29 Af 66/2020 - 70 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	29 Af 66/2020 - 70
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	29. 3. 2023
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

žalobce: MEDICAL PLUS, s. r. o., IČO: 27700453
sídlem Obchodní 1507, 686 01 Uherské Hradiště
zastoupený daňovým poradcem BDO Czech Republic, s. r. o.,
sídlem Nádražní 344/23, 150 00 Praha 5

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství

sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 7. 8. 2020, č. j. 29945/20/5200-11433-710862

takto:

Rozhodnutí žalovaného ze dne 7. 8. 2020, č. j. 29945/20/5200-11433-710862, se ve výrocích II. a IV. týkajících se rozhodnutí Finančního úřadu pro Zlínský kraj ze dne 13. 11. 2018, č. j. 1817451/18/3309-51523-707327 a č. j. 1817508/18/3309-51523-707327, ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
Žaloba se v části směřující proti výrokům I. a III. rozhodnutí žalovaného zamítá.
Žalovaný je povinen zaplatit žalobci náhradu nákladů řízení částku ve výši 6 734 Kč, a to k rukám jeho zástupce – daňového poradce BDO Czech Republic, s. r. o., do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.
Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení.

Odůvodnění:

I. Vymezení věci a průběh správního řízení

Žalobce se podanou žalobou domáhá zrušení v záhlaví citovaného rozhodnutí, kterým žalovaný v jednotlivých výrocích zamítl odvolání žalobce a potvrdil platební výměry Finančního úřadu pro Zlínský kraj (dále též „správní orgán prvního stupně“ či „správce daně“), a to:

- dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2012 do 31. 12. 2012 (dále jen „zdaňovací období 2012“) ze dne 13. 11. 2018, č. j. 1817409/18/3309-51523-707327, kterým byla podle zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů a podle § 147 a § 143 odst. 1 a 3 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů, z moci úřední doměřena daň z příjmů právnických osob (dále též „DPPO“) vyšší o částku 0 Kč (výrok I. rozhodnutí žalovaného);

- dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2013 do 31. 12. 2013 (dále jen „zdaňovací období 2013“) ze dne 13. 11. 2018, č. j. 1817451/18/3309-51523-707327, kterým byla podle zákona o daních z příjmů a podle § 147 a § 143 odst. 1 a 3 daňového řádu z moci úřední doměřena daň z příjmů právnických osob vyšší o částku 0 Kč (výrok II. rozhodnutí žalovaného);

- platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015 (dále jen „zdaňovací období 2015“) ze dne 13. 11. 2018, č. j. 1817478/18/3309-51523-707327, kterým byla podle zákona o daních z příjmů a podle § 147 a § 139 odst. 1 daňového řádu z moci úřední vyměřena daň z příjmů právnických osob ve výši 5 942 440 Kč (výrok III. rozhodnutí žalovaného);

- platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2016 do 31. 12. 2016 (dále jen „zdaňovací období 2016“) ze dne 13. 11. 2018, č. j. 1817508/18/3309-51523-707327, kterým byla podle zákona o daních z příjmů a podle § 147 a § 139 odst. 1 daňového řádu z moci úřední vyměřena daň z příjmů právnických osob ve výši 5 025 120 Kč (výrok IV. rozhodnutí žalovaného).

Správce daně na základě výsledků daňové kontroly provedené před vyměřením, uvedených ve Zprávě o daňové kontrole č. j. 1694696/18/3309-60561-709332 ze dne 18. 9. 2018 (dále jen „Zpráva“), neuznal položku odčitatelnou od základu daně – odpočet na VaV ve smyslu § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů, ve znění účinném do 31. 12. 2013, resp. § 34 odst. 4 a § 34a až
§ 34e zákona o daních z příjmů ve znění účinném od 1. 1. 2014. Daňové kontrole za zdaňovací období 2012 a 2015, zahájené dne 20. 9. 2016 protokolem č. j. 1720840/16/3309-60561-709332, předcházel postup k odstranění pochybností ve věci uplatněného odpočtu na podporu výzkumu a vývoje v podaném dodatečném daňovém přiznání k DPPO za zdaňovací období 2012 ze dne 17. 6. 2016, č. j. 1365071/16 (dále též „DDAP 2012“) a v řádném daňovém přiznání k DPPO za zdaňovací období 2015 ze dne 30. 6. 2016, č. j. 1417546/16 (dále též „DAP 2015“). Dne 15. 8. 2017 byla daňová kontrola protokolem č. j. 1666212/17/3309-60561-705811 rozšířena o prověření uplatněného odpočtu na VaV v podaném dodatečném daňovém přiznání k DPPO za zdaňovací období 2013 ze dne 30. 6. 2017, č. j. 1489328/17 (dále též „DDAP 2013“) a v řádném daňovém přiznání k DPPO za zdaňovací období 2016 ze dne 30. 6. 2017, č. j. 1489328/17 (dále též „DAP 2016“). V předmětných zdaňovacích obdobích 2012, 2013, 2015 a 2016 žalobce vykonával činnosti spočívající v klinickém hodnocení (klinické studii) léků, resp. mezinárodním multicentrickém (probíhající ve více centrech) systematickém testování léků na pacientech pro zadavatele, zpravidla farmaceutické společnosti, dle přesného zadání. Žalobce dle správce daně porušil § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, ve znění účinném pro zdaňovací období 2012 a 2013, a § 34 odst. 4 a § 34b odst. 1 písm. a) zákona o daních z příjmů, ve znění účinném pro zdaňovací období 2015 a 2016, ve spojení s § 2 odst. 1 zákona č. 130/2002, o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (dále jen „zákon o podpoře VaV“), s přihlédnutím k zákonu č. 378/2007 Sb., o léčivech a o změnách některých souvisejících zákonů (dále jen „zákon o léčivech“), neboť žalobce v rámci projektů VaV [viz jejich vymezení ve Zprávě, strana 11 (zdaňovací období 2012), strana 24 (zdaňovací období 2013), strana 34 (zdaňovací období 2015), resp. strana 48 (zdaňovací období 2016)] výzkumně-vývojovou činnost nerealizoval. V činnosti žalobce totiž dle správce daně absentoval ocenitelný prvek novosti a vyjasňování výzkumné či technické nejistoty, tato měla toliko charakter poskytování služby bez vlastní výzkumné aktivity.

