5 Af 14/2024 - 101 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	5 Af 14/2024 - 101
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	26. 11. 2025
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

žalobce:

proti

žalovanému:

Leponar plus s.r.o., IČO 29016967

se sídlem Korunní 1302/88, Vinohrady, 101 00 Praha 10

zastoupený Boffino Tax s.r.o., daňový poradce

se sídlem Petra Bezruče 1776, 272 01 Kladno

Odvolací finanční ředitelství

se sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 10. 10. 2024, č. j. 29229/24/5200-11434-713180,

takto:

Rozhodnutí žalovaného ze dne 10. 10. 2024, č. j. 29229/24/5200-11434-713180, a rozhodnutí Finančního úřadu pro hlavní město Prahu ze dne 12. 7. 2023, č. j. 6016058/23/2010-52522-111488, a ze dne 12. 7. 2023, č. j. 6016336/23/2010-52522-111488, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
Žalovaný je povinen zaplatit žalobci náhradu nákladů řízení ve výši 23 497,- Kč, a to do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám zástupce žalobce.

Odůvodnění:

Základ sporu

Žalobce se podanou žalobou domáhal přezkoumání a zrušení v záhlaví uvedeného rozhodnutí, kterým žalovaný změnil odvoláním napadená rozhodnutí Finančního úřadu pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“) – dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2017 do 31. 12. 2017, č. j. 6016058/23/2010-52522-111488, ze dne 12. 7. 2023 a dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2018 do 31. 12. 2018, č. j. 6016336/23/2010-52522-111488, ze dne 12. 7. 2023, a to tak, že snížil výši doměřené daně a odpovídající penále.

II.

