8 Af 14/2025 - 53 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	8 Af 14/2025 - 53
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	26. 11. 2025
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy senátu JUDr. Slavomíra Nováka a soudkyň Mgr. Jany Jurečkové a Mgr. Andrey Veselé ve věci

žalobkyně JACOBO EUROPE CZ a.s., IČ: 25389271,

se sídlem Bubenská 113/47, Praha 7 – Holešovice,

zastoupené Mgr. Karlem Hnilicou, advokátem

se sídlem Španělská 2, Praha 2,

proti

žalovanému Odvolací finanční ředitelství,

se sídlem Masarykova 427/31, Brno,

v řízení o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 22.4.2025, č. j. 10983/5200-11434-707603,

takto:

Žaloba se zamítá.
Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

Základ sporu

Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“) vydal dne 18. srpna 2023 dodatečný platební výměr č. j. 6973213/23/2007–50521–111551, kterým žalobkyni doměřil daň z příjmů právnických osob ve výši o 1 197 570 Kč vyšší, než byla původně stanovena. Současně žalobkyni vznikla zákonná povinnost uhradit penále ve výši 20 % z částky doměřené daně, tj. 395 314 Kč.
K doměření daně došlo na základě výsledků daňové kontroly, při níž správce daně zvýšil základ daně žalobkyně o částku 10 100 400 Kč, a to podle § 24 odst. 1 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon č. 586/1992“). Konkrétně se jednalo o:

- úroky mezi spojenými firmami ve výši 603 204 Kč,

- úroky z dluhopisů emitovaných žalobkyní ke dni 28. prosince 2012, o jmenovité hodnotě 50 Kč, v celkové výši 9 180 000 Kč.

Správce daně vycházel ze zjištění, že žalobkyně ve zdaňovacím období od 1. ledna 2019 do 31. prosince 2019 uplatnila v daňově účinných nákladech úroky z dluhopisů, které byly emitovány dne 28. prosince 2012 v počtu 2 000 000 kusů, každý o jmenovité hodnotě 50 Kč. Celková jmenovitá hodnota emise činila 100 000 000 Kč. Dluhopisy měly roční úrokovou sazbu 9,8 % a splatnost stanovenou do 31. prosince 2027.
Upisovatelem těchto dluhopisů byl P. L., který se podílel na vedení společnosti jako statutární orgán a zároveň vlastnil 88% podíl na základním kapitálu žalobkyně.
Proti dodatečnému platebnímu výměru podala žalobkyně řádné odvolání. O tomto odvolání rozhodl žalovaný žalobou napadeným rozhodnutím tak, že je zamítl. S tímto rozhodnutím žalobkyně nesouhlasí a brojí proti němu správní žalobou.

II.

