Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy Tomáše Foltase a soudců Jitky Zavřelové a Jana Kratochvíla v právní věci žalobkyně: České loděnice a.s., se sídlem Vítězství 56, Děčín, zastoupena Mgr. Janem Košťálkem, advokátem se sídlem Malostranské náměstí 203/14, Praha 1, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, za účasti osoby zúčastněné na řízení: AZAM - insolvence, v.o.s., se sídlem Opletalova 1417/25, Praha 1, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 6. 4. 2023, čj. 11678/23/ 5200‑11433‑710862, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 12. 8. 2025, čj. 16 Af 12/2023‑79,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.
- Žalovanému se náhrada nákladů řízení nepřiznává.
- Osoba zúčastněná na řízení nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Nejvyšší správní soud v tomto rozsudku řeší spor, který se postupně zkoncentroval na otázku prokázání zůstatkové, resp. vstupní ceny prodaného nemovitého majetku žalobkyně ve smyslu § 29 odst. 1 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmu, ve znění pozdějších předpisů (dále též „zákon o daních z příjmu“). Zůstatková cena nyní sporných nemovitostí (nacházejících se v provozu žalobkyně označovaném jako „středisko Mělník“) byla uplatněna jako náklad za účelem daňového odpisu ve smyslu § 24 odst. 2 písm. b) zákona o daních z příjmů. Orgány finanční správy došly k závěru, že se žalobkyni nepodařilo prokázat vstupní cenu majetku, resp. že neodstranila nesrovnalosti, které vyvolávaly pochybnosti o její skutečné výši, s čímž se ztotožnil i krajský soud. Nejvyšší správní soud neshledal na podkladě kasační stížnosti důvod k přehodnocení uvedeného závěru.
[2] Finanční úřad pro Ústecký kraj (dále jen „správce daně“) zahájil u žalobkyně dne 11. 10. 2016 daňovou kontrolu na daň z příjmu právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2014 do 31. 12. 2014, a to v rozsahu všech skutečností rozhodných pro správné zajištění a stanovení daně za kontrolované zdaňovací období.
[3] Správce daně v návaznosti na daňovou kontrolu vydal dne 13. 11. 2018 dodatečný platební výměr, čj. 2378103/18/2503-50521-508098 (dále též „platební výměr“), jímž žalobkyni za zdaňovací období roku 2014 zrušil daňovou ztrátu z příjmů právnických osob v částce 11 571 025 Kč, doměřil daň z příjmů právnických osob ve výši 24 000 040 Kč a uložil povinnost uhradit související penále ve výši 4 800 008 Kč z doměřené daně a ve výši 115 710 Kč ze zrušené ztráty.
[4] Žalobkyně napadla rozhodnutí odvoláním. Rozhodnutím označeným v záhlaví žalovaný změnil napadený platební výměr tak, že částku doměřené daně snížil na 3 919 890 Kč, ponechal zrušení daňové ztráty ve výši 11 571 025 Kč, změnil výši penále z doměřené daně na částku 783 987 Kč a ponechal výši penále ze zrušené daňové ztráty na částce 115 710 Kč.
[5] Žalobkyně podala proti rozhodnutí žalovaného žalobu ke Krajskému soudu v Ústí nad Labem (dále též „krajský soud“), který ji v záhlaví označeným rozsudkem jako nedůvodnou zamítl. V rozsahu, v kterém jeho závěry stěžovatelka napadá kasační stížností, se zabýval zejm. prokázáním vstupní ceny nemovitostí ve středisku Mělník, resp. pozemků, které žalobkyně evidovala na interních dokladech INT86 a INT87. Krajský soud nesouhlasil se závěrem žalobkyně, že vstupní cena byla prokázána kupní smlouvou ze dne 29. 6. 2006 uzavřenou mezi prodávající společností AGENTURA ALEX s. r. o. a kupující společností NOVA CZECH HOLDING s. r. o. (dále též „kupní smlouva ALEX“), která je s ohledem na pozdější fúzi právní předchůdkyní žalobkyně. Krajský soud souhlasil se závěry žalovaného, že pozemky byly podle kupní smlouvy zakoupeny za částku 43 113 375 Kč, avšak v projektu fúze byly převzaty v částce ve výši 42 795 697 Kč, přičemž v této výši byly nadále evidovány i na jednotlivých inventárních kartách majetku, jakož i s tím, že rozpor mezi těmito částkami nebyl žalobkyní vysvětlen, přičemž povinnost prokázat skutečnosti svědčící o oprávněnosti odpočtů tížila žalobkyni. Vysvětlení žalobkyně, že rozdíl mezi jednotlivými částkami byl dán uplatněním rozdílného kurzu při přepočtu z eur, krajský soud odmítl jako opožděně uplatněný žalobní bod, neboť byl poprvé vznesen až při ústním jednání, tedy několik měsíců po uplynutí koncentrační lhůty. Krajský soud nepřisvědčil ani žádné další žalobní argumentaci, kterou žalobkyně uplatnila. Rozsudek krajského soudu (stejně jako všechna dále citovaná rozhodnutí Nejvyššího správního soudu) je v plném znění dostupný na www.nssoud.cz a soud na něj na tomto místě pro stručnost odkazuje.
