Odůvodnění:
- Vymezení věci
[1] Předmětem sporu je prokázání nároku na odpočet DPH. Nejvyšší správní soud se však předně zabýval tvrzeným uplynutím lhůty pro stanovení daně.
[2] Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále „správce daně“) doměřil žalobci DPH za zdaňovací období srpen a září 2019. Dospěl zejména k závěru, že žalobce neprokázal faktické přijetí zdanitelných plnění (reklama, tisk a roznos letáků) ve smyslu § 72 odst. 1 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, od společností BOLATOM s.r.o., RFRD s.r.o., HUMR s.r.o., MANIBUS s.r.o., a JelenIT s.r.o. Proti dodatečným platebním výměrům podal žalobce odvolání. Žalovaný rozhodnutí správce daně změnil tak, že doměřenou daň částečně snížil. Se správcem daně se však ztotožnil v tom, že žalobce neprokázal naplnění hmotněprávních podmínek pro vznik nároku na odpočet daně v souvislosti s deklarovanými reklamními službami.
[3] Proti rozhodnutí žalovaného brojil žalobce žalobou, kterou Městský soud v Praze shora uvedeným rozsudkem zamítl. Pokud jde o lhůtu pro stanovení daně, dospěl k závěru, že daňové orgány vydaly svá rozhodnutí v jejím rámci. Nepřisvědčil tak námitce žalobce, že správce daně zahájil daňovou kontrolou zasláním výzvy k součinnosti Komerční bance, a.s. Správce daně si totiž od banky vyžádal pouze obecné informace ohledně peněžních prostředků na účtu a transakcí na něm. Ani další úkony správce daně nelze považovat za zahájení skryté daňové kontroly. Správce daně před zahájením daňové kontroly nedisponoval indiciemi o doměření daně. Měl k dispozici pouze údaje o jeho bankovním účtu a přehled zaměstnanců. Nebyl proto povinen jej vyzvat k podání dodatečného daňového přiznání. Městský soud neshledal důvodnými ani další námitky žalobce.
[4] Žalobce (dále „stěžovatel“) napadl rozsudek městského soudu kasační stížností. V ní zopakoval, že správce daně zahájil daňovou kontrolu již vydáním výzvy Komerční bance ze dne 21. 1. 2020, kterou sám označil jako první kontrolní úkon. Navíc již předtím disponoval dalšími relevantními poznatky o něm, které získal předchozím prověřováním společnosti TOWN,s.r.o. Ta s ním byla majetkově a personálně propojena. Městský soud při posouzení námitky skryté daňové kontroly nepřihlédl ke všem relevantním okolnostem. Proto má za to, že lhůta pro stanovení daně uplynula před vydáním napadeného rozhodnutí. Stěžovatel dále tvrdí, že městský soud neprověřil úkony správce daně ve vztahu ke společnosti TOWN, přestože je to rozhodné pro určení počátku zahájení skryté daňové kontroly. Lhůtu pro stanovení daně musí soud posuzovat z úřední povinnosti. Městský soud nezohlednil ani předchozí vyhledávací činnost u stěžovatele, na niž jej v žalobě upozornil. Stěžovatel dále sporuje závěr městského soudu, dle kterého výzvy správce daně adresované společnostem CASUS DIRECT MAIL a.s. a Press Publishing Group s.r.o. bezprostředně předcházely formálnímu zahájení daňové kontroly, a proto nemají na lhůtu pro stanovení daně vliv. Tvrdí, že těmito výzvami muselo dojít k materiálnímu zahájení daňové kontroly, jelikož předcházely formálnímu zahájení daňové kontroly a zároveň se jednalo o kontrolní úkony. Stěžovatel rovněž brojí proti dalším závěrům městského soudu. Jeho další argumentace však není v tuto chvíli podstatná, jelikož se NSS musel předně zabývat tím, zda lhůta pro stanovení daně neuplynula před pravomocným stanovením daně.
