Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr. Barbary Pořízkové a soudců JUDr. Tomáše Herce a Mgr. Ondřeje Mrákoty v právní věci žalobkyně: Jana Maussen, sídlem Wenzigova 1858/13, Praha 2, zastoupená JUDr. Mgr. Petrou Novákovou, Ph.D., advokátkou se sídlem Chodská 1366/9, Praha 2, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti výroku I. rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 8. 2023, č. j. 25957/23/5300‑21442‑809464, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 17. 6. 2025, č. j. 10 Af 19/2023‑101,
takto:
I. Kasační stížnost se zamítá.
II. Žádný z účastníků řízení nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Věc se týká podmínek, za nichž může osoba, která vystavila doklad a uvedla na něm daň z přidané hodnoty (dále jen „DPH“), provést opravu výše daně podle § 43 odst. 1 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o DPH“), jestliže byl tento doklad vystaven na fiktivní plnění. S tím souvisí otázka, kdo nese ohledně prokázání oprávněnosti této opravy důkazní břemeno. Nejvyšší správní soud (dále též „NSS“) ve svém posouzení vyšel ze závazného právního názoru vysloveného v rozsudku ze dne 27. 3. 2025, č. j. 9 Afs 10/2024‑41, kterým poprvé rozhodl ve stejné věci.
[2] Žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) je podnikající fyzickou osobou, která jako svou hlavní ekonomickou činnost uvádí poradenství v oblasti řízení. Vykonávala ji také ve 3. čtvrtletí roku 2020 a 1. čtvrtletí roku 2021, kdy byla plátcem DPH. V daňových přiznáních za tato období si uplatnila nárok na odpočet daně, jehož výše činila 379 863 Kč (za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2020) a 360 896 Kč (za zdaňovací období 1. čtvrtletí roku 2021).
[3] Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“) měl pochybnost o správnosti, pravdivosti a průkaznosti údajů o přijatých zdanitelných plněních uvedených v daňovém přiznání za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2020 a údajů o uskutečněných a přijatých zdanitelných plněních uvedených v daňovém přiznání za období 1. čtvrtletí roku 2021, jakož i o tom, zda si stěžovatelka nárok na odpočet daně uplatnila v souladu s § 72 a § 73 zákona o DPH. Podle § 89 odst. 1 a 2 daňového řádu ji proto vyzval, aby tyto pochybnosti odstranila.
[4] Stěžovatelka nepředložila důkazní prostředky o oprávněnosti nároku na odpočet daně. Neměla žádný daňový doklad, ačkoli jde o prvotní formální podmínku pro uplatnění odpočtu daně, kterou stanoví § 73 odst. 1 písm. a) zákona o DPH. Na tomto základě rozhodl správce daně platebním výměrem ze dne 10. 3. 2021, č. j. 1643848/21/2002‑51523‑111831, o vyměření DPH za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2020 ve výši 311 930 Kč a platebním výměrem ze dne 24. 8. 2021, č. j. 7044256/21/2002‑51523‑111831, o vyměření DPH za zdaňovací období 1. čtvrtletí roku 2021 ve výši 0 Kč.
[5] Proti jednotlivým platebním výměrům podala stěžovatelka odvolání, v nichž odkazovala na kontrolní hlášení svá a kontrolní hlášení dodavatelů či odběratelů. Podle jejího názoru by bylo možné o uskutečnění plnění pochybovat jen za předpokladu, že by je tito dodavatelé či odběratelé nevykázali. V průběhu odvolacího řízení nicméně vyvstala jiná právní otázka, která byla rozhodná pro stanovení daně.
[6] Dne 12. 9. 2022 stěžovatelka doplnila své odvolání proti platebnímu výměru za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2020. Uvedla v něm, že za ni její zmocněnkyně J. Ch. (dále jen „původní zmocněnkyně“) po dobu několika let (zahrnující i uvedená zdaňovací období) vedla účetní a daňovou evidenci a zařizovala daňové povinnosti, včetně podávání daňových přiznání a kontrolních hlášení. Rovněž za stěžovatelku bez jejího vědomí vystavovala daňové doklady či jejím jménem daňové doklady přijímala, a to od společností, od nichž stěžovatelka žádná plnění nepřijala, ani nikomu neudělila pokyn k jejich přijetí. Stěžovatelka skutečně poskytla pouze služby s místem plnění v jiném členském státě Evropské unie.
[7] Z doplnění odvolání dále vyplývá, že přestože stěžovatelka požadovala vysvětlení a předložení daňové evidence, vystavených a přijatých daňových dokladů, daňových přiznání a kontrolních hlášení, původní zmocněnkyně jí žádné doklady ani žádné informace nepředala. Za této situace musela stěžovatelka „rekonstruovat“ svou daňovou evidenci toliko na základě podkladů vedených správcem daně. Stěžovatelka vystavila opravné daňové doklady (dobropisy) a zaslala je plátcům uvedeným v kontrolních hlášeních, jejichž opisy získala od správce daně. Současně podala dodatečná daňová přiznání a následná kontrolní hlášení, která na tuto opravu daňových dokladů reagovala. V červnu 2022 podala dodatečná daňová přiznání na daň z příjmů fyzických osob za zdaňovací období let 2019 až 2021 a v červenci 2022 dodatečná daňová přiznání na DPH za zdaňovací období počínaje 1. čtvrtletím roku 2019 do 4. čtvrtletí roku 2021.
[8] Stěžovatelka v doplnění odvolání uvedla, že se nezříká odpovědnosti za nesprávné údaje obsažené v jejích daňových přiznáních. V dané době ji zatěžovaly osobní problémy (rozvod a řešení péče o dvě děti), pro které činnost původní zmocněnkyně neřešila a nekontrolovala. Místo toho k ní měla až nekritickou důvěru. Poté, co zjistila, „jak se věci mají“, se vše snažila a snaží napravit. Spolupráci s původní zmocněnkyní ukončila. Daňová přiznání podávaná za zdaňovací období od 1. 1. 2022 již odpovídají skutečnému stavu. Stěžovatelka proto požádala žalovaného, aby změnil odvoláním napadený platební výměr za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2020 s tím, že bude reflektovat její dodatečné daňové přiznání, podle něhož neuskutečnila žádná zdanitelná plnění vyjma služeb s místem plnění v jiném členském státě Evropské unie.
[9] Žalovaný podle § 115 odst. 2 daňového řádu zaslal stěžovatelce výzvu ze dne 5. 6. 2023, č. j. 18559/23/5300‑21442‑809464 (dále jen „seznámení se zjištěnými skutečnostmi“), kterou ji seznámil se zjištěnými skutečnostmi a důkazy, které je prokazují, a umožnil jí, aby se k nim ve stanovené lhůtě vyjádřila. Na základě doplnění odvolání přijal tvrzení stěžovatelky, že všechna plnění (přijatá i uskutečněná) s výjimkou služeb s místem plnění v jiném členském státě Evropské unie byla fiktivní. Tím se předmět sporu významně posunul. Nově bylo rozhodné, zda stěžovatelka mohla v nastalé situaci provést opravu výše daně podle § 43 zákona o DPH.
