Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Sylvy Šiškeové a soudců Tomáše Kocourka a Karla Šimky v právní věci žalobkyně: HACIENDA MEXICANA s.r.o., se sídlem Českobratrská 1403/2, Ostrava, zast. JUDr. Alfrédem Šrámkem, advokátem, se sídlem Českobratrská 1403/2, Ostrava, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 30. 3. 2023, č. j. 10577/23/5200‑11433‑706478, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 4. 9. 2025, č. j. 62 Af 22/2023‑189,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
- Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Přehled dosavadního řízení
[1] Finanční úřad pro Jihomoravský kraj (dále jen „správce daně“) doměřil žalobkyni podle pomůcek daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2013 a 2014 a v souvislosti s tím jí dodatečně zrušil daňovou ztrátu a stanovil penále. Proti dodatečným platebním výměrům podala žalobkyně odvolání, které žalovaný v záhlaví nadepsaným rozhodnutím zamítl a rozhodnutí správce daně potvrdil.
[2] Krajský soud v Brně (dále jen „krajský soud“) následně rozsudkem ze dne 22. 2. 2024, č. j. 62 Af 22/2023‑106, rozhodnutí žalovaného k žalobě žalobkyně zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. Ve svém rozsudku dovodil, že výše doměřené daně byla nepřiměřená. Žalovaný dle názoru krajského soudu pochybil, když ve svém odhadu daňové povinnosti žalobkyně nezohlednil ztráty surovin při poskytování restauračních služeb, které podle odborné literatury činí 4 – 10 % z nakoupených surovin v důsledku chyb kuchařů, expirací surovin apod. Dále se žalovaný dostatečně nevypořádal s odkazy žalobkyně na jiná restaurační zařízení působící v Brně, které podle veřejně dostupných zdrojů dosahují výrazně nižší obchodní přirážky.
[3] Rozsudek krajského soudu napadl žalovaný kasační stížností, které Nejvyšší správní soud (dále jen „NSS“) rozsudkem ze dne 11. 6. 2025, č. j. 2 Afs 66/2024‑62, vyhověl. V tomto zrušujícím rozsudku NSS uvedl, že problematika ztrát surovin má při poskytování restauračních služeb okrajový význam. Přirozené ztráty žalovaný při výpočtu daně kompenzoval ve prospěch žalobkyně tím, že vzal v potaz nadsazené slevy z tržeb v rámci věrnostních a reklamních programů. Nepřesnost v úvahách správce daně při určení výše daně stanovené podle pomůcek nezpůsobuje její nepřiměřenost. Aby mohl daňový subjekt účinně zpochybnit výši daně doměřené podle pomůcek, musí předestřít zcela konkrétní skutkovou verzi reality, z níž bude nepřiměřenost jasně vyplývat, a tato tvrzení podložit důkazy. Žalobkyně nedostála povinnosti tvrdit konkrétní okolnosti svědčící o nepřiměřenosti výše doměřené daně. Krajský soud do svých nosných úvah nesprávně zahrnul i srovnání žalobkyně s jinými restauračními zařízeními, neboť žalobkyně neprokázala, že se jedná o srovnatelné subjekty. NSS naznal, že způsob, jakým správce daně a žalovaný zdůvodnili výši doměřené daně, je zcela dostatečný a přesvědčivý.
[4] V dalším řízení krajský soud žalobu rozsudkem ze dne 4. 9. 2025, č. j. 62 Af 22/2023‑189, zamítl. Shledal, že v dané věci byly splněny všechny podmínky pro stanovení daně podle pomůcek. Žalobkyně byla sice během daňové kontroly aktivní, její aktivita však postrádala potřebnou kvalitu. Jí předložené důkazy nebyly dostatečně průkazné, věrohodné a relevantní, naopak ty důkazy, které potřebnou kvalitu mít mohly, žalobkyně nepředložila. Obraz o svém provozu, který daňovým orgánům předestřela, byl krajně nevěrohodný, a daň tudíž nebylo možné stanovit dokazováním.
[5] Krajský soud dále uvedl, že správním soudům nepřísluší přezkoumávat volbu a použití pomůcek správcem daně, leda by byl jeho postup zjevně nesprávný nebo nelogický. Daňový subjekt má tudíž v žalobě možnost polemizovat pouze s výsledným určením daňové povinnosti (s její přiměřeností). Námitky daňového subjektu mohou směřovat pouze proti excesům správce daně, tj. situaci, kdy je doměřená daň v hrubém nepoměru s tou, která měla být doměřena. V posuzované věci správce daně vycházel ze spolehlivě doložených nákladů na nákup materiálu a surovin ve vztahu k odhadovanému počtu porcí jednotlivých pokrmů a jejich velikostí. Krajský soud naznal, že v situaci, kdy správce daně neměl doložené tržby za prodej zboží a služeb, se jednalo o legitimně zvolené pomůcky. Obchodní přirážka nebyla vypočtena v excesivní výši. Neztotožnil se ani s námitkami žalobkyně stran určení velikosti prodávaných porcí jídel. Žalobkyně neprokázala své tvrzení, že enormní množství potravin ve skutečnosti zlikvidovala, průměrnou výši útraty zákazníka ani návštěvnost svého podniku. Krajský soud nepřisvědčil ani výhradám žalobkyně k vyhodnocení svědeckých výpovědí správcem daně. Ve výsledku krajský soud naznal, že správcem daně stanovená výše daně není nepřiměřená. Převzal od NSS závěr, že otázka ztrát potravin má pro posouzení věci marginální důležitost. Potenciální ztráty nadto byly správcem daně ve prospěch žalobkyně kompenzovány zohledněním nadsazených slev z tržeb v rámci reklamních a věrnostních programů. Žalobkyně se dovolávala srovnání svého provozu s hospodářskými výsledky jiných provozovatelů restauračních zařízení, ovšem ve znaleckém posudku, v němž je srovnání obsaženo, nejsou stanovena ani základní kritéria výběru porovnávaných zařízení. Srovnání tedy nemůže mít dostatečnou vypovídací hodnotu. Obdobné platí i pro srovnání s dalšími subjekty, na které žalobkyně odkazovala v průběhu daňového řízení. Krajský soud se věnoval rovněž konkrétním rozdílům mezi provozem žalobkyně a srovnávanými subjekty.
