Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy Davida Hipšra, soudkyně Jiřiny Chmelové a soudce Milana Podhrázkého v právní věci žalobkyně: PERSONALEK s.r.o., se sídlem Varšavská 715/36, Praha 2, zastoupena Mgr. Ing. Martinem Kopeckým, advokátem se sídlem Plynárenská 671, Kolín, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 3. 9. 2025, č. j. 8 Af 5/2025-51,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Rozhodnutím ze dne 29. 11. 2024, č. j. 36317/24/5300-22443-701226 (dále „rozhodnutí žalovaného“) žalovaný zamítl odvolání žalobkyně a potvrdil dodatečné platební výměry Finančního úřadu pro hlavní město Prahu (dále „správce daně“), ze dne 22. 6. 2023, č. j. 5649166/23/2011-52522-112162, č. j. 5649463/23/2011-52522-112162, č. j. 5649617/23/2011-52522-112162, č. j. 5649995/23/2011-52522-112162, č. j. 5650045/23/2011-52522-112162, č. j. 5650171/23/2011-52522-112162 a č. j. 5650221/23/2011-52522-112162, na doměření daně z přidané hodnoty (dále „DPH“) za zdaňovací období leden 2020 až červenec 2020 (dále též „rozhodnutí správce daně“). Daňové orgány takto rozhodly poté, kdy po provedené daňové kontrole zahájené v rozsahu přijatých zdanitelných plnění od společnosti ANTOLOGY s.r.o. (dále jen „ANTOLOGY“), která byla subdodavatelem žalobkyně v dodávkách balicích a manipulačních služeb, které žalobkyně uskutečňovala pro korporaci WELL PACK s.r.o. (dále jen „WELL PACK“), dospěly k závěru, že není pochyb o tom, že balicí a manipulační služby existovaly a že je žalobkyně použila pro svoji ekonomickou činnost. Současně však podle nich žalobkyně neprokázala, že prověřovaná plnění byla uskutečněna dodavatelem uvedeným na sporných daňových dokladech, ale ani jinými dodavateli v postavení plátce DPH. Navíc nebyl v některých případech prokázán ani rozsah přijatých plnění, čímž žalobkyně nesplnila formální podmínku vzniku nároku na odpočet daně ve smyslu § 73 odst. 1 písm. a) zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty (dále jen „ZDPH“). Žalobkyně tak neunesla své důkazní břemeno, v důsledku čehož neprokázala, že uplatnila nárok na odpočet daně oprávněně, tedy v souladu s § 72 a § 73 ZDPH.
[2] Žalobkyně podala proti rozhodnutí žalovaného žalobu k Městskému soudu v Praze (dále jen „městský soud“), který ji v záhlaví uvedeným rozsudkem zamítl. Městský soud dospěl k závěru, že žalobkyně neprokázala, že přijatá zdanitelná plnění fakturovaná společností ANTOLOGY skutečně poskytla tato společnost, případně jiný plátce DPH, ani jejich deklarovaný rozsah. Zdůraznil, že důkazní břemeno ohledně existence a obsahu přijatých plnění nese podle § 92 odst. 3 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, žalobkyně a samotné formálně bezvadné daňové doklady samy o sobě nemusí v případě pochybností postačovat. Za významné považoval, že ANTOLOGY měla pouze virtuální sídlo, nedisponovala webovými stránkami, evidovanými zaměstnanci, majetkem ani vozidly a její jednatel, se kterým žalobkyně údajně osobně jednala, neměl v té době v České republice žádné pobytové oprávnění. Osoby uváděné na dohodách o provedení práce zpravidla popřely, že by pro ANTOLOGY pracovaly či ji znaly, a zpochybnily i podpisy na těchto dohodách. Společnost neznali ani koordinátoři odběratele WELL PACK.
