59 A 14/2025 - 190 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	59 A 14/2025 - 190
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	18. 12. 2025
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

žalobkyně: X

bytem X

zastoupená advokátem Mgr. Lukášem Votrubou

sídlem Moskevská 637/6, 460 01 Liberec

proti

žalovanému: Finanční úřad pro Liberecký kraj

sídlem 1. máje 97, 460 02 Liberec

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 7. 1. 2025, č. j. 1203734/24/2601-51522-502788 a ze dne 7. 1. 2025, č. j. 1238844/24/2601-51522-502788

takto:

I. Žaloba se zamítá.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

I. Předmět řízení

Žalobou podanou v zákonné lhůtě se žalobkyně domáhá zrušení shora označených rozhodnutí žalovaného. Rozhodnutím ze dne 7. 1. 2025, č. j. 1203734/24/2601-51522-502788, bylo rozhodnuto o námitce žalobkyně proti vyrozumění žalovaného ze dne 2. 10. 2024, č. j. 1083774/24/2601-51522-502788, o úroku z prodlení úhrady daně z příjmů fyzických osob za zdaňovací období roku 2011. Rozhodnutím ze dne 7. 1. 2025, č. j. 1238844/24/2601-51522-502788, bylo rozhodnuto o námitce žalobkyně proti vyrozumění žalovaného ze dne 2. 10. 2024, č. j. 1083810/24/2601-51522-502788, o úroku z neoprávněného jednání správce daně a úroku z nesprávně stanovené daně z příjmů fyzických osob za zdaňovací období roku 2011.

V odůvodnění vyrozumění žalovaný popsal, že žalobkyni v souvislosti s doměřenou daní z příjmů fyzických osob za zdaňovací období roku 2011 ve výši 102 765 Kč vznikla povinnost uhradit úrok z prodlení ve výši 54 686 Kč a úrok z neoprávněného jednání správce daně a úrok z nesprávně stanovené daně ve výši 131 462 Kč. Vznik této povinnosti spojoval s aplikací § 124a zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, dle kterého dojde-li v řízení o kasační stížnosti ve správním soudnictví ke zrušení pravomocného rozhodnutí krajského soudu, na jehož základě bylo žalovaným vydáno nové rozhodnutí, stává se toto rozhodnutí neúčinným dnem nabytí právní moci nového rozhodnutí krajského soudu, kterým je žaloba zamítnuta nebo ve kterém dojde ke změně právního názoru oproti zrušenému pravomocnému rozhodnutí krajského soudu. V dané věci totiž došlo rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 5. 2024, č. j. 6 Afs 252/2021-68, ke zrušení rozsudku zdejšího soudu ze dne 22. 7. 2021, č. j. 59 Af 3/2021-43. Novým rozsudkem zdejšího soudu ze dne 27. 8. 2024, č. j. 59 Af 3/2024-69, byla zamítnuta žaloba žalobkyně proti rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020, č. j. 45170/20/5200-10422-711473. Právní mocí tohoto rozsudku se v souladu s § 124a daňového řádu, stalo dne 2. 9. 2024 neúčinným rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 24. 2. 2022, č. j. 6627/22/5200-10422-711473, kterým byl zrušen dodatečný platební výměr ze dne 9. 7. 2013, č. j. 872803/13/2601-24802-505715, a řízení bylo zastaveno. Zároveň došlo k „obživnutí“ rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020, č. j. 45170/20/5200-10422-711473, kterým byla potvrzena doměřená daň z příjmů fyzických osob za zdaňovací období roku 2011 ve výši 102 765 Kč.
Proti oběma vyrozuměním podala žalobkyně obsahově podobné námitky jako v podané žalobě. O nich rozhodl žalovaný napadenými rozhodnutími. Ve vztahu k námitce nesprávné aplikace § 124a daňového řádu žalovaný uvedl, že po zamítnutí žaloby proti rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020, č. j. 45170/20/5200-10422-711473, je povinen postupovat v souladu s tímto ustanovením. Podle § 124a daňového řádu se rozhodnutí vydané správcem daně na základě zrušeného rozsudku krajského soudu stává neúčinným dnem nabytí právní moci nového rozsudku krajského soudu, kterým je žaloba zamítnuta nebo v němž dojde ke změně právního názoru oproti původnímu zrušenému rozhodnutí. Z uvedeného plyne, že rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 24. 2. 2022 se stalo neúčinným okamžikem nabytí právní moci rozsudku krajského soudu, čímž se obnovily účinky rozhodnutí ze dne 14. 12. 2020. V další části odůvodnění žalovaný shrnul všechny skutečnosti, které mohly mít vliv na běh lhůty pro stanovení daně. Uzavřel, že doměřená daňová povinnost byla žalobkyni předepsána ve stanovené lhůtě, která uběhla dne 2. 4. 2022. Ve vztahu k námitkám procesního charakteru žalovaný odkázal na rozsudek zdejšího soudu ze dne 27. 8. 2024, č. j. 59 Af 3/2024-69, v němž bylo uvedeno, že vytýkané vady byly žalovaným i Odvolacím finančním ředitelstvím napraveny.