Obsah žaloby a vyjádření žalovaného

Žalobce v podané žalobě uvedl, že rámci svého podnikání uzavřel reklamní a právní smlouvy s cílem zajištění propagace a ochrany svých obchodních zájmů. Byl přesvědčen, že tyto služby jím byly řádně zdokumentovány smlouvami, fakturami, fotografiemi z reklamních akcí a dokumentací právních úkonů. Nesouhlasil s tím, že byť v daňovém řízení předložil veškerou dokumentaci a důkazy pro své daňové tvrzení, správní orgány nesprávně rozhodly, že uplatněné náklady nejsou daňově uznatelné, neboť jimi nebyl prokázán jednoznačný přínos pro podnikání žalobce. V žalobou napadeném rozhodnutí přitom absentovalo jakékoliv zhodnocení žalobcem předložených důkazů správci daně.
Taktéž žalobce namítal, že daňová kontrola byla provedena nezákonně, neboť byla zahájena pouze formálně sepsáním protokolu, ale správce daně nezahájil skutečné prověřování činnosti daňového subjektu. Během následujícího časového období správce daně neučinil žádné kroky, které by vedly ke zjišťování a ověřování činnosti daňového subjektu. Na tomto místě soud předznamenává, že již více nerekapituloval další žalobcem uplatněné námitky pro nadbytečnost, neboť, jak bude rozvedeno níže v kapitole právní posouzení, soud totiž dospěl k právnímu názoru, že v přezkoumávaném daňovém řízení došlo k uplynutí prekluzivní lhůty pro zahájení daňového řízení.
Žalobce navrhnul, aby soud zrušil žalobou napadené rozhodnutí, a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.
Žalovaný ve vyjádření k žalobě ze dne 27. 2. 2025 uvedl, že s žalobními tvrzeními žalobce nesouhlasí. K námitce ohledně nezákonného zahájení daňové kontroly žalovaný uvedl, že totožnou námitku žalobce uplatnil již v rámci stížnosti dle § 261 odst. 1 daňového řádu, v podaném odvolání, a také v rámci žaloby na ochranu před nezákonným zásahem správního orgánu, přičemž Městský soud v Praze rozsudkem, č. j. 6 A 20/2023-34, ze dne 28. 7. 2023 žalobu zamítl s tím, že obecné tvrzení o délce konání daňové kontroly nepostačuje k vyslovení její nezákonnosti, a že žalobce neuvedl žádné konkrétní subjektivní právo, které by mohlo být zahájením a prováděním daňové kontroly porušeno. Žalovaný nesouhlasil se žalobcem, že daňová kontrola byla zahájena pouze formálním sepsáním protokolu. Uvedl, že daňová kontrola byla prokazatelně zahájena dne 17. 12. 2020 protokolovaným ústním jednáním, na kterém byl žalobci sdělen rozsah a předmět daňové kontroly, přičemž správce daně již pokládal zástupci žalobce otázky týkající se kontrolovaných skutečností. Na ústním jednání zástupce žalobce správci daně předal účetní data za daná zdaňovací období, již k 17. 12. 2020, tudíž správce daně začal fakticky prověřovat šetřené skutečnosti. Žalovaný v této souvislosti odkázal na rozsudek NSS ze dne 10. 8. 2021, č. j. 1 Afs 404/2020-40.
Žalovaný navrhl, aby soud nedůvodnou žalobu zamítl.
Žalobce v replice k vyjádření žalovaného zopakoval argumentaci uvedenou v žalobě a mírně ji rozvedl. Žalobce zejména zdůraznil, že po formálním zahájení kontroly dne 17. 12. 2020 teprve až dne 16. 8. 2022 se správce daně pokusil kontaktovat zástupce žalobce, přičemž zjistil, že plná moc zástupce byla zrušena. Nepokusil se ovšem kontaktovat žalobce samotného, nejedná se tedy o komunikaci s daňovým subjektem, ale pouze o pokus o komunikaci. Teprve 27. 1. 2023 zaslal správce daně žalobci výzvu k prokázání skutečností, tedy teprve v tomto okamžiku začal skutečně prověřovat skutečnosti potřebné ke zjištění a stanovení daně. Dle žalobce tedy daňová kontrola byla zahájena až dne 27. 1. 2023, ovšem po uplynutí prekluzivní lhůty dle § 148 daňového řádu. Žalobce odkázal na rozsudek NSS ze dne 17. 6. 2021, sp. zn. 7 Afs 241/2019, dle kterého nadměrná prodleva mezi oznámením kontroly a navazujícím úkonem činí zahájení kontroly nezákonným. Uvedl, že v dané věci byl formálně sepsán protokol o zahájení kontroly, ale správce daně neučinil další relevantní úkon po dobu 20 měsíců. V navazující námitce žalobce doplnil, že správce daně zahájil kontrolu pouze formálním aktem, přičemž bezprostředně nenásledovala žádná kontrolní činnost. Žalobce odkázal na rozsudek NSS ze dne 22. 4. 2015, č.j. 9 Afs 286/2014.
Žalovaný ve vyjádření k replice žalobce k jeho odkazu na rozsudek NSS ze dne 17. 6. 2021, sp. zn. 7 Afs 241/2019, uvedl, že se jednalo o jinou skutkovou situaci. V případě řešeném NSS správce daně sepsal protokol, v němž byl vymezen předmět a rozsah daňové kontroly, avšak nedošlo k předání jakýchkoliv účetních dokladů, či jiných důkazních prostředků a správce daně několik měsíců nevyvinul žádnou procesní aktivitu k jejich získání. Nejvyšší správní soud v předmětném rozsudku polemizoval s naplněním materiální stránky zahájení daňové kontroly, výlučně ovšem z toho důvodu, že správce daně po sepsání protokolu nedisponoval žádnými účetními doklady žalobce. Z protokolu o zahájení daňové kontroly ze dne 17. 12. 2020 však vyplývá, že v nyní posuzovaném případě byly správci daně předány účetní data za daná zdaňovací období (účetní deník, soupis vydaných faktur a soupis přijatých faktur). Dle žalovaného tedy tímto úkonem byla naplněna materiální stránka zahájení daňové kontroly. Žalovaný setrval na svém závěru, že žaloba je nedůvodná.
Žalobce v duplice na vyjádření žalovaného poukázal na to, že ve svém vyjádření žalovaný uvedl, že neměl k dispozici prvotní doklady, v tom případě tedy nemohl nic kontrolovat. Dle žalobce to potvrzuje, že daňová kontrola byla zahájena pouze formálně. Po celou dobu správce daně nevykonával žádnou činnost, doklady si vyžádal až výzvou v roce 2023.

