15 Af 12/2025 - 55 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	15 Af 12/2025 - 55
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	21. 10. 2025
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

žalobkyně: YOUR SYSTEM, spol. s r.o., IČO: 001 74 939

se sídlem Türkova 5b, Praha 4

zastoupená advokátem JUDr. Martinem Bohuslavem

se sídlem Italská 67, Praha 2

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství

se sídlem Masarykova 31, Brno

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 14. 4. 2025, č. j. 9663/25/5200-11433-706478

takto:

Žaloba se zamítá.
Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

Vymezení věci a průběh řízení před správním orgánem

Žalobkyně se žalobou domáhala zrušení rozhodnutí specifikovaného v záhlaví tohoto rozsudku (dále jen „napadené rozhodnutí“), jímž žalovaný zamítl odvolání žalobkyně a potvrdil dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“) ze dne
18. 1. 2024, č. j. 275251/24/2011-52522-109923 (dále jen „dodatečný platební výměr“), kterým byla žalobkyni doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2019 vyšší o 1 980 560 Kč a uložena povinnost uhradit penále ve výši 396 112 Kč.
Soud ze správního spisu zjistil, že se žalobkyně v předmětném zdaňovacím období věnovala dvěma projektům označeným jako „Vývoj nových CRM a ERP řešení“ (dále jen „Projekt VaV1“) a „Vývoj nových nástrojů v oblastech mobilních, informačních a řídících technologií“ (dále jen „Projekt VaV2“). Na tuto svou činnost žalobkyně uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje (dále jen „VaV“) ve smyslu § 34 odst. 4 a násl. zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP“). Správce daně však dospěl k závěru, že odpočet byl uplatněn neoprávněně a na základě zprávy o daňové kontrole ze dne 3. 1. 2024, č.j. 880723/23/
2403-60562-405296 vydal dodatečný platební výměr. Podle správce daně žalobkyně neprokázala splnění formálních podmínek pro uplatnění odpočtu. Správce daně jí konkrétně vytýkal obecné vymezení cílů projektů, nedodržení stanoveného způsobu kontroly řešení projektů a nedoložení změn personálního zajištění projektů (§ 34c odst. 1 písm. c), e) a f) ZDP). Proti dodatečnému platebnímu výměru podala žalobkyně odvolání, které bylo napadeným rozhodnutím zamítnuto.
V odůvodnění napadeného rozhodnutí žalovaný po shrnutí skutkového a právního základu věci uvedl, že právo uplatnit odpočet na VaV je beneficiem, přičemž daňový subjekt musí splnit veškeré podmínky stanovené zákonem (a stát je oprávněn přísně posuzovat jejich dodržení). Mezi formální zákonné požadavky patří povinnost vypracovat písemný projekt s náležitostmi podle § 34c ZDP. Pokud nejsou splněny formální náležitosti, je nadbytečné se dále zabývat otázkou naplnění věcných požadavků.
Žalovaný následně vysvětlil, že na rozdíl od správce daně považuje ohledně vymezení cílů projektů požadavek § 34c odst. 1 písm. c) ZDP za splněný. Nebylo tedy třeba se dále zabývat s tím souvisejícím odborným stanoviskem předloženým žalobkyní.
Ohledně vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu ve smyslu § 34c odst. 1 písm. f) ZDP žalovaný uvedl, že zákonodárce tento požadavek stanovil s ohledem na systematičnost a soustavnost. Po zahájení realizace projektu VaV daňový subjekt vede evidence a zajišťuje podklady pro doložení skutečností tvrzených v projektu VaV (tj. uskutečňování kontrolních a hodnotících postupů). Je nutné trvat na prokázání realizace kontrolní činnosti a hodnocení tak, jak byly daňovým subjektem vymezeny v projektové dokumentaci. S ohledem na to žalovaný považoval za důležité vedení průběžné dokumentace, aby bylo možné prokázat, že skutečná realizace projektu VaV odpovídá projektové dokumentaci. Vymezení způsobu kontroly a hodnocení v projektových dokumentacích žalobkyně, které je na hranici přijatelnosti, je obecné a nejde o individualizované nastavení pro dotčené projekty, bylo nicméně akceptováno. Přesto může mít obecné vymezení negativní dopad na unesení důkazního břemene ohledně faktické realizace.
Ze žalobkyní předloženého dokumentu „Metodika projektového řízení“ (dále jen „Metodika“) zmíněného v projektových dokumentacích vyplývá pořizování zápisů z jednání Řídící komise, Výkonného výboru a z každé schůzky. Ty však žalobkyně nepředložila. V Metodice jsou dále vyjmenovány dokumentace pro monitorování a kontrolu, avšak ani jedna z nich nebyla žalobkyní předložena. V projektových dokumentacích zmíněné směrnici „S-07-04 Návrh a vývoj SW“ (dále jen „Směrnice“) se hovoří o projektovém plánu obsahujícím harmonogram realizace, plán jednotlivých sprintů a jejich vyhodnocení (Sprint Review), postup testování, požadavky na součinnosti, kalkulaci nákladů na realizaci atd. Projektový plán a z něj plynoucí dokumenty však žalobkyně ani k jednomu z projektů nepředložila.
