3 Af 14/2023 - 49 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	3 Af 14/2023 - 49
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	27. 8. 2024
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

žalobce: Quantcom, a. s., IČ: 281 75 492

sídlem Křižíkova 36a/237, 186 00 Praha

zastoupen Mgr. Andreou Stachovou, advokátkou

sídlem Valentinská 92/3, 110 00 Praha 1

proti
žalovanému: Odvolací finanční ředitelství

sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno

řízení o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 18. 9. 2023, č.j. 30658/23/5200-11433-713211

takto:

Žaloba se zamítá.
Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

I. Předmět přezkumu

Žalobce se domáhá žalobou podanou u Městského soudu v Praze (dále jen „městský soud“) zrušení rozhodnutí žalovaného ze dne 18. 09. 2023, č.j. 30658/23/5200-11433-713211 (dále též „napadené rozhodnutí“), kterým žalovaný potvrdil dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro hlavní město Prahu (dále též „správce daně“ nebo „prvostupňový orgán“) ze dne 19. 11. 2021, č. j. 8777011/21/2008-52523-108915 (dále též „prvostupňové rozhodnutí I.“) a dodatečný platební výměr ze dne 19. 11. 2021, č. j. 8777062/21/2008-52523-108915 (dále též „prvostupňové rozhodnutí II.“).
Prvostupňovým rozhodnutím I. byla žalobci doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2016 do 31. 12. 2016 vyšší o částku 3 513 670,- Kč a současně byla uložena zákonná povinnost uhradit penále z doměřené daně ve výši 702 734,- Kč. Prvostupňovým rozhodnutím II. byla žalobci doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2017 do 31. 12. 2017 vyšší o částku 607 430,- Kč a současně byla uložena zákonná povinnost uhradit penále z doměřené daně ve výši 121 486,- Kč.