II. Kasační stížnost a vyjádření žalovaného
[6] Proti rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (stěžovatelka) v zákonné lhůtě kasační stížnost z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 písm. a) b) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů (dále též „s. ř. s.“). V prvním okruhu stížních námitek stěžovatelka poukazuje na nepřezkoumatelnost rozsudku krajského soudu. Té se podle stěžovatelky dopustil krajský soud tím, že nevypořádal veškerou předestřenou argumentaci. Tu buď chybně považoval za opožděnou, nebo pouze nekriticky převzal závěry žalovaného, aniž by reagoval na podstatu uplatněných námitek. V dalším okruhu stížních námitek stěžovatelka rozporovala právní posouzení krajského soudu a žalovaného. Stěžovatelka se domnívá, že vstupní cenu majetku v řízení spolehlivě prokázala. Při posouzení odchylky mezi kupní cenou a evidovanou částkou dle projektu fúze krajský soud postupoval formalisticky a v rozporu se zásadou volného hodnocení důkazů. Z uvedených důvodů stěžovatelka navrhla, aby Nejvyšší správní soud rozsudek krajského soudu zrušil a vrátil mu věc k dalšímu řízení.
[7] Ve vyjádření ke kasační stížnosti žalovaný odkázal na vyjádření k žalobě a spisový materiál. Žalovaný se ztotožnil se závěrem krajského soudu, že námitka o rozdílnosti kurzového přepočtu byla uplatněna opožděně. Rozsudek krajského soudu nepovažuje za nepřezkoumatelný. Souhlasí i s věcnými závěry krajského soudu. Zdůraznil, že se téměř identicky koncipovanými námitkami zabýval již v rozhodnutí o odvolání, přičemž jeho závěry krajský soud potvrdil. Žalovaný setrvává na názoru, že pořizovací cena pozemků ve středisku Mělník nebyla prokázána, neboť se údaje v kupní smlouvě lišily od údajů v interní (účetní) evidenci.
[8] Nejvyšší správní soud zaslal kasační stížnost k vyjádření i osobě zúčastněné na řízení (jako insolvenční správkyni stěžovatelky). Osoba zúčastněná na řízení se ke kasační stížnosti nevyjádřila.
III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
[9] Nejvyšší správní soud posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů a zkoumal přitom, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3, 4 s. ř. s.).
[10] Kasační stížnost není důvodná.
[11] V prvním okruhu námitek stěžovatelka dovozovala nepřezkoumatelnost rozsudku krajského soudu.
[12] Podle ustálené judikatury platí, že má-li být soudní rozhodnutí přezkoumatelné, musí z něj být patrné, jaký skutkový stav vzal správní soud za rozhodný, jak uvážil o zásadních a pro danou věc podstatných skutečnostech, resp. jakým způsobem postupoval při posuzování rozhodných skutečností, proč považuje právní závěry účastníků řízení za nesprávné a z jakých důvodů považuje pro věc zásadní argumentaci účastníků řízení za mylnou (nálezy ÚS ze dne 20. 6. 1996, sp. zn. III. ÚS 84/94, ze dne 26. 6. 1997, sp. zn. III. ÚS 94/97, a ze dne 11. 4. 2007, sp. zn. I. ÚS 741/06, nebo rozsudky NSS ze dne 4. 12. 2003, čj. 2 Azs 47/2003-130, č. 244/2004 Sb. NSS, ze dne 29. 7. 2004, čj. 4 As 5/2003-52, či ze dne 1. 6. 2005, čj. 2 Azs 391/2004-62).