II. Shrnutí argumentů obsažených v žalobě

Ve včas podané žalobě (§ 72 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, dále jen „s. ř. s.“), splňující též ostatní podmínky řízení (§ 65, § 68 a § 70 s. ř. s.), žalobce navrhl krajskému soudu, aby rozhodnutí žalovaného zrušil.
Žalobce v první řadě namítá, že dodatečný platební výměr za zdaňovací období 2013 a platební výměr za zdaňovací období 2016 byly žalobci doručeny po uplynutí prekluzivní lhůty ve smyslu
§ 148 odst. 1 daňového řádu. Rozhodnutí o odvolání bylo žalobci doručeno dne 17. 8. 2020. Doručení (oznámení) rozhodnutí o odvolání má za následek nabytí právní moci všech prvostupňových rozhodnutí. Žalobce tak má za to, že daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2013 a 2016 byla správcem daně pravomocně stanovena po uplynutí lhůty pro stanovení daně. Taková rozhodnutí pak nemohou žalobci založit ani práva, ani povinnosti. Na věci dle žalobce nemění nic ani skutečnost, že poslední den lhůty pro stanovení daně (15. 8. 2020) připadl na sobotu. Lhůta pro stanovení daně je lhůtou hmotněprávní, jejíž zmeškání má za následek zánik práva (v tomto případě pravomoci správce daně stanovit daň). Konec lhůty je absolutní a nelze ji navracet zpět.
Další vada, pro kterou spatřuje žalobce rozhodnutí o odvolání za nezákonné, spočívá v nesprávném postupu správce daně, resp. žalovaného, kteří se v rozporu s judikaturou správních soudů uchýlili k hodnocení věcné stránky výzkumu a vývoje (posouzení existence prvku novosti, resp. výzkumné nejistoty), aniž by prokazatelně disponovali odbornými znalostmi v oblasti klinického testování léků. Žalobce podotýká, že problematika klinického testování léků patří do jednoho z nejnáročnějších oborů v oblasti medicíny. Nadto je vhodné dodat, že ani absolvent vysoké školy lékařského zaměření bez mnohaletých zkušeností by nebyl s to jakýmkoli způsobem přispět při zkoumání cílených parametrů, neboť by to bylo nad jeho schopnost vnímání a dosavadní znalosti nabyté při studiu. Žalobce je přesvědčen, že pro posouzení materiální stránky činnosti žalobce (výzkumu a vývoje) nepostačuje běžná zkušenost pracovníka správce daně. Žalobce v této souvislosti poukazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 6. 2015, č. j. 10 Afs 24/2014-119, kde dle žalobce zcela jasně zkonstatoval, že ke správnému závěru o tom, zda daňový subjekt oprávněně uplatnil odpočet nákladů na projekty výzkumu a vývoje od základu daně lze dospět pouze tehdy, pokud správní orgán zjistí a posoudí veškeré skutkové okolnosti spočívající v charakteru projektů, včetně jejich technické stránky. K řádnému posouzení a zjištění všech okolností výzkumu a vývoje však správce daně musí být, jak ve výše citovaném rozhodnutí uvádí Nejvyšší správní soud, nadán dostatečnými znalostmi v oboru. V opačném případě je dle soudu správce daně povinen využít odborníka (znalce) k tomu, aby danou problematiku při své kvalifikaci odborně zanalyzoval a vyhodnotil. Žalobce je přesvědčen, že dle Nejvyššího správního soudu správce daně není povinen provést znalecký posudek pouze ve dvou případech, a to, pokud je sám nadán dostatečnou odborností, znalostmi a zkušenostmi k tomu, aby mohl meritorně posoudit veškeré skutkové okolnosti výzkumu a vývoje, nebo pokud sice nedisponuje potřebnou kvalifikací, nicméně daňovým subjektem předložené dokumenty vztahující se k výzkumu a vývoji je s to se svou odborností označit za zcela irelevantní. Žalobce je toho názoru, že správce daně, potažmo žalovaný pochybil, když si v posuzované věci nenechal vypracovat odborný znalecký posudek, a celou záležitost právně nevyhodnotil až s přihlédnutím k jeho závěrům. Tím, že správce daně, resp. žalovaný bez dostatečných odborných znalostí a erudice v oboru zdravotnictví, resp. farmakologie, meritorně odmítli výdaje na výzkum a vývoj jako daňově účinný náklad v podobě odčitatelné položky od základu daně, dopustili se nezákonného postupu, který je rovněž v rozporu se závěry uvedenými v cit. rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 10 Afs 24/2014-119. Takové rozhodnutí, založené ryze na laickém úsudku žalovaného, činí celé rozhodnutí nezákonným.
Žalobce dále rozporuje právní závěry žalovaného, že činnost žalobce spočívá v poskytování služby a absentuje v ní ocenitelný prvek novosti a vyjasňování výzkumné nejistoty. Žalovaný staví svůj právní názor na tvrzení, že žalobce je toliko v pozici dodavatelského subjektu, u kterého je dle názoru žalovaného bez dalšího nemožné uplatnit výdaje jako odčitatelnou položku, a to právě z důvodu, že je žalobce v postavení externího dodavatele pro zadavatelskou společnost, která vstup od žalobce (obecně kteréhokoli dodavatele) mezi svou odčitatelnou položku výzkumu a vývoje uplatnit nesmí. Žalobce má za to, že jím vyvíjená činnost obsahuje ocenitelný prvek novosti a vyjasňování výzkumné nejistoty, a tím naplňuje základní kritéria pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních činností a není možné ji považovat za pouhé poskytnutí služby bez těchto znaků. V daném hodnocení se tak neztotožňuje s hodnocením žalovaného.
V rozhodnutí o odvolání žalovaný zmiňuje rovněž formální stránku některých předložených projektů, kdy části těchto projektů vytkl vady, které podle jeho názoru dosahovaly takové intenzity, že nebyly v souladu s § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů ve znění účinném do 31. 12. 2013, resp. s § 34c zákona o daních z příjmů. S tímto závěrem žalobce nesouhlasí, neboť vytýkané formální vady žalovaný neposoudil správně, přičemž v žalobě podrobně specifikuje žalovaným shledané údajné vady posuzovaných projektů, které ovšem žalobce rozporuje.