[5] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti k tvrzenému uplynutí lhůty pro stanovení daně uvedl, že správce daně před zahájením daňové kontroly neprováděl vyhledávací činnost nepřiměřeně extenzivně. Před vydáním výzvy Komerční bance neměl žádné konkrétní poznatky o daňové povinnosti stěžovatele, které by hodnotil či analyzoval. Žádný z úkonů učiněných před zahájením daňové kontroly nevybočuje ze zákonných limitů vyhledávací činnosti. Ověřoval si pouze předběžné informace (stav účtu, počet zaměstnanců, daňová přiznání atd.). Výzvy společnostem CASUS DIRECT MAIL a Press Publishing Group vydal až poté, co se rozhodl zahájit daňovou kontrolu. To vyplývá ze sdělení stěžovateli ze dne 9. 6. 2020. Pouze na jeho žádost správce daně zahájil daňovou kontrolu později. Údaje od těchto společností obdržel až po formálním zahájení daňové kontroly. Nelze proto hovořit o tom, že by je měl k dispozici před zahájením. I pokud by uvedené výzvy vybočovaly z vyhledávací činnosti správce daně, na závěr o stanovení daně před uplynutím lhůty by to nemělo vliv. Konec lhůty by se totiž posunul pouze o několik dnů. I v takovém případě by platilo, že daňové orgány stanovily daň před uplynutím lhůty. Nerozhodné je i to, že správce daně disponoval některými poznatky z vyhledávací a kontrolní činnosti u společnosti TOWN. Většina prověřovaných plnění se ani netýkala společností, které měly poskytnout sporná plnění. Ze soupisu vyhledávací a kontrolní části spisu společnosti TOWN nevyplývá, že by správce daně shromažďoval informace o stěžovateli. Nebylo úkolem městského soudu, aby si opatřoval další důkazní prostředky.
II. Důvody postoupení věci rozšířenému senátu
[6] Osmý senát Nejvyššího správního soudu při předběžném projednání věci shledal, že je naplněn důvod k postoupení věci k rozhodnutí rozšířenému senátu, neboť existuje rozporná judikatura jednotlivých senátů tohoto soudu (§ 17 odst. 1 s. ř. s.). Jednotlivé senáty přistupují odlišně k výkladu § 87 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění účinném do 31. 12. 2020, ohledně materiálního zahájení daňové kontroly. To má dopad na přerušení lhůty pro stanovení daně dle § 148 odst. 3 daňového řádu.
[7] Předkládající senát se předně zabýval námitkou marného uplynutí lhůty pro stanovení daně. Pokud by totiž byla důvodná, bylo by nadbytečné se zabývat dalšími námitkami. K marnému uplynutí lhůty pro stanovení daně by byl povinen přihlédnout i bez námitky (nález Ústavního soudu ze dne 29. 4. 2010, sp. zn. III. ÚS 1341/08). Stěžovatel má za to, že k zahájení daňové kontroly materiálně došlo před jejím formálním zahájením, což mělo vliv na běh lhůty pro stanovení daně. Městskému soudu vytýká zejména to, že při posouzení materiálního zahájení daňové kontroly nepřihlédl ke všem relevantním okolnostem. Poukázal na to, že správce daně prováděl vyhledávací a kontrolní činnost u společnosti TOWN, jejímž jednatelem je stěžovatel. Oba subjekty mají shodné sídlo a zabývaly se stejnou činností. Z toho dovozuje, že správce daně disponoval relevantními informacemi i ve vztahu k němu. Za první konkrétní kontrolní úkon proto považuje výzvu Komerční bance. Za druhý kontrolní úkon výzvu České správě sociálního zabezpečení. V červenci 2020 navíc správce daně zaměřil svoji činnost na dodavatele CASUS DIRECT MAIL a Press Publishing Group, o nichž již předtím shromáždil rozsáhlé poznatky.
[8] Stěžovatel správnost svých tvrzení dovozuje z rozsudků NSS ze dne 2. 7. 2020, č. j. 7 Afs 390/2019-44, Jansen Display, a ze dne 6. 2. 2023, č. j. 5 Afs 287/2021-32, MK – REVIZE I. Dle osmého senátu však nejsou na danou věc plně aplikovatelné, jelikož se zabývaly rozdíly mezi místním šetřením, jakožto vyhledávací činností, a daňovou kontrolou, jakožto kontrolním úkonem. Poskytují nicméně základní východiska posuzování materiálního zahájení daňové kontroly. Vyplývá z nich, že je nutné rozlišovat, zda správce daně pouze zjišťoval a vyhledával podkladové informace a důkazní prostředky („mapoval terén“), či zda již fakticky zjišťoval a ověřoval oprávněnost uplatněného odpočtu. Vedle množství vyžádaných dokladů a prověřovaných okolností samotného místního šetření je nutné zohlednit i skutečnosti předcházející tomuto místnímu šetření a následující po něm. Pokud správce daně požaduje předložení kompletního účetnictví a evidence pro účely daně z přidané hodnoty a následně je prověřuje, nejedná se o vyhledávací činnost (místní šetření). I v případě vyžádání menšího množství podkladů (než celého účetnictví) a kontrolování menšího rozsahu okolností (než jen všech aspektů daňové povinnosti) může dojít k překročení mezí vyhledávací činnosti. Bude tomu tak v těch situacích, kdy správce daně namísto pouhého zjišťování podkladových informací a „mapování terénu“ provádí ve své podstatě již zjišťování a ověřování správnosti stanovené daňové povinnosti. Pro posouzení toho, zda byl postup správce daně místním šetřením, nebo již fakticky přesahoval jeho meze, a jednalo se tedy o skrytou daňovou kontrolu, je třeba v každém konkrétním případě zhodnotit vícero relevantních okolností, a to nejen jednotlivě, ale i v jejich souhrnu, a to i vzhledem k tomu, co posuzovanému úkonu přecházelo a co po něm následovalo. Z uvedených východisek vycházel i městský soud v nyní posuzované věci, jak je zřejmé z bodů 56 až 63 napadeného rozsudku.
