Číslo jednací:	63 Af 6/2023 - 63
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	31. 1. 2024
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

Krajský soud v Českých Budějovicích rozhodl v senátu složeném z předsedkyně JUDr. Terezy Kučerové a soudců JUDr. Michala Hájka, Ph.D., a Mgr. et Mgr. Bc. Petra Jiříka, ve věci

žalobkyně: TECNOCAP s. r. o., IČO 28127561

sídlem Střížovice č.p. 67, 378 53 Střížovice

zastoupené JUDr. Ondřejem Trubačem, Ph.D., LL.M., advokátem

se sídlem Na Poříčí 1079/3a, 110 00 Praha 1

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství

sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno

o žalobě proti rozhodnutím žalovaného ze dne 21. 4. 2023, č. j. 14223/23/5200-11433-706478 a č.j. 14254/23/5200-11433-706478,

takto:

Žaloba se zamítá.

Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Žalovanému se náhrada nákladů řízení nepřiznává.

Odůvodnění:

Vymezení věci a žalobní tvrzení

Žalobkyně je obchodní společností, která je součástí skupiny Tecnocap S.p.A., zabývající se vývojem a výrobou šroubovacích uzávěrů určených pro obaly pro konzervaci potravin a nápojů. Skupina se zaměřuje na výzkum a vývoj inovativních řešení těchto uzávěrů včetně vývoje speciálního strojního vybavení sloužícího k tomuto účelu.

Spornou otázkou je v projednávané věci splnění zákonných podmínek pro žalobkyní uplatněný nárok na odpočet výdajů vynaložených na podporu výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, v rozhodném znění (dále jen „zákon o daních z příjmů“). Projekty výzkumu a vývoje byly realizovány v roce 2012 (mzdové náklady související s tímto projektem byly žalobkyní v souladu s § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů uplatněny ve zdaňovacím období roku 2015) a dále v letech 2013, 2014, 2015 a 2016 (mzdové náklady související s projekty realizovanými v tomto období byly žalobkyní v souladu s § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů uplatněny ve zdaňovacím období roku 2016).

Žalobou napadeným rozhodnutím ze dne 21. 4. 2023, č. j. 14223/23/5200-11433-706478, bylo zamítnuto odvolání žalobkyně a potvrzen dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro Jihočeský kraj (dále jen „správce daně“) ze dne 1. 7. 2021, č.j. 1613945/21/2205-50522-303521, kterým byla žalobkyni za zdaňovací období od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015 doměřena daň z příjmů právnických osob vyšší o částku 587 500 Kč a současně žalobkyni dle § 251 odst. 1 písm. a) daňového řádu vznikla povinnost uhradit penále ve výši 117 500 Kč; dále byl napadeným rozhodnutím ze dne 21. 4. 2023, č.j. 14254/23/5200-11433-706478, částečně změněn platební výměr správce daně ze dne 1. 7. 2021, č.j. 1614058/21/2205-50522-303521, týkající se zdaňovacího období od 1. 1. 2016 do 31. 12. 2016, kterým byla žalobkyni doměřena daň z příjmů právnických osob vyšší o částku 3 683 830 Kč a současně jí byla uložena povinnost k úhradě penále ve výši 736 766 Kč. Žalovaný změnil uvedený platební výměr co do výše uvedeného daňového doměrku - 3 664 830 Kč, přičemž současně tímto došlo i ke změně uloženého penále – 732 966 Kč.

Žalobkyně považuje shora označená rozhodnutí žalovaného za nezákonná a jako taková jsou žalobou navrhována ke zrušení. Nesprávnost argumentace žalovaného žaloba shrnuje do následujících námitkových bodů.

Mzdové náklady

Žalobkyně v prvé řadě namítá nezákonnost napadených rozhodnutí z důvodu neprokázání existence pochybností správce daně o vynaložení deklarovaných mzdových nákladů souvisejících s projekty výzkumu a vývoje, správcem daně vznesené pochybnosti nebyly takové intenzity, aby na žalobkyni přenesly důkazní břemeno.

Žalobkyně je toho názoru, že ji důkazní břemeno ohledně vynaložených mzdových nákladů vůbec netížilo, jelikož v daňovém řízení předložila jejich evidenci. Platí přitom, že důkazní břemeno daňové subjekty primárně unášejí svým účetnictvím, přičemž důkazní břemeno k vyvrácení takového důkazu tíží správce daně. Formální náležitosti této evidence však žalovaný nijak nezpochybňuje, ten nevyjádřil ani žádné vážné a důvodné pochybnosti o její věrohodnosti či správnosti. Dle judikatury přitom dále platí, že ne každá chyba v účetnictví bude způsobovat požadovanou intenzitu pochybností. Pochybnosti v tomto směru formulované spočívají v rozdílu týkajícím se objemu mzdových nákladů očekávaném žalobkyní a promítnutém do projektů výzkumu a vývoje a v jejich reálné výši, která byla dvojnásobně až trojnásobně vyšší. Tyto pochybnosti však požadovanou intenzitu dle žalobkyně nedosahují, neboť projekty byly pouze prospektivními dokumenty, v rámci, nichž byla výše mzdových nákladů toliko odhadována a skutečnost, že reálně byly tyto náklady vyšší, představuje očekávatelný projev nejistoty, pro výzkumnou činnost charakteristický. Jedná se tak o zcela obvyklý jev, který nemůže vzbuzovat žádné pochybnosti. V projednávané věci přitom nenastala žádná judikaturou správních soudů nastíněná specifická okolnost, která by i přes splnění požadavku na vedení oddělené nákladové evidence vedla k závěru o neprokázání souvislosti mezi deklarovanými výdaji a projekty výzkumu a vývoje. K přenesení důkazního břemene stran mzdových nákladů zpět na žalobkyni proto nedošlo.

Kromě pochybení shora popsaného je žalobou dále namítáno kladení nadměrného důkazního břemene na žalobkyni, která ovšem nebyla povinna prokazovat výkon konkrétní vývojové či výzkumné činnosti konkrétním zaměstnancem podílejícím se na projektu v konkrétní době, jak požadovaly daňové orgány. K tomu žalobkyně poukázala na závěry Krajského soudu v Brně v rozhodnutí ze dne 10. 8. 2020, č.j. 29 Af 68/2018-90, kde se krajský soud neztotožnil se závěry daňových orgánů, dle kterých je daňový subjekt povinen prokazovat, co přesně který zaměstnanec v konkrétním dni při realizaci projektu výzkumu a vývoje činil. K tomu navíc žalobkyně poukazuje na skutečnost, že uvedené bylo v daňovém řízení z její strany prokázáno znaleckými posudky spol. Deloitte Advisory s.r.o., která v části Předmět a cíle projektu popisuje průběh konkrétních projektů, a tedy i předmět činnosti jednotlivých zaměstnanců.

Namítáno je i procesní pochybení žalovaného, který na rozdíl od správce daně, jenž nesprávnost konstatoval ve vztahu k absenci formálních náležitostí evidence předložené žalobkyní, shledal tuto evidenci mzdových nákladů jako dostatečnou, avšak dovozuje neprokázání souvislosti vykázaných výdajů s výzkumnou činností. Ze strany žalovaného tak dle žalobkyně došlo k podstatné změně závěrů správce daně a žalovaný proto byl povinen postupovat v souladu s § 115 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“), tedy měl žalobkyni seznámit se změnou právního názoru. Žalovaný tak ovšem neučinil, nedal žalobkyni možnost se ke svým závěrům vyjádřit a případně navrhnout v tomto směru doplnění dokazování, čímž daňové řízení zatížil vadou, pro kterou je nutné napadená rozhodnutí zrušit.

Náklady na materiál

Žalobkyně se dále neztotožnila se závěry žalovaného, dle kterých nesprávně účtovala o nákladech na materiál jako o majetku, a tedy jí předložená nákladová evidence neumožňuje uznat nárok na odpočet výdajů spojených s projekty výzkumu a vývoje. Žalobkyně do určité doby účtovala náklady vynaložené na materiál na účtech pořízení majetku, tyto náklady pak přeúčtovala z důvodu jejich kapitalizace, neboť spotřebou materiálu vznikl žalobkyni dlouhodobý majetek. Takové přeúčtování nákladů z důvodu jejich kapitalizace je však krokem zcela legitimním, neboť nic nemění na skutečnosti, že šlo o náklady žalobkyní vynaložené na projekty výzkumu a vývoje. Naopak závěr žalovaného (vycházející z nesprávného výkladu pokynu Ministerstva financí D-288), dle kterého o takových nákladech musí být účtováno na nákladových účtech po celou dobu realizace projektů výzkumu a vývoje a k jejich kapitalizaci lze přistoupit až po úspěšném ukončení projektu, hodnotí žalobkyně jako nesprávný, neodpovídající zákonu. Uvedený pokyn Ministerstva financí je třeba vykládat tak, že náklady lze kapitalizovat již v průběhu projektu, avšak jejich uznatelnost pro účely výzkumu a vývoje není kapitalizací nijak omezena, v případě neúspěšnosti projektu lze takto dříve kapitalizované náklady odepsat.

