Dne 6. 2. 2025 žalovaný vydal shora specifikovanou výzvu k odstranění pochybností. Následně, dne 20. 2. 2025, žalobkyně zaslala žalovanému druhé podání nazvané „Vyjádření daňového subjektu“, v rámci kterého mj. sdělila, že „[s]právce daně ve Výzvě konstatuje, že dodavatel daňového subjektu nevykázal uskutečněná plnění ve svém kontrolním hlášení. Tato skutečnost je pravdivá, nicméně správce daně zcela záměrně ignoruje skutečnost, že toto dodavatel napravil již 16. 01. 2025 prostřednictvím následného kontrolního hlášení. Pokud snad měl správce daně pochyby o správnosti daňového přiznání, tak tímto úkonem ze strany dodavatele byly tyto pochybnosti jednoznačně odstraněny“. Dne 28. 2. 2025 žalovaný vyrozuměl žalobce o tom, že stížnost ze dne 24. 1. 2025 proti postupu úředních osob byla shledána nedůvodnou. Současně téhož dne žalovaný vydal platební výměr na daň z přidané hodnoty za zdaňovací období listopad 2024.
30. V odůvodnění platebního výměru ze dne 28. 2. 2025 žalovaný uvedl, že „[s]právce daně dne 24. 2. 2025 provedl náhled do kontrolního hlášení obchodní korporace Polák AGS+0 s.r.o. za období listopad 2024, ve kterém zjistil, že tento deklarovaný dodavatel v řádném kontrolním hlášení za listopad 2024 vykázal uskutečněná zdanitelná plnění výhradě v souhrnném oddílu A.5. bez identifikace odběratele. Náhledem bylo dále zjištěno, že dne 16. 1. 2025 bylo tímto dodavatelem podáno následné kontrolní hlášení za listopad 2024, v němž v oddílu A.4. již daňový subjekt jako svého odběratele identifikoval, přičemž hodnota deklarovaných uskutečněných zdanitelných plnění odpovídá hodnotě přijatých zdanitelných plnění, kterou daňový subjekt vykázal v oddílu B.2. svého kontrolního hlášení. Z výše uvedených skutečností vyplývá, že pochybnosti, které správce daně specifikoval ve Výzvě k odstranění pochybností č. j.: 173634/25/2208-50522-305943, byly odstraněny. Daňová povinnost u daně z přidané hodnoty za zdaňovací období listopad 2024 bude vyměřena v té výši, jak ji daňový subjekt deklaroval ve svém daňovém tvrzení“ (důraz doplněn).
31. Na základě shora uvedeného má krajský soud za prokázané, že pochybnosti specifikované ve výzvě byly odstraněny v návaznosti na následné kontrolní hlášení podané dodavatelem dne 16. 1. 2025. Výzvu k odstranění pochybností přitom žalovaný vydal až dne 6. 2. 2025, tedy více než 20 dní poté, kdy se do dispozice příslušného správce daně následné kontrolní hlášení dostalo.