II. Žalobní body

Námitky žalobce uplatněné v podané žalobě lze rozdělit do těchto žalobních bodů:
V prvním žalobním bodu žalobce namítá nepřezkoumatelnost napadeného rozhodnutí, spočívající v tom, že žalovaný žádným relevantním, srozumitelným a přezkoumatelným způsobem nezdůvodnil svůj závěr o neuznání odpočtů souvisejících s realizací projektů výzkumu a vývoje (dále jen „VaV“) vykázaných žalobcem v kontrolovaných letech (zdaňovacích obdobích).
Ve druhém žalobním bodu žalobce namítá nezákonnost napadeného rozhodnutí spočívající v nesprávném výkladu zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále též „ZDP“), konkrétně ust. § 34c odst. 1 písm. f) ZDP a § 34b odst. 1 ZDP.
Žalobce nesouhlasí s výtkou žalovaného, že všechny projekty VaV nesplňují formální náležitost dle ustanovení § 34c odst. 1 písm. f) ZDP, neboť jde o extenzivní výklad. Z dikce zákona rozhodně nelze dovozovat, že by v rámci projektu VaV měl být uveden zcela exaktní a detailně popsaný způsob kontroly a způsob jejího vyhodnocení.
Projekt VaV představuje, resp. dle tehdy platného znění ZDP představoval, prospektivní dokument, tj. toliko určitý plán, který je zpravidla vytvářen na delší časové období (měsíce i roky) podle očekávané doby budoucího řešení projektu. Požadavek žalovaného, že již v době vyhlášení projektu musí být dopodrobna naplánována veškerá kontrolní činnost, ačkoli konkrétní postup řešení ještě není vůbec znám, nemá oporu ani v ZDP, ani v běžné logice.
Žalovaný zcela neadekvátně zaměňuje stručnost či obecnější charakter popisu této kapitoly s její nedostatečností, ve smyslu požadavku na danou náležitost dle ZDP.
ZDP nijak nestanoví, že v rámci projektu VaV zpracovávaného a schvalovaného jako prospektivní dokument (tj. před samotným zahájením projektu) musí být jmenována/určena osoba provádějící hodnocení daného projektu, a ani že zde musí být přesně pojmenován dokument zaznamenávající toto hodnocení. ZDP taktéž neuvádí, že zde musí být uvedena frekvence hodnocení.
Žalovaný také opomíjí skutečnost, že v případě žalobce jde o fungující obchodní společnost, která má zavedené kontrolní mechanismy, a proto je jen logické, že při plnění požadavků zákona se žalobce držel zákonného rámce tak, aby jej naplnil. Jeho běžné kontrolní mechanismy zůstaly zachovány a v jejich rámci byla prováděna i následná kontrola průběhu a výsledků VaV, kdy v rámci celé společnosti, jejích jednotlivých oddělení i pracovních týmů, probíhají porady, kontroly plnění úkolů dle potřeb, minimálně na týdenní bázi, aniž by byla potřeba za takových okolností vždy pořizovat zápisy ve formální podobě. Posuzování projektů VaV bylo tedy prováděno žalovaným bez reflektování faktického stavu věci, kdy vůbec nebylo bráno v potaz, že kontrola a hodnocení projektů probíhala, a to pravidelně, systematicky a byla/je dokumentačně podložená. Projekt VaV nelze posuzovat jako izolovaný dokument, ale je nutné jeho posouzení činit v kontextu organizační struktury dané firmy, zavedených kontrolních a manažerských procesů a mechanismů atd.
Žalobce pro úplnost taktéž dodává, že i pokud by existovaly možné pochybnosti o aplikaci relevantních ustanovení ZDP (pro což ale zde není žádný důvod), má žalovaný za povinnost postupovat v duchu zásady in dubio mitius, podle které v případech, kdy veřejné právo umožňuje dvojí výklad, by měly státní orgány vždy postupovat v případě pochybností mírněji ve prospěch daňového (soukromého) subjektu.
Pokud jde o výtku žalovaného, že žalobce prováděl hodnocení dotčených projektů zmatečně, ani v tomto ohledu nemůže žalobce s tímto posouzením souhlasit, neboť jím realizovaný proces hodnocení byl naopak systematický, z časového pohledu pravidelný, s ucelenými a formalizovanými výstupy atd. Tento fakt byl doložen předloženými důkazními prostředky (hodnotící zprávy atd.), a vysvětlen v rámci kontroly (odpovědi na výzvu).