[6] Žalobkyně v dalším řízení před krajským soudem, které probíhalo po zrušení jeho prvního rozsudku ze strany NSS, předložila dodatek znaleckého posudku. Ani tento dokument nemůže dle krajského soudu na posouzení věci nic změnit. Jeho vypovídací hodnotu snižuje již zadání znaleckého úkolu. Dodatek srovnává hospodářské výsledky žalobkyně s výsledky společnosti HAVANA (která poskytla daňovým orgánům součinnost v podobě předložení informací o svém provozu) a s dalšími 28 restauračními subjekty. Ze srovnání má dle žalobkyně vyplývat, že neexistuje přímá úměra mezi kalkulační přirážkou a výší tržeb a z ní plynoucí daňové povinnosti. Rovněž má z dodatku vyplývat disproporce mezi tržbami společnosti HAVANA a tržbami žalobkyně odhadovanými daňovými orgány. Výsledků hospodaření, ke kterým dospěl žalovaný, tedy dle jejího názoru nemohla reálně dosáhnout. Krajský soud však uzavřel, že rozhodnutí žalovaného bylo odůvodněno dostatečně, a nebylo tedy třeba, aby přiměřenost výše doměřené daně žalovaný jakkoli blíže dokládal. Předmětem daňového řízení nadto nebylo vyčíslení obchodní přirážky (se zřetelem na přiměřenost jejího odhadu) ani existence úměry mezi ní a výší daňové povinnosti. Na výši daňové povinnosti má vliv řada aspektů a proměnných. Krajský soud nadto rovněž poukázal na rozdíly mezi komplexní analýzou obchodních přirážek žalobkyně, jak ji provedl ve svém rozhodnutí žalovaný, a toliko výběrovou analýzou přirážek společnosti HAVANA. Podobně neprůkazné je i žalobkyní prezentované srovnání s dalšími 28 restauračními subjekty. Žalovaný dostál své povinnosti na řádné zdůvodnění svého rozhodnutí.
II. Kasační stížnost a vyjádření žalovaného
[7] Proti rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (dále též „stěžovatelka“) kasační stížnost, jejíž důvody podřadila pod § 103 odst. 1 písm. a) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“). Navrhla rozsudek krajského soudu zrušit a věc mu vrátit k dalšímu řízení.
[8] Namítla, že odhad výše daně musí být učiněn na základě metody, která nesmí odporovat logickému myšlení. Správce daně dokazováním zjistil náklady na přípravu pokrmů a podle pomůcek určil výši obchodní přirážky, kterou náklady vynásobil. Daňové orgány však neověřily, zda jsou vypočtené tržby ve stěžovatelčině provozu vůbec dosažitelné. V této souvislosti stěžovatelka odkázala na dodatek ke znaleckému posudku, jenž tuto její hypotézu podporuje. Vypočteného hospodářského výsledku nedosahuje žádný ze stěžovatelčiných přímých konkurentů, na jejichž provoz v rámci daňového řízení poukazovala. Stěžovatelka uznala, že ji tíží důkazní břemeno ve vztahu k otázce srovnatelnosti jejího provozu s provozy jiných subjektů, které zmiňovala, je však v tomto ohledu velmi limitována tím, co lze o ostatních provozech zjistit z veřejně dostupných zdrojů. Výběr subjektů byl tudíž ovlivněn subjektivním vnímáním stěžovatelky. Stěžovatelka nemá možnost v duchu závěrů zrušujícího rozsudku NSS důkazní břemeno unést. Rozsudek NSS (jakož i krajského soudu a rozhodnutí daňových orgánů) tedy porušuje stěžovatelčino právo na spravedlivý proces.
[9] Stěžovatelka dále poukázala na skutečnost, že v návaznosti na první (zrušující) rozsudek krajského soudu vyzval správce daně srovnávané subjekty k poskytnutí údajů o svém provozu, přičemž pouze jeden z nich výzvě plně vyhověl. V návaznosti na to stěžovatelka požádala znalce o doplnění znaleckého posudku. Z dodatku znaleckého posudku vyplývá, že výpočet hospodářského výsledku stěžovatelky učiněný daňovými orgány je vůči srovnávanému subjektu (HAVANA) významně disproporční prakticky ve všech zkoumaných parametrech. Krajský soud se s dodatkem znaleckého posudku vypořádal nedostatečně, neboť tuto disproporci vůbec nehodnotil. Z dodatku přitom dále vyplývá, že náklady na suroviny byly u společnosti HAVANA a stěžovatelky srovnatelné. Srovnatelné byly i provozy v jejich restauracích, neboť se nacházely v podobné lokalitě a kvalitativně nabízely podobné služby. Pokud měly oba subjekty obdobně vysokou obchodní přirážku, není možné, aby měla stěžovatelka o 40 % vyšší tržby. Nadbytek v tržbách by musel mít svůj odraz i ve zvýšených nákladech, výši nákladů však daňové orgány nezpochybnily. Daňové orgány se tedy měly lépe vypořádat s otázkou rentability nákladů stěžovatelky. Důležitost rentability nákladů pro určení výše daňové povinnosti dle pomůcek akcentoval ve své judikatuře i NSS. Žalovaný odmítl srovnání s jinými subjekty s odůvodněním, že žádný srovnatelný subjekt nemohl dohledat, neboť stěžovatelka podnikala i v jiných oblastech než jen v restauračních službách. Toto odůvodnění stěžovatelka považuje za účelové, neboť velikosti porcí, které daňové orgány použily k výpočtu tržeb stěžovatelky, rovněž odhadly dle velikosti porcí u jiných subjektů. Daňové orgány se navíc zabývaly toliko restaurační činností stěžovatelky, její další podnikatelská činnost tudíž nebyla relevantní. Velikosti porcí si správce daně mohl u stěžovatelky ověřit prostřednictvím místního šetření.
[10] Krajský soud se měl ve svém rozsudku zabývat dodatkem ke znaleckému posudku. V řízení před krajským soudem je totiž možné provádět dokazovaní bez ohledu na to, zda ho NSS zavázal k zamítnutí žaloby. Původní závěry NSS vyjádřené v jeho zrušujícím rozsudku již nemohou ve světle dodatku obstát. Pochybnosti o srovnatelnosti porovnávaných subjektů jím totiž byly rozptýleny.
[11] Stěžovatelka dále namítla, že nebyla splněna ani podmínka stanovení daně dle pomůcek spočívající v nedostatku součinnosti daňového subjektu při daňové kontrole. Stěžovatelka totiž se správcem daně prokazatelně spolupracovala. Její snaha však narážela na odmítavý přístup správce daně, který považoval doklady předložené stěžovatelkou jako celek za neprůkazné a zároveň požadoval předložit doklady dle vlastního výběru, které navíc stěžovatelka neměla povinnost vést (např. evidenci denní tržby). Je přitom na stěžovatelce, prostřednictvím kterých dokladů unese své důkazní břemeno. Stěžovatelka předložila údaje (tzv. pomocnou evidenci) získané ze systému KERBEROS. Správce daně měl tedy dostatek podkladů k tomu, aby stanovil výši daně na základě dokazování, neboť disponoval pomocnou evidencí, účetními záznamy a inventurami. Pomůcky nesmí sloužit jako prostředek trestání daňového subjektu, daňové orgány je však v nynější věci takto využily. I daňové doklady vykazující dílčí nesrovnalosti mohou daňové orgány použít pro stanovení daňové povinnosti. Dospěly by tak k reálnější výši daňové povinnosti.