III. Vyjádření žalovaného k žalobě

Žalovaný ve svém vyjádření k žalobě téměř doslovně opakuje argumentaci, vyjádřenou již v napadeném rozhodnutí, neboť žalobní námitky jsou obsahově totožné s námitkami odvolacími. Žalovaný s uvedenými námitkami žalobce nesouhlasí, dle jeho názoru jsou rozhodnutí orgánů obou stupňů dostatečně podrobně a srozumitelně odůvodněna, a navrhuje proto, aby krajský soud žalobu jako nedůvodnou zamítl.
K námitce uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně žalovaný uvádí, že § 33 odst. 4 daňového řádu se v rámci správy daní vztahuje rovněž na lhůty hmotněprávní, a prekluzivní lhůta pro stanovení daně pro zdaňovací období 2013 a 2016 tak uplynula rovněž dne 17. 8. 2020. Na závěru o aplikaci § 33 daňového řádu jak na lhůty hmotněprávní, tak na lhůty procesní, se shodne jak odborná literatura, tak judikatura správních soudů. žalobcem citovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu pak žalovaný nepovažuje za přiléhavý na danou věc, resp. právní závěry z něj plynoucí žalobce dle žalovaného nesprávně interpretuje.
K námitce nedostatečné odbornosti žalovaného a k povinnosti nechat vypracovat znalecký posudek žalovaný uvádí, že se zevrubně zabýval rovněž znaleckým posudkem předloženým žalobcem v rámci odvolací řízení (viz body 67 až 74 napadeného rozhodnutí), přičemž rozebral, že v něm uvedené závěry nemohou prokázat podřaditelnost předmětné činnosti žalobce pod VaV, když vývoj samotného léčiva prováděl zadavatel předmětného klinického hodnocení. Žalovaný dále uvádí, že jak správce daně, tak žalovaný, jsou dostatečně způsobilí posoudit, zda se v případě předmětné činnosti žalobce jednalo o činnost podřaditelnou pod činnost VaV.
K námitce nesprávného hodnocení skutkového stavu žalovaný sice souhlasí s tvrzením žalobce, že i poskytnutí plnění daňovým subjektem jeho objednateli může naplnit podmínky pro odpočet na VaV pro předmětný daňový subjekt, a to za podmínky, kdy samo toto plnění naplňuje podmínky VaV, tedy přítomnost ocenitelného prvku novosti, a vyjasnění výzkumné či technické nejistoty. V takovém případě se může jednat o situaci, kdy si objednatel u předmětného daňového subjektu např. objedná vyřešení určitého technického problému, přičemž však daňovému subjektu ponechá určitou volnost při hledání a volbě technického řešení, a to do té míry, že lze konstatovat, že technickou nejistotu nese právě daňový subjekt. To však nelze konstatovat v případě klinického hodnocení léčiv, kdy se jedná o poskytování služby podle předem jasného zadání, často ve formě zaslepené či dvojitě zaslepené studie, kdy výzkumnou nejistotu nese výhradně výrobce daného léčiva, na němž koneckonců také závisí, jak se zkoumaným léčivem dále po vyhodnocení výsledků klinického hodnocení naloží. V případě žalobce přitom za břemeno výzkumné nejistoty nelze považovat rizika, jež jsou spojena výhradně s realizací klinického hodnocení, jako např. zda se podaří zajistit dostatečný počet osob pro samotné testování léčiva, či zda se neobjeví takové nežádoucí účinky, že bude třeba podávání léčiva zúčastněným osobám přerušit či ukončit. Takové eventuality nejsou součástí výzkumného, ale podnikatelského rizika žalobce, a je předmětem jeho svobodného rozhodnutí, jak si je v rámci smluvního vztahu se zadavatelem klinického hodnocení ošetří. Žalobce si koneckonců může se zadavatelem klinického hodnocení sjednat i takové podmínky, aby pro něj bylo ekonomicky výhodné provádět klinické hodnocení, i kdyby toto bylo záhy po svém zahájení pro nepříznivé účinky zkoušeného léčiva zastaveno; žalobce ostatně nemá možnost účinky zkoušeného léčiva ovlivnit, když nemůže ovlivnit ani jeho složení. Přiléhavý není ani poukaz žalobce na manuál Frascati, když tento není pramenem práva, a byť se jím měl český zákonodárce dle tvrzení žalobce inspirovat, legislativně nastavil oblast nároku na odpočet na VaV tak, že tento nevzniká v případě pořízení VaV jako služby. Žalovaný má rovněž za to, že ani závěry žalobcem odkazovaného rozhodnutí NSS č. j. 1 Afs 97/2018-41, nelze vnímat tak, že je klinické hodnocení léčiv samo o sobě bez dalšího činností spadající do kategorie VaV.
K námitce nesprávného hodnocení formálních nedostatků projektů VaV žalovaný uvádí, že žalobce činí nesprávný závěr, že žalovaný neuznáním odpočtu na VaV u všech projektů přisuzuje formální chyby některých projektů všem projektům, když žalovaný nemohl uznat odpočet na VaV u žádného z předmětných projektů, jelikož žádný z nich nespadal pod činnost VaV dle § 34 odst. 4 a násl. zákona o daních z příjmů, ve znění účinném do 31. 12. 2013, resp. § 34 odst. 4 a § 34a až § 34e zákona o daních z příjmů, ve znění účinném od 1. 1. 2014. Žalovaný u jednotlivých projektů (jejich seznam je uveden na str. 10-14 v Tabulce č. 1, 2, 3, a 4 v písemnosti žalovaného ze dne 10. 6. 2020, č. j. 22694/20/5200-11433-710862 [dále jen “Seznámení”]) popsal v bodech [89] až [99] napadeného rozhodnutí jejich formální nedostatky. Žalovanému tak krom formálních nedostatků jednotlivých projektů vznikly pochybnosti o prospektivnosti projektů, přičemž s těmito pochybnostmi i s ostatními formálními nedostatky seznámil žalobce Seznámením. Žalobce v daňovém řízení tyto pochybnosti žalovaného nerozptýlil a žalovaný tak musel konstatovat, že pro uplatnění odpočtu na VaV nebyly naplněny jak požadavky věcné, tak formální, když jednotlivé projekty vykazovaly různé formální vady, přičemž všechny projekty vykazovaly minimálně vadu ve stanovení cíle projektu (viz bod [89] až [91] napadeného rozhodnutí), a vadu v nedostatečném vymezení způsobu hodnocení projektu (viz bod [95] napadeného rozhodnutí).

IV. Ústní jednání konané dne 28. 3. 2023

Žalobce i žalovaný v rámci ústního jednání setrvali na svých stanoviscích již dříve písemně uplatněných v žalobě, resp. ve vyjádření k žalobě.