[13] Vymezeným požadavkům krajský soud dostál. Z odůvodnění rozsudku je zřejmé, z jakého skutkového stavu vyšel, jak vyhodnotil pro věc rozhodné skutkové okolnosti a jak je následně právně posoudil. Krajský soud dostatečně zdůvodnil, proč neshledal uplatněné námitky důvodné (rozsudky NSS ze dne 4. 12. 2003, čj. 2 Ads 58/2003-75, ze dne 31. 1. 2008, čj. 4 Azs 94/2007‑107, ze dne 21. 8. 2008, čj. 7 As 28/2008-76, usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 18. 2. 2008, čj. 7 Afs 212/2006-74).
[14] Nepřezkoumatelnost rozsudku krajského soudu nezakládají ani jeho úvahy ohledně argumentace vznesené při ústním jednání, která se týkala kurzových rozdílů při výpočtu částky pořizovací ceny. Krajský soud řádně zdůvodnil, z jakého důvodu považuje tuto argumentaci za opožděnou, a tedy proč se jí nemůže věcně zabývat (srov. bod 34 napadeného rozsudku).
[15] Nejvyšší správní soud považuje tyto důvody za souladné s právní úpravou a judikaturou.
[16] Dle § 71 odst. 2 in fine s. ř. s. platí, že rozšířit žalobu na dosud nenapadené výroky rozhodnutí nebo ji rozšířit o další žalobní body může jen ve lhůtě pro podání žaloby. Lhůtu pro podání žaloby proti správnímu rozhodnutí zákon § 72 odst. 1 stanovuje v délce 2 měsíců.
[17] Ustálená judikatura zdejšího soudu setrvale uvedené ustanovení vykládá tak, že po uplynutí dvouměsíční lhůty k podání žaloby (která pak představuje i faktickou lhůtu koncentrační) je možné pouze rozvíjet již uplatněné žalobní body, nikoliv však uplatňovat žalobní body nové. Uplatnění nového žalobního bodu (žalobního tvrzení) po lhůtě má za následek nemožnost jeho věcného posouzení (rozsudky rozšířeného senátu NSS ze dne 24. 8. 2010 čj. 4 As 3/2008‑78, č. 2162/2011 Sb. NSS, ze dne 20. 3. 2018, čj. 3 Azs 66/2017‑31, č. 3733/2018 Sb. NSS, a dále též rozsudky NSS ze dne 12. 11. 2015, čj. 4 Azs 219/2015‑38, ze dne 29. 12. 2004, čj. 1 Afs 25/2004‑69, atp.). Smyslem uvedení žalobních bodů [§ 71 odst. 1 písm. d) s. ř. s.] je jednoznačné ustavení rámce požadovaného soudního přezkumu ve lhůtě zákonem stanovené k podání žaloby. Rigidně je třeba nahlížet i na rozšíření žalobní argumentace, neboť soud musí dbát, aby rozšíření argumentace nepřekrývalo faktické doplnění žalobních bodů (srov. rozsudek NSS ze dne 20. 7. 2011, čj. 1 Afs 41/2011‑178, či Potěšil, L a kol. Soudní řád správní. Komentář. Praha: Leges, 2014. s. 640 a násl.). Východiska uvedené judikatury nezpochybňuje ani Ústavní soud, který k principu koncentrace v soudním řízení správním vyslovil, že „i když tento princip může být kritizován za to, že se vzdaluje zásadě materiální pravdy, nelze nevidět, že především a zcela nepochybně napomáhá k naplnění ústavního práva na projednání a rozhodnutí věci v přiměřené lhůtě, resp. bez zbytečných průtahů (čl. 6 odst. 1 Úmluvy o ochraně lidských práv a základních svobod, čl. 38 odst. 2 Listiny)“ (usnesení Ústavního soudu ze dne 7. 3. 2023, sp. zn. IV. ÚS 3160/22, bod 15).