II. Žaloba

Podanou žalobou se žalobkyně původně domáhala ochrany před nezákonným zásahem žalovaného. Na výzvu soudu změnila typ žaloby a petit tak, že požadovala zrušení obou napadených rozhodnutí a vrácení věci žalovanému k dalšímu řízení. Zároveň požadovala uhradit náhradu nákladů řízení.
V prvním žalobním bodu žalobkyně namítala, že nebyly splněny podmínky pro aplikaci
§ 124a daňového řádu. Odvolací finanční ředitelství nevydalo zrušující rozhodnutí ze dne 24. 2. 2022 v souladu s právním názorem vysloveným krajským soudem v jeho rozhodnutí (pozn. soudu: rozsudek ze dne 22. 7. 2021, č. j. 59 Af 3/2021-43), které by bylo zrušeno Nejvyšším správním soudem. Krajský soud nevyslovil ve svém rozsudku ze dne 22. 7. 2021 žádný závazný právní názor, ale pouze konstatoval porušení procesních práv žalobkyně. Odvolací finanční ředitelství navíc podle rozsudku krajského soudu nepostupovalo, když neučinilo žádný úkon k zahájení, průběhu či dokončení kontroly, ale pouze řízení zastavilo a zrušilo rozhodnutí prvostupňového správce daně. Zároveň vyslovilo nepodloženou domněnku, že by nebylo možné kontrolu ukončit v zákonem stanovených lhůtách. Žádný právní názor nevyslovil ani Nejvyšší správní soud ve svém rozsudku (pozn. soudu: rozsudek ze dne 16. 5. 2024, č. j. 6 Afs 252/2021-68). Zrušující rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 24. 2. 2022 je dle žalobkyně třeba považovat za řádně vydané a účinné.
Žalobkyně dále tvrdila, že rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020 je nutné považovat za nicotné, neboť bylo vydáno až po uplynutí zákonných lhůt pro jeho vydání.
Žalobkyně dále namítala, že platební výměr ze dne 9. 7. 2013, č. j. 872803/13/2601-24802- 505715, nemá účinky doručení a nelze k němu přihlížet. Je tomu tak proto, že jí nebyl nikdy doručen do datové schránky. Žalobkyně jej totiž nalezla v poštovní schránce až v prosinci 2015 a ihned proti němu podala odvolání. Správce daně o tomto odvolání rozhodl sdělením k odvolání ze dne 17. 2. 2016, č. j. 177553/16/2601-51522-507384. Podle žalobkyně mělo sdělení účinky rozhodnutí o odvolání. Pokud tedy Odvolací finanční ředitelství vydalo dne 14. 12. 2020 další rozhodnutí, rozhodlo v téže věci již podruhé.

