Celé znění judikátu:
žalobce: CS SOFT a.s., IČO 25781723
se sídlem Aviatická 1048/12, Praha 6
zastoupen advokátem JUDr. Jakubem Hlínou, LL.M.
se sídlem Havlíčkova 1680/13, Praha 1
proti
žalovanému: Odvolací finanční ředitelství
se sídlem Masarykova 427/31, Brno
o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 27. 6. 2025, č. j. 17012/25/5200-11433-713211,
takto:
- Žaloba se zamítá.
- Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Odůvodnění:
Obsah žaloby
1. Žalobce se podanou žalobou domáhal zrušení v záhlaví uvedeného rozhodnutí, kterým byla zamítnuta jeho odvolání a byla potvrzena rozhodnutí – dodatečné platební výměry na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období let 2020 a 2021 – Finančního úřadu pro hlavní město Prahu ze dne 13. 3. 2024, č. j. 726640/24/2006-51522-108710 a č. j. 726860/24/2006-51522-108710. Důvodem doměření daně a uložení povinnosti uhradit penále byla skutečnost, že správce daně neuznal žalobcův nárok na odpočet na podporu výzkumu a vývoje (dále jen „VaV“) dle § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění do 31. 12. 2025 (dále jen „ZDP“), neboť v průběhu daňové kontroly zjistil, že oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na VaV dle § 34ba ZDP ani projektová dokumentace nesplňují zákonné požadavky (nedostatečně specifikované cíle projektů, příliš obecné vymezení činností, nejasný způsob kontroly a hodnocení výsledků).
2. Žalobce v žalobě uvedl, že správci daně doručil dvě oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu VaV dle § 34ba ZDP, jimiž deklaroval, že v roce 2020 bude realizován projekt s názvem Vývoj nových nebo výrazně zlepšených softwarových řešení pro řízení letového provozu a v roce 2021 bude realizován projekt s názvem Vývoj nových nebo výrazně zlepšených systémových a softwarových řešení pro řízení letového provozu v roce 2021. V průběhu daňové kontroly pak předložil příslušné projektové dokumentace (dále soud uvádí jen „projekt“, „oznámení“ a „projektová dokumentace“; je-li to třeba pro rozlišení, pak s doplněním roku).
3. Žalobce namítl, že napadené rozhodnutí trpí vadou nepřezkoumatelnosti, neboť z něj není patrné, zda vytýkané vady směřují proti projektové dokumentaci 2020, či projektové dokumentaci 2021. Na řadě míst napadeného rozhodnutí používá žalovaný pojem „projekt“ v jednotném čísle, jinde hovoří o blíže neurčené projektové dokumentaci. Žalovaný též značnou část rozhodnutí věnuje rekapitulaci zákonných ustanovení, teoreticko-právním východiskům problematiky VaV a judikatuře, aniž by bylo zřejmé, k jakým bodům odvolání se tato část vztahuje.
4. Daňové orgány měly za to, že názvy projektů v oznámeních byly formulovány příliš obecně a široce, s čímž žalobce nesouhlasil. Z § 34ba odst. 2 písm. a) ZDP, odborné literatury (Rydval, T. Náklady na výzkum a vývoj jako položka odčitatelná od základu daně. 1. vydání, 2021, C.H.Beck) a metodického pokynu MF-17 k jednotnému postupu při uplatňování § 34 odst. 4 a 5 ZDP, č. j. MF-4869/2020/15-2 (dále jen „metodický pokyn MF-17“), dle žalobce vyplývá, že účelem názvu projektu je pouze přiřazení oznámení k projektové dokumentaci, přičemž z uvedeného názvu musí být zřejmé obecné zaměření projektu. Tento účel byl u označení obou projektů dle žalobce naplněn, nelze tak přisvědčit žalovanému, že názvy obou projektů neumožnily identifikovat jejich konkrétní zaměření ani jejich odlišitelnost od jiných projektů realizovaných žalobcem. Dle žalobce neexistuje zákonný ani metodický požadavek na míru určitosti či kvalitu názvu projektu.
5. V souvislosti s tím se žalobce domníval, že měl být vyzván k odstranění vad podání – nedostatečného vymezení názvu projektu – dle § 74 daňového řádu. Žalobce poukázal na metodický pokyn MF-17, dle něhož je oznámení dle § 34ba ZDP podáním ve smyslu § 70–74 daňového řádu. Bude-li tedy obsahovat vady, má správce daně vyzvat k jejich odstranění.
6. Žalobce se neztotožnil s tezí žalovaného, že měl žalobce za každou jednotlivou vývojovou činnost podat samostatné oznámení, potažmo vypracovat samostatnou projektovou dokumentaci. Z judikatury Nejvyššího správního soudu (rozsudek ze dne 25. 6. 2020, č. j. 7 Afs 447/2018-55) vyplývá, že projekt VaV se může skládat z dílčích podprojektů.
7. Žalobce se ohradil proti názoru žalovaného, že obecnost formulace projektů umožňuje pod ně zahrnout řadu dílčích, vzájemně nesouvisejících činností, přičemž z projektových dokumentací vyplynulo, že se nejednalo pouze o jeden projekt v jednom zdaňovacím období, ale o souhrn samostatných vývojových úkolů, které jsou technicky odlišné a samostatně prodejné. Posouzení provázanosti jednotlivých dílčích činností není dle žalobce otázkou právní, nýbrž odbornou.
8. Co se týče požadavku dle § 34c odst. 1 písm. c) ZDP, tj. stanovení cíle projektu, za nepřezkoumatelný označil žalobce závěr žalovaného, že vymezení cíle projektu extenzivním způsobem umožnilo pod něj zařadit neomezené množství budoucích zakázek, což nelze považovat za průkazné a vyhodnotitelné. Žalovaný též směšuje cíle projektu a způsob kontroly projektu a hovoří o formálních nárocích kladených na stanovené cíle, aniž by uvedl, co tím míní.
9. Dle žalobce žalovaný rovněž směšuje cíle projektu a prokazování prvku novosti (body 67, 69 a 74 napadeného rozhodnutí). V bodě 69 napadené rozhodnutí operuje s prvkem novosti a vyjasňováním výzkumné nebo technické nejistoty, kvůli kterým musí být cíl formulován dostatečně konkrétně, zatímco v bodě 132 napadené rozhodnutí uvádí, že nosným důvodem doměření daně není závěr o technické nejistotě a ocenitelném prvku novosti cílů.
