V daném případě stěžovatel napadl rozhodnutí o propadnutí cca 18.000 litrů motorové nafty, resp. rozhodnutí KS v Plzni, který uvedené rozhodnutí Generálního ředitelství cel potvrdil.
Důvodem pro propadnutí nafty byl fakt, že stěžovatel vezl náklad nafty určené k prodeji a při kontrole ze strany celníků neměl k dispozici doklad o dopravě dle § 5 zákona o spotřebních daních.
Jelikož v mezidobí část nafty prodal, nemohl sloužit k prokázání zdanění doklad o nákupu na celý náklad, ale měl si vypsat doklad o dopravě po každém stočení nafty. Řidič to však neučinil (soud potvrdil, že takovou povinnost měl a § 42d zákona o spotřebních daních není neústavní) a disponoval pouze dokladem o nákupu nafty a dvěma stáčecími lístky. Množství nafty však odpovídalo a bylo doloženo její zdanění, přesto příslušný celní úřad přistoupil k rozhodnutí o propadnutí výrobků.
NSS takový postup odmítl a rozhodl, že uložení takto tvrdého trestu v případě, kdy byly podmínky pro přepravu fakticky splněny a došlo jen k drobnému administrativnímu pochybení, není zákonné. Celní úřad měl případně uložit pokutu za nesplnění nepeněžní povinnosti dle 247a Daňového řádu, nikoliv propadnutí věci takové hodnoty.
NSS rovněž zmínil nutnost aplikovat novější právní úpravu pokud je to pro účastníka řízení (o uložení trestu) výhodnější, což v daném případě nastalo - právní úprava pro rok 2016, kdy CÚ rozhodoval, byla mírnější než úprava pro rok 2015, kdy k pochybení došlo.
Za zmínku stojí zejména následující pasáž, která je využitelná i v dalších podobných případech, tedy pokud zákon vyžaduje specifický doklad pro prokázání skutečností, ale plátce (poplatník) jej nemá, ale je skutečnosti schopen prokázat náhradním způsobem. V takových případech je tedy nutné situaci posoudit jako pochybení, které může mít za následek uložení sankce za porušení zákona, ale nelze v daném případě formalisticky považovat skutečnost za neprokázanou. Prokazování skutečností náhradním způsobem by tedy mělo být standardní možností, i když tak zákon výslovně nestanoví.
5 Afs 93/2008 - 94, publ. pod č. 2225/2011 Sb. NSS: „Je zřejmé, že § 5 zákona o spotřebních daních představuje speciální ustanovení ve vztahu k § 31 odst. 4 daňového řádu, podle něhož lze jako důkazních prostředků užít všech prostředků, jimiž lze ověřit skutečnosti rozhodné pro správné stanovení daňové povinnosti a které nejsou získány v rozporu s právními předpisy. Zákon o spotřebních daních na rozdíl od obecné právní úpravy preferuje jako důkazní prostředek k prokázání zdanění vybraných výrobků, zde tedy minerálních olejů, perfektní daňový doklad (resp. jiný zákonem specifikovaný doklad) obsahující veškeré zákonem požadované náležitosti. To ovšem na druhou stranu nelze vykládat tak, že případně chybějící či nesprávně uvedené náležitosti daňového dokladu (či jiných dokladů dle § 5 zákona o spotřebních daních) by nebylo možné za žádných okolností nahradit jiným důkazem prokazujícím zdanění vybraného výrobku. § 5 odst. 1 zákona o spotřebních daních sice neobsahuje na rozdíl např. od § 73 odst. 11 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, výslovný odkaz na možnost nahradit chybějící náležitosti daňového dokladu jinými důkazy, ovšem ani tuto možnost nevylučuje. Takový výklad § 5 zákona o spotřebních daních, který by zcela vylučoval možnost přihlédnout k jiným skutečnostem a důkazům, než je daňový či jiný v tomto ustanovení uvedený doklad, a to i tehdy, pokud by tyto skutečnosti jednoznačně svědčily pro zdanění vybraných výrobků spotřební daní, by nebyl racionální a neodpovídal by smyslu ani účelu daného ustanovení, jímž je vytvořit podmínky pro splnění povinnosti prokázat, že byly vybrané výrobky řádně zdaněny spotřební daní. Tento závěr ostatně vyplývá také z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 6. 2008, č. j. 5 Afs 35/2008 - 53, www.nssoud.cz, dle něhož osoba, která dopravuje ve větším množství (§ 4 odst. 3 zákona o spotřebních daních) vybrané výrobky podléhající spotřební dani, aniž prokáže příslušným dokladem dle § 5 citovaného zákona, případně jiným způsobem, že se jedná o vybrané výrobky zdaněné, nebo pokud neprokáže způsob jejich nabytí oprávněně bez daně, stává se dle § 4 odst. 1 písm. f) citovaného zákona plátcem spotřební daně.“ (zvýrazněno soudem)
Aktualizace únor 2019: NSS řešil podobnou kauzu, kdy však stěžovatel nepředložil žádný doklad, tedy ani doklad o nákupu. V tomto případě dal NSS za pravdu celnímu úřadu a propadnutí nafty umožnil - blíže viz 4 Afs 385/2018
