Číslo jednací:	5 Afs 16/2025 - 109
Soud:	Nejvyšší správní soud
Datum rozhodnutí:	15. 8. 2025
Kategorie:	Daň z příjmů

Účastníci řízení:	Odvolací finanční ředitelství, ORLEN Unipetrol RPA s.r.o.

Celé znění judikátu:

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy JUDr. Jakuba Camrdy a soudců JUDr. Lenky Matyášové a JUDr. Viktora Kučery v právní věci žalobce: ORLEN Unipetrol RPA s.r.o., se sídlem Záluží 1, Litvínov, zast. Mgr. Janem Urbancem, advokátem se sídlem K Roztokům 364/23, Praha 6, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 16. 12. 2024, č. j. 15 Af 5/2019‑234,

takto:

Kasační stížnost se zamítá.
Žalovanému se náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti nepřiznává.

Odůvodnění:

I. Průběh dosavadního řízení

[1] Finanční úřad v Litvínově podle § 46 odst. 5 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, v relevantním znění, v souladu s daňovým přiznáním podaným dne 2. 10. 2006, vyměřil právnímu předchůdci žalobce, obchodní společnosti CHEMOPETROL, a.s., daň z příjmů právnických osob podle zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, v relevantním znění (dále jen „zákon o daních z příjmů“), za zdaňovací období roku 2005 ve výši 335 873 460 Kč. Rozhodnutím ze dne 17. 1. 2007, č. j. 2130/07/207971/2783, finanční úřad na základě odvolání právního předchůdce žalobce proti konkludentnímu vyměření daně zvýšil daň na 336 274 120 Kč. Toto rozhodnutí bylo po dalším odvolání právního předchůdce žalobce změněno rozhodnutím Finančního ředitelství v Ústí nad Labem ze dne 13. 7. 2007, č. j. 9179/07-1200, tak, že daň byla snížena na 324 944 880 Kč. Finanční úřad ani finanční ředitelství nevyhověly požadavku na slevu na dani podle § 35b zákona o daních z příjmů, neboť CHEMOPETROL, a.s. podle nich porušil § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních příjmů tím, že se sloučil v roce 2003 s obchodní společností CHEMOPETROL – CHEMTEZ, a. s. a v roce 2004 s obchodní společností CHEMOPETROL BM, a.s.

[2] Rozsudkem ze dne 4. 2. 2009, č. j. 15 Ca 176/2007‑65 (dále jen „rozsudek krajského soudu z roku 2009“), Krajský soud v Ústí nad Labem zrušil zmiňovaná odvolací rozhodnutí finančního ředitelství i finančního úřadu a věc vrátil finančnímu ředitelství k dalšímu řízení. Dospěl totiž k závěru, že pojmem „období, za které může daňový poplatník uplatnit slevu na dani“, se rozumí vždy jednotlivé zdaňovací období, v němž daňový subjekt slevu na dani uplatňuje. Není tudíž rozhodné, že v předcházejících zdaňovacích obdobích došlo k porušení podmínek § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů, když v roce 2005 (za který byl nárok na slevu na dani uplatněn) k žádné fúzi nedošlo.

[3] Nejvyšší správní soud na základě kasační stížnosti finančního ředitelství v rozsudku ze dne 26. 8. 2009, č. j. 1 Afs 49/2009‑109 (dále jen „rozsudek Nejvyššího správního soudu z roku 2009“), právní názor krajského soudu korigoval. Pojem „období“ obsažený v § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů musí být vykládán jako období pěti po sobě bezprostředně následujících zdaňovacích období, kdy lze slevu uplatnit. Všeobecné i zvláštní podmínky (včetně zákazu fúzí) musí být tedy dodrženy v průběhu všech pěti po sobě bezprostředně jdoucích zdaňovacích období (nestačí, aby byly splněny pouze ve zdaňovacím období, kdy poplatník slevu na dani uplatňuje). Nejvyšší správní soud zdůraznil, že zákon v tomto ohledu nepřipouštěl žádné jiné výkladové varianty, nebyl tedy dán prostor pro uplatnění zásady in dubio pro libertate. Neztotožnil se však se závěrem daňových orgánů, dle něhož byl CHEMOPETROL, a.s. povinen dodržovat podmínky již od roku 2001. Zákon o daních z příjmů totiž stanoví pouze možnost, nikoli povinnost slevu na dani uplatnit. Poplatník tedy může slevu uplatnit kdykoli poté, co splní všeobecné a zvláštní podmínky ve smyslu § 35b odst. 1 zákona o daních z příjmů. Období pěti po sobě bezprostředně následujících zdaňovacích období začíná běžet až v okamžiku, kdy poplatník slevu poprvé uplatní. V projednávané věci CHEMOPETROL, a.s. slevu na dani poprvé uplatnil v roce 2005.

[4] Rozhodnutím ze dne 27. 5. 2010, č. j. 29125/10/207971505917, finanční úřad částečně vyhověl odvolání a snížil daň na 324 944 880 Kč. Nárok na slevu na dani z titulu investiční pobídky však opětovně neuznal, neboť CHEMOPETROL, a.s. se v roce 2007 sloučil s jinou obchodní společností, a to se žalobcem (tehdy pod obchodní firmou UNIPETROL RPA, s.r.o.), který se stal jeho právním nástupcem. Závěr finančního úřadu potvrdilo rovněž finanční ředitelství v rozhodnutí ze dne 27. 10. 2010, č. j. 9612/10-1200-506330.

[5] Rozsudkem ze dne 11. 12. 2013, č. j. 15 Af 97/2010‑138 (dále jen „rozsudek krajského soudu z roku 2013“), krajský soud zrušil odvolací rozhodnutí finančního ředitelství i finančního úřadu z procesních důvodů a věc vrátil žalovanému (který se na základě zákona č. 456/2011 Sb., o Finanční správě České republiky, stal odvolacím orgánem namísto zaniklého Finančního ředitelství v Ústí nad Labem) k dalšímu řízení. Rozsudek krajského soudu z roku 2013 však byl ke kasační stížnosti žalovaného rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 3. 2014, č. j. 1 Afs 5/2014‑78, zrušen a věc byla vrácena krajskému soudu k dalšímu řízení. Krajský soud následně žalobu zamítl rozsudkem ze dne 25. 2. 2015, č. j. 15 Af 97/2010‑236 (dále jen „rozsudek krajského soudu z roku 2015“). V něm zdůraznil závaznost závěrů rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009. Daňové orgány podle něj vycházely z účinného znění zákona a rozsudků vydaných v této věci. K otázce legitimního očekávání krajský soud konstatoval, že závěr Nejvyššího správního soudu je závazný a daňové orgány byly povinny jej aplikovat. Žalobce znal závěry soudů (zejména z rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009), mohl z nich tedy vycházet při formulaci své obrany v následně vedeném daňovém řízení.

[6] Rovněž rozsudek krajského soudu z roku 2015 však Nejvyšší správní soud ke kasační stížnosti žalobce rozsudkem ze dne 14. 10. 2015, č. j. 1 Afs 77/2015‑124 (dále jen „rozsudek Nejvyššího správního soudu z roku 2015“), zrušil a věc krajskému soudu vrátil k dalšímu řízení. Zdejší soud se ztotožnil se závěrem krajského soudu, že daňové orgány správně vycházely z rozsudku krajského soudu z roku 2009, korigovaného rozsudkem Nejvyššího správního soudu z roku 2009. Připomněl, že tímto svým rozsudkem nahradil mimo jiné úvahy krajského soudu o oprávněnosti uplatnění slevy na dani. Dále však Nejvyšší správní soud konstatoval, že ve svém rozsudku z roku 2009 vůbec nehodnotil události, které nastaly v roce 2007. Neztotožnil se přitom s hodnocením otázky legitimního očekávání. Upozornil, že pokud by žalobce prokázal správní praxi zakládající legitimní očekávání, daňové orgány by ji ve vztahu k žalobci nemohly změnit (a to ani v důsledku rozhodnutí soudu). Krajský soud se tedy měl námitkou legitimního očekávání věcně zabývat a posoudit ji na základě skutkových zjištění.

[7] Krajský soud tedy o žalobě podané dne 31. 12. 2010 rozhodoval potřetí. Při jednání krajský soud provedl důkaz dopisy Ministerstva financí ze dne 15. 1. 2001 a 16. 5. 2001, rozhodnutím Ministerstva průmyslu a obchodu o příslibu investičních pobídek ze dne 28. 6. 2001, metodickými dotazy příjemce pobídky ze dne 5. 9. 2001 a 20. 5. 2002 a na ně navazujícími metodickými stanovisky Ministerstva financí ze dne 4. 12. 2001 a 12. 6. 2002. Z provedených důkazů vyplynulo, že správní praxe skutečně zastávala názor, že prvním zdaňovacím obdobím, za něž bylo možné slevu na dani uplatnit, bylo v případě právního předchůdce žalobce zdaňovací období roku 2001. Krajský soud shrnul, že právní předchůdce žalobce se mohl oprávněně domnívat, že období pro uplatnění slevy na dani z titulu investiční pobídky v jeho případě započalo běžet rokem 2001 a skončilo rokem 2005. Bylo tedy v rozporu s principem legitimního očekávání, pokud daňové orgány na případ aplikovaly odlišné závěry. Vzhledem k výše uvedenému krajský soud rozsudkem ze dne 30. 11. 2016, č. j. 15 Af 97/2010‑307 (dále jen „rozsudek krajského soudu z roku 2016“), odvolací rozhodnutí finančního ředitelství ze dne 27. 10. 2010, č. j. 9612/10-1200-506330, zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.

[8] Rozhodnutím ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, žalovaný zamítl odvolání žalobce a prvostupňové rozhodnutí Finančního úřadu v Litvínově ze dne 27. 5. 2010, č. j. 29125/10/207971505917, potvrdil. Odkázal přitom na rozsudek krajského soudu z roku 2016, podle kterého měl respektovat legitimní očekávání právního předchůdce žalobce. Vázán tímto rozsudkem se ztotožnil s odvolací námitkou porušení legitimního očekávání a posuzoval naplnění podmínek pro slevu na dani z titulu investiční pobídky v období, které začalo v roce 2001 a skončilo v roce 2005. Fúze sloučením proběhlé v letech 2003 a 2004 představovaly podle něj porušení podmínky vymezené v § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů, proto nárok na slevu na dani opět neuznal. Zdůraznil, že podle rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009 již jen samotný fakt, že fúze proběhly, představuje porušení podmínek, které znemožňuje uplatňovat slevu na dani, a že plnění podmínek je třeba posuzovat za období pěti po sobě bezprostředně navazujících zdaňovacích období. Nedodržení podmínky ve kterémkoli z těchto zdaňovacích období znamená zánik nároku na slevu na dani za celé období (všechna zdaňovací období, kdy byla sleva uplatněna). Zákon nepřipouští jiný výklad, není tedy prostor pro případné uplatnění zásady in dubio pro libertate.

[9] K námitce porušení zásady zákonnosti (žádný právní předpis ohledně fúzí provedených v letech 2003 a 2004 nic nezakazoval ani nepřikazoval) žalovaný upozornil na nutnost dodržování podmínek po celou dobu pěti zdaňovacích období, kdy mohla být sleva uplatněna (jak plyne z rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009). Jelikož v následujícím soudním řízení byla doložena správní praxe, dle níž mělo být prvním zdaňovacím obdobím pro toto posouzení zdaňovací období roku 2001, bylo nutné posuzovat naplnění podmínek v letech 2001 až 2005. Většinu dalších odvolacích námitek žalovaný vypořádal odkazem na rozsudek krajského soudu z roku 2016, podle něhož byly obdobné námitky shledány nedůvodnými jím i Nejvyšším správním soudem. K otázce uplynutí prekluzivních lhůt pro vyměření, resp. stanovení daně žalovaný rekapituloval vývoj judikatury a upozornil, že je nutné vzít v úvahu přerušení a stavení lhůt, speciální pravidla pro investiční pobídky a daňové ztráty. Po podrobném výpočtu dospěl k závěru, že tříletá ani desetiletá prekluzivní lhůta dosud neuplynula.