32. Problematikou postupu k odstranění pochybností se Nejvyšší správní soud ve své judikatuře opakovaně zabýval. V nyní posuzované věci lze odkázat na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 11. 2016, čj. 10 Afs 187/2016-31, kde soud v bodě 10. a násl. odůvodnění uvedl, že „[d]aňový řád zavedl institut postupu k odstranění pochybností a výslovně stanovil požadavek na konkrétnost pochybností ve snaze zdokonalit předchozí úpravu vytýkacího řízení, která postrádala požadavek dostatečné konkretizace výzev. Obsahové náležitosti výzvy vydané podle § 89 daňového řádu, zejména co do konkrétnosti pochybností, je proto třeba posoudit v souladu s usnesením rozšířeného senátu ze dne 8. 7. 2008, č. j. 9 Afs 110/2007-102, č. 1729/2008 Sb. NSS, byť se jeho závěry původně vztahovaly k vytýkacímu řízení dle předchozí právní úpravy. Rozšířený senát zdůraznil, že existence konkrétních pochybností je nezbytnou podmínkou pro zahájení vytýkacího řízení (resp. dnes postupu k odstranění pochybností). Pokud správce daně přesně určitelné pochybnosti nemá, podmínky pro zahájení vytýkacího řízení nejsou dány. Pouze ty subjekty, ve vztahu k nimž existuje pochybnost o jejich daňových tvrzeních, mohou být povinny nést případné negativní následky nesplnění povinnosti podat řádné vysvětlení a vyjádření a doložit požadované skutečnosti. […]
Existence pochybností musí být opřena o skutkové důvody, tj. o důvody objektivně existující a nespočívající pouze v úsudku a vůli příslušných pracovníků správce daně. Jen tak lze přezkoumat, zda správce daně skutečně pochybnost o tvrzeních daňového subjektu měl, anebo zda požadoval vysvětlení a prokazování tvrzených skutečností pouze na základě zákonem nedovoleného náhodného výběru či dokonce na základě libovůle. […]
Pochybnost nemusí být jistotou, že tvrzení daňového subjektu nejsou správná, průkazná, úplná či pravdivá, ale musí existovat důvodné podezření, tzn. podezření založené na dostatečně konkrétních a přesvědčivých poznatcích správce daně nebo na jeho analýzách opřených o skutkové důvody. V každém případě musí jít o poznatky či analýzy mající skutkový základ vztahující se k daňově relevantní činnosti daňového subjektu a opírající se o logickou a racionální úvahu. Poznatky mohou mít například charakter informací o obchodní činnosti dalších daňových subjektů obchodujících s prověřovaným subjektem, jsou-li v rozporu s tvrzeními prověřovaného subjektu. Analýzy mohou být založeny například na sledování výše daňové povinnosti příslušného daňového subjektu nebo toku finančních prostředků mezi ním a jinými daňovými subjekty“ (důraz doplněn).
33. Z obdobných závěrů vycházel Nejvyšší správní soud také například v rozsudcích ze dne 3. 10. 2017, čj. 9 Afs 170/2017-68, ze dne 7. 2. 2018, čj. 9 Afs 324/2017-28, či ze dne 27. 2. 2018, čj. 5 Afs 59/2017-99.
34. Byť se shora uvedené závěry Nejvyššího správního soudu vztahovaly k obsahovým náležitostem výzvy k odstranění pochybností, lze z nich dle náhledu krajského soudu jednoznačně dovodit, že správce daně je oprávněn vydat výzvu k odstranění pochybností pouze v případě, že v době vydání výzvy konkrétní skutkové důvody vedoucí k pochybnosti ohledně údajů v podaném daňovém přiznání nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem objektivně existují.
35. Těmto požadavkům žalovaný v posuzované věci nedostál. Vydal-li dne 6. 2. 2025 výzvu k odstranění pochybností, nestalo se tak na základě důvodného podezření, neboť tyto pochybnosti byly odstraněny již následným kontrolním hlášením dodavatele podaným dne 16. 1. 2025. V době vydání výzvy tak skutkové důvody zakládající pochybnosti specifikované ve výzvě neexistovaly.
36. Krajský soud si je vědom tvrzení žalovaného, dle kterého následné kontrolní hlášení dodavatel učinil v rámci jiného daňového řízení u jiného místně příslušného správce daně. Tato skutečnost však nemůže být kladena k tíži žalobkyně. Povinností žalovaného bylo před vydáním výzvy k odstranění pochybností ověřit, že skutkové důvody vyvolávající pochybnosti stále existují. Žalovaný si přitom přístup k obsahu následného kontrolního hlášení dodavatele před vydáním výzvy mohl zajistit. O tom svědčí mimo jiné shora citované odůvodnění platebního výměru ze dne 28. 2. 2025, ze kterého plyne, že žalovaný dne 24. 2. 2025 (v návaznosti na sdělení žalobkyně ze dne 20. 2. 2025) provedl náhled do kontrolního hlášení dodavatele, a na základě zjištěných skutečností došlo k odstranění jeho pochybností. Ostatně ani původní pochybnost žalovaného nemohla vzniknout jinak, než že vycházel z (v té době chybných) údajů uvedených žalobkyniným dodavatelem. Žalovaný k nim tedy musel mít přístup. Jednalo se zároveň o jediný důvod, z něhož žalovaný své pochybnosti odvozoval. Pokud tento důvod odpadl, jak ostatně žalovaný sám později připustil, pak bylo vydání výzvy k odstranění pochybností nadbytečné.