Závěry žalovaným odkazovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 7. 6. 2022, sp. zn. 1 Afs 357/2021, podle kterých nárokovaný náklad na výzkum a vývoj musí být jako náklad zaúčtován, na projednávanou věc vztáhnout nelze, neboť v tamější věci daňový subjekt účtoval na nesprávné účetní třídě po celou dobu. V případě žalobkyně, která náklady přeúčtovala v rámci provedené kapitalizace na účty pořízení majetku, však šlo o postup souladný s účetními předpisy a zásadami. Dle žalobkyně neexistují důvody, pro které by měly být kapitalizované náklady z uplatnění nároku na odpočet vyloučeny. Žalobkyně současně odmítla tvrzení žalovaného, podle něhož, pokud náklady kapitalizovala, musela vědět, že jí realizací výzkumu a vývoje vznikne dlouhodobý majetek, pročež jí provozovaná činnost výzkumu a vývoje nesplňovala požadavek výzkumné nebo technické nejistoty. Dle žalobkyně si však v praxi lze jen stěží představit, že by se daňový subjekt rozhodl vynakládat prostředky na zadání, o nichž ví, že nejsou technicky proveditelná. Požadavek žalovaného na kapitalizaci nákladů až po úspěšném dokončení projektu je tak nesmyslný a žalovaný postupoval nezákonně, pokud neuznal nárok žalobkyně na odpočet nákladů vynaložených na výzkum a vývoj.

Popsané přeúčtování nákladů z nákladových účtů na účty pořízení majetku pak dle žalovaného způsobuje to, že předložená nákladová evidence žalobkyně neodpovídá jejímu účetnictví. Žalobkyně s tímto argumentem nesouhlasí, neboť § 34b zákona o daních z příjmů stanovuje podmínku evidování nákladů na výzkum a vývoj odděleně od ostatních nákladů. Skutečnost, že z oddělené evidence nákladů nevyplývalo, že některé náklady byly přeúčtovány na účet pořízení hmotného majetku, nemá vliv na uplatnění odpočtu, neboť zákon nevyžaduje, aby oddělená evidence uváděla, na jakém účtu se v době jejího sestavení o příslušném nákladu účtuje. Podstatné je jen to, že příslušný náklad je v účetnictví žalobkyně dohledatelný.

Vadnost evidence pak nezakládá ani to, že jednotlivé náklady jsou přiřazeny k zakázkám, přičemž mimo oddělenou evidenci žalobkyně na těchto zakázkách účtuje i o jiných nákladech. Žalobkyně tak činila pouze za účelem interního členění nákladů a je absurdní, aby jí v souvislosti s tímto členěním vznikla další důkazní povinnost. Žalobkyni rovněž nelze klást k tíži, že se rozhodla některé náklady na jednotlivých zakázkách nezahrnout do nárokovaného odpočtu vývoje a výzkumu.

Jako příliš formalistickou žalobkyně označila argumentaci žalovaného, kterou byla zpochybněna jí předložená evidence z důvodu, že o nákladech na materiál bylo účtováno jedním souhrnným zápisem. Žalobkyně v průběhu daňového řízení tyto souhrnné zápisy rozebrala a vysvětlila. Žalovaný tak nesprávně dovozuje vady a neprůkaznost oddělené evidence nákladů na materiál, ačkoli žalobkyně dostála zákonným požadavkům na vedení této oddělené evidence.

Další sporné body dle napadených rozhodnutí

V závěrečné části žaloby žalobkyně toliko polemizuje s některými závěry napadených rozhodnutí, z nichž plynou pochybnosti ohledně oprávněnosti jí uplatněných nákladů (výdajů) na výzkum a vývoj. Jako neoprávněné žalobkyně hodnotí žalovaným vznesené pochybnosti ohledně toho, zda v roce 2015 skutečně vynaložila výdaje deklarované na výzkum a vývoj. Tuto svou pochybnost žalovaný nesprávně zakládá na tom, že žalobkyně v přiznání k dani z příjmů právnických osob za rok 2012 v příloze č. 1 II. Oddílu v části F, týkající se odpočtu na výzkum a vývoj, neuvedla žádnou částku a v příloze účetní závěrky k 31. 12. 2012 uvedla částku zaúčtovanou na výzkum a vývoj v částce nižší, než jaká byla následně uplatněna v roce 2015. Uvedené však žalobkyně vysvětluje tím, že neměla v době vyhotovení daných dokumentů zájem na uplatnění odpočtů na výzkum a vývoj, neboť až do roku 2015 měla záporný hospodářský výsledek. Proto s uplatněním odpočtu vyčkala, jak jí explicitně umožňuje § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů.

Evidence nákladů za roky 2014 a 2015 obsahuje nesprávný název projektů výzkumu a vývoje, tato skutečnost dle žalovaného zakládá určité pochybnosti o této evidenci, avšak i pokud by tyto nesrovnalosti dány nebyly, nemělo by to dle žalovaného vliv na správnost závěrů správce daně. Žalobkyně k tomuto uvedla, že i přes posledně zmíněný závěr žalovaného, je třeba osvětlit, že jde toliko o administrativní pochybení. Shodné pochybení pak nastalo i v případě evidence odpracované doby za rok 2014.

Žádné další skutečnosti zpochybňující nároky žalobkyně na odpočet daných nákladů z rozhodnutí žalovaného nevyplývají. K uvedenému žalobkyně zdůraznila, že v roce 2014 byl veden pouze jeden projekt výzkumu a vývoje, o čemž svědčí znalecký posudek 333-2015, který v daňovém řízení předložila.

Stručné shrnutí vyjádření žalovaného a repliky žalobkyně

Žalovaný navrhl žalobu pro její nedůvodnost zamítnout.

Mzdové náklady

Žalovaný předně zdůraznil, že pro posouzení oprávněnosti uplatnění odčitatelné položky na výzkum a vývoj je podstatné, zda daňový subjekt unese své důkazní břemeno stran doložení této výzkumné a vývojové činnosti, přičemž nelze striktně oddělovat, zda se jedná o komplexní (ne)doložení činnosti či (ne)doložení činnosti jednotlivých zaměstnanců. Žalovaný odmítl, že by správce daně své pochybnosti ohledně uvedené oprávněnosti uplatněných nákladů dostatečně nespecifikoval a poukázal přitom na výzvu správce daně k odstranění pochybností ze dne 2. 6. 2000. V této výzvě bylo jednoznačně specifikováno, co a proč má být žalobkyní prokázáno a správce daně unesl své důkazní břemeno stran svých pochybností o správnosti postupu žalobkyně. Konkrétně pak bylo mj. požadováno, aby žalobkyně v případě částky 2 434 905 Kč, uplatněné v daňovém přiznání za zdaňovací období roku 2015, prokázala, že jde o výdaj (náklad) vynaložený na realizaci projektu výzkumu a vývoje a že takto vynaložené náklady byly skutečně v přímé souvislosti s realizací projektu výzkumu a vývoje. Stejně tak postupoval správce daně i v případě žalobkyní uplatněného výdaje v částce 18 243 053 Kč.

Žalovaný poukázal na specifičnost nákladů na výzkum a vývoj, které jsou určitým benefitem ze strany zákonodárce, neboť je daňový subjekt může uplatnit de facto dvakrát. Takový benefit ovšem provází zvýšená administrativní zátěž daňového subjektu spočívající právě v zajištění průkazné dokumentace. Podstatou je tedy náležitě prokázat, že výdaje uplatněné daňovým subjektem na projekty výzkumu a vývoje skutečně pro tento účel vynaloženy byly. Takového cíle lze dosáhnout pouze, pokud je znám obsah a rozsah činnosti zaměstnanců určených na vývojovou činnost. Žalobkyní předložené evidence ovšem informace o tom, co který pracovník konkrétně prováděl a vytvářel, kolik času na úkolech projektu výzkumu a výdaje odpracoval, neposkytovaly. Povinnost k prokázání těchto konkrétních skutečností přitom dle žalovaného tíží daňový subjekt. Žalobkyně v projednávané věci pak neprokázala ani to, z jakého důvodu došlo k navýšení uplatněných mzdových výdajů oproti výdajům uplatněným v rámci projektu výzkumu a vývoje. Do osobních nákladů navíc byly žalobkyní zahrnuty i náklady na pracovníky, kteří v projektech nebyli vůbec uvedeni.

