25 Af 8/2022 - 114 | Danovykonzultant.cz

Číslo jednací:	25 Af 8/2022 - 114
Soud:	Krajský / Městský soud
Datum rozhodnutí:	26. 11. 2025
Kategorie:	Daň z příjmů

Celé znění judikátu:

JMÉNEM REPUBLIKY

žalobce: JJL REAL 4 s.r.o. v likvidaci

sídlem Pohraniční 641/106, 703 00 Ostrava

zastoupený advokátem JUDr. Jakubem Hlínou, LL.M.

sídlem Havlíčkova 1680/13, 110 00 Praha

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství

sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 18. 3. 2022, č. j. 9897/22/5200‑10421‑711070, ve věci dodatečných platebních výměrů na daň z příjmu fyzických osob ze závislé činnosti

takto:

Žaloba se zamítá.
Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Odůvodnění:

I. Vymezení věci

Podanou žalobou se původní žalobce, společnost Wincott CZ s.r.o. (dále jen „původní žalobce“), domáhal zrušení rozhodnutí žalovaného ze dne 18. 3. 2022, č. j. 9897/22/5200‑10421‑711070 (dále jen „napadené rozhodnutí“), jímž byla zamítnuta odvolání původního žalobce a potvrzena rozhodnutí Finančního úřadu pro Moravskoslezský kraj ze dne 31. 3. 2021

- č. j. 1272781/21/3202-50523-802051, kterým byla původnímu žalobci dodatečně stanovena k přímé úhradě daň z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti za zdaňovací období roku 2015 ve výši 276 934 Kč a současně mu byla uložena zákonná povinnost uhradit penále ve výši 55 386 Kč; a

- č. j. 1273254/21/3202-50523-802051, kterým byla původnímu žalobci dodatečně stanovena k přímé úhradě daň z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti za zdaňovací období roku 2016 ve výši 256 626 Kč a současně mu byla uložena zákonná povinnost uhradit penále ve výši 51 325 Kč

(dále jen „dodatečné platební výměry“).

Usnesením Krajského soudu v Ostravě ze dne 11. 5. 2023, č. j. 25 Af 8/2022‑93 bylo rozhodnuto, že v řízení bude pokračováno se žalobcem (původně pod obchodní firmou Manuvia BestWork s.r.o., resp. Manuvia BestWork s.r.o. v likvidaci) jakožto právním nástupcem původního žalobce, který k 31. 12. 2022 zanikl v důsledku fúze sloučením se žalobcem. Pokud se dále v tomto rozsudku používá zkratka „žalobce“, pak ve vztahu k období do 31. 12. 2022 se tím míní původní žalobce.