[12] Závěr krajského soudu, že žalovaný nezpochybnil stěžovatelkou vykázané náklady na materiál a suroviny pro výrobu, rovněž není zcela správný. Ze zprávy o daňové kontrole za zdaňovací období roku 2013 plyne zpochybnění nákupních cen některých surovin. Za tímto účelem správce daně dokonce provedl místní šetření. Je pozoruhodné, že místní šetření za účelem ověření gramáže servírovaných pokrmů správce daně provést odmítl. Jeho postup svědčí o tom, že nebyl veden záměrem stanovit daňovou povinnost tak, aby korespondovala s reálným stavem. Především ale náklady nebylo možné využít jako pomůcku ve smyslu § 98 odst. 3 písm. a) daňového řádu, neboť byly zpochybněny. Stěžovatelka dále poukazuje na argumentaci správce daně na s. 115 zprávy o daňové kontrole, která podle ní svědčí o omezeném pohledu správce daně na její podnikatelskou činnost, která se promítla do způsobu stanovení daně.
[13] Žalovaný ve svém vyjádření navrhl, aby NSS kasační stížnost odmítl jako nepřípustnou. Stěžovatelka totiž zpochybňuje otázky, které již NSS vyřešil v minulém řízení.
[14] Pro případ, že by NSS přistoupil k věcnému projednání kasační stížnosti, navrhl ji žalovaný zamítnout. S obsahem rozsudku krajského soudu se ztotožňuje, krajský soud se řídil závazným právním názorem NSS. Vzhledem k nesplnění povinností stěžovatelkou byly dány podmínky pro stanovení daně dle pomůcek. Ačkoliv nelze kombinovat různé způsoby stanovení daně, může správce daně využít poznatky získané dokazováním ke konstrukci pomůcek. Není pravdou, že správce daně vycházel z údajů, které zpochybnil.
[15] Co se týče podmínky přiměřenosti daně stanovené dle pomůcek, byl krajský soud vázán názorem NSS vysloveným ve zrušujícím rozsudku. Žalovaný trvá na tom, že daň byla stanovena spolehlivě, konstrukce pomůcek neměla logické deficity a správce daně nevybočil ze zákonných mantinelů. Žalovaný dále popsal výpočet obchodní přirážky stěžovatelky. Podotkl, že daňový subjekt nemá právo požadovat využití konkrétních pomůcek. Stěžovatelka tedy neměla nárok na to, aby správce daně za každou cenu vzal v potaz srovnání s jinými subjekty. Žalovaný v tomto kontextu poukázal na specifika podnikání stěžovatelky ve vztahu k jiným srovnávaným subjektům. Právě kvůli nim nemohl správce daně vyhledat vhodný srovnávaný subjekt. Byla to nadto stěžovatelka, koho tížilo důkazní břemeno stran srovnatelnosti jejího provozu s provozy jiných subjektů, ta ho však neunesla. Za nedůvodnou označil žalovaný námitku, dle níž stěžovatelka nedisponuje prostředky pro získání poznatků o jiných subjektech.
[16] Žalovaný dále uvedl, že závěry znaleckého posudku jsou pro účely daňového řízení nepoužitelné z důvodu výběru srovnávaných subjektů a neporovnatelnosti porovnávaných údajů. Srovnávané subjekty byly vybrány na základě subjektivně zvolených kritérií a domněnek. Výsledné srovnání tudíž nemohlo být objektivní. Nepřiměřenost výše doměřené daně nemůže prokázat ani dodatek ke znaleckému posudku. Ani z něj totiž není patrné, zda je v něm srovnáváno srovnatelné. Trpí tedy stejnými deficity jako znalecký posudek samotný, kterým se již zabýval NSS ve svém zrušujícím rozsudku.
III. Posouzení kasační stížnosti
[17] NSS nejprve posoudil zákonné náležitosti kasační stížnosti a konstatoval, že byla podána včas, osobou oprávněnou, proti rozhodnutí, proti němuž je kasační stížnost ve smyslu § 102 s. ř. s. přípustná, a stěžovatelka je v souladu s § 105 odst. 2 s. ř. s. zastoupena advokátem.
[18] Dle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. je nepřípustnou kasační stížnost proti rozhodnutí, jímž soud rozhodl znovu poté, kdy jeho původní rozhodnutí bylo zrušeno NSS; to neplatí, je‑li jako důvod kasační stížnosti namítáno, že se soud neřídil závazným právním názorem NSS. Toto pravidlo však nelze uplatnit paušálně, nýbrž je třeba respektovat jeho účel, jímž je vyloučit z opakovaného posuzování ty otázky, jimiž se již NSS ve svém prvním rozsudku zabýval, resp. mohl zabývat, pokud by byly uplatněny (viz usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 22. 3. 2011, č. j. 1 As 79/2009‑165, č. 2365/2011 Sb. NSS). Je‑li první kasační stížnost podána žalovaným, přičemž ten zpochybní pouze část (pro něj nepříznivých) závěrů rozhodnutí krajského soudu, v pořadí druhou kasační stížnost podanou žalobcem proti navazujícímu rozhodnutí krajského soudu nelze považovat za nepřípustnou, pokud v ní žalobce zpochybní jiné části věcného posouzení provedeného krajským soudem, tj. ty, které nebyly předmětem přezkumu v řízení o první kasační stížnosti.
[19] V posuzované věci nastala právě shora popsaná situace. Kasační stížnost proti prvnímu rozsudku krajského soudu podal žalovaný. Předmětem přezkumu byla přiměřenost, resp. spolehlivost výše daně doměřené stěžovatelce dle pomůcek. NSS se konkrétně zabýval tím, zda daňové orgány měly při určení výše daňové povinnosti stěžovatelky zohlednit ztráty potravin a zda obstojí závěry krajského soudu stran srovnatelnosti stěžovatelčina provozu s restauračními provozy jiných subjektů, na které stěžovatelka poukazovala v daňovém řízení. Kasační stížnost proti v pořadí druhému rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (stěžovatelka), přičemž v ní zpochybnila mimo jiné i tu část úvah krajského soudu, která se týká splnění dvou základních podmínek pro stanovení daně podle pomůcek (§ 98 odst. 1 daňového řádu). Tuto část úvah krajského soudu žalovaný ve své kasační stížnosti přirozeně nezpochybnil, a tudíž se jí NSS v rozsudku č. j. 2 Afs 66/2024‑62 nezabýval.
[20] Kasační stížnost je tudíž přípustná, není však důvodná.
[21] NSS při posouzení této věci vycházel ze souběžně vydávaného rozsudku ze dne 23. 4. 2026, č. j. 2 Afs 219/2025‑42, který se týká týchž účastníků i stejných právních otázek.