Požadavek správce daně na podrobnější evidenci prokazující, co přesně konkrétní pracovník na projektu výzkumu a vývoje vykonával, je z důvodu prokázání, zda se tito zaměstnanci v žalobkyní tvrzeném rozsahu pracovního úvazku skutečně výzkumu a vývoji věnovali, zcela legitimní, odpovídající zákonu i judikatuře správních soudů. V této souvislosti žalovaný poukázal na rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 12. 2019, č.j. 1 Afs 429/2018-41, který označil za pro projednávanou věc přiléhavý, a dále na rozsudek téhož soudu ze dne 10. 11. 2022, č.j. 6 Afs 161/2021-57. Žalobkyně však oprávněnost jí vykázaného odpočtu nákladů na výzkum a vývoj neprokázala, když neprokázala realizaci výzkumu a vývoje ve vazbě na konkrétní výdaje dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, neboť oprávněnost a správnost těchto nákladů dostatečným způsobem nedoložila. Ani důkazní prostředek žalobkyně v podobě znaleckého posudku spol. Deloitte Advisory s.r.o. nedokládá, který konkrétní zaměstnanec a ve kterém časovém období činnosti stěžejní pro řešení výzkumu a vývoje prováděl, když pouze obecně popisuje činnosti v rámci projektu výzkumu a vývoje. Při hodnocení důkazů předložených žalobkyní daňové orgány postupovaly v souladu s § 8 daňového řádu i se závěry judikatury správních soudů.

Žalobní námitku týkající se porušení § 115 odst. 2 daňového řádu označil žalovaný za zcela zmatečnou. Ke změně právního názoru z jeho strany v průběhu daňového řízení nedošlo, správce daně stejně tak jako žalovaný dospěli k závěru, že žalobkyní předložená oddělená evidence mzdových nákladů na výzkum a vývoj neumožňovala přiřadit k danému projektu výzkumu a vývoje konkrétní činnosti, které měly vykázané osoby vykonat, tímto byla porušena podmínka § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Žalobkyni byl v tomto směru poskytnut dostatečný prostor se vyjádřit i předložit důkazy.

Náklady na materiál

V této otázce žalovaný setrval na svých závěrech plynoucích z napadených rozhodnutí, dle nichž je pro uplatnění nákladů nezbytné, aby výdaj (náklad) byl jako náklad podle účetních předpisů rovněž účtován. Žalobkyně však některé náklady přeúčtovala na účet Pořízení hmotného majetku, případně je účtovala přímo na tento účet, evidence nákladů na spotřebu materiálu tak dle žalovaného neodpovídá předloženému účetnictví a je neprůkazná. Uvedený postup dokládá to, že žalobkyně již na počátku řešení projektu výzkumu a vývoje věděla, že toto řešení povede ke vzniku konkrétního majetku, což neodpovídá charakteru výzkumu a vývoje.

K evidenci nákladů k jednotlivým zakázkám žalovaný uvedl, že zákonnou povinností žalobkyně bylo vést výdaje (náklady) na výzkum a vývoj v oddělené evidenci od ostatních výdajů (nákladů). Pokud si žalobkyně zvolila členění na jednotlivé zakázky, měly by tyto mít návaznost na předložené účetnictví. Žalobkyní namítaný souhrnný zápis žalovaný nepovažuje za jednotlivý účetní případ ani za splnění požadavku přehlednosti a prokazatelnosti ve smyslu § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů.

Další sporné body dle napadených rozhodnutí

K argumentaci týkající se vykázání nároku na odpočet výzkumu a vývoje žalovaný pouze konstatoval, že tato skutečnost není sama o sobě důvodem pro neuznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje ve zdaňovacím období roku 2015, ale jde o další nesrovnalost, jež podpořila pochybnosti o průkaznosti žalobkyní předložené evidence nákladů. Pokud žalobkyně náklady na výzkum skutečně v roce 2012 vynaložila, je nelogické, aby je současně v dokumentech vztahujících se k tomuto roku neuvedla.

K žalobou uváděným pochybením administrativního charakteru, týkajícím se evidence nákladů za materiál v letech 2014 a 2015 a evidence odpracované doby za rok 2014, žalovaný uvedl, že nešlo pouze o tato pochybení, když v řízení vyplynuly nedostatky těchto evidencí závažného charakteru, v důsledku čehož se tyto evidence staly neprůkaznými. Žalovaný dále uvedl, že v žádném případě netvrdil určitý počet projektů, na kterých žalobkyně měla pracovat. I pokud by existoval pouze jediný projekt výzkumu a vývoje a k tomu žalobkyně uplatňovala náklady, stále by byla povinna prokázat, že uplatněné náklady byly na výzkum a vývoj použity.

Žalobkyně v replice setrvala na žalobní argumentaci shrnuté shora, doplnila přitom citaci rozhodnutí Krajského soudu v Brně ze dne 31. 7. 2023, č.j. 29 Af 28/2021-104, a současně konstatovala, že žalovaný ve svém vyjádření nepřináší žádné nové argumenty nad rámec té, která plyne z napadených rozhodnutí.

III. Právní názor soudu

Krajský soud přezkoumal napadené rozhodnutí v mezích žalobních bodů, vycházel přitom ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů, dále jen
„s. ř. s.“).

O věci bylo rozhodnuto v rámci nařízeného ústního jednání dne 31. 1. 2023, během kterého účastníci řízení setrvali na svých stanoviscích a závěrech uplatněných v průběhu soudního řízení.

Žaloba není důvodná.

Mzdové náklady

Krajský soud se v prvé řadě zabýval tím, zda žalobkyně prokázala, že jí uplatněné odpočty, týkající se mzdových nákladů dle žalobkyní předložené evidence, byly vynaloženy v souvislosti s projekty výzkumu a vývoje. Žalobkyně uvedla, že se zabývá inovací strojního vybavení sloužícího k výrobě víček a uzávěrů se specifickými vlastnostmi, k čemuž zaměstnává vysoce kvalifikované zaměstnance. Žalobkyně je toho názoru, že jí předložené evidence jsou v tomto směru dostačující, když ze strany správce daně ani žalovaného nebyla zpochybněna jejich správnost či věrohodnost, z tohoto důvodu tak nebyla povinna oprávněnost daných odpočtů dále prokazovat. Žalovaný naproti tomu uvedl, že pochybnosti stran oprávněnosti uplatněných odpočtů byly vzneseny již správcem daně, který ve shodě s žalovaným nepovažuje žalobkyní předloženou evidenci za dostačující, neboť neobsahuje konkrétní údaje o práci kvalifikovaných zaměstnanců vztahující se k výzkumu a vývoji.

Podle § 2 odst. 1 písm. b) zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů, je aplikovaným výzkumem teoretická a experimentální práce zaměřená na získání nových poznatků a dovedností pro vývoj nových nebo podstatně zdokonalených výrobků, postupů nebo služeb; průmyslový výzkum, experimentální vývoj nebo jejich kombinace jsou součástí aplikovaného výzkumu. Inovacemi se pak dle písm. c) bodu 1. uvedeného zákonného ustanovení rozumí zavedení nových nebo podstatně zdokonalených výrobků, postupů nebo služeb do praxe. Inovací postupů se rozumí realizace nového nebo podstatně zdokonaleného způsobu výroby nebo poskytování služeb, včetně významných změn techniky, zařízení nebo programového vybavení.

Podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů platí, že od základu daně lze odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání. (krajský soud uvádí výčet pro věc rozhodných zákonných ustanovení ve znění zákona o daních z příjmů účinného od 1. 1. 2014, které jsou obsahově shodné se zněním uvedeného zákona účinným do 31. 12. 2013, kdy fakticky docházelo k realizaci projektu výzkumu a vývoje, obsaženém v tehdejších § 34 odst. 4 až odst. 8 zákona o daních z příjmů – pozn. krajského soudu)

Podle § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů dále platí, že pokud není možné odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání odečíst z důvodu nízkého základu daně nebo daňové ztráty, lze je odečíst nejpozději ve třetím období následujícím po období, ve kterém vznikly.