[9] Dle § 78 odst. 3 písm. b) a c) daňového řádu v rámci vyhledávací činnosti správce daně zjišťuje údaje týkající se příjmů, majetkových poměrů a dalších skutečností rozhodných pro správné zjištění, stanovení a placení daně a shromažďuje a zpracovává informace a využívá informační systémy v rozsahu podle § 9 odst. 3.
[10] Dle § 87 odst. 1 daňového řádu ve znění účinném do 31. 12. 2020 platilo, že daňová kontrola je zahájena prvním úkonem správce daně vůči daňovému subjektu, při kterém je vymezen předmět a rozsah daňové kontroly a při kterém správce daně začne zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně.
[11] Dle § 148 odst. 3 daňového řádu byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení, běží lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn.
[12] Osmý senát se předně zabýval podmínkami zahájení daňové kontroly. Bez určení data zahájení daňové kontroly totiž nelze posoudit kdy došlo k přerušení lhůty pro stanovení daně. Z bodu 20 rozsudku NSS ze dne 17. 5. 2024, č. j. 5 Afs 47/2023-36, STPA CZ, vyplývá, že daňový řád stanovuje 3 podmínky, při jejichž kumulativním splnění je daňová kontrola zahájena. Jedná se o 1) úkon směřující přímo vůči daňovému subjektu, 2) vymezení předmětu a rozsahu daňové kontroly a 3) faktické zjišťování daňové povinnosti. Pátý senát v citovaném rozsudku dále uvedl, že pokud nedojde k naplnění všech podmínek v rámci jednoho úkonu, je daňová kontrola zahájena ke dni splnění podmínky časově poslední. V bodě 26 také vychází z předpokladu, že až naplněním všech tří podmínek může dojít k materiálnímu zahájení daňové kontroly. Ze shodných východisek vycházel také desátý senát v rozsudku ze dne 17. 5. 2023, č. j. 10 Afs 118/2021-74, S.O.S. DIFAK, body 16 a 17.
[13] Na zahájení daňové kontroly však zjevně odlišně nahlíží šestý senát. V rozsudku ze dne 21. 9. 2023, č. j. 6 Afs 59/2023-52, č. 4520/2023 Sb. NSS, JIP východočeská, body 20 a 21, totiž konstatoval, že k materiálnímu zahájení daňové kontroly došlo nejpozději mezinárodními dožádáními, jimiž se správce daně dotazoval zahraničních správců daně na třetí osoby – konkrétní společnosti obchodující s prověřovaným daňovým subjektem. Ačkoliv mezinárodní dožádání jednoznačně nepředstavovalo úkon směřující vůči daňovému subjektu, přesto dle šestého senátu došlo k materiálnímu zahájení daňové kontroly. Uvedený rozsudek šestého senátu tedy jednoznačně popřel nutnost naplnění prvního zákonného kritéria pro zahájení daňové kontroly, tedy že se jedná o úkon správce daně vůči (dotčenému) daňovému subjektu. Ke shodným závěrům týkajícím se mezinárodního dožádání šestý senát navíc dospěl opakovaně i v rozsudku ze dne 10. 4. 2025, č. j. 6 Afs 169/2023-32, EKO Logistics, bod 27).
[14] Jiná dosavadní judikatura popírá i potřebu naplnění druhé zákonné podmínky pro zahájení daňové kontroly, dle které musí dojít k vymezení předmětu a rozsahu daňové kontroly. Devátý senát v rozsudku ze dne 19. 11. 2025, č. j. 9 Afs 182/2024-108, Baxant, bod 42, konstatoval, že pokud správce daně v úkonu učiněném vůči daňovému subjektu nevymezí předmět a rozsah daňové kontroly, ale rovnou začne zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně, materiálně provádí daňovou kontrolu (k tomu shodně též rozsudek NSS ze dne 6. 12. 2024, č. j. 10 Afs 16/2024-82, Hortim-International, bod 22).