Žalobkyně předložila ukázky záznamů (printscreeny) ze systému JIRA, který se podle Směrnice využívá. Neuvedla však, co konkrétně tyto výstupy ve vztahu ke kontrolovaným projektům prokazují. Daný systém byl navíc žalobkyní používán při vývoji všech softwarových nástrojů, nelze tedy odlišit způsob kontroly a hodnocení postupu u software, jež není předmětem výzkumu a vývoje, a software vyvíjeného v rámci projektů. Správce daně potřebuje doložit výstupy, aby mohl zkontrolovat dodržení § 34c odst. 1 písm. f) ZDP, k čemuž si měla žalobkyně obstarat potřebné podklady. Také v odvolacím řízení předložené důkazní prostředky představují dílčí výstupy z programu JIRA a příklady verzování zdrojového kódu popisující fungování samotného softwarového nástroje, nikoli kontrolu předmětných projektů. Nelze z nich dovodit, jaké byly stanoveny parametry a hodnotící kritéria u jednotlivých vývojových aktivit, či zda kontrola a vyhodnocování skutečně proběhly. I přes uvedení identifikačních klíčů u dílčích úloh není zřejmá přímá vazba na jednotlivé dílčí vývojové aktivity uvedené v projektech.
Nebyly předloženy takové důkazní prostředky, ze kterých by uceleně vyplynulo, podle čeho se řešené projekty po věcné stránce hodnotily a zda či do jaké míry bylo jejich řešení úspěšné
(jak a kdy bylo dosahováno jednotlivých milníků), případně jaká opatření byla v případě neúspěchu přijata. Není zřejmé ani to, kdy byly projekty dokončeny a s jakým výsledkem. Z předložených dokumentů nevyplývá nic konkrétního o samotném obsahu kontroly a hodnocení (ani nelze určit, co by mělo být považováno za úspěšnou či neúspěšnou realizaci). Žalobkyně se zavázala kontrolovat projekty podle Metodiky, a v ní uvedené kontrolní postupy tak nelze opomíjet.
Vývoj software je specifický, což žalovaný zohlednil při posouzení naplnění podmínky § 34c
odst. 1 písm. c) ZDP. Vymezení způsobu a kontroly si nastavila sama žalobkyně v projektové dokumentaci, přičemž následně neunesla důkazní břemeno ohledně faktické realizace kontroly a hodnocení. Žalobkyně odkazovala na hodnocení postupu řešení v rámci dílčích úloh plánovaných a vyhodnocovaných v rámci 14denních sprintů, přičemž nijak nedoložila, jak byly tyto dílčí úkoly plánovány, jak byly následně plněny, či jak v případě jejich neúspěchu byly realizovány jejich změny nebo opravy. Žalobkyně nedoložila ani hodnocení jednotlivých dílčích úloh. Neunesla tedy důkazní břemeno ohledně faktické realizace kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků tak, jak si stanovila v projektové dokumentaci. Způsob vymezení kontroly a hodnocení v projektech je nedostačující a nesplňuje nároky § 34c odst. 1 písm. f) ZDP.
Žalobkyně dále nedostála požadavku podle § 34c odst. 1 písm. e) ZDP. Oproti projektu VaV1 uplatnila mzdové náklady pro rok 2018 i na dalšího zaměstnance, který nebyl v projektu uveden jako řešitel a pro rok 2019 na další čtyři zaměstnance, kteří v projektu rovněž nebyli uvedeni. V oddělené evidenci za rok 2019 oproti tomu nefigurují dva zaměstnanci, kteří byli v Projektu VaV1 uvedeni. V případě projektu VaV2 žalobkyně uplatnila mzdové náklady pro rok 2019 na dalších 11 zaměstnanců, kteří nebyli v Projektu VaV2 uvedeni jako řešitelé. V oddělené evidenci za rok 2019 oproti tomu nefiguruje sedm zaměstnanců, kteří byli v Projektu VaV2 uvedeni. Žalobkyně přitom nepředložila průběžnou dokumentaci, z níž by vyplýval důvod změn v personálním zajištění, o jakého pracovníka se jednalo (jméno, příjmení), jeho kvalifikaci, pracovněprávní vztah k žalobkyni a k jakému datu se na konkrétním projektu výzkumu a vývoje podílel. K tomu žalovaný odkázal na informaci Generálního finančního ředitelství č. j. 89174/17/7100-10110-013213 (dále jen „Informace“), kterou, ačkoli není obecně závazným předpisem, lze použít jako výkladové vodítko (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 10. 2006, č. j. 8 Afs 3/2005-5). Žalobkyně průběžnou dokumentaci ke změně personálního zajištění nepředložila. V projektu musí být uvedena každá osoba, která je odborným řešitelem projektu a bylo třeba vysvětlit, na základě jakých nepředvídaných okolností se do jeho řešení zapojili i další pracovníci (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 11. 2024, č. j. 5 Afs 56/2024-70, a ze dne 27. 3. 2025,
č. j. 6 Afs 116/2024-53).

