Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Ivo Pospíšila, soudkyně Sylvy Šiškeové a soudce Ondřeje Bartoše v právní věci žalobce: J. G., zastoupen JUDr. Ing. Hanou Skalickou, Ph.D., BA, advokátkou se sídlem Staroměstské náměstí 88, Mladá Boleslav, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 12. 9. 2024, č. j. 28194/24/5200‑10422‑713122, v řízení o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 22. 4. 2026, č. j. 15 Af 15/2024 ‑ 66,
takto:
I. Kasační stížnost se zamítá.
II. Žalobce nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
III. Žalovanému se náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti nepřiznává.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] V projednávané věci se Nejvyšší správní soud zabýval prekluzí práva stanovit daň (§ 148 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád) v souvislosti s předložením této otázky rozšířenému senátu (usnesení NSS ze dne 27. 3. 2026, č. j. 8 Afs 46/2025 ‑ 67). Ostatní námitky byly totiž nepřípustné.
[2] Žalobce se v rámci své podnikatelské činnosti zabýval nákupem ojetých motorových vozidel v zemích EU a jejich dovozem a prodejem v tuzemsku. Správce daně provedl u žalobce daňovou kontrolu, na jejímž základě mu doměřil daň z příjmu fyzických osob za zdaňovací období let 2016, 2017 a 2018 prostřednictvím pomůcek a stanovil penále, vše v celkové ve výši 1 588 455 Kč. Žalovaný napadeným rozhodnutím snížil doměřenou daň na 1 290 109 Kč a s tím i uloženou povinnost uhradit penále na 258 023 Kč.
[3] Krajský soud v Ústí nad Labem následně podanou žalobu zamítl napadeným rozsudkem. Předně shledal, že postup správce daně před formálním zahájením daňové kontroly nepřekročil meze vyhledávací činnosti (body 31 až 41 napadeného rozsudku), a proto nedošlo k dřívějšímu tzv. materiálnímu zahájení daňové kontroly. Současně provedená mezinárodní dožádání nebyla zjevně bezúčelná, neboť měla ozřejmit, zda osoby deklarované jako prodávající žalobce znají a za jakých podmínek mezi nimi proběhla transakce (body 42 až 47 tamtéž). Mezinárodní dožádání přitom nebylo nutné provádět u všech vozidel, protože u části z nich byly okolnosti prodeje natolik zatemněné, že dožádání nemělo smysl (bod 48 tamtéž). K marnému uplynutí prekluzivní lhůty tedy nedošlo (body 49 až 53 tamtéž).
[4] Dále krajský soud uvedl, že žalobce nemohl mít legitimní očekávání, pokud jde o dostatečnost předkládaných kupních smluv. Nijak totiž neprokázal, že se mu dostalo konkrétního ujištění v souvislosti s prověřováním stěžovatelovy matky v letech 2011 a 2012, která měla provozovat stejnou činnost se stejnými smlouvami. Ty měl mít správce daně za dostatečné (body 54 až 60 napadeného rozsudku). Vadou nebylo ani neprovedení navržených výslechů svědků (body 66 až 69 tamtéž). Nakonec krajský soud uzavřel, že předložené kupní smlouvy nemohly být důkazem, protože údaje na nich byly nečitelné, pročež stanovení daně na základě pomůcek bylo v souladu se zákonem (bod 72 tamtéž).
II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření účastníků řízení
II.a Kasační stížnost
[5] Žalobce (dále jen „stěžovatel“) napadl rozsudek krajského soudu kasační stížností. V ní navrhl, aby Nejvyšší správní soud rozsudek zrušil a věc krajskému soudu vrátil k dalšímu řízení.
[6] Stěžovatel předně rozporoval závěr o tom, že daň byla stanovena před uplynutím prekluzivní lhůty. Dle jeho názoru správce daně materiálně zahájil daňovou kontrolu nejpozději v okamžiku předání veškerých požadovaných podkladů. Před formálním zahájením se navíc uskutečnilo i ústní jednání, stěžovatel předložil správci daně rozsáhlé podkladů z účetnictví a ten také učinil výzvy směrem k obchodnímu partnerovi stěžovatele. Správce daně tak prověřoval skutečnosti rozhodné pro stanovení daně již před formálním zahájením daňové kontroly. Navíc ani mezinárodní dožádání nebyla účelná. Jak uvedl sám správce daně ve zprávě o daňové kontrole, když vypořádával důkazní návrhy stěžovatele, šetření u zahraničních soukromých osob, které nemají povinnost uchovávat doklady a jejichž identita není zřejmá, v žádném případě nemohlo vést k zjištění skutkového stavu.
