Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Jitky Zavřelové a soudců Tomáše Foltase a Jana Kratochvíla v právní věci žalobkyně: MFC – MORFICO s. r. o., IČO: 255 07 494, se sídlem Olbrachtova 1758, Tišnov, zastoupená JUDr. Ing. Vladimírem Nedvědem, advokátem se sídlem Kostelní náměstí 233/1, Litoměřice, proti žalovanému Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 13. 9. 2024, čj. 27417/24/5200‑11434‑713180, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 12. 12. 2025, čj. 31 Af 40/2024‑62,
takto:
- Rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 12. 12. 2025, čj. 31 Af 40/2024‑62, se ruší.
- Rozhodnutí žalovaného ze dne 13. 9. 2024, čj. 27417/24/5200‑11434‑713180, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
- Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni na náhradě nákladů řízení o žalobě
a o kasační stížnosti částku 47 050 Kč do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám zástupce žalobkyně JUDr. Ing. Vladimíra Nedvěda, advokáta.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Nejvyšší správní soud v projednávané věci posuzoval, zda daňový subjekt unesl důkazní břemeno ve vztahu k výdajům (nákladům) uplatněným v daňovém přiznání podle § 24 odst. 1 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, a zda správce daně porušil povinnost stanovenou v § 92 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, tím, že neprovedl výslech svědků, jejichž výpověď mohla být relevantní pro zjištění skutkového stavu, což plynulo z obsahu daňového spisu.
[2] Finanční úřad pro Jihomoravský kraj (dále „správce daně“) na základě výsledků daňové kontroly doměřil žalobkyni dvěma dodatečnými platebními výměry daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2017 a 2018 a uložil jí povinnost uhradit penále. Správce daně neuznal výdaje (náklady) spojené s některými fakturovanými pracemi, které pro žalobkyni měli provádět externí dodavatelé. Podanou žalobu proti tomuto rozhodnutí zamítl Krajský soud v Brně v záhlaví uvedeným rozsudkem.
II. Rozsudek krajského soudu
[3] Krajský soud posuzoval, zda stěžovatelka ve vztahu k fakturám vystaveným sedmi dodavateli unesla důkazní břemeno stran prokázání vynaložených výdajů (nákladů) na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů dle § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů.
[4] Vůči výdajům (nákladům) spojeným s pracemi dodavatele K. uvedl, že tento dodavatel se měl v roce 2017 podílet na opravě cesty a kanalizace v areálu stěžovatelky a v roce 2018 na zpevnění a opravě skladovací plochy. Krajský soud přisvědčil pochybnostem správce daně stran rozsahu provedených prací a pochybnostem, že tyto práce prováděl dodavatel K. Svědecká výpověď dodavatele tyto pochybnosti nerozptýlila, neboť byla neurčitá a nekonkrétní. Jeho tvrzení, že se na pracích podíleli i jeho údajní spolupracovníci, nebylo způsobilé prokázat, jaké práce tyto osoby prováděly. Krajský soud uvedl, že žalobkyně mohla doložit docházku jednotlivých pracovníků, detailně vedené úkolové listy, jinou evidenci nebo navrhnout svědeckou výpověď, která by pochybnosti správce daně vyvrátila. Ta však další důkazní prostředky nenavrhla, a proto žalovaný správně přijal závěr o neunesení důkazního břemene. Nebylo povinností správce daně bez návrhu žalobkyně předvolat spolupracovníky dodavatele K. Soud také uvedl, že požadavek na prokázání vztahu mezi výnosy a provedenými pracemi nepovažoval za nepřiměřený.
[5] V další části se krajský soud zabýval výdaji (náklady) uplatněnými v souvislosti s deklarovanými plněními poskytovanými obchodními společnostmi BAUKRA (září až listopad 2017 a březen až listopad 2018) a TROPEL (červenec až prosinec 2017). Tyto společnosti měly žalobkyni zajišťovat smluvené práce. Pracovníci společnosti BAUKRA se měli podílet na frézování a balení při výrobě tvárnic, zatímco pracovníci společnosti TROPEL měli vykonávat manipulační práce související s výrobou a skladováním zboží. Krajský soud shrnul pochybnosti správce daně o nepřiměřenosti nákladů vynakládaných na práce externích pracovníků ve vztahu k počtu naskladněných tvárnic. U společnosti BAUKRA přisvědčil, že byla obecně prokázána přítomnost externích zaměstnanců u stěžovatelky. U společnosti TROPEL nebyly vyvráceny pochybnosti ani stran poskytnutí tvrzené služby. U obou společností shrnul, že správce daně přijal pochybnosti o fakturovaném rozsahu provedených prací. S tím se krajský soud ztotožnil a pochybnosti ilustroval na zaúčtovaných výdajích (nákladech) za září 2017. Uvedl, že počet naskladněných tvárnic zůstával v průběhu letních měsíců v zásadě stejný, ačkoli výdaje (náklady) na externí pracovníky výrazně rostly. Tato skutečnost podle krajského soudu podporovala pochybnosti o rozsahu skutečně provedených a fakturovaných prací. Ty nebyly rozptýleny ani dalšími žalobkyní předloženými důkazními prostředky. Z předloženého soupisu provedených prací totiž nebylo zřejmé, kteří konkrétní pracovníci, ve kterých dnech v měsíci, v jakých konkrétních pozicích a jakou konkrétní práci s tvárnicemi prováděli. Nebylo prokázáno, kolik pracovníků mělo u žalobkyně provádět fakturovanou činnost, a zda tuto činnost v tvrzeném rozsahu opravdu vykonali. Soud uzavřel, že pokud žalobkyně vykazovala v některých měsících výrazně vyšší náklady na externí pracovníky, měla být celková produkce a počet externích pracovníků v areálu žalobkyně vyšší. Předložený počet brigádníků (jak byli souhrnně označeni externí pracovníci) však tomuto neodpovídal. Rozsah poskytnutých služeb nepotvrdila ani žádná z navržených svědeckých výpovědí. Krajský soud uzavřel, že žalobkyně neprokázala, jaké konkrétní práce pracovníci externích společností u stěžovatelky vykonávali.
