57 Af 4/2025 - 126 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	57 Af 4/2025 - 126
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum vydání rozhodnutí:	10. 2. 2026
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

Krajský soud v Českých Budějovicích rozhodl v senátu složeném z předsedkyně JUDr. Terezy Kučerové a soudců JUDr. Michala Hájka, Ph.D. a Mgr. et Mgr. Bc. Petra Jiříka ve věci

žalobkyně: PITA CZ, spol. s r. o., IČO 28130600

sídlem Vrcovice č. p. 64, 397 01 Vrcovice

zastoupené advokátem JUDr. Pavlem Dejlem, LL.M., Ph.D.

sídlem Jungmannova 24, 110 00 Praha 1

proti

žalovanému: Finanční úřad pro Jihočeský kraj

sídlem Mánesova 1803/3a, 371 87 České Budějovice

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 4. 7. 2025, č. j. 1506184/25/2208-50522-307495,

takto:

Žaloba se zamítá.
Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Žalovanému se náhrada nákladů řízení nepřiznává.

Odůvodnění:

Vymezení věci a obsah žaloby

Projednávaná věc se týká otázky splnění podmínek prominutí úroku z prodlení podle § 259b zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád („daňový řád“).
Žalobkyni, coby jediné akcionářce spol. AGTA, a. s., která byla akcionářkou spol. Agropodnik Tábor a. s., v návaznosti na fúzi sloučením společností AGTA, a. s. a Agropodnik Tábor a. s., ke které došlo dne 1. 1. 2019, vzniklo právo na akcie jejich nástupnické společnosti AGPI, a. s. a současně právo na doplatky za akcie uvedených zaniklých společností. Žalobkyně tvrdí, že zdanitelný příjem v podobě doplatků za akcie získala v roce 2020, naproti tomu daňové orgány v řízení o doměření daně z příjmů právnických osob dospěly k závěru, že příjem realizovaný žalobkyní proběhl v roce 2019 v okamžiku splnění podmínek fúze – předáním dosavadních akcií. Žalobkyně tuto skutečnost v rámci doměřovacího řízení ani navazujícího soudního řízení nezpochybnila. Spornou otázkou je, zda žalobkyní zastávaný mylný názor týkající se určení rozhodného zdaňovacího období představuje ospravedlnitelný důvod prodlení s úhradou daně.
Krajský soud v Českých Budějovicích („krajský soud“) v této věci rozhoduje znovu poté, co předchozí rozhodnutí žalovaného ze dne 1. 10. 2024, č. j. 1647012/24/2208-50522-307495, jímž byla zamítnuta žádost žalobkyně o prominutí úroku z prodlení, bylo rozsudkem tohoto soudu ze dne 1. 10. 2024, č.j. 57 Af 7/2024-112, zrušeno. Soud dospěl k závěru, že rozhodnutí žalovaného není přezkoumatelné, pokud pouze konstatuje, že žalobkyní uváděné důvody prodlení s úhradou daně nesplňují kritérium ospravedlnitelnosti dle § 259b odst. 2 daňového řádu a bodu IV.2 pokynu GFŘ, aniž by žalovaný v žádosti uváděné důvody řádně posoudil.
Žalovaný (dále též jako „správce daně“) v záhlaví uvedeným rozhodnutím žalobkyninu žádost znovu zamítl. V odůvodnění uvedl, že úrok vznikl v důsledku opožděné úhrady daně, která byla doměřena zcela v souladu s právní úpravou. Za rozhodný okamžik vzniku zdanitelného příjmu považoval den 20. 9. 2019, kdy žalobkyně splnila podmínky fúze, a tudíž měla vykázat výnos z doplatků již v roce 2019. Podle správce daně proto nelze tvrzení žalobkyně o „spornosti“ zdaňovacího období považovat za omluvitelný omyl ani za relevantní důvod pro prominutí úroku. Správce daně zdůraznil, že jiný právní názor daňového subjektu nemůže sám o sobě ospravedlnit prodlení, obzvlášť když byl jeho výklad opakovaně vyvrácen v rámci daňového řízení i následnými rozhodnutími odvolacího orgánu a soudu. Nedobrovolnost doměření daně ani tvrzení o složitosti právní úpravy proto nemohou založit důvod k prominutí příslušenství daně.
Žalobkyně i v tomto případě shledává napadené rozhodnutí žalovaného nepřezkoumatelným a z tohoto důvodu navrhuje, aby jej krajský soud zrušil a věc žalovanému znovu vrátil k dalšímu řízení. Tvrdí, že žalovaný shora předestřený závazný právní názor krajského soudu nerespektoval. Podle žalobkyně se žalovaný nezabýval důvodem jejího prodlení, ale omezil se na opakovaný rozbor správnosti doměření daně za rok 2019, který však nebyl předmětem její žádosti o prominutí úroku. Tím bylo lidsky pochopitelné a ospravedlnitelné přesvědčení žalobkyně vycházející z nejednoznačnosti určení rozhodného období, pro které došlo k prodlení s úhradou daně. Dále uvádí, že žalovaný opomenul hodnotit i další povinná kritéria, zejména její dosavadní bezúhonnost v oblasti plnění daňových povinností a skutečnost, že daň z doplatků přiznala z vlastní iniciativy.

