Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Davida Hipšra, soudkyně Jiřiny Chmelové a soudce Milana Podhrázkého v právní věci žalobkyně: OBIS s.r.o., se sídlem Uherská 635, Praha 9, zastoupena Mgr. Tomášem Hokrem, LL.M., advokátem se sídlem Na Poříčí 1079/3a, Praha 1, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 24. 6. 2025, č. j. 15 Af 6/2025‑58,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Dodatečnými platebními výměry Finančního úřadu pro hlavní město Prahu ze dne 5. 6. 2023 byla žalobkyni doměřena za zdaňovací období březen 2018, červen 2018, prosinec 2018, březen 2019, červen 2019, září 2019 a prosinec 2019 daň z přidané hodnoty. Současně finanční úřad uložil žalobkyni i povinnost uhradit příslušné penále. Finanční úřad došel na základě výsledků daňové kontroly k závěru, že žalobkyně neodstranila důvodné pochybnosti ohledně formálně přijatých plnění (IT služeb) od společnosti REXLIGHT s.r.o. (dále „Rexlight“), neboť neprokázala, že se tato plnění fakticky uskutečnila. Nesplnila tak podmínky pro uplatnění nároku na odpočet daně podle § 72 a 73 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty. Proti dodatečným platebním výměrům podala žalobkyně odvolání, avšak žalovaný jej rozhodnutím ze dne 16. 1. 2025, č. j. 1423/25/5300-21444-704561, zamítl a tyto platební výměry potvrdil.
[2] Proti rozhodnutí žalovaného brojila žalobkyně žalobou podanou Městskému soudu v Praze (dále „městský soud“), který žalobu zamítl. Městský soud vyšel z rozložení důkazního břemene mezi daňový subjekt a daňové orgány podle § 92 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád. Žalobkyně měla coby daňový subjekt primární povinnost daň tvrdit a rovněž svá tvrzení doložit. To učinila prostřednictvím sady formálních dokladů (zejména faktury, smlouvy a výpisy o provedených platbách). Daňové orgány však vyjádřily k jejímu tvrzení důvodné pochybnosti o tom, zda bylo deklarované plnění od společnosti Rexlight fakticky realizováno. Ty vyplývaly z řady skutkových zjištění. Předně, na fakturách byla uvedena vždy stejná částka, fakturované plnění nebylo nijak dále specifikováno, ale pouze se odkazovalo na smlouvu, která spolupráci popisovala jen značně obecně. V provedených svědeckých výpovědích pak existovaly značné rozpory. Jednatel žalobkyně Zdeněk Kořínek nevěděl, kdo konkrétně služby vykonal a vstupoval do systému, nezajímal se o odbornou způsobilost pracovníků. Předmět práce podle něj spočíval v testování programů, ověřování chybových stavů, korekci dat a programování. Naproti tomu jednatel společnosti Rexlight, pan Richard Gromeš, uváděl, že šlo o sběr dat, tedy rutinní práci nevyžadující odborné znalosti. Mimo to nedokázal sdělit, kdo konkrétně práci vykonal ani jak vybral své subdodavatele pro provedení prací a jak s nimi probíhala spolupráce. Výpovědi zástupců těchto subdodavatelů byly rovněž nekonkrétní a popsané dodavatelské řetězce se jevily i s ohledem na analýzu kontrolních hlášení jako ryze fakturační (tedy bez reálně poskytnutého plnění). K vážným pochybnostem přispěla i svědecká výpověď tehdejší zaměstnankyně žalobkyně P. A., která uvedla, že společnost Rexlight jí vůbec není známa a nikdy ji nezadávala do systému jako řešitele požadavků. Z výpovědí dalších tří zaměstnanců žalobkyně pak pouze jeden (M. F.) neurčitě připustil, že žalobkyně musela mít nějaký subjekt, který bude řešit jeho požadavky, neznal ale ani jeho název, ani konkrétní řešitele. Společnost Rexlight se navíc z hlediska předmětu činnosti programováním a IT službami nezabývala. Především tyto rozpory zakládaly nevěrohodnost tvrzení žalobkyně; existovaly indicie, že žalobkyně ve skutečnosti řešila požadavky klientů sama. Žalobkyně podle městského soudu v dalším průběhu řízení vyjádřené pochybnosti daňových orgánů uspokojivě nevyvrátila, a neunesla tak důkazní břemeno stran prokázání faktického přijetí deklarovaného plnění. Žalovaný proto náležitě vyhodnotil, že podklady uplatněné v daňovém řízení nevedly ke splnění hmotněprávních podmínek pro uplatnění nároku na odpočet daně.
II. Kasační stížnost
[3] Proti rozsudku městského soudu označenému v záhlaví podala žalobkyně (dále „stěžovatelka“) kasační stížnost. Měla za to, že více než dostatečně prokázala, že jí společnost Rexlight fakticky dodala zdanitelná plnění, a své důkazní břemeno tedy unesla. Připomněla, že aktivně reagovala na pochybnosti vyjádřené daňovými orgány, dokládala relevantní důkazy a vysvětlovala skutkové okolnosti případu. Závěry dokazování předestřené daňovými orgány jsou však nesprávné, přičemž městský soud se přiklonil k tendenčnímu vyhodnocení důkazů provedenému těmito orgány. Tím i on posoudil věc nesprávně.
