15 Af 19/2024 - 78 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	15 Af 19/2024 - 78
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	15. 5. 2025
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

žalobkyně: Janssen-Cilag s.r.o., IČO: 271 46 928

se sídlem Walterovo náměstí 1, Praha 5

zastoupená advokátem JUDr. Martinem Bohuslavem

se sídlem Italská 67, Praha 2

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství

se sídlem Masarykova 31, Brno

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 23. 8. 2024, č. j. 26201/24/5200-11433-706478

takto:

Žaloba se zamítá.
Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

Vymezení věci a průběh řízení před správním orgánem

Žalobkyně se žalobou domáhala zrušení rozhodnutí specifikovaného v záhlaví tohoto rozsudku (dále jen „napadené rozhodnutí“), jímž žalovaný zamítl odvolání žalobkyně a potvrdil rozhodnutí Specializovaného finančního úřadu (dále jen „správce daně“) ze dne 19. 10. 2022,
č. j. 169835/22/4200/11771-203936 a ze dne 24. 2. 2023, č. j. 34620/23/4200-11771-203936 (dále jen „dodatečné platební výměry“), kterými byla žalobkyni doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období let 2017 a 2018 vyšší o 1 081 860 Kč (rok 2017) a o 699 200 Kč (rok 2018) a současně jí vznikla zákonná povinnost uhradit penále ve výši 216 372 Kč (rok 2017) a ve výši 139 840 Kč (rok 2018).
Soud ze správního spisu zjistil, že žalobkyně (resp. její právní předchůdkyně Actelion Pharmaceuticals CZ s.r.o.) v předmětných zdaňovacích obdobích zajišťovala klinické hodnocení léčivých přípravků a léčebných postupů na základě smlouvy uzavřené se společností Actelion Pharmaceuticals Ltd. (dále jen „Actelion“). Na tuto svou činnost žalobkyně uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje (dále jen „VaV“) ve smyslu § 34 odst. 4 a násl. zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP“). Správce daně však dospěl k závěru, že odpočet byl uplatněn neoprávněně a na základě zpráv o daňové kontrole vydal dodatečné platební výměry. Proti nim žalobkyně podala odvolání, o nichž žalovaný rozhodl napadeným rozhodnutím.
V odůvodnění napadeného rozhodnutí žalovaný po shrnutí skutkového a právního základu případu uvedl, že mezi žalobkyní a správce daně je sporné, zda činnosti žalobkyně spočívající v provádění klinických hodnocení účinnosti, bezpečnosti a snášenlivosti léčivých přípravků a léčebných postupů pro Actelion naplňují znaky VaV ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Žalovaný vyjádřil souhlas s názorem správce daně, že v případě provádění klinického hodnocení formou služby pro zadavatele dle přesného zadání se o činnost VaV nejedná, a tudíž nelze nárokovat odpočet na VaV. Tento názor zastává finanční správa setrvale a byl opakovaně potvrzen i v rámci soudního přezkumu (žalovaný odkázal na konkrétní rozsudky správních soudů) a žalovaný nemá důvod se od něj v nynější věci odchýlit. Nešlo o vlastní výzkumnou aktivitu žalobkyně, ale o činnost na základě závazku ze smlouvy, která nenese prvky vlastní výzkumné aktivity (žalobkyně není na počátku ani konci výzkumné aktivity, ale pouze v určité fázi). Žalobkyně prováděla dílčí činnosti (především tzv. monitoring), ovšem až zadavatel je schopen posoudit účinky léčivého přípravku natolik, aby mohl být uveden na trh. Vlastní výzkumná aktivita probíhala u zadavatele klinického hodnocení Actelion. Průběh klinického hodnocení nemohla žalobkyně ovlivnit, jelikož probíhalo na základě pravidel stanovených zadavatelem, a rovněž nenesla výzkumné riziko (dle smlouvy měla příjem zajištěn).
Ke znaleckému posudku předloženému žalobkyní žalovaný s odkazem na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, č. j. 7 Afs 447/2018-55 uvedl, že znalecká kancelář neidentifikovala výchozí stav činností a znalostí žalobkyně a neporovnala jej s koncovým stavem (ani s předcházející činností žalobkyně). Znalecká kancelář tedy nemohla relevantně identifikovat ocenitelný prvek novosti a otázku vyřešení výzkumné a technické nejistoty. Pasáže znaleckého posudku obsahují pouze obecné informace, aniž by odkazovaly na konkrétní dokumenty. K námitce nutnosti zajištění oponentního znaleckého posudku žalovaný podotkl, že podle § 95 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“) není pro správce daně ustanovení znalce povinností, ale možností, a v daném případě to nebylo nutné. Správce daně je dostatečně způsobilý případ posoudit, jelikož problematiku klinického hodnocení léčiv a jeho vztahu k odpočtu běžně posuzuje, přičemž takové závěry byly opakovaně přezkoumány ve správním soudnictví.
Žalobkyně popsala podstoupená rizika obecně a tato se týkala spíše následků a sankcí, které by nesla, pokud by jí vykonávaná činnost na základě smluvního vztahu nebyla odvedena v dostatečné kvalitě a v souladu s pravidly klinické praxe. Žalobkyní uvedená rizika nejsou výzkumná (ta nese zadavatel), odpovídají obchodnímu vztahu a poskytované službě. Relevantní nejistotu představuje například to, že výsledek výzkumu a vývoje nebude použitelný nebo se k žádnému nedospěje a v důsledku toho budou marně vynaloženy náklady (to se však v případě žalobkyně nestalo).
Z obsahu smlouvy mezi zadavatelem a právním předchůdcem žalobkyně je zjevné, že ta vykonává jen dílčí činnosti v rámci konkrétní fáze klinického hodnocení, které samy o sobě nenesou známky výzkumně-vývojové činnosti. Je sice zodpovědná za průběh klinického hodnocení, jde však jen o část činností v rámci něj bez vlastní výzkumné aktivity. Její činnost probíhá podle centrálně připraveného a schváleného protokolu závazného pro všechny subjekty skupiny Actelion a za tuto činnost dostává žalobkyně stabilní odměnu bez ohledu na výsledek klinického hodnocení či na to, zda bude léčivý přípravek nakonec skutečně vyráběn.
Oprávněnost uplatnění odpočtu neprokázaly ani svědecké výpovědi. Zaměstnanci žalobkyně měli na starost přípravu, realizaci a ukončení studie. Data z klinického hodnocení zadávali do centrální databáze. Do klinického hodnocení nemohli zasahovat, neboť podmínky byly stanoveny v protokolu, který sice mohli připomínkovat, ale konečná verze a schválení závisely na rozhodnutí centrálního zahraničního týmu (žalobkyně se mohla svou činností podílet na úpravách protokolu, avšak tyto vyplývají z regulačních a jiných právních předpisů a většinou zachycují tuzemská specifika, a nemají tak vliv na zkoumanou látku). Ze svědeckých výpovědí nevyplynulo, že by se svědci snažili vyřešit výzkumnou a technickou nejistotu a neuvedli ani žádný nový přínos či metodu v rámci konkrétního klinického hodnocení. Provedení dalších svědeckých výpovědí žalovaný považoval za nadbytečné. Není rozporována činnost žalobkyně, nicméně ji nelze podřadit mezi činnosti výzkumu a vývoje, přičemž provedení dalších svědeckých výpovědí nemohlo tento závěr zvrátit.
Na posuzovanou věc nelze dle žalovaného vztáhnout závěr vyplývající z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 7. 2018, č. j. 1 Afs 97/2018-41, že i činnost vykonávaná jako služba pro poplatníka provádějícího výzkum a vývoj může v některých případech naplnit znaky výzkumu a vývoje. Tak je tomu pouze v případě, že je jako služba objednaná dílčí část vývoje nesoucího prvek novosti či výzkumné nejistoty. Činnost žalobkyně však tuto podmínku nesplňuje. Obdobně se žalovaný vyjádřil i ve vztahu ke stanovisku Generálního finančního ředitelství ze dne 9. 2. 2021,
č.j. 11358/21/7100-40110-013213 (dále jen „Stanovisko GFŘ“). Frascati manuál je pouze výkladovou pomůckou a sám o sobě nemůže prokazovat konkrétní závěry o činnosti žalobkyně. Ani v něm uvedené neznamená, že samostatně prováděné dílčí činnosti podřaditelné jednotlivým fázím klinických studií jsou automaticky rovněž považovány za výzkum a vývoj. Odpočet nebyl žalobkyni uznán, neboť neprokázala, že její činnost v rámci klinického hodnocení naplňuje znaky výzkumně-vývojové činnosti, nikoli tedy na základě diskriminace subjektů, které nemohou zajistit testování léčiv interně. K poukazu žalobkyně na pokyn Ministerstva financí D-288 ze dne 3. října 2005 k jednotnému postupu při uplatňování § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů, v pozdějším znění (dále jen „pokyn D-288“) a její legitimní očekávání žalovaný uvedl, že žalobkyně netvrdí ani nedokládá ustálenou, jednotnou a dlouhodobou činnost orgánů Finanční správy, která by mohla založit legitimní očekávání, pouze se odvolává na zákon o podpoře výzkumu a vývoje z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů a právně nezávazné prameny. Není rozhodující, zda je klinické hodnocení léčiv obecně považováno za VaV, ale zda činnost žalobkyně splňuje podmínky pro uplatnění odpočtu.
K námitce žalobkyně stran nepřiléhavosti závěrů rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 10. 2018, č. j. 1 Afs 96/2018-42 žalovaný nerozporoval, že žalobkyně byla v jiném postavení než Vestra Clinics s.r.o., jíž se zmíněný rozsudek týkal, tedy že nebyla klinickým centrem a v pomyslné hierarchii stála nad klinickými centry. Žalobkyně však nebyla zadavatelem klinických studií. Nenesla rizika spojená s výsledky klinických hodnocení, byla v postavení prostředníka mezi zadavatelem a zkoušejícími (klinickými centry, lékaři).
Žalovaný v odůvodnění napadeného rozhodnutí uzavřel, že v případě klinického hodnocení prováděného žalobkyní formou služby pro zadavatele dle přesného zadání se nejedná o výzkumně-vývojovou činnost ve smyslu § 34b odst. 1 ZDP ve spojení s § 2 odst. 1 zákona o podpoře VaV, absentuje zde ocenitelný prvek novosti a vyjasňování výzkumné nejistoty, a tudíž výdaje na tuto činnost nelze v rámci odpočtu na podporu VaV ze strany žalobkyně nárokovat.

