Kasační/ústavní stížnost:
5 Afs 84/2025
Celé znění judikátu:
Krajský soud v Českých Budějovicích rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Michala Hájka, Ph.D., a soudkyň Mgr. Heleny Nutilové a JUDr. Terezy Kučerové, ve věci
žalobkyně: Zemědělské zásobování a nákup Strakonice, a. s.
se sídlem Radošovice 83, 386 01 Radošovice
zastoupena advokátem JUDr. Ing. Ondřejem Lichnovským
se sídlem Palackého 151/10, 796 01 Prostějov
proti
žalovanému: Odvolací finanční ředitelství
se sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno
o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 21. 8. 2023, čj. 27266/23/5200-11433-713076,
takto:
- Žaloba se zamítá.
- Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.
- Žalovanému se náhrada nákladů řízení nepřiznává.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
1. Krajský soud v nynější věci posuzoval, zda žalobkyně dostatečně prokázala uskutečňování kontroly a hodnocení probíhající výzkumné a vývojové činnosti tak, aby splnila podmínky pro uznání daňového odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Pro posouzení věci byla významná též otázka, zda se jedná o skutečnost týkající se formálních náležitostí projektu či zda kontrola a hodnocení postupu řešení projektu jsou součástí výzkumu a vývoje jako takového. Krajský soud dospěl k závěru, že se jedná o otázku formálních podmínek pro uplatnění daňového odpočtu, jelikož navazuje na zákonem stanovenou náležitost písemného projektu, která daňovým orgánům umožňuje průběh výzkumu a vývoje následně ověřit. Podklady, které žalobkyně v této souvislosti předložila, byly pouze velice obecné a z pohledu soudu nedostačující. V takové situaci nebylo nutné k posouzení této podmínky věcné hodnocení samotného projektu, a tedy ani ustanovení znalce.
2. Dne 14. 10. 2019 zahájil Finanční úřad pro Jihočeský kraj (dále jen „správce daně“) u žalobkyně daňovou kontrolu mimo jiné daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016. V průběhu daňové kontroly správci daně vznikla pochybnost ohledně uplatněného nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4, § 34a, § 34b a § 34c zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů.
3. Žalobkyně uplatnila v roce 2016 odčitatelnou položku od základu daně z příjmů právnických osob na podporu výzkumu a vývoje ve výši 7 379 079 Kč, a to v souvislosti s projektem nazvaným „Krmné směsi pro skot bez geneticky modifikovaných surovin“. Jeho cílem byl vývoj receptury krmiva a technologického postupu, který zajistí, aby při výrobě krmné směsi nedošlo ke kontaminaci geneticky modifikovanými organismy (dále jen „GMO“).
4. Žalobkyně dle správce daně předně neprokázala, že způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu byl fakticky realizován tak, jak si v projektu stanovila. Dále žalobkyně nerozptýlila pochybnosti o uplatnění skutečných mzdových nákladů, vykazovala také náklady kalkulované a neprokázala, že se konkrétní osoba podílela na projektu konkrétní činností v daném rozsahu.
5. Žalobkyně dle správce daně nevedla průkazně evidenci nákladů na projekt ani evidenci spotřebovaného materiálu na řešení projektu (evidence neprokazovala souvislost s projektem). To se týkalo i výdajů na prováděné testy.
6. Dodatečným platebním výměrem ze dne 30. 11. 2021, čj. 2185995/21/2211-50522-307699, správce daně žalobkyni doměřil daň z příjmů právnických osob vyšší o částku 1 412 650 Kč a stanovil jí zároveň povinnost uhradit penále ve výši 282 530 Kč.
7. Žalovaný v záhlaví označeným rozhodnutím odvolání žalobkyně zamítl a dodatečný platební výměr správce daně potvrdil.
II. Shrnutí žaloby
8. Proti tomuto rozhodnutí podala žalobkyně dne 1. 11. 2023 žalobu ke Krajskému soudu v Českých Budějovicích.
9. Žalobkyně nejprve podrobně shrnula průběh dosavadního řízení.
II.A Námitky týkající se ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty
10. Žalobkyně uvedla, že již v odvolání namítla nesprávné posouzení otázky, zda činnosti realizované v rámci projektu výzkumu a vývoje splňují definiční znaky výzkumu a vývoje, tedy přítomnost ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty. Dle žalobkyně žalovaný neunesl důkazní břemeno, když nesprávně vyhodnotil její odvolací námitky a dospěl k závěru, že sporné činnosti nelze podřadit pod výzkum a vývoj. Žalovaný argumentuje, že správce daně vyjádřil pochybnosti o přítomnosti ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty, avšak tyto pochybnosti nebyly důvodem pro zamítnutí odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Proto správce daně nepovažoval za nutné ustanovit znalce, neboť šlo o otázky, které mohl posoudit sám.
11. Žalobkyně považuje tento závěr za účelový a poukazuje na to, že správce daně nesprávně rezignoval na povinnost odborně vyhodnotit doložené důkazy technické povahy. Ze zprávy o daňové kontrole vyplývá, že správce daně zpochybňoval, zda projekt lze podřadit pod činnosti výzkumu a vývoje. Konkrétně odmítl zahrnutí opatření proti kontaminaci při skladování a logistických procesech mezi ocenitelné prvky novosti, neboť podle něj oddělené skladování musela žalobkyně řešit již před realizací projektu.
12. Správce daně rovněž nepovažoval za ocenitelný prvek novosti vývoj receptur pro výrobu krmných směsí bez GMO, protože žalobkyně již před projektem vyráběla různé krmné směsi a tvorbu receptur měla podle jeho názoru vyřešenou. Podle správce daně došlo „pouze“ k náhradě geneticky modifikovaného sójového šrotu za nemodifikovaný, což považoval za standardní úpravu výrobního procesu.
13. Dále zpráva o daňové kontrole konstatuje, že předložené zápisy z porad vývojového týmu neposkytují dostatečný obraz o průběhu prací na projektu, zejména ve vztahu k ocenitelnému prvku novosti a technické nejistotě. Správce daně měl proto pochybnosti, zda činnosti vymezené v projektu odpovídají definici výzkumu a vývoje podle zákona o podpoře výzkumu a vývoje. V této souvislosti zpráva poukazuje na to, že získání certifikace produktu nemusí nutně znamenat, že projekt splňuje podmínky výzkumu a vývoje.
14. Žalobkyně naopak zdůrazňuje, že v rámci projektu bylo nutné nalézt výrobní technologie a nastavit logistické procesy tak, aby se zabránilo kontaminaci krmných směsí bez GMO. Podle ní je nalezení technologického postupu, jak zabránit kontaminaci v rámci výroby na stejné výrobní lince, ocenitelným prvkem novosti. Původní postup výroby krmných směsí totiž neřešil úplné odstranění kontaminace. Vzhledem k tomu, že při skladování a logistických procesech docházelo ke kontaminaci i v rámci běžného provozu, musela žalobkyně zavést další opatření, jako například oddělené koše pro přepravu. Původní plán odděleného skladování nebyl dostatečný, a bylo proto nutné zavést další změny v procesu.
15. Podobně žalobkyně poukazuje na to, že vývoj receptur a technologického postupu pro výrobu krmných směsí bez GMO představoval významnou změnu technologického procesu. Bylo nutné přizpůsobit výrobní postupy, což si vyžádalo technické úpravy. V průběhu projektu bylo prováděno testování a vyhodnocování jednotlivých surovin a jejich vlastností, což potvrzují doložené laboratorní rozbory. Kromě toho žalobkyně předložila novou recepturu krmné směsi, záznamy z porad vývojového týmu, finanční a technickou zprávu k projektu a certifikaci potvrzující absenci GMO v konečném produktu.
16. Ze zprávy o daňové kontrole však nevyplývá, že by dle správce daně došlo na základě doložených podkladů k rozptýlení jeho pochybností. Zpráva neobsahuje závěr, že projekt skutečně splňuje podmínky ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty. Žalobkyně proto odmítá tvrzení žalovaného, že správce daně nevyvozoval žádné závěry ohledně materiální stránky projektu, když naopak zpráva obsahuje konkrétní argumentaci k této otázce. Zpochybnění přítomnosti ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty tedy bylo jedním z důvodů doměření daně.
17. Žalovaný se přitom v odvolacím řízení nezabýval námitkami žalobkyně k otázce ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty. Nehodnotil doložené důkazy ani neustanovil znalce k posouzení projektu výzkumu a vývoje. Žalobkyně v této souvislosti poukazuje na judikaturu, podle níž v případech, kdy rozhodnutí závisí na odborném posouzení, správce daně znalce ustanovit musí. Nejvyšší správní soud například v rozsudku ze dne 27. 9. 2016, čj. 1 Afs 174/2016‑38, konstatoval, že znalecký posudek umožňuje správnímu orgánu komplexně zjistit a posoudit veškeré skutkové okolnosti projektu, včetně přítomnosti ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty. Podobně v rozsudku ze dne 11. 6. 2015, čj. 10 Afs 24/2014-119, č. 3273/2015 Sb. NSS, Nejvyšší správní soud uvedl, že pokud správní orgány nemají potřebné technické znalosti, musí ustanovit znalce k objektivnímu posouzení projektu. Daňový řád v § 95 odst. 1 písm. a) stanoví, že pokud rozhodnutí závisí na odborném posouzení, správce daně může ustanovit znalce, přičemž odborná literatura uvádí, že za určitých podmínek je to dokonce nezbytné (Baxa, J. a kol., Daňový řád. Komentář. Praha: Wolters Kluwer ČR, 2011, s. 543).
18. Žalobkyně tedy dovozuje, že bez odborného posouzení soudním znalcem nelze učinit relevantní závěr o tom, zda náklady spojené s projektem výzkumu a vývoje byly daňově uznatelné. Žalovaný proto pochybil, když se námitkami žalobkyně věcně nezabýval a nehodnotil doložené důkazy k vývojové činnosti.
II.B Námitky týkající se kontroly a hodnocení řešení projektu
19. Žalovaný považuje odvolací námitky žalobkyně za nedůvodné a dovozuje, že z předložených důkazů nelze uzavřít, že by kontrola a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje skutečně probíhaly dle plánu. Tvrdí, že nebylo prokázáno konání pravidelných výrobních porad v každé etapě projektu, přičemž absence důkazu o faktickém provádění kontrol je podle něj sama o sobě důvodem k odepření celého odpočtu na podporu výzkumu a vývoje.
20. Žalobkyně však tyto závěry považuje za nesprávné a poukazuje na to, že kontrola a hodnocení projektu byly v řízení prokázány. To, že nebyla zajištěna úplná shoda mezi plánovanými a skutečně provedenými kontrolami, podle ní nepředstavuje zákonný důvod pro zamítnutí odpočtu.
21. Dále vytýká žalovanému, že se nevypořádal s její námitkou, že správce daně neunesl své důkazní břemeno, což je v rozporu s § 116 odst. 2 daňového řádu, podle kterého musí odvolací orgán vypořádat všechny důvody, v nichž odvolatel spatřuje nesprávnosti či nezákonnosti rozhodnutí. Rozhodnutí žalovaného je proto nepřezkoumatelné. K tomu žalobkyně odkázala na shora citovanou komentářovou literaturu a rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 8. 4. 2004, čj. 4 Azs 27/2004-74, ze dne 18. 10. 2005, čj. 1 Afs 135/2004-73, č. 787/2006 Sb. NSS, a ze dne 27. 6. 2007, čj. 3 As 4/2007-58.
22. Žalovaný dále tvrdí, že otázka ocenitelného prvku novosti není pro rozhodnutí relevantní. Žalobkyně však poukazuje na to, že sama unesla své důkazní břemeno tím, že doložila řádné účetnictví. Pokud měl správce daně v úmyslu odpočet zamítnout, musel nejprve splnit svou důkazní povinnost a prokázat skutečnosti podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu. Mezi účastníky řízení není sporné, že žalobkyně splnila svou primární důkazní povinnost, a proto bylo na správci daně, aby prokázal důvodné pochybnosti. Ty však musí být natolik závažné, že naruší věrohodnost žalobkyní předložených důkazů. Tento požadavek formuloval i Krajský soud v Ostravě ve svém rozsudku ze dne 28. 1. 2019, čj. 25 Af 36/2018-46, stejně jako Krajský soud v Ústí nad Labem v rozsudku ze dne 21. 5. 2008, čj. 15 Ca 259/2006-44.
23. Žalobkyně dále upozorňuje, že správce daně obdržel čtyři zápisy z porad řešitelského týmu, které shrnují průběh jednotlivých etap projektu. Přestože správce daně považoval tyto záznamy za nedostatečné, nevydal žádnou výzvu k jejich doplnění. Žalobkyně proto namítá, že nemohla neunesením důkazního břemene způsobit negativní důsledky, pokud správce daně v tomto směru nevyužil žádný procesní prostředek. Správce daně se přitom otázkou ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty opakovaně zabýval, čímž fakticky uznal, že se jedná o podstatnou otázku.