[4] Stěžovatelka namítala, že nemohla fakticky realizovat plnění pro své klienty sama (tedy bez pomoci třetí osoby), neboť neměla dostatečné personální zázemí. Disponovala pouze čtyřmi pracovníky, kteří objektivně nemohli pokrýt požadavky zhruba třinácti tehdejších klientů z řad municipální a státní správy, včetně klíčové zakázky od Magistrátu hlavního města Prahy, která vyžadovala nepřetržitou IT podporu. Jen jeden ze zaměstnanců (pan K. K.) byl programátor, avšak u stěžovatelky působil pouze půl roku. Odborné schopnosti a vzdělání ostatních pracovníků neumožňovaly řešit složitější požadavky klientů. Proto musely být řešeny subdodavatelsky, a stěžovatelka tedy uzavřela smlouvu se společností Rexlight, díky níž si zajistila řádné a včasné splnění požadavků klientů. Nikdo jiný než společnost Rexlight za této personální situace nemohl objednané plnění poskytnout. To, že se daňové orgány nedokázaly dopátrat konkrétních osob, které smluvené práce provedly, není otázkou unesení důkazního břemene ze strany stěžovatelky. Všechna plnění byla klientům řádně dodána a závazky byly plněny. Stěžovatelka neměla povinnost prověřovat, kdo v rámci společnosti Rexlight (či jejích subdodavatelů) objednané práce provedl. Závěr městského soudu o tom, že stěžovatelka hradila této společnosti nemalé částky, aniž by došlo k provedení prací, považovala za nelogický, neboť převody finančních prostředků společnosti Rexlight by postrádaly ekonomickou racionalitu a dlouhodobě by docházelo ke vzniku bezdůvodného obohacení.
[5] Stěžovatelka byla dále přesvědčena, že požadavky daňových orgánů stran unesení důkazního břemene představovaly nedůvodné (nepřiměřené) „přepínání“ důkazního břemene, které ji v řízení tížilo. Daňové orgány požadovaly po stěžovatelce prokázání takových informací, které vůbec nebyla povinna si obstarávat, a to ani v rámci svědomitého uchovávání auditní stopy (zejména kdo konkrétně zpracovával požadavky klientů v rámci subdodávek). Ani od nejobezřetnějšího subjektu není možné rozumně očekávat, že bude mít k dispozici všechny informace k celému dodavatelskému řetězci. Daňové orgány se nespokojily s řetězcem nepřímých důkazů, které byla stěžovatelka rozumně schopna obstarat; požadovaly po ní, aby objasnila, kdo a na základě jakého vztahu za společnost Rexlight plnění realizoval. Takové informace nicméně stěžovatelka nebyla povinna shromažďovat, a protože jde o obchodní tajemství společnosti Rexlight, ani je nemohla získat. Jiné relevantní podklady k oprávněnosti nároku na odpočet daně – nad rámec množiny těch, které byly předloženy – si lze jen stěží představit. Městský soud i žalovaný konstantně přehlíží, že společnost Rexlight za plnění inkasovala smluvní cenu a plnění vykázala v daňových přiznáních a kontrolních hlášeních. Vždy bude možné konstatovat, že daňový subjekt nedoložil dost. V nynější věci byl po stěžovatelce vyžadován nepřiměřeně vysoký důkazní standard. Městský soud však s takto nastaveným důkazním standardem souhlasil.
[6] Stěžovatelka rovněž upozornila, že není pravdou, že by neměla zdokumentovány základní aspekty spolupráce se společností Rexlight. Městský soud podle ní ignoroval i na její vůli nezávislou skutečnost, že v srpnu 2019 se stala obětí hackerského útoku, kvůli němuž přišla o značné množství důkazních prostředků. Pokud jde o povinnost zálohovat data, ta jí neplynula ze žádného právního předpisu. Byla tedy přesvědčena, že své důkazní břemeno ve vztahu k uplatněnému nároku na odpočet unesla a k plnění došlo přesně tak, jak vyplývalo z předložených daňových dokladů.
III. Následná vyjádření
[7] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti (z 19. 9. 2025) uvedl, že se ztotožňuje s posouzením věci provedeným městským soudem. Subjektivní nesouhlas stěžovatelky s daným posouzením nevede k tomu, že by rozsudek byl zatížen nějakou vadou. Daňové orgány vyhodnotily důkazní prostředky ve vzájemných souvislostech, přičemž byly zjištěny zásadní rozpory, které vedly k vyjádření pochybností o faktickém uskutečnění plnění. Stěžovatelka nebyla schopna je vyvrátit, přestože většina zjištěných skutečností se nacházela v její sféře vlivu. Na řadu vyjádřených pochybností stěžovatelka v žalobě vůbec nereagovala a namísto toho se soustředila na zdůraznění její nedostatečné personální kapacity. Nedostatek pracovních sil však z důkazních prostředků nevyplynul, na řešení většiny požadavků totiž dle jedné ze svědeckých výpovědí nebyla vyžadována pokročilá kvalifikace v oboru programování; stačilo znát konkrétní software. Prakticky žádný zaměstnanec nikdy nespolupracoval se třetím subjektem ani neměl povědomí o subjektu, který by se měl podílet na realizaci plnění pro klienty. Zmiňované skutečnosti tak nemohou prokázat realizaci plnění. Formální doklady ani provedené finanční úhrady nesvědčí o tom, že plnění bylo fakticky uskutečněno. Prokazuje-li stěžovatelka, že došlo k poskytování plnění jejím klientům, neznamená to, že toto plnění bylo realizováno subdodavatelsky prostřednictvím společnosti Rexlight. Následkem zpochybnění faktické realizace plnění již nemělo smysl konkrétněji prokazovat rozsah realizovaných plnění. K nepřiměřeným požadavkům na dokazování žalovaný uvedl, že bylo na stěžovatelce, jakým způsobem doloží uskutečnění sporných plnění. Důkazní břemeno bylo zpět na stěžovatelku přeneseno v souladu s ustálenou judikaturou, přičemž stěžovatelka měla prostor pochybnosti vyvrátit. Relevantní důkazy k faktickému uskutečnění plnění od společnosti Rexlight ovšem nedoložila. Po stěžovatelce daňové orgány nepožadovaly, aby dokládala např. jednotlivé pracovněprávní vztahy mezi fyzickými osobami a společností Rexlight. Nebyla však schopna vyvrátit jejich pochybnosti vzniklé při vyhodnocení důkazních prostředků. Jde-li o zohlednění hackerského útoku a s ním související ztrátu dat, bylo výlučně věcí stěžovatelky, jak bude data uchovávat. Stěžovatelka nevytvářela žádné zálohy umožňující obnovu dat, čímž lze mít za to, že nebyla dostatečně obezřetná a přistupovala k ochraně dat laxně.