II. Shrnutí vyjádření žalovaného

Žalobkyní tvrzený „omyl“ při určení zdaňovacího období nemůže být dle žalovaného považován za ospravedlnitelný důvod ve smyslu § 259b odst. 2 daňového řádu. Zdůraznil, že žalobkyně mylně prezentuje situaci tak, jako by existovaly rovnocenné argumenty pro zdanění příjmu v roce 2019 i 2020. Podle žalovaného tomu tak nebylo – v odůvodnění napadeného rozhodnutí podrobně popsal důvody, které vedly k závěru, že příjem vznikl již v roce 2019. Tyto závěry byly podle něj potvrzeny i Odvolacím finančním ředitelstvím a následně krajským soudem v předchozím řízení. Žalovaný tedy považuje přesvědčení žalobkyně za jednostranné, neopodstatněné a v rozporu s pozitivní právní úpravou, zejména s § 3 odst. 1 zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví a § 23 odst. 1 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů.
K otázce dobrovolnosti přiznání daně žalobkyní žalovaný dále uvedl, že tato tvrzení neobstojí. Pokud by žalobkyně daň skutečně přiznala správně a dobrovolně ve smyslu daňového řádu, nevznikl by nárok na penále, které se ukládá pouze tehdy, je‑li daň doměřena z moci úřední. Existence předepsaného penále proto podle žalovaného prokazuje, že daň byla doměřena nikoli na základě dodatečného tvrzení žalobkyně, ale až po provedené kontrole.
Dle žalovaného úrok z prodlení vznikl jednoznačně v důsledku pochybení žalobkyně, která nerespektovala právní úpravu rozhodnou pro určení zdaňovacího období. Nešlo tedy o situaci, která by mohla být posouzena jako lidsky pochopitelný omyl nebo jako formalistický prohřešek, jak tvrdí žalobkyně. Naopak, nesprávné zařazení příjmu mělo za následek opožděnou úhradu daně a odpovídající dopad na státní rozpočet.
Žalovaný uzavírá, že žádný ze zákonných předpokladů pro prominutí úroku z prodlení nebyl naplněn, a proto navrhuje, aby soud žalobu jako nedůvodnou zamítl.

