52 Af 17/2024 - 104 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	52 Af 17/2024 - 104
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	18. 6. 2025
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

žalobkyně: KOH-I-NOOR PONAS s.r.o., IČ 150 35 964

sídlem Na Vyšehradě 1091, 572 01 Polička

zastoupené advokátem Mgr. Radkem Jamborem

sídlem Benešova 36, 586 01 Jihlava

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, IČ 720 80 043

sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno

v řízení o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 24. 5. 2024, č. j. 12559/24/5200-11433-713211

takto:

I. Žaloba se zamítá.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

Předmětem této věci je především posouzení průkaznosti vykazování mzdových nákladů podnikatelského subjektu v oboru nástrojářství forem v souvislosti s uplatněním daňového zvýhodnění při vynakládání nákladů na výzkum a vývoj. Jedná se o oblast daně z příjmů právnických osob.

I. Podstata věci

Žalobou napadeným rozhodnutím žalovaný zamítl odvolání žalobkyně a potvrdil dvě rozhodnutí Finančního úřadu pro Pardubický kraj, Územní pracoviště ve Svitavách (dále jen „správce daně“) ze dne 11. 8. 2023, a to (i) dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob (dále jen „DPPO“) za zdaňovací období od 1. 1. 2019 do 31. 12. 2019 a (ii) dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2020 do 31. 12. 2020. Prvně uvedeným platebním výměrem za období roku 2019 byla žalobkyni doměřena daň ve výši 619 780 Kč a stanoveno penále ve výši 20 %. Druhým platebním výměrem za období roku 2020 byla žalobkyni doměřena daň ve výši 1 691 760 Kč a stanoveno penále ve výši 20 %. Doměřená daň souvisela s odečitatelnou položkou od základu daně ve smyslu ustanovení § 34 odst. 4 zákona č. 582/1992 Sb., o daních z příjmů (dále jen „ZDP“), tedy s výdaji (náklady) vynaloženými při realizaci projektů výzkumu a vývoje (dále také jen „VaV“).
Důvody pro doměření daně v obou zdaňovacích obdobích let 2019 a 2020 byly prakticky totožné. Správce daně v průběhu daňové kontroly zaměřené na posouzení oprávněnosti odpočtu na podporu výzkumu a vývoje za zdaňovací období 2019 a 2020 dospěl k závěru, že žalobkyně evidenci mzdových nákladů nevedla dostatečně průkazně, jak požaduje zákonná úprava. Takto nedostatečně vedená oddělená evidence neumožnila zjistit rozsah práce odvedené na jednotlivých projektech – 17 projektů v roce 2019 a 45 projektů v roce 2020. Správce daně rovněž napadl způsob výpočtu osobních nákladů při použití roční průměrné mzdy jednotlivých pracovníků, poukázal též na nesprávně vypočtenou hodnotu hodinové sazby, a to ve vztahu k nezahrnutí dnů čerpání dovolené a jiného volna pracovníků.
Správce daně zjistil nepřesnosti výše vykázaných hodin odpracovaných jednotlivými pracovníky na projektech VaV. Z uvedených důvodů správce daně neuznal ani u jednoho z projektů, byť i část vykázaných mzdových nákladů, neboť zjištěné nepřesnosti a jejich charakter neumožnily přistoupit ani k částečnému uznání osobních nákladů. Vzhledem k tomu, že žalobkyní vykázané osobní náklady (správcem daně neuznané) byly využity při výpočtu dalších režijních nákladů VaV za obě období let 2019 a 2020, tak správce daně v odpovídající výši ponížil i uplatněné režijní náklady. Správce daně nehodnotil projekty VaV z pohledu přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty.
Ve zprávě o daňové kontrole o celkem 89 stranách, jež představuje odůvodnění dodatečných platebních výměrů, správce daně reagoval na vyjádření žalobkyně ke kontrolním zjištěním. Nesouhlasil s tím, že je na místě doplnit dokazování spočívající ve vyslechnutí zaměstnanců, předložení pracovních smluv a číselníků pracovišť. Rovněž odůvodnil, proč není na místě přehodnotit závěry kontroly nedostatků vykazování mzdových nákladů. Byly tak vydány dva dodatečné platební výměry na DPPO.
Žalovaný posléze podané odvolání proti oběma platebním výměrům napadeným rozhodnutím zamítl. Popsal průběh daňové kontroly, nejen odkazem na zákonnou úpravu a stálou judikaturu Nejvyššího správního soudu (dále též jen „NSS“) zdůraznil především nutnost prokazatelnosti a kontrolovatelnosti reálných nákladů uplatněných v souvislosti s VaV. Vypořádal odvolací námitky, které navazovaly na výhrady žalobkyně vznesené již před správcem daně.