Obsah žaloby a vyjádření žalovaného

V první žalobní námitce žalobkyně namítá nepřezkoumatelnost napadeného rozhodnutí. Tvrdí, že se žalovaný nijak nezabýval odvolacími důvody ve vztahu k částce 603 204 Kč, o kterou správce daně zvýšil daňový základ a kterou označil jako úroky mezi firmami.
Ve vztahu k navýšení základu daně o částku 9 180 000 Kč z titulu daňové uznatelnosti úroků z dluhopisů žalobkyně namítá, že žalovaný nesprávně právně zhodnotil průběh emise a vydání příslušných dluhopisů. Argumentace žalovaného a správce daně o nejistotě řádnosti emise byla podle žalobkyně postavena na tom, že není postaveno najisto, jak žalobkyně naložila s 2 miliony kusů listin. Žalovaný však nezpochybňuje, že vydání hromadného dluhopisu bylo možné, jak vyplývá z emisních podmínek, které byly žalobkyni zkráceně předloženy.
V bodě 5 emisních podmínek bylo uvedeno, že dluhopisy mohou být vydány i ve formě hromadných listin. Žalobkyně předložila hromadnou listinu, čímž doložila její vydání. Správce daně nijak nezpochybňoval předání této hromadné listiny P. L.
Žalobkyně má za to, že v řízení bylo řádně prokázáno, že v souladu s emisními podmínkami vydala dne 28. prosince 2012 hromadnou listinu č. 1 o celkové jmenovité hodnotě 100 000 000 Kč, která nahrazovala 2 miliony kusů dluhopisů JACOBO 9,8/2027, a tuto listinu předala P. L.
Žalobkyně v podané žalobě namítá, že z podmínek daných zákonem č. 586/1992 Sb. z emisních podmínek vyplývá, že emise dluhopisů se realizuje buď vydáním jednotlivých kusů dluhopisů, nebo vydáním hromadné listiny tyto jednotlivé dluhopisy nahrazující. Odůvodnění správce daně, že je zde pochybnost, neboť nebylo zjištěno, zda jednotlivé dluhopisy byly vydány, označuje žalobkyně za irelevantní. Namísto jednotlivých dluhopisů byla totiž v souladu s emisními podmínkami i zákonným ustanovením předložena hromadná listina. Žalobkyně má za to, že v řízení bylo postaveno na jisto, že emise dluhopisů proběhla v souladu s emisními podmínkami. Pokud jde o faktické naložení s počtem dvou milionů kusů listin, žalobkyně uvádí, že pochybnost ohledně způsobu naložení s nimi, stejně jako pochybnost týkající se faktické existence těchto listin, není relevantní pro zpochybnění platnosti emise. Součástí emise nebylo vydání jednotlivých dluhopisů a jejich následné nahrazení hromadnou listinou, ale vydání dluhopisu právě formou vydání hromadné listiny, byť jen nahrazující, což umožňuje jak zákon, tak emisní podmínky.
Tímto žalobkyně vypořádává argumentaci žalovaného uvedenou v bodech 40 až 49 napadeného rozhodnutí, která se vztahuje ke způsobu přeměny listinných dluhopisů na hromadnou listinu. Pokud jde o body 50 až 57 napadeného rozhodnutí, v nichž žalovaný hodnotí existenci pohledávky započitatelné proti emisnímu kurzu, žalobkyně namítá, že žalovaný nesprávně vyhodnotil předložené důkazy týkající se pochybnosti o existenci závazku žalobkyně vůči P. L., který by byl způsobilý pro zápočet proti emisnímu kurzu ve výši 90 milionů Kč. Dále žalobkyně nesouhlasí se závěrem žalovaného, že nebyla prokázána ani úhrada části emisního kurzu ve výši 10 milionů Kč zápočtem, a to v souladu s dohodou o započtení ze dne 27. 12. 2012. Žalovaný dospěl k závěru, že nebyl prokázán závazek žalobkyně vůči P. L. ve výši 90 milionů Kč, neboť nebyla předložena podepsaná smlouva o postoupení pohledávky za žalobkyní od společnosti TARCU 2190 s.r.o. Žalobkyně však uvádí, že smlouva nemusí mít písemnou formu, a že o jednání s firmou TARCU 2190 o převzetí pohledávky vůči žalobkyni věděla. Dohoda s P. L. byla uzavřena podle § 534 občanského zákoníku, přičemž závazek vůči TARCU byl převzat žalobkyní. Na účtu žalobkyně je ke dni 27. 12. 2012 účtován vklad P. L., a účetní evidence tak řádně osvědčuje vznik závazku.
Pokud jde o zápočet části emisního kurzu ve výši 10 milionů Kč, žalovaný ani správce daně existenci závazku žalobkyně vůči P. L. nezpochybňují. Správce daně zpochybnil samotné provedení zápočtu, ačkoliv ten je prokazován právě dohodou o započtení ze dne 27. 12. 2012. Jedinou argumentací, kterou žalovaný uvádí k neprokázání započtení, je tvrzení v bodě 54 napadeného rozhodnutí, kde se uvádí, že v účetnictví daňového subjektu za účetní období roku 2012 nebylo o úhradě emisního kurzu dle dohody o započtení vůbec účtováno, a odkazuje se na pohyb na účtu 473000 a jeho protiúčty 365100 a 365300. Žalobkyně s ohledem na pohyby na uvedených účtech namítá, že částka 10 milionů Kč z emisního kurzu byla řádně uhrazena zápočtem dle uvedené dohody.
Žalobkyně se dále vyjadřuje k bodu 41 napadeného rozhodnutí, v němž žalovaný dovozuje, že z předložené účetní dokumentace nevyplývá existence dohody o započtení. Tuto úvahu žalobkyně označuje za mylnou, nezakládající se na správně zjištěném skutkovém stavu. Podrobně se vyjadřuje k pohybu na účtech 365100 a 365300, přičemž popis účetní dokumentace podle žalobkyně najisto osvědčuje, že účetní a daňová evidence svědčí o proúčtování vzájemného započtení závazků a pohledávek mezi žalobkyní a P. L. v celkové výši 100 milionů Kč.
Dále žalobkyně polemizuje se závěry žalovaného týkajícími se účelu emise, ekonomického přínosu emise a potřeb finančních prostředků. Napadené rozhodnutí v bodech 58 až 61 označuje za nepřezkoumatelné, neboť žalovaný pouze konstatoval, že není potřeba se této části věnovat, když zjištění ve výše uvedených bodech rozhodnutí jsou podle něj dostatečná pro závěr o neprokázání oprávněného zdanění úrokových nákladů. Žalovaný v bodě 61 uvádí jako důvod neprokázání účelu emise skutečnost, že prostředky byly použity na nákup nemovitosti B., která byla zakoupena v srpnu 2013. Žalobkyně má za to, že žalovaný zkratkovitě a nesprávně vytrhl z kontextu informaci o uvedené nemovitosti.
Žalobkyně dále polemizuje se závěry žalovaného týkajícími se účelu emise, jejího ekonomického přínosu a potřeb finančních prostředků.