[8] Na vyjádření žalovaného reagovala stěžovatelka replikou (podání z 5. 11. 2025). Trvala na tom, že závěry daňových orgánů neodpovídají průběhu dokazování. V rámci řetězce nepřímých důkazů podle ní nešlo dospět k jinému závěru, než že jí společnost Rexlight poskytla plnění za účelem splnění jejích závazků vůči klientům. Zjištěné dílčí nesrovnalosti v důkazech nemohou vést k závěru, že k faktickému plnění ze smlouvy nedošlo. Některá tvrzení žalovaného z vyjádření jsou podle jejího názoru nepravdivá. Jestliže žalovaný hovořil o pochybnostech, které zakládala mj. i absence ujednání o dodržení bezpečnostních standardů a ochrany informací, odkázala jej stěžovatelka na odst. 7.1 smlouvy se společností Rexlight, v níž byla zakotvena ochrana informací. Stěžovatelka rovněž nesouhlasila s názorem ohledně jí tvrzeného nedostatku personálních kapacit. Ačkoli u některých úkonů nebyla vyžadována pokročilá IT znalost, složitější problémy tuto znalost předpokládaly, přičemž jediný zaměstnanec s těmito znalostmi u stěžovatelky působil přibližně jen půl roku. Městský soud ale tomuto faktu nepřikládal váhu a namísto toho spekuloval o tom, že realizaci plnění si stěžovatelka mohla obstarat i jinak, např. jiným subdodavatelem, jehož náklady nezanesla do účetnictví. Jedinou, pro tento účel nasmlouvanou osobou však byla společnost Rexlight. Dále upozornila, že svědek M. F. potvrdil existenci externího dodavatele, pouze si nevzpomněl na jeho jméno. I podle jednatele společnosti Rexlight plnění probíhalo, přičemž jednatel popsal, jak docházelo k předávání požadavků mezi stěžovatelkou a společností Rexlight. Ačkoli zde došlo ke shodě ve svědeckých výpovědích, městský soud ani žalovaný tomu nepřikládají význam. Pokud někteří zaměstnanci tvrdili, že s externí společností nespolupracovali, bylo to proto, že to nebylo v jejich popisu práce. Není relevantní, že nedošlo k identifikaci konkrétních osob, které nakonec plnění provedly, podstatné je, že stěžovatelka plnila závazky ze smluv se svými klienty. K nepřiměřeným požadavkům na dokazování zdůraznila, že předložila dostatečnou auditní stopu (řetězec důkazů), přičemž požadavek daňových orgánů na identifikaci konkrétních pracovníků nelze považovat za rozumný. Hackerský útok podle ní žalovaný relativizoval s tím, že stěžovatelka měla data zálohovat. Takovou právní povinnost však neměla a nejedná se ani o běžný standard. Prohlášení žalovaného o tom, že bylo na daňovém subjektu, jak unese důkazní břemeno, považovala stěžovatelka za nemístné.
[9] Žalovaný se posléze vyjádřil též k podané replice (vyjádření ze 4. 12. 2025). K tvrzeným „dílčím nesrovnalostem“ opětovně shrnul hlavní pochybnosti daňových orgánů. Navržené důkazní prostředky je nevyvracely, ale zpravidla ještě prohlubovaly. Pochybnosti stěžovatelka nevyvrací ani nyní, pouze vytrhává dílčí závěry žalovaného z kontextu a opomíjí věcnou podstatu případu. Předestřené důkazní prostředky rozhodně nepředstavovaly nenarušený důkazní řetězec. Jde-li o ochranu dat, žalovaný srovnal text smlouvy se společností Rexlight s tou, kterou stěžovatelka uzavřela se svým stěžejním klientem (hlavní město Praha) a dovodil značný obsahový rozdíl, přičemž poukázal i na chybějící faktickou kontrolu přístupů do systému a ochranu dat. Nadto zdůraznil, že společnost Rexlight se nezaobírala IT činnostmi, nýbrž obchodem a reklamou. Připomněl, že tvrzený nedostatek personálních kapacit neprokazuje uskutečnění plnění, stejně jako vykázání plnění v kontrolních hlášeních. Daňové orgány nepožadovaly po stěžovatelce obchodně citlivé informace a zohlednily i hackerský útok s tím, že ten nic nezměnil na rozložení důkazního břemene. Městský soud dle jeho přesvědčení netvrdil, že by stěžovatelka nutně měla jiného subdodavatele nezahrnutého do účetnictví. Navíc žádný ze zaměstnanců neznal společnost Rexlight, a to ani pan M. F., který pouze v obecné rovině tvrdil, že pro stěžovatelku nejspíš musel pracovat někdo další. Stěžovatelka rovněž neuvádí, v čem přesně městský soud pochybil, když vyhodnotil výpověď pana Richarda Gromeše jako nevěrohodnou.