[10] Žalobce podal i proti posledně jmenovanému rozhodnutí žalovaného ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, žalobu ke krajskému soudu. V prvé řadě namítl uplynutí prekluzivních lhůt. Uvedl, že pokud podle žalovaného nárok na slevu na dani nevznikl, nelze zároveň tvrdit, že se uplatní speciální pravidla počítání lhůt pro příjemce investiční pobídky. Upozornil, že možnost uplatnit daňovou ztrátu za zdaňovací období roku 2003 zanikla fúzí v roce 2007. Nesouhlasil rovněž s tzv. řetězením ztrát a tvrdil, že výzva správce daně ze dne 11. 2. 2010 nebyla úkonem, který by směřoval k vyměření daně (nedošlo tedy k přerušení lhůty). Krajský soud i Nejvyšší správní soud podle žalobce rozhodly, že právní předchůdce žalobce nemusel před rokem 2005 dodržovat podmínku zákazu fúzí podle § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů, fúze z let 2003 a 2004 tedy nepředstavovaly porušení podmínek investiční pobídky. Nynější opětovné použití argumentace žalovaného z roku 2007 je v rozporu s předchozími soudními rozhodnutími. Zákon pro období před rokem 2005 fúze nezakazoval, nesprávný výklad daňových orgánů nemohl založit povinnosti daňovému subjektu. Legitimního očekávání se může dovolávat pouze daňový subjekt proti státu, nikoli naopak. Podle § 11 odst. 5 Listiny základních práv a svobod lze daně ukládat jen na základě zákona. S odkazem na nález Ústavního soudu ze dne 2. 12. 2008, sp. zn. I. ÚS 1611/07, žalobce namítal rovněž porušení zásady in dubio pro libertate. Závěrem žalobce vytkl žalovanému rovněž nepřezkoumatelnost jeho rozhodnutí a porušení § 115 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“).

[11] Krajský soud rozsudkem ze dne 28. 6. 2022, č. j. 15 Af 5/2019‑137 (dále jen „rozsudek krajského soudu z roku 2022“), rozhodnutí žalovaného zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení. Rozhodnutí žalovaného nebylo podle krajského soudu vydáno po uplynutí prekluzivních lhůt. Krajský soud se však ztotožnil s námitkou, že právní předchůdce žalobce nemusel dodržovat podmínku zákazu fúzí před rokem 2005, kdy poprvé uplatnil slevu na dani. Přisvědčil rovněž námitce porušení § 115 odst. 2 daňového řádu. Žalovaný podle něj měl žalobce před vydáním rozhodnutí ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, poučit o změně právního názoru, která vyplynula z rozsudku krajského soudu z roku 2016.

[12] Proti rozsudku krajského soudu z roku 2022 podal žalovaný kasační stížnost. V ní namítal, že podle rozsudků Nejvyššího správního soudu z roku 2009 a z roku 2015 muselo vždy existovat pětileté období, v němž nesmělo dojít k porušení podmínky zákazu fúzí. Nesouhlasil ani se závěrem o porušení § 115 odst. 2 daňového řádu, neboť on sám žádné dokazování neprováděl a závazný právní názor krajského soudu byl žalobci znám již z rozsudku krajského soudu z roku 2016.

[13] Nejvyšší správní soud ve svém předchozím rozsudku ze dne 16. 8. 2024, č. j. 5 Afs 201/2022‑88 (dále jen „rozsudek Nejvyššího správního soudu z roku 2024“), nejprve zkoumal, zda neuplynula prekluzivní lhůta pro vyměření, resp. stanovení daně. Po podrobném výpočtu dospěl k závěru, že v době vydání žalobou napadeného rozhodnutí žalovaného ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, tato lhůta neuplynula. Dále konstatoval, že rozsudek krajského soudu z roku 2022 byl přezkoumatelný. Věcně se s ním však neztotožnil.

[14] S odkazem na svou předchozí judikaturu Nejvyšší správní soud upozornil, že v dané procesní situaci žalovaný neměl povinnost seznámit žalobce se změnou právního názoru podle § 115 odst. 2 daňového řádu. Určení relevantního pětiletého období totiž jednoznačně vyplynulo z rozsudku krajského soudu z roku 2016, názor daňových orgánů na dodržení podmínek v tomto období pak byl žalobci znám již od roku 2007. Rozhodnutí žalovaného pro něj tedy nemohlo být překvapivé. Zdejší soud přisvědčil rovněž argumentu žalovaného, dle něhož žalobce sám doplnil odvolání o relevantní argumentaci, která se následně stala základem pro žalobu proti rozhodnutí žalovaného. I kdyby tedy žalovaný žalobce se svým právním názorem seznámil nedostatečně a dopustil by se tak procesního pochybení, nemohlo to mít vliv na výrok rozhodnutí žalovaného.

[15] K otázce plnění podmínek pro uplatnění slevy na dani Nejvyšší správní soud připomněl, že již ve svém rozsudku z roku 2009 jednoznačně vyložil, že pojem „období“ v § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů, v relevantním znění, znamená období pěti po sobě bezprostředně následujících zdaňovacích období. Zdůraznil, že zákon nepřipouštěl žádnou jinou interpretaci. Různé výkladové varianty však byly možné v případě výkladu § 35b odst. 4 zákona o daních z příjmů, v relevantním znění. Zdejší soud připustil, že vhodnější by byl výklad zvolený daňovými orgány (tedy započetí rozhodného období ihned po investičním příslibu, v projednávané věci v roce 2001), ovšem text zákona připouštěl i variantu, dle níž si toto období mohl vybrat poplatník tím, kdy začal investiční pobídku ve formě slevy na dani uplatňovat. Stále však platila podmínka zákazu fúzí po dobu 5 let.

[16] Nejvyšší správní soud dále shrnul, že jeho právním názorem formulovaným v rozsudku z roku 2009 se daňové orgány řídily a nově posuzovaly splnění podmínek pro uplatnění slevy na dani v období let 2005 až 2009. Dospěly k závěru, že fúzí v roce 2007 právní předchůdce žalobce podmínky porušil, pročež nárok na slevu na dani opět neuznaly. V rámci dalšího soudního řízení však žalobce prokázal legitimní očekávání svého právního předchůdce. Krajský soud proto rozsudkem z roku 2016 zavázal žalovaného právním názorem, dle něhož se právní předchůdce žalobce mohl oprávněně domnívat, že období pro uplatnění slevy na dani z titulu investiční pobídky v jeho případě započalo běžet rokem 2001 a skončilo rokem 2005. Bylo tedy třeba ověřit, zda došlo k dodržení podmínky zákazu fúzí v tomto období. Opačný přístup, prosazovaný žalobcem a rozsudkem krajského soudu z roku 2022, by totiž vedl k absurdní situaci, kdy by právní předchůdce žalobce mohl uplatnit slevu na dani, přestože u něj vůbec nikdy nenastalo zákonem vyžadované pětileté období, v němž by podmínky investiční pobídky dodržel. Zdejší soud zdůraznil, že rozhodným obdobím, kdy lze uplatňovat slevu na dani a zároveň je třeba dodržovat podmínku zákazu fúzí, je vždy právě jedno období. Žalobce se nemůže domáhat výhod určitého výkladu a zároveň popírat nevýhody, které tento výklad neoddělitelně přináší. Nejvyšší správní soud tedy rozsudek krajského soudu z roku 2022 zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení.

[17] Následně, podáním ze dne 5. 12. 2024, žalobce doplnil žalobu. Měl za to, že vázanost krajského soudu rozsudkem Nejvyššího správního soudu z roku 2024 je omezená, a připomněl, že může navrhovat důkazy i po uplynutí lhůty pro podání žaloby. Trval na tom, že součástí jeho legitimního očekávání nebyla povinnost neprovádět fúze v letech 2001 až 2005. Dokazování v řízení před krajským soudem v roce 2016 se týkalo legitimního očekávání žalobce v roce 2007, nikoli jeho legitimního očekávání v letech 2003 a 2004. V tomto období byl žalobce přesvědčen, že podmínka zákazu fúzí musela být splněna pouze v tom zdaňovacím období, kdy byla sleva na dani uplatněna. Žalobce rovněž odkázal na protokol Finančního úřadu v Litvínově ze dne 24. 5. 2005, č. j. 26934/05/207930/0334, podle něhož „[s]polečnost CHEMOPETROL, a.s. splnila podmínky pro poskytnutí investiční pobídky ‚sleva na dani z příjmů‘“. Právní názor o zákazu fúzí podle žalobce daňové orgány vyjevily až v rámci daňové kontroly za zdaňovací období roku 2005. Žalobce byl přesvědčen, že validitu jeho právního názoru potvrzuje i posudek prof. JUDr. Aleše Gerlocha, CSc., ze dne 24. 9. 2008.

[18] Žalobce rozvíjel rovněž svou argumentaci ohledně porušení § 115 odst. 2 daňového řádu. Podotkl, že právní názor, dle něhož zákaz fúzí vyplýval ze zákona, se odlišoval od právního názoru obsaženého v rozhodnutí žalovaného ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891. Podle něho totiž zákaz fúzí vyplynul z legitimního očekávání žalobce, nikoli ze zákona. S takovým právním názorem měl žalovaný žalobce seznámit. Žalobce rozvedl rovněž své námitky o rozporu rozhodnutí žalovaného s Listinou základních práv a svobod (čl. 3 odst. 3, čl. 4 odst. 1, čl. 11 odst. 5 a čl. 38 odst. 2). Poukázal rovněž na to, že v důsledku případného zrušujícího rozsudku krajského soudu by se dle § 124a daňového řádu, v tehdejším znění, stalo neúčinným rozhodnutí ze dne 21. 12. 2022, č. j. 46577/22/5200-11432-709409, které žalovaný vydal v době, kdy byl vázán právním názorem vyjádřeným v rozsudku krajského soudu z roku 2022 (následně zrušeném rozsudkem Nejvyššího správního soudu z roku 2024), a kterým byla žalobci stanovena daň nižší než žalobou napadeným rozhodnutím ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891. Tím by žalobci byla fakticky stanovena daň po uplynutí prekluzivní lhůty.

[19] Při jednání dne 16. 12. 2024 žalobce prostřednictvím svého zástupce uvedl, že do roku 2005 neměl jeho právní předchůdce žádná legitimní očekávání ohledně zákazu fúzí. Zdůraznil, že před rokem 2005 neexistovala zákonná povinnost, již by fúzí porušil. Považoval za rozporné s dobrými mravy, když je mu vytýkáno, že v roce 2005 nezvolil správný výklad zákona, když daňové orgány ani soudy nejsou ani 25 let od udělení investiční pobídky schopny takový výklad poskytnout. Žalovaný upozornil, že soudy již dostatečně vytyčily mantinely pro rozhodování, žalobce však neustále obměňuje svou argumentaci. Žalobce podle něj některé námitky a důkazní návrhy uplatnil opožděně. Povinnost dodržet podmínku zákazu fúzí byla podle žalovaného seznatelná mimo jiné z komunikace s Ministerstvem financí. Žalovaný se ztotožnil se závěry vyslovenými v rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024 a připomněl, že stanovisko prof. Gerlocha bylo překonáno již rozsudkem Nejvyššího správního soudu z roku 2009.

[20] Krajský soud provedl k důkazu protokol Finančního úřadu v Litvínově o ústním jednání dne 24. 5. 2005, č. j. 26934/05/207930/0334. Žalobce tvrdil, že tento protokol prokazuje jeho legitimní očekávání, že fúze nebyly v letech 2003 a 2004 zakázané. Žalovaný upozornil, že protokol se vůbec netýkal posuzovaného zdaňovacího období (2005) a že je v něm toliko konstatováno, že žalobce vzhledem k daňové ztrátě slevu na dani v letech 2001 až 2003 neuplatňoval. V případě ostatních důkazních návrhů krajský soud rozhodl, že je neprovede pro nadbytečnost. Ve vztahu k návrhu dokazování soudními spisy krajský soud připomněl, že závazné jsou toliko rozsudky, které jsou veřejně dostupné a účastníkům i soudu známé. Konstatoval rovněž, že správním (daňovým) spisem se dokazování neprovádí, jeho obsah se pouze rekapituluje.

[21] Shora uvedeným rozsudkem ze dne 16. 12. 2024, č. j. 15 Af 5/2019‑234, krajský soud žalobu zamítl. Úvodem konstatoval, že některé námitky žalobce uplatnil až ve vyjádření ze dne 5. 12. 2024, tedy po uplynutí lhůty pro podání žaloby. Dále soud zrekapituloval dosavadní průběh řízení a popsal běh prekluzivní lhůty pro vyměření, resp. stanovení daně. Podrobně se zabýval zejména výzvou správce daně ze dne 11. 2. 2010, která v dané procesní situaci (po rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009) směřovala ke stanovení daně. Doručení této výzvy tedy mělo za následek přerušení lhůty pro vyměření. Krajský soud uzavřel, že rozhodnutí žalovaného ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, bylo vydáno před uplynutím prekluzivní lhůty. Poznamenal rovněž, že zamítnutím žaloby nedošlo k novému vyměření daně, pouze k potvrzení zákonnosti žalobou napadeného rozhodnutí. Krajský soud nepřisvědčil ani obecně formulované námitce nepřezkoumatelnosti.