Ústní jednání

Na nařízeném ústním jednání dne 26. 11. 2025 právní zástupce žalobce i žalovaný setrvali na svých procesních stanoviscích, a co do argumentace ve věci odkázali na svá podání založená v soudním spise.
Soud k důkazu neprovedl žalobcem navržené důkazy listinami, které jsou součástí spisového materiálu, neboť z něj při přezkumu zákonnosti rozhodnutí žalovaného vychází a správním spisem se dokazování neprovádí (rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 8/2008–117 ze dne 29. 1. 2009, č. 2383/2011 Sb. NSS). Soud neprovedl ani další žalobcem navržené důkazy jako zprávu o daňové kontrole pod č.j. 699149/25/2010-61564-111748, za zdaňovací období 3. čtvrtletí roku 2024 či fotodokumentaci prokazující reklamní plnění a faktury za právní služby, jelikož pro meritorní posouzení věci soudu plně postačuje obsah spisového materiálu žalovaného. Účastníci řízení na ústním jednání neuplatnily nové návrhy na provedení důkazů a ani námitky vůči provedenému dokazování ve věci.

Posouzení žaloby

Na základě podané žaloby přezkoumal Městský soud v Praze napadené rozhodnutí, jakož i řízení, které jeho vydání předcházelo, a to v mezích žalobcem uplatněných žalobních bodů, přičemž vycházel ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu [§ 75 s. ř. s.].
Žaloba je důvodná.
Soud se nejdříve zabýval námitkou nezákonného zahájení daňové kontroly a uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně dle § 148 daňového řádu.
Podle § 148 odst. 1 daňového řádu, ve znění účinném do 30. 6. 2025: „Daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně, která činí 3 roky. Lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení.“; podle odst. 3: „Byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení, běží lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn.“
Podle § 87 odst. 1 daňového řádu, platí: „Daňová kontrola je zahájena doručením oznámení o zahájení daňové kontroly, ve kterém je vymezen předmět a rozsah daňové kontroly.“; podle odst. 2, platí: „Správce daně začne spolu se zahájením daňové kontroly, nebo bez zbytečného odkladu po tomto zahájení zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně.“; podle odst. 3, platí: „Pokud správce daně nezačne zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně za podmínek podle odstavce 2, účinek zahájení daňové kontroly na běh lhůty pro stanovení daně nastane až dnem, kdy k započetí takového zjišťování nebo prověřování dojde.“.
Mezi účastníky řízení je zejména sporné, zda k zahájení daňové kontroly došlo sepsáním protokolu ze dne 17. 12. 2020, anebo zdali toto sepsání bylo pouhým formálním úkonem, aniž by správce daně fakticky začal zjišťovat daňové povinnosti a prověřovat tvrzení daňového subjektu. Žalovaný trval na závěru, že k zahájení daňové kontroly došlo již sepsáním protokolu ze dne 17. 12. 2020, neboť správci daně byly ten den předložena účetní data za daná zdaňovací období (účetní deník, soupis přijatých a vydaných faktur). Dle žalovaného tedy správce daně zahájil daňovou kontrolu řádně dne 17. 12. 2020. Žalobce naopak tvrdil, že daňová kontrola byla tento den zahájena pouze formálně sepsáním protokolu, aniž by správce daně začal skutečně prověřovat činnost daňového subjektu, a teprve až dne 27. 1. 2023 zaslal žalobci výzvu k prokázání skutečností, tedy teprve v tomto okamžiku začal zjišťovat skutečnosti potřebné ke zjištění a stanovení daně.