24. Další argumentace žalovaného se opírá o § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů, přičemž žalobkyně poukazuje na to, že její projekt splňuje požadavek na způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků. Žalovaný v této souvislosti neuvedl žádné konkrétní ustanovení, které mělo být porušeno, a nezdůvodnil, proč má být odpočet zamítnut. Žalobkyně dále zdůrazňuje, že zákon o daních z příjmů nestanoví žádné konkrétní požadavky na četnost a metodu kontrol, a proto nelze hodnotit jejich formu jako nedostatečnou.
25. Žalobkyně upozorňuje, že projekt výzkumu a vývoje je plánem do budoucna, a pokud kontrola neproběhla přesně podle předem stanoveného harmonogramu, nemůže to být důvodem pro odepření odpočtu. Stejně tak dosažení výsledku projektu není podmínkou pro uznání odpočtu. Jelikož se jedná o otázky daňového práva hmotného, je zcela nepřípustné dotváření práva v neprospěch daňového subjektu (srov. Melzer, F. Metodologie nalézání práva. Úvod do právní argumentace. 2. vydání. Praha: C. H. Beck, 2011, str. 238-239, a rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 6. 2008, čj. 8 Afs 49/2007-52, č. 2250/2011 Sb. NSS).
26. Žalobkyně dále namítá, že doložila zápisy z porad, výsledky laboratorních testů a další důkazy potvrzující provádění kontrol a hodnocení projektu. Svědecká výpověď Z. R. potvrdila konání pravidelných porad, přičemž absence písemných výstupů z některých setkání nemůže být důvodem pro zamítnutí odpočtu.
27. Žalobkyně v daňovém řízení prokázala, že kontroly a hodnocení projektu výzkumu a vývoje skutečně probíhaly, a proto považuje závěry žalovaného za rozporné s výsledky provedeného dokazování. Žalovaný však argumentuje údajnými nesrovnalostmi v evidenci odpracované doby, zejména poukazuje na chybějící záznamy řešitelského týmu k datu 5. 12. 2016 a na to, že v březnu 2016 Ing. R. nevykázala dvě hodiny práce. Žalobkyně tyto výtky odmítá jako nesmyslné a upozorňuje, že v evidenci odpracovaných hodin existovala pouze jediná chyba spočívající v nevykázání dvou hodin dne 6. 6. 2016, což bylo v řízení řádně vysvětleno. Záznamy správci daně prokazují účast všech řešitelů na poradách a jejich práci na projektu. Hodiny dne 5. 12. 2016 nebyly vykázány, neboť projekt byl již ukončen a tento den probíhalo pouze jeho závěrečné hodnocení, které nebylo součástí účetně vykázaných nákladů.
28. Správce daně rovněž namítá, že nemohl dohledat odpracované hodiny v některých termínech porad (1. 3. 2016, 6. 6. 2016, 1. 11. 2016 a 5. 12. 2016), což podle něj zpochybňuje jejich konání. Žalobkyně však doložila konkrétní zápisy z těchto porad, což jejich realizaci jednoznačně prokazuje. Argumentace žalovaného je tedy spekulativní a nemá oporu ve skutečnostech.
29. Žalovaný dále tvrdí, že skutečnost, že k hodnocení projektu došlo dne 5. 12. 2016, tedy po jeho formálním ukončení dne 30. 11. 2016, posiluje pochybnosti o provádění kontrolní činnosti. Žalobkyně tento argument považuje za zmatečný a poukazuje na to, že § 34c odst. 1 písm. b) zákona o daních z příjmů jednoznačně definuje dobu řešení projektu jako období, v němž dochází k odstraňování technické nejistoty a hledání ocenitelného prvku novosti. Závěrečné hodnocení projektu však logicky přichází až po jeho ukončení. Žalovaný tedy nesprávně zaměňuje období řešení projektu a jeho vyhodnocení, přičemž jeho závěr, že jde o zdroj pochybností, nemá oporu v právní úpravě ani v logice věci.
30. Další žalovaná argumentace se opírá o publikaci RYDVAL, T. Náklady na výzkum a vývoj jako položka odčitatelná od základu daně. Praha: C.H. Beck, 2021, kterou však žalovaný cituje vytrženě z kontextu. Tato publikace se zabývá prokazováním ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty, tedy aspekty, které žalovaný sám označil za irelevantní a odmítl se jimi zabývat.
31. Stejně tak žalovaný nesprávně interpretuje rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, v němž soud řešil situaci, kdy daňový subjekt doložil pouze finální výstup projektu, nikoli samotný průběh vývojové činnosti. Oproti tomu žalobkyně v projednávané věci doložila řadu důkazů dokládajících průběh řešení projektu, včetně laboratorních testů, zápisů z porad vývojového týmu a dalších dokumentů. Těmito důkazy se však žalovaný odmítl zabývat.
32. Žalovaný se v rámci svého rozhodnutí soustředí na izolované hodnocení zápisů z porad, přičemž tvrdí, že jsou příliš obecné a nelze z nich dovodit konkrétní vývoj projektu. Žalobkyně namítá, že žádný právní předpis nestanoví, jak mají být zápisy vedeny, a že v nich jsou uvedeny jak dosažené výsledky, tak další kroky v projektu. Žalovaný v tomto ohledu pouze účelově odmítá důkazní hodnotu předložených dokumentů. Pokud měl pochybnosti, měl vést se žalobkyní dialog a požádat o vysvětlení, což však nikdy neučinil. Žalobkyně dokonce nabízela ústní jednání či on-line formu komunikace, avšak správce daně a následně i žalovaný takovou možnost ignorovali. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 27. 9. 2017, čj. 1 Afs 102/2016-34, přitom výslovně uvedl, že daňové řízení nesmí probíhat jako „námořní bitva“, v níž daňový subjekt předkládá důkazy a správce daně je bez dalšího odmítá zvoláním „voda“.
33. Žalovaný fakticky hodnotí věcnou stránku projektu, tj. samotnou vývojovou činnost, když se zaměřuje na průběh vývojového procesu, pro který je přitom stěžejní odstraňování technické nejistoty a hledání ocenitelného prvku novosti. Samotnou vývojovou činnost přitom označil za irelevantní, když se odmítl zabývat otázkami ocenitelného prvku novosti a odstranění technické nejistoty. Žalovaný si tak protiřečí.
34. Posouzení toho, jak byla vývojová činnost řešena, je možno činit pouze na základě komplexního hodnocení důkazů, kde budou všechny provedené důkazy hodnoceny mj. ve vzájemných souvislostech, jak vyžaduje ustanovení § 92 odst. 7 a § 8 odst. 1 daňového řádu. Pouhé izolované posuzování kontrol a hodnocení postupu řešení projektu nemůže z povahy věci dát odpověď na všechny otázky řešení průběhu projektu.
35. Žalovaný dále tvrdí, že laboratorní testy doložené žalobkyní nevykazují konkrétní návaznost na výzkumnou a vývojovou činnost v rámci řešeného projektu. Žalobkyně toto tvrzení odmítá jako důsledek nedostatku odborných znalostí na straně správce daně, který nerozumí technickým aspektům projektu a nemůže tak adekvátně posoudit jejich význam. Význam laboratorních testů spočívá v ověřování kvality a složení krmných směsí bez GMO. To bylo zásadním cílem projektu navazujícím na poptávku mlékáren po mléku od skotu krmeného těmito směsmi. Nejvyšší správní soud ve shora citovaném rozsudku čj. 10 Afs 24/2014-119 konstatoval, že správní orgány nemohou hodnotit technické aspekty projektu, pokud nemají odborné znalosti, a v takovém případě je nutné ustanovit znalce.
36. Dále žalovaný vytýká, že není patrné, jaká opatření žalobkyně přijala na základě výsledků testů. Žalobkyně však upozorňuje, že správce daně ani žalovaný se na tuto otázku v řízení neptali a otázku odstraňování technické nejistoty sami označili za irelevantní. Nyní však paradoxně vytýkají žalobkyni nedostatečné vysvětlení odborných aspektů projektu, přestože k nim neměli žádné dotazy a ignorovali nabídky na vysvětlení.
37. Rovněž je nesprávné hodnocení žalovaného, že svědecká výpověď pana Rohlíčka byla obecná a nevypovídala o kontrolách a hodnocení. Správce daně se v rámci výslechu na konkrétní otázky kontrol a hodnocení neptal, což nelze klást žalobkyni k tíži. Žalovaný tak účelově zpochybňuje svědeckou výpověď, aniž by ji hodnotil ve spojitosti s ostatními důkazy.
38. Žalobkyně doložila dostatek důkazů k průběhu vývoje projektu. Pouze skutečnost, že správce daně doloženým důkazům nerozuměl nebo jim nechtěl rozumět, nemůže být důvodem k jejich odmítnutí. Pokud žalovaný proklamuje, že důkazy hodnotil „komplexně“, nic takového ve zprávě o daňové kontrole ani v jeho rozhodnutí obsaženo není. Rozhodnutí žalovaného je proto v rozporu s § 8 odst. 1 a § 92 odst. 7 daňového řádu, které vyžadují posouzení důkazů ve vzájemných souvislostech. K podpoře své argumentace žalobkyně citovala z rozsudků Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 12. 2017, čj. 4 Afs 93/2017-38, a ze dne 16. 4. 2020, čj. 1 Afs 376/2019-38.
39. S ohledem na uvedené žalobkyně shrnuje, že v daňovém řízení byly doloženy kontroly a hodnocení prováděné v rámci projektu výzkumu a vývoje. Neexistuje žádná zákonná opora pro zamítnutí odpočtu na základě argumentace žalovaného. Závěry žalovaného jsou vnitřně rozporné, neboť na jedné straně odmítl hodnotit věcnou stránku projektu, zatímco na druhé straně žalobkyni vytýká, že věcnou stránku dostatečně neprokázala.
II.C Námitka rozpornosti závěrů žalovaného
40. Žalobkyně dále podrobněji rozvedla námitku rozpornosti závěrů žalovaného.
41. Na jedné straně žalovaný tvrdí, že žalobkyně neprokázala návaznost doložených důkazů na výzkumnou a vývojovou činnost, a vytýká jí, že není zřejmé, k jakým konkrétním výsledkům v průběhu řešení projektu dospěla, jaká opatření na základě těchto výsledků přijala a jaký vliv měly tyto výsledky na průběh výzkumně-vývojové činnosti (viz např. odst. [56] a [57] rozhodnutí o odvolání). Současně však žalovaný namítá, že žalobkyně nevedla řádnou evidenci nákladů na výzkum a vývoj.
42. Tento přístup činí rozhodnutí žalovaného vnitřně rozporným. Pokud žalovaný hodnotí evidenci nákladů na výzkum a vývoj, implicitně tím uznává, že byl doložen kompletní průběh realizace projektu, včetně kontrol a hodnocení, a že vývojová činnost byla skutečně realizována. Jinak by totiž bylo absurdní se evidencí vůbec zabývat. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55, výslovně uvedl, že před posuzováním evidence nákladů je nutné nejprve postavit najisto, zda projekt vůbec splňuje podmínky výzkumu a vývoje podle zákona o daních z příjmů. Pokud by tomu tak nebylo, nemělo by smysl se evidencí nákladů vůbec zabývat.
43. Jestliže tedy žalovaný v rozhodnutí na jedné straně uvádí, že žalobkyně nevedla dostatečnou evidenci nákladů na výzkum a vývoj, z logiky věci to znamená, že ostatní podmínky pro uplatnění odpočtu splněny byly, tedy že byl prokázán průběh projektu včetně jeho hodnocení a že tento projekt odpovídal podmínkám stanoveným zákonem o daních z příjmů.
II.D Námitky týkající se oddělené evidence nákladů na výzkum a vývoj
44. Žalobkyně namítá, že závěry žalovaného o nesplnění podmínek evidence nákladů na výzkum a vývoj jsou nesprávné. Podrobně pak rozvedla svou argumentaci stran osobních nákladů, nákladů na materiál a nákladů na certifikaci. S ohledem na níže vyložené rozhodovací důvody není účelné tuto obsáhlou argumentaci blíže rekapitulovat.
II.E Námitka nedostatečně zjištěného skutkového stavu věci
45. Žalobkyně namítá, že žalované rozhodnutí je nezákonné, protože daňové orgány nedostatečně zjistily skutkový stav věci potřebný pro rozhodnutí, čímž porušily ustanovení § 92 odst. 2 daňového řádu. Žalobkyně dokládala důkazy odborné povahy, které vyžadovaly znalecké posouzení, což daňové orgány odmítly. Bez odborného posouzení nemohou porozumět tomu, proč byl spotřebovaný materiál potřebný a jak souvisí s projektem výzkumu a vývoje. Laik v daném odvětví nemůže porozumět průběhu řešení projektu, provedeným testům, kontrolám a hodnocením.
46. Žalobkyně požadovala ústní jednání a místní šetření v provozovně, aby mohla správci daně objasnit problematiku projektu a vyjasnit nejasnosti. Daňové orgány to odmítly, což vedlo k nedostatečnému zjištění skutkového stavu. Žalovaný tvrdí, že neprovedení jednání nebylo pochybením, protože odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebyl uznán z důvodu neprokázání realizace kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, nikoliv kvůli věcné stránce projektu.