II. Shrnutí argumentů obsažených v žalobě

Žalobce v žalobě, jejím doplnění a následných vyjádřeních uvedl, že je podnikající právnickou osobou, mezi jejíž stěžejní aktivity patří činnost personální agentury, pročež její nejvýznamnější složkou nákladů jsou náklady na mzdy, odvody a jiné výdaje spojené s jejími zaměstnanci a jejich vysíláním k odběrateli. Žalobce v předmětném řízení náležitě tvrdil a následně dostatečně prokázal oprávněnost zařazení jím poskytovaných náhrad pod § 6 odst. 7 písm. a) zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP“), a správci daně ani žalovanému se nepodařilo shledat v žalobcem předložených podkladech takové vady či rozpornosti, které by založily oprávněné pochybnosti o uznání těchto náhrad jako nezdanitelných náhrad, jež by následně mohly vést k jejich dodanění. Žalobce uvedl následující okruhy žalobních námitek:
1. Žalobce namítal, že žalovaný postupuje v rozporu s § 1 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů, (dále jen „DŘ“), když zjistil nesrovnalosti ohledně náhrad vyplácených několika konkrétním zaměstnancům žalobce, popř. ohledně některých měsíců či namátkových propočtů (srov. např. body 51, 52, 54, 60, 72, 78, 89 či 93 napadeného rozhodnutí), a na základě těchto nesrovnalostí učinil závěry ve vztahu ke všem zaměstnancům, tedy dovodil, že došlo k přenosu a následnému neunesení důkazního břemene žalobce stran podřazení cestovních náhrad, které žalobce za příslušné zdaňovací období celkově svým zaměstnancům vyplatil, jako náhrad ve smyslu § 6 odst. 7 písm. a) ZDP; k tomu žalobce odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 1. 2022, sp. zn. 4 Afs 217/2021 (bod 28). Dle žalobce jde o zjednodušující úvahu sledující ulehčení důkazní pozice daňové správy, která je v rozporu s judikaturou stanovující správci daně za účelem unesení důkazního břemene povinnost označit zcela konkrétní, důvodné, opodstatněné a v daňovém spise zdokumentované skutečnosti. Tato nezákonná paušalizace závěrů činí napadené rozhodnutí nepřezkoumatelným; žalovaným tvrzený rozpor a pochybnosti údajně panující i ohledně nikoliv „příkladmo“ uvedených zaměstnanců totiž nejsou opřeny o konkrétní skutečnosti zdokumentované v daňovém spise a nejsou zmiňované a odůvodněné ve vydaném rozhodnutí; dle žalobce uvedení zpochybňovaných částek v tabulkách bez odůvodnění nevyhovuje judikatorním požadavkům na pochybnosti. Totéž platí i o pochybnostech týkajících se „namátkových kontrolních propočtů“ či „některých vybraných měsíců“, na jejichž základě žalovaný doměřuje daň za všechny měsíce spadající do kontrolovaných zdaňovacích období. Žalovaný má mj. dle mzdových listů za prokázané, že žalobce poskytoval zaměstnancům cestovní náhrady i jejich výši; v bodě 95 napadeného rozhodnutí pak žalovaný uvádí, že ze strany uživatelů byla potvrzena přítomnost zaměstnanců žalobce na jejich pracovišti, z čehož implicitně vyplývá nezbytnost jejich dopravy k uživatelům a vynaložení souvisejících nákladů, a přesto žalovaný odmítl uznat veškeré vyplácené cestovní náhrady jako náhrady ve smyslu § 6 odst. 7 písm. a) ZDP s tím, že na základě vyjádřených pochybností se žalobci nepodařilo unést důkazní břemeno ohledně konkrétního způsobu výpočtu cestovních náhrad a souvisejících vstupních údajů. To navíc za situace, kdy podnikání žalobce spočívá v činnosti personální agentury, neodmyslitelně spjaté s realizací pracovních cest. K argumentaci žalovaného pak žalobce doplnil, že žalovaný, resp. správce daně v průběhu daňové kontroly nepředestřel pochybnosti takové intenzity a rozsahu, jež by byly s to zpochybnit celou předloženou evidenci a ostatní materiály žalobce jako celek. Žalovaný se měl uchýlit nanejvýš k poměrnému snížení žalobcem uplatněných cestovních náhrad, když sporný je pouze konkrétní způsob jejich výpočtu a jeho soulad se zákonem č. 262/2006 Sb., zákoníkem práce, ve znění pozdějších předpisů, (dále jen „ZP“), nikoliv skutečnost, zda v případě žalobce bylo namístě vyplácet cestovní náhrady jako takové; k tomu žalobce odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 2. 2018, sp. zn. 2 Afs 238/2017. Paušálním vylučováním všech uplatněných cestovních náhrad žalovaný postupuje, jako by se pracovní cesty vůbec nekonaly, což je v rozporu s provedeným dokazováním, předmětem podnikání žalobce, a s povahou a formulací pochybností žalovaného směřujících vesměs do způsobu stanovení konkrétní výše cestovních náhrad. S odkazem na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 12. 2021, sp. zn. 5 Afs 18/2021 dále žalobce uvedl, že za situace, kdy správce daně ani žalovaný nepředestřeli, že by žalobce nevykonával svou ekonomickou činnost, je nemožné, aby mu byly dodaněny veškeré cestovní náhrady všech jeho zaměstnanců, neboť by tím fakticky došlo k popření jeho činnosti, což by tak bylo nesouladné se zjištěnou skutečností, a došlo by tím k nesprávnému stanovení daně, když je objektivně nemožné, aby žalobce mohl vykonávat činnost bez vysílání zaměstnanců. Žalobci z povahy jeho činnosti alespoň nějaké cestovní náhrady musely vzniknout, a žalovaný to přehlíží. Žalovaným tvrzenou nemožnost poměrného snížení nákladů má žalobce za absurdní, i pokud by se totiž nejednalo o paušalizovanou náhradu mzdy, resp. paušalizované cestovní náhrady, pak tyto jiné náhrady jsou bezesporu výdajem, resp. nákladem žalobce, které poměrného snížení způsobilé jsou. Vyloučení všech nezdanitelných náhrad znamená pro zaměstnance žalobce odepření zákoníkem práce garantovaných částek.
2. Žalobce dále namítal, že žalovaný se dopouští nezákonné selekce a limitace způsobů, na jejichž základě může dojít ke stanovení paušálních náhrad, hodlá-li je zaměstnavatel uplatnit jako nezdanitelné náhrady ve smyslu § 6 odst. 7 písm. a) ZDP. Žalovaný klade žalobci k tíži, že při stanovení paušálních náhrad nevycházel z doložené historické zkušenosti, nýbrž z budoucího kvalifikovaného odhadu, ačkoliv z § 182 ZP plyne, že žalobcem užitý způsob stanovení paušálních náhrad je zcela legitimní. Zprůměroval-li žalobce podmínky rozhodné pro poskytování cestovních náhrad a učinil-li důvodný odhad jejich průměrné výše do budoucna na stanovené období a zaměstnanci byli vysíláni na pracovní cesty v souladu s tímto odhadem, nelze na žalobce klást nelogický požadavek existence historického podkladu pro výpočet paušalizace v podobě výdajových dokladů vztahujících se k již uskutečněným pracovním cestám, neboť takový požadavek jde nad rámec zákonné úpravy a nedůvodně by zkracoval na právech nové zaměstnavatele. Žalovaný svůj nesprávný výklad dotčeného ustanovení ZP opírá o více než 20 let starý judikát Krajského soudu v Ostravě, aniž by se zabýval změnou právní úpravy a pozdějšími závěry učiněnými ve vztahu k této problematice. Žalobce poukázal, že žalovaný na jedné straně konstatuje (srov. bod 92 napadeného rozhodnutí), že žalobci neupírá jeho zákonnou možnost poskytovat cestovní náhrady paušální částkou, ale na druhé straně mu upírá možnost tak učinit jedním ze zákonem aprobovaných způsobů. Žalobce také vyslovil nesouhlas s tvrzením žalovaného, že na základě tvrzení a podkladů nelze jednoznačně určit, jak byla paušalizace stanovena (srov. bod 72 napadeného rozhodnutí), když z obsahu spisu to plyne (srov. i bod 56 napadeného rozhodnutí), a shledává-li žalovaný v důkazech a vyjádřeních žalobce rozpornosti, pak tyto nemohou nic změnit na tom, že žalobcem byla paušalizace stanovena na základě zprůměrování vstupních údajů rozhodných pro poskytování cestovních náhrad (ve vztahu k jednotlivým zaměstnancům žalobce vzal v potaz počátek a cíl pracovní cesty a počet dnů strávených na pracovní cestě, souhrnně pak určil způsob dopravy, délku pracovní cesty a průměrem dále určil počet kilometrů z místa počátku do místa cíle pracovní cesty a cenu dopravy) a na základě důvodného očekávání o budoucí průměrné výši výdajů na pracovní cesty. Žalovaný také opomíjí časový rozměr vyjádření žalobce ve vztahu k popisu způsobu stanovení paušálních náhrad, kdy je pochopitelné, že tato se s ohledem na časové rozpětí doslovně neshodují. Shledal-li žalovaný způsob výpočtu paušálních cestovních náhrad jako rozporný se ZP či vedoucí k nepřiměřeně vysokým cestovním náhradám, měl je toliko poměrně snížit, nikoliv úplně vyloučit.
3. Žalobce popsal, že předložil správci daně povinné evidence, které podpořil dalšímu důkazy a vyjádřeními (zejm. předložil vyúčtování s přílohou, mzdové listy, hlavní knihu, pracovní smlouvy, vnitřní směrnici na poskytování cestovních náhrad, sestavu „hromadný cestovní příkaz“, sestavu „kalkulace cestovních paušálních náhrad“ atp.; v podání ze dne 17. 10. 2019 žalobce popsal, jak byly cestovní náhrady vypláceny a paušalizovány; vykonávání práce zaměstnanci žalobce na pracovištích pak potvrdili i samotní uživatelé; uživatel Faurecia Automotive Czech Republic s.r.o. poskytl správci daně množství důkazů podporujících tvrzení žalobce), a unesl tak důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 3 DŘ ve spojení se ZDP a ZP. Žalobce namítal, že žalovanému se ohledně předložených důkazních prostředků nepodařilo vyjádřit pochybnosti dle § 92 odst. 5 písm. c) DŘ, které by dostály judikatorním požadavkům, když jsou nedůvodné, neopodstatněné, nelogické, excesivní, spekulativní, domýšlivé, nepodepřené skutečnostmi zachycenými v daňovém spise, nezakládající se na správně a úplně zjištěném skutkovém stavu, nekonkrétní, paušalizující, a proto nepřezkoumatelné. Dle žalobce je navíc správce daně povinen nejen zjistit a označit pochybnosti, které svědčí o jiném skutkovém stavu, ale také je prokázat, což se nestalo. Žádné z žalovaným vyjádřených pochybností, samostatně ani v souhrnu, nemohly vést k unesení důkazního břemene žalovaného a k jeho přenesení zpět na žalobce. Konkrétně žalobce namítal, že žalovaný nesprávně označil jako místo nástupu na pracovní cestu a její ukončení u vybraných zaměstnanců jejich „bydliště“ či „adresu pobytu v ČR“ se snahou poukázat na nelogičnost a nehospodárnost takto uskutečněných pracovních cest, z čehož žalovaný dovozuje zásadní pochybnosti (srov. např. body 60, 81, 82, 83, 89 či 91 napadeného rozhodnutí). Žalovaný však dle žalobce zaměnil pojmy „trvalý pobyt“ a „bydliště“, a to, kde má zaměstnanec skutečně bydliště ve smyslu § 80 občanského zákoníku (a kde je tedy stanoveno místo nástupu na pracovní cestu), správce daně ani žalovaný nezjišťovali, pročež svou úvahu postavili jen na domněnce, že osoba má bydliště tam, kde má uveden trvalý pobyt. Dle žalobce však má zaměstnavatel dle § 153 ZP při pracovních cestách zohledňovat místo skutečného bydliště zaměstnance, a nikoliv adresu trvalého pobytu. Jelikož se žalovaný odlišením pojmů „trvalý pobyt“ a „skutečné bydliště“ dostatečně nezabýval, považoval je za synonyma a na základě toho vystavěl jednu z klíčových pochybností, je napadené rozhodnutí zatíženo vadou nezákonnosti způsobenou nesprávným právním posouzením. V důsledku tohoto nesprávného závěru se žalovaný blíže nezabýval zjišťováním skutečného bydliště zaměstnanců a napadené rozhodnutí vystavěl na neúplně zjištěném skutkovém stavu. Uvedené pak zakládá i důvodnou obavu žalobce z nepřezkoumatelnosti závěrů žalovaného. K bodu 94 napadeného rozhodnutí pak žalobce uvedl, že je běžné, že zaměstnavatel na pracovněprávních dokumentech (vč. mzdových listů) identifikuje zaměstnance pomocí adresy trvalého pobytu, a nikoliv adresou skutečného bydliště; toho si žalovaný musel být vědom. Žalobce dodal, že jde o přípustnou námitku, a dále že při vysílání zaměstnanců na pracovní cesty vycházel z místa jejich zjištěného skutečného bydliště, a opaku nesvědčí, že žalobce coby neprofesionál v oblasti práva v pracovněprávních dokumentech zhotovených dle vzoru při identifikování zaměstnanců pomocí adresy trvalého pobytu/místa pobytu na území ČR tento údaj zanesl do kolonky formálně označené jako „bydliště“. Kromě uvedeného pak žalobce v bodě 81 napadeného rozhodnutí identifikoval další závažná pochybení žalovaného ohledně jím formulovaných pochybností – je nedůvodná argumentace ohledně povinnosti provádět paušalizaci jen na základě výdajových dokladů vztahujících se k již uskutečněným pracovním cestám (viz argumentace žalobce již výše); pochybnost žalovaného, že není ničím podloženo, že zaměstnanci pracovní cesty realizovali a kolikrát za měsíc tak měli učinit, nemá oporu v provedeném dokazování a spise (viz argumentace žalobce již výše); i při formulování paušálních závěrů ohledně nelogičnosti pracovních cest se pak žalovaný opírá jen o namátkový vzorek zaměstnanců (bod 60 či 81 napadeného rozhodnutí). K bodu 82 napadeného rozhodnutí pak žalobce uvedl, že není povinen uvádět jako místo nástupu a ukončení pracovní cesty konkrétní adresu, a i kdyby byl, uvedení názvu obce namísto adresy není důvodem pro plné vyloučení cestovních náhrad. Dále má žalobce za nepřípustný postup správce daně a žalovaného, kteří se mj. na základě zjištění o údajném zajišťování dopravy některým zaměstnancům žalobce (např. body 87 či 95 napadeného rozhodnutí) uchýlili k vyloučení všech cestovních náhrad v podobě jízdného, tedy postupovali, jako by žalobce prokazatelně zajišťoval dopravu všem zaměstnancům, což také svědčí o nepřípustné paušalizaci; totéž pak platí i o pochybnosti ohledně údajného zajišťování ubytování některým zaměstnancům (např. bod 95 napadeného rozhodnutí), v čemž navíc nelze shledávat relevantní skutečnost ve vztahu k vyplácení jízdného a stravného. Nedůvodná a rozporná s provedeným dokazováním je i pochybnost uvedená v bodě 93 napadeného rozhodnutí, tam uvedené skutečnosti totiž přehlíží vysvětlení a důkazy žalobce zachycené např. v bodě 56 napadeného rozhodnutí. Žalobce připomněl, že podle judikatury je správce daně za účelem unesení důkazního břemene povinen označit zcela konkrétní, důvodné, opodstatněné a v daňovém spise zdokumentované skutečnosti, na jejichž základě jeho vážné a důvodné pochybnosti o věrohodnosti, úplnosti, průkaznosti a správnosti předložených evidencí vyvstaly (k tomu žalobce odkázal na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 13. 8. 2020, č. j. 7 Afs 194/2019‑43 (bod 19), ze dne 8. 7. 2010, č. j. 1 Afs 39/2010‑124, ze dne 22. 5. 2014, č. j. 4 Afs 44/2014‑20, případně nález Ústavního soudu ze dne 29. 10. 2022, sp. zn. II. ÚS 232/02); současně žalobce odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 1. 2008, č. j. 2 Afs 24/2007‑119 s tím, že se musí jednat o natolik závažné pochybnosti, že zatemní obraz o hospodaření povinného subjektu. Pochybnosti žalovaného těmto požadavkům neodpovídají. I v této souvislosti pak žalobce poukázal na snahu žalovaného vztahovat své pochybnosti k vypláceným náhradám jako celku za účelem jejich paušálního neuznání, ačkoliv je odůvodňuje skutečnostmi vztahujícími se jen k namátkově vybraným zaměstnancům, některým měsícům či namátkovými kontrolními propočty, což u žalobce zakládá obavu o přezkoumatelnosti závěrů žalovaného, o dosažení základního cíle správy daní a o splnění požadavku konkrétnosti pochybností. Ačkoliv pochybnosti žalovaného směřují vesměs pouze ke způsobu výpočtu konkrétní částky cestovních náhrad a k provedené paušalizaci, odmítá žalovaný cestovní náhrady v plné výši a chová se tak, jako by se žádné pracovní cesty neuskutečnily, což je již s ohledem na předmět podnikání žalobce, s nímž jsou pracovní cesty neodmyslitelně spojeny, absurdní. K bodu 86 napadeného rozhodnutí žalobce uvedl, že žalovaný aplikuje dvojí metr, když žalobci ukládá povinnost řešit každou pracovní cestu zaměstnance samostatně, ale odmítá vyjadřovat své pochybnosti ve vztahu k jednotlivým zaměstnancům samostatně. Žalobce také odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 5. 2020, č. j. 5 Afs 191/2019‑32 a uvedl, že vzhledem k paušalizaci a nekonkrétnosti pochybností žalovaného neví, ve vztahu k jakým konkrétním zaměstnancům a z jakého konkrétního důvodu u toho kterého zaměstnance jsou jím vyplacené cestovní náhrady sporovány, čímž je popřen základní účel pochybností ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) DŘ.
4. Žalobce rovněž namítal, že ačkoliv lze pochybovat o přezkoumatelnosti dodatečných platebních výměrů a zprávy o daňové kontrole pro jejich vnitřní rozpornost a nesrozumitelnost, žalovaný je přes výhrady žalobce věcně přezkoumal a nepřezkoumatelnost dále prohloubil, pročež je i napadené rozhodnutí nepřezkoumatelné.