Obsah žaloby

Žalobkyně v prvním žalobním bodě namítla, že jí prováděná klinická hodnocení naplnila materiální znaky VaV (není rozhodné, že žalobkyně tuto činnost vykonávala na základě smluvního ujednání s mateřskou společností). Činnost žalobkyně představují vlastní výzkumné aktivity, jejichž cílem je provádění klinických studií a výzkum účinnosti, bezpečnosti a snášenlivosti hodnocených léčivých přípravků a léčebných postupů pro člověka. To z povahy činnosti vykazuje ocenitelný prvek novosti a přítomnost výzkumné nejistoty, což žalobkyně prokázala znaleckým posudkem, písemnými doklady a svědeckými výpověďmi. Žalobkyně neprovádí pouhou administraci či monitoring, ale podílí se na mnoha jednotlivých aspektech a získané údaje vyhodnocuje. Žalobkyně sice provádí klinické hodnocení léků na základě protokolu definovaného v rámci skupiny Actelion, protokol je však ještě před zahájením hodnocení zaslán žalobkyni k připomínkování a ta má možnost vyjádřit se k jeho obsahu (i kdyby do protokolu zasahovat nemohla, nemělo by to vliv na posouzení její činnosti jako VaV). Žalobkyně nese řadu výzkumných, ekonomických a veřejnoprávních rizik, navíc dané léky prodává a má přímý zájem na výsledku činností VaV.
Ve druhém žalobním bodě žalobkyně argumentovala, že chtěl-li správce daně zpochybnit žalobkyní předložený znalecký posudek, měl podle judikatury povinnost přizvat revizního znalce. Žalovaný sám k tomu neměl dostatečnou odbornost v oblasti klinických hodnocení léčiv. K tvrzeným chybějícím náležitostem znaleckého posudku žalobkyně podotkla, že tento byl v doměřovacím řízení předložen v roce 2019, přičemž daná námitka žalovaného byla vznesena až v napadeném rozhodnutí, tedy po zhruba 5 letech. Pochybnosti měly být vzneseny v doměřovacím řízení, kdy žalobkyně měla možnost zjednat nápravu. Kromě toho bylo povinností daňových orgánů znalce vyslechnout. Závěry žalovaného jsou navíc vnitřně rozporné (nepřezkoumatelné), jelikož na jedné straně tvrdí, že znalecký posudek není způsobilým důkazním prostředkem, na druhou stranu se s jeho závěry věcně vypořádává s tím, že k vyvrácení jeho závěrů má dostatečné odborné znalosti.
Podle třetího žalobního bodu není možné aplikovat dosavadní judikaturu ke klinickým studiím zmíněnou v napadeném rozhodnutí, jelikož u činnosti VaV prováděné žalobkyní jsou skutkové okolnosti odlišné a žalobkyně se nachází v jiném postavení než dva daňové subjekty, jichž se týkala žalovaným zmíněná judikatura. Jednalo se o klinická centra, kdežto žalobkyně je v hierarchii nad nimi, řídí provádění klinického hodnocení v takovém centru a využívá výstupy z klinického hodnocení. Navíc žalobkyně na rozdíl od zmíněných dvou daňových subjektů nese větší množství rizik a odpovědnosti, má možnost participovat na vytvoření příslušného protokolu skrze své připomínky a zahrnula do nákladů v souvislosti s VaV pouze své zaměstnance odborně zajišťující klinické hodnocení v klinických centrech a pracující s výstupy (nikoli lékaře klinických center).
Dle čtvrtého žalobního bodu způsobilost klinických studií pro odpočet na VaV potvrzuje i metodický pokyn D-288 a Frascati manuál (dokument OECD), které mají váhu jako podpůrné podklady. Jich se týkající argumenty proto nelze ignorovat. Z pokynu D-288 vyplývá, že zdravotnický a farmaceutický výzkum a vývoj včetně klinických zkoušek léků, vakcín, nebo léčebných metod je činností výzkumu a vývoje. Přitom není stanoveno, že všechny fáze klinického hodnocení musí být prováděny v České republice v rámci jednoho projektu. Frascati manuál přesně popisuje případ žalobkyně, kdy „činností“ VaV je každé z klinických hodnocení se specifickými parametry, prvkem novosti a zatížením výzkumnou nejistotou. Tyto „činnosti” pak zahrnují více dílčích „aktivit”, přičemž „činnosti“ jsou seskupeny do podoby projektů VaV.
V pátém žalobním bodě žalobkyně namítla diskriminační výklad žalovaného, jelikož u subjektů s dostatečnými zdroji, které jsou schopny léčiva nejen vyvíjet, ale také je podrobit internímu klinickému hodnocení, odpočet na VaV umožní, zatímco u jiných, které nemají zdroje k provedení interního hodnocení a musí léčivo podrobit klinickému hodnocení v různých zemích, již odpočet na VaV nepřizná.