10. V bodech 70–77 napadeného rozhodnutí žalovaný opakuje závěry správce daně, které nemají nic společného s naplněním § 34c odst. 1 písm. c) ZDP, přičemž je žalobci vytýkáno formulování projektů příliš obecně, což nesouvisí se stanovením cílů projektů. Dále je žalobci vytýkáno, že projektové dokumentace obsahují souhrn samostatných vývojových úkolů, kdy žalobci není jasné, jak to může směřovat vůči nenaplnění cílů projektu. Žalovaný též zpochybnil popis jednotlivých vývojových činností, které se však nachází v jiné kapitole projektu a nejsou zahrnuty pod jeho cíli. Žalovaný dokonce zpětně hodnotí, jakým způsobem byly po zahájení projektu realizovány jednotlivé zakázky. Žalovaný opět argumentuje absencí technických aspektů – prvku novosti a výzkumné nebo technické nejistoty. Opakuje-li žalovaný, že se nejednalo o jednotný projekt, nýbrž o soubor samostatných projektů, nemá to nic společného s (ne)uvedením cíle projektu. Projektovým dokumentacím pak žalovaný vyčítá obecnost a absenci konkrétních technických údajů, což opět nesouvisí s cíli projektu. Žádný zákonný požadavek na míru určitosti či kvalitu projektové dokumentace přitom neexistuje.
11. Žalobce měl za to, že žalovaný nerespektuje judikaturu Nejvyššího správního soudu, konkrétně rozsudek ze dne 18. 12. 2024, č. j. 2 Afs 352/2023-59, dle nějž „cíl projektu výzkumu a vývoje má sloužit k objasnění základní podstaty činnosti výzkumu a vývoje“, přičemž je vždy „nezbytné posoudit, zdali i heslovité cíle projektu v sobě zahrnují konkrétní výzkumné či vývojové prvky, jichž má projekt dosáhnout“ a každý případ je nutné posuzovat individuálně, neboť „stručnost definice cílů nemůže být sama o sobě překážkou pro uznání odčitatelné položky na podporu výzkumu a vývoje“. Žalovaný k tomu v bodě 142 napadeného rozhodnutí podotýká, že z jeho pohledu nelze hovořit o ustáleném výkladu, když citovaný judikát popírá předchozí judikaturu. Dle žalobce judikatura podléhá vývoji, přičemž citovaným judikátem došlo k úpravě dřívějšího striktně formalistického přístupu. Nadto měl žalovaný v pochybnostech zvolit výklad pro žalobce šetrnější.
12. Co se týče způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, v projektových dokumentacích jsou veškeré žalovaným uváděné náležitosti: jaký mechanismus bude použit, kým bude kontrola prováděna (např. pracovní pozice) a s jakou četností bude kontrola prováděna s ohledem na fáze jednotlivých projektů. Dle žalobce (ne)plnění kontroly a hodnocení postupu řešení projektu představuje materiální vyhodnocení projektové dokumentace, což platí i pro žalovaným zmíněnou absenci hodnotících zpráv, které správce daně požadoval předložit.
13. Žalobce odkázal na body 81 a 82 napadeného rozhodnutí, v nichž žalovaný uvádí, že na základě požadavků správce daně byly žalobcem předloženy zápisy z projektových schůzek, výsledky testování, popisy změn systému a vyhodnocení všech vývojových činností. Žalovaný pak shrnuje, že byly předloženy konečné technické zprávy se záznamem o průběhu akceptačních testů vznikající na úrovni vyvinuté funkcionality. Přesto žalovaný tuto dokumentaci představující důkaz o materiálním naplnění formálního požadavku považuje za nedovolené doplňování projektové dokumentace a její dodatečnou úpravu.
14. V bodě 83 napadeného rozhodnutí žalovaný vyčítá žalobci, že zápisy z projektových schůzek, výsledky testování apod. nebyly uvedeny v projektové dokumentaci. Tyto dokumenty však dle žalobce nemohly tvořit projektovou dokumentaci, která musí existovat před zahájením činností VaV, neboť vznikly až v jejich důsledku. Skutečnost, že žalovaný hodnotí vedle uvedení formálních požadavků také jejich následné materiální naplnění, je dle žalobce zmíněna samotným žalovaným v bodě 86 napadeného rozhodnutí. Tuto vnitřní rozpornost žalovaný potvrdil svým závěrem v bodě 91 napadeného rozhodnutí, kdy sankcionuje žalobce neunesením jeho důkazního břemene stran faktické realizace kontroly a hodnocení postupu řešení projektů.
15. Žalobce namítl, že se žalovaný dopustil pochybení v rámci procesu dokazování, když porušil zásadu volného hodnocení důkazů a rovněž § 115 odst. 2 daňového řádu. Žalobce předložil znalecké posudky č. 1070/2021 a č. 1200/2022 zpracované Deloitte Advisory s.r.o. (dále jen „znalecké posudky“) potvrzující, že jednotlivé činnosti naplňují charakter VaV, jakož i odborné vyjádření zpracované Ing. O. R., Ph.D. (dále jen „odborné vyjádření“), prokazující provázanost jednotlivých činností v rámci projektu. Znalecké posudky žalovaný nehodnotil a neprovedl dokazování odborným vyjádřením, přičemž žalobce neseznámil s důvody neprovedení dokazování. V důsledku toho žalovaný vydal pro žalobce překvapivé rozhodnutí, když na jedné straně vytýká žalobci neunesení důkazního břemene stran faktického naplnění formálních požadavků a na straně druhé neprovede dokazování odborným vyjádřením.
16. Závěrem žalobce podotkl, že bylo porušeno jeho legitimní očekávání, neboť žalovaný postupoval v rozporu se zákonem a nedbal judikatury ani předpokládané správní praxe.
Vyjádření žalovaného
17. Žalovaný navrhl žalobu zamítnout. K žalobcem namítané nepřezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí žalovaný podotkl, že pasáže shrnující obecný právní rámec představují metodický a interpretační základ, z něhož vychází konkrétní aplikace na skutkový stav projednávané věci a jednotlivé námitky žalobce. Pokud jde o námitku žalobce týkající se nejasnosti, zda závěry dopadají na projektovou dokumentaci za rok 2020 či 2021, žalovaný v bodě 1 napadeného rozhodnutí uvedl, že rozhodl o odvolání proti oběma prvostupňovým rozhodnutím jedním rozhodnutím, čímž je jasně určeno, že napadené rozhodnutí pokrývá oba projekty. Tam, kde to bylo třeba, napadené rozhodnutí pracuje s pluralitou projektů, užití obecného pojmu „projekt“ v jednotném čísle má povahu legislativní zkratky.
18. Žalovaný nerozporoval, že účelem názvu projektu je zejména jeho identifikace a přiřazení k příslušné projektové dokumentaci. Musí však být jednoznačně identifikovatelné, čeho se daný projekt týká, jaké činnosti jsou předmětem VaV a jak se odlišuje od ostatních projektů téhož subjektu, což názvy projektů zvolené žalobcem nesplňují. Tato obecnost pak vytvářela prostor pro to, aby pod takto vymezený projekt bylo možné podřadit více samostatných vývojových činností či zakázek, které spolu věcně ani technicky nesouvisely. Žalovaný nevybočil z výkladu uplatňovaného v rámci ustálené správní praxe a rozhodovací činnosti finanční správy, jak vyplývá z Pokynu GFŘ D-288 a Informace GFŘ, č. j. 89174/17/7100-10110-013213. Výklad žalovaného odpovídá i metodickému pokynu MF-17.