III. Vyjádření žalovaného k žalobě

Žalovaný navrhl žalobu jako nedůvodnou zamítnout. K žalobním námitkám, jak jsou uvedeny výše, žalovaný uvedl následující:

Ad A. Dle žalovaného je z popisu zjištěných rozporů a pochybností obsažených ve výzvách k prokázání skutečností ze dne 10. 6. 2019, č. j. 2607767/19/3202-60561-804409 a ze dne 3. 9. 2019, č. j. 3231222/19/3202-60561-804409 zřejmé, že se nejednalo o rozpor u několika málo zaměstnanců, ale řádově stovek zaměstnanců, což je dostatečně reprezentativní vzorek; rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 1. 2022, sp. zn. 4 Afs 217/2021 tedy již proto nelze aplikovat. Krom namátkově uvedených konkrétních příkladů zaměstnanců a jim vyplacených částek jako cestovních náhrad jsou totiž další zpochybněné částky náhrad uvedeny v tabulkách č. 1, 2 a 3 které jsou přílohou uvedených výzev. „Příkladmo“ zjištěnými rozpory správce daně jen poukázal na nesrovnalosti, které mu založily pochybnost o důvodnosti vyloučení předmětných příjmů ze zdanění. Podle žalovaného nelze vyjádření pochybností ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) DŘ vykládat tak, že by správce daně byl povinen zpochybnit každou jednotlivou částku u každého jednotlivého zaměstnance, ale naopak tak, že kvalifikovaným způsobem vyjádří pochybnost o předložené evidenci daňového subjektu jako celku, k čemuž slouží právě namátkový výběr zaměstnanců a částek, v nichž správce daně nalezl nesrovnalosti. Daňovými orgány byl rozporován celý systém stanovení paušálních náhrad žalobcem, protože nebyly poskytovány v souladu s pracovněprávní úpravou, samotný způsob jejich stanovení nebyl v souladu se zákonem. Správce daně kvalifikovaně vyjádřil pochybnosti ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) DŘ, a žalobce měl v rámci přeneseného důkazního břemene povinnost prokázat soulad tvrzených údajů (jím vyplacených náhrad všem zaměstnancům) se skutečností, tedy bylo obsahem důkazního břemene žalobce vyvrátit tyto pochybnosti ohledně výpočtu částek sražených u všech zaměstnanců. Žalovaný zdůraznil, že paušalizace cestovních náhrad nebyla žalobcem provedena transparentně a jasně; směrnice informace ke stanovení paušalizace neobsahovala, žalobce způsob výpočtu nebyl schopen sdělit a vysvětlit, a doklady a vstupní údaje, na jejichž základě by dospěl k částce paušalizace cestovních náhrad, také nedoložil. Paušální částka cestovních náhrad nebyla stanovena řádně dle ZP, a protože směrnice jakožto vnitřní předpis zaměstnavatele je závazná pro všechny zaměstnance, vztahuje se toto pochybení ke všem zaměstnancům; argumentace paušalizováním závěrů přijatých u konkrétních zaměstnanců je lichá. K námitce, že se žalovaný měl uchýlit nanejvýš k poměrnému snížení cestovních náhrad, a k odkazům na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 2. 2018, sp. zn. 2 Afs 238/2017 a ze dne 10. 12. 2021, sp. zn. 5 Afs 18/2021 žalovaný uvedl, že jde o doktrínu esenciálních nákladů, kterou nelze na projednávanou věc aplikovat, zejména proto, že v případě žalobce jde o doměření příjmů zaměstnanců daní z příjmu fyzických osob ze závislé činnosti, a nikoliv o doměření daně z příjmů právnických osob z důvodu neuznání daňově účinných nákladů (výdajů) dle § 24 odst. 1 ZDP; tedy v projednávané věci nejsou rozporovány výdaje žalobce snižující základ daně z příjmů právnických osob, neřeší se výdaje zaměstnavatele, ale příjem zaměstnanců, ve vztahu k němuž je irelevantní, zda se jedná či nejedná o výdaje zaměstnavatele, které jsou či nejsou s jeho činností nezbytně spjaty. Požaduje-li žalobce poměrné „uznání“ částek jím deklarovaných jako cestovních náhrad, měl předložit podklady, z nichž by bylo možné zjistit, zda a jaké mohly zaměstnancům vzniknout cestovní náklady; smluvní ujednání místa výkonu práce automaticky neznamená, že zaměstnanci vznikne nárok na cestovní náhrady. Tvrzení žalobce, že nevěděl, co má správci daně prokazovat, žalobce uplatnil až v žalobě, nadto jde o tvrzení účelové, když z provedeného dokazování a z reakcí žalobce na výzvy k prokázání skutečností plyne opak. Žalovaný uvedl, že během daňové kontroly vyplynula celá řada nejasností, rozporů a pochybností, na jejichž základě žalovaný v bodech 89 až 113 napadeného rozhodnutí zdůvodnil, proč správce daně zahrnul celkové nezdaněné částky, jež žalobce deklaroval jako cestovní náhrady, do zdanitelných příjmů zaměstnanců žalobce. Žalovaný unesl důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) DŘ, daň byla stanovena správně a nedošlo k porušení základního cíle správy daní dle § 1 odst. 2 DŘ.

Ad B. Žalovaný má za to, že z § 182 odst. 1 ZP plyne, že se vždy vychází ze skutečně prokázaných cestovních výdajů za určité období a z očekávaných průměrných výdajů. Výklad citovaného ustanovení žalobce je mylný, paušalizace cestovních náhrad dle žalovaného nemůže být činěna pouze na základě nepodloženého odhadu zaměstnavatele; k tomu žalovaný poukázal na rozsudek Krajského soudu v Českých Budějovicích ze dne 31. 8. 2022, č. j. 51 Af 6/2021‑57. Žalobce nedoložil spolehlivý výpočet paušálu, a nedoložil ani, že by paušál v průběhu let kontroloval nebo provedl jeho přepočet. Žalobce sice v průběhu daňového řízení tvrdil, že při výpočtu cestovních náhrad vycházel z tarifů Českých drah a vyhlášky MPSV, ale nevysvětlil a nedoložil, z jakých vzdáleností při výpočtech vycházel, jak např. došel k výsledné sazbě paušální cestovní náhrady 2 000 Kč měsíčně či 100 Kč denně, jak konkrétně prováděl výpočty, jak zohlednil různá místa výkonu práce u různých uživatelů pracovní síly, čas potřebný pro pracovní cesty, proč byly vypláceny měsíční paušály i ve vyšší částce než 2 000 Kč či proč docházelo ke krácení denního paušálního cestovného ve výši 100 Kč. K námitce, že žalovaný nebere v úvahu časový odstup podání, z něhož plyne, že se vyjádření žalobce neshodují, žalovaný uvedl, že z žalobcem předložené Směrnice na poskytování cestovních náhrad – číslo směrnice 2 účinné od 1. 1. 2015 nebylo na první pohled zřejmé, na podkladě jakých skutečností a podmínek došlo k výpočtu paušální částky, např. jaký byl určen dopravní prostředek, ceny jízdného, vzdálenost v km, ceny pohonných hmot, určení konkrétního místa začátku a konce cesty apod. Ve směrnici je tak bez dalšího stanovena měsíční částka 2 000 Kč a následná tvrzení žalobce jsou neúplná (např. žalobce předložil tarify Českých drah, ale bez konkrétních výpočtů; z podkladů není zřejmé, zda zaměstnanci mohli a využili i jiné prostředky dopravy než vlak a zda to bylo zohledněno). Co se týče stravného, nebylo vůbec zřejmé, v jaké výši mělo zaměstnancům skutečně náležet, i proto, že doba trvání jednotlivých pracovních cest nebyla evidována. Žalobce nedoložil, že by pro stanovení výše paušalizace měl jakékoliv reálné údaje, které by odpovídaly reálným nákladům vynaloženým na pracovní cesty zaměstnanců, když náhrady lze poskytovat pouze u skutečně vynaložených nákladů. Žalovaný neupírá žalobci možnost poskytování cestovních náhrad paušální částkou, je tak ale nutné učinit zákonem aprobovaným způsobem; žalovaný ani správce daně neukládají žalovanému povinnost tak učinit na základě historických podkladů o výdajích na cestovní výdaje, činí tak sám žalobce v bodě 6.8 směrnice.