47. Žalobkyně poukazuje na to, že daňové orgány nejprve neprovedení jednání odůvodňovaly pandemií Covid-19, ačkoli žalobkyně nabízela možnost videokonference. V odvolacím řízení již pandemie nemohla být důvodem pro neprovedení jednání. Žalovaný tvrdí, že jednání nebylo nutné, protože nebyla posuzována věcná stránka projektu výzkumu a vývoje. Žalobkyně však namítá, že odepření odpočtu nespočívá v nesplnění formálních náležitostí projektu, ale v neprokázání souvislosti výdajů s projektem a provedení kontrol a hodnocení.
48. Žalovaný zpochybňuje průběh řešení projektu a odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, který se zabývá doložením průběhu řešení projektu. Žalovaný uvádí, že není patrné, jak projekt probíhal, jaké byly výsledky a jaká opatření byla přijata. Žalobkyně je přesvědčena, že požadované jednání by mohlo vyjasnit tyto otázky. Správce daně rezignoval na povinnost řádně zjistit skutkový stav a snažil se dosáhnout stavu „non liquet“, což by vyhovovalo doměření daně.
49. „Přijít věcem na kloub“ je přitom tradičním přístupem daňové správy, kdy se zjišťuje, zda formální tvrzení odpovídá skutečnosti nebo zda se jedná o předstírání či zakrývání skutečného stavu věci (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 1 Afs 133/2019-34).
II.F Žalobní petit
50. Žalobkyně navrhla, aby krajský soud rozhodnutí žalovaného zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení.
III. Shrnutí vyjádření žalovaného
51. Žalovaný ve vyjádření k žalobě uvedl, že s právním názorem žalobkyně nesouhlasí. Odkazuje na obsah spisového materiálu a konkrétní body napadeného rozhodnutí.
52. Žalobkyně namítá nezákonnost a nepřezkoumatelnost rozhodnutí, opakuje argumenty a hojně odkazuje na judikaturu, kterou vytrhává z kontextu. Tvrdí, že správní orgány nerozumí problematice, proto bylo nutné stanovit znalce, a že neprojevily ochotu nechat si nejasnosti vysvětlit. Žalovaný shrnuje, že žaloba je nepřehledná a zaměňuje nepřezkoumatelnost s nereagováním na každý argument.
III.A Vyjádření žalovaného k námitkám týkajícím se ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty
53. Žalovaný uvádí, že formální podmínky kladené na projekt výzkumu a vývoje upravuje § 34c zákona o daních z příjmů, který vymezuje základní náležitosti dokumentu. Písemný projekt slouží jako základní dokument, kterým daňový subjekt prokazuje nárok na uplatnění odpočtu od základu daně a je nástrojem proti zneužívání odpočtu výdajů na výzkum a vývoj (viz rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 11. 2017, čj. 10 Afs 77/2017-53, ze dne 14. 11. 2019, čj. 1 Afs 363/2018-113, a ze dne 3. 3. 2022, čj. 1 Afs 292/2020-49). Nesplnění i jedné z formálních náležitostí projektu znemožňuje uplatnění odpočtu, aniž by bylo třeba zkoumat ostatní podmínky (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 7. 2022, čj. 8 Afs 170/2020-49, č. 4379/2022 Sb. NSS).
54. Důvody pro odepření odpočtu v tomto případě spočívaly v nenaplnění formálních podmínek, konkrétně neprokázání faktické realizace kontrolní činnosti dle projektu výzkumu a vývoje a neunesení důkazního břemene žalobkyní ohledně souvislosti vynaložených nákladů s projektem. Uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků je jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Tato náležitost má přímou souvislost s cíli projektu, které jsou dosažitelné a vyhodnotitelné po jeho ukončení. Žalovaný odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 6. 2021, čj. 10 Afs 338/2020-45, dle něhož je uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu. Žalobkyně musí prokázat faktické uskutečňování kontrolních a hodnotících postupů, které byly v projektu vymezeny.
55. Žalovaný uvádí, že důkazní břemeno ohledně oprávněnosti uplatnění odčitatelné položky výzkumu a vývoje nese daňový subjekt. Správce daně vznesl důvodné pochybnosti ohledně faktické realizace kontroly a hodnocení projektu a souvislosti vykázaného materiálu s projektem. Tyto pochybnosti nebyly odstraněny, přičemž důkazní břemeno leželo na žalobkyni.
56. Závěry správce daně byly založeny na nenaplnění podmínek odpočtu, konkrétně neprokázání faktické realizace kontroly a souvislosti nákladů s projektem. Názor žalovaného se neodchýlil od názoru správce daně, a proto nebylo nutné žalobkyni v odvolacím řízení s tímto názorem seznamovat.
57. Žalovaný nesouhlasí s tím, že „neprokázání faktického provádění kontroly“ a „neprokázání souvislosti“ nelze posuzovat bez zkoumání věcné stránky projektu. Jedná se o prověřování formálních podmínek projektu výzkumu a vývoje podle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Žalobkyně musí prokázat, co si v projektu sama stanovila, a v tomto ohledu ji tíží důkazní břemeno.
III.B Vyjádření žalovaného k námitkám týkajícím se kontroly a hodnocení postupu řešení projektu
58. Žalovaný konstatuje, že způsob kontroly a hodnocení v projektu výzkumu a vývoje si žalobkyně sama stanovila jako povinnou náležitost, a proto byla povinna doložit uskutečňování těchto postupů. Žalobkyně nedoložila zápisy z pravidelných výrobních porad, které měly probíhat každé pondělí, a výslech svědka R. nepřinesl nové informace. Porady se dle předložených zápisů měly uskutečnit ve dnech 1. 3. 2016, 6. 6. 2016, 1. 11. 2016 a 5. 12. 2016, a měli na nich být přítomni vždy všichni čtyři členové týmu. Dle předložených evidencí na společné poradě mohli být přítomni všichni pouze 1. 3. 2016. Ze zápisů je zřejmé, že porady probíhaly po ukončení jednotlivých etap projektu. Z předložených zápisů z porad nevyplývá, jak konkrétně kontrola projektu probíhala, jaká kritéria se hodnotila, ani jaká byla návaznost na další činnost v projektu.
59. Žalovaný nesouhlasí s tvrzením, že některá z námitek žalobkyně zůstala opomenuta. Z napadeného rozhodnutí je zřejmé, že důkazní břemeno ohledně náležitostí projektu leželo na žalobkyni. Pochybnosti správce daně se týkaly i faktického provádění kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. Na straně 28 dosavadního výsledku kontrolního zjištění správce daně výslovně uvádí, že „[p]okud daňový subjekt stanoví v projektu způsob kontroly postupů řešení projektu nebo způsob dosažených výsledků, pak o těchto skutečnostech musí existovat důkazní prostředky.“
60. Stran námitky neprovedení materiálního přezkumu projektu nešlo o opomenutí odvolací námitky, nýbrž o výslovné konstatování nadbytečnosti takového postupu (viz body 33 až 36 napadeného rozhodnutí), neboť ani případná důvodnost této části odvolací argumentace by na závěru o nesplnění podmínek kladených na projekty výzkumu a vývoje nemohla ničeho změnit. (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 11. 2013, čj. 2 Afs 24/2012-34, č. 3002/2014 Sb. NSS). Ústavní soud rovněž v případě, že námitky stěžovatelů nejsou způsobilé změnit výrok rozhodnutí, tyto nevypořádává (viz např. bod 24 nálezu ze dne 28. 5. 2009, sp. zn. II. ÚS 2029/08). Požadavky kladené na orgány veřejné moci stran detailnosti odůvodnění nesmí být přemrštěné.
61. Žalovaný konstatuje, že žalobkyně se snaží zdůraznit, že kontrola a hodnocení probíhaly, ale neprokázala, že probíhaly v souladu s projektem výzkumu a vývoje.
62. Správní orgány hodnotily důkazní prostředky a požadovaly prokázání faktické realizace kontrolních postupů. Nedostatky v důkazech nelze odstranit vysvětlením činnosti. Výzkumně vývojová činnost musí být plánovitá a systematická, což žalobkyně neprokázala. Tvrzení, že žalobkyně nebyla vyzvána k doložení toho, kterých dávek se testy týkaly, žalovaný již v napadeném rozhodnutí považoval za účelové. Nedošlo k porušení čl. 11 odst. 5 Listiny. V nynějším případě se nejedná o správní trestání, ale o unesení důkazního břemene v daňovém řízení. Jedná se přitom o nadstandardní benefit, kdy je jeden výdaj uplatněn dvakrát, proto má stát prostřednictvím orgánů finanční správy zájem na striktním dohledu nad splněním příslušných podmínek.
63. Žalovaný se soustředil na posuzování faktického provádění kontrol a hodnocení, protože pochybnosti v tomto směru byly stěžejní. Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, zdůrazňuje důležitost dokumentace vývojové činnosti. Z laboratorních testů není zřejmé, ke které dávce krmné směsi se vážou, ani jaké důsledky měly. Faktury ukazují, že testy si zadávala mlékárna GOLDSTEIG Käsereien Bayerwald. Svědecká výpověď pana R. byla obecná a nedoložila konkrétní informace. Podstatné je, že z předložených důkazních prostředků neplyne žádná jejich provázanost.
64. Napadené rozhodnutí není vnitřně rozporné. Důvodem vyloučení odpočtu bylo neprokázání faktické realizace kontrolní činnosti a souvislosti nákladů s projektem. Vývojová činnost žalobkyně nebyla hodnocena, proto námitky týkající se ocenitelného prvku novosti a neustanovení znalce nejsou relevantní. Žalobkyně neprokázala faktické uskutečnění kontrolních a hodnotících postupů a evidence mzdových nákladů byla neprůkazná.
III.C Vyjádření žalovaného k namítané vnitřní rozpornosti jeho závěrů
65. Žalobkyně nesouhlasí se závěry žalovaného, který jí vytýká nedoložení návaznosti důkazů na výzkumně vývojovou činnost a nedostatky v evidenci nákladů. Posuzuje-li žalovaný evidenci nákladů, je zřejmé, že již nemá pochybnosti o řádném doložení průběhu realizace projektu včetně kontrol a hodnocení. Žalovaný konstatuje, že úvahy žalobkyně jsou zavádějící. Možnost uplatnění nákladů na výzkum a vývoj je vázána na splnění všech zákonných podmínek. Žalobkyně musí splnit formální požadavky na projekt, vést oddělenou evidenci výdajů a prokázat přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty. Zkoumání vedení oddělené evidence nákladů není podmíněno řádným doložením průběhu realizace projektu. Žalobkyně odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55, jehož pasáže však vytrhává z kontextu. Ani teoretické prokázání souvislosti nákladů nemůže prokázat oprávněnost odčitatelné položky, pokud nebyla prokázána samotná činnost výzkumu a vývoje.
66. Požadavek na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků není samoúčelný, ale umožňuje finančním orgánům zkoumat, zda kontrola a vyhodnocení proběhly, a zda lze záznamy o výsledcích kontroly užít při doložení nároku na odpočet (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, čj. 9 Afs 144/2016-51, bod 40). Správní orgány byly oprávněny zkoumat, zda kontrola a hodnocení projektu probíhaly, aby mohly prověřit, že vývojový proces skutečně probíhal.
III.D Vyjádření žalovaného k námitkám týkajícím se oddělené evidence nákladů na výzkum a vývoj
67. Stejně jako příslušné žalobní námitky, není ani vyjádření k nim zapotřebí blíže rekapitulovat.
III.E Vyjádření žalovaného k námitce nedostatečně zjištěného skutkového stavu
68. Žalovaný zdůrazňuje, že daňové řízení není ovládáno zásadou vyšetřovací, ale je povinností daňového subjektu, který si uplatňuje odčitatelnou položku od základu daně na výzkum a vývoj, aby nárokovaný odpočet prokázal. Žalobkyně mohla po celou dobu daňového řízení předkládat vyjádření a důkazní prostředky. Místní šetření a ústní jednání nemohly odstranit pochybnosti správce daně ohledně neprokázání realizace kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a neunesení důkazního břemene o souvislosti vynaložených nákladů. Žalovaný neřešil věcnou stránku projektu. Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018‑55, zmiňoval nutnost doložení dokumentace týkající se průběžné kontroly a hodnocení postupu při řešení projektu.
69. U odpočtu na výzkum a vývoj se jedná o nadstandardní benefit, proto musí žalobkyně vycházet z toho, že správce daně bude požadovat prokázání splnění všech nadstandardních povinností spojených s tímto benefitem (viz rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 11. 2017, čj. 10 Afs 77/2017-56, ze dne 25. 5. 2020, čj. 8 Afs 72/2018-52; ze dne 10. 6. 2021, čj. 10 Afs 338/2020-45; ze dne 24. 8. 2022, čj. 2 Afs 194/2020-52, a usnesení Ústavního soudu ze dne 20. 1. 2015, sp. zn. II. ÚS 3565/14).
III.F Žalovaným navrhovaný petit
70. Žalovaný navrhl, aby krajský soud žalobu zamítl.
