59 Af 16/2024 - 61 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	59 Af 16/2024 - 61
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	16. 9. 2025
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

žalobce: X

sídlem X

zastoupený advokátem JUDr. Ing. Ondřejem Lichnovským

sídlem Palackého 151/10, Prostějov

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství

sídlem Masarykova 427/31, Brno

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 15. 8. 2024, č. j. 24370/24/5200-11433-712953

takto:

Žaloba se zamítá.

Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

Předmět řízení

Žalobce se domáhá přezkumu shora označeného rozhodnutí žalovaného, kterým žalovaný zamítl jeho odvolání a potvrdil rozhodnutí Finančního pořady pro Liberecký kraj (dále jen „správce daně“) – dodatečný platební výměr ze dne 31. 7. 2023, č. j. 1091591/23/2602-50523-505713, kterým správce daně žalobci doměřil daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2017 ve výši 409 830 Kč a současně žalobci sdělil výši penále 81 966 Kč.
Dne 19. 10. 2020 zahájil správce daně u žalobce daňovou kontrolu na dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2017 a 2018. Žalobce předložil správci daně ke kontrole dne 27. 10. 2020 informace k projektům výzkumu a vývoje:

– Projekt 1 – Andon TV Tabule (17090), datum zahájení 9. 10. 2017, datum ukončení k 20. 11. 2017, uplatněné náklady ve výši 27 655 Kč;

– Projekt 2 –- Mikrováhy Premix (17116), datum zahájení 8. 11. 2017, datum ukončení – předpoklad 31. 12. 2019, uplatněné náklady ve výši 67 234 Kč;

– Projekt 3 – Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí (16178), datum zahájení 1. 2. 2017, datum ukončení 29. 12. 2017, uplatněné náklady ve výši 1 749 397 Kč;

– Projekt 4 – Strojové vidění (17007), datum zahájení 4. 1. 2017, projekt přerušen, uplatněné náklady ve výši 131 776 Kč;

– Projekt 5 – Peletovací linka (99998), datum zahájení 4. 1. 2017, projekt přerušen, uplatněné náklady ve výši 162 408 Kč.

Dne 10. 2. 2022 vydal správce daně výzvu k prokázání skutečností, ve které v bodě 4) v části týkající se zdaňovacího období roku 2017 žalobce vyzval k prokázání uplatněného nároku na odpočet daně na podporu výzkumu a vývoje dle § 34 odst. 4 a § 34a až § 34e zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, v celkové výši 2 138 470 Kč.
Dne 31. 3. 2023 sepsal správce daně sdělení o dosavadním výsledku kontrolního zjištění, současně žalobci stanovil lhůtu k vyjádření se k výsledku kontrolního zjištění. Žalobce reagoval v prodloužené lhůtě podáními učiněnými dne 1. 6., 5. 6., 7. 6. a 8. 6. 2023. Správce daně dospěl k závěru, že ani po vyjádření žalobce nedošlo k podstatné změně dosavadního výsledku kontrolního zjištění, a přistoupil k sepsání zprávy o daňové kontrole ze dne 26. 7. 2023, č. j. 1053154/23/2602-60561-507653. Zprávu o daňové kontrole spolu s oznámením o ukončení daňové kontroly žalobci doručil dne 27. 7. 2023.
Podstatou kontrolního zjištění byl závěr správce daně, že žalobce neprokázal nárok na odpočet daně na podporu výzkumu a vývoje z důvodu formálních nedostatků projektů, neboť:

– v rozporu s § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů neobsahuje projektová dokumentace cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení – u všech projektů;

– v rozporu s § 34c odst. 1 písm. f) uvedeného zákona neobsahuje projektová dokumentace způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků prováděných ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje – u všech projektů;

– v rozporu s § 34c odst. 1 a 2 uvedeného zákona nebyla dodržena podmínka prospektivnosti projektů – u Projektu 1 – Andon TV Tabule, Projektu 2 – Mikrováhy Premix, Projektu 3 - Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí a Projektu 5 – Peletovací linka;

– v rozporu s § 34b odst. 1 písm. c) uvedeného zákona nebyly výdaje vynaložené na výzkum a vývoj evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) – u Projektu 1 – Andon TV Tabule a Projektu 3 – Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí.

Proti dodatečnému platebnímu výměru podal žalobce dne 29. 8. 2023 odvolání, o němž rozhodl žalovaný žalobou napadeným rozhodnutím. Ačkoli žalovaný dodatečný platební výměr potvrdil, zčásti korigoval závěry správce daně.
U všech čtyřech projektů, u kterých správce daně konstatoval nedodržení podmínky prospektivnosti, žalovaný dovodil, že žalobce nezačal s pracemi na těchto projektech před jejich schválením.
Pokud jde o oddělenou evidenci výdajů na výzkum a vývoj od ostatních výdajů (nákladů), žalovaný nesprávný postup shledal jen u Projektu 3 – Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí. Správce daně uvedl odpracované hodiny 3 lidí v 11 dnech, kdy měli tito zaměstnanci současně pracovat na projektu výzkumu a vývoje a jiných zakázkách. V součtu by uvedený zaměstnanec daný den dle počtu odpracovaných hodin na projektu a na jiné práci odpracoval takový počet hodin, že to oprávněně vyvolává pochybnost, zda žalobce zaznamenal v oddělené evidenci jen a pouze ty náklady, které souvisely s projektem, a nikoliv další obecné náklady související s běžnou činností.
U Projektu 5 – Peletovací linka žalovaný oproti správci daně uvedl, že z cílů uvedených v tomto projektu lze dovodit, jaké konkrétní výstupní parametry bude dané zařízení splňovat, co bude obsahem projektu a jaký je důvod vývoje. Ve vztahu k ostatním projektům výzkumu a vývoje se žalovaný ztotožnil se závěry správce daně, že v projektech nebyly uvedeny dostatečně konkrétně informace o cílech projektu tak, aby byly specifické, měřitelné, a tedy i vyhodnotitelné. Ačkoli se podle žalovaného správce daně obsáhle vyjadřoval i k věcnému naplnění ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty, dospěl k závěru o nenaplnění formální požadavků dle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. V písemných projektech jsou sice uvedeny relativně obsáhlé údaje, včetně odstavců označených jako Ocenitelný prvek novosti a Vyjasnění technické nebo výzkumné nejistoty, obsahově ale jde o nekonkrétní a obecné informace, ze kterých není jasné, o co se usiluje, jaký je cílový – požadovaný stav. V cílech projektů nejsou specifikovány konkrétní technické požadavky a technický stav, ke kterému vývoj a výzkum směřuje tak, aby mohl být projekt vyhodnotitelný po ukončení. Chybí konkrétní popis nových podstatných vlastností, unikátního, speciálního a originálního řešení.
Rovněž podle žalovaného nebyla u všech projektů splněna podmínka dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů, neboť nebylo nic konkrétního stanoveno o obsahu kontroly a hodnocení, nebylo vymezeno, podle jakých pravidel (kritérií, metodiky) se měla po věcné stránce hodnotit, zda a do jaké míry bylo řešení projektu úspěšné. V předložené směrnici schválené dne 2. 1. 2017 byly uvedeny jen obecné informace a dokumenty, které žalobce na základě směrnice předložil, obsahují jen strohé hodnocení, podle blíže nespecifikovaných pravidel. Z interní směrnice tak lze zjistit, kdo bude kontrolu vykonávat a jaké dokumenty měly být vyhotoveny. Vymezení obsahu a pravidel kontroly nebylo zřejmé ani z předloženého vzoru Zpráva o průběhu projektu VaV, který byl přílohou č. 2 směrnice, který je univerzální pro všechny projekty, představuje pouze určitou šablonu, kritéria pro její vyplnění v kontextu každého jednotlivého projektu absentují.