19. Vydání výzvy k odstranění vad oznámení dle § 74 daňového řádu nebylo na místě, nelze ji totiž aplikovat na situace, kdy podání je sice formálně v pořádku, avšak z hlediska hmotněprávních požadavků ZDP neobsahuje údaje potřebné pro uznání daňového benefitu.
20. Žalovaný setrval na závěru, že povinnost oznámit projekt „zvlášť za jednotlivý projekt“ znamená, že každá samostatná vývojová činnost s vlastním cílem, metodikou a výstupem musí mít odpovídající oznámení i projektovou dokumentaci. Judikatura připouští, že projekt může zahrnovat více etap či činností, musí však jít o vzájemně provázané části směřující ke společnému výzkumnému cíli, což není případ žalobce.
21. Žalovaný nesouhlasil s tím, že posouzení provázanosti dílčích činností je otázkou odbornou, nikoli právní. Daňové orgány nehodnotily technickou kvalitu ani vědecký přínos činností.
22. Žalovaný setrval na svém závěru, že deklarované cíle projektů byly formulovány příliš obecně a extenzivně, a neumožňovaly tak jednoznačně identifikovat, jakých kvalitativních a zpracovatelských požadavků má být dosaženo, jak bude dosažení cílů vyhodnoceno ani jakým způsobem má být těchto cílů dosaženo. Projektová dokumentace přitom musí být zpracována způsobem umožňujícím prokazatelné propojení výdajů s konkrétním cílem projektu.
23. Námitka žalobce, že žalovaný zaměnil formální posouzení s materiálním hodnocením obsahu projektu, není dle žalovaného důvodná. Zmínky o „technické nejistotě“ nebo „ocenitelném prvku novosti“ byly v napadeném rozhodnutí uvedeny pouze v souvislosti s účelem zákonné úpravy, nikoli jako kritérium odborného posouzení projektu.
24. K tvrzení žalobce, že žalovaný hodnotil průběh realizace zakázek po zahájení projektu, žalovaný uvádí, že tyto odkazy sloužily pouze k demonstrování praktického dopadu neurčitě stanovených cílů, nikoli jako hodnocení výsledků či obsahové stránky realizovaných činností. Jejich účelem bylo doložit, že příliš obecné a neurčité vymezení cílů projektů mohlo v praxi vést k tomu, že do rámce projektu byly následně zahrnovány různé činnosti, které spolu nebyly jednoznačně propojeny jednotným cílem VaV.
25. Námitka, že žalovaný směšuje cíle projektu a mechanismus jejich kontroly, je dle žalovaného nedůvodná. Žalovaný hodnotil projektovou dokumentaci komplexně, včetně vzájemné návaznosti obou požadavků, jelikož způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektů musí být logicky provázán s vymezenými cíli, aby bylo možné ověřit jejich dosažení.
26. Co se týče uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků v projektové dokumentaci, v projektových dokumentacích byla uvedena obecná zmínka o pravidelných poradách týmu a vyhodnocování činností dle interní Metodiky práce Project Managera, leč nebylo zřejmé, jaký konkrétní mechanismus bude použit, kdo kontrolu provádí, v jakých intervalech, podle jakých kritérií a jakým způsobem budou výsledky hodnoceny.
27. Dodatečně předložené dokumenty nebyly součástí původní projektové dokumentace a nemohou nahradit zákonnou povinnost popsat způsob kontroly a hodnocení přímo v ní. Zmínka žalovaného v bodě 86 napadeného rozhodnutí o povinnosti daňového subjektu vést průběžnou evidenci a zajistit důkazní prostředky k prokázání tvrzení uvedených v projektové dokumentaci nepředstavuje materiální hodnocení projektů, jde o procesní konstatování vyplývající z § 92 daňového řádu.
28. Pokud jde o dokazování, daňové orgány se s předloženými důkazními prostředky řádně vypořádaly. Žalovaný konstatoval, že odborné vyjádření nemůže odstranit zjištěné nedostatky projektů, jelikož spočívají ve formálních náležitostech projektové dokumentace, které musí být zřejmé již v době jejího vzniku. Odborné vyjádření předložené v rámci odvolacího řízení nemůže zpětně zhojit jejich absenci ani ovlivnit právní posouzení věci.
29. Argument žalobce, že neprovedení důkazu bylo překvapivé a že došlo k porušení § 115 daňového řádu, je dle žalovaného lichý. Povinnost dle § 115 daňového řádu nastává jen tehdy, hodlá-li správní orgán při rozhodování vycházet z nových skutečností nebo důkazů, což se nestalo.
30. K námitce žalobce, že žalovaný nerespektoval rozsudek sp. zn. 2 Afs 352/2023, žalovaný uvedl, že citovaný rozsudek byl zohledněn, avšak byl shledán neaplikovatelným. Závěry citovaného rozsudku vycházejí z odlišného skutkového stavu, když předmětem jeho posuzování byl rámcový vývojový projekt s obecně vymezenými, leč konkrétně technicky podloženými cíli (jak by mělo vyvíjené svařovací robotické pracoviště po vývoji fungovat a jakých výsledků má dosahovat), pročež Nejvyšší správní soud akceptoval stručnější formulaci cílů. Nejedná se tak o překonání ustálené judikatury, nýbrž o odlišný postup soudu ve specifické situaci.
Další vyjádření
31. V replice žalobce zopakoval svou argumentaci ze žaloby. K názvům projektů žalobce podotkl, že je zřejmé, že se jedná o vývoj softwaru, a to pro řízení letového provozu, přičemž výsledkem má být nový či výrazně zlepšený software. Nelze pod ně tedy zařadit jakoukoli jinou činnost žalobce, např. vývoj 3D simulátoru či vývoj víceúčelových nástrojů pro distribuci dat. K cílům projektů pak doplnil, že cílem činnosti VaV je přinést nové vědomostní, technické či jiné poznatky, a to za využití kreativní a experimentální činnosti, jejíž výsledek nelze předjímat.
Jednání před soudem
32. Při jednání dne 16. 2. 2026 žalobce i žalovaný setrvali na svých procesních stanoviscích, odkázali na svá písemná podání a shrnuli svou argumentaci. Soud zamítl návrh žalobce na provedení důkazu znaleckými posudky a odborným vyjádřením, a to pro nadbytečnost, neboť směřují mimo předmět řízení. Napadené rozhodnutí je založeno na nesplnění formálních náležitostí projektové dokumentace, zatímco dokazování by směřovalo k posouzení materiálních náležitostí projektové dokumentace, resp. projektu (viz vypořádání žalobních námitek níže).
Posouzení žaloby soudem
33. Soud přezkoumal napadené rozhodnutí, včetně řízení, jež jeho vydání předcházelo, v mezích žalobních bodů, jimiž je vázán, vycházeje přitom ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodnutí správního orgánu [§ 75 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“)].