[6] Krajský soud dále posuzoval unesení důkazního břemene ve vztahu k výdajům (nákladům) uplatněným za práce dodavatele I.V.P., jenž měl u stěžovatelky provádět manipulační práce ve výrobě tvárnic a skladování zboží. Krajský soud přisvědčil pochybnostem správce daně, jenž poukázal na nepoměr naskladněných tvárnic a fakturovaných výdajů (nákladů). Tyto pochybnosti neodstranily ani svědecké výpovědi. Část svědků dodavatele vůbec neznala, případně podávala vzájemně rozporná tvrzení. Krajský soud své závěry založil především na svědecké výpovědi skladníka T., podle nějž ve skladu, v němž měli externí pracovníci vykonávat sjednané činnosti, pracoval převážně sám, přičemž externí pracovníci mu poskytovali pouze příležitostnou výpomoc. Vyšší vytíženost v měsíci prosinci (kdy společnost I.V.P. fakturovala plnění) popřel. Krajský soud rovněž přisvědčil pochybnostem stran předmětu a rozsahu poskytnutého plnění. Ty neodstranily ani žalobkyní předložené listinné důkazy, zejména smlouvy a soupisy provedených prací. Krajský soud nepřesvědčil ani soupis pracovníků dodavatelské společnosti, jenž obsahoval toliko tři jména, neboť z tohoto dokumentu nebylo zřejmé, jaké konkrétní činnosti jednotlivé osoby vykonávaly, v jakém rozsahu se na pracích podílely, na jakých pozicích působily ani jak se jejich činnost promítla do počtu tvárnic uvedeného na fakturách. Uzavřel proto, že žalobkyně neunesla své důkazní břemeno ani ve vztahu k tomuto deklarovanému plnění.
[7] Krajský soud závěrem shrnul, že správní orgány po stěžovatelce nepožadovaly splnění nepřiměřeného důkazního standardu. Srozumitelně a konkrétně vyložily, proč předložené doklady nepovažovaly za dostačující k prokázání rozhodných skutečností. Dále uvedl, že není povinen samostatně reagovat na každou jednotlivou žalobní námitku, předloží-li v odůvodnění ucelenou argumentaci, z níž jednoznačně vyplývá závěr o věci. Z tohoto důvodu nepřisvědčil ani námitce směřující proti hodnocení svědecké výpovědi svědka S., neboť měl za to, že se míjela s podstatou věci.
III. Kasační stížnost a vyjádření účastníků
a) kasační stížnost
[8] Proti rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (dále „stěžovatelka“) kasační stížnost.
[9] Krajský soud se nezabýval námitkou nepřezkoumatelnosti rozhodnutí žalovaného, kterou stěžovatelka uplatnila v replice a kterou opírala o tvrzení, že zpráva o daňové kontrole je nepřehledná a vnitřně rozporná. Krajský soud rovněž při ústním jednání nerekapituloval obsah správního spisu a stěžovatelce neumožnil vyjádřit se k podkladům z něj vyplývajícím.
[10] Stěžovatelka dále sporovala závěry krajského soudu stran uplatněných výdajů (nákladů) na práce dodavatele K. Krajský soud pochybil, pokud přisvědčil závěru daňových orgánů, že dodavatel K. nemohl fakturovaný rozsah prací vykonat sám, jelikož počet vykázaných hodin v některých dnech přesahoval 24 hodin. Ze svědecké výpovědi pana K. totiž vyplývá, že práce nezajišťoval osobně bez další pomoci, nýbrž dlouhodobě spolupracoval s dalšími osobami samostatně výdělečně činnými, přičemž fakturace celé zakázky probíhala zjevně prostřednictvím jeho osoby jakožto dodavatele. Stěžovatelka rovněž netvrdila, že správce daně nebyl oprávněn požadovat informace o právním vztahu mezi panem K. a osobami, které se měly na plnění zakázek podílet. Namítala však, že prokazování těchto skutečností neleželo v rámci její důkazní povinnosti, neboť nešlo o zaměstnance pana K., nýbrž o osoby samostatně výdělečně činné.
[11] Krajský soud rovněž nesprávně vyložil § 92 odst. 2 daňového řádu, dospěl-li k závěru, že správce daně nebyl povinen z vlastní iniciativy vyslechnout osoby, které měly s panem K. spolupracovat, a že důsledky neprovedení tohoto dokazování nesla výlučně stěžovatelka v podobě neunesení důkazního břemene. Správce daně totiž nepostupoval tak, aby skutkový stav zjistil v rozsahu nezbytném pro správné stanovení daně. Při dokazování přitom nebyl omezen pouze důkazními návrhy daňového subjektu, ale byl oprávněn a současně povinen provést i další důkazy potřebné k náležitému objasnění rozhodných skutečností. Pokud správce daně ani po výslechu svědka K. nepovažoval tvrzení týkající se rozsahu odpracovaných hodin za věrohodná, měl k podání svědecké výpovědi předvolat také osoby, které se podle vyjádření tohoto svědka na realizaci zakázky podílely a které ve své výpovědi výslovně označil jako své spolupracovníky. Za nepřiměřené stěžovatelka považovala také výzvu správce daně, aby fakturované zednické práce přiřadila ke konkrétním výnosům. Dle stěžovatelky se jednalo o nepřímé náklady na dosažení zisku, které nelze přiřadit ke konkrétním přímým výnosům.
[12] Dále stěžovatelka sporovala závěr o neunesení důkazního břemene ve vztahu k výdajům (nákladům) souvisejícím se zakázkami realizovanými dodavateli BAUKRA a TROPEL. Skutková podstata, z níž správní orgán v napadeném rozhodnutí vycházel, je v rozporu se spisovým materiálem. Nesoulad mezi počtem naskladněných a fakturovaných tvárnic stěžovatelka vysvětlovala tím, že se na frézování týchž tvárnic současně podílely obě společnosti prostřednictvím svých pracovníků. Odměna za poskytnuté práce byla v obou případech sjednána podle počtu opracovaných kusů. Z tohoto důvodu nebylo možné počty tvárnic uvedené na jednotlivých fakturách bez dalšího sčítat. Krajský soud navíc vycházel pouze z údajů za jediný měsíc, ačkoli faktury za ostatní měsíce kontrolovaného období dokládají, že dodavatelé nefakturovali větší rozsah prací, než odpovídal počtu naskladněných tvárnic.