[22] Břemeno tvrzení a důkazní je v daňovém řízení rozloženo mezi správce daně a daňový subjekt. Daňový subjekt je povinen prokazovat skutečnosti uvedené v daňovém tvrzení, jakož i skutečnosti, k jejichž prokázání je vyzván správcem daně (§ 93 odst. 3 a 4 daňového řádu). Správce daně naproti tomu prokazuje skutečnosti, jež vyvrací věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost účetnictví [§ 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu]. Podle § 98 odst. 1 a 2 daňového řádu, nesplní‑li daňový subjekt při dokazování jím uváděných skutečností některou ze svých zákonných povinností, a v důsledku toho nelze daň stanovit na základě dokazování, správce daně stanoví daň podle pomůcek, které má k dispozici nebo které si obstará, a to i bez součinnosti s daňovým subjektem. Rozšířený senát NSS v usnesení ze dne 19. 1. 2016, č. j. 4 Afs 87/2015‑29, č. 3418/2016 Sb. NSS, uvedl, že „pro určení rozhodného momentu přechodu na pomůcky nelze stanovit žádný algoritmus či pravidlo. Záleží vždy na konkrétním skutkovém stavu. Není vyloučeno z povahy věci, aby byla stanovena daň dokazováním i v situaci, kdy účetnictví je neúplné a neprůkazné, resp. bylo ztraceno či zničeno, ale účetní případy lze dostatečně spolehlivě prokázat jinak. Nelze ani vyjádřit procentuální rozsah zpochybněného účetnictví, ale je nutno věc posuzovat, resp. neunesení důkazního břemene poměřovat vždy ke konkrétnímu případu ve všech souvislostech. Záleží především na intenzitě pochybností ohledně zjištěných chyb a nesrovnalostí v účetnictví, na jejich rozsahu, ale také obsahu.“ V usnesení ze dne 13. 2. 2024, č. j. 8 Afs 296/2020‑133, č. 4581/2024 Sb. NSS, rozšířený senát dodal: „[N]eplatí, že ke stanovení daně podle pomůcek je možné přejít pouze za předpokladu, že je správcem daně zpochybněna podstatná část účetnictví (zatemněno hospodaření), jakkoliv právě zpochybnění podstatné části účetnictví bude častým, ne‑li nejčastějším důvodem pro přechod na stanovení daně podle pomůcek. Vysoká intenzita zjištěných nesrovnalostí či chyb znemožňujících stanovit daň dokazováním nemusí být vždy způsobena pouze zpochybněním podstatné části účetnictví. Mohou nastat i takové skutkové situace, kdy i při zpochybnění marginální částí účetnictví nebude, např. s ohledem na objem sporné zakázky (tj. zakázky, na které byly sporné výdaje vynaloženy) ve vztahu k objemu ostatních zakázek v rozhodném zdaňovacím období, dost dobře možné dostatečně správně stanovit daň na základě dokazování, tj. sporné výdaje zcela pominout), a proto bude nutné stanovit daň podle pomůcek. Jinými slovy, důvodem pro přechod na pomůcky může být významné zatemnění jak z pohledu celkového množství nedostatků v účetních zápisech, tak z pohledu celkového objemu zpochybněných transakcí.“
[23] Stěžovatelka nesouhlasí s tím, že by byla v rámci daňové kontroly nedostatečně aktivní, neboť procesně reagovala na úkony správce daně a předkládala důkazy na podporu svých tvrzení. Je toho názoru, že jí bylo možné doměřit daň na základě provedeného dokazování.
[24] Krajský soud ve svém rozsudku ve vztahu k námitkám týkajícím se základních podmínek stanovení daně podle pomůcek podrobně rozebral důvody, proč musel správce daně přistoupit k doměření daně podle pomůcek. S odkazem na odůvodnění rozhodnutí žalovaného uvedl, že daň nebylo možné stanovit na základě dokazování zejména kvůli neprůkazně vedené skladové evidenci a inventarizaci, kvůli absenci vnitřní směrnice stanovující normy přirozených úbytků a ztratného a evidence zlikvidovaného odpadu prošlých surovin a kvůli nevykázání veškerých tržeb. Popsal, že prvotní pochybnosti správce daně vznikly na základě nevěrohodného účetnictví stěžovatelky (porovnání stavu nákladového a výnosového účtu), z nějž vyplývala nerealisticky nízká obchodní přirážka v hodnotách 1,85 % v roce 2013 a 14,92 % v roce 2014 (nejednalo se o celkovou obchodní přirážku, nýbrž odraz tzv. food cost, tedy do přirážky nejsou započítány mimo kupní ceny surovin žádné další náklady, jako např. mzdy, energie atd.). Dále správce daně zjistil, že v tržbách byly zahrnuty i úhrady faktur, které se tržeb za restaurační stravování netýkaly (což stěžovatelka v průběhu daňového řízení vysvětlila jako pochybení externí účetní společnosti), nesrovnalosti ve skladové evidenci, v kalkulacích pokrmů, dokladech o likvidaci prošlých pokrmů, v tržbách apod. Pochybnosti se přitom týkaly pouze výnosů z restauračního podnikání stěžovatelky (nikoli nákladů, jejichž vynaložení bylo ověřeno u stěžovatelčiných dodavatelů, či nákladů a výnosů z ostatních jejích podnikatelských aktivit). Krajský soud rovněž popsal, že stěžovatelka byla sice během daňové kontroly fakticky součinná, její aktivita se však často míjela s věcnými požadavky správce daně, jí předložené dokumenty si vzájemně odporovaly, další byly zase dodatečně upraveny. Jiné relevantní prostředky stěžovatelka nedoložila vůbec (například evidenci denních tržeb, inventarizaci zásob). Stěžovatelka neevidovala platby v hotovosti, v pokladních dokladech dokonce nerozlišovala mezi platbami v hotovosti a platbami bezhotovostními. Stěžovatelka nedoložila ani snížení tržeb o slevy poskytované zákazníkům. Krajský soud podotkl, že správce daně dával stěžovatelce opakovaně možnost vyjádřit se k nesrovnalostem v daňových dokladech, čímž jí umožnil prokázat jejich věrohodnost. Stěžovatelka na výzvy sice reagovala předložením dílčích částí účetnictví, nicméně ani ty nebyly způsobilé pochybnosti správce daně vyvrátit. Krajský soud se vyjádřil i ke svědeckým výpovědím, které ve shodě s žalovaným neshledal průkaznými ve vztahu k tvrzením stěžovatelky. Krajský soud uzavřel, že stěžovatelkou prezentovaný obraz hospodaření se jeví jako značně nevěrohodný, neboť jí deklarované náklady převyšují tržby a vykázaný objem zlikvidovaných potravin byl enormní. Za daných okolností bylo vyloučeno doměření daně na základě dokazování, a byly tedy splněny podmínky pro stanovení daně dle pomůcek.