III. Replika žalobkyně

V replice žalobkyně setrvává na tom, že napadené rozhodnutí žalovaného je nepřezkoumatelné, protože se žalovaný ani v opakovaném řízení nezabýval skutečným důvodem prodlení s úhradou daně. Žalobkyně znovu zdůrazňuje, že opožděná úhrada nevznikla v důsledku liknavosti, úmyslu či zanedbání povinností, ale v důsledku jejího přesvědčení o tom, že příjem z doplatků za akcie byl zdanitelný až v roce 2020. Toto přesvědčení opírala o splnění podmínek fúze v roce 2020, o akruální princip účetnictví, princip opatrnosti i o judikaturu Nejvyššího správního soudu týkající se okamžiku vzniku zdanitelného příjmu.
Žalobkyně namítá, že její výklad nebyl zjevně nesprávný ani svévolný, a proto mohl být lidsky pochopitelným omylem. Upozorňuje, že správce daně na její dodatečné daňové přiznání za rok 2020 nijak nereagoval, což posílilo její legitimní přesvědčení, že postupuje správně. Podle žalobkyně nebylo předmětem řízení o prominutí úroku zpochybňování zákonnosti doměření daně; poukazovala pouze na to, že její omyl při určení zdaňovacího období byl omluvitelný.
Podle žalobkyně žalovaný nesprávně uzavřel, že pravomocné doměření daně samo o sobě vylučuje prominutí úroku. V takovém případě by byl institut prominutí úroku z prodlení zcela obsolentní. Důvodem pro neprominutí úroku proto nemůže být samotné pravomocné doměření daně, ale to, zda daň byla doměřena z důvodu liknavosti, nezodpovědnosti či úmyslného jednání daňového subjektu, kterým se snažil vyhnout daňové povinnosti.
Dále upozorňuje, že skutečnost, že jí bylo doměřeno penále, neznamená, že nešlo o omluvitelný omyl – penále bylo předepsáno obligatorně, nikoliv na základě úvahy. Naopak podle žalobkyně svědčí v její prospěch, že správce daně následně penále z větší části prominul.
Žalobkyně také zdůrazňuje, že splnila svou daňovou povinnost dobrovolně, byla dosud bezúhonným daňovým subjektem a správce daně měl zohlednit i četnost porušování povinností podle § 259c daňového řádu. Podle žalobkyně žalovaný tyto skutečnosti buď ignoroval, nebo je posoudil v rozporu se zákonem.
V závěru žalobkyně uvádí, že žalovaný opět nerespektoval závazné pokyny soudu, které mu ukládaly zabývat se okolnostmi vzniku úroku z prodlení a dopadem prodlení na veřejný rozpočet, a proto trvá na důvodnosti žaloby.

