63 Af 3/2026 - 107 - Na zadržovaný odpočet nestačí stížnost. Nejdřív musí přijít námitka

Číslo jednací: 63 Af 3/2026 - 107
Soud: Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí: 29. 4. 2026
Kategorie: Daň z přidané hodnoty
Stáhnout PDF

Právní věta:

Nevyužije-li daňový subjekt proti postupu nebo nečinnosti správce daně při určení nesporné části nadměrného odpočtu (zálohy na daňový odpočet podle § 174a daňového řádu) námitku podle § 159 daňového řádu, nevyčerpá právní prostředek ochrany ve smyslu § 85 s. ř. s. Stížnost podle § 261 daňového řádu ani žádost o prošetření způsobu jejího vyřízení tento prostředek nenahrazují.

Krajský soud odmítl zásahovou žalobu proti nevyplacení nesporné části nadměrného odpočtu DPH, protože firma před podáním žaloby nevyužila námitku podle § 159 daňového řádu.

Společnost se domáhala ochrany proti postupu finančního úřadu, který během probíhajících kontrol DPH neurčil a nevyplatil nespornou část nadměrných odpočtů podle § 174a daňového řádu.

Firma tvrdila, že správce daně měl alespoň část odpočtů považovat za nespornou a tuto část jí vyplatit ještě před skončením kontrol. Místo toho podle ní finanční úřad pouze „blokoval“ celé nadměrné odpočty bez dostatečného vysvětlení.

Proti postupu správce daně podala stížnost podle § 261 daňového řádu a následně žádost o prošetření způsobu jejího vyřízení. Teprve poté podala zásahovou žalobu.

Právní otázka

Je stížnost podle § 261 daňového řádu dostatečným prostředkem ochrany proti nečinnosti nebo postupu správce daně při určování nesporné části nadměrného odpočtu, nebo musí daňový subjekt nejprve podat námitku podle § 159 daňového řádu?

Co soud řekl

Soud žalobu odmítl jako nepřípustnou. Dospěl k závěru, že žalobkyně před podáním zásahové žaloby nevyčerpala zákonný prostředek ochrany podle § 85 s. ř. s.

Klíčový závěr je, že proti postupu nebo nečinnosti správce daně při poskytování zálohy na daňový odpočet podle § 174a DŘ slouží námitka podle § 159 DŘ, nikoli stížnost podle § 261 DŘ.

Soud zdůraznil, že stížnost je pouze subsidiární a obecný dozorčí prostředek, který nelze použít tam, kde zákon nabízí speciální ochranu (pasáže o § 261 DŘ). Naopak námitka podle § 159 DŘ je výslovně určena k ochraně proti úkonům nebo nečinnosti správce daně při placení daní, kam spadá i institut zálohy na daňový odpočet.

Podle soudu to potvrzuje:

  • text § 174a odst. 5 DŘ,
  • důvodová zpráva,
  • i judikatura NSS k subsidiaritě zásahové žaloby.

Důležitý je také závěr, že rozhodnutí o námitce je soudně přezkoumatelné žalobou podle § 65 s. ř. s. To znamená, že zásahová žaloba zde není primárním prostředkem ochrany.

Rozhodnutí je prakticky významné hlavně pro spory o zadržované nadměrné odpočty DPH.

Soud velmi jasně procesně vymezil, jak mají firmy postupovat:

  1. nejprve podat námitku podle § 159 DŘ,
  2. vyčkat rozhodnutí,
  3. případně podat klasickou správní žalobu proti rozhodnutí.

Přímá zásahová žaloba bez využití námitky neobstojí.

To je důležité zejména proto, že v praxi daňové subjekty často používají stížnosti podle § 261 DŘ jako „rychlou obranu“ proti průtahům či blokaci odpočtů. Tento rozsudek ale potvrzuje, že to procesně nestačí.

Rozhodnutí je silným varováním pro daňové poradce i firmy:
špatně zvolený procesní prostředek může vést k odmítnutí žaloby bez věcného projednání.

