Celé znění judikátu:
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Radana Malíka a soudců JUDr. Barbary Pořízkové a JUDr. Tomáše Herce v právní věci žalobce: Hygi družstvo, IČO 00029459, se sídlem Bořivojova 3130, Teplice, zast. Mgr. Janem Bendou, advokátem se sídlem U Císařských lázní 368/7, Teplice, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 24. 11. 2023, č. j. 38862/23/5100‑41454‑709635, v řízení o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 30. 7. 2025, č. j. 15 Af 2/2024‑41,
takto:
I. Kasační stížnost se zamítá.
II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Finanční úřad pro Ústecký kraj rozhodnutím ze dne 9. 1. 2023, č. j. 20714/23/2514‑00510‑508499, zamítl podle § 129 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“), a zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění do 31. 12. 2022 (dále jen „zákon o DPH“), registraci žalobce k dani z přidané hodnoty (dále též „DPH“) na základě přihlášky podané dne 10. 8. 2018. Finanční úřad dospěl k závěru, že žalobce neprokázal splnění podmínek pro registraci k DPH podle § 6 odst. 1 zákona o DPH (překročení stanoveného obratu), jelikož neprokázal reálné uskutečnění ekonomické činnosti (vybudování a provoz datacentra pro společnost Vienna CZ spol. s r. o.), v rámci které měl být obrat dosažen.
[2] Žalobce podal tuto přihlášku v průběhu odvolacího řízení ve věci jiné přihlášky k registraci k DPH, a sice přihlášky podané dne 14. 12. 2017 ze stejných důvodů (překročení v zákoně o DPH stanovaného obratu, kterého měl žalobce dosáhnout zajištěním provozu výpočetní techniky – datacentra, tentokrát pro americkou společnost HUGS HOLDING LLC). Finanční úřad registraci žalobce k DPH na základě přihlášky podané dne 14. 12. 2017 zamítl rozhodnutím ze dne 6. 2. 2018, jelikož dospěl k závěru, že žalobce nepřekročil obrat pro zákonnou registraci stanovený v § 6 odst. 1 zákona o DPH. Proti tomuto rozhodnutí finančního úřadu se žalobce bránil odvoláním, o kterém rozhodl žalovaný dne 30. 4. 2019 tak, že jej zamítl a rozhodnutí finančního úřadu ze dne 6. 2. 2018 potvrdil. Přihlášku k registraci k DPH podanou dne 10. 8. 2018, která je předmětem nyní projednávané věci, daňové orgány považovaly za doplnění odvolání, a proto se k ní žalovaný vyjádřil ve svém rozhodnutí ve věci dřívější přihlášky. Žalobu proti rozhodnutí žalovaného zamítl Krajský soud v Ústí nad Labem rozsudkem ze dne 29. 3. 2022, č. j. 16 Af 1/2019‑49, proti kterému nebyla podána kasační stížnost. Následně Krajský soud v Ústí nad Labem rozsudkem ze dne 30. 11. 2022, č. j. 15 A 226/2018‑116, vyhověl nečinnostní žalobě žalobce a přikázal žalovanému vydat rozhodnutí o přihlášce podané dne 10. 8. 2018. Ani tento rozsudek krajského soudu nebyl napaden kasační stížností. Předchozí dva zamítavé rozsudky krajského soudu ve věci nečinnostní žaloby však byly zrušeny rozsudky NSS ze dne 12. 2. 2021, č. j. 2 Afs 99/2020‑34, a ze dne 27. 9. 2022, č. j. 2 Afs 218/2021‑30.