Právní hodnocení krajského soudu

Krajský soud přezkoumal napadené rozhodnutí v mezích žalobních bodů. Vycházel přitom ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, „s. ř. s.“). O věci krajský soud rozhodl bez nařízení ústního jednání za splnění podmínek § 51 odst. 1 s. ř. s.
Včas uplatněné žalobní námitky se váží k jediné vadě napadeného rozhodnutí, kterou je nepřezkoumatelnost pro nedostatek důvodů. Žalovaný se dle žalobkyně nevypořádal s jí uváděným důvodem, pro který došlo k prodlení s úhradou daně. Nezabýval se tím, že k opožděné úhradě došlo v důsledku omylu žalobkyně týkajícího se určení zdaňovacího období, ve kterém dosáhla příjmu z doplatků za akcie zaniklých společností. Žalobkyně takový důvod shledává jako omluvitelný a ve smyslu § 259b odst. 2 daňového řádu ospravedlňující prodlení s úhradou daně, a to zejména z důvodu nejasnosti pravidel pro určení okamžiku, k němuž by mělo dojít k uznání výnosu z doplatků za akcie zaniklých společností. Žalovaný neprominutí úroku nesprávně založil pouze na skutečnosti, že došlo k pravomocnému doměření daně, které žalobkyně dále nenapadla odvoláním.
Krajský soud na tomto místě nepovažuje za účelné opakovat závěry bohaté judikatury Nejvyššího správního soudu týkající se institutu nepřezkoumatelnosti rozhodnutí. Proto pouze zdůrazňuje, že nepřezkoumatelnost rozhodnutí pro nedostatek důvodů musí být vykládána ve svém skutečném smyslu, tj. jako nemožnost přezkoumat určité rozhodnutí pro nemožnost zjistit v něm jeho obsah nebo důvody, pro které bylo vydáno (srov. rozsudek rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 2. 2008, č. j. 7 Afs 212/2006-76, č. 1566/2008 Sb. NSS).
Není přípustné institut nepřezkoumatelnosti libovolně rozšiřovat a vztahovat jej i na případy, kdy se správní orgán podstatou námitky účastníka řízení řádně zabývá a vysvětlí, proč nepovažuje argumentaci účastníka správnou, byť výslovně v odůvodnění rozhodnutí nereaguje na všechny myslitelné aspekty vznesené námitky a dopustí se dílčího nedostatku odůvodnění. Nepřezkoumatelnost rovněž není projevem nenaplněné subjektivní představy účastníka řízení o tom, jak měl správní orgán rozhodnout, resp. jak podrobně by mu mělo být rozhodnutí odůvodněno, ale je objektivní překážkou, která správnímu soudu znemožňuje napadené rozhodnutí přezkoumat. Nepřezkoumatelnost správního rozhodnutí pro nedostatek důvodů tak má místo zejména tehdy, opomene-li správní orgán na námitku účastníka zcela reagovat.
Žalobkyně v žádosti o prominutí úroku z prodlení ze dne 10. 9. 2024 nejprve deklarovala splnění formálních podmínek tohoto prominutí vymezených v § 259b odst. 1 daňového řádu a § 259c téhož zákona. Dále specifikovala ospravedlnitelný důvod prodlení s úhradou daně (§ 259b odst. 2 daňového řádu) – tím byl rozdílný právní názor žalobkyně, která oproti správci daně měla zato, že doplatek z akcií měl být zohledněn ve výnosech za rok 2020. Žalobkyně se však rozhodla akceptovat názor správce daně vyjádřený v průběhu daňového řízení a doplatek nakonec zohlednila ve výnosech za zdaňovací období roku 2019.
Správce daně v odůvodnění napadeného rozhodnutí nejprve konstatoval, že zákonné doměření daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2019 nelze v žádném případě shledat ospravedlnitelným důvodem prodlení ve smyslu § 259b odst. 2 daňového řádu. Dále pak uvedl, že odlišný právní názor žalobkyně nelze podřadit pod výjimečné případy, které jsou z lidského hlediska omluvitelné a z hlediska materiálního představují pouze prohřešek formalistický. Žalobkynin odlišný názor správce daně označil za pochopitelný, sám o sobě však bez dalšího není ospravedlnitelným důvodem v duchu zásad individuálního promíjení příslušenství daně dle daňového řádu. Argumentaci předestřenou žalobkyní správce daně dále vyhodnotil jako bezobsažné tvrzení, které nemá potenciál naplnit důvod dle § 259b odst. 2 daňového řádu. Nesprávnost tvrzení žalobkyně stran určení zdaňovacího období byla v řízení vyvrácena. Osamocený a jednostranný názor žalobkyně, který je rozporný s právní úpravou, nemůže dle správce daně ospravedlnit prodlení s úhradou.