[15] Část výše citované judikatury tak zjevně nepovažuje první dvě podmínky pro zahájení daňové kontroly za rozhodné. Všechny citované rozsudky se však shodují v tom, že rozhodné je, zda správce daně fakticky zjišťoval daňovou povinnost daňového subjektu.
[16] I tuto podmínku však jednotlivé senáty interpretují rozdílně. Sedmý senát vychází z předpokladu, že pokud dochází k hodnocení shromážděných důkazů, jedná se o překročení mezí vyhledávací činnosti (rozsudek NSS ze dne 15. 3. 2022, č. j. 7 Afs 39/2020-29, JUSDA Europe, bod 23). Dle šestého senátu dokonce k zahájení daňové kontroly postačí, pokud správce daně učiní úkon za účelem hodnocení, aniž by ještě k hodnocení došlo (JIP východočeská, body 20 a 21). Odlišný pohled však zastává pátý senát, dle kterého není rozhodné, zda správce daně hodnotil shromážděné podklady. Z povahy věci je totiž musí nějak vyhodnotit. Jinak by jejich shromažďování postrádalo smysl (rozsudek MK – REVIZE I, bod 36). Pátý senát v bodě 33 posledně citovaného rozsudku za jednu z rozhodných okolností naopak považoval rozsah a povahu shromážděných písemností. Dle čtvrtého senátu však pro posouzení překročení mezí vyhledávací činnosti není podstatný rozsah podkladů vyžádaných správcem daně, ale to, že správce daně zamýšlel prověřovat konkrétní pochybnosti týkající se daňového tvrzení způsobem, kterým má být postupováno v rámci daňové kontroly (rozsudek NSS ze dne 20. 5. 2019, č. j. 4 Afs 77/2019-34, bod 20).
[17] Z uvedeného souhrnu je zjevné, že některé senáty považují v rámci třetí podmínky za rozhodné množství a povahu shromážděných či alespoň vyžádaných podkladů, popř. hodnocení důkazů. Jiné senáty uvedené indicie považují za irelevantní. Není proto zřejmé, podle jakých kritérií by se měla posuzovat podmínka spočívající ve zjišťování daňové povinnosti. Pokud by bylo množství vyžádaných podkladů i hodnocení důkazů bez jakékoliv relevance, bylo by odlišení vyhledávací a kontrolní činnosti správce daně prakticky nemožné.
[18] Odlišné vnímání zahájení daňové kontroly lze demonstrovat i na srovnání již zmíněného rozsudku JIP východočeská a rozsudku ze dne 15. 6. 2021, č. j. 3 Afs 348/2019-34. Pro připomenutí lze uvést, že šestý senát v prvně jmenovaném rozsudku dospěl k závěru, že k materiálnímu zahájení daňové kontroly může dojít i mezinárodním dožádáním, jímž se správce daně dotáže zahraničního správce daně na informace o třetích osobách. Šestý senát za rozhodné považoval pouze to, že se jedná o úkon, kterým správce daně začal prověřovat a hodnotit konkrétní daňovou povinnost daňového subjektu. Takové prověřování je totiž možno činit pouze v rámci zahájené daňové kontroly při současném zachování veškerých práv daňového subjektu. Citovaný rozsudek třetího senátu však vychází z předpokladu, že materiální zahájení daňové kontroly připadá v úvahu, pouze pokud správce daně učiní úkon vůči daňovému subjektu. Dle třetího senátu musí být z úkonu bez jakýchkoliv rozumných pochybností zřejmé, že jeho účelem je zahájit daňovou kontrolu (bod 33). Na úkony správce daně se totiž neuplatní zásada, že je nutné vycházet ze skutečného obsahu úkonu. Ta se vztahuje pouze na úkony osob zúčastněných na správě daní (bod 34). Třetí senát proto dovodil, že pouze ze skutečnosti, že správce daně vyzval daňový subjekt k předložení některých účetních záznamů a dokladů, ten mu je obratem předložil, a správce daně tak mohl započít s prověřováním daňové povinnosti daňového subjektu za konkrétní zdaňovací období, nelze dovodit, že účelem výzev bylo zahájit daňovou kontrolu za toto zdaňovací období. Třetí senát v dané věci připustil, že se mohlo pouze jednat o nezákonné výzvy. Zahájení daňové kontroly z nich však nedovodil. Z uvedených rozsudků je zjevné, že se šestý senát přiklonil výkladu, dle kterého může dojít k zahájení daňové kontroly i úkonem vůči třetím osobám a rozhodné je to, že správce daně začne prověřovat daňovou povinnost daňového subjektu. Oproti tomu třetí senát zdůraznil, že k zahájení daňové kontroly může dojít pouze úkonem učiněným vůči daňovému subjektu a ani tehdy nelze popřít význam formálního zahájení daňové kontroly, kterým se daňový subjekt vyrozumívá o předmětu a rozsahu kontroly.