[10] V seznámení se zjištěnými skutečnostmi žalovaný stěžovatelce vytkl, že nedoložila opravné daňové doklady, ani neprokázala jejich doručení. I kdyby tak ale učinila, musel by mít za prokázané, že byla v dobré víře, nebo že včas zasáhla a vyloučila tak nebezpečí ztráty daňových příjmů. Stěžovatelka musela vědět, že jsou jí na její bankovní účet pravidelně vypláceny nadměrné odpočty daně, které jí nenáleží. Z výpovědi stěžovatelky na ústním jednání bylo navíc evidentní, že na některé otázky odpovídá nepravdivě či některé skutečnosti zamlčuje, čímž původní zmocněnkyni „kryje“. Stěžovatelka tak nebyla v dobré víře, což ostatně ani ona sama nezpochybňovala. Ve vztahu k nebezpečí ztráty daňových příjmů žalovaný připomněl, že žádný z příjemců opravných daňových dokladů nepodal dodatečné daňové přiznání. Tato skutečnost vyplynula z vyjádření příslušných správců daně.
[11] Na seznámení se zjištěnými skutečnostmi reagovala stěžovatelka podáním ze dne 28. 6. 2024, jehož přílohou byly opravné daňové doklady včetně doručenek. Podle jejího názoru zákon o DPH ani jiný právní předpis nestanoví povinnosti, které na ni žalovaný klade. To platí jak pro podmínku dobré víry, tak pro podmínku vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů. Posledně uvedená podmínka měla být splněna prokázáním doručení opravných daňových dokladů příjemci. Poukazuje‑li žalovaný na to, že žádný z odběratelů stěžovatelky (pro zjednodušení bude v dalším textu jako „odběratel“ označen i příjemce daňového dokladu, jemuž stěžovatelka ve skutečnosti žádné plnění neposkytla) nepodal dodatečné daňové přiznání, zcela pominul existenci kontrolních hlášení, která jsou schopna v reálném čase detekovat odlišnosti mezi jednotlivými subjekty ve fakturačním řetězci. Poté, co stěžovatelka podala následná kontrolní hlášení, tato přestala „sedět“ s kontrolními hlášeními jejích odběratelů. Příslušní správci daně neměli vyčkávat na aktivitu jednotlivých odběratelů. Vzniklé rozdíly měli prošetřit např. kontrolním postupem.
[12] O obou odvoláních rozhodl žalovaný společně v záhlaví uvedeným rozhodnutím tak, že je zamítl a platební výměry správce daně potvrdil. Ve vztahu ke každému platebnímu výměru tak učinil samostatným výrokem. Žalovaný shrnul, že stěžovatelka podle svých tvrzení provedla opravu výše DPH ve smyslu § 43 zákona o DPH v dodatečném daňovém přiznání za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2020 a domáhala se využití tohoto dodatečného daňového přiznání podle § 145a daňového řádu při vyměření daně. Ve vztahu k zdaňovacímu období 1. čtvrtletí roku 2021 nepožadovala ničeho.
[13] Jde‑li o vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů, žalovaný připomněl, že jménem stěžovatelky byly vystavovány daňové doklady, na jejichž základě si mohli odběratelé nárokovat odpočet daně. Stěžovatelka sice vystavila opravné daňové doklady, žádný z odběratelů však na tyto dobropisy nereagoval, neprovedl „u sebe“ opravu, nepodal dodatečné přiznání, ani nevrátil daň, kterou si neoprávněně nárokoval ze státního rozpočtu. S jistotou tak v posuzované věci nastala ztráta daňových příjmů. Stěžovatelka nejednala včasně, nýbrž až po několika letech pod tíhou kontrolních postupů zahájených prvostupňovým správcem daně. Ze všech těchto důvodů žalovaný opravu výše daně podle § 43 zákona o DPH neuznal.
II. První rozsudek městského soudu
[14] Stěžovatelka podala proti rozhodnutí žalovaného žalobu. Tvrdila v ní, že vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů zajistila v souladu s judikaturou Soudního dvora Evropské unie (dále jen „Soudní dvůr“) již vystavením opravných daňových dokladů a jejich doručením odběratelům. Žalovaný podle jejího názoru pochybil, jestliže u příjemců původních daňových dokladů neinicioval kontrolní úkon za účelem ověření, zda si snížili uplatněný odpočet daně (o částku uvedenou na opravném daňovém dokladu). Místo toho jejich nečinnost přičetl stěžovatelce k tíži. Žalovaný tak postupoval navzdory tomu, že judikatura Soudního dvora zapovídá, aby možnost opravy výše daně závisela na rozhodnutí správce daně.
[15] Nadto se žalovaný dotazoval správců daně jednotlivých příjemců opravných daňových dokladů pouze na to, zda tito příjemci podali dodatečné daňové přiznání a zda byl vůči nim proveden nějaký kontrolní úkon. Podle stěžovatelky z § 74 odst. 4 zákona o DPH vyplývá, že opravu odpočtu daně podle odstavců 1 až 3 tohoto ustanovení plátce provede za zdaňovací období, ve kterém se o skutečnostech rozhodných pro tuto opravu dozvěděl nebo dozvědět měl a mohl. Mělo být tedy zjišťováno, zda příjemci opravných daňových dokladů nezahrnuli tyto opravné daňové doklady do svých řádných daňových přiznání. Skutkový stav proto nebyl zjištěn úplně, v důsledku čehož je rozhodnutí žalovaného nepřezkoumatelné. Stěžovatelka nakonec uvedla, že oprava výše daně musí být připuštěna i u daňových dokladů na fiktivní plnění.
[16] Městský soud v Praze rozsudkem ze dne 21. 12. 2023, č. j. 10 Af 19/2023‑53 (dále jen „první rozsudek městského soudu“), zrušil výrok rozhodnutí žalovaného o zamítnutí odvolání proti platebnímu výměru, který se týkal zdaňovacího období 3. čtvrtletí roku 2020, a věc v tomto rozsahu vrátil žalovanému k dalšímu řízení (výrok I.). V rozsahu, ve kterém tato žaloba směřovala proti výroku rozhodnutí žalovaného o zamítnutí odvolání proti platebnímu výměru týkajícímu se zdaňovacího období 1. čtvrtletí roku 2021, ji zamítl (výrok II.). Současně rozhodl o povinnosti žalovaného zaplatit stěžovatelce náhradu nákladů řízení ve výši 11 228 Kč (výrok III.).