Vyjádření žalovaného

Žalovaný navrhl zamítnutí žaloby. Ve vyjádření k žalobě odkázal na odůvodnění napadeného rozhodnutí a v podstatě zopakoval vybrané závěry s tím, že se s námitkami žalobkyně již dostatečně vypořádal. K odkazům žalobkyně na nekonzistentnost tvrzení uvedl, že žalobkyně vytrhává věty z kontextu a přikládá jim jiný než skutečný význam. Sama žalobkyně si odporuje, když namítla nepoužitelnost žalovaným aplikované judikatury z důvodu odlišného postavení subjektů, ale zároveň sama odkazuje na závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu, který se týká daňového subjektu v odlišném postavení. Ohledně pokynu D-288 žalovaný poukázal na závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 10. 2018, č. j. 1 Afs 96/2018-42.

Replika žalobkyně

V replice k vyjádření žalovaného žalobkyně nad rámec žaloby uvedla, že pohled žalovaného ignoruje komplexnost výzkumného procesu, když určité dílčí činnosti mohou být klíčové pro celkový výzkumný výsledek. Žalobkyně v rámci své činnosti nevyvíjela samotnou substanci, ale získávala o ní informace, přičemž v souladu s judikaturou může být výsledkem VaV i nová dosud neznámá informace (poznatky o účinnosti, nežádoucích účincích a bezpečnosti zkoumané substance). Činnost žalobkyně zahrnovala soubor odborných aktivit nezbytných pro provedení klinických studií a vývoj léčiv. Schopnost žalobkyně ovlivnit průběh studie (včetně možnosti pozastavení) ukazuje na její aktivní roli ve výzkumném procesu. Klinické studie léčiv jsou přitom vysoce specializovanou oblastí vyžadující hluboké odborné znalosti (žalovaný neposkytl konkrétní důkazy o své odborné způsobilosti v této oblasti), a žalovaný tak měl ustanovit (revizního) znalce, nikoli formulovat vlastní názory, aniž by k tomu měl odbornost.
Dále žalobkyně shrnula svou argumentaci k nepřiléhavosti žalovaným uplatněné judikatury a zdůraznila, že neodmítá využití judikatury jako takové, ale její paušální aplikaci bez zohlednění specifik případu, přičemž jí uvedené odkazy na judikaturu se týkaly obecných právních východisek aplikovatelných na problematiku odpočtu na VaV. Ohledně v žalobě tvrzené diskriminace dodala, že žalovaný vytvořením nerovnosti mezi daňovými subjekty provádějícími totožné činnosti VaV nedostál požadavku na rovné zacházení ve smyslu § 6 odst. 1 daňového řádu a požadavku na ochranu vlastnického práva zakotvenému v čl. 11 Listiny základních práv a svobod.

Ústní jednání před Městským soudem v Praze

Při ústním jednání setrvali účastníci řízení na svých procesních stanoviscích. Právní zástupce žalobkyně zdůraznil, že žalobkyně není klinickým centrem, ale jde o farmaceutickou společnost, která vykonává výzkumnou činnost. Prokuristka žalobkyně vysvětlila průběh klinických hodnocení v České republice v souvislostí s činností žalobkyně (zajištění logistiky, nalezení pacientů, pracovníci žalobkyně fungují jako odborní konzultanti pro klinická centra, sbírají informace o nežádoucích účincích atd.) a uvedla, že všechny země na světě se snaží klinická hodnocení získat. Následně právní zástupce žalobkyně de facto shrnul žalobní argumentaci.
Žalovaný odkázal na odůvodnění napadeného rozhodnutí a obsah správního spisu. K replice žalobkyně uvedl, že v ní nebyly uvedeny žádné nové skutečnosti. K objasnění své činnosti měla žalobkyně dostatek prostoru ve správním řízení. Žalovaný se přitom se souvisejícími námitkami dostatečně vypořádal.
Soud při jednání dokazování neprováděl, neboť jako důkazy žalobkyně označila pouze písemnosti obsažené ve správním spise. Dle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu se důkaz správním spisem v řízení před správním soudem neprovádí.