IV. Shrnutí žalobkyniny repliky
71. Žalobkyně v replice k vyjádření žalovaného poukazuje na rozsáhlost zjištění prvostupňového správce daně (50 stran zprávy) a žalovaného (20 stran). Argumentuje, že její věcná polemika se závěry daňových orgánů je přiměřená rozsahu zjištění a nelze ji stručně rozporovat. Odkazuje na judikaturu, která připouští obsáhlejší argumentaci v podobných případech (rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 29. 3. 2019, čj. 30 Af 121/2016-104).
72. Žalovaný uvádí, že žaloba je nepřehledná, ale žalobkyně tvrdí, že kopíruje strukturu rozhodnutí o odvolání, a pokud je nepřehledná, je to důsledkem rozhodnutí žalovaného. Žaloba je podle ní srozumitelná a přehledná.
73. Žalovaný vytýká žalobkyni, že zaměňuje tvrzení o nepřezkoumatelnosti rozhodnutí s nereagováním na každý argument. Žalobkyně tvrdí, že žalovaný se snaží kamuflovat nedostatky svého rozhodnutí a nezabývá se odvolacími důvody, zejména neunesením důkazního břemene správce daně. Podle § 116 odst. 2 daňového řádu musí žalovaný v odůvodnění rozhodnutí o odvolání vypořádat všechny důvody, v nichž odvolatel spatřuje nesprávnosti nebo nezákonnosti napadeného rozhodnutí. Rozhodnutí, které opomíjí některou z uplatněných námitek, je nepřezkoumatelné (viz rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 6. 2007, čj. 3 As 4/2007-58, ze dne 18. 10. 2005, čj. 1 Afs 135/2004-73, a ze dne 8. 4. 2004, čj. 4 Azs 27/2004-74). Pokud žalovaný nereagoval na námitku neunesení důkazního břemene správcem daně, je napadené rozhodnutí nepřezkoumatelné.
74. Ve vztahu k otázce ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty žalobkyně uvedla, že nerozporuje, že k vyloučení odpočtu může dojít z důvodu nesplnění formálních náležitostí, ale poukazuje na skutkový stav v tomto případě. Správce daně rozporoval, zda projekt lze podřadit pod činnosti výzkumu a vývoje. Ve zprávě o daňové kontrole je uvedeno, že vývoj receptur krmných směsí bez GMO nezahrnuje ocenitelný prvek novosti, protože daňový subjekt vyráběl různé druhy krmných směsí i před realizací projektu. Správce daně měl pochybnosti o tom, že činnosti vymezené v projektu jsou činnosti výzkumu a vývoje podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje a že předložené podklady prokázaly přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění technické nejistoty.
75. Žalobkyně tvrdí, že správce daně výslovně uváděl pochybnosti o tom, zda činnosti týkající se projektu jsou podřaditelné pod výzkum a vývoj. Otázky, zda projekt obsahuje ocenitelný prvek novosti či odstranění technické nejistoty, byly relevantní, protože správce daně je opakovaně zpochybnil a odůvodnil jimi doměření daně. Žalovaný odkazuje na poslední stránku zprávy o daňové kontrole, ale to nemůže změnit její skutečný obsah.
76. Pokud žalovaný chtěl odůvodnit doměrek pouze nesplněním formálních náležitostí, musel postupovat dle § 115 odst. 2 daňového řádu. Žalovaný v odvolacím řízení neseznámil žalobkyni s jakoukoli názorovou změnou oproti posouzení správce daně. Nejvyšší správní soud dovozuje, že za dokazování se považují jakékoli zásahy do úvah správce daně, se kterými musí být daňový subjekt před vydáním rozhodnutí seznámen (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 8. 2022, čj. 10 Afs 436/2021-29).
77. Porušení ustanovení § 115 odst. 2 daňového řádu je zjevné. Změna právního názoru v tomto případě znamenala rozhodnutí v neprospěch žalobkyně o naplnění podmínek pro nárok na odpočet na výzkum a vývoj a zásah do jejích veřejných subjektivních práv. Rozhodnutí, kterým žalovaný zamítá odvolání a potvrzuje rozhodnutí správce daně, je třeba považovat za rozhodnutí v neprospěch odvolatele (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 7. 2020, čj. 10 Afs 173/2017-58).
78. Žalovaný odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 6. 2021, čj. 10 Afs 338/2020-45, ale přehlíží, že v tomto rozsudku není řešen postup dle § 115 odst. 2 daňového řádu, jehož porušení žalobkyně namítá. V případě rozsudku ze dne 10. 6. 2021 bylo doměření daně vystavěno na nesplnění prospektivnosti projektu výzkumu a vývoje, který trpěl formálními vadami. Žalovaný netvrdí, že by projekt neobsahoval formální náležitosti. Pochybnosti nespočívají v nedodržení formálních náležitostí podle § 34c zákona o daních z příjmů. Žalovaný své závěry staví na neprokázání faktického provádění kontroly a souvislosti vynaložených výdajů s projektem, což nejsou pouhé formální náležitosti projektu.
79. Žalovaný tvrdí, že faktické provádění kontroly a souvislost výdajů s projektem může zkoumat, aniž by se zabýval věcnou stránkou projektu. Žalobkyně namítá, že nelze posuzovat souvislost výdajů s projektem, aniž by byla zkoumána věcná stránka projektu a činnosti v rámci projektu. Bez toho nelze hodnotit, zda souvislost s projektem existuje. Obdobně nelze posuzovat, zda kontroly a hodnocení probíhaly, aniž by se žalovaný zabýval výsledky řešení a jeho průběhem.
80. Žalobkyně odkazuje na judikaturu, která trvá na tom, aby projekt výzkumu a vývoje byl zkoumán ve své komplexnosti a byla posuzována jeho věcná stránka. Krajský soud v Ostravě ve svém rozsudku ze dne 11. 5. 2023, čj. 22 Af 38/2022-80, uvádí, že správce daně nemůže zcela rezignovat na věcnou stránku projektu a důkazy o průběhu řešení projektu. Bez dostatečného porozumění technickým aspektům projektu nemohou správní orgány spolehlivě vyvrátit tvrzení, že projekt splňoval podmínky výzkumu a vývoje.
81. Je tedy patrné, že i při zkoumání formálních náležitostí projektu nelze zcela upozadit věcnou stránku projektu a důkazy o jeho průběhu. Žalovaný si protiřečí, když na jedné straně uvádí, že žalobkyně musí prokázat, co si v projektu stanovila, a na druhé straně tvrdí, že věcnou stránkou se zabývat nemusí.
82. Žalobkyně tvrdí, že projekt výzkumu a vývoje obsahuje způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, což splňuje formální podmínky podle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Žalovaný podle ní zaměňuje formální náležitosti projektu s jeho faktickým průběhem a odmítá se zabývat průběhem projektu a dosaženými výsledky.
83. K faktickému průběhu kontrol a hodnocení žalobkyně doložila zápisy z porad řešitelského týmu a výsledky laboratorních kontrol pořízené v průběhu řešení projektu výzkumu a vývoje. To podle ní jednoznačně dokazuje, že kontroly a hodnocení probíhaly, a nedošlo k žádnému porušení zákona o daních z příjmů.
84. Žalovaný přehlíží, že svědek Z. R. vypověděl, že se konaly pravidelné porady týmu. Okolnost, že z těchto porad nebyl pořizován písemný záznam, nemůže vést k odepření uplatněného odpočtu výzkumu a vývoje. Ani z projektu výzkumu a vývoje, kterým žalovaný argumentuje, neplyne, že by měly být z těchto porad vyhotovovány písemné výstupy. Ani ze zákona o daních z příjmů neplyne, že by daňový subjekt musel dokládat záznamy ze všech porad vývojového týmu.
85. Žalovaný v napadeném rozhodnutí neposoudil odvolací námitky žalobkyně týkající se aktivace důkazního břemene podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu.
86. Žalobkyně tvrdí, že pochybnosti musí být podloženy důkazy a vztahovat se k relevantním skutečnostem, což v tomto případě nebylo splněno. Žalovaný požaduje doložení celého průběhu projektu, což žalobkyně považuje za nepřiměřené. Žalobkyně k tomu poukazuje na závěry judikatury, že důkazní břemeno se aktivuje pouze při formulování jednoznačných pochybností založených na dostatečných indiciích (rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 19. 12. 2022, čj. 30 Af 49/2021-117). Žalovaný zpochybňuje pouze charakter činnosti žalobkyně, nikoliv její existenci.
87. Žalovaný uvádí, že se v napadeném rozhodnutí soustředil na posuzování faktického provádění kontrol a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje, neboť pochybnosti v tomto směru byly stěžejní. Žalobkyně namítá, že pokud se mělo jednat o stěžejní pochybnosti, nebyla k prokazování realizace kontrol a hodnocení v rámci výzvy k prokázání skutečností vůbec vyzvána. Ani žalovaný netvrdí opak.
88. V tomto směru nemohlo dojít k aktivaci její důkazní povinnosti, a takové důkazní břemeno, které ji netížilo, nemohla neunést. Daňový subjekt musí prokazovat skutečnosti k výzvě správce daně, který musí jasně formulovat své pochybnosti. Nejvyšší správní soud ve své judikatuře dovozuje, že nepřesnou formulaci ve výzvě nemůže správce daně následně zhojit jinou formou (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 12. 2022, čj. 6 Afs 156/2020-57).
89. Žalovaný poukazuje na dosavadní výsledek kontrolního zjištění, což však podle žalobkyně nemůže představovat vypořádání odvolacích námitek. To přísluší pouze žalovanému jako odvolacímu orgánu.
90. Žalobkyně namítla, že nebyla řádně vyzvána k prokázání realizace kontrol a hodnocení v rámci výzvy k prokázání skutečností, což způsobuje nezákonnost napadaného rozhodnutí. Pokud nebylo v tomto směru aktivováno důkazní břemeno žalobkyně, nemohla je neunést.
91. Žalovaný vychází z premisy, že pokud nejsou prokázány veškeré kontroly a hodnocení, které obsahuje projekt výzkumu a vývoje, pozbývá daňový subjekt nárok na odpočet. Takové závěry však nemají zákonnou oporu. Projekt výzkumu a vývoje představuje plán vytvořený pro futuro, který nemusí být vždy naplněn. Ani v případě, kdy kontroly a hodnocení neproběhnou přesně dle plánu, není to důvod pro odepření nároku na odpočet. Doložené zápisy z porad řešitelského týmu a výsledky laboratorních kontrol dokládají, že kontroly a hodnocení probíhaly. Žalovaný se pokouší zneužít zjištění, že z pondělních porad nebyly vyhotovovány písemné výstupy, ale přehlíží, že jejich realizace byla prokázána výslechem svědka Rohlíčka.
92. Jestliže zákon o daních z příjmů nevyžaduje, aby provedené kontroly a hodnocení vždy striktně odpovídaly vymezeným kontrolám a hodnocením v projektu, nemůže žalovaný zákonné podmínky nároku na odpočet svévolně rozšiřovat. To s vědomím, že porady řešitelského týmu a laboratorní kontroly proběhly. Takový postup koliduje s čl. 11 odst. 5 Listiny.
93. Žalovaný se snaží odkazem na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 2. 2015, čj. 1 As 236/2014-22, navodit dojem, že zákaz dotváření práva v neprospěch daňového subjektu platí pouze v rovině správního trestání. Zákaz dotváření daňového práva hmotného v neprospěch daňového subjektu vyslovil Nejvyšší správní soud například v rozsudku ze dne 24. 6. 2008, čj. 8 Afs 49/2007-52, č. 2250/2011 Sb. NSS.
94. Žalovaný uvádí, že se soustředil na posuzování faktického provádění kontrol a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje. Za této situace však není jasné, jak mohou obstát závěry žalovaného, že žalobkyně nesplnila formální podmínky projektu výzkumu a vývoje. Žalovaný tak popírá své vlastní posouzení.
95. Žalovaný se dovolává rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018‑55, bez ohledu na skutková specifika tohoto případu. Nejvyšší správní soud se zabýval prokazováním výzkumně vývojové činnosti, na což žalovaný rezignoval. Jednalo se o situaci, kdy daňový subjekt doložil až finální řešení a nebyl doložen průběh řešení projektu výzkumu a vývoje. Proto nebylo možno seznat odstraňování technické nejistoty a ocenitelný prvek novosti. Oproti tomu v posuzovaném případě žalobkyně doložila řadu důkazů k průběhu projektu výzkumu a vývoje od zahájení až po jeho ukončení, dokládající tuto vývojovou činnost. Vlastním průběhem projektu výzkumu a vývoje, odstraňováním technické nejistoty a dosaženými řešeními, která byla kontrolována a testována, se však žalovaný odmítl zabývat.
96. Žalovaný uvádí, že z laboratorních testů není zřejmé, ke které dávce krmné směsi se vážou a jaké důsledky měly pro žalobkyni. Žalobkyně namítá, že žalovaný se věcnou stránkou odmítl zabývat. Projekt měl nalézt složení a technologický postup pro výrobu krmné směsi bez GMO na základě poptávky mlékárny. Testy mléka zadávala mlékárna. Žalobkyně nebyla vyzvána k doložení návaznosti testů na dávky krmné směsi.