[10] Stěžovatelka reagovala na toto vyjádření dalším podáním (podání z 30. 12. 2025). Upozornila, že ačkoli žalovaný dříve tvrdil, že ustanovení ohledně ochrany dat chybí, nyní spekuluje o rozsahu povinností smluvních stran. Tvrzení žalovaného o absenci smluvních ujednání k ochraně dat tak bylo vyvráceno. Ustanovení smlouvy v této podobě je podle stěžovatelky běžnou obchodní praxí a je dostačující. Jedná-li se o faktickou kontrolu přístupu do systému a zabezpečení dat, stěžovatelka měla za to, že bezpečnostní standardy byly naplněny. Poukázala na tříúrovňovou autentizaci a dále na to, že systém byl též chráněn antivirem a firewallem. Ekonomická a personální data byla navíc chráněna hashovanou autentizací databázového serveru. K zabezpečení dat stěžovatelka předložila i konkrétní důkazy, a to faktury za nákup antiviru a firewallu a dále faktury za údržbu systému. Hackerský útok podle ní nebyl důsledkem nedostatečného zabezpečení dat, nýbrž individuálním pochybením externí asistentky, která nedodržela bezpečnostní standardy a otevřela nevyžádaný e-mail. Stěžovatelka prováděla i zálohování některých kritických dat, nicméně neprováděla zálohování obecných systémů, které bylo možné kdykoli znovu nainstalovat. Nezálohovala ani pracovní složky, protože u těchto dat to nebylo potřebné (po vyřešení již byl požadavek neaktuální). Ani v postupu při zálohování podle jejího názoru nešlo spatřovat jakékoli pochybení a pro posuzovanou věc je otázka zálohování dat irelevantní.
[11] Žalovaný se vyjádřil i k tomuto podání (vyjádření z 2. 2. 2026). Uvedl, že jeho závěry k ochraně dat a informací nejsou vyvrácené, neboť ve smlouvách s klienty a se společností Rexlight je míra ochrany stanovena rozdílně. V části přitom absentuje. Tvrzeními stěžovatelky přitom nejsou nijak dotčeny např. závěry o tom, že jednatel stěžovatelky nevěděl, kdo práce reálně vykonal nebo kdo vstupoval do stěžovatelčina systému. Jde-li o nová tvrzení a důkazní návrhy, odkázal žalovaný na judikaturu, podle níž daňový subjekt nemůže v řízení před soudem dohánět svou liknavost v předchozím daňovém řízení. Nová tvrzení, resp. navrhované důkazy je proto nutné odmítnout. V případě daňové problematiky je dále irelevantní, zda hackerský útok způsobilo individuální pochybení externí asistentky. Relevantní je, zda stěžovatelka v dané procesní situaci předložila odpovídající důkazní prostředky. Rozhodla-li se určitá data z vlastní vůle nezálohovat, musela počítat s možností jejich ztráty. Žalovaný upozornil na to, že stěžovatelka na jednu stranu neviděla důvod data zálohovat, avšak současně byla přesvědčena o jejich značném významu pro daňové řízení. Nedoložení těchto dat nicméně nebylo jedinou skutečností, která vyvolala pochybnosti daňových orgánů.
IV. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
[12] Nejvyšší správní soud při posuzování kasační stížnosti nejprve hodnotil, zda jsou splněny podmínky řízení. Kasační stížnost je přípustná, má požadované náležitosti, byla podána včas a oprávněnou osobou. Důvodnost kasační stížnosti soud posoudil v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů. Přitom zkoumal, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž je povinen přihlédnout z úřední povinnosti [§ 109 odst. 3, 4 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále „s. ř. s.“)].
[13] Kasační stížnost není důvodná.
[14] Nejvyšší správní soud úvodem předesílá, že podle § 104 odst. 4 s. ř. s. je kasační stížnost (její část) nepřípustná, opírá-li se jen o jiné důvody, než které jsou uvedeny v § 103, nebo o důvody, které stěžovatel neuplatnil v řízení před soudem, jehož rozhodnutí má být přezkoumáno, ač tak učinit mohl. V řízení o kasační stížnosti je z tohoto pohledu nepřípustná argumentace stěžovatelky týkající se konkrétních prvků zabezpečení jejího systému (uvedená v pozdějších podáních stěžovatelky reagujících na vyjádření žalovaného ke kasační stížnosti), které měly sloužit k ochraně dat. Současně lze uvést, že z výzev daňových orgánů v průběhu daňového řízení vyplývá celý soubor důvodných pochybností ohledně faktické existence plnění od společnosti Rexlight. Vybírá-li si stěžovatelka ve svých pozdějších vyjádřeních navazujících na vyjádření žalovaného za účelem zpochybnění jeho rozhodnutí jednu konkrétní dílčí pochybnost, tedy porovnání rozsahu smluvních povinností k ochraně dat mezi smlouvou s klientem (odběratelem) a smlouvou se společností Rexlight (tvrzeným dodavatelem), a poukazuje na nepřesné či nepravdivé teze související s touto pochybností, je potřeba uvést, že tím nejsou dotčeny další důvodné pochybnosti vyjádřené v daňovém řízení. Z obsahu žaloby je nicméně patrné, že stěžovatelka v předchozím soudním řízení nenamítala, že by daňové orgány nevyjádřily pochybnosti řádně [a tedy neunesly důkazní břemeno k důvodným pochybnostem podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu], pouze na rozdíl od právního závěru žalovaného tvrdila, že v řízení unesla vlastní důkazní břemeno. Stěžovatelčina argumentace zpochybňující náležité vyjádření pochybností je tedy nepřípustná, neboť nebyla uplatněna v řízení před městským soudem, ač uplatněna být mohla (srov. např. rozsudek NSS ze dne 10. 10. 2025, č. j. 8 Afs 237/2023-85, bod 55, nebo ze dne 26. 2. 2026, č. j. 22 Afs 33/2025-63, bod 24).