Žalobce nesouhlasí ani s druhou výtkou žalovaného, že náklady uplatněné v odpočtu na VaV nebyly zjištěny na základě přesné a dostatečně spolehlivé evidence tak, tak aby byly naplněny podmínky dle ustanovení § 34b odst. 1 ZDP.
Z citovaného ustanovení ZDP vyplývá že konkrétní forma, způsob provedení, ani podoba oddělené evidence nákladů není zákonem nijak stanovena. Pojem „oddělená evidence nákladů“ je právně neurčitým pojmem. Je tedy zcela na volbě daňového subjektu (zde žalobce), jak tento požadavek ZDP vyřeší, pochopitelně s tím, že příslušná evidence má naplnit účel daného ustanovení, kterým je doložit způsob kalkulace a výši nákladů zahrnutých do odpočtu na VaV, a tyto náklady současně oddělit od ostatních.
Jestliže tedy ZDP žádným způsobem nedefinuje formu, podobu a způsob zpracování oddělené evidence nákladů, je nezbytné v případě sporu o právní výklad předmětného ustanovení ZDP vycházet z principu in dubio mitius, resp. in dubio pro libertate.
Pokud jde o metodiku kalkulace mzdových nákladů zahrnovaných do odpočtu na VaV v příslušných zdaňovacích obdobích, žalovaným zjevně preferovaná metoda za použití měsíčních průměrů může být v některých případech viděna jako zkreslující, a to např. v situaci výrazného kolísání výše mezd během roku – kdy naopak použití ročního průměru může být více vypovídající, neboť dočasné výkyvy mzdy jsou tímto více eliminovány. Nadto žalobce v tomto směru provedl a správci daně v průběhu daňové kontroly doložil i kontrolní (pouze indikativní) výpočty, jak by odpočet na VaV vycházel při kalkulaci za použití principu „měsíčních průměrů“. Tímto byl doložen jak de facto marginální rozdíl ve výši odpočtu na VaV, tak i skutečnost, že tento rozdíl je vyčíslitelný, tj. obě verze výpočtů jsou průkazné a kontrolovatelné. Nelze tedy v žádném případě hovořit o neprůkaznosti evidence, resp. kalkulace odpočtu na VaV jako takové, jak podsouvá žalovaný.
K nedodržení požadavku daného pokynem D–288 podle kterého „má být každý jednotlivý náklad v oddělené evidenci nákladů jednotlivě propojen s jednotlivými účetními případy zaúčtovanými na základě jednotlivých účetních dokladů“, žalobce uvedl, že se nejedná o obecně závazný právní předpis, tj. že je nepřípustné pokynem rozšiřovat povinnosti či krátit práva žalobce nad rámec toho, co stanoví zákon. Krom toho je tento požadavek ve zjevném rozporu taktéž s běžnými účetními postupy, tj. s relevantní účetní legislativou. Realizace takového požadavku by totiž znamenala nejen nutnost účtovat předpisy mezd pro každého zaměstnance jednotlivě, ale dokonce je účtovat vždy dvojmo, po částech, jednou v částce poměrné části mzdy připadající na VaV (která je zkalkulována v oddělené evidenci nákladů), a podruhé ve výši zbylé části mzdy.
Žalobcem předložené oddělené evidence nákladů výše uvedené požadavky bezezbytku naplňují, jsou srozumitelné, kontrolovatelné, a zcela nesporně a jasně prokazují, na základě jakých údajů i jakým způsobem žalobce zkalkuloval jím vykázané odpočty na VaV v dotčených zdaňovacích obdobích.
Žalobce nezákonnost napadeného rozhodnutí spatřuje dále v tom, že žalovaný k práci s judikaturou přistupuje chaoticky a bez systematického a logického shromažďování a výkladu, a dopouští se tak zjevného pokusu o „retroaktivní aplikaci“ informací a pohledů známých ovšem až v aktuální době, přičemž zcela ignoruje jak časové, tak věcné konsekvence jím citovaných soudních rozhodnutí.
Ve třetím žalobním bodu žalobce namítá nezákonnost napadeného rozhodnutí spočívající ve vadách řízení, neboť při provádění dokazování nebylo žalovaným postupováno zákonným způsobem. Proces vedení dokazování je jako celek zatížen tak zásadními vadami, že výsledný závěr je fakticky nepřezkoumatelný. Žalobce spatřuje vady ve vedení dokazování ze strany žalovaného v tom, že:

(i) žalovaný si sám určil, svévolně nad rámec ZDP, svou vlastní, jedinou přípustnou matematickou metodu kalkulace nákladů, přičemž na základě faktu, že žalobce použil jiný matematický postup, označil žalovaný celou oddělenou evidenci nákladů za neprůkaznou;

(ii) žalovaný odhalil, dle svého názoru, konkrétní chyby v podobě nesprávně vykázaných nákladů charakteru dílčích částek/položek, přičemž z tohoto důvodu zcela nedůvodně vylučuje odpočet na VaV v plné výši;

(iii) tvrzení žalovaného ad body (i) a (ii) výše se vzájemně popírají, kdy na jednu stranu žalovaný tvrdí, že oddělená evidence nákladů je jako celek neprůkazná, přičemž ale na druhou stranu v této dle svých slov neprůkazné, tedy nekontrolovatelné, evidenci nachází konkrétní chyby u vybraných položek nákladů, kterými navíc odůvodňuje vyloučení celého odpočtu na VaV.

III. Vyjádření žalovaného

V písemném vyjádření k žalobě setrval žalovaný na právních názorech uvedených v napadeném rozhodnutí, a v plném rozsahu na ně odkázal.
K prvnímu žalobnímu bodu žalovaný uvedl, že se s odvolacími námitkami vypořádal a napadené rozhodnutí není nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů.
Ke druhému žalobnímu bodu žalovaný uvedl, že napadené rozhodnutí není nezákonné, neboť uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků je jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu VaV dle ust. § 34c odst. 1 písm. f) ZDP.
Nesplnění i jen jedné z formálních náležitostí projektu má za následek nemožnost uplatnit odpočet na dani; v takovém případě již není třeba zabývat se splněním ostatních zákonných podmínek pro odpočet výdajů na výzkum a vývoj. Žalovaný zdůraznil, že ani jeden projekt VaV nebyl bezchybný, všechny vykazovaly vady dle ust. § 34c odst. 1 ZDP po formální stránce, nikoliv marginální, tedy drobné nedostatky.
Žalobce v žádném z Projektů VaV neuvedl, jakým způsobem bude hodnocení zaznamenáno, v otázce kdo bude kontrolu provádět (tj. uvedení konkrétní pracovní pozice osoby a nikoliv nutně její jméno), sdělil obecně management a vedoucí projektu, což zahrnuje široký okruh osob.
Dle žalovaného je způsob kontroly a hodnocení postupů řešení projektů a dosažených výsledků řešen žalobcem pouze obecně bez toho, aby mohla být na základě takového popisu prováděna skutečná a efektivní kontrola dle předem stanovených kritérií. Žalobce, který v rámci projektu VaV uvedl pouze obecné formulace bez konkretizace metod, analýz, hodnot či parametrů, potom nemůže průběžně vyhodnocovat, zda na základě provedených prací směřuje ke stanovenému cíli. Materiální stránka projektů nebyla posuzována, nicméně nad rámec zkoumání formálních náležitostí projektu žalovaný též zpochybnil předložené hodnotící zprávy, které se měly týkat až žalobcem prováděné kontrolní činnosti.
Žalobce byl dále povinen evidovat výdaje (náklady) na VaV zahrnované do odečtu odděleně od ostatních výdajů dle ust. § 34b odst. 1 ZDP. Pojem oddělené evidence nákladů nepředstavuje právně neurčitý pojem, ale zahrnuje v sobě požadavek evidovat náklady (výdaje) takovým způsobem, aby bylo možné jednotlivé účetní doklady jednoznačně identifikovat a propojit je s konkrétními výdaji v jednotlivých projektech.
Žalobcem zvolený způsob evidence výdajů dle ročního průměru takový postup znemožňuje a neskýtá prostor pro účinnou kontrolu žalobcem deklarovaných výdajů na VaV. Není zde prostor pro aplikaci principu in dubio mitius, resp. in dubio pro libertate. V daném případě nepřichází v úvahu vícero možných výkladů dotčených zákonných ustanovení. ZDP jednoznačně stanoví podmínky pro uplatnění odpočtu a neumožňuje dvojí výklad.
Výši oprávněného odečtu tedy nelze zjistit ze standardních evidencí (např. jen ze mzdových listů). Požadavek žalovaného není v rozporu s účetními předpisy, jak žalobce usuzuje, neboť účetní postupy dle platné legislativy umožňují účtování na analytické účty. Účtování předpisů mezd pro každého zaměstnance jednotlivě ani dvojmo, po částech připadající na projekt VaV a zbylou mzdu, není pro uvedené propojení zapotřebí. Naopak pokud dojde k různému ocenění odpracovaných hodin v rámci mzdového listu a v rámci oddělené evidence nákladů, je takové propojení nemožné. Nesprávný postup žalobce v roce 2016 vedl ke zkreslení výše mzdových údajů. Oprávněně tyto evidence mzdových nákladů v zdaňovacím období 2016 byly zpochybněny jako celek a nejsou věrohodným důkazním prostředkem pro prokázání výše skutečných mzdových nákladů vynaložených na realizaci Projektů VaV. Žalovaný si neurčil jedinou přípustnou metodu kalkulace nákladů, ale relevantně zpochybnil tu, kterou si zvolil žalobce. Žalobce nesplnil podmínky vedení oddělené evidence dle ust. § 34b odst. 1 ZDP, neboť náklady dle odpracovaných hodin na jednotlivé pracovníky stanovil nesprávně na bázi průměrné hodinové sazby daného roku.
Pokyn D-288 není obecný závazný právní předpis, ale představuje interní normativní instrukci zavazující správce daně, který je povinen se jím řídit. Jak sám odkázal žalobce v bodě 83 žaloby za pomocí příslušné judikatury, lze tento pokyn na posouzení věci použít jako výkladové vodítko v mezích, v nichž je souladný se ZDP. Ačkoliv zmíněný pokyn není obecně závazným právním předpisem, správní orgány jsou povinny se jím řídit a též tento pokyn zakládá legitimní očekávání na straně poplatníků ve smyslu ustálené správní praxe.
Žalovaný nesouhlasí s tím, že by proces dokazování byl zatížen zásadními vadami a výsledný závěr byl nepřezkoumatelný. Pokud totiž správce daně vyžaduje bezchybný projekt VaV (písemný prospektivní dokument), nejedná se o přepjatý formalismus, kde projekt se všemi zákonnými náležitostmi je jedním z nástrojů zabránění zneužívání institutu odpočtu. Je třeba mít na zřeteli, že se jedná o nadstandardní benefit, který vyžaduje od žalobce splnění všech nadstandardních povinností.
Žalovaný je toho názoru, že se nejedná o nepřípustnou retrospektivní aplikaci, neboť judikatura správních soudů sama o sobě žalobci žádné nové povinnosti nepřinesla, pouze vyložila dotčená ustanovení ZDP. Tedy upřesnila již existující povinnost, která se na žalobce vztahovala v rozhodném období.

IV. Rozhodné skutečnosti vyplývající ze správního spisu

Ze správního spisu vyplývá, že dne 15. 10. 2019 zahájil Finanční úřad pro Jihočeský kraj, územní pracoviště v Písku u žalobce daňovou kontrolu, jejímž předmětem bylo ověření, zda byla správně stanovena dan z příjmu právnických osob za zdaňovací období 2016 – 2017. O kontrolních zjištěních byl pořízen Protokol č. j. 2079679/19/2208-60562-303607.
Ze zprávy o daňové kontrole č. j. 1963531/21 /2208-60561-303607 ze dne 29. 9. 2021 vyplývá, že správce daně odpočet na VaV neakceptoval a zvýšil základ daně, jak je uvedeno dodatečných platebních výměrech z roku 2016 a 2017, s odůvodněním, že v Projektech VaV se nachází formální nedostatky spatřované hlavně:

- v neprůkazně vedených oddělených evidencích mzdových nákladů ve vztahu ke zdaňovacímu období 2016 dle ustanovení § 34b odst. 1 ZDP - předložené oddělené evidence mzdových nákladů neodpovídají skutečnosti,

- ve způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektů a dosažených výsledků dle ustanovení § 34c odst. 1 písm. f) ZDP (týká se všech Projektů VaV).