III. Vyjádření žalovaného

Žalovaný v písemném vyjádření k žalobě odkázal na judikaturu Nejvyššího správního soudu a uvedl, že § 124a daňového řádu byl aplikován správně. Připomněl přitom průběh řízení a konstatoval, že dne 2. 9. 2024 nabyl právní moci rozsudek krajského soudu ze dne 27. 8. 2024, č. j. 59 Af 3/2021-69, vydaný v návaznosti na zrušující rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 5. 2024, č. j. 6 Afs 252/2021-68. Tím se rozhodnutí o odvolání ze dne 24. 2. 2022, č. j. 6627/22/5200-10422-711473, stalo ve smyslu § 124a daňového řádu ke dni 2. 9. 2024 neúčinným a došlo k „obživnutí“ rozhodnutí o odvolání ze dne 14. 12. 2020, č. j. 45170/20/5200-10422-711473, kterým odvolací orgán potvrdil doměřenou daň z příjmů fyzických osob za zdaňovací období roku 2011 ve výši 102 765 Kč.
Podle žalovaného rovněž nedošlo k uplynutí lhůty pro stanovení daně. Vyjmenoval přitom jednotlivé úkony mající vliv na běh lhůty a dospěl k závěru, že lhůta pro stanovení daně uběhla
2. 4. 2022 uplynutím objektivní desetileté lhůty v souladu s ustanovením § 148 odst. 5 daňového řádu. Rozhodnutí o odvolání ze dne 14. 12. 2020, č. j. 45170/20/5200-10422-711473, bylo vydáno a nabylo právní moci ve lhůtě pro stanovení daně. Žalovaný citované rozhodnutí nepovažoval za nicotné, odkázal přitom na rozsudek zdejšího soudu ze dne 27. 8. 2024, č. j. 59 Af 3/2021-69, kterým bylo rozhodnutí ze dne 14. 12. 2020 přezkoumáno a jeho nicotnost shledána nebyla.
Ve vztahu k namítané neúčinnosti doručení dodatečného platebního výměru ze dne 9. 7. 2013, č. j. 872803/13/2601-24802-505715, žalovaný zrekapituloval průběh řízení a vysvětlil, že se žalobkyně s obsahem písemnosti seznámila dne 21. 12. 2015. Žalovaný dále uvedl, že sdělením ze dne 17. 2. 2016, č. j. 177553/16/2601-51522-507384, reagoval na podání žalobkyně učiněné dne 19. 1. 2016 a konstatoval v něm, že podání neposoudil jako odvolání proti dodatečnému platebnímu výměru ze dne 9. 7. 2013, č. j. 872803/13/2601-24802-505715. V rámci dalšího řízení však bylo toto podání žalobkyně zpětně posouzeno jako odvolání proti dodatečnému platebnímu výměru, o kterém odvolací orgán řádně rozhodl rozhodnutím ze dne 15. 2. 2018, č. j. 7743/18/5200-10424-711507. Sdělení nelze považovat za rozhodnutí, neboť nemá charakter rozhodnutí ve smyslu ustanovení § 101 daňového řádu, tudíž nemohlo ani nikdy nabýt právní moci. Žalovaný se proto neztotožnil s názorem žalobkyně, že odvolací orgán rozhodl v téže věci dvakrát.
Závěrem žalovaný zdůraznil, že kromě první žalobní námitky nelze ostatní námitky žalobkyně podrobit přezkumu ve správním soudnictví, neboť tomu brání překážka věci rozsouzené, konkrétně rozsudek zdejšího soudu ze dne 27. 8. 2024, č. j. 59 Af 3/2021-69.

IV. Replika žalobkyně duplika žalovaného

V podané replice žalobkyně představila rozsáhlou argumentaci týkající se nemožnosti stanovit daň pomocí pomůcek. Zároveň uvedla, že zvažuje možnost obnovy řízení vedeného u zdejšího soudu pod sp. zn. 59 Af 3/2021, neboť má za doložené, že pro doměření daně pomůckami nebyly splněny podmínky. Žalovaný v reakci na to uvedl, že i námitky týkající se doměřování daně pomocí pomůcek vypořádal zdejší soud v rozsudku ze dne 27. 8. 2024, č. j. 59 Af 3/2021-69.