[25] NSS je toho názoru, že krajský soud se otázkou splnění podmínek stanovení daně dle pomůcek zabýval dostatečně detailně, srozumitelně a ve vzájemných souvislostech. Rovněž lze odkázat na zprávy o daňové kontrole, v nichž se správce daně podrobně věnoval jednotlivým nesrovnalostem v daňových dokladech i stěžovatelčiným námitkám. S odkazem na konkrétní ustanovení právních předpisů jsou v ní identifkovány i zákonné povinnosti, které stěžovatelka porušila: nevedla průběžnou evidenci plateb v hotovosti podle § 97 odst. 1 daňového řádu; nevedla průkaznou skladovou evidenci zásob dle § 9 odst. 7 vyhlášky č. 500/2002 Sb., kterou se provádějí některá ustanovení zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví, ve znění pozdějších předpisů, pro účetní jednotky, které jsou podnikateli účtujícími v soustavě podvojného účetnictví; v rozporu s § 29 zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví, neprovedla inventarizaci. Obdobně lze odkázat na odůvodnění rozhodnutí žalovaného (zejména body 54 až 56, dále například body 87 až 102 či body 109 až 121).
[26] Oproti tomu argumentace stěžovatelky v kasační stížnosti, byť je přípustná, je vedena v obecnější rovině. Stěžovatelka v kasační stížnosti nereagovala na konkrétní úvahy krajského soudu uvedené v rozsudku (byť částečně převzaté z rozhodnutí žalovaného). V této souvislosti NSS podotýká, že kvalita a rozsah kasační argumentace předurčuje míru podrobnosti vypořádání se s ní v odůvodnění rozsudku NSS (viz např. rozsudek rozšířeného senátu NSS ze dne 24. 8. 2010, č. j. 4 As 3/2008‑78, č. 2162/2011 Sb. NSS, či rozsudek NSS ze dne 15. 2. 2012, č. j. 1 Afs 57/2011‑95). NSS tudíž tyto stěžovatelčiny námitky vypořádá způsobem odpovídajícím jejich obecnosti.
[27] Stěžovatelka uvádí, že v rámci daňového řízení reagovala na všechny výzvy správce daně a navrhovala nezanedbatelný počet důkazů k prokázání svých tvrzení. NSS je toho názoru, že tímto tvrzením stěžovatelka nijak nevyvrací závěr žalovaného a krajského soudu o nedostatečné kvalitě její procesní aktivity. Stěžovatelka sice uvádí, že její snahy narážely na neochotu správce daně zohlednit jednotlivé účetní doklady i přes jejich dílčí vady jako důkazně relevantní celek, nespecifikuje však již, které konkrétní doklady má na mysli (uvádí jen obecně příjemky a výdejky, údaje získané z pokladního systému KERBEROS apod.) ani které jejich části či údaje v nich obsažené měly mít dle jejího názoru patřičnou vypovídací hodnotu ve vztahu k jejím tvrzením. Stěžovatelka je toho názoru, že jí předložené podklady obsahovaly toliko chyby v psaní a počtech, což je však podle NSS značně zkreslující tvrzení, neboť nesrovnalostí, které vedly správce daně k závěru o nemožnosti stanovit daň dokazováním, bylo mnohem více a byly zjevně věcného, nikoli formálního charakteru (viz např. bod 55 rozhodnutí žalovaného). Co se týče konkrétně údajů získaných ze systému KERBEROS, žalovaný se jim detailně věnoval v kontextu hodnocení svědecké výpovědi Ing. V. v bodech 104 až 106 svého rozhodnutí, přičemž dospěl ve shodě se správcem daně k závěru, že stěžovatelkou předložené výstupy z tohoto systému nejsou věrohodné. Správce daně zpochybnil správnost skladové evidence (slovy stěžovatelky tzv. pomocné evidence zpracované na základě údajů ze systému KERBEROS sloužící pro interní účely). Ve zprávě o daňové kontrole za zdaňovací období roku 2013 poukázal např. na to, že u namátkou vybrané suroviny oregano je konečný zůstatek odlišný od skutečně vykázaného zůstatku nebo že v lednu měly být vydávány pokrmy ze suroviny, jejíž první nákup měl proběhnout až v únoru 2014 (s. 71‑72). Ve zprávě o daňové kontrole za rok 2014 se pak správce daně náhodně zaměřil na surovinu vepřová panenka, sestavil tok suroviny za zdaňovací období a zjistil zásadní odchylky (s. 66‑67). Závěru daňových orgánů přisvědčil ve svém rozsudku i krajský soud (bod 61).
[28] Stěžovatelka považuje za nesprávný závěr krajského soudu, že žalovaný nezpochybnil jí vykázané náklady na materiál a suroviny pro výrobu. To se stalo, a náklady tak nebylo možné využít jako pomůcku. Svou argumentaci stěžovatelka opírá o s. 54 a 115 zprávy o daňové kontrole za zdaňovací období roku 2013, kde se správce daně zabývá cenou ledového salátu. Správce daně však na tomto místě zpochybňoval především správnost výše kalkulace některých receptur, jejichž součástí byl ledový salát. Podstatné je, že správce daně použil jako pomůcky údaje uvedené v hlavní knize stěžovatelky, a sice nákladové účty analyticky rozlišené, ve kterých byly uvedeny jednotlivé zaúčtované částky. Tyto podklady přitom skutečně zpochybněny nebyly (bod 68 napadeného rozhodnutí, s. 37 zprávy o daňové kontrole za zdaňovací období roku 2013). NSS dodává, že je bezpochyby věcí obchodního rozhodnutí stěžovatelky, jaký salát se rozhodne v rámci své podnikatelské činnosti nakupovat. Nicméně zásadní pro určení stěžovatelčiny daňové povinnosti prostřednictvím pomůcek byla nemožnost stanovit daň dokazováním, nikoli to, jaké suroviny se rozhodla nakupovat.
[29] Co se týče související námitky, že je s podivem, že správce daně odmítl uskutečnit v pobočce stěžovatelky místní šetření za účelem ověření velikosti porcí, lze odkázat na bod 55 napadeného rozsudku. Jeho odůvodnění stěžovatelka svojí argumentací nezpochybňuje a jedná se tak o námitku nepřípustnou podle § 104 odst. 4 s. ř. s.
[30] Stěžovatelce lze přisvědčit, že bylo primárně na ní, aby zvolila důkazní prostředky k prokázání svých tvrzení. Rovněž je pravdou, že správce daně po ní nemohl požadovat předložení podkladů (evidence), které jí zákon neukládá vytvářet. V posuzované věci však správce daně stěžovatelku nenutil k předložení konkrétních dokladů. Stěžovatelka nepochybně mohla předložit doklady či evidence odlišné od těch, které jmenoval správce daně ve svých výzvách, pokud by jimi byla s to prokázat svá tvrzení. Potřebnou kvalitu by jistě neměla aktivita stěžovatelky spočívající v předložení správcem daně požadovaných dokladů, které by byly zatíženy vadami nebo nesrovnalostmi, v důsledku nichž by byly neprůkazné.