Obsah žaloby

Žalobkyně v prvním žalobním bodě týkajícím se dodržení podmínek § 34c odst. 1 písm. f) ZDP namítla, že má implementován komplexní systém kontroly a hodnocení VaV splňující zákonné požadavky a řádně jej aplikovala, což doložila řadou důkazních prostředků.
Žalobkyní používané metodiky jsou celosvětovým standardem kontroly a hodnocení vývoje software. Agilní metoda SCRUM zachycená ve Směrnici staví na rychlém, interaktivním vývoji, kdy se projekt rozděluje na krátké časové úseky zvané sprinty a všechny kroky se detailně evidují v příslušném software (systém JIRA) a jako taková je použitelná pro předmětné projekty. Na začátku každého sprintu probíhá tzv. sprint planning a na konci tzv. sprint review. Žalovaný této metodě neporozuměl a jeho závěry o jejím nedodržení jsou nesprávné. Směrnice stanovuje jasný a konkrétní postup kontroly a hodnocení vývoje software. Požadavek žalovaného, aby ze způsobu kontroly a hodnocení projektů bylo možné rozlišit činnost VaV od ostatních, rutinních činností žalobkyně, je neopodstatněný.
V souladu se Směrnicí byly vymezené cíle projektů rozděleny na okruhy, ty dále na aktivity (s evidenčními čísly). Konečně aktivity byly rozděleny na úkoly (s jednoznačným identifikátorem), prostřednictvím nichž pak byl kontrolován a hodnocen celý VaV. Tomu odpovídají záznamy v systému JIRA, který je online úložištěm, je technicky velmi obtížné z něj provádět export všech existujících podkladů, a proto žalobkyně předložila jednak statistiku úkolů, jednak příklady zápisů v JIRA k jednotlivým sprintům. Žalobkyně (mimo jiné i k žalobě) předložila například důkazy o dělení aktivity „Vývoj nové grafické pokladny“ spadající pod okruh „Řídící systémy Octopos a Octomat“ a projekt VaV2 na jednotlivé úkoly (sprinty) včetně unikátních identifikátorů, data jejich vytvoření, shrnutí zadání a zkontrolování a vyhodnocení, zda bylo zadání naplněno. Ke každému sprintu existuje zadání (ke kterému jsou průběžně při jeho řešení ukládány detailní záznamy a které je na konci sprintu vyhodnoceno), jaké dílčí úlohy do něj spadají, kdo za něj zodpovídá a kdy byl vytvořen. Není zřejmé, na základě čeho žalovaný zpochybňuje obsah záznamů ze systému JIRA, když je označuje za pouhé grafické ukázky. Těmito důkazy žalobkyně prokázala dodržení celého cyklu kontroly a hodnocení sprintů. Žalovaný tyto důkazy po obsahové stránce nezpochybnil, pouze měl výhrady k množství předložených důkazních prostředků, které je však dáno objektivními technologickými omezeními. Žalobkyní předložený vzorek prokazuje dodržení stanoveného způsobu kontroly a hodnocení ve smyslu § 34c odst. 1 písm. f) ZDP.
K tvrzení žalovaného, že nepředložila informace podle kapitol 4.1 až 4.4 Směrnice, žalobkyně uvedla, že tyto informace jsou obsaženy v samotných projektech. Logicky platí, že kritériem průběžné kontroly a hodnocení realizace projektů byly samotné (dílčí) cíle těchto projektů, které žalovaný označil za dosažitelné a vyhodnotitelné. Hodnocení řešení projektů nespočívalo na žalovaným mylně požadovaném závěrečném hodnocení, ale na postupné realizaci a vyhodnocování sprintů až do dosažení cílů projektů. Požadavek žalovaného na závěrečné hodnocení je tedy bez opory. Dále v napadeném rozhodnutí zmíněné metodiky nejsou v předmětných projektech stanoveny jako závazný způsob hodnocení jejich kontroly a řešení (v tomto ohledu nejsou relevantní), ale slouží k projektovému řízení.
Ve druhém žalobním bodu žalobkyně označila za nezákonné závěry žalovaného týkající se § 34c odst. 1 písm. e) ZDP. Toto ustanovení je třeba vykládat s ohledem na prospektivní povahu projektů VaV, tedy jde pouze o předpoklad v době vypracování daného projektu. Z objektivních důvodů (které žalobkyně vysvětlila, což žalovaný nezohlednil) nastala nutnost personálních změn. Zákon výslovně neupravuje, jak na takovou situaci reagovat. Žalobkyně nicméně tyto změny evidovala v mzdové evidenci a evidenci odpracované doby, zapojení konkrétních pracovníků bylo sledováno také v systému JIRA. Žalobkyně naplnila § 34c odst. 1 písm. e) ZDP, jelikož uvedla všechny osoby, které se na řešení projektů měly podílet a následně evidovala změny. Informace není právně závazná a zejména z ní nevyplývá, že je potřeba zaznamenávat objektivní důvody změn v personálním zajištění řešení projektů VaV v konkrétní formě, jak dovozuje žalovaný. Žalovaný de facto požaduje vedení evidence změn ve smyslu právní úpravy účinné od 1. 4. 2019, která se ale vzhledem k přechodným ustanovením na nyní řešené projekty nevztahuje. Odkaz žalovaného na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 3. 2025, č. j. 6 Afs 116/2024-53, je nepřiléhavý, jelikož se jednalo o skutkově odlišnou situaci (stěžovatelka neuvedla všechny zaměstnance, kteří se na řešení projektu podíleli).