[17] Předmětem posouzení městského soudu byly podmínky, za nichž je osoba, která vystavila doklad, na němž uvedla daň, oprávněna provést opravu výše daně podle § 43 odst. 1 zákona o DPH, včetně podmínek, které vyplývají z práva Evropské unie. S ohledem na princip neutrality DPH mezi ně patří, že vystavitel daňového dokladu musí prokázat svou dobrou víru nebo včas vyloučit nebezpečí ztráty daňových příjmů. Městský soud přisvědčil žalovanému, že u stěžovatelky nebyla splněna podmínka dobré víry. Ve vztahu k podmínce včasného vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů žalovanému vytkl, že nedostatečně zjistil skutkový stav, který vzal za podklad svého rozhodnutí. Omezil se totiž na konstatování, že odběratelé stěžovatelky nepodali dodatečná daňová přiznání a že „[k]e ztrátě daňových příjmů ve zde řešené věci s jistotou došlo“ (bod 34 rozhodnutí žalovaného), aniž by zmapoval konkrétní průběh jednotlivých transakcí. Podle městského soudu tak neměl dostatek informací pro závěr, že fiktivní prodeje vedly k nějaké ztrátě daňových příjmů. Jeho dotaz na správce daně se týkal pouze toho, zda odběratelé stěžovatelky podali dodatečná daňová přiznání a uplatnili v nich nárok na odpočet daně a zda u nich správce daně provedl nějaký kontrolní úkon. V úvahu nicméně přicházelo několik skutkových variant, které mohly nastat a mít vliv na výsledek daňového řízení.
[18] V průběhu řízení žalovaný předložil městskému soudu kontrolní hlášení odběratelů stěžovatelky za dotčená zdaňovací období, která měla dokládat, že si tito odběratelé nárok na odpočet daně z fiktivních faktur uplatnili. Městskému soudu ovšem nepřísluší provedení ani hodnocení těchto důkazů. Správní orgány v zásadě nemohou nedostatky svého odůvodnění napravovat v soudním řízení. Vada řízení spočívající v nedostatečně zjištěném skutkovém stavu mohla mít vliv na zákonnost rozhodnutí.
[19] Pakliže odběratelé stěžovatelky uplatnili nárok na odpočet daně z fiktivních plnění, měl žalovaný ověřit, zda byl tento nárok odběratelům uznán. Pro případ, že by daň byla doměřena z titulu neuznání tohoto nároku, měl také ověřit, zda odběratel doměřenou daň zaplatil, případně, zda ji správce daně vymohl. Ztráta daňových příjmů by nebyla vyloučena, pokud by správce daně v doměřovacím řízení zjistil neoprávněnost nároku na odpočet daně a plátci by jej zpětně doměřil, ten by se však stal nekontaktním, potažmo nemajetným, a výběr daně by se správci daně nepodařilo uskutečnit ani v daňové exekuci. Nebezpečí ztráty daňových příjmů by v takovém případě bylo vyloučeno jedině při úhradě doměřené daně. Tento aspekt stěžovatel do jisté míry zkoumal, neboť se dotazoval správce daně, zda u odběratelů stěžovatelky byly učiněny nějaké kontrolní úkony. Zjištěné skutečnosti ale nehodnotil a městský soud za něj nemohl takové hodnocení provést.
[20] Podle městského soudu je oprava výše daně právem daňového subjektu, pročež by právě on měl primárně nést důkazní povinnost ohledně splnění podmínek pro její provedení. S ohledem na nedostupnost relevantních důkazních prostředků pro daňový subjekt, a naopak jejich snadnou dostupnost pro správce daně, ale platí, že důkazní břemeno ohledně toho, zda je nebezpečí ztráty daňových příjmů vyloučeno, nese správce daně. Závěr žalovaného, že ztráta daňových příjmů ve všech zdaňovacích obdobích s jistotou nastala, je nepřezkoumatelný.
III. Zrušující rozsudek Nejvyššího správního soudu
[21] Nejvyšší správní soud rozsudkem č. j. 9 Afs 10/2024‑41 ke kasační stížnosti, kterou podal žalovaný proti výrokům I. a III. prvního rozsudku městského soudu, oba tyto výroky zrušil a věc vrátil městskému soudu k dalšímu řízení. Ten se následně zabýval pouze DPH, kterou měla stěžovatelka uhradit za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2020.
[22] Úvodem svého posouzení Nejvyšší správní soud poukázal na to, že podle § 108 odst. 4 písm. f) zákona o DPH, ve znění účinném do 30. 9. 2021, byla osoba, která vystavila doklad, na kterém uvedla daň, povinna ji přiznat [nyní § 108 odst. 4 písm. g) zákona o DPH]. Tato povinnost, která je implementací čl. 203 směrnice Rady 2006/112/ES ze dne 28. 11. 2006 o společném systému daně z přidané hodnoty (dále jen „směrnice o DPH“), existuje bez ohledu na povinnost odvést tuto daň na základě plnění, které je předmětem DPH. Jejím účelem je zajistit, aby případným uplatněním nároku na odpočet daně podle § 73 odst. 1 písm. a) zákona o DPH na základě takového dokladu nebyla způsobena ztráta daňových příjmů. Nelze totiž vyloučit, že příjemce dokladu jej použije k uplatnění nároku na odpočet daně, i když žádné zdanitelné plnění nepřijal, tj. v případě, kdy se na daňovém dokladu deklarované plnění neuskutečnilo, a tedy k němu nebyly splněny hmotněprávní podmínky (srov. rozsudek Soudního dvora ze dne 31. 1. 2013, Stroy trans, C‑642/11, body 29 až 32).
[23] U povinnosti platit daň uvedenou na dokladu nejde o typickou daňovou povinnost, ale spíše o povinnost zajišťovací, která se uplatní pouze při existenci nebezpečí ztráty daňových příjmů. Jde o zákonem stanovené opatření, jehož cílem je zajistit správný výběr daně a zamezit daňovým únikům, samotné ale nesmí mít za následek nadměrné narušení zásady neutrality DPH (rozsudek Soudního dvora ze dne 8. 5. 2019, EN.SA., C‑712/17, bod 33). Musí být dodržena zásada proporcionality, což znamená, že tato povinnost nesmí jít nad rámec toho, co je nezbytné k dosažení uvedených cílů. Nemá‑li být zpochybněna neutralita DPH, jsou členské státy povinny umožnit osobě, která uvedla daň na dokladu, aby v případech, kdy nebude dotčen cíl čl. 203 směrnice DPH, provedla opravu výše této daně (srov. rozsudky Soudního dvora ze dne 18. 12. 1997, Garage Molenheide a další v Belgische Staat, spojené věci C‑286/94, C‑340/95, C‑401/95 a C‑47/96, nebo ze dne 19. 9. 2000, Schmeink & Cofreth a Strobel, C‑454/98, bod 59). V českém právu umožňuje opravu výše daně § 43 zákona o DPH. Nepostačuje však pouze vystavení opravných dokladů nebo provedení opravy výše daně v evidenci pro účely daně, které stanoví § 43 odst. 2 zákona o DPH. Možnost opravy je v souladu s judikaturou Soudního dvora omezena na případy, kdy vystavitel faktury prokázal svou dobrou víru (srov. rozsudek Soudního dvora ze dne 13. 12. 1989, Genius Holding, C‑342/87, bod 18) nebo včas zcela odstranil nebezpečí ztráty daňových příjmů (srov. rozsudek Soudního dvora Schmeink & Cofreth a Strobel, body 67 a 68). Tato oprava nesmí záviset na uvážení správce daně (srov. rozsudek Soudního dvora ze dne 6. 11. 2003, Karageorgou a další, spojené věci C‑78/02 až C‑80/02, bod 50). Její překážkou není ani skutečnost, že nesprávnost výše daně vychází z fiktivní povahy plnění, a jde tedy o nesprávnost zcela záměrnou (srov. rozsudek Soudního dvora EN.SA., bod 36).