Posouzení věci Městským soudem v Praze

Městský soud v Praze přezkoumal napadené rozhodnutí i řízení, které mu předcházelo, a to v rozsahu žalobních bodů, kterými je vázán, přičemž vycházel ze skutkového a právního stavu v době vydání rozhodnutí [§ 75 odst. 1, 2 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“)].
Soud vyšel při posouzení věci z následně uvedené právní úpravy:
Podle § 34 odst. 4 ZDP od základu daně lze odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání.
Podle § 34b odst. 1 písm. a) ZDP výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu se rozumí výdaje (náklady), které poplatník vynaložil při realizaci projektu výzkumu a vývoje na
1. experimentální či teoretické práce,
2. projekční a konstrukční práce,
3. výpočty,
4. návrhy technologií,
5. výrobu funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části související s realizací projektu výzkumu a vývoje.
Podle § 34b odst. 2 písm. b) bodu 2. ZDP výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu nejsou výdaje (náklady) na služby, s výjimkou výdajů (nákladů) na služby, které souvisí s realizací projektu výzkumu a vývoje a které spočívají v ověření nebo prokázání toho, že výsledek výzkumu a vývoje splňuje požadavky stanovené právními předpisy, pokud výdaje na ověření nebo prokázání nebyly zahrnuty do odpočtu u jiného poplatníka.
Podle § 6 odst. 1 daňového řádu osoby zúčastněné na správě daní mají rovná procesní práva a povinnosti.
Podle § 8 odst. 1 daňového řádu správce daně při dokazování hodnotí důkazy podle své úvahy. Správce daně posuzuje každý důkaz jednotlivě a všechny důkazy v jejich vzájemné souvislosti; přitom přihlíží ke všemu, co při správě daní vyšlo najevo.
Podle § 8 odst. 2 daňového řádu správce daně dbá na to, aby při rozhodování skutkově shodných nebo podobných případů nevznikaly nedůvodné rozdíly.
Podle § 92 odst. 2 daňového řádu správce daně dbá, aby skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně byly zjištěny co nejúplněji, a není v tom vázán jen návrhy daňových subjektů.
Podle § 92 odst. 3 daňového řádu daňový subjekt prokazuje všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v daňovém tvrzení a dalších podáních.
Podle § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu správce daně může ustanovit znalce k prokázání skutečností rozhodných pro správné zjištění a stanovení daně, závisí-li rozhodnutí na posouzení otázek, k nimž je třeba odborných znalostí, které správce daně nemá.
K prvnímu žalobnímu bodu soud předesílá, že žalovaný v napadeném rozhodnutí poukazoval na navázání činnosti žalobkyně na Actelion na základě smluvního vztahu dle přesného zadání v kontextu jeho dalších tvrzení, že tyto činnosti nenaplňují definiční znaky výzkumně-vývojové činnosti ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Se žalobkyní lze souhlasit v tom, že pro posouzení nároku na odpočet na VaV je primárně rozhodné, zda posuzovaná činnost naplňuje znaky VaV. Stěžejní je to, zda činnost daňového subjektu prokazatelně vykazovala ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty (k tomu soud pro stručnost odkazuje na vymezení právního základu případu v odůvodnění napadeného rozhodnutí). Žalovaný v návaznosti na jím uvedenou judikaturu výstižně popsal povahu a účel činností a úlohu žalobkyně v rámci celého procesu vývoje léčiva, přičemž měl za to, že ke skutečné výzkumné aktivitě docházelo až u Actelion a nikoli v případě předcházejících činností žalobkyně (kdy možnost vlastní výzkumné aktivity je potlačena přesným zadáním pocházejícím od Actelion). Na tomto základě následně vysvětlil, proč předmětné činnosti žalobkyně byly v rámci odpočtu uplatněny neoprávněně. Žalovaný v bodě 102 odůvodnění napadeného rozhodnutí výslovně připustil, že i činnost vykonávaná jako služba může v některých konkrétních případech naplnit znaky VaV, avšak v případě žalobkyně k tomu nedošlo (žalovaný tedy netvrdil, že samotná existence smluvního vztahu představuje důvod pro odepření odpočtu). Tento přístup žalovaného spočívající ve zohlednění role žalobkyně v celkovém procesu vývoje léčiv soud nepovažuje za vadný, ba právě naopak.
Ohledně činností prováděných žalobkyní v rámci procesu vývoje nového léčiva soud v souladu s názorem žalovaného konstatuje, že z dokazování provedeného daňovými orgány vyplynulo, že tyto činnosti v souladu se smlouvou mezi Actelion a právním předchůdcem žalobkyně spočívaly zejména v organizaci, monitoringu a administraci ve vztahu ke klinickým centrům a k provádění klinických studií, nepředstavovaly však vlastní výzkumně-vývojovou aktivitu ve smyslu § 34
odst. 4 ZDP (takové činnosti bezesporu nevykazují ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty). Žalobkyně v žalobě heslovitě vyjmenovala jí prováděné dílčí činnosti při realizaci projektů, přičemž většina svou povahou odpovídá právě uvedenému. Žalobkyně navíc zmínila i dílčí činnosti jako „příprava a úpravy protokolu klinické studie“, „provádění vyhodnocování průběhu a výsledků klinického hodnocení“, „vyhodnocování nežádoucích účinků a možnost pozastavení studie“, „vyhodnocování údajů získaných z klinických studií a jejich interpretace“ a „získávání a práce s novými poznatky“, avšak nijak neprokázala, že by tyto obecně vymezené činnosti v rámci projektů skutečně prováděla, v jaké konkrétní podobě a zda představovaly výzkumně-vývojovou činnost. Ze zjištění daňových orgánů nevyplynulo,
že by žalobkyně prováděla vyhodnocování získaných informací výzkumně-vývojovým způsobem. K tomu soud odkazuje na body 56 až 61 odůvodnění napadeného rozhodnutí. Dále žalobkyně uvedla, že její pracovníci pracují s informacemi, které odborně vyhodnocují (a na základě tohoto vyhodnocení a získávání nových poznatků mohou doporučit nápravná opatření), což podle ní vyplývá i z provedených svědeckých výpovědí. Z pasáží svědeckých výpovědí citovaných žalobkyní však vyplývá toliko administrativní, organizační či monitorovací (dohledová) povaha činnosti.