V. Posouzení věci krajským soudem

Napadené rozhodnutí a řízení jeho vydání předcházející soud přezkoumal v řízení dle části třetí, hlavy druhé, dílu prvního zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“), v rozsahu a v mezích uplatněných žalobních bodů dle § 75 odst. 2
s. ř. s.
V projednávané věci žalobkyně brojí proti rozhodnutím, jimiž byly zamítnuty její námitky směřující proti vyrozumění o předpisu úroku z prodlení úhrady daňových povinností, úroku z neoprávněného jednání správce daně a úroku z nesprávně stanovené daně. Podle platné právní úpravy je nezbytným předpokladem soudního přezkumu, aby daňový subjekt nejprve využil procesní prostředek nápravy, tj. podal proti vyrozumění námitku podle § 159 daňového řádu. Samotné vyrozumění podle § 251a odst. 3 daňového řádu má toliko povahu oznámení (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 8. 2019, č. j. 1 Afs 83/2019‑34).
Námitka proti vyrozumění tedy představuje zákonem upravený prostředek k odstranění případných pochybení správce daně (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 2. 2019, č. j. 1 Afs 271/2016‑53, č. 3873/2019 Sb. NSS). Podle rozsudků Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 8. 2017, č. j. 4 Afs 119/2017-106 a ze dne 27. 8. 2019,
č. j. 1 Afs 85/2019‑36, lze rozhodnutí o námitce, která směřuje proti aktu nesplňujícímu definiční znaky rozhodnutí podle § 65 odst. 1 s. ř. s., napadnout žalobou proti rozhodnutí správního orgánu ve smyslu § 65 odst. 1 s. ř. s. (srov. s rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 7. 2022,
č. j. 10 Afs 128/2022-37 a usnesení Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 3. 8. 2022,
č. j. 141 Af 14/2022-14, č. 4400/2022 Sb. NSS). Z uvedených důvodů soud vyzval žalobkyni, aby původní žalobu na ochranu před nezákonným zásahem změnila na žalobu proti rozhodnutí správního orgánu. Poté, co žalobkyně žalobní typ upravila, byly splněny podmínky pro meritorní posouzení věci soudem.
Předmětem sporu je aplikace § 124a daňového řádu, jenž upravuje vztah mezi dvěma postupně vydanými rozhodnutími správce daně v téže věci v důsledku rozdílných právních závěrů zdejšího soudu a Nejvyššího správního soudu v dané věci.
Soud v této souvislosti připomíná, že rozhodnutí Odvolací finanční ředitelství dne 14. 12. 2020, č. j. 45170/20/5200-10422-711473, potvrdilo doměřenou daň z příjmů fyzických osob za zdaňovací období roku 2011 ve výši 102 765 Kč. Toto rozhodnutí bylo zrušeno rozsudkem zdejšího soudu ze dne 22. 7. 2021, č. j. 59 Af 3/2021-43. Dne 5. 8. 2021 byla Odvolacím finančním ředitelstvím podána proti rozsudku zdejšího soudu č. j. 59 Af 3/2021-43, kasační stížnost.
Následným rozhodnutím odvolacího finančního ředitelství ze dne 24. 2. 2022, č. j. 6627/22/5200-10422-711473, byl zrušen dodatečný platební výměr ze dne 9. 7. 2013, č. j. 872803/13/2601-24802-505715, a řízení bylo zastaveno. Na základě tohoto rozhodnutí byla žalobkyni dne 9. 3. 2022 vrácena daň z příjmů fyzických osob za zdaňovací období roku 2011 ve výši 102 765 Kč a uhrazený úrok z prodlení vztahující se k této dani ve výši 77 591 Kč.
Správce daně vydal vyrozumění ze dne 17. 3. 2022, č. j. 304892/22/2601-51522-507031, o úroku
z neoprávněného jednání správce daně a o úroku z nesprávně stanovené daně z příjmů fyzických osob za zdaňovací období roku 2011 včetně uhrazeného úroku z prodlení vztahujícího se k této dani, kterým vyrozuměl žalobkyni o předpisu úroku v celkové výši 131 462 Kč.
Úrok byl žalobkyni vrácen dne 6. 4. 2022.
Rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 5. 2024, č. j. 6 Afs 252/2021-68, byl rozsudek zdejšího soudu ze dne 22. 7. 2021, č. j. 59 Af 3/2021-43, zrušen a věc byla vrácena soudu k dalšímu řízení. Ten rozsudkem ze dne 27. 8. 2024, č. j. 59 Af 3/2021-69, zamítl žalobu proti rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020, č. j. 45170/20/5200-10422-711473.
Jde tedy o vztah mezi rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství ze dne 24. 2. 2022 vydaným na základě zrušujícího rozsudku zdejšího soudu, a původním rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020, kdy spor je o to, zda toto původní rozhodnutí „obživlo“ v důsledku zrušení rozsudku v řízení o kasační stížnosti Nejvyšším správním soudem a následného zamítnutí žaloby.
Pokud se jedná o relevantní právní úpravu, je třeba konstatovat, že v souladu s rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 7. 2019, č. j. 2 Afs 249/2017-66, okamžikem, ke kterému je třeba posuzovat účinek § 124a daňového řádu, je vydání rozhodnutí Nejvyššího správního soudu. V posuzované věci byl rozsudek Nejvyššího správního soudu (č. j. 6 Afs 252/2021-68) vydán dne 16. 5. 2024. Pro posuzovanou věc je tedy třeba užít úpravu § 124a daňového řádu účinnou od 1. 1. 2024 do 30. 6. 2025 podle níž „Dojde-li v řízení o kasační stížnosti ve správním soudnictví ke zrušení pravomocného rozhodnutí krajského soudu, na jehož základě bylo správcem daně vydáno nové rozhodnutí ve věci v souladu s právním názorem krajského soudu, stává se toto rozhodnutí neúčinným dnem nabytí právní moci nového rozhodnutí krajského soudu, kterým je žaloba zamítnuta nebo ve kterém dojde ke změně právního názoru oproti zrušenému pravomocnému rozhodnutí krajského soudu.“
Žalobkyně tvrdí, že rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 24. 2. 2022, které zrušilo dodatečný platební výměr a zastavilo doměřovací řízení, je stále účinné. Má totiž za to, že nenastala žádná právně relevantní skutečnost, která by způsobila jejich neúčinnost, zejména nenastala žádná ze situací předvídaných § 124a daňového řádu. Podle názoru žalobkyně rozhodnutí zdejšího soudu ze dne 22. 7. 2021, č. j. 59 Af 3/2021-43, ani rozhodnutí Nejvyššího správního soudu neobsahovalo žádný závazný právní názor, který by Odvolacímu finančnímu ředitelství ukládal povinnost zrušit dodatečný platební výměr a zastavit řízení. Z tohoto důvodu má žalobkyně za to, že ustanovení § 124a daňového řádu na danou věc nedopadá. Současně namítá, že Odvolací finanční ředitelství nepostupovalo v souladu s rozsudkem zdejšího soudu, neboť nezahájilo daňovou kontrolu, ale pouze řízení zastavilo.
Žalovaný vycházel naopak z předpokladu, že na rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 24. 2. 2022 se § 124a daňového řádu aplikuje. Toto rozhodnutí pozbylo účinnosti dnem právní moci v pořadí druhého rozhodnutí zdejšího soudu, kterým byla zamítnuta žaloba žalobkyně a původní rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze 14. 12. 2020 obživlo.
Při řešení otázky, zda rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 24. 2. 2022 pozbylo účinnosti ve smyslu § 124a daňového řádu a zda původní rozhodnutí „obživlo“, vychází soud z důvodové zprávy k § 124a daňového řádu: „Navržené ustanovení, zařazené systematicky do pasáže věnované vztahu ke správnímu soudnictví, má za cíl reagovat na možnou situaci, která nastane v případě, že dojde ke zrušení rozhodnutí správce daně na základě podané žaloby ve správním soudnictví. V takovém případě je ve smyslu § 78 soudního řádu správního věc vrácena k dalšímu řízení, přičemž správce daně je vázán právním názorem soudu vysloveným v rozhodnutí (rozsudku). Brojí-li