[3] Žalobce se proti rozhodnutí finančního úřadu o v pořadí druhé přihlášce bránil odvoláním, které zamítl žalovaný výše nadepsaným rozhodnutím a rozhodnutí finančního úřadu potvrdil. Žalovaný uvedl, že nemohl pominout načasování druhé přihlášky, v rámci které žalobce změnil svá původní tvrzení o jeho činnosti i dosaženém obratu. Nepřisvědčil odvolacím námitkám, že správce daně postupoval v rozporu s § 128 daňového řádu, když nevyzval žalobce k odstranění pochybností, ani že správce daně nesprávně posoudil „osobu poskytující služby“, kterou měl být žalobce. Žalovaný shledal, že uskutečnění tvrzeného plnění nebylo prokázáno a o skutečném poskytnutí služeb lze mít vážné pochybnosti. Mimo jiné poukázal na personální propojenost žalobce a společnosti Vienna CZ, které žalobce přefakturoval stavební úpravy datacentra od společnosti Double Partners s. r. o. v likvidaci (vymazána z obchodního rejstříku dne 22. 4. 2025). Žalobcem předložené daňové doklady považoval žalovaný za účelově vystavené. Ztotožnil se proto s finančním úřadem, že žalobce neprokázal reálné uskutečňování soustavné ekonomické činnosti, v rámci které by byl dosažen obrat ve výši rozhodné pro registraci k DPH.
[4] Žalobcem podanou žalobu proti rozhodnutí žalovaného ve věci přihlášky podané dne 10. 8. 2018 zamítl krajský soud nyní napadeným rozsudkem. Nepřisvědčil jediné žalobní argumentaci, a sice že o přihlášce k registraci k DPH nelze rozhodnout negativně, aniž by byla vydána výzva k odstranění pochybností podle § 128 odst. 1 daňového řádu. Takto § 128 ani navazující § 129 daňového řádu nejsou koncipovány, nepočítají s fikcí pozitivního rozhodnutí ani s konkludentní registrací daňového subjektu – jinak by nebylo možné vyslovit nečinnost správce daně. Krajský soud stejně jako žalovaný nemohl odhlédnout od specifické situace případu, kdy daňové orgány považovaly přihlášku žalobce podanou dne 10. 8. 2018 za doplnění odvolání v řízení o přihlášce ze dne 14. 12. 2017 a již v tomto řízení žalovaný žalobce seznámil s tím, že doklady přiložené k přihlášce podané dne 10. 8. 2018 považuje za účelově vystavené. Krajský soud souhlasil se žalovaným, že daňové orgány disponovaly dostatkem informací z úřední činnosti pro posouzení přihlášky, a to z řízení ohledně dříve podané přihlášky. Nebylo proto nutné vydávat výzvu podle § 128 odst. 1 daňového řádu. Navíc případné procesní pochybení správce daně napravil žalovaný, který v odvolacím řízení žalobci umožnil reagovat na názor daňových orgánů o nesplnění podmínek pro registraci k DPH. Žalobce ale žádné další důkazní prostředky nepředložil. Nesplnění zákonné podmínky k registraci k DPH vyplývající z § 6 odst. 1 zákona o DPH žalobce nezpochybňoval, touto otázkou se tedy krajský soud nemohl zabývat.
II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalovaného
[5] Žalobce (dále jen „stěžovatel“) napadl výše označený rozsudek krajského soudu kasační stížností z důvodů podle § 103 odst. 1 písm. a), b) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“), na základě kterých požadoval napadený rozsudek zrušit a věc vrátit krajskému soudu k dalšímu řízení.
[6] Považoval za nezákonný závěr krajského soudu, že absence výzvy podle § 128 odst. 1 daňového řádu byla zhojena tím, že v rámci řízení o dřívější přihlášce byl seznámen i s pochybnostmi o správnosti obsahu druhé přihlášky. Řízení o jedné a druhé přihlášce jsou totiž samostatná, jak potvrdilo i soudní řízení o nečinnostní žalobě. Měly tedy být vydány i dvě samostatné výzvy. Dle stěžovatele mohly daňové orgány poznatky z řízení o první přihlášce využít pouze po ověření, zda tato zjištění platí i k datu druhé přihlášky, což neověřily. V řízení o první přihlášce navíc nebyl informován o pochybnostech žalovaného stran druhé přihlášky, ale pouze o tom, že tuto druhou přihlášku vyhodnotil jako doplnění odvolání ve věci první přihlášky. Úvaha o tom, že výzva podle § 128 daňového řádu byla materiálně naplněna v řízení o první přihlášce, ani není dostatečně zdůvodněna. Dle stěžovatele takové zdůvodnění ani objektivně neexistuje.