Ani možnost zasáhnout v případě „systémové chyby“ a navrhnout i zavření klinického centra (výpověď MUDr. H. T.), kontrola zápisů z jednotlivých center o průběhu klinických hodnocení a vyhodnocení a reakce na případné odchylky ve vztahu k monitorovací zprávě (výpověď RNDr. V. P.) či provádění hlášení o nežádoucích účincích a jeho vyhodnocení nesvědčí o tom, že by žalobkyně sama přímo zasahovala do VaV léčiv a že by její činnost vykazovala ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty. Podobně je tomu i v případě možnosti připomínkovat či navrhovat úpravy centrálně schvalovaného protokolu, jak vyplynula ze svědeckých výpovědí. O samotné změně protokolu, který stanoví pravidla průběhu klinického hodnocení, nerozhodovala žalobkyně, ale centrální zahraniční tým (ten mohl ovlivnit směr a průběh vývoje léčiva). Soud souhlasí se závěrem žalovaného (a neshledává ho nekonzistentním), že nebyla prokázána možnost žalobkyně relevantně zasáhnout do projektů VaV a upravit či přizpůsobit protokol; žalobkyně měla pouze možnost podílet se na úpravách protokolu formou připomínek.
Pokud jde o otázku přítomnosti ocenitelného prvku novosti, soud předně podotýká, že související odvolací námitky žalobkyně vycházely primárně z jí předloženého znaleckého posudku, proto
se i žalovaný logicky věnoval danému tématu zejména ve vztahu k tomuto posudku. Kromě toho se žalovaný v odůvodnění napadeného rozhodnutí dané problematiky na mnoha místech dotýká, když popisuje dílčí činnosti žalobkyně a hodnotí je jako nikoli výzkumně-vývojové. Dále soud k tvrzení žalobkyně, že bez její činnosti by nebylo možné léčivo uvést na trh, podotýká, že taková skutečnost z její činnosti ještě nedělá VaV ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP (pro účely uplatnění odpočtu je činnosti žalobkyně třeba oddělit od činností Actelion). V opačném případě by odpočet na VaV mohla uplatňovat i samotná klinická centra (bez jejich činnosti by rovněž nebylo možné uvést léčivo na trh), avšak v jejich případě to finanční správa ani judikatura správních soudů zásadně neumožňuje. Jak již bylo v podstatě uvedeno výše, žalobkyně neprokázala, že by samostatně v rámci projektů kvalifikovaně zkoumala účinnost léčiva a jeho nežádoucí účinky.
Dále nelze souhlasit se žalobkyní, že jí předložený znalecký posudek prokazatelně v činnostech žalobkyně identifikoval přítomnost (vyjasňování) výzkumné nebo technické nejistoty. V něm vyjmenované položky se týkají nejistoty ve vztahu k účinkům testovaných léčiv, nikoli však ve vztahu k činnostem, které prokazatelně prováděla žalobkyně. Žalovaný v odůvodnění napadeného rozhodnutí vysvětlil, proč je znalecký posudek mimo jiné i v otázce výzkumné a technické nejistoty neprůkazný (viz vypořádání druhého žalobního bodu) a soud se s tímto posouzením žalovaného ztotožňuje. V této souvislosti se soud rovněž ztotožňuje s hodnocením žalovaného, že žalobkyně nenesla žádná výzkumná rizika, přičemž odkazuje zejména na body 74 až 77 odůvodnění napadeného rozhodnutí. Žalobkyně v žalobě popsala rizika v podobě odpovědnosti za správný výběr jedince do klinického hodnocení, finanční (ne/uvedení léčiva na trh třeba i z důvodu pozastavení klinického hodnocení či zamítnutí registrace podmiňuje jeho následný prodej žalobkyní) a personálního nadbytku v případě neúspěchu klinické studie. Soud souhlasí se žalovaným, že žalobkyní popsaná rizika jsou podnikatelské či sankční povahy, nikoli povahy výzkumné (takové riziko či nejistotu nese ve vztahu k vyvíjeným léčivům Actelion jakožto zadavatel). Za prokazatelně vykonávané činnosti žalobkyni podle smlouvy s Actelion náležela úplata bez ohledu na to, zda bude léčivo následně uvedeno na trh či nikoliv, a ve vztahu k těmto činnostem žalobkyni nejistota netížila.
Druhý žalobní bod se týkal žalobkyní předloženého znaleckého posudku, resp. tvrzené povinnosti správce daně (resp. žalovaného) vyslechnout znalce či nechat vypracovat revizní znalecký posudek. K otázce potřeby znaleckého zkoumání v nyní projednávané věci soud odkazuje na rozsudek ze dne 20. 2. 2024, č. j. 2 Afs 143/2023-68, v němž Nejvyšší správní soud konstatoval, že „ačkoli Nejvyšší správní soud uznává, že stěžovatelčina činnost [šlo o provádění klinických studií léků – pozn. soudu] sama o sobě vyžadovala vysokou úroveň odbornosti a její postupy byly vědecké v pravém slova smyslu, z daňového hlediska to není rozhodující, neboť pojem výzkum a vývoj je autonomním pojmem daňového práva. Právní úprava odčitatelné položky sleduje zcela jednoznačný účel, jímž je podpora výzkumu a vývoje prováděného vlastními kapacitami daňových poplatníků cestou zvýhodněného zohlednění takto vynaložených nákladů kvůli mimořádnému podnikatelskému riziku spojenému s výzkumnou nejistotou. Stěžovatelkou předložený znalecký posudek objasňuje určité odborné otázky týkající se klinického testování léčiv. Není nicméně v kompetenci znalce kvalifikovat určitou činnost jako výzkum a vývoj, neboť se jedná o otázku právní (rozsudky NSS ze dne 11. 6. 2015, č. j. 10 Afs 24/2014-119, a ze dne 1. 4. 2022, č. j. 6 Afs 264/2021-43). Správce daně, žalovaný ani krajský soud nezpochybnili obsah znaleckého posudku, pokud jde o popis povahy činnosti spočívající v klinickém testování léčiv a požadavků na vysokou odbornou kompetenci osoby, která tuto činnost provádí. Jak ovšem uvedl Nejvyšší správní soud již výše, ze znaleckého posudku neplyne, že by stěžovatelka byla vystavena jakékoliv autonomní výzkumné nejistotě, neboť znalcem popisovaná výzkumná nejistota se týkala léčiva jako takového, nikoliv postupů vykonávaných v rámci klinické studie nezávisle stěžovatelkou. Znalec nepoukázal na žádnou nejistotu, která by měla specifický původ v činnosti prováděné stěžovatelkou (uskutečňování klinických studií) a která by se mohla zásadním způsobem projevit v jejích hospodářských výsledcích. Za této situace nevyvstala potřeba provedení revizního znaleckého posudku.“ Podobně je tomu i v nyní posuzovaném případě. Činnost žalobkyně jako taková bezpochyby vyžadovala vysoce odborné znalosti. Nicméně úkolem daňových orgánů bylo v daňové řízení posoudit tuto činnost ze specifického pohledu, a sice zda naplňuje znaky VaV ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP (nikoli z pohledu medicínského), tj. zda jsou dány ocenitelný prvek novosti a vyjasnění technické nejistoty. Takové hodnocení daňových orgánů spočívá v aplikaci právních pojmů v konkrétním skutkovém případě, což představuje otázku právní, jejíž řešení znalci nepřísluší. Soud dále souhlasí se žalovaným, že posuzování nároku na odpočet na VaV u činností týkajících se klinického hodnocení je relativně běžnou činností daňových orgánů (a potažmo správních soudů), a ty tak obecně disponují dostatečnými znalostmi ohledně procesu klinického hodnocení, aby byly schopny bez potřeby znaleckého zkoumání posoudit podstatné otázky naplnění materiálních znaků VaV (srov. bod 25 odůvodnění rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 29. 