[31] Krajský soud poukázal na závěry žalovaného, resp. správce daně, které se týkají doložení výše tržeb z restaurační činnosti. Zejména správce daně podrobně popsal důvody, proč nelze mít jednotlivé předložené výkazy tržeb za věrohodné ani průkazné (viz s. 12‑23 zprávy o daňové kontrole za zdaňovací období roku 2013 a s. 14‑37 a shrnutí na s. 37‑38 zprávy o daňové kontrole za zdaňovací období roku 2014). Pochybení stěžovatelky nespočívá v tom, že nevedla soupis denních tržeb, nýbrž že věrohodným a průkazným způsobem nedoložila skutečnou výši tržeb. Daňovými orgány zmiňovaný soupis denních tržeb by mohl stěžovatelce napomoci unést důkazní břemeno ohledně uvedené skutečnosti, jeho nepředložení však samo o sobě nevedlo k závěru o splnění podmínek pro stanovení daně podle pomůcek.
[32] NSS je v tomto kontextu toho názoru, že žalovaný (a následně krajský soud) dostatečně konkrétně vymezil nedostatky dokladů a způsobu vedení evidencí, které stěžovatelka předložila v daňovém řízení. Žalovaným popsané nedostatky těchto podkladů jsou skutečně tak zásadního charakteru, že stanovení daně podle dokazování nebylo prakticky možné. V rámci daňové kontroly byla ověřena výše nákladů na pořízení nápojů a surovin. Ovšem jejich následné využití v provozu stěžovatelky nebylo doloženo věrohodnými a průkaznými podklady, přičemž zásadní nedostatky byly zjištěny i při vykazování tržeb. Na základě podkladů, které měly daňové orgány k dispozici, tak nebylo možné stanovit výši tržeb (výnosů) dokazováním. Za této situace byla „zatemněna“ podstatná část účetnictví týkající se hlavní podnikatelské činnosti stěžovatelky, takže byly splněny podmínky pro stanovení daně podle pomůcek. Stěžovatelčina argumentace tyto závěry žalovaného, s nimiž se ztotožnil krajský soud, není způsobilá vyvrátit.
[33] Rovněž je třeba odmítnout názor stěžovatelky, že daňové orgány využily institut pomůcek toliko k jejímu sankcionování. Jak již NSS uvedl výše, daňové orgány svůj postup zcela přezkoumatelně odůvodnily. Jejich postup nebyl toliko reakcí na nedostatečnou kvalitu stěžovatelčiny procesní aktivity, ale na objektivní nemožnost stanovit daň dokazováním. Stěžovatelce tak nelze přisvědčit v tom, že daňové orgány měly zjištěné nesrovnalosti v účetních dokladech řešit uložením sankce podle zákona o účetnictví, nikoliv přejít ke stanovení daně podle pomůcek.
[34] Stěžovatelka dále brojí proti tomu, jak krajský soud vypořádal její žalobní námitky stran spolehlivosti pomůcek a s ní související přiměřenosti výše doměřené daně. Těmito otázkami se zabýval NSS v předchozím zrušujícím rozsudku, a to z toho hlediska, zda stěžovatelka v daňovém řízení předestřela natolik konkrétní tvrzení, která by byla s to věrohodně zpochybnit přiměřenost stanovené daně, a tato tvrzení prokázala. NSS shledal, že žalovaný se s těmito námitkami vypořádal vzhledem k nedostatečné konkrétnosti tvrzení stěžovatelky ohledně srovnatelnosti jiných subjektů provozujících restaurační zařízení a odlišné povaze srovnávaných údajů zcela dostatečně.
[35] Namítá‑li tedy stěžovatelka v nyní projednávané kasační stížnosti, že požadavky kladené v předchozím rozsudku NSS na kvalitu tvrzení ohledně srovnatelnosti jiných daňových subjektů a potřebu prokázat relevantní údaje nemůže vzhledem k informačnímu deficitu reálně splnit, jedná se o námitku nepřípustnou ve smyslu § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. Stěžovatelka se jí totiž snaží dosáhnout změny právního názoru, který již NSS vyjádřil v předchozím zrušujícím rozsudku, aniž by tvrdila, že se krajský soud neřídil závazným právním názorem NSS. NSS je sám vázán tím, co vyslovil v předchozím rozsudku, a nemohl by proto tento závěr přehodnotit, a to ani předložením věci rozšířenému senátu (viz usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 23. 2. 2022, č. j. 1 Azs 16/2021‑50, č. 4321/2022 Sb. NSS). Lze přesto dodat, že dovozuje‑li stěžovatelka ze závěrů NSS obsažených v předchozím rozsudku porušení práva na spravedlivý proces, pomíjí, že doměření daně podle pomůcek je náhradním způsobem stanovení daně, k němuž se musely daňové orgány uchýlit v důsledku toho, že stěžovatelka nesplnila své povinnosti při dokazování svých daňových tvrzení. Pokud je její pozice při vedení polemiky nad splněním třetí podmínky pro stanovení daně podle pomůcek (spolehlivost výše daně) ztížena, je to výlučně důsledkem toho, že nebyla schopná předložit úplné, věrohodné a průkazné účetnictví.
[36] Stěžovatelka v žalobě zpochybňovala nejen dostatečné vypořádání své argumentace ze strany žalovaného, nýbrž napadala i správnost závěru, že daň byla stanovena podle pomůcek spolehlivě. Tuto argumentaci prohloubila poté, co byl první rozsudek krajského soudu zrušen a věc mu byla vrácena k dalšímu řízení, neboť v mezidobí pokračoval žalovaný v odvolacím řízení, v němž se podařilo opatřit podrobnější informace o jednom ze subjektů, které stěžovatelka subjektivně považovala za srovnatelné. Stěžovatelka se domnívá, že se jedná o společnost HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. provozující restauraci HAVANA v Brně‑Líšni. Na podkladě těchto dodatečně získaných informací nechala zpracovat dodatek znaleckého posudku, který předložila krajskému soudu.
[37] Argumentace obsažená v kasační stížnosti, kterou stěžovatelka poukazuje na to, že krajský soud byl povinen provést důkaz dodatkem znaleckého posudku a vypořádat se se závěry v něm obsaženými, se míjí s odůvodněním napadeného rozsudku. Krajský soud totiž učinil vše, co stěžovatelka v kasační stížnosti požaduje, tedy provedl při jednání důkaz dodatkem znaleckého posudku a zhodnotil jej (viz body 73 až 81 napadeného rozsudku). Dospěl nicméně k závěru, že ani jím nebylo prokázáno, že daň stanovená správcem daně podle pomůcek není stanovena spolehlivě. Krajský soud se přitom v tomto ohledu neodvolával na závazný právní názor NSS, což ostatně ani nemohl, neboť NSS se v předchozím rozsudku nezabýval obsahem dodatku znaleckého posudku. Způsob, jímž se s tímto důkazním prostředkem vypořádal, nezaložil na tom, že by společnost provozující restauraci HAVANA nebyla srovnatelným subjektem, nýbrž poukázal na nedostatky dodatku znaleckého posudku (počínaje vymezením znaleckého úkolu, přes různou podrobnost údajů týkajících se porovnávaných subjektů a konče tím, že znalec nedoložil nereálnost dosažení tržeb plynoucích z užití pomůcek).