[7] Své přesvědčení, že cokoliv z řízení o první přihlášce nelze vztahovat k řízení o druhé přihlášce, stěžovatel odvozuje též ze zásady volného hodnocení důkazů v § 8 odst. 1 daňového řádu. Namítl, že posouzení obsahu druhé přihlášky bylo v rozporu s tímto ustanovením provedeno jen v souvislostech s důkazy z jiného řízení.
[8] I kdyby bylo možné řízení o první přihlášce posoudit jako výzvu v řízení o druhé přihlášce, byla by taková výzva vydána opožděně. Propadnou třicetidenní lhůtu podle § 129 odst. 1 daňového řádu nelze dle stěžovatele nijak zhojit.
[9] Stěžovatel trval na tom, že pokud správce daně nevydá výzvu k odstranění pochybností, žádné pochybnosti nemá a o přihlášce nemůže rozhodnout negativně. Při rozhodování o druhé přihlášce tedy nemohlo být přihlíženo k žádným pochybnostem. Pokud měl správce daně pochybnosti, zda je stěžovatel v systému DPH oprávněně, měl vydat výzvu podle § 128 daňového řádu. Dle stěžovatele opět v napadeném rozsudku není žádný argument, který by vyvracel jeho výklad, jelikož takové argumenty neexistují. Netvrdil přitom, že by právní úprava obsahovala právní fikci, která by vedla k automatické registraci. Možnost zamítnout přihlášku bez vydání výzvy dle stěžovatele neplyne ani z povinnosti správce daně prověřit přihlášku, jak dovodil krajský soud. Opačný závěr popírá povinnost vydat ve stanovené lhůtě výzvu i obecně regulaci vrchnostenského oprávnění daňové správy obsaženou v daňovém řádu.
[10] Stěžovatel zdůraznil, že správce daně učinil fatální chybu, když druhou přihlášku posoudil jako doplnění odvolání ve věci první přihlášky, což nenapravil ani žalovaný. Připomněl, že orgán veřejné moci může činit jen to, co mu platná právní úprava umožňuje, jinak by byla porušena ústavně zaručená práva stěžovatele.
[11] Stěžovatel závěrem namítl, že krajský soud nepřípadně odkázal na judikaturu Nejvyššího správního soudu k průtahům v řízení. Absence výzvy podle § 128 daňového řádu by způsobila nezákonnost správního rozhodnutí, i kdyby k jeho vydání došlo včas, tedy ve třicetidenní lhůtě. Stěžovatel se ohradil také proti závěru krajského soudu, že nemožnost konkludentní registrace potvrzuje rozsudek o nečinnostní žalobě stěžovatele. Stěžovatel se totiž nečinnostní žalobou domáhal, aby bylo správci daně uloženo rozhodnout o přihlášce kladně, avšak soud se otázkou, jaké rozhodnutí lze vydat, vůbec nezabýval.