[18] V souladu s uvedenými východisky krajský soud nahlížel na argumentaci ohledně rozdílného kurzu, kterou zástupce stěžovatelky poprvé předestřel až na ústním jednání před krajským soudem, tedy několik měsíců po uplynutí koncentrační lhůty (§ 72 odst. 1 s. ř. s.), a správně dovodil, že „žalobkyně v žalobě pouze tvrdila, že se žalovaný ‚dostatečně nevypořádal‘ s jejím tvrzením, že dotčený majetek nabyla v rámci projektu fúze a že majetek na ni přešel v účetních hodnotách dle konečných účetních závěrek zanikajících společností. Z žaloby však ani náznakem neplyne, že by žalovaným zjištěná diskrepance souhrnných cen pozemků ve středisku Mělník měla být způsobena užitím rozdílného měnového kurzu.“ I podle názoru kasačního soudu žalobní námitka stěžovatelky pouze velmi neurčitě brojí proti závěru žalovaného, že nebyla prokázána vstupní cena pozemků, resp. se „dostatečně nevypořádal“ s tvrzením stěžovatelky, že dotčený majetek nabyla na základě projektu fúze v účetních hodnotách dle účetních uzávěrek právního předchůdce stěžovatelky. Na ústním jednání vznesená argumentace, která má dle tvrzení stěžovatelky prokázat důvod rozdílu v ceně uvedené v kupní smlouvě a v účetnictví pomocí rozdílného kurzovního přepočtu z eur na české koruny, tak i dle názoru Nejvyššího správního soudu představuje zcela nový žalobní bod (nové skutkové tvrzení), které bylo uplatněno po uplynutí koncentrační lhůty.
[19] Krajský soud proto nepochybil, pokud tuto argumentaci z důvodu opožděnosti nevypořádával. Takový postup neodporuje zásadám soudního procesu správního (vč. zásady volného hodnocení důkazů, na kterou stěžovatelka obecně poukazovala). Postup krajského soudu plně odpovídá ustálenému výkladu koncentrační lhůty dle § 71 odst. 2 in fine s. ř. s., který za ústavně konformní opakovaně považoval i Ústavní soud (kromě výše zmíněného srov. i nálezy Ústavního soudu ze dne 1. 12. 2009, sp. zn. Pl. ÚS 17/09, ze dne 31. 1. 2012, sp. zn. IV. ÚS 3476/11, ze dne 17. 9. 2013, sp. zn. Pl. ÚS 41/10 atp.).
[20] Z uvedených důvodů se tvrzením o případných kurzovních rozdílech nemůže zabývat ani Nejvyšší správní soud v řízení o kasační stížnosti, kde stěžovatelka s touto argumentací nadále pracuje. Ustanovení § 109 odst. 5 s. ř. s. totiž brání tomu, aby se poté, co byl vydán přezkoumávaný akt, uplatňovaly skutkové novoty. K takto uplatněným novým skutečnostem kasační soud při svém rozhodování nepřihlíží. Pokud by bylo v řízení o kasační stížnosti před Nejvyšším správním soudem připuštěno uplatnění skutkových novot, vedlo by to fakticky k popření kasačního principu, na němž je řízení o tomto mimořádném opravném prostředku vystavěno (srov. rozsudek NSS ze dne 30. 3. 2012, čj. 4 Azs 1/2011-89). Nelze přitom odhlédnout ani od skutečnosti, že stěžovatelce objektivně nic nebránilo tato skutková tvrzení vznést již v koncentrační lhůtě. Zároveň dle Nejvyššího správního soudu nejde o tak zásadní skutkové tvrzení, které by vyžadovalo výjimečně prolomit aplikovatelnost § 109 odst. 5 soudního řádu správního (a contrario nález Ústavního soudu sp. zn. III. ÚS 3997/19 ze dne 19. 5. 2020, bod 62).
[21] V dalším okruhu stížních námitek stěžovatelka rozporuje závěry žalovaného a krajského soudu, že neprokázala pořizovací cenu majetku ve středisku Mělník.