[38] Stěžejní část kasační argumentace se pak týká hodnocení spolehlivosti daně stanovené podle pomůcek ve světle dodatku znaleckého posudku. Stěžovatelka na jeho základě tvrdí, že konstrukce pomůcek užitých správcem daně není logická a vede k chybnému stanovení výše daně. Touto otázkou se NSS ve svém předchozím rozsudku nezabýval (hodnotil primárně správnost závěru krajského soudu, podle nějž se žalovaný dostatečně nevypořádal s námitkami stěžovatelky týkajícími se ekonomických výsledků jiných provozovatelů restauračních zařízení), námitka je tudíž přípustná.
[39] Je vhodné připomenout, že NSS v rozsudku č. j. 2 Afs 66/2024‑62 vysvětlil, že důkazní břemeno stran prokázání nepřiměřenosti daně stanovené podle pomůcek tíží daňový subjekt, a nelze klást k tíži daňových orgánů, pokud daňový subjekt své důkazní břemeno neunese. V nynější věci bylo konkrétně na stěžovatelce, aby v řízení před krajským soudem (případně již v rámci daňového řízení) předestřela takové argumenty a důkazy, z nichž by bylo patrné, že daňové orgány nedoměřily dle pomůcek daň spolehlivě. Volba důkazních prostředků přitom byla na stěžovatelce. Ta sama projevila vůli argumentovat srovnáním svého provozu s provozy jiných restauračních subjektů, přičemž ji tížilo i důkazní břemeno stran toho, že srovnávané subjekty na obou stranách, jakož i srovnávaná data jsou ke srovnání způsobilé.
[40] Stěžovatelka odkazuje na analýzu provedenou znalcem v dodatku znaleckého posudku. Z ní podle NSS v prvé řadě vyplývá to, že obchodní subjekt č. 5 (takto ho ve svých podkladech označil žalovaný, podle znalce se jedná o společnost provozující restauraci HAVANA) uplatňoval ve vztahu ke svým 9 nejprodávanějším pokrmům kalkulační přirážku ve výši 250,88 %. Toto zjištění zcela vyvrací stěžejní argument, na němž byla postavena žaloba a podle nějž je kalkulační (obchodní) přirážka aplikovaná ve vztahu ke stěžovatelce správcem daně ve výši 183,73 % zcela nepodložená a nesmyslně vysoká. Dodatek znaleckého posudku, vycházející z dat dodatečně opatřených žalovaným, tak dokládá reálnost pomůcky (metody) užité správcem daně. Stěžovatelka klade důraz na to, že třebaže společnost HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. měla kalkulační přirážku na pokrmy ve shora uvedené výši, ve skutečnosti činila její obchodní přirážka stanovená z tržeb a nákladů na spotřebu surovin jen 75,8 %. Výlučně z této informace učinil znalec závěr, že neexistuje přímý vztah mezi kalkulační přirážkou a obchodní přirážkou a dále ani daňovým základem a výší daně.
[41] Stěžovatelka však nepředkládá dostatečnou argumentaci, z níž by vyplýval závěr, že restaurační provozy stěžovatelky a společnosti HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. jsou skutečně srovnatelné, resp. zda jsou vzájemně srovnatelná získaná data o obou provozech. Krajský soud se této problematice věnoval zejména v bodech 77 až 79 napadeného rozsudku, v nichž uvedl, že správce daně nebyl povinen prokazovat přiměřenost stanovené daně ani kalkulovat vztah obchodní přirážky a výše tržeb. Rovněž uvedl, že správce daně hodnotil u společnosti HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. typově rozdílné vstupní údaje a neprovedl komplexní analýzu všech relevantních aspektů jejího provozu. Krajský soud zejména poukázal na skutečnost, že u restaurace HAVANA správce daně zkoumal obchodní přirážku pouze u nejprodávanějších pokrmů, nikoliv u všech nakoupených surovin a realizovaných služeb; naproti tomu obchodní přirážku stěžovatelky stanovil na základě jejích vlastních podkladů. Z argumentů stěžovatelky dle názoru krajského soudu nevyplývá, že by správcem daně odhadnuté ekonomické výkonnosti nemohla dosáhnout.
[42] Stěžovatelka na závěry krajského soudu v kasační stížnosti nijak věcně nereagovala. Zejména jakkoliv nerozporovala závěr krajského soudu o potřebě zohlednit různé proměnné na nákladové a výnosové straně ani na závěr soudu, že daňové orgány u restaurace HAVANA zjišťovaly obchodní přirážku jen u některých vybraných pokrmů. Zcela obecné tvrzení, že společnost HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. provozuje pouze restaurační činnost, která se druhově podobá té stěžovatelčině, v tomto ohledu nemůže postačovat (stěžovatelka spatřuje dostatečnou podobnost obou restaurací již jen ve srovnatelnosti lokalit a úrovni restauračních služeb projevující se podobným cenovým nastavením). Stěžovatelka, stejně jako znalec pominuli informaci obsaženou v příloze k účetní závěrce za rok 2015 společnosti HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o., podle níž provozovala nejen restauraci, ale také cukrárnu a od listopadu 2014 též privátní bar (klub). Z dodatku znaleckého posudku nevyplývá, že by znalec rozčlenil stav nákladového a výnosového účtu, z nichž vycházel, podle jednotlivých provozů (údaje užité znalcem v analýze rentability nákladů odpovídají údajům z účetní závěrky společnosti HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o., v níž se zrcadlí veškerá její činnost, nikoliv jen výsledky dosažené provozem restaurace). Dále není zřejmé, jaký je obchodní model srovnávaných restaurací, například zda nabízí zvýhodněná polední menu, zajišťují catering, firemní či jiné společenské akce a jakou měrou se tyto případné služby podílí na tržbách. Především však znalec nenabízí žádné vysvětlení toho, proč obchodní přirážka je u restaurace HAVANA zhruba poloviční oproti kalkulační přirážce ke stanovení ceny pokrmů. Neidentifikuje žádnou okolnost (např. „ekonomickou zákonitost“), která by se na tomto výsledku podílela, a kterou by tedy bylo třeba nezbytně vzít v úvahu i ve vztahu k restauračnímu provozu stěžovatelky. Domněnku vyslovenou znalcem, že správce daně nadsadil tržby stěžovatelky, rozhodně nelze za tohoto stavu považovat za přesvědčivou, neboť je zcela nepodložená. Obdobně by bylo možné vyslovit i zcela nepodloženou domněnku, zda nedochází ke krácení tržeb i v účetnictví srovnávaného zařízení. Zjištění znalce však může mít i jiné vysvětlení související např. se specifiky provozu srovnávaného subjektu. NSS souhlasí s krajským soudem v tom, že analýza provozu restaurace HAVANA neprokazuje, že by stěžovatelka nemohla dosahovat správcem daně odhadnutého ekonomického výkonu.