[13] Daňové orgány v řízení požadovaly nepřiměřeně vysoký důkazní standard, což přispělo k závěru o neunesení důkazního břemene. Správce daně fakticky vyžadoval prokázání rozhodných skutečností nade vší pochybnost, ačkoli takový požadavek daňovému subjektu nelze uložit. Tento přístup je podle stěžovatelky výslovně zachycen ve zprávě o daňové kontrole. Krajský soud proto pochybil, dospěl-li k závěru, že správce daně uvedený důkazní standard nepožadoval.
[14] Stěžovatelka rovněž uvedla, že množství dílčích skutečností, jež musela v daňovém řízení prokazovat, svědčilo o nepřiměřeném rozsahu její důkazní povinnosti. K tomu sporovala interpretaci výslechu svědka S., jenž byl navržen k prokázání provedení školení BOZP a nikoliv k prokázání podílu na uvedených pracích.
b) vyjádření žalovaného
[15] Žalovaný se ztotožnil s rozsudkem krajského soudu, přičemž zároveň odkázal na závěry ve svém odůvodnění. Uvedl, že podaná žaloba ani replika stěžovatelky žádnou námitku vůči rozhodnutí žalovaného neobsahovala; námitka nebyla vznesena ani při ústním jednání. Nepřezkoumatelnost rozhodnutí žalovaného zkoumal krajský soud ex officio, přičemž v bodě [63] konstatoval, že rozhodnutí touto vadou netrpí. K námitce stran rekapitulace správního spisu žalovaný uvedl, že stěžovatelka měla v průběhu řízení možnost vyjádřit se ke všem skutečnostem a důkazům daňového řízení. Krajský soud neprovedl detailní rekapitulaci správního spisu, neboť ten byl stranám znám z průběhu daňového řízení a krajský soud na jednání neprováděl žádné další dokazování.
[16] K námitkám ohledně dodavatele K. žalovaný odkázal na body 30 až 37 rozsudku, kde soud dovodil, že náklady na stavební práce nelze uznat jako daňově účinné dle § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů. Výpověď dodavatele K. byla neurčitá a vykazovala značné rozpory (vykazované hodiny, úkolové listy, jeho spolupracovníci) a nelze dospět k závěru, že svědecká výpověď prokázala faktické provedení stavebních prací. Stěžovatelka neprokázala, že by práce byly provedeny prostřednictvím zaměstnanců dodavatele K. či jiných OSVČ, a sporný zůstal rovněž rozsah provedených prací. Stěžovatelka podle žalovaného neprokázala ani souvislost mezi uplatněným nákladem a dosažením, zajištěním či udržením zdanitelných příjmů. Správce daně přitom nebyl povinen z vlastní iniciativy vyslechnout další osoby, které měly podle tvrzení dodavatele na zakázce spolupracovat. Stěžovatelka provedení těchto důkazů nenavrhla, ačkoli jejímu právnímu zástupci byla při výslechu svědka dána možnost klást otázky směřující mimo jiné ke zjištění totožnosti označených spolupracovníků; této možnosti však nevyužil. Žalovaný dále zdůraznil, že stěžovatelku tížilo důkazní břemeno ohledně prokázání konkrétní vazby mezi vynaloženými náklady a zdanitelnými příjmy, tedy v projednávané věci vztahu deklarovaných zednických prací ke konkrétním výnosům.
[17] K námitkám stran výdajů (nákladů) vynaložených na práce dodavatelů TROPEL a BAUKRA žalovaný uvedl, že stěžovatelka napadá jen dílčí závěr stran dvojího fakturování tvárnic obchodními společnostmi. Vysvětlení ohledně nesouladu fakturovaných tvárnic a naskladněných tvárnic stěžovatelka uplatnila poprvé v kasační stížnosti. Dle žalovaného však nebylo věrohodné, neboť výroba tvárnice není natolik složitá, aby ji nezvládl jeden externí pracovník. Žalovaný poukázal na nesrovnalosti ve fakturovaných činnostech obou společností a také na skutečnost, že se na výrobě podíleli i kmenoví zaměstnanci společnosti, což výpočet stěžovatelky nezohledňuje. Žalovaný poukázal na další sporné okolnosti stran prokázání rozhodných skutečností.
[18] Žalovaný se rovněž ztotožnil se závěrem krajského soudu, že orgány finanční správy nepožadovaly po stěžovatelce dokazování skutečností nade vši pochybnost. Polemiku nad výkladem výpovědi svědka S. považoval žalovaný za bezpředmětnou.
IV. Posouzení Nejvyšším správním soudem
[19] Kasační stížnost je důvodná.
IV.A Námitky nepřezkoumatelnosti napadeného rozsudku
[20] Nejvyšší správní soud se nejprve zabýval námitkou nepřezkoumatelnosti v záhlaví uvedeného rozsudku. Podle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu platí, že má‑li být soudní rozhodnutí přezkoumatelné, musí z něj být patrné, jaký skutkový stav vzal krajský soud za rozhodný, jakým způsobem postupoval při posuzování rozhodných skutečností, proč považuje právní závěry účastníků řízení za nesprávné a z jakých důvodů považuje pro věc zásadní argumentaci účastníků řízení za lichou (rozsudky NSS z 4. 12. 2003, čj. 2 Azs 47/2003‑130, č. 244/2004 Sb. NSS, z 29. 7. 2004, čj. 4 As 5/2003‑52, nebo usnesení rozšířeného senátu z 16. 12. 2008, čj. 8 Aps 6/2007‑247, č. 1773/2009 Sb. NSS). Judikatura Nejvyššího správního soudu opakovaně dospěla k závěru, že přezkoumá-li krajský soud rozhodnutí žalovaného, které bylo samo o sobě nepřezkoumatelné, zatíží vadou nepřezkoumatelnosti také svůj rozsudek (rozsudky NSS z 13. 6. 2007, čj. 5 Afs 115/2006-91, právní věta, z 13. 7. 2022, čj. 7 As 342/2020-30, bod 8, a usnesení NSS z 18. 6. 2026, čj. 22 As 198/2025-36, bod 17).