následně správce daně v rámci správního soudnictví proti tomuto rozsudku kasační stížností, není zde zaručen nárok na odkladný účinek, tudíž je zde z jeho strany povinnost konat, tzn. vydat nové rozhodnutí ve věci v souladu s názorem krajského soudu. Ne vždy se totiž jeví jako žádoucí, aby správce daně s vydáním nového rozhodnutí vyčkával (fakticky přerušil dané řízení) až na výsledek řízení před Nejvyšším správním soudem. V případě, že výsledkem kasace bude zrušení rozsudku krajského soudu, na základě, něhož bylo zrušeno rozhodnutí správce daně a následně vydáno nové rozhodnutí ve věci, navrhuje se úprava, která zakládá neúčinnost tohoto nového rozhodnutí ve věci ex lege. Eliminuje se tak v praxi sporná otázka, jakou validitu toto rozhodnutí má a jakým způsobem je nutné jej zlikvidovat. Důvodem, pro který Nejvyšší správní soud ruší kasační stížností napadený rozsudek, může být nejen vadný právní názor krajského soudu na aplikaci hmotného či procesního práva v dané věci, ale též procesní pochybení krajského soudu, k němuž došlo v řízení před soudem, aniž by pak nové rozhodnutí soudu nutně vedlo k jinému výroku a k vyslovení jiného právního názoru, jímž soud váže správce daně v dalším řízení. K neúčinnosti (ex lege) rozhodnutí vydaného správcem daně tak dojde pouze v případech, kdy krajský soud, vázán právním názorem kasačního soudu, v novém rozsudku žalobu zamítne, popř. rozsudkem zrušujícím správní rozhodnutí zaváže správce daně právním názorem odchylným od předchozího právního názoru. Naopak v případě, kdy nové rozhodnutí krajského soudu dojde z meritorního hlediska ke stejnému právnímu závěru, neúčinnost rozhodnutí správce daně vydaného na základě původního rozsudku krajského soudu nenastane.“ (viz důvodová zpráva, zvláštní část, Změna daňového řádu, K čl. III, K bodu 19, Poslanecká sněmovna Parlamentu ČR, 2011, tisk 473/0).
Zdejší soud přihlédl též k judikatuře správních soudů, které se již danou problematikou zabývaly. V rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 7. 2019, č. j. 2 Afs 249/2017-66, se uvádí,
že „nový § 124a daňového řádu se může vztahovat jen na situace, které vůbec mohou naplnit hypotézu právní normy v tomto ustanovení obsažené. Touto hypotézou je zrušení (v řízení o kasační stížnosti ve správním soudnictví, a jen v takovém řízení) takového pravomocného rozhodnutí krajského soudu, na jehož základě bylo správcem daně vydáno nové rozhodnutí ve věci v souladu s právním názorem krajského soudu. Je-li naplněna hypotéza, uplatní se dispozice právní normy, jíž je neúčinnost nového rozhodnutí správce daně. Centrálním bodem § 124a daňového řádu je zrušující rozhodnutí Nejvyššího správního soudu, neboť - jak jasně plyne z důvodové zprávy i z objektivního účelu § 124a daňového řádu patrného z jeho dikce – pravidlo chování obsažené v uvedeném ustanovení má za účel řešit „následky“ v podobě střetu staršího právního názoru krajského soudu a novějšího
(a „správného“, neboť instituční nadřazeností vybaveného) právního názoru Nejvyššího správního soudu.
Smyslem a účelem právní normy je zde tedy jakási částečná restituce do stavu před okamžikem, kdy se „nesprávný“ právní názor krajského soudu projevil tím, že podle něho správce daně postupoval vydáním rozhodnutí založeného na tomto právním názoru. Na rozhodnutí, jež bylo vydáno na základě následně popřeného právního názoru,
se má od okamžiku vydání rozhodnutí Nejvyššího správního soudu nahlížet tak, že nadále již nemá mít žádné právní účinky.“