Ze správního spisu soud zjistil následující podstatné skutečnosti. Správce daně zahájil u žalobce dne 17. 12. 2020 daňovou kontrolu daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2017 a 2018, sepsáním protokolu o zahájení daňové kontroly, č.j. 7574788/20/2010-62564-400502. Správce daně na ústním jednání dne 17. 12. 2020, při kterém byl sepsán i protokol ze dne 17. 12. 2020, vymezil předmět a rozsah daňové kontroly. Daňová kontrola byla zahájena v plném rozsahu (v rozsahu všech skutečností rozhodných pro správné zjištění a stanovení daně). Zástupce žalobce na tomto jednání správci daně předložil data za předmětná zdaňovací období na elektronickém nosiči (CD). Přílohou protokolu ze dne 17. 12. 2020 je opis tohoto CD, ze kterého vyplývá, že žalobcem byly předloženy soubory „Deník_VF_PF 2017“ a soubor „Deník_VF_PF 2018“.
Výzvou ze dne 27. 1. 2023, č. j. 578912/23/2010-62564-305045, byl žalobce vyzván k předložení důkazních prostředků a k prokázání skutečností potřebných pro správné stanovení daně za výše uvedené zdaňovací období. Předmětnou výzvou byl žalobce vyzván k prokázání, že uplatněné náklady na reklamu byly vynaložené na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů podle § 24 odst. 1 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále jen „zákon o daních z příjmů“). Žalobce byl v této souvislosti rovněž vyzván k předložení kopie faktur a veškerých prvotních dokladů týkajících se reklam (objednávky, smlouvy, korespondence, fotodokumentace). Žalobce byl dále vyzván k prokázání, že náklady na právní služby byly vynaložené na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů, a byl vyzván k předložení kopií faktur včetně příloh a konkrétních rozpisů poskytnutých právních služeb. Ve výzvě ze dne 27. 1. 2023 je dále výslovně uvedeno: „Předložená elektronická verze účetního deníku uvádí v textu „reklama“. Bez konkrétních kopií faktur a prvotních dokladů nelze zjistit obsah reklamy, za jakým účelem byla reklama pořízena, kdy byla umístěna atp. Správci daně tak vznikly pochybnosti, zda veškeré náklady zaúčtované na reklamu byly vynaloženy na dosažení, zajištění a udržení příjmů ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů“. Ve vztahu k právním službám je ve výzvě výslovně uvedeno: „Z elektronické verze účetního deníku a rovněž faktur došlých, nelze dohledat souvislosti poskytnutých právních služeb se zaúčtovanými výnosy daňového subjektu. Předložte správci daně prvotní doklady - tj. kopie faktur došlých (14 ks) včetně příloh konkrétních rozpisu poskytnutých služeb a uveďte souvislosti s dosaženými výnosy (projekty, poradenství či právní kauzy.“.
Soud shrnuje, že v posuzované věci správce daně sepsal protokol o zahájení daňové kontroly dne 17. 12. 2020, správci daně byl tento den žalobcem předložen účetní deník za zdaňovací období roku 2017 a účetní deník za zdaňovací období roku 2018. Následně až výzvou ze dne 27. 1. 2023 správce daně vyzval žalobce k předložení prvotních dokladů týkajících se nákladů na reklamu, tj. k předložení kopií faktur, smluv s dodavatelem, objednávek a fotodokumentaci. Z výzvy ze dne 27. 1. 2023 vyplývá, že faktury za právní služby byly sice žalobcem předloženy spolu s účetním deníkem, nicméně správce daně vyzval žalobce k předložení kopií těchto faktur včetně příloh a rozpisu právních služeb, neboť z jím doložených faktur nevyplýval rozsah poskytnutých služeb. Z výše uvedeného je dle soudu zřejmé, že k faktickému a konkrétnímu zjišťování a prověřování tvrzení daňového subjektu a okolností rozhodných pro stanovení daně došlo až výzvou ze dne 27. 