Krajský soud námitce nepřezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí nepřisvědčil. Jakkoli z předestřeného odůvodnění vyplývá, že se správce daně dílčím způsobem zabýval otázkou správnosti vymezení zdaňovacího období, v němž žalobkyně byla povinna přiznat příjmy z doplatků z akcií, nelze přehlédnout, že hodnotil i samotnou v žádosti uváděnou skutečnost, že důvodem prodlení s úhradou byl odlišný právní názor žalobkyně týkající se rozhodného zdaňovacího období. Správce daně k tomu výslovně uvedl, že ačkoli je odlišný právní názor žalobkyně pochopitelný, nemůže představovat ospravedlnitelný důvod prodlení ve smyslu § 259b odst. 2 daňového řádu, nejde totiž o omluvitelný individuální případ či formalistický prohřešek.
Není tedy pravdou, že by jediným důvodem zamítavého rozhodnutí správce daně byla zákonnost doměření daně, jak žalobkyně opakovaně uvádí. Tu správce daně sice zmínil, zabýval se jí však zejména proto, aby ujasnil, že nešlo o obecně sporný právní názor, který by mohl nasvědčovat nejednoznačnosti právní úpravy, a tedy omluvitelnému důvodu prodlení. Správce daně s odkazem na konkrétní části odůvodnění rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství vydaného v doměřovacím řízení demonstroval správnost vymezení zdaňovacího období, aby vyvrátil eventuální neurčitost právní úpravy, která by mohla svědčit nejistotě žalobkyně ohledně rozhodného zdaňovacího období. Právě takové odůvodnění vypovídá o snaze správce daně ozřejmit, z jakých důvodů není mylný právní názor žalobkyně podřaditelný pod ospravedlnitelné důvody ve smyslu § 259b odst. 2 daňového řádu.
Krajský soud tudíž dospěl k závěru, že z napadeného rozhodnutí je zřejmé, jak správce daně uvážil o v žádosti uvedeném důvodu prodlení s úhradou daně a napadené rozhodnutí proto není v tomto ohledu nepřezkoumatelné.
Jde-li o námitku, dle které žalovaný nezkoumal další podmínky prominutí úroku z prodlení vymezené v § 259b a § 259c daňového řádu – spolehlivost žalobkyně při plnění jejích daňových povinností, nulová četnost jejich porušování a iniciativní přiznání daně z doplatků, ani tu krajský soud neshledal důvodnou. Ze systematiky daňového řádu jednoznačně vyplývá, že žalovaný byl – po zhodnocení naplnění vylučovací klausule dle § 259c odst. 2 daňového řádu – povinen nejprve zkoumat existenci ospravedlnitelného důvodu (§ 259b odst. 2 daňového řádu). Až následně, jestliže by shledal jeho existenci (a to ve vztahu k tomu, proč došlo k prodlení s úhradou daně), by zkoumal při posouzení rozsahu prominutí úroku ekonomické a sociální poměry žalobkyně (§ 259b odst. 3 daňového řádu) a četnost porušování jejích povinností při správě daní (§ 259c odst. 1 daňového řádu). V nyní posuzované věci však žalovaný již v prvotní fázi dospěl k závěru, že v případě žalobkyně není dán ospravedlnitelný důvod k prominutí příslušenství daně, a proto se již dalšími kritérii prominutí úroku z prodlení (a jeho rozsahem) zabývat nemusel (obdobně viz rozsudek rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 1. 2021, č. j. 1 Afs 236/2019-83, bod 35, č. 4141/2021 Sb. NSS). Napadené rozhodnutí proto není nepřezkoumatelné ani z důvodu nehodnocení zbylých podmínek prominutí úroku z prodlení.

V. Závěr a náklady řízení

Na základě shora uvedeného dospěl krajský soud k závěru, že žaloba není důvodná, a proto ji podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.
O náhradě nákladů řízení rozhodl krajský soud podle § 60 odst. 1 věty první s. ř. s. Žalobkyně neměla v řízení úspěch, a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Pokud jde o procesně úspěšného žalovaného, v jeho případě nebylo prokázáno, že by mu v souvislosti s tímto řízením před soudem vznikly nezbytné náklady důvodně vynaložené nad rámec běžné úřední činnosti. Náhradu nákladů řízení při jednání ostatně žalovaný ani nepožadoval. Z toho důvodu mu krajský soud náhradu nákladů řízení nepřiznal.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

České Budějovice 10. února 2026

JUDr. Tereza Kučerová v. r.

předsedkyně senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje V. L.