II. Obsah žaloby

Žalobkyně podala proti rozhodnutí uvedenému v záhlaví tohoto rozsudku včasnou žalobu, ve které uvedla následující námitky.
Žalobkyně nesouhlasila se závěrem žalovaného a správce daně, že jí vedená evidence mzdových nákladů vynaložených na VaV projekty byla vedena nedostatečně, nesprávně a neprůkazně. K označeným pochybením uvedla, že se jednalo o jedno či více drobných administrativních pochybení. Vedená evidence obsahuje jednoznačné určení mzdových výdajů a rozhodně umožňuje přezkum oprávněnosti daňového odpočtu.
V této souvislosti žalobkyně součástí žaloby učinila rekapitulaci a osvětlení vykazovaných nákladů k pěti konkrétním zaměstnancům za vybrané měsíce. Tím se snažila vyvrátit nepřesnosti identifikované správcem daně a žalovaným. Připojila tabulku, ze které lze zjistit, na jakých činnostech a v jakém rozsahu se zaměstnanci podíleli.
Setrvala na tom, že využití ročních průměrů hodinových sazeb zapojených zaměstnanců pro účely výpočtu osobních nákladů je vyhovující, může být dokonce výhodnější než použití průměrů měsíčních. Důvodem je například vhodnější zohlednění odměn vyplácených zaměstnancům, které se vztahují k celému roku. Obdobné dopady má případné zohlednění nemocenské, které může zásadně ovlivnit měsíční vykazování, zatímco při použití ročního průměru nedojde k významným odchylkám.
V opozici k žalovanému a správci daně setrvávala na tom, že zahrnutí doby svátků a dovolených do výpočtu pro stanovení hodinové sazby není na místě. Postup zastávaný správcem daně není logický a je v rozporu s tím, jak zaměstnavatelé potřebují mít přehled o tom, jaké mají náklady na zaměstnance. Zákon nestanovuje žádný konkrétní postup vykazování, je tedy na daňovém subjektu, jaký postup zvolí, což mu nemůže být kladeno k tíži.
V námitkách též zmínila význam pokynu D-288, který rovněž nestanoví jakoukoli konkrétní podobu oddělené evidence nákladů na VaV. Pokynem nemohou být stanoveny povinnosti nad rámec zákona. Zmínila judikaturu Nejvyššího správního soudu vztahující se k pokynu a rovněž v oblasti výkladu zákona při existenci nejasností či více možností výkladu.
Závěrem navázala na své předchozí námitky k vykazování mzdových nákladů a vyjádřila nesouhlas s tím, že v návaznosti na nesprávné neuznání mzdových nákladů jí též byla neuznána poměrná část režijních nákladů na obě období let 2019 a 2020. Režijní náklady byly vypočteny též dle sporně uplatněných mzdových nákladů.