[22] K otázce seznámení se změnou právního názoru krajský soud citoval příslušnou část rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024, jehož právním názorem byl vázán. Veškeré žalobcovy námitky byly podle krajského soudu touto argumentací vypořádány. Závazný právní názor zdejšího soudu pak krajský soud citoval rovněž ve vztahu k nároku na slevu na dani za zdaňovací období roku 2005. Argumentace obsažená ve vyjádření žalobce ze dne 5. 12. 2024 podle krajského soudu představovala pouhou polemiku se závěry Nejvyššího správního soudu.

[23] Nad rámec citací krajský soud zdůraznil, že již v rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009 bylo postaveno najisto, že zákon vyžadoval plnění podmínek investiční pobídky v celém pětiletém období. Touto otázkou tedy nebylo třeba se dále zabývat. Z protokolu Finančního úřadu v Litvínově ze dne 24. 5. 2005, č. j. 26934/05/207930/0334, podle krajského soudu vyplývalo, že finanční úřad se zaměřoval na plnění podmínek zákona č. 72/2000 Sb., o investičních pobídkách a o změně některých zákonů (zákon o investičních pobídkách), v relevantním znění (dále jen „zákon o investičních pobídkách“), nikoli na plnění podmínek podle § 35a odst. 2 zákona o daních z příjmů. K těmto podmínkám totiž finanční úřad pouze uvedl, že daňový subjekt za zdaňovací období 2001, 2002 a 2003 neuplatňoval slevu na dani, neboť vykazoval daňovou ztrátu. Protokol se navíc vztahoval k jiným zdaňovacím obdobím, nemohl proto mít závazný charakter ve vztahu ke zdaňovacímu období roku 2005.

II. Obsah kasační stížnosti a dalších podání

[24] Žalobce (stěžovatel) napadl rozsudek krajského soudu ze dne 16. 12. 2024, č. j. 15 Af 5/2019‑234, kasační stížností, a to z důvodů, které podřadil pod § 103 odst. 1 písm. a), b) a d) s. ř. s.

[25] Stěžovatel předně uvádí, že krajský soud porušil jeho právo na spravedlivý proces, neboť řádně neprojednal všechna žalobní tvrzení a neprovedl navržené důkazy. S odkazem na judikaturu stěžovatel upozorňuje, že bylo jeho právem argumentačně rozvíjet již uplatněné žalobní body a že neexistuje lhůta, která by omezovala navrhování důkazů. Krajský soud však podle něj fakticky rezignoval na další věcné projednání žaloby a odmítl se zabývat i některými tvrzeními obsaženými již v žalobě, k nimž se ve svém předchozím rozsudku z roku 2022 vůbec nevyjádřil. Navržené důkazy podle stěžovatele nebyly nadbytečné.

[26] Vázanost krajského soudu právním názorem Nejvyššího správního soudu ve smyslu § 110 odst. 4 s. ř. s. je podle stěžovatele omezená, neboť kasační stížnost proti rozsudku krajského soudu z roku 2022 podal žalovaný. Stěžovatel jako žalobce proto neměl možnost určovat předmět řízení, pročež se některými otázkami Nejvyšší správní soud nemohl zabývat a nemohly se projevit v jeho právním názoru. Právě tyto otázky měl krajský soud posoudit, což neučinil. Stěžovatel vysvětluje, že jeho argumentace byla vícevrstevná: tvrdil, že i) povinnost neprovádět fúze vznikla až v roce 2005, kdy poprvé uplatnil slevu na dani; ii) povinnost neprovádět fúze v letech 2001 až 2004 nemohla vzniknout v důsledku „legitimního“ očekávání vzniklého z nesprávné správní praxe; iii) existence či neexistence legitimních očekávání ve vztahu k období let 2001 až 2004 nebyla předmětem žádného předchozího daňového či soudního řízení; iv) v letech 2001 až 2005 se nedomníval, že by měl před prvním uplatněním slevy na dani dodržovat zákaz fúzí. Krajský soud v rozsudku z roku 2022 přisvědčil již první námitce, vůbec se však nezabýval námitkami ostatními. Ty tudíž nebyly ani předmětem kasačního řízení a v jejich rozsahu tak krajský soud nemohl být vázán rozsudkem Nejvyššího správního soudu z roku 2024.

[27] Stěžovatel rovněž připomněl, že krajský soud byl právním názorem Nejvyššího správního soudu vázán pouze, pokud nedošlo ke změně zjištěného skutkového stavu. K dosud neposouzeným otázkám stěžovatel navrhl důkazy. Krajský soud je však (až na jeden) zcela alibisticky označil za nadbytečné, čímž znemožnil, aby ke změně zjištěného skutkového stavu vůbec došlo. Jediný provedený důkaz, protokol Finančního úřadu v Litvínově, krajský soud podle stěžovatele bezdůvodně bagatelizoval. Stěžovatel je toho názoru, že protokol silou veřejné listiny prokázal, že stěžovatel v roce 2005 neměl žádné očekávání o zákazu fúzí, naopak jej tehdejší správce daně ujišťoval, že podmínky pro slevu na dani byly ještě v roce 2005 splněny. Tento důkaz tedy podle stěžovatele vyvrací závěr o tom, že by měl před rokem 2005 jakékoli legitimní očekávání, že by v období let 2001 až 2004 nesměl provádět fúze. Stěžovatel je přesvědčen, že kdyby daňové orgány skutečně byly toho názoru, že fúze byly zakázané, jistě by již po fúzi z roku 2003 (o níž věděly) nezkoumaly plnění jakýchkoli dalších podmínek. Stěžovatel se ohrazuje proti tomu, že krajský soud odmítl svědeckou výpověď osoby účastnící se daného jednání, ale kladl stěžovateli k tíži, že z protokolu není zřejmé, co všechno správce daně skutečně kontroloval.

[28] Krajský soud měl podle stěžovatele výslovně a jednoznačně specifikovat, jaká konkrétní fúze měla za následek zánik práva na slevu na dani. Pokud by totiž sleva na dani zanikla až v důsledku fúze v roce 2007, znamenalo by to, že by sleva na dani v roce 2005 řádně vznikla a až v roce 2007 by vznikla nová speciální daňová povinnost sui generis, pročež by stěžovatel musel podat dodatečné daňové přiznání. Stěžovatel byl v době udělení investiční pobídky přesvědčen, že před prvním uplatněním slevy na dani neměl povinnost plnit podmínku zákazu fúzí. Rozhodnutí žalovaného ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, neodkazuje na žádný důkaz o tom, že by se od roku 2001 (kdy byla udělena investiční pobídka) do roku 2003 stalo něco, v důsledku čehož by povinnost dodržovat zákaz fúzí vznikla. Až do roku 2007 stěžovatel od daňových orgánů neobdržel žádné sdělení, z něhož by taková povinnost vyplývala.

[29] Podle stěžovatele krajský soud opomněl rovněž argumentaci, dle níž se dokazování provedené v předchozím soudním řízení (sp. zn. 15 Af 97/2010, které vedlo k rozsudku krajského soudu z roku 2016) vůbec nevztahovalo k legitimním očekáváním v letech 2003 a 2004. Dokazování se vztahovalo pouze k fúzi z roku 2007, v jejímž důsledku podle rozhodnutí Finančního ředitelství v Ústí nad Labem z roku 2010 stěžovatel nárok na slevu na dani pozbyl. Na to upozornil i krajský soud v rozsudku z roku 2016. Žalovaný však v navazujícím řízení žádné další důkazy neprováděl, přesto své závěry založil na předpokladu, že stěžovatel určité očekávání měl. Stěžovatel zdůrazňuje, že v období let 2001 až 2005 předpokládal, že výraz „období“ v § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů označuje vždy jedno zdaňovací období, nikoli celé období 5 po sobě následujících zdaňovacích období ve smyslu § 35b odst. 4 téhož zákona. Stěžovatel opakuje, že od daňových orgánů neobdržel žádné sdělení, z něhož by vyplývalo, že je povinen zákaz fúzí v období let 2001 až 2005 dodržovat. Finanční úřad v Litvínově v protokolu ze dne 24. 5. 2005, č. j. 26934/05207930/0334, naopak konstatoval, že „[s]polečnost CHEMOPETROL, a.s. splnila podmínky pro poskytnutí investiční pobídky“.

[30] Stěžovatel připomíná, že některé jím navržené důkazy krajský soud neprovedl ani v předcházejícím řízení, k čemuž odkazuje na příslušné pasáže rozsudků krajského soudu z roku 2016 a z roku 2022. Stěžovatel své důkazní návrhy považuje i nadále za relevantní. Mohly totiž prokázat, že před rokem 2005 se nedomníval, že by nesměl provádět fúze. Tomuto názoru přisvědčil i Nejvyšší správní soud v rozsudku z roku 2009. Napadený rozsudek krajského soudu je proto podle stěžovatele v rozporu s právními závěry Nejvyššího správního soudu.

[31] Dále stěžovatel opakuje svou žalobní argumentaci namítající porušení zásady volného hodnocení důkazů. Zejména zdůrazňuje, že žalovaný měl přihlédnout ke všemu, co při správě daní vyšlo najevo. Žalovaný však nejenže nevycházel z protokolu Finančního úřadu v Litvínově ze dne 24. 5. 2005, č. j. 26934/05/207930/0334, ale jeho existenci úplně zatajil. Stěžovatel je přesvědčen, že argumentační posun oproti rozhodnutí Finančního ředitelství v Ústí nad Labem z roku 2010 byl natolik významný, že i když žalovaný neprováděl dokazování (s čím stěžovatel taktéž nesouhlasí), měl stěžovatele se změnou právního názoru seznámit podle § 115 odst. 2 daňového řádu. Bylo by tak možné důkazní návrhy adresovat žalovanému, nikoli až krajskému soudu. Podle stěžovatele bylo až po vydání rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024 zjištěno, co vše žalovaný porušením § 115 odst. 2 daňového řádu způsobil.

[32] Stěžovatel odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu z roku 2009, podle něhož nebyl povinen plnit všeobecné ani zvláštní podmínky poskytnutí slevy na dani již od roku 2001. Fúze z let 2003 a 2004 tak neměly způsobit ztrátu nároku na investiční pobídku. Stěžovatel je přesvědčen, že stejně jako ostatní poplatníci nikdy neměl povinnost dodržovat podmínky před prvním uplatněním slevy na dani. Opačný požadavek daňových orgánů je podle něj v rozporu s čl. 2 odst. 3 Listiny základních práv a svobod. Uvádí rovněž, že fúze představovaly výkon práva sdružovacího a práva podnikat. Podle stěžovatele tedy nelze dovozovat, že mu před rokem 2005 vznikla nějaká zákonem neupravená povinnost dodržovat zákaz fúzí. Povinnosti totiž mohou být podle čl. 4 odst. 1 Listiny základních práv a svobod ukládány pouze na základě zákona. Napadený rozsudek proto podle stěžovatele nerespektuje jeho subjektivní právo na všeobecnou ochranu svobodné sféry jeho osoby. Rozhodnutí žalovaného mu dokonce založilo povinnost, která nemá oporu v zákoně (navíc retroaktivně se zpožděním téměř 15 let).

[33] Stěžovatel je toho názoru, že nesprávný úřední postup daňového orgánu (s nímž nikdy nesouhlasil) nemohl dát vzniknout zákonem neupravené povinnosti. S odkazem na judikaturu zdůrazňuje, že nedostatky zákona je třeba přičítat na vrub veřejné moci. Zejména v oblasti daňového práva je třeba šetřit podstatu a smysl vlastnického práva a v případě pochybností postupovat mírněji. Daňové orgány jako orgány moci výkonné tak nemohly stěžovateli vytvořit povinnosti, které nemají oporu v zákoně. Ústavní soud judikoval, že nelze připustit, aby se vlivem interpretace stalo předmětem zdanění něco, co zákon za předmět daně s žádoucí mírou určitosti nepředpokládá.

[34] Podle stěžovatele navíc žádné jeho „legitimní“ očekávání o tom, že fúze byly před rokem 2005 zakázané, neexistovalo. Jeho legitimní očekávání se týkalo konce období, kdy mohl uplatňovat slevu na dani ve vztahu k fúzi z roku 2007. O tom, že by v období let 2001 až 2005 byly fúze zakázané, se dozvěděl až ex post v roce 2007. Proto proti tomuto závěru brojil (a uspěl). Stěžovatel připomíná, že v letech 2003 a 2004 byl zcela správně v dobré víře, že tehdy realizované fúze jsou dovolené. To prokazatelně namítal v řízeních před daňovými orgány i správními soudy a tento jeho názor potvrdilo i stanovisko prof. Gerlocha založené v daňovém spisu. Stěžovatel konstatuje, že hypotetický omyl o tom, že má daňový subjekt nějakou povinnost, je právně irelevantní. Legitimních očekávání se navíc může domáhat toliko daňový subjekt proti státu, nikoli naopak.