Napadené rozhodnutí v bodech 58 až 61 označuje za nepřezkoumatelné, s tím, že žalovaný pouze konstatoval, že není potřeba se této části věnovat, když zjištění ve bodech 49 a 57 rozhodnutí jsou dostatečná pro závěr o neprokázání oprávněného zdanění úrokových nákladů.
Žalobkyně vysvětlila, že sporné závazky vůči P. L. existovaly, byly způsobilé k řádnému zápočtu, k započtení dle dohody došlo a bylo o nich řádně účtováno.
P. L. uhradil svůj závazek z emisního kurzu ve výši 100 milionů Kč. Emise dluhopisů byla vydána v souladu s emisními podmínkami a ekonomický účel emise byl dán.
Napadené rozhodnutí je tedy nesprávné, jeho závěry jsou žalobkyní vyvráceny, případně je nesrozumitelné a nedostatečně odůvodněné a musí být podrobeno přesnějšímu průzkumu.
V poslední žalobní námitce pak žalobkyně namítla, že platební výměr byl vydán na základě nezákonně zahájené daňové kontroly, protože správce daně nesplnil povinnost vyplývající z § 145 odst. 2 daňového řádu a nevyzval žalobkyni k podání dodatečného daňového tvrzení.
Byla tak zkrácena na právu podat na základě výzvy správce daně dodatečné daňové přiznání.
Důsledkem nezákonně zahájené daňové kontroly je zásah do majetkových práv žalobkyně, spočívající v rozdílné právní úpravě sankce v případě doměření daně na základě daňové kontroly oproti doměření daně na základě dodatečného daňového přiznání.
Žalobkyně odkázala na usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1Afs 183/2014-55. Je tak dán důvod ke zrušení nejen napadeného rozhodnutí, ale i dodatečného platebního výměru.
Žalovaný ve svém vyjádření uvádí, že žalobní argumentace zčásti odpovídá námitkám uplatněným již v odvolacím řízení, na které reagoval v odůvodnění napadeného rozhodnutí. V podrobnostech odkazuje na obsah správního spisu a právní základ shrnutý v bodech [11] až [36] napadeného rozhodnutí. Dále poukazuje na rozsudek Městského soudu v Praze č. j. 10 Af 14/2021-57 ze dne 18. 4. 2024, potvrzený rozsudkem Nejvyššího správního soudu č. j. 6 Afs 117/2024-41 ze dne 29. 1. 2025, v nichž bylo konstatováno, že podmínka dle § 24 odst. 1 zákona č. 586/1992 Sb. nebyla splněna z důvodu zpochybnění samotné emise dluhopisů. Žalovaný má za to, že závěry těchto soudů dopadají i na nyní projednávanou věc.
K námitce týkající se částky 603 204 Kč („Úroky mezi firmami – P.L.“) žalovaný uvádí, že správce daně zvýšil základ daně o celkovou částku 10 403 204 Kč, z čehož uvedená část tvořila jednu položku. Tuto část správce daně řešil ve výsledcích kontrolních zjištění ze dne 20. 10. 2022 a 7. 6. 2023. Žalobkyně však v odvolání proti této části rozhodnutí žádnou námitku nevznesla, a proto se jí žalovaný v napadeném rozhodnutí nezabýval. Odvolací orgán není povinen domýšlet argumentaci za odvolatele.
Ve vztahu k přeměně jednotlivých dluhopisů na hromadnou listinu žalovaný odkazuje na odstavce [40] až [49] napadeného rozhodnutí. Upozorňuje na rozpory v tvrzeních žalobkyně, která v daňové kontrole za roky 2013 a 2014 uváděla, že vydala 2 000 000 kusů listinných dluhopisů, a předložila konkrétní kus s pořadovým číslem 000001. Později však žalobkyně tvrdila, že šlo o vzor předložený omylem. Den před plánovaným jednáním žalobkyně místo jednotlivých dluhopisů předložila hromadnou listinu o hodnotě 100 milionů Kč. V daňové kontrole za rok 2019 žalobkyně předložila pouze předávací protokol hromadné listiny, aniž by doložila, jak bylo naloženo s původními listinnými dluhopisy. Skartace nebyla prokázána a chybí časová posloupnost přeměny. Žalovaný proto označuje tvrzení žalobkyně o vydání dluhopisů formou hromadné listiny za nevěrohodné.
K otázce existence pohledávky započitatelné proti emisnímu kurzu žalovaný uvádí, že závazek žalobkyně vůči P. L. ve výši 90 milionů Kč nebyl prokázán. Společnost TARCU 2190 s.r.o., od níž měla být pohledávka postoupena, v odpovědi na výzvu správce daně ze dne 22. 8. 2018 popřela uzavření jakýchkoli smluv s P. L. Na základě této odpovědi správce daně konstatoval, že pohledávka nebyla prokázána a nemohla být započtena. Žalovaný odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu, který se ztotožnil se závěrem, že žalobkyně neprokázala existenci pohledávky a měnila svá tvrzení bez důkazního podkladu.
Ve vztahu k účetnímu zachycení pohledávky a zápočtu emisního kurzu žalovaný rozlišuje tři účetní případy: vznik pohledávky při emisi dluhopisů, její přeměnu na pohledávku vůči konkrétnímu upisovateli a následnou úhradu zápočtem. Podle žalovaného žalobkyně spojila všechny tři účetní případy do jednoho zápisu, ačkoliv měla použít samostatné účetní doklady. Zůstatky na účtech 365100 a 365300 k 31. 12. 2012 neprokazují, že došlo k úhradě zápočtem. Jednotlivé položky nelze vzájemně přiřadit a účetní podklady neosvědčují, že bylo účtováno o úhradě dle Dohody o započtení ze dne 27. 12. 2012. Žalovaný proto setrvává na názoru, že zápočet nebyl účetně zachycen a námitku nepovažuje za důvodnou.
K procesní námitce týkající se údajně nezákonně zahájené daňové kontroly žalovaný uvádí, že žalobkyně byla výzvou ze dne 22. 2. 2022 vyzvána k podání dodatečného daňového přiznání, která jí byla doručena dne 28. 2. 2022. Žalobkyně na výzvu nereagovala a daňová kontrola byla zahájena až dne 2. 5. 2022. Žalovaný se důrazně ohrazuje proti tvrzení žalobkyně, že výzva nebyla učiněna, a označuje tuto námitku za nedůvodnou.
Při ústním jednání konaném dne 26. 11. 2025 účastníci v zásadě setrvali na svém stanovisku.
Zástupce žalobkyně korigoval poslední žalobní námitku tak, že výzva k podání dodatečného daňového přiznání byla skutečně správcem daně učiněna. Žalobní námitka není proto důvodná a žalobkyně na jejím vypořádání již netrvá.
Statutární orgán žalobkyně pan P. L. se k věci vyjádřil v tom smyslu, že dluhopisy byly emitovány za účelem ekonomické činnosti žalobkyně. Ke zneužití práva na straně žalobkyně nedošlo. Žalobkyně postupovala v souladu s tehdy platnou právní úpravou a nyní vnímá úkorně, že správce daně nyní postup žalobkyně zpochybňuje a neoprávněně žalobkyni doměřuje daně, vadně pak vůči žalobkyni postupují i správní soudy, které práva žalobkyně opakovaně porušují.