97. Žalovaný tvrdí, že z předložených důkazů neplyne žádná provázanost. Žalobkyně však doložila celý průběh projektu, včetně nové receptury krmné směsi bez GMO, technologického postupu, laboratorních rozborů, zápisů z porad, finanční a technické zprávy, a osvědčení od certifikační společnosti. Důkazy dokládají vývoj nových receptur, jejich testování a úpravy technologického postupu.
98. V souvislosti s namítanou rozporností závěrů žalovaného se žalobkyně ohrazuje vůči tvrzení, že vytrhává cokoli z kontextu rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55. Z rozsudku plyne, že pokud správce daně zkoumá doloženou evidenci nákladů na výzkum a vývoj, nemůže zpochybňovat splnění ostatních podmínek. Tyto závěry se vztahují i na posuzování faktické realizace kontrol a hodnocení. Žalovaný zpochybňuje, zda realizovaná činnost je materiálně výzkumem a vývojem. Aplikace posledně citovaného rozsudku na posuzovaný případ ukazuje, že ostatní podmínky odpočtu výzkumu a vývoje byly splněny a nelze rozporovat realizaci kontrol a hodnocení, jak činí žalovaný. Tuto podmínku nadto žalovaný nesmyslně označuje za „formální“.
99. Žalobkyně dále opět předestřela svou argumentaci týkající se vedení oddělené evidence nákladů na výzkum a vývoj a relevance těchto nákladů.
100. Žalovaný zdůrazňuje, že daňové řízení není ovládáno zásadou vyšetřovací, ale je povinností daňového subjektu, který si uplatňuje odčitatelnou položku od základu daně na výzkum a vývoj, aby nárokovaný odpočet prokázal. To však dle žalobkyně nepředstavuje argument proti provedení znaleckého posudku. Bez odborného posouzení nelze porozumět tomu, proč byl třeba využit spotřebovaný materiál a proč je dána souvislost uplatněných výdajů s projektem. Laik v daném odvětví nemůže porozumět průběhu řešení projektu a provedeným testům, kontrolám a hodnocením.
101. Žalovaný uvádí, že místní šetření s prohlídkou výrobního zařízení a ústní jednání nemohly odstranit pochybnosti správce daně ohledně neprokázání realizace způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. Žalobkyně namítá, že při místním šetření si mohl správce daně učinit obrázek o potřebě množství spotřebovaného materiálu. Při ústním jednání mohlo dojít k vyjasnění sporných okolností. Daňové orgány však neměly zájem o vyjasnění a postupovaly účelově ve snaze doměřit daň žalobkyni.
V. Shrnutí dupliky žalovaného
102. Žalovaný v následné duplice připomíná, že předmětem sporu je, zda žalobkyně splnila všechny zákonné podmínky pro uplatnění odpočtu výdajů na projekt výzkumu a vývoje podle zákona o daních z příjmů.
103. Žalovaný tvrdí, že správce daně důkazní břemeno unesl a žalobkyně neprokázala faktickou realizaci kontrolní činnosti, způsobu hodnocení projektu a souvislosti vynaložených nákladů s projektem. Touto otázkou se ve svém rozhodnutí dostatečně zabýval.
104. Žalovaný nepopírá, že správce daně se zabýval otázkou novosti a technické nejistoty, ale konečné závěry založil na neprokázání faktické realizace kontrol a hodnocení projektu a souvislosti nákladů s projektem.
105. Důvody doměrku jsou seznatelné z napadeného rozhodnutí a zprávy o daňové kontrole (závěrečné shrnutí na straně 50). Polemika žalobkyně neobstojí. Žalovaný setrvává na názoru správce daně s tím, že nebylo nutné žalobkyni seznamovat postupem dle § 115 odst. 2 daňového řádu.
106. Faktické provádění kontroly a souvislost výdajů s projektem výzkumu a vývoje souvisí s prověřováním podmínek kladených na formalizovaný projekt [§ 34 odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů]. Žalobkyně musí prokázat, co si v projektu sama stanovila, tedy skutečnou realizaci kontrolní činnosti dle projektu.
107. V žalobkyní poukazovaném rozsudku Krajského soudu v Ostravě ze dne 11. 5. 2023, čj. 22 Af 38/2022-80, byla řešena jiná otázka než ve zde posuzované věci. Nadto proti tomuto rozsudku byla podána kasační stížnost. Důvody pro odepření odpočtu spočívaly ve zde řešeném případě v nenaplnění podmínek formálního charakteru, tedy neprokázání faktické realizace kontrolní činnosti a neunesení důkazního břemene žalobkyní stran prokázání souvislosti vynaložených nákladů s projektem výzkumu a vývoje.
108. Žalobkyně tvrdí, že žalovaný zaměňuje formální náležitosti projektu s jeho faktickým průběhem, aniž by se projektem a dosaženými výsledky vůbec zabýval. Žalovaný považuje tento náhled za zavádějící. Způsob kontroly a hodnocení v projektu výzkumu a vývoje si žalobkyně sama stanovila, proto byla povinna doložit a prokázat uskutečňování hodnotících a kontrolních postupů. Daňový subjekt musí být schopen prokázat, co si v projektu výzkumu a vývoje sám stanovil [tedy nastavení povinných formálních aspektů dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů]. Správce daně požadoval doložit vzájemně provázané podklady dokumentující činnost žalobkyně při provádění výzkumu a vývoje. Způsob kontroly a hodnocení si žalobkyně sama nastavila (v rámci 4 etap projektu). Součástí dokumentace je nejen projektová dokumentace, ale i průběžná dokumentace týkající se průběžné kontroly a hodnocení postupu při řešení projektu (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55).
109. Žalovaný uvádí, že zápisy z porad nepřinesly průkazné informace o tom, jakým konkrétním způsobem kontrola projektu probíhala. Z laboratorních testů není zřejmé, ke které vyrobené dávce krmné směsi se vážou, ani jaké důsledky měly pro žalobkyni a její činnost v rámci projektu. Skutečnost, že z porad týmu nebyly vypracovány písemné výstupy, důkazní pozici žalobkyně nevylepšuje. Svědek R. sice potvrdil, že porady týmu pravidelně probíhaly, ale nic konkrétního k nim neuvedl.
110. Žalovaný nesouhlasí s názorem žalobkyně o plytkém konstatování o přenosu důkazního břemene na žalobkyni ohledně nastavených náležitostí projektu. Správce daně zpochybnil faktickou realizaci stanoveného způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, souvislosti vykázaného materiálu s projektem výzkumu a vývoje a pochybnosti vyprecizoval v dosavadním výsledku kontrolního zjištění. Žalobkyně se mýlí v tom, že by se žalovaný v napadeném rozhodnutí sdělenými pochybnostmi správce daně vůbec nezabýval a bez dalšího je pouze přijal. Nejednalo se o extenzivní požadavky správce daně, ale o podstatné požadavky formálního charakteru. Rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 19. 12. 2022, čj. 30 Af 49/2021-117, nepovažuje žalovaný za přiléhavý, neboť správní orgány po žalobkyni nepožadují doložit veškerou myslitelnou průběžnou dokumentaci, ale doložit to, co sama tvrdí.
111. Žalovaný uvádí, že žalobkyně byla k prokazování realizace kontrol a hodnocení vyzvána, rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 12. 2022, čj. 6 Afs 156/2020-57, na danou věc nedopadá. Správce daně formuloval důvodné pochybnosti již ve výzvě čj. 1293829/20/2211-60561-307357 a poté je precizoval v dosavadním výsledku kontrolního zjištění. Žalobkyně si byla vědoma, v čem pochybnosti správce daně spočívají, neboť na ně adekvátně reagovala.
112. Žalovaný nikterak nerozporuje, že v průběhu realizace projektu mohou obecně nastat změny, tyto však musí být ze strany daňového subjektu řádně zdokumentovány a musí být vysvětleno, proč k nim dochází.
113. Žalovaný konstatuje, že žalobkyně zaměňuje formální a materiální podmínky a snaží se hranice mezi nimi relativizovat. Žalovaný nevytýká žalobkyni nesplnění formálních náležitostí projektu, ale podmínek formálního charakteru obecně kladených na činnosti ve výzkumu a vývoji. Uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků je jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu výzkumu a vývoje dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Žalobkyně neprokázala, že kontrola a hodnocení byly v rámci řešení projektu prováděny tak, jak si je nastavila.
114. Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, žalovaný aplikoval z důvodu nutnosti řádně zdokumentovat průběh procesu vývojové činnosti. Žalobkyně proces vývojové činnosti náležitě nezdokumentovala. Výsledky laboratorních testů měly být ukazatelem, co z nich žalobkyně pro svou činnost vyvodila. Žalobkyně však stran testů prováděných zákazníky, které měly být významným zdrojem informací o kontaminaci vyráběných krmných směsí, nic nedoložila. V zápisech z porad není uveden žádný odkaz na prováděné laboratorní testy. Žalobkyně předložila projekt s povinnými náležitostmi, ale faktické uskutečnění kontrolních a hodnotících postupů neprokázala.
115. Žalovaný setrvává na tom, že z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55, vyplývá, že v daném případě byla rozporována přítomnost ocenitelného prvku novosti, zatímco ve zde řešeném případě byl odpočet výzkumu a vývoje odepřen z důvodu neprokázání faktické realizace kontrol a hodnocení postupu řešení projektu. Nesplnění podmínek pro uznání odčitatelné položky na podporu výzkumu a vývoje vyvolává pochybnosti o existenci samotného vývojového procesu.
116. Dále se žalovaný opětovně vyjádřil k otázkám vedení oddělené evidence a uznatelnosti uplatněných nákladů.
117. Žalovaný nesouhlasí s tím, že měl být proveden znalecký posudek. Žalobkyně neprokázala způsob kontroly a hodnocení projektu a neunesla důkazní břemeno stran souvislosti vynaložených nákladů s projektem výzkumu a vývoje. Uvedené nedostatky formálního charakteru nelze odstranit při místním šetření či ústním jednání.
VI. Právní hodnocení krajského soudu
118. Krajský soud přezkoumal napadené rozhodnutí v mezích žalobních bodů. Vycházel přitom ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 s. ř. s.). Krajský soud ve věci rozhodl bez jednání dle § 51 s. ř. s.
119. Žaloba není důvodná.
120. Krajský soud považuje v úvodu svého právního hodnocení za potřebné uvést, že povinnost posoudit všechny žalobní námitky neznamená, že krajský soud je povinen reagovat na každou dílčí argumentaci a tu obsáhle vyvrátit. Jeho úkolem je totiž vypořádat se s obsahem a smyslem žalobní argumentace (srov. například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 4. 2014, čj. 7 As 126/2013-19). Tento závazek přitom nemůže být chápán tak, „že vyžaduje za všech okolností podrobnou odpověď na každý jednotlivý argument účastníka (srovnej např. rozsudek ve věci Van de Hurk v. The Netherlands, ze dne 19. 4. 1994, Series No. A 288). To by mohlo vést zejména u velmi obsáhlých podání až k absurdním a kontraproduktivním důsledkům jsoucím v rozporu se zásadou efektivity a hospodárnosti řízení. Podstatné podle názoru Nejvyššího správního soudu je, aby se městský soud ve svém rozhodnutí vypořádal se všemi základními námitkami účastníka řízení tak, aby žádná z nich nezůstala bez náležité odpovědi. Odpověď na základní námitky však v sobě může v některých případech konzumovat i odpověď na některé námitky dílčí a související“ (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 4. 2009, čj. 9 Afs 70/2008-130). Ostatně i Ústavní soud v této souvislosti konstatoval, že „[n]ení porušením práva na spravedlivý proces, jestliže obecné soudy nebudují vlastní závěry na podrobné oponentuře (a vyvracení) jednotlivě vznesených námitek, pakliže proti nim staví vlastní ucelený argumentační systém, který logicky a v právu rozumně vyloží tak, že podpora správnosti jejich závěrů je sama o sobě dostatečná“ (srov. nález Ústavního soudu ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08, bod 68, a obdobně též například rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 3. 2013, čj. 8 Afs 41/2012-50, ze dne 6. 6. 2013, čj. 1 Afs 44/2013-30, a ze dne 3. 7. 2013, čj. 1 As 17/2013-50). Krajský soud tímto reaguje na skutečnost, že žalobní argumentace je nejen velmi obsáhlá, ale zároveň přes formální členění na jednotlivé kapitoly i značně repetitivní a nepřehledná. Ve světle výše uvedeného přistoupil následně krajský soud k posouzení žalobních námitek.
VI.A K námitkám nepřezkoumatelnosti
121. Krajský soud se nejprve zabýval námitkami nepřezkoumatelnosti, jejichž důvodnost by sama o sobě postačovala ke zrušení žalobou napadeného rozhodnutí. Těmto námitkám nepřisvědčil.