Na základě zprávy o daňové kontrole vydal správce daně dne 19. 11. 2021 dodatečné platební výměry, které byly doručeny do datové schránky žalobce dne 22. 11. 2021. Proti dodatečným platebním výměrům bylo žalobcem v zákonné lhůtě, dne 30. 11. 2021, podáno odvolání. Dne 18. 9. 2023 vydal žalovaný napadené rozhodnutí, kterým zamítl odvolání žalobce a dodatečné platební výměry potvrdil.

V. Soudní přezkum

Městský soud vycházel z této právní úpravy v rozhodném znění:
Podle § 34b odst. 1 ZDP výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu se rozumí výdaje (náklady), které

a) poplatník vynaložil při realizaci projektu výzkumu a vývoje na

1. experimentální či teoretické práce,

2. projekční a konstrukční práce,

3. výpočty,

4. návrhy technologií,

5. výrobu funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části související s realizací projektu výzkumu a vývoje,

b) jsou výdaji (náklady) na dosažení zajištění a udržení příjmů a

c) jsou evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů).

Podle § 34c odst. 1 ZDP projektem výzkumu a vývoje se rozumí dokument, ve kterém poplatník před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje a který obsahuje

a) základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou

1. obchodní firma nebo název a adresa sídla poplatníka, je-li poplatníkem daně z příjmů právnických osob,

2. jméno, adresa sídla podnikatele a adresa místa trvalého pobytu poplatníka, je-li poplatníkem daně z příjmů fyzických osob,

3. daňové identifikační číslo, pokud bylo přiděleno,

b) dobu řešení projektu, kterou je doba ode dne zahájení do dne ukončení řešení projektu,

c) cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení,

d) předpokládané celkové výdaje (náklady) na řešení projektu a předpokládané výdaje (náklady) v jednotlivých letech řešení projektu,

e) jména všech osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi,

f) způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků,

g) den a místo schválení projektu,

h) jméno a podpis odpovědné osoby za projekt výzkumu a vývoje.