[21] Stěžovatelka tvrdila, že krajský soud nevypořádal v replice uplatněnou námitku nepřezkoumatelnosti rozhodnutí žalovaného, kterou stěžovatelka opírala o nepřehlednou a zmatenou zprávu o daňové kontrole. Nejvyšší správní soud ovšem takovou námitku v replice nenašel. Stěžovatelka ani v kasační stížnosti nekonkretizovala, v které části repliky se tato námitka nachází a ani neuvedla, v čem měla tvrzená zmatečnost či nepřehlednost zprávy o daňové kontrole spočívat. Nejvyšší správní soud proto v tomto rozsahu neshledal rozsudek krajského soudu nepřezkoumatelným.
IV.B Možnost stěžovatelky vyjádřit se k obsahu správního spisu
[22] Nejvyšší správní soud ve svých rozsudcích z 18. 6. 2015, čj. 7 As 93/2015-36, a z 7. 6. 2017, čj. 3 As 188/2016-32, konstatoval, že skutečnosti obsažené ve správním spise není nutné dokazovat při jednání, ani o nich nějak specificky informovat účastníky. Je možné, že žalobce učiní určitou část správního spisu spornou, v takovém případě o této otázce poté soud případně vede dokazování (rozsudek z 29. 1. 2009, čj. 9 Afs 8/2008-117, č. 2383/2011 Sb. NSS). Na žádnou takovou skutečnost stěžovatelka nepoukazuje.
[23] Nejvyšší správní soud nadto ověřil ze záznamu z ústního jednání, že předseda senátu stěžovatelku o této eventualitě poučil. Stěžovatelce byla současně poskytnuta možnost vyjádřit se k obsahu správního spisu i ke všem skutečnostem významným pro posouzení věci. Námitka stěžovatelky proto není důvodná.
IV.C Výdaje (náklady) na práce provedené dodavatelem K.
[24] Nejvyšší správní soud posuzoval, zda správce daně postupoval v souladu s § 92 odst. 2 daňového řádu, pokud nevyslechl osoby, které dodavatel K. při své výpovědi označil jako spolupracovníky podílející se na deklarovaných pracích.
[25] Dle tohoto ustanovení správce daně dbá, aby skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně byly zjištěny co nejúplněji, a není v tom vázán jen návrhy daňových subjektů. Toto ustanovení ukládá správci daně „přihlížet ke všem skutečnostem, které jsou pro správné stanovení daně rozhodné, a to ať jsou ve prospěch, či v neprospěch daňového subjektu. Je však třeba podotknout, že i nadále je nutno mít na zřeteli, že důkazní břemeno ohledně svých tvrzení má stále daňový subjekt a posun k zásadě materiální pravdy neznamená, že by byl správce daně povinen vyhledávat za daňový subjekt skutečnosti, které by mohly být v jeho prospěch, resp. zjišťovat skutkový stav za daňový subjekt. Pokud však relevantní skutečnosti správce daně zjistí, resp. určité informace ve své dispozici má, nebo v průběhu řízení vyjdou najevo, musí se jimi zabývat“ (GROSSOVÁ, M. E., MATYÁŠOVÁ, L. Daňový řád: Komentář. [Systém ASPI]. Nakladatelství Leges, 2015; komentář § 92).
[26] Nejvyšší správní soud ve své judikatuře rovněž dovodil, že opomene-li správce daně zohlednit okolnost, která v daňovém řízení vyšla najevo, a která může být pro výsledek řízení rozhodná, může takový postup představovat vadu řízení způsobilou ovlivnit zákonnost vydaného rozhodnutí. Například v rozsudku z 22. 9. 2023, čj. 2 Afs 41/2022-38, bod 30 a následující, Nejvyšší správní soud zrušil jak rozsudek krajského soudu, tak rozhodnutí žalovaného. Dospěl k závěru, že správce daně porušil povinnost vyplývající z § 92 odst. 2 daňového řádu, neboť poté, co svědek ve své výpovědi označil konkrétní listiny významné pro posouzení věci, nevyvinul další aktivitu směřující k jejich opatření v situaci, kdy svědek tyto listiny sám nepředložil. V bodě 34 se Nejvyšší správní soud vyjádřil k výkladu termínu „vyjít najevo“. Dovodil, že „[p]od pojmem vyjít najevo je nutno rozumět jakýkoli způsob přibytí informace o skutečnosti, jež může být pro výsledek řízení rozhodná, do dispoziční sféry správního orgánu. Je-li uvedená informace obsahem správního spisu, je nutno ji nepochybně považovat za vyšlou najevo. Pokud se tedy do sféry správce daně či žalovaného odvolacího orgánu dostala informace vztahující se k projednávanému případu, bylo jejich povinností zabývat se jí z moci úřední bez ohledu na to, zda byla taková skutečnost výslovně daňovým subjektem navrhována jako důkaz.“
[27] Obdobný závěr vyslovil Nejvyšší správní soud též v rozsudku z 4. 5. 2023, čj. 8 Afs 262/2021-55, body 35 a následující, v němž daňové orgány posuzovaly nárok na odpočet DPH z pořízení vína. Správce daně zpochybnil věrohodnost předložených dokladů s poukazem na zjištěné nesrovnalosti v přepravě zboží, nedostatky související s pokladními doklady a omezenou součinností deklarovaného dodavatele. Nejvyšší správní soud však shledal významným zjištění, že podle výpovědi jednatele zajišťoval obchodní agendu, dopravu i platby účetní. Daňové orgány tuto osobu z úřední povinnosti nevyslechly a současně neodůvodnily, z jakého důvodu takový postup nepovažovaly za potřebný či možný. Tím nesplnily svou povinnost prověřit relevantní skutečnosti, které se dostaly do jejich dispoziční sféry dle § 92 odst. 2 daňového řádu, a to i bez důkazního návrhu daňového subjektu. Z uvedených důvodů Nejvyšší správní soud zrušil jak rozsudek krajského soudu, tak rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství, a věc vrátil k dalšímu řízení.