[24] Povinnost tvrdit a prokazovat skutečnosti, které opravu výše daně opodstatňují, má osoba, která vystavila doklad, na němž je uvedena vyšší daň (v posuzované věci stěžovatelka; srov. rozsudek NSS ze dne 13. 7. 2022, č. j. 7 Afs 222/2020‑28, bod 14). Ze žádného zákona ani z práva Evropské unie nevyplývá povinnost správce daně provést z moci úřední jakýkoli kontrolní úkon za účelem ověření, zda daň uvedená na dokladu odpovídá uskutečněným zdanitelným plněním (srov. rozsudek Soudního dvora Stroy trans, bod 35). Uplatní se obecná povinnost daňového subjektu podle § 92 odst. 3 daňového řádu prokázat všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v daňovém tvrzení a dalších podáních. Právě daňový subjekt, který vystavil daňový doklad na fiktivní plnění, nese následky spojené s možným nebezpečím vzniku daňové ztráty. Správce daně podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu prokazuje skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí, účetních záznamů, jakož i jiných záznamů, listin a dalších důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem.
[25] Nejvyšší správní soud shledal pochybení městského soudu v tom, že právnímu závěru žalovaného o včasném nevyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů vytkl nedostatečný skutkový základ. V tomto rozsahu městský soud vybočil z mezí žalobních bodů a současně nesprávně posoudil unesení důkazního břemene žalovaným, jde‑li o pochybnosti o splnění hmotněprávních podmínek opravy výše daně stěžovatelkou.
[26] Stěžovatelka v žalobě tvrdila, že kromě postupu podle § 43 zákona o DPH jí zákon za účelem včasného vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů neukládal žádnou další povinnost něco tvrdit či navrhovat důkazy. Pouze pro případ, že by se městský soud s tímto názorem neztotožnil, zpochybňovala zjištěný skutkový stav. Konkrétně vytkla žalovanému, že se navzdory § 74 odst. 4 zákona o DPH nezabýval možným zahrnutím opravných daňových dokladů v řádných daňových přiznáních odběratelů za období, v němž se tito odběratelé dozvěděli o skutečnostech rozhodných pro opravu odpočtu daně podle § 74 odst. 1 až 3 zákona o DPH. Stěžovatelka v daňovém řízení zjištěný skutkový stav nijak nerozporovala a ani takovýto důkazní návrh v odvolacím řízení neučinila, a to ani v návaznosti na seznámení se zjištěnými skutečnostmi. Navíc toto žalobní tvrzení směřovalo k tomu, že po vystavení a doručení opravných daňových dokladů podle § 43 zákona o DPH již bylo věcí správce daně, aby daň vymáhal po příjemcích opravného daňového dokladu.
[27] Je také třeba zdůraznit, že šlo o návrh bezpředmětný. Ustanovení § 74 odst. 4 zákona o DPH nebylo vůbec použitelné, neboť se vztahuje k opravě základu daně podle § 42 zákona o DPH, a nikoli k opravě výše daně podle § 43 zákona o DPH. Žalobní argumentace vytýkala žalovanému, že v návaznosti na stěžovatelkou provedenou opravu výše daně a následná kontrolní hlášení neprovedl kontrolní úkony vůči příjemcům daňových dokladů za účelem zjištění, zda jednotliví příjemci promítli vystavené opravné daňové doklady do svých kontrolních hlášení a daňových přiznání. Žalovaný ale žádnou takovou povinnost neměl. Důkazní břemeno ohledně vyloučení ztráty na daňových příjmech tížilo stěžovatelku.
[28] Závěr, že nebylo včas vyloučeno nebezpečí ztráty daňových příjmů, stěžovatelka nijak nezpochybnila. To platí i pro východisko úvah městského soudu, že příjemci daňových dokladů si na základě původních daňových dokladů uplatnili nárok na odpočet daně. V opačném případě by ostatně nedávala smysl její argumentace z vyjádření k seznámení se zjištěnými skutečnostmi, že správce daně měl v návaznosti na její následná kontrolní hlášení a vzniklý nesoulad s kontrolními hlášeními příjemců daňových dokladů provést vůči nim kontrolní úkony. Bylo na stěžovatelce, aby navrhla provedení důkazů za účelem prokázání oprávněnosti opravy výše daně, byť by jejich získání vyžadovalo případnou součinnost správce daně. Stěžovatelka ale na seznámení se zjištěnými skutečnostmi reagovala pouze dodáním opravných daňových dokladů a doručenek, které se k nim vztahují. Jinak žádné důkazy nepředložila ani nenavrhla. Závěr žalovaného, že nebylo vyloučeno nebezpečí ztráty daňových příjmů, nebyl nepřezkoumatelný a nelze mu upřít základ v provedeném dokazování. Městský soud odlišným právním posouzením pochybil.
[29] Nejvyšší správní soud shledal napadený rozsudek nezákonným pro vadu řízení, která spočívá ve vybočení z mezí žalobních bodů v rozporu s § 75 odst. 2 soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“). Městský soud přezkoumal skutková zjištění, na nichž založil žalovaný svůj závěr, že stěžovatelka včas nevyloučila nebezpečí ztráty daňových příjmů, ačkoli správně se měl nejprve zaměřit na to, zda stěžovatelka tato skutková zjištění vůbec zpochybnila. Uvedená skutková zjištění žalovaného mají základ v provedeném dokazování, které zohlednilo rozložení důkazního břemene mezi stěžovatelkou a žalovaným.
IV. Napadený rozsudek městského soudu
[30] Ve věci znovu rozhodoval městský soud, který napadeným rozsudkem žalobu stěžovatelky zamítl. Ve svém posouzení vyšel ze závazného právního názoru Nejvyššího správního soudu vysloveného v rozsudku č. j. 9 Afs 10/2024‑41. Stěžovatelka sice vystavila opravné daňové doklady, zaslala je příjemcům původních daňových dokladů a následně podala dodatečná daňová přiznání, tím jí ale ještě nezanikla povinnost přiznat daň uvedenou na dokladu. Tak by tomu bylo jen v případě splnění hmotněprávních podmínek opravy výše daně podle § 43 zákona o DPH, což znamená, že osoba, která vystavila doklad, na kterém uvedla daň, musela být v dobré víře nebo včas zamezit nebezpečí vzniku ztráty daňových příjmů.
[31] Městský soud připomněl závěr Nejvyššího správního soudu, že stěžovatelka v žádném žalobním bodu neuplatnila argumentaci proti skutkovým zjištěním, na nichž žalovaný založil svůj závěr o trvání nebezpečí ztráty daňových příjmů. Žalovaný jí v seznámení se zjištěnými skutečnostmi vytkl, že nedodala příslušné doklady, a poukázal na to, že žádný z příjemců opravných daňových dokladů si nepodal dodatečné daňové přiznání, což k jeho dotazu potvrdili příslušní správci daně. Toto východisko stěžovatelka nijak nezpochybnila. Tím sama připustila, že její odběratelé nárok na odpočet daně z vystavených daňových dokladů uplatnili. Právě stěžovatelku tížilo břemeno tvrzení i břemeno důkazní týkající se podmínek opravy výše daně. Daňové orgány neměly s ohledem na rozložení důkazního břemene žádnou povinnost z vlastní iniciativy provést kontrolní úkony vůči příjemcům daňových dokladů za účelem zjištění, zda jednotliví příjemci promítli vystavené opravné daňové doklady do svých kontrolních hlášení a daňových přiznání.