[22] Před samotným věcným vypořádáním této argumentace považuje Nejvyšší správní soud za vhodné stručně na základě obsahu správního spisu zrekapitulovat, jak se posouzení této otázky vyvíjelo v průběhu řízení před orgány finanční správy.
[23] Správce daně zahájil u stěžovatelky daňovou kontrolu ke dni 11. 10. 2016. V rámci daňové kontroly požádal správce daně zástupce stěžovatelky o předložení dokladů o pořízení prodaného majetku, mezi nějž patřily i nemovitosti ve středisku Mělník. Doklady o pořízení majetku předloženy nebyly. Zástupce stěžovatelky na protokolovaném ústním jednání dne 8. 8. 2017 předložil složky k jednotlivým interním dokladům. Ve zprávě o daňové kontrole ze dne 9. 11. 2018, čj. 2353072/18/2503-60562-507144, správce daně návazně uvedl, že stěžovatelka vstupní cenu neprokázala, neboť předložila pouze interní účetní evidenci (viz str. 14 zprávy). S tímto závěrem byla stěžovatelka obeznámena i ve sdělení o výsledku kontrolního zjištění, ale nereagovala na něj.
[24] Po podání odvolání stěžovatelka předložila kupní smlouvu ALEX, a na základě ní tvrdila, že ta prokazuje pořizovací cenu majetku. Ve výzvě k vyjádření se v rámci odvolacího řízení ze dne 31. 1. 2023, čj. 3942/23/5200-11433-710862, žalovaný stěžovatelce sdělil, že ani na podkladě kupní smlouvy ALEX nepovažuje kupní cenu za prokázanou. Upozornil, že existují rozdíly mezi pořizovací cenou dle smlouvy a vstupní cenou, s níž byl majetek evidován v účetnictví stěžovatelky. Ve vyjádření v návaznosti na uvedenou výzvu stěžovatelka toliko uvedla, že již prokázala „pořizovací cenu pozemků, která představuje daňovou vstupní cenu. V souladu s ustanovením § 29 odst. 1 [zákona o daních z příjmů] je cena uvedená v účetnictví irelevantní.“ V napadeném rozhodnutí, které žalovaný vydal posléze, žalovaný setrval na svých závěrech o tom, že stěžovatelka pořizovací cenu pozemků neprokázala.
[25] V kasační stížnosti stěžovatelka setrvává na své argumentaci, že pořizovací cenu pozemků prokázala kupní smlouvou ALEX. Tato smlouva představuje nabývací titul k majetku právního předchůdce stěžovatelky a jednoznačně určuje pořizovací cenu pozemků nejen dle zákona o účetnictví, ale i podle § 29 odst. 1 zákona o daních z příjmů. Stěžovatelka doložila projekt fúze sloučením, podle nějž majetek zanikajících společností přešel na stěžovatelku v účetních hodnotách dle konečných účetních závěrek zanikajících společností. Pokud majetek přechází při fúzi sloučením v účetních hodnotách a nedochází ke změně ocenění, pak se podle stěžovatelky vstupní cena pro účely daně z příjmů právnických osob odvíjí právě od původní pořizovací ceny u zanikající společnosti. V dané věci existoval dle stěžovatelky přímý důkaz o pořizovací ceně pozemků (kupní smlouva ALEX) a listina potvrzující kontinuitu účetního ocenění (projekt fúze sloučením). Předložené dokumenty dle stěžovatelky zcela postačují k prokázání pořizovací ceny ve smyslu § 29 odst. 1 zákona o daních z příjmu.
[26] Nejvyšší správní soud stěžovatelce nepřisvědčil.
[27] Dle § 29 odst. 1 písm. a) zákona o daních z příjmu se vstupní cenou hmotného majetku rozumí pořizovací cena, je-li pořízen úplatně. Zákon na tomto místě též odkazuje na zákon č. 563/1991 Sb., o účetnictví, podle jehož § 25 odst. 5 písm. a) platí, že pro účely tohoto zákona se rozumí pořizovací cenou cena, za kterou byl majetek pořízen a náklady s jeho pořízením související.