V. Posouzení věci soudem

Krajský soud přezkoumal v mezích žalobních bodů (§ 75 odst. 2 s. ř. s.) napadené rozhodnutí žalovaného, jakož i předcházející rozhodnutí správního orgánu prvního stupně (správce daně), včetně řízení předcházející jejich vydání, a dospěl k závěru, že žaloba je zčásti důvodná (§ 78 odst. 1 s. ř. s.), zčásti není důvodná (§ 78 odst. 7 s. ř. s.).

V. a) Námitka uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení pro zdaňovací období 2013 a 2016

Krajský soud se předně zabýval námitkou žalobce ohledně uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení pro zdaňovací období 2013 a 2016 dle § 148 odst. 3 daňového řádu. Mezi žalobcem a žalovaným není sporné, že lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2013 a roku 2016 započala svůj nový běh dne 15. 8. 2017 (dnem zahájení daňové kontroly) a že napadené rozhodnutí o odvolání bylo žalobci doručeno dne 17. 8. 2020. Spornou zůstává toliko otázka stanovení konce lhůty podle § 148 odst. 3 daňového řádu, tedy určení přesného dne, kdy uplynula lhůta pro stanovení daně. Předmětem sporu je tedy toliko posouzení právní otázky výkladu a aplikace § 148 odst. 3 daňového řádu a § 33 odst. 4 daňového řádu, tj. zda se vztahuje rovněž na lhůty hmotněprávní, čímž by v daném případě prekluzivní lhůta pro stanovení daně pro zdaňovací období 2013 a 2016 uplynula právě dne 17. 8. 2020, jak dovozuje žalovaný ve vyjádření k žalobě.
Žalovaný svůj závěr opírá o rozhodnutí Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 1. 11. 2006,
č. j. 15 Ca 191/2006-31, resp. o závěry odborné literatury z roku 2011. V judikatuře Nejvyššího správního soudu se lze setkat i s rozhodnutími, v jejichž odůvodnění je zmíněno datum zahájení daňové kontroly a v návaznosti na to vypočten poslední den lhůty pro stanovení daně, aniž by v nich byl podán výklad § 148 odst. 3 daňového řádu, pokud jde o určení počátku a konce běhu nové lhůty pro stanovení daně, nebo vyargumentován (alespoň obecně) vztah tohoto ustanovení a § 33 daňového řádu. Namátkou lze odkázat např. na žalobcem citovaný rozsudek ze dne 30. 4. 2015,
č. j. 2 Afs 1/2015–49, dále rozsudek ze dne 15. 12. 2016, č. j. 9 Afs 142/2016-31. V dalších rozsudcích je pak současně aplikován § 148 a § 33 daňového řádu, aniž by však byl tento postup odůvodněn, resp. aniž by bylo pro závěr o uplynutí lhůty pro stanovení daně významné, zda mají být zohledněna pravidla pro počítání lhůt obsažená v § 33 daňového řádu (rozsudky ze dne 18. 3. 2021, č. j. 1 Afs 289/2019–41, a ze dne 17. 7. 2020, č. j. 4 Afs 101/2020-41). Z těchto rozhodnutí tak nelze seznat jakýkoliv explicitní právní názor.
Výkladem § 148 odst. 3 daňového řádu, pokud jde o počátek a konec lhůty pro stanovení daně přerušené zahájením daňové kontroly, se Nejvyšší správní soud poprvé explicitně zabýval až v rozsudku ze dne 18. 6. 2021, č. j. 5 Afs 21/2020–56 (opětovně pak v rozsudku ze dne 29. 7. 2021, č. j. 9 Afs 168/2019-38). V něm uvedl, že pravidla upravená v § 148 odst. 3 daňového řádu představují co do určení počátku běhu „nové“ tříleté lhůty pro stanovení daně speciální pravidla pro počítání lhůty. Pravidla obsažená v § 33 daňového řádu se vztahují na procesní lhůty stanovené správcem daně, které zavazují osobu zúčastněnou na správě daní. Zákonodárce upravil v § 32 a § 33 daňového řádu lhůty, které určuje správce daně osobám zúčastněným na správě daní k provedení určitých procesních úkonů; jedná se o úkony, které tíží osobu zúčastněnou na správě daní, nikoli samotného správce daně; typicky např. lhůta k předložení dokladů, dostavení se ke kontrole či místnímu šetření apod. V tomto směru je zcela logické, že lhůtu ke splnění správcem daně uložené povinnosti (provedení úkonu) zákonodárce určil tak, aby osoba zúčastněná na správě daní, tedy ten, komu je povinnost uložena, nebyla zkrácena na svých právech. Proto se např. do běhu stanovené lhůty nepočítá den, kdy zpravidla písemnost obsahující výzvu povinná osoba převzala (§ 33 odst. 2), stejně tak se při posouzení splnění lhůty zohlední skutečnost, zda poslední den lhůty připadne na sobotu, neděli nebo svátek (§ 33 odst. 4). Smyslem stanovení správcovských lhůt je vymezení časového prostoru za účelem provedení určitého procesního úkonu zúčastněnou osobou. Lhůta pro stanovení daně upravená v § 148 daňového řádu je naproti tomu lhůtou zákonnou, hmotněprávní a propadnou. Základní délku lhůty pro stanovení daně (3 roky) je možné modifikovat, a to třemi typy úkonů. V první řadě je možné lhůtu prodloužit. Úkony prodlužující běh lhůty jsou vyjmenovány v § 148 odst. 2; jejich společným jmenovatelem je podmínka, aby byly učiněny v průběhu základní lhůty, a to konkrétně v posledních 12 měsících lhůty; účinkem těchto úkonů je nastavení lhůty o jeden rok. Dalšími úkony, které jsou způsobilé modifikovat délku lhůty, jsou úkony, které její běh přeruší. Tyto jsou vyjmenovány v § 148 odst. 3 ve spojení s § 87 daňového řádu. Úkony zapříčiní přerušení běhu lhůty a zajistí počátek běhu nové, což znamená, že běží znovu celá tříletá lhůta; zákon přitom výslovně stanoví rovněž rozhodný den jako počátek běhu lhůty, od něhož se lhůta přerušuje a běží celá (tříletá) znovu. Posledním typem úkonů s vlivem na běh lhůty jsou úkony, které její běh staví (§ 148 odst. 4); podstatou stavení lhůty je, že tato neběží po dobu definovanou zákonem. Smysl ustanovení spočívá ve skutečnosti, že správce daně nemůže v řízení konat s ohledem na vnější vlivy (v zákoně taxativně uvedené), a tudíž by běh lhůty neměl opodstatnění.
Nejvyšší správní soud tak v citovaných rozsudcích dovodil, že § 148 daňového řádu obsahující pravidla běhu prekluzivní lhůty (včetně jejího přerušení či stavění) je lex specialis k § 33 odst. 1 daňového řádu, resp. toto ustanovení se nepoužije. Zákonodárce v § 148 odst. 3 daňového řádu zcela jednoznačně vyjádřil okamžik, od kterého se nový běh prekluzivní lhůty stanovené v odst. 1 citovaného ustanovení odvíjí, přičemž ani samotný jazykový výklad slova dnem nedává prostor pro jiný závěr, než že se tak děje již od konkrétního dne, a nikoli až ode dne následujícího. Procesní povaha lhůt a priori předpokládá aktivitu daňového subjektu. Proto stanovení jejího počátku dle
§ 33 odst. 2 daňového řádu, resp. jejího zachování do následujícího pracovního dne ve smyslu § 33 odst. 4 daňového řádu, je logické, legitimní a chrání oprávněné zájmy subjektů. Lhůta pro stanovení daně, jakožto lhůta prekluzivní, naproti tomu toliko představuje časově ohraničený úsek, po který lze upravovat daňovou povinnost daňového subjektu. Okamžik, od kterého počíná běh nové lhůty dle § 148 odst. 3 daňového řádu, je zde stanoven zcela jednoznačně [srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 12. 2016, č. j. 9 Afs 142/2016–31 (bod 20), a ze dne 30. 4. 2015, č. j. 2 Afs 1/2015–49 (bod 36)]. Je-li tedy prvním úkonem např. skutečnost, že správce daně toho kterého dne v sídle daňového subjektu převezme kontrolované doklady či sepíše protokol o zahájení daňové kontroly – tedy zahájí daňovou kontrolu, jen stěží lze dovozovat, že se tak stalo den následující.
Nejvyšší správní soud tak uzavřel, že lhůta pro stanovení daně v jím projednávané věci počala běžet na základě zahájení daňové kontroly dnem, kdy byla daňová kontrola zahájena, tj. dne 10. 9. 2014, a skončila dne 10. 9. 2017. V daném případě nadto je rozhodné, že možnost vyměřit daň skončila správci daně uplynutím posledního dne prekluzivní lhůty, který připadl na jeden konkrétní zákonem určený den. Jelikož se jedná o lhůtu hmotněprávní a lhůtu propadnou, po jejím uplynutí, byť se tak stane v den pracovního klidu či svátek, právo na vyměření daně bez dalšího zaniká. Ustanovení § 33 odst. 4 daňového řádu se neužije.
Jelikož krajský soud v nyní projednávané věci neshledal důvod odchýlit se od výše uvedeného právního názoru, posoudil žalobní námitku v souladu s ním. V nyní posuzované věci byla daňová kontrola ve vztahu ke zdaňovacím obdobím roku 2013 a 2016 zahájena dne 15. 8. 2017, a proto lhůta pro stanovení daně podle § 148 odst. 3 daňového řádu uplynula dnem 15. 8. 2020. Pokud tedy žalovaný napadené rozhodnutí o odvolání směřujícímu rovněž proti dodatečnému platebnímu výměru na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období zdaňovací období 2013 a platebnímu výměru na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2016, doručil žalobci až dne 17. 8. 2020, k pravomocnému stanovení daně za příslušná zdaňovací období roku 2013 a 2016 doručením rozhodnutí o odvolání došlo až po marném uplynutí lhůty pro stanovení daně, neboť s ohledem na výše uvedený právní názor Nejvyššího správního soudu se na lhůtu pro stanovení daně neaplikuje § 33 odst. 4 daňového řádu. Tato lhůta tudíž uplyne, byť je posledním dnem lhůty sobota, jako tomu bylo v nyní projednávaném případě (15. 8. 2020).
Jelikož krajský soud shledal žalobní námitku ohledně uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení pro zdaňovací období 2013 a 2016 za důvodnou, v souladu s § 78 odst. 1 s. ř. s. zrušil žalobou napadené rozhodnutí žalovaného ve výrocích II. a IV. týkajících se rozhodnutí Finančního úřadu pro Zlínský kraj ze dne 13. 11. 2018, č. j. 1817451/18/3309-51523-707327 a č. j. 1817508/18/3309-51523-707327, a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.