122. V otázce požadavků na kvalitu odůvodnění správního rozhodnutí lze poukázat například na rozsudek ze dne 16. 6. 2006, čj. 4 As 58/2005-65, v němž Nejvyšší správní soud konstatoval, že z rozhodnutí správního orgánu musí být mimo jiné patrno, „proč správní orgán považuje námitky účastníka za liché, mylné, nebo vyvrácené, které skutečnosti vzal za podklad svého rozhodnutí, proč považuje skutečnosti předestírané účastníkem za nerozhodné, nesprávné, nebo jinými řádně provedenými důkazy vyvrácené, podle které právní normy rozhodl, jakými úvahami se řídil při hodnocení důkazů“. Jinými slovy z rozhodnutí správního orgánu musí plynout, jaký skutkový stav vzal správní orgán za rozhodný, jak uvážil o pro věc podstatných skutečnostech, resp. jakým způsobem rozhodné skutečnosti posoudil. Povinnost odůvodnit rozhodnutí však z druhé strany nemůže být chápána tak, že vyžaduje podrobnou odpověď na každý argument účastníků řízení (srov. obdobně například nález Ústavního soudu ze dne 27. 3. 2012, sp. zn. IV. ÚS 3441/11). Rozhodnutí správních orgánů obou stupňů tvoří z hlediska soudního přezkumu jeden celek a není proto vyloučeno, aby případné mezery odůvodnění tato rozhodnutí vzájemně zaplňovala (srov. například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 10. 2014, čj. 6 As 161/2013‑25).
123. Pokud jde o otázku nepřezkoumatelnosti rozhodnutí pro nesrozumitelnost, lze poukázat na rozsudek ze dne 25. 4. 2013, čj. 6 Ads 17/2013-25, v němž Nejvyšší správní soud dovodil, „že rozsudek by byl nepřezkoumatelný pro nesrozumitelnost, pokud by z něj nebylo lze jednoznačně dovodit, jakým právním názorem je správní orgán po zrušení svého rozhodnutí vázán a jak má v dalším řízení postupovat (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 3 Ads 80/2009-132 ze dne 22. září 2010), nebo pokud by z něj nevyplývalo, podle kterých ustanovení a podle jakých právních předpisů byla v kontextu podané správní žaloby posuzována zákonnost napadeného správního rozhodnutí (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 7 As 28/2008-76 ze dne 21. srpna 2008), pokud by jeho odůvodnění bylo vystavěno na rozdílných a vnitřně rozporných právních hodnoceních téhož skutkového stavu (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 4 Azs 94/2007-107 ze dne 31. ledna 2008), či pokud by jeho výrok byl vnitřně rozporný nebo by z něj nebylo možno zjistit, jak vlastně soud rozhodl (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 2 Ads 58/2003 ze dne 4. prosince 2003, 133/2004 Sb. NSS) a v některých jiných speciálních případech. Nicméně, s tímto kasačním důvodem je nutno zacházet obezřetně, neboť zrušením rozhodnutí soudu pro nepřezkoumatelnost se oddaluje okamžik, kdy základ sporu bude správními soudy uchopen a s konečnou platností vyřešen, což není v zájmu ani účastníků řízení (v případě nositelů veřejných subjektivních práv je ve hře též jejich základní právo na rozhodnutí věci bez zbytečných průtahů podle čl. 38 odst. 2 Listiny základních práv a svobod, resp. na projednání věci v přiměřené lhůtě podle čl. 6 odst. 1 Úmluvy o ochraně lidských práv a základních svobod), a koneckonců ani ve veřejném zájmu na hospodárnosti řízení před správními soudy, nemluvě o nákladech, jež jsou se soudním přezkumem spojeny.“ Jakkoli uvedené závěry Nejvyšší správní soud vyslovil v souvislosti s rozsudkem soudu, lze je nepochybně vztáhnout též na rozhodnutí správního orgánu.
124. Krajský soud v rozsáhlém textu žaloby a taktéž poměrně rozsáhlé replice identifikoval následující konkrétní námitky nepřezkoumatelnosti pro nedostatek důvodů či nesrozumitelnost.
125. Žalobkyně vytkla žalovanému, že se jejími námitkami týkajícími se uznatelnosti nákladů spojených s projektem nezabýval po věcné stránce. To však žalovaný podrobně vysvětlil v odstavcích 33 až 36 svého rozhodnutí, kde opakovaně zdůraznil, že k neuznání těchto nákladů vedlo nesplnění podmínek formálního charakteru. Nebylo proto zapotřebí zabývat se uskutečněním projektu po věcné stránce. V odstavci 93 pak žalovaný shrnul, že za této situace nebylo zapotřebí ustanovit znalce ani provádět místní šetření. Na této úvaze krajský soud nic nepřezkoumatelného neshledal. Je zcela zřejmé, jakým způsobem žalovaný věc posoudil a z jakých důvodů.
126. Je pak nedůvodná též námitka, dle které žalovaný neuvedl žádné konkrétní ustanovení, které mělo být porušeno, a nezdůvodnil, proč má být odpočet zamítnut. Žalovaný uvedl, že „[u]vedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků je jednou ze zákonem vyžadovaných náležitostí projektu VaV dle § 34c odst. 1 písm. f) ZDP“. K tomu dodal, že „[p]o zahájení realizace projektu VaV pak daňový subjekt v rámci vedení průběžné dokumentace a evidence postupů řešení projektu vede takové evidence a zajišťuje takové podklady, které lze užít jako důkazní prostředky pro doložení skutečností tvrzených v projektu VaV, tj. doložení a prokázání uskutečňování kontrolních a hodnotících postupů, jež nejsou v zásadním rozporu s tím, co daňový subjekt v projektu VaV vytyčil. Daňový subjekt tedy musí být schopen prokázat, co si v projektu VaV sám stanovil. Vzhledem k tomu, že striktní podmínky uplatňování této odčitatelné položky je třeba vnímat i s ohledem na zabránění jejího spekulativního a účelového uplatňování a doložení, že daňový subjekt skutečně prováděl činnost výzkumu a vývoje, je dle odvolacího orgánu nutné trvat i na prokázání skutečné realizace kontrolní činnosti tak, jak byla vymezena v projektu VaV.“ Jedná se o závěry přezkoumatelné a zároveň i věcně správné. Pokud zákonodárce stanoví formální podmínku stanovení způsobu kontroly v samotném písemném projektu, pak z toho samozřejmě plyne i to, že musí být kontrolovatelné i její skutečné naplňování v praxi. V opačném případě by se jednalo o podmínku zcela bezobsažnou.
127. Žalobkyně spatřuje rozhodnutí žalovaného vnitřně rozporným, neboť na jedné straně odmítl hodnotit věcnou stránku projektu, zatímco na druhé straně žalobkyni údajně vytýká, že věcnou stránku dostatečně neprokázala. Krajský soud neshledal, že by rozhodnutí žalovaného takovouto vadou trpělo.
128. Žalovaný uvedl, že odpočet žalobkyni „nebyl přiznán z důvodu nesplnění nikoliv věcných podmínek odpočtu (k neakceptování došlo z důvodu neprokázání realizace kontroly a hodnocení, neprůkaznost vedené evidence nákladů, potažmo její nevedení, a tedy neunesení důkazního břemene stran souvislosti vynaložených výdajů s projektem VaV), materiální podmínky správcem daně (tedy přítomnost ocenitelného prvku novosti, resp. odstraňování technické nejistoty) tak nebyly konečně hodnoceny.“ Žalobkyně dovozuje rozpornost těchto závěrů na základě odlišných hodnocení některých v žalobě popsaných aspektů věci a vede v této souvislosti se žalovaným obsáhlou polemiku. Z toho však nelze dovozovat vnitřní rozpornost žalobou napadeného rozhodnutí, potažmo nepřezkoumatelnost pro nesrozumitelnost ve smyslu shora citované judikatury. Způsob, jakým žalovaný věc posoudil, je i v této souvislosti z odůvodnění jeho rozhodnutí patrný.
129. Dále žalobkyně uplatnila námitku nepřezkoumatelnosti spočívající v nevypořádání námitky neunesení důkazního břemene správce daně. Žalovaný se touto otázkou zabýval v odstavcích 44 až 62 svého rozhodnutí. Ačkoli se v odůvodnění žalobou napadeného rozhodnutí vzájemně prolíná otázka vzniku důvodných pochybností správce daně a otázka následného neunesení důkazního břemene ze strany žalobkyně, odpověď na odvolací námitku v něm nalézt lze.
130. Žalovaný uvedl, že „[p]orady se dle předložených zápisů měly uskutečnit ve dnech 1. 3. 2016, 6. 6. 2016, 1. 11. 2016 a 5. 12. 2016, na nichž měli být přítomni vždy všichni 4 členové týmu. Z předložené evidence odpracovaných hodin na projektu však vyplynulo, že všichni dotčení zaměstnanci (Ing. K., Ing. R., Ing. P. a pan R.) se projektu věnovali zároveň pouze ve dnech 1. 3. 2016, 7. 11. 2016, 11. 11. 2016 a 14. 11. 2016. Dle těchto evidencí tak společné poradě mohli být přítomni všichni pouze 1. 3. 2016. Tyto nesrovnalosti odvolatel nevysvětlil, a to ani nyní v odvolání.“ Dále žalovaný mimo jiné uvedl, že „[j]e třeba rovněž souhlasit se správcem daně, že pokud si daňový subjekt sám v projektu určí způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, musí být zároveň schopen doložit její provádění.“ Žalovaný následně citoval z výzvy k odstranění pochybností, z níž dle jeho názoru plyne, že předložené zápisy byly z pohledu správce daně nedostatečné. Tyto úvahy jsou přezkoumatelné.
131. Žalovaný dle žalobkyně nereagoval na námitku, dle které nelze hodnotit k její tíži, že neuplatnila veškeré osobní náklady. Jak krajský soud vyloží dále, tato otázka vůbec nebyla pro posouzení věci podstatná. Ani případná důvodnost takto namítané nepřezkoumatelnosti by neměla rozhodnutí ve věci vliv.
132. Žalobkyně uplatnila též námitku vnitřní rozpornosti rozhodnutí žalovaného opřenou o rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55. Jelikož vypořádání této námitky má úzkou souvislost s meritorními závěry krajského soudu, vyjádří se k ní níže v příslušné pasáži odůvodnění tohoto rozsudku.
VI.B K námitkám týkajícím se kontroly a hodnocení postupu řešení projektu
133. Krajský soud nepřisvědčil ani námitkám týkajícím se kontroly a hodnocení postupu řešení projektu.
VI.B.1 Obecná východiska
134. Dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů platí, že „[o]d základu daně lze odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání.“
135. Dle § 34 odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů projekt (projektová dokumentace) výzkumu a vývoje obsahuje „způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků“.
136. Obecně lze k otázce uplatňování odpočtu podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů poukázat například na relativně nedávný rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 12. 2024, čj. 1 Afs 21/2024-34, dle něhož „[v]ýkladem podmínek uplatnění odpočtu podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů se NSS ve své judikatuře opakovaně zabýval. Východiskem je, že tento odpočet představuje výjimku ze základního daňového principu, podle něhož lze výdaj (náklad) od základu daně uplatnit u téhož poplatníka pouze jednou (§ 24 zákona o daních z příjmů). Jedná se o de facto daňový bonus, neboť náklady vynaložené na realizaci výzkumu a vývoje mohou být uplatněny dvakrát: jednou jako daňově uznatelné náklady ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů, podruhé právě ve formě odpočtu podle § 34 odst. 4 téhož zákona (srov. rozsudky NSS ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014‑56, ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018‑41, či ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020 ‑ 49).“
137. Dále uvedl, že „[o]dpočet podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů poplatníka zvýhodňuje oproti jiným subjektům na trhu a poskytuje mu tak konkurenční výhodu. Tato skutečnost již sama o sobě odůvodňuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání oprávněnosti odpočtu. Jde‑li o nadstandardní benefit, musí daňový subjekt vycházet z toho, že po něm může být požadováno prokázání splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených (srov. rozsudky NSS ze dne 24. 11. 2017, čj. 10 Afs 77/2017 ‑ 53, ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018 ‑ 52, či ze dne z 10. 6. 2021, č. j. 10 Afs 338/2020 ‑ 45, dále usnesení Ústavního soudu ze dne 20. 1. 2015, sp. zn. II. ÚS 3565/14). Zákon o daních z příjmů proto stanoví řadu formálních a materiálních podmínek, jejichž splnění je nutné k odpočtu nákladů od základu daně vyžadovat (srov. rozsudek NSS ze dne 29. 11. 2023, č. j. 5 Afs 283/2022 ‑ 42)“ (důraz doplněn).
138. Dále lze poukázat například na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 11. 2024, čj. 5 Afs 56/2024-70, č. 4656/2025 Sb. NSS, dle něhož „již jen nesplnění jediné formální náležitosti projektu má za následek, že nárok na odpočet nelze uznat (viz výše uvedený rozsudek NSS č. j. 6 Afs 60/2014‑56 anebo rozsudky NSS ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016‑20, a ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020‑49, č. 4379/2022 Sb. NSS). V případě nesplnění formálních požadavků tedy už ani není nutno se zabývat splněním věcných podmínek, které zákon stanoví pro vznik nároku na odpočet. Chybějící formální náležitosti v předložených projektech nelze dodatečně zhojit odkazem na další dokumentaci či podklady dokumentující vlastní realizaci jednotlivých projektů (viz blíže rozsudky NSS ze dne 9. 9. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019‑54, a ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021‑57)“ (důraz doplněn).