Postup při uplatňování ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů upravuje Pokyn Ministerstva financí č. D-288 ze dne 13. 10. 2005 (dále jen „Pokyn D-288“), podle jehož bodu 5. je poplatník povinen vést o výdajích (nákladech), u kterých aplikuje ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty a jednotlivé účetní případy. Tato evidence musí splňovat požadavek přehlednosti a prokazatelnosti oprávněnosti použití ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona s tím, že důkazní břemeno je na poplatníkovi. Za výdaje (náklady) vynaložené na realizaci projektů lze pro účely § 34 odst. 4 zákona považovat: a) osobní výdaje (náklady) na výzkumné a vývojové zaměstnance, akademické pracovníky, techniky a pomocný personál poplatníka, včetně zaměstnanců administrativních nebo dělnických profesí podílejících se na řešení projektu, a jim odpovídající výdaje (náklady) na povinné zákonné odvody; do osobních výdajů (nákladů) lze započítat: 1. mzdy nebo platy zaměstnanců přijatých podle pracovní smlouvy výhradně na řešení projektu, 2. příslušnou část mezd nebo platů zaměstnanců, odpovídající jejich úvazku na řešení projektu nebo se na projektu podílejících.

Podle § 34c odst. 1 zákona o daních z příjmů zpracuje poplatník k projektu výzkumu a vývoje, ke kterému se váže oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, projektovou dokumentaci, ve které uvede oznámený název projektu výzkumu a vývoje a vymezí činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje. Projektová dokumentace obsahuje a) základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou 1. obchodní firma nebo název a adresa sídla poplatníka, je-li poplatníkem daně z příjmů právnických osob, 2. jméno, adresa sídla podnikatele a adresa místa trvalého pobytu poplatníka, je-li poplatníkem daně z příjmů fyzických osob, 3. daňové identifikační číslo, pokud bylo přiděleno, b) dobu řešení projektu, kterou je doba ode dne zahájení do dne ukončení řešení projektu, c) cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení, d) předpokládané výdaje v jednotlivých letech řešení projektu od roku, ve kterém bylo podáno oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, a předpokládané celkové výdaje na řešení projektu, e) jména všech osob, které ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje odborně zajišťují nebo budou zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi, f) způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků prováděných ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, g) den schválení projektové dokumentace, h) jméno a podpis osoby schvalující projektovou dokumentaci.

Podle § 34a odst. 1 písm. a) zákona o daních z příjmů činí odpočet na podporu výzkumu a vývoje součet 100 % výdajů vynaložených v období na realizaci projektu výzkumu a vývoje zahrnovaných do odpočtu, které nepřevyšují úhrn výdajů vynaložených v rozhodné době na realizaci projektu výzkumu a vývoje zahrnovaných do odpočtu.

Co se rozumí výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj upravuje § 34b odst. 1 zákona o daních z příjmů, podle kterého jde o výdaje (náklady), které a) poplatník vynaložil ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje při realizaci projektu výzkumu a vývoje na 1. experimentální či teoretické práce, 2. projekční a konstrukční práce, 3. výpočty, 4. návrhy technologií, 5. výrobu funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části související s realizací projektu výzkumu a vývoje, a současně b) jsou výdaji (náklady) na dosažení zajištění a udržení příjmů a c) jsou evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů).

Podle § 34c odst. 1 písm. e) zákona o daních z příjmů platí, že k projektu výzkumu a vývoje, ke kterému se váže oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, poplatník zpracuje projektovou dokumentaci, ve které uvede oznámený název projektu výzkumu a vývoje a vymezí činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje. Projektová dokumentace obsahuje jména všech osob, které ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje odborně zajišťují nebo budou zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi.

Smyslem ze zákona plynoucí podpory výzkumu a vývoje je dle Nejvyššího správního soudu (rozhodnutí ze dne 28. 7. 2011, č.j. 8 Afs 13/2011-81) podpora provádění výzkumu a vývoje vlastními pracovníky podnikatelů a navýšení zájmu těchto subjektů o kvalifikované zaměstnance, což může vést k navýšení poptávky po takových vysoce vzdělaných pracovnících a ke zvýšení zaměstnanosti v tomto segmentu. Dle rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 12. 2019, č.j. 1 Afs 429/2018-41, č. 3977/2020 Sb. NSS: „Zákonodárce zvolil jako významný nástroj k „povzbuzení“ výzkumu a vývoje daňové odpočty. Při vědomí, že náklady, které daňové subjekty uplatňují zpravidla jako náklady vynaložené na dosažení, zajištění a udržení příjmů (§ 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů), se stanou ještě odčitatelnou položkou až do výše 100% sloužící jako nepřímá podpora výzkumné a vývojové činnosti (při splnění dalších podmínek uvedených v § 34, § 34a až § 34e citovaného zákona.“

Nejvyšší správní soud k otázce způsobu uplatnění nákladů vynaložených na vývojovou činnost daňovým subjektem uvedl: „Základním předpokladem pro úspěšné uplatnění odčitatelné položky na výzkum a vývoj dle § 34 odst. 4 věty první zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění účinném do 31. 12. 2013 je v případě experimentálního vývoje ve smyslu § 2 odst. 1 písm. c) zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, doložení vývojové činnosti. Daňový poplatník musí doložit, že dosáhl závěrů (výsledků, poznatků, znalostí), které jsou oproti stávající úrovni poznatků a dovedností v daném oboru pro něj nové a dosud nevyužívané. Bez náležité dokumentace nese daňový subjekt riziko, že se při budoucím dokazování v daňovém řízení octne v důkazní nouzi ohledně skutečné novosti svého řešení.“ (rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020, č.j. 7 Afs 447/2018-55)

Z výše uvedeného tudíž jednoznačně vyplývá, že benefit v podobě odpočtu na podporu výzkumu a vývoje lze daňovému subjektu připsat pouze tehdy, pokud je z jeho strany řádně prokázáno, že jím uplatněné náklady (výdaje) byly skutečně vynaloženy na výzkum a vývoj, tedy že jde o náklady využité na činnosti taxativně vymezené shora uvedeným § 34b odst. 1 zákona o daních z příjmů. Nejvhodnějším prostředkem k prokázání výzkumné či vývojové činnosti je řádně vedená dokumentace, ze které bude patrné, že již samotný proces vývojové či výzkumné činnosti (zde inovace speciálního strojního vybavení) vedl ke vzniku nových či podstatně zlepšených výrobků (zde víček a uzávěrů). V projednávané věci tak byla žalobkyně povinna způsobem výše naznačeným prokázat, že jí evidované mzdové náklady zaměstnanců kvalifikovaných k realizaci projektů výzkumu a vývoje byly na tuto činnost skutečně vynaloženy, tj. že daní zaměstnanci se v tvrzeném rozsahu svého pracovního úvazku skutečně věnovali projektům výzkumu a vývoje. (srov. rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, č.j. 9 Afs 144/2016-51).

Žalobkyně v průběhu daňového řízení předložila Evidenci odpracované doby na projektu výzkumu a vývoje (Vývoj automatizovaných výrobních linek a jejich komponent) a vyčíslení souvisejících osobních nákladů za zdaňovací období od 1. 1. 2012 do 31. 12. 2012 (uplatněných v rámci zdaňovacího období roku 2015), v nichž je uvedeno jméno a příjmení zaměstnance, číselnou kombinací vymezený vývojový úkol, měsíc, celkový počet odpracovaných hodin a počet hodin odpracovaných na výzkumu a vývoji, procentuální podíl výzkumu a vývoje, upravené osobní náklady (hrubá mzda, náhrady mzdy), SZP z upravených osobních nákladů, osobní výdaje celkem a osobní výdaje výzkum a vývoj. Celkové osobní náklady na projekt činily 1 366 400 Kč za rok 2012. Žalobkyně dále předložila evidenci „Ostatní“, ve které je pod číselnou kombinací uveden vývojový úkol, měsíc, celkový počet odpracovaných hodin, počet hodin odpracovaných na výzkumu a vývoji, hrubá mzda výzkumu a vývoje celkem, SZP výzkumu a vývoje celkem a osobní výdaje výzkumu a vývoje celkem ve výši 269 379 Kč. Zmocněná zástupkyně žalobkyně v průběhu daňového řízení k dotazu správce daně specifikovala, že položkou „Ostatní“ je třeba rozumět ostatní, nikoli klíčové, zaměstnance žalobkyně, kteří se na projektu podíleli menší měrou, a proto byly jejich odpracované hodiny spojeny (viz protokol o ústním jednání ze dne 5. 11. 2019).