Žaloba

Žalobce namítal, že napadené rozhodnutí je nezákonné, neboť došlo k porušení § 115 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, rozhodnutí žalovaného je překvapivé. Rozhodnutí správce daně a žalovaného nejsou postavena na shodných okolnostech, neboť správce daně formální podmínku v podobě vymezení cílů projektu výzkumu a vývoje spojoval s odstraňováním technické nejistoty a přítomnosti ocenitelného prvku novosti, zatímco žalovaný dovodil, že těmito otázkami se nemusí zabývat, přesto konstatoval porušení § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Stranou jde věcná správnost argumentace, podstatné je odlišné odůvodnění správce daně a žalovaného. Žalovaný dále přehodnotil závěry o prospektivnosti projektů výzkumu a vývoje a ohledně oddělené evidence nákladů u jednoho z projektů. Žalovaný žalobce neseznámil postupem dle § 115 odst. 2 daňového řádu se svými úvahami a s tím, že došlo k názorové změně. Znemožnil tak žalobci reagovat na nové posouzení a předkládat relevantní argumenty a důkazy. Napadené rozhodnutí je rozhodnutím v neprospěch žalobce, chtěl-li žalovaný zasahovat do argumentace správce daně, jde o provádění dokazování v širším smyslu, bylo proto jeho povinností postupovat dle § 115 odst. 2 daňového řádu. Žalobce odkazoval na komentářovou literaturu a závěry rozsudků Nejvyššího správního soudu (dále jen „NSS“) sp. zn. 10 Afs 436/2021, 1 Afs 438/2017 a 10 Afs 173/2017.
V dalším žalobním bodu žalobce nesouhlasil se závěry o porušení § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Podle žalobce cíle vymezené u všech projektů výzkumu a vývoje naopak požadavky vyžadované uvedeným ustanovením naplňují, nejednalo se o řešení, kterého by bylo zjevně nemožné dosáhnout. Žalovaný vůbec nezjišťoval, zda jsou hledaná řešení objektivně dosažitelná, za tímto účelem by bylo nutné odborné posouzení znalce. Takto však žalovaný, přestože nedisponuje odbornými znalostmi, nepostupoval. Při hodnocení vymezení cílů projektu je nutné zohlednit i to, že žalobce postupuje dle požadavků svých odběratelů a pod vymezení cílů nebylo možno libovolně zařadit jakoukoli zakázku. Nesplnění formální podmínky dle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů nastává pouze tehdy, kdy je cíl natolik vágní, že ověření jeho dosažení bude nemožné, což v případě žalobce nenastalo. Žalobce upozornil na potřebu restriktivního výkladu uvedeného ustanovení, nikoli nepřiměřeně přísného posuzování této otázky. Nepřezkoumatelnost napadeného rozhodnutí je způsobena také tím, že žalovaný své hodnocení cíle projektů výzkumu a vývoje omezil pouze na Projekt 1 – Andon TV Tabule a ostatními projekty se nezabýval. Není tak jasné, z čeho žalovaný dovodil porušení uvedeného ustanovení. Žalobce dále konstatoval, že z citovaného ustanovení neplyne, že by cíl projektu musel být měřitelný, tedy že by musel uvádět měřitelné veličiny, jak mylně dovozuje žalovaný. Tím žalovaný v rozporu s § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů a čl. 11 odst. 5 Listiny základních práv a svobod zavádí nový požadavek na vymezení cíle projektu výzkumu a vývoje v podobě měřitelnosti. Žalobce nesouhlasil s tím, že v projektech chybí technické požadavky a technický stav, ke kterému výzkum a vývoj směřuje tak, aby mohl být projekt vyhodnotitelný po ukončení. Nato se žalobce vyjádřil ke konkrétním projektům a trval na tom, že cíle všech projektů byly dosažitelné v době jejich řešení a vyhodnotitelné po jejich ukončení. Projekty obsahují ocenitelný prvek novosti a odstraňování technické nejistoty, které je odlišují od ostatních činností. Žalovaný aplikuje rozsudky NSS č. j. 2 Afs 240/2022-38 a č. j. 10 Afs 77/2017-53, aniž by zohlednil odlišný skutkový stav.
Dále žalobce namítal, že správce daně ve výzvě k prokázání skutečností nezpochybnil, že projekty výzkumu a vývoje nemají náležitě vymezen způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektů a dosažených výsledků. Správce daně tak neunesl své důkazní břemeno, když nevymezil okruh svých pochybností, a žalobci nevznikla odpovídající důkazní povinnost. Tuto vadu pak s ohledem na závěry rozsudku NSS sp. zn. 6 Afs 156/2020 nemůže správce daně zhojit. Z toho důvodu je napadené rozhodnutí nezákonné, nedošlo k zákonem předvídanému zpochybnění splnění § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Podle žalobce závěry o porušení § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních nemají oporu v provedeném dokazování. Právní úprava na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektů a dosažených výsledků žádná specifika neklade. V takovém případě je třeba postupovat in dubio mitius, resp. in dubio pro libertate. Žalovaný vytváří vlastní pravidla, a to v rozporu s čl. 11 odst. 5 Listiny základních práv a svobod. Žalobce citoval části projektů nazvané „Způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků“ a část odkazované směrnice a dovozoval, že projekty jsou řešeny v etapách, kontroly a hodnocení probíhají průběžně, kontrolu provádí Pavel Bár, o kontrole je vyhotoven protokol, resp. zpráva o průběhu projektu. Směrnice obsahuje v příloze schéma postupů podle interních pravidel. Je tedy zřejmé, že způsob kontroly a hodnocení postup řešení projektů a dosažených výsledků byl v projektech předem vytyčen a plánován, lze z nich seznat, kdo bude kontrolu provádět, a to v pravidelných intervalech, ve kterých budou hodnoceny dosažené výsledky řešení, v návaznosti na vymezené cíle, resp. zadání zákazníka. Nelze izolovaně bez vazby na skutečně provedené kontroly a hodnocení posuzovat, zda je dostatečně splněna formální podmínka v podobě způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků. Žalovanému žalobce vytýkal, že se faktickým řešením kontrol vůbec nezabýval a dovolával se závěrů rozsudku Krajského soudu v Brně sp. zn. 30 Af 5/2017. Je zřejmé, že při posuzování formální náležitosti projektu výzkumu a vývoje v podobě způsobu hodnocení kontrol dosažených výsledků nelze odhlížet od jejich reálného provedení. Podle žalobce je třeba rozlišovat mezi situací, kdy prokázaná realita způsobu provádění kontrol a hodnocení není v zásadním rozporu s tím, co je, byť obecněji, plánováno v projektech, a situací, kdy se ukáže, že kontroly a hodnocení výsledků projektu prováděny nebyly. Rozsudek NSS sp. zn. 9 Afs 215/2023, jehož se dovolával žalovaný, označil žalobce za nikoli přiléhavý, věnuje se odlišnému případu. Stejně žalobce argumentoval i ve vztahu k rozsudku sp. zn. 8 Afs 169/2020.
Podle žalobce je dále napadené rozhodnutí vnitřně rozporné, neboť se žalovaný na straně jedné zabýval hodnocením vedené evidence nákladů, kterou s výjimkou Projektu 3 – Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí považuje za souladnou s § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, ovšem na straně druhé rozporuje naplnění formálních podmínek projektu výzkumu a vývoje. Posuzuje-li žalovaný vedenou evidenci nákladů, je zřejmé, že již nemá pochybnosti o tom, že projekty výzkumu a vývoje splňují jak formální, tak věcnou stránku. Bylo by absurdní, aby se žalovaný zabýval evidencí nákladů, pokud by projekty nesplňovaly zákonné náležitosti pro odpočet nákladů. Žalobce odkazoval na závěry rozsudku NSS sp. zn. 5 Afs 269/2021.
Další žalobní bod se týkal evidence nákladů na projekt výzkumu a vývoje. Žalobce namítal, že ve výzvě k prokázání skutečností nebyla zpochybněna vedená evidence nákladů výzkumu a vývoje. Žalobce tedy unesl své primární důkazní břemeno předložením bezvadného účetnictví a bylo tak na správci daně, aby unesl své důkazní břemeno, které jej tíží dle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu. Ke zpochybnění vedené evidence tak nedošlo v souladu se zákonem, závěry správce daně nebyly důkazně podloženy. Žalobce dostál formálním požadavkům, bezezbytku totiž naplnil podmínku dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, který ukládá povinnost vést oddělenou evidenci nákladů na výzkum a vývoj. Žalovaný nesprávně zaměňuje mezi závěry o nesplnění formálních náležitostí vedené evidence a závěry o tom, zda se náklady skutečně týkají projektu výzkumu vývoje. Žalobce se v této souvislosti dovolával závěrů rozsudku NSS sp. zn. 1 Afs 429/2018 a rozsudku Krajského soudu v Brně sp. zn. 29 Af 68/2018. Žalovaný bez dokazování nemůže posuzovat, zda je patrná souvislost nákladu s projektem výzkumu a vývoje. K takovému dokazování vůbec nedošlo, žalovaný zůstal pouze ve formální rovině. Žalobci je tak absurdně vytýkáno nesplnění formálních náležitostí evidence nákladů na výzkum a vývoj, které nijak nesouvisí s posouzením, zda je tato průkazná a zda je patrná souvislost uplatněných výdajů v rámci odpočtu. Dle žalobce je předložená evidence oddělená od ostatních nákladů a rovněž průkazná, když se vztahuje jen k nákladům projektu výzkumu a vývoje.
V závěru žaloby žalobce správci daně vytýkal, že za účelem náležitého posouzení projektů výzkumu a vývoje neustanovil znalce. Zdůraznil, že správce daně neposuzoval pouze formální stránku projektu, ale žalobci opakovaně vytýkal, že projekty nesplňují materiální podmínky v podobě přítomnosti ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty, tyto skutečnosti se žalovaný snažil upozadit. Již tato okolnost dokládá, že znalec měl být ustanoven. Jediné kritérium, které zákon stanoví, je, aby se jednalo o cíl dosažitelný a vyhodnotitelný. Z daňového řádu ani ze zákona o daních z příjmů neplyne, že by ustanovení znalce v případě posuzování oprávněnosti odpočtu na výzkum a vývoj mělo být vyhrazeno výlučně situaci, kdy je posuzována věcná stránka výzkumně vývojové činnosti. Z § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu plyne, že znalec musí být ustanoven vždy, když je toho v řízení potřeb k posouzení odborné otázky. Žalovaný, který nemá žádné odborné vzdělání ani zkušenosti s daným odvětvím, nemůže tvrdit, že cíle jsou nedostatečně zvolené a nejsou splněny podmínky § 34c odst. 1 písm. c) zákona o dani z příjmů. Při zkoumání nastavení cíle se nelze oprostit od roviny odborné, po žalobci nelze požadovat, aby v rámci vymezení cíle vymezil komplexně stav v daném oboru. Za účelem komplexního zhodnocení, zda na základě vymezených cílů lze dosáhnout konkrétního řešení a zda vytčeny cíl lze následně vyhodnotit, měl správce daně ustanovit odborníka. Závěry rozsudku NSS sp. zn. 6 Afs 161/2021 podle žalobce nedopadají na řešený případ. Žalobce se naopak dovolával rozsudků NSS sp. zn. 1 Afs 174/2016 a 1 Afs 133/2019 a poukazoval na primární povinnost správce daně postupovat tak, aby řádně zjistil rozhodné skutečnosti pro stanovení daně.
Z uvedených důvodů žalobce navrhoval, aby soud napadené rozhodnutí žalovaného zrušil, věc mu vrátil k novému rozhodnutí a žalobci přiznal proti žalovanému náhradu nákladu řízení.