3. 2023, č. j. 29 Af 66/2020-70). Je pravdou, že žalobkyně nevystupovala přímo v roli klinického centra (tj. v postavení, v němž se daňové subjekty v řešených případech souvisejících s klinickým hodnocením typicky nacházejí), ale v pomyslné hierarchii nad klinickými centry. Postavení a úloha žalobkyně v rámci procesu klinického hodnocení však byla dostatečně a srozumitelně v daňovém řízení zjištěna, aniž by v tomto ohledu bylo pro posouzení nároku na odpočet třeba odborného zkoumání ze strany znalce. K žalobkyní zmiňovanému rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 8. 2022, č. j. 10 Afs 54/2020-77 se stejný soud vyjádřil v již citovaném rozsudku ze dne 20. 2. 2024, č. j. 2 Afs 143/2023-68, v němž konstatoval, že „závěry rozsudku č. j. 10 Afs 24/2014-119, jichž se stěžovatelka dovolává, je třeba vnímat v kontextu posuzovaného případu. Uvedený rozsudek se týkal případu, v němž daňový subjekt reálně nesl podnikatelské riziko spojené s vývojem (jednalo se o vývoj forem a nástrojů pro sekundární produkci nejrůznějších výrobků). Daňový subjekt zde neuplatňoval odpočet za výzkum, který by prováděl plně na objednávku pro jiný subjekt. Spornou byla otázka, zda jeho činnost vykazovala prvky novosti a technické nejistoty v užším slova smyslu. Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že v takových případech si správce daně nemůže učinit laický úsudek o odborných skutkových otázkách, jejichž vyřešení je nezbytné pro právní kvalifikaci skutkového stavu. V nyní posuzované věci vyšel správce daně z vysvětlení, které o podstatě své činnosti poskytla stěžovatelka a které bylo podepřeno znaleckým posudkem. Následná kvalifikace této činnosti z hlediska zákona o daních z příjmů již byla výlučnou doménou správce daně, jenž především zdůraznil absenci specifického podnikatelského rizika na straně stěžovatelky, k jehož zmírnění odčitatelná položka směřuje.“ V rozsudku č. j. 10 Afs 24/2014-119 se tedy jednalo o specifickou situaci odlišnou jak od případu řešeného v rozsudku č. j. 2 Afs 143/2023-68, tak i od nyní posuzovaného případu. Zveřejněná a žalobkyní citovaná právní věta ke zmíněnému rozsudku navíc uvádí, že správce daně „zpravidla“ nedisponuje dostatečnými technickými znalostmi k posouzení důkazních prostředků technické povahy navržených za účelem prokázání přítomnosti ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty, soud však již výše vysvětlil, že v případě procesu klinického hodnocení daňové orgány potřebnými znalostmi obecně vzato disponují, a nebylo třeba blíže objasnit „technickou“ stránku projektů žalobkyně. S ohledem na právě uvedené soud shrnuje, že daňové orgány nepochybily, pokud neprovedly výslech znalce, který zpracoval žalobkyní předložený znalecký posudek, ani nepřistoupily k zadání revizního znaleckého posudku a považovaly dosavadní skutková zjištění za dostatečná.
Soud nesouhlasí se žalobkyní, že žalovaný (i správce daně) jí předložený znalecký posudek ignoroval. Žalovaný se k němu vyjádřil a vysvětlil, proč nepředstavuje důkazní prostředek svědčící o naplnění znaků VaV v bodech 63 až 72 odůvodnění napadeného rozhodnutí, přičemž soud se s tímto hodnocením ztotožňuje a odkazuje na něj. Znalecký posudek obsahoval popis činností a role žalobkyně v rámci klinického hodnocení, cílů projektů a posouzení činnosti VaV v projektech (včetně analýz přítomnosti znaků ocenitelného prvku novosti a vyjasňování výzkumné nebo technické nejistoty), přičemž žalobkyně na něj ve svých podáních odkazovala. S ohledem na to žalovaný nepochybil, pokud se z hlediska jeho obsahu se znaleckým posudkem vypořádal (ač, jak bylo výše uvedeno, odborné znalecké zkoumání nebylo v dané věci zapotřebí, a nebylo tak zapotřebí ani obsah znaleckého posudku vyvrátit prostřednictvím revizního znaleckého posudku) a na tomto základě dospěl k závěru, že znalecký posudek neprokazuje, že se v případě žalobkyně jednalo o činnosti VaV ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Tento postup žalovaného soud považuje za logický a neshledává jej vnitřně rozporným, a tudíž ani nepřezkoumatelným. Soud na rozdíl od žalobkyně nemá za to, že žalovaný byl povinen ji na uvedenou neprůkaznost znaleckého posudku upozornit dříve. Bylo na žalobkyni, aby předložila takové důkazní prostředky, které prokáží oprávněnost jí uplatněného odpočtu na VaV. Kromě toho na neprůkaznost znaleckého posudku upozorňoval již správce daně ve zprávách o daňové kontrole a předcházejících podáních, v nichž se ke znaleckému posudku vyjadřoval.
Ke třetímu žalobnímu bodu soud uvádí, že žalovaný v bodě 52 odůvodnění napadeného rozhodnutí vyslovil, že v případě provádění klinického hodnocení žalobkyní formou služby pro zadavatele dle přesného zadání se nejedná o výzkumně-vývojovou činnost. Podle bodu 53 odůvodnění napadeného rozhodnutí daný názor zastává finanční správa setrvale, kdy je posuzována totožná činnost jako u žalobkyně, a tento závěr byl opakovaně potvrzen v rámci soudního přezkumu. K tomu žalovaný uvedl 11 rozsudků správních soudů, v nichž soudy vyjádřily shodný názor, že činnost daňových subjektů nenaplňuje znaky VaV a lze ji vnímat pouze jako poskytnutí služby zadavateli provádějícímu VaV nového léku. I podle názoru soudu je žalovaným uvedená judikatura přiléhavá, a to v tom smyslu, že shodně jako dotčené daňové subjekty žalobkyně prováděla dílčí činnosti v souvislosti s určitou fází či fázemi vývoje léčiv bez výzkumných rizik a na základě (smluvního) zadání, přičemž zadavatel byl tím, kdo prováděl výzkumnou činnost a nesl výzkumná rizika. To soud považuje za relevantní společné znaky nynějšího případu a případů řešených v žalovaným uvedené judikatuře. Pro toto hodnocení není podstatná odlišnost postavení žalobkyně oproti jednotlivým klinickým centrům, kdy žalobkyně v pomyslné hierarchii stála nad nimi, „organizovala“ je a nesla tomu odpovídající rizika (odlišného postavení si byl vědom i žalovaný, avšak dospěl k závěru, že VaV prováděl zadavatel – viz bod 117 odůvodnění napadeného rozhodnutí), jelikož jí prováděné činnosti stále nepředstavovaly VaV ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Nelze přitom s úspěchem tvrdit, že by žalovaný v rozporu s § 8 odst. 2 daňového řádu nehodnotil konkrétní okolnosti případu žalobkyně a pouze paušálně aplikoval závěry jím zmíněné judikatury. Žalovaný v napadeném rozhodnutí podrobně popsal, proč právě konkrétní činnost žalobkyně nepředstavuje nárok na odpočet (tj. nenaplňuje znaky VaV).