[3] Správce daně podle městského soudu přiléhavě přihlédl k tomu, že objednávky byly vystavovány až přibližně dva týdny po tvrzeném provedení služeb, obsahově přesně odpovídaly fakturám a žalobkyně kromě výpovědi svého jednatele nijak nedoložila způsob jejich zadávání. Daňové doklady přitom ani neodkazovaly na konkrétní objednávky či datum jejich vzniku. Ačkoli městský soud připustil, že oblast zajišťování pracovníků pro logistické a skladové provozy vyžaduje vysokou míru operativnosti a flexibilitu, nepovažoval to za důvod ke snížení zákonných požadavků na prokázání nároku na odpočet daně. Pokud žalobkyně tvrdila, že zakázky byly sjednávány telefonicky a písemné dokumenty měly jen evidenční funkci, měla toto tvrzení podpořit konkrétními důkazy. Za správné označil městský soud rovněž přihlédnutí ke způsobu plateb a zhotovování výdajových pokladních dokladů. Bezhotovostní úhrady byly prováděny s výrazným odstupem od splatnosti a po připsání na účet ANTOLOGY byly obratem vybírány v hotovosti. Ve spojení s dalšími okolnostmi tak mohl správce daně důvodně pochybovat, že účet sloužil běžné podnikatelské činnosti. Výdajové pokladní doklady navíc neodpovídaly údajům na daňových dokladech o hotovostní úhradě při vystavení faktur a chyběly na nich podpisy či razítka přebírajících osob.
[4] Městský soud nepřisvědčil ani žalobní námitce, že postup správce daně byl vadný proto, že dokumenty významné pro dokazování byly zajištěny orgány činnými v trestním řízení v rámci provedených prohlídek. Zdůraznil, že žalobkyně neuvedla, jaké konkrétní důkazy měly být zadrženy, jaký byl jejich obsah ani které rozhodné skutečnosti měly prokazovat. Žalobkyně přitom neuvedla ani, zda se pokusila tyto podklady získat. Bez takové konkretizace nemohl městský soud posoudit, zda by zajištěné dokumenty mohly ovlivnit správné zjištění skutkového stavu. Ze stejných důvodů neprovedl ani navržený důkaz rozhodnutím vydaným v daňové věci jiného subjektu, neboť žalobkyně nevysvětlila, jaké závěry z něj měly plynout a jak by mohly posouzení jejího nároku ovlivnit.
II. Kasační stížnost a vyjádření žalovaného
[5] Proti rozsudku městského soudu podala žalobkyně (dále „stěžovatelka“) kasační stížnost z důvodů podle § 103 odst. 1 písm. a) a b) s. ř. s. V kasační stížnosti namítá nezákonnost spočívající v nesprávném posouzení právní otázky soudem v předcházejícím řízení z důvodu nesprávné interpretace podmínek pro uplatnění nároku na odpočet DPH podle § 72 a § 73 ZDPH a rozložení důkazního břemene při jejich prokazování podle § 92 daňového řádu. Dále stěžovatelka namítá vady řízení spočívající v tom, že při zjišťování skutkové podstaty byl porušen zákon v ustanoveních o řízení před správním orgánem takovým způsobem, že to mohlo ovlivnit zákonnost.
[6] Stěžovatelka uvádí, že povinnost daňového subjektu prokazovat skutečnosti uváděné v daňových podáních nemůže být bezbřehá a nároky na její obezřetnost i rozsah uchovávaných dokladů je třeba posuzovat v kontextu konkrétních okolností. Městský soud podle ní nezohlednil celospolečenskou situaci v první polovině roku 2020, a tedy počátek pandemie COVID-19, kdy z důvodu uzavření kamenných prodejen prudce vzrostla poptávka po online doručování, čemuž se muselo narychlo přizpůsobit fungování logistických center i společností poskytujících balící a manipulační služby. Za nepřípadné považuje v daném kontextu výhrady soudu k virtuálnímu sídlu či absenci webových stránek subdodavatele ANTOLOGY, který byl v rozhodné době evidován jako spolehlivý plátce daně. Na obezřetnost stěžovatelky při zajišťování subdodávek pro doplnění vlastních kapacit tak nelze podle stěžovatelky klást stejné požadavky jako za běžných podmínek.
[7] V rámci dalších bodů stěžovatelka namítá, že k hodnocení dokladů o uskutečněném plnění přistoupily městský soud i správní orgány absolutně, nikoliv v kontextu konkrétních okolností, a předloženým důkazům nepřiznaly v podstatě žádnou důkazní hodnotu. Správní orgány považovaly za nevěrohodné, že objednávky byly vystavovány 14 či 15 dní po termínu dodání a že na nich byla dodávka specifikována jako již uskutečněná, a dovozovaly pochybnosti z absolutní shody mezi objednaným a fakturovaným plněním. Vůbec však neuvážily variantu, že jednotlivé objednávky mohly být řešeny telefonicky a následně, pro evidenční účely, potvrzovány písemně na základě dodání služeb v konkrétním rozsahu, přičemž na základě těchto potvrzení probíhala jednou měsíčně fakturace v rámci písemné rámcové smlouvy. Těmto písemným potvrzením nelze odmítnout přiznat jakoukoliv důkazní hodnotu jen z důvodu, že byla vzhledem k nastavení systému označena jako „objednávky“, ani proto, že je stěžovatelka nepodpořila dalšími důkazy (ačkoliv je podpořila výpovědí jednatele). Datum vystavení potvrzení i přesná shoda částek totiž plně odpovídají tomu, že potvrzení byla vystavována až po poskytnutí plnění. Stěžovatelka proto namítá nesprávnost hodnocení důkazů ze strany správních orgánů, které následně nesprávně potvrdil i městský soud.