Vyjádření žalovaného

V písemném vyjádření k žalobě žalovaný s uvedenými námitkami nesouhlasil. Dodal, že skutkový stav a právní posouzení věci jsou podrobně rozvedeny v odůvodnění napadeného rozhodnutí, a proto na ně odkázal.
Žalovaní odmítnul, že by bylo jeho rozhodnutí překvapivé. V napadeném rozhodnutí opakovaně konstatoval, že prvotním zjištěním správce daně bylo porušení formálních podmínek daných § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, nikoli nenaplnění věcné stránky výzkumně vývojové činnosti. Správce daně se sice nad rámec posuzování naplnění formálních podmínek vyjadřoval k věcné stránce výzkumu a vývoje, tyto úvahy byly nadbytečné a žalovaný je nebral v dotaz. Rozhodnutí žalovaného a správce daně nestojí na odlišných okolnostech, oba shledali porušení formální podmínky stanovené v § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, která jediná by byla dostačujícím důvodem pro neuznání nároku na odpočet daně, a dále porušení podmínky stanovené v § 34c odst. 1 písm. f) uvedeného zákona. Nicméně žalovaný korigoval některé závěry správce daně týkající se porušení podmínky prospektivnosti a oddělené evidence nákladů. Žalovaný tak nedospěl k odlišnému právnímu názoru, ani žádným způsobem nezhoršoval postavení žalobce. V jeho postupu nelze shledat porušení § 115 odst. 2 daňového řádu. Argumentace rozsudkem rozšířeného senátu NSS č. j. 1 Afs 438/2017-52 není přiléhavá, žalovaný neprováděl dokazování ani nedospěl k odlišnému právnímu posouzení.
Žalovaný setrval na názoru, že u většiny projektů nebyla splněna podmínka stanoveného cíle, který by byl v souladu s § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů dosažitelný v době řešení projektu a vyhodnotitelný po jeho ukončení. Těmito otázkami se obsáhle zabýval v napadeném rozhodnutí pod body [87] až [98], na svých závěrech setrval. Odmítnul, že by bylo napadené rozhodnutí nepřezkoumatelné z toho důvodu, že se omezuje na hodnocení projektu Andon TV Tabule. Žalovaný odkázal na body [87] a následující napadeného rozhodnutí, zejména body [93] až [95], v napadeném rozhodnutí také odkázal na příslušné strany zprávy o daňové kontrole. Není nutné, aby byl cíl projektu „měřitelný“, to ale neznamená, že v projektu nemusí být vymezeno, k čemu má výzkum a vývoj směřovat. Žalovaný nesouhlasil s názorem žalobce o nepřiléhavosti odkazované judikatury v napadeném rozhodnutí, obecně formulované závěry týkající se cílů projektů jsou i na projednávaný případ přiléhavé.
Námitkou týkající se způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektů výzkumu a vývoje a dosažených výsledků se žalovaný rovněž podrobně zabýval v bodech [99] až [119] napadeného rozhodnutí. Zdůraznil smysl vymezeného požadavku a odmítl námitku, že správce daně neunesl své důkazní břemeno. V bodě 4) výzvy k prokázání skutečností žalobce vyzval, aby prokázal, že uplatňuje nárok na odpočet v souladu s § 34 odst. 4 a § 34a až § 34e zákona o daních z příjmů a na str. 8–18 výzvy se zabýval jednotlivými nesrovnalostmi. Následně byl žalobce s podrobným hodnocením způsobu kontroly a hodnocení postupu u jednotlivých projektů seznámen prostřednictvím sdělení o dosavadním výsledku kontrolního zjištění, přičemž mu byla stanovena lhůta, v níž se mohl vyjádřit a podat návrhy na jeho doplnění. Žalobce důkazní prostředky, které by naplňovaly formální podmínky vymezené v § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů nepředložil. Žalovaný setrval na závěrech uvedených v napadeném rozhodnutí. K argumentaci žalobce zásadou in dubio pro mitius, resp. in dubio pro libertate uvedl, že zásada je aplikovatelná pouze za situace, kdy proti sobě stojí více rovnocenných výkladů právního předpisu, což nebyl daný případ.
Žalovaný rovněž odmítl námitku rozpornosti závěrů napadeného rozhodnutí. Posuzování vedené evidence není podmíněno tím, že by bylo postaveno na jisto naplnění formálních a materiálních požadavků. Žalovaný dospěl k závěru o nenaplnění formálních podmínek dle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů a v případě projektu Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí také podpůrně k závěru o nesplnění podmínky stanovené v § 34b odst. 1 písm. c) uvedeného zákona, tyto závěry se nevylučují.
K problematice oddělené evidence nákladů na projekty výzkumu a vývoje žalovaný podotkl, že tato podmínka nebyla naplněna jen u projektu Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky, odkázal na body [50] až [52] napadeného rozhodnutí. Správce daně se k vedené evidenci u tohoto projektu vyjádřil na str. 14 a 15 výzvy k prokázání skutečností. Následně byl žalobce s hodnocením vedení oddělené evidence nákladů seznámen dne 3. 4. 2023, byla mu stanovena lhůta k vyjádření, mohl podat návrhy na jeho doplnění. Žalobce pochybnosti o tom, zda zaznamenal v oddělené evidenci jen náklady, které souvisely s projektem výzkumu a vývoje, a nikoli další obecné náklady související s běžnou činností, nevyvrátil. Žalovaný setrval na názoru, že porovnáním údajů uvedených ve výkazech práce pracovníků na projektu a oddělené evidence nákladů na výzkum a vývoj se zakázkovými listy bylo zjištěno, že někteří zaměstnanci ve dnech, kdy měli pracovat na projektu, měli současně provádět práce i na jiných zakázkách žalobce, přičemž v součtu daný zaměstnanec měl odpracovat nestandardní počet hodin
V závěru žalovaný označil za nedůvodnou námitku neustanovení znalce. Zdůraznil, že důvodem pro neuznání nároku na odpočet daně na podporu výzkumu a vývoje nebyla absence ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty, ale nenaplnění formálních podmínek kladených na projekt výzkumu a vývoje, k posouzení čehož není nutné ustanovení znalce.
Žalovaný proto navrhoval, aby soud žalobu jako nedůvodnou zamítl.

Replika žalobce

Žalobce trval na tom, že zatímco správce daně formální podmínku v podobě vymezení cílů projektu výzkumu a vývoje spojoval s odstraňováním technické nejistoty a přítomností ocenitelného prvku novosti, žalovaný dovozuje, že došlo k porušení § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů z důvodu, že projekty obsahují nekonkrétní a obecné informace. Nejde o to, zda žalovaný shledal porušení stejného ustanovení jako správce daně, ale z jakých důvodů tak učinil. Argumentace žalovaného rozsudkem NSS č. j. 10 Afs 77/2017-53 je nepřípadná, neboť se netýkal výkladu § 115 odst. 2 daňového řádu. NSS v rozsudku sp. zn. 10 Afs 436/2021 naopak dovozuje, že za dokazování dle uvedeného ustanovení je nutno považovat jakékoli zásahy do úvah správce daně. Tvrzení žalovaného, že nezhoršoval postavení žalobce, neobstojí. Za rozhodnutí v neprospěch daňového subjektu je nutno považovat právě zamítavé rozhodnutí v rámci odvolacího řízení, žalobce odkázal na rozsudek NSS č. j. 10 Afs 173/2017-58.
Jde-li o vymezení cílů projektu výzkumu a vývoje, žalovaný nastavuje kritéria na vymezení cílů takovým způsobem, že převážná většina projektů neobstojí. Žalobce se dovolával závěrů rozsudku NSS č. j. 2 Afs 352/2023-52. Podle NSS je třeba se zabývat skutkovými okolnostmi posuzovaného projektu a charakterem vývojové činnosti. Takto žalovaný nepostupoval, samotnými projekty, jejich vývojem se nezabýval. Nato žalobce znovu u jednotlivých projektů uvedl vymezení cílů, ty obsahují základní cíl, i ocenitelný prvek novosti a odstraňování technické nejistoty. Zopakoval, že žalovaný rezignoval na věcné posouzení, nepřihlédl k samotnému průběhu posuzovaného projektu a charakteru vývojové činnosti. Navíc se konkrétně zabýval jen projektem Andon TV Tabule. Pokud žalovaný uvedl, že řízení před správcem daně a odvolací řízení tvoří jeden celek, namítal žalobce, že rozhodne-li se žalovaný od závěrů prvoinstančního správce daně odchýlit, je toto propojení přerušeno. To se následně projeví tím, že v rámci soudního přezkumu si nemůže žalovaný vypomáhat závěry vzešlými z daňové kontroly, které korigoval.
Žalobce setrval i na své argumentaci týkající se vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektů výzkumu a vývoje a dosažených výsledků. Žalovaný ve vyjádření přiznal, že ve výzvě správce daně kontrolu a hodnocení nezpochybnil. Má‑li daňový subjekt prokazovat skutečnosti k výzvě správce daně a odstraňovat pochybnosti v ní vyjádřené, musí správce daně jasně svoje pochybnosti formulovat. Podle žalobce je z projektů, resp. Směrnice patrné, že projekty jsou řešeny v etapách, kontroly a hodnocení probíhají průběžně, kontrolu provádí Pavel Bár a o kontrole je vyhotoven protokol, resp. zpráva o průběhu projektu. Směrnice dále obsahuje v příloze 1 schéma postupů podle interních pravidel. Žalovaný pomíjí, že žalobce doložil důkazy z průběhu realizace jednotlivých projektů, které dokládají, že se kontroly a hodnocení realizovaly. Žalobce se dovolával znovu dovolával závěrů rozsudku NSS č. j. 2 Afs 352/2023-52, naopak žalovaný podle žalobce argumentoval judikaturou, které nebyla přiléhavá s ohledem na jiné skutkové okolnosti.
Žalobce zopakoval, že ke zkoumání evidence nákladů na výzkum a vývoj měl žalovaný přistoupit teprve tehdy, není-li pochyb o splnění formálních i věcných podmínek výzkumu a vývoje. Postup žalovaného má za následek, že nemůže zároveň zpochybnit, že doložené projekty jsou projekty ve smyslu zákona o daních z příjmů, tj. že obsahují formální náležitosti, jakož i naplňují věcnou stránku v podobě odstraňování technické nejistoty a že obsahují ocenitelný prvek novosti.
Ve vztahu k oddělené evidenci nákladů žalobce uvedl, že žalovaný odkázal na str. 14 a 15 výzvy k prokázání skutečností. Zde absentuje úvaha, ze které by bylo patrné, že by existovala pochybnost, zda žalobce zaznamenal v oddělené evidenci pouze ty náklady, které souvisely s projektem výzkumu a vývoje, nikoliv další obecné náklady související s běžnou činností. Žalobce se znovu vrátil k rozložení důkazního břemene. A namítal, že posuzování otázky, zda se vykázané náklady skutečně vztahují k řešení konkrétního projektu, logicky vyžaduje, aby se správce daně zabýval věcnou stránkou daného projektu. Teprve na základě takového hodnocení, kdy budou věcně zkoumány aktivity při řešení, může činit skutkové závěry, zda uplatněné náklady byly vykázány na projekt či nikoli. S odkazem na rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem – pobočka v Liberci, č. j. 59 Af 17/2019-58 žalobce namítal směšování hodnocení formálních a materiálních podmínek. Zda byly výdaje oprávněně uplatněny v rámci odčitatelné položky a zda je dána návaznost výdajů s uplatněnými náklady, je otázkou skutkovou a musí mít oporu v dokazování. Dokazování k průběhu řešení však nebylo vedeno, tím sám žalovaný argumentuje. Je rozdíl mezi tím, zda nejsou náklady na výzkum a vývoj uznány z důvodu nevedení oddělené evidence, tzn. z důvodu její formální nedostatečnosti, anebo z důvodu neprůkaznosti této evidence, což žalovaný účelově zaměňuje.
Argumentaci žalovaného týkající se ustanovení znalce označil žalobce za lichou. Trval na tom, že znalec měl být v dané věci ustanoven za účelem komplexního zhodnocení, zda na základě vymezených cílů lze dosáhnout konkrétního řešení a zda vytčený cíl je možno následně vyhodnotit. Znalecký posudek musí nechat správce daně vyhotovit i v situaci, kdy posuzuje formální náležitosti projektu výzkumu a vývoje, vyjde-li najevo taková potřeba, což byl právě posuzovaný případ.