[12] Žalovaný ve svém vyjádření navrhl kasační stížnost zamítnout jako nedůvodnou. Připomněl, že stěžovatel nerozporuje, že nesplnil zákonné podmínky pro registraci k DPH. Krajský soud dle žalovaného postupoval správně, k procesnímu pochybení nevydáním výzvy dle § 128 daňového řádu nedošlo a stěžovatel nebyl nijak zkrácen na svých právech. Daňové orgány ověřovaly podmínky pro registraci, stěžovatel byl se zjištěnými skutečnostmi seznámen a byl mu poskytnut prostor pro doložení dalších důkazních prostředků k odstranění pochybností o jeho ekonomické činnosti. V případě stěžovatele byl postup komplikovanější než standardní podání přihlášky, vyjasnění pochybností postupem dle § 128 daňového řádu a vydání rozhodnutí. Názor stěžovatele označil žalovaný za formalistický a nesprávný. Stěžovatel nemohl očekávat, že daňové orgány rozhodnou o jeho druhé přihlášce kladně, aniž by předložil další důkazy – důkazy předložené ke druhé přihlášce byly vyhodnoceny v jeho neprospěch již ve správním i navazujícím soudním řízení o první přihlášce, což stěžovatel věděl. Žalovaný též souhlasil s krajským soudem, že lhůta pro vydání rozhodnutí o registraci není propadná, její nedodržení neznamená fikci kladného rozhodnutí či konkludentní registraci, jak dovozuje stěžovatel, ale toliko nečinnost. Uzavřel, že argumenty stěžovatele jsou nedůvodné, nemají oporu v zákoně a žalovaný ani správce daně nijak nepochybili, když zohlednili všechny získané informace.
[13] Stěžovatel zareagoval na vyjádření žalovaného replikou. Nesouhlasil, že šlo o komplikovanější postup – šlo o jednoduchý postup spočívající v podání přihlášky a vyjasnění pochybností postupem dle § 128 daňového řádu, ale fatální chyba správce daně i žalovaného při posuzování přihlášky tento jednoduchý postup znemožnila. Ohradil se také proti označení přístupu stěžovatele za formalistický, jelikož výkon vrchnostenského oprávnění při správě daní je možný pouze v mezích daňového řádu a trvání na dodržení těchto mezí není formalistické.
III. Právní hodnocení Nejvyššího správního soudu
[14] Nejvyšší správní soud posoudil formální náležitosti kasační stížnosti a shledal, že byla podána včas, osobou k tomu oprávněnou, směřuje proti rozhodnutí, proti němuž je podání kasační stížnosti přípustné, z důvodů, které zákon připouští, a stěžovatel je zastoupen advokátem (§ 102 a násl. s. ř. s.). Poté přistoupil k přezkumu rozsudku krajského soudu v rozsahu kasační stížnosti a v rámci uplatněných důvodů. Ověřil také, zda netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).
[15] Kasační stížnost není důvodná.
[16] Podle § 128 odst. 1 daňového řádu [s]právce daně prověří údaje uvedené daňovým subjektem v přihlášce k registraci nebo v oznámení o změně registračních údajů a v případě pochybností o jejich správnosti nebo úplnosti vyzve daňový subjekt, aby údaje vysvětlil, doložil, popřípadě doplnil nebo změnil, a zároveň stanoví lhůtu, v níž je daňový subjekt povinen tak učinit.
[17] Podle § 128 odst. 2 daňového řádu [v]yhoví‑li daňový subjekt výzvě ve stanovené lhůtě, hledí se na přihlášku k registraci nebo na oznámení o změně registračních údajů, jako by bylo podáno bez vady v den původního podání. Je‑li výzvě vyhověno až po uplynutí lhůty, považuje se přihláška k registraci nebo oznámení o změně registračních údajů za podané tímto dnem.
[18] Podle § 129 odst. 1 daňového řádu [s]právce daně rozhodne o registraci ve lhůtě 30 dnů ode dne podání přihlášky, popřípadě ode dne odstranění jejích vad; ve zvlášť složitých případech může tuto lhůtu prodloužit nejblíže nadřízený správce daně.