[28] V nynější věci správce daně doměření daně vysvětlil ve zprávě o daňové kontrole z 31. 1. 2024, v níž zrekapituloval své pochybnosti ve vztahu k fakturovaným pracím dodavatelem K.. Ten měl, navzdory ve faktuře uvedeným „zednickým pracím“, v areálu stěžovatelky dle jejího tvrzení v roce 2017 pracovat na výměně potrubí a následném položení cesty. V roce 2018 měl pracovat na zpevnění a opravě skladovací plochy. Správce daně dospěl na základě předložených listinných důkazů k názoru, že podklady předložené stěžovatelkou byly nevěrohodné a neprůkazné, neboť faktury na provedené práce účtovaly za období roku 2017 některé dny přes 24 hodin a přiložené úkolové listy vykazovaly podobnost s úkolovými listy jiného dodavatele stěžovatelky. Tyto pochybnosti neodstranila ani svědecká výpověď dodavatele K., kterou správce daně vyhodnotil jako vnitřně rozpornou. Svědek sice uvedl, že se na plnění zakázek nepodílel sám, ale spolupracoval s dalšími osobami samostatně výdělečně činnými, správce daně však nepovažoval za objasněné, z jakého důvodu by právě dodavatel K. fakturoval práci vykonanou těmito osobami. Proto setrval na závěru, že vykázaný rozsah hodin neodpovídal možnostem jediné osoby. Stěžovatelka nedoložila žádné podklady, které by konkretizovaly, kdo, kdy a v jakém rozsahu a kde s dodavatelem spolupracoval, ani kdo jejich činnost organizoval a přiděloval jim jednotlivé úkoly. Nebyly předloženy žádné důkazní prostředky, které by prokazovaly, na základě jakého právního vztahu pracovníci s dodavatelem K. spolupracovali. Dodavatel K. nebyl schopen na pořízených fotografiích oprav silnice a potrubí identifikovat ani své spolupracovníky, ani místo, kde měl opravy provádět. Správce daně pojal pochybnosti rovněž o způsobu fakturace práce, neboť z výpovědi dodavatele K. vyplynulo, že k fakturám nepřikládal žádné přílohy a veškeré záležitosti řešil přímo s jednatelem stěžovatelky, který po dohodě vše vytiskl a dokumentace byla následně podepsána na místě. Ve vztahu k fakturám za rok 2018 navíc uvedl, že si dodavatel K. za den účtoval mezi 14 000–16 000 Kč, což správci daně připadalo nepřiměřené. Správce daně proto uzavřel, že stěžovatelka neprokázala, že sporné náklady představovaly výdaje vynaložené na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů.
[29] Žalovaný, a následně i krajský soud, převzali uvedené pochybnosti a svůj závěr o neunesení důkazního břemene založili především na tom, že nebylo prokázáno, že deklarované práce provedl právě dodavatel K. a že jejich rozsah odpovídal plnění vykázanému na předložených fakturách. Jeho svědeckou výpověď rovněž vyhodnotili jako nevěrohodnou pro její rozpornost. Tvrzení o zapojení dalších spolupracovníků podle nich zůstalo nedoložené.
[30] Nejvyšší správní soud výše uvedeným závěrům nemohl přisvědčit.
[31] Z § 92 odst. 2 daňového řádu plyne, že správce daně je povinen usilovat o co nejúplnější zjištění skutečností rozhodných pro správné stanovení daně, přičemž není omezen důkazními návrhy daňového subjektu. Vzhledem k tomu, že jeho postup je veden požadavkem na správné zjištění a stanovení daně, musí zohledňovat jak skutečnosti svědčící ve prospěch daňového subjektu, tak skutečnosti svědčící v jeho neprospěch. Správce daně není vázán pouze aktivitou daňového subjektu, současně však nelze dovozovat, že by byl povinen za daňový subjekt nahrazovat jeho důkazní povinnost. Vyjde-li nicméně v průběhu řízení najevo relevantní skutečnost, případně dostane-li se do dispoziční sféry správce daně, je jeho povinností se jí zabývat a zohlednit ji při zjišťování rozhodných skutečností pro stanovení daně.
[32] Ve vztahu k poskytnutí uznatelných výdajů (nákladů) subdodavatelem Nejvyšší správní soud v rozsudku z 11. 2. 2021, čj. 8 Afs 24/2019-44, bod 27, dovodil, že „nestačí prokázat jen faktické poskytnutí plnění/reklamy, nýbrž musí být jednoznačně prokázán vztah mezi daňovým subjektem a dodavatelem plnění, který je deklarován na předložených dokladech, a dále musí být prokázáno, že plnění deklarovaného dodavatele pro daňový subjekt spočívalo přinejmenším v tom, že u subdodavatele zajistil poskytnutí plnění (tj. musí být prokázán vztah mezi deklarovaným dodavatelem a subdodavatelem, který pro daňový subjekt poskytl tvrzené plnění).“
[33] Dle Nejvyššího správního soudu v průběhu daňového řízení (ze svědecké výpovědi dodavatele K.) vyplynulo, že fakturované práce neprováděl sám. Své spolupracovníky označil jménem a příjmením a popsal jejich profesní zaměření. Uvedl, že s nimi spolupracoval přibližně 5 let a jednalo se o osoby samostatně výdělečně činné. Ostatně i stěžovatelka na začátku daňového řízení předestřela skutkovou verzi, v níž uvedla, že dodavatel K. si na objednané práce sám domlouval spolupracovníky.