Za podstatné považuje zdejší soud i závěry obsažené v rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 6. 2025, č. j. 9 Afs 42/2025-32: „Jestliže je správce daně po zrušení svého původního rozhodnutí krajským soudem ze zákona povinen novým rozhodnutím zastavit řízení z důvodu uplynutí lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu, neznamená to, že jeho nové rozhodnutí není vydáno v souladu s právním názorem krajského soudu ve smyslu § 124a daňového řádu. Rozumí se totiž bez dalšího, že krajský soud zavázal správce daně nově rozhodnout v souladu s jeho právním názorem, avšak při současném zohlednění všech právních skutečností, k nimž je správce daně podle zákona při svém rozhodování povinen přihlédnout. Takovou skutečností je i plynutí času, má‑li vliv na trvání oprávnění správce daně daň stanovit. Krajský soud proto nemusí při každém zrušení rozhodnutí správce daně o stanovení daně výslovně dodávat, že novým rozhodnutím lze stanovit daň v souladu s vysloveným právním názorem jen ve lhůtě pro stanovení daně. Z výše uvedeného vyplývá, že pro posouzení aplikace § 124a daňového řádu nemůže být relevantní to, že žalovaný správce daně v rámci nového stadia téhož daňového řízení, vyvolaného na základě zrušujícího rozsudku krajského soudu, z důvodu prekluze zrušil rozhodnutí správce daně I. stupně a řízení zastavil. Ustanovení § 124a daňového řádu je třeba aplikovat i na tyto situace, tedy nové rozhodnutí se stává neúčinným.“
V posuzované   věci   došlo   k   tomu, že   Odvolací   finanční   ředitelství   vydalo   rozhodnutí
ze   dne   14. 12. 2020, kterým   potvrdilo   dodatečný     platební    výměr   Finančního    úřadu
pro Liberecký kraj ze dne 9. 7. 2013 v části, jíž byla žalobkyni podle pomůcek doměřena daň z příjmů fyzických osob za zdaňovací období roku 2011 ve výši 102 765 Kč. Rozhodnutí Odvolacího   finančního    ředitelství    bylo    následně     zrušeno   rozsudkem    zdejšího   soudu
ze dne 22. 7 2021, č. j. 59 Af 3/2021-43, pro vady řízení. Odvolací Finanční ředitelství následně vydalo nové rozhodnutí ze dne 24. 2. 2022, č. j. 6627/22/5200-10422-711473, které zrušilo dodatečný platební výměr a zastavilo doměřovací řízení.
V rozsudku ze dne 22. 7 2021, č. j. 59 Af 3/2021-43, zdejší soud konstatoval, že za účelem řádné nápravy předchozího postupu finančních orgánů měla v odvolacím řízení v zájmu zachování práv žalobkyně proběhnout daňová kontrola, což se nestalo. S tímto závěrem rušil rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020. Je zcela nepopiratelné, že uvedený závěr je vyjádřením závazného právního názoru, kterým bylo Odvolací finanční ředitelství v dalším řízení vázáno. Jelikož v dalším řízení nemohlo přistoupit bez dalšího k doměření daně pomůckami, mělo se pokusit doměřit daň na základě § 87 odst. 5 daňového řádu. Na tento postup však nezbýval s ohledem na běh lhůty pro stanovení daně dostatek času. Odvolací finanční ředitelství proto zcela logicky přistoupilo ke zrušení dodatečného platebního výměru a zastavení řízení. Tento postup nebyl v rozporu s názorem vysloveným zdejším soudem, nebránil
tedy sám o sobě aplikaci § 124a daňového řádu (srov. se shora citovaným rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 6. 2025, č. j. 9 Afs 42/2025-32).
Rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 5. 2024, č. j. 6 Afs 252/2021-68, byl rozsudek zdejšího soudu ze dne 22. 7 2021, č. j. 59 Af 3/2021-43, zrušen. Nejvyšší správní soud uvedl, že ze samotné skutečnosti, že neproběhla daňová kontrola, nýbrž že žalovaný postupoval v mezích §115 daňového řádu a prováděl dokazování v rámci odvolacího řízení, neplyne, že žalobkyně měla horší možnost vyjadřovat se či navrhovat důkazy. Tím v podstatě aproboval postup Odvolacího finančního ředitelství, který vyústil ve vydání rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020. Závěry Nejvyššího správního soudu pak přejal i zdejší soud, který žalobu žalobkyně rozsudkem ze dne 27. 8. 2024, č. j. 59 Af 3/2021-69, zamítl.