[19] Nejvyšší správní soud předně uvádí, že napadený rozsudek je přezkoumatelný, tedy dostatečně a srozumitelně odůvodněný, jak vyžaduje judikatura (ke konkrétnímu obsahu pojmu nepřezkoumatelnosti srov. rozsudky ze dne 4. 12. 2003, č. j. 2 Ads 58/2003‑75, č. 133/2004 Sb. NSS, ze dne 14. 7. 2005, č. j. 2 Afs 24/2005‑44, č. 689/2005 Sb. NSS, ze dne 29. 7. 2004, č. j. 4 As 5/2003‑52, nebo ze dne 16. 12. 2008, č. j. 1 Ao 3/2008‑136, č. 1795/2009 Sb. NSS). Z napadeného rozsudku je zřejmé, jakými úvahami se krajský soud při rozhodování řídil a z jakých důvodů nepřisvědčil žalobním námitkám stěžovatele. Především je z něj seznatelné, proč nepovažoval za vadu mající vliv na zákonnost skutečnost, že správce daně v řízení o druhé přihlášce stěžovatele nevyzval k odstranění pochybností podle § 128 odst. 1 daňového řádu.
[20] Důvodným Nejvyšší správní soud neshledal ani uplatnění kasačního důvodu podle § 103 odst. 1 písm. b) s. ř. s. Skutkový stav byl správními orgány zjištěn dostatečně, má oporu ve spisech a rozhodnutí správních orgánů jsou srozumitelná.
[21] Co se týče věcného posouzení ze strany krajského soudu, smyslem výzvy podle § 128 odst. 1 daňového řádu je, aby byly daňovému subjektu sděleny pochybnosti správce daně a bylo mu umožněno na tyto pochybnosti reagovat a rozptýlit je. Případná vadnost výzvy přitom může být zhojena dalším průběhem řízení (srov. rozsudek NSS ze dne 24. 5. 2023, č. j. 2 Afs 55/2022‑33, odst. [13] a [14] a tam citovanou judikaturu). V případě, že daňový subjekt sdělené pochybnosti správce daně nevyvrátí, správce daně v souladu s § 129 odst. 1 daňového řádu rozhodne o zamítnutí registrace (srov. rozsudky NSS ze dne 16. 8. 2018, č. j. 9 Afs 216/2018‑47, odst. [28], nebo ze dne 3. 12. 2020, č. j. 7 Afs 137/2020‑21, odst. [16]).
[22] V projednávané věci není sporné, že správce daně výzvu podle § 128 odst. 1 daňového řádu nevydal a rovnou rozhodl o zamítnutí v pořadí druhé přihlášky. Nejvyšší správní soud přisvědčil stěžovateli, že není správný dílčí závěr krajského soudu, že absence výzvy podle § 128 odst. 1 daňového řádu byla zhojena řízením o dřívější přihlášce. Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 2 Afs 218/2021‑30, kterým je kasační soud v nynějším řízením vázán, potvrdil, že řízení o jedné a druhé přihlášce k registraci k DPH jsou samostatnými řízeními (viz především odst. [26] až [29] citovaného rozsudku). Stěžovatel proto měl být v nynějším řízení samostatně seznámen s pochybnostmi daňových orgánů a formálně dostat prostor k jejich odstranění. To se však stalo.
[23] Podstatné je, jak popsal i krajský soud v bodech 18. a 23. napadeného rozsudku a stěžovatel to nijak nezpochybňuje, že stěžovatel byl v odvolacím řízení seznámen se zjištěnými skutečnostmi (seznámení ze dne 10. 10. 2023) včetně pochybností žalovaného o správnosti registračních údajů obsažených v přihlášce ze dne 10. 8. 2018 a měl možnost na tyto sdělené pochybnosti reagovat. Žalovaný v tomto seznámení stěžovateli také sdělil, že bude vycházet z důkazních prostředků zjištěných v rámci předchozího řízení o obou přihláškách, s jejichž hodnocením je stěžovatel obeznámen. Toto sdělení je dle kasačního soudu v souladu s poznámkou Nejvyššího správního soudu v rozsudku č. j. 2 Afs 218/2021‑30, odst. [29], že přihláška k DPH se posuzuje mimo jiné v kontextu všech informací, které jsou správci daně známy z jeho úřední činnosti. Správce daně byl citovaným rozsudkem v dalším řízení vázán. Seznámením ze dne 10. 10. 2023 tedy byl naplněn smysl výzvy podle § 128 odst. 1 daňového řádu a zhojena vada spočívající v absenci výzvy v řízení před správcem daně. Nejvyšší správní soud proto souhlasí s krajským soudem, že pochybení správce daně spočívající v nevydání výzvy podle § 128 odst. 1 daňového řádu neznamená vadu, která by měla vliv na zákonnost napadených správních rozhodnutí. Celkový závěr napadeného rozsudku je správný.