III. Vyjádření žalovaného

Žalovaný s žalobou nesouhlasil. Setrval na závěru, že evidence nákladů nebyla žalobkyní vedena řádně a dostatečně průkazně. Odmítl tvrzení, že pochybení vykázání hodin bylo shledáno jen u jednoho zaměstnance, nepřesnosti byly shledány u více pracovníků. Vykázané hodiny přesahovaly hodiny odpracované. Při vykazování je třeba klást prioritu na skutečně vynaložené náklady, využití ročních průměrů vede k nezanedbatelným nepřesnostem, což má za následek odchýlení se od skutečných hodnot. Vymezil se proti polemice žalobkyně související s (ne)započítáváním doby dovolené a svátků. Nesouhlasil s tím, že závěr o nikoli řádném vedení evidence nákladů na mzdy byl způsoben tím, že správce daně nepochopil, jakým způsobem byla evidence vedena. Bylo totiž shledáno velké množství nesrovnalostí.
I když žalobkyně v žalobě dokládá měsíční přehledy několika zaměstnanců, nic to nemění na tom, že evidence jako celek vykazuje více různých závažných nesrovnalostí, na což poukázal správce daně ve zprávě o daňové kontrole. Evidence mzdových nákladů tudíž není věrohodná. Žalovaný nevyžaduje po žalobkyni vedení přesně stanovené určité evidence, nýbrž toliko evidence, která bude kontrolovatelná, průkazná a odrážející realitu. Evidované náklady musí umožňovat propojení s jednotlivými účetními doklady, což u žalobkyně není splněno. Žalovaný se rovněž vyjádřil k charakteru Pokynu D-288. Z tohoto pokynu však správce daně ani žalovaný nevyvodili vůči žalobkyni jakékoli konkrétní požadavky či povinnosti nad rámec zákona. Identifikované nedostatky evidence byly založeny na požadavcích plynoucích ze zákona a též judikatury správních soudů. Důkazní břemeno spojené s prokázáním uplatněných nákladů nese daňový subjekt. Závěrem žalovaný odmítl požadavek příznivějšího výkladu právní normy, neboť právní úprava předmětného odpočtu je jednoznačná a plyne ze zákona, což podporuje i ustálená judikatura správních soudů.

IV. Posouzení věci soudem

Krajský soud v řízení vedeném podle ust. § 65 a násl. zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, v platném znění (dále jen „s. ř. s.“), přezkoumal žalované rozhodnutí v mezích žalobních bodů, přičemž dospěl k následujícím skutkovým a právním závěrům.
Žaloba není důvodná.

IV.a Právní úprava a východiska k posouzení věci soudem

Jak soud shora uvedl, nynější věc se týká posouzení uznatelnosti položky odčitatelné od základu daně v rámci zdanění daní z příjmů právnických osob ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Podstatou sporu mezi žalobkyní a žalovaným je především aplikace shora uvedeného ustanovení a v návaznosti na to otázka, zda žalobkyně část výdajů (nákladů) vynaložených dle jejích tvrzení ve smyslu § 34b odst. 1 ZDP, tedy mzdové náklady, dostatečně řádně a průkazně evidovala odděleně od ostatních výdajů.
V rámci soudního přezkumu před správními soudy obecně platí, že smyslem a účelem správního soudnictví je přezkum rozhodnutí správních orgánů. Soudy nemají povinnost za každých okolností budovat své vlastní závěry. Pokud soud se závěry správních orgánů souhlasí, přičemž rozhodnutí v prvním stupni a napadené rozhodnutí tvoří pro účely přezkumu jeden celek, je soudu umožněno, aby odkázal na důvody a odůvodnění rozhodnutí správních orgánů, pokud tyto obstojí. Úkolem soudu nemá být vytvářet další důvody a nabalovat text odůvodnění k zákonným závěrům (pokud je naplněno), jež přijaly správní orgány. Shora uvedené pak především platí za situace, kdy žalobní námitky opakují, či jen neznatelně obměňují odvolací důvody ze správního řízení. Není úkolem soudu ve správním soudnictví dokola opakovat jednou vyřčené, a proto se může krajský soud v případech shody mezi názorem soudu a odůvodněním žalobou napadeného rozhodnutí odkazovat na toto odůvodnění (srov. např. rozsudek NS ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005-130 publikovaný pod č. 1350/2007 Sb. NSS, či rozsudky téhož soudu ze dne 2. 7. 2007, č. j. 4 As 11/2006-86, a ze dne 29. 5. 2013, č. j. 2 Afs 37/2012-47).
V nyní projednávané věci je tomu tak, že žalobní námitky vznesené žalobkyní byly z převážné části vypořádávány v odvolacím řízení žalovaným. Krajský soud po přezkumu věci neshledal, že by závěry správce daně a posléze žalovaného byly v rozporu s odpovídajícími zjištěními učiněnými v rámci daňové kontroly. Rovněž právní posouzení bylo vedeno správným směrem. Nadto, správce daně i žalovaný se dostatečně vyjádřili k námitkám žalobkyně vzneseným v průběhu řízení, a to při odpovídající aplikaci rozložení důkazního břemene.
Podle § 24 odst. 1 ZDP výdaje (náklady) vynaložené na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů se pro zjištění základu daně odečtou ve výši prokázané poplatníkem a ve výši stanovené tímto zákonem a zvláštními předpisy. Ve výdajích na dosažení, zajištění a udržení příjmů nelze uplatnit výdaje, které již byly v předchozích zdaňovacích obdobích ve výdajích na dosažení, zajištění a udržení příjmů uplatněny. Pokud poplatník účtuje v souladu se zvláštním právním předpisem některé účetní operace kompenzovaně, posuzují se náklady, jejichž uznatelnost je limitována výší příjmů s nimi souvisejících, obdobně jako by byly účtovány odděleně náklady a výnosy.
Podle § 34 odst. 4 ZDP, ve znění účinném ode dne 1. 1. 2015, lze od základu daně odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání.
Podle § 34a odst. 1 ZDP, ve znění účinném ode dne 1. 4. 2019, odpočet na podporu výzkumu a vývoje činí součet