Žalobkyně v průběhu daňového řízení dále předložila Evidence odpracované doby na projektu výzkumu a vývoje (Vývoj speciálního strojního vybavení) a vyčíslení souvisejících osobních nákladů za zdaňovací období od 1. 1. 2013 do 31. 12. 2013 (uplatněných v rámci zdaňovacího období roku 2016), v nichž je uvedeno jméno a příjmení zaměstnance, číselnou kombinací vymezený vývojový úkol, měsíc, celkový počet odpracovaných hodin a počet hodin odpracovaných na výzkumu a vývoji, procentuální podíl výzkumu a vývoje, upravené osobní náklady (hrubá mzda, náhrady mzdy), SZP z upravených osobních nákladů, osobní výdaje celkem a osobní výdaje výzkum a vývoj. Celkové osobní náklady na projekt činily 990 735 Kč za rok 2013. Žalobkyně dále předložila evidenci „Ostatní“, ve které je pod číselnou kombinací uveden vývojový úkol, měsíc, celkový počet odpracovaných hodin, počet hodin odpracovaných na výzkumu a vývoji, hrubá mzda výzkumu a vývoje celkem, SZP výzkumu a vývoje celkem a osobní výdaje výzkumu a vývoje celkem ve výši 115 311 Kč. Zmocněná zástupkyně žalobkyně v průběhu daňového řízení k dotazu správce daně specifikovala, že položkou „Ostatní“ je třeba rozumět ostatní, nikoli klíčové, zaměstnance žalobkyně, kteří se na projektu podíleli menší měrou, a proto byly jejich odpracované hodiny spojeny (viz protokol o ústním jednání ze dne 5. 11. 2019). Žalobkyně dále dodatečně doložila Evidenci ostatních hodin zahrnutých v projektech výzkumu a vývoje za roky 2012 a 2013, kde jsou uvedena jména a příjmení osob, číselná kombinace vývojového úkolu a dále data a údaje o počtu hodin.

Předloženy byla také Evidence odpracované doby na projektu výzkumu a vývoje (Vývoj speciálního strojního vybavení) a vyčíslení souvisejících osobních nákladů za zdaňovací období od 1. 1. 2014 do 31. 12. 2014 (uplatněných v rámci zdaňovacího období roku 2016). Evidence je obsahově obdobná evidenci shora popsané, přičemž osobní náklady na projekt činily 1 406 667 Kč a ostatní osobní náklady 273 199 Kč. Obdobná evidence týkající se zdaňovacího období roku 2015 se týkala projektu Vývoj automatizovaných výrobních linek a jejich komponent, kde osobní náklady byly vyčísleny v částce 511 616 Kč a ostatní osobní náklady v částce 50 052 Kč, za rok 2016 se evidence týkala projektu Vývoj automatizovaných výrobních linek a jejich komponent, kde osobní náklady byly vyčísleny v částce 93 875 Kč a ostatní osobní náklady v částce 10 004 Kč.

Žalobkyně dále v průběhu daňového řízení předložila Projekt výzkumu a vývoje „Vývoj speciálního strojního vybavení“ ze dne 14. 12. 2011, týkající se období od 1. 1. 2012 do 31. 12. 2013 (stanoveno jako datum ukončení projektu), ve kterém vymezila popis a cíle projektu – vývoj nového strojního vybavení s předpokládaným podstatným konstrukčním zdokonalením strojů, vymezila ocenitelný prvek novosti a vyjasnila výzkumné a technické nejistoty. Dále bylo specifikováno personální zajištění projektu s výčtem konkrétních zaměstnanců podílejících se na výzkumu a vývoji s tím, že dle potřeb budou zapojeni též další zaměstnanci. Mzdové náklady v období roku 2012 byly vyčísleny v částce 500 000 Kč a v roce 2013 v částce 550 000 Kč. V daňovém přiznání za zdaňovací období roku 2015 (nárok na odpočet vznikl v roce 2012) žalobkyně uplatnila mzdové náklady související s projektem výzkumu a vývoje v částce 1 635 779 Kč. V daňovém přiznání za zdaňovací období roku 2016 (nárok na odpočet vznikl v roce 2013) žalobkyně uplatnila mzdové náklady související s projektem výzkumu a vývoje v částce 1 106 046 Kč.

Žalobkyně dále v průběhu daňového řízení předložila Projekt výzkumu a vývoje „Vývoj automatizovaných linek a jejich komponent“ ze dne 8. 12. 2013, týkající se období od 1. 1. 2014 do 31. 12. 2015 (stanoveno jako datum ukončení projektu), ve kterém vymezila popis a cíle projektu – vývoj nového či podstatně zdokonaleného konstrukčního uspořádání linek nebo jejich částí na výrobu kovových uzávěrů sklenic a vývoj řídícího systému linky. Dále bylo specifikováno personální zajištění projektu s výčtem konkrétních zaměstnanců podílejících se na výzkumu a vývoji s tím, že dle potřeb budou zapojeni též další zaměstnanci. Osobní náklady v období roku 2014 byly vyčísleny v částce 1 200 000 Kč a v roce 2015 v částce 1 500 000 Kč.

Žalobkyně dále v průběhu daňového řízení předložila Projekt výzkumu a vývoje „Vývoj automatizovaných výrobních linek a jejich komponent“ ze dne 16. 12. 2015, týkající se období od 1. 1. 2016 do 31. 12. 2017 (stanoveno jako datum ukončení projektu), ve kterém vymezila popis a cíle projektu – realizace vývojových činností vedoucí k novým uspořádáním výrobních linek a novým konstrukčním řešením jejich částí, novým výrobním nástrojům a novým zařízením a postupům, s tím, že tento projekt má navazovat na předchozí vývojové aktivity žalobkyně. Dále bylo specifikováno personální zajištění projektu s výčtem konkrétních zaměstnanců podílejících se na výzkumu a vývoji s tím, že dle potřeb budou zapojeni též další zaměstnanci. Osobní náklady v období roku 2016 byly vyčísleny v částce 100 000 Kč a v roce 2017 v částce 100 0000 Kč.

Žalobkyně dále za účelem prokázání jí uplatněných mzdových nákladů předložila Znalecké posudky č. 226-2014, 447-2016 a 692-2018 spol. Deloitte Advisory s.r.o., týkající se posouzení činnosti výzkumu a vývoje v období od 1. 1. 2012 do 31. 12. 2013, od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015 a od 1. 1. 2016 do 31. 12. 2017, konkrétně toho, zda náklady vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje byly přímo vynaloženy pro realizaci projektu výzkumu a vývoje.

Výzvou ze dne 2. 6. 2020 byla žalobkyně správcem daně vyzvána k prokázání skutečností pro správné stanovení daně a k předložení dokladů. Žalobkyně byla mj. vyzvána k tomu, aby prokázala, že jí uplatněné částky v daňových přiznáních za zdaňovací období let 2015 a 2016 byly výdajem (nákladem) vynaloženým při realizaci projektu výzkumu a vývoje ve smyslu § 34 odst. 4 a § 34a a § 34e zákona o daních z příjmů a že takto vykázané náklady byly skutečně vynaloženy v přímé souvislosti s realizací projektu výzkumu a vývoje. Správce daně ve výzvě specifikoval konkrétní důvody, pro které mu vznikly pochybnosti ohledně správnosti žalobkyní uplatněných odpočtů týkajících se nákladů (výdajů) na mzdy kvalifikovaných zaměstnanců zabývajících se výzkumem a vývojem. Správce daně dospěl k závěru, že vývojové projekty žalobkyně neobsahovaly zákonem stanovené náležitosti, když neuváděly jména vedoucího projektu. Dále správce daně poukázal na absenci důvodu, pro který byly několikanásobně navýšeny výdaje uplatněné v daňových přiznáních oproti výdajům uvedeným v projektech. Správce daně rovněž vyjádřil pochybnost o existenci prvku technické nejistoty, když žalobkyně v případě projektů výzkumu a vývoje účtovala o pořízení majetku na účet Pořízení hmotného majetku (či přeúčtovávala na tento majetek) a již na počátku projektu tudíž věděla, že její vlastní činností bude majetek vytvořen. V souvislosti s tímto způsobem účtování nákladů na materiál správce daně dále konstatoval, že předložená Evidence nákladů na spotřebu materiálu neodpovídá předloženému účetnictví a není zřejmé, jak byly tyto náklady účtovány odděleně od ostatních. Z žalobkyní předložených dokladů pak dle správce daně nebylo zřejmé, zda a jaké projekty byly ve skutečnosti prováděny (zdaňovací období let 2016 a 2017) a jaké konkrétní práce byly jednotlivými zaměstnanci prováděny.