V. b) Námitky k nezpůsobilosti uplatnění odečtu výdajů na výzkum a vývoj od základu daně ve zdaňovacích obdobích 2012 a 2015

Krajský soud se dále zabýval námitkami žalobce k nezpůsobilosti uplatnění odečtu výdajů na výzkum a vývoj od základu daně ve zdaňovacích obdobích 2012 a 2015. Jejich podstatu tvoří především nesouhlasná polemika žalobce se závěry žalovaného (a správce daně), v nichž neshledali žalobce způsobilého k uplatnění odečtu výdajů na výzkum a vývoj od základu daně ve zdaňovacích obdobích 2012 a 2015 jednak z důvodu porušení § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, ve znění účinném pro zdaňovací období 2012, a § 34 odst. 4 a § 34a až § 34e zákona o daních z příjmů, ve znění účinném pro zdaňovací období 2015, neboť v činnosti žalobce absentoval ocenitelný prvek novosti a vyjasňování výzkumné či technické nejistoty, tato měla toliko charakter poskytování služby bez vlastní výzkumné aktivity, jednak z důvodu nenaplnění formálních náležitostí pro možnost uplatnění tohoto odečtu ve smyslu § 34 odst. 4 a § 34c zákona o daních z příjmů.
Krajský soud předně uvádí, že z obsahu žaloby i z obsahu správního spisu vyplývá, že žalobní námitky jsou obsahově i formulačně totožné s námitkami, které žalobce předestřel již v odvolacím řízení. Koneckonců samotné argumentační schéma použité v žalobě je vystavěno na rekapitulaci závěrů, na jejichž základě žalovaný odmítl odvolací námitky žalobce, přičemž na tyto žalobce reaguje nesouhlasnými námitkami, že se jedná o postup a názor nesprávný a nezákonný. Dle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005-130, přitom platí: „Je-li rozhodnutí žalovaného správního orgánu řádně odůvodněno, je z něho zřejmé, proč žalovaný nepovažoval právní argumentaci účastníka řízení za důvodnou a proč jeho odvolací námitky považoval za liché, mylné nebo vyvrácené, shodují-li se žalobní námitky s námitkami odvolacími a nedochází-li krajský soud k jiným závěrům, je přípustné, aby si krajský soud správné závěry se souhlasnou poznámkou osvojil.“ Krajský soud proto uvádí, že s ohledem na uvedený charakter žalobních námitek, které se nadto opakují, nepovažuje za nezbytné se jimi zde opětovně zevrubně zabývat a v podstatě za žalobce dotvářet podrobnější žalobní argumentaci směřující vůči právním závěrům žalovaného, resp. správce daně. Krajský soud tak činí i z toho důvodu, že se s právními závěry žalovaného i se způsobem, jakým se s odvolacími námitkami žalobce důkladně vypořádal, ztotožňuje.
S ohledem na výše rekapitulované závěry správce daně, resp. žalovaného se krajský soud nejdříve zabýval otázkou povahy činnosti žalobce a její relevanci pro případný vznik odpočtu na VaV, neboť správce daně a žalovaný dospěli k závěru, že žalobce v rámci provádění klinických studií nerealizoval výzkumně-vývojové činnosti ve smyslu § 34 odst. 4 a násl. ZDP (ve znění účinném do 31. 12. 2013), resp. § 34 odst. 4 a § 34b ZDP (ve znění účinném od 1. 1. 2014) ve spojení s § 2 odst. 1 zákona o podpoře VaV s přihlédnutím k zákonu o léčivech.
Pokud žalobce v této souvislosti předně namítá, že správce daně či žalovaný pochybili, pokud si k posouzení otázky povahy činnosti žalobce a její podřaditelnosti pod VaV nenechali zpracovat znalecký posudek, jelikož nejsou z hlediska odbornosti způsobilí v dané věci zhodnotit předmětnou činnost žalobce, neboť jsou vyžadovány odborné znalosti z oblasti klinického hodnocení léčiv, s touto námitkou se krajský soud neztotožňuje. Krajský soud je naopak toho názoru, že žalovaný i správce daně jsou dostatečně způsobilí posoudit, zda se v případě předmětné činnosti žalobce jednalo o činnost podřaditelnou pod činnost VaV. Nelze totiž brát ze zřetele, že problematika klinického hodnocení léčiv a jeho vztahu k odpočtu na VaV je v rámci činnosti orgánů Finanční správy běžně posuzována, rovněž byly tyto závěry opakovaně přezkoumány ve správním soudnictví (viz kupříkladu nejen žalobcem citovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 7. 2018, č. j. 1 Afs 97/2018-41, ale i rozsudky ze dne 7. 11. 2019, č. j. 1 Afs 183/2019-40, či ze dne 4. 11. 2020, č. j. 1 Afs 270/2020-26). Krajský soud tak přisvědčuje názoru žalovaného, že v rozhodovací praxi orgánů Finanční správy i správních soudů byly dostatečně vyřešeny podstatné otázky, týkající se uplatnění odpočtu na VaV v případě služeb klinického hodnocení léčiv, a proto obecně není důvod (kvůli neodbornosti) ve věci realizovat znalecké zkoumání znalce z oboru zdravotnictví, odvětví farmakologie.
V kontextu skutkových okolností nyní projednávané věci je nadto podstatné zdůraznit tu skutečnost, že stěžejní otázkou pro správce daně a žalovaného bylo posouzení toho, zda činnost žalobce, spočívající v provádění klinického hodnocení humánních léčivých přípravků pro zadavatele na základě smluvního ujednání a dle přesného zadání, naplňuje znaky VaV ve smyslu zákona o daních z příjmů. Zjednodušeně řečeno, posouzení povahy činnosti žalobce z hlediska podmínky uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj definované daňovým zákonem a související metodikou (Pokyn D-288), nikoliv ryze optikou farmakologické a zdravotnické odbornosti, jak činil žalobce prostřednictvím předložených dokumentů, a zejména pak Znalecký posudek č. 1/2019 ze dne 14. 1. 2019 z oboru zdravotnictví, odvětví farmakologie, zpracovaný PharmDr. J. B., Ph.D., soudním znalcem pro obor zdravotnictví, odvětví farmakologie se specializací farmakologie humánních a veterinárních léčiv. V tomto směru nelze přisvědčit námitce žalobce ohledně nedostatečně zjištěného skutkového stavu, pokud si správce daně, resp. žalovaný nevyžádal další znalecký posudek, neboť žalobcem předložený znalecký posudek doplněný výslechem znalce pro nyní projednávanou věc nepřinesl nic nového, pouze doobjasnil roli zkoušejícího (žalobce) v procesu vývoje nového léčiva. Byť se v daném případě jedná o činnost vysoce odbornou, nelze ji z daňového hlediska chápat jako činnost výzkumně-vývojovou.