[8] Nedostatečně zjištěný skutkový stav spatřuje stěžovatelka v porušení § 92 odst. 2 daňového řádu, podle něhož má správce daně povinnost dbát, aby skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně byly zjištěny co nejúplněji. Stěžovatelka se již v daňovém řízení bránila tím, že další doklady nemůže poskytnout, neboť jí byly veškeré listiny i výpočetní technika týkající se této spolupráce zajištěny orgány činnými v trestním řízení při prohlídkách dne 28. 2. 2023 a dosud jí nebyly vráceny.
[9] Stěžovatelka má proto za to, že po ní nelze spravedlivě požadovat, aby vynakládala prostředky na přesun důkazů mezi složkami státní moci, důkazy v protokolech přesně konkretizovala, ani osvědčovala jejich způsobilost prokázat konkrétní skutečnosti, pokud jimi sama nedisponuje z důvodu, že je vydala jiné složce státní moci. Správní orgány měly povinnost postupovat podle § 93 ve spojení s § 57 a § 58 daňového řádu a § 8 odst. 1 zákona č. 141/1961 Sb., o trestním řízení soudním (trestní řád), a trestní spis si od orgánů činných v trestním řízení vyžádat, jak to učinily v obdobné věci jiného daňového subjektu (společnosti EMOJI LOGISTIC s.r.o. na základě rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 24. 10. 2024, č. j. 32784/24/5300-21442-713474, dále jen „rozhodnutí ve věci EMOJI LOGISTIC“). Pokud si správní orgány spis nevyžádaly, zjistily skutkový stav neúplně a nedostatečně a městský soud měl jejich rozhodnutí zrušit. To však městský soud neučinil a následně také sám pochybil, neboť navržený důkaz trestním spisem bez odůvodnění neprovedl a zamítl i důkaz zmíněným rozhodnutím ve věci EMOJI LOGISTIC dokládajícím rozdílný přístup k jiným subjektům. Stěžovatelka proto navrhuje, aby Nejvyšší správní soud napadený rozsudek zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení.
[10] Žalovaný ve svém vyjádření navrhuje, aby Nejvyšší správní soud kasační stížnost jako nedůvodnou zamítl. Odmítá argumentaci stěžovatelky ohledně nepřiměřených nároků na důkazní břemeno a zdůrazňuje, že samotná skutečnost, že obchodní partner není veden jako nespolehlivý plátce, k prověření jeho důvěryhodnosti nestačí. Neobyčejná situace na počátku pandemie COVID-19 měla racionálně uvažující subjekt vést naopak k vyšší obezřetnosti, nikoli k navázání spolupráce s partnerem vykazujícím řadu podezřelých znaků. Pochybnosti správce daně přitom nevycházely jen z virtuálního sídla či absence webových stránek subdodavatele ANTOLOGY, ale primárně ze samotných dokladů, které stěžovatelka v řízení předložila. Ty totiž obsahovaly zásadní nesrovnalosti – od absolutní shody údajů na objednávkách a daňových dokladech přes nejasně vymezený rozsah a místo plnění, chybějící jednotky plnění a vystavování objednávek až 14 dnů po termínu pro dodání služeb až po závažné pochybnosti kolem úhrad. Žalovaný ve svém vyjádření dále podotýká, že stěžovatelce nebylo vytýkáno nedostatečné množství dokladů, ale to, že předložené písemnosti ani výslechy svědků neodstranily pochybnosti správce daně. Vyjádření jednatele stěžovatelky bylo pouze obecné a jím zmiňované výkazy plnění nebyly nikdy doloženy, zatímco svědecká výpověď svědka H. obsahovala rozporuplné údaje ohledně zapojených osob. Skutečnost, že písemnosti označené jako „objednávky“ byly vystavovány až ex post, byla tedy hodnocena pouze jako jedna ze skutečností, pro které tyto písemnosti neprokazují přijetí sporných zdanitelných plnění od osoby v postavení plátce DPH a v deklarovaném rozsahu. Nadto se ani nejednalo o hlavní pochybnost správce daně stran tohoto důkazního prostředku.