[7] Dále stěžovatel namítal, že správce daně předložené kupní smlouvy nevzal v úvahu a daň nezákonně stanovil na základě pomůcek. Navíc správce daně nepoužil dostatečně srovnatelných subjektů, v důsledku čehož ve výpočtu uplatnil příliš vysokou marži. Současně se stěžovatel dovolával legitimního očekávání, které měl založit výsledek dřívějšího místního šetření u jeho matky. V jejím případě správce daně akceptoval obdobné smlouvy, které nyní předložil stěžovatel.
II.b Vyjádření žalovaného
[8] Žalovaný se ve vyjádření ke kasační stížnosti plně ztotožnil s názorem krajského soudu ohledně běhu prekluzivní lhůty. Před formálním zahájením daňové kontroly totiž správce daně důkazy pouze shromažďoval, nikoliv hodnotil či kontroloval. Také uvedl, že vyhledávací činnost probíhala krátkou dobu a brzy na to daňovou kontrolu zahájil. K výzvě Nejvyššího správního soudu k tomu doplnil, že je lhostejno, zda k přerušení prekluzivní lhůty došlo materiálně dle tvrzení stěžovatele anebo až spolu s formálním zahájením daňové kontroly. V obou případech totiž neuplynula před stanovením daně.
[9] K mezinárodním dožádáním žalovaný uvedl, že mířila na ověření stěžovatelových tvrzení ohledně výše uplatněných výdajů, které stěžovatel nijak nedoložil. Z odpovědí přitom vyplynuly podstatné informace – například některé převody se uskutečnily za výrazně nižší cenu nebo předložená smlouva měla zcela jiný formát; podle některých odpovědí k převodu vůbec nedošlo nebo vozidla byla zlikvidována. K tvrzení ve zprávě o daňové kontrole žalovaný doplnil, že je zřejmé, že se vztahuje pouze k převodům vozidel od fyzických osob nepodnikatelů s tím, že německé daňové orgány odmítaly provádět takto široké šetření u podlimitních částek. Proto správce daně provedl šetření u právnických osob.
[10] Dále žalovaný poukázal na to, že stěžovatel námitku ohledně použití pomůcek uplatnil v žalobě velmi obecně a nerozporoval výši užité marže. Přechod na pomůcky přitom považuje za správný a zákonný. Za nedůvodné poté označil i námitky ohledně legitimního očekávání, které stěžovatel obdobně uplatňuje v celém daňovém řízení. Navrhl proto, aby Nejvyšší správní soud kasační stížnost zamítl.
II.c Vyjádření stěžovatele
[11] Nejvyšší správní soud umožnil stěžovateli, stejně jako žalovanému (viz výše), aby se vyjádřil k materiálnímu zahájení daňové kontroly ve světle řízení před rozšířeným senátem (usnesení NSS č. j. 8 Afs 46/2025 ‑ 67). Stěžovatel k tomu uvedl, že dle jeho názoru může mít řízení před rozšířeným senátem vliv na projednávanou věc. Současně reagoval na argumentaci žalovaného s tím, že k materiálnímu zahájení muselo dojít již žádostí správce daně o předložení účetnictví, která sice není zdokumentována, ale nejde o nepodloženou domněnku. Z postupu správce daně je poté zřejmé, že před formálním zahájením prováděl kontrolní činnost a z podstaty věci hodnotil podklady získané z různých zdrojů. Také připomněl, že pouze při daňové kontrole má daňový subjekt odpovídající práva, která u vyhledávací činnosti postrádá. K materiálnímu zahájení tak došlo již před formálním zahájením. Přerušení řízení do doby rozhodnutí rozšířeného senátu ponechal na úvaze soudu.
III. Právní hodnocení Nejvyššího správního soudu
III.a K nepřípustnosti námitek
[12] Nejvyšší správní soud předně hodnotil přípustnost stěžovatelem uplatněných námitek. Dospěl přitom k závěru, že všechny, s výjimkou námitek proti neuplynutí prekluzivní lhůty, jsou nepřípustné.
[13] Námitka ohledně příliš vysoké marže, kterou správce daně využil ve výpočtu daně prostřednictvím pomůcek, je nepřípustná, jak upozornil žalovaný. Stěžovatel ji totiž neuplatnil v řízení před soudem, jehož rozhodnutí má být přezkoumáno, ač tak učinit mohl [§ 104 odst. 4 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“)].
[14] Ostatní námitky, s výjimkou té směřující proti hodnocení materiálního zahájení daňové kontroly, poté představují téměř doslovnou kopii žalobního textu (včetně překlepu). Jediné úpravy, které kasační stížnost oproti žalobě obsahuje, se týkají drobných změn v uvození odstavců, nahrazení označení „daňového subjektu“ za „stěžovatele“, případně vypuštění některých vět nebo odstavců. Na tom nic nezměnilo ani vyjádření stěžovatele k řízení před rozšířeným senátem, jehož obsah směřoval výlučně k problematice materiálního zahájení daňové kontroly.