Nadto je třeba poukázat na to, že i ze znaleckého posudku vyplývá (jak rekapituluje žalovaný v bodě 74 rozhodnutí), že žalobce musí při své činnosti zadání zadavatele respektovat, resp. z něj plynoucí povinnosti vůči zadavateli, např. i povinnost hlásit neprodleně všechny závažně nežádoucí příhody zadavateli (tyto povinnosti jsou shodné pro všechny/a zkoušející/centra). Skutečnost, že se může žalobce odchýlit od protokolu/zadání, však ještě neznamená, že žalobce provádí výzkum a vývoj. Výzkum a vývoj provádí zadavatel, pro něj jsou výsledky klinických testů od jednotlivých zkoušejících rozhodné. Činnost žalobce je předem daná, do celkového procesu vývoje daného léku „naskočí“ až v určité fázi, kdy je léčivá látka již vyvinuta, vykonává podpůrnou činnost, není však na počátku, de facto ani na konci výzkumu daného léku (finalizace, resp. konečné hodnocení účinnosti léčebné látky probíhá u zadavatele, na základě vyhodnocení všech výsledků od všech zkoušejících z celého světa). Mimo jiné i tato konstatování pak žalovaného vedla k závěru, že roli zkoušejícího (žalobce), resp. jeho činnost v nyní projednávané věci nelze považovat za činnost se znaky výzkumu a vývoje ve smyslu § 34 odst. 4 a násl. ZDP, ve znění účinném do 31. 12. 2013, resp. § 34 odst. 4 a § 34a až § 34e ZDP, ve znění účinném od 1. 1. 2014.
Jak již bylo zmíněno, právě věcné posouzení otázky, zda činnost žalobce, spočívající v provádění klinického hodnocení humánních léčivých přípravků pro zadavatele na základě smluvního ujednání a dle přesného zadání, naplňuje znaky VaV ve smyslu zákona o daních z příjmů, představuje jádro sporu mezi žalobcem a žalovaným.
Výkladem citovaných ustanovení zákona o daních příjmů ve vztahu a obecně otázkou povahy činnosti spočívající v provádění klinického hodnocení humánních léčivých přípravků, jakožto činnosti podřaditelné pod pojem výzkumu a vývoje se správní soudy ve své judikatuře již opakovaně zabývaly, jak již bylo výše zmíněno. Žalobce i žalovaný shodně předkládají zejména citovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 1 Afs 97/2018-41, nicméně z jeho závěrů dovozují odlišné důsledky pro nyní projednávanou věc. Nejvyšší správní soud v něm nejdříve přistoupil k obecnému vymezení klinického hodnocení: „Klinické hodnocení spočívá v hledání předtím neodhalených jevů, struktur a vztahů (zjištění účinků, stanovení nežádoucích účinků aj.), výsledkem má být nové, hlubší chápání jevů a vztahů s významem širším než pro žalobkyni samotnou. Do činnosti jsou nutně zapojeni vysoce kvalifikovaní pracovníci, jsou používány přesně vymezené vědecké metody. Jde o závěrečnou a zcela nezbytnou fázi vývoje nových léčivých přípravků – souvislost s větším celkem a s jinou vědeckotechnickou činností je zde tedy zcela zjevná. Lze shrnout, že hlavním účelem této činnosti je vyjasnění výzkumné nejistoty, je zde tedy přítomen základní definiční prvek výzkumu a vývoje. Tomuto přístupu konvenuje též pokyn D-288, který v bodu 3. písm. j) mezi činnosti výzkumu a vývoje při realizaci projektů řadí mimo jiné klinické zkoušky léků.“ Nejvyšší správní soud tak přitakal východisku krajského soudu, že „jde o zcela nezbytnou součást dlouhého procesu výzkumu a vývoje nových léčiv, která v sobě nese definiční prvky výzkumu a vývoje (zejména novost a výzkumná nejistota).“ V tomto směru je tedy skutečně pravdivé tvrzení žalobce, že klinické hodnocení léčivých přípravků je obecně, vzhledem ke své povaze, činností podřaditelnou pod pojem výzkumu a vývoje, neboť naplňuje definiční znaky výzkumu a vývoje.
V kontextu skutkových okolností dané věci, které se shodují se skutkovými okolnostmi nyní projednávané věci žalobce, tzn. provádění klinického hodnocení léčiv podle přesného zadání zadavatele klinické studie, Nejvyšší správní soud nicméně dovodil, že „pro možnost uplatnění nákladů na klinické hodnocení léků jako položky odečitatelné od základu daně musí být, vedle podmínky, aby činnost naplňovala definiční znaky výzkumu a vývoje, naplněna též negativní podmínka stanovená zákonem (a specifikovaná pokynem D-288 v bodu 7.), že tuto činnost při realizaci projektu musí poplatník provádět sám a nepořizovat ji jako službu. Touto podmínkou je vyjádřen ryzí účel dotčeného ustanovení, tedy podpora výzkumu a vývoje prováděná vlastními pracovníky v rámci jednoho podnikatelského subjektu.“ V dané věci proto Nejvyšší správní soud neshledal naplnění negativní podmínky stanovené zákonem (a specifikované pokynem D-288 v bodu 7.) a shrnul, že závěr správce daně, podle kterého daňový subjekt, provádějící klinické hodnocení léčiv podle zadání zadavatele klinické studie, poskytoval službu, kterou nelze zohlednit jako odčitatelnou položku ve smyslu § 34 odst. 4 a násl. zákona o daních z příjmů, byl správný.
Krajský soud tak (ve shodě s žalovaným) uzavírá, že ačkoliv posuzované činnosti daného subjektu mohou být (z hlediska odborného) svým obsahem a výsledkem totožné (zde výzkum a vývoj léčiv, včetně ověřování jejich účinků), přesto mohou mít odlišný daňový režim, kdy k odlišení dochází na základě toho, jakým způsobem jsou uskutečňovány. Pokud je provádí vlastními silami ten, kdo nese výzkumné riziko, může si takto vynaložené náklady uplatnit dvakrát. Pokud však některé či dokonce všechny části uvedených činností zajistí tak, že si je opatří jako službu od dodavatelů (jako nyní v případě žalobce, jenž byl jedním z takových subdodavatelů), bonus v podobě dvojnásobného daňového uplatnění výdajů na uvedené služby mu nenáleží a nenáleží ani dodavateli.