[43] Stěžovatelka ve své kasační argumentaci klade zásadní důraz na porovnání rentability nákladů provedené znalcem. Není pravda, že by se krajský soud tímto aspektem, na nějž poukázala stěžovatelka spíše okrajově ve svém podání ze dne 23. 7. 2025, vůbec nezabýval. V bodě 79 rozsudku krajský soud uvedl, že pokud stěžovatelka po zohlednění dalších údajů uvedených v účetních výkazech má oproti společnosti HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. výrazně vyšší výkonnost a daňové zatížení, neprokazuje to bez dalšího, že by stěžovatelka této vyšší výkonnosti nemohla dosáhnout. Podle NSS lze na různé způsoby vyjádření rentability nákladů pohlížet právě jako na výkonnost podniku. I když tedy krajský soud nepoužil termín „rentabilita nákladů“, vyjádřil se též k tomuto tvrzení stěžovatelky. Z pohledu uplatněné kasační argumentace k tomu postačí dodat, že znalec při výpočtu rentability nákladů vycházel z údajů, které se týkají všech druhů podnikatelské činnosti stěžovatelky, tj. včetně provozování koupaliště, pronájmu prostor a reklamní činnosti. Srovnání s ostatními subjekty (ať již společností HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o., či vzorkem dalších subjektů uvedených v příloze č. 1 k dodatku znaleckého posudku) tak nemá vypovídací hodnotu, neboť nebylo doloženo, že by bylo porovnáváno obdobné s obdobným. Dovolává‑li se stěžovatelka v této souvislosti závěrů rozsudku NSS ze dne 18. 7. 2007, č. j. 9 Afs 28/2007‑156, lze uvést, že z nich nevyplývá potřeba vycházet při stanovení daně podle pomůcek z ukazatelů rentability nákladů. Stěžovatelka zvýraznila části odůvodnění uvedeného rozsudku NSS, z nichž vyplývá, jakými typovými námitkami proti spolehlivosti daně stanovené podle pomůcek se může soud zabývat. To krajský soud v nyní posuzované věci učinil, přičemž zdůraznil, že z dodatku znaleckého posudku neplyne, že by stěžovatelka nemohla dosáhnout takových výsledků, které dovodil správce daně na základě užitých pomůcek (a tedy i vyšší výkonnosti ve srovnání s konkurenty). Požadavkům plynoucím z judikatury NSS (např. stěžovatelkou zmíněného rozsudku) tedy krajský soud dostál.
[44] Závěr znalce, že neexistuje přímý vztah mezi cenou spotřebovaných surovin a výší základu daně, resp. výsledné daňové povinnosti, nijak nezpochybňuje postup daňových orgánů, které netvrdily opak. Jak již uvedl krajský soud, na hospodářský výsledek, od nějž se odvozuje základ daně a daň, má vliv mnoho položek, nikoliv pouze na jedné straně náklady na spotřebované suroviny a nápoje a na druhé straně tržby, ale také např. výše osobních nákladů, nájemného, odpisů, nákladových úroků atd. Hospodářský výsledek i základ daně se přitom stanoví ve vztahu ke všem podnikatelským činnostem daňového subjektu souhrnně. To vše značně oslabuje vypovídací hodnotu srovnání různých daňových subjektů.
[45] Jak již uvedl NSS ve svém předchozím rozsudku, stanovení daně podle pomůcek je kvalifikovaným odhadem, jemuž je vlastní určitá míra nepřesnosti. Je tedy možné, že ekonomický výsledek stěžovatelky byl v rozhodném období nižší, čemuž by měla odpovídat i nižší daňová povinnost, pokud by ji však bylo možné stanovit dokazováním. K tomuto závěru však chybí důkazy, které nemůže nahradit odkaz na hospodářské výsledky (toliko) jednoho možného konkurenta stěžovatelky. Ve vztahu k té části dodatku znaleckého posudku, v níž znalec pracuje s ekonomickými výkazy jiných subjektů provozujících restaurační zařízení (viz přílohu dodatku), platí výhrady, které vznesl NSS již ve svém předchozím rozsudku č. j. 2 Afs 66/2024‑62 (body 24 a 25). V tomto rozsahu k žádnému posunu ve skutkovém stavu nedošlo a námitka vycházející z porovnání stěžovatelky s těmito subjekty je dle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. nepřípustná.
[46] NSS rovněž poukazuje na skutečnost, že již v rozsudku č. j. 2 Afs 66/2024‑62 aproboval metody, které správce daně použil při výběru pomůcek a výpočtu daňové povinnosti stěžovatelky (viz zejména body 20 a 25), přičemž informace dodatečně získané o srovnávaném obchodním subjektu č. 5 potvrzují, že stěžejní pomůcka (průměrná přirážka) byla stanovena v reálné výši. Co se tedy týče souboru námitek stěžovatelky, kterým zpochybňuje samotné metody užité při stanovení daně dle pomůcek poukazem na existenci srovnatelných subjektů, jedná se o námitky nepřípustné dle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. Otázka metod byla NSS plně vyřešena v jeho předchozím rozsudku. Stěžovatelka nenamítá, že se krajský soud neřídil závazným právním názorem NSS, ani to, že by nastal jakýkoliv jiný důvod přípustnosti těchto námitek vyplývající z relevantní judikatury. Lze doplnit, že v jiné stěžovatelčině věci týkající se zdaňovacího období roku 2016 NSS v rozsudku ze dne 17. 6. 2025, č. j. 7 Afs 198/2024‑41, uvedl, že užití pomůcky spočívající ve srovnání stěžovatelky s jinými subjekty by z logiky věci přicházelo v úvahu spíše až při nemožnosti stanovit obchodní přirážku na základě stěžovatelčiných podkladů, čemuž tak v dané věci nebylo. Je totiž zřejmé, že stanovení daně na základě nezpochybněných podkladů přímo daňového subjektu ze své povahy nejlépe umožňuje co možná nejpřesnější stanovení daňové povinnosti.
IV. Závěr a náklady řízení
[47] S ohledem na výše uvedené dospěl Nejvyšší správní soud k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 věty druhé s. ř. s. zamítl.
[48] Výrok o náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti se opírá o § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nemá právo na náhradu nákladů řízení, neboť ve věci neměla úspěch. Žalovanému žádné náklady nad rámec jeho úřední činnosti nevznikly, a proto mu soud náhradu nákladů řízení nepřiznal.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 23. dubna 2026
Sylva Šiškeová
předsedkyně senátu