Vyjádření žalovaného

Žalovaný ve vyjádření k žalobě navrhl její zamítnutí a odkázal na odůvodnění napadeného rozhodnutí. Dále zopakoval vybrané závěry s tím, že se s námitkami žalobkyně již dostatečně vypořádal. Nad rámec odůvodnění napadeného rozhodnutí ohledně prvního žalobního bodu odmítl výtku, že Metodika neslouží k hodnocení a kontrole projektů VaV, ale k projektovému řízení. Uvedené důkazní prostředky byly žalobkyní předloženy v souvislosti s interními pravidly pro kontrolu a vyhodnocování plnění plánů a měly detailněji vymezovat způsob hodnocení a kontroly. Žalovaný se jimi proto blíže zabýval, přičemž dospěl k závěru, že z nich nevyplývá, na základě jakých parametrů byly řešené projekty hodnoceny. Z předložených důkazních prostředků nevyplývá nic konkrétního o samotném obsahu kontroly a hodnocení.
Stran druhého žalobního bodu žalovaný dodal, že závěru spočívajícímu v nutnosti uvést v projektu VaV veškeré osoby, které se na řešení projektu mají odborně podílet, svědčí i vývoj dotčené právní úpravy. Bylo totiž doplněno, že je třeba uvést jména všech osob, které budou zajišťovat řešení projektu. Stejný názor zastává i odborná literatura. K přiléhavosti rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 3. 2025, č. j. 6 Afs 116/2024-53 žalovaný uvedl, že ač jeho skutkový základ není totožný, tak z něj plynoucí závěr, že je povinností uvést veškeré pracovníky, kteří se měli podílet na odborném řešení, a případně vysvětlit, na základě jakých nepředvídatelných okolností
se do řešení projektu zapojili i další, lze použít i v nynějším případě. Žalovaný po žalobkyni nepožadoval vedení evidence změn ve smyslu § 34c odst. 4 ZDP ve znění účinném od 1. 4. 2019.