Duplika žalovaného

Argumentaci týkající se porušení § 115 odst. 2 daňového řádu žalovaný doplnil o odkaz na rozsudek NSS č. j. 5 Afs 56/2024-70, ve světle přijatých závěrů nelze konstatovat, že rozhodnutí žalovaného bylo překvapivým.
Jak vyplývá ze zprávy o daňové kontrole, správce daně dospěl k závěru, že cíle projektů byly stanoveny nekonkrétním způsobem, není z nich jasné, o co se usiluje, v čem se řešení liší od současného stavu, jaký má být požadovaný cílový stav a jaký bude jeho přínos. V cílech projektů nejsou specifikované konkrétní technické požadavky a technický stav, ke kterému výzkum a vývoj směřuje tak, aby mohl být projekt vyhodnotitelný po ukončení. Z popsaných cílů nebylo možné ověřit, jaký byl aktuální stav v dané oblasti, ani důvod pro změnu tohoto stavu a potřeby nového řešení. Uvedené závěry nejsou v rozporu s žalobcem citovaným rozsudkem NSS č. j. 2 Afs 352/2023-52.
Žalovaný žalobci oponoval tím, že byl vyzván, aby prokázal, že uplatňuje nárok na odpočet daně v souladu s § 34 odst. 4 a § 34a až § 34e zákona o daních z příjmů. Jednou z podmínek je předložení projektu výzkumu a vývoje, který musí mj. obsahovat způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků. Nelze pominout, že žalobce byl s podrobným hodnocením této náležitosti projektu výzkumu a vývoje seznámen dne 3. 4. 2023, k dané otázce se vyjadřoval. Možnost vyjádřit se a předložit další důkazní prostředky měl žalobce i posléze, a to až do skončení odvolacího řízení, tedy do vydání napadeného rozhodnutí.
K námitce týkající se rozpornosti závěrů napadeného rozhodnutí žalovaný odkázal na závěry Městského soudu v Praze vyslovené v rozsudku č. j. 8 Af 27/2022-92, dle kterého závěr žalovaného jednak o nesplnění formálních náležitostí, tak o tom, že předložené evidence neprokazují, že uplatněné mzdové náklady se vztahují k osobám, které se podílely na řešení projektu výzkumu a vývoje, je správný. Žalobcova premisa, že zkoumá-li žalovaný evidenci nákladů na výzkum a vývoj, znamená to, že není pochyb o splnění formálních i věcných podmínek výzkumu a vývoje, nemůže obstát.
Ve vztahu k ostatním námitkám žalovaný odkázal na své předchozí vyjádření, trval na tom, že napadené rozhodnutí netrpí tvrzenými nezákonnostmi.

Posouzení věci krajským soudem

Krajský soud přezkoumal napadené rozhodnutí a řízení jeho vydání předcházející v řízení dle § 65 a násl. zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“), v rozsahu a mezích uplatněných žalobních bodů, jimiž je dle § 75 odst. 1 s. ř. s. vázán. Vycházel přitom ze skutkového a právního stavu v době rozhodování správního orgánu v souladu s § 75 odst. 2 s. ř. s.
Předmětem soudního přezkumu jsou rozhodnutí daňových orgánů, jimiž byla žalobci doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2017 a uloženo penále, neboť mu nebyl uznán odpočet výdajů vynaložených při realizaci shora uvedených projektů výzkumu a vývoje. Daňové orgány dospěly, po částečné korekci závěrů správce daně žalovaným, k tomu, že žalobce neprokázal splnění formálních požadavků, a to požadavků kladených na definování cílů podle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů u čtyř projektů, dále požadavků na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků podle § 34c odst. 1 písm. f) uvedeného zákona u všech projektů a u Projektu 3 – Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí i z důvodu porušení § 34b odst. 1 písm. c) uvedeného zákona.
Dle § 34 odst. 4 a 5, § 34a zákona o daních z příjmů platí, že lze od základu daně odečíst jako odčitatelnou položku výdaje na podporu výzkumu a vývoje. K odpočtu na podporu výzkumu a vývoje stanoví zákona o daních z příjmů řadu formálních a materiálních podmínek.
Formální požadavky odpočtu na podporu výzkumu a vývoje upravuje zejména § 34c odst. 1 zákona o daních z příjmů. Podle tohoto ustanovení, ve znění rozhodném pro zdaňovací období roku 2017, projektem výzkumu a vývoje se rozumí dokument, ve kterém poplatník před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje a který obsahuje mj.

c) cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení,

f) způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků.

Jak opakovaně uvádí judikatura NSS, jde o nepřímou podporu výzkumu a vývoje. Náklady vynaložené na realizaci výzkumu a vývoje mohou být de facto uplatněny dvakrát, jednou jako daňově uznatelné náklady ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů a podruhé právě podle § 34 odst. 4 téhož zákona (viz rozsudky NSS ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014‑56; ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018‑41, č. 3977/2020 Sb. NSS; ze dne 22. 11. 2024, č. j. 5 Afs 56/2024-70, č. 4656/2025 Sb. NSS; 18. 12. 2024, č. j. 2 Afs 352/202352). Vzhledem k této možnosti, která činí z odpočtu podpory výzkumu a vývoje velmi výhodnou kategorii výdajů, stanoví zákon o daních z příjmů řadu formálních a materiálních podmínek, jejichž splnění je nutné k odpočtu nákladů od základu daně vyžadovat. Jde svou povahou o daňový bonus (viz rozsudek NSS ze dne 22. 7. 2022, č. j. 8 Afs 169/2020 56)
Zásadní podmínkou je vypracování a předložení formalizovaného projektu výzkumu a vývoje, který slouží jako základní a ucelený dokument, jímž daňový subjekt v budoucnu správci daně prokáže nárok na uplatnění odpočtu nákladů na výzkum a vývoj. Jak uvedl NSS v rozsudku ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017‑53, zákonné vymezení toho, co konkrétně má projekt výzkumu a vývoje obsahovat, nelze jednoduše přejít a prověření, zda projekty výzkumu a vývoje daňového subjektu dostály zákonným požadavkům na obsah, označit za přepjatý formalismus. Formální náležitosti nejsou pouhým doplňkem, jehož nesplnění by bylo možné zhojit předložením jiných dokladů (viz také rozsudek NSS ze dne 18. 2. 2022, č. j. 1 Afs 5/2021‑32). Písemný projekt výzkumu a vývoje není dokumentem samoúčelným (např. rozsudek NSS ze dne 12. 10. 2021, č. j. 1 Afs 163/2021‑52).
NSS opakovaně zdůraznil, že již jen nesplnění jediné formální náležitosti projektu má za následek, že nárok na odpočet nelze uznat (viz rozsudek NSS ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014‑56; či ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016‑20; ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020‑49, č. 4379/2022 Sb. NSS; anebo ze dne 22. 11. 2024, č. j. 5 Afs 56/2024-70, č. 4656/2025 Sb. NSS). V případě nesplnění formálních požadavků tedy už ani není nutné zabývat se splněním věcných podmínek, které zákon stanoví pro vznik nároku na odpočet. Platí, že chybějící formální náležitosti v předložených projektech nelze dodatečně zhojit odkazem na další dokumentaci či podklady dokumentující vlastní realizaci jednotlivých projektů (srov. rozsudky NSS ze dne 9. 9. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019‑54; ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021‑57).