[15] Takový způsob kasační argumentace je v rozporu se zákonem a judikaturou a představuje nepřípustné kasační námitky. Kasační stížnost je totiž opravným prostředkem proti pravomocnému rozhodnutí krajského soudu (§ 102 s. ř. s). Důvody, které v ní lze s úspěchem uplatnit, se proto musí upínat právě k tomuto rozhodnutí (srov. např. rozsudek NSS ze dne 11. 7. 2022, č. j. 7 As 411/2021 ‑ 24, bod 8; či usnesení NSS ze dne 3. 6. 2003, č. j. 6 Ads 3/2003 ‑ 73). Kasační stížnost, která beze změny opakuje žalobní tvrzení, představuje nepřípustnou kasační stížnost, resp. obsahuje nepřípustné námitky (usnesení NSS ze dne 30. 6. 2020, č. j. 10 As 181/2019 ‑ 63, č. 4051/2020 Sb. NSS, bod 11; či rozsudek NSS ze dne 16. 5. 2024, č. j. 3 Afs 40/2023 ‑ 44, bod 31). Odmítnutí takové kasační stížnosti nebo námitky je ústavně konformní (např. usnesení ÚS ze dne 22. 11. 2022, sp. zn. II. ÚS 1852/22; nebo ze dne 13. 9. 2023, sp. zn. II. ÚS 2349/23).
[16] Námitky týkající se akceptace kupních smluv jako důkazů a legitimního očekávání stěžovatele jsou tak nepřípustné (§ 104 odst. 4 s. ř. s.).
[17] Kasační soud následně přezkoumal rozsudek krajského soudu v rozsahu přípustných důvodů uvedených v kasační stížnosti, včetně důvodů, ke kterým je povinen přihlížet z úřední povinnosti [§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.]. Kasační stížnost není důvodná.
III.b K prekluzi práva stanovit daň
[18] Stěžovatel v kasační stížnosti dále namítal dřívější materiální zahájení daňové kontroly a neúčelná mezinárodní dožádání a s tím související prekluzi práva stanovit daň. Námitky nejsou důvodné.
[19] Stejně jako v případě výše uvedených námitek, i argumentace stěžovatele ohledně účelnosti mezinárodních dožádání představuje prostou kopii žaloby. Tato kasační námitka by tak byla rovněž nepřípustná (§ 104 odst. 4 s. ř. s.), nicméně otázkou prekluze se musí správní soudy zabývat z úřední povinnosti (nález ÚS ze dne 26. 2. 2009, sp. zn. I. ÚS 1169/07; či rozsudek NSS ze dne 2. 4. 2009, č. j. 1 Afs 145/2008 ‑ 135, č. 1851/2009 Sb. NSS).
[20] S ohledem na to, že stěžovatel nijak relevantně hodnocení účelnosti mezinárodních dožádání ze strany krajského soudu v kasační stížnosti nezpochybnil, považuje Nejvyšší správní soud za dostatečné odkázat na zdůvodnění účelnosti ze strany krajského soudu, se kterým se ztotožňuje (body 46 až 48 napadeného rozsudku). Ostatně pokud by stěžovatel otázku mezinárodních dožádání a prekluze v kasační stížnosti nijak „nezvedl“ (přičemž uplatnění nepřípustné námitky se z hlediska důsledků obecně rovná neuplatnění námitky), tak by soud nemusel svůj závěr o neuplynutí prekluzivní lhůty výslovně nijak odůvodňovat (rozsudek NSS ze dne 16. 7. 2009, č. j. 9 Afs 106/2008 ‑ 100; či nověji ze dne 26. 6. 2025, č. j. 8 Afs 259/2024 ‑ 43, bod 34).
[21] K prekluzi v důsledku dřívějšího materiálního zahájení daňové kontroly (což je jediná námitka, v níž stěžovatel skutečně s krajským soudem polemizuje) poté Nejvyšší správní soud uvádí, že otázka způsobu a okamžiku materiálního zahájení daňové kontroly je v současnosti předložena ke sjednocujícímu rozhodnutí rozšířeného senátu (usnesení NSS č. j. 8 Afs 46/2025 ‑ 67). V projednávané věci ovšem není nutné na toto rozhodnutí vyčkat, protože – jak uvedl žalovaný – ať byl běh prekluzivní lhůty přerušen již ke dni předání podkladů, nebo až spolu s formálním zahájením daňové kontroly, ani v jednom z těchto případů prekluzivní lhůta neuplynula (obdobně viz rozsudek NSS ze dne 22. 4. 2026, č. j. 1 Afs 10/2026 ‑ 38, body 13 až 19).