Podle § 34c odst. 2 ZDP projekt výzkumu a vývoje musí být schválen poplatníkem před zahájením jeho řešení.
Před vlastním posouzením věci městský soud připomíná, že podle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu soudy nemusí nutně reagovat na každý dílčí argument uvedený v žalobě. Jejich úkolem je vypořádat se s obsahem a smyslem žalobní argumentace (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu (dále jen „NSS“) ze dne 3. 4. 2014 č. j. 7 As 126/2013-19). Podstatné je, aby správní soud v odůvodnění rozhodnutí postihl všechny stěžejní námitky účastníka řízení, což může v některých případech konzumovat i reakce na některé dílčí a související námitky (viz rozsudek NSS ze dne 24. 4. 2014 č. j. 7 Afs 85/2013-33). Městský soud rovněž může pro stručnost odkázat na část odůvodnění rozhodnutí správního orgánu, s nímž se ztotožňuje. Jak uvedl Ústavní soud, „není porušením práva na spravedlivý proces, jestliže obecné soudy nebudují vlastní závěry na podrobné oponentuře (a vyvracení) jednotlivě vznesených námitek, pakliže proti nim staví vlastní ucelený argumentační systém, který logicky a v právu rozumně vyloží tak, že podpora správnosti jejich závěrů je sama o sobě dostatečná“ (viz nález ze dne 12. 2. 2009 sp. zn. III. ÚS 989/08, bod 68.; srov. též rozsudky NSS ze dne 12. 3. 2015 č. j. 9 As 221/2014-43, či ze dne 25. 2. 2015 č. j. 6 As 153/2014-108).
Vzhledem k tomu, že účastníci řízení k výzvě městského soudu nevyjádřili nesouhlas s rozhodnutím věci bez nařízení jednání, postupoval městský soud podle ust. § 51 odst. 1 s. ř. s. a o podané žalobě rozhodl bez nařízení jednání. Po seznámení se se správním spisem a po zhodnocení jeho obsahu a rozhodných skutečností dospěl městský soud k závěru, že žaloba není důvodná.
Ve vztahu k prvnímu žalobnímu bodu soud nepřisvědčil námitce žalobce, že napadené rozhodnutí je nepřezkoumatelné pro nedostatek relevantního a srozumitelného odůvodnění závěru o neuznání odpočtů na VaV. Soud k této námitce uvádí, že zrušení správního rozhodnutí pro nepřezkoumatelnost je vyhrazeno těm nejzávažnějším vadám správních rozhodnutí, kdy pro absenci důvodů skutečně nelze správní rozhodnutí meritorně přezkoumat. Nepřezkoumatelnost pro nedostatek důvodů musí být vykládána ve svém skutečném smyslu, tedy jako nemožnost zjistit obsah nebo důvody, pro které bylo rozhodnutí vydáno (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 2. 2008, č. j. 7 Afs 212/2006-74).
Soud konstatuje, že žalobou napadené rozhodnutí je srozumitelné, jsou v něm obsaženy právní úvahy, na jejichž základě žalovaný posoudil otázky stěžejní pro toto řízení, a je opřeno o dostatek relevantních důvodů, z nichž je zřejmé, proč žalovaný rozhodl tak, jak je uvedeno ve výroku napadeného rozhodnutí. Uvedené je v souladu s konstantní judikaturou, podle které musí být z odůvodnění seznatelné, proč správní orgán považuje námitky účastníka za liché, mylné nebo vyvrácené, které skutečnosti vzal za podklad svého rozhodnutí, proč považuje skutečnosti předestřené účastníkem za nerozhodné, nesprávné nebo jinými řádně provedenými důkazy vyvrácené, podle které právní normy rozhodl a jakými úvahami se řídil při hodnocení důkazů (srov. např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 6. 2010, č. j. 9 As 66/2009-46, ze dne 4. 2. 2010, č. j. 7 Afs 1/2010-53, ze dne 23. 7. 2009, č. j. 9 As 71/2008-109, či ze dne 31. 3. 2004, č. j. 4 As 19/2014-35, a v neposlední řadě na rozsudek Vrchního soudu v Praze ze dne 26. 2. 1993, č. j. 6 A 48/92-23). Soud má za to, že žalovaný těmto povinnostem dostál. Soud dodává, že správní orgány nemají povinnost detailně vypořádávat každou dílčí námitku či tvrzení, resp. jak je uvedeno v bodě [9] odůvodnění rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 7. 2018, č. j. 7 As 150/2018-36, správní orgány „nemají povinnost vypořádat se s každou dílčí námitkou, pokud proti tvrzení účastníka řízení postaví právní názor, v jehož konkurenci námitky jako celek neobstojí. Takový postup shledal ústavně konformním i Ústavní soud v nálezu ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08: ‚Není porušením práva na spravedlivý proces, jestliže obecné soudy nebudují vlastní závěry na podrobné oponentuře (a vyvracení) jednotlivě vznesených námitek, pakliže proti nim staví vlastní ucelený argumentační systém, který logicky a v právu rozumně vyloží tak, že podpora správnosti jejich závěrů je sama o sobě dostatečná.‘ (srov. také rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 3. 2015, č. j. 9 As 221/2014 - 43).“
Ve vztahu k druhému žalobnímu bodu soud nepřisvědčil námitce žalobce, že napadené rozhodnutí je nezákonné.
Uplatnění odpočtu nákladů na výzkum a vývoj znamená zvýšené nároky kladené na daňový subjekt, neboť fakticky znamená dvojí odečet nákladů ze základu daně. Každý z projektů VaV žalobce, podrobně rozebraných ve zprávě o daňové kontrole na stranách 2 – 51, obsahoval formální nedostatky. Jednalo se např. o skutečnost, že předložené dokumenty k projektům VaV nesplňovaly obsahové náležitosti písemného projektu, neboť dokumenty neobsahovaly pravidla definovaná pro hodnocení konkrétního projektu, tj. způsob kontroly a hodnocení postupu řešení a dosažených výsledků, který je jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu dle § 34c odst. 1 písm. f) ZDP.