Ve sporech o nevyplacení nesporné části odpočtu je nyní bezpečnější procesní cesta:

  • námitka podle § 159 DŘ,
  • následně žaloba proti rozhodnutí.

Rozsudek zároveň posiluje význam § 174a DŘ jako institutu z „platební roviny“ daňového řízení, nikoli pouze součásti kontrolního procesu.

Soud v podstatě říká, že spor o nespornou část odpočtu není primárně spor o zákonnost kontroly, ale spor o placení daní a správu vratitelného přeplatku.

To je důležitý posun v pohledu na § 174a DŘ. Prakticky totiž odděluje:

  • samotnou kontrolu DPH,
  • a otázku, zda už měla být část peněz mezitím vyplacena.

Bez námitky nelze žalovat zadržovaný odpočet DPH

Nesporná část odpočtu DPH: stížnost nestačí, nutná je námitka

Soud odmítl zásahovou žalobu kvůli nevyužití námitky podle § 159 daňového řádu při sporu o nespornou část odpočtu DPH.

 
 
 

Celé znění judikátu:

zastoupená JUDr. Ondřejem Trubačem, Ph.D., LL.M.

advokátem se sídlem Na Poříčí 1079/3a, 110 00 Praha 1

proti

žalovanému: Finanční úřad pro Jihočeský kraj 

sídlem Mánesova 1803/3a, 371 87 České Budějovice

o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem správního orgánu spočívajícím v neurčení nesporné části nadměrných odpočtů uplatněných žalobkyní ve vztahu ke zdaňovacím obdobím měsíců duben, červen, červenec, září, říjen, listopad a prosinec roku 2025, resp. nepředepsání nesporné části nadměrných odpočtů postupem podle § 174a daňového řádu do evidence daní žalobkyně,

takto:

  1. Žaloba se odmítá.
  2. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.
  3. Žalobkyni se vrací uhrazený soudní poplatek ve výši 2 000 Kč, který bude vyplacen z účtu Krajského soudu v Českých Budějovicích do třiceti dnů od právní moci tohoto usnesení.
  4. Žalobkyně se vyzývá, aby ve lhůtě 1 týdne ode dne doručení tohoto usnesení sdělila krajskému soudu údaje pro bezhotovostní vrácení části soudního poplatku z bankovního účtu soudu. Nesdělí-li žalobkyně požadované, bude částka vrácena na bankovní účet, ze kterého byla uhrazena.

Odůvodnění:

  1. Žalobkyně se žalobou podle § 82 a násl. zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní („s. ř. s.“), doručenou Krajskému soudu v Českých Budějovicích („krajský soud“) dne 23. 2. 2026, domáhá, aby soud „určil, že postup žalovaného, který v rámci probíhajících daňových kontrol za zdaňovací období měsíců duben 2025, červen 2025, červenec 2025, září 2025, říjen 2025, listopad 2025 a prosinec 2025 neprovedl odůvodněné určení nesporných částí vykázaných nadměrných odpočtů, je nezákonný“ a přikázal žalovanému, aby „provedl určení nesporné části nadměrných odpočtů uplatněných žalobkyní ve vztahu ke zdaňovacím obdobím měsíců duben 2025, červen 2025, červenec 2025, září 2025, říjen 2025, listopad 2025 a prosinec 2025, tj. popsal případnou možnost vzniku pochybností a vysvětlil, proč zdanitelná plnění případně nejsou nesporná, a nespornou část nadměrných odpočtů bezodkladně postupem podle § 174a daňového řádu předepsal do evidence daní žalobkyně.“
  2. Krajský soud se v prvé řadě zabýval otázkou, zda jsou splněny podmínky pro to, aby se mohl žalobou věcně zabývat, a dospěl k závěru, že tomu tak není. Žalobkyně nevyčerpala zákonem předvídaný prostředek ochrany před tvrzeným nezákonným zásahem žalovaného.
  3. Podle § 5 s. ř. s., nestanoví-li tento nebo zvláštní zákon jinak, lze se ve správním soudnictví domáhat ochrany práv jen na návrh a po vyčerpání řádných opravných prostředků, připouští-li je zvláštní zákon.
  4. Podle § 85 s. ř. s. žaloba je nepřípustná, lze-li se ochrany nebo nápravy domáhat jinými právními prostředky; to neplatí v případě, domáhá-li se žalobce pouze určení, že zásah byl nezákonný.
  5. Z obsahu žaloby plyne, že žalobkyně se domáhá toho, aby soud jednak určil, že probíhající daňová kontrola, v rámci které žalovaný dosud neurčil nespornou část vykázaných nadměrných odpočtů ve vztahu ke zdaňovacím obdobím shora uvedených měsíců roku 2025, je nezákonná a dále se domáhá toho, aby soud žalovanému uložil povinnost provést určení nesporné části jí uplatněných nadměrných odpočtů ve vztahu k uvedeným zdaňovacím obdobím, a tuto nespornou část nadměrných odpočtů bezodkladně postupem podle § 174a zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád („daňový řád“) předepsat do její evidence daní.
  6. Žalobkyně se tedy domáhá určení nezákonnosti trvajícího zásahu a současně požaduje přikázat nápravu tohoto stavu. Podle shora citovaných ustanovení tak žalobkyně byla povinna před podáním správní žaloby vyčerpat právní prostředek ochrany nebo nápravy před tvrzeným nezákonným zásahem, který jí jiný právní předpis (zde daňový řád) poskytoval (srov. rozsudek rozšířeného senátu NSS ze dne 5. 12. 2017, č. j. 1 Afs 58/2017-42, č. 3686/2018 Sb. NSS). 
  7. Z daňového spisu krajský soud zjistil, že žalobkyně před podáním žaloby v rámci daňového řízení brojila proti nyní tvrzenému zásahu žalovaného prostřednictvím stížnosti podle § 261 odst. 1 daňového řádu. Tu správce daně v rámci vyrozumění vydaného pod č. j. 146486/26/2205-62050-304736 vyřídil jako nedůvodnou. V reakci na to postupem podle § 261 odst. 6 daňového řádu uplatnila žádost o prošetření způsobu vyřízení stížnosti, kterou nadřízené Odvolací finanční ředitelství ve vyrozumění vydaném pod č. j. 10608/26/5100-41455-712281 posoudilo rovněž jako nedůvodnou. Jiné prostředky ochrany v souvislosti s tvrzeným zásahem žalobkyně v průběhu daňového řízení neuplatnila.
  8. Pro zodpovězení otázky, zda žalobkyně v posuzovaném případě vyčerpala právní prostředek ochrany nebo nápravy ve smyslu § 85 s. ř. s., tak krajský soud musel posoudit, zda v případě nesouhlasu s postupem správce daně ve věci zálohy na daňový odpočet podle § 174a daňového řádu lze za tento prostředek považovat žalobkyní uplatněnou stížnost podle § 261 daňového řádu, či zda bylo nutno vyčerpat právní prostředek jiný.