– k námitce nepřezkoumatelnosti rozhodnutí žalovaného

V prvé řadě soud konstatuje, že námitka nepřezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí, která podle žalobce spočívá v tom, že se žalovaný výslovně nezabýval cíli všech projektů, není důvodná. Žalovaný sice příkladmo uváděl, jak konkrétně byly cíle popsány v Projektu 1 – Andon TV Tabule a následně je hodnotil, avšak jeho závěry formulované zejména v bodech [91] až [98], s výjimkou bodů [93] a [94], se výslovně týkají všech čtyř projektů, u nichž nedostatečné vymezení cílů projektu shledal. Konkrétní vymezení cílů u Projektu 2, Projektu 3 a Projektu 4 a důvody, pro které takto popsané cíle nelze považovat za dostatečně konkrétní, je třeba hledat ve zprávě o daňové kontrole, která tvoří odůvodnění dodatečného platebního výměru a které se žalovaný výslovně dovolával v bodu [95] napadeného rozhodnutí. Soud ve shodě s žalovaným konstatuje, že z hlediska soudního přezkumu tvoří prvoinstanční rozhodnutí a napadené rozhodnutí jeden celek (viz usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 12. 10. 2004, č. j. 5 Afs 16/2003-56), a nejsou-li v napadeném rozhodnutí žalovaného jako odvolacího orgánu některé skutečnosti uvedené, zaplňují tuto mezeru relevantní pasáže odůvodnění prvoinstančního rozhodnutí, jako v právě projednávaném případu. Skutečnost, že žalovaný určitým způsobem korigoval některé závěry správce daně uvedené ve zprávě o daňové kontrole, nevede k vyloučení jejího použití v celém rozsahu, či dokonce k vyloučení všech kontrolních zjištění. Žalovanému nic nebránilo odkázat na závěry správce daně formulované ve zprávě o daňové kontrole v rozsahu, v němž jeho závěry akceptoval a ztotožnil se s nimi. V žalobcově případu tedy nelze ve vztahu k nedostatečnému vymezení cílů projektů hovořit o dvou zcela odlišných linií odůvodnění, jako tomu bylo v případu řešeném v rozsudku NSS ze dne 21. 11. 2022, č. j. 8 Afs 188/2020-103, na který upozorňoval žalobce. Ostatně žalobce v žalobě i v replice obšírně se závěry napadeného rozhodnutí polemizuje, což svědčí tomu, že rozhodovací důvody žalovaného lze z napadeného rozhodnutí, ve spojení se závěry správce daně obsaženými ve zprávě o daňové kontrole, seznat.
A pokud jde o odkazy žalovaného na jednotlivé rozsudky NSS, v nichž bylo posuzováno, zda daňový subjekt vymezil cíle projektu výzkumu a vývoje dostatečně konkrétně, lze je minimálně v obecné rovině považovat za použitelné. Zda byly v žalobcově případu skutkové okolnosti obdobné či odlišné okolnostem řešeným v jednotlivých rozsudcích NSS či krajských správních soudů a zda byly cíle v jednotlivých projektech vymezeny v souladu s požadavky § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, bude následně předmětem posouzení ze strany soudu.

– k námitce porušení § 115 odst. 2 daňového řádu

Dále se musí soud vyjádřit k namítané překvapivosti rozhodnutí žalovaného a porušení § 115 odst. 2 daňového řádu.
Podle uvedeného ustanovení platí, že provádí-li odvolací orgán v rámci odvolacího řízení dokazování, seznámí před vydáním rozhodnutí o odvolání odvolatele se zjištěnými skutečnostmi a důkazy, které je prokazují, a umožní mu, aby se k nim ve stanovené lhůtě vyjádřil, popřípadě navrhl provedení dalších důkazních prostředků. Obdobně postupuje odvolací orgán i v případě, kdy dospěje k odlišnému právnímu názoru, než správce daně prvního stupně, a tato změna by ovlivnila rozhodnutí v neprospěch odvolatele. Dle judikatury NSS je za rozhodnutí v neprospěch odvolatele nutno považovat i takové rozhodnutí, kterým se odvolání zamítá a potvrzuje se rozhodnutí správce daně (viz rozsudek NSS ze dne 30. 7. 2020, č. j. 10 Afs 173/2017-58). Uvedené však nelze podle přesvědčení zdejšího soudu vykládat tak, že by žalovaný byl povinen dle citovaného ustanovení postupovat vždy, když zamítá podané odvolání.
Soud po seznámení s obsahem zprávy o daňové kontrole a napadeného rozhodnutí dospěl k závěru, že rozhodnutí žalovaného nemohlo být pro žalobce překvapivé.
Žalovaný nebyl prvním, kdo vyslovil, že nebyl naplněn požadavek podle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Soud neshledal zcela nové důvody, které žalovaného k tomuto závěru vedly oproti hodnocení správce daně.
Je pravdou, že správce daně se na rozdíl od žalovaného věnoval podrobněji vymezeným cílům, a to i na základě hodnocení dalších žalobcem předložených důkazů, nejen vlastních písemných ucelených projektů, a projektům se věnoval i po věcné stránce, zejména též v souvislosti s hodnocením prospektivnosti projektů. V obecné části daňové zprávy a následně vždy v úvodu části týkající se splnění požadavku dle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů u jednotlivých projektů, ovšem správce daně konstatoval, že vymezení cílů projektů není dostatečné, není zřejmé, jaké zařízení má být vyvinuto, v čem je spatřován prvek novosti, v čem se řešení odlišuje od současného stavu, nelze tak ověřit stanoveny cíl apod. Žalovaný další navazující závěry správce daně revidoval tak, že právě úvahy o naplnění věcných požadavků považuje za nadbytečné a svoje závěry o nesplnění formálních podmínek dle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů na nich nadále nezakládá. Nelze konstatovat, že by žalovaný nově formuloval důvody, pro které považoval formální požadavek nedostatečného vymezení cílů u jednotlivých projektů výzkumu a vývoje za nenaplněný.
Judikaturu, kterou argumentuje žalobce, nelze podle soudu na daný případ plně aplikovat. Smyslem § 115 odst. 2 daňového řádu bezesporu je zachovat i v odvolacím řízení stejný procesní komfort, procesní prostor pro dialog se správcem daně, jaký má daňový subjektu v prvostupňovém řízení (žalobcem odkazované rozsudky NSS ze dne 24. 6. 2020, č. j. 1 Afs 438/2017-52, č. 4053/2020 Sb. NSS; ze dne 16. 4. 2024, č. j. 2 Afs 153/2023-36). To však neznamená povinnost žalovaného postupovat dle § 115 odst. 2 daňového řádu vždy, pokud nějakým způsobem koriguje závěry správce daně, a přesto podané odvolání zamítne. V souzené věci je sice napadené rozhodnutí rozhodnutím v neprospěch žalobce (viz již shora uvedený rozsudek NSS ze dne 30. 7. 2020, č. j. 10 Afs 173/2017-58), ovšem žalovaný ve svých úvahách nikterak postavení žalobce nezhoršoval, nedovozoval žádná nová/odlišná skutková zjištění oproti správci daně, ani jiné právní důvody, na základě kterých konstatoval, že zákonné podmínky pro přiznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje ve smyslu § 34c odst. 1 písm. c) daňového řádu žalobce nesplnil.
Pro případ, že by snad bylo možné hovořit o tom, že žalobce byl překvapen závěrem žalovaného o nedostatečném vymezení cílů projektů, bez bližšího hodnocení vymezení ocenitelného prvku novosti, resp. prvku odstranění technické nejistoty, bylo by třeba aplikovat závěry rozsudku NSS ze dne 22. 11. 2024, č. j. 5 Afs 56/2024-75, kterého se ve svůj prospěch dovolával žalovaný. Dle závěrů NSS v označeném rozsudku platí, že případný nový právní názor by rozhodnutí žalovaného neovlivnil – žalobce totiž nenaplnil ještě další formální podmínku pro přiznání nároku na odpočet, přičemž nenaplnění byť jen jediné z nich má za následek, že nárok na odpočet nevznikne. Jak uvedl NSS, „za takové situace nelze uvažovat o tom, že by neseznámení stěžovatelky s novým právním posouzením v souladu s § 115 odst. 2 daňového řádu představovalo vadu, která mohla mít vliv na zákonnost rozhodnutí ve věci samé. I kdyby totiž názor žalovaného o nenaplnění požadavku podle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů neobstál, nic by to neměnilo na tom, že stěžovatelčiny projekty výzkumu a vývoje nesplňovaly další formální požadavky na ně kladené, a rozhodnutí žalovaného by tak přesto bylo zákonné.“ I v žalobcově případu pak platí, že nebyla naplněna další formální podmínka pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje ve smyslu § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů, jak soud vysvětlí v další části rozsudku.

– k námitkám týkajícím se specifikace cílů projektů výzkumu a vývoje

K hodnocení požadavku na vymezení cílů v projektu výzkumu a vývoje podle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních se v poslední době velmi podrobně vyjádřil NSS v rozsudku ze dne 22. 11. 2024, č. j. 5 Afs 56/2024-70, č. 4656/2025 Sb., v němž konstatoval:

„[45] Pokud jde o vlastní posouzení otázky, zda byly cíle projektů výzkumu a vývoje specifikovány dostatečně, Nejvyšší správní soud předně konstatuje, že žádný právní předpis výslovně nestanoví povinnost popsat v projektu detailní postup při řešení výzkumného úkolu. Zákon o daních z příjmů v tomto ohledu vyžaduje, aby daňový subjekt v projektu objasnil jeho „cíle, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení“. Cílem výzkumné a vývojové činnosti musí být dosažení jedinečného řešení, které lze odlišit od běžné činnosti inovačního charakteru. Základním kritériem pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností je přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty (§ 2 odst. 1 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků, a metodický pokyn Ministerstva financí ČR č. D-288, který lze použít jako výkladové vodítko v mezích, v nichž je souladný se zákonem o daních z příjmů; srov. rozsudek NSS ze dne 27. 9. 2016, č. j. 1 Afs 174/2016-38). Zákon současně stanoví požadavek, aby byl cíl po ukončení projektu vyhodnotitelný.

[46] Již ve výše označeném rozsudku č. j. 10 Afs 77/2017-53 Nejvyšší správní soud konstatoval, že „je nepochybně třeba cíl v projektu výzkumu a vývoje zformulovat dostatečně jasně, aby bylo zřejmé, v čem daňový subjekt spatřuje prvek novosti, resp. prvek odstranění technické nejistoty, v čem se řešení liší od současného stavu a jaký bude jeho přínos“. Zdejší soud vycházel z odborné judikatury, podle které z projektu musí být možné dovodit: „1. Jaký je aktuální stav v dané oblasti (co již je využíváno, co existuje, co standardně funguje, tzn. předložení informací o stávajícím stavu např. činnosti, postupu, výrobku, technologii, materiálu, jevu, struktuře, stavu, službě atd. v dané oblasti ve světě, na území České republiky, v určité obchodní korporaci); 2. Důvod nutnosti změny stávajícího stavu a potřeby nového navrhovaného řešení (proč je tento stávající stav pro poplatníka nevyhovující a proč je nutné již zavedené skutečnosti měnit); 3. Navrhovaný postup k dosažení cíle/cílů (tj. časovou řadu postupů, pomoci kterých se má uvažovaných výzkum a vývoj realizovat); 4. Vyhodnocení cílů po skončení projektu (cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu, musí být po skončení projektu vyhodnotitelné, proto se má za to, že nelze stanovit cíl, který následně nelze reálně vyhodnotit). V této části projektu tedy poplatník specifikuje a identifikuje nové skutečnosti, tj. prvek novosti, a hodnotí technická a výzkumná rizika. Zároveň poplatník v tomto bodě dokládá důkazní prostředky, jak své cílové předpoklady či cíle naplní. Bude se zpravidla jednat o konkrétní, detailní, technické informace, které budou tvořit podstatu realizovaného výzkumu a vývoje. Z projektu by mělo být zřejmé, jak je výzkumný projekt rozfázován (časová řada postupů), a měl by být navržen i náhradní postup v případě, že řešení projektu nebude mít předpokládané pozitivní výsledky“ (RADVAN, M. a kol. Důchodové daně. 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2016, str. 155).“