[19] Uvedený rozsudek třetího senátu je rovněž, co se týče formálního posuzování úkonů správce daně, v rozporu s rozsudkem ze dne 10. 5. 2021, č. j. 5 Afs 301/2019-30, MK – REVIZE II, bod 18, dle kterého pro posouzení právní povahy úkonu správce daně není rozhodné jeho formální označení, ani doba jeho trvání, nýbrž skutečné počínání správce daně, tedy zda pouze zjišťoval a vyhledával podkladové informace a důkazní prostředky, či zda již fakticky zjišťoval a ověřoval oprávněnost uplatněného odpočtu.
[20] Z aktuální judikatury je rovněž nutné zmínit rozsudek NSS ze dne 22. 1. 2026, č. j. 9 Afs 132/2024-73, PK HOLDING CZ, body 31 až 45, ve kterém se devátý senát podrobněji zabýval rozdílem mezi materiálním a formálním zahájením daňové kontroly. Devátý senát výslovně uvedl, že za formální zahájení daňové kontroly považuje sepis protokolu o zahájení daňové kontroly. Za materiální zahájení daňové kontroly považuje vymezení předmětu a rozsahu a započetí zjišťování daňové povinnosti. Z dosavadní judikatury dovodil, že okolnosti každého případu je nutno posuzovat individuálně. Při posouzení, zda došlo k materiálnímu zahájení daňové kontroly, vycházel zejména z rozsahu podkladů vyžádaných správcem daně a administrativní náročnosti splnění výzvy. Devátý senát však zároveň zdůraznil nutnost naplnění první zákonné podmínky, dle které se musí jednat o úkon vůči daňovému subjektu. K výzvě, ze které daňový subjekt dovozoval materiální zahájení daňové kontroly, konstatoval, že rozsah v ní požadovaných informací a podkladů přesahuje rámec obvyklé vyhledávací činnosti. Administrativní náročnost by v případě splnění výzvy byla srovnatelná s plněním povinností v daňové kontrole. Výzva vymezila i prověřovaná zdaňovací období. Devátý senát ji však nepovažoval za úkon zahajující daňovou kontrolu, jelikož daňový subjekt na výzvu nereagoval a požadované doklady nepředložil. V době zaslání výzvy správce daně ani nedisponoval důkazními prostředky, které by mohl komplexně hodnotit. Výzvy společnosti Raiffeisenbank a Pražské správě sociálního zabezpečení nepovažoval za úkony zahajující daňovou kontrolu, jelikož nevyžadovaly žádnou součinnost daňového subjektu a přímo nezasahovaly do jeho práv. Z uvedeného je zjevné, že devátý senát vycházel z předpokladu, že k materiálnímu zahájení daňové kontroly je nutné, aby byly splněny všechny tři zákonné podmínky, ačkoliv ve svých východiscích výslovně zmínil pouze dvě z nich. Devátý senát v bodě 41 upozornil také na to, že šestý senát v rozsudku JIP východočeská určil počátek materiálního zahájení daňové kontroly ke dni odeslání žádosti o mezinárodní dožádání. To však pouze proto, že daný úkon pojmově nemohl být vyhledávací činností, k čemuž se odkázal na rozsudek šestého senátu, body 19 až 22. To však dle devátého senátu není případ jím uvedených výzev.
[21] Dle předkládajícího senátu není zřejmé, z jakého důvodu by v některých případech bylo možné zahájit daňovou kontrolu i bez splnění všech zákonných požadavků, resp. není zřejmé, z jakého důvodu by se měla aplikovat odlišná pravidla na posuzování mezinárodního dožádání a úkonu, který dle popisu devátého senátu je rovněž nutné považovat za kontrolní úkon. Konstatování ohledně nutnosti individuálního posouzení každého případu nemůže podle předkládajícího senátu znamenat, že ani po důkladné analýze některých rozsudků NSS nelze stanovit jednoznačná kritéria pro posuzování materiálního zahájení daňové kontroly. Uvedený rozsudek se tak nachází na pomezí dvou judikaturních linií zohledňujících jak zákonná kritéria, tak faktickou činnost správce daně. Rozpory v dosavadní judikatuře však podle předkládajícího senátu nevyjasňuje.