[32] Za této situace již městský soud v dalším řízení neprovedl důkazy předložené žalovaným, a to kontrolní hlášení odběratelů za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2020 a doplnění stanoviska správce daně ze dne 21. 3. 2025, č. j. 2125235/25/2040‑11442‑109494, které měly prokazovat, že odpočty uplatněné z fiktivních dokladů nebyly vráceny do státního rozpočtu. I bez těchto důkazů totiž bylo v daňovém řízení dostatečně prokázáno, že stěžovatelka nesplnila podmínku opravy výše daně v podobě včasného vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů. Závěrem městský soud zopakoval své závěry uvedené v prvním rozsudku, že stěžovatelka nesplnila ani druhou materiální podmínku opravy výše daně podle § 43 zákona o DPH, tedy neprokázala svou dobrou víru.
V. Kasační stížnost
[33] Stěžovatelka napadla rozsudek městského soudu kasační stížností z důvodů, které podřazuje pod § 103 odst. 1 písm. a) a d) s. ř. s., navrhla jej zrušit a věc vrátit městskému soudu k dalšímu řízení. Kasační stížnost považuje za přípustnou již z toho důvodu, že předchozí kasační stížnost, o níž rozhodl Nejvyšší správní soud rozsudkem č. j. 9 Afs 10/2024‑41, byla podána žalovaným. Nyní tudíž nejde o opakovanou kasační stížnost.
[34] Napadený rozsudek ponechal otevřenou otázku, jakým způsobem má daňový subjekt postupovat při prokazování toho, zda včas vyloučil nebezpečí ztráty daňových příjmů. Tuto otázku nezodpověděl ani žalovaný a odpověď na ni neplyne ani z judikatury Soudního dvora. Stěžovatelka nemá žádné nástroje, kterými by mohla zjistit, zda jiné subjekty odvedly daň nebo si nárokovaly nárok na odpočet. Správce daně tyto nástroje naopak má. V žalobě proto stěžovatelka namítala, že daňové orgány měly provést kontrolní úkony vůči těm příjemcům jejích daňových dokladů, u kterých může hrozit nebezpečí ztráty daňových příjmů.
[35] Daňové orgány měly co nejúplněji zjistit skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně podle § 92 odst. 2 daňového řádu. Rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 10/2024‑41 argumentaci stěžovatelky zkreslil díky skutečnosti, že ji nazíral primárně optikou kasační stížnosti žalovaného. Stěžovatelka již v žalobě argumentovala tím, že daně lze ukládat toliko na základě zákona. V tomto ústavním rámci je třeba vykládat zákonná ustanovení a vzít v úvahu, že české procesní právo neposkytuje procesní prostředky k získání důkazních prostředků od příjemců daňových dokladů. Jestliže daňové orgány měly na mysli konkrétní způsob, jak mohla stěžovatelka důkazní břemeno unést, měli ji s ním seznámit. Základ této kasační námitky byl dán v požadavku na zjištění úplného skutkového stavu, pročež nejde o námitku nepřípustnou (nález Ústavního soudu ze dne 29. 7. 2013, sp. zn. I. ÚS 671/13). Stěžovatelka navíc nemohla rozumně předpokládat směr argumentace v soudním řízení, který nastal v řízení o kasační stížnosti žalovaného. Předchozí rozsudek Nejvyššího správního soudu je podle stěžovatelky v kolizi s ústavně konformním výkladem a sám popisuje nejednotnost judikatury (body 47 až 49).
[36] V případě obdržení poučení od žalovaného by se stěžovatelka pokusila kontaktovat třetí osoby, aby zajistila další důkazní materiál. Lze nicméně předpokládat, že takový postup není v praxi realizovatelný. Na rozdíl od správce daně totiž příjemci daňových dokladů nemají zákonnou povinnost součinnosti vůči stěžovatelce a na její žádost o spolupráci nemusí reagovat. Tohoto nedostatku právní úpravy si byly daňové orgány vědomy. Nastaly tak absurdní situace. Správce daně, který má právní nástroje, jak si zajistit součinnost od příjemců daňových dokladů (ať již náhledem do jimi podaných kontrolních hlášení či daňových přiznání, nebo výzvou k součinnosti), od nich žádné informace nevyžádal. Daňové orgány ani neseznámily stěžovatelku s obsahem vyhledávací části spisu, ačkoli za dané situace jasně převážil zájem na poskytnutí důkazního materiálu stěžovatelce nad ochranou informací daňových orgánů.
[37] Stěžovatelka v tomto kontextu rovněž namítá, že městský soud jí neumožnil vyjádřit se k písemnostem, které v průběhu řízení předložil žalovaný. Daňové orgány stěžovatelku o těchto písemnostech neinformovaly a neučinil tak ani následně městský soud, byť byly zařazeny do soudního spisu. O těchto písemnostech se stěžovatelka dozvěděla až z napadeného rozsudku. Klíčovou písemností je doplněné stanovisko správce daně ze dne 21. 3. 2025, v němž jsou konkrétní informace o příjemcích daňových dokladů. Pokud by stěžovatelka měla stanovisko k dispozici, nepochybně by procesně reagovala. Zejména by se pokusila kontaktovat příjemce daňových dokladů a požádala by o prověření, zda tito příjemci podali dodatečná daňová přiznání. Městský soud zřejmě automaticky předpokládal, že by stěžovatelka nemohla tyto písemnosti, které předložil žalovaný, využít ve svůj prospěch. Tento předpoklad je však příliš zkratkovitý.
VI. Vyjádření žalovaného
[38] Žalovaný navrhl kasační stížnost odmítnout pro nepřípustnost z důvodu, že jde o opakovanou kasační stížnost. Není podstatné, že dříve podal kasační stížnost žalovaný, nýbrž to, že Nejvyšší správní soud již ve věci jednou vyslovil svůj právní názor, kterým je sám vázán. K otázce včasného vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů se rozsudek NSS č. j. 9 Afs 10/2024‑41 zcela jednoznačně vyjádřil. Žalovaný v první kasační stížnosti tuto otázku nastolil a stěžovatelka měla možnost se k ní vyjádřit, což nevyužila. Nemůže tak nyní vytýkat uvedenému rozsudku, že žalobní argumentaci zkreslil. Stěžovatelka se snaží „zahladit“ svou dřívější pasivitu novou kasační stížností. Městský soud v souladu se závazným právním názorem v rozsahu žalobních bodů znovu přezkoumal závěr žalovaného o tom, že nebezpečí ztráty daňových příjmů nebylo včas vyloučeno. Stěžovatelka rozhodná skutková zjištění, která měla základ v provedeném dokazování, vůbec nezpochybnila. Žaloba tak byla zcela oprávněně zamítnuta.