III.

Posouzení žaloby

Městský soud v Praze ověřil, že žaloba byla podána včas, osobou k tomu oprávněnou, po vyčerpání řádných opravných prostředků a splňuje všechny formální náležitosti na ni kladené. Soud přezkoumal žalobou napadené rozhodnutí i řízení, které mu předcházelo, v rozsahu žalobních bodů, kterými je vázán (§ 75 odst. 1 a 2 s. ř. s.), přitom vycházel ze skutkového a právního stavu v době vydání rozhodnutí. Jiné vady, k nimž by byl povinen přihlédnout z moci úřední, soud neshledal, a dospěl k závěru, že žaloba není důvodná.
Městský soud v Praze předně konstatuje, že rozsudkem zdejšího soudu ze dne 18. 4. 2024, č. j. 10 Af 14/2021/2021-57, bylo rozhodnuto o žalobě, jíž se žalobkyně domáhala zrušení rozhodnutí žalovaného ze dne 17. 5. 2021, č. j. 17599/21/5200-11434-707603, jímž bylo zamítnuto odvolání žalobkyně proti rozhodnutím – dodatečným platebním výměrům Finančního úřadu pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“), ze dne 17.3.2020, čj. 2097346/20/2007-50521-111551 a ze dne 20.3.2020, čj. 2100439/20/2007-50521-111551. Jádrem věci bylo posouzení, zda žalobkyně prokázala za zdaňovací období 2013 a 2014 oprávněnost uplatnění nákladových úroků z dluhopisů v souhrnné výši 13 800 000 Kč podle ustanovení § 24 odst. 1 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP“). Upisovatelem dluhopisů, které žalobkyně emitovala dne 28. 12. 2012 v počtu 2 mil. kusů o jmenovité hodnotě 50 Kč, zde byl P. L., jenž se podílel na vedení žalobkyně jako statutární orgán a zároveň vlastnil 88% podíl na základním kapitálu žalobkyně. K úhradě emisního kurzu následně došlo formou zápočtu pohledávek. Jde tedy o skutkově totožnou věc, pouze ve vztahu k jinému zdaňovacímu období.
Uvedeným rozsudkem byla žaloba zamítnuta. Kasační stížnost proti rozsudku městského soudu (dále též jako „rozsudek desátého senátu“) pak zamítl Nejvyšší správní soudu rozsudkem ze dne 29. 1. 2025, č. j. 6Afs 117/2024-41. Nejvyšší správní soud pod bodem 19 rozsudku vyslovil, že: „V souvislosti se stěžovatelkou uplatněnými výdaji (náklady) v podobě úroků z dluhopisů správce daně zpochybnil již to, že emise dluhopisů proběhla podle emisních podmínek (tj. že vůbec došlo k vydání dvou milionů kusů listinných dluhopisů, které pak mohly být nahrazeny hromadnou listinou), jakož i to, že upisovatel zaplatil emisní kurz (zpochybnění tvrzení o existenci pohledávky společnosti TARCU 2190 s.r.o. vůči stěžovatelce a jejím postoupení na P. L., který ji následně měl použít k úhradě emisního kurzu). Stěžovatelka v této souvislosti v řízení nepřinesla žádné relevantní důkazy, jimiž by tyto pochybnosti dokázala rozptýlit. Byla-li tedy zpochybněna samotná podstata celé transakce s dluhopisy mezi stěžovatelkou a P. L.., tj. emise dvou milionů kusů dluhopisů a uhrazení emisního kurzu upisovatelem, je zjevné, že stěžovatelka nemohla do daňově účinných výdajů (nákladů) podle § 24 zákona o daních z příjmů úroky za tyto dluhopisy zahrnout.“
Osmý senát městského soudu v nyní řešené věci plně na závěry obou rozsudků (jak soudu zdejšího, tak Nejvyššího správního soudu) plně odkazuje a je s nimi ztotožněn. Zjištěné skutkové okolnosti neodůvodňují případné odchýlení se od dříve již ve věci vyslovených právních závěrů.
Z obsahu správního spisu se podává následující:
Správce daně vydal vůči žalobkyni výzvu k podání dodatečného daňového přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2019 do 31. 12. 2019.
V odůvodnění výzvy uvedl, že na základě daňové kontroly za roky 2013 a 2014 byly doměřeny finanční náklady – úroky z dluhopisů, které žalobkyně zaúčtovala jako daňově účinné, ačkoliv neprokázala jejich oprávněnost podle § 24 odst. 1 ZDP. Upisovatel dluhopisů, P. L., byl kapitálově propojen s daňovým subjektem.
Ve výkazu zisku a ztráty k 31. 12. 2019 žalobkyně uvedla nákladové úroky ve výši 20 405 tis. Kč, přičemž v tabulce A daňového přiznání upravila výsledek hospodaření pouze o částku 653 461 Kč. Správce daně z těchto údajů dovodil, že žalobkyně i v roce 2019 uplatnila úroky z dluhopisů jako daňově uznatelné náklady, čímž neoprávněně snížila svou daňovou povinnost.
Z těchto důvodů správce daně vyzval žalobkyni k podání dodatečného daňového přiznání, ve kterém měla upravit výsledek hospodaření o částku neoprávněně uplatněných úroků z dluhopisů.
Dne 4. 5. 2022 zahájil správce daně daňovou kontrolu daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2019 ve zúženém rozsahu, zaměřeném na ověření správnosti zahrnutí nákladových úroků do základu daně a vykázání záporných položek aktiv rozvahy.
Po provedené kontrole zvýšil správce daně základ daně o částku 10 403 204 Kč podle § 24 odst. 1 ZDP, a to:

o částku 603 204 Kč za úroky mezi firmami – P. L.,

o částku 9 800 000 Kč za úroky z dluhopisů emitovaných na konci roku 2012.