[11] Jako nedůvodnou hodnotí žalovaný ve svém vyjádření i námitku porušení § 92 odst. 2 daňového řádu. Zajištění dokladů policií dne 28. 2. 2023 nemohlo mít na neunesení důkazního břemene vliv, neboť daňová kontrola probíhala už od září 2021 a stěžovatelka tak měla na předložení všech podkladů rok a půl. Skutečnost, že k zabavení dokladů ze strany orgánů činných v trestním řízení došlo, přitom stěžovatelka oznámila správci daně až v květnu 2023, tedy v závěru daňové kontroly. Ani srovnání s věcí společnosti EMOJI LOGISTIC není podle žalovaného přiléhavé, jelikož u daného subjektu byla daňová kontrola zahájena až po provedení domovní prohlídky, a tedy po zabavení potřebných listin. Jednalo se tedy o zcela jinou situaci než u stěžovatelky. Žalovaný s odkazem na rozsudek městského soudu ze dne 16. 5. 2025, č. j. 6 Af 22/2024-32 také odmítá, že by měl povinnost vyžádat si zajištěné doklady z úřední povinnosti, neboť daňové řízení neovládá zásada vyšetřovací a bylo tak na stěžovatelce, aby využila procesních nástrojů podle trestního řádu a pokusila se dokumenty nebo jejich kopie získat sama. Zabavení dokladů po více než roce a půl od zahájení daňové kontroly nepřenáší důkazní břemeno na správce daně. Pokud stěžovatelka neuvedla konkrétní důkazní prostředky, které jí Policie ČR zabavila a které z tohoto důvodu nemohla předložit, zůstává její argumentace v rovině obecných tvrzení. Rozhodné skutečnosti tak byly podle žalovaného zjištěny dostatečně.
III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
[12] Nejvyšší správní soud posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů a zkoumal přitom, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3, 4 s. ř. s.).
[13] Kasační stížnost není důvodná.
[14] Podle § 72 odst. 1 písm. a) ZDPH platí, že „plátce je oprávněn k odpočtu daně na vstupu u přijatého zdanitelného plnění, které v rámci svých ekonomických činností použije pro účely uskutečňování zdanitelných plnění dodání zboží, převodu nemovitosti nebo poskytnutí služby s místem plnění v tuzemsku“.
[15] Podle § 73 odst. 5 ZDPH „Neobsahuje-li doklad pro prokázání nároku na odpočet daně všechny předepsané náležitosti daňového dokladu, lze nárok prokázat jiným způsobem.“
[16] Podle § 92 odst. 3 daňového řádu „daňový subjekt prokazuje všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v daňovém tvrzení a dalších podáních“.
[17] Podle § 92 odst. 5 daňového řádu „správce daně prokazuje a) oznámení vlastních písemností, b) skutečnosti rozhodné pro užití právní domněnky nebo právní fikce, c) skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí, účetních záznamů, jakož i jiných záznamů, listin a dalších důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem, d) skutečnosti rozhodné pro posouzení skutečného obsahu právního jednání nebo jiné skutečnosti, e) skutečnosti rozhodné pro uplatnění následku za porušení povinnosti při správě daní, f) skutečnosti rozhodné pro posouzení účelu právního jednání a jiných skutečností rozhodných pro správu daní, jejichž převažujícím účelem je získání daňové výhody v rozporu se smyslem a účelem daňového právního předpisu“.
[18] Podle rozsudku NSS ze dne 2. 5. 2018, č. j. 1 Afs 220/2017-28 daňový subjekt splní svoji povinnost důkazní ve vztahu k tvrzením, která správci daně předestře, prokáže-li tato tvrzení důkazními prostředky (zejména účetnictvím a daňovými doklady). Je pak na správci daně, aby dokázal případné skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem [§ 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu]. Unese-li správce daně své důkazní břemeno, je opět na daňovém subjektu, aby prokázal soulad účetnictví se skutečností, tj. aby setrval na svých původních tvrzeních a doložil, že přes vzniklé pochyby se sporný účetní případ udál tak, jak je o něm účtováno, anebo aby naopak korigoval svá původní tvrzení, nabídl tvrzení nová, reflektující existenci pochyb o souladu účetnictví, jiných povinných záznamů či tvrzení se skutečností, a tato svá revidovaná tvrzení prokázal (viz také rozsudky NSS ze dne 30. 8. 2005, č. j. 5 Afs 188/2004-63, a ze dne 30. 1. 2008, č. j. 2 Afs 24/2007-119, č. 1572/2008 Sb. NSS, či rozsudek NSS ze dne 5. 10. 2016, č. j. 6 Afs 176/2016-36).