37. S ohledem na shora uvedené nelze než uzavřít, že pochybnosti specifikované ve výzvě byly v době jejího vydání již odstraněny. Žalovaný tak nezákonně zasáhl do práv žalobkyně, zahájil-li postup k odstranění pochybností, které v době vydání výzvy neexistovaly. Žalobkyně přitom byla dle svého tvrzení nucena vyhledat odbornou pomoc a bránit svá práva.
38. Protože krajský soud shledal, že zahájení postupu k odstranění pochybností vydáním výzvy k odstranění pochybností ze dne 6. 2. 2025 bylo nezákonným zásahem, nezabýval se již námitkami žalobkyně vztahujícími se k obsahu výzvy, resp. konkrétnosti vymezení pochybností v této výzvě, neboť jejich vypořádání by bylo v posuzované věci nadbytečné. Totéž platí o námitce, dle které měl žalovaný postupovat dle § 101g odst. 2 zákona o dani z přidané hodnoty namísto vydání výzvy k odstranění pochybností.
III.B Zbylé námitky žalobkyně
39. Dále se krajský soud zabýval námitkou neúplnosti a nevěrohodnosti spisové dokumentace. Konkrétně je dle žalobkyně z žalovaným předložených soupisů částí spisů zřejmé, že kontrolní část spisu obsahuje pouze 4 úřední záznamy, emailovou odpověď zástupce žalobce a jeho stížnost. Související vyhledávací část spisu pak obsahuje pouze provedený náhled žalovaného do kontrolního hlášení žalobce. Spis neobsahuje žádné dokumenty prokazující provedení správní úvahy žalovaného, žádné analýzy či konkrétní kroky k podpoření jeho pochybností.
40. Tuto námitku krajský soud neshledal důvodnou.
41. Žalobkyně jí zmiňované soupisy částí spisů blíže nespecifikuje. Krajský soud na základě obsahu správního spisu vyšel z toho, že uvedená námitka se týká soupisů částí spisů předložených žalovaným žalobkyni spolu se sdělením ze dne 24. 2. 2025, kdy žalobkyni byly předloženy soupisy částí spisů označené jako „daň z přidané hodnoty, období od 1. 11. 2024“ , „kontrolní postupy dle DŘ“ a „vyhledávací – kontrolní postupy dle DŘ“.
42. Ve vztahu k této námitce přitom žalobkyně uvedla pouze zcela obecnou argumentaci. Blíže nekonkretizovanému tvrzení, dle kterého spis neobsahuje žádné dokumenty prokazující provedení správní úvahy žalovaného, žádné analýzy či konkrétní kroky k podpoření jeho pochybností, krajský soud nemohl přisvědčit. V této souvislosti krajský soud odkazuje zejména na úřední záznam ze dne 5. 2. 2025, čj. 173335/25/2208-60562-304658, obsahující návrh výzvy k odstranění pochybností, dále úřední záznamy ze dne 6. 2. 2025, čj. 173230/25/2208-60562-304658, a ze dne 10. 2. 2025, čj. 142005/25/2208-50522-305943, či samotnou výzvu k odstranění pochybností ze dne 6. 2. 2025. V rámci těchto dokumentů jsou popsány úvahy žalovaného včetně analýzy, na základě které dospěl k předmětným pochybnostem. Všechny uvedené dokumenty jsou přitom označeny v předložených soupisech částí spisů a jsou zároveň součástí spisové dokumentace předložené žalovaným soudu.