[34] Za těchto okolností nemohl žalovaný uzavřít, že nebylo postaveno najisto, které osoby s dodavatelem K. spolupracovaly. Tyto osoby byly v řízení identifikovány. Výpovědí dodavatele byla navíc jednoznačně vyvrácena pochybnost správce daně o tom, že fakturované práce nemohl provádět jen jeden člověk. Přetrvávaly-li u správce daně i nadále pochybnosti o rozsahu fakturovaných prací a podílu dodavatele K. na jejich realizaci, byly během výslechu označeny osoby, které mohly tuto pro věc zásadní skutkovou otázku objasnit. Tento závěr platí tím spíše, pokud správce daně nepovažoval výpověď dodavatele za věrohodnou. Ve smyslu judikatury Nejvyššího správního soudu se tak jednalo o informace, jež vyšly dle § 8 odst. 1 a § 114 odst. 3 daňového řádu najevo, neboť byly obsahem správního spisu (rozsudky NSS z 24. 2. 2016, čj. 6 Afs 243/2015-52, bod 14, z 4. 5. 2023, čj. 8 Afs 262/2021-55, bod 43). Za situace, kdy správce daně měl informaci o existenci těchto potenciálních důkazů, měl povinnost se jimi zabývat a sám požádat svědka o poskytnutí dalších konkrétních údajů o identifikovaných osobách. Pokud tak neučinil, jednalo se o vadu, v jejímž důsledku není jasné, zda byly skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně zjištěny co nejúplněji, což mohlo mít vliv na zákonnost daňových rozhodnutí. Daňové orgány tak nedostály své povinnosti podle § 92 odst. 2 daňového řádu, čímž se dopustily vady řízení spočívající v podstatném porušení ustanovení o řízení před správním orgánem, jež mohlo mít za následek nezákonné rozhodnutí o věci samé.
[35] Krajský soud vypořádání žalobní námitky stěžovatelky založil na argumentaci, že stěžovatelka, kterou tížilo důkazní břemeno, provedení důkazu nenavrhla. Tento závěr však nemůže s ohledem na výše uvedené obstát. Argumentace krajského soudu, že správce daně nemá povinnost sám vyhledávat důkazy, není přiléhavá, neboť informace o existenci důkazu vyplývaly z obsahu spisu. Pokud tedy krajský soud rozhodnutí žalovaného pro uvedenou vadu řízení nezrušil, zatížil sám svůj rozsudek vadou.
IV.D námitky k prokázání vztahu mezi příjmy a uplatněnými výdaji (náklady)
[36] Stěžovatelka dále v kasační stížnosti namítla, že požadavek na přiřazení nepřímých výdajů (nákladů) k výnosům obchodní společnosti byl objektivně nesplnitelný. Krajský soud k této otázce stručně uvedl, že žalovaný byl oprávněn požadovat, aby stěžovatelka prokázala konkrétní vazbu mezi jí uplatněnými příjmy a výdaji (náklady). Tento velmi stručný závěr je na samotné hranici přezkoumatelnosti. Zejména ale neodpovídá východiskům ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu, jež u nepřímých výdajů (nákladů) nepožaduje prokázat konkrétní vazbu mezi uplatněnými příjmy a výdaji (náklady). Naopak z ní plyne, že u nepřímých výdajů (nákladů) daňový subjekt neprokazuje jejich přímou vazbu na konkrétní výnosy, nýbrž zejména faktické provedení prací, souvislost opravy s majetkem využívaným pro zdanitelnou činnost, časovou a věcnou souvislost se zdaňovacím obdobím a rovněž povahu daného výdaje či opravy. Tyto závěry již byly osvětleny v judikatuře Nejvyššího správního soudu. Například v rozsudku NSS z 5. 4. 2018, čj. 1 Afs 456/2017-39, Nejvyšší správní soud dovodil, že „[z] § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů nelze dovodit, že vynaložené výdaje se vždy musí reálně projevit v příjmech daňového poplatníka, tzn. že mezi výdaji a příjmy nutně existuje vztah přímé úměry. Smysl tohoto ustanovení však zjevně spočívá v tom, že se musí jednat o výdaje za tímto účelem vynaložené. Proto také ustanovení § 23 odst. 1 stejného zákona při vymezení základu daně hovoří o respektování "věcné a časové souvislosti" příjmů a výdajů v daném zdaňovacím období. Mezi těmito výdaji a očekávanými příjmy tak musí existovat přímý a bezprostřední vztah; v opačném případě se pojmově nemůže jednat o výdaje vynaložené na dosažení, udržení či zajištění příjmů.“ I tato námitka je důvodná.
IV.E plnění společností BAUKRA, TROPEL a I.V.P. a důkazní standard v daňovém řízení
[37] Nejvyšší správní soud se dále zabýval námitkami směřujícími proti hodnocení uznatelnosti výdajů (nákladů) na plnění společností BAUKRA a TROPEL. Současně posuzoval, jaký důkazní standard správce daně po daňovém subjektu v průběhu daňového řízení vyžadoval.