Správce daně vyšel ze zjištění, že dluhopisy byly emitovány dne 28. 12. 2012 v počtu 2 miliony kusů, každý o jmenovité hodnotě 50 Kč, s roční úrokovou sazbou 9,8 % a splatností do 31. 12. 2027. Upisovatelem byl P. L., který byl statutárním orgánem žalobkyně a vlastnil 88% podíl na základním kapitálu.
V průběhu kontroly správce daně vydal výzvu k prokázání skutečností ze dne 22. 6. 2022, na kterou žalobkyně nereagovala. Následně byla seznámen s dosavadním výsledkem kontrolního zjištění ze dne 20. 10. 2022, ke kterému se vyjádřila a navrhla jeho doplnění. Správce daně provedl doplnění dokazování.
Žalobkyně uvedla, že další podklady byly předloženy při předchozí kontrole vedené Finančním úřadem pro Olomoucký kraj, a správce daně proto zařadil do spisu i písemnosti týkající se kontrol za roky 2013 a 2014.
Dne 7. 6. 2023 byla žalobkyně seznámena s druhým výsledkem kontrolního zjištění, na který reagovala dne 10. 7. 2023, avšak bez předložení nových důkazů. Výsledek kontrolního zjištění se nezměnil a daňová kontrola byla ukončena dne 10. 8. 2023 doručením Zprávy o daňové kontrole.
Na základě této zprávy byl vydán dodatečný platební výměr, proti němuž žalobkyně podala odvolání dne 20. 9. 2023. V odvolání navrhla zrušení výměru v plném rozsahu, avšak konkrétními námitkami nebrojila proti kontrolnímu zjištění č. 1.
O žalobních námitkách uvážil městský soud následujícím způsobem.
Soud se nejprve zabýval otázkou přezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí, neboť pouze rozhodnutí, které je přezkoumatelné, může být podrobeno meritornímu přezkumu. Rozhodnutí správního orgánu je obecně nepřezkoumatelné, pokud:

- neobsahuje dostatečné skutkové a právní odůvodnění,

- je vnitřně rozporné nebo nelze zjistit, z jakých úvah správní orgán vycházel,

- nejsou zřejmé důvody, pro které správní orgán rozhodl právě takto, nebo

- chybí reakce na zásadní argumentaci účastníka řízení.