a) 100 % výdajů vynaložených v období na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu, které nepřevyšují úhrn výdajů vynaložených v rozhodné době na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu, a

b) 110 % výdajů vynaložených v období na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu, které převyšují úhrn výdajů vynaložených v rozhodné době na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu.

Podle § 34b odst. 1 písm. c) ZDP výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu se rozumí výdaje (náklady), které jsou evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů).
Nejen z judikatury Nejvyššího správního soudu se podává, že odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4 ZDP je výjimkou ze základního daňového principu, podle něhož lze výdaj (náklad) v základu daně uplatnit u téhož poplatníka pouze jednou (§ 24 zákona o daních z příjmů). O výdaje uplatněné v rámci odpočtu na výzkum a vývoj si totiž poplatník již jednou snížil základ daně a výdaje uplatňuje podruhé podle § 34 odst. 4 téhož zákona. Jedná se tak de facto o daňový bonus. To poplatníka zvýhodňuje oproti jiným subjektům na trhu a poskytuje mu tak zcela viditelnou konkurenční výhodu. Tato skutečnost již sama o sobě odůvodňuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání oprávněnosti odpočtu. Jde-li o nadstandardní benefit, musí daňový subjekt vycházet z toho, že po něm může být požadováno prokázání splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených (srov. rozsudky NSS z 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017-53, bod 19, z 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018-52, bod 19, a z 10. 6. 2021, č. j. 10 Afs 338/2020-45, bod 18, a usnesení Ústavního soudu z 20. 1. 2015, sp. zn. II. ÚS 3565/14, bod 10).
Je tak zřejmé, že bylo na místě po daňovém subjektu žádat, aby především náležitou evidenci spojenou s vykazováním nákladů vynaložených na výzkum a vývoj vedl dostatečně průkazně a řádně. Tedy tak, aby bylo možné bez složitých kroků vykazované náklady ověřit, a tedy bez dodatečně propojovaných dalších dokumentů či až případně s pomocí výpovědí osob. Přesný způsob vedení evidence zákon nestanoví a prakticky ani nemůže, s tím ostatně žalobkyni seznámil žalovaný. Každý subjekt volí svůj způsob evidence v závislosti na svých potřebách, způsobu a typu podnikání. Jde tak primárně o povinnost dokladovou, kterou volí daňový subjekt. Je však třeba, aby evidence byla odpovídající požadavkům, hodnověrná a odrážející realitu.
Daňové orgány i v dané věci správně kladly důraz na to, že uplatnění odčitatelné položky na VaV je možné pouze při bezchybném a kumulativním splnění všech zákonem stanovených podmínek. Zjištění jediného nedostatku znamená neuznání celého nárokovaného odpočtu (srov. např. rozsudky NSS ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016-20, ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020-40 a ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021-57).