[24] Ani ostatním kasačním námitkám Nejvyšší správní soud nepřisvědčil. K nedodržení třicetidenní lhůty podle § 129 odst. 1 daňového řádu uvádí, že tato lhůta není propadná, jak tvrdí stěžovatel, ale pořádková, jelikož není stanoven žádný následek nedodržení lhůty ani nemožnost po uplynutí lhůty rozhodnout (srov. rozsudek NSS ze dne 19. 12. 2017, č. j. 9 As 298/2016‑24, odst. [23], k tomu, kdy se jedná o lhůtu pořádkovou a kdy o propadnou; obdobně viz komentářovou literaturu SCHILLEROVÁ, A. § 129 [Odstranění pochybností v registrovaných údajích a rozhodnutí o registraci]. In: BAXA, J. a kol. Daňový řád. Komentář. Wolters Kluwer [cit. 2026-7-21] Dostupné v systému ASPI). Uvedený závěr podporuje také skutečnost, že stěžovatel se rozhodnutí o jeho druhé přihlášce domohl nečinnostní žalobou, což představuje další důvod neopodstatněnosti této kasační námitky o nedodržení lhůty. Je více než zřejmé, že lhůta podle § 129 odst. 1 daňového řádu v případě druhé přihlášky stěžovatele nebyla dodržena, avšak proto se také domáhal ochrany nečinnostní žalobou a mohl být úspěšný.
[25] V souvislosti s tím Nejvyšší správní soud na rozdíl od stěžovatele nepovažuje za nepřípadný odkaz krajského soudu na judikaturu k průtahům v řízení v závěru napadeného rozsudku. Krajský soud uvedeným reagoval právě na překročení lhůty podle § 129 odst. 1 daňového řádu ze strany daňových orgánů, které však dle něj nemělo vliv na zákonnost napadených rozhodnutí.
[26] S krajským soudem lze souhlasit také v tom, že nemožnost konkludentní registrace po uplynutí lhůty podle § 129 odst. 1 daňového řádu potvrzuje rozsudek ve věci nečinnostní žaloby. Pokud by totiž uplynutím lhůty došlo k registraci stěžovatele, nemohl by být se svou nečinnostní žalobou úspěšný. Není přitom relevantní, že stěžovatel se dle vlastního tvrzení domáhal kladného rozhodnutí o přihlášce, tedy registrace k DPH. Nejvyšší správní soud stěžovateli v rozsudku č. j. 2 Afs 218/2021‑30, odst. [27], vysvětlil, že soud nemůže správnímu orgánu ukládat, jak má o věci rozhodnout.
[27] Případná není ani námitka, že správce daně pochybil při posouzení povahy druhé přihlášky. Tato otázka byla předmětem řízení ve věci ochrany proti nečinnosti, tedy se míjí s předmětem tohoto řízení, ve kterém již správce daně přihlášku v souladu se závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu posoudil správně jako samostatnou a rozhodl o ni.
IV. Závěr a náklady řízení
[28] Nejvyšší správní soud kasačním námitkám nepřisvědčil a neshledal ani vadu, ke které by musel přihlédnout z úřední povinnosti. Kasační stížnost proto zamítl podle § 110 odst. 1, věty poslední, s. ř. s.
[29] Výrok o náhradě nákladů řízení se opírá o § 60 odst. 1 s. ř. s., ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatel, který neměl ve věci úspěch, nemá právo na náhradu nákladů řízení, a žalovanému nevznikly náklady nad rámec úřední činnosti.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 22. července 2026
JUDr. Radan Malík
předseda senátu