[28] Dle § 92 odst. 3 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád (dále též „daňový řád“) platí, že, daňový subjekt prokazuje všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v daňovém tvrzení a dalších podáních. Dle odst. 4 téhož ustanovení pak platí, že pokud to vyžaduje průběh řízení, může správce daně vyzvat daňový subjekt k prokázání skutečností potřebných pro správné stanovení daně, a to za předpokladu, že potřebné informace nelze získat z vlastní úřední evidence.
[29] Dle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu je daňové řízení obecně postaveno na zásadě, že každý daňový subjekt má povinnost sám daň přiznat, tedy má břemeno tvrzení, ale také povinnost toto své tvrzení doložit, tj. nese i břemeno důkazní. Dle § 92 odst. 3 daňového řádu daňový subjekt prokazuje všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v řádném daňovém tvrzení, dodatečném daňovém tvrzení a dalších podáních, což činí zpravidla svým účetnictvím. Daňový subjekt splní svoji povinnost důkazní ve vztahu k tvrzením, která správci daně předestře, prokáže‑li tato tvrzení svým účetnictvím, resp. předloží-li ke konkrétním transakcím daňový doklad s předepsanými náležitostmi. Je pak na správci daně, aby dokázal případné skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem [§ 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu]. Unese-li správce daně své důkazní břemeno, je opět na daňovém subjektu, aby prokázal soulad účetnictví se skutečností, tj. aby setrval na svých původních tvrzeních a doložil, že přes vzniklé pochyby se sporný účetní případ udál tak, jak je o něm účtováno, anebo aby naopak korigoval svá původní tvrzení, nabídl tvrzení nová, reflektující existenci pochyb o souladu účetnictví se skutečností, a tato svá revidovaná tvrzení prokázal (např. rozsudky NSS ze dne 30. 8. 2005, čj. 5 Afs 188/2004-63; ze dne 30. 1. 2008, čj. 2 Afs 24/2007-119; ze dne 5. 10. 2016, čj. 6 Afs 176/2016-36; ze dne 28. 2. 2018, čj. 1 Afs 382/2017-48, bod 23; či ze dne 22. 3. 2022, čj. 1 Afs 345/2021-49, bod 25). Tyto skutečnosti bude daňový subjekt prokazovat zpravidla jinými důkazními prostředky než vlastním účetnictvím, jinou povinnou evidencí či záznamy (rozsudek NSS ze dne 8. 7. 2010, čj. 1 Afs 39/2010-124).
[30] Jak již bylo výše uvedeno, v řízení před Nejvyšším správním soudem se řešená otázka zkoncentrovala do posouzení prokázání vstupní ceny majetku ve středisku Mělník. Správce daně na základě odlišných údajů v kupní smlouvě a jiných obstaraných podkladů dovodil, že stěžovatelka neprokázala vstupní cenu majetku, neboť nevysvětlila zjištěné nesrovnalosti.
[31] Stěžovatelka s uvedeným nesouhlasí a uvádí, že vstupní cena majetku vzhledem ke znění § 25 odst. 5 písm. a) zákona o účetnictví, na nějž odkazují relevantní ustanovení zákona o daních z příjmů, představuje objektivní (nezpochybnitelnou) okolnost. Důkazem pořizovací ceny je podle ní kupní smlouva ALEX a žalovaný proto měl z této ceny vycházet.
[32] Se stěžovatelkou je v obecné rovině možné souhlasit, že vstupní cena majetku ve smyslu § 29 odst. 1 zákona o daních z příjmů představuje objektivní skutečnost, která bude zpravidla zjistitelná z obsahu kupní smlouvy či jiného nabývacího titulu. Kupní smlouva proto typicky bude představovat základní a mnohdy i stěžejní důkaz o pořizovací ceně majetku (k významu primárních dokladů srov. např. rozsudky NSS ze dne 30. 1. 2008, čj. 2 Afs 24/2007-119, či ze dne 22. 10. 2008, čj. 9 Afs 30/2008-86).