Ústní jednání před Městským soudem v Praze

Při ústním jednání před soudem konaném dne 21. 10. 2025 setrvali účastníci řízení na svých dosavadních procesních stanoviscích.
Právní zástupce žalobkyně zopakoval, že v projektech bylo uvedeno, že budou realizovány a hodnoceny na základě Směrnice. Ta je poměrně stručná, jejím obsahem je shrnutí odvětvové metodiky návrhu vývoje a hodnocení software. Způsoby hodnocení reagují na to, jak funguje dané odvětví. V oblasti vývoje software funguje agilní inkrementální vývoj probíhající v jednotlivých sprintech. V IT nelze hledat chybu v kódu až na konci celého procesu vývoje. Cílem projektu je vyvinout požadované aplikace. Uvedený inkrementální vývoj je popsán ve sprintech. Všechno programování má obdobný způsob hodnocení, neboť dobře reaguje na to, jak daný vývoj probíhá. Požadavek judikatury na systematičnost a soustavnost naplňují sprinty, které jsou dvoutýdenní.
K tvrzení, že není zřejmé, za splnění jakých podmínek by byl projekt považován za úspěšný, právní zástupce žalobkyně uvedl, že na to odpovídají sprinty a Směrnice. Každý sprint má na počátku vlastní zadání (rozpad velkého programu na malé části), přičemž u každého zadání se po dvou týdnech vyhodnotí, zda bylo naplněno. Sprinty mají tedy jasnou návaznost. Finálním úspěšným stavem je pak nasazení aplikace do produkce. Každý projekt je rozdělen na okruhy, které se dále dělí na jednotlivé aktivity a tyto se ještě dále dělí na sprinty. V systému JIRA k tomu existuje cca 400 záznamů. Je přitom zřejmé, co je obsahem sprintu a současně jde o důkaz o provedené práci (je zřejmá návaznost do nákladové evidence). Seznam úloh ze systému JIRA byl předložen a bylo ukázáno, jak vypadají jednotlivé záznamy. Stran personálního zajištění projektů právní zástupce žalobkyně uvedl, že osoby řešící projekty uvedeny byly, ale v průběhu vývoje došlo k některým změnám (odchody ze společnosti, personální náročnost). V době vypracování projektů ZDP pojem změnová evidence neznal. Požadavek na vedení změnové evidence neplyne ani z Informace. Žalobkyně vedla nákladovou evidenci, z níž jsou změny patrné a zároveň vedla evidenci v systému JIRA.
Žalovaný při jednání odkázal na odůvodnění napadeného rozhodnutí a konstatoval, že nebyly naplněny zákonné podmínky uplatnění odpočtu VaV. Žalobkyně neprokázala, že by dodržela postup kontroly a hodnocení, který si sama stanovila. V případě personálního zjištění nebyla předložena průběžná evidence změn osob podílejících se na projektech.
Po poučení ze strany soudu, že důkaz správním spisem se v řízení před správními soudu neprovádí, protože k obsahu správního spisu soud při rozhodování přihlíží z úřední povinnosti, vzal právní zástupce žalobkyně veškeré v žalobě obsažené důkazní návrhy zpět. Žalovaný žádné důkazní návrhy neměl. Soud tedy při ústním jednání dokazování nedoplňoval.

Posouzení věci Městským soudem v Praze

Městský soud v Praze přezkoumal napadené rozhodnutí i řízení, které mu předcházelo, a to v rozsahu žalobních bodů, kterými je vázán, přičemž vycházel ze skutkového a právního stavu v době vydání rozhodnutí [§ 75 odst. 1, 2 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“)].
Soud vyšel při posouzení věci z následně uvedené právní úpravy:
Podle § 34 odst. 4 ZDP od základu daně lze odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání.
Podle § 34c odst. 1 ZDP projektem výzkumu a vývoje se rozumí dokument, ve kterém poplatník před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje a který obsahuje

e) jména všech osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi,

f) způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků.