Ad C. Žalovaný upozornil, že žalobce v žalobě rozporuje pouze některé z pochybností vyslovené žalovaným ve vztahu k předloženým evidencím žalobce, a odkázal na hodnocení důkazních prostředků v napadeném rozhodnutí, z nichž plyne celá řada nejasností, rozporů a pochybností ohledně částek vyplácených žalobcem jako cestovní náhrady. K námitce, že žalovaný nezjišťoval bydliště zaměstnanců a presumoval, že je shodné s trvalým pobytem, žalovaný uvedl, že ji žalobce neuplatnil v daňovém řízení a poprvé tak činí až v žalobě, a že je nedůvodná a účelová, neboť ohledně místa bydliště zaměstnanců správce daně vycházel ze mzdových listů vytvořených žalobcem, na nichž je výslovně uvedeno „bydliště“, a podle § 153 ZP je zaměstnavatel povinen při stanovení místa nástupu i ukončení pracovní cesty zohlednit místo skutečného bydliště zaměstnance; žalobce tak nemůže klást správci daně k tíži, že vycházel z místa bydliště uvedeného na mzdových listech. Napadené rozhodnutí tak není nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů. Nadto má žalovaný za to, že oprávněnost vyplacení deklarovaných náhrad, tedy i místo začátku a konce pracovní cesty, byl povinen prokázat žalobce. Žalovaný vyjádřil své pochybnosti o správnosti tvrzení žalobce dostatečně na to, aby je žalobce byl schopen odstranit, o čemž svědčí i reakce žalobce na výzvy k prokázaní skutečností. Na žalobce tak přešlo důkazní břemeno, které neunesl; k tomu žalovaný dodal, že ve vztahu k důkaznímu břemenu daňového subjektu NSS judikoval, že pokud daňový subjekt neprokáže v daňovém řízení jím tvrzené skutečnosti, nelze s odkazem na ustanovení DŘ stanovící důkazní povinnost správce daně (§ 92 odst. 5 DŘ) dovozovat, že je to správce daně, kdo byl povinen tyto skutečnosti prokazovat za daňový subjekt, a že neučinil-li tak, bylo jeho rozhodnutí vydáno na základě neúplných skutkových zjištění (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 8. 2005 č. j. 5 Afs 188/2004‑63, ze dne 31. 5. 2007, č. j. 9 Afs 32/2007‑84; rozsudek Krajského soudu v Brně ze dne 30. 8. 2021, č. j. 30 Af 35/2019‑60). Argumentaci žalobce, že v pracovněprávních dokumentech identifikoval zaměstnance trvalým bydlištěm a nikoliv skutečným bydlištěm, má žalovaný za nové skutkové tvrzení, které žalobce neuplatnil v daňovém řízení, a které je námitkou nepřípustnou. Dle žalovaného jde i o námitku účelovou, jelikož v rámci posouzení oprávněnosti vyplacení cestovních náhrad byl žalobce zatížen důkazním břemenem, včetně otázky místa nástupu na pracovní cestu.

U jednání dne 26. 11. 2025 setrvali účastníci řízení na svých stanoviscích; žalovaný navíc zdůraznil závěry Krajského soudu v Ostravě ve věci sp. zn. 25 Af 44/2021 a navazující závěry Nejvyššího správního soudu ve věci sp. zn. 8 Afs 50/2024.

IV. Posouzení věci krajským soudem

Krajský soud poté, co zjistil, že žaloba byla podána včas ve lhůtě dvou měsíců poté, kdy napadené rozhodnutí bylo žalobci oznámeno doručením písemného vyhotovení (§ 72 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů; dále jen „s. ř. s.“), přezkoumal napadené rozhodnutí v mezích žalobních bodů, přičemž vycházel ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 s. ř. s.), a dospěl k závěru, že žaloba je nedůvodná.
Lze konstatovat, že podstatou projednávané věci je posouzení rozložení důkazního břemene mezi žalobce a správce daně (žalovaného), resp. unesení žalobcova důkazního břemene v důsledku toho, že správce daně měl zpochybnit žalobcem předložené podklady týkající se zařazení jím poskytovaných náhrad pod § 6 odst. 7 písm. a) ZDP. S touto problematikou pak úzce souvisí další stěžejní žalobní námitky, a sice žalobcem tvrzená nezákonná paušalizace nesrovnalostí, zjištěných správcem daně u několika konkrétních zaměstnanců, a jejich vztahování na všechny zaměstnance, a dále neoprávněnost výtek žalovaného ke způsobu, jakým žalobce určil výši paušálních cestovních náhrad.
Ze správního spisu krajský soud zjistil, že dne 26. 4. 2018 byla u žalobce zahájena daňová kontrola daně z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti za zdaňovací období roku 2015 a 2016, která byla ukončena dne 31. 3. 2021 doručením oznámení o ukončení daňové kontroly, k němuž byla přiložena zpráva o daňové kontrole podepsaná úřední osobou č. j. 1254878/21/3202-60561-803095, na jejímž základě došlo k vydání shora specifikovaných dodatečných platebních výměrů. V rámci daňové kontroly sice byly žalobcem správci daně předloženy určité dokumenty (zejména vyúčtování daně z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti za roky 2015 a 2016 včetně příloh; mzdové listy za roky 2015 a 2016; přehledy mezd za roky 2015 a 2016; hlavní knihy za roky 2015 a 2016; pracovní smlouvy; směrnice na poskytování cestovních náhrad s účinností od 1. 1. 2015; sestavy označené jako „Hromadný cestovní příkaz“ za období 2015 a 2016), správce daně v nich však zjistil nesrovnalosti, jež u něj založily pochybnosti o uskutečnění pracovních cest (srov. zejm. bod 52 a dále i body 78 a 81 napadeného rozhodnutí). V průběhu daňové kontroly správce daně žalobci zaslal dvě výzvy k prokázání skutečností (ze dne 10. 6. 2019, č. j. 2607767/19/3202-60561-804409; a ze dne 3. 9. 2019, č. j. 3231222/19/3202-60561-804409), v nichž požadoval, aby žalobce předložil důkazní prostředky prokazující, že v případě částek, které vyplácel některým svým zaměstnancům jako nezdanitelné náhrady (na mzdových listech uvedeny jako „Stravné“, „Náhrada celkovou částkou cest.“ a jejich součet jako „Jednorázové náhrady a dávky“; na přehledech mezd uváděné jako „Nezdanitelné náhrady“), se skutečně jednalo o příjmy, které se nepovažují za příjmy ze závislé činnosti a nejsou předmětem daně ve smyslu § 6 odst. 7 ZDP, popřípadě jde o příjmy od daně osvobozené dle § 4 a § 6 odst. 9 ZDP, nebo o příjmy, které již byly jednou zdaněny. V těchto výzvách správce daně uvedl konkrétní skutečnosti, na jejichž základě mu vznikly pochybnosti o oprávněnosti takového zaúčtování dotčených částek. V reakci na první výzvu žalobce předložil jako další důkazní prostředek sestavu označenou jako „kalkulace cestovních paušálních náhrad“, které dle žalobce zaměstnancům příslušely ve zdaňovacím období roku 2015, v čemž správce daně rovněž zjistil nesrovnalosti (srov. body 54 a 55 a dále i body 62 a 80 napadeného rozhodnutí); a v reakci na druhou výzvu žalobce předložil Tarif Českých drah pro vnitrostátní přepravu cestujících a zavazadel s účinností od 1. 9. 2014 (viz bod 57 napadeného rozhodnutí). Protože žalobce ani na výzvy nepředložil důkazy dostatečné k prokázání jeho tvrzení, správce daně vyzval uživatele agenturních zaměstnanců žalobce, společnost Faurecia Automotive Czech Republic s.r.o., k poskytnutí informací, přičemž zmíněnou společností předložené podklady [rámcová smlouva včetně příloh (dílčí dohoda o dočasném přidělení zaměstnance, prohlášení o srovnatelných mzdových a pracovních podmínkách) a dodatků, faktury a podklady k fakturám (celkové počty odpracovaných hodin)] a poskytnuté informace pochybnosti správce daně o uskutečnění pracovních cest tak, jak je deklaruje žalobce, ještě prohloubily (srov. zejm. bod 60 napadeného rozhodnutí). Správce daně sepsal kontrolní zjištění ze dne 5. 2. 2021, k nimž se žalobce písemně vyjádřil, nic dalšího nepředložil. V rámci odvolacího řízení žalobce další důkazní prostředky nepředkládal. Další podrobnější zjištění ze správních spisů jsou uvedena v rámci vypořádání žalobních námitek níže.
Úvodem právního posouzení projednávané věci, i s ohledem na formulaci žaloby, krajský soud připomíná, že není povinen reagovat na každou dílčí argumentaci žalobce; úkolem krajského soudu je vypořádat se se smyslem a obsahem žalobní argumentace (srov. např. nález Ústavního soudu ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08, rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 4. 2014, č. j. 7 As 126/2013‑19 či rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 17. 1. 2020, č. j. 4 Afs 236/2019‑61).
Rovněž krajský soud dodává, že skutkově obdobnou věcí se již zabýval v rozsudku ze dne 6. 12. 2023, č. j. 25 Af 44/2021-109, přičemž neshledal důvod, proč by se měl od dříve vyslovených závěrů odchýlit, a to navíc za situace, kdy kasační stížnost proti citovanému rozsudku byla rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 13. 3. 2025, č. j. 8 Afs 50/2024-63 zamítnuta a ústavní stížnost proti citovaným rozsudkům byla usnesením Ústavního soudu ze dne 4. 6. 2025, sp. zn. III. ÚS 1476/25 odmítnuta.