[22] Lze tedy shrnout, že se judikatura NSS značně rozchází při posuzovaní jednotlivých zákonných kritérií ohledně zahájení daňové kontroly. Základní rozpor je však v tom, zda je vůbec nutné tři opakovaně zmiňované zákonné podmínky naplnit. Třetí senát se v aktuálním rozsudku ze dne 26. 2. 2026, č. j. 3 Afs 277/2024-54, JBC Group, přiklonil k závěru, že nemusí být naplněna všechna kritéria. V bodech 45 a 46 uvedl, že § 87 odst. 1 daňového řádu, ve znění účinném do 31. 12. 2020, stanoví podmínky pro řádné zahájení daňové kontroly. Tyto požadavky však nelze spojovat se skrytou daňovou kontrolou. Ta je skrytá právě proto, že nedošlo k jejímu řádnému zahájení, ale pouze k jejímu faktickému provádění. Třetí senát za rozhodné považoval pouze to, zda správce daně fakticky vykonával činnost odpovídající daňové kontrole. Dále uznal, že rozsudek S.O.S. DIFAK vycházel z předpokladu, že k zahájení skryté daňové kontroly nemůže dojít bez toho, aniž by došlo k naplnění zákonných kritérií. Tento předpoklad je však dle třetího senátu mylný, jelikož se týká pouze řádného zahájení daňové kontroly. Dle osmého senátu se nejedná v případě rozsudku S.O.S. DIFAK o exces desátého senátu, jak nepřímo naznačil třetí senát. Shodně na materiální zahájení daňové kontroly nahlížel např. pátý senát ve věci STPA CZ. Existuje navíc celá řada rozsudků, které jsou vzájemně rozporné ohledně posuzování jednotlivých kritérií pro zahájení daňové kontroly, jak je zjevné z bodů [12] až [20].
[23] Dle osmého senátu spočívá hlavní příčina rozporů v odlišném vnímání „skrytosti“ daňové kontroly. Dle první judikaturní větve spočívá „skrytost“ daňové kontroly v provádění kontrolní činnosti bez naplnění všech zákonných podmínek pro zahájení daňové kontroly. Tuto judikaturní větev reprezentují zejména rozsudky JIP východočeská, EKO Logistics či JBC Group. Druhá judikaturní větev své úvahy zakládá na tom, že pro zahájení daňové kontroly musí dojít k naplnění všech zákonných požadavků a onu „skrytost“ shledává v tom, že správce daně formálně daňovou kontrolu nezahájí (typicky protokolem o zahájení daňové kontroly). Druhou judikaturní linii zastupují zejména rozsudky S.O.S. DIFAK a STPA CZ.
[24] Rozsudek ve věci sp. zn. 3 Afs 348/2019 navíc fakticky popírá možnost skrytého zahájení daňové kontroly, byť to v něm není výslovně uvedeno. Dle osmého senátu si však nelze jinak vykládat úvahy třetího senátu. Podle nich totiž musí být z úkonu bez jakýchkoliv rozumných pochybností zřejmé, že je jeho účelem zahájit daňovou kontrolu a že na úkony správce daně se neuplatní zásada, dle které je nutné vycházet ze skutečného obsahu úkonu. Tyto úvahy tak fakticky popírají koncept skryté daňové kontroly. V tomto ohledu by tak bylo možné hovořit dokonce o třech různých judikaturních liniích. Právě tuto koncepční nesourodost považuje osmý senát za jádro rozporů v judikatuře.
[25] Dílčí rozpory se však následně týkají i posuzování naplnění jednotlivých podmínek. Zejména podstatné jsou tyto rozpory v rámci posuzování zahájení kontrolní činnosti (zjišťování daňové povinnosti daňového subjektu). Z judikatury není zřejmé, zda k zahájení kontrolní činnosti dochází hodnocením shromážděných důkazů (rozsudek JUSDA Europe, bod 23), úkonem učiněným za účelem hodnocení důkazů (JIP východočeská, body 20 a 21), či zda tyto úkony jsou pro posouzení nerozhodné (MK – REVIZE I, bod 36). Není zřejmé ani to, zda lze rozdíl mezi vyhledávací a kontrolní činností shledávat v rozsahu shromážděných informací (MK – REVIZE I, bod 36) či nikoliv (sp. zn. 4 Afs 77/2019, bod 20). Proto by bylo zkratkovité hovořit pouze o třech judikaturních liniích.