Podle § 34c odst. 2 ZDP projekt výzkumu a vývoje musí být schválen poplatníkem před zahájením jeho řešení.
K povaze odpočtu na podporu VaV se Nejvyšší správní soud uceleně vyjádřil například v rozsudku ze dne 22. 11. 2024, č. j. 5 Afs 6/2024-70, v němž uvedl, že: „Odčitatelná položka (odpočet) na podporu výzkumu a vývoje představuje nepřímou podporu výzkumu a vývoje. Náklady vynaložené na realizaci výzkumu a vývoje mohou být de facto uplatněny dvakrát, jednou jako daňově uznatelné náklady ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů a podruhé právě podle § 34 odst. 4 téhož zákona (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014-56, viz také rozsudek ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018-41, č. 3977/2020 Sb. NSS). Právě s ohledem na tuto „poutavost“ stanoví zákon o daních z příjmů řadu formálních a materiálních podmínek, jejichž splnění je nutné k odpočtu nákladů od základu daně vyžadovat. Prvotní klíčovou podmínkou je vypracování a předložení formalizovaného projektu výzkumu a vývoje, který slouží jako základní a ucelený dokument, jímž daňový subjekt v budoucnu správci daně prokáže nárok na uplatnění odpočtu nákladů na výzkum a vývoj. Konkrétní povinné náležitosti projektu výzkumu a vývoje stanoví zákon o daních z příjmů (viz výše). Jak uvedl Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017-53, zákonné vymezení toho, co konkrétně má projekt výzkumu a vývoje obsahovat, nelze jednoduše přejít a prověření, zda projekty výzkumu a vývoje daňového subjektu dostály zákonným požadavkům na obsah, označit za přepjatý formalismus. Formalizovaný projekt je jedním z nástrojů zabránění zneužívání institutu odpočtu nákladů vynaložených na výzkum a vývoj. Formální náležitosti nejsou pouhým doplňkem, jehož nesplnění by bylo možné zhojit předložením jiných dokladů (viz také rozsudek NSS ze dne 18. 2. 2022, č. j. 1 Afs 5/2021-32). Písemný projekt výzkumu a vývoje není dokumentem samoúčelným (srov. rozsudek NSS ze dne 12. 10. 2021, č. j. 1 Afs 163/2021-52), atraktivita tohoto odpočtu odůvodňuje to, aby požadavky na splnění podmínek takového odpočtu byly přísnější. Také v rozsudku ze dne 22. 7. 2022, č. j. 8 Afs 169/2020-56, Nejvyšší správní soud posuzoval oprávněnost uplatněného odpočtu na výzkum a vývoj. K samotnému odpočtu uvedl následující: „Jedná se tak de facto o daňový bonus. To poplatníka zvýhodňuje oproti jiným subjektům na trhu a poskytuje mu tak konkurenční výhodu. Tato skutečnost již sama o sobě odůvodňuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání oprávněnosti odpočtu. Jde-li o nadstandardní benefit, musí daňový subjekt vycházet z toho, že po něm může být požadováno prokázání splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených.“ Nejvyšší správní soud proto zdůrazňuje, že již jen nesplnění jediné formální náležitosti projektu má za následek, že nárok na odpočet nelze uznat (viz výše uvedený rozsudek NSS č. j. 6 Afs 60/2014-56 anebo rozsudky NSS ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016-20, a ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020-49, č. 4379/2022 Sb. NSS). V případě nesplnění formálních požadavků tedy už ani není nutno se zabývat splněním věcných podmínek, které zákon stanoví pro vznik nároku na odpočet. Chybějící formální náležitosti v předložených projektech nelze dodatečně zhojit odkazem na další dokumentaci či podklady dokumentující vlastní realizaci jednotlivých projektů (viz blíže rozsudky NSS ze dne 9. 9. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019-54, a ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021-57).“
První žalobní bod se týká požadavku podle § 34c odst. 1 písm. f) ZDP. Žalovaný v napadeném rozhodnutí vyhodnotil vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektů v projektových dokumentacích jako ještě dostatečné, ač z důvodu jeho obecnosti na hranici přijatelnosti (s tím, že toto obecné vymezení může mít negativní dopad na unesení důkazního břemene stran faktické realizace). Spornou je tedy otázka, zda žalobkyně prokázala faktickou realizaci způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektů a dosažených výsledků, jak byl samotnou žalobkyní vymezen. Existenci uvedené povinnosti žalobkyně v žalobě nerozporovala, a soud tak pro stručnost odkazuje na odůvodnění napadeného rozhodnutí, zejména na v něm zmíněné rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016-51
a ze dne 28. 3. 2024, č. j. 9 Afs 215/2023-39.
V projektových dokumentacích dotčených projektů žalobkyně v kapitole 3 vymezila způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu následovně: „Projekt bude standardně kontrolován a vyhodnocován dle interních pravidel Společnosti v rámci příslušných porad a kontroly plnění plánu. Společnost má nastaveny a implementovány metodiky projektového řízení PRINCE2 – Metodika projektového řízení, Metodika vedení SW projektů. Projekt bude realizován na základě směrnice S-07-04 pro řízení návrhu a vývoje SW produktů.“ Ve vztahu k Projektu VaV1 žalobkyně navíc stanovila, že „Vývojové činnosti Projektu budou ukládány a vyhodnocovány v rámci porad týmu“, a ve vztahu k Projektu VaV2 navíc stanovila, že „Dílčí úkoly budou ukládány v rámci porad týmu a průběžně vyhodnocovány“.