[35] Stěžovatel se domnívá, že daňové orgány i krajský soud vykládaly právní normy pouze v jeho neprospěch. Nezohlednily přitom, že byl jednou z prvních osob, která investiční pobídku podle zákona o investičních pobídkách obdržela. Ustanovení tohoto zákona i na něj navazujících předpisů byla podle něj obtížně vyložitelná a aplikovatelná, o čemž svědčí navzájem více či méně protichůdná rozhodnutí daňových orgánů a soudů. Stěžovatel v této souvislosti namítá i nepřiměřenou délku celého řízení. Shrnuje, že splnil všechny podmínky pro přiznání slevy na dani, což prokazuje i skutečnost, že po rozsudku krajského soudu z roku 2022 mu žalovaný slevu na dani přiznal. Stěžovatel se ohrazuje proti tomu, aby byl jedinou osobou, která by měla nést následky nejasností v právních předpisech. To, že byl daňovými orgány uveden v omyl ohledně období, kdy mohl uplatnit slevu na dani, podle stěžovatele navíc vedlo k tomu, že slevu na dani neuplatňoval po roce 2005, i když na to měl podle rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009 nárok.

[36] Závěrem stěžovatel uvádí, že jakákoli jeho daňová povinnost k dani z příjmů za zdaňovací období roku 2005 již tak jako tak zanikla z důvodu prekluze. Bylo‑li v důsledku napadeného rozsudku krajského soudu rozhodnutí žalovaného ze dne 21. 12. 2022, č. j. 46577/22/5200-11432-709409, nahrazeno žalobou napadeným rozhodnutím žalovaného ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, došlo tím fakticky k novému vyměření daně v rozsahu neuznané slevy na dani. V době vydání napadeného rozsudku však již uplynula lhůta pro stanovení daně. Tuto argumentaci stěžovatel předestřel krajskému soudu ve svém vyjádření ze dne 5. 12. 2024, krajský soud jí však nepřisvědčil. S tím stěžovatel nesouhlasí, protože právní stav bezprostředně před právní mocí rozsudku zahrnoval přiznání slevy na dani, zatímco právní stav po právní moci rozsudku vyžaduje, aby stěžovatel tuto částku zaplatil. Tím stěžovateli vznikla daňová povinnost až po uplynutí prekluzivní lhůty.

[37] Vzhledem k uvedenému stěžovatel navrhuje, aby Nejvyšší správní soud napadený rozsudek zrušil a věc vrátil krajskému soudu k dalšímu řízení.

[38] Žalovaný ve svém vyjádření ke kasační stížnosti rekapituluje běh prekluzivní lhůty a ztotožňuje se se závěrem krajského soudu, že v době vydání žalobou napadeného rozhodnutí tato lhůta byla zachována. Zdůrazňuje, že předmětem soudního řízení je přezkoumání jeho rozhodnutí ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, nikoli rozhodnutí ze dne 21. 12. 2022, č. j. 46577/22/5200-11432-709409, které se stalo neúčinným. Neztotožňuje se ani s námitkou nepřezkoumatelnosti. Stěžovatel podle žalovaného polemizuje se závěry krajského soudu, což by nebylo možné, kdyby byl rozsudek nepřezkoumatelný. Žalovaný připomíná, že soud není povinen reagovat na každý uplatněný argument a obsáhle jej vyvrátit, ale uchopit obsah a smysl argumentace a vypořádat se s ní.

[39] K otázce, která konkrétní fúze způsobila zánik nároku na slevu na dani, žalovaný zdůrazňuje, že právní předchůdce stěžovatele podmínku zákazu fúzí nedodržel, ať již rozhodné období začalo v roce 2001, nebo v roce 2005. Žalovaný se plně ztotožňuje se závěrem rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024, podle něhož nelze připustit „vyzobávání rozinek“. Stěžovatel podle něj nebyl obětí nezákonné správní praxe, ale toho, že jeho právní předchůdce nesprávně vykládal pojem „období“. Bylo by absurdní, kdyby si stěžovatel mohl uplatnit slevu na dani, přestože podmínky podle žádného z možných výkladů nedodržel. Podle žalovaného představovala citace příslušných pasáží rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024 krajským soudem dostatečný způsob vypořádání námitek. Ty totiž za nezměněného skutkového stavu toliko polemizovaly se závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu.

[40] Žalovaný odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu z roku 2024, podle něhož podmínka zákazu fúzí po dobu 5 let vyplývala přímo ze zákona (což potvrdil již rozsudek Nejvyššího správního soudu z roku 2009), nikoli z legitimního očekávání. Byla navíc zdůrazněna i v rozhodnutí, jímž byl právnímu předchůdci stěžovatele udělen investiční příslib. Tím, že se stěžovatel dovolal legitimního očekávání v otázce běhu období, kdy bylo možné slevu na dani uplatnit, neoddělitelně změnil i období, kdy musel dodržovat podmínku zákazu fúzí. Žalovaný se vymezuje proti tomu, že stěžovatel svou argumentaci opětovně mění a dovolává se jiného legitimního očekávání, které měl uplatnit již v řízení vedeném před krajským soudem pod sp. zn. 15 Af 97/2010. Žalovaný se plně ztotožňuje se závěrem krajského soudu, že otázka délky období, kdy bylo třeba dodržovat podmínku zákazu fúzí, byla postavena najisto již rozsudkem Nejvyššího správního soudu z roku 2009 a nyní není namístě se jí zabývat.

[41] K protokolu Finančního úřadu v Litvínově žalovaný uvádí, že se týkal zdaňovacích období 2001, 2002 a 2003, nikoli zdaňovacího období roku 2005. Proto tento protokol nebyl součástí spisového materiálu, který měl žalovaný k dispozici. Nemohl tedy existenci protokolu „zatajit“, jak tvrdí stěžovatel. Žalovaný souhlasí s argumentací krajského soudu, dle níž vyjádření správce daně v tomto protokolu nemá závazný charakter ve vztahu k nároku na slevu na dani za zdaňovací období roku 2005. V žádném případě nemůže zvrátit závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009. Žalovaný připomíná, že z jiných písemností naopak vyplývá, že právní předchůdce stěžovatele se mohl oprávněně domnívat, že pro uplatnění slevy na dani bylo třeba v období let 2001 až 2005 podmínku zákazu fúzí dodržet.

[42] Žalovaný se ztotožňuje s odůvodněním toho, proč krajský soud neprovedl důkazy navržené stěžovatelem. K navržené svědecké výpovědi v souvislosti s protokolem Finančního úřadu v Litvínově uvádí, že krajský soud tento důkaz vyhodnotil správně, a připomíná, že proti znění protokolu nebyly vzneseny žádné námitky. Ke stanovisku prof. Gerlocha žalovaný upozorňuje, že stěžovatel tuto listinu nepředložil v daňovém řízení, ač mu v tom nic nebránilo. Poznamenává rovněž, že právní názor uvedený v tomto stanovisku byl překonán již rozsudkem Nejvyššího správního soudu z roku 2009.

[43] Rovněž k tvrzené nepřezkoumatelnosti svého rozhodnutí ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, žalovaný uvádí, že nebylo jeho povinností detailně odpovědět na každý jednotlivý argument. Odkazuje přitom na judikaturu, která i v případě správních (daňových) orgánů připouští implicitní vypořádání námitek. To, že hodnotí důkazy odlišně od stěžovatele, nepředstavuje rozpor se zásadou volného hodnocení důkazů. Žalovaný podotýká, že závěr vedoucí ke stanovení rozhodného období na roky 2001 až 2005 jednoznačně vyplynul z rozsudku krajského soudu z roku 2016. Proto žalovaný zkoumal vliv fúzí z let 2003 a 2004. Připomíná rovněž, že požadavek na jiné vymezení rozhodného období vznesl sám stěžovatel, nemohlo tedy jít o překvapivý právní závěr. Proto nebylo nutné stěžovatele se změnou právního názoru seznamovat podle § 115 odst. 2 daňového řádu. Žalovaný upozorňuje, že Nejvyšší správní soud mu v rozsudku z roku 2024 plně přisvědčil, krajský soud byl tímto právním názorem vázán.

[44] Žalovaný se neztotožňuje ani s námitkou protiústavnosti podmínky zákazu fúzí. Poznamenává, že podmínka zákazu fúzí existovala – jednoznačně ji stanovil § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů. Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009 bylo toto ustanovení možné vykládat pouze jediným způsobem, a sice, že podmínku zákazu fúzí je nutné dodržet po celé období 5 po sobě následujících zdaňovacích období, po které bylo možné slevu uplatňovat (§ 35b odst. 4 téhož zákona). Rozsudek Nejvyššího správního soudu z roku 2009 sice připustil, že období, po které bylo možné slevu uplatňovat, započalo v roce 2005 a skončilo v roce 2009 (fúze z roku 2003 a 2004 by tak byly irelevantní), ovšem sám stěžovatel se dovolal legitimního očekávání, dle něhož rozhodné období započalo v roce 2001 a skončilo v roce 2005.

[45] Vzhledem k uvedenému žalovaný navrhuje, aby Nejvyšší správní soud kasační stížnost jako nedůvodnou zamítl.

[46] V replice k vyjádření žalovaného stěžovatel opakuje, že v napadeném rozsudku postrádá vymezení, která konkrétní fúze měla nárok na slevu na dani znemožnit. Vyjasnění této otázky je podle něj klíčové již jen kvůli vysoké částce, o niž šlo. Skutečnost, že se stěžovatel snaží proti napadenému rozsudku v maximální míře brojit, podle stěžovatele ještě neznamená, že by rozsudek byl zcela přezkoumatelný. Nelze mu přičítat k tíži, že si musí některé názory krajského soudu domýšlet. Nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku i rozhodnutí žalovaného podle stěžovatele způsobuje i to, že jsou založeny na úvaze, že zákaz fúzí vyplývá nikoli ze zákona, ale z legitimních očekávání stěžovatele. Neprokázaly však, že by stěžovatel před rokem 2005 skutečně měl legitimní očekávání, že nesmí provádět fúze. Stěžovatel opětovně zdůrazňuje, že výslovný závěr označující konkrétní fúzi není obsažen ani v citaci části rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024, na niž odkazuje žalovaný. Úvahy o „vyzobávání rozinek“ jsou podle něj irelevantní. Stěžovatel nesouhlasí s tím, že by krajský soud vypořádal všechny jeho námitky a přesvědčivě zdůvodnil právní závěry, k nimž dospěl (zejména z toho důvodu, že výslovně neoznačil konkrétní problematickou fúzi).

[47] Stěžovatel se ohrazuje proti konstatování žalovaného, že rozsudek krajského soudu byl vydán za nezměněného skutkového stavu. K této situaci totiž došlo v důsledku toho, že krajský soud odmítl drtivou většinu důkazních návrhů stěžovatele. Stěžovatel je toho názoru, že kdyby krajský soud důkazy provedl, zjištěný skutkový stav by se změnil natolik, že by se závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024 staly neudržitelnými. Podle stěžovatele nebylo možné, aby byly jeho námitky obsažené ve vyjádření ze dne 5. 12. 2024 vypořádány argumentací obsaženou v rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024, který byl vydán dříve. Stěžovatel upozorňuje, že úkolem krajského soudu bylo věc znovu posoudit a že Nejvyšší správní soud nemá nahrazovat úvahy krajského soudu vlastními. Tento kasační princip krajský soud zkopírováním pasáží rozsudku Nejvyššího správního soudu porušil.

[48] Závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024, na něž žalovaný ve svém vyjádření odkazuje, jsou podle stěžovatele v rozporu s novým důkazem – protokolem Finančního úřadu v Litvínově. Stěžovatel nesouhlasí s názorem žalovaného, že měl svá legitimní očekávání uplatnit v rámci dokazování před krajským soudem, které předcházelo vydání rozsudku z roku 2016. Toto dokazování se totiž podle něj týkalo jiné otázky (legitimního očekávání ve vztahu k fúzi z roku 2007). Stěžovatel srovnává současnou procesní situaci se stavem, kdy Nejvyšší správní soud v rozsudku z roku 2015 konstatoval, že je třeba připustit dokazování ohledně legitimního očekávání. Vymezuje se též proti tvrzení žalovaného, že mění svou argumentaci. Je přesvědčen, že jeho názory jsou stále shodné.