[15] Dále Nejvyšší správní soud upozorňuje, že přestože v obecné rovině je ve správním soudnictví možné navrhovat nové důkazy (princip plné jurisdikce), v případě daňového řízení, jehož předmětem je otázka unesení důkazního břemene, je situace poněkud odlišná. Ustálená judikatura Nejvyššího správního soudu je postavena na tom, že soudní řízení není pokračováním daňového řízení. Neunesení důkazního břemene v daňovém řízení proto není možné „dohánět“ před správními soudy (např. rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2018, č. j. 9 Afs 305/2017-135, bod 66, ze dne 10. 9. 2015, č. j. 4 As 133/2015-57, ze dne 22. 5. 2009, č. j. 2 Afs 35/2009-91, č. 1906/2009 Sb. NSS, dále např. rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2025, č. j. 5 Afs 116/2025-41, bod 21, či ze dne 24. 2. 2023, č. j. 6 Afs 310/2021-33, bod 16). Přezkoumává‑li soud v řízení otázku, zda daňový subjekt unesl v daňovém řízení důkazní břemeno, resp. otázku rozložení důkazního břemene v konkrétní situaci, je možnost, že by důkazní břemeno unesl teprve nově předloženými důkazy před správním soudem, vyloučena. K důkazním návrhům stěžovatelky v souvislosti s jejími tvrzeními o míře zabezpečení dat tedy Nejvyšší správní soud podotýká, že s ohledem na uvedené závěry konstantní judikatury nebylo důvodu navržené důkazy provádět. K tomu lze připomenout, že stěžovatelka neuvedla ani žádnou argumentaci, proč tyto důkazy nenavrhla již v daňovém řízení, v němž byla k navrhování důkazních prostředků opakovaně vyzvána.
[16] Stěžejní kasační námitka se týká tendenčního vyhodnocení shromážděných důkazních prostředků a otázky unesení důkazního břemene stěžovatelky. K této argumentaci Nejvyšší správní soud nejprve připomíná, že daňové řízení je založeno na přenosu důkazního břemene mezi daňovým subjektem a správcem daně. Každý daňový subjekt má primární povinnost sám daň přiznat (má břemeno tvrzení), ale také povinnost toto své tvrzení doložit (nese břemeno důkazní). Je tedy odpovědný za to, že jím předložené důkazy budou prokazovat jeho tvrzení. V návaznosti na to může správce daně v souladu s § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu vyjádřit pochybnosti týkající se věrohodnosti, průkaznosti, správnosti či úplnosti důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem. Správce daně tíží důkazní břemeno ve vztahu k důvodnosti jeho pochyb. Nemá však povinnost prokázat, že údaje o určitém účetním případu jsou v účetnictví daňového subjektu zaznamenány v rozporu se skutečností, je povinen prokázat pouze to, že o souladu se skutečností existují vážné a důvodné pochyby (rozsudky NSS ze dne 30. 1. 2008, č. j. 2 Afs 24/2007-119, č. 1572/2008 Sb. NSS, či ze dne 11. 2. 2021, č. j. 8 Afs 24/2019-44). Jestliže správce daně pochybnosti prokáže, je znovu na daňovém subjektu, aby prokázal pravdivost, průkaznost, věrohodnost a správnost svých tvrzení ve vztahu k předmětnému obchodnímu případu, popřípadě aby svá tvrzení korigoval (rozsudek NSS ze dne 8. 7. 2010, č. j. 1 Afs 39/2010-124, dále viz rozsudky NSS ze dne 31. 5. 2007, č. j. 9 Afs 30/2007-73, ze dne 30. 4. 2008, č. j. 1 Afs 15/2008-100, ze dne 9. 4. 2026, č. j. 7 Afs 93/2025-57, bod 15, či ze dne 8. 3. 2023, č. j. 6 Afs 213/2022-43, bod 32).
[17] Kasační soud ve stručnosti shrnuje, že pochybnosti o faktickém uskutečnění plnění od společnosti Rexlight daňové orgány vyjádřily již v prvním stupni řízení (viz ve správním spise obsaženou výzvu k prokázání skutečností ze dne 21. 6. 2022 a sdělení dosavadního výsledku kontrolního zjištění ze dne 21. 6. 2022), přičemž tyto pochybnosti trvaly i po dalším vysvětlování stěžovatelky a doplnění dokazování v odvolacím řízení (viz seznámení se zjištěnými skutečnostmi a výzva k vyjádření ze dne 9. 10. 2024 a ze dne 21. 11. 2024). Tyto pochybnosti založily primárně rozpory předložených písemných podkladů se svědeckými výpověďmi a rovněž rozpory mezi svědeckými výpověďmi navzájem (Nejvyšší správní soud zde s ohledem na obsáhlost skutkových zjištění pro bližší podrobnosti odkazuje na body 3 až 16 a 33 až 38 napadeného rozsudku a dále na body 29 až 135 rozhodnutí žalovaného). Daňové orgány vyjádřily své pochybnosti dostatečně (unesly tedy důkazní břemeno ve vztahu k důvodným pochybnostem), přičemž stěžovatelka následně měla dostatečný prostor navrhovat další důkazní prostředky na podporu svých tvrzení. Z hlediska výše citované judikatury je zjevné, že v této procesní situaci (při řádně vyjádřených pochybnostech daňových orgánů) stěžovatelku tížilo důkazní břemeno, avšak její dodatečná vysvětlení ani navržené důkazy, kterými se daňové orgány dále zabývaly, nebyly schopny vyjádřené pochybnosti rozptýlit.