34. Po posouzení věci dospěl soud k závěru, že žaloba není důvodná.
35. Soud uvádí, že žalobce v žalobě v podstatné míře jen opakuje, co již namítal v odvolání. Za situace, kdy žalobce vůči vypořádání odvolacích námitek neuplatňuje konkrétní a usouvztažněné pochyby, argumentaci správních orgánů konkrétně nevyvrací, s jednotlivými úvahami správních orgánů přímo nepolemizuje, ale jen opakuje to, na co už bylo reagováno, se soudu neotvírá možnost, aby působil jako arbitr mezi konkurujícími argumenty. Role soudu proto zůstává v tom, aby přezkoumal, zda úvahy správních orgánů jsou racionální a logicky soudržné, přičemž v tomto ohledu v napadeném rozhodnutí soud žádné deficity, které by měly vliv na zákonnost rozhodnutí, neshledal. Soud proto k jednotlivým námitkám obecně odkazuje na argumentaci žalovaného obsaženou v napadeném rozhodnutí, kterou níže stručně shrnuje a s níž se ztotožňuje (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005-130, Sb. NSS 1350/2007), případně ji soud rozvíjí o vlastní úvahy.
36. Soud se nejprve zabýval námitkou nepřezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí. O nepřezkoumatelnosti pro nedostatek důvodů lze hovořit v situaci, kdy se správní orgán v rozhodnutí řádně nevypořádá se všemi námitkami účastníků řízení, případně své rozhodnutí neodůvodní vůbec nebo nedostatečně vzhledem k požadavkům zákona (viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 12. 2006, sp. zn. 2 As 37/2006). Jak judikoval již Vrchní soud v Praze [viz rozsudek ze dne 26. 2. 1993, sp. zn. 6 A 48/92 (SJS 27/0; SP 27/1994); shodně rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 6. 2010, č. j. 9 As 66/2009-46], z odůvodnění rozhodnutí musí být seznatelné, proč správní orgán považuje námitky účastníka za liché, mylné nebo vyvrácené, které skutečnosti vzal za podklad svého rozhodnutí, proč považuje skutečnosti předestírané účastníkem za nerozhodné, nesprávné, nebo jinými řádně provedenými důkazy vyvrácené, podle které právní normy rozhodl a jakými úvahami se řídil při hodnocení důkazů. Nutno dodat, že dle ustálené judikatury tvoří rozhodnutí správních orgánů obou stupňů z hlediska soudního přezkumu jeden celek (usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 10. 2004, č. j. 5 Afs 16/2003-56, Sb. NSS 534/2005, a rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 10. 2014, č. j. 6 As 161/2013-25). Jak plyne z níže uvedeného vypořádání žalobních námitek, daňové orgány svá rozhodnutí odůvodnily řádně a dostatečně.
37. Soud nevešel na námitku žalobce, že z napadeného rozhodnutí není patrné, zda vytýkané vady směřují proti projektové dokumentaci 2020, či projektové dokumentaci 2021. Jak správně podotkl žalovaný, v bodě 1 napadeného rozhodnutí uvedl, že rozhodl o odvolání proti oběma prvostupňovým rozhodnutím jedním rozhodnutím, čímž je jasně určeno, že napadené rozhodnutí pokrývá oba projekty.
38. Soud konstatuje, že žalobce svou námitku pojal zcela obecně, aniž by uvedl konkrétní příklad toho, kdy mu údajná nejasnost určité části napadeného rozhodnutí brání rozporovat závěry žalovaného; ostatně ze žaloby ani není nijak patrné, že by to žalobci bránilo ve formulaci žalobních bodů. Z napadeného rozhodnutí je dle soudu evidentní, že se výtky žalovaného týkají obou projektů a obou projektových dokumentací, přičemž jejich základ je shodný. V případě potřeby napadené rozhodnutí mezi projekty a projektovými dokumentacemi rozlišuje, viz např. body 54–61 napadeného rozhodnutí věnující se shrnutí obsahu projektových dokumentací. Použití jednotného čísla u slova „projekt“ a sousloví „projektová dokumentace“ nezakládá nepřezkoumatelnost napadeného rozhodnutí. Z kontextu je zřejmé, o čem žalovaný hovoří, přičemž v některých případech jde o abstraktní pojmy, nikoli o projekty a projektové dokumentace žalobce (tedy žalovaný vysvětluje, co musí splňovat každý projekt a každá projektová dokumentace).
39. Soud se shoduje s žalovaným, že část napadeného rozhodnutí označená III. Právní základ případu představuje metodický a interpretační základ, z něhož vychází konkrétní aplikace na skutkový stav projednávané věci a jednotlivé námitky žalobce. Podstatné je, že ta část napadeného rozhodnutí, která vypořádává odvolací námitky, zahrnuje konkrétní argumentaci žalovaného (opírající se o skutkový stav, právní předpisy a judikaturu), případně žalovaný odkazuje i na části napadeného rozhodnutí obsahující obecná východiska, čemuž nemá soud co vytknout. Z těchto odkazů je tak vždy zřejmé, k jakým bodům odvolání se vztahují konkrétní body části napadeného rozhodnutí označené III. Právní základ případu.
40. Podle § 34ba odst. 2 písm. a) ZDP v oznámení podle odstavce 1 je poplatník povinen uvést název projektu výzkumu a vývoje vystihující jeho obecné zaměření.
41. Relevantní část pokynu MF-17 zní: „Název projektu, který slouží pouze k přiřazení Oznámení k projektové dokumentaci (v níž je poplatník povinen název projektu výzkumu a vývoje také uvést), musí však vystihovat obecné zaměření projektu výzkumu a vývoje, aby nemohlo dojít k zaměnitelnosti projektových dokumentací. Délka názvu projektu výzkumu a vývoje není rozhodná, z názvu ale musí být rámcově zřejmé např. jakou činností (oborem, výrobkem) se poplatník hodlá zabývat nebo k jakému výsledku výzkumu a vývoje bude v rámci dosahování cíle směřovat atd. (nestačí tedy uvést označení např. prostřednictvím jednotlivých písmen nebo číselného kódu).“.
42. Co se týče názvů projektů, soud se ztotožňuje s žalovaným, že jsou formulovány obecně a rovněž rozlišení mezi projektem za rok 2020 a 2021 není dostačující, k čemuž soud odkazuje na body 52–53 napadeného rozhodnutí a str. 5–6 zprávy o daňové kontrole. Soud akcentuje, že dotčená formální vada oznámení nebyla sama o sobě důvodem pro neuznání nároku na odpočet na podporu VaV, nosným důvodem rozhodnutí správce daně bylo to, že projektové dokumentace obou projektů nesplňovaly formální požadavky dle § 34c odst. 1 písm. c) a f) ZDP. Až po předložení obou projektových dokumentací bylo postaveno na jisto, že názvy obou projektů nesplňují požadavky § 34ba odst. 2 písm. a) ZDP (body 116–117 napadeného rozhodnutí).