139. Z uvedeného je patrno, že požadavky na to, aby daňový subjekt mohl odpočet na podporu výzkumu a vývoje úspěšně uplatnit, jsou značně přísné. Je přitom zapotřebí splnit veškeré požadované podmínky.
140. Krajský soud dospěl k závěru, že žalobkyně nesplnila požadavky spojené s kontrolou a hodnocením postupu řešení projektu a dosažených výsledků, neboť průběh kontroly a hodnocení dostatečným způsobem neprokázala (viz níže). Se souvisejícími žalobními námitkami se tak krajský soud neztotožnil.
141. K otázce způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků lze poukázat na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 8. 2024, čj. 6 Afs 76/2024-42, dle něhož „požadavek na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje není samoúčelný, ale má mimo jiné umožnit finančním orgánům zkoumat, zda kontrola a vyhodnocení proběhly, a pokud skutečně proběhly, zda lze případné záznamy o výsledcích kontroly použít při doložení nároku na odpočet (rozsudek ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016‑51). Požadavek na stanovení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků není naplněn, pokud se projekt o způsobu kontroly a hodnocení nezmiňuje, anebo tak činí zcela nedostatečně, tedy nestanoví, jakým způsobem a na základě jakých kritérií bude po věcné stránce hodnoceno, zda a do jaké míry byl projekt úspěšný (viz již odkazovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 8 Afs 170/2020‑49)“ (důraz doplněn).
142. Krajský soud na tomto místě považuje za nutné nejprve uvést, že písemný projekt, který žalobkyně v průběhu daňového řízení předložila, uvedené požadavky nesplňuje, neboť způsob kontroly a hodnocení vymezuje pouze velice vágně. Pro první etapu stanoví jako způsob kontroly plnění pouze „pravidelné výrobní porady vedoucích pracovníků každé pondělí od 8:00“. Pro druhou a třetí etapu pak „pravidelné výrobní porady a laboratorní rozbory na obsah GMO“ a pro čtvrtou etapu „laboratorní testy a obdržení osvědčení“. Podle jakých kritérií hodnocení mělo probíhat, tak z projektu není vůbec patrné.
143. Tento nedostatek však daňové orgány žalobkyni nevytkly, a není proto určující ani pro posouzení věci ze strany krajského soudu. Požadavky na vymezení způsobu kontroly a hodnocení jsou však přenositelné i na výstupy z těchto kontrol, neboť i ty musí z povahy věci obsahovat jasná hodnotící kritéria (musí být zřejmé, z jakých kritérií vychází) i to, zda byla naplněna či nikoli. Je přitom věcí daňového subjektu, aby o těchto kontrolách a hodnoceních pořizoval dostatečné záznamy, neboť se jedná o významný (byť primárně formální) prvek výzkumu a vývoje, bez kterého daňové orgány nemohou hodnověrně ověřit skutečný postup výzkumných prací. Jak již krajský soud shora uvedl, bez doložení faktického průběhu kontrol a hodnocení, by se podmínka obsažená v § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů zcela vyprázdnila.
144. Nejedná se proto o nějaké dotváření práva, jak uvedla žalobkyně. Jestliže správce daně prokáže existenci důvodných pochybností ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu, byť i ve vztahu k faktickému naplňování formální povinnosti (k čemuž v nynější věci došlo – viz níže), pak žalobkyni tíží břemeno, aby takovéto pochybnosti vyvrátila. Zcela jistě se pak nejedná o dotváření daňového práva hmotného ve smyslu žalobkyní citovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 6. 2008, čj. 8 Afs 49/2007-52, č. 2250/2011 Sb. NSS, neboť se uvedené pravidlo nikterak netýká stanovení samotné daňové povinnosti, nýbrž daňového procesu.
145. Odkaz žalovaného na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 7 Afs 447/2018-55, pak sice není zcela přiléhavý, neboť se zabýval obecně prokazováním existenci samotného vývojového procesu, avšak to na uvedeném posouzení nic nemění.
VI.B.2 K námitce neunesení důkazního břemene správce daně v otázce kontroly a hodnocení postupu řešení projektu
146. Žalobkyně v tomto ohledu předně namítla, že na ni (mimo jiné) v otázce kontroly a hodnocení údajně vůbec nepřešlo důkazní břemeno, neboť svůj díl důkazního břemene neunesl již správce daně. S tímto závěrem krajský soud nesouhlasí.
147. Správce daně ve výzvě k prokázání skutečností ze dne 5. 5. 2020 uvedl, že předložené zápisy z porad řešitelského týmu jsou pouze rámcové a agregované a neposkytují podrobný obraz o tom, jaké práce na projektu probíhaly (strana 11 výzvy). S tímto hodnocením se krajský soud zcela ztotožnil.
148. Například již první z pouhých čtyř předložených zápisů uvádí pouze následující:
„Projednávaný úkol:
1. Průzkum známých řešení, studium materiálů o výrobě GMO free krmiv
Získávání informací o výrobě bez GMO z okolního trhu, konzultace s podniky stejného zaměření, spolupráce se Spolkem pro komodity a krmiva – sekce krmiv.
2. Navržení technologických postupů a receptury pro výrobu GMO free krmiv
Podle získaných informací dohodnut postup výroby, vytvořeny receptury krmných směsí, do kterých byly zapracovány suroviny bez GMO s ohledem na vybilancování živin.
3. Objednání GMO free sóji
Proběhl výběr vhodného dodavatele GMO free sóji
Dosažené výsledky projektu:
Dohodnut technologický postup a receptury pro výrobu GMO free krmiva.
Objednána GMO free sója a zahájena zkušební výroba GMO free krmiv.
Při pravidelných pondělních výrobních poradách byly vyhodnocovány postupy výroby GMO free krmiv a operativně přijímána opatření zamezující kontaminaci vyrobených GMO free KS.
Příští kroky řešení projektu:
Pokračovat ve zkušební výrobě GMO free krmných směsí.
Průběžně testovat vyrobené GMO free směsi na případnou přítomnost GMO, zejména v sóji, kterou by mohly obsahovat vyrobené GMO free KS v důsledku nějaké kontaminace ve výrobním procesu.“
149. Z uvedeného je patrno, že zápis neobsahuje v podstatě žádná konkrétní specifika probíhajícího projektu. Uvádí-li zápis například, že byl „[d]ohodnut technologický postup a receptury pro výrobu GMO free krmiva“, pak není zřejmé, jaký o jaký technologický postup a recepturu se mělo jednat. Dle zápisu sice „[p]ři pravidelných pondělních výrobních poradách byly vyhodnocovány postupy výroby GMO free krmiv a operativně přijímána opatření zamezující kontaminaci vyrobených GMO free KS“, ale z ničeho není patrné, jak žalobkyně příslušné postupy vyhodnocovala a jaká operativní opatření přijímala. Podobně obecné jsou i další z předložených zápisů.
150. Uvedené pochybnosti správce daně dále rozvinul na stranách 26 až 28 dosavadních kontrolních zjištění, kde dále poukázal na nesrovnalosti ohledně účastí řešitelů projektu na jednotlivých poradách. Správce daně dále uvedl, že „[p]okud daňový subjekt stanoví v projektu způsob kontroly postupů řešení projektu nebo způsob dosažených výsledků, pak o těchto skutečnostech musí existovat důkazní prostředky.“
151. Jak již krajský soud shora uvedl, požadavky na úspěšné uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje jsou vysoké. Pokud tedy žalobkyně předložila v rámci daňové kontroly k otázce kontroly a hodnocení takřka nic neříkající zápisy s tím, že písemné výstupy z jednotlivých porad ani nepořizovala, pak správci daně důvodně vznikla pochybnost o skutečném průběhu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. Za této situace své důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu unesl, neboť pochybnost vyplynula přímo z podkladů předložených žalobkyní.
152. Lze připustit, že správce daně formuloval samotný výrok výzvy k odstranění pochybností ze dne 5. 5. 2020 poměrně obecně („Prokažte, že nárok na odpočet na podporu výzkumu a vývoje ve výši 7 379 079,00 Kč vykázaný na ř. 242 v podaném přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016 byl uplatněn v souladu s ustanoveními § 34 odst. 4, § 34a, § 34b a § 34c zákona o daních z příjmů“). Žalobkyni však muselo být z odvodnění výzvy nepochybně zřejmé, v čem pochybnosti správce daně spočívají. Konkrétně na obecnost předložených zápisů pak správce daně žalobkyni upozornil nejen ve výzvě k odstranění pochybností, ale také v rámci dosavadních kontrolních zjištění, kde uvedl, že neposkytují „úplný a podrobný obraz o tom, jak práce na projektu probíhaly.“ Správce daně žalobkyni vysvětlil, proč předložené podklady dle jeho názoru nepostačují. O situaci připomínající „námořní bitvu“ se tedy nejednalo. Nebylo tak povinností správce daně nad rámec původní výzvy k odstranění pochybností žalobkyni opakovaně vyzývat k doložení dalších skutečností, popřípadě se blíže a konkrétněji žalobkyně na průběh řešení projektu doptávat. Žalobkyni nic nebránilo, aby v průběhu daňového řízení doplnila další důkazy, pokud je snad měla k dispozici (nic takového ovšem ani netvrdí).
VI.B.3 K námitkám (ne)prokázání uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu
153. Krajský soud nepřisvědčil žalobní argumentaci, dle které žalobkyně dostatečně prokázala uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu.
154. Žalobkyně v této souvislosti namítla, že doložila „zápisy z porad řešitelského týmu. Vedle toho byly doloženy i výsledky laboratorních kontrol pořízené v průběhu řešení projektu VaV. Není tak pravdou, že by výsledky laboratorních kontrol žalovaný neměl k dispozici. Poukazuje-li žalovaný na pravidelné výrobní porady každé pondělí od 8.00 hod, pak není jakýchkoli pochyb o tom, že tyto porady se uskutečnily. V této souvislosti lze odkázat i na svědeckou výpověď Z. R., který v rámci své výpovědi uvedl, že se konaly pravidelné porady týmu. Okolnost, že z těchto porad nebyl pořizován písemný záznam, nemůže vést k odepření uplatněného odpočtu VaV. Ostatně ani z projektu VaV, kterým žalovaný argumentuje, neplyne, že by měly být z těchto porad vyhotovovány písemné výstupy. Ani ze zákona o daních z příjmů neplyne, že by daňový subjekt musel dokládat záznamy ze všech porad vývojového týmu. To, že žalobce doložil záznamy z kontrol a hodnocení provedených po jednotlivých etapách projektu VaV, je dostačující a nijak nekoliduje se zákonem o daních z příjmů.“
155. V této souvislosti lze znovu poukázat na shora citovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 8. 2024, čj. 6 Afs 76/2024-42, který zdůrazňuje důležitost vymezení kontrolních kritérií v samotném projektu. Z povahy věci by pak takováto kritéria a hodnocení jejich naplnění měly obsahovat též příslušné kontrolní výstupy, neboť by z nich mělo být patrno, co bylo předmětem hodnocení a jaký byl jeho výsledek. Žalobkyně má samozřejmě pravdu v tom, že konkrétní podobu těchto výstupů zákonná úprava nestanovuje, avšak pokud v průběhu výzkumu a vývoje příslušné záznamy nepořizuje, vystavuje se riziku důkazní nouze v případě daňové kontroly.
156. Svědek Z. R. sice potvrdil konání pravidelných porad, avšak k jejich obsahu nic konkrétního neuvedl. Pouze konstatoval, že „[p]růběh prací byl konzultován a vyhodnocován na pravidelných poradách týmu. A z vyhodnocení stavu vycházely další požadavky na jednotlivé členy týmu.“ Úkolů k řešení přitom existovala dle svědka celá řada (logistika nákupu, logistika prodeje, využití skladového hospodářství, řazení technologie výroby, dekontaminační pravidla). Přesto k žádnému z nich žalobkyně nedoložila, jak konkrétně na poradách probíhala jejich kontrola a hodnocení, a ani příslušná hodnotící kritéria. Lze doplnit, že žalobkyně se výslechu svědka dne 1. 9. 2021 zúčastnila a mohla svědkovi sama klást doplňující otázky, což ostatně i činila. Měla‑li žalobkyně za to, že se svědek mohl k věci podrobněji vyjádřit, nic jí nebránilo se jej na potřebné detaily doptat. Ostatně pochybnosti správce daně jí byly známy již z výzvy ze dne 5. 5. 2020. Krajský soud taktéž neshledal, že by snad dotazy správce daně nesměřovaly k jádru věci a zjištění skutkového stavu.