Z projektu výzkumu a vývoje musí být předem patrné, na základě jakých konkrétních kritérií bude projekt hodnocen (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018 – 52). Nestačí proto např. obecná metodika hodnocení, použitelná pro jakýkoliv projekt výzkumu a vývoje, ze které nelze určit, co by považovala za úspěšnou či neúspěšnou realizaci projektu.
Nejvyšší správní soud se ke způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje a dosažených výsledků vyjádřil též v rozsudku č. j. 10 Afs 16/2021 – 74 vydaném dne 22. 6. 2023, kde uvedl: „je povinností daňového subjektu, aby v projektové dokumentaci uvedl způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků takovým způsobem, aby bylo zřejmé, jaký mechanismus bude při kontrole a hodnocení použit, kým bude kontrola prováděna (nikoli konkrétní jméno, ale např. pracovní pozice apod.), jakož i s jakou četností bude kontrola prováděna s ohledem na fáze jednotlivých projektů. S těmito závěry NSS souhlasí a opětovně zdůrazňuje, že k nesplnění formálního požadavku na stanovení způsobu kontroly a hodnocení nedojde jen tehdy, pokud se projekt o způsobu kontroly a hodnocení nezmiňuje vůbec, ale i tehdy, pokud je v něm tento způsob vymezen nedostatečně (srov. např. rozsudky NSS ze dne 9. 9. 2021, čj. 7 Afs 411/2019-54, ze dne 21. 7. 2022, čj. 8 Afs 170/2020- 49, nebo ze dne 22. 7. 2022, čj. 8 Afs 169/2020-56).“
Jestliže dokumenty žalobce neobsahovaly pravidla definovaná pro hodnocení konkrétního projektu, žalobce nesplnil jednu ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu dle § 34c odst. 1 písm. f) ZDP.
Nelze přisvědčit námitce žalobce, že absenci způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje a dosažených výsledků lze nahradit běžnými kontrolními mechanismy zavedenými v obchodní společnosti. Běžné kontrolní mechanismy jako jsou porady, kontroly plnění úkolů, byť minimálně na týdenní bázi, nejsou způsobilé nahradit obligatorní obsahovou náležitost projektu výzkumu a vývoje v podobě předem definovaného způsobu kontroly. Způsob kontroly a hodnocení postupů řešení projektů a dosažených výsledků byl upraven žalobcem pouze obecně. Na základě takového popisu nemohla být prováděna skutečná a efektivní kontrola dle předem stanovených kritérií.
Nelze souhlasit ani s názorem žalobce, že v daném případě dikce zákona umožňuje dvojí výklad. Z toho důvodu žalovaný neměl povinnost postupovat v duchu zásady in dubio mitius, neboť nejsou pochybnosti o aplikaci relevantních ustanovení ZDP.
Jelikož na pravidelnou a systematickou kontrolu neodkazoval žádný z projektů VaV, žalovaný neměl povinnost posuzovat skutečný průběh kontroly. Materiální stránka projektů tudíž nebyla posuzována. Nicméně nad rámec zkoumání formálních náležitostí projektu žalovaný též zpochybnil předložené hodnotící zprávy, které se měly týkat až žalobcem prováděné kontrolní činnosti.
Soud nepřisvědčil ani námitce žalobce, že pojem „oddělená evidence nákladů“ je právně neurčitým pojmem a proto splnil povinnost evidovat náklady na projekty VaV v souladu se zákonem. Z jazykového výkladu vyplává, že náklady na projekty VaV musí být vedeny zvlášť, tj. vedle evidence ostatních nákladů. Evidence (z lat. e-visu, z viděného) znamená zřejmost nějakého stavu věcí, kterou lze vidět „na vlastní oči“. Z citovaného ustanovení plyne, že povinnost „evidence“ nákladů není vázána k nějakému časovému okamžiku, tuto povinnost má daňový subjekt plnit průběžně, aby mohl kdykoliv prokázat návaznost na konkrétní výdaj vynaložený při realizaci projektu. Závěr, že oddělená evidence má být vedena již při vzniku samotného výdaje, má tedy oporu v zákoně. Podle názoru Nejvyššího správního soudu „smysl oddělené evidence je ve vytvoření úplného soupisu všech výdajů (nákladů) vynaložených daňovým subjektem při realizaci projektu výzkumu a vývoje, přičemž již ze samotné evidence musí být dostatečně patrna návaznost na konkrétní výdaj (náklad) vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje. Identifikace jednotlivých výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být natolik jednoznačná, aby nemohly vzniknout pochybnosti, který z jednotlivě vynaložených výdajů (nákladů) je do evidence zahrnut, tj. na základě evidence musí být možno jednoznačně oddělit jednotlivé výdaje (náklady) vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje od ostatních výdajů (nákladů) daňového subjektu, které s projektem výzkumu a vývoje nesouvisí. Identifikace výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být takového charakteru, aby na jejím základě bylo možno propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady)“ (srov. rozsudek NSS ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016-51).