IV.a K paušalizaci cestovních náhrad (zejména k žalobní námitce ad. B)

Podle § 182 odst. 1 ZP při sjednání paušální měsíční nebo denní částky cestovní náhrady, popřípadě při jejím stanovení vnitřním předpisem nebo individuálním písemným určením se vychází z průměrných podmínek rozhodných pro poskytování cestovních náhrad skupině zaměstnanců nebo zaměstnanci, z výše cestovních náhrad a z očekávaných průměrných výdajů této skupiny zaměstnanců nebo tohoto zaměstnance. Současně se určí způsob krácení paušální částky za dobu, kdy zaměstnanec nevykonává práci. Podle odst. 2 téhož ustanovení je zaměstnavatel povinen na žádost zaměstnance předložit mu k nahlédnutí doklady, na jejichž základě byla paušální částka určena.
Ustanovení § 182 ZP umožňuje zaměstnavateli poskytovat zaměstnanci jednu, pouze některé anebo všechny cestovní náhrady (§ 151 a násl. ZP) formou paušální částky; paušalizovány mohou být jak cestovní náhrady jednotlivého zaměstnance, tak i skupiny zaměstnanců. V úvahu připadá paušalizace zejména u zaměstnanců, kteří většinou pravidelně cestují do stejných míst nebo v určitém okruhu různých míst, s určitou pravidelností a za obdobných podmínek a cestovních výdajů. Paušalizaci cestovních náhrad lze provádět na základě dohody, vnitřního předpisu anebo individuálního právního jednání adresovaného konkrétnímu zaměstnanci, přičemž v každém případě musí být jednoznačné, jakého okruhu zaměstnanců se paušalizace týká, jaké druhy cestovních náhrad jsou do paušální částky zahrnuty, a zda jde o paušál denní nebo měsíční.
Při paušalizaci cestovních náhrad je zaměstnavatel povinen dodržet stanovenou formu (měsíční či denní částka cestovní náhrady); stanovit nebo sjednat den splatnosti paušální částky cestovních náhrad; vycházet z průměrných podmínek rozhodných pro poskytování cestovních náhrad skupině zaměstnanců nebo zaměstnanci (typicky četnost pracovních cest, délka trvání pracovních cest, cílová místa pracovních cest, způsob dopravy a ubytování), které nesmí mít velké výkyvy, z výše cestovních náhrad stanovených právními předpisy, a z očekávaných průměrných výdajů této skupiny zaměstnanců nebo tohoto zaměstnance; a určit způsob krácení paušální částky (zejména měsíční) za dobu, kdy zaměstnanec nevykonává práci, když pro cestovní náhrady platí, že se poskytují v souvislosti s konáním pracovních cest (či jiných skutečností uvedených v § 152 ZP). O uvedených skutečnostech, resp. o tom, jak byla paušální částka vypočtena, je pak zaměstnavatel povinen vést a uchovávat doklady. Tyto doklady musí mít dostatečnou vypovídací hodnotu, musí z nich být patrné, z jakých pravidelných a průměrných poskytovaných cestovních náhrad zaměstnavatel paušální částku stanovil a z jakých podmínek určitých skupin zaměstnanců vycházel, a musí být k dispozici pro kontrolu nejen zaměstnanci, ale i příslušným kontrolním orgánům. I když je účelem možnosti zaměstnavatele poskytovat cestovní náhrady paušální částkou zjednodušení způsobu jejich poskytování a ulehčení administrativní zátěži při jejich vyúčtování, je z popsaných povinností zaměstnavatele zřejmé, že se zaměstnavatel nevyhne sledování průběhu uskutečněných pracovních cest. Zaměstnavatel by měl vždy předem analyzovat druhy a výše cestovních náhrad, které zaměstnanci při pracovních cestách vznikají, případně jejichž vznik se očekává v budoucnosti. Průběh uskutečněných pracovních cest v rozhodném období pak musí být podkladem minimálně pro účely změny (viz dále) paušální částky cestovních náhrad, dojde-li k podstatné změně podmínek, za nichž byla paušální částka určena, a případně i pro účely samotného stanovení paušální částky cestovních náhrad. Dle krajského soudu nicméně lze připustit, aby kalkulace paušální částky cestovních náhrad byla provedena nejen na základě skutečných cestovních výdajů zaměstnanců při pracovních cestách, ale i na základě cestovních výdajů důvodně předpokládaných, kdy však předpoklad zaměstnavatele musí následně odpovídat skutečnosti.
Krajský soud dospěl ve shodě se žalovaným k závěru, že žalobce nedostál výše uvedeným povinnostem, stanoveným § 182 ZP pro využití možnosti poskytovat zaměstnancům cestovní náhrady formou paušální částky, když zejména v rámci daňové kontroly nebyl schopen předložit, resp. nepředložil daňovým orgánům dostatečně průkazné doklady o tom, jak výši paušální částky vypočetl. Jde přitom o zcela základní předpoklad pro stanovení paušální částky cestovních náhrad. Žalobcova tvrzení a podklady k paušalizaci cestovních náhrad se rozcházely, a především nebyly dostatečné (srov. body 71, 72 a 91 napadeného rozhodnutí). Tuto nekonzistentnost, resp. nedostatečnost přitom nelze odůvodnit tím, že vyjádření žalobce ve vztahu k popisu způsobu stanovení paušálních náhrad se „pochopitelně“ s ohledem na časové rozpětí „doslovně neshodují“. Žalobce tvrdil toliko to (podání ze dne 1. 10. 2019 doručené správci daně 4. 10. 2019), že při stanovení paušální náhrady pro rok 2015 vycházel z tarifů Českých drah platných pro rok 2015 a ohledně stravného vycházel z vyhlášky Ministerstva práce a sociálních věcí platné k 1. 1. příslušného roku, že s ohledem na vzdálenost mezi Prahou a destinací, kam zaměstnanci dojížděli, byli zaměstnanci na pracovní cestě od pondělí do pátku, a proto jejich pracovní cesta trvala přes 18 hodin, a že v roce 2015 zaměstnanci dostávali stravné ve výši 104 Kč; k roku 2016 se žalobce vůbec nevyjádřil. Ve vyjádření ke kontrolním zjištěním (podání ze dne 22. 3. 2021 doručené správci daně téhož dne) žalobce pouze stručně zopakoval, že vycházel z vládních směrnic a tarifů, a dále mj. uvedl, že místo výkonu práce bylo sjednáno v Praze, přitom z doložených pracovních smluv se jednalo i o jiné obce, např. Kopřivnice nebo Písek. Je zjevné, že z velmi obecných tvrzení žalobce a předložených podkladů nelze určit, jak byla paušální částka cestovních náhrad stanovena, resp. vypočtena. Lze doplnit, že ani žalobcem předložená směrnice na poskytování cestovních náhrad není v tomto ohledu relevantním podkladem, neboť je v ní (čl. VIII. bod 8.1) „určena“ výše paušální částky cestovních náhrad („paušál cestovného“) zcela bez dalšího, tedy aniž by byl uveden postup či způsob jejího výpočtu; navíc dle směrnice mělo zaměstnanci, trvala-li pracovní cesta déle než 18 hodin, příslušet stravné ve výši 165 Kč, přitom žalobce tvrdil (viz výše), že v roce 2015 zaměstnanci dostávali stravné ve výši 104 Kč, což podle směrnice odpovídá pracovní cestě v délce 12 až 18 hodin.
Ačkoliv lze přisvědčit žalobci, že kalkulace paušální částky cestovních náhrad nemusí být nutně podložena historickou zkušeností (výdajovými doklady vztahujícími se k již uskutečněným pracovním cestám), nemá požadavek daňových orgánů na její doložení vliv na zákonnost napadeného rozhodnutí za situace, kdy žalobce kalkulaci nepodložil ani žádnými jinými relevantními podklady (vyhláška Ministerstva práce a sociálních věcí ani tarif Českých drah nejsou pro jejich obecnost dostačující, nic nevypovídají o konkrétním způsobu kalkulace). Pro úplnost je zde vhodné poukázat na nekonzistentnost argumentace žalobce, který na jedné straně striktně odmítá, že by měl dokládat historickou zkušenost, a přitom dle směrnice na poskytování cestovních náhrad (čl. VI. bod 6.8) měl být výpočet jím poskytovaných paušálních náhrad založen právě na historické zkušenosti, kdy se paušální náhrada měla vypočíst průměrem z náhrad vyplácených zaměstnanci nebo skupině zaměstnanců téže profese za období nejméně tří měsíců.
Soulad stanovení paušální částky cestovních náhrad s pravidly obsaženými v ZP přitom není jen formalistickým požadavkem. Nelze totiž opomínat, že zaměstnavatel, který poskytuje zaměstnancům za práci mzdu (v projednávané věci žalobce), může při stanovení paušálních náhrad vycházet i z vyšších cestovních náhrad nebo z jiných druhů cestovních náhrad, než z jakých může vycházet zaměstnavatel poskytující za práci plat – v takovém případě ale platí, že rozdíl ve výši takto sjednané nebo určené paušální částky, a paušální částky, kterou by za stejných okolností mohl sjednat nebo stanovit zaměstnavatel poskytující za práci plat, je zdanitelným příjmem zaměstnance. I v tomto ohledu byly zjištěny nesrovnalosti, když např. ve směrnici na poskytování cestovních náhrad je stanovena základní náhrada za 1 km jízdy osobním silničním motorovým vozidlem zaměstnance, použitým při pracovní cestě na žádost zaměstnavatele, ve výši 4,10 Kč, což je však částka daňově uznatelná až pro rok 2019 (tato částka základní náhrady činila dle vyhlášky č. 328/2014 Sb. v roce 2015 3,70 Kč a dle vyhlášky č. 385/2015 Sb. v roce 2016 3,80 Kč; srov. body 34, 35 a 50 napadeného rozhodnutí).
Jak plyne ze samotné podstaty paušalizace, paušalizovat lze jen ty druhy cestovních náhrad, které se u dané skupiny zaměstnanců nebo zaměstnance při výkonu práce opakují za stejných či obdobných podmínek, které nemají zásadní výkyvy. Podmínkou paušalizace je tedy opakovaně a pravidelně vznikající právo na cestovní náhrady za průměrně srovnatelných podmínek. To znamená, že vykoná-li zaměstnanec pracovní cestu za jiných podmínek než těch, které byly podkladem pro paušalizaci cestovních náhrad, je zaměstnavatel povinen zaměstnanci poskytnout cestovní náhrady za takovou pracovní cestu podle obecných zásad, a navíc, je-li zaměstnanci poskytována měsíční paušální náhrada, je nutné paušalizovanou částku odpovídajícím způsobem krátit. I v tomto ohledu má žalobcem tvrzená paušalizace cestovních náhrad zásadní nedostatky. Plynulo-li z žalobcem poskytnutých podkladů a jeho tvrzení, že zaměstnanci konali pracovní cesty z Prahy do devíti různých míst (Písek, Mladá Boleslav, Liberec, Šenov u Nového Jičína, Kopřivnice, Benátky nad Jizerou, Rychnov nad Kněžnou, Kladno, Kostelec), nelze cestovní náhrady vypočíst na základě aritmetického průměru vzdáleností od sídla žalobce do míst výkonu práce u sjednaných uživatelů, neboť zjevně nelze mít za to, že tyto cesty mají srovnatelné průměrné podmínky. Zcela zjevně budou jiné náklady na pracovní cestu konanou na vzdálenosti (jedním směrem) např. cca 75 km (Praha – Mladá Boleslav), cca 137 km (Praha – Písek) a cca 350 km (Praha – Kopřivnice); k dalším vzdálenostem viz bod 73 napadeného rozhodnutí. U pracovních cest do různých, resp. různě – a to podstatně – vzdálených míst výkonu práce dle krajského soudu nelze cestovní náhrady paušalizovat, když cestovní náhrady, resp. minimálně jízdní výdaje zaměstnanců v průběhu pracovní cesty nemohou vznikat ve stejné výši, tj. není splněn předpoklad stejných či obdobných podmínek. Rovněž nelze nechat bez povšimnutí, že cestovní náhrady měl žalobce vyplácet zaměstnancům i za deklarované cesty po Praze (Praha – Praha 9, jak se podává např. ze sestavy označené jako „Hromadný cestovní příkaz“ pro rok 2015), přičemž v takovém případě cestovní náhrady zaměstnancům nepřísluší (viz bod 74 napadeného rozhodnutí).
Jak je již naznačeno výše, ačkoliv ZP zaměstnavateli výslovně neukládá povinnost dohodnutou či stanovenou výši paušální náhrady cestovních výdajů přezkoumávat a měnit, nelze opomínat, že poskytováním paušálních náhrad cestovních výdajů zaměstnavatel plní své povinnosti plynoucí z § 151 a násl. ZP. Proto změní-li se podmínky, na jejichž základě byla výše paušální cestovní náhrady vypočtena, musí zaměstnavatel posoudit, jak ta která změna ovlivní dosud poskytovanou výši paušální náhrady, a její výši pak adekvátně upravit. Změna podmínek přitom může spočívat například ve změně míst, do nichž zaměstnanci pracovní cesty uskutečňují, změně četnosti pracovních cest, změně ubytování či dopravy anebo ve změně právních předpisů. V této souvislosti je namístě zmínit předpisy upravující výši jednotlivých cestovních náhrad, a to typicky stravné, sazbu základní náhrady za používání silničních motorových vozidel či průměrnou cenu pohonných hmot, jejichž výše se mění alespoň jednou za rok (srov. § 189 ZP). Z toho je nutné dovodit, že zaměstnavatel je povinen, má-li dostát svým povinnostem stanoveným v § 151 a násl. ZP, alespoň jednou ročně – minimálně v návaznosti na změnu právních předpisů – překontrolovat a posoudit, jak nastalá změna či změny ovlivní kalkulaci částky doposud poskytované paušální cestovní náhrady, a v návaznosti na to pak přistoupit ke změně výše paušální částky tak, aby i nadále odpovídala skutečným výdajům zaměstnanců. Opět přitom nejde jen o formální požadavek, jelikož byla-li by paušální částka cestovních náhrad výrazně vyšší než skutečně výdaje zaměstnance či zaměstnanců při pracovní cestě, nebylo by možné ji považovat v celém rozsahu za nezdanitelný příjem zaměstnance. Žalobce však v průběhu daňového řízení ani netvrdil, natož aby prokázal, že plnil povinnost kontrolovat a posuzovat stanovenou výši paušální částky cestovních náhrad, a to i když si ji i sám stanovil v čl. VI. bod 6.9 a čl. VII. směrnice na poskytování cestovních náhrad.
S ohledem na vše uvedené tedy obstojí závěr žalovaného, že nebylo možné jednoznačně určit, jak byla konkrétně paušální částka cestovních náhrad stanovena. Krajský soud se neztotožňuje s námitkou žalobce, že žalovaný měl k dispozici dostatek podkladů pro určení způsobu, jakým žalobce stanovil paušální cestovní náhrady (viz i dále), a primárně upozorňuje, že bylo na žalobci, nikoliv na žalovaném, aby sám tvrdil a doložil způsob výpočtu paušální částky cestovních náhrad. Jak již bylo uvedeno výše, skutečnost, že daňové orgány požadovaly po žalobci předložení historické zkušenosti za účelem doložení, jak dospěl k výši paušální částky cestovních náhrad, v projednávané věci nezpůsobuje nezákonnost napadeného rozhodnutí, když žalobce nedoložil ani jiné relevantní podklady, na jejichž základě by bylo možné určit, jak byla paušální částka cestovních náhrad stanovena. Výsledek projednávané věci tedy není důsledkem nezákonné selekce a limitace způsobů, na jejichž základě může dojít ke stanovení paušálních náhrad, a žalobní námitka ad. B je nedůvodná.