  9. Recentní judikatura NSS vychází z toho, že stížnost a navazující žádost o prošetření způsobu vyřízení stížnosti podle § 261 daňového řádu nejsou jinými právními prostředky ochrany nebo nápravy ve smyslu § 85 s. ř. s., které je nutno vyčerpat před podáním žaloby na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správce daně. Je tomu tak proto, že stížnost představuje subsidiární prostředek obecné ochrany všech osob zúčastněných na správě daní (tedy nejenom daňového subjektu, ale i třetích osob jako např. svědků, odborných konzultantů, znalců, tlumočníků či zástupců daňových subjektů), který nemá nahrazovat prostředky svěřené přímo daňovému subjektu k ochraně jeho práv. Těmi jsou kromě typického odvolání nebo návrhu na obnovu řízení též stížnost na postup plátce daně podle § 237 daňového řádu či námitka proti úkonu správce daně při placení daní podle § 159 daňového řádu a jiné (srov. body 45 a 46 odůvodnění již zmíněného rozsudku rozšířeného senátu NSS č. j. 1 Afs 58/2017-42). Skutečnost, že stížnost představuje subsidiární prostředek ochrany osob zúčastněných na správě daní, plyne rovněž z dikce § 261 odst. 1 daňového řádu, který výslovně stanoví, že právo podat správci daně stížnost má osoba zúčastněná na správě daní pouze tehdy, neposkytuje-li daňový zákon jiný prostředek ochrany.
  10. Krajský soud dospěl k závěru, že právním prostředkem ochrany daňového subjektu jak proti úkonům správce daně ve věci záloh na daňový odpočet podle § 174a daňového řádu, tak i proti jeho nečinnosti v této oblasti, je právě námitka podle § 159 daňového řádu. Ta je obecně koncipována jako prostředek ochrany proti úkonům správce daně při placení daní, které nejsou rozhodnutími připouštějícími podání odvolání (srov. § 159 odst. 1 daňového řádu), stejně jako proti nečinnosti správce daně při placení daní (srov. § 159 odst. 6 daňového řádu). Úkony při placení daní je přitom nutno rozumět úkony správce daně upravené v části třetí, hlavě V daňového řádu, tedy i úkony v souvislosti se zálohou na daňový odpočet. Závěr o přípustnosti námitek je podložen rovněž zněním § 174a odst. 5 daňového řádu, který výslovně námitku jako prostředek ochrany ve věci zálohy na daňový odpočet zmiňuje.
  11. O možnosti brojit proti úkonům i nečinnosti správce daně v této oblasti hovoří rovněž důvodová zpráva k zákonu č. 283/2020 Sb., ve které zákonodárce k § 174a odst. 5 daňového řádu uvádí, že „[p]rostředkem ochrany proti konání či nekonání správce daně při posouzení vzniku nároku na zálohu na daňový odpočet, předepsání této zálohy a vrácení vratitelného přeplatku z ní vzešlého je námitka podle § 159. Použití tohoto prostředku ochrany vyplývá jednak ze skutečnosti, že v dané věci není vydáváno samostatné rozhodnutí (jsou tedy implicitně vyloučeny opravné prostředky podle § 108 daňového řádu), a jednak ze skutečnosti, že jde o institut z platební roviny daňového řízení. Pro námitku ve srovnání se standardními opravnými prostředky platí, že představuje z hlediska časového i z hlediska administrativního méně náročný prostředek ochrany. Námitkou lze brojit proti nesprávnímu určení výše zálohy na daňový odpočet, ale též proti nečinnosti správce daně (blíže k tomuto viz navrhovaný § 159 odst. 6). Výsledkem řízení o námitce bude rozhodnutí, proti němuž se v souladu s obecnou úpravou institutu námitky nelze dále odvolat. V odůvodnění tohoto rozhodnutí se správce daně musí přezkoumatelným způsobem vypořádat s namítanými skutečnostmi.“