[19] Podle rozsudku NSS ze dne 27. 1. 2012, č. j. 8 Afs 44/2011-103, platí, že „jakkoliv z § 73 odst. 1 ZDPH vyplývá, že prokazování nároku na odpočet daně je prvotně záležitostí dokladovou, je současně třeba respektovat soulad skutečného stavu se stavem formálně právním. Proto ani doklady se všemi požadovanými náležitostmi nemusí být podkladem pro uznání nároku na odpočet, není-li zároveň prokázáno, že k uskutečnění zdanitelného plnění fakticky došlo, resp. došlo tak, jak je v dokladech deklarováno, či nejsou-li splněny další zákonné podmínky pro jeho uplatnění. Pokud daňový subjekt před správcem daně uplatňuje nárok na odpočet daně, je k jeho výzvě povinen uplatněný nárok jednoznačně prokázat.“
[20] Ve vztahu k nezákonnosti napadeného rozsudku stěžovatelka namítá, že městský soud při posouzení rozsahu její důkazní povinnosti nepřihlédl k mimořádným okolnostem počátku pandemie COVID‑19, a že výhrady městského soudu, že virtuální sídlo a absence webových stránek subdodavatele měly u stěžovatelky vzbudit vyšší obezřetnost, jsou vzhledem ke kontextu tehdejší situace značně nepřípadné.
[21] Nejvyšší správní soud připouští, že mimořádné okolnosti související s pandemií mohly ovlivnit praktické fungování logistických provozů a způsob sjednávání jednotlivých dílčích plnění. Taková obecná okolnost však sama o sobě nemění rozložení důkazního břemene při uplatnění nároku na odpočet DPH, ani povinnost stěžovatelky uplatněný nárok prokázat (rozsudek NSS ze dne 20. 11. 2025, č. j. 3 Afs 68/2025-43). Správce daně přitom po stěžovatelce nepožadoval opatření nepřiměřených důkazních prostředků, pouze vyzýval k objasnění konkrétních, objektivně podložených pochybností o tom, zda deklarované služby v tvrzeném rozsahu poskytla právě společnost ANTOLOGY. Jak správně uvedl městský soud, pokud stěžovatelka tvrdí, že služby byly objednávány a realizovány operativně, bylo na ní, aby tato tvrzení konkrétně prokázala, například záznamy komunikace, interními postupy, výpověďmi osob, které se na objednávání podílely, nebo jinými důkazy, které by umožnily ověřit, že tvrzené plnění skutečně proběhlo. Stěžovatelka však takové důkazy nepředložila, a její tvrzení neodpovídala zjištěnému skutkovému stavu. Potřebné okolnosti se přitom nepovedlo prokázat ani v rámci vlastní vyhledávací činnosti správce daně.
[22] Ačkoliv skutečnost, že má společnost virtuální sídlo, nemusí sama o sobě nic prokazovat, v případě společností majících virtuální sídlo je zde vyšší riziko toho, že je nebude možné dohledat a kontaktovat, a to pro správce daně nebo i pro jejich obchodního partnera v případě jakýchkoliv problémů, které nastanou při obchodování a tato skutečnost tak může signalizovat nutnost zvýšené obezřetnosti (rozsudek NSS ze dne 27. 4. 2023, č. j. 7 Afs 160/2021-89). Stejně tak absence webových stránek může být běžným jevem, zároveň se však jedná o indicii svědčící o nutnosti zvýšené opatrnosti (např. rozsudek NSS ze dne 15. 8. 2018, č. j. 6 Afs 31/2018-53). Městský soud přitom svůj závěr nezaložil pouze izolovaně na virtuálním sídle či neexistenci webových stránek, ale hodnotil tyto okolnosti ve spojení s dalšími zjištěnými skutečnostmi, zejména s rozpory v objednávkách, fakturaci a úhradách, nedostatečným doložením skutečného průběhu a kontroly prací, jakož i se zjištěními, že jednatel ANTOLOGY, jenž měl vystavovat a podepisovat její daňové doklady, neměl v České republice povolen pobyt a osoby deklarované jako pracovníci ANTOLOGY popřely, že by pro ni pracovaly. Virtuální sídlo a absence webových stránek tak představovaly pouze dílčí okolnosti při celkovém hodnocení věrohodnosti předložených dokladů a potřeby jejich podpory dalšími důkazy.