IV.b. Vypořádání jednotlivých žalobních námitek

(Ne)dostatečnost vedené mzdové evidence

Nejzásadnější a též nejšířeji pojatou námitkou žalobkyně byl její nesouhlas s vyhodnocením správce daně a žalovaného o tom, že evidence mzdových nákladů na projektech VaV za obě období nebyla vedena řádně, a tedy dostatečně průkazně. V této souvislosti žalobkyně uváděla, že daňové orgány nesprávně vyhodnotily vedenou mzdovou evidenci, jejíž přesná podoba nadto není stanovena závazným předpisem. Je tak na místě, aby soud zkraje vymezil požadavky na evidenci, jenž plynou ze zákonné úpravy.
K náležitostem evidence se opakovaně vyjádřil ve své judikatuře Nejvyšší správní soud. Například z rozsudku NSS ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021-57, plyne, že: „Jak vyplývá z výše citovaného § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů [resp. nyní z § 34b odst. 1 písm. c) tohoto zákona], výdaje (náklady) na výzkum a vývoj musejí být evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) poplatníka.“ Dále lze dodat, že smyslem oddělené evidence je „vytvoření úplného soupisu všech výdajů (nákladů) vynaložených daňovým subjektem při realizaci projektu výzkumu a vývoje, přičemž již ze samotné evidence musí být dostatečně patrna návaznost na konkrétní výdaj (náklad) vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje. Identifikace jednotlivých výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být natolik jednoznačná, aby nemohly vzniknout pochybnosti, který z jednotlivě vynaložených výdajů (nákladů) je do evidence zahrnut, tj. na základě evidence musí být možno jednoznačně oddělit jednotlivé výdaje (náklady) vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje od ostatních výdajů (nákladů) daňového subjektu, které s projektem výzkumu a vývoje nesouvisí. Identifikace výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být takového charakteru, aby na jejím základě bylo možno propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady)“ (rozsudek NSS ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016-51).
Účelem citované úpravy tak zcela jistě je, aby podruhé uplatněné náklady (viz zmínka daňového benefitu shora v bodě 25) bylo možné při kontrole v maximální možné míře propojit právě s náklady skutečně vynaloženými. Skutečně vynaložené náklady je nutno bez pochyb prokázat. Současně platí, že při plnění náležitostí § 34 odst. 4 a § 34b odst. 1 písm. c) ZDP tíží důkazní břemeno daňový subjekt.
Daňová kontrola byla u žalobkyně zahájena dne 7. 12. 2021. Ještě před zahájením kontroly v rámci vyhledávací činnosti poskytovala žalobkyně doklady vztahující se k odpočtu na podporu VaV. Po samotném zahájení kontroly s výzvou k předložení podkladů adresoval správce daně žalobkyni dvě výzvy (březen a říjen 2022) k prokázání skutečností, které obsahovaly požadavky související s řádným prokázáním mzdových nákladů. Především druhá výzva z 19. 10. 2022 obsahovala výslovně formulované požadavky správce daně na předložení evidenčních podkladů ke mzdovým nákladům. Po výzvě následovalo protokolované ústní jednání dne 16. 3. 2023. Je tak na místě uzavřít, že žalobkyně byla správcem daně dostatečně vedena k tomu, aby své důkazní břemeno unesla.