V rámci vypořádání čtvrtého žalobního bodu soud k argumentaci žalobkyně ohledně Ministerstvem financí vydaného pokynu D-288 ve shodě se žalovaným odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 7. 2018, č. j. 1 Afs 97/2018-41, podle něhož „Ministerstvo financí vydalo k provedení § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů pokyn D-288, který slouží k zajištění jednotného postupu při uplatňování předmětného ustanovení tím, že správcům daně poskytuje návod k posuzování uplatněných odpočtů nákladů od základu daně za projekty výzkumu a vývoje. Pokyn D-288 mimo jiné stanoví podobu projektů výzkumu a vývoje, definici výzkumu a vývoje pro účely zákona o daních z příjmů, činnosti, které lze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu od základu daně z příjmů, a které nikoli, a další podrobnosti. Zmíněný pokyn je interní normativní instrukcí, která pro správce daně představuje pokyn nadřízeného orgánu vůči orgánu služebně podřízenému. Nejedná se tedy o obecně závazný předpis, kterým by soud při svém rozhodování byl vázán. Závazný je primárně pro správce daně, který je povinen se jím řídit (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 7. 9. 2012, čj. 2 Afs 55/2012-24). Pokyn D-288 tak lze na posouzení věci použít jako výkladové vodítko v mezích, v nichž je souladný se zákonem o daních z příjmů (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 10. 2006, čj. 8 Afs 3/2005-59).“ Ustanovení pokynu D-288 je tedy nutné vykládat v souladu se smyslem a účelem zákonné úpravy odpočtu za VaV. K tomu Nejvyšší správní soud v právě zmíněném rozsudku uvedl, že „smyslem poskytnutí výhody daňovému subjektu spočívající ve dvojím uplatnění nákladů vynaložených na činnosti výzkumu a vývoje je podpora zájmu státu na provádění výzkumu a vývoje jak specializovanými osobami (vědecké ústavy), tak také podnikatelskými subjekty. Z citovaného ustanovení vyplývá úmysl zákonodárce podpořit provádění výzkumu a vývoje vlastními pracovníky, a tím tedy zvýšit zájem podnikatelských subjektů o kvalifikované zaměstnance, což může pozitivně vést ke zvýšení poptávky po vysoce vzdělaných pracovních silách, a tudíž i ke zvýšení jejich zaměstnanosti. Není-li daňový subjekt schopen zajistit celý výzkumný a vývojový proces z vlastních (ať již materiálních či pracovních) zdrojů, nemůže využívat daňové zvýhodnění právě u těch činností, které sám nezajišťuje. Smyslem úpravy je stimulovat tyto osoby v investování tzv. rizikového kapitálu do výzkumu a vývoje, tedy vytváření podmínek pro výzkum a vývoj uvnitř podniku. (…) účelem zákona v rozhodném znění není, aby daňové zvýhodnění spojené s prováděním činností výzkumu a vývoje mohlo být uplatněno „za každou cenu“, ať již tuto činnost provádí kdokoli. Naopak, cílem je nepřímá podpora rozvoje vědeckovýzkumných kapacit právě a jen u poplatníka, který výzkum a vývoj vlastními materiálními a personálními prostředky provádí. Nehodlá-li (či nemůže) provádět veškeré činnosti výzkumu a vývoje svými silami, ale nakoupí tyto činnosti jako službu, není důvodu tento způsob provádění výzkumu a vývoje daňově zvýhodňovat prostřednictvím nepřímé podpory dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů. Bod 7 písm. a) odst. 2 pokynu ve spojení s § 34 odst. 4 tedy nemá za primární účel zabránění dvojího uplatnění odpočitatelné položky na tytéž činnosti u různých subjektů, jak svou argumentací implikuje žalobkyně. Jeho cílem je podpora výzkumu a vývoje prováděného jednotlivými subjekty v rámci vnitropodnikové činnosti prováděné vlastními prostředky a vlastními pracovníky. Soud proto konstatuje, že nemožnost uplatnění odečitatelné položky u zadavatele z důvodu obstarání určité činnosti výzkumu a vývoje formou služby neznamená automatické přenesení možnosti uplatnění této daňové výhody u žalobkyně (poskytovatele služby) (…) Nepochybným a zákonodárcem v rozhodném znění zákona o daních z příjmů chtěným a dostatečně jednoznačně vyjádřeným důsledkem je, že činnosti svým obsahem a výsledkem totožné (zde výzkum a vývoj léčiv včetně ověřování jejich účinků) budou mít různý daňový režim podle toho, jakým způsobem budou uskutečňovány. Pokud je bude provádět ten, kdo nese výzkumné riziko vlastními silami, může si veškeré takto vynaložené náklady uplatnit dvakrát. Pokud však některé, či dokonce všechny části uvedených činností zajistí tak, že si je opatří jako službu od subdodavatelů (jako nyní v případě žalobkyně, jež byla jednou z takových subdodavatelek), bonus v podobě dvojnásobného daňového uplatnění výdajů na uvedené služby mu nenáleží a nenáleží ani subdodavateli (samozřejmě vyjma případů, kdy činnost subdodavatele sama o sobě má povahu výzkumu a vývoje, což u žalobkyně naplněno není).“ V postavení takového subdodavatele
(byť nešlo přímo o zdravotnické zařízení) opatřujícího službu pro zadavatele byla i žalobkyně v nyní řešeném případu, přičemž, jak bylo vysvětleno výše, její činnost sama o sobě neměla povahu VaV. Právě v tomto kontextu je třeba k pokynu D-288 přistupovat. I činnosti obecně uvedené v jeho bodu 3 písm. j) musí pro uplatnění odpočtu v konkrétním případě naplňovat znaky VaV, tedy vykazovat ocenitelný prvek novosti a výzkumnou nejistotu (srov. bod 31 odůvodnění rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 1. 4. 2022, č. j. 6 Afs 264/2021-43).