Žalobkyně namítla, že popsanou výzvou správce daně nedošlo k přenesení důkazního břemene, neboť jím vznesené pochybnosti nevykazují vysokou intenzitu předvídanou judikaturou Nejvyššího správního soudu.

Problematika přenosu důkazního břemene byla správními soudy opakovaně řešena, krajský soud nepovažuje za účelné ji obsáhle citovat, proto pouze ve stručnosti uvádí, že daňové řízení je postaveno na zásadě, že daňový subjekt má jednak povinnost daň přiznat (břemeno tvrzení), jednak povinnost toto tvrzení prokázat (břemeno důkazní). Účetní doklady, tj. příjmové doklady či faktury, mohou být postačujícím důkazem, že se operace, která je jejich předmětem, opravdu uskutečnila. Nejde však o důkaz absolutní; jeho vypovídací hodnota, věrohodnost a důkazní síla závisejí na konkrétních okolnostech. To platí zejména za situace, předestře-li správce daně zdůvodněné pochybnosti o plnění v rozsahu, který tvrdí daňový subjekt.

Dle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu správce daně prokazuje důvodnost svých pochybností o tom, že tvrzení daňového subjektu a doklady jím předložené jsou věrohodné, úplné, průkazné nebo správné. Nemá povinnost prokázat, že údaje o určitém účetním případu jsou v účetnictví daňového subjektu zaznamenány v rozporu se skutečností, je však povinen prokázat, že o souladu se skutečností existují vážné a důvodné pochybnosti. Podaří-li se správci daně takové pochybnosti prokázat, důkazní břemeno přechází zpět na daňový subjekt, který je pak svými dalšími tvrzeními a důkazy povinen rozptýlit pochybnosti správce daně. Daňový subjekt bude zpravidla tyto skutečnosti prokazovat jinými důkazními prostředky než vlastním účetnictvím a evidencemi (srov. např. rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 1. 2008, č. j. 2 Afs 24/2007 - 119, č. 1572/2008 Sb. NSS, a navazující judikaturu). Správce daně samozřejmě není oprávněn daňový subjekt vyzvat k prokázání čehokoli, ale pouze k prokázání toho, co tvrdí tento subjekt sám [nález Ústavního soudu ze dne 24. 4. 1996, sp. zn. Pl. ÚS 38/95, č. 130/1996 Sb.)].

Jakkoli je tedy pravdou, že daňový subjekt zpravidla prokáže svým účetnictvím, správce daně může důkazní břemeno převést zpět na daňový subjekt, pokud vznese relevantní, tedy vážné a důvodné pochybnosti stran správnosti údajů z tohoto účetnictví plynoucích. Bude se přitom zpravidla jednat o pochybnosti plynoucí z takových nesrovnalostí, jež přímo (nedostatkem spolehlivých informací o konkrétním účetním případu) či nepřímo (celkovou nevěrohodností účetnictví, i když toto na první pohled o konkrétním účetním případu předepsané informace poskytuje) zatemní obraz o hospodaření daňového subjektu. (srov. rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 1. 2008, č.j. 2 Afs 24/2007-119, č. 1572/2008 Sb. NSS).

Na základě závěrů výše citované judikatury krajský soud dospěl k závěru, že správce daně ve shora uvedené výzvě zcela jasně identifikoval skutečnosti, na základě nichž vyhodnotil žalobkyní předložené dokumenty jako neprůkazné. Na tomto místě krajský soud v návaznosti na žalobní argumentaci týkající se nezpochybnění formálních náležitostí žalobkyní předložené evidence mzdových nákladů, zdůrazňuje, že je třeba důsledně oddělovat otázku formální správnosti evidence (jejího vedení odděleně od ostatních nákladů) a jejích nedostatků věcného charakteru (neprůkaznost evidence). (srov. rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018-41, č. 3977/2020 Sb. NSS, stejně jako z rozsudku ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020-49, č. 4379/2022 Sb. NSS)

Správce daně v dané věci vyjádřil pochybnosti týkající se průkaznosti evidencí stran souvislosti těchto mzdových nákladů s projekty výzkumu a vývoje, čili nezpochybnil ji po formální stránce, nýbrž po stránce věcné. Krajský soud přitom správcem daně vyjádřené pochybnosti hodnotí jako intenzivní, neboť nesrovnalosti jím zjištěné, plynoucí z absence spolehlivých informací o průběhu výzkumu a vývoje, zpochybňují samotnou skutečnost, zda se skutečně o výzkum a vývoj jednalo a pokud ano, zda byl realizován v žalobkyní udávaném rozsahu. Žalobkyně tedy prostřednictvím jí předložených dokumentů neprokázala, že jí uplatněné mzdové náklady zaměstnanců, kteří v rozhodné době měli provádět výzkum a vývoj, byly skutečně na tento výzkum a vývoj vynaloženy. Důkazní břemeno proto bylo na základě správcem daně vznesených shora popsaných vážných a důvodných pochybností přeneseno zpět na žalobkyni.

Krajský soud na tomto místě uvádí, že se neztotožnil s žalobkyní citovanými závěry rozhodnutí Krajského soudu v Brně ze dne 10. 8. 2020, č.j. 29 Af 68/2018-90, dle kterých pro unesení důkazního břemene daňovým subjektem není nutné v rámci posouzení účinnosti osobních výdajů na výzkum a vývoj trvat na doložení konkrétních činností konkrétními zaměstnanci. Uvedený rozsudek Krajského soudu v Brně byl nadto zrušen rozhodnutím Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 7. 2022, č.j. 8 Afs 170/2020-49 (č. 4379/2022 Sb. NSS), mimo jiné s tím, že závěry krajského soudu ohledně povinnosti uvést všechny dotčené osoby v projektu nebyly žalobní námitkou a v novém rozhodnutí ze dne 21. 10. 2022, č.j. 29 Af 68/2018-146, se Krajský soud v Brně touto problematikou nadále nezabýval.

Pokud jde o žalobkyní v replice citované rozhodnutí Krajského soudu v Brně ze dne 31. 7. 2023, č.j. 29 Af 28/2021-104, pak je nutno uvést, že krajský soud se v tamější věci zabýval evidencí mzdových nákladů nikoli co do specifikace činností plynoucích z evidencí daňového subjektu, nýbrž z hlediska doby odpracované zaměstnanci na projektech výzkumu a vývoje (viz bod 60 uvedeného rozhodnutí). Závěry tohoto rozhodnutí tak nejsou pro nynější věc, kde je stěžejní otázkou souvislost činností zaměstnanců žalobkyně s projekty výzkumu a vývoje, relevantní.

Krajský soud dospěl k závěru, že požadavek daňových orgánů na průkaznější vedení dokumentace týkající se mzdových nákladů, je požadavkem zcela legitimním. Jakkoli zákon nestanovuje podrobnější náležitosti evidenčních dokumentů k projektům výzkumu a vývoje, z hlediska uplatnění nákladů vynaložených v souvislosti s těmito projekty je pro daňový subjekt podstatné (a je v jeho zájmu), aby byly natolik konkrétní, aby na jejich základě bylo možné osvědčit, že šlo o náklady vynaložené na výzkum a vývoj. Prokázat souvislost daňovým subjektem uplatněných mzdových nákladů s realizací výzkumu a vývoje lze bezpochyby právě vymezením konkrétní činnosti konkrétních zaměstnanců v konkrétním rozsahu, z níž bude možné dovodit, že se jedná o činnost přímo související s výzkumem a vývojem v podobě, v jaké byl vymezen v počátečním projektu. Pokud tedy žalobkyně předložila řadu evidencí odpracované doby se jmény zaměstnanců, odpracovanými hodinami na výzkumu a vývoji a s uvedením číselného kódu vývojové činnosti (předloženými znaleckými posudky vymezenými jako „interní zakázky“) – např. „34-337 Vývoj nových nástrojů“ – pak nelze než konstatovat, že se jedná o vymezení natolik obecné, že z nich nelze ověřit, že šlo o činnost spadající pod výzkum a vývoj, jak byla vymezena např. v rámci projektu „Vývoj speciálního strojního vybavení“. Z takto označené činnosti není zřejmé, zda šlo o činnost související s návrhem podstatně zdokonalených lisovacích a tvarovacích strojů a jejich uzlů, s návrhem střižné skříně a vodících a dalších částí, s návrhem řídícího systému a systému chlazení a lubrikace či s návrhem pneumatických a fluidních částí stroje a vedení produktu. Je přitom pouze v zájmu žalobkyně, aby jí vedená evidence či jiná dokumentace zcela bez pochybností prokazovala, že zaměstnanci vyčlenění na tuto činnost v tvrzeném rozsahu skutečně vykonávali právě výzkumné či vývojové činnosti. Pokud tedy žalobkyně takto průkaznou evidenci nepředložila a nepředložila ani jiný důkaz osvědčující oprávněnost jí uplatněných mzdových nákladů, sama se vystavila riziku, že z její strany nebude důkazní břemeno stran oprávněnosti těchto nákladů uneseno. Nápravu v tomto směru nepřináší ani žalobou namítané znalecké posudky spol. Deloitte Advisory s.r.o., kdy tyto posudky požadovanou specifikaci činností konkrétních zaměstnanců a jejich rozsahu neobsahují. (důraz doplněn)