157. Žalobkyně sice doložila zkušební protokoly Státního veterinárního ústavu Jihlava ze dne 11. 4. 2016, avšak ty nejsou propojeny s dalšími kontrolními výstupy. Není tak především jasné, jakým způsobem s nimi žalobkyně v rámci kontrol a hodnocení naložila. To platí tím spíše, že není z ničeho zřejmé, jaká kontrolní kritéria si vůbec stanovila. Z protokolů je přitom patrno, že v některých vzorcích se přítomnost GMO prokázala. Lze tedy předpokládat, že žalobkyně na takovýto výsledek musela nějak reagovat. Jaká případná opatření v rámci kontrolních postupů přijala, však netvrdí a tím spíše ani nedokládá. Uvedené posouzení nevyžaduje jakékoli odborné posuzování, jak se žalobkyně domnívá, neboť jeho podstatou není jakékoli hodnocení konkrétních odborných výsledků provedených rozborů (například naměřených hodnot, použitých metod apod.).
158. Tyto závěry lze vztáhnou i na žalobkynino tvrzení, že kontrolu výstupů prováděl také odběratel. Žalobkyně sice v tomto ohledu nic nedoložila, avšak i kdyby krajský soud uvedené tvrzení přijal, není z ničeho zřejmé, jak žalobkyně se zpětnou vazbou odběratele v rámci kontroly a hodnocení postupu řešení projektu nakládala.
159. Krajský soud nesouhlasí se žalobkyní v tom, že ve věci bylo zapotřebí zadat vyhotovení znaleckého posudku. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 20. 11. 2024, čj. 6 Afs 202/2023-55, uvedl, že požadavek „na zpracování znaleckého posudku by tak mohl být důvodný pouze tehdy, jestliže by jeho předmětem byla otázka, zda činnost žalobkyně […] naplnila věcné podmínky výzkumu a vývoje“ (tímto rozsudkem Nejvyšší správní soud zrušil rozsudek Krajského soudu v Ostravě ze dne 11. 5. 2023, čj. 22 Af 38/2022-80, na který ve své argumentaci poukazovala žalobkyně).
160. Podstata argumentace žalovaného však spočívá v tom, že „[z] předložených zápisů z porad nevyplývá, jakým konkrétním způsobem kontrola daného projektu VaV probíhala. Není zde uvedeno, podle jakých konkrétních kritérií či ukazatelů se hodnotilo splnění cílů a dosažených dílčích výsledků daného projektu VaV. V zápisech z porad jsou zaznamenány pouze projednávané úkoly, které měly proběhnout v hodnocené etapě. Zápisy však neobsahují žádné konkrétnější informace o těchto úkolech. Jejich vymezení je velmi obecné, není průkazným způsobem zachyceno kdy, kým a jak se úkoly stanovené v daném projektu VaV kontrolovaly, ani jaká byla návaznost na další činnost v projektu VaV.“ Takovýto závěr lze jistě učinit bez přibrání znalce.
161. Jiná situace by nastala například tehdy, pokud by zápisy popisovaly odborné skutečnosti, které by bez dalšího nebylo možné k probíhajícímu výzkumu bez odborných znalostí přiřadit nebo je jakkoli hodnotit. Pokud však zápisy neobsahují prakticky žádné konkrétnější výstupy, pak je zcela pochopitelné, že daňovým orgánům pro účely kontroly splnění veškerých podmínek daňového odpočtu nepostačují. Jinými slovy, pokud žalobkyně nepořizovala jakékoli záznamy z průběžných porad a doložené zápisy neobsahují ve vztahu ke kontrole a hodnocení postupu řešení projektu v podstatě nic, není na jejich hodnocení třeba znalce. Vytýkat daňovým orgánům v tomto ohledu neochotu věci porozumět, je tak zcela nepřípadné.
162. Na tom nic nemění ani žalobkyní požadované komplexní hodnocení předložených důkazů v jejich souhrnu. Předložené důkazní prostředky nejsou schopné jakkoli zacelit mezeru spočívající v chybějících záznamech o tom, jak konkrétně a na základě jakých kritérií žalobkyně průběh výzkumu a vývoje nejen kontrolovala, ale též následně vyhodnocovala. Daňové orgány v tomto ohledu nijak nepochybily. Tento nedostatek nemůže žalobkyně zhojit ani jakýmsi dodatečným „vysvětlováním“ při ústním jednání, jelikož bez konkrétních důkazů o průběhu kontrolní činnosti by takové vysvětlení zůstávalo stále pouze v rovině tvrzení.
163. Ve výsledku tak žalobkyně neprokázala uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, tedy faktické uskutečňování jedné ze základních formálních náležitostí projektu, neboť jí předložené dokumenty jsou po obsahové stránce zcela nedostatečné.
164. Dílčí nesrovnalosti v evidenci pracovní doby jednotlivých řešitelů projektu a dat pořízení předložených zápisů, na které poukázaly daňové orgány a které žalobkyně taktéž rozporuje, mají v této souvislosti již jen podružnou povahu. Klíčovým důvodem pro neuznání odpočtu v nynější věci pak není ani to, že by snad kontrola neproběhla podle předem stanoveného harmonogramu.
165. Lze připustit, že správce daně skutečně v rámci zprávy o daňové kontrole dílčím způsobem zpochybnil existenci prvku novosti. Zároveň však v samém závěru zprávy o daňové kontrole jednoznačně shrnul důvody neuznání daňového odpočtu, přičemž prvním z nich bylo, že „daňový subjekt nedoložil dokumentaci ke způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, tak jak si sám stanovil v projektu V+V, předložená dokumentace nedokládá průběh vlastního vývojového procesu, nelze z ní určit jak proces tvorby nového technologického postupu a souvisejících kontrolních a technologických kroků probíhal“. Dalšími důvody bylo nevedení průkazné evidence odpracovaných hodin na projektu, nevedení průkazné evidence spotřeby materiálu na projekt, neprokázání souvislosti nákladů na prováděné testy s projektem a nevedení oddělené evidence dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Žalovaný závěry správce daně potvrdil a nejednalo se tak o změnu právního názoru ve smyslu § 115 odst. 2 daňového řádu.
166. Absence materiálních znaků výzkumu a vývoje (ocenitelný prvek novosti a odstraňování stavu technické nejistoty) tedy důvodem pro neuznání odpočtu nebyla, přestože se žalobkyně obsáhle pokouší přesvědčit soud o opaku. Krajský soud souhlasí se žalovaným, že tímto důvodem byl především formální nedostatek spočívající v neprokázání faktického způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení. Je podstatné zdůraznit, že povaha vytýkaného pochybení je skutečně formální, neboť přestože s výzkumným procesem souvisí (osvědčuje jeho průběh), přímo se netýká ocenitelného prvku novosti a odstraňování stavu technické nejistoty, tj. samotného jádra výzkumu a vývoje jako takového. Uvedené pochybení má však značný vliv na možnost daňových orgánů kontrolovat skutečný průběh projektu, a právě proto se jedná o skutečnost, která uznání daňového odpočtu neumožňuje.
167. Krajský soud přitom neshledal, že by odůvodnění žalobou napadeného rozhodnutí trpělo vnitřní rozporností, jak se žalobkyně snaží dovodit s odkazem na rozsudek ze dne 16. 12. 2022, čj. 5 Afs 269/2021-55. Žalobkyně vychází z toho, že uskutečňování kontroly a hodnocení lze podřadit pod samotný průběh výzkumu a vývoje. S tímto východiskem se však krajský soud – jak plyne ze shora uvedeného – neztotožnil. To má vliv i na závěr o aplikovatelnosti posledně citovaného rozsudku na nynější věc.
168. Nejvyšší správní soud v něm uvedl, „že primárně je nutné v daňovém řízení postavit najisto, zda projekt (či jeho části) lze považovat za výzkum a vývoj. Nejde‑li totiž o činnosti spadající svou povahou pod výzkum a vývoj, bylo by absurdní zabývat se doloženou evidencí; i kdyby totiž doložená evidence prokazovala náklady tvrzené daňovým subjektem, nemohla by prokázat oprávněnost odčitatelných položek ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, neboť právě s ohledem na vykonávané činnosti by se o podporu výzkumu a vývoje nemohlo jednat.“
169. V tehdejší věci Městský soud v Praze zrušil rozhodnutí žalovaného pro nepřezkoumatelnost, jelikož správce daně dle názoru městského soudu hodnotil odborné otázky bez příslušných odborných znalostí. Městský soud uzavřel, že prvotně se měl správce daně (resp. žalovaný) zabývat tím, zda činnosti vykonávané v rámci projektu jsou materiálně činnostmi výzkumu a vývoje (k čemuž měl oslovit znalce), a teprve poté, co by měl tuto otázku postavenou najisto, se měl zabývat průkazností předložené evidence uplatňovaných nákladů.
170. Nejvyšší správní soud však dospěl k závěru, že „[j]elikož stěžovatel postavil své rozhodnutí na tom, že důvodem neuznání odpočtu za projekt komplex SC je neunesení důkazního břemene žalobkyní, tj. neprůkaznost doložené evidence, je důsledkem tohoto přístupu stěžovatele (jím učiněné korekce názoru správce daně) právě s ohledem na rozložení důkazního břemene v daňovém řízení také to, že nadále již nebylo sporné, zda projekt komplex SC je svou povahou projektem výzkumu a vývoje ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů.“ Z toho důvodu zrušovací důvod městského soudu neobstál, jelikož otázku, zda projekt splňoval podmínky výzkumu a vývoje již nebylo zapotřebí řešit. Městský soud se tak měl zaměřit na otázku průkaznosti doložené evidence.
171. V nynější věci však správce daně i žalovaný jakožto primární důvod neuznání daňového odpočtu považovali neprokázání faktického způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení a nikoliv pouze „neprůkaznost doložené evidence“ vynaložených nákladů. Výtky tohoto charakteru lze s ohledem na shora uvedené hodnotit spíše jako nadbytečné, neboť již první a základní výtka k neuznání odpočtu postačovala. Závěry daňových orgánů přitom nesměřují k tomu, že by projekt nebyl „svou povahou projektem výzkumu a vývoje“, nýbrž především k tomu, že jeho faktický průběh nebylo možné s ohledem na absenci podrobnějších kontrolních výstupů podrobit kontrole. Jednalo se tedy o pochybení sice formální, avšak pro neuznání odpočtu zcela dostačující.
172. Za této situace již není zapotřebí zabývat se dalšími nedostatky, které daňové orgány žalobkyni vytýkají. Ani případná důvodnost souvisejících žalobních námitek by totiž nic nezměnila na tom, že žalobkyně veškeré podmínky pro uznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje nesplnila, a daňový odpočet na podporu výzkumu a vývoje jí tak nebylo možné uznat.
VI.B.4 K námitce nedostatečně zjištěného skutkového stavu věci
173. Krajský soud nepřisvědčil ani námitce nedostatečně zjištěného skutkového stavu věci, což ostatně plyne již ze shora uvedeného.
174. Lze tedy shrnout, že přinejmenším ve vztahu k hlavnímu důvodu pro neuznání daňového odpočtu (neprokázání způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu) nebylo zapotřebí odborných znalostí, a tedy ani ustanovení znalce. Bylo na žalobkyni, aby pochybnosti správce daně rozptýlila a faktický průběh kontrol a hodnocení prokázala. K tomu však z povahy věci nemůže postačovat pouhé „vysvětlení“ v rámci ústního jednání. Ostatně žalobkyni nic nebránilo ani v tom, aby věc vysvětlovala v rámci svých písemných podání. Podstatné však je, jaké důkazní prostředky za účelem prokázání svých tvrzení předložila.
175. Argumentace, dle které na jedné straně žalobkyně mohla údajně všechny pochybnosti při pouhém ústním jednání rozptýlit, avšak na straně druhé je pro pochopení věci nezbytné ustanovení znalce (tedy odborného znaleckého zkoumání), je nadto vnitřně nesoudržná.
176. V důsledku toho, že žalobkyně nepořizovala jakékoli záznamy o pravidelných kontrolních poradách, přičemž zápisy pořízené v rámci vyhodnocení jednotlivých etap projektu byly jen velmi obecné, se žalobkyně ocitla v důkazní nouzi. Z toho však nelze dovozovat, že daňové orgány nedostatečně zjistily skutkový stav věci.
177. Při absenci podstatných informací, jakými jsou především hodnotící kritéria, míra jejich naplňování či následně přijatá opatření, neměly daňové orgány čemu „přijít na kloub“, neboť by tím v podstatě nahrazovaly potřebnou procesní aktivitu žalobkyně. Žalobkynin odkaz na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, čj. 1 Afs 133/2019-34, tak v této souvislosti není přiléhavý.
VII. Závěr a náklady řízení
178. Na základě shora uvedeného dospěl krajský soud k závěru, že žaloba není důvodná, a proto ji podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.
179. O náhradě nákladů řízení krajský soud rozhodl dle § 60 odst. 1 věty první s. ř. s., podle kterého nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů řízení před soudem proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl.
180. Žalobkyně nebyla ve věci úspěšná, a nemá proto právo na náhradu nákladů řízení. V případě procesně úspěšného žalovaného nevyšlo najevo, že by vynaložil náklady nad rámec své běžné činnosti, proto mu soud náhradu nákladů nepřiznal.
Poučení:
Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.
České Budějovice 9. dubna 2025
JUDr. Michal Hájek, Ph.D.
předseda senátu
Shoda s prvopisem se potvrzuje: J. M.