Podle výkladu Nejvyššího správního soudu povinnost oddělené evidence nákladů na projekty VaV není splněna, jestliže „nebyly vedeny průběžně, náklady jsou ve vytvořených evidencích vyčísleny sice přehledně, ale ne průkazně, předložené evidence nákladů nezachycují výši nákladů při jejich vzniku, je zřejmé, že jednotlivé i celkové náklady jsou vyčísleny zpětně. Roční hodnota osobních nákladů je vyčíslována souhrnně za jednotlivé zaměstnance po jednotlivých projektech. Z evidencí je sice patrná výše osobních nákladů na jednotlivé projekty za zaměstnance za kalendářní měsíce daného roku i za jednotlivé projekty a zaměstnance celkem za daný rok, ale ve vyčíslené hodnotě jsou obsaženy náklady, které se vztahují k více účetním případům. Z uvedeného je zřejmé, že evidence nebyla již od počátku stěžovatelkou řádně vedena, zejména nebyla vedena průběžně. Následně již z tohoto důvodu logicky nemohla být splněna podmínka průkaznosti této evidence. Zjednodušeně řečeno, stěžovatelkou zvolený nesprávný způsob „ne/vedení“ evidence má bez dalšího za následek její neprůkaznost. Za tohoto stavu nelze „dohánět“ nedostatky této evidence následným zjišťováním a dokazováním, co a jak vlastně bylo (či mělo) být v takové evidenci evidováno. Její „ne/vedení“ ji znevěrohodnilo jako celek.“
Ke mzdovým nákladům Nejvyšší správní soud uvedl, že „výpočet měsíčních nákladů na konkrétního zaměstnance na jednotlivý projekt za každý měsíc je z předložených tabulek možné vypočítat jako podíl celkových měsíčních nákladů na konkrétního zaměstnance a celkového počtu odpracovaných hodin konkrétním zaměstnancem, vynásobený počtem odpracovaných hodin tímto zaměstnancem na projektu.“ (rozsudek NSS sp. zn. 8 Afs 168/2020 ze dne 24. 10. 2022).
Jak vyplývá ze zprávy o daňové kontrole, žalobce při ocenění mzdových nákladů tyto náklady dle odpracovaných hodin na jednotlivé pracovníky stanovil na bázi průměrné hodinové sazby daného roku a nikoli na bázi platné hodinové sazby v daném měsíci. Náklady tedy nebyly vedeny průběžně, neboť předložené evidence nákladů nezachycují výši nákladů při jejich vzniku. Jednotlivé i celkové náklady jsou vyčísleny zpětně.
Správce daně ve zprávě o daňové kontrole podrobně vysvětlil, proč nesprávný postup žalobce v roce 2016 vedl ke zkreslení výše mzdových údajů (zejm. fluktuace měsíční výše mzdových nákladů).
Ze všech shora uvedených důvodů žalovaný oprávněně evidence mzdových nákladů ve zdaňovacím období 2016 zpochybnil jako celek, neboť nejsou věrohodným důkazním prostředkem pro prokázání výše skutečných mzdových nákladů vynaložených na realizaci projektů VaV. Žalobce byl povinen vést takovou oddělenou evidenci mzdových nákladů, která měla být přehledná a jednoznačně prokazovat oprávněnost použití uplatňovaných mzdových nákladů na VaV, přičemž je to právě žalobce, který nese důkazní břemeno, že řádnou oddělenou evidenci nákladů vedl. Není úkolem žalovaného, aby poté, co zpochybnil postup žalobce jako daňového subjektu, sám ověřoval skutečnou výši osobních nákladů.
Lze souhlasit s názorem žalovaného, že vedení oddělené evidence mzdových nákladů na realizaci jednotlivých projektů není v rozporu s žádnou legislativou ani účetními postupy pro účtování mezd. Účetní postupy dle platné legislativy umožňují účtování na analytické účty.
Soud neshledal důvodnou ani námitku žalobce, že žalovaný aplikací pokynu D–288 rozšiřoval povinnosti či krátil práva žalobce nad rámec toho, co stanoví zákon. Jelikož pokyn D–288, podle kterého „má být každý jednotlivý náklad v oddělené evidenci nákladů jednotlivě propojen s jednotlivými účetními případy zaúčtovanými na základě jednotlivých účetních dokladů“, je v souladu s dikcí zákona, nejde o nepřípustné rozšiřování povinností žalobce.
Soud nemohl přisvědčit ani námitce žalobce, že se žalovaný dopustil „retroaktivní aplikace“ informací a pohledů známých až v aktuální době, přičemž zcela ignoruje jak časové, tak věcné konsekvence jím citovaných soudních rozhodnutí. Nejedná se o informace a pohledy známé až v aktuální době, neboť povinnosti žalobce byly stanoveny zákonem. Nadto aktuální judikatura nevybočuje z výkladu, který byl znám již v roce 2016.
V návaznosti na výše uvedené se soud nemohl ztotožnit ani s námitkami ve třetím žalobním bodu, že napadené rozhodnutí je nezákonné pro vady v dokazování. Pokud nejsou splněny formální požadavky kladené na projekty VaV, je to důvodem pro neakceptaci celého odpočtu (rozsudek NS ze dne 28. 3. 2018, č. j. 3 Afs 304/2016-37; rozsudek NSS ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016-20). Lze proto souhlasit se žalovaným, že zpochybnění předložených hodnotících zpráv, které se měly týkat žalobcem prováděné kontrolní činnosti, byly učiněny nad rámec zkoumání formálních náležitostí projektu.
Vzhledem k výše uvedeným důvodům městský soud žalobu zamítl podle ust. § 87 odst. 3 s. ř. s. v celém rozsahu jako nedůvodnou.

VI. Posouzení nákladů řízení

O náhradě nákladů soudního řízení městský soud rozhodl podle ust. § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobce neměl ve věci úspěch a žalovanému žádné náklady řízení nad rámec její úřední činnosti nevznikly. Městský soud proto rozhodl, že žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha 27. srpna 2024

JUDr. Ludmila Sandnerová v. r.

předsedkyně senátu

(K.ř. č. 1 – rozsudek)

Shodu s prvopisem potvrzuje M. P.