Podobně je tomu i v případě další (nezávazné) výkladové pomůcky (která navíc není zaměřena na VaV z hlediska daní), tzv. Frascati manuálu. Ve vztahu k ní soud pro úplnost cituje z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 2. 2024, č. j. 2 Afs 143/2023-68, podle něhož „judikatura uznává, že klinické testování [v nynějším případě s ním související činnosti žalobkyně – pozn. soudu] lze považovat za výzkum a vývoj, jak plyne i z Frascati manuálu, ovšem při aplikaci daňových předpisů má za určující, zda podnikatelskou činnost daňového subjektu, jenž klinické testování provádí, ovlivňuje výzkumná nejistota, která je důvodem existence odčitatelné položky. Takový postup je obzvláště namístě tehdy, jestliže má toto daňové zvýhodnění povahu duplicitní bonifikace (tedy dvojnásobného uznání vynaložených nákladů).“ Pro účely uplatnění odpočtu na VaV (ač jej obecně nelze vyloučit ani u dílčích činností či jednotlivých fází klinických hodnocení, jak vyplývá z Frascati manuálu) zůstává v konkrétním případě rozhodné naplnění definičních znaků VaV vyplývajících z právních předpisů a judikatury.
K pátému žalobnímu bodu soud konstatuje, že žalovaný se nedopustil nepřípustné diskriminace ani nepostupoval v rozporu s § 6 odst. 1 daňového řádu či čl. 11 Listiny základních práv a svobod. Žalovaný toliko posoudil předmětnou činnost žalobkyně podle kritérií definujících VaV pro účely nároku na odpočet, která vyplývají z právních předpisů. Naplnění stejných kritérií by bylo požadováno i v případě daňového subjektu, který provádí všechny fáze procesu výzkumu a vývoje léčiva (včetně činností vykonávaných v nynějším případě žalobkyní). Nad rámec již uvedeného soud k námitce žalobkyně, že takovému daňovému subjektu by za totožnou činnost, jakou vykonávala žalobkyně, byl odpočet uznán, považuje za přiléhavé naposledy citovat z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 7. 2018, č. j. 1 Afs 97/2018-41: „Využívání služeb třetích osob není z daňového hlediska opomíjeno: za splnění zákonných předpokladů § 24 zákona o daních z příjmů, tedy při spojitosti s dosažením, zajištěním a udržením zdanitelných příjmů, může daňový subjekt odečíst pro zjištění základu daně takto vynaložené výdaje (náklady). Bonus v podobě § 34 odst. 4 je pak nadto poskytován poplatníkům, kteří provádějí výzkum a vývoj vlastními silami. Nepochybným a zákonodárcem v rozhodném znění zákona o daních z příjmů chtěným a dostatečně jednoznačně vyjádřeným důsledkem je, že činnosti svým obsahem a výsledkem totožné (zde výzkum a vývoj léčiv včetně ověřování jejich účinků) budou mít různý daňový režim podle toho, jakým způsobem budou uskutečňovány. Pokud je bude provádět ten, kdo nese výzkumné riziko vlastními silami, může si veškeré takto vynaložené náklady uplatnit dvakrát. Pokud však některé, či dokonce všechny části uvedených činností zajistí tak, že si je opatří jako službu od subdodavatelů (jako nyní v případě žalobkyně, jež byla jednou z takových subdodavatelek), bonus v podobě dvojnásobného daňového uplatnění výdajů na uvedené služby mu nenáleží a nenáleží ani subdodavateli (samozřejmě vyjma případů, kdy činnost subdodavatele sama o sobě má povahu výzkumu a vývoje, což u žalobkyně naplněno není). Různé daňové režimy jsou zde ještě ústavně akceptovatelné řešení, neboť jde o řešení opřené o v zásadě racionální kritérium (srov. např. nález Ústavního soudu ze dne 21. 4. 2009, sp. zn. Pl. ÚS 29/08, č. 89/2009 Sb. ÚS, bod 49, nález Ústavního soudu ze dne 10. 7. 2014, sp. zn. Pl. ÚS 31/13, č. 138/2014 Sb. ÚS, body 43 a násl., či nález Ústavního soudu ze dne 12. 7. 2016, sp. zn. Pl. ÚS 18/15, č. 121/2016 Sb. ÚS, zejm. bod 121) – zákonodárce v rozhodné právní úpravě bonifikoval dvojnásobným daňovým uznáním vynaloženého nákladu určitý způsob provádění výzkumu a vývoje, jejž považoval z důvodů hospodářské politiky za podpory hodný, a sice výzkum a vývoj prováděný vlastními prostředky příslušného daňového subjektu. Jakkoli může být toto rozhodnutí zákonodárce z hledisek ekonomické efektivity považováno za problematické (řešení otázek výzkumu a vývoje formou nakupování dílčích služeb od subdodavatelů může být flexibilnější a v posledku levnější způsob, jak dosáhnout sledovaného cíle, a tedy způsob efektivněji přerozdělující vzácné zdroje v ekonomice), sleduje ještě ústavně legitimní cíl, a sice posílení vlastní výzkumné kapacity toho, kdo má být bonifikován, a jeho motivaci k tomu, aby výzkumné a vývojové činnosti prováděl „ve vlastní režii“, tedy – v očích zákonodárce – pokud možno s dlouhodobější a v českém prostředí trvaleji zakořeněnou perspektivou. Daňové pravidlo podporující posílení vlastní výzkumné kapacity daňových subjektů je zde nástrojem hospodářské politiky. Má motivovat daňové subjekty k takovému chování, které posílí technologickou a vědeckou vyspělost české ekonomiky posílením vlastních výzkumných a vývojových kapacit těch daňových subjektů, které nesou výzkumné riziko.“ Je pravdou, že Nejvyšší správní soud vzápětí na okraj vyslovil, že následné novelizace již výše popsaný právně politický cíl již v takové míře nesledovaly, a výslovně odkázal na novelizaci, kterou bylo do § 34b odst. 2 ZDP vloženo nové písm. b), s tím, že jím vyslovené závěry nelze mechanicky přenášet na zdaňovací období řídící se jiným zněním rozhodné právní úpravy. K tomu se následně vyjádřil Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 1. 4. 2022, č. j. 6 Afs 264/2021-43
(v němž posuzoval oprávněnost nároku na odpočet na VaV mimo jiné za stejná zdaňovací období, jichž se týká i nyní řešený případ), a dospěl k závěru, že „popsaná změna se do posouzení stěžovatelčina případu nijak nepromítne. Ustanovení § 34b odst. 2 písm. b) bod 2 zákona o daních z příjmů totiž svědčí tomu, kdo služby pořizuje a v souvislosti s tím mu vznikají výdaje (v projednávaném případě zadavatelům klinických studií), nikoli tomu, kdo tyto služby poskytuje (stěžovatelce). Rozhodující zůstává otázka, zda činnost, kterou stěžovatelka prováděla, naplňovala znaky výzkumu a vývoje, tedy zda zahrnovala ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty“. Soud se s tímto hodnocením zcela ztotožňuje. Ani námitka obsažená v pátém žalobním bodě tak není důvodná.
Soud tedy neshledal žalobu důvodnou, a proto ji podle § 78 odst. 7 s. ř. s. prvním výrokem rozsudku zamítl.
Žalobkyně nebyla ve sporu úspěšná a žalovanému žádné důvodně vynaložené náklady nad rámec jeho běžné činnosti nevznikly. Soud proto ve druhém výroku rozsudku v souladu s § 60 odst. 1 s. ř. s. rozhodl, že žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud. Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie. Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha 15. května 2025

Mgr. Martin Kříž v. r.

předseda senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje I. V.