IV.b K rozložení důkazního břemene a paušalizaci závěrů zjištěných při daňové kontrole (zejména k žalobním námitkám ad. A a C)

Dle § 6 odst. 7 písm. a) ZDP se za příjmy ze závislé činnosti nepovažují a předmětem daně, kromě příjmů, které nejsou předmětem daně podle § 3 odst. 4 ZDP, dále nejsou náhrady cestovních výdajů poskytované v souvislosti s výkonem činnosti, ze které plyne příjem ze závislé činnosti, do výše stanovené nebo umožněné zvláštním právním předpisem pro zaměstnance odměňovaného platem, jakož i hodnota bezplatného stravování poskytovaná zaměstnavatelem na pracovních cestách; jiné a vyšší náhrady, než stanoví tento zvláštní právní předpis, jsou zdanitelným příjmem podle § 6 odst. 1 ZDP.
Dle § 86 odst. 3 písm. c) DŘ daňový subjekt v rámci daňové kontroly plní povinnosti podle § 82 a dále je povinen předložit důkazní prostředky prokazující jeho tvrzení.
Podle § 92 odst. 3 DŘ daňový subjekt prokazuje všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v daňovém tvrzení a dalších podáních.
Dle § 92 odst. 4 DŘ pokud to vyžaduje průběh řízení, může správce daně vyzvat daňový subjekt k prokázání skutečností potřebných pro správné stanovení daně, a to za předpokladu, že potřebné informace nelze získat z vlastní úřední evidence.
Podle § 92 odst. 5 písm. c) DŘ správce daně prokazuje skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí, účetních záznamů, jakož i jiných záznamů, listin a dalších důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem.
Z citovaných ustanovení DŘ plyne základní pravidlo rozložení důkazního břemene mezi daňový subjekt a správce daně. Zjednodušeně lze toto jednoznačné a striktní pravidlo vyjádřit tak, že daňový subjekt musí unést důkazní břemeno ve vztahu k jím tvrzené daňové povinnosti, a správce daně může tvrzení daňového subjektu, podpořené důkazy, zpochybnit tak, že vyvrátí jejich věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost. Neznamená to však, že by správce daně byl povinen prokazovat, jak ten který případ proběhl ve skutečnosti, tato povinnost stíhá daňový subjekt.
Jak shrnul Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 8. 3. 2023, č. j. 6 Afs 213/2022‑43, „[k] dokazování v daňovém řízení existuje bohatá a konstantní judikatura. Jak Nejvyšší správní soud uvedl například v rozsudku ze dne 11. února 2021 č. j. 8 Afs 24/2019‑44, daňové řízení je postaveno na zásadě, že každý daňový subjekt má povinnost sám daň přiznat (má břemeno tvrzení), ale také povinnost toto své tvrzení doložit (nese břemeno důkazní). Je tedy odpovědný za to, že jím předložené důkazy budou prokazovat jeho tvrzení. I když daňový subjekt předloží formálně bezvadné účetní doklady, správce daně může v souladu s § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu vyjádřit pochybnosti týkající se věrohodnosti, průkaznosti, správnosti či úplnosti důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem. Správce daně tíží důkazní břemeno ve vztahu k důvodnosti jeho pochyb. Nemá přitom povinnost prokázat, že údaje o určitém účetním případu jsou v účetnictví daňového subjektu zaznamenány v rozporu se skutečností, je však povinen prokázat, že o souladu se skutečností existují „vážné a důvodné pochyby“ (rozsudek ze dne 30. ledna 2008 č. j. 2 Afs 24/2007‑119, č. 1572/2008 Sb. NSS). Správce daně je proto povinen označit konkrétní skutečnosti, na jejichž základě hodnotí předložené evidence jako nevěrohodné, neúplné, neprůkazné či nesprávné. Jen tak může unést své zákonné důkazní břemeno (rozsudek ze dne 22. října 2008 č. j. 9 Afs 30/2008‑86). Pokud správce daně tyto skutečnosti prokáže, je na daňovém subjektu, aby prokázal pravdivost svých tvrzení a průkaznost, věrohodnost a správnost účetnictví ve vztahu k předmětnému obchodnímu případu, popřípadě aby svá tvrzení korigoval. Daňový subjekt bude tyto skutečnosti prokazovat zpravidla jinými důkazními prostředky než vlastním účetnictvím (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 8. července 2010 č. j. 1 Afs 39/2010‑124; dále viz například rozsudky ze dne 31. května 2007 č. j. 9 Afs 30/2007‑73 či ze dne 30. dubna 2008 č. j. 1 Afs 15/2008‑100).“.
Z § 86 odst. 3 písm. c), § 92 odst. 3 a § 92 odst. 4 DŘ plyne, že zaměstnavatel (žalobce) jakožto daňový subjekt nese jak břemeno tvrzení, tak i břemeno důkazní, když je povinen předložit důkazní prostředky prokazující jeho tvrzení a k výzvě správce daně i skutečnosti potřebné pro správné stanovení daně. Zaměstnavatel tedy musí být schopen při daňové kontrole předložit (a zdůvodnit) kalkulaci výše paušálních částek cestovních náhrad správci daně; musí být schopen prokázat, že paušální částky cestovních náhrad byly zaměstnanci poskytnuty oprávněně, že jde o výdaje, které zaměstnanci vznikly v souvislosti s uskutečněnými pracovními cestami (či jinými skutečnostmi uvedenými v § 152 ZP), a že jde podle § 6 odst. 7 písm. a) ZDP o náhrady cestovních výdajů, které se nepovažují za příjmy ze závislé činnosti a nepodléhají zdanění. Postupuje-li zaměstnavatel při poskytování paušálních cestovních náhrad v souladu s § 182 ZP, resp. zásadami z citovaného ustanovení plynoucími, jak jsou uvedeny výše, pak musí disponovat i doklady, na jejichž základě byla paušální částka cestovních náhrad určena, a je tak objektivně schopen ohledně ní unést i důkazní břemeno. Tak tomu však v projednávané věci nebylo – k neprokázané paušalizaci cestovních náhrad viz zejména předchozí část tohoto rozsudku; k otázce prokázání oprávněnosti poskytnutí cestovních náhrad, resp. uskutečnění pracovních cest viz dále.
Na počátku daňové kontroly obdržel správce daně od žalobce určité podklady (viz odst. 8 tohoto rozsudku), správce daně v nich však zjistil nesrovnalosti, jež u něj založily pochybnosti o uskutečnění pracovních cest (srov. zejm. bod 52 a dále i body 78 a 81 napadeného rozhodnutí a odůvodnění výzev k prokázání skutečností). Správce daně tedy postupoval podle § 92 odst. 4 DŘ cestou výzev k prokázání skutečností. Na výzvu k prokázání skutečností ze dne 10. 6. 2019 žalobce reagoval tak, že doložil „kalkulaci cestovních paušálních náhrad“, které dle žalobce zaměstnancům příslušely (pouze) ve zdaňovacím období roku 2015, přičemž se jednalo o tabulku s následujícími sloupci: jméno a příjmení zaměstnance; účel cesty (pracovní cesta, dočasné přidělení; popř. jen pracovní cesta); začátek cesty (datum – první den v měsíci); konec cesty (datum – poslední den v měsíci); celkem (souhrnné částky představující zřejmě tedy cestovní náhrady za příslušné časové období). Reagoval-li správce daně další výzvou k prokázání skutečností ze dne 3. 9. 2019 s tím, že ani tímto podkladem žalobce neprokázal, že jím jeho zaměstnancům vyplácené částky, deklarované jako cestovní náhrady, jsou skutečně příjmy, které nepodléhají zdanění ve smyslu § 6 odst. 7 ZDP, pak krajský soud takovému postupu přisvědčuje. Doložené kalkulace cestovních náhrad jsou totiž zcela obecné, neobsahují žádné relevantní podrobnosti o pracovních cestách, není z nich zjevné ani to, z čeho se souhrnné částky, deklarované jako cestovní náhrady, měly skládat (srov. body 54 a 55 a dále i body 62 a 80 napadeného rozhodnutí). K podání datovanému 1. 10. 2019, jakožto odpovědi na výzvu k prokázání skutečností ze dne 3. 9. 2019, žalobce přiložil pouze Tarif Českých drah pro vnitrostátní přepravu cestujících a zavazadel a mzdové listy za období srpen až prosinec 2015. V rámci odvolacího řízení žalobce další důkazní prostředky nepředkládal.
Za důkazní situace, která v projednávané věci nastala, nelze než přisvědčit žalovanému, že nebylo prokázáno faktické uskutečnění pracovních cest, a tedy ani to, že deklarované cestovní náhrady byly jako takové vypláceny oprávněně. Krajský soud se ztotožňuje se žalovaným a správcem daně, že žalobcem předložené podklady deklarují pouze částky, které měly být jako cestovní náhrady vyplaceny zaměstnancům, ale žádným způsobem nedokládají, zda se pracovní cesty jako takové uskutečnily, natož aby z nich plynulo, za jakých podmínek byly uskutečněny. Podklady, předložené uživatelem zaměstnanců žalobce správci daně, a to zejména podklady k fakturám (celkové počty odpracovaných hodin), nepochybně mohou být považovány za důkazní prostředky o tom, že zaměstnanci žalobce vykonávali u uživatele práci. Stejně tak lze předpokládat, že se tito zaměstnanci museli do místa výkonu práce u uživatele nějakým způsobem dopravit; to však automaticky neznamená, že se tak muselo stát v režimu pracovních cest, a že jim přitom musel vzniknout nárok na vyplacení cestovních náhrad, a to zvláště pak, bylo-li zjištěno, že namátkově vybraní zaměstnanci měli bydliště či adresu pobytu v ČR v místě faktického výkonu práce, popř. v jeho blízkosti (k této problematice viz dále odst. 33 tohoto rozsudku), dále že žalobce deklaroval jako „pracovní cesty“ tvrzené cesty zaměstnanců po Praze, které však s ohledem na sjednané místo výkonu práce (Praha) pracovními cestami nejsou a nepřísluší za ně tak cestovní náhrady, nebo že žalobce vyplácel cestovní náhrady i u cest Praha – Písek a Praha – Kopřivnice, přičemž není zřejmé, proč by vůbec takové cesty měli zaměstnanci, u nichž bylo zjištěno, že mají bydliště i sjednané místo výkonu práce právě v Písku či Kopřivnici, absolvovat (viz bod 74 napadeného rozhodnutí či str. 6 zprávy o daňové kontrole). Předložil-li žalobce pracovní smlouvy některých zaměstnanců, pak jimi bylo prokázáno tvrzení o sjednaném místě výkonu práce některých zaměstnanců v Praze (viz bod 49 napadeného rozhodnutí; další sjednaná místa výkonu práce zjistil správce daně), nikoliv však faktické uskutečnění pracovních cest, jakožto nezbytného předpokladu pro vznik nároku zaměstnanců na vyplacení cestovních náhrad. Vzhledem k tomu, že žalobce v daňovém řízení neunesl své důkazní břemeno ve smyslu § 86 odst. 3 písm. c) a § 92 odst. 3 DŘ stran tvrzení, že vyplácené částky, deklarované jako cestovní náhrady, představovaly skutečně uspokojení po právu vzniklých nároků jeho zaměstnanců na cestovní náhrady, když neprokázal především faktické uskutečnění pracovních cest, ale ani stanovení paušální částky cestovních náhrad, nemohou být žalobcem vyplacené částky považovány za náhrady cestovních výdajů ve smyslu § 6 odst. 7 písm. a) ZDP.