43. Soud má za to, že žalobce nesprávně klade důraz na formulaci, že název projektu slouží pouze k přiřazení oznámení k projektové dokumentaci. Opomíjí přitom kontext a smysl této části pokynu MF-17 vycházející z dikce § 34ba odst. 2 písm. a) ZDP. Již jen fakt, že se oba projekty jmenují stejně a odlišuje je toliko letopočet, by mohl vést k záměně jejich projektových dokumentací. Okolnost, že činnost/obor/výrobek má být zřejmý alespoň rámcově, pak neznamená, že je možné zvolit zcela obecné vymezení, které by zastřešovalo v podstatě celý široký obor, zde software pro řízení letového provozu. Ostatně i žalobcem použitá formulace „nový nebo výrazně zlepšený“ je dosti nespecifická, jen stěží bude totiž žalobce vyvíjet starý či nijak nezlepšený software, přičemž pojem „zlepšený“ je povšechný (přitom si lze představit, že by žalobce uvedl i konkrétní zlepšení – produktivita, stabilita, spolehlivost, dostupnost atd.).
44. Žalobce poukázal na to, že se kromě vývoje nového nebo výrazně zlepšeného softwaru pro řízení letového provozu věnuje také jiným činnostem, pročež je od nich projekt odlišen. Dle soudu však není dostačující, pokud žalobce své projekty nazve Vývoj nových nebo výrazně zlepšených systémových a softwarových řešení pro řízení letového provozu [v roce 2021]. Pojem „software pro řízení letového provozu“ dle soudu reprezentuje širokou oblast činností VaV, což dokládá i skutečnost, že obě projektové dokumentace zahrnují celou řadu vývojových činností. To, že žalobce z řady svých činností (např. vývoj 3D simulátoru či vývoj víceúčelových nástrojů pro distribuci dat) vymezil pro projekt jen jednu z nich, tak ještě neznamená, že je takové vymezení dostačující, tedy že identifikuje konkrétní zaměření projektu.
45. Shodně s žalovaným pak soud považuje za nedostačující rozlišení obou projektů tím, že k pozdějšímu projektu žalobce připojil letopočet. Dle soudu to jen potvrzuje, že je název projektu příliš obecný a široký, když ho žalobce použil znovu, s nicneříkajícím dodatkem daného roku.
46. Teze žalobce, že neexistuje zákonný ani metodický požadavek na míru určitosti či kvalitu názvu projektu, je lichá. Zákon i metodika poskytují daňovým subjektům možnost zvolit si takový název, který odpovídá specifikům jejich činnosti VaV. Výslovné, striktní či kazuistické požadavky na název projektu by mohly vést k vyloučení některých projektů VaV z daňové podpory jen z formálních důvodů. Podstatný je smysl daného zákonného požadavku, který obecně vyložil pokyn MF-17. Míru určitosti proto správní orgán posuzuje v každém případě individuálně optikou smyslu zákonného požadavku, přičemž v nyní projednávané věci tak daňové orgány učinily dostatečně a správně.
47. Podle § 74 odst. 1 daňového řádu, ve znění do 31. 12. 2025, správce daně vyzve podatele, aby ve stanovené lhůtě odstranil vady podání,
a) pro které není způsobilé k projednání,
b) pro které nemůže mít předpokládané účinky pro správu daní,
c) které spočívají ve skutečnosti, že podání nebylo učiněno stanoveným způsobem, a které nejsou současně vadami podle písmene a) nebo b), nebo
d) které spočívají ve skutečnosti, že podání nebylo učiněno ve stanoveném formátu nebo struktuře, a které nejsou současně vadami podle písmene a) nebo b).
48. Soud považuje za nedůvodnou související námitku žalobce, že měl být vyzván k odstranění vad podání dle § 74 daňového řádu, a odkazuje na body 108–119 napadeného rozhodnutí. Z výše uvedené citace daného ustanovení je zjevné, že slouží k odstranění ryze formálních vad podání, tedy takových, kdy je podání neúplné, nesrozumitelné, neurčité, nečitelné apod., a pro takový nedostatek podání nelze řízení či postup provést nebo v něm pokračovat. Vada vytýkaná oznámením žalobce však do této kategorie dle soudu nespadá. Jedná se o vadu s hmotněprávními důsledky, kdy řízení může proběhnout a také skutečně proběhlo, leč s negativním věcným výsledkem pro žalobce, tj. neuznáním žalobcova nároku na odpočet na podporu VaV.
49. Účastníci daňových řízení mají právo na to, aby je daňové orgány vyzvaly k odstranění takových vad, kvůli nimž by jejich podání vůbec nebylo možné pojednat (a neučiní-li tak, stane se jejich podání neúčinným, což je procesní neúspěch). Nemají ovšem právo na to, aby byli vyzýváni k odstranění vad podání, byť svou povahou formálních, které povedou k jejich věcnému neúspěchu v řízení.
50. Mimoto jak již soud uvedl výše, existence dotčené vady podání nebyla zřejmá od počátku, ale byla postavena na jisto až po předložení projektových dokumentací. Vady podání ve smyslu § 74 daňového řádu lze přitom v zásadě zjistit prima facie, nevyžadují hlubší úvahu ani shromažďování podkladů.
51. Okolnost, že pokyn MF-17 označuje oznámení dle § 34ba ZDP za podání ve smyslu § 70–74 daňového řádu, považuje soud za bezpředmětnou – žalovaný nijak nerozporoval, že tomu tak je (bod 111 napadeného rozhodnutí) a ani soud o tom nepochybuje. Podstatná je povaha vady, která v daném případě neměla být odstraňována postupem dle § 74 daňového řádu.
52. Podle § 34ba odst. 1 ZDP poplatník, který hodlá v souvislosti s realizací projektu výzkumu a vývoje odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, oznámí tuto skutečnost správci daně zvlášť za jednotlivý projekt výzkumu a vývoje.
53. Ohledně otázky, zda je třeba za každou vývojovou činnost podat samostatné oznámení a projektovou dokumentaci a zda se projekt může skládat z dílčích podprojektů, soud nejprve podotýká, že se žalobcem zmíněný rozsudek sp. zn. 7 Afs 447/2018 sice zabýval situací, kdy se řešený projekt skládal z podprojektů, což nebylo žalobci daňovými orgány vyčítáno, podstatou sporu však byla otázka, zda tamější žalobce doložil, že se v případě jím označených podprojektů vůbec jedná o projekty VaV ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Daný judikát tak nepřináší žádná vodítka pro úvahy, za jakých okolností se projekt může skládat z podprojektů.
54. Soud má ve shodě s žalovaným za to, že aby se mohl projekt skládat z podprojektů nevyžadujících samostatné oznámení a projektovou dokumentaci, musí být dán jednotný cíl projektu (body 75, 76, 92 a 94 napadeného rozhodnutí). Jinými slovy dle soudu musí podprojekty tvořit integrální součást výsledného projektu. Umožňuje-li projekt svým zaměřením a definicí zastřešit řadu projektů, které náleží do téže oblasti, jsou ovšem samostatné, s tím, že všechny tyto projekty vedou ke zlepšení dané oblasti (jakémusi ideovému cíli), pak to dle soudu nelze považovat za projekt sestávající z podprojektů. Podle této logiky by daňový subjekt mohl například oznámit projekt „zlepšení softwaru osobních automobilů“, což může zahrnovat ovládací prvky automobilu, infotainment, navigaci a konektivitu, asistenty řízení (včetně autonomního řízení), zabezpečení proti odcizení a hackerským útokům atd. Každá z těchto komponent sice vede k tomu, že software osobních automobilů bude nějak zlepšen, každá je ovšem zároveň samostatná a má své vlastní cíle (pohodlí, bezpečnost aj.).