Žalovaný se předně zaměřil na Metodiku, přičemž konstatoval, že žalobkyně nepředložila tyto v ní uváděné dokumenty: zápisy z jednání Řídící komise, Výkonného výboru či z „každé schůzky týmu na každé úrovni“ a dále ani jednu z dokumentací vyjmenovaných jako minimum pro monitorování a kontrolu (Projektový plán, Registr dodávek projektu, Registr rizik a Registr úkolů). Žalobkyně v žalobě tato zjištění nerozporovala, a soud k nim tedy pouze uvádí, že se s nimi ztotožňuje a v podrobnostech odkazuje na body 65 až 72 odůvodnění napadeného rozhodnutí. Žalobkyně ve vztahu k tomuto hodnocení žalovaného namítla, že Metodika není relevantní pro posouzení dodržení způsobu kontroly a hodnocení projektů, jelikož slouží k projektovému řízení a nikoli k hodnocení a kontrole vývoje software (k tomu je Směrnice). S tímto tvrzením však soud nesouhlasí. Žalobkyně v projektových dokumentacích Metodiku výslovně uvedla v kapitole „Způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu“, a to bezprostředně (v návaznosti) po konstatování, že „projekt bude standardně kontrolován a vyhodnocován dle interních pravidel Společnosti v rámci příslušných porad a kontroly plnění plánu“. Tím žalobkyně učinila Metodiku závaznou pro účely určení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení dotčených projektů a dosažených výsledků. Kromě toho žalobkyně k dotazu správce daně na interní pravidla pro kontrolu a vyhodnocování plnění plánů, který jí byl položen při ústním jednání konaném 22. 11. 2022, bez dalšího vedle Směrnice doložila právě Metodiku. Metodika přitom řeší záležitosti kontroly a hodnocení projektu, což jednoznačně vyplývá zejména z některých „pravomocí“ Řídící komise, potažmo Výkonného výboru a podkapitoly „Sledování stavu projektu“. Již právě uvedené postačuje k vyslovení závěru, že žalobkyně neprokázala faktickou realizaci jí samou vytyčeného způsobu kontroly a hodnocení, a nedostála tedy požadavku podle § 34c odst. 1 písm. f) ZDP.
V podobném duchu se žalovaný věnoval obsahu Směrnice. Mimo jiné poukázal na skutečnost,
že se podle Směrnice na začátku zpracovává projektový plán, jehož součástí je kalkulace nákladů na realizaci. Tyto dokumenty však nebyly správci daně předloženy. Žalobkyně v žalobě poznamenala, že dané informace jsou obsaženy v projektových dokumentacích, a další dokumenty by tak byly nadbytečné. K tomu soud uvádí, že veškeré informace, které podle Směrnice projektový plán výslovně obsahuje (harmonogram realizace, plán jednotlivých sprintů, postup testování, požadavky na součinnosti), v projektových dokumentacích bezesporu zahrnuty nebyly.
Žalovaný následně navzdory žalobkyní doloženým podkladům (zejména záznamům ze systému JIRA) konstatoval, že nebyly po věcné stránce definovány parametry kontroly či hodnocení samotných projektů, případně jejich dílčích částí (sprintů), tedy podle jakých kritérií bylo posuzováno řešení projektů jako úspěšné či neúspěšné. Žalovanému nebylo zřejmé ani to, zda a kdy byly projekty (či jejich jednotlivé milníky) dokončeny a s jakým výsledkem, přičemž vyhodnocení výsledků je důležité z hlediska prokázání skutečného vykonání výzkumné a vývojové činnosti, jíž se odpočet týká. Z předložených listin podle žalovaného nevyplývá nic konkrétního o samotném obsahu kontroly a hodnocení. V tomto kontextu je také třeba přistupovat k závěrům žalovaného o předpokladu individuálního nastavení způsobu kontroly a hodnocení u jednotlivých projektů. Soud se žalovaným v tomto smyslu souhlasí, že každý projekt je po věcné stránce odlišný, a proto po věcné stránce musí být odlišné parametry kontroly a hodnocení, které tudíž bez dalšího nelze obsáhnout ve standardizovaných metodikách uplatněných žalobkyní.
Ohledně výstupů ze systému JIRA se soud ztotožňuje se žalovaným, že se jedná o dílčí údaje, z nichž nevyplývá dodržení způsobu hodnocení a kontroly dotčených projektů a ani konkrétní kritéria relevantní pro hodnocení a kontrolu (v tomto ohledu nepostačuje vymezení cílů projektů, jelikož to představuje samostatný formální požadavek projektové dokumentace). Z předložených snímků ze systému JIRA je sice patrné zadání některých úloh či dílčích úloh a uvedení informace o jejich splnění, takto strohé pojetí nicméně nelze považovat za dostatečně konkrétní vymezení způsobu (parametrů) hodnocení a kontroly odpovědnými osobami. S tím souvisí i (nenaplněný) požadavek žalovaného na doložení, kdy byl projekt dokončen a s jakým výsledkem (zda úspěšně). Jedná se o základní předpoklady pro přiznání odpočtu na VaV, které předpokládá i judikatura správních soudů (viz například žalovaným zmiňovaný rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 28. 2. 2018, č. j. 31 Af 35/2016-144 potvrzený rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018-52). Bylo přitom zcela v působnosti žalobkyně a na její odpovědnosti, aby si obstarala dostatečné podklady k prokázání oprávněnosti uplatněného odpočtu na VaV. Kromě toho z předložených podkladů není ani zřejmé, zda se úlohy zachycené na snímcích ze systému JIRA skutečně vztahují k dotčeným projektům, nebo k jiným činnostem žalobkyně (soud má za to, že takové spojení až k samotným projektům nevyplývá ani z číselných identifikátorů připojených k jednotlivým záznamům).