1. 2023. Prodleva mezi sepsáním protokolu ze dne 17. 12. 2020 a výzvou k prokázání skutečností ze dne 27. 1. 2023 činí přes 2 roky. Rozhodující je dle názoru soudu skutečnost, že správce daně v mezidobí neučinil žádné aktivní jednání (úkony) k prokázání skutkových okolností týkajících se zdaňovacího období let 2017 a 2018. Argumentaci žalovaného, že správce daně měl již od 17. 12. 2020 k dispozici určité podklady, tedy účetní deník a část faktur, nelze za situace, kdy tento následně zůstal v daňovém řízení zcela pasivní, a to po časově významnou dobu (téměř 25 měsíců, což nelze považovat za dobu blízké časové souvislosti) přijmout. Sama skutečnost, že správce daně část účetní dokumentace měl již k dispozici, rozhodně nepostačuje k závěru, že správce daně provedl určitý konkrétní úkon či nějakou konkrétní úvahu ve vztahu k okolnostem rozhodným pro stanovení daně. Z výzvy ze dne 27. 1. 2023 totiž jednoznačně plyne, že z dat, které správce daně získal od žalobce v prosinci 2020, nelze zjistit nic konkrétního. Dle soudu tedy správce daně v daném řízení skutečně začal prověřovat daňovou povinnost a shromažďovat konkrétní důkazní prostředky až dne 27. 1. 2023, což se právě promítlo do obsahu výzvy ze dne 27. 1. 2023, nikoliv již ode dne 17. 12. 2020, kdy došlo jen k sepisu protokolu. Uvedené závěry lze dovodit i z judikatury NSS, zejména z rozsudku ze dne 17. 6. 2021, č. j. 7 Afs 241/2019-52, bod [27] a [28]: „Krajský soud správně poukázal na to, že pro běh prekluzivní lhůty (resp. pro její přerušení v důsledku zahájení daňové kontroly) je rozhodující povaha úkonů správce daně, s nimiž je spojen běh nové prekluzivní lhůty, nikoliv reakce daňového subjektu na ně. Krajský soud se však nijak nezabýval prodlevou mezi sepsáním protokolu o zahájení daňové kontroly a výzvou k prokázání skutečností, která tvoří téměř 8 měsíců. Délka této prodlevy je přitom nepochybně významná a ve spojení s absencí věrohodného záznamu o datu předání účetních podkladů vyvolává nutně otázku, zda správce daně skutečně naplnil požadavek na zahájení daňové kontroly spočívající v tom, že současně s vymezením rozsahu a předmětu daňové kontroly, resp. v blízké časové návaznosti na tento úkon začal zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně. Nelze tedy přisvědčit krajskému soudu, že by okamžik předání účetních podkladů nebyl důležitý…Podle krajského soudu k účinnému zahájení daňové kontroly ve smyslu § 87 odst. 1 daňového řádu postačovalo, že správce daně v protokolu o zahájení daňové kontroly stěžovatele vyzval k předložení účetních knih a stanovil mu k tomu lhůtu. Taková výzva by byla pro účinné zahájení daňové kontroly nepochybně dostačující, pokud by se jednalo o výzvu k předložení konkrétních důkazních prostředků k prokázání označených skutkových okolností. Z takové výzvy by totiž bylo zřejmé, že správce daně v podstatě již provedl nějakou konkrétní úvahu ve vztahu k okolnostem rozhodným pro stanovení daně, tj. začal prověřovat daňovou povinnost, k čemuž začal shromažďovat konkrétní důkazní prostředky. V posuzované věci ale správce daně vznesl pouze obecný požadavek na předložení účetnictví bez vazby na jakékoliv konkrétní prověřované skutečnosti. V takovém případě pak samotná dohoda o předání podkladů nemůže nahradit faktické provádění kontrolních úkonů, pakliže není plnění této dohody ze strany správce daně v přiměřeném časovém intervalu nijak aktivně vymáháno.“ (pozn. vytučnění provedeno soudem).