55. Pokud jde o související námitku žalobce, že posouzení provázanosti jednotlivých dílčích činností v rámci projektů představuje odbornou otázku, kterou si daňové orgány nemohou posoudit samy, soud konstatuje, že z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021-57, citovaného žalovaným v bodech 37 a 150 napadeného rozhodnutí vyplývá, že cíle projektu mají být stanoveny tak, aby jim v základních aspektech porozuměl i laik, pročež je mohou posuzovat i daňové orgány. Jestliže tedy mohou daňové orgány posuzovat stanovení cílů, pak nepochybně mohou hodnotit i jejich provázanost. Stěžejní z hlediska daňových orgánů byla skutečnost, že údajné podprojekty měly vlastní samostatné cíle a byly samostatně prodejné, čemuž soud přitakává, neboť samostatná prodejnost určitého produktu svědčí o jeho autonomii z hlediska VaV. Některé vývojové činnosti byly realizovány na základě jednotlivých zakázek – požadavků konkrétních zákazníků (str. 12–13 zprávy o daňové kontrole), takže je zjevné, že řešily pouze jejich partikulární požadavky coby cíle dané samostatné vývojové činnosti.
56. Žalovaný v bodě 71 napadeného rozhodnutí zmínil, že tuto skutečnost potvrdil i odborný konzultant, jenž při ústním jednání (protokol č. j. 327493/23/2809-60563-609732) uvedl, že jednotlivé komponenty si zákazníci mohou zakoupit samostatně, čímž dosvědčil, že se nejednalo o ucelený blok VaV, ale každá z vývojových činností řešila samostatný úkol, případně měla samostatný cíl. Soud poznamenává, že dle dotčeného protokolu odborný konzultant sdělil, že komponenty tvoří jeden ucelený systém, ovšem může nastat situace, kdy si zákazník nechá nainstalovat jen část komponent, interpretace žalovaného je tak věcně správná.
57. Co se týče dokazování souvisejícího s touto problematikou, poněvadž soud neshledal, že by bylo třeba odborných znalostí, jsou závěry žalovaného vztahující se ke znaleckým posudkům a odbornému vyjádření správné. Jelikož žalobce vznesl k dokazování vícero dílčích námitek, soud je pro přehlednost vypořádává uceleně níže.
58. Podle § 34c odst. 1 písm. c) a f) ZDP k projektu výzkumu a vývoje, ke kterému se váže oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, poplatník zpracuje projektovou dokumentaci, ve které uvede oznámený název projektu výzkumu a vývoje a vymezí činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje. Projektová dokumentace obsahuje základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou:
c) cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení,
f) způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků prováděných ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje.
59. Soud se ztotožňuje se závěry žalovaného týkajícími se § 34c odst. 1 písm. c) ZDP, které jsou uvedeny v bodech 54–77 napadeného rozhodnutí. K námitce žalobce, že žalovaný směšuje cíle projektu na jedné straně a způsob kontroly projektu či prokazování prvku novosti na straně druhé, soud uvádí, že je lichá. Žalovaný pouze vysvětluje, jaký smysl a účel má požadavek na řádné vymezení cílů projektu, což nelze bez toho, aby žalovaný osvětlil širší kontext problematiky VaV.
60. Hovoří-li tedy žalovaný v bodech 67, 69 a 74 napadeného rozhodnutí o prokazování prvku novosti, nečiní tak proto, aby hodnotil tento prvek z materiálního hlediska, nýbrž proto, že objasňuje, jak mají být formálně správně definovány cíle projektu. Prvek novosti musí být vysvětlen ve srovnání se stávajícím stavem poznání. Dle soudu je tudíž zřejmé, že žalovaný posuzoval formální náležitosti projektové dokumentace – formální popis prvku novosti, nikoli materiální aspekt, zda se skutečně jedná o prvek novosti. Nelze tak ani hovořit o vnitřní rozpornosti napadeného rozhodnutí, kdy žalobce poukazoval na jeho body 69 a 132. Koneckonců není-li prvek novosti formálně správně vymezen, tak ho ani materiálně hodnotit nelze, jelikož vůbec není zřejmé, co má být hodnoceno.
61. Žalovaný přitom v bodě 67 zmínil, co považuje za formální nároky kladené na cíle projektu, tj. že cíle musí být stanoveny konkrétně, specificky a měřitelně, což následně v tomto bodě rozvíjí.
62. V souvislosti s tím soud odmítá tezi žalobce, že výsledek činnosti VaV nelze předjímat. Pochopitelně nelze předvídat, zda bude činnost VaV úspěšná, přičemž nelze vyloučit ani to, že se dobere k jiným, nečekaným výsledkům. Na druhou stranu si lze jen stěží představit činnost VaV, která by probíhala zcela bez stanovení konkrétních cílů s tím, že se bude jen tak experimentovat a „něco“ se vyzkoumá či vyvine. Takový přístup nelze označit za racionální a vědecký. Ten, kdo vykonává činnost VaV, musí na základě stávajícího stavu poznání předpokládat, čeho, jak a proč chce touto činností dosáhnout, což si následně potvrdí, nebo vyvrátí.
63. Žalovaný podrobně a přezkoumatelně odůvodnil, proč považuje vymezení cílů projektů za vágní a proč to umožňuje zařadit do projektu jakoukoli budoucí zakázku. Dle soudu je zcela logické, že uvádí‑li projekt vágní vymezení cílů, bude možné je využít na jakoukoli budoucí činnost VaV, která bude spadat pod stejně vágní název projektu. Popis cílů jako je např. „nové poznatky“, „nové algoritmy“ a „nová softwarová řešení“ bez bližšího vymezení je dle soudu nedostačující. Absentuje popis stávajícího technického stavu a zdůvodnění potřeby změn, není tak zřejmé, v čem se má nové řešení lišit. To je v rozporu s ustálenou judikaturou (viz její přehled v bodech 37–39 napadeného rozhodnutí).
64. Soud přitom již výše aproboval závěr žalovaného, že jednotlivé dílčí činnosti projektů nejsou provázené, nýbrž samostatné, což jen potvrzuje závěr o neurčitosti definice cílů projektů, která to svým vágním pojetím umožňuje.