Totožný závěr vyjádřil Nejvyšší správní soud v žalovaným přiléhavě citovaném rozhodnutí ze dne 10. 12. 2019, č.j. 1 Afs 429/2018-41, č. 3977/2020 Sb. NSS, který pod bodem 54 uvedl: „Tvrzení stěžovatelky, že dostála požadavku na vedení oddělené evidence a že otázka „kdo a co vytvořil a vykonal, kolik času tím strávil nebo kolik kilometrů ujel je dle stěžovatelky až předmětem dalšího dokazování na základě dalších důkazních prostředků, nikoliv samotné evidence“, Nejvyšší správní soud nepřitakává. Podmínkou pro uplatnění výdajů na podporu VaV je vynaložení těchto výdajů v souvislosti s realizací projektu, resp. při jeho realizaci. Neuznání výdajů uplatňovaných jako osobní výdaje na podporu VaV souviselo právě i s neprokázáním souvislosti vynaložených výdajů s činností VaV (srov. bod [43] rozhodnutí žalovaného), nikoliv s tím, že by evidence nebyla vedena odděleně. Neprůkaznost a nedostatečnost evidence předložené stěžovatelkou, o které hovoří žalovaný v bodu [42] svého rozhodnutí, tak souvisela s neunesením důkazního břemene, nikoliv formálními nedostatky evidence (srov. i bod [52] téhož rozhodnutí).“ (obdobně judikoval Nejvyšší správní soud též v rozhodnutí ze dne 12. 1. 2017, č.j. 9 Afs 144/2016-51, bod 23) Závěry citovaného rozhodnutí tudíž svědčí o povinnosti daňového subjektu prokázat souvislost s výzkumnou a vývojovou činností ve vztahu ke konkrétním činnostem pověřených zaměstnanců. Jakkoli ve věci řešené Nejvyšším správním soudem vznikly pochybnosti ohledně daných nákladů z důvodu překryvu činnosti na výzkumu a vývoji s běžnou podnikatelskou činností, jedná se o požadavky obecně aplikovatelné na každou nákladovou evidenci, jež má prokazovat souvislost s výzkumnou a vývojovou činností.

Posledně uvedený závěr platí obzvlášť za situace, kdy žalobkyně v daňových přiznáních uplatnila odčitatelné položky týkající se mzdových nákladů v částkách několikanásobně vyšších, než které byly uváděny v projektech výzkumu a vývoje, přičemž tyto rozdíly nijak neosvětlila. Pochybnosti týkající se oprávněnosti žalobkyní uplatněných mzdových nákladů pak vzbuzuje též skutečnost, že některé projekty výzkumu a vývoje v dalších letech pokračovaly, ačkoli již měly být ukončeny – např. projekt „Vývoj speciálního strojního vybavení“ měl být ukončen k 31. 12. 2013, avšak činnost v rámci tohoto projektu byla žalobkyní vykazována i ve zdaňovacím období kalendářního roku 2014. V případě projektu „Vývoj automatizovaných výrobních linek a jejich komponent“ pak žalobkyně naopak vykázala mzdové náklady za zdaňovací období kalendářního roku 2015, ačkoli uvedený projekt měl být zahájen až v roce 2016. Žalobkyně rovněž v rozporu s § 34c odst. 1 písm. e) zákona o daních z příjmů v projektech neuvedla veškeré osoby odborně zajišťující realizaci projektů, když v evidencích odpracovaných dob uvedla položku „Ostatní“, což později osvětlila jako skupinu dalších zaměstnanců, kteří se částečně rovněž na projektech podíleli, aniž by však v dokumentaci těchto projektů byli uvedeni. Seznam těchto zaměstnanců žalobkyně doložila dodatečně až na základě výzvy správce daně. Pochybení uvedeného charakteru bylo ze strany správce daně zjištěno vícero (poukázat lze na str. 67 a 68 Zprávy o daňové kontrole obsahující výčet těchto pochybení), krajský soud je toho názoru, že zejména s ohledem na četnost těchto nesrovnalostí již nelze hovořit o „administrativním pochybení“, jak opakovaně uvádí žalobkyně v žalobě (viz argumentace pod body 33 až 37 žaloby). Jedná se o indicii svědčící spíše o účelově dodatečně vytvořených podkladech pro uplatňování odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Četnost popsaných nesrovnalostí pak významně snižuje věrohodnost žalobkyní předložených dokladů, což opět vede k závěru o legitimitě požadavku daňových orgánů na předložení průkazné evidence mzdových nákladů zachycující konkrétní činnosti konkrétních zaměstnanců v konkrétním rozsahu.

Důvodnou krajský soud neshledal ani námitku týkající se procesního pochybení žalovaného spočívajícího v porušení § 115 odst. 2 daňového řádu, kterého se měl žalovaný dopustit tím, že žalobkyni neseznámil se změnou svého právního názoru, když oproti správci daně, který pochybení žalobkyně měl dle jejího názoru shledat v evidenci vedené v rozporu s § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, žalovaný shledal pochybení v neprokázání souvislosti vykázaných výdajů s výzkumnou činností. Jak plyne z výše popsané výzvy správce daně k prokázání skutečností pro správné stanovení daně a k předložení dokladů ze dne 2. 6. 2020, správce daně stejně tak jako žalovaný kladli žalobkyni k tíži, že neprokázala souvislost jí uplatněných mzdových nákladů s výzkumem a vývojem, tedy jinými slovy ze strany daňových orgánů byla konstatována neprůkaznost jí předložených dokladů. Není tedy pravdou, že by správce daně v této souvislosti namítal nevedení oddělené evidence mzdových nákladů, tedy že by zpochybňoval splnění formálních náležitostí evidence mzdových nákladů. Evidence mzdových nákladů byla vedena odděleně, avšak neprokazovala, že tyto náklady byly vynaloženy v souvislosti s výzkumem a vývojem. Správce daně i žalovaný tak učinili shodné závěry týkající se neprůkaznosti žalobkyní předložené evidence a k porušení žalobou namítaného § 115 odst. 2 daňového řádu tudíž dojít nemohlo.

Náklady na materiál

Spornou je v této části otázka týkající se správnosti žalobkyní uplatněných odpočtů na náklady vynaložené na materiál určený pro výzkum a vývoj. Žalobkyně totiž některé takto vynaložené náklady přeúčtovala na účet 042 – Pořízení hmotného majetku či je na tento účet účtovala od počátku. Evidence nákladů na spotřebu materiálu tak dle daňových orgánů neodpovídá předloženému účetnictví a je neprůkazná. Žalobkyně byla dle daňových orgánů povinna o těchto nákladech účtovat na nákladovém účtu po celou dobu realizace projektů výzkumu a vývoje, pokud tak nečinila, již na počátku či v průběhu realizace projektů výzkumu a vývoje věděla, že zvolené řešení povede ke vzniku konkrétního majetku, což ovšem nekoresponduje s charakterem výzkumné a vývojové činnosti. Žalobkyně je na druhou stranu přesvědčena o tom, že přeúčtování daných nákladů z důvodu jejich kapitalizace je zcela legitimní a takový postup nic nemění na tom, že se stále o náklady vynaložené na výzkum a vývoj jedná. Kapitalizace těchto nákladů je dle žalobkyně navázána na úspěšnou technickou proveditelnost zvoleného řešení, kterou nelze zaměňovat s výzkumnou nebo technickou nejistotou.