  12. K povaze obou zmíněných prostředků ochrany je tedy nutno uvést, že stížnost podle § 261 daňového řádu představuje určitý dozorčí prostředek určený osobám zúčastněným na správě daní. Lze jí brojit obecně proti nevhodnému chování úředních osob správce daně nebo proti jeho postupu, přičemž správce daně ani jemu nadřízený orgán o ní nevydává rozhodnutí, nýbrž pouze stěžovatele vyrozumívá o výsledku svého šetření. Podstatným aspektem stížnosti je její subsidiarita, neboť ji v zásadě nelze využít tam, kde daňový řád poskytuje jiný prostředek ochrany. Naproti tomu námitka podle § 159 daňového řádu je zákonem výslovně koncipována jako prostředek ochrany proti úkonům či nečinnosti správce daně při placení daní, tedy i ve věci záloh na daňový odpočet, a to v případech, kdy se ochrany nelze domáhat odvoláním. Správce daně je pak povinen námitku posoudit a rozhodnout o ní, přičemž proti tomuto rozhodnutí již nelze v rámci daňového řízení uplatnit jiné opravné prostředky (srov. § 159 odst. 3 a 4 daňového řádu).
  13. Rozhodnutí o námitce proti postupu správce daně podle § 174a daňového řádu je přitom fakticky způsobilé zasáhnout do veřejných subjektivních práv daňového subjektu, neboť se přímo dotýká jeho majetkové sféry (nároku na zálohu). Jako takové je proto soudně přezkoumatelné na základě žaloby proti rozhodnutí správního orgánu podle § 65 s. ř. s., shodně jako je tomu v případě rozhodnutí o námitce proti exekučnímu příkazu podle 178 odst. 4 daňového řádu (srov. rozsudek NSS ze dne 17. 1. 2024, č. j. 8 Afs 59/2023-39, publ. pod č. 4575/2024 Sb. NSS).
  14. Na základě shora uvedeného dospěl krajský soud k závěru, že žalobkyně podáním stížnosti podle § 261 daňového řádu (a navazující žádosti o prošetření způsobu vyřízení stížnosti nadřízeným orgánem) v posuzované věci nevyčerpala právní prostředek ochrany nebo nápravy poskytnutý jí daňovým řádem. Před podáním žaloby ve správním soudnictví měla proti postupu správce daně, resp. jeho nečinnosti ve věci zálohy na daňový odpočet, brojit námitkou podle § 159 daňového řádu. Její uplatnění by vedlo k vydání rozhodnutí správce daně soudně přezkoumatelného na základě správní žaloby podle § 65 s. ř. s., která má aplikační přednost před žalobou zásahovou (srov. rozsudek NSS ze dne 24. 11. 2016, č. j. 9 Ads 259/2016-22).
  15. Žalobkyně tak nesplnila podmínku vyčerpání právního prostředku ochrany nebo nápravy před podáním žaloby. Krajský soud proto žalobu jako nepřípustnou podle § 46 odst. 1 písm. d) s. ř. s. ve spojení s § 85 s. ř. s. výrokem I. tohoto usnesení odmítl.  
  16. O náhradě nákladů řízení účastníků rozhodl krajský soud výrokem II. tohoto usnesení v souladu s § 60 odst. 3 větou první s. ř. s., podle něhož nemá v případě odmítnutí žaloby právo na náhradu nákladů řízení žádný z účastníků řízení.
  1. Výrokem III. tohoto usnesení krajský soud v souladu s § 10 odst. 3 věty poslední zákona č. 549/1991 Sb., o soudních poplatcích rozhodl o vrácení celého uhrazeného soudního poplatku, který činil 2 000 Kč (žaloba na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správního orgánu). Podle § 10a téhož zákona bylo rozhodnuto o vrácení zaplaceného soudního poplatku ve lhůtě 30 dnů ode dne právní moci tohoto usnesení.
  2. Výrokem IV. tohoto usnesení pak soud žalobkyni vyzval ke sdělení platebních údajů za účelem realizace bezhotovostního vrácení části soudního poplatku. Nesdělí-li žalobkyně tyto údaje ve stanovené lhůtě, bude částka vrácena na bankovní účet, ze kterého byl soudní poplatek uhrazen.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

České Budějovice 29. dubna 2026

JUDr. Tereza Kučerová  v. r.

předsedkyně senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje Alena Zezulová

Zpět na judikáty vstoupit do diskuze 0

NEJNOVĚJŠÍ PŘÍSPĚVKY V DISKUZI

Přidat komentář

Pro tuto funkci je nutné být přihlášen/a.

Registrace

Mohlo by Vás zajímat