[39] Pro případ, že by Nejvyšší správní soud neshledal žalobu nepřípustnou, ji žalovaný navrhl zamítnout. Tvrzení stěžovatelky, že nikdy nebyla seznámena s tím, jakým způsobem má unést důkazní břemeno, a že správce daně ji měl seznámit s obsahem vyhledávací části spisu, nebyla ani náznakem uplatněna v řízení o žalobě. Poprvé tak zaznívají až v řízení o kasační stížnosti, což zakládá jejich nepřípustnost podle § 104 odst. 4 s. ř. s.
[40] Nepřípustnou je i námitka, ve které stěžovatelka zpochybňuje umožnění vyjádřit se k písemnostem, které městskému soudu předložil žalovaný. Stěžovatelka přehlíží, že městský soud těmito důkazními prostředky neprováděl dokazování, neboť to považoval za nadbytečné. Případným nepřeposláním těchto písemností městským soudem jí proto nemohla vzniknout jakákoli újma.
[41] Stěžovatelka se podle žalovaného snaží celou kasační stížností navodit dojem, že příjemce daňových dokladů vůbec nezná, což neodpovídá skutečnosti. Byli to její odběratelé, a tudíž jí nic nebránilo „procesně reagovat“ již v řízení před správcem daně, a nikoli účelově vyčkávat, zda správce daně její „nekalé“ jednání odhalí či neodhalí. O žádném včasném vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů ve smyslu judikatury Soudního dvora nelze ani náznakem uvažovat. Stěžovatelka argumentaci proti tomuto závěru neuplatnila.
VII. Zákonné předpoklady věcného rozhodnutí o kasační stížnosti
[42] Nejvyšší správní soud konstatuje, že kasační stížnost byla podána osobou k tomu oprávněnou a včas. Stěžovatelka je také zastoupena advokátem.
[43] V posuzované věci již Nejvyšší správní soud jednou rozhodl rozsudkem č. j. 9 Afs 10/2024‑41, kterým ke kasační stížnosti žalovaného částečně zrušil první rozsudek městského soudu. Nyní se tak musel nejprve zabývat otázkou, zda tato skutečnost nezakládá nepřípustnost kasační stížnosti.
[44] Podle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. je kasační stížnost nepřípustná „proti rozhodnutí, jímž soud rozhodl znovu poté, kdy jeho původní rozhodnutí bylo zrušeno Nejvyšším správním soudem; to neplatí, je‑li jako důvod kasační stížnosti namítáno, že se soud neřídil závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu“. Obecné pravidlo o nepřípustnosti opakované kasační stížnosti je důsledkem vázanosti Nejvyššího správního soudu vlastním právním názorem vysloveným dříve ve stejné věci. Platí, že tímto právním názorem je „vázán nejen krajský soud, ale také Nejvyšší správní soud sám, rozhoduje‑li za jinak nezměněných poměrů v téže věci o kasační stížnosti proti novému rozhodnutí krajského soudu. Změny původně vysloveného právního názoru se senát, který o nové kasační stížnosti rozhoduje, nemůže domoci ani předložením věci rozšířenému senátu postupem podle § 17 s. ř. s.“ (srov. usnesení rozšířeného senátu ze dne 8. 7. 2008, č. j. 9 Afs 59/2007‑56, č. 1723/2008 Sb. NSS). Jak vyplývá z citovaného ustanovení, některé výjimky z tohoto pravidla stanoví přímo zákon. Judikatura zase dovodila některé další výjimky, které se týkají případů, kdy Nejvyšší správní soud zrušil rozhodnutí soudu pro procesní pochybení, nedostatečně zjištěný skutkový stav, případně nepřezkoumatelnost jeho rozhodnutí. Vždy je třeba posuzovat přípustnost jednotlivých námitek. Přípustné budou jen ty, které stěžovatel nemohl uplatnit již v předešlé kasační stížnosti (srov. usnesení rozšířeného senátu ze dne 22. 3. 2011, č. j. 1 As 79/2009‑165, č. 2365/2011 Sb. NSS).
[45] Vyslovení nepřípustnosti kasační stížnosti nebrání skutečnost, že předchozí a následnou kasační stížnost podali různí účastníci řízení. Jestliže rozhodnou otázku již Nejvyšší správní soud plně vyřešil k předchozí kasační stížnosti jiného účastníka řízení, pak mohou i ostatní účastníci řízení namítat pouze to, že se krajský (městský) soud neřídil závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu (srov. nález Ústavního soudu ze dne 2. 7. 2019, sp. zn. III. ÚS 926/19, bod 23). Pokud však podává novou kasační stížnost jiný stěžovatel, je třeba odlišně posuzovat přípustnost dříve neuplatněných kasačních námitek. Stěžovateli, který podal novou kasační stížnost, nelze přičítat k tíži, že neuplatnil své námitky již v řízení o kasační stížnosti jiného účastníka řízení, jejíž obsah formuloval někdo jiný (usnesení Ústavního soudu ze dne 19. 5. 2015, sp. zn. II. ÚS 808/13, bod 21, nebo rozsudek NSS ze dne 22. 3. 2017, č. j. 6 Afs 102/2016‑26, bod 22).
[46] Nelze proto přisvědčit stěžovatelce, že její kasační stížnost je přípustná již s ohledem na to, že dřívější kasační stížnost ve stejné věci podal žalovaný. Zároveň je ale třeba u každého z důvodu kasační stížnosti stěžovatelky zvažovat, zda již nebyl vypořádán právním názorem Nejvyššího správního soudu vysloveným v rozsudku č. j. 9 Afs 10/2024‑41, případně zda u něj není dána nepřípustnost z jiného důvodu. Tak by tomu mohlo být podle § 104 odst. 4 s. ř. s. v případě, že se kasační stížnost opírá „o důvody, které stěžovatel neuplatnil v řízení před soudem, jehož rozhodnutí má být přezkoumáno, ač tak učinit mohl“. Kasační stížnost by byla nepřípustná v případě, že by nebyl přípustný žádný ze stěžovatelkou uplatněných důvodů kasační stížnosti. Tak tomu ale v posuzované věci, jak bude uvedeno níže, není.
VIII. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
[47] Nejvyšší správní soud přezkoumal napadený rozsudek v mezích rozsahu kasační stížnosti a v ní uplatněných důvodů, které byly shledány přípustnými, jakož i možných vad řízení, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.)
[48] Kasační stížnost není důvodná.
[49] Stěžovatelce byla DPH za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2020 vyměřena na základě daňových dokladů, které vystavila na fiktivní plnění, což v průběhu daňového řízení sama uznala. S vydáním těchto daňových dokladů bylo spojeno nebezpečí, že budou jednotlivými odběrateli použity k uplatnění nároku na odpočtu DPH, aniž by k tomu byly splněny hmotněprávní podmínky stanovené v § 72 odst. 1 zákona o DPH, což se ostatně v posuzované věci stalo. Právě s ohledem na toto nebezpečí stanoví § 108 odst. 4 písm. f) zákona o DPH, ve znění účinném do 30. 9. 2021, tomu, kdo daňový doklad vystavil, povinnost přiznat DPH na něm uvedenou (srov. též čl. 203 směrnice o DPH, který byl uvedeným zákonným ustanovením implementován). Stěžovatelka tak měla povinnost deklarovanou daň přiznat a odvést, ledaže by provedla účinným způsobem opravu výše daně.