Soud tedy přisvědčuje žalovanému, že žalobkyně neprokázala faktickou realizaci způsobu kontroly stanoveného v dotčených projektech a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, a nenaplnila tak formální náležitosti podle § 34c odst. 1 písm. f) ZDP. První žalobní bod tedy není důvodný.
Ačkoli, jak bylo uvedeno výše, k neoprávněnosti uplatněného odpočtu na VaV postačí nesplnění byť jen jediné z formálních náležitostí (zde podle § 34c odst. 1 písm. f) ZDP), soud se zabýval i otázkou naplnění požadavku podle § 34c odst. 1 písm. e) ZDP obsaženou v druhém žalobním bodě. Smyslem tohoto ustanovení je spoluzajistit naplnění účelu odpočtu na VaV spočívajícího v podpoře „zájmu státu na provádění výzkumu a vývoje jak specializovanými osobami (např. vědeckými ústavy), tak i podnikatelskými subjekty. Zákonodárce tak zamýšlel podpořit provádění výzkumu a vývoje podnikatelskými subjekty, resp. jejich vlastními pracovníky, a tím současně zvýšit zájem podnikatelských subjektů o kvalifikované zaměstnance, což může pozitivně vést ke zvýšení poptávky po vysoce vzdělaných pracovních silách, a tudíž i ke zvýšení jejich zaměstnanosti“ (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 11. 2024,
č. j. 5 Afs 56/2024-70). Z toho důvodu je daňový subjekt povinen v projektové dokumentaci uvést údaje všech osob zajišťujících řešení projektu stanovené v dotčeném ustanovení.
V průběhu realizace projektu jistě může nastat situace, kdy je nutné provést v době vypracování projektové dokumentace neočekávatelné personální změny (srov. posledně citovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu nebo rozsudek téhož soudu ze dne 27. 3. 2025, č. j. 6 Afs 116/2024-53). V takovém případě je s ohledem na zachování co největší možné míry kontinuity s projektovou dokumentací a naplnění výše nastíněného účelu odpočtu (a předejití jeho případného zneužití) zapotřebí, aby z podkladů (aniž by v nynějším případě vyloženě muselo jít o evidenci ve smyslu § 34c odst. 4 ZDP ve znění účinném od 1. 4. 2019, přičemž z napadeného rozhodnutí nelze dovodit, že by žalovaný předložení této evidence po žalobkyni požadoval) evidovaných a doložených daňovým subjektem uceleně a zřetelně vyplývala objektivní nutnost takových personálních změn a jejich důvod, dále údaje podle § 34c odst. 1 písm. e) ZDP ve vztahu k nově zahrnutým odborným pracovníkům a také to, od kdy do kdy se na projektu podíleli (v případě pracovníků vymezených v projektové dokumentaci je časový rámec dán daty zahájení a ukončení projektu, avšak v případě pozdějších personálních změn tomu tak být nemůže). Tomuto pojetí podle soudu odpovídá i znění Informace, podle níž „poplatník v rámci vedení průběžné dokumentace a evidence postupů řešení projektů vede takovou evidenci, která bude změny v personálním zajištění projektu obsahovat.“ Rovněž bylo s ohledem na zajištění souladu deklarovaného a skutečného stavu třeba, aby žalobkyně doložila po obsahové stránce reálné zapojení odborných pracovníků do realizace projektů.
Soud dává žalovanému za pravdu, že žalobkyně ohledně právě uvedeného souboru údajů v celém jeho rozsahu, který byla povinna evidovat, odpovídající dokumentaci nepředložila, a neprokázala tedy naplnění požadavků dle§ 34c odst. 1 písm. e) ZDP. K tomu soud v odpovídající míře obecnosti konstatuje, že veškeré požadované údaje (uceleně) nevyplývají ani ze žalobkyní předložených podkladů v podobě mzdové evidence, evidence doby odpracované na daných projektech (výkazů práce) a snímků ze systému JIRA, které žalobkyně pouze nekonkrétně zmínila v žalobě.
Pokud jde o rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 11. 2024, č. j. 6 Afs 116/2024-53 zmíněný v napadeném rozhodnutí, je pravdou, že jím řešený skutkový stav byl odlišný od skutkového stavu v nyní posuzované věci. Žalovaný nicméně spojil odkaz na tento rozsudek s výkladem, že „povinností stěžovatelky bylo, aby pro úspěšné uplatnění odpočtu na podporu VaV v Projektu uvedla veškeré pracovníky, kteří se měli podílet na jeho odborném řešení, a případně vysvětlit, na základě jakých nepředvídaných okolností se do řešení Projektu zapojili i další pracovníci.“ Jak již bylo vysvětleno výše, tento požadavek je platný i v případě žalobkyně. Ani druhý žalobní bod tedy není důvodný.
Soud neshledal žalobu důvodnou, a proto ji podle § 78 odst. 7 s. ř. s. prvním výrokem rozsudku zamítl.
Žalobkyně nebyla ve sporu úspěšná a žalovanému žádné důvodně vynaložené náklady nad rámec jeho běžné činnosti nevznikly. Soud proto ve druhém výroku rozsudku v souladu s § 60 odst. 1 s. ř. s. rozhodl, že žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud. Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie. Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha 21. října 2025

Mgr. Martin Kříž v. r.

předseda senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje I. V.