K vyřešení střetu staršího právního názoru krajského soudu a novějšího právního názoru Nejvyššího správního soudu slouží právě aplikace § 124a daňového řádu. Zdejší soud je tedy toho názoru, že § 124a daňového řádu na danou situaci dopadá. Postupem podle § 124a daňového řádu totiž došlo „odstranění“ rozhodnutí ze dne 24. 2. 2022, které nebylo vydáno v souladu s novým, správným právním názorem Nejvyššího správního soudu. Námitka nesprávnosti aplikace § 124a daňového řádu je tedy nedůvodná.
Pokud žalobkyně namítala údajné vady řízení předcházejícího vydání rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020, č. j. 45170/20/5200-10422-711473, které mají způsobovat jeho nezákonnost, včetně prekluze práva stanovit daň či nesprávného doručování platebního výměru, je nutné uvést následující. Pravomocná rozhodnutí správních orgánů jsou nadána tzv. presumpcí správnosti. Nejvyšší správní soud ve svém rozsudku ze dne 4. 2. 2009, č. j. 1 As 79/2008-128, uvedl, že „právní řád je založen na zásadě presumpce správnosti aktů vydaných orgány veřejné správy, dle níž se má za to, že správní akt je zákonný a správný, a to až do okamžiku, kdy příslušný orgán zákonem předvídanou formou prohlásí správní akt za nezákonný a zruší jej.“ (srov. též rozsudek NSS ze dne 21. 10. 2015, č. j. 2 Afs 140/2015-70). S ohledem na tuto zásadu není možné věcně přezkoumávat v tomto řízení zákonnost či správnost rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020, resp. věcně vypořádávat námitky žalobkyně směřující proti uvedenému rozhodnutí. Přezkum zákonnosti rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020 totiž není předmětem tohoto soudního řízení. O žalobě proti citovanému rozhodnutí rozhodl zdejší soud rozsudkem ze dne 27. 8. 2024, č. j. 59 Af 3/2021-69, tak že ji zamítl. Kasační stížnost proti tomuto rozsudku podána nebyla.
Námitky žalobkyně obsažené v replice, které se týkaly splnění podmínek pro stanovení daně podle pomůcek, soud posoudil jako opožděné, neboť byly uplatněny až po uplynutí lhůty k podání žaloby. Jednalo se o nové žalobní body, jež původní žaloba neobsahovala, a tudíž o její nepřípustné rozšíření (srov. s § 71 odst. 2 věta třetí s. ř. s.). I ohledně těchto námitek však platí, že soud v tomto řízení zákonnost či správnost rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 12. 2020 přezkoumávat nemůže.

VI. Závěr a náklady řízení

Z uvedených důvodů vyhodnotil soud žalobní námitky jako nedůvodné a žalobu zamítl
podle § 78 odst. 7 s. ř. s.
O podané žalobě rozhodl soud bez nařízení jednání, a to v souladu s § 5 1 odst. 1 s. ř. s.,
za výslovného souhlasu žalobkyně a žalovaného.
Výrok o náhradě nákladů řízení se opírá o § 60 odst. 1 věta prvá s. ř. s., podle něhož má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl.
V souzeném případu měl úspěch žalovaný správní orgán, ten náhradu nákladů řízení nepožadoval, ostatně mu ani žádné náklady nad rámec jeho běžné činnosti nevznikly, soud proto vyslovil,
že žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje
se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty
na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu
a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Liberec 18. prosince 2025

Mgr. Karolína Tylová, LL.M.

předsedkyně senátu