43. Odkaz žalobkyně na nález Ústavního soudu ze dne 16. 6. 2020, sp. zn. IV. ÚS 4141/18, shledal krajský soudu nepřiléhavým. Ústavní soud se zde zabýval zejména námitkou stěžovatele, dle které odvolací správní orgán a následně správní soudy rozhodovaly na základě nekompletních daňových spisů. Ve zkratce, Ústavní soud konfrontoval stěžovateli předložené soupisy částí spisů s vyžádaným daňovým spisem, přičemž zjistil, že ve veřejné a neveřejné (vyhledávací) části spisu předložené správcem daně se proti stavu ke dni vyhotovení soupisů předložených stěžovateli nenacházely listiny v těchto soupisech označené. Přitom v neveřejné části spisu chybělo oproti stavu ke dni vyhotovení soupisu více než 65 % listin (srov. bod 19. odůvodnění nálezu). Ústavní soud shledal, že takové vedení spisové dokumentace již není tzv. na hraně, ale je daleko za hranicí toho, co lze v právním státě od orgánu veřejné moci tolerovat. Přitom dospěl mj. k závěru, že je-li založeno rozhodnutí v soudním řízení správním pouze na neúplném daňovém spisu, jde o vadu, která může vést k nezákonnému rozhodnutí ve věci samé a k porušení práva na soudní ochranu podle čl. 36 odst. 1 a 2 Listiny základních práv a svobod.
44. Takovou vadu však krajský soud v žalovaným předloženém správním spisu neshledal. Žalobkyně sama neuvádí, které konkrétní listiny mají v žalovaným předloženém správním spise absentovat.
45. Krajský soud konečně neshledal důvodnou ani námitku žalobkyně stran opožděnosti vyhotovení úředních záznamů. Konkrétně žalobkyně namítla, že „úřední záznamy byly vytvořeny s velkým časovým odstupem, někdy i měsíc po skutečnosti, kterou zachycují. Je s podivem, že i po měsíci jsou úřední osoby schopny pamatovat si naprosto konkrétní slova, která pronesl zástupce žalobce v telefonním rozhovoru. Je též nestandardní vyhotovit úřední záznamy až po podané stížnosti žalobce.“
46. Dle § 63 odst. 1 daňového řádu platí, že „[o] důležitých úkonech při správě daní, které nejsou součástí protokolu, sepíše správce daně úřední záznam, ve kterém zachytí skutečnosti, které mají vztah ke správě daní, zjištěné zejména z ústních sdělení, oznámení, poznámek, obsahů telefonických hovorů a jiných spisových materiálů.“
47. Dle § 90 odst. 1 daňového řádu platí, že „[o] průběhu postupu k odstranění pochybností sepíše správce daně podle povahy svého úkonu protokol nebo úřední záznam, ve kterém uvede vyjádření nebo důkazní prostředky, na jejichž základě považuje pochybnosti za zcela nebo zčásti odstraněné, a případné důvody přetrvávajících pochybností.“
48. Žalobkyni lze jistě obecně přisvědčit, že úřední osoba by se měla snažit, aby prodleva mezi datem vyhotovení úředního záznamu a úkonem v tomto záznamu zachyceném byla co nejmenší, a to v zájmu zachování pravdivosti, úplnosti a přesnosti informací o daném úkonu. Úřední záznamy ze dne 6. 2. 2025 a 10. 2. 2025, zachycující mimo jiné telefonickou komunikaci proběhlou ve dnech mezi 13. 1. až 15. 1. 2025, tomuto požadavku nevyhovují.