[22] Pokud by k přerušení prekluzivní lhůty došlo až formálním zahájením daňového kontroly (verze žalovaného), platí stěžovatelem nezpochybněný výpočet běhu lhůty, jak jej provedl krajský soud. Běh prekluzivních lhůt všech kontrolovaných období by byl řádně přerušen formálním zahájením daňové kontroly (§ 148 odst. 3 daňového řádu), následně zastaven v důsledku mezinárodních dožádání [§ 148 odst. 4 písm. f) téhož zákona] a konečně by byla lhůta prodloužena o rok v důsledku oznámení rozhodnutí o stanovení daně v posledních 12 měsících [§ 148 odst. 2 písm. b) téhož zákona]. Ta by tak uplynula dne 2. 7. 2025 (zdaňovací období 2016), dne 10. 4. 2025 (zdaňovací období 2017), resp. dne 6. 4. 2025 (zdaňovací období 2018). Napadené rozhodnutí doručené stěžovateli dne 22. 9. 2024 proto zjevně předchází uplynutí prekluzivní lhůty (podrobně viz body 49 až 53 napadeného rozsudku).
[23] Pokud by lhůtu přerušilo již prvotní poskytnutí dokumentů (verze stěžovatele), platí poukaz žalovaného na to, že dojde pouze k měsíčnímu posunu konce prekluzivní lhůty, aniž by marně uplynula.
[24] V tomto případě by u nejzazšího kontrolovaného zdaňovacího období roku 2016 počala tříletá prekluzivní lhůta běžet (§ 148 odst. 1 daňového řádu) dne 3. 4. 2017 a uplynula by dne 3. 4. 2020. Daňová kontrola by byla poté zahájena dne 27. 1. 2020, v důsledku čehož se u všech kontrolovaných období její běh přerušil a nově by tak uplynula 27. 1. 2023 (§ 148 odst. 3 daňového řádu).
[25] V okamžiku odeslání mezinárodních dožádání dne 17. 12. 2021 by poté z prekluzivní lhůty zbývalo 406 dní. V této délce by poté začala u jednotlivých zdaňovacích období opět běžet po doručení poslední relevantní odpovědi [§ 148 odst. 4 písm. f) téhož zákona]. U roku 2016 to znamená, že poslední odpověď byla doručena 24. 4. 2023 a prekluze by měla nově uplynout dne 3. 6. 2024. V případě roku 2017 poté poslední odpověď byla doručena dne 31. 1. 2023, pročež se konec prekluzivní lhůty posunul na den 12. 3. 2024. A konečně pro rok 2018 počala opět běžet dne 27. 1. 2023 a uplynula by dnem 8. 3. 2024. Správce daně dne 13. 11. 2023 stěžovateli oznámil platební výměr, čímž ve všech obdobích o rok prekluzivní lhůtu prodloužil [§ 148 odst. 2 písm. b) téhož zákona], a ta tak končila až v roce 2025. Napadené rozhodnutí doručené stěžovateli dne 22. 9. 2024 tak i v tomto případě zjevně předchází uplynutí prekluzivní lhůty.
[26] Totéž by platilo v případě, že by daňová kontrola byla zahájena již prvotní žádostí správce daně o dokumenty, kterou stěžovatel ovšem nikterak nedatuje. I pokud by správce daně kontaktoval stěžovatele již dne 1. 12. 2019 a za předpokladu, že by byl tento úkon považován za materiální zahájení daňové kontroly, ani tak by k marnému uplynutí prekluzivní lhůty nedošlo.
[27] S ohledem na řízení probíhající před rozšířeným senátem Nejvyšší správní soud nyní nicméně nedal a ani nemusel dát konečnou odpověď na otázku, zda a k jakému okamžiku správce daně zahájil materiálně daňovou kontrolu. Ve všech myslitelných případech je totiž jisté, že prekluzivní lhůta byla zachována.
IV. Závěr a náklady řízení
[28] Nejvyšší správní soud tak uzavírá, že prekluze práva stanovit daň před řádným stanovením daně v projednávané věci nenastala. I pokud by byla daňová kontrola materiálně zahájena dříve, jak tvrdil stěžovatel, byla by daň stanovena včas, a to i s ohledem na mezinárodní dožádání. Ostatní uplatněné námitky jsou nepřípustné.
[29] Nejvyšší správní soud přípustným kasačním námitkám nepřisvědčil a neshledal ani vadu, ke které by musel přihlédnout z úřední povinnosti. Kasační stížnost proto zamítl podle § 110 odst. 1 poslední věty s. ř. s.
[30] O náhradě nákladů řízení rozhodl kasační soud v souladu s § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatel ve věci neměl úspěch, a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti. Žalovanému v souvislosti s tímto řízením nevznikly žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti. Soud mu tedy náhradu nákladů řízení nepřiznal.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 8. září 2026
Ivo Pospíšil
předseda senátu