[50] Možnost provést opravu výše daně upravuje § 43 odst. 1 zákona o DPH, podle něhož „[v] případě, kdy plátce nebo identifikovaná osoba přiznala daň jinak, než stanoví tento zákon, a tím zvýšila daň na výstupu, je oprávněna provést opravu v dodatečném daňovém přiznání za zdaňovací období, ve kterém byla nesprávně uplatněna daň“. Podle § 43 odst. 2 zákona o DPH „[v] případě opravy výše daně podle odstavce 1 plátce nebo identifikovaná osoba a) vystaví opravný daňový doklad, nebo b) provedou opravu výše daně v evidenci pro účely daně z přidané hodnoty, pokud plátce nebo identifikovaná osoba 1. neměli povinnost vystavit daňový doklad nebo 2. vystavili daňový doklad, ale pro účely vystavení opravného daňového dokladu jim není osoba, pro kterou se původní plnění uskutečnilo, dostatečně známá“. Časové omezení stanoví § 43 odst. 4 zákona o DPH, že „[o]pravu výše daně nelze provést po uplynutí 3 let od konce zdaňovacího období, ve kterém vznikla povinnost přiznat daň u původního plnění“.
[51] Oprava výše daně je podmíněna splněním nejen formálních podmínek stanovených v § 43 zákona o DPH, ale i podmínek hmotněprávních, za nichž, aniž by tím byl dotčen cíl čl. 203 směrnice o DPH, není třeba trvat na povinnosti daňového subjektu přiznat DPH, kterou uvedl na dokladu. Těmito hmotněprávními podmínkami jsou prokázání dobré víry nebo včasné odstranění nebezpečí ztráty daňových příjmů (v podrobnostech lze odkázat na rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 10/2024‑41, body 42 až 46, jakož i na shrnutí judikatury v bodu 23 tohoto rozsudku). Povinnost tvrdit a prokázat jejich splnění má ten, kdo opravu výše daně provedl (srov. rozsudek NSS č. j. 7 Afs 222/2020‑28, bod 14). Právě tato osoba uvedla nesprávnou daň na původním daňovém dokladu, na jehož základě správce daně stanovil odpovídající daň, jak to předpokládá § 108 odst. 4 písm. f) zákona o DPH. Lze připomenout právní názor Soudního dvora, že nedovolává‑li se vystavitel daňového dokladu některé z uvedených hmotněprávních podmínek, při nichž lze uplatnit opravu výše daně, pak „není daňová správa povinna v rámci daňové kontroly prováděné u tohoto vystavitele ověřovat, zda naúčtovaná a přiznaná DPH odpovídá zdanitelným plněním reálně uskutečněným tímto vystavitelem“ (rozsudek Soudního dvora Stroy trans, bod 35).
[52] Namítá‑li stěžovatelka, že žalovaný nezjistil skutečnosti rozhodné pro správné stanovení daně, přehlíží závěr rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 10/2024‑41 ohledně toho, co bylo podstatou jejích žalobních bodů. Stěžovatelka, která původně vystavila daňové doklady na fiktivní plnění, byla v seznámení se zjištěnými skutečnostmi upozorněna na to, že nepostačuje pouhé doložení opravných daňových dokladů. Žalovaný na jejich základě neměl za prokázané, že byla v dobré víře, nebo že by včas zasáhla a vyloučila tak nebezpečí ztráty daňových příjmů. V tomto směru stěžovatelka žádná další tvrzení ani důkazní návrhy neučinila. V žalobě pouze vytkla žalovanému, že sám neprovedl příslušný kontrolní úkon za účelem zjištění, zda jsou splněny podmínky opravy výše daně podle § 43 zákona o DPH, ten však, jak bylo uvedeno výše, žádnou takovou povinnost neměl. Je namístě zdůraznit, že prokázání důvodů opravy výše daně není totéž, co stanovení daně. Oprava výše daně je právem osoby, která přiznala daň jinak, než stanoví zákon, a tím zvýšila svoji daň na výstupu. Závisí jen na této osobě, zda tohoto svého práva využije. Tomu odpovídá i její povinnost podle § 92 odst. 3 daňového řádu prokázat, že k opravě výše daně jsou splněny zákonem stanovené podmínky.
[53] Zpochybňuje‑li stěžovatelka samotné rozložení důkazního břemene mezi daňový subjekt a správce daně, jak vyplývá z napadeného rozsudku, jde o námitky nepřípustné podle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. Závěry městského soudu totiž vycházejí ze závazného právního názoru vysloveného v rozsudku NSS č. j. 9 Afs 10/2024‑41, který zdůraznil, že správci daně nemají zákonnou povinnost z úřední povinnosti ověřovat, zda příjemci dokladů na fiktivní plnění uplatněné odpočty skutečně do státního rozpočtu vrátili. Tato povinnost leží na stěžovatelce, která ostatně takovou situaci umožnila. Stěžovatelka v kasační stížnosti argumentuje tím, že nemá žádné nástroje, kterými by mohla zjistit, zda jiné subjekty odvedly daň nebo si nárokovaly nárok na odpočet, a zcela pomíjí, že Nejvyšší správní soud ve zrušujícím rozsudku uzavřel, že stěžovatelka byla v daňovém řízení pasivní a žádný důkazní návrh v tomto směru nenavrhla. Pomíjí i další závěr tohoto soudu, který výslovně připustil, že pokud by stěžovatelka takový důkaz skutečně navrhla, musel by být správce daně součinný. Nic takového se však nestalo, pročež o námitkách zpochybňující rozložení důkazního břemene ve věci vyloučení nebezpečí ztráty na daňových příjmech v posuzované věci nebylo možné uvážit jinak.
[54] Dále stěžovatelka tvrdí, že napadený rozsudek nedává odpověď na otázku, jakým způsobem měla prokázat včasné vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů. Ani této námitce ale nelze přisvědčit. Stěžovatelka existenci nebezpečí ztráty daňových příjmů v daňovém řízení nijak nezpochybňovala. V tomto ohledu neuplatnila v žalobě žádnou konkrétní námitku. Základ takového žalobního bodu, který by byl nyní uplatněnou argumentací toliko rozhojněn (jak tomu bylo v stěžovatelkou odkazovaném nálezu sp. zn. I. ÚS 671/13), nelze spatřovat v tom, že stěžovatelka v žalobě obecně vytkla žalovanému neúplně zjištěný skutkový stav. Za této situace městský soud nepochybil, jestliže se nezabýval konkrétním způsobem, jak mohla stěžovatelka splnění hmotněprávních podmínek opravy výše daně prokázat, neboť by to bylo pro posouzení žaloby nadbytečné. Po stěžovatelce nicméně nebylo požadováno nesplnitelné. Měla znát identitu svých odběratelů, kterým sama vystavila daňové doklady, a mohla je tak za účelem prokázání včasného vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů již dříve oslovit. Rovněž, jak již bylo opakovaně uvedeno, mohla navrhnout, aby za účelem prokázání včasného vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů byl proveden důkaz, jehož získání vyžaduje součinnost daňových orgánů.