[23] Podle judikatury Nejvyššího správního soudu přitom platí, že každý subjekt vstupující do obchodních vztahů musí zachovávat náležitou míru obezřetnosti vzhledem k povaze poskytovaných služeb a zajišťovat si potřebné podklady pro splnění podmínek pro uplatnění nároku na odpočet daně. V zájmu daňového subjektu tedy je, aby nad rámec svých běžných obchodních potřeb shromažďoval důkazy, které mohou prokázat, že k uskutečnění předmětné služby skutečně došlo, neboť důkazní břemeno ohledně faktické realizace služeb, na něž chce odpočet uplatnit, je na jeho straně (rozsudek NSS ze dne 15. 5. 2007, č. j. 2 Afs 177/2006-61 nebo rozsudek NSS ze dne 22. 11. 2024, č. j. 5 Afs 204/2023-62). Bez ohledu na společenskou situaci tak bylo povinností stěžovatelky uchovat dostatek důkazních prostředků, jimiž by mohla prokázat skutečné přijetí plnění od deklarovaného dodavatele.
[24] Na uvedeném nic nemění ani skutečnost, že společnost ANTOLOGY nebyla v rozhodném období vedena v evidenci nespolehlivých plátců. Jak uvedl Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 11. 2. 2020, č. j. 10 Afs 253/2018-39, bodě 13, z absence zápisu v evidenci nespolehlivých plátců nelze dovozovat, že dotčený subjekt musí být bez dalšího považován za spolehlivého obchodního partnera. Obezřetnost v obchodním styku se tedy nevyčerpává nahlédnutím do evidence. Tento údaj proto mohl být zohledněn jako jedna z okolností svědčících ve prospěch stěžovatelky, nemohl však převážit ostatní zjištění zpochybňující faktické uskutečnění deklarovaných plnění.
[25] Také námitku, že městský soud nepřiznal objednávkám, rámcové smlouvě a výpovědi jejího jednatele odpovídající důkazní hodnotu, neshledal Nejvyšší správní soud důvodnou.
[26] Městský soud se touto námitkou stěžovatelky zabýval v bodech 102 až 111 napadeného rozsudku, kde uvedl, že pokud stěžovatelka tvrdila, že objednávky byly sjednávány telefonicky a následně potvrzovány písemně, bylo na ní, aby toto tvrzení konkrétně doložila (například záznamy komunikace, interními postupy, svědeckými výpověďmi nebo jinými podpůrnými důkazy). Takové důkazy však stěžovatelka nepředložila, a ani neformulovala přesvědčivé vysvětlení rozporu mezi deklarovaným stavem a stavem zjištěným správcem daně. Ani výpověď jednatele stěžovatelky uvedené pochybnosti nevyvrátila, jelikož ten následně na podporu svých tvrzení nepředložil slíbenou e-mailovou komunikaci ani kontakty na osoby ze společnosti ANTOLOGY, s nimiž měl jednat. Odůvodnění městského soudu, že bez předložení těchto slíbených či jiných konkrétních důkazů nelze samotná tvrzení stěžovatelky o operativním způsobu objednávání považovat za prokázaná, je zcela přiléhavé. Městský soud správně zdůraznil, že ani flexibilní povaha odvětví nezbavuje daňový subjekt povinnosti unést důkazní břemeno podle § 92 daňového řádu, přičemž absence důkazní stopy k ověření realizace plnění nemůže být přičítána správci daně. Také skutečnost, že naprostá většina osob, které byly deklarovány jako pracovníci ANTOLOGY, popřela, že by pro tuto společnost, kdy pracovala, a zároveň zpochybnila pravost podpisů na předložených dohodách o provedení práce, k podpoře tvrzení stěžovatelky nepřispěla.