Rovněž v rozsudku ze dne 18. 12. 2024, č. j. 2 Afs 352/2023-52, NSS v bodu [41] vycházel z požadavku, že „písemně vymezené cíle projektu musí být určité, dosažitelné a vyhodnotitelné. Každý by tak měl z projektu pochopit, o co se usiluje, jakým způsobem (jakou cestou) se toho chce dosáhnout, a jak se bude testovat, zda takto vymezené cíle byly nebo nebyly dosaženy (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 9. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019‑54, bod 39).“ Současně v bodu [43] odmítl nepřiměřeně přísné posuzování cílů projektu, když uvedl: „ … nebylo nezbytné trvat na detailním popisu cílů Projektu. Bylo by v rozporu se smyslem zákona o daních z příjmů po stěžovatelce vyžadovat přísné požadavky na formulaci cílů Projektu. Je třeba mít na paměti, že výzkumem a vývojem nelze rozumět toliko vyvinutí nové funkce modelů, ale také zdokonalení dosavadních charakteristik určitého výrobku, respektive systematické tvůrčí využití poznatků výzkumu k produkci zlepšených materiálů a výrobků (viz již citovaný rozsudek sp. zn. 1 Afs 174/2016).“ Následně v bodu [44] dodal: „Kasační soud opakuje, že cíle projektu výzkumu a vývoje nemusí představovat „přelomový“ technologický posun, postačí, jestliže se jedná o ne zcela běžný vývojový posun.“
Soud má za to, že shora vymezeným požadavkům na formulování cílů v jednotlivých písemných projektech Projekty 1 až 4 nevyhovují. Pokud jde o popis cílů v rámci jednotlivých písemných projektů, soud je na tomto místě nebude znovu opakovat. Dovolí si v tomto směru odkázat na jednotlivé pasáže zprávy o daňové kontrole, kde byly cíle projektů správcem daně uvedeny způsobem, který odpovídá obsahu písemných projektů. Za pochybení ze strany žalovaného soud nepovažuje, že naplnění zmíněného formálního požadavku na jednotlivé projekty nehodnotil na základě veškerých důkazních prostředků, které žalobce postupně v průběhu daňové kontroly předložil k projektům a realizaci jednotlivých zakázek, které byly s projekty spojeny.
Soud souhlasí se správcem daně a žalovaným, že popis cílů nebyl takový, byť obsahoval pasáže nazvané ocenitelný prvek novosti a vymezení technické nejistoty, aby bylo jednoznačně zjistitelné, že se skutečně ze strany žalobce jedná o činnost spočívající ve výzkumu a vývoji, nikoli jen inovaci v současnosti dostupného stavu řešení, ať již na poli přenosu dat, či sestavování výrobních a montážních linek, anebo řídících systémů výrobních technologií, či strojového vidění. Nelze pominout, jak na to upozornil správce daně, že žalobce se dlouhodobě zabývá výrobou, instalací výrobních a montážních zařízení, dodávkou řídích systémů, softwarových systémů. Aby byly zákonné požadavky naplněny, musel by žalobce nejprve alespoň rámcově popsat, jaký je aktuální stav v dané oblasti a předložit o tom v projektu informace, ze kterých by bylo možné zjistit a ověřit, zda se jedná o jedinečnou činnost naplňující definice výzkumu a vývoje. Dle názoru soudu nepostačuje, pokud žalobce pouze obecně uvede, že s daným konkrétním řešením nemá dosud vlastní zkušenosti. Dále žalobce neozřejmil důvody nutnosti změny stávajícího stavu, např. proč je nutné měnit parametry řešení, která dosud využívá, opět ať už se jedné o programové či konstrukční řešení. Z popisu cílů projektů nelze zjistit ve vztahu k jednotlivým projektům konkrétní postup, který žalobce navrhuje provést k dosažení jedinečného výzkumného a vývojového řešení. Žalobce neuvedl jednotlivé postupy, díky kterým chce cílového stavu dosáhnout, ani jejich časové rozložení tak, aby bylo jejich postupné dosažení možné vyhodnotit. V případě jednotlivých písemných projektů nelze hovořit o konkrétních, dostatečně detailních informacích technického charakteru, které by měly tvořit podstatu výzkumné a vývojové činnosti žalobce.
Cíle jednotlivých projektů byly sice v písemných projektech popsány tak, aby bylo zřejmé, co má být nakonec výsledkem jednotlivých zakázek, k nimž se projekty vztahovaly, to však bez dalšího neznamená naplnění zákonem a judikaturou vymezeného formálního požadavku na cíl projektu ve smyslu § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Nepostačí, pokud lze z projektu zjistit, jak má být nově uvažované technické řešení využito či jaké parametry má splňovat. Soud připomíná, že formulace cílů by měly být natolik určité a jasné, že by měl každý, nejen odborník z dané oblasti, z jejich popisu pochopit, o jaké významně vylepšené řešení daňový subjekt usiluje a proč nepostačí v dané oblasti stávající řešení, jakým způsobem chce vytyčeného řešení docílit, jak bude svou činnost v čase ověřovat z pohledu úspěšnosti z pohledu dosažení vymezeného prvku novosti či odstranění technické nejistoty (srov. rozsudek NSS ze dne 9. 9. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019-54). Neobstojí žalobcova obrana, že cíle nebyly formulovány natolik vágně, aby bylo možné v budoucnu pod projekty podřadit neomezené množství budoucích zakázek. O nedostatečně vymezených cílech projektu nelze hovořit jen u projektů formulovaných univerzálně, jako tomu bylo např. ve věci řešené NSS v rozsudku ze dne 21. 3. 2024, č. j. 2 Afs 240/2022-38. Rovněž skutečnost, že se u jednotlivých projektů jednalo o projekty na zakázku, tedy „na míru“, u nichž lze hovořit o novém a jedinečném řešení, negarantuje, že cíl projektu je formulován dostatečně konkrétně tak, aby výše zmíněným požadavkům vyhovoval (viz rozsudek NSS ze dne 25. 6. 2020, č. j. 7 Afs 447/2018-55).