[49] Protokol Finančního úřadu v Litvínově podle stěžovatele jednoznačně prokazuje, že daňové orgány stěžovateli nesdělily žádnou informaci o tom, že by před rokem 2005 nesměl provádět fúze. Stěžovatel cituje části protokolu, z nichž dovozuje, že podle tehdejšího správce daně ještě v roce 2005 podmínky investiční pobídky plnil (zjevně tedy byl správce daně toho názoru, že fúze z let 2003 a 2004 nebyly zakázané, jinak by konstatoval porušení a další podmínky již nezkoumal). Stěžovatel zdůrazňuje, že jde o veřejnou listinu, takže její závěry je třeba vzít za prokázané.

[50] Podle stěžovatele byl protokol Finančního úřadu v Litvínově daňovým orgánům znám z jejich úřední činnosti, měly k němu tedy podle § 8 odst. 1 daňového řádu přihlédnout. Stěžovatel opakuje, že k upřesnění obsahu protokolu navrhoval výslech svědkyně, která se za něj tohoto jednání účastnila a mohla okolnosti dále objasnit. Krajský soud však výslech odmítl provést a žalovaný toho zneužívá k tvrzení, že argumentace stěžovatele z protokolu „výslovně nevyplývá“. Závěry protokolu podle stěžovatele nevyvracejí ani dopisy Ministerstva financí z let 2001 a 2002. Protokol je naopak důkazem, že dopisy nemohly založit legitimní očekávání stěžovatele o tom, že by fúze z let 2003 a 2004 byly zakázané. Otázka legitimního očekávání o zákazu fúzí v letech 2003 a 2004 dosud předmětem dokazování nebyla. Krajský soud tedy pochybil, když navržené důkazy neprovedl. Stěžovatel připomíná, že soudní řád správní neobsahuje žádné lhůty, do kdy by měli účastníci navrhovat důkazy.

[51] Stěžovatel také odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu z roku 2009, podle něhož nemuseli poplatníci plnit podmínku zákazu fúzí před prvním uplatněním slevy na dani. Nelze tedy dovozovat, že by mu povinnost tuto podmínku plnit vznikla. Takový výklad je v rozporu s jeho ústavně zaručeným právem fúze provádět. Stěžovatel je přesvědčen, že v situaci, kdy krajský soud tyto principy porušil, může je stěžovatel namítat ve své kasační stížnosti, i kdyby tím nerozvíjel žalobní body. Závěrem stěžovatel sděluje, že trvá i na své argumentaci týkající se uplynutí prekluzivní lhůty.

[52] V duplice žalovaný upozorňuje, že krajský soud byl vázán rozsudkem Nejvyššího správního soudu z roku 2024. Veškeré námitky, které se týkají otázek tímto rozsudkem již vyřešených, tak jsou podle žalovaného nepřípustné [§ 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s.]. Žalovaný připomíná, že svým vlastním právním názorem je vázán i Nejvyšší správní soud, který svými dosavadními rozsudky vytyčoval mantinely pro krajský soud i daňové orgány. Žalovaný je přesvědčen, že se jeho závěry řídil.

[53] K otázce odmítnutí navržených důkazů žalovaný zopakoval svou argumentaci uvedenou již v předchozích podáních. Rozvedl však svou argumentaci k legitimnímu očekávání. Odkázal na usnesení rozšířeného senátu tohoto soudu ze dne 21. 7. 2009, č. j. 6 Ads 88/2006‑132, publ. pod č. 1915/2009 Sb. NSS (všechna zde zmiňovaná rozhodnutí Nejvyššího správního soudu jsou dostupná též na www.nssoud.cz), a jeho závěry aplikoval na projednávanou věc. Citoval pasáže z rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009 i napadeného rozsudku krajského soudu a shrnul, že z ničeho nevyplývá, že by se právnímu předchůdci stěžovatele dostalo konkrétního ujištění, že podmínka zákazu fúze musí být splněna pouze v roce uplatnění slevy na dani. Žalovaný opětovně odkázal rovněž na dopisy Ministerstva financí, na jejichž základě se mohl právní předchůdce stěžovatele domnívat, že období pro uplatnění investiční pobídky (a zároveň období, kdy je třeba dodržet podmínku zákazu fúzí) začalo běžet již v roce 2001. Naopak z protokolu Finančního úřadu v Litvínově podle žalovaného vyplývá pouze to, že se správce daně plněním podmínek podle zákona o daních z příjmů nezabýval, neboť právní předchůdce stěžovatele vykazoval daňovou ztrátu.

[54] Žalovaný doplňuje, že svoboda podnikání nebyla narušena, neboť bylo na právním předchůdci stěžovatele, aby si uspořádal své podnikání tak, aby si snížil daňovou povinnost v rozsahu legálních možností. Zákaz fúzí pro příjemce investiční pobídky vyplýval přímo ze zákona. Závěrem dupliky žalovaný opakuje své vyjádření k námitce prekluze.

[55] V dalším vyjádření stěžovatel reaguje na argumentaci žalovaného, dle níž byl krajský soud (a nyní je i Nejvyšší správní soud) vázán rozsudkem Nejvyššího správního soudu z roku 2024. Stěžovatel upozorňuje, že odpověď na jeho otázku, která fúze způsobila zánik nároku na slevu na dani, v tomto rozsudku obsažena nebyla. Neexistoval tedy žádný právní názor, jímž by byl krajský soud vázán (a s nímž by se mohl „ztotožnit“). Ani žalovaný ve svých vyjádřeních konkrétní fúzi neoznačil. Stěžovatel podotýká, že jeho kasační stížnost je založena na velkém množství námitek, které jsou přípustné, neboť se jimi Nejvyšší správní soud ve svém rozsudku z roku 2024 nezabýval. I omezené dokazování provedené krajským soudem navíc změnilo zjištěný skutkový stav. Stěžovatel rovněž připomíná, že jeho legitimní očekávání před rokem 2005 nebylo v dosavadním řízení zkoumáno.

[56] Stěžovatel stále trvá na tom, že jím navržené důkazy měly být provedeny. Vyzdvihuje rovněž význam stanoviska prof. Gerlocha, které podle něj bylo založeno ve všech předchozích řízeních. Domnívá se, že i dokumenty ze soudních spisů jsou relevantní, neboť mohou prokázat podobu tehdejších legitimních očekávání. Stěžovatel nesouhlasí s tím, že by bylo nutné prokazovat dlouhodobou a jednotnou správní praxi, když mu bylo při jednání zaznamenaném v protokolu Finančního úřadu v Litvínově sděleno, že veškeré podmínky pro slevu na dani splnil. Krajský soud však tvrdí, že měl stěžovatel legitimní očekávání opačná, aniž by k tomu provedl relevantní dokazování. Stěžovatel je přesvědčen, že žalovaný a krajský soud bagatelizují veškeré důkazy v jeho prospěch a dovozují legitimní očekávání, které na žádných důkazech založeno není. V žádném z dopisů Ministerstva financí podle stěžovatele nebylo uvedeno, že by musel v období, v němž lze uplatnit slevu na dani, splnit i podmínku zákazu fúzí. Ve zbytku vyjádření stěžovatel odkazuje na svou dosavadní argumentaci.

III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem

[57] Nejvyšší správní soud nejprve posoudil formální náležitosti kasační stížnosti a shledal, že je podána včas, neboť byla podána ve lhůtě dvou týdnů od doručení napadeného rozhodnutí krajského soudu (§ 106 odst. 2 s. ř. s.), je podána oprávněnou osobou, neboť stěžovatel byl účastníkem řízení, z něhož napadené rozhodnutí krajského soudu vzešlo (§ 102 s. ř. s.), a je zastoupen advokátem (§ 105 odst. 2 s. ř. s.).

[58] Podle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. však platí, že „[k]asační stížnost je dále nepřípustná proti rozhodnutí, jímž soud rozhodl znovu poté, kdy jeho původní rozhodnutí bylo zrušeno Nejvyšším správním soudem; to neplatí, je‑li jako důvod kasační stížnosti namítáno, že se soud neřídil závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu“.

[59] Nejvyšší správní soud souhlasí se stěžovatelem v tom, že pokud kasační stížnost podává jiný účastník řízení, není vyloučena možnost uvádět další kasační námitky nad rámec otázek, které již byly posouzeny v předchozím rozhodnutí kasačního soudu. Některé stěžovatelovy námitky však tuto podmínku nesplňují. Předně jde o námitku, dle níž pojem „období“ v § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů měl označovat pouze jednotlivé zdaňovací období, v němž je sleva na dani uplatněna. Přestože stěžovatel opakuje, že tento názor jako „správný“ potvrdily krajský soud, Nejvyšší správní soud a stanovisko prof. Gerlocha (např. bod 70 kasační stížnosti, bod 37 repliky), není tomu tak. Tuto argumentaci vyvrátil Nejvyšší správní soud již v rozsudku z roku 2009 („Podmínka zákazu fúzí musí být dodržena v průběhu všech pěti po sobě bezprostředně jdoucích zdaňovacích období. Nestačí, aby byla splněna v tom zdaňovacím období, v němž poplatník skutečně uplatní slevu na dani. Systematický a teleologický výklad zákona pak podle mínění Nejvyššího správního soudu nepřipouští jiné výkladové varianty, a proto není dán prostor pro případné uplatnění zásady in dubio pro libertate.“). Tento svůj závěr zdejší soud následně podrobně rekapituloval a rozvedl rovněž v rozsudku z roku 2024 (body 67 až 69). K otázce případného legitimního očekávání jiného výkladu se tento soud vyjádří níže.

[60] Další nepřípustnou námitku představuje tvrzení, že žalovaný porušil § 115 odst. 2 daňového řádu, když stěžovatele po vydání rozsudku krajského soudu z roku 2016 neseznámil se změnou právního názoru. Nejvyšší správní soud v rozsudku z roku 2024 dospěl k jednoznačnému závěru, že v dané procesní situaci žalovaný nemusel stěžovatele se „změnou“ právního názoru seznamovat (body 60 až 64) a že i kdyby k porušení § 115 odst. 2 daňového řádu došlo, nemělo by to vliv na výrok rozhodnutí žalovaného (body 58 a 59). Stěžovatel nově namítá, že až po vydání rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024 „bylo zjištěno, co vše žalovaný porušením § 115 odst. 2 daňového řádu způsobil“, toto své obecné tvrzení však specifikuje pouze tím, že je nucen důkazní návrhy předkládat krajskému soudu. Tak tomu ale není, stěžovateli nic nebránilo důkazní návrhy adresovat již žalovanému ve chvíli, kdy doplňoval odvolání (30. 5. 2017). Drtivá většina stěžovatelových důkazních návrhů byla navíc krajským soudem správně vyhodnocena jako nadbytečná (viz dále). I kdyby tedy v důsledku nějakého pochybení žalovaného (k němuž nedošlo) nemohly být důkazní návrhy uplatněny včas, vzhledem k jejich irelevanci by nešlo o okolnost, která by mohla mít nějaký vliv na výrok rozhodnutí žalovaného.

[61] Obdobně již Nejvyšší správní soud v rozsudku z roku 2024 uzavřel, že „podmínka zákazu fúzí v celém období pěti po sobě bezprostředně následujících zdaňovací období [tedy právě tom období, kdy bylo možné slevu na dani uplatnit, jak plynulo z přímého odkazu v § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů, v relevantním znění, na odstavec 3 téhož ustanovení, který je podle rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009 třeba v případě daného příslibu investiční pobídky třeba interpretovat jako odkaz na § 35b odst. 4 zákona o daních z příjmů, v relevantním znění] vyplývala přímo ze zákona, nikoli z legitimního očekávání právního předchůdce žalobce“. Velká část stěžovatelovy současné kasační argumentace však přesto vychází z předpokladu, že podmínka zákazu fúzí měla vyplynout z legitimního očekávání jeho právního předchůdce, nikoli ze zákona. I tato argumentace je tedy nepřípustná.