[27] V souladu s judikaturou (např. rozsudkem NSS ze dne 10. 12. 2021, č. j. 5 Afs 18/2021-47), tak bylo po konkrétním zpochybnění věrohodnosti dokladů ze strany správce daně na stěžovatelce, aby je doložila dalšími důkazy, kterými by svá tvrzení prokázala, což stěžovatelka neučinila. Městský soud i správce daně přitom uvedené podklady nepominuli ani jim nepřisoudili nulovou důkazní hodnotu, naopak je hodnotili samostatně i v souhrnu s ostatními zjištěními, což odpovídá zásadě volného hodnocení důkazů (§ 8 odst. 1 daňového řádu).
[28] Stěžovatelka dále namítá, že nemohla předložit další doklady o spolupráci se společností ANTOLOGY, neboť je při prohlídkách zajistily orgány činné v trestním řízení. Správce daně byl o této skutečnosti informován a měl proto podle stěžovatelky příslušné zajištěné podklady opatřit z úřední povinnosti. Nebylo naopak možné spravedlivě požadovat jejich opatření či bližší konkretizaci po ní.
[29] Skutečnost, že orgány činné v trestním řízení podnikaly kroky v trestním řízení, a unesení důkazního břemene v daňovém řízení tak vyžadovalo větší procesní úsilí, v jádru nic nemění na tom, že to byla stěžovatelka, kdo nesl důkazní břemeno ohledně pravdivosti tvrzení o přijatých plněních. Tato okolnost sama o sobě nezaložila ani povinnost správce daně opatřovat za stěžovatelku blíže neoznačené podklady z trestního spisu. Není přitom pravda, že by stěžovatelka neměla reálnou možnost usilovat o získání dokumentů zajištěných při prohlídkách, naopak mohla usilovat o vrácení věcí zajištěných při prohlídkách podáním žádosti podle § 78 odst. 7 trestního řádu, popřípadě o pořízení kopií v režimu § 65 odst. 1 téhož zákona. Neprokázala však, že by tyto kroky učinila nebo že orgány činné v trestním řízení vrácení věcí či pořízení kopií odepřely. Teprve za situace, kdy by stěžovatelka věrohodně doložila, že orgány činné v trestním řízení nereflektovaly její právně relevantní snahu získat pro účely daňového řízení zabavenou dokumentaci, mohla být její námitka, že po ní nelze jejich opatření spravedlivě požadovat, opodstatněná (rozsudek NSS ze dne 13. 9. 2023, č. j. 6 Afs 179/2022-39, bod 30, nebo ze dne 13. 2. 2026, č. j. 7 Afs 118/2025-37).
[30] Daňová kontrola byla přitom u stěžovatelky zahájena již 6. 10. 2021, zatímco k zajištění listin orgány činnými v trestním řízení došlo až dne 28. 2. 2023, tedy přibližně po roce a půl jejího trvání a v závěrečné fázi daňové kontroly. Stěžovatelka byla v mezidobí seznámena s konkrétními pochybnostmi správce daně a předkládala důkazní prostředky na podporu svých tvrzení. O zajištění dokladů orgány činnými v trestním řízení správce daně vyrozuměla až dne 17. 5. 2023 v žádosti o prodloužení lhůty k vyjádření se k výsledku kontrolního zjištění. Tato okolnost tak výrazně oslabuje její tvrzení, že právě nedostupnost zajištěné dokumentace byla příčinou neunesení důkazního břemene. Stěžovatelka současně ani nevysvětlila, které konkrétní dosud nepředložené dokumenty z důvodu jejich zajištění nemohla předložit a jak by mohly zvrátit dosavadní skutkové závěry.
[31] Za této situace nelze správci daně vytýkat, že z vlastní iniciativy nevyžádal blíže neurčené podklady z trestního spisu a zajištění listin orgány činnými v trestním řízení proto nemůže zpochybnit závěr, že stěžovatelka neunesla důkazní břemeno, ani založit neúplnost skutkových zjištění správce daně. Ani tato námitka proto není důvodná.
[32] Městský soud podle stěžovatelky pochybil rovněž tím, že neprovedl navržený důkaz trestním spisem, aniž tento postup odůvodnil, a současně neprovedl ani důkaz rozhodnutím ve věci EMOJI LOGISTIC, kterým stěžovatelka dokládala tvrzený rozdílný postup správce daně vůči jinému daňovému subjektu.