Správce daně ve výzvách k prokázání skutečností uvedl konkrétní zaměstnance a popsal konkrétní nedostatky, nesrovnalosti a rozpory, které u jim žalobcem vyplacených částek v předložených podkladech zjistil, a které mu založily pochybnost o důvodnosti vyloučení předmětných částek ze zdanění. Pochybnosti správce daně vůči tvrzením žalobce a jím předloženým podkladům jsou formulovány srozumitelně, mají oporu v provedeném dokazování a lze je považovat za dostatečně závažné. Správce daně označil konkrétní skutečnosti, na jejichž základě zhodnotil předložené podklady jako neúplné, neprůkazné, a rozporného obsahu, a unesl tak své důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) DŘ. Pochybnosti správce daně byly v projednávané věci důvodně založeny již jen tím, že žalobce nepředložil žádné podklady, které by svědčily o tom, že se pracovní cesty fakticky realizovaly. Dle krajského soudu nelze za takové situace považovat uvedení dalších zpochybněných částek se jmény zaměstnanců a zdaňovacími obdobími v tabulkách, jakožto příloh k výzvám k prokázání skutečností, z pohledu nároků na pochybnosti jako nedostatečné. To zvláště pak za situace, kdy pochybnosti o částkách vyplacených náhodně vybraným a ve výzvách k prokázání skutečností konkrétně uvedeným zaměstnancům byly založeny typově shodnými nesrovnalostmi, jejichž existenci proto bylo možné důvodně očekávat i u dalších, v přílohách uvedených zaměstnanců, a dále, a to zejména, když žalobce ani na zcela konkrétně uvedené pochybnosti správce daně ohledně konkrétních částek vyplacených konkrétním zaměstnancům relevantně nereagoval, resp. popsané nesrovnalosti nevysvětlil, nic k nim nedoložil (viz předchozí odstavec), a pochybnosti správce daně tak neodstranil. Nelze opomínat, že správce daně nemá povinnost prokázat, že údaje o určitém případu jsou v podkladech daňového subjektu zaznamenány v rozporu se skutečností, ale je povinen prokázat, že o souladu se skutečností existují „vážné a důvodné pochyby“, čehož dle krajského soudu správce daně zvoleným postupem dostál. Námitky stran nedostatečnosti pochybností v souvislosti s uvedením zpochybňovaných částek v tabulkách tak krajský soud hodnotí jako účelové a tedy nedůvodné. Za takového stavu pak krajský soud neshledal ani porušení základních cílů správy daní vymezených v § 1 odst. 2 DŘ, neztotožnil se se žalobcem, že by se daňové orgány dopustily namítané „nezákonné paušalizace závěrů“, která by měla způsobovat nepřezkoumatelnost napadeného rozhodnutí. Žalobce měl během daňového řízení, v němž byl dvakrát vyzván k prokázání skutečností ve vztahu k částkám vyplaceným všem (i v přílohách výzev k prokázání skutečností) uvedeným zaměstnancům, dostatek prostoru pro to, aby prokázal a doložil oprávněnost vyplacených nezdaněných částek, a že tak neučinil, může jít jen k jeho tíži. Krajský soud pak na tomto místě doplňuje, že ačkoliv výše uvedl, že žalobce na pochybnosti správce daně relevantně nereagoval, nemínil tím naznačovat, že by snad žalobce nevěděl, co (jaké skutečnosti a ve vztahu k jakým zaměstnancům) má správci daně prokazovat, když z obsahu jeho podání učiněných v průběhu daňového řízení plyne opak; onou nerelevantností má krajský soud na mysli relevantními podklady nedoloženou polemiku žalobce s argumenty správce daně a zejména nevysvětlení správcem daně popsaných pochybností.
Na v předchozím odstavci uvedených závěrech nic nemění ani podstata podnikání žalobce jako personální agentury. Jednak krajský soud nesouhlasí se žalobcem, že je objektivně nemožné, aby agentura práce mohla vykonávat činnost bez využití institutu pracovních cest (vždy záleží na konkrétním smluvním nastavení, zejména kde je sjednáno místo výkonu práce, případně zda a kde je sjednáno pravidelné pracoviště pro účely cestovních náhrad, stejně jako na tom, na kterém místě má zaměstnanec práci fakticky vykonávat). A dále, a to hlavně, nezbývá než připomenout, že žalobce neunesl důkazní břemeno stran realizace pracovních cest (podstata podnikání žalobce v tomto ohledu sice mohla být žalobcem uplatněna v průběhu daňového řízení, avšak jen jako určitý podpůrný argument). Jelikož žalobce nedoložil podklady, z nichž by bylo možné zjistit, kterým zaměstnancům skutečně vznikl nárok na vyplacení cestovních náhrad a případně v jaké výši, neměly daňové orgány možnost ani zvažovat jakékoliv jejich poměrné snížení.
Při posouzení věci krajský soud neshledal, že by žalovaný či správce daně kladli excesivní požadavky na důkazní povinnost žalobce. Daňové orgány požadovaly, aby žalobce předložil podklady prokazující realizaci pracovních cest a podklady, jimiž by prokázal způsob stanovení výše deklarovaných paušálních cestovních náhrad. Jde o požadavky na prokázání základních předpokladů pro to, aby žalobcem vyplacené částky, deklarované jako cestovní náhrady hrazené paušální částkou, mohly být považovány za náhrady cestovních výdajů ve smyslu § 6 odst. 7 písm. a) ZDP.
V průběhu daňové kontroly zjistil správce daně i to, že někteří zaměstnanci, u nichž byla deklarována pracovní cesta z Prahy do příslušné obce, měli bydliště, resp. adresu pobytu v ČR přímo v této obci či v její blízkosti, tj. přímo či v blízkosti místa výkonu práce u uživatele (srov. body 60 a 81 až 83 napadeného rozhodnutí). Vyjádřil-li správce daně pochybnosti v tom smyslu, že je nelogické, aby zaměstnanci ještě před začátkem směny u uživatele absolvovali cestu z bydliště/adresy pobytu v ČR nacházející se ve výše uvedených obcích (či v jejich okolí) do Prahy, aby jeli zpět na směnu k uživateli v uvedených obcích a po skončení směny u uživatele ještě absolvovali cestu z uvedených obcí do Prahy a zpět do místa bydliště/adresy pobytu v ČR (příkladmo např. již zmiňovaný bod 60 napadeného rozhodnutí), pak těmto pochybnostem krajský soud zcela přisvědčuje. Namítal-li žalobce, že žalovaný a správce daně nesprávně označili jako místo nástupu na pracovní cestu a její ukončení u vybraných zaměstnanců jejich bydliště či adresu pobytu v ČR s tím, že zaměnili pojmy „trvalý pobyt“ a „bydliště“, skutečné bydliště zaměstnanců nezjišťovali a svou úvahu postavili na domněnce, že zaměstnanec má bydliště tam, kde má trvalý pobyt, pak k tomu krajský soud uvádí následující. Náznak této argumentace žalobce uvedl v rámci odvolacích námitek, přičemž žalovaný se s ní dostatečně vypořádal v bodě 94 napadeného rozhodnutí. Primárně není sporu o tom, že ohledně bydliště zaměstnanců vycházely daňové orgány z podkladů poskytnutých žalobcem, v nichž je výslovně uvedeno „bydliště“/„adresa pobytu v ČR“; nevycházely tedy z výsledků vlastní vyhledávací činnosti, např. z údajů o trvalém pobytu v informačním systému evidence obyvatel, a proto je krajský soud toho názoru, že správci daně ani žalovanému nelze vytýkat nedostatečně zjištěný skutkový stav. Namítá-li žalobce, že je v praxi běžné, že v pracovněprávních dokumentech se uvádí adresa trvalého pobytu zaměstnance, byť příslušná kolonka je označena jako „bydliště“, pak jde jen o žalobcovu domněnku. Krajský soud se neztotožňuje se žalobcem ani v tom, že by mělo být obecně presumováno, že adresa zaměstnance uvedená v pracovněprávních dokumentech je vždy adresou trvalého pobytu, zvláště pak, není-li příslušná kolonka jako „trvalý pobyt“ označena, a ostatně ani v tom, že by se mělo automaticky předpokládat, že adresa trvalého pobytu není shodná s místem skutečného pobytu. Nakolik lze totiž trvalý pobyt považovat za evidenční údaj, stále platí, že si jej lidé volí zpravidla v místě, kde mají nějakou vazbu – rodinu, byt či zaměstnání (srov. § 10 odst. 1 zákona č. 133/2000 Sb., o evidenci obyvatel a rodných číslech a o změně některých zákonů (zákon o evidenci obyvatel), ve znění pozdějších předpisů). Koneckonců ať už byla příslušná kolonka označena jakkoliv, dílčím pochybnostem daňových orgánů o nelogičnosti a nehospodárnosti pracovních cest nelze nic vytýkat za situace, kdy tyto byly založeny na zjištěních z údajů v podkladech předložených žalobcem, přičemž snaží-li se žalobce tyto pochybnosti nyní rozptýlit obecnými tvrzeními o tom, že bydliště či adresa místa pobytu v ČR na pracovněprávních dokumentech mají znamenat trvalý pobyt, který nemusí být totožný s místem skutečného bydliště, namísto toho, aby daňovým orgánům tato místa skutečného bydliště zaměstnanců tvrdil a doložil, pak jen stěží může být se svou argumentací úspěšný. Daňové orgány se tedy v tomto ohledu nedopustily nesprávného právního posouzení a napadené rozhodnutí není ani z tohoto namítaného důvodu nezákonné.
Argumentace žalobce směřující do pochybností žalovaného založených na zjištění, že některým zaměstnancům žalobce byla zajišťována doprava a ubytování, je principiálně obdobná jako jeho argumentace výše. Žalobce totiž opět pouze obecně namítá, že jde o nepřípustnou paušalizaci, kdy dle něj žalovaný vyloučením všech cestovních náhrad postupuje, jako by žalobce prokazatelně zajišťoval dopravu, resp. ubytování všem zaměstnancům. Žalobce však v daňovém řízení netvrdil a nedoložil konkrétní data, tedy především kdy a kterým zaměstnancům byla zajištěna doprava a ubytování a jaký to mělo vliv na výši deklarované poskytnuté paušální cestovní náhrady. Bez konkrétních tvrzení a podkladů mohly daňové orgány jen těžko zjistit, zda a jaký tyto skutečnosti měly vliv na stanovení nároku na paušální cestovní náhrady, resp. i konkrétně u jakých zaměstnanců a v jakém období. Tato žalobní argumentace tak zůstává v rovině nedůvodné polemiky se zjištěními a závěry daňových orgánů (k zajišťované dopravě viz body 48, 87, 95 a 97 napadeného rozhodnutí; k zajišťovanému ubytování viz body 48, 59 a 95 napadeného rozhodnutí).
Závěrem krajský soud připomíná, že správce daně a žalovaný vyjádřili nejen v tomto rozsudku výslovně řešené, ale i další důvodné pochybnosti (srov. body 64 až 90 napadeného rozhodnutí).
Vzhledem ke všemu výše uvedenému hodnotí krajský soud všechny námitky obsažené v bodech ad. A a C jako nedůvodné.