[62] Nad rámec nutného odůvodnění Nejvyšší správní soud k této problematice poznamenává, že zákaz fúzí představoval pouze podmínku pro možnost uplatnění investiční pobídky ve formě slevy na dani, nikoli absolutní zákaz, který by úplně znemožňoval fúzi uskutečnit. Bylo na právním předchůdci stěžovatele, aby posoudil, zda je pro něj výhodnější všechny zákonné podmínky dodržet a těžit z investiční pobídky, nebo využít svých ústavně zaručených práv a provést „korporátní změny“ (jak stěžovatel fúze označoval v žalobě) i za cenu toho, že o investiční pobídku přijde. Lze připomenout, že příslib investičních pobídek byl právnímu předchůdci stěžovatele udělen na jeho žádost. Nešlo tedy o situaci, kdy by byl právní předchůdce stěžovatele do nějaké činnosti (či nečinnosti) nucen proti své vůli právními předpisy či požadavky daňových orgánů, ale o jeho vlastní iniciativu. Té mělo předcházet vyhodnocení, zda benefity investiční pobídky vyváží nutnost dodržovat jistá omezení (zasahující i do ústavních práv), či nikoli.

[63] Otázkou Nejvyšším správním soudem již zodpovězenou je rovněž prokázání legitimního očekávání právního předchůdce stěžovatele, že rozhodné období pro uplatnění slevy na dani započalo v roce 2001 a skončilo v roce 2005. Stěžovatel tuto ustálenou správní praxi daňových orgánů prokázal v řízení před krajským soudem, které vedlo k vydání rozsudku krajského soudu z roku 2016. Přímo proti tomuto rozsudku nebyla podána kasační stížnost, ovšem jeho závěry se Nejvyšší správní soud zabýval v rozsudku z roku 2024 a ztotožnil se s nimi.

[64] Ostatní kasační námitky shledal Nejvyšší správní soud přípustnými, a proto dále přistoupil k přezkoumání napadeného rozsudku v mezích rozsahu kasační stížnosti a těchto přípustných důvodů, přičemž zkoumal, zda napadené rozhodnutí krajského soudu netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.), a dospěl k závěru, že kasační stížnost není důvodná.

[65] Úvodem je vhodné poznamenat, že stěžovatel napříč svými podáními používá pojem „žalobce“ i v případech, kdy pravděpodobně hovoří o svém právním předchůdci. Nejvyšší správní soud v tomto duchu jeho podání vykládá, neboť to byl právní předchůdce stěžovatele, kdo byl příjemcem příslibu investičních pobídek a jehož daň z příjmů za zdaňovací období roku 2005 je předmětem tohoto řízení. Stěžovatel samotný vznikl až v roce 2006, je tedy zřejmé, že v období let 2001 až 2005 nemohl mít vůbec žádná očekávání, natož očekávání legitimní vztahující se k plnění podmínek investičních pobídek jinými subjekty.

[66] Nejvyšší správní soud se v prvé řadě zabýval otázkou (ne)přezkoumatelnosti napadeného rozsudku, k níž by bylo nutné přihlížet i bez námitky z úřední povinnosti. K problematice nepřezkoumatelnosti soudních rozhodnutí se ve své judikatuře tento soud již mnohokrát vyjádřil (srov. např. rozsudky ze dne 4. 12. 2003, č. j. 2 Ads 58/2003‑75, publ. pod č. 133/2004 Sb. NSS, a ze dne 18. 10. 2005, č. j. 1 Afs 135/2004‑73, publ. pod č. 787/2006 Sb. NSS). Nepřezkoumatelnost může být způsobena buďto nedostatkem důvodů, o které je rozhodnutí opřeno, anebo nesrozumitelností. Není však projevem nenaplněné subjektivní představy stěžovatele o tom, jak měl krajský soud rozhodnout, resp., jak podrobně by mu měl být rozsudek odůvodněn (srov. např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 2. 2017, č. j. 3 Azs 69/2016‑24, a ze dne 27. 9. 2017, č. j. 4 As 146/2017‑35).

[67] Stěžovatel namítá nepřezkoumatelnost předně z toho důvodu, že žalovaný ani krajský soud dostatečně určitě nesdělili, která konkrétní fúze způsobila zánik nároku na investiční pobídku. To však bylo způsobeno vnitřně rozpornou argumentací stěžovatele. Stěžovatel totiž v daňovém řízení ani v žalobě neuvedl žádné jednoznačné a určité tvrzení, kdy podle něj probíhalo pětileté období, v němž mohl jeho právní předchůdce uplatňovat slevu na dani (a zároveň měl dodržet podmínku zákazu fúzí). Pokud by stěžovatel tvrdil, že toto období započalo v roce 2005 a skončilo v roce 2009, pak by správce daně mohl ověřit, zda jeho právní předchůdce dodržel podmínku zákazu fúzí, a případně označit fúzi spadající do tohoto období, kvůli které o slevu na dani přišel. Na této úvaze bylo založeno rozhodnutí Finančního ředitelství v Ústí nad Labem z roku 2010. Naopak pokud by toto období podle stěžovatele začalo v roce 2001 a skončilo v roce 2005 (aktuální závěr žalovaného a krajského soudu, který vyplynul z rozsudku krajského soudu z roku 2016), nárok na slevu na dani by zanikl v důsledku fúze v tomto období. To však stěžovatel popírá a namítá, že před rokem 2005 nebyl povinen podmínku zákazu fúzí dodržovat. Vrací se tedy k výkladové variantě, že rozhodným obdobím, kdy mohl uplatňovat slevu na dani, bylo období let 2005 až 2009.

[68] Nejvyšší správní soud v této souvislosti zdůrazňuje, že již v rozsudku z roku 2009 uznal, že možnost poplatníka vybrat si rozhodné období, kdy bude slevu na dani uplatňovat, jde proti smyslu zákona o investičních pobídkách. Nedokonalost textu zákona však (plně v souladu s judikaturou citovanou stěžovatelem) vykládal ve prospěch daňových subjektů. Právní předchůdce stěžovatele si tedy mohl vybrat, zda bude uplatňovat slevu na dani v rozhodném období let 2001 až 2005, nebo až 2005 až 2009. Jelikož právní předchůdce stěžovatele poprvé uplatnil slevu na dani v roce 2005, Finanční ředitelství v Ústí nad Labem ve svém rozhodnutí z roku 2010 považovalo za rozhodné období 2005 až 2009 a posuzovalo splnění podmínek v tomto období. Stěžovatel však v následném soudním řízení prokázal legitimní očekávání svého právního předchůdce, dle něhož rozhodné období započalo již v roce 2001 a skončilo v roce 2005. Proto se žalovaný vrátil k předchozímu výkladu daňových orgánů a vyhodnotil plnění podmínek v tomto období. Dospěl přitom k závěru, že právní předchůdce stěžovatele v rozhodném období, kdy mohl slevu na dani uplatnit, podmínku zákazu fúzí nedodržel.

[69] Pokud se tedy stěžovatel v doplnění odvolání a žalobě opět vrátil k výkladu, dle něhož neměl povinnost dodržovat podmínku zákazu fúzí před rokem 2005 (tedy že rozhodné období započalo rokem 2005 a trvalo do roku 2009), pak opět „posunul branku“ tam, kde už jednou byla. Nelze se tedy podivovat žalovanému a krajskému soudu, že neodkazují na konkrétní jednu fúzi, ale pro úplnost vysvětlují, že podmínky zákona o daních z příjmů nebyly splněny ani v jedné výkladové variantě. Napadený rozsudek není z tohoto důvodu nepřezkoumatelný.

[70] Stěžovatel dále namítá, že krajský soud vycházel z předpokladu existence nějakého legitimního očekávání, které nebylo nikterak důkazně podloženo. Tak tomu však není. K dokazování došlo před vydáním rozsudku krajského soudu z roku 2016, v němž dospěl krajský soud k jednoznačnému závěru, že „[p]rávní předchůdce žalobce se tedy dle soudu oprávněně domníval, že toto období v jeho případě započalo běžet rokem 2001 a posledním zdaňovacím obdobím, ve kterém bylo možno uplatnit slevu na dani v souvislosti s investičními pobídkami, bylo zdaňovací období roku 2005“. Listiny, na jejichž základě krajský soud k uvedeným závěrům dospěl, vznikly v letech 2001 a 2002, nešlo tudíž o dokazování čehokoli ve vztahu k roku 2007, jak tvrdí stěžovatel. Pokud krajský soud vycházel z toho, že bylo prokázáno legitimní očekávání právního předchůdce stěžovatele ve vztahu k rozhodnému období pro uplatnění slevy na dani, tento závěr je podložen dokumenty obsaženými ve spisu a závěry rozsudku krajského soudu z roku 2016, jimiž byl krajský soud vázán.

[71] Dalším důvodem nepřezkoumatelnosti má podle stěžovatele být předpoklad krajského soudu, že podmínka zákazu fúzí vyplynula z legitimního očekávání, a nikoli ze zákona. Nic takového však krajský soud neuvádí. Naopak, krajský soud cituje mimo jiné relevantní pasáž rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024, kde je vysvětleno, že podmínka zákazu fúzí vyplývala přímo ze zákona (body 78 a 79 rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024 citované v bodech 123 a 124 napadeného rozsudku krajského soudu). Ani s touto námitkou se tedy kasační soud neztotožňuje.

[72] Nejvyšší správní soud nesouhlasí se stěžovatelem ani v tom, že by krajský soud nedostatečně vypořádal žalobní námitky, pokud k určitým otázkám pouze citoval část rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024. K tomu lze upozornit, že není úkolem krajského soudu, aby opakoval již jednou vyřčené. To platí tím spíše v situaci, kdy je krajský soud vázán právním názorem Nejvyššího správního soudu. Zdejší soud je přesvědčen, že se při svém rozhodování dosud vždy zabýval pouze otázkami, které byly předmětem dané kasační stížnosti. Právě to je také jedním z důvodů, proč nyní rozhoduje v této věci již popáté. Předchozí čtyři rozsudky kasačního soudu však vymezily velmi přesné hranice, v nichž se krajský soud mohl pohybovat. Nebylo tudíž vadou, pokud krajský soud vymezení těchto hranic formou přímé citace učinil součástí napadeného rozsudku. Jeho úkolem totiž bylo věc projednat pouze v tom rozsahu, v němž dosud nebyl formulován závazný právní názor Nejvyššího správního soudu.

[73] Dále lze poznamenat, že absence přímé reakce na každý jednotlivý argument účastníka řízení nepředstavuje nezákonnost ani nepřezkoumatelnost, pokud soud prezentuje odlišný názor, který přesvědčivě zdůvodní, a toto zdůvodnění poskytuje dostatečnou oporu výroku rozhodnutí (srov. např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 2. 2015, č. j. 6 As 153/2014‑108, a ze dne 4. 3. 2015, č. j. 8 Afs 71/2012‑161). Implicitní vypořádání námitek akceptuje rovněž Ústavní soud (viz např. nález ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08). Právě tímto způsobem krajský soud vypořádal i argumentaci, kterou stěžovatel označuje za „vícevrstevnou“. Žádná ze stěžovatelem označených „vrstev“ totiž nemůže obstát vedle závazného právního názoru Nejvyššího správního soudu, který jednoznačně vyplývá z jeho rozsudku z roku 2024. Tento soud zdůraznil, že povinnost neprovádět v rozhodném období fúze vyplývala ze zákona (což úplně vyvrací smysl argumentace, dle níž povinnost nemohla vzniknout na základě legitimního očekávání, a odsuzuje k irelevanci rovněž tvrzení, že právní předchůdce stěžovatele si před rokem 2005 nebyl vědom toho, že by neměl provádět fúze). Zdejší soud odkázal rovněž na dokazování provedené v předcházejícím soudním řízení, kde bylo prokázáno, že rozhodným obdobím bylo to, které začalo v roce 2001 a skončilo v roce 2005. Tím byla implicitně vypořádána i dílčí námitka, dle níž vůbec nebylo provedeno dokazování k legitimnímu očekávání před rokem 2005.

[74] Stěžovatel ve svém vyjádření ze dne 5. 12. 2024 z velké části pouze zopakoval argumentaci, která nebyla souladná se závazným právním názorem formulovaným v rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024. To však neznamená, že by měl krajský soud (či v nynějším řízení Nejvyšší správní soud) hledat nové odůvodnění, jímž by tuto argumentaci vypořádal. V takové situaci plně postačuje odkázat na závazný právní názor již v minulosti vyřčený.