Při vyhodnocení doložených podkladů správce daně a poté i žalovaný učinili závěr, že žalobkyní vedená mzdová evidence vztahující se k pracovní činnosti na projektech VaV nesplňuje kritérium přehlednosti a prokazatelnosti. Evidence ve formě mzdových listů k vyhodnocení nákladů nepostačuje, k hodnověrnému a prokazatelnému ověření nevede použití ručně vedených výkazů práce jednotlivými zaměstnanci, ani následně zpracované měsíčná výkazy práce. V několika případech chybí popis práce, u vybraných zaměstnanců vyhodnocení vykázaných hodin na projektech VaV přesáhlo objem pracovní doby strávené zaměstnancem na pracovišti. Již tyto nedostatky vedou k zásadnímu zpochybnění evidence žalobkyně. Nedostatky evidence žalovaný ilustroval též u zaměstnance Petra Bednáře, kdy došlo k tomu, že náklady vykázané na práce na projektu přesáhly superhrubou mzdu.
Jelikož správce daně zjistil více nedostatků, nemůže obstát námitka žalobkyně, že celkové vyhodnocení daňových orgánů není správné, neboť měly přihlédnout k tomu, že se jednalo o jednotlivá a drobná administrativní pochybení. Soud za dané situace a při zjištění více nedostatků popsaných ve zprávě o daňové kontrole nemusí zkoumat kvalitu dalších zjištěných rozporů v evidenci žalobkyně.
K tvrzení o rozlišení nevedení evidence a evidence vedené, nikoli však průkazné, soud uvádí, že z rozsudku NSS ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018-41, je pak zřejmé, že je rozdíl mezi tím, zda nejsou náklady na výzkum a vývoj uznány z důvodu nevedení oddělené evidence (tzn. z důvodu jejích formálních nedostatků), anebo z důvodu neprůkaznosti této evidence (tzn. neunesení důkazního břemene daňového subjektu ve vztahu k souvislosti vynaložených výdajů s činností VaV).
Ze shora popsaného a též z obsahu zprávy o daňové kontroly a napadeného rozhodnutí je zřejmé, že evidence vedená žalobkyní byla posouzena jako neprůkazná. Soud již uvedl, že vykazované náklady mají být náklady skutečnými, tedy opřenými o řádně vedenou evidenci. Jinak nastalá situace potom zcela logicky neumožní daňovému subjektu dostát svému důkaznímu břemeni při prokazování nákladů ve smyslu § 24 odst. 1 a § 34 odst. 4 ZDP.
Samotné tabulkové přehledy odpracovaných hodin zpracované v podané žalobě a týkající se tří konkrétních zaměstnanců nemohou vyvrátit závěr o tom, že v evidenci žalobkyně bylo identifikováno více druhů nepřesností, které nutně vedly k závěru o její nevěrohodnosti jako celku. Jako správný tak soud proto hodnotí závěr žalovaného, že z důvodu charakteru zjištěných nepřesností a následného vyhodnocení evidence jako neprůkazné, nelze uznat ani část uplatněných mzdových nákladů.
K uvedenému soud doplňuje, že zjištěné nejasnosti a nepřesnosti týkající se vedené mzdové evidence ve vztahu k VaV jako celku nemohly být odstraněny výslechy konkrétních zaměstnanců podílejících se na jednotlivých projektech, neboť právě nedostatky samotné evidence byly podstatným podkladem pro závěr správce daně a žalovaného. Podoba evidence nikterak předepsána není, platí však shora již opakovaně zmíněný požadavek na průkaznost a věrohodnost, jež je svoji samotnou podstatou svázán s tím, že evidenčně vykazované náklady mají zobrazovat realitu. Tento rozpor stěží může být osvětlen výslechem samotných pracovníků provádějících činnost posléze vykázanou v nákladových účetních položkách žalobkyně.