Nepřezkoumatelnost může být dána jak pro nedostatek důvodů, tak pro nesrozumitelnost. K tomu srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 6. 2004, čj. 5 A 157/2002-35, podle něhož: „Rozhodnutí správního orgánu je nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů tehdy, jestliže z něj není patrno, jakými úvahami se správní orgán řídil při hodnocení důkazů a při aplikaci právních předpisů.“
V projednávané věci soud konstatuje, že napadené rozhodnutí nevykazuje znaky nepřezkoumatelnosti. Z jeho obsahu je zřejmé, jakými skutkovými zjištěními a právními úvahami se žalovaný řídil. Rozhodnutí obsahuje podrobný popis průběhu daňové kontroly, identifikaci jednotlivých sporných položek, právní kvalifikaci podle zákona č. 586/1992 Sb., a reakci na argumentaci žalobkyně, včetně odkazu na relevantní judikaturu.
Soud proto uzavírá, že napadené rozhodnutí je řádně odůvodněné, srozumitelné a přezkoumatelné, a lze jej podrobit dalšímu přezkumu v rámci soudního řízení.
Uvedený závěr platí i ve vztahu k prvé žalobní námitce – absenci odůvodnění napadeného rozhodnutí ve vztahu k částce 603 204 Kč „Úrok mezi firmami – P.L.“
Žalovaný se v přezkoumávaném rozhodnutí vskutku této části zvýšeného základu daně nikterak nevěnuje.
Podle § 114 odst. 2 věta prvá zákona. č. 280/2009 Sb., daňový řád (dále jen „daňový řád“), odvolací orgán přezkoumá odvoláním napadené rozhodnutí vždy v rozsahu požadovaném v odvolání.
Přezkumu odvolacím orgánem je postaven na kombinaci zásady dispoziční a částečně i na principu revizním (§114 odst. 3 daňového řádu). Odvolací orgán je povinen se zabývat všemi důvody, které odvolatel v odvolání a jeho případných doplňcích namítal, a se svými závěry ke všem odvolacím důvodům se musí vypořádat v odůvodnění rozhodnutí. Odvolací důvody vymezují minimální rozsah provedeného přezkumu.
Platí, že: „Odvolací orgán však není omezen rozsahem odvolacích důvodů, a rozhodnutí se tak může odchýlit od odvolatelem požadovaného rozhodnutí. Není však povinen přezkoumat z úřední povinnosti zákonnost rozhodnutí v celém rozsahu (jak tomu bylo např. ve správním řízení za účinnosti předchozího správního řádu), musí však zohlednit všechny nové skutečnosti, které v průběhu odvolacího řízení vyjdou najevo a mohou ovlivnit zákonnost rozhodnutí, bez ohledu na to, zda je odvolatel v odvolání uplatnil.“ [viz § 114 (Odvolací orgán a rozsah přezkoumání). In: BAXA, Josef, Ondřej DRÁB, Lenka KANIOVÁ, Petr LAVICKÝ, Alena SCHILLEROVÁ, Karel ŠIMEK a Marie ŽIŠKOVÁ. Daňový řád: Komentář [Systém ASPI]. Wolters Kluwer [cit. 2025-10-24]. ASPI_ID KO280_2009CZ. Dostupné v Systému ASPI. ISSN: 2336-517X.]
V podaném odvolání žalobkyně (viz bod 40 tohoto rozsudku) proti dodatečnému platebnímu výměru v té části, která se týká částky 603 204 Kč označené jako „Úrok mezi firmami – P.L.“ nic neuvádí. Žalovaný nebyl povinen se v odůvodnění napadeného rozhodnutí v této části zabývat přezkumem dodatečného platebního výměru, neboť v podaném odvolání žalobkyně vůči ní ničeho nenamítala.
Soud nepokládá za důvodnou rovněž stěžejní žalobní argumentaci směřující k daňové účinnosti tvrzeného výdaje.
Podle § 24 odst. 1 zákona 586/1992 Sb., výdaje (náklady) vynaložené na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů se pro zjištění základu daně odečtou ve výši prokázané poplatníkem a ve výši stanovené tímto zákonem a zvláštními předpisy. Ve výdajích na dosažení, zajištění a udržení příjmů nelze uplatnit výdaje, které již byly v předchozích zdaňovacích obdobích ve výdajích na dosažení, zajištění a udržení příjmů uplatněny. Pokud poplatník účtuje v souladu se zvláštním právním předpisem některé účetní operace kompenzovaně, posuzují se náklady, jejichž uznatelnost je limitována výší příjmů s nimi souvisejících, obdobně jako by byly účtovány odděleně náklady a výnosy.
Účelem emise (korunových) dluhopisů má být zajištění financování emitenta, který je následně oprávněn uplatnit úrokový náklad, jímž snížil základ příjmové daně. Zákonem stanovená možnost emise dluhopisů tak představuje jakousi pobídku k financování podnikání získáním finančních prostředků dluhem z cizích zdrojů.
Cílem a účelem citovaného zákonného ustanovení je podle setrvalé judikatury Ústavního soudu podpora podnikání (obnovování techniky, hmotného investičního majetku, rozvoj podnikání a podobně). Zároveň musí mít správce daně k dispozici nástroje, které mu umožní zamezit spekulativnímu snižování základu daně. (Nález Ústavního soudu sp. zn. II. ÚS 438/2001 z 2. 10. 2002 a usnesení téhož soudu sp. zn. II. ÚS 67/2000 z 23. 4. 2001). Při posuzování, zda lze určité výdaje považovat za výdaje vynaložené na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů, tak je zpravidla nutno vždy zohlednit skutečnou ekonomickou podstatu právních vztahů, s nimiž dané výdaje souvisejí (rozsudek NSS č. j. 2 Afs 39/2006–75 z 20. 12. 2006). Možnost posuzování skutečné povahy výdajů není v rozporu s principem smluvní svobody, neboť tu nelze v moderním právním státě zneužít k jednání neslučitelnému s veřejným zájmem, jakým řádný výběr daní nepochybně je (viz usnesení sp. zn. II. ÚS 67/2000).
Z obsahu správního spisu se podává (a desátý senát městského soudu ve shora uvedeném rozsudku dospěl ke stejným skutkovým závěrům), že žalobkyně v daňové kontrole 2013, 2014 nejprve tvrdila, že vydala 2 000 000 kusů dluhopisů „Dluhopis JACOBO 9,8/2027“ na jméno v nominální hodnotě jednoho dluhopisu 50 Kč. Na podporu svého tvrzení předložil mimo jiné listinu „Dluhopis JACOBO 9,8/2027 s pořadovým číslem 60561-806442 ze dne 7. 8. 2017). Dále byl dne 9. 10. 2017 (evidováno pod č.j. 1825836/17) předložen předávací protokol ze dne 28. 12. 2012, podle kterého tohoto dne převzal P. L. 2 000 000 kusů dluhopisů v listinné podobě, na jméno, o jmenovité hodnotě jednoho dluhopisu 50 Kč. Vzhledem k velkému rozsahu množství kusů listin, což by dle správce daně představovalo asi 800 krabic (o rozměrech 210x297x275 mm), chtěl správce daně v daňové kontrole 2014, 2015 tuto skutečnost ověřit, a proto požadoval předložení vydaných dluhopisů v listinné podobě v počtu 2 miliony kusů tak, jak to vyplývalo z předloženého Předávacího protokolu o předání 2 000 000 kusů dluhopisů. Den před dohodnutým termínem jednání zaslal zástupce žalobkyně e-mail, že jednání ruší a předkládá hromadnou listinu o celkové hodnotě 100 000 000 Kč nahrazující 2 mil. kusů dluhopisů.
V daňové kontrole za zdaňovací období 2019 žalobkyně předložila Předávací protokol hromadné listiny o celkové jmenovité hodnotě 100 000 000 Kč nahrazující 2 000 000 kusů dluhopisů JACOBO 9,8/2027“ ze dne 28. 12. 2012. Správce daně v daňové kontrole za zdaňovací období 2019 k totožnému závěru, jako v daňové kontrole za zdaňovací období 2013, 2014. Správce daně tak nerozporoval možnost existence hromadné listiny, avšak uzavřel, že žalobkyně neprokázala přeměnu jednotlivých dluhopisů v hromadnou listinu.