Ve výše citovaném rozsudku NSS zrušil rozsudek krajského soudu a vrátil mu věc k posouzení otázky prekluze práva na stanovení daně, neboť dospěl k závěru, že prodleva mezi sepsáním protokolu o zahájení kontroly a výzvou k odstranění pochybností, ve které správce daně požadoval předložení konkrétních důkazních prostředků, činila 8 měsíců. NSS tak shledal, že mezi sepsáním protokolu o zahájení daňové kontroly a úkonem, jimž správce daně začal skutečně prověřovat daňovou povinnost chyběla blízká časová návaznost. Soud si je vědom, že skutkové okolnosti ve výše citovaném rozsudku NSS se mírně liší od skutkových okolnosti nyní posuzovaného případu. Ve výše citovaném rozsudku správce daně po sepsání protokolu nedisponoval žádnými podklady od daňového subjektu a pouze se dohodl, že daňový subjekt účetní doklady ve lhůtě předloží, následně však zůstal správce daně 8 měsíců nečinný a teprve po 8 měsících vyzval daňový subjekt k předložení konkrétních důkazních prostředků a prokázání konkrétních skutkových okolnosti; nicméně správci daně v mezidobí nějaké účetní doklady ze strany žalobce byly předloženy. Oproti tomu v nyní posuzovaném případě správce daně měl k dispozici účetní deník a část faktur, které mu poskytl žalobce při sepsání protokolu o zahájení kontroly, přesto správce daně zůstal 25 měsíců nečinný a teprve poté vyzval žalobce k předložení konkrétních důkazních prostředků a prokázání konkrétních skutkových okolností. Za takové situace nelze dle názoru soudu přijmout argumentaci žalovaného, že materiální stránka zahájení daňové kontroly byla naplněna již pouhým sepisem protokolu dne 17. 12. 2020, kdy správce daně získal od žalobce účetní deníky. Ve světle výše citovaného rozsudku NSS, je totiž zřejmé, že správce daně v době sepsání protokolu a obdržení od žalobce části účetní dokumentace ještě neprovedl konkrétní úvahu ve vztahu k okolnostem rozhodným pro stanovení daně, protože účetnictví bylo předloženo bez vazby na jakékoliv konkrétní prověřované skutečnosti. Jak soud uvedl již výše, z výzvy ze dne 27. 1. 2023 vyplývá, že z účetního deníku a soupisu faktur správce daně nezjistil nic konkrétního, proto musel žalobce vyzvat výzvou ze dne 27. 1. 2023 k předložení konkrétních důkazních prostředků (faktur, smluv atd.) Správce daně měl po prostudování účetního deníku začít prověřovat tvrzení daňového subjektu bez zbytečného odkladu. Jak vyplývá z ustálené judikatury NSS nemusí být úkony, jimiž se zahajuje daňová kontrola, učiněny současně, musí však na sebe navazovat a společně naplnit zákonné podmínky (srov. výše citovaný rozsudek NSS, bod [22]: „Jelikož § 87 odst. 1 daňového řádu reflektuje požadavky judikatury Nejvyššího správního soudu k předchozí právní úpravě v zákoně o správě daní a poplatků, lze zahájení daňové kontroly rovněž posuzovat pohledem pravidel plynoucích z předchozích rozsudků (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 4. 2016, č. j. 2 Afs 17/2016 - 36). Při posuzování zákonnosti zahájení daňové kontroly lze tedy vycházet např. z rozsudků ze dne 17. 2. 2006, č. j. 8 Afs 7/2005–96, ze dne 9. 12. 2004, č. j. 7 Afs 22/2003–109, či ze dne 30. 6. 2010, č. j. 8 Aps 2/2010–101. Uvedená judikatura klade důraz na fakticitu zahájení daňové kontroly. To je způsobilé přerušit běh prekluzivní lhůty jen tehdy, jestliže se nejedná o úkon veskrze formální. Zda se v konkrétní věci jednalo pouze o formální úkon či o řádné zahájení daňové kontroly je třeba posuzovat v kontextu celého daňového řízení.“ (pozn. vytučnění provedeno soudem).