IV.c K nepřezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí (k žalobní námitce ad. D)

Krajský soud neshledal ani důvodnost obecně vznesené námitky, že napadené rozhodnutí je nepřezkoumatelné. Byla-li tato námitka odůvodněna blíže nespecifikovanými „pochybnostmi“ žalobce o přezkoumatelnosti dodatečných platebních výměrů a zprávy o daňové kontrole pro jejich vnitřní rozpornost a nesrozumitelnost, pak krajský soud taktéž v obecné rovině uvádí, že tyto pochybnosti nesdílí. Ostatně, označuje-li žalobce tuto námitku jako námitku žalobní, pak tato jeho argumentace neodpovídá zákonnému požadavku na formulaci žalobních bodů. Lze nicméně dodat, že napadené rozhodnutí dle krajského soudu splňuje všechny požadavky na rozhodnutí stanovené v § 102 DŘ, a to včetně požadavků na odůvodnění, v němž neabsentují zejména přehledně popsaná zjištění z předložených podkladů, jejich hodnocení, právní posouzení a závěry z toho vyvozené.

V. Závěr a náklady řízení

Vzhledem k tomu, že po posouzení žalobních bodů dospěl krajský soud k závěru, že nejsou důvodné, žalobu podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.
Výrok o nákladech řízení má pak oporu v § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobce, který neměl v řízení úspěch, nemá ze zákona právo na náhradu nákladů řízení. Žalovaný měl ve věci plný úspěch, nicméně protože mu nad rámec úřední činnosti žádné náklady řízení nevznikly, náhrada nákladů řízení mu přiznána nebyla.

Poučení:

Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů od doručení tohoto rozhodnutí k Nejvyššímu správnímu soudu.

Ostrava 26. listopadu 2025

Mgr. Jiří Gottwald

předseda senátu

Shodu s prvopisem potvrzuje