[18] Stěžovatelce nelze přisvědčit v tom, že by existoval souvislý řetězec nepřímých důkazů podporujících její tvrzení. Její tvrzení ve vztahu k nároku na odpočet podporovaly některé formální písemnosti (zejména doložené formální dokumenty a některé sjetiny ze systémů stěžovatelky). Ty sice stačily k unesení primárního důkazního břemene, nicméně jejich věrohodnost byla ve vztahu k fakticitě plnění zpochybněna prostřednictvím souboru svědeckých výpovědí a rozporů v nich. Jestliže se jednatelé obou stran smlouvy nedokázali shodnout ani na tom, jaké plnění mělo být stěžovatelce fakticky poskytováno (přičemž vyjádření jednatelů též plně nekorespondovala s uzavřenou smlouvou), a tehdejší kmenoví zaměstnanci stěžovatelky neznali společnost Rexlight, přestože měla na základě zadání do poptávkové aplikace řešit přinejmenším svou povahou vážnější problémy chodu provozovaných systémů, nelze než uzavřít, že věrohodnost předložených písemností byla zpochybněna. Nejedná se o žádné „dílčí nesrovnalosti“, ale o zásadní rozpory ve shromážděných důkazech, které Nejvyšší správní soud považuje za evidentní. Tyto zřejmé rozpory neodpadají ani v návaznosti na to, že se svědek M. F. domníval, že musel existovat nějaký externí dodavatel stěžovatelky (jehož jméno ovšem neznal), ani tím, že jednatel společnosti Rexlight popsal způsob přebírání požadavků. Stěžovatelka měla v daňovém řízení dostatečnou možnost prokázat faktickou existenci plnění prostřednictvím jiných důkazních prostředků (nebo svá tvrzení případně korigovat), ale vyjádřené pochybnosti zůstaly i po doplnění dokazování a dalším vysvětlování nerozptýleny. S ohledem na to, že stěžovatelku v dané procesní situaci tížilo důkazní břemeno, nemohla nárok na odpočet daně uplatnit, a protože tak učinila, byla jí daň prostřednictvím napadeného rozhodnutí žalovaného (a jemu předcházejících platebních výměrů) správně doměřena.
[19] Nejvyšší správní soud doplňuje, že uvedený závěr koresponduje s dřívější judikaturou. Jak se uvádí např. v rozsudku NSS ze dne 11. 4. 2025, č. j. 7 Afs 281/2024-51, bod 27, „je prokazování nároku na odpočet daně sice prvotně záležitostí dokladovou, současně je však třeba respektovat soulad skutečného stavu se stavem formálně právním. Proto ani doklady se všemi požadovanými náležitostmi nemusí být podkladem pro uznání nároku na odpočet, není-li zároveň prokázáno, že k uskutečnění zdanitelného plnění fakticky došlo, resp. došlo tak, jak je v dokladech deklarováno (viz např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 2. 2008, č. j. 9 Afs 93/2007-84, ze dne 16. 3. 2010, č. j. 1 Afs 10/2010-71, a ze dne 27. 1. 2012, č. j. 8 Afs 44/2011-103). Nárok na odpočet DPH nemá základ ve formálním dokladu, ale v existenci zdanitelného plnění jakožto předmětu daně (viz § 2 zákona o DPH). Zákonný nárok na odpočet DPH je sice podmíněn formálním vykázáním zdanitelného plnění, tj. daňovým dokladem se všemi náležitostmi, ale nikdy nemůže být přiznán v případě, kdy existují pochybnosti o faktickém uskutečnění zdanitelného plnění. Zákon o DPH totiž nestojí pouze na formálním vykázání zdanitelného plnění, ale na stavu faktickém. Jiný závěr by popíral smysl a účel zákona (obdobně viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 13. 8. 2008, č. j. 9 Afs 204/2007-72).“ (Důraz v citaci doplnil NSS.)
[20] Zdůrazňuje-li stěžovatelka, že sama pro řešení požadavků klientů neměla dostatečné personální zázemí, a proto nutně musela mít subdodavatele, městský soud k této argumentaci připomněl, že z dokazování provedeného v daňovém řízení s uspokojivou mírou pravděpodobnosti nevyplynulo, že by si stěžovatelka plnění zajišťovala právě od společnosti Rexlight. I kdyby případně nebyla schopna zajistit veškeré plnění pro klienty prostřednictvím svých zaměstnanců, neznamená to, že by si jej nemohla zajistit i jinak. Nadto městský soud doplnil, že ze svědeckých výpovědí vyplynulo, že přinejmenším část požadavků stěžovatelka řešila i vlastními silami, přičemž k tomu nebylo třeba odborné vzdělání v oblasti IT (k některým postačovalo mít znalost daného softwaru). Podle městského soudu měla stěžovatelka předložit další důkazní prostředky, které by vyjádřené pochybnosti uspokojivě vyvrátily, k čemuž ale nedošlo a fakticita plnění zůstala neprokázána.