Podle shora citovaného § 34b odst. 1 zákona o daních z příjmů je třeba výdaje (náklady) vynaložené na výzkum a vývoj evidovat odděleně od ostatních nákladů daňového subjektu. Výdajem je přitom dle § 21h zákona o daních z příjmů náklad daňového subjektu, který je dle účetních předpisů jako náklad účtován. Jinými slovy zaúčtovaný náklad musí představovat náklad vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje.

Krajský soud na základě citované zákonné úpravy dospěl ve shodě s daňovými orgány k závěru, že o nákladech vynaložených na výzkum a vývoj je třeba po celou dobu realizace projektu účtovat na nákladovém účtu, takové náklady nelze přeúčtovávat či je od počátku účtovat na účtech hmotného majetku. Uvedený závěr vyslovil též Krajský soud v Ostravě v žalovaným přiléhavě odkazovaném rozhodnutí ze dne 12. 7. 2022, č.j. 25 Af 108/2020-45, v němž uvedl: „Soud proto uzavírá, že trvání na tom, aby byly uplatňované náklady na výzkum a vývoj také účtovány v příslušné nákladové účetní skupině, nelze označit za přepjatý formalismus, a to zvláště za situace, kdy zákon nejen předpokládá účtování o nákladech v nákladové účetní skupině, ale navíc klade na toto účtování zvláštní požadavky (oddělené účtování).“ Citované rozhodnutí přitom bylo následně přezkoumáno jak Nejvyšším správním soudem (rozhodnutí ze dne 7. 8. 2023, č.j. 4 Afs 229/2022-41), tak Ústavním soudem (usnesení ze dne 31. 10. 2023, sp. zn. I. ÚS 2639/23) a zůstalo nezměněno. Nejvyšší správní soud k dané otázce dále uvedl: „Nicméně v rozsudku ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014-56, Nejvyšší správní soud připomněl, že právě s ohledem na tuto značnou výhodnost možnosti odpočtu nákladů na výzkum a vývoj předepisuje zákon o daních z příjmů řadu materiálních a formálních podmínek, jejichž splnění je nutné k odpočtu nákladů od základu daně. Jednou z nich je vypracování a předložení formalizovaného projektu výzkumu a vývoje, jehož podoba musí splňovat přísné požadavky. Další z podmínek, jejímž splněním zákon o daních z příjmů podmiňuje uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje, je již zmíněné vedení oddělené evidence výdajů vynaložených na podporu výzkumu a vývoje od ostatních výdajů. Proto ani podmínění uplatnění odpočtu výdajů na výzkum a vývoj jejich účtováním v příslušné nákladové účetní skupině není možné považovat za nepřiměřené upřednostnění formálního stavu před stavem skutečným.“ Ústavní soud k dané otázce uvedl: „Rozhodne-li se zákonodárce určitým dobrodiním pro daňové subjekty podpořit určité činnosti jako např. výzkum a vývoj, může si pro to v ústavních mezích stanovit formální i materiální podmínky. V případě nákladů na výzkum a vývoj, které si daňový subjekt může dokonce uplatnit hned dvakrát (jako daňově uznatelné náklady podle § 23 zákona o daních příjmů a jako daňový odpočet podle § 34 a násl. téhož zákona), je pochopitelné, že se zákonodárce mnohými podmínkami snaží zabránit zneužívání tohoto poměrně atraktivního institutu. Trvání na formálních podmínkách, jejichž účelem je především snazší kontrola oprávněnosti uplatňování těchto státních beneficií, nepředstavuje žádné ústavněprávní porušení. K tomuto Ústavní soud odkazuje zejm. na body 32 a 33 napadeného rozsudku Nejvyššího správního soudu, bod 15 rozsudku krajského soudu a tam citovanou judikaturu; v podrobnostech lze odkázat také na Rydval, T. Náklady na výzkum a vývoj jako položka odčitatelná od základu daně. Praha: C. H. Beck, 2021, s. 59-60.“

Aplikovatelné na projednávanou věc jsou též závěry Nejvyššího správního soudu v rozhodnutí ze dne 7. 6. 2022, č.j. 1 Afs 357/2021-50, dle kterých: „Stěžovatel též uvedl, že náklady na projekt nesprávně účtoval na účtu 041 500, byť měly být zaúčtovány na jinou účtovou třídu, a v této souvislosti namítl, že „správce daně měl tyto náklady promítnout do dodatečně stanovené daně“. Jak uvedl již krajský soud v bodě 39 napadeného rozsudku, tato chyba vyústila v podání dodatečných daňových přiznání k dani z příjmů právnických osob za následující zdaňovací období roku 2015, 2016 a 2017. Uvedenou námitkou se rovněž zabýval i žalovaný, který v bodě 114 napadeného rozhodnutí uvedl, že pro uplatnění nákladu není splněna podmínka uvedená v § 23 odst. 1 zákona o daních z příjmů, tj. že výdaj (náklad) byl jako náklad podle účetních předpisů rovněž účtován. Nejvyšší správní soud s tímto souhlasí a bez dalšího na tuto argumentaci odkazuje.“ Pokud žalobkyně uvádí, že citované rozhodnutí kasačního soudu není pro projednávanou věc přiléhavé, když v dané věci bylo o nákladech po celou dobu účtováno nesprávně, kdežto v projednávané věci byly náklady žalobkyní přeúčtovány až v průběhu realizace výzkumu a vývoje, pak je třeba jednak uvést, že i žalobkyně v případě některých nákladů na výzkum a vývoj účtovala od počátku nesprávně přímo na účet 042 – Pořízení hmotného majetku [např. částku 323 202,73 Kč, nástroje na gumovačky (linka 7) zaúčtovanou na daný účet dne 28. 6. 2013 nebo další náklady blíže specifikované Zprávou o daňové kontrole např. na str. 70], a dále je nutno zdůraznit, že není podstatné, v jakém konkrétním okamžiku došlo k nesprávnému (pře)účtování nákladů, relevantní je pouze to, že takové účtování bylo nesprávné.

Vzhledem k tomu, že shora zmíněné přeúčtování či přímé účtování některých nákladů na účtu 042 -Pořízení hmotného majetku nebylo z předložené evidence nákladů na spotřebu materiálu patrné, je zcela logický závěr daňových orgánů o tom, že taková evidence není průkazná. Pokud tedy žalobkyně prokazovala touto neprůkaznou evidencí oprávněnost jí uplatněného odpočtu nákladů na výzkum a vývoj, pak nemohla být úspěšná.

Stejně tak v případě, kdy žalobkyně účtovala o nákladech na materiál souhrnným zápisem na stranu MD nákladového účtu, nelze shledat, že by takový postup byl souladný s požadavky na přehlednost a prokazatelnost správnosti daňovým subjektem uplatněného odpočtu nákladů. Podle Pokynu D-288 odst. 5 platí, že: „Poplatník je povinen vést o výdajích (nákladech), u kterých aplikuje ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty a jednotlivé účetní případy. Tato evidence musí splňovat požadavek přehlednosti a prokazatelnosti oprávněnosti použití ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona s tím, že důkazní břemeno je na poplatníkovi.“ Pokud tedy žalobkyně účtovala celkovou částku nákladů jedním účetním zápisem vždy ke konci příslušného roku, nešlo o účtování jednotlivých účetních případů a takový způsob účtování nelze považovat za přehledný a průkazný. Je to přitom opět pouze žalobkyně, v jejímž zájmu je vést přehlednou podkladovou evidenci sloužící k úspěšnému uplatnění odpočtů nákladů na výzkum a vývoj. Shodný závěr platí i v případě, kdy si žalobkyně zvolila členění nákladů na jednotlivé zakázky, i zde krajský soud ve shodě s žalovaným uvádí, že je třeba trvat na návaznosti na předložené účetnictví, a tedy na přehlednosti a průkaznosti takové evidence.

V. Závěr a náklady řízení

67. Na základě shora uvedeného dospěl krajský soud k závěru, že žaloba není důvodná, a proto ji podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.

68. O náhradě nákladů řízení rozhodl krajský soud podle § 60 odst. 1, věty první s. ř. s. Žalobkyně neměla v řízení úspěch, a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Pokud jde o procesně úspěšného žalovaného, v jeho případě nebylo prokázáno, že by mu v souvislosti s tímto řízením nad rámec běžné úřední činnosti vznikly nezbytné náklady důvodně vynaložené v řízení před soudem. Z toho důvodu mu krajský soud náhradu nákladů řízení nepřiznal.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

České Budějovice 31. ledna 2024

JUDr. Tereza Kučerová v. r.

předsedkyně senátu

Shoda s prvopisem: J. M.