[33] Tento závěr však nelze chápat absolutně, resp. paušálně. Na jedné straně není udržitelná teze stěžovatelky, že pouhým předložením kupní smlouvy je bez dalšího prokázána vstupní cena majetku. Takový výklad by ve svém důsledku vylučoval možnost správce daně zpochybnit i zjevně nesprávné, neúplné nebo nevěrohodné údaje obsažené v listině, a tím by popíral smysl dokazování v daňovém řízení i pravidla o rozložení důkazního břemene (§ 92 odst. 3 a 5 daňového řádu; srov. též rozsudek NSS ze dne 31. 12. 2008, čj. 8 Afs 54/2008-68). Ostatně ani obsah formálně bezvadné listiny nemusí vždy odrážet skutečný obsah právního jednání (srov. např. § 555 odst. 2 občanského zákoníku a judikaturu citovanou výše). Na druhé straně však nelze přijmout ani opačný, stejně nepřípustný extrém, podle něhož jakákoliv nesrovnalost mezi údaji uvedenými v kupní smlouvě a v účetnictví automaticky vede k závěru o neprokázání vstupní ceny.
[34] Mezi uvedenými krajními přístupy je třeba hledat rovnováhu na základě individuálních skutkových okolností každé věci. Obsah kupní smlouvy je proto nutné hodnotit v kontextu dalších zjištění, zejména s ohledem na (i) existenci případných nesrovnalostí, (ii) jejich význam a (iii) to, zda je daňový subjekt schopen tyto nesrovnalosti věrohodně vysvětlit. Samotná existence nesrovnalosti tedy nepostačuje k závěru, že vstupní cena nebyla prokázána; takový závěr je nutné učinit pouze na základě odůvodněné úvahy o charakteru nesrovnalostí či s přihlédnutím k procesnímu postupu daňového subjektu. V takové situaci se uplatní procesní postup podle daňového řádu, založený na výzvě k odstranění pochybností a k doplnění dokazování.
[35] Přesně takto postupovaly i správní orgány. Ty zjistily, že cena v kupní smlouvě nekoresponduje s údaji v účetnictví ani s údaji v projektu fúze, což vyvolalo důvodné pochybnosti o správnosti či úplnosti údajů uvedených v kupní smlouvě (k důvodným pochybnostem srov. rozsudek NSS ze dne 30. 1. 2008, čj. 2 Afs 24/2007-119). Tyto pochybnosti dále prohlubovala skutečnost, že stěžovatelka v průběhu daňové kontroly nebyla s to předložit právní titul nabytí sporného majetku a jeho pořizovací cenu prokazovala toliko interní evidencí. Kupní smlouvu ALEX předložila až v odvolacím řízení. Správní orgány přitom i v této fázi identifikovaly rozpory mezi jednotlivými předloženými podklady a stěžovatelku vyzvaly k jejich vysvětlení. Stěžovatelka tak nebyla konfrontována s pochybnostmi až ex post, nýbrž měla v průběhu řízení reálnou příležitost na ně reagovat. Stěžovatelka však tyto rozpory v průběhu daňového řízení neodstranila.
[36] Z právní úpravy a konstantní judikatury vyplývá, že vzniknou-li takové pochybnosti, je správce daně oprávněn (a při splnění zákonných podmínek i povinen) vyzvat daňový subjekt k jejich odstranění a požadovat další vysvětlení či doplnění dokazování (§ 92 odst. 4 daňového řádu). Pokud daňový subjekt tyto pochybnosti neodstraní, nese procesní důsledky neunesení důkazního břemene; to přitom nelze následně zhojit až v soudním řízení (srov. např. rozsudek NSS ze dne 8. 7. 2010, čj. 1 Afs 39/2010-124, či ze dne 26. 2. 2026, čj. 22 Afs 258/2025-73).
[37] Přeneseno na nyní posuzovanou věc, správce daně i žalovaný vycházeli z toho, že částka uvedená v kupní smlouvě ALEX nekorespondovala s částkou, v níž byl majetek evidován v účetnictví stěžovatelky a převzat v projektu fúze. Tato nesrovnalost sama o sobě sice neznamená, že by kupní smlouva nemohla obstát jako důkaz vstupní ceny, představovala však relevantní indicii vyvolávající důvodné pochybnosti o správnosti tvrzené částky. Stěžovatelce přitom byla v průběhu daňového řízení dána reálná a opakovaná možnost tyto pochybnosti odstranit a důkazní břemeno unést, což se jí nepodařilo. S ohledem na rozpor v jednotlivých stěžovatelkou předložených dokladech nelze souhlasit ani s tím, že by stěžovatelka prokázala „kontinuitu ocenění.“ Stěžovatelkou předložené doklady obsahují odlišnou pořizovací cenu, než je uvedena v kupní smlouvě ALEX. Z tohoto důvodu mohou jen stěží prokazovat kontinuitu ocenění majetku.