[33] Stěžovatelce je zde nutné přisvědčit, že městský soud v napadeném rozhodnutí výslovně neuvedl, že neprovedl důkaz trestním spisem. Obecně přitom platí, že tzv. opomenutý důkaz zpravidla vede ke zrušení rozsudku krajského (městského) soudu. Judikatura Nejvyššího správního soudu i Ústavního soudu však připouští, že opomenutý důkaz, jakkoli jde o vadu řízení před soudem, nemusí vždy znamenat porušení základních práv účastníků řízení, případně nepřezkoumatelnost rozhodnutí (k tomu srov. usnesení Ústavního soudu ze dne 22. 2. 2007, sp. zn. IV. ÚS 712/06 nebo rozsudek NSS ze dne 23. 10. 2008, č. j. 8 Afs 17/2007-100), a to v případě, kdy krajský (městský) soud alespoň implicitně odůvodnil, proč důkaz neprovedl. Jakkoli tedy lze souhlasit se stěžovatelkou, že městský soud v případě důkazu trestním spisem výslovně neuvedl, že důkaz neprovedl, podstatné je to, že z odůvodnění napadeného rozsudku je patrné jeho vypořádání (rozsudek NSS ze dne 4. 2. 2025, č. j. 3 Afs 9/2024-70 nebo ze dne 8. 8. 2024, č. j. 3 Afs 203/2023-43). Z napadeného rozsudku (z bodů 128 až 135) totiž lze dovodit, že městský soud byl toho názoru, že stěžovatelkou navrhovaný důkaz trestním spisem byl nadbytečný, neboť bez konkrétního označení dokumentů, jejich obsahu a prokazovaných skutečností nemohlo samotné provedení důkazu tímto spisem ovlivnit posouzení věci ani zvrátit závěr o neunesení důkazního břemene.
[34] Ani námitka týkající se neprovedení důkazu rozhodnutím ve věci EMOJI LOGISTIC není důvodná. Městský soud se tímto důkazním návrhem výslovně zabýval v bodě 134 napadeného rozsudku a uvedl, že jej neprovedl, neboť stěžovatelka neupřesnila, jaké konkrétní závěry mají z tohoto rozhodnutí plynout ani jak by mohly ovlivnit posouzení její věci. Ani zde Nejvyšší správní soud neshledal pochybení městského soudu. Stěžovatelka se totiž omezila na poukaz, že správce daně ve věci jiného daňového subjektu postupoval odlišně, nevysvětlila však, v čem spočívá skutková a právní srovnatelnost obou věcí a jaký konkrétní vliv měla mít tato skutečnost na posouzení její vlastní daňové povinnosti. Volba konkrétního postupu či úkonu je přitom věcí správce daně, který vždy zohledňuje konkrétní skutkové okolnosti věci (a zároveň je povinen šetřit práva daňového subjektu). Rozdílný postup správce daně v obdobných případech je sice obecně nežádoucí, pokud však byl stěžovatelce odepřen nárok na odpočet v souladu se zákonem - což je závěr, na kterém se Nejvyšší správní soud s městským soudem shoduje - nelze rozhodnutí správních orgánů zrušit jen proto, že správce daně v údajně obdobných věcech vůči jiným daňovým subjektům volil jiné procesní postupy (výjimkou by mohla být situace, kdy by byl postup správce daně v rozporu s ustálenou a dlouhodobou praxí, což však stěžovatelka ani netvrdila). Městský soud proto nepochybil, pokud důkaz uvedeným rozhodnutím neprovedl. Lze tedy uzavřít, že námitky stěžovatelky směřující proti neprovedení jejích důkazních návrhů městským soudem nebyly důvodné. Ač si Nejvyšší správní soud dovede představit zevrubnější odůvodnění neprovedení tohoto důkazu, důvody konstatované městským soudem obstojí. Z týchž důvodů ani Nejvyšší správní soud neprovedl důkazy, které stěžovatelka v kasační stížnosti navrhla, neboť jejich provedení nemohlo ovlivnit posouzení důvodnosti kasační stížnosti.
IV. Závěr a náklady řízení
[35] S ohledem na výše uvedené důvody Nejvyšší správní soud kasační stížnost jako nedůvodnou zamítl (§ 110 odst. 1 s. ř. s.).
[36] O náhradě nákladů řízení soud rozhodl podle úspěchu ve věci v souladu s § 60 odst. 1, větou první, s. ř. s. ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nebyla v řízení o kasační stížnosti úspěšná, proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému, jemuž by jinak právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti příslušelo, v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti nevznikly (§ 60 odst. 7 s. ř. s.).
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně 20. srpna 2026
David Hipšr
předseda senátu