[55] Neobstojí ani námitka stěžovatelky, že nemohla rozumně předpokládat směr argumentace v řízení o kasační stížnosti žalovaného. Žalovaný ve své kasační stížnosti namítal vybočení městského soudu ze žalobních bodů uplatněných stěžovatelkou, které nezpochybňovaly závěr o tom, že nebylo prokázáno včasné vyloučení nebezpečí ztráty daňových příjmů. Závěry Nejvyššího správního soudu týkající se tohoto pochybení městského soudu proto nemohly být pro stěžovatelku překvapivé. Ke kasační stížnosti žalovaného se mohla vyjádřit, této možnosti ale nevyužila.
[56] Porušení práv stěžovatelky nelze spatřovat ani v tom, jak se Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 9 Afs 10/2024‑41 vypořádal se zjištěnou nejednotností judikatury. Nejednotnost spočívala zjednodušeně řečeno v tom, že zatímco část judikatury opravu výše daně v případě daňového dokladu vystaveného na fiktivní plnění připouštěla (rozsudek NSS ze dne 26. 10. 2021, č. j. 7 Afs 73/2020‑35, body 16 až 18, jakož i již zmíněný rozsudek NSS č. j. 7 Afs 222/2020‑28, bod 11), část nikoli (rozsudky NSS ze dne 12. 2. 2021, č. j. 5 Afs 50/2020‑43, bod 22, a ze dne 22. 3. 2024, č. j. 10 Afs 323/2022‑38, bod 17). Řešení této kolize vyplynulo z judikatury Soudního dvora, který možnost opravy výše daně v případě vystavení daňového dokladu na fiktivní plnění výslovně připustil (rozsudek Soudního dvora EN.SA., bod 33). Tento výklad vztahující se k čl. 203 směrnice o DPH má přednost před odlišným posouzením v odkazovaných rozsudcích (rozsudek č. j. 9 Afs 10/2024‑41, body 47 až 49). Jde navíc o výklad, který je pro stěžovatelku, která sama vystavila daňové doklady na fiktivní plnění, příznivější.
[57] Námitka, že žalovaný měl stěžovatelku seznámit s obsahem vyhledávací části spisu, je nepřípustná podle § 104 odst. 4 s. ř. s. Nejvyšší správní soud její předobraz v žalobě neshledal. Ani stěžovatelka netvrdí, že by tato námitka rozhojňovala některý z dosud uplatněných žalobních bodů.
[58] Přípustnou je naopak námitka týkající se tvrzeného pochybení městského soudu, který stěžovatelce neposkytl k vyjádření písemnosti předložené žalovaným v průběhu soudního řízení. Místo toho se o nich stěžovatelka dozvěděla až z nyní přezkoumávaného rozsudku městského soudu, čímž jí mělo být znemožněno využít je k vlastní procesní obraně. Tato námitka, ač nebyla uplatněna v žalobě, směřuje proti postupu městského soudu poté, co mu byla Nejvyšším správním soudem věc vrácena k dalšímu řízení. Stěžovatelka ji tudíž dosud nemohla uplatnit.
[59] Ze soudního spisu Nejvyšší správní soud ověřil, že žalovaný v dalším řízení následujícím po zrušujícím rozsudku NSS č. j. 9 Afs 10/2024‑41 skutečně zaslal městskému soudu vyjádření ze dne 16. 5. 2025. Sdělil v něm, že v návaznosti na první rozsudek městského soudu z procesní opatrnosti doplnil odvolací řízení ve smyslu § 115 daňového řádu, přičemž zjistil, že všichni odběratelé stěžovatelky ve svých řádných daňových přiznáních k DPH a kontrolních hlášeních uplatnili daňové doklady vztahující se k fiktivnímu plnění a nárokovali z nich odpočty daně. Tito odběratelé následně ani po vystavení opravných daňových dokladů stěžovatelkou dodatečná daňová přiznání k DPH, resp. následná kontrolní hlášení, nepodali. Žalovaný současně zaslal městskému soudu doplnění stanoviska správce daně ze dne 21. 3. 2025, které tato tvrzení potvrzuje a navrhl jej provést jako důkaz.
[60] Nejvyšší správní soud zastává názor, že městský soud měl toto vyjádření žalovaného stěžovatelce zaslat. Městský soud tak ale nepostupoval a vyjádření žalovaného pouze shrnul v napadeném rozsudku (bod 12). Přesto nejde o pochybení, které by mělo vliv na zákonnost napadeného rozsudku. Žalovaný ve svém vyjádření pouze setrval na návrhu, aby byla žaloba zamítnuta, a odkázal na rozsudek NSS č. j. 9 Afs 10/2024‑41. Současně navrhl provedení důkazu doplněním stanoviska správce daně ze dne 21. 3. 2025, které mělo podle dodatečných zjištění správce daně prokazovat, že odpočty DPH z dokladů na fiktivní plnění byly u všech odběratelů uplatněny. Byť šlo o důkazní návrh, který měl svědčit proti stěžovatelce, neseznámením se s ním stěžovatelka na svých procesních právech zkrácena nebyla.
[61] Městský soud totiž neshledal žádný důvod, pro který by měl tento důkaz provést a za tímto účelem nařídit ústní jednání. Bylo by to nadbytečné, neboť bez ohledu na výsledek dokazování, závěr, že stěžovatelkou nebylo včas vyloučeno nebezpečí ztráty daňových příjmů, obstojí. Uplatnění nároku na odpočet daně jednotlivými odběrateli stěžovatelky na základě původních dokladů a z něj vyplývající nebezpečí ztráty daňových příjmů stěžovatelka nezpochybnila v žádném žalobním bodu. Uvedená písemnost zjevně nemohla na výsledku řízení nic změnit. Městský soud se s důkazním návrhem řádně vypořádal.
[62] Neobstojí ani argumentace stěžovatelky, že v případě dřívějšího seznámení se se stanoviskem správce daně ze dne 21. 3. 2025 by na ně nepochybně procesně reagovala a pokusila by se kontaktovat příjemce daňových dokladů. Neunesení důkazního břemene v daňovém řízení, jde‑li o uvedenou hmotněprávní podmínku opravy výše daně podle § 43 zákona o DPH, již stěžovatelka nemůže dohnat v soudním řízení správním (srov. rozsudek NSS ze dne 22. 5. 2009, č. j. 2 Afs 35/2009‑91, č. 1906/2009 Sb., body 41 až 44).
IX. Závěr a náklady řízení
[63] Nejvyšší správní soud neshledal kasační stížnost důvodnou a nezjistil ani žádnou z vad, ke které by musel přihlédnout z úřední povinnosti. Kasační stížnost proto zamítl podle § 110 odst. 1 věty poslední s. ř. s.
[64] O náhradě nákladů řízení rozhodl Nejvyšší správní soud podle § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka, která neměla ve věci úspěch, nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému nevznikly náklady nad rámec jeho úřední činnosti.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 3. září 2026
JUDr. Barbara Pořízková
předsedkyně senátu