[38] Závěr správních orgánů i krajského soudu tak nestojí na popření důkazní relevance kupní smlouvy ALEX jako takové, nýbrž na tom, že stěžovatelka neunesla důkazní břemeno ohledně konkrétní výše vstupní ceny v situaci, kdy vzniklé pochybnosti neodstranila.
[39] Nejvyšší správní soud tedy souhlasí s tím, že se stěžovatelce nepodařilo rozptýlit pochybnosti správce daně o vstupní ceně majetku, resp. o oprávněnosti daňového odpočtu. Byla to přitom stěžovatelka, která se svou pasivitou dostala do dané situace, přičemž ze spisu nevyplývají žádné výjimečné okolnosti, které by její postup ospravedlňovaly. Soud nerozumí tomu, proč stěžovatelka v daňovém řízení nepředložila všechny podklady již v rámci řízení před správcem daně, popř. alespoň v odvolacím řízení. Správní orgány jí daly opakovaně možnost unést důkazní břemeno a prokázat vstupní cenu majetku, resp. rozptýlit oprávněné pochybnosti. Nejvyšší správní soud zároveň není toho názoru, že by postup správních orgánů nerespektoval zásady daňového řízení, včetně zásady materiální pravdy a spravedlivého procesu.
[40] Stěžovatelce nelze přisvědčit ani v tom, že by krajský soud zaměnil pojmy „cena uvedená v účetnictví“ a „vstupní cena“. Pojem „cena uvedená v účetnictví“ do řízení vnesla stěžovatelka svou žalobní argumentací, zákon s ním v relevantních ustanoveních nepracuje. Krajský soud i orgány finanční správy věc posoudily na základě platné a účinné právní úpravy, která jim ukládá posoudit vstupní cenu majetku (viz výše). Krajský soud pak v souladu se zákonem vysvětlil, proč se zabýval tím, zda byla prokázána vstupní cena majetku, kterou se v daném kontextu rozumí pořizovací cena (bod 32 napadeného rozsudku). Návazně pak krajský soud správně dovodil, že vstupní cena nebyla prokázána. Jak již soud uvedl výše, i podle jeho názoru se stěžovatelce nepodařilo odstranit nesrovnalosti, které o vstupní ceně panovaly, přičemž její názor, že pro posouzení vstupní ceny je relevantní pouze kupní smlouva, je příliš paušální a v nynějším řízení ve výsledku chybný.
IV. Závěr a náklady řízení
[41] Z uvedených důvodů Nejvyšší správní soud kasační stížnost zamítl (§ 110 odst. 1 věta druhá s. ř. s.). Ve věci rozhodl soud na základě oprávnění stanoveného v § 109 odst. 2 s. ř. s. bez jednání.
[42] Kasační soud rozhodl o náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti podle § 60 odst. 1 věty první s. ř. s. za použití § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nebyla v řízení o kasační stížnosti úspěšná, proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému, kterému by jinak právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti příslušelo, soud náhradu nákladů řízení nepřiznal, protože mu v řízení o kasační stížnosti nevznikly žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti.
[43] Osoba zúčastněná na řízení nemá právo na náhradu nákladů řízení. Podle § 60 odst. 5 s. ř. s. ve znění účinném do 31. 12. 2025 (srov. čl. XI bod 2 zákona č. 314/2025 Sb.) má osoba zúčastněná na řízení právo na náhradu pouze těch nákladů, které jí vznikly v souvislosti s plněním povinnosti, kterou jí soud uložil, případně jí soud může z důvodů zvláštního zřetele hodných na návrh přiznat i náhradu dalších nákladů řízení. V daném případě však žádná z těchto zákonem předvídaných situací nenastala.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně 21. května 2026
Tomáš Foltas
předseda senátu