Využití ročních mzdových průměrů

Žalobkyně bránila svůj postup při vykazovaní mzdových nákladů opřený o hodinové mzdové sazby z ročních průměrů jednotlivých zaměstnanců. Správce daně i žalovaný využití ročních průměrných hodinových sazeb odmítli z důvodu, že takové vykazování se nadměrně odchyluje od požadavku vykazování skutečně vynaložených nákladů.
Krajský soud k námitce zcela úvodem uvádí, že použití ročních nákladů je skutečně třeba považovat za velice problematické, neboť to zcela logicky znamená, že mzdové náklady kalkulované a posléze vykázaní právě za použití ročního průměru budou mít za důsledek to, že může a zpravidla bude docházet k odlišnostem od nákladů skutečných. Právě vykazování nákladů skutečných soud již opakovaně označil za správně pojatý požadavek při ověřování nákladů na VaV. Na tom těžko může měnit cokoli tvrzení žalobkyně, že ve svém výsledku může být vykázání nákladů za použití ročních průměrů pro veřejné rozpočty šetrnější. Soud takový názor sice nemůže a priori odmítnout, je s ním však spojena skutečnost, že takové vyhodnocení (výhodnější výsledek či výsledek jiný) bude nutně spojeno s nutností dalších propočtů. Tyto propočty možných rozdílů pro potenciální účely porovnání, tedy porovnání výsledku s ročním průměrem oproti výsledku měsíčního průměru či vykázání poměru ze skutečně vyplacené mzdy určitému zaměstnanci, žalobkyně nepředkládá.
Judikatura NSS zpravidla připouští využití měsíčních průměrů, tedy měsíčních nákladů na zaměstnance. K tomu viz např. rozsudek NSS ze dne 24. 10. 2022, č. j. 8 Afs 168/2020-51, bod 23. Ve větší míře však ustálená rozhodovací praxe soudů nepřijala použití průměrů ročních. Odmítavě se k vykazovaní nákladů za použití ročních průměrů postavil NSS v rozsudku ze dne 22. 6. 2023, č.j. 10 Afs 16/2021-74, bod 78.
V rozsudku ze dne 10. 11. 2022, č.j. 6 Afs 161/2021-57, bod 38 Nejvyšší správní soud zmínil roční mzdu a nevyloučil a priori její použitelnost, avšak za situace, kdy bylo možné použít srovnání se mzdou vyplacenou v jednotlivých měsících. Oba ukazatele v tam souzeném případě, na rozdíl o nyní posuzované věci, předkládal daňový subjekt.
Dále je možné zmínit, že k roční průměrné mzdě se vyjádřil NSS v rozsudku ze dne 28. 2. 2025, č. j. 3 Afs 301/2023-68, pod bodem 34 a uvedl, že patrně bude namístě při výpočtu provádět určitou kalkulaci (výpočet), například zjistit průměrnou hodinovou odměnu. Zmínil měsíční či i roční průměry. Tím kasační soud připustil možné odchýlení se od požadavku vykázání skutečných nákladů se 100 % pravidelností. Na půdorysu konkrétního typu nákladů však otázku přípustnosti a použitelnosti ročních průměrů při výpočtu nákladů nerozebíral. Uvedený rozsudek je však třeba považovat za vcelku ojedinělý, neboť obdobné závěry se v judikatuře NSS dále neobjevují.
Využití např. roční průměrné ceny elektrické a jiné energie nebo průměrné ceny opakovaně nakupovaného materiálu (vycházející z účetních a skladových postupů) a za doložené situace bez zásadních cenových výkyvů je v rámci možného zjednodušení možné připustit. Tak tomu však dle soudu zpravidla nebude při vykazování mzdových nákladů, které lze ze mzdové evidence relativně snadno získat, a tedy pro účely zvýhodnění VaV vykazovat měsíčně. Nadto, ve shora popsaných soudem akceptovaných případech bylo počítáno s porovnáním vůči průměrným nákladům měsíčním.
Konečně je možné zmínit, že Městský soud v Praze v rozsudku ze dne 27. 8. 2024, č.j. 3 Af 14/2023-49, bod 55 využití ročních průměrů odmítl.
S ohledem na shora uvedené soud souhlasí s žalovaným, že vykazování ročních mzdových průměrů bylo nutno považovat za další prvek směřující k neprůkaznosti evidence žalobkyně.

K výpočtu mzdových průměrů – (ne)zahrnutí svátků a dovolené

Žalobkyně do výpočtu průměrné hodnoty mzdových nákladů správně zahrnula náhradu mzdy za svátek a dovolenou. Při výpočtu však již do jmenovatele zlomku nezahrnula odpovídající hodiny čerpané dovolené či hodiny odpovídající (placenému) svátku. Správce daně a žalovaný takový postup žalobkyni jako chybný vytknuli. Žalobkyně poté i v žalobě takový postup označila za chybný. Argumentovala tím, že nezahrnutí hodin dovolené i svátků, tedy doby, kdy zaměstnanec práci nevykonává, lépe zobrazuje náklady na práci. Jde o ukazatel, který je podstatný pro každého podnikajícího zaměstnavatele. Zaměstnavatel potřebuje znát náklady na práci.
Shora uvedené ekonomické úvaze žalobkyně patrně není co vytknout. Potíž je ovšem třeba spatřit v tom, že ukazatel nákladovosti práce pro účely ekonomických a jiných úvah nemůže být totožný s potenciálně použitelnou hodnotou průměru – zde roční, o jehož problematičnosti soud pojednal výše. Pro účely co možná nejvěrnějšího výpočtu průměru jako podkladového ukazatele, což ostatně navazuje na požadavek na co možná nejvěrnější zobrazení skutečnosti, pak je namístě při použití hodnot náhrad za dovolenou dle úpravy pracovněprávních předpisů, použít i odpovídající počet hodin/dní dovolené, resp. svátků.
Soud tak dává i v této okolnosti za pravdu žalovanému. Je pak namístě doplnit, že pokud by při kontrole nevyšly najevo jiné, shora popsané, a tedy podstatnější pochybnosti, bylo by možné uvedený nedostatek víceméně aritmetické povahy bez větší námahy patrně napravit za pomoci nekomplikované matematické operace s patřičným vstupním údajem.