[38] Nejvyšší správní soud se opakovaně vyjadřoval k rozložení důkazního břemene v daňovém řízení. Například v rozsudcích z 10. 4. 2026, čj. 6 Afs 75/2025-57, bod 17 a z 6. 8. 2026, čj. 22 Afs 177/2025-45, bod 24, dovodil, že [p]rokáže-li však správce daně, že existují důvodné pochybnosti o souladu předložených dokladů se skutečností, je povinností daňového subjektu doložit pravdivost svých tvrzení a průkaznost, věrohodnost a správnost daňových dokladů vztahujících se ke spornému plnění, popř. prokázat tvrzení jinými důkazními prostředky, které nahradí či doplní nevěrohodné, neúplné, neprůkazné či nesprávné daňové doklady (viz např. rozsudky NSS z 30. 1. 2008, čj. 2 Afs 24/2007-119, č. 1572/2008 Sb. NSS, nebo z 16. 7. 2009, čj. 1 Afs 57/2009-83). Z rozsudku z 25. 3. 2026, čj. 4 Afs 258/2024-44, bodu 31, dále plyne, že stěžovatelku tíží „důkazní břemeno ohledně toho, že jí plnění byla poskytnuta právě tak, jak bylo deklarováno, a že tato plnění sloužila k dosažení, zajištění nebo udržení zdanitelných příjmů. Nepostačí prokázat, že se nějaká spolupráce uskutečnila a že nějaká část plnění byla s největší pravděpodobností poskytnuta.“
[39] V posuzované věci měly uvedené obchodní společnosti pro stěžovatelku zajistit smluvené práce (frézování a balení ve výrobě tvárnic měla zajišťovat společnost BAUKRA a manipulační práce ve výrobě a skladování zboží měla zajišťovat společnost TROPEL a I. V. P.). Správce daně však pojal pochybnosti o výši fakturovaných částek. Tyto pochybnosti vycházely mimo jiné z nesouladu mezi počtem naskladněných kusů tvárnic v průběhu roku a výší výdajů (nákladů), které stěžovatelka vynaložila na externí pracovní sílu. Vycházel ze zjištění, že v březnu 2017 bylo naskladněno 41 845 ks tvárnic, aniž by stěžovatelka vykázala jakékoliv výdaje (náklady) na externí pracovníky, z čehož správce daně dovodil, že se jedná o množství tvárnic, které stěžovatelka byla schopna vyrobit sama. Obdobný počet naskladněných tvárnic byl vykázán i v měsíci dubnu (39 626 ks), přičemž stěžovatelka vykázala náklady na externí spolupracovníky ve výši 77 490 Kč od jiné externí společnosti (JOBIN). V měsíci červnu byla vykázána na externí pracovníky částka 355 790 Kč (JOBIN a TROPEL), přičemž bylo naskladněno 107 847 kusů tvárnic. V měsíci červenci bylo na výdajích (nákladech) vykázáno 398 650 Kč a naskladněno bylo 109 723 kusů. V srpnu byly výdaje (náklady) na práce 393 357 Kč a naskladněno bylo 119 882 kusů tvárnic. V září byly výdaje (náklady) 543 213 Kč (a naskladněno bylo toliko 87 211 kusů). V říjnu bylo fakturováno 471 325 Kč, přičemž bylo naskladněno 104 898 ks. V listopadu bylo vynaloženo 695 165 Kč (fakturovala již také společnost I.V.P.), a bylo naskladněno 117 749 ks. Tedy podobný počet kusů tvárnic, který byl naskladněn v měsíci červnu, vyžadoval v podzimních měsících výrazně vyšší náklady na externí pracovní sílu. K tomu stěžovatelka v kasační stížnosti uvedla, že uvedené výdaje (náklady) nelze mechanicky sčítat, neboť se na jedné tvárnici podíleli pracovníci externích společností dohromady.
[40] Nejvyšší správní soud má za to, že stěžovatelka přehlíží podstatu věci. I pokud by bylo při posouzení daňové uznatelnosti výdajů (nákladů) nutné zohlednit skutečnost, že se na výrobě tvárnic podíleli pracovníci více obchodních společností dohromady, nic to nemění na tom, že daňový subjekt neodstranil pochybnosti správce daně ohledně výrazných rozdílů ve vynaložených výdajích (nákladech). Konkrétně nevysvětlil, z jakého důvodu byly výdaje (náklady) vynaložené v některých měsících na výrobu určitého počtu tvárnic při srovnatelném objemu výroby v jiných měsících několikanásobně vyšší. Ze svědeckých výpovědí navíc vyplynulo, že nejvíce prací probíhá ve výrobě v letním období, což prohlubuje pochybnosti o tom, proč výše fakturace neodpovídala vytíženosti jednotlivých měsíců. Názor krajského soudu navíc nebyl založen toliko na sečtení fakturovaných tvárnic, ale na sérii pochybností, které ve vzájemné souvislosti vedly k závěru o přenesení a následně o neunesení důkazního břemene. Ze svědeckých výpovědí vyplynuly totiž další nesrovnalosti ohledně plnění společnosti TROPEL a rozsahu poskytnutého plnění společností BAUKRA a I.V.P. Svědecké výpovědi sice potvrdily přítomnost externích pracovníků na pracovišti, ale nikoliv rozsah provedených prací ani rozpory v nepoměru naskladněných tvárnic. Krajský soud rovněž poukázal na nesrovnalosti stran předložených evidenčních listů externích pracovníků; z nich totiž neplynulo, že by počet externích pracovníků rostl úměrně vynaloženým výdajům (nákladům). K demonstraci svých pochybností vybral krajský soud fakturaci za měsíc září z toho důvodu, že od tohoto měsíce fakturovaly společnosti BAUKRA a TROPEL provedené práce stěžovatelce společně. Správce daně však ve zprávě o daňové kontrole posoudil uplatněné výdaje (náklady) komplexně za oba kalendářní roky, a to dle jednotlivých měsíců. Nejvyšší správní soud se proto ztotožňuje se závěrem krajského soudu, že stěžovatelka v daňovém řízení výše uvedené pochybnosti neodstranila, a lze tudíž přisvědčit závěrům správce daně o neunesení důkazního břemene.
[41] K námitce nepřiměřeného rozsahu důkazního břemene Nejvyšší správní soud uvádí, že správce daně po stěžovatelce nepožadoval nic nad rámec požadavků vyplývajících z výše citované judikatury. Požadoval pouze prokázání skutečného provedení prací v tvrzeném rozsahu, a to v návaznosti na pochybnosti vyvolané nesouladem mezi fakturovaným množstvím tvárnic a počtem tvárnic evidovaných ve skladové evidenci. Pokud jde o námitky nepřiměřeně přísného důkazního standardu, Nejvyšší správní soud se ztotožňuje se závěrem krajského soudu, že z rozhodnutí žalovaného neplyne, že by žalovaný takový nepřiměřený důkazní standard uplatňoval. Pro posouzení věci totiž není rozhodné, jak byl důkazní standard v jednotlivých rozhodnutích terminologicky označen, jak namítá stěžovatelka, nýbrž jakou míru pravděpodobnosti správce daně po daňovém subjektu fakticky požadoval k prokázání relevantních skutečností. Tato námitka není důvodná.
[42] Kasační námitka sporující závěr o tom, kdo navrhl výslech svědka S., nesměřuje k rozhodným otázkám posuzované věci. Je irelevantní, zda byl tento svědek vyslechnut k návrhu stěžovatelky nebo z vlastní iniciativy správce daně. Tento svědek pak vypovídal výlučně o školení zaměstnanců stěžovatelky v oblasti bezpečnosti práce. Svědecká výpověď skutečně neprokazuje, že proškolení zaměstnanci skutečně vykonávali práci při výrobě tvárnic. Tato výpověď proto nebyla způsobilá odstranit pochybnosti vyvolané zjištěnými nesrovnalostmi v počtech zaměstnanců, a nemohla tak ovlivnit celkové posouzení věci.