65. Pokud žalovaný v bodě 65 hovoří o tom, že u jednoho z cílů, uvedeného jako příklad, nelze vyvodit, „jak bude dosažení cílů vyhodnoceno“, pak to není směšování cílů projektu a způsobu kontroly projektu, protože sám § 34c odst. 1 písm. c) ZDP hovoří o tom, že cíle projektu mají být vyhodnotitelné po jeho ukončení. Nejde tedy o metodiku kontroly a hodnocení postupu řešení projektu dle § 34c odst. 1 písm. f) ZDP, ale o to, že cíl je stanoven natolik neurčitě, ho ani vyhodnotit nelze.
66. Co se týče dílčích námitek žalobce k bodům 70–77 napadeného rozhodnutí, jsou všechny nedůvodné, přičemž jsou založeny na přehlížení souvislostí. Žalovaný v předchozích bodech ozřejmil, z jakých důvodů cíle projektů nesplňují formální náležitosti dle § 34c odst. 1 písm. c) ZDP, v dotčených bodech pak zasazuje své závěry do celkového kontextu. Proto zde hovoří o obecné formulaci projektů, což dle soudu zahrnuje jak cíle projektu, tak jeho název. Dále žalovaný hovoří o samostatnosti vývojových úkolů s tím, že se nejednalo o jednotný projekt, nýbrž o soubor samostatných projektů, což dle soudu potvrzuje vágnost stanovených cílů. Zmiňuje-li žalovaný popis jednotlivých vývojových činností, činí tak proto, aby potvrdil své závěry o neurčitosti cílů projektů, k čemuž nepochybně může využít i jinou část projektové dokumentace. Ani hodnocení, jakým způsobem byly po zahájení projektu realizovány (objednávány) jednotlivé zakázky, nevykračuje z hodnocení formálních náležitostí projektové dokumentace – jde o další důkaz toho, že cíle byly samostatné. K argumentaci žalovaného prvkem novosti se soud vyjádřil výše.
67. Námitka žalobce, že neexistuje zákonný požadavek na míru určitosti či kvalitu projektové dokumentace, nemůže být úspěšná. Obdobnou námitku žalobce vznesl již ve vztahu k názvu projektu, soud tak jen stručně opakuje, že zákon nemůže být přehnaně detailní a kazuistický, podstatný je jeho smysl a následná správní praxe, metodika a judikatura. Úvahám žalovaného stran nedostatečné míry určitosti projektové dokumentace pak nemá soud co vytknout.
68. S žalobcem odkazovaným rozsudkem sp. zn. 2 Afs 352/2023 se žalovaný vypořádal v bodech 140–144, přičemž soud považuje argumenty žalovaného za správné. Soud konstatuje, že dotčený rozsudek v bodech 35–36 cituje judikaturu, kterou uvádí i napadené rozhodnutí a která klade důraz na splnění formálních náležitostí podmínek odpočtu na podporu VaV stanovených ZDP. S touto judikaturou dotčený rozsudek nijak nepolemizuje a není z něj ani zřejmé, že má za cíl ji překonat či upřesnit. Žalovaný pak odkazuje na rozsudky jiných senátů Nejvyššího správního soudu z téhož období, které ve srovnatelných případech dospěly k jiným závěrům než dotčený rozsudek. Žalovaný též poukazuje na to, že je nutné každý případ posoudit individuálně, s čímž se soud ztotožňuje. Postup žalobce v nyní projednávané věci není porovnatelný s věcí řešenou dotčeným rozsudkem, poněvadž dotčený rozsudek vyšel ze stavu, kdy tamější žalobce v projektu ve funkčních a procesních rysech popsal, jak by mělo (vyvíjené) svařovací robotické pracoviště po vývoji fungovat a jakých výsledků má dosahovat, zatímco žalobce koncipoval cíle jednotlivých projektů natolik obecně, aby v budoucnosti bylo možné pod takový cíl zařadit neomezené množství různých zakázek.
69. Soud proto uzavírá, že dotčený rozsudek není přenositelný na nyní projednávanou věc s ohledem na skutkové odlišnosti. Neuplatní se proto ani zásada in dubio mitius (pro libertate). Mimoto je otázkou, zda dotčený rozsudek nepředstavuje ojedinělé vybočení z ustálené judikatury, která je jinak striktní ve svých požadavcích na formální náležitosti projektů.
70. Soud se ztotožňuje se závěry žalovaného týkajícími se § 34c odst. 1 písm. f) ZDP, tj. kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, které jsou uvedeny v bodech 78–94 napadeného rozhodnutí. Projektové dokumentace sice obsahují část 3. Způsob kontroly a hodnocení postupu řešení Projektu a dosažených výsledků, ta je však dle žalovaného obecná a nedostačující. Tato část odkazuje na interní pravidla žalobce (Metodika práce Project Managera), přičemž vývojové úkoly jsou stanovovány a průběžně vyhodnocovány v rámci pravidelných porad týmu (průběžné schůzky a porady), které probíhají cca 1x týdně. Takové vymezení kontroly a hodnocení postupu řešení projektu je dle soudu velmi obecné. Dalo by se dovodit, ovšem bez jakýchkoli potřebných detailů, že projekt bude kontrolovat a vyhodnocovat někdo v pozici Project Manager, ale také to může být celý tým, neboť jsou zmíněny jeho porady. Je vyjádřena četnost porad týmu, která je ovšem orientační a není rozlišena dle fází projektu. Mechanismus kontroly a hodnocení postupu řešení projektu seznat nelze, stejně tak není zřejmé, jak přesně budou výsledky tohoto procesu zaznamenány (z odkazu na úložiště dat lze zjistit jen to, jakým technickým způsobem jsou dokumenty související s projektem ukládány). Není ani stanoveno, co lze považovat za úspěch či neúspěch projektu, k čemuž soud odkazuje na výše uvedené závěry ohledně nedostatečné vyhodnotitelnosti cílů projektu. Rovněž je odkazováno na interní předpisy, čímž ovšem nelze suplovat zákonem požadované vymezení kontroly a hodnocení postupu řešení projektu (viz bod 82 napadeného rozhodnutí).
71. Soud považuje za nedůvodnou námitku žalobce, že žalovaný posuzoval faktické (ne)plnění kontroly a hodnocení postupu řešení projektu namísto formálních náležitostí projektové dokumentace.
72. Správce daně si vyžádal hodnotící zprávy k projektům, které mu nebyly předloženy s tím, že informace hodnotící jednotlivé vývojové činnosti jsou uvedeny ve více dokumentech. Žalobce jako doklady související se způsobem kontroly a hodnocení postupu řešení projektu předložil zápisy z projektových schůzek, výsledky testování, popisy změn systému a vyhodnocení všech vývojových činností. Dále předložil konečné technické zprávy se záznamem o průběhu akceptačních testů vznikající na úrovni vyvinuté funkcionality. Konečně předložil i vyhodnocení některých projektů.
73. K předloženým dokumentům daňové orgány podotkly, že projektová dokumentace musí splňovat všechny zákonné požadavky již při svém vzniku, tedy v době, kdy je projekt schvalován a realizován. Dodatečné doplňování či úpravy nejsou přípustné. Pokud projektová dokumentace nesplňuje konkrétní zákonné náležitosti, nelze je suplovat odkazem na interní předpisy nebo obecné firemní postupy. Tím daly daňové orgány dle soudu jednoznačně najevo, že tyto dokumenty nemohou zhojit nedostatky formálních náležitostí projektové dokumentace a potvrdily tím, že posuzují právě tyto formální náležitosti.