[21] Nejvyšší správní soud se s touto argumentací ztotožňuje. Z hlediska rozložení důkazního břemene nebylo úkolem žalovaného (či potažmo městského soudu) v řízení prokazovat, jakým konkrétním způsobem stěžovatelka zvládala plnit všechny své závazky vůči klientům, pouze posuzovat, zda v návaznosti na vyjádřené pochybnosti unesla důkazní břemeno ohledně fakticity sjednaného plnění, které měla přijímat od společnosti Rexlight. Schopnost stěžovatelky plnit závazky vůči klientům přitom neprokazuje, že toto plnění bylo realizováno prostřednictvím společnosti Rexlight. Ani poukaz na to, že stěžovatelka neměla ve zkoumaném období dost kvalifikovaných pracovníků, kteří by dokázali zpracovat požadavky všech jejích klientů, pak nemůže prokázat, že došlo k faktickému poskytnutí konkrétního plnění od společnosti Rexlight – i kdyby totiž bylo tvrzení stěžovatelky o personálním nedostatku pravdivé, nelze vyloučit, že dané plnění či případně jeho část, kterou nedokázali zabezpečit sami zaměstnanci stěžovatelky (kvůli nedostatku odborné kvalifikace v oblasti IT), mohl poskytnout i někdo jiný než společnost Rexlight.
[22] Po stěžovatelce rovněž žalovaný ani městský soud nepožadoval, aby pro unesení důkazního břemene v daňovém řízení předložila seznam konkrétních osob ze společnosti Rexlight (či případně subdodavatele této společnosti), kteří v konečném důsledku sjednané plnění realizovali. Nelze tedy tvrdit, že by došlo k požadavku na to, aby stěžovatelka prokazovala skutečnosti stojící zcela mimo sféru jejího vlivu. Stejně tak po ní nebylo požadováno, aby prokazovala negativní skutečnost, tj. že si sjednané plnění neobstarala jinak, než deklarovala. Pouze byla daňovými orgány s ohledem na trvající pochybnosti opakovaně vyzvána k tomu, aby prokázala faktickou existenci plnění od společnosti Rexlight. Způsob, jakým tak učiní, byl ponechán na její vlastní vůli, což odpovídá závěrům dřívější judikatury o tom, že správce daně není povinen suplovat důkazní iniciativu daňového subjektu tím, že by za něj konkretizoval, jaké důkazy má navrhnout k provedení (např. rozsudky NSS ze dne 12. 9. 2025, č. j. 3 Afs 14/2024-62, či ze dne 23. 3. 2022, č. j. 7 Afs 114/2020-29). Cesta, jakou stěžovatelka k doplnění dokazování přistoupila, k tomuto prokázání nevedla a pochybnosti zůstaly nerozptýleny. V takové situaci dle výše citované judikatury nešlo nárok na odpočet uznat, a rozhodnutí dodatečně stanovující daň tak lze považovat za zákonná.
[23] K tvrzení stěžovatelky o tom, že finanční transakce mezi ní a společnosti Rexlight by v případě nedodání plnění nedávaly žádný smysl, resp. postrádaly ekonomickou racionalitu, lze uvést, že vytvoření fakturačního řetězce, v němž jsou určitému subjektu fakturována fiktivní plnění, obecně může být z daňového hlediska relevantní, neboť mohou vést k nárokování odpočtu daně v situaci, kdy fakticky nedošlo k přijetí zdanitelného plnění. Taková plnění navíc zpravidla znamenají pro daňový subjekt účetní náklady, a tím mohou ovlivnit např. i daňový základ daně z příjmů. Úlohou Nejvyššího správního soudu ovšem není domýšlet úvahy, za jakým konkrétním účelem stěžovatelka hradila společnosti Rexlight platby za formálně sjednané služby, ač jejich existenci později nedokázala s potřebnou mírou jistoty prokázat. Podstatou této věci byla otázka řádného prokázání faktické existence plnění od společnosti Rexlight. K této otázce stěžovatelka neunesla důkazní břemeno, které ji tížilo. Na tomto závěru nic nemění ani vykazování transakcí v kontrolních hlášeních, neboť ani vykázání sporných plnění v kontrolních hlášeních (či obdobných podáních vůči správci daně) neprokazuje jejich faktické uskutečnění, ale pouze skutečnost, že toto plnění bylo formálně vykázáno (např. rozsudek NSS ze dne 6. 3. 2026, č. j. 5 Afs 299/2024-32, nebo ze dne 18. 4. 2024, č. j. 9 Afs 2/2024-39). Námitce nesprávného vyhodnocení dokazování a rozložení důkazního břemene tedy s ohledem na výše uvedené závěry nelze přisvědčit.
[24] Další námitkou stěžovatelky bylo, že neunesení důkazního břemene lze konstatovat vlastně kdykoli, a že v jejím případě po ní daňové orgány prostřednictvím výzev k prokázání faktické existence plnění od společnosti Rexlight vyžadovaly důkazní standard, který byl v podstatě nesplnitelný. Ani tuto námitku nepovažuje Nejvyšší správní soud za důvodnou.