Městský soud se ztotožňuje se závěry žalovaného, že žalobkyně (kterou stíhá důkazní břemeno) v daňovém řízení neprokázala, že emise proběhla podle emisních podmínek, resp., že vůbec došlo k vydání dvou milionů kusů listinných dluhopisů, které pak mohly být nahrazeny hromadnou listinou.
Žalobkyně v podané žalobě namítá, že v řízení bylo postaveno na jisto, že emise dluhopisů proběhla v souladu s emisními podmínkami. Pochybnost ohledně způsobu naložení s nimi, stejně jako pochybnost týkající se faktické existence těchto listin, není relevantní pro zpochybnění platnosti emise. Součástí emise nebylo vydání jednotlivých dluhopisů a jejich následné nahrazení hromadnou listinou, ale vydání dluhopisu právě formou vydání hromadné listiny, byť jen nahrazující, což umožňuje jak zákon, tak emisní podmínky.
Městský soud se plně ztotožňuje se závěry žalovaného, podle nichž správce daně získal protokol o předání 2 milionů kusů dluhopisů P. L. Žalobkyně následně tvrdila, že mu byla předána hromadná listina, avšak nevysvětlila, jak bylo naloženo se 2 miliony kusů listin o velikosti A4. Skartace těchto dokumentů přitom nebyla doložena, stejně tak nebyl předložen předávací protokol hromadné listiny. Soud nepokládá za důkaz hromadnou listinu, která by ozřejmila samotný průběh přeměny jednotlivých dluhopisů na hromadnou listinu, a žalobkyně žádným způsobem tento rozpor přesvědčivě nevysvětlila.
Pokud tedy správce daně dospěl k závěru, že žalobkyně neprokázala přeměnu jednotlivých dluhopisů v hromadnou listinu, městský soud se s tímto závěrem ztotožňuje. Tak jak konstatoval Nejvyšší správní soud ve shora již citovaném rozsudku, vzhledem k chronologickému sledu událostí a postupným změnám ve výpovědích žalobkyně nelze za věrohodné vysvětlení považovat tvrzení, že žalobkyně skutečně nejprve vydala dluhopisy jako hromadnou listinu a poté předložila protokol o převzetí 2 milionů kusů, aniž by se zmínila o hromadné listině, což učinila až den před jednáním (viz bod 20 rozsudku ze dne 29. 1. 2025, č. j. 6Afs 117/2024-41).
Potom je tedy správný závěr žalovaného, že přetrvávají pochybnosti, zda emise dluhopisů proběhla podle emisních podmínek.
Městský soud v Praze se rovněž zcela ztotožňuje se závěry, které žalovaný učinil ve vztahu k namítané sporné existenci pohledávky započitatelné proti emisnímu kurzu žalobce. Žalobkyně v podané žalobě tvrdí, že o závazku ve výši 90 000 000 Kč bylo řádně účtováno a jeho existence byla prokázána vůči správci daně. Městský soud má však za to, i v souladu se závěry žalovaného, že toto prokázáno nebylo.
Žalovaný se s odvolací námitkou vypořádává přehledem interního dokladu předloženého žalobkyní č. 12IN/0658 ze dne 28. 12. 2012– „zaúčtování emise na účet 473000“. Žalovaný uvádí následující:
Emise byla zaúčtována na účet 473000 – Emitované dluhopisy, s protiúčtem na straně MD účtu 365100 - Ostatní závazky – P. L. ve výši 95 600 000 Kč a účtu 365300 Vklad P. L. – La Trans ve výši 4 400 000 Kč. Avšak z předloženého Pohybu na účtu od 1. 1. 2012 do 31. 12. 2012, účet 365100 - Ostatní závazky – vklad P. L. a Pohybu na účtu od 1. 1. 2012 do 31. 12. 2012, účet 365300 – Ostatní závazky P. L. – La Trans, vyplývá, že v účetnictví daňového subjektu za účetní období roku 2012 nebylo o úhradě emisního kurzu dle Dohody o započtení ze dne 27. 12. 2012 vůbec účtováno.
Městský soud shledává žalobní námitku nedůvodnou. Žalobkyně v podané žalobě neuvádí žádné oponentní argumenty a nepředkládá vlastní vysvětlení existence pohledávky, které by rozptýlilo pochybnosti vyslovené správcem daně a žalovaným. Za této situace nelze považovat za prokázané, že pohledávka započitatelná proti emisnímu kurzu skutečně existovala. Správce daně i žalovaný proto postupovali v souladu se zákonem, když dospěli k závěru, že žalobkyně neunesla důkazní břemeno ohledně této skutečnosti. V účetnictví žalobce za účetní období roku 2012 nebylo o úhradě emisního kurzu dle Dohody o započtení ze dne 27. 12. 2012 vůbec účtováno a účetní zápisy nejsou účetními zápisy zaznamenávajícími transakci úhrady dle Dohody o započtení, navíc vzhledem ke skutečnosti, že existence závazků žalobce ve výši 90 000 000 Kč vůči P. L. nebyla prokázána.
Městský soud odkazuje na podrobné závěry, uvedené v rozsudku desátého senátu, v nichž soud (konkrétně pod body 81 až 93) podrobně vysvětluje, proč pokládá tvrzení žalobkyně za neprokázaná. Se závěry zde uvedenými, s nimiž se ztotožnil i Nejvyšší správní soud, pak městský soud ve věci nyní řešené beze zbytku souhlasí. V podané žalobě ani při ústním jednání nezaznělo ničeho, s čím by se žalovaný v napadeném rozhodnutí již nevypořádal.
Pokud jde o ekonomický přínos dluhopisů, městský soud předně odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2025, č. j. 6Afs 117/2024-41, který pod bodem 15 uvádí: „Podle konstantní judikatury Nejvyššího správního soudu lze za výdaje (náklady) snižující daňový základ poplatníka uznat pouze takové výdaje (náklady), které poplatník: 1) skutečně vynaložil, 2) vynaložil v souvislosti se získáním zdanitelných příjmů, 3) vynaložil v daném zdaňovacím období, 4) o nichž tak stanoví zákon. Zákonným požadavkem, jenž musí výdaj (náklad) splnit, aby byl daňově uznatelným, je tedy mj. jeho faktické vynaložení daňovým subjektem (rozsudek NSS ze dne 19. 2. 2009, č. j. 1 Afs 132/2008–82, ze dne 7. 11. 2012, č. j. 1 Afs 71/2012–35, bod 20, ze dne 16. 5. 2019, č. j. 5 Afs 349/2017–39, či ze dne 8. 8. 2024, č. j. 3 Afs 330/2022–42, bod 33)“.
V podané žalobě žalobkyně uvádí, že v průběhu daňového řízení opakovaně deklarovala, že účelem emise dluhopisů bylo primárně využití změny financování, která měla být pro žalobkyni výhodná, nikoli získání nových finančních prostředků, ale zajištění finanční stability. V rámci ústního jednání žalobkyně dále uvedla, že v průběhu daňového řízení prokazovala způsob investování, přičemž odkazovala na investice do nemovitostí, které však blíže nespecifikovala. Městský soud proto nemůže uzavřít, zda účelem emise měla být i koupě nemovitosti, o níž žalobkyně hovoří v bodě 25 žaloby, a žalovaný v bodě 61 napadeného rozhodnutí, s tím, že tato nemovitost byla ke dni emise již zakoupena a po vydání emise prodána. Bližší vysvětlení k této obchodní transakci žalobkyně nepodala ani v žalobě, ani v rámci konaného ústního jednání.
Správce daně ve zprávě o daňové kontrole vypracoval následující přehled.
Tabulka: Nákladové úroky ve zdaňovacích obdobích (v tis. Kč)