[26] Stěžovatel v posuzované věci primárně namítá, že k zahájení daňové kontroly došlo zasláním výzvy Komerční bance ze dne 21. 1. 2020 či dříve, a to úkony v rámci prověřování s ním spojené společnosti TOWN. Pokud by došlo k zahájení daňové kontroly dnem zaslání uvedené výzvy, původní lhůta pro stanovení daně by uplynula 21. 1. 2023. Jelikož v posledních 12 měsících před uplynutím lhůty došlo k oznámení rozhodnutí o stanovení daně (dodatečných platebních výměrů ze dne 4. 8. 2022), došlo by k prodloužení lhůty o 1 rok [§ 148 odst. 2 písm. b) daňového řádu]. Lhůta by tak uplynula 21. 1. 2024. Rozhodnutí žalovaného ze dne 14. 6. 2024, doručené 19. 6. 2024, by v takovém případě bylo stěžovateli doručeno až po uplynutí lhůty pro stanovení daně. Proto je nutné vymezit okamžik, ke kterému došlo k přerušení lhůty pro stanovení daně. S ohledem na výše uvedené nemohl osmý senát rozhodnout tak, aby jeho závěr nebyl rozporný s některým z uvedených rozsudků. Věc proto předložil rozšířenému senátu NSS. Stěžovatel alternativně namítá materiální zahájení daňové kontroly také výzvami ze dne 16. 7. 2020 společnostem CASUS DIRECT MAIL a Press Publishing Group. K tomu však předkládající senát uvádí, že tyto výzvy nejsou rozhodné. I kdyby jimi došlo k zahájení daňové kontroly, rozhodnutí žalovaného by bylo stěžovateli doručeno před uplynutím lhůty pro stanovení daně, jelikož ta by neuplynula dříve než 16. 7. 2024.
[27] Osmý senát pro úplnost poukazuje také na to, že se v judikatuře NSS lze setkat i s úvahou, dle které se pro přerušení lhůty pro stanovení daně vyžaduje nejen materiální, ale také formální zahájení daňové kontroly (rozsudek NSS ze dne 10. 4. 2024, č. j. 4 Afs 191/2023-45, HOSTLINK, bod 19). Osmý senát však uvedené nepovažuje za rozpor v judikatuře, pro který by bylo nutné věc předložit rozšířenému senátu. Z odůvodnění rozsudku čtvrtého senátu i z jím odkazovaných rozsudků totiž vyplývá, že rozhodné pro přerušení lhůty pro stanovení daně je materiální zahájení daňové kontroly. Ideálním stavem je současné zahájení formální i materiální daňové kontroly. Formulaci čtvrtého senátu v bodě 19 ohledně nutného formálního zahájení daňové kontroly proto osmý senát považuje pouze za formulační nepřesnost, nikoliv za další rozpor v judikatuře.
[28] Zmínit je nutné také to, že první judikaturní linie vychází z předpokladu, že k materiálnímu zahájení daňové kontroly dochází v případě, ve kterém správce daně překročí meze vyhledávací činnosti a zahájí kontrolní postup. Daňový řád však rozlišuje mezi dvěma kontrolními postupy, a to postupem k odstranění pochybností a daňovou kontrolu. Postup k odstranění pochybností je úkonem bez vlivu na lhůtu pro stanovení daně. První judikaturní linie mezi těmito dvěma kontrolními postupy nerozlišuje, resp. nevysvětluje, z jakého důvodu vede překročení vyhledávací činnosti právě k zahájení daňové kontroly, a nikoliv k zahájení postupu k odstranění pochybností. Dosavadní judikatura rovněž vychází z předpokladu, že se zahájení daňové kontroly pojí se zvláštními právy a povinnostmi daňového subjektu, které jsou vymezeny v § 86 odst. 2 a 3 daňového řádu, ve znění do 31. 12. 2020 (rozsudek PK HOLDING CZ, bod 38). Nezabývá se však tím, zda skutečně dochází k zásahu do těchto práv daňového subjektu v případě, že správce daně vede skrytou daňovou kontrolu. Lze si totiž jen stěží představit, že by daňový subjekt neměl možnost vyvracet pochybnosti správce daně, předkládat důkazní prostředky či být přítomen u jednání se svými zaměstnanci nebo dalšími osobami, které vykonávají jeho činnost, i v případě skryté daňové kontroly. Stejně tak není zřejmé, že by se jakkoliv lišila možnost obrany daňového subjektu, pokud vůči němu bude správce daně provádět nezákonné úkony v rámci daňové kontroly, nebo mimo ni.