74. Argument žalobce, že se jedná o výstupy z kontroly a hodnocení projektu, které logicky musely vzniknout až po jeho zahájení a nemohly být součástí projektové dokumentace, je tedy mimoběžný s nosnými důvody této části napadeného rozhodnutí.
75. Je pravda, že se daňové orgány vyjádřily také k obsahu žalobcem předložených dokumentů. Daňové orgány zjistily, že z těchto dokumentů žádné relevantní výsledky kontrol a hodnocení postupu řešení projektu nevyplývají, popř. není zřejmé, kdo a kdy dokumenty vypracoval (viz body 83–84 napadeného rozhodnutí a str. 15–16 zprávy o daňové kontrole). Žalobce se přitom v žalobě k tomuto hodnocení jím předložených dokumentů daňovými orgány nijak nevyjádřil. Byť se jedná o závěry k průběhu či výsledku kontrol a hodnocení postupu řešení projektu, neznamená to, že by daňové orgány postavily svá rozhodnutí na těchto skutečnostech. Jedná se pouze o dokreslující fakta a doklad toho, že na základě formálně vadné projektové dokumentace reálně nevznikly žádné řádné výstupy kontroly a hodnocení postupu řešení projektu.
76. Zmínka žalovaného v bodě 86 napadeného rozhodnutí o povinnosti daňového subjektu vést průběžnou evidenci a zajistit důkazní prostředky k prokázání tvrzení uvedených v projektové dokumentaci je skutečně obecným konstatováním povinnosti vyplývající z § 92 daňového řádu. Z navazujícího bodu 87 napadeného rozhodnutí pak sice vyplývá, že žalobce neunesl své důkazní břemeno k tomu, že skutečně prováděl kontrolu a hodnocení postupu řešení projektu, ovšem jak již soud uvedl výše, nejedná se o nosný důvod napadeného rozhodnutí. Tím jsou formální nedostatky projektové dokumentace, přičemž neprovádění kontroly a hodnocení postupu řešení projektu žalobcem tento nosný důvod nevyvrací, ale dále potvrzuje. Tato úvaha žalovaného je pak shrnuta v bodě 91 napadeného rozhodnutí – primární jsou formální nedostatky projektové dokumentace, sekundární je neunesení důkazního břemene ohledně provádění kontroly a hodnocení postupu řešení projektu s tím, že čím je formulace v projektové dokumentaci obecnější, o to preciznější musí být důkazy o skutečném provádění kontroly a hodnocení postupu řešení projektu.
77. Stran dokazování soud nejprve opakuje výše uvedený závěr, že pro posouzení provázanosti jednotlivých dílčích činností v rámci projektu není třeba odborných znalostí.
78. Se znaleckými posudky se žalovaný vypořádal v bodech 131–132 napadeného rozhodnutí tak, že se zabývají otázkou, zda žalobce při realizaci projektů prováděl činnosti VaV, tj. nemají vliv na posouzení, zda projekty splňují zákonné požadavky na formální náležitosti. K této otázce se ostatně ani vyjadřovat nemohou, neboť je to otázka právní. Soud ověřil, že takto bylo skutečně formulováno zadání obou znaleckých posudků (bod 1.2 Zadání znaleckého posudku a tam položené otázky). Z hlediska splnění zákonných požadavků na formální náležitosti jsou tedy dle soudu irelevantní.
79. Odborné vyjádření a jeho neprovedení žalovaný vypořádal v bodech 145–151 napadeného rozhodnutí. Žalovaný zde nejprve s odkazem na judikaturu vysvětlil, že není povinen provést všechny navržené důkazy. Dále ozřejmil, že za důkazy nelze považovat rozličná dobrozdání a stanoviska, neboť jejich předmětem není skutková otázka, nýbrž otázka právní, kterou si ovšem musí posoudit správní orgán. Následně žalovaný konstatoval, že odborné vyjádření nemůže odstranit zjištěné nedostatky obou projektů, tudíž je provedení tohoto důkazního prostředku nadbytečné.
80. Soud těmto argumentům a závěrům žalovaného přitakává. To, zda projektová dokumentace splňuje zákonné požadavky na formální náležitosti, je otázka právní, pročež ji musí posoudit daňové orgány. Odborné vyjádření není důkazem o splnění zákonných náležitostí, nýbrž právním názorem třetí osoby, který podporuje názor žalobce. Nutno dodat, že žalobce svou tezi uvedenou v žalobě, že odborné vyjádření prokazuje provázanost jednotlivých činností v rámci projektu, nijak blíže nerozvinul. Odborné vyjádření ovšem nemůže cokoli prokazovat ve vztahu ke skutkovému stavu, může pouze předestřít určitou argumentaci. Pokud ji tedy chtěl žalobce uplatnit v řízení před soudem, měl ji zahrnout do žaloby, pouhý odkaz na existenci odborného vyjádření nemůže vést k tomu, aby se soud tam obsaženou argumentací zabýval.
81. Podle § 115 odst. 2 věta první daňového řádu provádí-li odvolací orgán v rámci odvolacího řízení dokazování, seznámí před vydáním rozhodnutí o odvolání odvolatele se zjištěnými skutečnostmi a důkazy, které je prokazují, a umožní mu, aby se k nim ve stanovené lhůtě vyjádřil, popřípadě navrhl provedení dalších důkazních prostředků.
82. S ohledem na to, že žalovaný neprovedl dokazování odborným vyjádřením, nebyl důvod postupovat dle § 115 odst. 2 věta první daňového řádu, který se uplatní jen v případě, že bylo dokazování provedeno. Námitka žalobce je tedy nedůvodná, a to i pokud jde o údajnou překvapivost napadeného rozhodnutí. O překvapivém rozhodnutí by bylo možné hovořit tehdy, změnil-li by žalovaný právní názor oproti správci daně a neseznámil-li by s tím žalobce. Neprovedení dokazování nemůže být překvapivé jen proto, že se žalobce domnívá, že jím navržené důkazní prostředky budou provedeny a že mu to bude ku prospěchu.
83. Konečně soud nevešel na námitku, že bylo porušeno legitimní očekávání žalobce. Jak vyplývá z výše uvedeného, daňové orgány postupovaly v souladu se zákonem, judikaturou i metodikou.
Závěr
84. Soud tedy neshledal žalobu důvodnou, a proto ji podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.
85. Protože žalobce nebyl ve sporu úspěšný a žalovanému žádné účelně vynaložené náklady v řízení nevznikly, soud ve druhém výroku rozsudku v souladu s § 60 odst. 1 s. ř. s. rozhodl, že žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Poučení:
Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.
Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.
Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.
V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.
Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.
Praha 16. února 2026
Milan Tauber v.r.
předseda senátu
Shodu s prvopisem potvrzuje M. S.