Zdaňovací období	2012	2013	2014	2015	2016	2017	2018	2019
Nákladové úroky	6941	12348	9898	16835	9866	16111	19545	20405

Z uvedených skutečností je zřejmé, že emise dluhopisů nenapomohla dosažení finanční stability žalobkyně a nepředstavovala plně ekonomický přínos. Nákladové úroky se v průběhu zdaňovacích období postupně zvyšovaly, což znamenalo spíše rostoucí finanční zátěž pro žalobkyni. Na druhé straně je třeba uvést, že současně docházelo ke snižování základu daně pro výpočet daně z příjmů právnických osob, což mělo vliv na celkovou daňovou povinnost žalobkyně.
Tento stav vyvolává pochybnosti o přiměřenosti ekonomického důvodu emise dluhopisů. Pokud hlavním efektem emise bylo snížení daňového základu, zatímco nákladové úroky dlouhodobě převyšovaly případný ekonomický přínos, nelze takový postup považovat za racionální z hlediska finanční stability. Emise se tak jeví spíše jako nástroj daňové optimalizace než jako opatření směřující k posílení ekonomické pozice žalobkyně.
Za této situace je nutné hodnotit skutkový stav v souladu se zásadou materiální pravdy podle § 8 odst. 3 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, tedy zjišťovat skutečný obsah právního jednání a jeho ekonomický smysl, nikoli pouze formální stránku transakce.
Z uvedených skutečností je zřejmé, že emise dluhopisů nenapomohla dosažení finanční stability žalobkyně a nepředstavovala plně ekonomický přínos. Nákladové úroky se v průběhu zdaňovacích období postupně zvyšovaly, což znamenalo spíše rostoucí finanční zátěž pro žalobkyni. Na druhé straně je třeba uvést, že současně docházelo ke snižování základu daně pro výpočet daně z příjmů právnických osob, což mělo vliv na celkovou daňovou povinnost žalobkyně.
Tento stav vyvolává pochybnosti o přiměřenosti ekonomického důvodu emise dluhopisů. Pokud hlavním efektem emise bylo snížení daňového základu, zatímco nákladové úroky dlouhodobě převyšovaly případný ekonomický přínos, nelze takový postup považovat za racionální z hlediska finanční stability. Emise se tak jeví spíše jako nástroj daňové optimalizace než jako opatření směřující k posílení ekonomické pozice žalobkyně.
Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 29. 1. 2025, č. j. 6 Afs 117/2024‑41, zdůraznil, že pokud někdo získal z transakce ekonomický přínos, byl to upisovatel, nikoli emitent, a že stěžovatelka (žalobkyně) neprokázala skutečnou potřebu finančních prostředků. Soud konstatoval, že předkládání různých verzí účelu emise (od obnovy vozového parku přes nákup nemovitostí až po pouhou záměnu úvěrových instrumentů) svědčí o absenci jasného ekonomického důvodu. Takový náklad nelze považovat za daňově účinný.
K poslední žalobní námitce – nezákonnosti zahájení daňové kontroly - městský soud v obecné rovině konstatuje následující.
Podle § 87 odst. 4 daňového řádu, dojde-li k zahájení daňové kontroly bez předchozí výzvy k podání daňového tvrzení, ačkoli byl naplněn důvod pro vydání této výzvy, nemá tato skutečnost vliv na účinky tohoto zahájení. Daňovému subjektu nevzniká povinnost uhradit penále z částky daně stanovené na základě takto zahájené daňové kontroly.
Platí, že dojde-li k zahájení daňové kontroly bez předchozí výzvy k podání daňového tvrzení, ačkoli byl naplněn důvod pro její vydání, nemá tato skutečnost vliv na účinky zahájení daňové kontroly. Zároveň však daňovému subjektu nevzniká povinnost uhradit penále z částky daně stanovené na základě takto zahájené daňové kontroly. Jelikož výzva k dodatečnému daňovému přiznání byla ze strany správce daně učiněna, což žalobkyně při ústním jednání učinila nesporným, je žalobní námitka bezpředmětná.

IV.

Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

S ohledem na vše shora uvedené dospěl soud k závěru, že rozhodnutí žalovaného, kterým bylo odvolání žalobkyně zamítnuto, bylo vydáno v souladu se zákonem a shora uvedené žalobní námitky uplatněné žalobkyní nejsou důvodné. Soudu tedy nezbylo, než žalobu jako nedůvodnou podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítnout.
Výrok o nákladech řízení má oporu v § 60 odst. 1 s. ř. s., podle něhož nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Žalobkyně v řízení úspěšná nebyla, proto jí právo na náhradu nákladů řízení nepřísluší. Žalovanému, který měl v řízení plný úspěch, však žádné náklady spojené s tímto řízením nad rámec jeho běžné administrativní činnosti nevznikly, proto soud rozhodl, že se žádnému z účastníků náhrada nákladů řízení nepřiznává.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha 26. listopadu 2025

JUDr. Slavomír Novák v.r.

předseda senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje J. V.