Soud konstatuje, že v nyní posuzovaném případě sepsání protokolu o zahájení daňové kontroly ze dne 17. 12. 2020 představovalo ryze formální úkon, na který bez zbytečného odkladu nenavazovalo faktické prověřování tvrzení daňového subjektu a jiných okolnosti rozhodných pro stanovení daně. Takový úkon není způsobilý přerušit běh prekluzivní lhůty ve smyslu § 148 odst. 3 daňového řádu. Za úkon, kterým správce daně skutečně začal prověřovat daňovou povinnost, k čemuž začal shromažďovat konkrétní důkazní prostředky je třeba považovat až konkrétní výzvu k prokázání skutečností ze dne 27. 1. 2023. Prekluzivní lhůta pro stanovení daně, jejímž uplynutím právo státu stanovit daň zaniká, činí 3 roky. Lhůta počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení. Dle § 38m zákona o daních z příjmů u daní z příjmů právnických osob, je-li zdaňovací období kratší než 1 rok, podává se daňové přiznání ve lhůtě a za podmínek pro podání daňového přiznání za zdaňovací období, které činí nejméně 12 měsíců. Dle § 136 daňového řádu daňové přiznání u daní vyměřovaných za zdaňovací období, které činí nejméně 12 měsíců, se podává nejpozději do 3 měsíců po uplynutí zdaňovacího období. Daňové přiznání za zdaňovací období od 1. 1. 2017 do 31. 12. 2017 mělo být podáno do 1. 4. 2018, prekluzivní lhůta 3 let tak dle § 148 daňového řádu uplynula 1. 4. 2021. Daňové přiznání za zdaňovací období od 1. 1. 2018 do 31. 12. 2018 mělo být podáno do 1. 4. 2019, prekluzivní lhůta tak uplynula 1. 4. 2022. Z výše uvedeného vyplývá, že správce daně začal zjišťovat daňové povinnosti a prověřovat tvrzení daňového subjektu po uplynutí prekluzivní lhůty pro obě dotčená zdaňovací období. Soud z tohoto důvodu musí zrušit žalobou napadené rozhodnutí dle § 78 odst. 1 s. ř. s.
Soud doplňuje, že v rozsudku zdejšího soudu ze dne 28. 7. 2023, č. j. 6 A 20/2023-34, šestý senát rozhodoval o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem správního orgánu. Šestý senát tak posuzoval i otázku, zda bylo do veřejných subjektivních práv žalobce nezákonným zásahem zasaženo. Protože žalobce spatřoval nezákonný zásah v zahájení daňové kontroly a její neúměrné délce, šestý senát dospěl k závěru, že do veřejného subjektivního práva žalobce samotným prováděním kontroly nemohlo být zasaženo. Šestý senát uvedl, že daňová kontrola nebyla ukončena např. dodatečným platebním výměrem, proto samotné zahájení daňové kontroly a tvrzená formálnost nemá prozatím pro žalobce dopad do jeho práv (srov. bod [10] a [11] citovaného rozsudku: „Za této procesní a právní situace tak má soud za to, že samotná skutečnost délky provádění daňové kontroly a tvrzená formálnost jejího zahájení sepisem protokolu, nemůže být důvodná pro označení celé daňové kontroly za nezákonné, a proto žalobu z tohoto důvodu zamítl jako nedůvodnou. Jak bylo shora uvedeno, otázka délky průběhu daňové kontroly za tohoto stavu tvrzení stojí pouze na možné námitce prekluze vyměření daně, která však může následovat až po vydání příslušného správního rozhodnutí při nebo po ukončení daňové kontroly.“).
Vzhledem k tomu, že soud shledal důvodnou námitku uplynutí prekluzivní lhůty, neposuzoval pro nadbytečnost další žalobní námitky.