K pokynu D-288

Žalobkyně učinila součástí žaloby obecnou polemiku ve vztahu k pokynu Ministerstva financí ČR D-288 k jednotnému postupu při uplatňování ustanovení ZDP týkajících se VaV. Dle tvrzení žalobkyně tento není obecně závazným předpisem a nelze jím proto ukládat nové či samostatné povinnosti nad rámec zákona. V této souvislosti zmínila způsob vedení oddělené evidence nákladů spojených s VaV.
Uvedenému názoru žalobkyně o charakteru a použitelnosti pokynu D-288 nelze cokoli vytknout. Opakovaně a setrvale je takový závěr též obsažen v judikatuře, například v rozsudku NSS ze dne 24. 10. 2022, č.j. 8 Afs 168/2020-51, bod 20.
V nyní posuzované věci, ovšem povinnost vedení oddělené a průkazné evidence plyne přímo z § 24 odst. 1 ve spojení s § 34 odst. 4 ZDP, jejichž obsah soud citoval a osvětlil shora v předchozí části odůvodnění rozsudku. Požadavek daňových orgánů na jednoznačné doložení a přiřazení konkrétních nákladů zahrnutých do odpočtu k jednotlivým účetním případům tak je zcela legitimní a v souladu s judikaturou NSS. Pokyn D-288 tak pro posouzení věci není rozhodný. Požadavek na vedení oddělené a průkazné evidence totiž vyplývá přímo ze zákona a nikoli pouze z pokynu D-288.
V souzené věci se ani nejedná o situaci, kdy by bylo namístě zvažovat aplikaci postupu spočívající v příznivějším výkladu právních norem pro daňového poplatníka. Nadto je ještě možné dodat, že Ústavní soud v nálezu ze dne 30. 4. 2025, sp. zn. I. ÚS 2693/23, bod 27 uvedl, že ani tato zásada neplatí bezvýjimečně a bez dalšího za všech okolností, jak se snaží předkládat žalobkyně.

Neuznání části režijních nákladů

Taktéž závěrečnou žalobní námitku nemá soud za důvodnou. Žalobkyně při jejím koncipování setrvala na svém (soudem vyvráceném – viz shora) názoru, že mzdové náklady na VaV vykázala dostatečně věrohodně. Jelikož však režijní náklady za rok 2019 i rok 2020 vykázala dle strany 75 a 76 zprávy o daňové kontrole se vstupními údaji, jejich součástí byly mzdové náklady na VaV, nutně to vede k závěru, že výsledná hodnota obstát nemůže. Jedná se o implicitně dovozený důsledek v závislosti na zvoleném způsobu výpočtu režijních nákladů.
Správce daně i žalovaný tedy postupovali správně, když kromě neuznání přímo kalkulovaných mzdových nákladů, neuznali, resp. ponížili i odpovídající poměrnou částku režijních nákladů za obě zdaňovací období, a to s odůvodněním a výpočtem opřeným o závěr o nepoužitelnosti vykázaných mzdových nákladů na VaV.

V. Závěr a náklady řízení

Krajský soud tak přezkoumal žalované rozhodnutí v mezích řádně uplatněných žalobních bodů a uzavírá, že žalobní argumentace žalobkyně není důvodná. Při daňovém řízení byla dodržena zákonná ustanovení týkající se dokazování, přičemž se krajský soud ztotožnil s názorem daňových orgánů o neunesení důkazního břemene ohledně sporné části nároku na odpočet nákladů na VaV na straně žalobkyně.
Krajský soud shledal žalobu nedůvodnou, a proto ji zamítl podle § 78 odst. 7 s. ř. s.
O nákladech řízení bylo rozhodnuto podle zásady úspěchu ve věci zakotvené v § 60 odst. 1 s. ř. s., přičemž neúspěšná žalobkyně právo na náhradu nákladů řízení neměla a úspěšnému žalovanému náklady dle obsahu spisu nevznikly.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Pardubice, 18. červen 2025

JUDr. Jan Dvořák v. r.

předseda senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje X.