[25] Otázka nadměrného důkazního standardu také již byla judikaturou opakovaně posuzována. Vyžadováním nadměrného důkazního standardu pro prokázání určité skutečnosti mohou být porušena základní práva účastníka řízení. Podle Ústavního soudu „žádné skutkové okolnosti, které již odezněly, nelze následně, ex post, prokázat s absolutní jistotou. Vždy půjde o otázku určité míry pravděpodobnosti“ (nález Ústavního soudu ze dne 20. 8. 2014, sp. zn. I. ÚS 173/13, bod 30). Správce daně tedy nemůže po daňovém subjektu požadovat takový důkazní standard, který prakticky v důsledku vylučuje, aby účastník řízení unesl své důkazní břemeno, a to zejména v situaci, kdy je plynutím času možnost jeho unesení ztížena. Důkazní povinnost, kterou nese daňový subjekt, nedosahuje povinnosti prokázání tvrzených skutečností s absolutní jistotou, ale postačí prokázat dostatečnou míru pravděpodobnosti. Žalovaný tak musí rozumně nastavit míru pravděpodobnosti nutnou k tomu, aby daňový subjekt své důkazní břemeno mohl unést. Ta bude zpravidla naplněna, pokud bude z provedených důkazů možné učinit daný závěr bez vážných pochybností (např. rozsudky NSS ze dne 12. 3. 2020, č. j. 7 Afs 434/2018-37, ze dne 16. 1. 2020, č. j. 8 Afs 23/2018-37, ze dne 18. 9. 2023, č. j. 7 Afs 53/2023-67, či ze dne 25. 11. 2024, č. j. 3 Afs 30/2023-48).
[26] V právě projednávané věci považuje Nejvyšší správní soud za rozhodné, že stěžovatelka nebyla schopna s dostatečnou mírou pravděpodobnosti (tj. bez vážných pochybností) v daňovém řízení prokázat, že plnění od společnosti Rexlight bylo fakticky uskutečněno. Lze dokonce říci, že s ohledem na rozpory panující mezi jednotlivými důkazy, které popsal žalovaný a posléze i městský soud (přičemž Nejvyšší správní soud na obsáhlý popis těchto rozporů v napadeném rozsudku a rozhodnutí žalovaného odkazuje), není bezpečně vyloučena varianta, že tato plnění byla fingovaná. I přes určité úsilí stěžovatelky o prokázání fakticity plnění tak nedošlo k rozptýlení pochybností, přičemž ani podle názoru Nejvyššího správního soudu nebyla existence plnění prokázána s dostatečnou (uspokojivou) mírou pravděpodobnosti. Nároky daňových orgánů na prokázání existence zdanitelných plnění prostřednictvím výzev k doplnění dokazování Nejvyšší správní soud za přemrštěné nepovažoval, neboť z komplexního posouzení dosud shromážděných důkazů (a s přihlédnutím k závažným rozporům v nich obsaženým) plyne závěr, že tvrzení o faktické existenci plnění od společnosti Rexlight nebylo dostatečně podloženo.
[27] Co se pak týče argumentace stěžovatelky ohledně hackerského útoku a jeho důsledků, městský soud stěžovatelku v bodě 38 napadeného rozsudku odkázal na výše popsané principy daňového řízení (zejména otázku rozložení důkazního břemene) s tím, že z hlediska zákonných podmínek pro uplatnění odpočtu bylo v dané situaci třeba mít uchovánu odpovídající auditní stopu. Stěžovatelka však dle městského soudu neměla zdokumentovány ani základní aspekty poskytování plnění, resp. je v průběhu daňového řízení nedoložila. K případnému zohlednění toho, že stěžovatelka kvůli hackerskému útoku přišla o množství důkazů, se vyjádřil i žalovaný, a to zejména v bodech 84 a 123 napadeného rozhodnutí. Uvedl, že tvrzení stěžovatelky o tom, že v důsledku hackerského útoku byla vymazána i některá data osvědčující faktické uskutečnění plnění, nepostačuje k prokázání faktické existence tohoto plnění, a doplnil, že v řízení mj. vyšlo najevo i to, že stěžovatelka neprováděla adekvátní zálohování dat. Není tedy pravdou, že by její poukaz na hackerský útok byl v dosavadním průběhu řízení ignorován.
[28] Nejvyšší správní soud souhlasí se závěry městského soudu a žalovaného, že tvrzený hackerský útok neovlivnil rozložení důkazního břemene v nastalé procesní situaci. Pokud stěžovatelka nárok na odpočet daně uplatnila, musela si být vědoma eventuality, že může být na základě důvodných pochybností vyzvána k dalšímu prokazování existence plnění, a tomu měla v souladu se zásadou obezřetnosti uzpůsobit i své interní postupy za účelem uchování dat (důkazních prostředků). Skutečnost, že jí zálohování dat přímo neukládá žádný zákon nebo že podle ní nejde o běžný standard ochrany dat, není v tomto směru relevantní. Daňový řád nepřipouští výjimky či úlevy, a to ani v případech tvrzeného zásahu vyšší moci či jiné skutečnosti nezávislé na vůli daňového subjektu (např. rozsudek NSS ze dne 3. 3. 2023, č. j. 5 Afs 182/2021-25). Uvedená vnější okolnost ji tedy důkazního břemene nemohla zprostit a tuto okolnost nebylo nutné upřednostňovat ani v rámci nastavení důkazního standardu, který měla stěžovatelka po vyjádřených pochybnostech splnit za účelem uznání nároku na odpočet daně. Ani námitka údajného nezohlednění uvedené okolnosti tak nezakládá důvodnost kasační stížnosti.
V. Závěr a náklady řízení
[29] Nejvyšší správní soud na základě shora uvedených závěrů neshledal kasační stížnost důvodnou, a proto ji zamítl (§ 110 odst. 1 s. ř. s.).
[30] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti Nejvyšší správní soud rozhodl podle § 60 odst. 1 a odst. 7 s. ř. s. za použití § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nebyla v řízení o kasační stížnosti úspěšná, tudíž nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti nevznikly.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně 27. května 2026
David Hipšr
předseda senátu