– k posouzení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků

Jak již bylo zmíněno shora, jedním z formálních požadavků na písemný projekt výzkumu a vývoje je podle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků.
Ve vztahu k tomuto formálnímu požadavku na projekt výzkumu a vývoje soud připomíná, že není úkolem daňových orgánů, aby aktivně a teprve dodatečně propojovaly nesouvisející dokumenty a dovozovaly z nich formální a následně obsahové náležitosti projektu (srov. rozsudek NSS ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014-56, bod 42). Platí, že chybějící formální náležitosti v předložených projektech nelze dodatečně zhojit odkazem na dokumentaci týkající se smluvního vztahu se zákazníkem či na podklady dokumentující vlastní realizaci jednotlivých projektů (srov. rozsudek NSS ze dne 9. 9. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019-54, bod 43). Dále z judikatury NSS vyplývá, že k nesplnění formálního požadavku na stanovení způsobu kontroly a hodnocení nedojde jen tehdy, pokud se projekt o způsobu kontroly a hodnocení nezmiňuje vůbec, ale i tehdy, pokud je v něm tento způsob vymezen nedostatečně (srov. např. rozsudek NSS ze dne 9. 9. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019-54, bod 43).
Soud ze spisu opět ověřil, že zjištění správce daně ve zprávě o daňové kontrole, z nichž vycházel také žalovaný v bodech [99] až [101] napadeného rozhodnutí, odpovídají obsahu správního spisu. V podrobnostech soud na označené pasáže odkazuje, aby neopakoval daňovými orgány přesně opsané relevantní části projektů a také kapitolu 4.5 věnovanou kontrole činností ve Směrnici Projekty výzkumu a vývoje – identifikace činností, dokumentace projektů a nákladů na ně vynaložených Barsys s.r.o., schválené dne 2. 1. 2017.
Správce daně a žalovaný upozornili, že žalobce předložil pouze Zprávy o průběhu. Nejprve dne 1. 12. 2020 ke každému projektu výzkumu a vývoje jednu Zprávu o průběhu projektu, dále dne 20. 9. 2021 doplnil dvě Zprávy k Projektu 2. Bylo konstatováno, že Zprávy o průběhu projektu odpovídají vzoru uvedeném v příloze č. 2 Směrnice. Dále dne 13. 4. 2022 předložil dokumenty nazvané Zprávy k projektu, nedatované a nepodepsané. Tyto zprávy již neodpovídají vzoru dle uvedené měrnice, jejich obsah objasňuje cíle, ocenitelný prvek novosti a popis technických nejistot. Samotné hodnocení postupu řešení projektů je v těchto dokumentech shrnuto stručně.
Soud ve shodě se správcem daně a žalovaným konstatuje, že v projektech vymezený způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků nesplňuje požadavky stanovené zákonem. Jde skutečně pouze o obecné konstatování toho, že nějaká kontrola a hodnocení proběhnou, ovšem podle blíže nespecifikovaných interních pravidel, bez jakékoli návaznosti na ten který projekt výzkumu a vývoje. A bez vazby na to, co by mělo být jeho cílem a jak by predikovaná výzkumná a vývojová činnost měla být kontrolována, jakým konkrétním způsobem a podle jakých kritérií. Tyto skutečnosti nelze seznat ani z předložené směrnice jako interního dokumentu, na který prvotní projekty odkazovaly. Ze směrnice lze seznat v podstatě jen to, že kontrolu bude provádět Pavel Bár, že se tak má stát průběžně, ovšem opět bez bližší souvislosti s jednotlivými projekty a jejich fázemi. Ze směrnice dále jen plyne, jaké dokumenty mají být o průběhu kontroly žalobcem vyhotoveny. V předložených dokumentech soud postrádá samotné vymezení obsahu kontroly a hodnocení, tedy pravidla (kritéria, metodiku), podle kterých by se měl daný konkrétní projekt hodnotit po věcné stránce tak, aby bylo zřejmé, zda a do jaké míry bylo jeho řešení úspěšné.
Žalovaný podle názoru soudu zcela správně argumentoval smyslem vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, jak na něj upozornil NSS v odkazovaném rozsudku ze dne 28. 3. 2024, č. j. 9 Afs 215/2023-39, dle jehož bodu [29] „vymezení způsobu kontroly a hodnocení projektu má daňovým orgánům umožnit zkoumat, zda kontrola a vyhodnocení proběhly, a pokud skutečně proběhly, zda lze případné záznamy o výsledcích kontroly užít při doložení nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje.“ Jde o obecné závěry, které lze nepochybně aplikovat také v žalobcově případu. V tehdy projednávané věci byly skutkové okolnosti týkající se vymezení kontroly a hodnocení postupu řešení projektů obdobné nyní posuzované věci, tedy nikoli dostatečně konkrétní, stejně jako v případu řešeném NSS v rozsudku ze dne 22. 7. 2022, č. j. 8 Afs 169/2020-56.
Ve vztahu ke splnění formální podmínky nelze beze zbytku aplikovat závěry týkající se přenosu důkazního břemene ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu, jak se toho dovolává žalobce s odkazem na rozsudek NSS ze dne 6. 12. 2022, sp. zn. 6 Afs 156/2020, který se týkal formulace pochybností správce daně rovněž ohledně rozsahu zdanitelného plnění, případně osoby dodavatele, způsobu faktické realizace zakázky. Výzva správce daně ze dne 10. 2. 2022 obsahovala obecný požadavek na splnění všech zákonných požadavků pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Skutečně v ní nebyly formulovány konkrétní pochybnosti správce daně ohledně splnění formálního požadavku a žalobce nebyl vyzván k předložení dalších důkazních prostředků ve vazbě na § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Tento postup však nepředstavoval vadu, která by mohla mít vliv na zákonnost rozhodnutí. Ostatně žalobce si byl nejpozději od 3. 4. 2023, kdy byl seznámen prostřednictvím sdělení o dosavadním výsledku kontrolního zjištění s hodnocením správce daně, dobře vědom toho, že nebyl splněn formální požadavek dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů u všech projektů. Reagovat tedy ještě v průběhu daňové kontroly mohl. Nicméně stěží mohl zhojit nedostatky prvotních písemných projektů spočívající v nedostatečně vymezeném způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, jak plyne ze shora citované judikatury NSS.
Nelze pak přistoupit na žalobcův názor, že předložil-li jednotlivé důkazy týkající se realizace konkrétních projektů, byly zákonné požadavky na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektů výzkumu a vývoje beze zbytku naplněny. Soud připomíná, že k vlastnímu podrobnému hodnocení realizace jednotlivých projektů se žalovaný nedostal. Žalobcem předložené Zprávy o průběhu nepominul, vyjadřoval se k nim v bodu [101] napadeného rozhodnutí právě ve vztahu k vymezení kontroly a hodnocení postupu. Proti závěrům zde uvedeným nemá soud výhrady. Soud ve shodě s žalovaným ovšem trvá na tom, že šlo o situaci, kdy projekty, a to i ve spojení s interní směrnicí schválenou dne 2. 1. 2017, obsahovaly naprosto vágní vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu, bez bližších kritérií a bez vazby na konkrétní projekt výzkumu a vývoje, jeho podstatu a cíl, ať již byl vyhodnocen jako dostatečně konkrétní či nikoli ve smyslu písm. c) dotčeného ustanovení. Platí, že absenci formálních náležitostí v předložených projektech, a to i náležitostí dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů, nelze dohánět odkazem na dodatečně vyhotovenou dokumentaci, zde další Zprávy o projektech, dokumentující až vlastní realizaci jednotlivých projektů, včetně kontroly a hodnocení postupu.
Soud plně souhlasí s žalovaným, že k aplikaci zásady in dubio pro mitius, resp. in dubio pro libertate nebyl v posuzovaném případu prostor. Uvedené zásady lze aplikovat tehdy, stojí-li proti sobě stojí více rovnocenných výkladů právního předpisu. Je-li přípustný jen jeden myslitelný výklad, není aplikace této zásady na místě (viz žalovaným citovaný rozsudek NSS ze dne 21. 3. 2024, č. j. 2 Afs 240/2022-38). Žalovaný pak dotčené ustanovení zákona o daních z příjmů nevyložil tak, že by požadavky na formální náležitosti projektu rozšiřoval nad rámec zákona. Soud má za to, že žalovaný neporušil čl. 11 odst. 5 Listiny základních práv a svobod.
Žalovaný ve svém vyjádření příhodně uzavřel, že s ohledem na charakter odpočtu daně na podporu výzkumu a vývoje jako nadstandardního benefitu musel žalobce počítat s nutností prokázat všechny nadstandardní povinnosti spojené s tímto benefitem, včetně formálního požadavku na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků. Rovněž musel počítat s tím souvisejícím striktním dohledem daňových orgánů nad splněním veškerých zákonných náležitostí pro uplatnění odpočtu daně.

– k námitce rozpornosti závěrů žalovaného

Námitka, že žalovaný se na jedné straně zabýval hodnocením vedené evidence nákladů na výzkum a vývoj, na straně druhé rozporoval naplnění formálních podmínek projektů výzkumu a vývoje, v důsledku čehož je jeho rozhodnutí nesrozumitelné, není důvodná.
Pro odpočet nákladů na projekt výzkumu a vývoje musí být splněny formální požadavky kladené na projekt výzkumu a vývoje, jakož i materiální podmínky v podobě přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasňování výzkumné či technické nejistoty. Dalším z požadavků, kterými zákon o daních z příjmů uplatnění odpočtu podmiňuje, je dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů vedení oddělené evidence nákladů vynaložených na podporu výzkumu a vývoje od výdajů (nákladů) ostatních, současně musí být tyto výdaje (náklady) prokazatelně na projekt uplatněny, jak vyžaduje § 34b odst. 1 písm. a), odst. 3 uvedeného zákona. Nesplnění již jednoho ze zákonných požadavků na projekt výzkumu a vývoje vede k závěru o neuznatelnosti uplatněných položek odpočtu, jak plyne ze shora označené judikatury NSS.
Žalovaný měl výhrady k formálním náležitostem projektů výzkumu a vývoje a dospěl ve shodě se správcem daně k závěru, že projekty neobstojí již pro vytýkané formální nedostatky [absenci konkrétně formulovaných cílů projektu a nedostatečné vymezení způsobu kontroly dle § 34c odst. 1 písm. c) a f) zákona o daních] a současně u Projektu 3 – Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí pouze podpůrně (viz bod [122] napadeného rozhodnutí) konstatoval, že též nebyla splněna podmínka týkající se vedení oddělené evidence nákladů. V takovém postupu nelze spatřovat vnitřní rozpor, který by způsobil nesrozumitelnost, případně nezákonnost napadeného rozhodnutí. Odkazy žalovaného na závěry rozsudku NSS ze dne 27. 4. 2023, č. j. 7 Afs 63/2021-54, jakož i Městského soudu v Praze ze dne 24. 1. 2024, č. j. 8 Afs 27/2022-92, považuje soud za vhodné. Naopak je to žalobce, který se na podporu svého názoru dovolává závěrů rozsudku NSS ze dne 16. 12. 2022, č. j. 5 Afs 269/2021-55, aniž by zohlednil, že tam uvedená argumentace se týkala jiných skutkových okolností. V tehdy řešené věci totiž žalovaný, na rozdíl od žalobcova případu, korigoval v odvolacím řízení zjištění správce daně v tom směru, že za důvod neuznání odpočtu na určitý projekt označil neprůkaznost doložené evidence a nadále již nerozporoval to, zda je projekt skutečně projektem výzkumu a vývoje.
Dle názoru soudu nelze na základě závěrů v posledně označeném rozsudku NSS dovodit, že věnoval-li se žalovaný evidenci nákladů na výzkum a vývoj, znamená to, že již není pochyb o naplnění ostatních formálních i věcných podmínek pro projekt výzkumu a vývoje. Správci daně a žalovanému nic nebránilo, aby se při posuzování zákonných podmínek pro odpočet zastavili již u formálních požadavků kladených na písemný projekt výzkumu a vývoje dle § 34c odst. 1 zákona o daních z příjmů (viz již shora označené rozsudky NSS ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014 56; či ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016 20; ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020 49, č. 4379/2022 Sb. NSS; anebo ze dne 22. 11. 2024, č. j. 5 Afs 56/2024-70, č. 4656/2025 Sb. NSS). Jestliže správce daně a žalovaný dovodili, že některé z požadovaných formálních náležitostí splněny u daného projektu nebyly, bylo nadbytečné vyjadřovat se k otázce, zda u projektu byla evidence nákladů oddělená či nikoli, případně zda vznikly pochybnosti ohledně její průkaznosti. Platí totiž, že primárně má být postaveno najisto, zda jde o projekt na podporu výzkumu a vývoje, nejde-li o činnost spadající pod výzkum a vývoj, je nadbytečné zabývat se doloženou evidencí nákladů na tuto činnost. Soud však v řešené věci zvolenému postupu daňových orgánů rozumí, ostatně je častý. Daňové orgány takový postup volí nepochybně proto, aby neuznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje případně obstálo při přezkumu ať již v odvolacím řízení či před správním soudem pro případ, že jsou úvahy o nenaplnění některých zákonných požadavků na projekt či uznání odpočtu korigovány.