V. Závěr a náklady řízení
[43] Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že kasační stížnost je důvodná, a proto rozsudek krajského soudu zrušil (§ 110 odst. 1, věta první před středníkem, s. ř. s.).
[44] Zruší-li Nejvyšší správní soud rozsudek krajského soudu, a pokud již v řízení před krajským soudem byly pro takový postup důvody, současně se zrušením jeho rozhodnutí může sám podle povahy věci rozhodnout o zrušení rozhodnutí správního orgánu [§ 110 odst. 2 písm. a) s. ř. s.]. Vzhledem k tomu, že v dané věci by krajský soud v souladu s vysloveným závazným právním názorem a charakterem vytýkaných vad neměl jinou možnost než zrušit žalobou napadené rozhodnutí žalovaného, rozhodl Nejvyšší správní soud v souladu s § 110 odst. 2 písm. a)
ve spojení s § 78 odst. 1 a 4 s. ř. s. tak, že sám rozhodnutí žalovaného zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. V něm je vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku [§ 110 odst. 2 písm. a) ve spojení s § 78 odst. 5 s. ř. s.]. V souladu s § 92 odst. 2 daňového řádu tedy buď předvolá a vyslechne jako svědky označené spolupracovníky dodavatele K., případně v novém rozhodnutí přezkoumatelně zdůvodní, proč není potřebné či vůbec možné tento důkaz v nyní projednávané věci provést.
[45] V případě, že Nejvyšší správní soud zrušil rozsudek krajského soudu a současně zrušil i rozhodnutí správního orgánu podle § 110 odst. 2 písm. a) s. ř. s., je povinen rozhodnout kromě nákladů řízení o kasační stížnosti i o nákladech řízení, které předcházelo zrušenému rozhodnutí krajského soudu (§ 110 odst. 3 věta druhá s. ř. s.). Při rozhodování o náhradě nákladů řízení vychází soudní řád správní z celkového úspěchu ve věci (§ 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s.). Stěžovatelka úspěšná byla, a proto má právo na náhradu nákladů řízení o žalobě a o kasační stížnosti. Žalovaný naopak úspěch neměl, a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení.
[46] Náklady stěžovatelky za řízení o žalobě tvoří zaplacený soudní poplatek ve výši 3 000 Kč za žalobu a odměna advokáta. Ta zahrnuje odměnu za čtyři úkony právní služby: příprava a převzetí zastoupení, sepis žaloby, sepis repliky a účast na jednání. Příprava a převzetí zastoupení a sepis žaloby byly učiněny v roce 2024. Odměna za tyto dva úkony se proto stanoví podle § 11 odst. 1 písm. a) a písm. d) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve znění účinném do 31. 12. 2024. Odměna za jeden úkon činí 3 100 Kč [§ 9 odst. 4 písm. d), ve spojení s § 7 bodem 5 advokátního tarifu ve znění do 31. 12. 2024]. Součástí náhrady nákladů řízení je podle § 13 odst. 4 advokátního tarifu ve znění do 31. 12. 2024 i náhrada hotových výdajů za každý z úkonů ve výši 300 Kč. Odměna za tyto dva úkony činí 2 x 3 100 Kč + 2 x 300 Kč, celkově tedy 6 800 Kč. Sepis repliky a účast na jednání byly učiněny v roce 2025. Odměna za tyto úkony se proto stanoví podle § 11 odst. 1 písm. d) a g) advokátního tarifu ve znění účinném do 14. 1. 2026. Při stanovení výše odměny za úkon učiněný za účinnosti advokátního tarifu v tomto znění vycházel NSS z § 7 bodu 6. ve spojení s § 10b odst. 5 advokátního tarifu tomto znění, podle něhož „[v]e věcech žalob, kasačních stížností a dalších právních věcí projednávaných podle soudního řádu správního, jde-li o rozhodnutí vydané správcem daně, se považuje za tarifní hodnotu a) výše peněžitého plnění nebo cena věci anebo práva, nejvýše však částka 500 000 Kč, nebo b) částka 113 000 Kč, nelze-li hodnotu věci nebo práva vyjádřit v penězích nebo lze-li ji zjistit jen s nepoměrnými obtížemi.“ Výše peněžitého plnění v posuzované věci [částka 769 690 Kč (doměřená daň za zdaňovací období 2017) a částka 829 730 Kč (doměřená daň za zdaňovací období 2018)] převyšuje 500 000 Kč. Odměna za jeden úkon proto činí 10 300 Kč a paušální náhrada hotových výdajů činí 450 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu). Odměna za tyto dva úkony činí 2 x 10 300 Kč + 2 x 450 Kč, celkem tedy 21 500 Kč. Zástupci stěžovatelky tak za řízení o žalobě náleží odměna a náhrada hotových výdajů ve výši 28 300 Kč (6 800 + 21 500).
[47] Náklady stěžovatelky za řízení o kasační stížnosti tvoří zaplacený soudní poplatek ve výši 5 000 Kč za kasační stížnost a odměna advokáta. Ta zahrnuje odměnu za jeden úkon právní služby spočívající v sepsání kasační stížnosti [§ 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu, ve znění účinném do 14. 1. 2026]. Za tento úkon náleží odměna 10 300 Kč (§ 7 bod 6. ve spojení s § 10b odst. 5 advokátního tarifu) a paušální náhrada hotových výdajů v částce 450 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu). Zástupci stěžovatelky tak za řízení o kasační stížnosti náleží odměna a náhrada hotových výdajů ve výši 10 750 Kč.
[48] Žalovaný je povinen stěžovatelce zaplatit náhradu nákladů řízení ve výši 47 050 Kč (28 300 + 10 750 + 3 000 + 5 000), a to ve lhůtě 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám jeho zástupce JUDr. Ing. Vladimíra Nedvěda, advokáta.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně 20. srpna 2026
Jitka Zavřelová
předsedkyně senátu