[75] Nepřezkoumatelnost nepředstavuje ani skutečnost, že krajský soud neprovedl většinu důkazů, které stěžovatel navrhoval. Nejvyšší správní soud předně konstatuje, že krajský soud se všemi důkazními návrhy řádně zabýval a vysvětlil, proč téměř všechny odmítl. Žádný z nich zároveň neodmítl proto, že by byl navržen opožděně. Napadený rozsudek tedy není nepřezkoumatelný z důvodu, že by se krajský soud opomněl některým důkazním návrhem zabývat. Stěžovatel však tvrdí, že odmítnutí jeho důkazních návrhů vedlo k tomu, že závěry krajského soudu nejsou podloženy obsahem spisu ani provedenými důkazy. Ani s tím se však tento soud neztotožňuje. Závěry, k nimž krajský soud dospěl, vyplývaly zejména ze spisu a dále z dosavadních rozsudků správních soudů. Důkazní návrhy stěžovatele nebyly relevantní pro posouzení skutečností, z nichž krajský soud vycházel, příp. které již vyplývaly ze spisu. Mezi irelevantní skutečnosti, které se stěžovatel snažil prokázat, patřila např. vědomost tehdejšího správce daně o zániku společností, které se sloučily s právním předchůdcem stěžovatele, či otázka, jaké argumenty používal stěžovatel v dřívějších soudních řízeních. Ze spisu a předchozích rozsudků pak jednoznačně vyplývalo, že před vydáním rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2009 daňové orgány považovaly za relevantní rozhodné období let 2001 až 2005.

[76] Otázka, zda bylo třeba dodržet podmínku zákazu fúzí pouze v jednotlivém zdaňovacím období, kdy byla sleva na dani uplatněna, nebo po celé pětileté období, je otázkou právní, nikoli skutkovou. Nejvyšší správní soud ji jednoznačně zodpověděl v rozsudku z roku 2009. Nebylo tedy možné „prokázat“ nesprávnost tohoto výkladu stanoviskem prof. Gerlocha z roku 2008. K tomuto navrhovanému důkazu lze navíc poznamenat, že skutečně nebyl daňovým orgánům v daňovém řízení týkajícím se zdaňovacího období roku 2005 nikdy předložen. Stěžovatel jej dosud předkládal pouze v některých řízeních před správními soudy (v aktuálním soudním řízení navíc až po vydání rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024), do sféry žalovaného se však nikdy nedostal. Jelikož pro závěry napadeného rozsudku nebyly skutečnosti, které se stěžovatel snažil prokázat, relevantní (příp. vyplývaly ze spisu), způsob (ne)provádění důkazů nevedl k nepřezkoumatelnosti napadeného rozsudku. Nejvyšší správní soud neshledal ani žádný jiný důvod nepřezkoumatelnosti.

[77] Pokud jde o namítané uplynutí prekluzivní lhůty pro vyměření (resp. stanovení) daně, již v rozsudku z roku 2024 Nejvyšší správní soud vyhodnotil, že rozhodnutí žalovaného ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, bylo vydáno před jejím uplynutím. Stěžovatel však nově argumentuje, že právní mocí napadeného rozsudku krajského soudu došlo de facto k novému stanovení daně. V tom okamžiku totiž bylo rozhodnutí žalovaného ze dne 21. 12. 2022, č. j. 46577/22/5200-11432-709409, na základě § 124a daňového řádu, v tehdejším znění, nahrazeno jeho rozhodnutím ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891.

[78] Totožnou námitkou se Nejvyšší správní soud zabýval již v rozsudku ze dne 11. 10. 2023, č. j. 1 Afs 275/2022‑43, kde dospěl k následujícímu závěru: „Účinky rozhodnutí byly v důsledku rozsudku kasačního soudu pouze ‚obnoveny‘, avšak nedošlo tím k opětovnému stanovení daně ve smyslu § 147 odst. 1 daňového řádu, jak namítá stěžovatel. Stanovit daň může jedině správce daně postupem uvedeným v § 147 daňového řádu, a nikoliv soud ve správním soudnictví, který pouze přezkoumává zákonnost správního rozhodnutí. Rozhodnutí správce daně, které nabylo právní moci po zamítnutí odvolání žalovaným dne 29. 6. 2017, je proto nadále účinné k tomuto dni a tímto dnem také došlo k pravomocnému stanovení daně. Tím byla lhůta podle § 148 daňového řádu zachována, jak správně uzavřel krajský soud v bodě 30 napadeného rozsudku. Následné soudní řízení, ve kterém došlo k opakovanému zrušení a poté k ‚obživnutí‘ rozhodnutí žalovaného, na tomto závěru nemůže nic změnit.“ Obdobná situace nastala i v posuzované věci. Rozhodnutí žalovaného ze dne 22. 11. 2018, č. j. 51620/18/5200-11432-711891, nabylo právní moci již dne 28. 11. 2018, tedy před uplynutím prekluzivních lhůt. Jeho následné zrušení rozsudkem krajského soudu z roku 2022 a posléze jeho „obživnutí“ na základě nyní napadeného rozsudku krajského soudu na tuto skutečnost nemá vliv.

[79] Otázkou, která zbývala k posouzení po rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024, zůstalo tvrzení stěžovatele o tom, že jeho právní předchůdce měl legitimní očekávání, že nemusí dodržovat podmínku zákazu fúzí po dobu celých pěti let, kdy může uplatňovat slevu na dani, ale pouze v jednotlivých zdaňovacích obdobích, kdy ji skutečně uplatní.

[80] Obecné podmínky pro prokazování legitimního očekávání zdejší soud v projednávané věci shrnul již v rozsudku z roku 2015 (body 78 až 82). Není tedy třeba je opakovat nyní. Vzhledem k argumentaci stěžovatele však Nejvyšší správní soud shrne některá důležitá východiska.

[81] Předně je třeba zmínit, že ne každé očekávání určitého výkladu daňovým subjektem požívá právní ochrany (analogicky ke slovům stěžovatele: hypotetický omyl o tom, že daňový subjekt neměl určitou povinnost, je právně irelevantní). Musí jít o očekávání legitimní, tedy založené na ustálené, jednotné a dlouhodobé správní praxi či jednoznačném ujištění ze strany správce daně (viz níže). Krajský soud tedy nemusel stěžovateli umožnit prokázat, že jeho právní předchůdce v období 2001 až 2005 předpokládal, že výraz „období“ v § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů označoval pouze jednotlivé zdaňovací období, nikoli celé rozhodné období pěti po sobě následujících zdaňovacích období. I kdyby totiž stěžovatel své tvrzení prokázal, nevypovídalo by to nic o tom, zda jeho právní předchůdce mohl vůbec očekávat, že jeho výklad je skutečně správný (obzvlášť v situaci, kdy šlo o nový právní předpis, k němuž z povahy věci dosud nemohla existovat žádná ustálená správní praxe ani judikatura), a tím spíše by to neznamenalo, že toto jeho „očekávání“ bylo skutečně legitimní.

[82] Nejvyšší správní soud dále upozorňuje, že břemeno tvrzení i břemeno důkazní při prokazování existence správní praxe leží na osobě, která se legitimního očekávání dovolává. Bylo tedy na stěžovateli, aby prokázal, že daňové orgány skutečně uplatňovaly správní praxi, příp. jej ujistily o správnosti výkladu, jehož se domáhal. Zároveň lze poznamenat, že jde o pozitivní tvrzení o existenci něčeho (správní praxe či ujištění), nikoli negativní tvrzení, jehož prokazování je obtížné. Stěžovatel namítal, že daňové orgány jeho právnímu předchůdci nikdy nesdělily, že by měl dodržovat podmínku zákazu fúzí. Ohrazoval se proti tomu, že by měl takové negativní tvrzení prokazovat. Požadoval naopak po žalovaném, aby prokázal, že daňové orgány jeho právního předchůdce o podmínce zákazu fúzí informovaly. Odhlédneme‑li již od toho, že na nutnost dodržování podmínek podle § 35a odst. 2 zákona o daních z příjmů byl právní předchůdce stěžovatele upozorněn již v rozhodnutí o příslibu investičních pobídek, lze poznamenat, že daňové orgány neměly žádnou povinnost sdělovat právnímu předchůdci stěžovatele, jaké je znění zákona.

[83] Zároveň je třeba zdůraznit, že již v rozsudku z roku 2009 Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že zákon nepřipouštěl jiné výkladové varianty než tu, že podmínka zákazu fúzí musí být dodržena v průběhu všech pěti po sobě bezprostředně jdoucích zdaňovacích období. Pokud by tedy daňové orgány uplatňovaly správní praxi jinou, šlo by o správní praxi nezákonnou. K možnosti nezákonné správní praxe založit legitimní očekávání se tento soud vyjádřil např. v rozsudku ze dne 19. 4. 2017, č. j. 6 As 98/2016‑54: „Konečně soudní jurisprudence i sekundární literatura jsou vesměs zajedno v tom, že legitimní očekávání na straně adresátů veřejné správy mohou zpravidla založit pouze jednání a postupy, které jsou v souladu se zákonem a v jeho mezích, tedy secundum et intra legem, nikoli contra legem, a s ohledem na princip enumerativnosti státních pretenzí, resp. legality výkonu veřejné moci (čl. 2 odst. 3 Ústavy České republiky a čl. 2 odst. 2 Listiny základních práv a svobod, též § 2 odst. 1 správního řádu) ani praeter legem (viz např. citované usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu [ze dne 21. 7. 2009, č. j. 6 Ads 88/2006‑132] v odstavci 73). Nezákonná správní praxe očekávání, natož legitimní, založit nemůže, neboť nezákonnou správní praxí, jednal‑li (dosud) správní orgán mimo svou pravomoc a působnost (ultra vires), nemůže být správní orgán do budoucna vázán. To je nepochybně správné obecné východisko, v konkrétních případech však nemusí být situace tak jednoznačná. To, že správní orgán jednal ultra vires, nemusí být vzhledem k narůstající složitosti a nepřehlednosti právního řádu zdaleka zřejmé ani samotnému správnímu orgánu a adresátům jeho aktů, až do doby, než na to sofistikovaným výkladem právních předpisů nepřijdou vyšší soudy. Nelze vyloučit, že i jednání, jež je nakonec shledáno jednáním ultra vires, může v konkrétní situaci (šlo‑li např. o dlouhodobou a dosud nikým a nijak nezpochybňovanou správní praxi nebo akty, které se zřetelně neprotiví ustanovení zákona nebo soudní judikatuře a které nebyly vyvolány, vydány nebo udržovány korupcí nebo jiným trestným nebo nepoctivým jednáním úředních osob či na základě nepravdivých, nesprávných či neúplných údajů) založit na straně adresáta veřejné správy očekávání, jemuž bude zcela výjimečně, při absenci konkurujícího závažného veřejného zájmu, poskytnuta v zájmu obecné spravedlnosti a alespoň do určité míry soudní ochrana.“ Nejvyšší správní soud v citovaném rozsudku rovněž připustil, že legitimní očekávání může kromě dlouhodobě ustálené správní praxe založit i jednorázové ujištění správního orgánu adresované omezenému okruhu účastníků určitých právních vztahů, obzvláště tehdy, pokud jde o ujištění ústředního orgánu státní správy, který je v daném oboru nejvyšší správní autoritou.

[84] Vysoké požadavky na kvalitu prokázání správní praxe či ujištění v případě, kdy má jít o výklad v rozporu se zákonem, je plně v souladu s obecným logickým principem, který pro silná tvrzení vyžaduje silné důkazy. Aby tedy mohl postup daňových orgánů v posuzované věci založit legitimní očekávání právního předchůdce stěžovatele o tom, že nebylo třeba dodržet podmínku zákazu fúzí po celé rozhodné období, kdy bylo možné uplatnit slevu na dani, musela by být prokázána dlouhodobá a nikým nezpochybňovaná správní praxe, příp. jednoznačné a výslovné ujištění (ideálně ze strany orgánu, jemuž lze přičítat určitou odbornou autoritu a vliv na metodické vedení daňových orgánů). Stěžovatel k prokázání svých tvrzení o ujištění ze strany daňových orgánů navrhl jako důkaz protokol Finančního úřadu v Litvínově ze dne 24. 5. 2005, č. j. 26934/05/207930/0334, o ústním jednání při místním šetření. Krajský soud tento důkaz provedl.

[85] Stěžovatel namítá, že žalovaný měl k protokolu přihlédnout v rámci volného hodnocení důkazů jako k něčemu, co „při správě daní vyšlo najevo“. Vůbec však nevysvětluje, jak se měl žalovaný o protokolu vůbec dozvědět, když měl k dispozici pouze část daňového spisu stěžovatele, která se týkala daně z příjmů právnických osob jeho právního předchůdce za zdaňovací období roku 2005. Měl‑li stěžovatel pocit, že je tento dokument pro projednávanou věc relevantní, nic mu nebránilo navrhnout jej k důkazu již v rámci řízení před žalovaným. Nelze ale spravedlivě požadovat po žalovaném, aby ze své iniciativy vyžádal od správce daně dokumenty, o jejichž existenci ani nemohl vědět. S námitkou, že žalovaný existenci protokolu stěžovateli zatajil, se tedy Nejvyšší správní soud neztotožnil.