[29] Osmý senát závěrem dodává, že účelem prekluzivní lhůty pro stanovení daně je stimulace správce daně k včasnému výkonu jeho práv a nastolení právní jistoty (nález Ústavního soudu ze dne 11. 1. 2007, sp. zn. II. ÚS 493/05). Zároveň tato lhůta představuje určitou bariéru pro eventuální svévolné zásahy do právní sféry daňových subjektů, ke kterým by mohlo docházet, pokud by neexistovala. Obě strany by měly mít objektivně daný a jednoznačně definovaný časový prostor, ve kterém mohou vzájemně vypořádávat právní vztahy plynoucí z daňových povinností. Délka tohoto časového prostoru by pak měla být vyvážená tak, aby zohledňovala komplikovanost a náročnost dané materie, ale zároveň nepředstavovala nedůvodný zásah do právní jistoty zúčastněných stran, které v této souvislosti stíhá povinnost prokazovat svá tvrzení (usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 23. 10. 2007, č. j. 9 Afs 86/2007-161, č. 1542/2008 Sb. NSS, a rozsudek NSS ze dne 13. 5. 2020, č. j. 8 Afs 58/2019-48, č. 4023/2020 Sb. NSS, Heidrive, bod 23). Rozpory v judikatuře ohledně přerušení lhůty pro stanovení daně proto významně narušují právní jistotu daňového subjektu i správce daně.
[30] Lhůta pro stanovení daně neslouží pouze správci daně. Daňovému subjektu umožňuje korekci vlastního původního tvrzení ohledně výše daně, resp. daňové ztráty (rozsudek NSS ze dne 5. 12. 2024, č. j. 8 Afs 118/2024-86, bod 28). Ačkoliv dosavadní judikatura ohledně skrytých daňových kontrol vznikla se zjevným záměrem ochrany daňových subjektů, nelze pominout, že může vést i k závěrům v jejich neprospěch. Pokud by totiž správce daně formálně zahájil daňovou kontrolu až po uplynutí lhůty pro stanovení daně, mohl by se dovolávat toho, že k materiálnímu zahájení došlo ještě před uplynutím této lhůty. Nelze totiž rozlišovat mezi účinky zahájení daňové kontroly pro správce daně a daňový subjekt. Nic takového z daňového řádu nevyplývá. Má-li daňový subjekt možnost měnit svoji tvrzenou daňovou povinnost, má tutéž možnost i správce daně. Tím je zajištěna určitá rovnováha mezi daňovým subjektem a správcem daně při možnosti dosáhnout revize stanovené daně (usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 5. 2. 2025, č. j. 1 Afs 231/2022-44, č. 4670/2025 Sb. NSS, JASA trans, bod 51). Z těchto důvodů je dle osmého senátu nutné vykládat okolnosti mající vliv na běh lhůty pro stanovení daně restriktivně. Zároveň je nutné upřednostnit výklad, dle kterého bude jednoznačné, zda k zahájení daňové kontroly (a přerušení lhůty pro stanovení daně) nepochybně došlo. Jedině tak může být zachována právní jistota.
[31] Otázka, jež je v judikatuře Nejvyššího správního soudu řešena rozdílně, a kterou předkládá osmý senát rozšířenému senátu k rozhodnutí, proto zní:
Od kterého okamžiku lze pokládat daňovou kontrolu dle § 87 odst. 1 daňového řádu, ve znění účinném do 31. 12. 2020, za zahájenou s důsledky přerušení běhu lhůty pro stanovení daně dle § 148 odst. 3 daňového řádu?
Poučení: Proti tomuto usnesení nejsou opravné prostředky přípustné.
Rozšířený senát bude ve věci rozhodovat ve složení Filip Dienstbier (předseda senátu), Lenka Krupičková, Petr Mikeš, Barbara Pořízková, Ivo Pospíšil, Aleš Roztočil a Karel Šimka. V případě dlouhodobé nepřítomnosti některého ze členů uvedeného senátu může být senát doplněn podle pravidel uvedených v rozvrhu práce Nejvyššího správního soudu o jiné soudce, kterými jsou Radovan Havelec a Vojtěch Šimíček. Účastníci mohou namítnout podjatost těchto soudců (§ 8 odst. 1 s. ř. s.) do jednoho týdne od doručení tohoto usnesení.
V téže lhůtě mohou účastníci rovněž podat svá vyjádření k právní otázce předkládané rozšířenému senátu.
V Brně 27. března 2026
Petr Mikeš
předseda senátu