Prizmatem tohoto východiska pak žalovaný velmi zevrubně v odůvodnění žalobou napadeného rozhodnutí (viz body 57 až 65) posoudil povahu a náplň činnosti žalobce a jeho roli v rámci výzkumu daného léčiva, přičemž dospěl k závěru, že výzkumná a vývojová činnost probíhala u zadavatele, nikoliv však u žalobce. „Žalobce výzkumnou činnost u zadavatele prováděním klinických testů sice podpořil, avšak vlastní výzkumně-vývojovou činnost (z hlediska daňového posouzení) nevykonával. Klinického testování se nezúčastnil pouze žalobce, ale i další centra (jednalo se o multicentrická klinická hodnocení), hodnocení probíhalo dle jednoho zadání/protokolu (vč. jeho dodatků) na několika místech klinického hodnocení, tj. několika zkoušejícími, nadto po již proběhnuvších předchozích fázích klinických studií (a to i stejného stupně/kategorie) v jiných státech a jinými zkoušejícími/centry. Je to však zadavatel, který pak na základě údajů a výsledků klinických hodnocení, jež mu budou od jednotlivých zkoušejících předány, vyhodnotí, zda je vyvíjené léčivo dostatečně účinné a bezpečné a je možné jej na základě těchto shromážděných údajů, resp. výsledků (o všech nežádoucích účincích, o jeho působení na lidský organismus, o jeho účinnosti aj.) uvést nejen na český trh, resp. přistoupit k jeho registraci. Výzkum daného léčiva je tak završen na základě údajů a výsledků všech testů, od všech zkoušejících (z celého světa), nikoliv jen od žalobce.“ (viz bod 57). S tímto závěrem žalovaného se krajský soud ztotožňuje, a proto neshledal za důvodné námitky žalobce týkající se charakteru jeho činnosti, tj. klinického hodnocení léčiv pro zadavatele.
Žalobce v neposlední řadě zpochybňoval právní závěry žalovaného při hodnocení formálních nedostatků projektů VaV. V této souvislosti je třeba zdůraznit, že žalovaný při hodnocení této otázky tentokráte dospěl k odlišnému právnímu závěru, než správce daně, totiž že předložené projekty VaV nesplňují formální (obsahové) náležitosti tak, jak je stanoveno v § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů, ve znění účinném do 31. 12. 2013, resp. v § 34c zákona o daních z příjmů, ve znění účinném od 1. 1. 2014. Tato skutečnost by sama o sobě znamenala vyloučení nároku na uplatnění odpočtu na VaV. V této věci ovšem žalovaný zároveň aproboval závěry správce daně, že klinické hodnocení léčiv, tak jak bylo prováděno žalobcem v rámci deklarovaných projektů VaV, tj. jako služba pro zadavatele, nelze z hlediska daňového posoudit jako činnosti, na jejichž provádění vynaložené výdaje (náklady) by bylo možné uplatnit v základu daně podruhé, a to ve formě odpočtu na VaV. Žalovaným konstatované nenaplnění formálních požadavků žalobcem předložených projektů VaV ve smyslu zákona o daních z příjmů tak představují další důvod pro nemožnost jejich akceptace pro uplatnění nároku na odpočet na VaV.
S ohledem na skutečnost, že i krajský soud se ztotožnil s právním názorem správce daně a žalovaného ohledně nenaplnění věcných požadavků žalobcem předložených projektů VaV ve smyslu zákona o daních z příjmů, jelikož žalobce v rámci provádění klinických studií nerealizoval výzkumně-vývojové činnosti ve smyslu § 34 odst. 4 a násl. ZDP (ve znění účinném do 31. 12. 2013), resp. § 34 odst. 4 a § 34b ZDP (ve znění účinném od 1. 1. 2014) ve spojení s § 2 odst. 1 zákona o podpoře VaV s přihlédnutím k zákonu o léčivech, k žalobním námitkám zpochybňujícím závěry žalovaného ohledně nenaplnění formálních požadavků žalobcem předložených projektů VaV se krajský soud vyjádří spíše ve stručnosti.
Žalovaný u jednotlivých projektů (jejich seznam je uveden na str. 10-14 v Tabulce č. 1, 2, 3, a 4 v písemnosti žalovaného ze dne 10. 6. 2020, č. j. 22694/20/5200-11433-710862 [dále jen “Seznámení”]) popsal v bodech [89] až [99] napadeného rozhodnutí jejich formální nedostatky, přičemž se jednalo (ne ve všech případech o všechny z uvedených vad) o následující nedostatky: nesprávně uvedené cíle projektů, nesprávné uvedení základních identifikačních údajů žalobce, nesprávné vymezení doby řešení projektů, výdaje přesahující dobu řešení projektů, nedostatečné vymezení způsobu kontroly, hodnocení řešení projektů a dosažených výsledků, a dále skutečnosti poukazující na nedodržení prospektivnosti projektů (shoda data zahájení a ukončení projektů s daty zahájení a ukončení klinického hodnocení léčiv, schválení projektu ještě před vznikem žalobce). Žalovanému tak krom formálních nedostatků jednotlivých projektů vznikly pochybnosti o prospektivnosti projektů. Krajský soud odůvodnění těchto nesrovnalostí a pochybností žalovaného považuje za dostatečné a přesvědčivé ke konstatování závěru, že pro uplatnění odpočtu na VaV nebyly naplněny jak požadavky věcné, tak formální, když jednotlivé projekty vykazovaly různé formální vady, přičemž všechny projekty vykazovaly minimálně vadu ve stanovení cíle projektu (viz bod [89] až [91] napadeného rozhodnutí), a vadu v nedostatečném vymezení způsobu hodnocení projektu (viz bod [95] napadeného rozhodnutí). S těmito pochybnostmi i s ostatními formálními nedostatky žalovaný seznámil žalobce Seznámením, ten však tyto pochybnosti žalovaného nerozptýlil, resp. na ně nikterak nereagoval. Činí tak až v žalobě, ovšem dle názoru krajského soudu nepřesvědčivým způsobem.