– evidence nákladů na projekt vývoje a výzkumu – Projekt 3 – Řídící systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí

Soud připomíná, že uvedený nedostatek byl u označeného projektu žalovaným hodnocen výslovně jako podpůrný důvod toho, proč nemůže žalobce s nárokem na odpočet na podporu výzkumu a vývoje u tohoto projektu uspět.
Dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů je jednou z podmínek pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje vedení oddělené evidence výdajů vynaložených na výzkum a vývoj od ostatních výdajů (nákladů). K dané problematice se podrobně vyjadřoval NSS např. v rozsudku ze dne 16. 12. 2022, č. j. 5 Afs 269/2021-55, jehož se v jiné souvislosti dovolával žalovaný. NSS konstatoval:

„[36] Je však nutno rozlišovat, zda nedostatky ve vedení evidence spočívají v tom, že daňový subjekt nevede evidenci odděleně; či v tom, že evidence není průkazná – tj. daňový subjekt neunesl důkazní břemeno ohledně prokázání vázanosti jednotlivých výdajů na konkrétní projekty. Při uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje je totiž primárně povinností daňového subjektu, aby prokázal oprávněnost deklarovaného odpočtu. V tomto smyslu je rozložení důkazního břemene „standardní“, resp. platí zde obecná zásada, že je to sám daňový subjekt, který nese břemeno tvrzení ve vztahu ke své daňové povinnosti i břemeno důkazní ve vztahu ke svým tvrzením (viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 1. 2008, č. j. 2 Afs 24/2007‑119, č. 1572/2008 Sb. NSS). Daňový subjekt tak musí prokázat jednak to, že se skutečně jedná o projekt výzkumu a vývoje (viz výše), a dále také to, že jím uplatňované náklady v předložené (a odděleně vedené) evidenci byly vynaloženy při realizaci konkrétního projektu. V tomto smyslu nelze souhlasit se stěžovatelem (žalovaným), že se v případě neprůkaznosti doložené evidence jedná o „formální/evidenční“ pochybení. Jde o materiální posouzení předložené evidence – tj. otázku (ne)unesení důkazního břemene daňovým subjektem, který má povinnost prokázat vše, co sám tvrdí; tj. v případě uplatňování odčitatelných položek na podporu výzkumu a vývoje má povinnost prokázat, že se skutečně jedná o projekty výzkumu a vývoje a že uplatňované náklady na tyto projekty skutečně vynaložil. Důkazní břemeno tak daňový subjekt tíží ve dvou rovinách.

[37] Smyslem oddělené evidence je vytvoření úplného soupisu všech výdajů (nákladů) vynaložených daňovým subjektem při realizaci projektu výzkumu a vývoje, přičemž již ze samotné evidence musí být dostatečně patrna návaznost na konkrétní výdaj (náklad) vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje. Identifikace jednotlivých výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být natolik jednoznačná, aby nemohly vzniknout pochybnosti, který z jednotlivě vynaložených výdajů (nákladů) je do evidence zahrnut, tj. na základě evidence musí být možno jednoznačně oddělit jednotlivé výdaje (náklady) vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje od ostatních výdajů (nákladů) daňového subjektu, které s projektem výzkumu a vývoje nesouvisí. Identifikace výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být takového charakteru, aby na jejím základě bylo možno propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady), viz bod 47 rozsudku NSS ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016‑51.

Citovaný rozsudek tak odlišuje nevedení oddělené evidence od její neprůkaznosti, kterou spojuje s unesením, resp. neunesením důkazního břemene daňového subjektu ohledně vázanosti jednotlivých výdajů na konkrétní projekty. Obdobně činil NSS v žalobcem odkazovaném rozsudku ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018-41, ve kterém uvedl: „Tvrzení stěžovatelky, že dostála požadavku na vedení oddělené evidence a že otázka „kdo a co vytvořil a vykonal, kolik času tím strávil nebo kolik kilometrů ujel je dle stěžovatelky až předmětem dalšího dokazování na základě dalších důkazních prostředků, nikoliv samotné evidence“, soud nepřitakává. Podmínkou pro uplatnění výdajů na podporu VaV je vynaložení těchto výdajů v souvislosti s realizací projektu, resp. při jeho realizaci. Neuznání výdajů uplatňovaných jako osobní výdaje na podporu VaV souviselo právě i s neprokázáním souvislosti vynaložených výdajů s činností VaV (srov. bod [43] rozhodnutí žalovaného), nikoliv s tím, že by evidence nebyla vedena odděleně. Neprůkaznost a nedostatečnost evidence předložené stěžovatelkou, o které hovoří žalovaný v bodu [42] svého rozhodnutí, tak souvisela s neunesením důkazního břemene, nikoliv formálními nedostatky evidence (srov. i bod [52] téhož rozhodnutí).“
Soud musí přitakat žalobci, že správce daně a po něm žalovaný ve své podstatě zaměňují mezi závěry o nesplnění formálních náležitostí vedené evidence a závěry o tom, zda se evidované výdaje na Projekt 3 skutečně týkají výhradně tohoto projektu výzkumu a vývoje. Respektive daňové orgány nesprávně na základě ve své podstatě věcného posouzení předložených důkazů (konkrétně konfrontací, byť náhodnou, zakázkových listů s vykázanou prací jednotlivých pracovníků na zakázce s výkazy práce pracovníků na projektu výzkumu a vývoje) učinily závěr o nesplnění formální podmínky v podobě oddělené evidence výdajů na předmětný projekt.
A žalobce má pravdu, namítá-li, že své prvotní důkazní břemeno ve formě odděleně vedené evidence výdajů na výzkum a vývoj předložil, a tedy naplnil formální podmínku zakotvenou v § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů.
Pokud jde o průkaznost předložené evidence, vznikly správci daně pochybnosti, třebaže na základě náhodného, povšechného porovnání této odděleně vedené evidence s jinými důkazy, které měl od žalobce k dispozici. Bylo proto jeho povinností v souladu s § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu svoje pochybnosti žalobci prokázat a vyzvat ho k unesení důkazního břemene ohledně vynaložení evidovaných osobních výdajů výhradně na daný projekt ve smyslu § 34b odst. 1 písm. a) zákona o daních z příjmů.
K takovému řádnému zpochybnění odděleně vedené evidence prostřednictvím výzvy k odstranění pochybností vydané správcem daně dne 10. 2. 2022 nedošlo. V bodu 4 výzvy, který se týkal konkrétních pochybností ohledně osobních výdajů na Projekt 3, byl žalobce vyzván pouze k doložení pracovního poměru J. Š., nikoli k odstranění pochybností správce daně o tom, zda v oddělené evidenci nejsou mezi výdaji na práci 3 pracovníků, včetně J. Š., zahrnuty i výdaje na jejich práci vykonanou v rámci ostatní činnosti žalobce. Přesto žalobce tyto pochybnosti správce daně seznal ještě před ukončením daňové kontroly, a to v rámci podrobných závěrů správce daně obsažených ve Sdělení dosavadního výsledku kontrolního zjištění ze dne 31. 3. 2023 (viz zejména str. 57 tohoto sdělení) a měl tedy až do vydání napadeného rozhodnutí dostatek prostoru na ně reagovat předložením příslušných důkazních prostředků.
To žalobce neučinil a jeho tvrzení, že předložená, po formální stránce odděleně vedená evidence výdajů na Projekt 3, je rovněž průkazná, zůstalo pouze v obecné rovině tvrzení. Z pohledu uplatněné žalobní argumentace to však není podstatné, neboť závěry správce daně a žalovaného stojí na nesplnění formálního požadavku na vedení oddělené evidence výdajů na projekt výzkumu a vývoje formulovaného v § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Soud má ve shodě s žalobcem za to, že tento formální požadavek žalobce naplnil.
Nesprávná aplikace uvedeného ustanovení ze strany daňových orgánů však v konečném důsledku není z pohledu zákonnosti napadeného rozhodnutí podstatná. Neuznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje u Projektu 3 obstojí již pro nenaplnění formálních požadavků na písemný projekt, jak jsou definovány v § 34c odst. 1 písm. c) a f) zákona o daních z příjmů.

– otázka ustanovení znalce

V situaci, kdy žalovaný v napadeném rozhodnutí nehodnotil splnění materiálních podmínek pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje, tj. nehodnotil jednotlivé projekty po věcné stránce z pohledu, zda byla prokázána přítomnost ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty, nebylo pochybením, nebyl-li v daňovém řízení ustanoven znalec a vyžádán znalecký posudek. Odkaz žalovaného na závěry rozsudku NSS ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021-57, považuje soud za přiléhavý. Také v posuzované věci lze uvést, že problém nespočíval v tom, že by žalovaný nerozuměl technické stránce podnikatelské činnosti žalobce, což by skutečně vyžadovalo zadání vypracování znaleckého posudku, ale v tom, že z předložených projektů nebylo zřejmé, k jakým cílům má výzkumná či vývojová činnost žalobce směřovat. Jak soud dovodil shora, cíle výzkumu či vývoje nebyly v projektech dostatečně konkrétně popsány, slovy shora označené judikatury, tak, „aby jim v základních rysech porozuměl i laik“. Soud neakceptoval žalobcův argument, že v řízení vyvstala potřeba ustanovit znalce. Optikou požadavků žalobce by musel být znalec ustanoven prakticky vždy, když daňové orgány zkoumají naplnění formálních požadavků na projekt výzkumu a vývoje dle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, tj. vymezení cílů, dosažitelných v době řešení projektu a vyhodnotitelných po jeho skončení. Vymezení cílů projektu se totiž vždy dotýká odborné problematiky výzkumu a vývoje v dané oblasti, v níž se daňové orgány nepohybují a odborné (technické) stránce činnosti daňového subjektu stěží rozumí.

VII. Závěr a náklady řízení

Vzhledem k uvedenému dospěl soud k závěru, že žaloba není důvodná, napadené rozhodnutí žalovaného jako zákonné obstojí. Proto soud žalobu zamítl postupem podle § 78 odst. 7 s. ř. s.
Ve věci soud rozhodl, aniž nařídil jednání, v souladu s § 51 odst. 1 s. ř. s., za presumovaného souhlasu žalobce a výslovného souhlasu žalovaného.
O nákladech řízení bylo rozhodnuto ve smyslu ustanovení § 60 odst. 1 věta první s. ř. s., dle kterého, nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil, proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Ve věci měl úspěch žalovaný, jemuž však náklady nad rámec jeho běžné činnosti nevznikly, ostatně ani náhradu nákladů řízení nepožadoval. Soud proto vyslovil, že žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, sídlem Moravské náměstí 611/6, 657 40 Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Liberec 16. září 2025

Mgr. Lucie Trejbalová

předsedkyně senátu