[86] Průběh jednání je v protokolu rozdělen na dvě části označené ad 1) a ad 2). V části ad 1) správce daně uvádí: „Správce daně v rámci místních šetření prověřoval splnění zvláštních podmínek u investiční pobídky ‚sleva na dani z příjmů‘ dle ustanovení § 35a odst. 2 zákona o daních z příjmů, které dle § 35b odst. 6 zákona o daních z příjmů platí obdobně i pro § 35b. Daňový subjekt v podaných daňových přiznáních za zdaňovací období roku 2001, 2002 a 2003 neuplatňoval ‚slevu na dani‘ dle § 35b zákona o daních z příjmů. Daňový subjekt za zmíněné zdaňovací období vykazoval daňovou ztrátu.“ V části ad 2) je podrobněji popsáno, jaké podmínky zákona o investičních pobídkách správce daně posuzoval a že vycházel z materiálu „Stav investičních pobídek ve společnosti CHEMOPETROL, a.s.“ ze dne 21. 5. 2004. Následuje tabulka, kde jsou vyjmenována jednotlivá ustanovení zákona o investičních pobídkách a u každého z nich je uvedeno konkrétní datum kontroly a výsledek kontroly (vždy „splněno“). V závěru protokolu je konstatováno: „Společnost CHEMOPETROL, a.s. splnila podmínky pro poskytnutí investiční pobídky ‚sleva na dani z příjmů‘.“

[87] Podle § 35a odst. 2 zákona o daních z příjmů, v relevantním znění, „[z]vláštními podmínkami, za kterých lze uplatnit slevu na dani podle odstavce 1, jsou

a) poplatník využije v nejvyšší možné míře všech ustanovení tohoto zákona ke snížení základu daně, a to zejména uplatněním

všech odpisů podle § 26 až 33; v období uplatňování slevy nelze odpisování přerušit (§ 26 odst. 8), stanovení způsobu odpisování podle tohoto zákona provede poplatník,
opravných položek k pohledávkám podle zvláštního právního předpisu,
odpočtu daňové ztráty nebo její části podle § 34 odst. 1 v nejbližším zdaňovacím období, kdy je vykázán základ daně,

b) poplatník bude u hmotného investičního majetku, s výjimkou nemovitostí, pořízeného v rámci poskytnutých investičních pobídek, prvním vlastníkem na území České republiky; to se nevztahuje na majetek nabytý v rámci zpeněžení konkurzní podstaty podle zvláštního právního předpisu; tento majetek se nepovažuje za součást investičních prostředků podle zvláštního právního předpisu,

c) poplatník v období, za které může uplatnit slevu na dani podle odstavce 3, nebude zrušen, nebude vůči němu zahájeno konkurzní řízení, nebo se s ním nesloučí jiný subjekt,

d) poplatník nezvýší základ pro výpočet slevy obchodními operacemi ve vztazích s ekonomicky nebo personálně propojenými osobami, nebo blízkými osobami (§ 23 odst. 7) způsobem, který neodpovídá ekonomickým principům běžných obchodních vztahů, nebo převodem části majetku výše uvedených osob, který u nich bude mít za následek snížení základu daně.“.

[88] V protokolu o místním šetření není uvedeno, že by se správce daně některými z podmínek § 35a odst. 2 zákona o daních z příjmů skutečně zabýval. Pouze konstatoval, že sleva na dani ve zdaňovacích obdobích let 2001 až 2003 nebyla uplatněna, protože daňový subjekt vykazoval daňovou ztrátu. Naproti tomu v případě podmínek dle zákona o investičních pobídkách správce daně konkrétně uvedl, z jakých podkladů vycházel, kdy kontrolní úkony u právního předchůdce stěžovatele prováděl a k jakým dílčím výsledkům dospěl. Protokol tedy nejenže neprokazuje, že by správce daně ujistil právního předchůdce stěžovatele o tom, že není povinen dodržovat podmínku zákazu fúzí, ale neprokazuje ani to, že by správce daně při zaznamenaném místním šetření skutečně ověřoval splnění dílčí podmínky podle § 35a odst. 2 písm. c) zákona o daních z příjmů (nejsou uvedena data, kdy by takovou činnost měl provádět, její výsledek ani podklady, z nichž by při takovém ověřování vycházel).

[89] Námitkou legitimního očekávání v souvislosti s výsledkem předchozích kontrolních postupů správce daně se Nejvyšší správní soud zabýval např. v rozsudku ze dne 13. 10. 2023, č. j. 5 Afs 193/2022‑41, kde dospěl k následujícímu závěru:

„Legitimní očekávání může zpravidla založit ustálená, jednotná a dlouhodobá činnost (příp. i nečinnost) orgánů veřejné správy, která opakovaně potvrzuje určitý výklad a použití právních předpisů (viz usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 7. 2009, č. j. 6 Ads 88/2006‑132, č. 1915/2009 Sb. NSS).

Legitimní očekávání však může být založeno též individuálním ujištěním, které však musí být dostatečně konkrétní a určité (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 8. 2012, č. j. 1 Afs 15/2012‑38, č. 713/2012 Sb. NSS, a na něj navazující judikaturu). Nejvyšší správní soud poznamenává, že se uvedený rozsudek, jakož i na něj navazující judikatura, sice týká specifické otázky legitimního očekávání příjemců dotací při uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně, nicméně zdejší soud již připustil použití uvedeného závěru například i v oblasti správního trestání, není totiž ‚důvodu se od uvedených východisek odchýlit, neboť se týkají výkladu podmínek, za nichž lze na základě předchozího individuálního postupu orgánu veřejné moci nabýt legitimní očekávání o neporušení povinností, které je dotčený subjekt povinen dodržovat‘ (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 5. 2023, č. j. 1 As 195/2022‑30).

Nejvyšší správní soud je přesvědčen, že tato východiska lze použít i v nyní posuzované věci, která se ostatně svou povahou blíží řízení o uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně více než oblast správního trestání. Základní logika věci totiž zůstává stále stejná: osoba může nabýt legitimního očekávání zpravidla z dlouhodobé ustálené rozhodovací praxe, a pokud taková praxe k dané otázce není, a vychází‑li se tedy z jediného či několika mála případů, musí být přítomen jiný aspekt, který dlouhodobost rozhodování nahradí, a to právě ujištění, z něhož vyplývá, že se správní orgán konkrétní situací zabýval, právně ji posoudil a výslovně potvrdil, že dospěl k závěru svědčícímu ve prospěch subjektu.

Při pohledu na posuzovaný případ tímto prismatem je zřejmé, že by stěžovateli mohlo legitimní očekávání ohledně způsobu vedení daňové evidence vzniknout jedině, pokud by se jí při daňové kontrole zdaňovacího období roku 2013 správce daně detailně zabýval, tato evidence by byla vedena skutečně zcela stejně jako v posuzovaném zdaňovacím období a správce daně by výslovně potvrdil, že z této daňové evidence jsou seznatelné veškeré relevantní informace. Jen stěží si pak lze představit konkrétní ujištění, že stěžovatel prokazatelně prodával zboží se stálou 30% obchodní přirážkou – takové ujištění by se vztahovalo pouze k roku 2013 a stěžovatel v roce 2016 bezesporu mohl přirážku změnit. Každopádně však pouhé provedení daňové kontroly bez jakéhokoliv vyjádření k daňové evidenci, tj. pouhé nerozporování její průkaznosti, nemohlo stěžovateli založit legitimní očekávání, že při další daňové kontrole nebude daňová evidence shledána neprůkaznou.“

[90] K obdobným závěrům Nejvyšší správní soud dospěl i v posuzované věci. Z předloženého protokolu Finančního úřadu v Litvínově v žádném případě neplyne, že by správce daně vzal v úvahu všechny relevantní okolnosti (neuvedl, že zohlednil fúze z let 2003 a 2004), zabýval se jimi a vědomě ujistil právního předchůdce stěžovatele o určitém výkladu (nesdělil, že fúze z let 2003 a 2004 vůbec nebyly relevantní nebo že podmínku zákazu fúzí je třeba dodržovat pouze ve zdaňovacím období, kdy daňový subjekt skutečně uplatnil investiční pobídku). Navíc jde o protokol vyhotovený prvostupňovým správcem daně, za který se jednání účastnily pouze dvě řadové pracovnice kontrolního oddělení. I kdyby tedy k nějakému výslovnému a jednoznačnému ujištění došlo (což se nestalo), takové ujištění by patrně nedosahovalo dostatečné váhy, aby založilo skutečně legitimní očekávání o správnosti výkladu, který byl v rozporu se zákonem.

[91] Ani žádný jiný důkaz z těch, které stěžovatel v řízení před krajským soudem navrhoval, nemohl prokázat, že by daňové orgány skutečně aplikovaly výklad, dle něhož právní předchůdce stěžovatele neměl povinnost dodržovat podmínku zákazu fúzí po celou dobu, kdy mohl uplatňovat slevu na dani. Svědecká výpověď osoby, která se za právního předchůdce stěžovatele účastnila jednání zaznamenaného v protokolu, by sama o sobě nemohla prokázat, jaká byla správní praxe, příp. že došlo k určitému (a jakému přesně) ujištění ze strany pracovníků daňové správy. Souhlasy správce daně s výmazy zanikajících subjektů mohly prokázat pouze to, že tyto subjekty neměly žádné nevypořádané daňové povinnosti. Správce daně však nemohl svůj souhlas odepřít pouze z toho důvodu, že se právní předchůdce stěžovatele rozhodl podmínky investiční pobídky nedodržet (což bylo jeho plné právo).

[92] Obdobně ani právní argumentace, již stěžovatel používal v předcházejících soudních řízeních, nikterak neprokazovala, že byla založena na legitimním očekávání jeho právního předchůdce. Stejně tak nemohlo k legitimnímu očekávání přispět ani stanovisko prof. Gerlocha, které bylo vyhotoveno až v roce 2008 (na „očekávání“ právního předchůdce stěžovatele v letech 2001 až 2005 tedy nemohlo mít žádný vliv). Stanoviska Ministerstva financí byla již obsažena v daňovém spisu, žalovaný i správní soudy z nich vycházeli při posouzení legitimního očekávání právního předchůdce stěžovatele, dle něhož rozhodné období začalo již v roce 2001. V těchto dokumentech však nebyla žádná zmínka o tom, že by právní předchůdce stěžovatele nemusel dodržovat zákonnou podmínku zákazu fúzí v celém období pěti po sobě bezprostředně následujících zdaňovací období. Krajský soud tedy postupoval správně, když navržené důkazy neprovedl, a nehodlá je provádět ani Nejvyšší správní soud.

[93] Z výše uvedeného vyplývá, že stěžovatel neprokázal, že by jeho právnímu předchůdci vzniklo legitimní očekávání, že není nutné dodržovat podmínku zákazu fúzí po celé rozhodné období, kdy je možné uplatnit investiční pobídku ve formě slevy na dani. Nedošlo tudíž k žádné změně skutkového stavu, která by mohla vést k revizi závěrů rozsudku Nejvyššího správního soudu z roku 2024.

[94] Závěrem Nejvyšší správní soud poznamenává, že daňové orgány nevykládaly právní normy pouze v neprospěch stěžovatele. Naopak, v jeho prospěch vyložily otázku začátku rozhodného období (právní předchůdce stěžovatele si mohl vybrat, kdy uplatňování slevy na dani zahájí) a zároveň zohlednily i legitimní očekávání právního předchůdce stěžovatele, že rozhodné období začalo již v roce 2001 a skončilo v roce 2005. „Protichůdná“ rozhodnutí soudů a částečně i celková délka řízení plynou zejména ze změn právní argumentace ze strany stěžovatele (a vázanosti správních soudů žalobní, resp. kasační argumentací). Jak tento soud upozornil v rozsudku z roku 2024, účastník řízení se nemůže domáhat výhod určitého právního výkladu a zároveň popírat nevýhody, které s sebou takový výklad neoddělitelně přináší.

IV. Závěr a náklady řízení

[95] Nejvyšší správní soud neshledal kasační stížnost důvodnou, a proto ji v souladu s § 110 odst. 1 s. ř. s. zamítl.

[96] O nákladech řízení o kasační stížnosti rozhodl Nejvyšší správní soud podle § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. Žalovaný měl ve věci úspěch, náleželo by mu tedy vůči neúspěšnému stěžovateli právo na náhradu nákladů, které v řízení důvodně vynaložil. Žalovanému však v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec běžné administrativní činnosti nevznikly, proto mu soud jejich náhradu nepřiznal.

Poučení:

Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné (§ 53 odst. 3, § 120 s. ř. s.).

V Brně dne 15. srpna 2025

JUDr. Jakub Camrda

předseda senátu