VI.

Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

Vzhledem k tomu, že pro stanovení daně za zdaňovací období od 1. 1. 2017 do 31. 12. 2017 a zdaňovací období od 1. 1. 2018 do 31. 12. 2018 uplynula prekluzivní lhůta dle § 148 daňového řádu, musel soud zrušit žalobou napadené rozhodnutí, a rozhodnutí Finančního úřadu pro hlavní město Prahu, tj. dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob ze dne 12. 7. 2023, č. j. 6016058/23/2010-52522-111488, a dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob ze dne 12. 7. 2023, č. j. 6016336/23/2010-52522-111488. Právním názorem, který soud vyslovil ve zrušujícím rozsudku, je v dalším řízení správní orgán vázán (§ 78 odst. 5 s. ř. s.).
O náhradě nákladů řízení soud rozhodl podle § 60 odst. 1 s. ř. s., když žalobce měl ve věci úspěch, soud mu proto přiznal náhradu nákladů řízení, které jsou tvořeny zaplaceným soudním poplatkem ve výši 3.000 Kč a náklady právního zastoupení za čtyři úkony právní služby (převzetí a příprava zastoupení, podání žaloby ze dne 9. 12. 2024, replika ze dne 24. 3. 2025, účast na jednání), přičemž sazba odměny za jeden úkon právní služby činí dle advokátního tarifu – vyhlášky č. 177/1996 Sb., ve znění do 31. 12. 2024, částku 3 100 Kč, a od 1. 1. 2025 sazba činí 4 620 Kč (§ 7, § 9 odst. 4 písm. d), § 11 odst. 1 písm. a), d), g) cit. vyhlášky ve znění do 31. 12. 2024 a § 9 odst. 5 cit. vyhlášky ve znění od 1. 1. 2025), tj. 2 x 3 100 = 6 200 Kč + 9 240 Kč; paušální částka ve výši 300 Kč za dva úkony učiněné do 1. 1. 2025 a paušální částka 450 Kč za dva úkony po 1. 1. 2025 (§ 13 odst. 4 cit. vyhlášky v rozhodném znění), tj. celkem 16 940 Kč. K tomu se připočítává i sazba daně z přidané hodnoty. Soud dodává, že žalobci nepřiznal náklady řízení za repliku ze dne 25. 5. 2025, jelikož v ní toliko stručně zopakoval již v žalobě uplatněnou námitku; taktéž soud nepřiznal žalobci náklady řízení za úkon nahlížení do spisu (což uvedl ve svém vyjádření ze dne 27. 11. 2025, v němž na výzvu soudu na ústním jednání vyčíslil náklady řízení), jelikož tento úkon žalobce soudu nikterak nedoložil a v soudním spise není o nahlížení žalobce žádný záznam. Celková výše nákladů, které žalobci v tomto řízení vznikly, činí 23 497 Kč. Soud proto uložil žalovanému povinnost zaplatit žalobci náhradu nákladů řízení v této výši ve stanovené lhůtě k rukám zástupce žalobce. Soud toliko dodává, že žalobce byl zastoupen daňovým poradcem, což je osoba vykonávající specializované právní poradenství podle zákona č. 523/1992 Sb., o daňovém poradenství a Komoře daňových poradců České republiky, které podle § 35 odst. 2 s. ř. s. náleží odměna za zastupování. Pro určení její výše se obdobně užije vyhláška č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 8. 2018, č. j. 1 Afs 154/2018-32.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha 26. 11. 2025

Mgr. Gabriela Bašná v.r.

předsedkyně senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje J. V.