49. Shora citovaná ustanovení daňového řádu však žádnou závaznou lhůtu k vyhotovení úředního záznamu nestanoví. Součástí spisové dokumentace pak jsou mimo jiné kopie emailových zpráv ze 14. 1. a 15. 1. 2025, ze kterých úřední osoby žalovaného při vyhotovování úředních záznamů mohly čerpat. Také je potřeba zmínit, že i ve vztahu k této námitce je argumentace žalobkyně zcela obecná. Žalobkyně netvrdí, v jakém ohledu jsou informace uvedené v úředních záznamech nepravdivé, neúplné či nepřesné, resp. jakým konkrétním způsobem mělo být opožděným vyhotovením úředních záznamů zasaženo do jejích práv.
50. S ohledem na shora uvedené důvody krajský soud v návaznosti na žalobní petit uzavírá, že způsob vedení spisu ani pozdní vyhotovení úředních záznamů nebylo nezákonným zásahem.
IV. Závěr a náklady řízení
51. Krajský soud shledal žalobu částečně důvodnou, proto výrokem I. určil, že provedený zásah spočívající v zahájení postupu k odstranění pochybností vydáním výzvy k odstranění pochybností byl nezákonný (§ 87 odst. 2 s. ř. s.). Ve zbytku krajský soud žalobu výrokem II. jako nedůvodnou zamítl (§ 87 odst. 3 s. ř. s.).
52. O náhradě nákladů řízení krajský soud rozhodl dle § 60 odst. 1 věty první s. ř. s., podle kterého nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů řízení před soudem proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl.
53. V této souvislosti krajský soud konstatuje, že žalobkyně měla fakticky plný úspěch, neboť soud určil, že zásah spočívající v zahájení postupu k odstranění pochybností byl nezákonný. Právě to bylo základem celé věci. Úkony žalovaného spočívající ve způsobu vedení spisové dokumentace a vyhotovení úředních záznamů, proti kterým žalobkyně rovněž brojila, byly pouze dílčí součástí tohoto nezákonného postupu (zásahu) žalovaného. Jednalo se jen o okrajovou část žalobní argumentace. Za této situace lze uzavřít, že žalobkyně byla po materiální stránce zcela úspěšná.
54. Pokud jde o procesně úspěšnou žalobkyni, v jejím případě jsou náklady řízení představovány zaplaceným soudním poplatkem ve výši 2 000 Kč a odměnou daňového poradce za zastupování v řízení o žalobě za dva úkony právní služby (převzetí a příprava věci, sepsání žaloby) a paušální náhradou hotových výdajů ve smyslu vyhlášky č. 177/1996 Sb., advokátního tarifu. V nyní posuzované věci byly úkony realizovány dle advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025, žalobci tedy náleží za převzetí a přípravu věci a sepsání žaloby 2 x 4 620 Kč a 2 x 450 Kč [dva úkony právní služby a 2 x paušální náhrada hotových výdajů dle § 7 bod 5, § 9 odst. 5, § 11 odst. 1 písm. a), d), § 13 odst. 4, advokátního tarifu, ve znění účinném od 1. 1. 2025], celkem tedy 10 140 Kč. Jelikož je zástupce žalobkyně plátcem DPH, je nutno navýšit odměnu a náhradu hotových výdajů o sazbu této daně v částce 2 129,40 Kč. Celkové žalobkyniny náklady řízení tedy po zaokrouhlení činí 14 269,40 Kč. Tuto částku je žalovaný povinen zaplatit žalobkyni do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám jejího zástupce. Krajský soud podotýká, že se odchýlil od vyúčtování nákladů žalobkyně založeného na č. l. 31 soudního spisu, neboť toto vycházelo z advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024. Současně nebylo vycházeno z tarifní hodnoty dle § 10b odst. 5 advokátního tarifu, ve znění účinném od 1. 1. 2025, neboť žaloba byla podána proti nezákonnému zásahu správce daně, nikoliv proti rozhodnutí vydanému správcem daně.
55. Žalovaný, který neměl v řízení úspěch, nemá na náhradu nákladů řízení právo.
Poučení:
Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.
České Budějovice 26. srpna 2025
JUDr. Michal Hájek, Ph.D. v.r.
předseda senátu
Shodu s prvopisem potvrzuje A.Z.