VI. Závěr a náklady řízení

Krajský soud tak na základě výše uvedených skutečností shledal žalobu zčásti jednak za důvodnou (ve vztahu k námitce uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení pro zdaňovací období 2013 a 2016, a proto v souladu s § 78 odst. 1 s. ř. s. zrušil žalobou napadené rozhodnutí žalovaného ve výrocích II. a IV. týkajících se rozhodnutí Finančního úřadu pro Zlínský kraj ze dne 13. 11. 2018, č. j. 1817451/18/3309-51523-707327 a č. j. 1817508/18/3309-51523-707327, a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení, jednak ve zbytku za nedůvodnou, a proto ji v části směřující proti výrokům I. a III. rozhodnutí žalovaného podle ustanovení § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.
O náhradě nákladů řízení soud rozhodl podle § 60 odst. 1 s. ř. s., podle něhož nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Žalobce po soudu požadoval úhradu následujících nákladů, sestávající se z náhrady hotových výdajů ve výši 8 650 Kč, které stanovil podle § 35 odst. 2 s. ř. s. a vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve znění pozdějších předpisů. V daném případě se jednalo o tři úkony právní služby (žaloba, 2 x účast na jednání). Protože zástupce žalobce je plátcem daně z přidané hodnoty, zvyšují se náklady řízení ve smyslu § 57 odst. 2 s. ř. s. o částku 1 817 Kč odpovídající dani (21 %), kterou je povinen z odměny za zastupování a z náhrad hotových výdajů odvést. Žalobci dále přísluší náhrada za zaplacený soudní poplatek za žalobu proti rozhodnutí správního orgánu ve výši 3 000 Kč. Vzhledem k tomu, že žalobce měl ve věci částečný úspěch (žalobě bylo zčásti vyhověno, zčásti byla jako nedůvodná zamítnuta), proto má právo na náhradu nákladů řízení vůči žalovanému pouze v poměrné části (50 %). Celkem by tedy byla žalobci vůči žalovanému přiznána náhrada nákladů ve výši 6 734 Kč. K jejímu zaplacení soud určil přiměřenou lhůtu.
Žalovanému správnímu orgánu, kterému by jinak jakožto částečně úspěšnému účastníku řízení právo na náhradu nákladů řízení příslušelo, náklady řízení nad rámec jeho běžné administrativní činnosti nevznikly, pročež mu soud náhradu nákladů řízení nepřiznal.

Poučení:

Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Brno 29. března 2023

JUDr. Zuzana Bystřická

předsedkyně senátu

v.z. JUDr. Marian Kokeš, Ph.D., v.r.

člen senátu

(dle § 54 odst. 2 s. ř. s.)